Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeqТМ 550Dx, методом секвенирования нового поколения (NGS) — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 5 ---
illumina
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx, методом
секвенирования нового поколения (NGS)
для ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
Кат. № 20005715
Назначение
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq’^'^ 550Dx, методом секвенирования нового
поколения (NGS) предназначен для секвенирования библиотек ДНК при использовании
наборов реагентов для диагностики in vitro. Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'^'^
550Dx используется с наборами реагентов: "Набор реагентов ИВД NextSeq” *"^ 550Dx v2.5,
300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для
секвенирования нуклеиновых кислот" и "Набор реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 75
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75 cycles)) для секвенирования
ную1еиновых кислот" при использовании с медицинскими изделиями, такими как: "Набор
для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx, в
вариантах исполнения", "Система неинвазивного пренатального тестирования для
определения множественных врожденных анеуплоидий ИВД VeriSeq™ NIPT Solution v2,
анализ нуклеиновых кислот, в вариантах исполнения" и аналитическим программным
обеспечением.
(Далее по тексту Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx).
Принципы процедуры
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx предназначен для секвенирования
библиотек ДНК при использовании наборов для диагностики in vitro, для использования
квалифицированным и обученным персоналом клинической лаборатории, который
прошел подготовку в области проведения диагностических процедур in vitro в
клинической лаборатории. В качестве входного материала в Секвенатор нуклеиновых
кислот NextSeq'*'^ 550Dx используются библиотеки, полученные из ДНК при добавлении к
амплифицируемой мишени индексных последовательностей и последовательностей
захвата. Библиотеки образцов захватываются в проточной ячейке, секвенирование
проводится с использованием метода секвенирования путем синтеза (далее SBS, от
sequencing by synthesis). В химической технологии SBS для обнаружения отдельных
азотистых оснований нуклеотидов по мере их включения в растушие цепи ДНК
используют метод обратимых терминаторов. Программное обеспечение анализа в
реальном времени (RTA от RealTime Analysis) выполняет анализ изображений и
распознавание нуклеотидов и присваивает каждому основанию при каждом цикле
секвенирования показатель качества. По завершении первичного анализа прибор может
провести вторичный анализ для распознавания оснований. Секвенатор нуклеиновых
кислот NextSeq™ 550Dx использует различные вторичные модули анализа в зависимости
от протокола. Для герминального и соматического модулей обработка данных включает в
себя демультиплексирование, генерацию файла FASTQ, выравнивание, распознавание
вариантов и создание файлов распознавания вариантов (форматы VCF от variant call
format и gVCF от genomic variant call format). Файлы VCF и gVCF содержат информацию о
вариантах, обнаруженных в конкретных позициях референтного генома.
Конфигурация с двухвариантной загрузкой
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 1
--- стр. 6 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx имеет конфигурацию двухвариантной
загрузки, позволяющую использовать прибор в диагностическом (Dx) или
исследовательском режиме (RUO от research use only). Секвенирование для диагностики in
vitro, включая модули для герминальных и соматических вариантов, вьшолняется в
диагностическом режиме. В диагностическом режиме следует использовать только
реагенты IVD. Рабочие характеристики и ограничения процедуры для Секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx были установлены с использованием модулей для
герминальных и соматических вариантов в диагностическом режиме.
Ограничения процедуры
1 Только для диагностики in vitro.
2 При использовании с набором реагентов ИВД NextSeq 550Dx v2, 300 циклов
(NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)) для секвенирования
нуклеиновых кислот (не применимо для Российской Федерации), набором реагентов
ИВД NextSeq ™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent Kit
v2.5 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот модули для герминальных и
соматических вариантов способны обеспечить следующее:
► Объем получаемой информации после секвенирования > 90 гигабаз (Gb).
► Длина прочтения (парноконцевого прогона) 2x150 пар оснований (п.о.)
► Оснований с качеством минимум Q30 > 75 % при длине прочтения 2 х 150 п.о.
75 % оснований или более с показателем качества Phred > 30, что означает
точность распознавания основания выше 99,9 %
3 Программное обеспечение метода не выравнивает прочтения с инделами (инсерциями,
делениями или их комбинацией) при их длине > 25 п.о. Соответственно, программное
обеспечение метода не выявляет инделы длиной > 25 п.о.
4 Программное обеспечение метода может не выравнивать прочтения для ампликонов со
сложным составом, в результате чего область будет расценена как дикий тип. Под
сложным составом подразумевают:
► Прочтения с более чем тремя инделами
► Прочтения длиной как минимум 30 п.о. с содержанием однонуклеотидного
варианта (SNV)> 4 % от общей целевой длины ампликона (исключая области
зонда)
► Прочтения длиной < 30 п.о. с содержанием SNV > 10 % от общей длины ампликона
(включая области зонда)
5 Большие вариации, включая многонуклеотидные варианты (MNV) и длинные инделы,
в файле результатов VCF могут быть указаны как отдельные меньшие варианты.
6 Варианты с делециями могут быть отфильтрованы или пропущены, если деления
находится в области перекрывания ампликонов, если при этом длина делении
превышает или равна длине области перекрывания этих ампликонов.
7 Система не может обнаружить инделы, если они расположены непосредственно рядом
с праймером и нет перекрывающего ампликона. В областях с перекрывающимися
ампликонами анализ не позволяет выявлять делении, если область перекрывания
меньше размера имеющейся делеции. Например, если область перекрывания между
двумя соседними ампликонами составляет два основания, анализ не может обнаружить
какие-либо делеции, включающие оба этих основания. Для каждого из этих оснований
деления с одним из оснований может быть обнаружена.
8 Как и при любом протоколе приготовления библиотеки на основе гибридизации,
имеющийся полиморфизм, мутации, инсерции или делеции в олигонуклеотид-
связывающих областях могут влиять на исследуемые аллели и, следовательно, на
распознавание при секвенировании. Например:
► Вариант в фазе с вариантом в области праймера может не амплифицироваться, что
приводит к ложноотрицательному результату.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
2 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 7 ---
► Варианты в области праймера могут предотвращать амплификацию референтного
аллеля, что приводит к неправильному распознаванию варианта как гомозиготного.
► Варианты с инделами в области праймера могут приводить к
ложноположительному распознаванию в конце участка считывания, смежного с
праймером.
9 Инделы могут быть отфильтрованы из-за положения в цепи ДНК, если они
расположены в конце одного прочтения и не учитываются при выравнивании.
10 Малые MNV не валидированы и выносятся в результат только в модуле соматических
вариантов.
11 Делеции указаны в VCF по координате предшествующего основания в формате VCF.
Поэтому рассмотрите смежные варианты, прежде чем сделать заключение, что
нуклеотид распознан как гомозиготный референтный.
12 Ограничения, специфичные для герминальных вариантов:
► Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'^’^ 550Dx и модуль для герминальных
вариантов Local Run Manager секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
предназначены для получения качественных результатов определения
герминальных вариантов (т.е. гомозиготный, гетерозиготный, дикого типа).
► При использовании модуля для герминальных вариантов минимальное покрытие
на ампликон, необходимое для точного определения варианта, составляет 150х.
Соответственно, требуется 150 фрагментов ДНК, что эквивалентно 300
перекрывающимся парным прочтениям. Число образцов и общее число
анализируемых оснований влияют на покрытие. GC-состав и другие
характеристики геномного состава влияют на покрытие.
► Вариация числа копий может влиять на идентификацию варианта как
гомозиготный или гетерозиготный.
► Варианты в определенном повторяющемся контексте отфильтровываются в файлах
VCF. Фильтр повторов RMxN используется для фильтрации вариантов, если вся
или часть последовательности варианта неоднократно присутствует в референтном
геноме рядом с позицией варианта. При распознавании герминального варианта
требуется фильтрация как минимум девяти повторов в референтном геноме.
Учитываются только повторы длиной до 5 п.о. (R5x9).
► Индел и SNV в одном локусе могут привести к тому, что в ответ выносится только
один вариант.
13 Ограничения, специфичные для соматических вариантов.
► Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx и модуль для соматических
вариантов Local Run Manager секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx
предназначены для получения качественных результатов распознавания
соматических вариантов (т.е. наличия соматического варианта с частотой варианта,
большей или равной 0,026 с пределом обнаружения 0,05).
► При использовании модуля для соматических вариантов минимальное покрытие на
ампликон, необходимое для точного распознавания варианта, составляет 450х на
один набор олигонуклеотидов. Соответственно, требуется 450 фрагментов ДНК на
набор олигонуклеотидов, что эквивалентно 900 перекрывающимся парным
прочтениям. Число образцов и общее число анализируемых оснований влияют на
покрытие. GC-состав и другие характеристики геномного состава влияют на
покрытие.
► При распознавании соматического варианта требуется фильтрация как минимум 6
повторов в референтном геноме, учитываются только повторы длиной до 3 п.о.
(R3x6).
► Модуль для соматических вариантов не позволяет различать герминальные и
соматические варианты. Модуль предназначен для обнаружения вариантов в
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 3
--- стр. 8 ---
диапазоне частот вариантов, но частоту вариантов нельзя использовать для
дифференциации соматических и герминальных вариантов.
► Нормальные ткани в образце влияют на обнаружение вариантов. Указанный предел
обнаружения основан на частоте варианта относительно общей ДНК, выделенной
из опухоли и из нормальной ткани.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Компоненты продукта
1 Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*"'^ 550Dx (кат. № 20005715)
2 Компоненты программного обеспечения Секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq ,тм
Программное
обеспечение Функция Описание
Системное
программное
обеспечение
NextSeq
550DX
Operating
Software
(NOS)
Контролирует
работу
прибора
Приложение NOS управляет работой прибора во время
секвенирования и генерирует изображения для использования
программным обеспечением анализа в реальном времени (RTA).
Программное
обеспечение
для анализа в
режиме
реального
времени
(RTA)
Выполняет
первичный
анализ
Приложение RTA преобразует изображения, сгенерированные NOS
для каждого перекрывания за цикл секвенирования, в файлы
распознавания оснований, которые являются вводными данными
для модулей анализа для Local Run Manager. Приложение RTA не
имеет пользовательского интерфейса.
Локальный
менеджер
прогона Local
Run Manager
Интерфейс
для выбора
модуля
Локальный менеджер прогона Local Run Manager - это включенная
в прибор программа для пользовательского управления, выбора
соответствующего модуля анализа и контроля статуса.
Модуль для
соматических
вариантов
Выполняет
вторичный
анализ
Программное обеспечение модуля анализа Local Run Manager -
распознает основания при вторичном анализе. Обработка данных
включает в себя демультиплексирование, генерирование файла
FASTQ, выравнивание, распознавание вариантов и создание
отчетов. Программное обеспечение для распознавания вариантов
(Pisces) генерирует файлы VCF, которые содержат информацию о
вариантах, обнаруженных в конкретных позициях по отношению к
референтному геному, и включают в себя измеренную частоту
вариантов.
Модуль для
герминальных
вариантов
Выполняет
вторичный
анализ
Программное обеспечение модуля анализа Local Run Manager -
распознает основания при вторичном анализе. Обработка данных
включает в себя демультиплексирование, генерирование файла
FASTQ, выравнивание, распознавание вариантов и создание
отчетов. Программное обеспечение для распознавания вариантов
(Pisces) генерирует файлы VCF, которые содержат информацию о
вариантах, обнаруженньЕх в конкретных позициях по отношению к
референтному геному, и идентифицирует каждый вариант как
гетерозиготный или гомозиготный.
Условия работы
Параметр Спецификация
Температура Температура в лаборатории от 19 °С до 25 °С (22 °С ± 3 °С). Эта температура
является рабочей температурой прибора. Во время работы не допускайте изменения
_____________температуры окружающей среды более чем на ± 2 °С._____________________________
4 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 9 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Параметр Спецификация
Влажность Поддерживать относительную влажность в диапазоне 20-80 %, без конденсации.
Оборудование и материалы
Необходимые оборудование и материалы, поставляемые отдельно
Набор реагентов ИВД NextSeq^” ^ 550Dx v2.5, 75 циклов (NextSeq^*^ 550Dx High Output
Reagent Kit v2.5 (75 cycles)), для секвенирования нуклеиновых кислот, кат. № 20028870
Набор реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот, кат. № 20028871
Необходимые оборудование и материалы, поставляемые отдельно
Расходные материалы для прогона, обеспечиваемые пользователем __________
Расходные материалы Поставщик Цель
Смоченные спиртом
салфетки, 70 %
изопропиловый спирт
или
Этанол, 70 %
VWR, кат. №95041-714
(или эквивалент)
Основной поставщик
лаборатории
Очистка проточной ячейки и общее
назначение
Лабораторные безворсовые
салфетки
VWR, кат. Хо 21905-026
(или эквивалент)
Очистка проточной ячейки и общее
назначение
Расходные материалы для эксплуатации прибора, обеспечиваемые пользователем
Расходные
материалы Поставщик Цель
NaOCl, 5 %
(натрия
гипохлорит)
Sigma-Aldrich, кат. Х®
239305
(или эквивалент ч.д.а.)
Промывка прибора в ручном режиме после прогона
после разведения до 0,12 %
Твин-20 Sigma-Aldrich, кат. Х°
Р7949
Промывка прибора в ручном режиме после
разведения до 0,05 %
Вода ч.д.а. Основной поставщик
лаборатории
Промывка инструмента (ручная промывка)
Воздущный
фильтр
Illumina, кат. Хо
20022240
Очистка воздуха, используемого для охлаждения
прибора
Руководство по воде лабораторного класса чистоты
При работе с инструментом используйте только воду лабораторного класса чистоты или
деионизированную воду. Не используйте водопроводную воду. Используйте только воду
следующих степеней чистоты, или эквивалент:
► Деионизированная вода
► TlluminaPWl
► Вода 18 МОм (MQ)
► Вода Milli-Q
► Вода Super-Q
► Вода чистая для молекулярно-биологических исследований
Предупреждения и меры предосторожности
ВНИМАНИЕ
Федеральный закон США ограничивает продажу этого устройства врачом или по
заказу врача или другого медицинского специалиста, имеющего лицензию в
соответствии с законодательством штата, в котором он/она работает, для
использования или распоряжения об использовании устройства.
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 5
--- стр. 10 ---
1 Некоторые компоненты реагентов, поставляемые Illumina для использования с
секвенатором нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx, содержат потенциально
опасные химические вещества. Их вдыхание, проглатывание, попадание на кожу
и в глаза может привести к повреждениям органов. Используйте защитные
средства, включая защитные очки, перчатки и лабораторный халат,
соответствующие риску воздействия. С использованными реагентами следует
обращаться как с химическими отходами и утилизировать их в соответствии с
действующими региональными, национальными и местными законами и
правилами. Для получения дополнительной информации по вопросам окружающей
среды, здоровья и безопасности см. паспорт безопасности вещества (Safety data sheets,
SDS) по адресу support.illumina.com/sds.html.
2 О любых серьезных инцидентах, связанных с данным продуктом, следует
незамедлительно сообщать в компанию «Иллюмина» (Illumina) и в компетентные
органы государства-члена, в котором находятся пользователь и/или пациент.
3 Со всеми образцами крови следует работать как с потенциально инфекционными
материалами в отношении вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), вируса гепатита В
(ВГВ) и других возбудителей, передающихся через кровь (универсальные меры
предосторожности).
4 Невыполнение описанных процедур может привести к ошибочным результатам или
значительному снижению качества образца.
5 Следует применять стандартные меры лабораторной безопасности. Не пипетируйте
ртом. Не ешьте, не пейте и не курите в предназначенных для работы зонах. При работе
с образцами и реагентами набора следует использовать одноразовые перчатки и
лабораторные халаты. После работы с образцами и реагентами набора следует
тщательно помыть руки.
6 Для предотвращения контаминации продуктами ПЦР реагентов, инструментов и
образцов геномной ДНК необходимо соблюдать нормы надлежащей лабораторной
практики и надлежащей лабораторной гигиены. Контаминация при проведении ПЦР
может привести к неточным и ненадежным результатам.
7 Для предотвращения контаминации убедитесь, что в зонах для пре- и
постамплификации имеется специальное оборудование (в т.ч. пипетки, наконечники
для пипеток, вортекс и центрифуга).
8 Пара индекс-образец должна точно соответствовать распечатанной схеме планшета.
Локальный менеджер прогона автоматически вносит информацию об
индексированных праймерах, связанных с названиями образцов, когда названия
вводятся в модуль. Пользователю рекомендуется перед началом прогона проверить
индексированные праймеры, связанные с образцами. Несоответствие между списком
образцов и схемой планшета приводит к потере правильной идентификации образца и
неправильному сообщению результатов.
9 Для защиты компьютера от вирусов пользователю настоятельно рекомендуется
установить антивирусное программное обеспечение. Инструкции по установке см. в
руководстве для пользователя.
10 Не используйте секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx при снятых панелях.
При эксплуатации прибора с любой из снятых панелей возникает возможность
поражения электрическим током.
11 Не касайтесь держателя проточной ячейки в отделении проточной ячейки. Рабочая
температура нагревателя в этом отделении составляет от 22 до 95 °С и может вызвать
ожог.
12 Масса прибора составляет около 186 фунтов, что может привести к серьезным травмам
при его падении или неправильном обращении с прибором.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq"^^ 550Dx
Инструкция по применению
6 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 11 ---
Следующие инструкции по применению предназначены для прогонов с модулями для
герминальных и соматических вариантов в режиме диагностики на секвенаторе
нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx с использованием набора реагентов ИВД NextSeq™
550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)) (не
применимо для Российской Федерации), набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для секвенирования
нуклеиновых кислот.
Внесение информации о прогоне
Для получения подробных инструкций см. Руководство справочное для секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx (документ № 1000000009513) и соответствующее
руководство для модуля Local Run Manager.
Установка параметров
1 Войдите в Local Run Manager.
2 Выберите Create Run, затем выберите Somatic Variant или Germline Variant.
3 Введите название прогона, которое идентифицирует прогон от этапа секвенирования
до этапа анализа. Используйте буквенно-цифровые символы, пробелы, подчеркивания
или дефисы.
4 |Не обязательно] Введите описание прогона для облегчения его идентификации.
Используйте буквенно-цифровые символы, пробелы, подчеркивания или дефисы.
5 В раскрывающемся списке выберите число образцов и набор индексов. При выборе
учитывайте следующую информацию.
► Раскрывающийся список включает в себя число образцов и набор индексов.
Например, 24-Set 1 означает анализ 24 образцов с индексами из набора индексов 1.
► Номера наборов индексов указывают на различные наборы пар индексов i5 и 17.
Оба набора, 1 и 2, обеспечивают разнообразие индексов. Два набора индексов
включены для того, чтобы предотвратить истощение одного набора.
► Выберите ближайщее к числу анализируемых вами число образцов. Если в списке
нет именно этого числа образцов, выберите ближайщее число, меньщее числа
анализируемых вами образцов. Например, при анализе 18 образцов выберите 16
образцов.
► Предлагаемые лунки для образцов и комбинации индексов, которые
удовлетворяют требованиям разнообразия индексов, выделены зеленым цветом.
Импортируйте манифест-файл для прогона
1 Убедитесь, что манифест-файлы, которые вы хотите импортировать, находятся в
доступном сетевом окружении или на USB-диске.
2 Выберите Import Manifests.
3 Перейдите к манифест-файлу и выберите те, которые вы хотите добавить.
ПРИМЕЧАНИЕ
Для доступности манифест-файлов для всех прогонов с использованием модуля для
герминальных или соматических вариантов добавьте их с помощью функции Module
Settings. Эта функция требует прав администратора. Дополнительную информацию
см. в Руководстве справочном для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™
550Dx (документ № 1000000009513)
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx
Укажите образцы для прогона
Укажите образцы для прогона одним из следующих способов с последующими
инструкциями.
► Введите информацию об образцах в ручном режиме - используйте пустую таблицу на
экране Create Run.
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 7
--- стр. 12 ---
► Импортируйте информацию об образцах - перейдите к внешнему файлу в формате
значений, разделенных запятыми (*.csv). На экране Create Run есть шаблон для
загрузки.
Введение информации об образцах в ручном режиме
1 Введите уникальное название образца (модуль анализа для соматических
вариантов) или идентификационный код образца (модуль анализа для герминальных
вариантов).
Используйте буквенно-цифровые символы, дефисы или подчеркивания.
2 [Необязательно! Для положительных или отрицательных контрольных образцов
нажмите на правую кнопку мыши и выберите тип контроля.
Контроль в одной лунке будет автоматически внесен в соответствующую лунку того
же контроля для другого пула.
3 [Необязательно] Введите описание образца в поле Sample Description. Используйте
буквенно-цифровые символы, дефисы или подчеркивания.
4 В раскрывающемся списке Index 1 (i7) выберите Index 1 adapter.
Если вы используете предложенные лунки для образцов, программное обеспечение
автоматически заполняет индексированные адаптеры i7 и i5, которые соответствуют
требованиям разнообразия индексов. Если в списке нет числа образцов, которые вы
анализируете, выберите индексированные адаптеры для дополнительных лунок.
5 В раскрывающемся списке Index 2 (i5) выберите Index 2 adapter.
6 В раскрывающемся списке Manifest выберите манифестный файл.
Для образцов в пуле А требуется манифест, отличный от манифеста для образцов в
пуле В.
7 Выберите опции просмотра, печати или сохранения схемы планшета в качестве
справочного материала при подготовке библиотек:
- Выберите значок & Print для отображения схемы планшета. Выберите Print для
печати схемы планшета.
- Выберите Export для экспорта информации об образцах во внешний файл.
8 Выберите Save Run.
Импортирование образцов
1 Выберите Import Samples и перейдите к файлу с информацией об образцах. Возможен
импорт двух типов файлов.
- Для создания новой схемы планшета выберите Template на экране Create Run.
Файл шаблона содержит правильные заголовки столбцов для импорта. Введите
информацию об образцах в прогоне в каждый столбец. Удалите включенную для
примера информации в неиспользуемых ячейках, а затем сохраните файл.
- Используйте файл с информацией об образцах, который был экспортирован из
модуля для герминальных или соматических вариантов с использованием функции
экспорта.
2 Выберите значок в Print для отображения схемы планшета.
3 Выберите Print для печати схемы планшета в качестве референтной для
приготовления библиотек.
4 Выберите Save Run.
Подготовьте картридж с реагентами
Для успешного секвенирования тщательно следуйте указаниям для картриджа с
реагентами.
1 Возьмите картридж с реагентами из морозильника при температуре от -25 °С до -15
°С.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx
8 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 14 ---
1 Войдите в систему секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq’*^'^ 550Dx, используя ваш
пароль для Local Run Manager.
2 В главном окне программного обеспечения NOS выберите Sequence.
3 Выберите прогон из списка, затем выберите Next.
Появится ряд окон настройки запуска в следующем порядке: Load Flow Cell, Load
Buffer Cartridge, Load Reagent Cartridge и Pre-run Check.
4 При появлении окна Load Flow Cell очистите и затем установите проточную ячейку.
► Извлеките проточную ячейку из пленочной упаковки.
► Вскройте прозрачную пластиковую упаковку и извлеките проточную ячейку.
► Очистите стеклянную поверхность проточной ячейки смоченной спиртом
безворсовой салфеткой. Высушите стекло лабораторной безворсовой салфеткой.
► Убедитесь, что стеклянная поверхность проточной ячейки чистая. При
необходимости повторите этап очистки.
► Удалите использованную проточную ячейку предыдущего прогона.
► Совместите проточную ячейку с направляющими и установите проточную ячейку в
держатель.
5 Выберите Load.
Дверца автоматически закрывается, на экране появляется идентификатор проточной
ячейки, проверяются датчики.
6 Следуйте указаниям программного обеспечения: опорожните контейнер с
отработанными реагентами, установите картридж с буфером NextSeq 550Dx и
установите картридж с реагентами NextSeq 550Dx.
Когда картриджи с буфером и реагентами NextSeq 550Dx установлены, программное
обеспечение считывает и записывает сигналы радиочастотной идентификации (RFID).
На экране появляются идентификаторы картриджей буфера и реагентов, проверяются
датчики.
7 После завершения автоматической предварительной проверки выберите Start. (Не
требуется, если выбрана конфигурация автоматического запуска.)
8 При начале прогона открывается экран Sequencing. На этом экране представлена
визуальная информация о выполняемом прогоне, включая показатели интенсивности и
качества (Q-показатели).
Результаты
Программное обеспечение анализа в реальном времени (RTA) выполняет анализ
изображений и распознавание нуклеотидов и присваивает каждому основанию при
каждом цикле секвенирования показатель качества. После завершения первичного анализа
выбранный модуль Local Run Manager секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
автоматически начинает вторичный анализ. Здесь описаны процессы вторичного анализа
модулей для герминальных и соматических вариантов.
