Набор реагентов для качественного определения РНК коронавируса SARS-CoV-2 методом совмещенной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции (ОТ-ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией "ПЦР-KOPOHABИPУC-SARS-CoV-2-СКРИНИНГ" по ТУ 21.10.60-009-92463794-2021 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 2 --- сп и со к СОКРАЩЕНИЙ В настоящей инструкции применяются следующие сокращения и обозначения: SARS-CoV-2 ( - коронавирус SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) 1 РНК - рибонуклеиновая кислота кДНК - комлементарная ДНК ОКО - отрицательный контрольный образец HKO-SARS-CoV-2 - положительный контрольный образец Ct - пороговый цикл МУ - методические указания НК - нуклеиновая кислота ОТ-ПЦР-РВ - реакция обратной транскрипции и полимеразная цепная реакция с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени СП - санитарные правила ГЭ/мл - геномный эквивалент на миллилитр биоматериала 1. Назначение набора Настоящая инструкция по применению (далее - ИП) распространяются на Набор реагентов для качественного определения РНК коронавируса SARS- CoV-2 методом совмещенной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции (ОТ-ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией «ПЦР-КОРОНАВИРУС-8АК8-СоУ-2-СКРИНИНГ» по ТУ 21.10.60- 004-92463794-2020 (далее по тексту - Набор реагентов или Набор). Назначение. Набор реагентов предназначен для качественного определения РНК коронавируса SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) в пробах НК, выделенных из клинических образцов человека (мазков из носоглотки и ротоглотки, мокроты) с признаками ОРИ и без признаков ОРИ (у категорий лиц в соответствии с действующими методическими рекомендациями по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции COVID-19) методом совмещенной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции с флуоресцентной --- стр. 3 --- детекцией в режиме «реального времени». Набор предназначен для обследования всех групп населения любого возраста без градации по демографическому или социальному признаку. Область применения. Клиническая лабораторная диагностика. Потенциальный потребитель. Персонал клинической лаборатории, специально обученный методам ПЦР в реальном времени. Функциональное назначение теста, выполняемого с помощью набора - поддержка диагностики коронавируса SARS-CoV-2, мониторинг для выявления источника инфекции и оценки эффективности лечения. Вспомогательное средство в диагностике COVID-19. Показания к применению. Необходимость определения РНК коронавируса SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), в биологическом материале человека методом совмещенной реакции обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции (ОТ-ПЦР) с гибридизационно- флуоресцентной детекцией. Противопоказания. Противопоказанием к применению набора реагентов является нарушение целостности упаковки, истекший срок годности, несоблюдение требований инструкции. Исследуемый биологический материал. Анализируемыми пробами являются НК, выделенные из клинических образцов (мокрота, мазки из носоглотки и ротоглотки), взятых у лиц с симптомами респираторного заболевания, в том числе с подозрением на инфекцию COVID-19, а также у лиц, не имеющих признаков простудных заболеваний и не являющихся контактными больными с COVID-19 Класс в зависимости от степени потенциального риска применения в медицинских целях в соответствии с номенклатурным классификатором медицинских изделий, утвержденным приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации от 06 июня 2012 г. № 4и - 3. 2. Характеристика набора 2.1. Принцип действия --- стр. 4 --- / Набор позволяет специфически амплифицировать фрагмент генома Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 и НК внутреннего контрольного образца (НК бактериофага MS2) в мультиплексной полимеразной цепной реакции. Детекция продуктов амплификации осуществляется в режиме реального времени с использованием принципа выщепления флуоресцентной метки на 5' конце олигонуклеотидного зонда. Время анализа составляет 1,5 часа. Области амплификации указаны в таблице 1. Таблица 1. Амплифицируемые фрагменты генома. НК-мишень Область амплификации Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 nucleocapsid protein (N) ген РНК внутреннего контрольного образца assembly protein (mat) ген 2.2. Состав и варианты исполнения набора реагентов Таблица 2. Состав набора Реагент Описание Вариант исполнения Качественный, базовый - 50 Качественный, базовый -100 ПЦР-смесь- SARS-CoV-2 Прозрачная бесцветная или светло-голубая жидкость. 