Набор реагентов для определения статуса мутаций гена EGFR методом ПЦР-РВ в пробе геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани (Тест-EGFR-ткань) по ТУ 21.20.23-005-97638376-2016 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- УТВЕРЖДАЮ Генеральный директор ООО «ТестГен» А. Н. Тороповский «24» июля 2018 г ИНСТРУКЦИЯ Набор реагентов для определения статуса мутаций гена EGFR методом ПЦР-РВ в пробе геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани (TecT-EGFR-ткань) по ТУ 21.20.23-005-97638376-2016 Версия 3 от 24.07.2018 --- стр. 2 --- Содержание 1 1. Назначение.........................................................................................-з I 2.Характеристики набора.......................................................................6 J 3. Принцип действия..............................................................................7 4 Аналитические и диагностические характеристики набора .........8 I 5. Перечень рисков, связанных с применением набора реагентов J «Тест-ЕОРК-ткань» ..............................................................................11 6. Меры предосторожности при работе с набором ..........................11 1 7 Оборудование и материалы, необходимые при работе с набором .................................................................................. 13 8. Анализируемые пробы....................................................................14 ] 9. Подготовка компонентов набора для исследования ...................18 10. Проведение анализа.......................................................................18 11. Регистрация и интерпретация результатов................................23 1 12 Условия хранения, транспортирования и эксплуатации набора .............................................................................................................. 25 13. Утилизация....................................................................................27 I 14. Гарантийные обязательства, контакты .......................................28 --- стр. 3 --- I I 1 1 1 1 1. Назначение Назначение: набор реагентов «TeeT-EGFR-ткань» предназначен для профессионального применения в медицинских учреждениях и клинико-диагностических лабораториях онкологического профиля при обследовании пациентов с диагнозом «немелкоклеточный рак легкого» для качественного определения статуса мутации L858R и делеций (del) в 19 экзоне (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их) гена EGFR методом аллель- специфической ПЦР в режиме реального времени в пробе геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани для определения показаний к таргетной терапии низкомолекулярными ингибиторами тирозинкиназы EGFR. Область применения набора реагентов - клиническая лабораторная диагностика, онкология. Тип анализируемого образца. Материалом для проведения ПЦР служат пробы геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани. Принцип определения Анализ проводится методом аллель-специфической ПЦР в режиме реального времени. Продукты ПЦР исследуемого гена EGFR идентифицируются в 5'-экзонуклеазной реакции с помогцью зондов, меченных FAM и HEX. Набор содержит реагенты для анализа мутации L858R и делеций в 19 экзоне (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их) исследуемого гена EGFR. ПЦР-смеси состоят из всех необходимых реагентов. Набор также включает положительный контрольный образец (ПКО), содержащий эквимолярную смесь мутации L858R и делеций (del) в 19 экзоне в концентрации 5% и отрицательный контрольный образец (ОКО). Все ПЦР-смеси содержат праймеры и зонды к внутреннему контрольному образцу (ВКО). Зонды к ВКО помечены HEX (см. раздел 11 «Регистрация и интерпретация результатов»). Это контроль эффективности экстракции ДНК и возможного наличия ингибиторов в пробе, присутствие которых может привести к ложноотрицательным результатам. --- стр. 5 --- J J J J экзонах 18 и 20 приходится 14% мутаций. Данные