Демультиплексирование
При демультиплексировании каждая последовательность прочтения индекса сравнивается
с последовательностями индекса, указанными для прогона. На этом этапе показатели
качества не учитываются.
Индексные прочтения выявляются при следующих действиях:
► Образцы нумеруются, начиная с 1, в соответствии с порядком, в котором они
перечислены в прогоне.
► Образец номер О зарезервирован для кластеров, которые не были назначены для
образца.
► Кластеры присваиваются образцу, когда индексная последовательность полностью
совпадает или, когда имеется одно различие на прочтение индекса.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx
10 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 15 ---
Генерирование файла FASTQ
После демультиплексирования программное обеспечение генерирует промежуточные
файлы анализа в формате FASTQ, который представляет собой текстовой формат,
используемый для представления последовательностей. Файлы FASTQ содержат
прочтения для каждого образца и соответствующие показатели качества. Кластеры, не
прошедшие фильтрацию, исключаются.
Каждый файл FASTQ содержит прочтения только для одного образца, а название этого
образца включено в имя файла FASTQ. В модулях для герминальных и соматических
вариантов для каждого образца генерируется восемь файлов FASTQ для каждого набора
олигонуклеотидов, четыре из прочтения 1 и четыре из прочтения 2. В результате всего
получается 8 и 16 файлов FASTQ на образец для модулей для герминальных и
соматических вариантов, соответственно. Основными файлами с вводимыми данными для
выравнивания являются файлы FASTQ.
Выравнивание
На этапе выравнивания алгоритм Смита-Уотермана для полос выравнивает кластеры из
каждого образца с последовательностями ампликонов, указанных в манифестном файле.
Алгоритм Смита-Уотермана для полос выполняет полу глобальное выравнивание
последовательностей для определения сходных областей у двух последовательностей.
Вместо сравнения всей последовательности алгоритм Смита-Уотермана сравнивает
сегменты всех возможных длин.
Каждое парное прочтение оценивается в отношении его выравнивания с
последовательностями соответствующих зондов для этого прочтения.
► Прочтение 1 оценивается по отношению к обратно-комплементарным
последовательностям нижерасположенных локус-специфичных олигонуклеотидов
(DLSO).
► Прочтение 2 оценивается по отношению к последовательностям вышерасположенных
локус-специфичных олигонуклеотидов (DLSO).
► Если начало прочтения соответствует последовательности зонда с не более чем одним
различием, то полная длина прочтения этой последовательности выравнивается
относительно целевого ампликона.
► Если начало прочтения соответствует последовательности зонда с не более чем тремя
различиями (несовпадения или сдвиги из-за предшествующих инделов), то полная
длина прочтения этой последовательности выравнивается относительно целевого
ампликона.
► Учитывая химию анализа, инделы в DLSO и ULSO не наблюдаются.
Выравнивания фильтруются по результатам выравнивания на основе коэффициентов
несоответствия в области интереса или по всему ампликону, в зависимости от длины
ампликона. Отфильтрованные выравнивания записываются в файлы выравнивания как
невыровненные и не используются при распознавании варианта.
Распознавание вариантов
Программа Pisces предназначена для определения вариантов с SNV и инделами в
библиотеках, приготовленных для прибора.
Отчеты и дополнительные файлы результатов
Модули анализа вариантов создают отчеты в формате PDF и с разделителями табуляцией
(*.txt), в которых отображены такие параметры, как глубина секвенирования и число
вариантов. Модули также генерируют файлы результатов, такие как VCF и геномные
файлы Variant Call Format (gVCF), для приложений, определяющих варианты.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx
Процедуры контроля качества
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 11
--- стр. 16 ---
Программное обеспечение Секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx оценивает
каждый прогон, образец и распознавание оснований по показателям контроля качества.
При подготовке библиотек рекомендуется включать положительные и отрицательные
контроли, они также должны быть оценены. Оценивайте контроли следующим образом:
• Отрицательный контроль (контроль без матрицы) или другой отрицательный контроль
- должен приводить к ожидаемому результату. Если результат отрицательного
контроля отличается от ожидаемого, то произошла ошибка в отслеживании образца,
неправильная запись индексированных праймеров или контаминация.
• Положительный контроль - должен приводить к ожидаемому результату. Если
результат положительного контроля отличается от ожидаемого, то произошла ошибка
в отслеживании образца или неправильная запись индексированных праймеров.
Рабочие характеристики
Рабочие характеристики Секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx установлены
для модулей для герминальных и соматических вариантов с использованием набора
реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent
Kit v2 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот и подтверждены с
использованием набора реагентов ИВД NextSeq ™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq ™
550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот.
Исследовали индексирование образцов, перенос анализируемого материала из одного
образца в другой при проведении анализа, количество вносимой ДНК, аналитическую
чувствительность (предел холостого образца/предел обнаружения), точность,
прецизионность, сравнение методов и воспроизводимость.
Аналитические исследования с использованием набора реагентов ИВД NextSeq ™ 550Dx
v2.5, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) бьши
разработаны для оценки заявленных рабочих характеристик, ранее установленных при
использовании ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)). Результаты показывают, что рабочие характеристики наборов
реагентов (v2 и v2.5) сопоставимы с набором реагентов для создания «библиотеки»
нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx. Рабочие характеристики,
связанные с преаналитическими факторами, такими как методы вьщеления ДНК и
присутствие посторонних веществ см. в инструкции по применению набора реагентов для
создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq^^ Custom Amplicon Kit Dx, в
вариантах исполнения.
Определения, используемые при расчетах рабочих характеристик
1 Процент согласованности положительных результатов (positive percent agreement -
РРА) рассчитывается как доля локусов, классифицированных референтным методом
как вариантные, правильно выявленных при анализе.
► (число вариантных локусов, правильно выявленных при анализе)/(общее число
вариантных локусов)
Вариантные локусы, выявленные при анализе и соответствующие выявленным
референтным методом, являются истинно положительными (ТР). Вариантные
локусы, выявленные при анализе как референтные или как другие варианты,
являются ложноотрицательными (FN).
2 Процент согласованности отрицательных результатов (negative percent agreement -
NPA) рассчитывается как доля локусов, классифицированных референтным методом
как локусы дикого типа, правильно выявленных при анализе.
► (число локусов дикого типа, правильно выявленных при анализе)/(общее число
локусов дикого типа)
Локусы дикого типа, выявленные при анализе и соответствующие выявленным
референтным методом, являются истинно отрицательными (TN). Локусы дикого
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx
12 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 17 ---
типа, квалифицированные при анализе как вариантные, являются
ложноположительными (FP).
3 Процент общей согласованности (overall percent agreement - ОРА) рассчитывается как
доля локусов, правильно выявленных при анализе относительно референтного метода.
► ((число вариантных локусов, правильно выявленных при анализе) + (число локусов
дикого типа, правильно выявленных при анализе))/((общее число вариантных
локусов) + (общее число локусов дикого типа))
4 Расчеты РРА, NPA и ОРА не включают в себя нераспознанные основания (вариантные
или референтные локусы, не соответствующие одному или нескольким фильтрам
качества).
5 Уровень распознавания аутосомных вариантов рассчитывается как общее число
локусов, пропущенных фильтром, деленное на общее число позиций,
секвенированных для хромосом 1-22; хромосомы X и Y исключены. Этот показатель
не учитывает согласованности распознавания с референтным методом.
Рабочие характеристики набора реагентов ИВД NextSeq^''^ 550Dx v2, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)) для
секвенирования нуклеиновых кислот
Индексирование образцов
Индексированные праймеры образца, внесенные во время приготовления библиотек,
придают каждому образцу ДНК уникальную последовательность. Эти уникальные
последовательности позволяют объединять несколько образцов в одном прогоне
секвенирования. Индексация образцов используется в протоколах и для герминальных, и
для соматических вариантов. Целью данного исследования было установить минимальное
(8) и максимальное (96) число образцов, которые могут быть обработаны за один прогон
секвенирования на Секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq'*'*^ 550Dx. Тестировали 8
уникальных образцов проекта Platinum Genome с использованием 12 различных
комбинаций, индексированных праймеров на образец. Результаты образца из четырех
прогонов секвенирования с использованием модуля для герминальных вариантов
сравнивали с данными Platinum Genomes версии 2016-1.0.
В первой серии прогонов 96 библиотек образцов с уникальной индексацией тестировали
репрезентативным методом, направленным на множество генов с охватом 12 588
оснований на цепь во всех 23 хромосомах человека, чтобы проверить способность анализа
проводить согласованное генотипирование данного образца при различных комбинациях,
индексированных праймеров. Во второй серии прогонов 8 библиотек образцов с
уникальной индексацией секвенировали в двух прогонах секвенирования для проверки
минимального числа поддерживаемых индексов.
Для прогонов с 96 индексами РРА для SNV составляла от 98,7% до 100%, РРА для
инсерций и делений - 100%, а NPA - 100% для каждой из 96 комбинаций индексов. Для
прогонов с 8 индексами РРА составляла 100% (SNV, вставки и делении) и NPA - 100% для
каждой из восьми комбинаций индексов.
Перенос анализируемого материала из одного образца в другой при
анализе в приборе
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx позволяет секвенировать нескольких
образцов и контролей в одном прогоне секвенирования. Для оценки степени переноса
образца при одном прогоне (внутри прогона) и между прогонами секвенирования (прогон-
прогон, между прогонами) было проведено исследование. В репрезентативном анализе
тестировали два образца из проекта Platinum Genome, один, полученный от мужчины, и
один - от женщины. Анализ был направлен на множество генов с охватом 12 588
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq’^’^ 550Dx
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 13
--- стр. 18 ---
оснований (150 ампликонов) в 23 различных хромосомах, включая обе половые
хромосомы. Библиотеки секвенировали с помощью Секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq'^'^ 550Dx, используя модуль для герминальных вариантов. Перенос образцов от
мужчины в образцы от женщины оценивали по наличию прочтений ампликона Y-
хромосомы в образцах от женщины.
Перенос внутри прогона может возникать при генерировании кластера, распознавании
оснований при считывании индекса и демультиплексировании образца. Для тестирования
переноса образцов внутри прогона на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq’ ^'^ 550Dx
провели одно секвенирование пула библиотек, состоящего из 46 повторностей образцов от
мужчины и женщины и четырех контролей без матрицы. Перенос внутри прогона
оценивали путем сравнения покрытия ампликона Y-хромосомы в повторностях образца от
женщины со средним покрытием ампликона Y-хромосомы всех повторностей образца от
мужчины в пуле. Медиана наблюдаемого переноса внутри прогона составила 0,084%.
Для тестирования переноса образца между прогонами приготовили два пула библиотек,
которые последовательно секвенировали на одном секвенаторе нуклеиновых кислот
NextSeq'*'^ 550Dx. Первый пул содержал 46 повторностей образца от женщины и два
контроля без матрицы. Второй пул содержал 46 повторностей образца от мужчины и два
контроля без матрицы. Для обоих пулов использовали один и тот же индексированный
адаптер. Сначала проводили прогон секвенирования пула от женщины, затем - от
мужчины, затем - снова от женщины. Перенос между прогонами оценивали путем
сравнения покрытия ампликона Y-хромосомы в соответствующих повторностях второго
прогона пула от женщины и прогона пула от мужчины. Медиана наблюдаемого переноса
между прогонами составила 0,0076%.
Количество вносимой ДНК
Кровь (герминальные варианты)
Для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx был установлен диапазон уровня
вносимой ДНК крови при приготовлении библиотек с помощью набора реагентов
создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx при
использовании протокола для герминальных вариантов. Диапазон оценивали в
исследовании серийных разведений 13 образцов из проекта Platinum Genome при
репрезентативном анализе, направленном на множество генов с охватом 12 588 оснований
в 23 различных хромосомах. Библиотеку секвенировали на двух секвенаторах
нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx с использованием одной партии набора реагентов
ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300
cycles)).
Пять образцов тестировали в двух повторностях при пяти вариантах вносимой ДНК в
диапазоне от 250 до 12 нг (250 нг, 100 нг, 50 нг, 25 нг и 12 нг). Восемь образцов
тестировали в одной повторности при пяти вариантах вносимой ДНК. Для определения
точности генотипы образцов сравнивали с данными в Platinum Genomes, версия 2016-1.0.
Результаты определяли для каждого варианта вносимой ДНК. РРА для каждого типа
вариантов (SNV, инсерции и делеции) приведены в таблице 1; NPA приведены в таблице
2. Точность при всех уровнях ДНК была одинаковой. Рекомендуемое количество ДНК для
набора реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom
Amplicon Kit Dx составляет 50 нг, 25 нг и 100 нг - это соответственно нижний и верхний
пределы внесения, обеспечивающие соответствие заявленным рабочим характеристикам.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Таблица 1.
вариантов
Результаты РРА для каждого варианта вносимой ДНК по типу
14 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 19 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'^^ 550Dx
Вносимое
количество
ДНК (иг)
Тип
варианта
Ожидаемые
варианты
ТР FN Нераспознанные
варианты
РРА (%)
12 SNV 2412 2381 31 0 98,7
25 2404 8 0 99,7
50 2403 9 0 99,6
100 2412 0 0 100
250 2412 0 0 100
12 Инсерция 808 784 3 21 99,6
25 781 5 22 99,4
50 786 2 20 99,8
100 786 0 22 100
250 786 0 22 100
12 Делеция 758 732 12 14 98,4
25 737 7 14 99,1
50 742 2 14 99,7
100 744 0 14 100
250 744 0 14 100
Таблица 2. NPA для каждого варианта вносимой ДНК
Вносимое количество ДНК
(иг)
TN FP Референтное
значение
нераспознанных
вариантов
NPA (%)
12 430940 4 26 >99,9
25 430936 0 34 100
50 430936 2 32 >99,9
100 430942 0 28 100
250 430942 0 28 100
FFPE (Соматические варианты)
Для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx был установлен диапазон
количества вносимой ДНК из фиксированных формалином, залитых в парафин образцов
(FFPE) при приготовлении библиотек с помощью набора реагентов для создания
«библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах
исполнения при использовании протокола для соматических вариантов. Диапазон
оценивали в исследовании серийных разведений трех образцов из проекта Platinum
Genome при репрезентативном анализе, направленном на множество генов с охватом 12
588 оснований в 23 различных хромосомах. Культуры клеток проекта Platinum Genome
GM12878 and GM12877 фиксировали формалином и заливали в парафин, после чего
вьщеляли ДНК. Образец GM12878 разводили образцом GM12877 так, чтобы аллельные
частоты вариантов (VAF) 81 варианта (55 SNV, 10 инсерций и 16 делеций) составляли
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 15
--- стр. 20 ---
около 0,025, 0,05 или 0,10. Кроме того, каждый образец содержал 91 вариант с более
высокими частотами вариантов, до 1,0 VAF. Образцы обрабатывали в двух повторностях
при пяти вариантах вносимого количества ДНК со средней разницей числа циклов (dCq)
2,1, 3,6, 4,6, 6,0 и 7,8, как измерено с помощью набора реагентов для оценки качества
геномной ДНК, вьщеленной из образцов тканей, фиксированных в формалине, и
заключенных в парафиновые блоки TruSeq™ Custom Amplicon Dx FFPE QC Kit. Каждую
библиотеку секвенировали на двух секвенаторах нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx с
использованием двух партий набора реагентов ИВД NextSeq^*^ 550Dx v2, 300 циклов
(NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)). Для определения точности,
генотипы образцов сравнивали с Platinum Genomes, версия 2016-1.0. Значения РРА для
каждого варианта (SNV, инсерции и делеции) приведены в таблице 3, значения NPA
приведены в таблице 4. Рекомендуемое количество вносимой ДНК для вариантов с 0,05
VAF или выше - dCq < 4, значение 4,6 является нижним пределом для соответствия
рабочим характеристикам.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq” ^^ 550Dx
Таблица 3. Результаты РРА для каждого количества вносимой ДНК по типу
вариантов
Среди
ее
значен
ие dCq
Тип
вариан
та
Ожидаем
ые
вариант
ы
Ожидаемое
значение
нераспознан
ных
Целевое разведение VAF
0,025 0,05 0,10
Нераспознан
ные
варианты
Р Р
А
(%
)
Нераспознан
ные
варианты
Р Р
А
(%
Нераспознан
ные
варианты
Р Р
А
(%
)
2,1 SNV 808 Неприменимо. 196 100 0 100 0 100
3,6 250 99,3 4 100 0 100
4,6 251 94,6 51 99,2 5 100
6,0 257 65.3 213 91,4 100 100
7,8 254 69,3 185 90,7 100 100
2.1 Инсерци
я
264 8 66 96,5 8 100 8 100
3,6 62 97,0 8 100 8 100
4,6 48 96,3 21 100 8 100
6,0 40 80,4 47 98,2 24 95,8
7,8 57 87,0 56 96,2 31 100
2,1 Делеция 304 16 58 100 16 100 16 100
3,6 80 100 16 100 16 100
4,6 65 95,4 28 100 16 100
6,0 78 74,8 105 94,0 36 100
7,8 76 75,0 79 95,1 57 98,8
Таблица 4. NPA для каждого количества вносимой ДНК
16 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 21 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq” ^^ 550Dx
Среднее
значение
dCq
Ожидаемый
дикий тип
Целевое разведение VAF
0,025 0,05 0,10
Референтное
значение
нераспознанных
вариантов
NPA
(%)
Референтное
значение
нераспознанных
вариантов
NPA
(%)
Референтное
значение
нераспознанных
вариантов
NPA
(%)
2,1 93688 344 100 260 100 324 100
3,6 400 100 332 100 380 100
4.6 1308 100 1336 100 784 100
6,0 3900 >99,9 3296 >99,9 2996 100
7,8 3020 >99,9 2880 >99,9 2448 >99,9
Аналитическая чувствительность (уровень фона [предел холостой пробы, LoB] и
предел обнаружения [LoD])
Настоящее исследование было проведено для оценки уровня фона (предела холостой
пробы, LoB) и предела обнаружения (LoD) модуля для соматических вариантов
секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq"^^ 550Dx. Исследование проводили с помощью
репрезентативного анализа, направленного на множество генов с охватом 12 588
оснований в 23 различных хромосомах. Культуры клеток проекта Platinum Genome
GM12878 и GM12877 фиксировали формалином и заливали в парафин, после чего
выделяли ДНК. Образец GM12878 разводили образцом GM12877 так, чтобы частоты
вариантных аллелей 74 вариантов (53 SNV, 7 вставок и 14 делеций) составляли 0,05 ±
0,02. Прогоны секвенирования GM12877 и разведения GM12878 (GM12878-D) начинали в
тесть последовательных дней на одном приборе, чередуя две партии набора реагентов
ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^'^ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300
cycles)), всего тесть прогонов секвенирования. В результате этого анализа для каждой
партии реагентов получено по 60 повторностей для каждого варианта в GM12878-D и по
72 повторности для каждой соответствующей координаты дикого типа в GM 12877. LoB и
LoD рассчитывали, используя классический подход, как описано в CLSI ЕР17-А2,
используя непараметрический метод. LoB и LoD рассчитывали для SNV, инсерций и
делеций по отдельности путем объединения частот вариантов данного типа. Отибку типа
I определили, как 0,01, а отибку типа II - как 0,05.
При расчете LoB объединенные частоты вариантов были отсортированы от наименьшего
к наибольшему, и была рассчитана позиция 99-го ранга для каждой партии реагентов для
каждого типа вариантов (таблица 5). Модуль для соматических вариантов использует
отсечку (эффективный LoB) 0,026 VAF для определения качественного обнаружения
вариантов. Результаты расчета LoB подтвердили, что эта отсечка приводит к ошибке типа
I не более 0,01.
Таблица 5. Г редел холостого образца (LoB)
Тип варианта Всего наблюдений LoB - партия реагентов 1
(%)
LoB - партия реагентов 2
(%)
SNV 3816 0,77 0,77
Вставка 504 0,56 0,56
Делеция 1008 1,20 1,20
Для LoD был рассчитан процент частоты индивидуальных мутаций для каждой партии
реагентов для каждого типа вариантов ниже отсечки 0,026 (таблица 6). Поскольку
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 17
--- стр. 22 ---
проценты были меньше, чем ошибка типа II, равная 5% (0,05), LoD рассчитывали, как
медиану объединенных частот вариантов (таблица 6). Для каждого типа вариантов за LoD
было принято наибольшее из двух значений, рассчитанных для двух партий реагентов:
4,97% для SNV, 5,12% для инсерций и 5,26% для делеций.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Таблица <S . Предел обнаружения (LoD)
Партия
реагентов
Тип
варианта
Всего
наблюдений
№ измерений VAF
< 2,6 %
% измерений VAF
< 2,6 %
Предел
определения (%)
1 SNV 3180 53 1,7 4,94
Инсерция 420 6 1,4 5,08
Делеция 840 7 0,8 5,22
2 SNV 3180 51 1,6 4,97
Инсерция 420 5 1,2 5,12
Делеция 840 7 0,80 5,26
Точность
герминальные варианты
Для оценки точности распознавания вариантов было проведено следующее исследование
с использованием модуля для герминальных вариантов секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx и набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™
550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)). В репрезентативном анализе,
направленном на множество генов с охватом 12 588 оснований (150 ампликонов) в 23
различных хромосомах, тестировали 13 уникальных образцов из проекта Platinum
Genome. Всего было выполнено девять прогонов с использованием трех приборов для
секвенирования, трех партий реагентов тремя операторами в течение пяти первых дней.
Точность в отношении SNV, инсерций и делеций определяли путем сравнения
результатов с хорошо охарактеризованным композиционным референтным методом.
Platinum Genomes, версия 2016-1.0. Надежно установленные области определяли на
основании этого референтного метода, если не указано иное.
Таблица 7. Герминальные варианты - сводные результаты по согласованности
Критерии Всего наблюдений' Результат по наблюдениям^ Результат по
прогонам^
РРА для SNV 819 98,7 >99,9
РРА для вставок 819 95,0 98,9
РРА для делеций 819 100 100
NPA 819 100 100
ОРА 819 >99,9 >99,9
‘Рассчитывается как число образцов на прогон (91) х число прогонов (9) = 819.
^Наименьшее наблюдаемое значение для повторностей образца в 9 прогонах.
^Наименьшее значение при анализе данных всех прогонов в совокупности.
В таблице 8 приведены данные исследования с процентом согласованности
положительных и отрицательных результатов для каждого образца, результаты вариантов
сравнены с данными Platinum Genomes, версия 2016-1.0, для расчетов РРА. Три типа
вариантов (SNV, инсерции и делеции) объединены. Поскольку референтный метод
предоставляет результаты только для вариантов с заменами и инсерциями/делециями
одного нуклеотида, для расчетов NPA результаты невариантных оснований сравнивали с
референтной последовательностью генома человека hgl9.
Таблица 8. Герминальные варианты - согласованность для образца
18 1 Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 23 ---
Секвенатор ну 1Слеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Образец
Средний
уровень
распознавания
Ожидаемые
варианты' ТР FN Нераспознанные
варианты TN FP РРА NPA ОРА
NA12877 >99,9 4788 4788 0 0 756762 0 100 100 100
NA12878 >99,9 8505 8379 1 125 751464 0 >99,9 100 >99,9
NA12879 >99,9 6048 5985 5 58 757701 0 99,9 100 >99,9
NA12880 >99,9 6993 6930 0 63 757638 0 100 100 100
NA12881 >99,9 7875 7811 3 61 751653 0 >99,9 100 >99,9
NA12882 >99,9 6300 6174 3 123 754803 0 >99,9 100 >99,9
NA12883 >99,9 7119 7056 0 63 751905 0 100 100 100
NA12884 >99,9 7182 7119 6 57 754146 0 99,9 100 >99,9
NA12885 >99,9 7686 7560 2 124 754173 0 >99,9 100 >99,9
NA12886 >99,9 7245 7182 7 56 752469 0 99,9 100 >99,9
NA12887 >99,9 7119 7119 0 0 750645 0 100 100 100
NA12888 >99,9 6804 6804 0 0 756065 0 100 100 100
NA12893 >99,9 7434 7371 1 62 750015 0 >99,9 100 >99,9
Суммарное число вариантов во всех повторностях образцов в 9 прогонах.
В таблице 9 приведены данные исследования по образцам, результаты для вариантов
сравнены с результатами хорошо охарактеризованного референтного композитного
метода. Для каждого типа вариантов - SNV, инсерции и делеции - выявление оценивается
отдельно. Референтные позиции исключены.