0,25 мл 1 пробирка 0,5 мл 1 пробирка RT PCR ENZ. Прозрачная бесцветная жидкость 0,038 мл 1 пробирка 0,075 мл 1 пробирка ПЦР-буфер Прозрачная бесцветная жидкость 0,5 мл 1 пробирка 1,0 мл 1 пробирка РНК буфер Прозрачная бесцветная жидкость 0,5 мл 1 пробирка 1,0 мл 1 пробирка ПКО-SARS- CoV-2 Прозрачная бесцветная жидкость 0,1 мл 1 пробирка 0,2 мл 1 пробирка ОКО Прозрачная бесцветная жидкость 1,0 мл 1 пробирка 2,0 мл 1 пробирка вко Прозрачная бесцветная жидкость 0,5 мл 1 пробирка 1,0 мл 1 пробирка Паспорт - 1 шт. 1 шт. --- стр. 5 --- s качества Инструкция - 1 шт. 1 шт. НК возбудителя и НК внутреннего контрольного образца (НК бактериофага MS2) (см. таблицу 3). - Таблица 3. Регистрация результатов по каналам детекции. Канал для флуорофора ROX Су5 Длины волн света возбуждение/детекция 585±5 п т / 610±5 п т 625±10 п т / 660±10 п т НК-мищень РН К SARS-CoV-2 РНК бактериофага MS2 одной серии Набора реагентов. Запрещается использование отдельных компонентов, относящихся к разным сериям Набора реагентов. В состав набора реагентов входят следующие компоненты: 1. ni(P-cMecb-SARS-CoV-2: специфические праймеры и зонды: водный раствор двух олигонуклеотидных праймеров и одного олигонуклеотидного зонда (специфичных для генома SARS-CoV-2); праймеры и зонд для внутреннего контроля: водный раствор специфичных для генома бактериофага MS2 двух олигонуклеотидных праймеров и одного зонда; эквимолярная смесь дезоксинуклеозид- трифосфатов (дНТФ); деионизованная вода. 2. RT PCR ENZ: ДНК Полимераза с антителами, ингибирующими активность фермента - TAQ-полимераза; обратная транскриптаза MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE. 3. ПЦР буфер — 2,5х буфер: сульфат аммония; Tris base, Tris HCl; трегалоза; Tween-20; хлорид магния. РНК буфер — Деионизованная вода. HKO-SARS-CoV-2 — рекомбинантная генетическая конструкция - плазмида. ОКО —Tris-HCl буфер pH 7,5; --- стр. 6 --- 4 ^ 7. ВКО — транскрипт assembly protein (mat) гена бактериофага MS2. 3. Характеристики набора реагентов 3.1 Предел обнаружения Наименьшее число геномных эквивалентов на миллилитр (ГЭ/мл) РНК _ SARS-CoV-2, определяемых с помондью Набора реагентов «HL(P-KOPOHABHPyC-SARS-CoV-2-CKPHHHHr» составляет: 1x10^ ГЭ/мл РНК коронавируса SARS-CoV-2 в образце НК, прошедшем выделение. 3.2 Аналитическая специфичность Набор реагентов выявляет наличие фрагментов НК из коллекции штаммов. Оценка аналитической специфичности набора реагентов проведена посредством добавления в реакцию геномной НК следующих вирусов и микроорганизмов: Streptococcus pneumoniae; Haemophilus influenzae; вирус парагриппа l-ro типа; вирусы гриппа А и В; аденовирус 5 типа; Legionella pneumophila; риновирус типа А, а также геномной ДНК человека и геномной РНК бактериофага MS2. Аналитическая специфичность набора реагентов дополнительно проверялась in silico со следуюшими инфекционными агентами: SARS-CoV, MERS-CoV, метапневмовирус человека, парагрипп 1-4 типов, респираторный синцитиальный вирус типов А и В. При тестировании образцов НК вышеперечисленных микроорганизмов неспецифических реакций выявлено не было. Аналитическая специфичность составила 100% (95%, ДИ: 95-100%) 3.2.1. Диагностическая чувствительность Диагностическую чувствительность определяют как процент положительных значений в пробах, где НК коронавируса SARS-CoV-2 присутствует. Диагностическая чувствительность составила 100% (95%, ДИ: 95- 100% ) 3.2.2. Диагностическая специфичность --- стр. 7 --- т 7. ВКО транскрипт assembly protein (mat) гена бактериофага MS2. 