мутации встречаются у 10% больных НМРЛ европеоидного происхождения и у 50% азиатов. Назначение ингибиторов тирозинкиназы (ТК) больным НМРЛ с наличием делеций в 19 экзоне (Del 19) или мутации L858R гена EGFR, евязанных с чувствительностью к ингибиторам тирозинкиназы (ТК), является эффективным методом лечения, приводящим к существенному сокращению размеров опухолевых очагов и контролю проявлений заболевания на достаточно продолжительный срок. Специфическая патология, состояние или фактор риска, для обнаружения, определения или дифференцирования которого предназначено медицинское изделие для диагностики in vitro - набор реагентов предназначен для определения показаний к таргетной терапии при обследовании пациентов с диагнозом «немелкоклеточный рак легкого» для качественного определения статуеа мутации L858R и делеций (del) в 19 экзоне (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их) гена EGFR. Показания и противопоказания к применению Показания к применению: Набор реагентов «Теет-EGFR- ткань» рекомендуется при обследовании пациентов с диагнозом «немелкоклеточный рак легкого» для качественного определения статуеа мутации L858R и делеций (del) в 19 экзоне (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их) гена EGFR методом аллель-епецифической ПЦР в режиме реального времени в пробе геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани, для определения показаний к таргетной терапии низкомолекулярными ингибиторами тирозинкиназы EGFR. Противопоказания: отсутствуют. Набор предназначен для профессионального применения в медицинских учреждениях и клинико-диагностических лабораториях онкологического профиля. Профессиональный уровень потенциальных пользователей — врач клинической лабораторной диагностики, медицинский лабораторный техник. Общее время проведения анализа составляет 2-2,5 ч. --- стр. 6 --- J J J J 2. Характеристики набора Набор реагентов выпускается в 1 форме комплектации - «Тест-ЕОРК-ткань». Каждый набор «Тест-ЕОРК-ткань» содержит реагенты, рассчитанные на проведение 24 определений. Состав набора Набор реагентов «Тест-ЕОРК-ткань» включает; Таблица 1 - Состав набора реагентов «Тест-ЕОРК-ткань» № пп Название реагента Маркировка на крышке пробирки Описание Количество пробирок, объём, мкл 1 ПЦР-смесь del del Прозрачная жидкость розового цвета 1 пробирка (120 мкл) 2 ПЦР-смесь L858R L858R Прозрачная жидкость розового цвета 1 пробирка (120 мкл) 3 ПКО К+ Прозрачная бесцветная жидкость 1 пробирка (120 мкл) 4 ОКО К- Прозрачная бесцветная жидкость 1 пробирка (120 мкл) 5 Taq- полимераза Taq Прозрачная бесцветная жидкость 1 пробирка, (580 мкл) 1 1 1 1 1 1 1 Положительный контрольный образец (ПКО) готов к использованию и представляет собой смесь геномной ДНК из культуры клеток человека линии Jurkat в концентрации 400 копий гена EGFR в 1 мкл и искусственно синтезированной вставки размером 300 п.н., содержащей эквимолярную смесь мутации L858K и делеций (del) в 19 экзоне гена EGFR, в плазмидный вектор pAL-TA с концентрацией 20 копий плазмидной ДНК в 1 мкл. Содержит 5% мутантных и 95% нормальных копий ДНК. В качестве ОКО используют воду деионизованную. Все ПЦР-смеси содержат праймеры и зонды к внутреннему контрольному образцу (ВКО). Зонды к ВКО помечены HEX (см. раздел 11 «Регистрация и интерпретация результатов»). Это контроль эффективности экстракции ДНК и возможного наличия --- стр. 7 --- J 3. Принцип действия 1 1 1 Качественное определение статуса мутации L858R и делеций (del) в 19 экзоне (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их) гена EGFR методом аллель-специфической ПЦР в режиме реального времени в пробе геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани включает в себя три этапа: 1) подготовку ПЦР; 2) ПЦР-амплификацию ДНК и гибридизационно- флуоресцентную детекцию продуктов амплификации в режиме «реального времени»; 3) интерпретацию результатов. С пробами геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани проводятся реакции амплификации участков гена EGFR в реакционном буфере при помощи специфичных к этим участкам ДНК праймеров и фермента Taq-полимеразы. В составе реакционной смеси для амплификации присутствуют аллель-специфичные флуоресцентно-меченые олигонуклеотидные зонды, которые гибридизуются с комплементарным участком амплифицируемой ДНК-мишени и разрушаются Taq-полимеразой, в результате чего происходит нарастание интенсивности флуоресценции. Это позволяет регистрировать накопление специфического продукта амплификации путем измерения интенсивности флуоресцентного сигнала. Детекция флуоресцентного сигнала осуществляется непосредственно в ходе ПЦР с помощью амплификатора с системой детекции флуоресцентного сигнала в режиме «реального времени». По каналу, соответствующему флуорофору HEX, детектируется продукт амплификации ДНК нормального варианта гена EGFR, по каналу, соответствующему флуорофору FAM, детектируется продукт амплификации ДНК мутантных вариантов гена EGFR и делеций в экзоне 19 (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их). --- стр. 8 --- i J 1 4 Аналитические и диагностические характеристики набора 4.1 Аналитические характеристики Таблица 2 - Аналитические характеристики набора реагентов «Тест-ЕОРК-ткань» Аналитическая специфичность Специфичен по отношению к мутации L858R и 27 делениям (del)* в 19 экзоне гена EGFR Аналитическая чувствительность 10 копий гена EGFR в 1 мкл раствора ДНК их * обнаруживает наличие любой из 27 делеций, но не различает Список определяемых делеций с указанием Ю делеции представлен в таблице 3 (набор реагентов обнаруживает наличие любой из 27 делеций, но не различает их). Таблица 3 - Список определяемых делеций с указанием Ю делеции Набор делеций, определяемых с помощью набора реагентов «Тест- EGFR-ткань» COSMIC ID** 2235_2249dell5 6223 2235_2252>ААТ (complex) 13551 2236_2253dell8 12728 2237_2251dell5 12678 2237_2254dell8 12367 2237_2255>T (complex) 12384 2236_2250dell5 6225 2238_2255dell8 6220 2238_2248>GC (complex) 12422 2238_2252>GCA (complex) 12419 --- стр. 9 --- J Набор делеций, определяемых с помощью набора реагентов «Тест- EGFR-ткань» COSMIC ID** 2239_2247del9 6218 2239_2253dell5 6254 2239_2256dell8 6255 2239_2248TTAAGAGAAG>C 12382 2239_2258>CA (complex) 12387 2240_2251dell2 6210 2240_2257dell8 12370 2240_2254dell5 12369 2239_2251>C (complex) 12383 2236_2252>AT (complex) 26680 2236_2251>T (complex) 26513 2238_2252dell5 23571 2237_2252>T (complex) 12386 2235_2255>GGT (complex) 85797 c.2235_2246dell2 28517 2235_2251>AG (complex) 13549 2236_2253>CAA (complex) 22999 н = *идентификационный номер мутации согласно международной базе соматических мутаций при раковых заболеваниях COSMIC (Catalog of Somatic Mutations in Cancer). 4.2 Диагностические характеристики: Диагностическая специфичность - 94,3 % с доверительной вероятностью 90% Диагностическая чувствительность - 90,9 % с доверительной вероятностью 90% --- стр. 10 --- Специфичность анализа определяется олигонуклеотидными затравками (праймерами), подобранными к гомологичным участкам генов, а также специфичными флуоресцентными олигонуклеотидными зондами для гибридизации с комплементарными участками ампликонов (специфических продуктов амплификации), что исключает перекрестные реакции. Ограничения метода Обнаружение мутаций зависит от целостности образца и количества амплифицируемой ДНК, присутствующей в образце. Чистота выделенной ДНК, выраженная в отношении оптических плотностей (А260/280нм), необходимая для проведения исследования, должна составлять не менее 1,4. Концентрация ДНК, достаточная для проведения исследования должна составлять 1-100 нг/мкл. Ткань опухоли не является гомогенной, в связи с этим результаты анализа, полученные из образца ткани, могут не совпадать с результатами других секций той же самой опухоли. Кроме того, образцы опухоли могут содержать и нормальную (неопухолевую ткань). При использовании пробы геномной ДНК, вьщеленной