Таблица 9. Герминальные варианты - согласованность для образца по типу
S1W Инсерции Делеции
>Образец >Ожидаемое
значение
>ТР >FN >Ожидаемое
значение
>ТР >FN Ожидаемое
значение
ТР FN
NA12877 2331 2331 0 1323 1323 0 1134 1134 0
NA12878 5733 5733 0 1260 1197 1 1512 1449 0
NA12879 3591 3591 0 1323 1260 5 1134 1134 0
NA12880 4221 4221 0 1512 1512 0 1260 1197 0
NA12881 4914 4913 1 1512 1449 2 1449 1449 0
NA12882 3717 3717 0 1386 1323 3 1197 1134 0
NA12883 4284 4284 0 1449 1449 0 1386 1323 0
NA12884 4284 4284 0 1575 1512 6 1323 1323 0
NA12885 4725 4725 0 1575 1512 2 1386 1323 0
NA12886 4347 4347 0 1449 1386 7 1449 1449 0
NA12887 4284 4284 0 1323 1323 0 1512 1512 0
NA12888 4158 4158 0 1449 1449 0 1197 1197 0
NA12893 4599 4599 0 1386 1323 1 1449 1449 0
Образцы также анализировали в отношении распознавания небольших инсерций и
делений (инделов). Сводные результаты приведены в таблице 10. Число инделов в общей
сложности составило 71, их длина варьировалась от 1 до 24 п.о. для инсерций и от 1 до 25
п.о. для делеций.
Таблица 10. Сводные данные определения инделов герминальных вариантов
Тип варианта Ожидаемые варианты ТР FN Нераспознанные
варианты
РРА
Инсерция 18522 18018 27 477 99,9
Делеция 17388 17073 0 315 100
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 19
--- стр. 24 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Репрезентативный анализ включал в себя 150 ампликонов, покрывающих области с различным геномным составом. GC-состав ампликонов
варьировался в диапазоне 0,19-0,87. Ампликоны содержали повторы одного нуклеотида (т.е. поли(А), поли(Т)...), динуклеотидов и
тринуклеотидов. Данные компилировали для каждого ампликона (таблица 11), чтобы определить влияние геномного состава на процент
правильных распознаваний. Процент правильных распознаваний включает в себя распознанные и референтные варианты и составляет менее
100 % при наличии неправильньк распознаваний или нераспознанных вариантов.
Таблица 11, Герминальные варианты - точность на уровне ампликона
Амплико Хромосом
н а
Начало Конец
ампликон ампликон
а а
Размер
анализируемо
го фрагмента
Основания в Геномны
надежно й состав
установленн ампликон
ых областях а
GC-
соста
в
тт Неправильно,,Правильное Не
распознавай
не распознавай
не
распознан
о
%
правильных
распознавани
й
1 1 36450499 36450591 93 93 Индел 0,22 76167 0 0 100
2 1 109465122 109465200 79 79 Поли А
(5), Поли
С (5),
индел
0,38 64701 0 0 100
3 1 218353867 218353957 91 91 Индел 0,4 74529 0 0 100
4 1 223906657 223906748 92 92 Индел 0,49 75348 0 0 100
5 1 228526602 228526682 81 81 Поли G (5) 0,69 66339 0 0 100
6 1 236372039 236372108 70 70 Поли Т
(10),
индел
0,39 57330 0 0 100
7 1 247812041 247812128 88 88 Поли А
(5),СТ(3),
ТАА(З),
индел
0,27 72072 0 0 100
8 2 55862774 55862863 90 90 Индел 0,28 73710 0 0 100
9 2 87003930 87004009 80 80 Индел 0,38 65520 0 0 100
10 2 177016721 177016805 85 81 н/д 0,65 66339 0 0 100
11 2 186625727 186625801 75 75 Поли А (8) 0,35 61425 0 0 100
12 2 190323504 190323591 88 88 Поли Т (5) 0,42 72072 0 0 100
13 2 200796740 200796826 87 87 Поли Т
(5), индел
0,31 71253 0 0 100
20 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022
--- стр. 33 ---
Соматические варианты
Описываемое исследование было проведено для установления точности распознавания
вариантов модулем для соматических вариантов секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx при использовании набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)).
В этом исследовании использовали репрезентативный метод, направленный на множество
генов с охватом 12 588 оснований (150 ампликонов) в 23 различных хромосомах. ДНК
выделяли из образцов FFPE проекта Platinum Genome с получением шести уникальных
образцов для оценки в исследовании.
Образец ДНК GM12877 разводили образцом ДНК GM12878 для получения GM12877-D5
и GM12877-D7 как набора уникальных гетерозиготных вариантов с вариантами частот
около 5% и 7%. Образец ДНК GM12878 аналогичным образом разводили образцом ДНК
GM12877 для получения GM12878-D5 и GM12878-D7. Каждый из образцов тестировали в
трех повторностях, за исключением разведенных образцов, которые тестировали в шести
повторностях. Всего было выполнено девять прогонов с использованием трех приборов
для секвенирования, трех партий реагентов тремя операторами в течение пяти первых
дней. Точность в отношении SNV, инсерций и делеций определяли путем сравнения
результатов с хорошо охарактеризованным композиционным референтным методом.
Platinum Genomes, версия 2016-1.0. Надежно установленные области определяли на
основании этого референтного метода, если не указано иное.
Таблица 13. Соматические варианты - сводные данные по согласованности
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Критерии Всего наблюдений' Результат по наблюдениям^ Результат по
прогонам^
РРА для SNV 378 98,9 99,9
РРА для инсерций 378 96,9 99,9
РРА для делеций 378 97,1 99,9
NPA 378 >99,9 >99,9
ОРА 378 >99,9 >99,9
‘Рассчитывается как число образцов на прогон (42) х число прогонов (9) = 378.
^Наименьшее наблюдаемое значение для повторностей образца в 9 прогонах.
^Наименьшее значение при анализе данных всех прогонов в совокупности.
В таблице 14 приведены данные исследования в отношении процентной согласованности
положительных и отрицательных результатов по образцам, результаты для вариантов
сравнены с результатами хорошо охарактеризованного референтного метода. Три типа
вариантов (SNV, инсерции и делеции) объединены. Поскольку референтный метод
предоставляет результаты только для вариантов с заменами и инсерциями/делециями
одного нуклеотида, для расчетов NPA результаты невариантных оснований сравнивали с
референтной последовательностью генома человека hgl9.
Таблица 14. Соматические варианты - согласованность для образца
Образец
Средний
уровень Ожидаемое Нераспознанные
значение варианты FP РРА NPA ОРА
GM12877 98,7 2052 2025 0 27 318682 15 100 >99,9 >99,9
GM12878 98,8 3645 3564 0 81 317645 0 100 100 100
GM12879 99,8 2592 2538 0 54 323614 2 100 >99,9 >99,9
GM12884 99,8 3078 3024 0 54 322038 5 100 >99,9 >99,9
GM12885 99,8 3294 3213 0 81 322121 0 100 100 100
GM12888 99,8 2916 2889 0 27 323048 2 100 >99,9 >99,9
GM12877-
D5
99,8 9288 8930 0 358 630621 0 100 100 100
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 29
--- стр. 34 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx
Средний
Образец уровень
распознавания
Ожидаемое Нераспознанные
значение варианты FP РРА N P A О РА
GM12877-
D7
99,7 9288 9032 0 256 629719 0 100 100 100
GM12878-
D5
99,5 9288 8699 42 547 628582 0 99,5 100 >99,9
GM12878-
D7
99,7 9288 9108 0 180 629803 0 100 100 100
В таблице 15 приведены данные исследования по образцам, результаты для вариантов
сравнены с результатами хорошо охарактеризованного референтного метода. Для каждого
типа вариантов - SNV, инсерции и делеции - выявление оценивается отдельно.
Референтные позиции исключены.
Таблица 15.
вариантов
Соматические варианты • согласованность для образца по типам
SNV Инсерции Делеции
Образец Ожидаемое
значение ТР FN Ожидаемое
значение ТР FN Ожидаемое
значение ТР FN
GM12877 999 999 0 567 567 0 486 459 0
GM12878 2457 2457 0 540 513 0 648 594 0
GM12879 1539 1539 0 567 540 0 486 459 0
GM12884 1836 1836 0 675 648 0 567 540 0
GM12885 2025 2025 0 675 648 0 594 540 0
GM12888 1782 1782 0 621 621 0 513 486 0
GM12877-D5 5454 5392 0 1782 1647 0 2052 1891 0
GM12877-D7 5454 5406 0 1782 1728 0 2052 1898 0
GM12878-D5 5454 5192 28 1782 1651 9 2052 1856 5
GM12878-D7 5454 5445 0 1782 1719 0 2052 1944 0
Десять образцов далее анализировали в отношении распознавания небольших инсерций и
делений (инделов) (таблица 16). Число инделов в общей сложности составило 71, их
длина варьировалась от 1 до 24 п.о. для инсерций и от 1 до 25 п.о. для делеций.
Таблица 16. Сводные данные - соматические ва рианты, выявление инделов
Тип варианта Ожидаемые варианты ТР FN Нераспознанные
варианты
РРА
Инсерция 10773 10282 9 482 99,2
Делеция 11502 10667 5 830 >99,9
30 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 35 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Для покрытия областей с различным геномным составом были разработаны 150 ампликонов. GC-состав ампликонов варьировался в
диапазоне 0,19-0,87. Ампликоны также содержали повторы одного нуклеотида (т.е. поли(А), поли(Т)...), динуклеотидов и тринуклеотидов.
Данные компилировали для каждого ампликона (таблица 17), чтобы определить влияние геномного состава на процент правильных
распознаваний. Процент правильных распознаваний включает в себя распознанные и референтные варианты и составляет менее 100 % при
наличии неправильных распознаваний или нераспознанных вариантов.
Таблица 17, Соматические варианты - точность на уровне ампликона
Амплико Хромосом
н а
Начало Конец
ампликон ампликон
а а
Основания в
надежно
Геномны
й составРазмер
анализируемоrj установленн ампликон го фрагмента _А 1 ■ W ЖЧ ^ rw ЖЧ Л'Т'ГЧ V
ых областях а
GC-
соста
в
„ Неправильно ..Правильное Не
распознанраспознавай
ие распознавай
ие
%
правильных
распознавани
й
1 1 36450499 36450591 93 93 Индел 0,22 35066 0 88 99,7
2 1 109465122 109465200 79 79 Поли А
(5), Полис
(5), индел
0,38 29827 0 35 99,9
3 1 218353867 218353957 91 91 Индел 0,4 34202 0 283 99,2
4 1 223906657 223906748 92 92 Индел 0,49 34613 0 163 99,5
5 1 228526602 228526682 81 81 Поли G (5) 0,69 30571 0 47 99,8
6 1 236372039 236372108 70 70 Поли Т
(10),
индел
0,39 26452 0 8 100,0
7 1 247812041 247812128 88 88 Поли А
(5), СТ(3),
ТАА(З),
индел
0,27 33148 0 116 99,7
8 2 55862774 55862863 90 90 Индел 0,28 33928 0 92 99,7
9 2 87003930 87004009 80 80 Индел 0,38 30218 0 22 99,9
10 2 177016721 177016805 85 81 н/д 0,65 30616 0 2 >99,9
11 2 186625727 186625801 75 75 Поли А (8) 0,35 28017 0 499 98,3
12 2 190323504 190323591 88 88 Поли Т (5) 0,42 33207 0 57 99,8
13 2 200796740 200796826 87 87 Поли Т
(5), индел
0,31 32524 9 718 97,8
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 3
--- стр. 43 ---
Результаты секвенирования образца GM12878 сравнивали с надежно установленным
Национальным институтом стандартов и технологий (National Institutes of Standards and
Technology, NIST) (v.2.19) генотипом NA12878. Из 150 ампликонов 92 ампликона
полностью лежали в надежно установленных областях генома, 41 ампликон частично
перекрывался с ними, а 17 ампликонов не перекрывались с последовательностью NIST.
Это привело к 10000 координат на повторность для сравнения. Невариантные
распознавания сравнивали с эталонной последовательностью генома человека, сборкой
hgl9. Результаты в отношении точности представлены в таблице 18.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Таблица 18. Согласованность соматических вариантов в образце GM12878 с базой
данных NIST
Образец Число
ампликонов
Средний
уровень
распознавания
ТР FN TN FP РРА NPA ОРА
GM12878 133 98,8 2808 0 258488 0 100 100 100
На основании данных этого исследования соматических вариантов в 9 прогонах,
секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx позволяет получать согласованные
данные секвенирования при следующем составе:
378 секвенированных
правильно, уровень
378 секвенированных
правильно, уровень
GC-состав > 19 % (все распознанные основания в
ампликонах с GC-составом в 19 % распознаны
нераспознавания составил 2,6 %)
GC-состав < 87 % (все распознанные основания в
ампликонах с GC-составом в 87 % распознаны
нераспознавания составил 0,6 %)
Поли-А длиной < 9 (все распознанные основания в 378 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-А длиной 9 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 2,5 %)
Поли-Т длиной < 10 (все распознанные основания в 378 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-Т длиной 10 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 0,1 %)
Поли-G длиной < 6 (все распознанные основания в 2268 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-G длиной 7 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 0,5 %)
Поли-С длиной < 6 (все распознанные основания в 756 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-С длиной 6 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 0,4 %)
Повторы динуклеотидов длиной < 4х (все распознанные основания в 1890
секвенированных ампликонах, содержащих повторы динуклеотидов длиной 4х,
распознаны правильно, уровень нераспознавания составил 0,9 %)
Повторы тринуклеотидов длиной < 5х (все распознанные основания в 378
секвенированных ампликонах, содержащих повторы тринуклеотидов длиной 5х,
распознаны правильно, уровень нераспознавания составил 1,4 %)
Инделы длиной < 23 (все распознанные основания в 378 секвенированных
ампликонах, содержащих инделы длиной 23 основания, распознаны правильно,
уровень нераспознавания составил 0,8 %)
Делении длиной < 25 (все распознанные основания в 1134 секвенированных
ампликонах, содержащих делеции длиной 25 оснований, распознаны правильно,
уровень нераспознавания составил 0,7 %)
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 39
--- стр. 44 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx
Прецизионность
Прецизионность секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq” ^^ 550Dx определяли путем
тестирования 13 уникальных образцов проекта Platinum Genome с использованием трех
приборов, трех партий реагентов тремя операторами при генерировании девяти
последовательностей за пять дней прогонов. Репрезентативный анализ, образцы и
референтный метод - те же, как описано для исследования точности при анализе
герминальных вариантов. Прецизионность определяли с помощью дисперсионного
анализа компонентов с использованием VAF в качестве переменной отклика и расчета
стандартных отклонений на уровне компонентов для прибора, партии реагентов,
оператора и дня начала прогона (таблица 19). Общее число наблюдений, использованных
в анализе для каждого компонента изменчивости инструмента, оператора и партии
реагента, составило 699, 176 и 235 для SNV, инсерций и делеций, соответственно.
Таблица 19. Результаты анализа прецизионности секвенатора нуклеиновых кислот
Компонент SD Всего SD
Компонент Тип варианта Мах Медиана Мах Медиана
Партия SNV 0,0076 0,0002 0,0833 0,0154
Инсерция 0,0104 0,0000 0,0410 0,0157
Деления 0,0046 0,0005 0,0560 0,0187
Прибор SNV 0,0114 0,0003 0,0840 0,0153
Инсерция 0,0138 0,0009 0,0407 0,0161
Делеция 0,0079 0,0008 0,0549 0,0187
Оператор SNV 0,0226 0,0008 0,0841 0,0155
Инсерция 0,0344 0,0010 0,0417 0,0164
Делеция 0,0083 0,0013 0,0547 0,0187
День SNV 0,0277 0,0012 0,0825 0,0160
Инерция 0,0235 0,0012 0,0409 0,0169
Делеция 0,0271 0,0014 0,0548 0,0188
Сравнение методов (платформа для секвенирования)
Образцы из цельной крови и FFPE оценивали на секвенаторе нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx и генетическом секвенаторе MiSeqDx с использованием протоколов для
герминальных и соматических вариантов набора реагентов для создания «библиотеки»
нуклеиновых кислот ИВД TruSeq^*'^ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения.
Согласованность в отношении частоты вариантов для образцов крови и FFPE оценивали
при использовании нескольких репрезентативных анализов. На рисунке 2 показана
корреляция VAF между двумя приборами для одного репрезентативного анализа, а в
таблице 20 показана корреляция по панели анализа. На основании сильной корреляции
между генетическим секвенатором MiSeqDx и секвенатором нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx рабочие характеристики, связанные с преаналитическими факторами (в
т.ч. методами выделения или присутствием посторонних веществ), определены как
применимые к обоим приборам. Дополнительную информацию см. в инструкции по
применению для набора реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД
TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx в вариантах исполнения.
40 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 45 ---
Рисунок 2. Корреляция VAF генетического секвенатора MiSeqDx и секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx для образцов FFPE (слева) и крови (справа)
при использовании метода 1
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^''^ 550Dx
MiSeqDx (VAF)
0.1 0.2 0,3 04 0 5 06 07 08 09 1
MiSeqDx (VAF)
Таблица 20. Сравнение результатов метода при использовании уникальных
Источи
ик
гДНК
Анализ(панель
олигонуклеотид
ов)
Биологическ
ие
повторности
(образцы)
Техническ
ие
повторное
ти (на
образец)
Наблюден
ИЯ (число
вариантов
)
Накло
и
Точка
пересечен
ия
Корреляц
ИЯ (R^)
Кровь Анализ ] 45 2 83691 0,992 0,002 0,9952
Кровь Анализ 2 45 2 5457 0,995 0,005 0,981
FFPE Анализ 1 46 2 8319 0,993 0,000 0,9972
FFPE Анализ 3 40 1 280 0,969 0,015 0,978
'Два значения были удалены на основании указанного ограничения модуля для герминальных вариантов.
^Коэффициент смешанной корреляции для графиков VAF, как показано на рисунке 2.
Воспроизводимость
Воспроизводимость результатов, полученных с помощью секвенатора нуклеиновых
кислот NextSeq™ 550Dx оценивали при тестировании образцов Platinum Genome с
помощью репрезентативного анализа, направленного на множество генов с охватом 12
588 оснований (150 ампликонов) в 23 различных хромосомах. Тестирование
герминальных вариантов включало семь повторностей 13 образцов; исследование
соматических вариантов - шесть повторностей семи образцов разных VAF. Образцы
готовили с использованием набора реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых
кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения.
Тестирование проводили в трех внещних лабораториях с использованием одной партии
набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)). В каждой лаборатории использовали один секвенатор
нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx. В каждой лаборатории исследования проводили
два оператора. Каждый оператор выполнил тестирование в течение трех
непоследовательных дней начала прогона для каждого типа образца, в общей сложности
36 прогонов в трех лабораториях. В результате этого тестирования бьшо проведено 18
прогонов для каждого протокола (для герминальных и соматических вариантов).
Герминальные варианты
Герминальные варианты с VAF > 0,2 сообщаются как положительные (вариант). Для
ожидаемых положительных герминальных вариантов данные оценивали для уровней
нераспознавания и правильного положительного распознавания для каждого типа
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 41
--- стр. 46 ---
варианта (SNV, инсерция, делеция). В таблице 21 приведены наблюдаемые уровни вместе
с нижней и верхней границами 95% доверительного интервала (LCL/UCL),
рассчитанными с использованием метода Уилсона для каждого типа варианта.
Таблица 21. Наблюдения распознавания герминальных вариантов для ожидаемых
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq"^^ 550Dx
Тип
варианта
Не распознано Правильное положительное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент Полученный
результат
Всего Процент 95%
LCL
95%
UCL
SNV 16 110 376 0,014 110 349 110 360 99,99 99,98 99,99
Инсерции 1026 37 044 2,77 36 018 36 018 100 99,99 100,00
Делеции 648 34 776 1,86 34 128 34 128 100 99,99 100,00
Герминальные варианты с уровнями VAF < 0,2 сообщаются как отрицательные (дикого
типа). Для ожидаемых отрицательных позиций герминальных вариантов данные
оценивали для уровней нераспознавания и правильного распознавания дикого типа. В
таблице 22 приведены наблюдаемые уровни вместе с нижней и верхней границами 95%
доверительного интервала (LCL/UCL), рассчитанными с использованием метода Уилсона.
Таблица 22. Наблюдения распознавания герминальных вариантов для ожидаемых
отрицательных результатов
Тип
варианта
Не распознано Правильное отрицательное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент Полученный
результат
Всего Процент 95%
LCL
95%
UCL
Дикий тип 4883 19600182 0,025 19595299 19595299 100 100,00 100,00
Герминальные варианты с VAF > 0,2 и <0,7 расцениваются как положительные
гетерозиготные по варианту, а варианты с уровнем VAF > 0,7 - как положительные
гомозиготные по варианту. Для определения того, повлияет ли внутренняя вариабельность
метода на распознавание генотипа, использовали образцы с гетерозиготными
герминальными вариантами. Сх определяли для обоих отсечений (0,2 для гетерозиготных
и 0,7 для гомозиготньк генотипов), где х - доля повторных тестов, значения которых
превышают уровень отсечения. Для нижнего отсечения, 0,2 VAF, Сх был > 99,999%, что
указывает на то, что 99,999% гетерозиготных вариантов будут расценены как
гетерозиготные. Для верхнего отсечения, 0,7 VAF, Сх был < 0,001%, что указывает на то,
что < 0,001% гетерозиготных вариантов будут расценены как гомозиготные. В таблице 23
результаты обобщены по типу вариантов.
Герминальные варианты с VAF > 0,2 и <0,7 расцениваются как положительные
гетерозиготные по варианту, а варианты с уровнем VAF > 0,7 - как положительные
гомозиготные по варианту. Для определения того, повлияет ли внутренняя вариабельность
метода на распознавание генотипа, использовали образцы с гетерозиготными
герминальными вариантами. Сх определяли для обоих отсечений (0,2 для гетерозиготных
и 0,7 для гомозиготных генотипов), где х - доля повторньк тестов, значения которых
превышают уровень отсечения. Для нижнего отсечения, 0,2 VAF, Сх был > 99,999%, что
указывает на то, что > 99,999 % гетерозиготных вариантов будут расценены как
гетерозиготные. Для верхнего отсечения, 0,7 VAF, Сх был < 0,001%, что указывает на то,
что < 0,001% гетерозиготных вариантов будут расценены как гомозиготные. В таблице 23
результаты обобщены по типу вариантов.
42 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 47 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Таблица 23. Герминальные варианты - значения Сх для гетерозиготных вариантов
Тип варианта Отсечка при ОД VAF Отсечка при 0,7 VAF
> С99,999 % < СО,001 %
SNV 94/94 94/94
Инсерции 24/24 24/24
Делеции 35/35 35/35
Всего 153 153
Соматические варианты
Соматические варианты с VAF > 0,026 сообщаются как положительные (вариант).
Наблюдения с уровнями VAF >0,01 и < 0,026 считались сомнительными в отношении
целей данного анализа (ни положительными, ни отрицательными, помеченными как
варианты с низкой частотой). Для оценки рабочих характеристик результаты
рассчитывали тремя способами:
► Наилучший случай: любой сомнительный результат считался правильным
положительным распознаванием (соответствие ожидаемому результату)
► Наихудший случай: любой сомнительный результат считался неправильным
распознаванием (несоответствие ожидаемому результату)
► Случай с исключением: все сомнительные результаты исключали из анализа.
В трех таблицах, таблице 24, таблице 25 и таблице 26, обобщены результаты
распознавания для наилучшего случая, наихудшего случая и случая с исключением,
соответственно, вместе с нижней и верхней границами 95% доверительного интервала
(LCL/UCL), рассчитанными с использованием метода Уилсона.