3. Характеристики набора реагентов 3.1 Предел обнаружения Наименьшее число геномных эквивалентов на миллилитр (ГЭ/мл) РНК коронавируса SARS-CoV-2, определяемых с помощью Набора реагентов «ПЦР-КОРОНАВИРУС-5АК8-СоУ-2-СКРИНИНГ» соетавляет: 1x10' ГЭ/мл РНК коронавируса SARS-CoV-2 в образце НК, прошедшем выделение. 3.2 Аналитическая специфичность Набор реагентов выявляет наличие фрагментов НК из коллекции штаммов. Оценка аналитической специфичности набора реагентов проведена посредством добавления в реакцию геномной НК следующих вирусов и микроорганизмов: Streptococcus pneumoniae; Haemophilus influenzae; вирус парагриппа 1-го типа; вирусы гриппа А и В; аденовирус 5 типа; Legionella pneumophila; риновирус типа А, а также геномной ДНК человека и геномной РНК бактериофага MS2. Аналитическая специфичность набора реагентов дополнительно проверялась in silico со следуюшими инфекционными агентами: SARS-CoV, MERS-CoV, метапневмовирус человека, парагрипп 1-4 типов, респираторный синцитиальный вирус типов А и В. При тестировании образцов НК вышеперечисленных микроорганизмов неспецифических реакций выявлено не было. Аналитическая специфичность составила 100% (95%, ДИ: 95-100%) 3.2.1. Диагностическая чувствительность Диагностическую чувствительность определяют как процент положительных значений в пробах, где НК коронавируса SARS-CoV-2 присутствует. Диагностическая чувствительность составила 100% (95%, ДИ: 95- 100%) 3.2.2. Диагностическая специфичность --- стр. 8 --- i / Диагностическую специфичность определяют как процент отрицательных значений в пробах, где НК коронавируса SARS-CoV-2 отсутствует. Диагностическая специфичность составила 100% (95%, ДИ: 95-100%). ^ ^ 3.2.3. Воспроизводимость Воспроизводимости определяют на идентичных объектах испытаний, разными операторами, на различном оборудовании, с использованием разных серий наборов. Коэффициент вариации (CV) составил не более 5%. 3.2.4. Повторяемость Повторяемость определяют на идентичных объектах испытаний, одним и тем же оператором, с использованием одного и того же оборудования, в пределах короткого промежутка времени. Коэффициент вариации (CV) составил не более 5% 4. Меры предосторожности При использовании Набора необходимо использовать средства индивидуальной защиты, например, надевать одноразовые резиновые или пластиковые перчатки, так как исследуемые образцы следует рассматривать как потенциально инфицированные, возможно содержащие возбудителей любых инфекций. При работе с Набором реагентов необходимо соблюдать МУ 1.3.2569-09 “Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-TV групп патогенности”, СП 1.3.3118-13 «Безопасность работы с микроорганизмами Т-П групп патогенности (опасности) и возбудителями паразитарных болезней», СанПиН 2.1.3684-21 «Санитарно- эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому --- стр. 16 --- Приготовление реакционной смеси следует проводить при комнатной температуре от 18 до 25°С в течение не более 1,5 часов. 7.2. Подготовка к проведению ОТ-ПЦР-РВ ВНИМАНИЕ! Компоненты Набора реагентов после вскрытия выдерживают 10 циклов размораживания/замораживания, считая с первого использования. Необходимо учитывать данный факт при планировании количества экспериментов с использованием Набора. Отобрать необходимое количество пробирок для проведения амплификации исследуемых образцов и контролей, промаркировать их. Внести по 15 мкл приготовленной реакционной смеси (п.7.2). Используя наконечники с фильтром в подготовленные пробирки внести: а) в пробирку отрицательного контроля ПЦР (К-) 10 мкл РНК-буфера; б) в пробирку положительного контроля ПЦР - 10 мкл HKO-SARS- CoV-2. в) в остальные пробирки - по 10 мкл исследуемых образцов (включая выделенный образец ОКО). ВНИМАНИЕ! Если детекция флуорецентного сигнала амплификатором производится через крышки пробирок, в этом случае запрещается маркировать крышки пробирок. ВНИМАНИЕ! В случае использования приборов планшетного типа (таких как: «ДТ-96», «СЕХ96», LightCycler® 96 и прочие) необходимо осадить капли со стенок пробирок (или плашек) кратким центрифугированием. ВНИМАНИЕ! Пробы амплифицировать сразу после добавления исследуемых проб и контролей в реакционные смеси. 