из ткани, не содержащей опухоль, набор «Тест-EGFR- ткань» не сможет выявить мутации гена EGFR. Метод ПЦР крайне чувствителен к контаминации. Соблюдайте осторожность, чтобы избежать контаминации образцов исследуемой ДНК и реакционных смесей содержимым из пробирки ПКО или продуктами ПЦР. Набор реагентов «TecT-EGFR-ткань» не может использоваться для диагностики какой-либо патологии. Набор реагентов «Тест- EGFR-ткань» предназначен только для качественного определения статуса мутации L858R и делеций (del) в 19 экзоне (обнаруживает наличие 27 делеций, но не различает их) гена EGFR. 1 --- стр. 12 --- Реагенты, входящие в набор «Тест-ЕОРК-ткань», обладают низкой упругостью пара и исключают возможность ингаляционного отравления. Реагенты, входящие в набор «Тест-ЕОРК-ткань» не токсичны, поскольку готовятся путём смешивания отдельных нетоксичньк компонентов. Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно-биологические (ПЦР) исследования клинического материала с соблюдением санитарно-эпидемических правил СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами». Следовать рекомендациям, изложенным в МУ 287-113, МУ 1.3.2569-09. При работе всегда следует выполнять следующие требования: - Удалять неиспользованные реактивы в соответствии с п. 4.28 СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами». ВНИМАНИЕ! При удалении отходов после амплификации (пробирок, содержащих продукты ПЦР) недопустимо открывание пробирок и разбрызгивание содержимого, поскольку это может привести к контаминации продуктами ПЦР лабораторной зоны, оборудования и реагентов. - Применять набор строго по назначению, согласно данной инструкции. - Допускать к работе с набором только специально обученный персонал. - Не использовать набор по истечению срока годности. - Избегать контакта с кожей, глазами и слизистой оболочкой. При контакте немедленно промыть пораженное место водой и обратиться за медицинской помощью. Необходимых мер предосторожности в отношении влияния магнитных полей, внешних электрических воздействий, электростатических разрядов, давления или перепадов давления, перегрузки, источников взрыва или возгорания не предусмотрено. В составе набора отсутствуют вещества человеческого или животного происхождения, обладающие потенциальной инфекционной природой, поэтому меры предосторожности против --- стр. 13 --- любых специальных, несвойственных рисков при использовании или реализации изделия не предусмотрены. 1 7. Оборудование и материалы, необходимые при работе с набором Оборудование: 1. ПЦР-бокс (типа «БАВ-ПЦР-«Ламинар-С», «Ламинарные системы», Россия). 2. Вортекс (типа «ТЭТА-2», «Биоком», Россия). 3. Набор электронных или автоматических дозаторов переменного объема (типа «Eppendorf», Германия). 4. Холодильник от +2°С до +8°С с морозильной камерой не выше минус 16 °С. 5. Амплификатор роторного типа, например, «Rotor-Gene» 3000 или 6000 («Corbett Research», Австралия) или амплификатор планшетного типа, например, Real-Time CFX96 Touch («BioRad», США), «ДТпрайм» («ДНК - Технология», Россия) или эквивалентные. Материалы и реагенты, не входящие в состав изделия: ВНИМАНИЕ! При работе с ДНК необходимо использовать только одноразовые стерильные пластиковые расходные материалы, имеющие специальную маркировку «DNase-free». 1. Одноразовые наконечники с аэрозольным барьером объемом до 200 мкл, до 100 мкл, до 20 и до 10 мкл. (например, «Axygen», США). 2. Штативы для наконечников (например, «Axygen», США) и микропробирок объемом на 0,5 (0,2) мл (например, «ИнтерЛабСервис», Россия). 3. Отдельный халат и одноразовые перчатки. 4. Емкость с крышкой для дезинфицирующего раствора. 5. Одноразовые полипропиленовые пробирки для ПЦР: а) объемом 0,2 мл (плоская крышка, нестрипованные), (например «Axygen», США) для постановки в ротор на 36 пробирок - для приборов для ПЦР в реальном времени с детекцией через дно пробирки (например, «Rotor-Gene»). --- стр. 14 --- 1 1 б) объемом 0,2 мл (куполообразная крышка) (например, «Axygen», США) - для приборов для ПЦР в реальном времени с детекцией через крышку (например, «СРХ96», «ДТ-Прайм»). 