Таблица 24. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
положительных результатов (наилучший случай)
Тип варианта Правильное положительное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент 95 % LCL 95 % UCL
SNV 54 346 54 346 100 99,99 100,00
Инсерции 18 036 18 036 100 99,98 100,00
Делеции 18 381 18 381 100 99,98 100,00
Таблица 25. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
Тип варианта Правильное положительное распознавание
Полученный результат Всего Процент 95 % LCL 95 % UCL
SNV 54 346 54 346 100 99,99 100,00
Инсерции 18 000 18 036 99,8 99,72 99,86
Делеции 18 381 18 381 100 99,98 100,00
Таблица 26. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
положительных результатов (исключение сомнительных распознаваний) ___________
Тип варианта Правильное положительное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент 95 % LCL 95 % UCL
SNV 54 346 54 346 100 99,99 100,00
Инсерции 18 000 18 000 100 99,98 100,00
Делеции 18 381 18 381 100 99,98 100,00
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 43
--- стр. 48 ---
Соматические варианты с VAF < 0,01 сообщаются как отрицательные (дикого типа). Для
ожидаемых отрицательных позиций соматических вариантов данные оценивали для
уровней нераспознавания и правильного распознавания дикого типа. Правильные
распознавания дикого типа определяли путем исключения нераспознаваний и вычитания
наблюдаемых распознаваний, попавших в сомнительную зону (уровни VAF > 0,01 и
<0,026), а также неправильных распознаваний выше отсечения (уровни VAF > 0,026) из
общего числа. В таблице 27 обобщены наблюдаемые результаты, всего и в процентах, для
отрицательных позиций соматических вариантов для уровня нераспознавания и
правильного распознавания дикого типа вместе с нижней и верхней границами 95%
доверительного интервала (LCL/UCL), рассчитанными с использованием метода Уилсона.
Таблица 27. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
отрицательных результатов
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'^^ 550Dx
Тип
вариан
та
Не распознано
Правильное
распознавай
не
Полученн
ый
результат
Веет
О
Проце
нт
Сомнительн
ые
результаты
Неправиль
но
Правиль
но
Всег
О
Проце
нт
95%
LCL
95%
UCL
Дикий 36 326 8 0,408 2254 121 8 870 975 8 99,97 99,97 99,97
тип 909 873 2 4
676 350
Для определения С95 анализа (в пределах каждого типа варианта) оценивали образцы
соматических вариантов с разными VAF. Для оценки изменчивости вблизи отсечения
использовали образцы с ожидаемыми VAF между 0,02 и 0,07. С95 определяли для
каждого варианта, наивысщее значение С95 для каждого типа вариантов представлено в
таблице 28.
Таблица 28. Соматические варианты - сводные результаты по С95
Тип варианта N С95
SNV 74 0,0613
Инсерция 24 0,0573
Деления 33 0,0575
Рабочие характеристики набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5,
300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Юt v2,5 (300 cycles))
Общие сведения
Два типа наборов реагентов предназначены для работы с секвенатором нуклеиновых
кислот NextSeq'*'^* 550Dx: набор реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов
(NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)) и набор реагентов ИВД
NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300
cycles)). Чтобы продемонстрировать, что набор реагентов ИВД NextSeq^^ 550Dx v2.5, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) может соответствовать
требованиям к рабочим характеристикам, проверенным и подтвержденным для набора
реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit
v2 (300 cycles)), провели исследования с набором реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5,
300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)). Используя набор
реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom
Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения, приготовили две библиотеки, одну с
использованием протокола для герминальных вариантов, и одну - с использованием
протокола для соматических вариантов. Библиотеки, приготовленные с использованием
44 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 49 ---
обоих рабочих процессов, тестировали, используя три партии набора реагентов ИВД
NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300
cycles)) и три секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'*"'^ 550Dx. Кроме того,
тестирование каждого протокола включало один прогон с использованием набора
реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit
v2 (300 cycles)).
Аналитическая чувствительность (уровень фона (предел холостой пробы, LoB| и
предел обнаружения |LoD])
Верификация набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx
High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)) показала, что секвенатор нуклеиновых кислот
NextSeq’*''^ 550Dx может обнаруживать варианты при 0,05 VAF с ошибкой типа II < 0,05 и
что отсечение 0,026 VAF, используемое модулем соматических вариантов (эффективный
LoB), поддерживает ошибку типа I < 0,01. На основании этих результатов ожидается, что
результаты варианта с VAF 0,05 больше или равны результатам варианта с VAF 0,026 в
95% случаев и что VAF позиции дикого типа менее 0,026 в 99% случаев. Чтобы
убедиться, что эти требования выполняются при использовании набора реагентов ИВД
NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq^*^ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300
cycles)), были проведены повторные измерения на секвенаторе нуклеиновых кислот
NextSeq^^* 550Dx с образцами дикого типа (образцы LoB) и с образцами, содержащими
варианты с VAF 0,05 (образцы LoD) с использованием набора реагентов ИВД NextSeq^*^
550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)).
Затем доли распознаваний при VAF выше или ниже 0,026 сравнивали с таковыми,
установленными для набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^” ^
550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)).
Тестирование включало два образца LoD, каждый с уникальным набором вариантов с
целевым значением VAF 0,05, и соответствующие образцы LoB с целевыми вариантами
дикого типа. При приготовлении библиотек образцы LoD и LoB обрабатывали в
повторностях по восемь и семь соответственно с использованием набора реагентов для
создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx.
Первоначально библиотеки секвенировали с использованием набора реагентов ИВД
NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^'^ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles))
для идентификации вариантов/координат генома для оценки LoB/LoD при использовании
набора реагентов ИВД NextSeq^^ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2.5 (300 cycles)). Bee варианты со средним значением VAF между 0,045 -
0,055 (варианты LoD) по результатам использования набора реагентов ИВД NextSeq™
550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)))
использовали для анализа LoD (N = 51 вариант). При анализе LoB оценивали 51
соответствующую координату генома.
Для оценки набора реагентов ИВД NextSeq^'^ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx
High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) библиотеки секвенировали в трех прогонах в
течение трех последовательных дней с использованием одного и того же инструмента, и
партии набора реагентов. Объем тестирования составил 24 повторности для каждого из 51
варианта LoD и 21 повторность для каждой из соответствующих позиций дикого типа.
Доля распознаваний вариантов дикого типа с VAF < 0,026 представлена в таблице 29.
Доля распознаваний вариантов LoD с VAF больше или равной 0,026 представлена в
таблице 30.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*"'^ 550Dx
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 45
--- стр. 52 ---
уникальных гетерозиготных вариантов). Сх определяли для обоих отсечений модуля для
герминальных вариантов (0,2 для гетерозиготных и 0,7 для гомозиготных генотипов), где
X - доля повторных тестов, значения которых превышают уровень отсечения. Для нижнего
отсечения, 0,2 VAF, доля вариантов с минимальным значением Сх для набора реагентов
ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5
(300 cycles)) составила > 99,9%, что указывает на то, что > 99,9% гетерозиготных
вариантов будут квалифицированы как гетерозиготные. Для верхнего отсечения, 0,7 VAF,
доля вариантов с максимальным значением Сх для набора реагентов ИВД NextSeq^*^
550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles))
составила < 1,5%, что указывает на то, что < 1,5% гетерозиготных вариантов будут
квалифицированы как гомозиготные. В таблице 33 результаты обобщены по типу
вариантов. Значения Сх в одном прогоне секвенирования с использованием набора
реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit
v2 (300 cycles)) предоставлены в качестве референтных.
Таблица 33. Герминальные варианты - значения Сх для гетерозиготных вариантов
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx
Тип варианта N Отсечка при 0,2 VAF Отсечка при 0,7 VAF
Min Сх (v2.5)^ Min Сх (v2)2 Мах Сх (v2,5V Мах Сх (v2V
SNV 94 > 99,9 % > 99,9 % 1,5 % 1,0%
Инсерции 24 100 % 100% 0% < 0,1 %
Делеции 35 100% > 99,9 % < 0,1 % < 0,1 %
'Значения Сх на основании оценок общего стандартного отклонения при анализе компонентов дисперсии.
^Значения Сх по данным стандартного отклонения для образцов.
Соматические варианты
Прецизионность набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™
550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) c модулем для соматических вариантов
оценивали с использованием образцов проекта Platinum Genome и репрезентативного
анализа. Тестирование состояло из подготовки одной библиотеки с использованием
набора реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom
Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения и включало 2 образца, восемь повторностей для
каждого. Библиотеки секвенировали с использованием трех партий набора реагентов ИВД
NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq^^ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300
cycles)) и трех секвенаторов нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx, девять прогонов в
целом.
Соматические варианты с ожидаемыми уровнями VAF < 0,10 (N = 131 уникальный
вариант) использовали для оценки вариабельности прибора вблизи значения отсечения
для соматических вариантов (соматические варианты с уровнем VAF > 0,026
распознаются как положительные). Для каждого соматического варианта определяли
значение С95. Значения С95 представляют собой значения VAF, при которых вероятность
превышения значения отсечения для соматического варианта составляет 95%. Наивысшие
значения С95 по типу вариантов приведены в таблице 34. Значения С95 при проведении
одного прогона секвенирования с набором реагентов ИВД NextSeq^^ 550Dx v2, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)) предоставлены в
качестве референтных.
Таблица 34. Соматические варианты - сводные результаты по С95
Тип варианта № оцененных вариантов С95 (v2.5)* С95 (v2f
SNV 74 0,064 0,063
Инсерции 24 0,062 0,061
Делеции 33 0,060 0,060
'Значения С95 на основании оценок общего стандартного отклонения при анализе компонентов дисперсии.
^Значения С95 по данным стандартного отклонения для образцов.
48 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 53 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Сравнение методов (набор реагентов)
Герминальные варианты
Средние значения VAF для 215 уникальных вариантов оценивали при использовании
набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)) и набора реагентов ИВД NextSeq^'^ 550Dx v2.5, 300 циклов
(NextSeq^^ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)), использовали результаты
модуля для герминальных вариантов. Среднее значение VAF рассчитано на основании 11
прогонов секвенирования (v2.5) и одного прогона секвенирования (v2). Для расчета
среднего значения для каждого варианта использовали как минимум 8 повторностей. На
рисунке 3 показана корреляция VAF между двумя наборами реагентов. На основании
выраженной линейной корреляции значений VAF и сходства результатов при
использовании обоих наборов реагентов, рабочие характеристики, первоначально
верифицированные и валидированные при использовании набора реагентов ИВД
NextSeq^” ^ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles))
c модулем для герминальных вариантов, применимы к набору реагентов ИВД NextSeq™
550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)).
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 49
--- стр. 54 ---
Рисунок 3. Корреляция частот аллелей (VAF) при использовании наборов
реагентов ИВД NextSeq^^ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^^* 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)) и наборов реагентов ИВД NextSeq^^ 550Dx v2.5, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)), модуль для
герминальных вариантов
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
v2 VAF (Среднее значение)
Соматические варианты
Средние значения VAF для 501 уникального варианта оценивали при использовании
набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)) и набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 300 циклов
(NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)), использовали результаты
модуля для соматических вариантов. Среднее значение VAF рассчитано на основании 11
прогонов секвенирования (v2.5) и одного прогона секвенирования (v2). Для расчета
среднего значения для каждого варианта использовали как минимум 3 повторности. На
рисунке 4 показана корреляция VAF между двумя наборами реагентов. На основании
выраженной линейной корреляции значений VAF и сходства результатов при
использовании обоих наборов реагентов, рабочие характеристики, первоначально
верифицированные и валидированные при использовании набора реагентов ИВД
NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles))
c модулем для соматических вариантов, применимы к набору реагентов ИВД NextSeq^^
550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)).
50 1 Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 55 ---
Рисунок 4. Корреляция частот аллелей (VAF) при использовании наборов
реагентов ИВД NextSeq^''^ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^^^ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)) и наборов реагентов ИВД NextSeq^^ 550Dx v2.5, 300
циклов (NextSeq^^ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)), модуль для
соматических вариантов
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq"^^ 550Dx
v2 VAF (Среднее значение)
История изменений
Документ Дата Описание изменений
Документ Хо
1000000030326 в.06
Май 2022 г. Обновления для исправления содержимого, случайно
добавленного из исходного программного обеспечения.
Документ Х®
1000000030326 В.05
Ноябрь 2021 г. Добавлены предупреждения и меры предосторожности в
отнощении сообщений о серьезных инцидентах.
В Принципы процедуры добавлено заявление с
указанием предполагаемого пользователя.
Удалена ссылка на набор реагентов ИВД NextSeq^*^
550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)) для секвенирования
нуклеиновьЕх кислот. Добавлена ссылка на набор
реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5, 75 циклов
(NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75
cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот.
Документ X»
1000000030326 В.04
Август 2021 г. Добавлена таблица Истории изменений. Обновлен адрес
Уполномоченного представителя ЕС.
Патенты и торговые марки
Этот документ и его содержимое являются собственностью компании «Иллюмина Инк.» (Illumina,
Inc.) и ее филиалов («Illumina») и предназначены исключительно для использования клиентами
согласно договору, в связи с использованием продукта (ов), описанного (ых) в настоящем
документе, и ни для каких-либо других целей. Этот документ и его содержимое не должны
использоваться или распространяться для каких-либо иных целей и/или иным образом,
передаваться, раскрываться или воспроизводиться каким-либо образом без предварительного
письменного согласия Illumina. Настоящим документом Illumina не передает какую-либо
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 51
--- стр. 56 ---
лицензию в соответствии со своими патентами, товарными знаками, авторскими правами или
правами общего права или аналогичные права каких-либо третьих сторон.
Инструкции в этом документе должны строго и четко соблюдаться квалифицированным и
должным образом обученным персоналом для обеспечения надлежащего и безопасного
использования продуктов, описанных в данном документе. Все содержимое этого документа
должно быть полностью прочитано и понято до использования этого (их) продукта (ов).
НЕПРОЧТЕНИЕ И НЕТОЧНОЕ ВЫПОЛНЕНИЕ ВСЕХ ИНСТРУКЦИЙ, СОДЕРЖАЩИХСЯ
ЗДЕСЬ, МОЖЕТ ПРИВЕСТИ К ПОВРЕЖДЕНИЮ ПРОДУКТА(ОВ), ТРАВМАМ ЛЮДЕЙ,
ВКЛЮЧАЯ ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ ИЛИ ДРУГИХ ЛИЦ, И ПОРЧЕ ИМУЩЕСТВА И ПРЕКРАЩАЕТ
ДЕЙСТВИЕ ГАРАНТИЙНЫХ ОБЯЗАТЕЛЬСТВ В ОТНОШЕНИИ ПРОДУКТА (ОВ).
ILLUMINA НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ В СЛУЧАЕ НЕНАДЛЕЖАЩЕГО
ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ПРОДУКТА (ОВ), ОПИСАННЫХ ЗДЕСЬ (ВКЛЮЧАЯ ИХ ЧАСТИ ИЛИ
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ).
© 2022 Illumina, Inc. All rights reserved.
Все товарные знаки являются собственностью Illumina, Inc. или их соответствующих владельцев.
Детальную информацию о торговых марках см. по ссылке www.illumina.com/company/legaI.html .
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
52 I Документ № 1000000030326 в.06 Май 2022 г.
--- стр. 57 ---
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Контактная информация
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, California 92122 U.S.A.
+ 1 800 809ILMN (4566)
+ 1 858 202 4566 (за пределами
Северной Америки)
techsupport@illurnina.com
www.illumina.com
С€
IVD
ЕС I ПЕР
Illumina Netherlands В. V.
Steenhoven 19, 5626 DK. Eindhoven,
The Netherland (Нидерланды)
Спонсор в Австралии
Illumina Australia Pty Ltd
Nursing Association
Building Level 3, 535
Elizabeth Street Melbourne,
VIC 3000
Australia (Австралия)
Маркировка продукта
Полный список символов, которые могут находиться на упаковке продукта и маркировке,
см. в описании символов по адресу support.iIlumina.com
Данное руководство по эксплуатации предназначено для Российской Федерации (РФ) и незначительно
отличается от руководства по эксплуатации для Соединенных Штатов Америки (США), различия не
затрагивают назначение и принципов процедуры медицинского изделия.
Май 2022 г. Документ № 1000000030326 в.06 | 53
--- стр. 58 ---
Перевод с английского языка на русский язык
/Большая печать штата Мэриленд/
Штат Мэриленд
Канцелярия секретаря штата
Настоящий апостиль недействителен для использования в Соединенных Штатах Америки,
на территориях и во владениях, принадлежащих данному государству.
Настоящий апостиль не удостоверяет содержание документа, в отношении которого он выдан.
Apostille (Апостиль)
(Convention de La Науе du 5 Octobre 1961 (Гаагская конвенция от 5 октября 1961 г,))
1. Страна: Соединенные Штаты Америки
Настоящий официальный документ
2. Подписан Скоттом А. Пойером (Scott А. Роуег)
3. Выступающим в качестве секретаря Окружного суда
4. Скреплен печатью/щтампом секретаря Окружного суда округа Анн-Арандел
Удостоверено
5. В г. Аннаполисе, штат Мэриленд
6. 22 сентября 2022 г.
7. Секретарем штата Мэриленд
8- За №613660
9. Место печати:
/Печать/: ПЕЧАТЬ КАНЦЕЛЯРИИ
СЕКРЕТАРЯ ШТАТА * МЭРИЛЕНД
10. Подпись:
/Подпись/
Секретарь штата
--- стр. 69 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Данный документ и его содержание являются собственностью компании «Иллюмина, Инк.» (Illumina, Inc.) и ее
отделений («Иллюмина») и предназначены для использования заказчиком исключительно по условиям
договора в связи с применением описанного(ых) в настоящем документе изделия(й), но никоим образом не
предназначены для иных целей. Использование или распространение данного документа и его содержания
для какой-либо иной цели и/или передача, раскрытие или какое-либо воспроизведение его содержания без
письменного согласия компании «Иллюмина» не допускается. Компания «Иллюмина» не передает третьей
стороне какие-либо лицензионные или иных права на данный документ, гарантированные патентом,
товарным знаком, авторским правом или законодательством.
В целях обеспечения правильного и безопасного использования описанного(ых) в настоящем документе
изделия(й) квалифицированному персоналу, прошедшему надлежащую подготовку, необходимо строго и
точно соблюдать приведенные здесь инструкции. Перед использованием такого(их) изделия(й) необходимо
полностью прочитать и понять все содержание данного документа.
НЕПОЛНОЕ ПРОЧТЕНИЕ И НЕТОЧНОЕ СЛЕДОВАНИЕ ВСЕМ СОДЕРЖАЩИМСЯ В НАСТОЯЩЕМ
ДОКУМЕНТЕ ИНСТРУКЦИЯМ МОЖЕТ ПРИВЕСТИ К ПОВРЕЖДЕНИЮ ИЗДЕЛИЯ(Й), ТРАВМИРОВАНИЮ
ПЕРСОНАЛА, ВКЛЮЧАЯ ПОЛЬЗОВАТЕЛЕЙ ИЛИ ИНЫХ СОТРУДНИКОВ, И К ПОВРЕЖДЕНИЮ ИНОГО
ИМУЩЕСТВА. И В ДАННОМ СЛУЧАЕ КАКИЕ-ЛИБО ГАРАНТИИ В ОТНОШЕНИИ ДАННОГО ИЗДЕЛИЯ(Й)
БУДУТ НЕДЕЙСТВИТЕЛЬНЫ.
КОМПАНИЯ «ИЛЛЮМИНА» НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА НЕПРАВИЛЬНОЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
ОПИСАННОГО(ЫХ) В НАСТОЯЩЕМ ДОКУМЕНТЕ ИЗДЕЛИЯ(Й) (В ТОМ ЧИСЛЕ ЕГО (ИХ) ДЕТАЛЕЙ ИЛИ
ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ).
©2021 г. Illumina. Inc. Все права защищены.
Все прочие товарные знаки являются собственностью компании «Иллюмина, Инк.» или их соответствующих
владельцев. Сведения о конкретных товарных знаках см. в документе www.illumina.com/company/legal.html.
Документ № 1000000009513 в, 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 70 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
История редакций
Документ Дата Описание изменений
Документ №
1000000009513 версия 07
Октябрь
2021 г.
Добавлен отсек для фильтра воздушного. В комплекте 3 запасных
фильтра.
Добавлен новый лоток для промывочного буфера в раздел «Выполнение
промывания вручную».
Обновлен раздел «Проверка системы», в который включены инструкции
для учетных данных пользователя LRM.
Обновлен раздел «Проверки прогонов секвенирования».
Документ №
1000000009513 версия 06
Август
2021 г.
Обновлен адрес Уполномоченного представителя ЕС.
Документ №
1000000009513 версия 05
Ноябрь
2020 г.
Обновлены требования к именам пользователей и паролям служебных
учетных записей.
Обновлена строка состояния с дополнительной информацией о цвете.
Создан новый раздел «Настройки выходной папки по умолчанию».
Добавлены примеры путей к выходным папкам.
Добавлена диагностика ошибок сетевого хранилища.
Добавлена информация об истечении срока действия пароля
Документ №
1000000009513 версия 04
Апрель
2020 г.
Обновлен адрес уполномоченного представителя ЕС.
Обновлен адрес австралийского спонсора.
Документ №
1000000009513 версия 03
Март
2019 г.
Добавлена информация о наборе реагентов версии 2.5 (75 циклов).
Документ №
1000000009513 версия 02
Январь
2019 г.
Добавлена информация о наборе реагентов версии 2.5 (300 циклов).
Обновлен перечень дополнительных ресурсов.
Следует отметить, что инструкции к опции «Локальный менеджер
прогона» (Local Run Manager) в данном руководстве предназначены для
использования прибора в диагностическом режиме.
Добавлены инструкции по переходу из исследовательского режима в
диагностический режим на основании версии контрольного программного
обеспечения NextSeq (NCS) на дисках исследовательского режима.
Кнопка «Shut Down Options» (опции отключения) исправлена на кнопку
«Reboot/Shutdown» (перезагрузка/отключение). Процедура выхода из
Windows исправлена с добавлением стадии «Reboot/Shut Down»
(перезагрузка/отключение).
Документ Ns
1000000009513 версия 01
Март
2018 г.
В раздел «Пользовательские настройки системы» (Customize System
Settings) добавлена информация о службе упреждающего мониторинга
компании «Иллюмина».
Обновлены инструкции к разделу «Замена воздушного фильтра»
(Replace Air Filter).
Ссылки на базовые файлы вызова изменены с *.Ьс1 на *.bcl.bgzf для
уточнения, что файлы являются сжатыми.
Обновлены инструкции по устранению ошибки проверки системы
«Требования к программному обеспечению» (Required Software).
Добавлена маркировка для Австралии в соответствии с нормативным
регулированием.
Документ №
1000000009513 версия 00
Ноябрь
2017 г.
Первый выпуск.
Документ № 1000000009513 в, 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 71 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Содержание
История редакций............................................................................................................................................iii
Глава 1 Общие сведения об устройстве.....................................................................................................1
Характерные особенности секвенирования............................................................................................1
Дополнительные ресурсы...............................................................................................................................1
Составные части прибора...............................................................................................................................1
Обзор набора реагентов.................................................................................................................................4
Общие сведения о наборах реагентов секвенирования.....................................................................4
Поставляемые пользователем расходные материалы и оборудование.......................................7
Глава 2 Программное обеспечение секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx ......8
Общие сведения о программном обеспечении секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550DX...............................................................................................................................................8
Общие сведения о программе Local Run M anager ............................................................................10
Пароли пользователей....................................................................................................................................15
Глава 3 Начало.................................................................................................................................................17
Запуск прибора.................................................................................................................................................17
Пользовательские настройки системы...................................................................................................18
Опции перезагрузки и отключения.........................................................................................................19
Глава 4 Секвенирование...............................................................................................................................21
Введение............................................................................................................................................................. 21
Создание прогона в программном обеспечении Local Run Manager.........................................22
Подготовка картриджа с реагентами......................................................................................................22
Подготовка проточной ячейки..................................................................................................................23
Подготовка библиотеки для секвенирования.....................................................................................23
Загрузка библиотек в картридж с реагентами....................................................................................23
Настройка прогона секвенирования....................................................................................................... 24
Отслеживание хода прогона.......................................................................................................................28
Просмотр данных прогона и образца.....................................................................................................29
Возможные состояния прогона.................................................................................................................31
Повторное выполнение или остановка анализа.................................................................................31
Автоматическое промывание после прогона.......................................................................................32
Глава 5 Техническое обслуживание.........................................................................................................34
Введение..............................................................................................................................................................34
Выполнение промывания вручную.........................................................................................................34
Замена фильтра воздушного.......................................................................................................................37
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
IV
--- стр. 72 ---
Приложение А Административные установки и задачи ...................................................................А
Введение...............................................................................................................................................................А
Управление пользователями.......................................................................................................................А
Системные настройки.....................................................................................................................................С
Настройки модуля........................................................................................................................................... D
Журналы регистрации событий..................................................................................................................Е
Приложение В Устранение неисправностей...........................................................................................G
Введение...............................................................................................................................................................G
Проверка системы........................................................................................................................................... G
Файлы устранения неисправностей............................................................................................................I
Устранение ошибок автоматической проверки .....................................................................................I
Резервуар для отходов заполнен..................................................................................................................J
Сообщение об ошибке RAID.......................................................................................................................К
Ошибка сетевого хранилища.......................................................................................................................К
Установка настроек системы....................................................................................................................... К.