7.3. Проведение ОТ-ПЦР-РВ 1 5 --- стр. 17 --- Поместить подготовленные для проведения ПЦР пробирки в ячейки амплификатора. Запрограммировать прибор согласно инструкции производителя. Параметры температурно-временного режима амплификации указаны в Таблице 5. п/п Температурно-Временной режим Число циклов 1 - 15 мин 1 2 95®С - 5 мин 1 95”С — 10 сек 3 56®С - 10 сек 10 72®С — 10 сек Л - 10 сек 4 56Х - 10 сек, детекция ROX(Oran2e)/Cv5(Red) 30 72°С - 10 сек соответствии с параметрами, представленными в таблице 6. Таблица 6. Параметры обработки результатов анализа. Амплификатор Конечный цикл (КЦ) Параметры обработки результатов Rotor-Gene 30 • «Dynamic ШЬе»/«Динамич.фон» • «Slope Соггес1»/«Коррект. уклона» • «Outlier КетоуаЬ>/«Устранение выбросов» - 15% • Threshold - 0,05 ДТ-96 30 • Тип анализа «Мультиплекс» • Метод - «Геометрический (Ср)» • «Критерии достоверности данных»: нижняя граница - 5%, верхняя граница - 30% CFX96 --- 30 • Baseline Threshold - на уровне 10-20% от максимального уровня флуоресценции образца К+ каналов детекции необходимо включить функции «Dynamic шЬе»/«Динамич.фон» и «Slope Соггес1»/«Коррект. уклона» и установить 1 6 --- стр. 18 --- «Outlier Яетоуа1»/«Устранение выбросов» - 15%, а также установить величину Threshold - 0,05. На амплификаторе ДТ-96 необходимо выбрать тип анализа «Мультиплекс», метод - «Геометрический (Ср)». В разделе «Изменить параметры анализа» в «Критерии достоверности данных» ввести: Нижняя граница/порог положительного результата - 5%, верхняя граница/порог нормализации данных - 30%. «Критерий положительного результата ПЦР» и «Величина Threshhold» устанавливаются автоматически (90% и 10 соответственно). На амплификаторе CFX96 установить пороговую линию на уровне, соответствующем 10-20% от макеимального уровня флуоресценции, полученного для образца «К+» в последнем цикле амплификации (уровень флуоресценции считают равным ближайшему к нему делению шкалы, помеченному цифрой). 7.4. Интерпретация результатов анализа. Полученные данные - кривые накопления флуоресцентного сигнала анализируются с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР в режиме «реального времени» в соответствии с инструкцией производителя к прибору. Учет результатов ПЦР-анализа проводится по наличию или отсутствию пересечения кривой флуоресценции с установленной на соответствующем уровне пороговой линией (что соответствует наличию или отсутствию значения порогового цикла «Ct» для исследуемого образца). При проведении качественного ПЦР-анализа используется принцип интерпретации результатов представленный в таблице 7. 1 7 --- стр. 19 --- Г "V Таблица 7. Оценка результатов анализа Диапазон Ct по каналу сзю ROX Су5 ос- НК-мишень Результат U. Nucleocapsid proteine (N) geneSARS-CoV-2 Assembly protein (mat) ген бактерифага MS2 оЬй! ■ С до 24 до 24 Реакции положительного и внутреннего контролей прошли успешно Сигнал отсутствует Сигнал отсутствует Реакция прошла успешно о. -е->>V C Любое значение Сигнал отсутствует Специфическая контаминация! ТРЕБУЕТСЯ повторная постановка! XOn Сигнал отсутствует Любое значение Контаминация геномной РЕГК бактериофага MS2! ТРЕБУЕТСЯ повторная постановка! Сигнал отсутствует Любое значение от 1 до 26 Экстракция прошла успешно О о Любое значение Сигнал отсутствует или любое значение Специфическая контаминация! ТРЕБУЕТСЯ повторная экстракция! Сигнал отсутствует Сигнал отсутствует или значение Ct >26 Результат не достоверный, возможно присутствие ингибиторов. ТРЕБУЕТСЯ повторная экстракция! S ej Любое значение от 1 до 24 Сигнал отсутствует или любое значение от 1 до 26 Результат анализа положительный. РНК коронавируса SARS-CoV-2 обнаружена s С и S '2 Сигнал отсутствует Любое значение от 1 до 26 Результат анализа отрицательный Сигнал отсутствует Сигнал отеутствует или значение Ct >26 Результат не достоверный. ТРЕБУЕТСЯ повторная экстракция! ВНИМАНИЕ! Результат ПЦР-анализа считать достоверным, если получены правильные результаты для контролей амплификации (ПКО-SARS- CoV-2, РНК буфер) и контроля выделения (ОКО). В таблице использованы следующие обозначения; Ct ROX (Orange) - цикл пересечения кривой накопления специфического (флуорофор ROX) флуоресцентного сигнала образца с пороговой линией;