6. ПЦР-планшеты (могут использоваться вместо пробирок, указанных в пункте 5). 7. Оптически прозрачная пленка для заклеивания планшетов. 8. Анализируемые пробы Перед началом работы следует ознакомиться с методическими рекомендациями «Взятие, транспортировка, хранение клинического материала для ПЦР-диагностики», разработанными ФГУП ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва, 2012 г. Материалом для проведения ПЦР служат пробы геномной ДНК человека из образцов фиксированной в парафине ткани. 8.1 Процедура получения пробы геномной ДНК человека из фиксированной в парафине ткани Для выделения пробы геномной ДНК человека из фиксированной в парафине ткани, необходимой для проведения ПЦР-анализа концентрации и чистоты, рекомендуется использование следующих комплектов реагентов: - Набор реагентов для экстракции ДНК из биологического материала и определения фрагментации ДНК (IsoFrag-DNA-FFPE) по ТУ 9398-001-7706721254-2011, ЗАО "Протеинсинтез", Россия. Регистрационное удостоверение № ФСР 2011/12189 от 13.11.2017 или аналогичных, предназначенных для выделения ДНК из фиксированной в формалине и заключенной в парафин ткани и обеспечивающих следующее качество вьщеленной ДНК - чистота анализируемой ДНК, выраженная в отношении оптических плотностей (А260/280нм), необходимая для проведения исследования, должна составлять не менее 1,4; - концентрация ДНК, достаточная для проведения исследования должна составлять 1-100 нг/мкл. 8.2 Интерферирующие вещества и ограничения по использованию анализируемого материала Для выделения из клинического образца достаточного для проведения ПЦР-анализа количества ДНК, необходимой чистоты, --- стр. 20 --- Количество образцов ПЦР-смесь, мкл Taq, мкл Итого, мкл 14 68 170 238 15 72 180 252 16 76 190 266 17 80 200 280 18 84 210 294 19 88 220 308 20 92 230 322 21 96 240 336 22 100 250 350 23 104 260 364 24 108 270 378 1. Внести по 14 мьсл каждого мастермикса в соответствующие пробирки согласно рекомендованному порядку расположения реакций (см. табл. 5). 2. Внести по 6 мкл ОКО в пробирки «ОКО». 3. Внести по 6 мкл ПКО в пробирки «ПКО». 4. Внести по 6 мкл образцов ДНК в пробирки «О». 5. Заклеить ПЦР-планшет/закрыть пробирки, убедиться, что все крышки или пленка прилегают плотно. 6. Открутить ПЦР-планшет/пробирки на центрифуге, чтобы собрать реакционную смесь на дне лунок, сохраняя правильную ориентацию планшета или серии пробирок. --- стр. 21 --- 96-луночный планшет Тест 1 ! 2 3 4 5 6 7 8 9 10 II 12 del эко пко 01 02 03 04 05 06 07 08 09 О10 L858 R эко пко 01 02 03 04 05 06 07 08 09 О10 del 011 012 Ит.д. L858R 011 012 И т.д. — -- —----- 1 -.....-...) 1 01 ДНК, выделенная из анализируемого образца №1 и т д Б) ПЦР-амплификация ДНК и гибридизационно- флуоресцентная детекция продуктов амплификации в режиме «реального времени» T T T T D В ЗОНЕ ПЦР - помещении для проведения 1 ЩР-амплификации) ггтго пробирки в реакционный модуль прибора для НЦР в «реальном времени». Обратите внимание, что приборы для ПЦР в «реальном времени» должны обслуживаться, калиброваться и использоваться в соответствии с рекомендациями производителя Использование данного набора в неоткалиброванном приборе может оказать влияние на рабочие характеристики теста. 2. Запрограммировать прибор для выполнения соответствующей программы амплификации и детекции флуоресцентного сигнала согласно описанию для данного прибора (см. табл. 6, 7). ^ --- стр. 22 --- Стадия Температура, °С Время Всего циклов 1 95 2 мин 1 г 2 95 5 сек 3 64-:!:- 15 сек 50 / Таблица 7 - Программа амплификации для других поибоппн Стадия Температура, °С Время Всего циклов 1 95 2 мин 1 2 95 5 сек 503 62-:!:- 15 сек и£>111илп^гтс при! рс1ММЫ а м п л и ф и к а ц и и С детекцией флуоресцентного сигнала на стадии 3. 4. По окончании выполнения программы приступить к анализу результатов.