Приложение С Анализ в реальном времени..........................................................................................М
Обзор анализа в реальном времени.........................................................................................................М
Рабочий процесс анализа в реальном времени ....................................................................................N
Приложение D Файлы и папки выходных данных............................................................................. Q
Выходные файлы секвенирования.............................................................................................................Q
Структура папки выходных данных..........................................................................................................S
Индекс....................................................................................................................................................................и
Техническая поддержка.................................................................................................................................X
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 73 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^"^ 550Dx
Глава 1 Общие сведения об устройстве
Характерные особенности секвенирования......................................................................................................1
Дополнительные ресурсы...........................................................................................................................................1
Составные части прибора...........................................................................................................................................1
Обзор набора реагентов 4
Общие сведения о расходных материалах секвенирования..................................................................4
Поставляемые пользователем расходные материалы и оборудование .........................................7
Характерные особенности секвенирования
► Высокопроизводительное секвенирование — секвенатор нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx позволяет секвенировать библиотеки ДНК.
► Анализ в реальном времени (RTA; Real-Time Analysis) — выполняет обработку
изображений и распознавание азотистых оснований. Дополнительную информацию
см. в разделе О бзор анализа в реальн ом врем ени на странице 54.
► Возможность анализа данных в приборе — модули анализа для конкретного прогона
в программе локального менеджера прогона, предназначенные для анализа данных
прогона секвенирования, могут выполнять анализ данных прогона.
Двухвариантная загрузка — секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
содержит отдельные жесткие диски, поддерживающие диагностический (Dx) и
исследовательский (RUO) режимы.
Дополнительные ресурсы
Приведенная ниже документация доступна для загрузки с веб-сайта компании
«Иллюмина» (lllumina).
Ресурс Описание
Руководство по устаноекеПредставлены спецификации по лабораторным площадям, требованиям к
секвенатора нуклеиновыхэлектропташю и учету условий окружающей среды,
кислот NextSeq'^** 550Dx
(документ N91000000009869) _______________________________________________________________________
Руководство поПредставлены сведения о безопасности работы прибора, заявление о
безопасности и нормативно-соответствш требованиям и маркировка прибора.
правовому соответствию
секвенатора нуклеиновых
кислот NextSeq"^ 550Dx
(документ №1000000009868) _________________________________________________
Руководство
нормативно-правовому
соответствию
считывающего устройства
RFID (документ
№1000000030332)
поПредставлены сведения о РЧИД-считывателе в
соответствия и обсуждение вопросов безопасности.
приборе, сертификаты
Руководство справочное по Представлена краткая характеристика составных частей прибора, инструкция
секвенатору нуклеиновыхпо использованию прибора, а также информация по техническому
кислот NextSeq™ 550Рх обслуживанию и устранению неисправностей
Справочная информация по
BaseSpace _________________
Содержит информацию об использовании BaseSpace^^ Sequence Hub и
доступных вариантах анализа. _______________________________________________
Посетите страницу поддержки прибора NextSeq 550Dx на сайте lllumina для доступа к
документации, загрузки программного обеспечения, онлайн-обучения и часто задаваемых
вопросов.
Составные части прибора
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx включает в себя монитор с сенсорным
экраном и 4 модуля.
Документ № 1000000009513 в. 07
для ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 74 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Рисунок 1. Составные части прибора
А.
В.
С.
D.
E.
F.
G.
Отделение визуализации — удерживает проточную ячейку в ходе прогона
секвенирования.
Монитор с сенсорным экраном — обеспечивает конфигурирование и настройку
прибора с использованием рабочего интерфейса программного обеспечения.
Строка состояния — Показывает состояние прибора; обработка данных (синий),
требует внимания (оранжевый), готов к секвенированию (зеленый), инициализация
(чередование синего и белого), еще не инициализирован (белый) или требует
промывки в течение следующих 24 часов (желтый).
Отделение для буфера — удерживает картридж с буфером и контейнер для
использованных реагентов.
Отделение для реагентов — удерживает картридж с реагентами.
Отделение для воздушного фильтра — удерживает воздушный фильтр. Доступ
к фильтру находится с задней стороны прибора.
Кнопка включения в сеть — включает и отключает электропитание прибора и
приборного компьютера.
Отделение визуализации
В отделении визуализации размещен держатель, который включает в себя три
установочных штыря для расположения проточной ячейки. После загрузки проточной
ячейки дверца отделения визуализации закрывается автоматически, и компоненты
перемещаются в надлежащее положение.
Отделения для реагентов и буфера
Для постановки прогона секвенирования на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq™
550Dx необходим доступ к отделению для реагентов и буфера для загрузки расходных
материалов и опорожнения контейнера для использованных реагентов.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 79 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 650Dx
Поставляемые пользователем расходные материалы и оборудование
В приборе NextSeq 550Dx используются следующие расходные материалы и
оборудование. Для подготовки расходных материалов, секвенирования и технического
обслуживания прибора используют следующие расходные материалы и оборудование.
Для получения дополнительной информации см. руководство справочное по прибору
NextSeq 550Dx.
Расходные материалы для проведения прогонов секвенирования
Расходные материалы Поставщик Назначение
Салфетки, пропитанные спиртом.
70% изопропиловый спирт
или
Этанол, 70%
VWR, № по каталогу 95041-714
(или эквивалент). любой
поставщик лаборатории
Очистка проточной ячейки и общее
назначение
Лабораторные салфетки из
безворсовой ткани
VWR, № по каталогу 21905-026
(или эквивалент)
Очистка проточной ячейки и общее
назначение
Расходные материалы для технического обслуживания прибора
Расходные
материалы
Поставщик Назначение
NaOCI, 5%
(гипохлорит натрия)
«Сигма-Олдрич» (Sigma-
Aldrich), № по каталогу
239305 (или эквивалент
марки х. ч.)
Промывание прибора вручную после проведения прогона;
раствор разбавляют до 0,12%
Твин-20 «Сигма-Олдрич» (Sigma-
Aldrich), № по каталогу
Р7949
Промывание прибора с использованием опции промывания
вручную; раствор разбавляют до 0,05%
Вода лабораторного
класса чистоты
Любой поставщик
лаборатории
Промывание прибора (вручную)
Фильтр воздушный «Иллюмина» (lllumina), №
по каталогу 20022240
Очистка воздуха, потребляемого прибором для охлаждения
Оборудование
Изделие Источник
Морозильная камера, -25 °С - -15 °С, не
требующая размораживания ___________
Любой поставщик лаборатории
Холодильник, 2 ®С - 8 ®С Любой поставщик лаборатории
Рекомендации для воды лабораторного класса чистоты
Для проведения процедур в приборе всегда используйте воду лабораторного класса
чистоты или деионизированную воду. Ни в коем случае не используйте водопроводную
воду. Используйте только следующие марки воды или их эквиваленты:
► Деионизированная вода
► lllumina PW1
► Вода 18 МегаОм (МП)
► Вода Milli-Q
► Вода Super-Q
► Вода молекулярно-биологической степени очистки
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 80 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Глава 2 Программное обеспечение секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™
550DX
Общие сведения о программном обеспечении секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx..............................................................................................................................................................8
Общие сведения о программе локального менеджера прогона ........................................................10
Пароли пользователей...............................................................................................................................................15
Общие сведения о программном обеспечении секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx
Описанное в этой главе программное обеспечение используется для конфигурирования,
генерирования и анализа данных, полученных с помощью секвенатора нуклеиновых
кислот NextSeq™ 550Dx. Программное обеспечение прибора включает в себя
интегрированные приложения, которые выполняют анализ прогона секвенирования.
Обновления программного обеспечения выполняют сотрудники компании «Иллюмина».
^ Программа локального менеджера прогона Local Run Manager —
интегрированное решение программного обеспечения для создания прогона и
анализа результатов (дополнительного анализа). Это программное обеспечение
также позволяет контролировать право доступа пользователей. Дополнительную
информацию см. в разделе О бщ ие сведения о п р о гр а м м е Lo ca l R u n M a n a g er
странице 10.
р- Операционное программное обеспечение (NOS; NextSeq 550Dx Operating
Software) — осуществляет контроль работы прибора.
► Это программное обеспечение предварительно установлено на секвенаторе
нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx и обеспечивает выполнение работы
прибора. NOS выполняет прогон секвенирования в соответствии с параметрами,
указанными в программном модуле Local Run Manager.
► До начала прогона секвенирования выберите прогон, созданный с помощью
программы Local Run Manager. Управление всеми стадиями загрузки проточной
ячейки и реагентов осуществляется посредством интерфейса программного
обеспечения NOS.
► В ходе проведения прогона программное обеспечение управляет состоянием
проточной ячейки, распределением реагентов, контролем жидкостей, установкой
температурного режима, регистрирует изображения кластеров на проточной
ячейке и обеспечивает общее визуальное представление качественной
статистики. Прогон можно прослеживать в NOS или в программе Local Run
Manager.
► Анализ в реальном времени (RTA) — в ходе прогона RTA выполняет обработку
изображений и распознавание азотистых оснований, также называемое основным
анализом. Дополнительную информацию см. в разделе О бзор анализа в реальн ом
врем ен и на ст р а н и ц е 53.
Требования к месту на диске
Емкость запоминающего устройства компьютера, объединенного с прибором, составляет
приблизительно 1,5 ТБ.
Перед началом прогона программное обеспечение проверяет наличие свободного места
на диске. Необходимое количество места на диске зависит от модуля анализа в
программе Local Run Manager. Если места на диске недостаточно для проведения
прогона, на экране появляется подсказка программного обеспечения. В этом сообщении
указано, сколько места на диске необходимо для проведения прогона и сколько места
необходимо освободить, чтобы можно было перейти к началу выполнения прогона. Если
места на диске недостаточно, удалите в программе Local Run Manager папки с прогонами,
для которых не требуется повторный анализ. Дополнительную информацию см. в
разделе Удалени е папки п рогон а на странице 14.
Документ № 1000000009513 в. 07 8
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 81 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Пиктограммы состояния
Пиктограмма состояния в правом верхнем углу NOS сигнализирует о любом изменении
условий в процессе настройки прогона или в ходе проведения прогона.
Пиктограмма Название Описание
состояния состояния________________________________________________________________________
Состояние ОК Система работает нормально.
Обработка Система выполняет обработку данных.
Пиктограмма Название
состояния состояния
Описание
Предупреждение Появилось предупреждение.
Предупреждения не прекращают прогон или требуют действий для продолжения.
X
Ошибка Произошла ошибка программного обеспечения.
В случае ошибки для продолжения прогона требуются действия.
Jl.
Необходимо
техническое
обслуживание
Появилось уведомление, требующее внимания. Дополнительную информацию см.
сообщении.
Для уведомления об изменении состояния значок мигает. Выберите пиктограмму для
Просмотра описания состояния. Чтобы принять сообщение, выберите команду
Acknowledge (подтвердить), а для закрытия диалогового окна выберите команду Close
(закрыть).
ПРИМЕЧАНИЕ
После принятия сообщения пиктограмма перезагружается, а сообщение отображается серым
цветом. Сообщение еще видно пользователю при выборе пиктограммы, но исчезает при
перезапуске NOS.
Пиктограммы панели навигации
Пиктограмма свертывания NOS находится в правом верхнем углу рабочего интерфейса
Программного обеспечения и видна только пользователю с правами администратора.
Пиктограмма Название
доступа пиктограммы
Описание
I
Выход из
системы
Выберите для выхода из системы профаммного обеспечения.
р
Свертывание Выберите, чтобы свернуть NOS для доступа к приложениям и папкам Windows.
NOS Эта пиктограмма появляется на экране только для пользователей с правами администратора.
Главная страница NOS
На главной странице NOS находятся следующие четыре пиктограммы.
Добро пожаловать в NextSeqDx
Sequence
(Local Run Manager H Manage Instrument
b- Sequence (Секвенирование)
заданного перечня прогонов.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
выберите начало прогона секвенирования из
9
--- стр. 82 ---
Local Run Manager (Программа локального менеджера прогона) — выберите
запуск программы локального менеджера прогона для создания прогона,
прослеживания состояния прогона, анализа данных секвенирования и просмотра
результатов. Дополнительную информацию см. в разделе О б щ и е сведен и я о
п р о гр а м м е L o ca l R u n M an ag er на странице 10.
Manage instrument (Управление прибором) — выберите для настроек контроля
системы, перехода в исследовательский режим или закрытия программного
обеспечения прибора.
► Perform Wash (Выполнить промывание) — выберите для выполнения быстрого
промывания (Quick Wash) или промывания вручную после завершения прогона
(Manual Post-Run Wash).
Общие сведения о программе Local Run Manager
Программа Local Run Manager представляет собой интегрированное решение
программного обеспечения прибора для создания прогона, прослеживания состояния,
анализа данных секвенирования и просмотра результатов.
Инструкции к программе локального менеджера прогона в данном руководстве
применимы при работе прибора в диагностическом режиме. Сведения, приведенные в
этом разделе, охватывают всю информацию о функционировании программы Local Run
Manager. Некоторые характеристики могут быть применимы не ко всем модулям анализа.
Конкретные характеристики модуля описаны в соответствующем руководстве к
программе Local Run Manager.
Программа Local Run Manager характеризуется следующими особенностями:
► Проведение прогонов обслуживается программным обеспечением компьютера
прибора и объединено с операционным программным обеспечением.
► Программа регистрирует образцы, предназначенные для секвенирования.
► Обеспечивает интерфейс настройки прогона для конкретного модуля анализа.
.► Выполняет серию стадий анализа для конкретного выбранного модуля анализа.
► После завершения анализа показывает количественные результаты анализа в форме
таблиц и графиков.
Просмотр программы Local Run Manager
Просмотр интерфейса программы Local Run Manager осуществляется в рамках NOS или
посредством веб-браузера. Поддерживаемым веб-браузером является Chromium.
П Р И М Е Ч А Н И Е
В случае использования не поддерживаемого браузера загрузите поддерживаемый браузер после
получения сообщения-подсказки «Confirm Unsupported Browser» (подтвердить не поддерживаемый
браузер). Для загрузки поддерживаемой версии Chromium выберите команду «here» (на этом
компьютере).
Выполните просмотр на сетевом компьютере
Откройте веб-браузер Chromium на компьютере с доступом к той же сети, к которой
подключен прибор, и соединитесь с ним по ссылке на IP-адрес или название прибора.
Например, http://myinstrument .
Выполните просмотр на мониторе прибора
Для просмотра интерфейса программы Local Run Manager на мониторе прибора
выберите одну из следующих опций:
► Выберите программу Local Run Manager на главной странице NOS.
Выберите X в правом верхнем углу для возврата в NOS.
► Выберите «Minimize NOS» (свернуть NOS), а затем откройте веб-браузер Chromium,
находящийся в приборе, и введите http://localhost в адресной строке.
Свертывать NOS могут только пользователи с правами администратора.
Секвенирование во время анализа
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
10
--- стр. 83 ---
руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Компьютерные ресурсы системы секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx
предназначены либо для секвенирования, либо для анализа. При необходимости в
проведении нового прогона секвенирования на секвенаторе нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx до завершения дополнительного анализа предыдущего прогона
секвенирования пользователь может выйти из программы дополнительного анализа в
рамках Local Run Manager, а затем начать новый прогон секвенирования.
Для повторного запуска анализа, выполненного программой Local Run Manager, после
завершения нового прогона секвенирования используйте свойство Requeue (Упорядочить
заново) на интерфейсе программы Local Run Manager. С этого момента дополнительный
анализ начнется сначала. См. П о в т о р н о е вы полнение или о с та н о в к а анализа на
странице 33.
Процесс работы программы Local Run Manager
Create Run
Sequence
Создайте прогон, используя программу Local Run Manager. В связи с
различиями конкретных стадий для каждого модуля анализа следуйте
пошаговым инструкциям рабочего процесса для конкретного
используемого модуля анализа,
С помощью NOS выберите планируемый прогон, загрузите наборы
реагентов и начинайте секвенирование.
Analyze
Программа Local Run Manager загружает указанный модуль анализа и
выполняет анализ данных, если применимо.
View Results
Для просмотра страницы результатов выберите завершенный прогон,
используя программу Local Run Manager.
Общие сведения о персональной панели управления
После загрузки программным обеспечением программы Local Run Manager открывается
персональная панель управления. С помощью персональной панели управления можно
выполнять следующие задачи;
► Прослеживать состояние секвенирования и анализа
► Сортировать и фильтровать прогоны
► Создавать и редактировать прогоны
► Прекращать или возобновлять анализ данных
Просматривать результаты анализа
► Скрывать прогоны
► Закреплять прогоны
► Управлять папкой прогонов
На персональной панели управления находится перечень всех прогонов, проведенных в
приборе, 10 прогонов на страницу. Для перелистывания страниц используйте стрелки
навигации внизу страницы.
Каждый прогон в перечне включает в себя наименование прогона, модуль анализа,
состояние прогона и дату последнего изменения прогона. Для сортировки прогонов
выберите колонку наименований.
► Run Name/ID (Наименование/идентификатор прогона) - отображает перечень
присвоенных наименований прогонов и ссылки на страницу результатов прогона.
После завершения анализа в колонку наименований прогонов добавляют
наименование папки анализа.
► Module (Модуль) - отображает перечень модулей анализа, назначенных для каждого
прогона.
► Состояние (Status) - отображает перечень состояний прогонов и включает в себя
Документ № 1000000009513 в. 07 11
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 84 ---
строку изменений состояния. Дополнительную информацию см. в разделе
В озм ож ны е со сто я н и я прогона на странице 33.
► Последнее изменение (Last Modified) - отображает перечень дат и времени
последнего изменения проведения прогона или его анализа. По умолчанию в этой
колонке выделена страница «Active Runs» (Активные прогоны).
Пиктограммы программы Local Run Manager
Для выполнения различных задач в программе Local Run Manager используются
следующие пиктограммы. Обратите внимание, что в зависимости от размера экрана
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq"^” 550Dx
некоторые пиктограммы сжаты под пиктограммой
параметры).
More Options (Дополнительные
Пиктограмма Название Описание
Копировать в буфер
обмена
Копирует поле в буфер обмена компьютера.
0 “ Удалить папку прогона Удаляет данные из прогона, чтобы очистить место на жестком диске.
✓ Редактировать Позволяет редактировать параметры прогона перед секвенированием.
Редактирование
расположения папки
выходных данных
Позволяет редактировать путь доступа к папке прогона.
Сменить
пользователя
Позволяет осуществлять смену пользователей и паролей
д Экспортировать Команда для экспорта элементов.
н Скрыть прогон Перемещает прогон со страницы активных прогонов на страницу скрытых
прогонов. Позволяет просмотреть скрытые прогоны с помощью меню в
правом нижнем углу страницы активных прогонов.
а Заблокирован Означает, что прогон выполняется в данный момент, или другой
пользователь проводит редактирование прогона в другом сеансе браузера.
»t% Дополнительные
параметры
Открывает доступные для ввода параметры на панели управления В
зависимости от размера экрана, точки могут выглядеть более круглыми.
Закрепить Закрепляет прогон на странице активных прогонов для предотвращения
удаления папки прогона.
О Восстановить прогон Перемещает прогон со страницы скрытых прогонов на страницу активных
прогонов.
% Связать повторно
папку прогона
Позволяет повторно связать прогон после восстановления папки удаленного
прогона. Далее можно проводить повторный анализ прогона.
Повторный анализ Запускает повторный анализ выбранного прогона.
» Прогон закреплен Показывает, что прогон был закреплен на странице активных прогонов.
Ш Удаленный прогон Показывает удаленный прогон.
El Сохраняет
расположение папки
выходных данных
Сохраняет изменения пути доступа к папке выходных данных прогона.
Q Поиск Открывает поле поиска для поиска названий прогонов и идентификаторов
образцов. В зависимости от размера экрана пиктограмма может быть сжата
под пиктограммой дополнительных параметров.
Т Показать фильтры Показывает фильтры.
■ Остановка анализа Останавливает анализ с помощью модуля программы Local Run Manager.
Открепить Открепляет прогон.
А Пользователь Открывает меню учетной записи пользователя
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
12
--- стр. 85 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^^ 550Dx
Обнаруженные
предупреждения
Для получения информации о предупреждениях см. текст предупрехедения
Страница активных прогонов
Открывается панель управления, отображая страницу активных прогонов. В верхней
части страницы активных прогонов в резюме активных прогонов представлено количество
прогонов в каждой из следующих категорий состояния прогона. Чтобы применить
фильтры к активным прогонам в соответствии с состоянием, щелкните по номеру.
►
►
►
Ready (Готов) - указывает на то, что прогон готов к секвенированию.
In Progress (Выполняется) - указывает, что прогон находится в процессе
секвенирования или анализа данных.
Stopped or Unsuccessful (Остановлен или выполнен неудачно) - указывает, что
анализ был остановлен вручную или что анализ не удалось выполнить.
Complete (Завершен) - указывает, что анализ был успешно завершен.
Total (Итого) - общее количество прогонов на странице активных прогонов.
Применить фильтры к прогонам
1 Чтобы применить фильтры, на странице активных прогонов выберите категорию
состояния прогона в резюме активных прогонов, как указано ниже.
► Ready (Готов) - фильтрация списка, показывающая только готовые к секвенированию
прогоны
► In Progress (Выполняется) - фильтрация списка, показывающая только прогоны,
которые выполняются в данный момент.
>■ Stopped or Unsuccessful (Остановлен или выполнен неудачно) - фильтрация
списка, показывающая только прогоны, которые были остановлены или выполнены
неудачно.
► Complete (Завершен) - фильтрация списка, показывающая только завершенные
прогоны.
► Total (Итого) - отменяет фильтры и показывает все активные прогоны.
Скрыть и восстановить прогоны
1. На странице активных прогонов, выберите пиктограмму «More Options»
(дополнительные параметры) = , а затем выберите ® «Hide» (скрыть).
Когда будет предложено подтвердить перемещение, выберите «Hide» (скрыть).
Прогон перемещен на страницу скрытых прогонов.
Чтобы отобразить страницу скрытых прогонов, выберите стрелку раскрывающегося
списка «Active Runs» (Активные прогоны) и затем выберите «Hidden Runs» (скрытые
прогоны).
2 .
3.
4.
5.
6.
На странице скрытых прогонов выберите пиктограмму «Restore» (восстановить).
Когда будет предложено подтвердить перемещение, выберите «Restore»
(восстановить).
Цикл восстановлен на странице активных прогонов.
Чтобы отобразить страницу активных прогонов, выберите стрелку раскрывающегося
списка «Hidden Runs» (скрытые прогоны) и затем выберите «Active Runs» (активные
прогоны).
Поиск прогонов или образцов
1. В навигационной строке панели управления выберите пиктограмму «Search»^
(поиск).
2. В поле поиска введите название прогона или идентификатор образца.
По мере ввода будет появляться список возможных совпадений, которые помогут вам
в поиске.
3. Выберите совпадение из списка или нажмите «Enter» (ввести).
Документ № 1000000009513 в, 07 13
для ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 86 ---
Если ВЫ осуществляли поиск по названию прогона, откроется вкладка обзора
прогона.
Если вы осуществляли поиск по идентификатору образца, откроется вкладка
образцов и результатов.
Для получения дополнительной информации см. П р о с м о т р данны х п р огон а и
образц а на странице 31.
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Редактирование прогона
1.
2.
3.
4.
5.
На странице активных прогонов, выберите пиктограмму «More Options» *
(дополнительные параметры) возле названия прогона, который вы хотите
редактировать.
Выберите ^ «Edit» (редактировать).
Когда будет предложено подтвердить действие, выберите «Continue» (продолжить).
Проведите редактирование параметров прогона по мере необходимости.
После завершения выберите «Save Run» (сохранить прогон).
Дата последнего изменения прогона обновляется на странице активных прогонов.
Закрепление прогона
Закрепленные прогоны невозможно удалить или скрыть. Прогон невозможно закрепить,
если он скрыт или его папка прогона была удалена.
1.
2.
На странице активных прогонов, нажмите пиктограмму «More Options» *
(дополнительные параметры) возле названия прогона.
Выберите ^ «Pin» (закрепить).
Удалить папку прогона, а также скрыть прогон невозможно. Закрепление отменяется
Дпри нажатии «Unpin» (открепить).
Удаление папки прогона
Вы можете вручную удалить папки прогонов, чтобы освободить место для хранения.
Прогон не может быть закреплен, если он находится в одном из следующих состояний;
Секвенирование завершено
► Первичный анализ завершен
► Первичный анализ выполнен неудачно
► Ошибка секвенирования
► Ошибка анализа
► Анализ завершен
► Секвенирование остановлено
► Анализ остановлен
1.
2.
На странице активных прогонов, нажмите пиктограмму «More Options»
(дополнительные параметры) возле названия прогона, который вы хотите удалить.
ШВыберите «Delete Run Folder» (удалить папку прогона).
Параметр «Delete Run Folder» (удалить папку прогона) отменяется параметром ^
«Relink Run Folder» (связать повторно папку прогона). На прогоне появляется
пиктограмма ® «Run Deleted» (прогон удален).
Связать повторно папку прогона
Повторно связать удаленные папки прогона может только администратор,
1. Скопируйте папку прогона обратно в исходное местоположение.
Если прогон не сохраняется в исходном местоположении, программное обеспечение
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
14
--- стр. 87 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq"^” 550Dx
отображает сообщение об ошибке после попытки восстановления.
2. Наведите курсор на пиктограмму «More Options» ’ (дополнительные параметры)
возле названия прогона.
3. Выберите ^ «Relink Run Folder» (связать повторно папку прогона).
4. Подтвердите, чтобы продолжить и восстановить прогон.
Прогон восстановлен в том состоянии, в котором он находился до удаления папки
прогона.
Пароли пользователей
Чтобы получить доступ к интерфейсу программы локального менеджера прогона (Local
Run Manager), вам необходимы действительные имя пользователя и пароль для входа в
систему. Учетные данные пользователя может присваивать только администратор.
ПРИМЕЧАНИЕ
Учетные данные пользователей относятся к конкретному инструменту. Пароли пользователей не
являются универсальными для разных инструментов.
При приближении даты истечения срока действия вашего пароля, в верхней части
интерфейса появляется сообщение, напоминающее вам о необходимости повторного
установления пароля.
Моя учетная запись
Со страницы «Му Account» (моя учетная запись) Вы можете просмотреть свое имя
пользователя, присвоенную роль, разрешения и изменить свой пароль.
После первого входа в систему Вы можете в любой момент изменить существующий
пароль в окне своей учетной записи.
Ваш текущий пароль зашифрован. Поэтому Вам необходимо его знать, чтобы изменить
на новый пароль. Восстановление забытого пароля проводится с помощью системного
администратора или администратора.
Состояние пароля
Ниже приведены возможные состояния пароля:
► Временный пароль - когда пользователь с правами администратора создает
учетную запись нового пользователя, он назначает временный пароль.
► Пароль пользователя - при первом доступе новому пользователю предлагается
сменить временный пароль с экрана входа на назначенный пользователем пароль.
► Забытый пароль - если пользователь не помнит пароль, пользователь-
администратор может повторно назначить временный пароль, который можно
изменить при следующем доступе.
► Использованный пароль - ни один пользователь не может повторно использовать
пароль более пяти циклов паролей.
Блокировка пользователя - количество попыток входа в систему с использованием
неверного пароля настраивается администратором. При превышении пользователем
количества разрешенных попыток, учетная запись пользователя блокируется. Только
администратор может разблокировать учетную запись или назначить временный
пароль.
Изменение пароля
1. В строке навигации в верхней части интерфейса выберите пиктограмму «User» А
(пользователь) рядом с вашим именем.
ПРИМЕЧАНИЕ
В зависимости от размера экрана, на котором просматривается программное обеспечение,
д
пиктограмма «User» (пользователь) может быть сжата под верхним левым пиктограммой
«More Options» (дополнительные параметры)».
2. В раскрывающемся списке выберите «Му Account» (моя учетная запись).
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
15
--- стр. 88 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
3. Выберите пиктограмму «Edit» ^ (редактировать) в разделе пароля.
4. В поле «Old Password» (старый пароль) введите ваш старый пароль.
5. В поле «New Password» (новый пароль) введите новый пароль.
6. В поле «Confirm New Password» (подтвердить новый пароль) введите повторно Ваш
новый пароль.
7. Выберите «Save» (сохранить).
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
16
--- стр. 92 ---
► Отключение - при повторном включении прибор открывается в диагностическом
режиме.
► Выход в Windows - в зависимости от допуска, можно закрыть NOS и выйти в Windows.
Перезагрузка в режим RUO
Используйте команду перезагрузки в режим RUO для изменения программного
обеспечения системы на исследовательский режим. Администратор предоставляет
пользователю допуск для доступа к данной функции.
1. Выберите «Manage Instrument» (Управление прибором).
2. Выберите «Reboot/Shut Down» (перезагрузка/отключение).
3. Выберите «Reboot to RUO» (перезагрузка в режим RUO).
Перезагрузка в диагностический режим
Используйте команду «Restart» (перезагрузка) для безопасного отключения прибора и
перезагрузки в диагностический режим.
Диагностический режим - режим загрузки по умолчанию.
1. Выберите «Manage Instrument» (Управление прибором).
2. Выберите «Reboot/Shut Down» (перезагрузка/отключение).
3. Выберите «Restart» (перезагрузка).
Возврат в диагностический режим из исследовательского режима
Команда перехода из исследовательского режима в диагностический режим отличается в
зависимости от версии контрольного программного обеспечения NextSeq (NCS) на дисках
исследовательского режима.
1. В исследовательском режиме выберите «Manage Instrument» (Управление
прибором).
2. Выберите один из следующих вариантов для возврата в диагностический режим.
► NCS в. 3.0 — Выберите «Shutdown Options» (опции отключения) и затем
«Restart» (перезагрузка).
► NCS в. 3.0 — Выберите «Shutdown Options» (опции отключения) и затем «Reboot
to Dx» (перезагрузка в диагностический режим).
Отключение прибора
1. Выберите «Manage Instrument» (Управление прибором).
2. Выберите «Reboot/Shut Down» (перезагрузка/отключение).
3. Выберите «Shutdown» (отключение).
Команда отключения безопасно отключает программное обеспечение и выключает
питание прибора. Подождите не менее 60 секунд перед повторным включением прибора.
ПРИМЕЧАНИЕ
По умолчанию прибор при включении загружается в диагностическом режиме.
ВНИМАНИЕ
Не перемещайте прибор. Неправильное перемещение прибора может повлиять на взаимное
расположение оптических частей и нарушить целостность данных. Если нужно переместить
прибор, обратитесь к вашему представителю компании «Иллюмина» (lllumtna).
Выход в Windows
Команда «Exit to Windows» (выход в Windows) предоставляет доступ к операционной
системе прибора и любой папке на компьютере прибора. Команда безопасно отключает
программное обеспечение и осуществляет выход к Windows. Выход в Windows может
осуществить только администратор.
1. Выберите «Manage Instrument» (Управление прибором).
2. Выберите «Reboot/Shut Down» (перезагрузка/отключение).
3. Выберите «Exit to Windows» (выход в Windows).
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
20
--- стр. 93 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx
Глава 4 Секвенирование
Введение............................................................................................................................................................................21
Создание прогона в программном обеспечении Local Run Manager ...............................................22
Подготовка картриджа с реагентами.................................................................................................................22
Подготовка проточной ячейки................................................................................................................................23
Подготовка библиотеки для секвенирования................................................................................................23
Загрузка библиотек в картридж с реагентами...............................................................................................23
Настройка прогона секвенирования...................................................................................................................24
Отслеживание хода прогона..................................................................................................................................29
Просмотр данных прогона и образца................................................................................................................30
Возможные состояния прогона.............................................................................................................................31
Повторное выполнение или остановка анализа .........................................................................................32
Автоматическое промывание после прогона................................................................................................32
Введение
Для выполнения прогона секвенирования на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq'^^
550Dx, подготовьте картридж с реагентами и проточную ячейку и затем следуйте
указаниям программного обеспечения для настройки и запуска прогона. Создание
кластера и секвенирование выполняются в приборе. После прогона промывание прибора
начинается автоматически с использованием компонентов, уже загруженных в прибор.
Создание кластера
При создании кластера одиночные молекулы ДНК связываются с поверхностью
проточной ячейки и затем амплифицируются с формированием кластеров,
Секвенирование
Изображения кластеров выполняются с использованием двухканальных комбинаций
химии и фильтров секвенирования, специфичных для каждого из нуклеотидов с
флуоресцентной меткой. После завершения получения изображения клетки на проточной
ячейке, выполняется сьемка следующей клетки. Данный процесс повторяется для
каждого цикла секвенирования. После анализа изображения программное обеспечение
выполняет распознавание оснований, фильтрацию и оценку качества.
Анализ
В ходе прогона операционное программное обеспечение автоматически переносит
файлы распознавания оснований (BCL) в указанное расположение выходных данных для
вторичного анализа.
Длительность прогона секвенирования
Длительность прогона секвенирования зависит от количества выполняемых циклов.
Максимальная длина прогона - прогон парноконцевого чтения по 150 циклов в каждом
считывании (2 х 150), плюс до 8 с 2 индексными считываниями в каждом.
Количество циклов в считывании
В прогоне секвенирования количество выполняемых циклов в считывании на 1 цикл
больше, чем количество анализируемых циклов. Например, прогон парноконцевого
чтения 150 циклов выполняет 151 цикл (2 х 151 ), в общей сложности 302 цикла. В конце
прогона анализируется 2 х 150 циклов. Дополнительный цикл требуется для фазирования
и расчетов перед фазированием.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
21
--- стр. 94 ---
руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Рабочий процесс секвенирования
Создать
Создайте прогон в программном модуле Local Run Manager. См. руководство по
протоколу анализа для вашего конкретного модуля.
Подготовьте новый картридже реагентами; разморозьте и осмотрите его.
Подготовьте новую проточную ячейку: доведите ее до комнатной температуры,
разверните и осмотрите.
Денатурирование и разведение библиотек. См. инструкцию в листовке-
вкладыше по подготовке библиотеки.
Загрузите разведение библиотеки в резервуар №10 картриджа библиотеки.
На главном экране NOS прибора, выберите «Sequence» (секвенирование), ваш
код прогона, и начните этапы настройки прогона. Выберите «Run» (прогон).
Загрузите проточную ячейку.
Извлеките и перезагрузите израсходованный контейнер с реагентами.
Загрузите картридж с буфером и картридж с реагентами.
Просмотрите результаты проверки перед прогоном. Выберите «Start» (запуск).
(Не требуется при настроенном автоматическом запуске).
Отслеживайте прогон в операционном программном обеспечении или на
подключенном к сети компьютере с Local Run Manager.
Промывка прибора
секвенирования.
начинается автоматически после завершения
Создание прогона в программном обеспечении Local Run Manager.
См. руководство по модулю Local Run Manager, где приводятся конкретные указания по
созданию прогона. Хотя процесс настройки прогона в Local Run Manager отличается в
зависимости от конкретного используемого модуля протокола анализа, он включает
следуюидие этапы.
Выберите «Create Run» (создать прогон) в местном диспетчере прогонов на панели
управления и выберите модуль анализа.
На странице «Create Run» (создать прогон), введите название прогона, введите
образцы для прогона и/или импортируйте списки.
Подготовка картриджа с реагентами
Обязательно тщательно соблюдайте указания по подготовке картриджа с реагентами для
успешного секвенирования.
1. Извлеките картридж с реагентами из хранения при температуре от -25°С до -15°С.
2. Выберите один из следующих методов размораживания реагентов. Не погружайте
картридж полностью. После размораживания картриджа высушите его, прежде чем
приступить к следующему этапу.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
22
--- стр. 101 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
В.
С.
D.
Е.
F.
G.
Н.
нижней части.
Оценка качества (Q-Score) — Показывает распределение оценок качества (Q-
score). См. О ценка к а ч е ств а на странице 56.
Интенсивность — Показывает значения интенсивности кластеров для 90-го
процентиля для каждой клетки. Цвета на графике указывают каждое основание:
красный - аденозин (А), зеленый - цитозин (С), синий - гуанин (G), черный - тимин
(Т).
Плотность кластеров (К/мм^) — Показывает количество кластеров, выявленных в
прогоне.
Кластеры, прошедшие фильтр (%) — Показывает процент кластеров,
прошедших фильтр. См. К л а сте р ы , прош едш ие ф и л ь т р на странице 56.
Расчетный выход (Gb) — Показывает количество оснований, ожидаемое для
прогона.
Информация о партии — Показывает номера партий наборов реагентов для
секвенирования. Для проточной ячейки показан серийный номер.
Завершить прогон — Завершает текущий прогон секвенирования.
ПРИМЕЧАНИЕ
После выбора «Ноте» (главный экран), вернуться к просмотру показателей невозможно. Тем не
менее, показатели прогона доступны при использовании Local Run Manager в NOS. Выберите
Local Run Manager на главном экране или удаленно с использованием веб-браузера на сетевом
компьютере.
ВНИМАНИЕ
Если прогон секвенирования был остановлен пользователем преждевременно, наборы реагентов,
использованные для прогона, будут считаться непригодными для использования.
Показатели циклов прогона
Показатели прогона появляются в различных временных точках прогона,
► На этапах создания кластеров показателей не появляется.
Первые 5 циклов отведены для создания шаблона.
► Показатели прогона появляются после цикла 25, включая плотность кластеров,
кластеры, прошедшие фильтр, выход и оценки качества.
Передача данных
Состояние Local Run Manager Папка выходных данных
Подключено
□
Подключено, идет передача
данных
Не подключено
Выключено г—а
- 0
Если передача данных прерывается во время прогона, данные временно сохраняются на
компьютере прибора. После восстановления подключения передача данных
возобновляется автоматически. Если подключение не восстановлено до завершения
прогона, перенесите данные с компьютера прибора вручную перед началом
последующего прогона.
Просмотр данных прогона и образца
Для просмотра данных прогона и образца выберите название прогона на панели
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
29
--- стр. 102 ---
управления Local Run Manager.
Резюме результатов анализа представлено на следующих 3 вкладках:
► Обзор прогона
► Информация о секвенировании
► Образцы и результаты
Вкладка обзора прогона
На вкладке обзора прогона приводится информация о прогоне, резюме показателей
секвенирования и расположение папки прогона.
руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Заголовок раздела '
Название/код прогона Название, присвоенное прогону при создании.
Создан: Имя пользователя, создавшего прогон.
Описание Описание прогона, если приводится.
Папка выходных данных Путь к папке выходных данных прогона секвенирования.
прогона Выберите пиктограмму копирования в буфер обмена ^ для быстрого доступа
к папке выходных данных.
Всего кластеров Количество кластеров в прогоне.
% Кластеров ПФ Процент кластеров, прошедших фильтр.
% S Q30 (Считывание 1) Процент считываний в Считывании 1 с оценкой качества 30 (Q30) или выше.
% S Q30 (Считывание 2) Процент считываний в Считывании 2 с оценкой качества 30 (Q30) или выше.
Последний оцененный цикл Последний цикл в прогоне с оценкой качества. Если прогон не был завершен
досрочно, данное значение представляет последний цикл в прогоне.
Вкладка информации о секвенировании
На вкладке информации о секвенировании приводится резюме параметров прогона
секвенирования. На вкладке информации о секвенировании приводится следующая
информация.
Заголовок раздела Описание
Название прибора Название прибора, на котором выполнялся прогон.
Секвенирование выполнил: Имя пользователя, начавшего прогон.
Начало секвенирования Дата и время начала прогона секвенирования.
Версия RTA Версия программного обеспечения RTA, использовавшаяся в прогоне.
Версия модуля Версия модуля анализа, назначенного для прогона.
Длины считываний Количество считываний и циклов для каждого считывания, выполненных в
течение прогона.
Информация О проточной
ячейке
Штрих-код, номер компонента, номер партии и дата окончания срока годности
проточной ячейки, использовавшейся для прогона.
Информация О картридже с
буфером
Штрих-код, номер компонента, номер партии и дата окончания срока годности
картриджа с буфером, использовавшегося для прогона.
Информация о картридже с
реагентами
Штрих-код. номер компонента, номер партии и дата окончания срока годности
картриджа с реагентами, использовавшегося для прогона.
Вкладка образцов и результатов
Информация, которая приводится на вкладке образцов и результатов, специфична для
модуля анализа, использовавшегося для прогона. Вкладка образцов и результатов может
Заголовок раздела Описание
Выбор анализа Выпадающий список всех анализов, выполненных по данным, полученным при
прогоне секвенирования.
Каждый раз при выполнении данного анализа присваивается последовательный
номер. Результаты приводятся отдельно.
Папка анализа Путь к папке анализа.
Выберите пиктограмму копирования в буфер обмена ^ для быстрого доступа к папке
анализа.
Повторный анализ Команда повторного анализа данных прогона секвенирования.
Команда позволяет выбор редактирования параметров анализа или продолжения без
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
30
--- стр. 103 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
изменении.
Возможные состояния прогона
В колонке «Status» (состояние) на панели управления показано состояние каждого
перечисленного прогона. В следующей таблице описаны возможные состояния прогона и
цвет строки состояния в колонке «Status» (статус).
Состояние Цвет строки
состояния
Описание состояния
Готово к
секвенированию
Нет Ожидание начала прогона секвенирования.
Секвенирование
выполняется
Синий Секвенирование выполняется
Секвенирование
безуспешно
Красный Проблема секвенирования. Работа не выполняется.
Секвенирование
остановлено
Красный Секвенирование остановлено. Работа не выполняется.
Секвенирование
завершено
Синий Секвенирование завершено. Строка состояния на 50%.
Первичный анализ
Завершено
Синий Расчет показателей секвенирования завершен.
Строка состояния на 50%.
Первичный анализ
Безуспешно
Красный Ошибка анализа RTA.
Строка состояния на 25%.
Анализ помещен в
очередь
Синий Ожидание начала анализа.
Анализ выполняется Синий Анализ выполняется
Анализ безуспешен Красный Проблема при анализе. Работа не выполняется.
Остановка анализа Красный Получен запрос на остановку анализа.
Анализ остановлен Красный Анализ остановлен. Работа не выполняется.
Анализ завершен Зеленый Работа завершена. Строка состояния на 100%.
Повторное выполнение или остановка анализа
Если вы хотите повторно выполнить анализ после остановки анализа, если анализ был
выполнен с ошибками, или если вы хотите повторно анализировать прогон с другими
настройками. Можно запросить повторное выполнение анализа на панели управления
Local Run Manager или на вкладке образцов и результатов.
Вы можете отменить анализ в Local Run Manager, начать другой прогон секвенирования,
и затем вернуться для повторного выполнения анализа исходного прогона позже.
Остановка анализа в Local Run Manager
1. На странице активных прогонов, нажмите «More Options»
варианты) возле названия прогона, который нужно остановить.
2. Выберите ® «Stop Analysis» (остановить анализ).
Повторный анализ из активных прогонов
(дополнительные
1 .
2 .
3.
На странице активных прогонов, выберите пиктограмму «More Options» s
(дополнительные варианты) возле названия прогона, который нужно анализировать
повторно.
Выберите «Requeue» (выполнить повторно).
При появлении подсказки, выберите один из следующих вариантов;
► Выберите «Edit Setup» (редактировать настройки) для изменения параметров
анализа. На странице повторного выполнения анализа измените требуемые
настройки и затем выберите «Requeue Analysis» (Повторное выполнение
анализа).
► Выберите «Requeue» (выполнить повторно). Анализ начнется с текущими
параметрами анализа.
Документ № 1000000009513 в. 07 31
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 104 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Повторный анализ со страницы результатов
1. Выберите название прогона на странице активных прогонов.
2. [Не обязательно] Измените папку выходных данных. См. И зм енение располож ения
папки вы ходны х данны х прогона на странице 34.
3. Выберите на вкладку «Образцы и результаты».
4. Выберите «Requeue Analysis» (повторный анализ).
5. При появлении подсказки, выберите один из следующих вариантов:
► Выберите «Edit Setup» (редактировать настройки) для изменения параметров
анализа. На странице повторного выполнения анализа измените требуемые
настройки и затем выберите «Requeue Analysis» (Повторное выполнение
анализа).
► Выберите «Requeue» (выполнить повторно). Анализ начнется с текущими
параметрами анализа.
Изменение расположения папки выходных данных прогона
Расположение папки выходных данных прогона можно изменить перед повторным
выполнением анализа прогона. Изменение папки выходных данных прогона не требуется,
так как при повторном выполнении анализа результаты прежних анализов не удаляются.
1. Выберите прогон из списка на панели управления активными прогонами.
2. Выберите «Run Overview» (обзор прогона).
3. Выберите пиктограмму «Edit» ^ (редактировать) и введите новый путь к папке.
Хотя расположение файла может изменяться, название папки с выходными данными
прогона изменить нельзя.
4. Обязательно следуйте указаниям по пути к файлам UNC, как описано в разделе
У с т а н о в к а папки вы ходны х данны х по ум олчан ию на странице 19. Выберите
пиктограмму «Save» ® (сохранить).
Автоматическое промывание после прогона
После завершения прогона секвенирования программное обеспечение запускает
автоматическое промывание после секвенирования с использованием промывочного
раствора, который имеется в картридже с буфером, и NaOCI, который имеется в
картридже с реагентами.
Автоматическое промывание после прогона занимает примерно 90 минут. После
завершения промывания становится активной кнопка «Ноте» (главная). Результаты
секвенирования остаются видимыми на экране в течение промывания.
После промывания
После промывания системы подачи (трубки) остаются в нижнем положении, чтобы не
допустить попадания воздуха в систему. Оставьте картриджи на месте до следующего
прогона.
Извлечение набора реагентов
В редких случаях может потребоваться извлечь все компоненты набора реагентов из
прибора. Для этого используйте экран «Quick Wash» (быстрое промывание) для
извлечения расходных материалов.
1. Выберите «Perform Wash» (выполнить промывание) и затем выберите «Quick Wash»
(быстрое промывание)
2. Дверца проточной ячейки откроется, и картридж с реагентами переместится в
положение извлечения.
3. Извлеките проточную ячейку, картридж с буфером и картридж с реагентами.
4. Извлеките контейнер с израсходованными реагентами и утилизируйте его
содержимое в соответствии с применимыми стандартами.
5. Задвиньте пустой контейнер для израсходованных реагентов в отсек для буфера до
упора. При установке контейнера в правильное положение должен прозвучать
Документ № 1000000009513 в. 07 32
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 105 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
щелчок
6. Выберите «Exit» (выход), чтобы вернуться на главный экран NOS.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
33
--- стр. 106 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Глава 5 Техническое обслуживание
Введение............................................................................................................................................................................34
Выполнение промывания вручную.....................................................................................................................34
Замена воздушного фильтра.................................................................................................................................37
Введение
Процедуры технического обслуживания включают промывание прибора вручную и замену
воздушного фильтра. Также описаны выключение прибора и варианты перезагрузки.
Промывания прибора — Автоматическое промывание после прогона после каждого
прогона секвенирования поддерживает функциональные характеристики прибора.
Тем не менее, в определенных условиях периодически требуется промывание,
выполняемое вручную. См. В ы полнени е пром ы вания вручную на странице 36.
Замена воздушного фильтра — Регулярная замена воздушного фильтра
обеспечивает надлежащий поток воздуха через прибор.
Профилактическое обслуживание
Компания «Иллюмина» (lllumina) рекомендует планировать профилактическое
техническое обслуживание ежегодно. Если у вас не заключен договор на техническое
обслуживание, свяжитесь с вашим территориальным менеджером или обратитесь в
службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina) для проведения платного
профилактического технического обслуживания.
Выполнение промывания вручную
Промывание вручную запускается на главном экране. Варианты промывания включают
быстрое промывание и промывание вручную после прогона.
Типы промывания Описание
Длительность Промывание системы подаваемым пользователем промывочным
быстрого промывания: раствором лабораторной воды и Tween 20 (Лоток для промывочного
20 минут буфера (Buffer Wash Tray)).
• Требуется каждые 14 суток простоя прибора с установленными
картриджем с реагентами и картриджем с буфером.
• Требуется каждые 7 суток, если прибор находится в сухом состоянии
(Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и Лоток для промывочного
___________________________буфера (Buffer Wash Tray)). _____________________________________________
Длительность Промывание системы подаваемым пользователем промывным раствором
промывания вручнуюлабораторной воды и Tween 20 (Лоток для промывочного буфера (Buffer
после прогона: 90Wash Tray) и 0,12% раствором гипохлорита натрия (Лоток для промывки
минут (Reagent Wash Tray)).
Требуется, если автоматическое промывание после прогона не
_______________________выполнялось._______________________________________________________________
Для промывания вручную требуется Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и Лоток для
промывочного буфера (Buffer Wash Tray), поставляемые с прибором, и использованная
проточная ячейка. Использованная проточная ячейка может применяться для
промывания прибора до 20 раз.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
34
--- стр. 107 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Рисунок 19. Оригинальный лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и лоток для
промывочного буфера (Buffer Wash Tray).
Рисунок 20. Новый лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и лоток для
промывочного буфера (Buffer Wash Tray).
Подготовка к промыванию вручную после прогона
Выберите подготовку к промыванию вручную после прогона, как описано ниже, или
приготовьтесь к быстрому промыванию (следующий раздел). Если вы собираетесь
выполнить промывание вручную после прогона, пропустите раздел быстрого промывания
и начните с За гр узки использованной п р о то ч н о й ячейки и л о т к о в для п р ом ы ван и я на
странице 38.
Поставляемые Объем и описание
пользователем
расходные материалы
NaOCI 1 мл, разведенный до 0,12%
Заливается в Лоток для промывки (Reaqent Wash Tray) (положение №28)
100% Tween 20 Вода
чистоты для лаборатории
Используется для приготовления 125 мл промывочного раствора Tween 20 0,05%
Заливается в Лоток для промывочного буфера (Buffer Wash Tray) (центральная
емкость)
ПРИМЕЧАНИЕ
Всегда используйте свежее разведение NaOCI, приготовленное в последние 24 часа. Если вы
приготовили объем более 1 мл, храните оставшееся разведение при 2°С - 8°С для использования
в течение следующих 24 часов. Иначе утилизируйте оставшееся разведение NaOCI.
1. Залейте следующие объемы в микроцентрифужную пробирку для приготовления
1 мл 0,12% NaOCI:
► 5% NaOC! (24 мкл)
Документ № 1000000009513 в. 07 35
д л я ДИАГНОСТИКИ 1N VITRO
--- стр. 110 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Рисунок 22. Установка воздушного фильтра
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
38
--- стр. 111 ---
Приложение А Local Run Manager
Административные установки и задачи
Введение..............................................................................................................................................................................А
Управление пользователями...................................................................................................................................А
Системные настройки...................................................................................................................................................С
Настройки модуля...........................................................................................................................................................D
Журналы регистрации событий.............................................................................................................................. Е
Введение
Следующие установки и задачи требуют администраторских полномочий пользователя:
Управление учетными записями пользователя — добавление пользователей,
присвоение полномочий и установка паролей.
Редактирование системных настроек NOS — позволяет редактировать NOS с
использованием пиктограммы управления прибором на главном экране секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx.
Управление системными настройками Local Run Manager — установка
параметров безопасности системы, интервалов технического обслуживания и
служебных учетных записей.
Повторное подключение к папке прогона — если папка прогона была удалена и
затем восстановлена, позволяет связать прогон в восстановленной папке для
помещения в задачи анализа.
Просмотр журнала регистрации событий — отслеживает частоту доступа и
активность пользователей.
Разрещение на выполнение следующей задачи настраивается в управлении
пользователем:
Перезагрузка в исследовательский режим — позволяет выполнять команду
перезагрузки в исследовательский режим с изменением программного обеспечения
на исследовательский режим (RUO).
Редактирование настроек пользователя — позволяет настраивать установки
модуля, такие как загрузка файлов списка для использования во всех прогонах в
конкретном модуле анализе.
Повторное выполнение анализа — позволяет редактировать параметры и затем
выполнять анализ повторно. См. П о в то р н о е вы полнение или о с та н о в к а анализа на
странице 33.
Управление пользователями
Все учетные записи пользователя перечислены на странице управления пользователями,
включая имя. фамилию и имя пользователя для каждой учетной записи. В подробных
данных каждой учетной записи осуществляется управление ролями и связанными с ними
правами доступа. Можно присвоить две роли, администратора или пользователя.
Роль администратора — роли администратора по умолчанию присвоены все права
доступа.
Роль пользователя — роли пользователя настраиваются с использованием
подгрупп доступных прав доступа. Все пользователи могут создавать прогоны вне
зависимости от настроек прав доступа.
Просматривать страницу управления пользователем может только пользователь-
администратор.
ПРИМЕЧАНИЕ
Создайте несколько учетных записей пользователей-администраторов. Если единственный
пользователь-администратор будет заблокирован, разблокировать прибор сможет только служба
технической поддержки компании «Иллюмина» {lllumina).
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 112 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx
ПРИМЕЧАНИЕ
В зависимости от размера экрана, на котором просматривается программное обеспечение, меню
«Tools« (инструменты) может быть сжатым под меню “ в левом верхнем углу.
Права доступа пользователей
Право доступа Описание Роль Роль
администратора пользователя
Редактирование системных
настроек Local Run Manager
Установка настроек безопасности,
технического обслуживания и служебны>
учетных записей
Допускается Не допускается
Выход в Windows Выход из NOS и доступ к компьютеру
прибора.
Допускается Не допускается
Редактирование настроек модуля Загрузка файл списков для модулей
анализа
Допускается Допускается,
если выбрано
Управление учетными записями
пользователей
Создание и редактирование учетных
записей пользователей
Допускается Не допускается
Свертывание NOS и доступ к
компьютеру
Свертывание NOS и доступ к
компьютеру прибора.
Допускается Не допускается
Повторный анализ Повторный анализ прогонов,
редактирование параметров анализа
Допускается Допускается,
если выбрано
Перезагрузка в
исследовательский режим
Изменение программного обеспечения
прибора на режим RUO
Допускается Допускается,
если выбрано
Просмотр журналов регистрации Просмотр, фильтрация и экспорт
событий журналов регистрации событий
Допускается Не допускается
Создание нового пользователя
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «User Management» (управление пользователями).
2. На странице управления пользователями выберите «Create User» (создать
пользователя).
3. В диалоговом окне создания нового пользователя введите имя и фамилию нового
пользователя,
4. В поле имени пользователя введите имя пользователя.
Имена пользователей должны быть уникальными и не могут использоваться
повторно или редактироваться.
5. В поле «New Password» (новый пароль) введите временный пароль.
Временные пароли не сохраняются в истории паролей и могут использоваться
повторно.
6. В поле «Confirm Password» (подтвердите пароль) повторно введите временный
пароль.
7. Для выбора роли выберите «Admin» (администратор) или «User» (пользователь) для
переключения между вариантами.
8. Выберите права допуска пользователя в зависимости от указанной роли
пользователя.
9. Выберите «Create User» (создать пользователя).
Сброс пароля пользователя
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите User Management (управление пользователями).
2. Найдите имя пользователя, которого вы хотите отредактировать, и выберите
пиктограмму «Edit» ^ (редактировать).
3. В поле «New Password» (новый пароль) введите временный пароль.
Временные пароли не сохраняются в истории паролей и могут использоваться
повторно.
4. В поле «Confirm Password» (подтвердите пароль) повторно введите временный
пароль.
5. Выберите «Update User» (обновить пользователя).
Документ № 1000000009513 в. 07 В
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 113 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^“ 550Dx
Разблокирование пароля пользователя
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите User Management (управление пользователями).
2. Найдите имя пользователя, которого вы хотите отредактировать, и выберите
пиктограмму «Edit» ^ (редактировать).
В диалоговом окне редактирования пользователя выберите ** «Unlock User»
(разблокировать пользователя).
В поле «New Password» (новый пароль) введите временный пароль.
В поле «Confirm Password» (подтвердите пароль) повторно введите временный
пароль.
Выберите «Update User» (обновить пользователя).
Изменение прав доступа пользователя
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «User Management» (управление пользователями).
Найдите имя пользователя, которого вы хотите отредактировать, и выберите
пиктограмму «Edit» ^ (редактировать).
Для изменения роли выберите «Admin» (администратор) или «User» (пользователь)
для переключения между вариантами.
Выберите права допуска пользователя в зависимости от указанной роли
пользователя.
Выберите «Update User» (обновить пользователя).
Удаление пользователя
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «User Management» (управление пользователями).
Найдите имя пользователя, которого вы хотите отредактировать, и выберите
пиктограмму «Edit» ^ (редактировать).
В диалоговом окне создания нового пользователя выберите «Delete User» (удалить
пользователя).
После удаления пользователя вы не сможете повторно создать учетную запись с тем
же именем.
При появлении подсказки удаления пользователя, выберите «Delete» (удалить).
Системные настройки
Системные настройки - общие параметры безопасности пользователя и
автоматизированного управления данными.
Настройки безопасности пользователей включают длительность срока действия
пароля, максимальное количество попыток ввода и длительность времени ожидания
при бездействии.
Настройки управления данными включают автоматическую очистку неактивных папок
прогона и частоту резервного копирования базы данных, и включает команду
немедленного резервного копирования базы данных.
Настройте учетные записи режима анализа и режима задач для Windows, если ваша
папка выходных данных прогона находится в сетевом пути. По умолчанию это
местная системная учетная запись.
Просматривать страницу системных настроек может только пользователь-
администратор.
ПРИМЕЧАНИЕ
В зависимости от размера экрана, на котором просматривается программное обеспечение, меню
«Tools« (инструменты) может быть сжатым под меню ЯГ в левом верхнем углу.
3.
4.
5.
6.
2.
3.
4.
5.
2.
3.
4.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 114 ---
Определение системных настроек безопасности
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «System Settings» (системные настройки).
2. Выберите вкладку «Security» (безопасность).
3. Укажите количество дней, после которого срок годности пароля истекает и пароль
должен быть сброшен.
4. Укажите количество дней, после которых пользователь получит напоминание о
сбросе пароля до его истечения.
5. Укажите максимальное количество попыток ввода пользователем неправильных
данных для входа до блокировки системы.
6. Укажите количество минут, в течение которых система может оставаться не активной
до автоматического выхода пользователя из системы.
7. Выберите «Save» (сохранить).
Определение настроек обслуживания системы
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите System Settings (системные настройки).
2. Выберите вкладку «Maintenance» (обслуживание).
3. Для включения автоматического удаления неактивных папок, отметьте кнопку-
флажок «Enable Automatic Deletion» (включение автоматического удаления).
При включении система удаляет неактивные папки из папки анализа по умолчанию
после указанного времени.
4. Если отмечена кнопка-флажок «Enable Automatic Deletion» (включение
автоматического удаления), укажите количество дней до активации команды
автоматического удаления.
5. Для указания расположения резервного копирования базы данных, укажите
требуемый путь к расположению резервного копирования базы данных. Для
восстановления базы данных из резервного копирования, обратитесь в службу
технической поддержки lllumina.
6. В поле «Backup Period» введите длительность в сутках между каждым резервным
копированием.
7. Для того, чтобы выполнить немедленное резервное копирование, выберите «Backup
Now» (выполнить резервное копирование сейчас).
8. Выберите «Save» (сохранить).
Определение настроек учетной записи обслуживания системы
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «System Settings» (системные настройки).
2. Выберите на вкладку «Service Accounts» (служебные учетные записи).
3. Для включения учетных записей службы анализа Windows и службы задач, выберите
«Windows Account» (учетная запись Windows).
Убедитесь, что учетная запись службы, которую вы вводите, имеет разрешение на
чтение и запись в папку выходных данных прогона.
4. В поле имени пользователя введите имя пользователя.
Для приборов, работающих в Windows 10 с локальной учетной записью, включите .\ в
имя пользователя (например, Ausername). Для пользователей домена включите имя
домена, затем обратный слеш в имени пользователя (например. domainVusername).
5. В поле пароля введите пароль. Операционная система Windows 10 требует смены
пароля Windows каждые 180 дней. Обязательно обновите учетную запись Windows в
диспетчере локальных запусков (Local Run Manager) с тем же паролем, что и в
операционной системе Windows.
6. Выберите «Save» (сохранить).
Настройки модуля
На странице настроек модуля приводится список установленных модулей анализа в
левой навигационной панели. Каждое название модуля анализа открывает страницу, на
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq"^” 550Dx
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
D
--- стр. 115 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
которой указаны версия модуля и дата последнего изменения.
Для модулей, для которых требуются списки, добавьте к модулю файлы списков, чтобы
они были доступны для всех прогонов. Для этого требуются права доступа
администратора.
1. В навигационной строке панели управления нажмите меню «Tools» (инструменты), и
затем нажмите «Module Settings» (настройки модуля).
ПРИМЕЧАНИЕ
В зависимости от размера экрана, на котором просматривается программное обеспечение, меню
«Tools« (инструменты) может быть сжатым под верхним левым меню
2. Нажмите на название модуля в левой навигационной панели.
3. Нажмите «Add Manifest{s)» (добавить списки).
4. Перейдите к файлу списка, выберите список, который нужно добавить, и нажмите
«Open» (открыть).
Журналы регистрации событий
В журналах регистрации событий записывается информация о конкретных действиях,
таких как доступ пользователей, изменения профилей пользователей и изменения в
системе, прогоне или параметрах анализа. Каждая запись журнала регистрации событий
включает следующую информацию:
► Когда, в форме даты в формате ГГГГ-ММ-ДД и времени в 24-часовом формате.
► Кто, в форме имени пользователя, начавшего действие.
► Что, в форме короткого заданного описания принятых мер.
► Пункт, для которого выполнялось действие, в форме одной из 4 категорий:
пользователь, прогон, анализ или система.
► Для сортировки списка журналов регистрации событий, выберите заголовок любой
колонки для сортировки в порядке убывания или возрастания.
Просматривать страницу журналов регистрации событий может только пользователь-
администратор.
ПРИМЕЧАНИЕ
В зависимости от размера экрана, на котором просматривается программное обеспечение, меню
«Tools» (инструменты) может быть сжатым под верхним левым меню
Фильтрация журналов регистрации событий
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «Audit Trails» (журнал регистрации событий).
2. На странице журналов регистрации событий выберите пиктограмму фильтра .
Примечание
Можно применять фильтры для ранее отфильтрованных результатов для дальнейшего уточнения
списка. Для применения фильтра ко всей базе данных журналов регистрации событий, отмените
предыдущие фильтры, прежде чем продолжить.
Фильтрация по дате
1. Выберите на пиктограмму календаря
2. Выберите на пиктограмму календаря
3. Выберите «Filter» (фильтр).
и выберите дату начала,
и выберите дату окончания.
Фильтрация по имени пользователя
1. В поле «Who» (кто) введите имя пользователя.
Можно ввести любую часть имени пользователя. Звездочки (*) не требуются.
2. Выберите «Filter» (фильтр).
Фильтрация по действию
1. В поле «What» (что) введите описание действия.
Можно ввести любую часть описания действия. Звездочки (*) не требуются.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 116 ---
2. Выберите «Filter» (фильтр).
Фильтрация по описанию пункта действия
1. В текстовом поле «Affected Item» (пункт, для которого выполнялось действие)
введите любую часть описания пункта, для которого выполнялось действие.
Описание, например, может быть названием прогона, именем пользователя,
названием модуля анализа или названием отчета. Можно ввести любую часть
описания. Звездочки (*) не требуются.
2. Выберите «Filter» (фильтр).
Фильтрация по категории пункта действия
1. Для фильтрации по категории пункта, для которого выполнялось действие, выберите
пиктограмму ■ в поле «Affected Item» (пункт, для которого выполнялось действие) и
выберите один из следующих вариантов:
► *U se r (пользователь) — фильтрация списка, показывающая действия
пользователя и действия входа пользователя.
► ^R u n (прогон) — фильтрация списка, показывающая изменения параметров
прогона или статуса прогона
► !^Analysis (анализ) — фильтрация списка, показывающая изменения параметров
анализа или статуса анализа.
► ^ System (система) — фильтрация списка, показывающая действия на уровне
системы, такие как загруз1ка файлов, обслуживание системы или настройки
безопасности.
2. Выберите «Filter» (фильтр).
Экспорт журналов регистрации событий
1. В навигационной строке панели управления выберите меню «Tools» (инструменты), и
затем выберите «Audit Trails» (журнал регистрации событий).
На странице журналов регистрации событий выберите пиктограмму фильтра ^ .
Примените требуемые фильтры.
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx
2 .
3.
4. Выберите пиктограмму экспорта “ .
Программное обеспечение создает отчет в формате PDF, включающий имя
пользователя, дату экспорта и параметры фильтра.
Пиктограммы журналов регистрации событий
Пиктограмма Название Описание
Анализ Обозначает изменение параметров анализа или статуса анализа.
ш Прогон Показывает изменения параметров прогона или статуса прогона.
О Система Показывает изменения настроек модуля или системных настроек.
& Пользователь Показывает действие пользователя или действие по входу пользователя в
систему
Документ № 1000000009513 в. 07
для ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 117 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Приложение В Устранение неисправностей
Введение.............................................................................................................................................................................G
Выполнение проверки системы..............................................................................................................................G
Файлы устранения неисправностей.......................................................................................................................I
Устранение ошибок автоматической проверки................................................................................................I
Резервуар для отходов заполнен...........................................................................................................................J
Сообщение об ошибке RAID.....................................................................................................................................J
Ошибка сетевого хранилища....................................................................................................................................J
Установка настроек системы...................................................................................................................................К
Введение
При проблемах качества или характеристик прогона, обратитесь в службу технической
поддержки lllumina. См. Техническая пом ощ ь на странице 65.
Проверка системы
Проверка системы не требуется для нормальной работы или обслуживания прибора. Тем
не менее, представитель службы технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina)
может попросить вас выполнить проверку системы в целях устранения неисправностей.
ПРИМЕЧАНИЕ
Если требовалось промывание прибора, выполните промывание перед началом проверки
системы.
Начало проверки системы автоматически закрывает операционное программное
обеспечение и запускает сервисное программное обеспечение NextSeq 550Dx (NSS).
Сервисное программное обеспечение запускается и открывается на экране загрузки,
который настроен для использования дополнительного варианта загрузки.
Учетные данные администратора Local Run Manager необходимо использовать для входа
в сервисное программное обеспечение до появления экрана загрузки.
Рисунок 23. Доступные системные проверки
цЦнох •*!*< А S3 ✓
в
initial
System Ctieck
I.ICr1V«tt1IUDi«n
— q - ..................
loittrtie Load
-----------•
s«im
S^IAII
Motion Optics FhiKhcs Thermal
f7[ ШШ ■ - jv'l Й
1
flee Cel Heiiwetwi
0
Не активные кнопки-флажки на экране выбора показывают проверки, для которых
требуется помощь местного представителя компании «Иллюмина» (lllumina).
Выполнение проверки системы
1. На экране «Manage Instrument» управление прибором, выберите «System Check»
(проверка системы). При подсказке о закрытии программного обеспечения NOS
выберите «Yes» (да).
2. Загрузите набор реагентов следующим образом:
Документ № 1000000009513 в. 07 G
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 118 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^^ 550Dx
а.
Ь.
с.
d.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
Если использованная проточная ячейка еще не установлена в прибор, загрузите
использованную проточную ячейку.
Извлеките контейнер с израсходованными реагентами и снова установите его в
прибор.
Добавьте 120 мл воды лабораторного класса чистоты в центральную емкость
Лотка для промывочного буфера (Buffer Wash Tray) и установите его.
Загрузите Лоток для промывки (Reagent Wash Tray). Убедитесь, что Лоток для
промывки (Reagent Wash Tray) пустой и чистый.
Выберите «Load» (загрузка). Программное обеспечение перемещает проточную
ячейку и Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) в нужное положение. Выберите
«Next» (далее).
Выберите «Next» (далее). Начинается проверка системы.
[Не обязательно] После завершения проверки системы выберите «View» (просмотр)
возле названия проверки для просмотра значений для каждой проверки.
Выберите «Next» (далее). Откроется отчет проверки системы.
Выберите «Save» (сохранить) для сохранения отчета в архивный файл. Перейдите к
сетевому расположению для сохранения файла.
После завершения выберите «Exit» (выход).
При подсказке о закрытии сервисного программного обеспечения и запуске
программного обеспечения NOS выберите «Yes» (да). Работа программного
обеспечения управления возобновится автоматически.
Проверка движений
Проверка
системы
BSM
Описание
Проверка хода и расстояния механизма буферных пипеток (BSM) для подтверждения
правильной работы модуля.
FCLM и РАМ Проверка хода и расстояния механизма загрузки проточной ячейки (FCLM) и
автоматического модуля жидкостей (FAM) для подтверждения правильной работы
модулей.
Проверка
подставки
Проверка пределов хода и функций подставки XY и 6 подставок Z, по одной для каждой
камеры.
Проверка оптики
Проверка
системы
Регистрация
проточной ячейки
Описание
Измерение наклона проточной ячейки на оптической плоскости, проверка функции
камеры, проверка модуля визуализации и подтверждение регистрации проточной ячейки в
нужном положении для визуализации.
Проверка жидкостных систем
Проверка
системы
Реакция клапанов
Описание
Проверка точности движений клапанов и насосов и проверка диапазона хода шприцевого
насоса.
Снижение
давления
Проверка скорости утечки в герметичной жидкостной системе с подтверждением того, что
проточная ячейка правильно установлена в положение для секвенирования.
Скорость потока Проверка функциональности датчиков пузырьков, которые используются для выявления
воздуха в трубках для реагентов. Измерение значений скорости потока для проверки на
наличие окклюзий или утечек.
Проверка температуры
проверка
системы
Описание
Вентиляторы Проверка скоростей вентиляторов системы в импульсах в минуту (PPM) для
подтверждения работы вентиляторов. Не работающие вентиляторы выдают
отрицательное значение.
Температурные
датчики
Проверка средней температуры каждого датчика температуры. Не работающие
температурные датчики выдают отрицательное значение.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 119 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Файлы устранения неисправностей
Представитель службы технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina) может
запросить копии файлов для конкретного прогона или сканирования для устранения
неисправностей. Обычно для устранения неисправностей используются следующие
файлы.
Файлы устранения неисправностей для прогонов секвенирования
Ключевой файл Папка Описание
Файл информации о
прогоне (Runinfo.xml)
Корневая
папка
Содержит следующую информацию;
• Название прогона
• Количество циклов в прогоне
• Количество циклов в каждом считывании
• Является ли считывание индексным считыванием
• Количество полос и клеток на проточной ячейке
Файл параметров Корневая Содержит информацию о параметрах прогона и компонентах прогона.
прогона
(RunParameters.xml)
папка Информация включает RFID, серийный номер, номер компонента и дату
окончания срока годности.
Файл настройки RTA
(RTAConfiquration.xmn
Корневая
папка
Содержит настройки конфигурации RTA для прогона.
Файл RTAConfiquration.xml создается в начале прогона.
Файлы InterOp (*,bin) InterOp Бинарные файлы отчета.
Файлы InterOp обновляются в течение прогона.
Регистрационные
файлы
Logs Регистрационные файлы описывают каждый этап, выполненный прибором
в каждом цикле, и последние версии программного обеспечения и
прошивки, использовавшиеся для прогона. В файле с названием
[lnstrumentName]__CurrentHardware.csv перечислены серийные номера
компонентов прибора.
Регистрационные
файлы ошибок
(‘Errorloq’.txt)
RTA logs Журнал ошибок RTA.
Файлы журнала ошибок обновляются при возникновении ошибки.
Общие
регистрационные
файлы
(*GlobalLoq*.tsv)
RTA logs Регистрация всех событий RTA.
Общие регистрационные файлы обновляются в течение прогона.
Регистрационные
файлы дорожек
(*LaneLoq*.b(t)
RTA logs Регистрация событий обработки RTA,
Регистрационные файлы дорожек обновляются в течение прогона.
Ошибки RTA
Для устранения ошибок RTA сначала проверьте журнал ошибок RTA, который хранится в
папке RTALogs. Данный файл отсутствует при успешных прогонах. Приложите журнал
ошибок при сообщении о проблемах в службу технической поддержки компании
«Иллюмина» (lllumina).
Устранение ошибок автоматической проверки
При возникновении ошибок при автоматической проверке выполните следующие
рекомендуемые действия для устранения ошибки.
Проверки прогонов секвенирования
Если проверка перед прогоном не пройдена, RFID картриджа с реагентами не
блокируется и может быть использована для последующего прогона. Тем не менее, RFID
проточной ячейки, картриджа с реагентом и картриджа с буфером будут заблокированы
во время инициализации управляющего программного обеспечения, что может
потребоваться для устранения ошибки. Перед перезапуском системы пользователь
должен извлечь из прибора проточную ячейку, картридж с реагентом и картридж с
буфером. Кроме того, расходуемые RFID блокируются после прокалывания прокладок из
фольги. После считывания RFID проточной ячейки программным обеспечением
запускается 7-часовой таймер, после чего проточная ячейка считается заблокированной и
непригодной для использования.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 120 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ SSODx
Проверки системы Рекомендуемое действие
Дверцы закрыты Убедитесь, что дверцы отсеков закрыты.
Расходные
материалы
Датчики расходных материалов не регистрируют. Убедитесь, что все расходные
материалы загружены правильно. На экранах настройки прогона выберите «Back»
загружены (назад) для возврата к этапу загрузки и повторите настройку прогона.
Требуемое
программное
обеспечение
Отсутствуют необходимые компоненты программного обеспечения.
Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» {lllumina).
Место на диске в На жестких дисках прибора отсутствует достаточно места для выполнения прогона.
приборе Возможно, что не осуществлялась передача данных предыдущего прогона.
Очистите данные прогона с жесткого диска прибора.
Сетевое Сетевое подключение было прервано. Проверьте состояние сети и физическое
подключение подключение к сети.
Место на сетевом
диске
Сетевой сервер заполнен.
Температура Рекомендуемое действие
Температура Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Датчики
температуры
Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Вентиляторы Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Система
визуализации
Рекомендуемое действие
Пределы
визуализации
Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Z Этапы и установка Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Частота ошибочных
битов
Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Регистрация
проточной ячейки
Возможно, проточная ячейка установлена неправильно.
• Выберите «Back» (назад) на экранах настройки прогона для возврата к этапу
проточной ячейки. Откроется дверца отсека визуализации.
• Извлеките и снова установите проточную ячейку, убедившись, что она установлена
правильно.
Поступление
реагентов
Рекомендуемое действие
Реакция клапанов Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Насос Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Буферный механизм Обратитесь в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lllumina).
Удаление
израсходованных
реагентов
Опорожните Резервуар для отходов (Waste bottle) и установите пустой контейнер.
Резервуар для отходов заполнен
Всегда начинайте прогон с пустым Резервуаром для отходов (Waste bottle).
Если прогон был запущен без опорожнения Резервуара для отходов (Waste bottle)
датчики системы запускают остановку программного обеспечения для остановки прогона,
если резервуар полон. Датчики системы не могут остановить прогон во время
определения кластеров, парноконцевого ресинтеза или автоматического промывания
после прогона.
Во время паузы прогона открывается диалоговое окно с возможность поднять системы
подачи и опорожнить полный резервуар.
Опорожнение резервуара для отходов
1. Выберите «Raise Sippers» (поднять системы подачи).
2. Извлеките Резервуар для отходов (Waste bottle) и утилизируйте его содержимое
соответствующим образом.
3. Установите пустой контейнер обратно в отсек для буфера.
Документ N® 1000000009513 в. 07 J
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 121 ---
г
4. Выберите «Continue» (продолжить). Прогон возобновится автоматически.
Сообщение об ошибке RAID
Компьютер секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx оборудован четырьмя
жесткими дисками, два для диагностического режима и два для исследовательского
режима. При отказе жесткого диска система создает сообщение об ошибке RAID и
предлагает обратиться в службу технической поддержки компании «Иллюмина» (lilumina).
Обычно требуется перенос жесткого диска.
Можно продолжить этапы настройки прогона и обычную работу. Цель сообщения -
заранее запланировать обслуживание во избежание прерываний в нормальной работе
прибора. Предупреждение RAID может подтвердить только администратор.
Использование прибора только с одним жестким диском может привести к потере данных.
Ошибка сетевого хранилища
Ошибки сетевого хранилища возникают по одной из следующих причин:
Недостаточно места для хранения выходной папки - Увеличьте объем
пространства на устройстве хранения или переместите выходную папку в место с
достаточным объемом памяти,
>■ Не удается подключиться к сетевому хранилищу - Проверьте путь к выходной
папке. См. раздел У ста н о в к а вы ходной папки по ум олчан ию на странице 19.
>■ Система не может записывать данные в сетевое хранилище - обратитесь к своему
ИТ-администратору для проверки разрешений.
Учетная запись Windows в операционной системе прибора требует разрешения на чтение
и запись в папку вывода. Учетная запись Windows в диспетчере локальных запусков
также требует разрешения на чтение и запись в папку вывода. См. раздел Указание
н а с т р о й к и у ч е т н ы х запи сей с и с т е м н ы х служ б на странице 44.
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Установка настроек системы
Система настраивается при установке. Тем не менее, если требуется изменение или
смена настроек системы, используйте функции настройки системы. Только у учетной
записи администратора Windows есть права доступа к функциям настройки системы.
► Настройки сети - Функции настройки IP-адреса, адреса сервера доменных имен
(DNS), имени компьютера и доменного имени.
Установка конфигурации сети
1. На экране «Manage Instrument» (управление прибором), выберите System
Configuration (конфигурация системы).
2. Выберите «Obtain ап IP address automatically» (автоматическое получение IP-
адреса) для получения IP-адреса с использованием службы DHCP.
ПРИМЕЧАНИЕ
Протокол динамической настройки хостов (DHCP) - стандартный сетевой протокол 6
используемый в IP-сетях для динамического распределения параметров конфигурации сети.
Либо выберите «Use the following IP address» (использовать следующий IP-адрес) для
подключения прибора к другому серверу вручную следующим образом. Обратитесь к
администратору сети для получения адреса для вашего учреждения.
Введите 1Р-адрес. IP-адрес представляет собой серию из 4 чисел, разделенных
точкой, например 168.62.20.37.
► Введите маску подсети, подраздел 1Р-сети.
► Введите шлюз по умолчанию - маршрутизатор сети, через который осуществляется
подключение к Интернет.
3. Выберите автоматическое получение адреса DNS-сервера для подключения прибора
к серверу доменных имен, связанному с IP-адресом.
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
К
--- стр. 122 ---
Либо выберите «Use the following DNS server addresses» (использовать следующие
адреса DNS-сервера) для подключения прибора к серверу доменных имен вручную
следующим образом.
► Введите требуемый адрес DNS, Адрес DNS - имя сервера, который используется для
передачи доменных имен !Р-адресам.
Введите альтернативный адрес DNS. Альтернативный адрес используется, если
желаемый DNS не может передать конкретное доменное имя на 1Р-адрес.
4. Выберите «Save» для перехода к экрану компьютера.
ПРИМЕЧАНИЕ
Имя компьютера прибора присваивается компьютеру прибора при производстве. Любые
изменения имени компьютера могут влиять на подключение и требуют сетевого администратора.
5. Подключите компьютер прибора к домену или рабочей группе следующим образом.
► Для приборов, подключенных к Интернет — Выберите «Member of Domain» (член
домена), и затем введите доменное имя, связанное с подключением к Интернет в
вашем учреждении. Изменения домена требуют имени пользователя и пароля
администратора.
► Для приборов, не подключенных к Интернет — Выберите «Member of Work
Group» (член рабочей группы), и затем введите название рабочей группы. Название
рабочей группы уникально для вашего учреждения.
6. Выберите «Save» (сохранить).
руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
--- стр. 131 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
Индекс
административные настройки и задачи А
воздушный фильтр 3, 37
анализ
файлы выходных данных Q
повторный анализ 31
просмотр результатов 29
анализ, чистота первичного сигнала Р
аудио 17
экспорт журналов регистрации событий F
фильтр Е
пиктограммы F
просмотр Е
В
расположение резервного копирования D
файлы распознавания оснований Q
распознавание оснований О
индексирование Р
картридж с буфером 6, 26
буферный отсек 2
нумерация камеры R
фильтр строгости Р
создание кластера 20, 29
файлы расположения кластера Q
создание шаблона N
кластеры, прошедшие фильтр Р
совместимость
проточная ячейка, картридж с реагентами4
Отслеживание RFID 4-5
компоненты
буферный отсек 2
отсек визуализации 2
отсек для реагентов 2
строка состояния 2
настройки конфигурации К
наборы реагентов 4
картридж с буфером 6
проточная ячейка 4
обслуживание прибора 7
лабораторная вода 7
картридж с реагентами 5
прогоны секвенирования 6
расходные материалы для промывания 34-35
программное обеспечение управления 8
создание прогона 21
поддержка клиентов Y
количество циклов в считывании 20
D
данные
период резервного копирования D
передача данных
универсальный режим копирования N
удаление пользователя С
Документ № 1000000009513 в, 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
проверка пространства на диске 8
документация 1, Y
Е
эмпирическое фазирование N
вероятность ошибки Р
ошибки и предупреждения 8, М
F
файлы фильтра Q
проточная ячейка
штифты совмещения 23
очистка 22 получение изображений R
нумерация дорожек R
пары дорожек 4
обзор 4
упаковка 22
номер колонки R
нумерация клеток S клетки Q
формамид, положение 6 27
Н
помощь
документация 1
помощь, техническая Y
пиктограммы
журналы регистрации событий F
ошибки и предупреждения 8
Местный диспетчер прогонов 11
сворачивание NOS 9
статус 8
длительность ожидания при отсутствии
активности С
Служба проактивного мониторинга
«Иллюмина» (lllumina) 18
отсек визуализации 2
изображения, 2-канальное секвенирование О
индексирование Р
изображение прибора 17
настройки конфигурации К
указатели режима 17
название 17
данные производительности 18
кнопка питания 3
перезагрузка 18 повторный запуск 18-19
выключение 18-19
включение 16
расходные материалы для обслуживания
прибора 7
промывание прибора 34
значения интенсивности О
Файлы InterOp I, Q
К
клавиатура 17
L
--- стр. 132 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx
руководства по воде лабораторного класса
чистоты 7
нумерация дорожек R
пары дорожек R
Местный диспетчер прогонов
создание прогона 21
пиктограммы 11
настройки модуля D
пароли пользователей 14
просмотр 10-11
рабочий процесс 11
файлы Iocs Q
М
настройки обслуживания D
обслуживание, профилактическое 34
управление прибором, отключение 19
показатели
распознавание оснований О
циклы плотности кластеров 29
циклы интенсивности 29
моя учетная запись 15
N
ошибка сетевого хранилища 51
О
обучение онлайн 1
файлы выходных данных Q
файлы выходных данных, секвенирование Q
прохождение фильтра (PF) Р
пароль
доступное количество попыток С
изменение 15
создание В
истечение С
управление А
сброс В
состояния 15
разблокирование В
пароли пользователя 14
фазирование, префазирование N
Алгоритм Phred Р
промывание после прогона 32
кнопка питания 3, 16
переключатель питания 16
проверка перед прогоном 27
ошибки перед прогоном I
профилактическое обслуживание 34
Q
Оценки качества Р
R
Сообщение об ошибке RAID К
длина считывания 20-21
картридж с реагентами
обзор 5
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
емкость №28 35
емкость №6 27
отсек для реагентов 2
реагенты в наборах 4
надлежащая утилизация 26
Программное обеспечение анализа i
реальном времени 8
фазирование N
результаты Q
рабочий процесс N
перезагрузка
прибор 18-19
исследовательский режим 18
перезагрузка в исследовательский режим 17
удаление неактивных папок D
повторный анализ 31
повторный запуск 18-19
Отслеживание RFID 4
длительность прогона 20-21
папка прогона
изменение расположения 32
удаление 14
повторное подключение 14
установка расположения 18
показатели прогона 28
Runinfo.xml I, Q, Q
прогоны
активный 12
создание 21
редактирование 13
фильтр 13
скрытие 13
штифт 14
ход выполнения 28
Вкладка обзора прогона 30
поиск 13
установка запуска 18
Режим RUO 17-18
образцы
вкладка образцов и результатов 30
поиск 13
секвенирование
введение 20
поставляемые пользователем расходные
материалы 6
секвенирование в течение анализа 10
вкладка информации о секвенировании 30
рабочий процесс секвенирования 21, N
настройки учетной записи обслуживания D
отключение прибора 19
гипохлорит натрия, промывание 35
программное обеспечение
настройки конфигурации К
создание прогона 21
проверка пространства на диске 8
анализ изображения, распознавание
оснований 8
инициализация 16
V
--- стр. 133 ---
Руководство справочное для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^^ 550Dx
на приборе 8
длительность прогона 20-21
резервуар для отходов заполнен J
утилизация 24, 36
предупреждения о статусе 8
строка состояния 2
нумерация колонки R
проверка системы G
настройки системы 17, С
время ожидания системы С
системные имя пользователя и пароль 16
техническая поддержка Y
создание шаблона N, N
нумерация клеток S
устранение неисправностей, проверка перед
прогоном I
файлы прогона I, I
контейнер для израсходованных реагентов J
проверка системы G
и
Универсальный режим копирования N
поставляемые пользователем расходные
материалы 6-7
управление пользователями А
имя пользователя и пароль 16
изменение прав допуска пользователя С
удаление С
W
промывание
автоматическое 32
промывание вручную 34
поставляемые пользователем расходные
материалы 34
компоненты промывания 34
Доступ к Windows 9
выход 19
рабочий процесс
картридж с буфером 26
проточная ячейка 23
подготовка проточной ячейки 22
индексирование Р
обзор 21
проверка перед прогоном 27
картридж с реагентами 26
длительность прогона 20-21
показатели прогона 28
секвенирование N
гипохлорит натрия 35
израсходованные реагенты24
Документ № 1000000009513 в. 07
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
W
--- стр. 147 ---
2. Рамка-переходник для центрифугирования фильтр-планшета (Adapter Collar for
Centrifugation) - 2 шт.
25. Крышки запасные для индексных адаптеров (Index Adapter Replacement Caps), 2 шт./уп.
- нс более 100 шт. (при необходимости).
1.3 Назначение
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx, методом секвенирования нового
поколения (NGS) предназначен для секвенирования библиотек ДНК при использовании
наборов реагентов для диагностики in vitro. Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^^
550Dx используется с наборами реагентов: "Набор реагентов МВД NextSeq'^''^ 550Dx v2.5,
300 циклов (NextSeq’*"'^ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для секвенирования
нуклеиновых кислот" и "Набор реагентов ИВД NextSeq^*^ 550Dx v2.5, 75 циклов (NextSeq^^
550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот"
при использовании с медицинскими изделиями, такими как: "Набор для создания
«библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq'^'^ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах
исполнения", "Система неинвазивного пренатального тестирования для определения
множественных врожденных анеуплоидий ИВД VeriSeq™ NIPT Solution v2, анализ
нуклеиновых кислот, в вариантах исполнения" и аналитическим программным
обеспечением.
1.4 Показания
Только для диагностики in vitro.
1.5 Область применения
Клиническая лабораторная диагностика.
1.6 Противопоказания
Не применимо
1.7 Побочные эффекты
Не применимо
1.8 Информация о предполагаемых пользователях медицинского изделия
Специалисты, имеющие квалификацию в области клинической лабораторной диагностики.
Только для профессионального применения.
2. Информация о производителе/разработчике медицинского изделия
2.1 Информация о производителе (изготовителе) и разработчике медицинского
изделия
«Иллюмина, Инк.», 5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США
(lllumina, Inc., 5200 Illumina Way, San Diego, California 92122, USA), тел. 1.858.202.4500
2.2 Информация о месте(-ах) производства медицинского изделия
«Иллюмина Сингапур», 29 Вудландс Индастриал Парк, Е1, НорсТек, Сингапур 757716
(Illumina Singapore Pte Ltd 29 Woodlands Industrial Park El, Northtech Singapore 757716)
--- стр. 148 ---
3. Классификация медицинских изделий
Классификация Согласно требованиям действующих
директив ЕС
GMDN, UMDNS или EDMA (Всемирная
номенклатура медицинских изделий,
универсальная система классификации
медицинских приборов или классификация
Европейской ассоциации производителей
диагностического оборудования)
GMDN: 61957 - Анализатор
последовательностей нуклеиновых
кислот IVD, секвенирование нового
поколения (NGS)
Класс потенциального риска 2а
Класс электробезопасности 1
Класс лазера: 1
Уровни радиации Уровни радиации, создаваемые
устройствами 1 класса, не являются
опасными.
Класс безопасности программного
обеспечения
Умеренное / 62304 Класс В
Существенная степень защиты согласно
IEC 60529
Н/П
Прибор не используется в условиях,
требующих специальной защиты.
Класс по возможным последствиям отказа
в процессе использования (ГОСТ Р 50444-
92)
Г - изделия, отказ которых не
вызывает нарушения основных
функций, а приводит только к
изменению дополнительных
характеристик, не вызывающих
последствий для пациента.
4. Инструкция по применению
4.1 Запуск прибора
Установите переключатель питания в положение «I» (вкл.).
Рисунок 1. Переключатель питания, расположенный на задней панели прибора
" я
Нажмите на кнопку питания над отсеком для реагентов. Кнопка питания включает питание
прибора и запускает встроенный компьютер и программное обеспечение.
--- стр. 149 ---
Рисунок 2. Кнопка питания, расположенная на передней панели прибора
Дождитесь завершения загрузки операционной системы. Операционное программное
обеспечение NextSeq 550Dx (NOS) запускается и инициализирует систему автоматически.
После завершения этапа инициализации открывается домашний экран.
Введите имя пользователя и пароль для местного диспетчера прогонов. Информация о
паролях приводится в разделе Пароли пользователя в справочном руководстве NextSeq
550Dx. Информация по настройке учетной записи в местном диспетчере прогонов
приводится в разделе Введение в справочном руководстве NextSeq 550Dx.
Выберите «Login» (Вход), Откроется главный экран с пиктограммами «Sequence»
(секвенирование), «Local Run Manager» (местный диспетчер прогонов), «Manage
Instrument» (управление прибором) и «Perform Wash» (выполнить промывку).
4.2 Секвенирование
Аналитический цикл секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq” ^^ 550Dx включает три
этапа: приготовление библиотеки, секвенирование и анализ данных (Рисунок 3).
Рисунок 3. Три этапа процесса анализа на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq^^
550DX
Pi-cjxire I ibrary - приго10я;1е1ше [
библиотеки
CiJwpMHpoBaib ннлексированиме
(«nC vinoitfK n
f оглать (цнмон ( u iik . i оеквеиирования! в
Local Run Matiagc)'
Sequence - ссквсниронаиие
S
Analyze Data oiixih j данных
, 1о6авмп> библиоtCKv к Г1'говому
карфн.лжу сроакчпамн NexlSeq 5501)к
Чагручит!, в Ссквенаю]) нуклеиновых
КИСЛО! NexiSeq^'* 550IX. чаи\слить прогон
Автоматически лап\ етшь ашии! данных в
(л'.а! Run Мапакг
Для цикла секвенирования на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq'^^^ 550Dx
подготавливают картридж и проточную ячейку, затем следуют указаниям программы для
подготовки и запуска прогона (Рисунок 4). Формирование кластеров и секвенирование
проводится прибором. После завершения прогона автоматически запускается промывка
прибора уже загруженными в него реагентами.
--- стр. 150 ---
Рисунок 4. Процесс секвенирования
Создайте прогон в программном модуле Local Run Manager. См. руководство по
протоколу анализа для вашего конкретного модуля.Создать
■ ,„,w
Подготовьте новый картридж с реагентами: разморозьте и осмотрите его.
Подготовьте новую проточную ячейку: доведите ее до комнатной температуры,
разверните и осмотрите.
Денатурирование и разведение библиотек. См. инструкцию в листовке-вкладыше
по подготовке библиотеки.
Загрузите разведение библиотеки в резервуар №10 картриджа библиотеки.
На главном экране NOS прибора, выберите «Sequence» (секвенирование), ваш
код прогона, и начните этапы настройки прогона. Выберите «Run» (прогон).
Загрузите проточную ячейку.
Извлеките и перезагрузите израсходованный контейнер с реагентами.
Загрузите картридж с буфером и картридж с реагентами.
Просмотрите результаты проверки перед прогоном. Выберите «Start» (запуск).
(Не требуется при настроенном автоматическом запуске).
Отслеживайте прогон в операционном программном обеспечении или на
подключенном к сети компьютере с Local Run Manager.
Промывка прибора начинается автоматически после завершения секвенирования.
Подробные инструкции по использованию прибора и способы устранения неполадок
приведены в Руководстве справочном для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™
550Dx, методом секвенирования нового поколения (NGS).
5. Техническое описание медицинского изделия
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx предназначен для секвенирования
библиотек ДНК, подготовленных с использованием индексированных праймеров и
последовательностей захвата для амплифицируемых мишеней. Библиотеки образцов
захватываются в проточной ячейке, секвенирование проводится с использованием метода
секвенирования путем синтеза (далее SBS, от sequencing by synthesis). В процессе SBS
используются обратимые терминаторы для обнаружения флуоресцентно меченных
нуклеотидных оснований при их встраивании в растущие цепи ДНК. Программное
обеспечение прибора выполняет анализ изображений и распознает нуклеотиды, в каждом
--- стр. 151 ---
цикле секвенирования присваивает каждому из них показатель качества. По завершении
первичного анализа прибор проводит вторичный анализ для распознавания оснований.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq"^^ 550Dx использует различные методы
вторичного анализа в зависимости от протокола (т.е. герминативного или соматического).
Для модулей распознавания герминальных и соматических вариантов обработка данных
включает в себя демультиплексирование, генерацию файла FASTQ, выравнивание,
распознавание вариантов и создание файлов распознавания вариантов (VCF), содержащих
информацию об обнаруженных в специфических позициях референтного генома вариантах.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx является медицинским изделием для
диагностики in vitro (IVD), подконтрольным FDA и подлежащим маркировке СЕ.
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq"^^ 550Dx может применяться клиническими
лабораториям для разработки и проведения широкого спектра аналитических процедур, от
секвенирования следующего поколения (NGS) для IVD с использованием целевых панелей
до клинических исследований, так и геномов целиком.
Фотография, общий вид медииинского изделия (передняя сторона)
--- стр. 152 ---
Фотография, общий вид медитнского изделия
--- стр. 153 ---
Основная комплектация и перечень компонентов медииинского изделия
Базовая комтектаиия:
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx, методом секвенирования нового
поколения (NGS)________________________________________________________________________
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^” ^
поколения (NGS), в составе:
550Dx, методом секвенирования нового
1. Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx, методом секвенирования нового
поколения (NGS) _______________________
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^*^
550Dx, методом секвенирования нового
поколения (NGS) предназначен для
секвенирования библиотек ДНК при
использовании наборов реагентов для
диагностики in vitro. Секвенатор
нуклеиновых кислот NextSeq'*^'^ 550Dx
используется с наборами реагентов: "Набор
реагентов ИВД NextSeq'*’’^ 550Dx v2.5, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для
секвенирования нуклеиновых кислот" и
"Набор реагентов ИВД NextSeq^*^ 550Dx
v2.5, 75 циклов (NextSeq™ 550Dx High
Output Reagent Kit v2.5 (75 cycles)) для
секвенирования нуклеиновых кислот" при
использовании с медицинскими изделиями,
такими как: "Набор для создания
«библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД
TruSeq'^'^ Custom Amplicon Kit Dx, в
вариантах исполнения", "Система
неинвазивного пренатального
тестирования для определения
множественных врожденных анеуплоидий
ИВД VeriSeq™ NIPT Solution v2, анализ
нуклеиновых кислот, в вариантах
исполнения" и аналитическим
программным обеспечением.
Количество - 1 шт.
Высота'. 58,5 см ± 10 %
Ширина'. 54,0 см ± 10 %
Глубина: 69,0 см ± 10 %
Масса: 84,0 кг ± 10 % ____
2. Лоток для промывочного буфера (Buffer Wash Tray)
--- стр. 154 ---
Лоток для промывочного буфера
расходный материал для однократного
использования, имеет три резервуара, уже
заполненных буферными и промывочными
растворами.
Количество — 1 шт.
Длина'. 36,8 см ± 10 %
Высота: 9,6 см ± 10 %
Ширина: 9,9 ± 10 %
Масса: 432,0 г ± 10 %
3. Резе для отходов (Waste bottle)
Резервуар для отработанных реагентов.
Флакон, в который собираются
использованные реагенты.
Количество - 1 шт.
Длина: 40,5 см ± 10 %
Высота: 8,7 см ± 10 %
Ширина: 9,5 см ± 10 %
Мгссо; 527,0 г ±10%
4, Лоток для промывки (Reagent Wash Tray)
Лоток, содержащий промывочный раствор.
Лоток для промывки вручную после
прогона или для быстрой промывки.
Количество — 1 шт.
Длина: 27,4 см ± 10 %
Высота: 5,1 см ± 10 %
Ширина: 21,2 см ± 10 %
Масса: 416,0 г± 10 %
5. Адаптер для сканирования биочипов (Beadchip Adapter)
--- стр. 155 ---
.....
ТТГ -
Адаптер фиксирует биочип и позволяет ему
занять правильное положение перед
сканированием.
Количество - 1 шт.
Длина: 14,0 см ± 10 %
Высота: 0,9 см ± 10 %
Ширина: 8,0 см ± 10 %
Масса: 76,0 г ± 10 %
6. Ячейка проточная, тестовая (Wash flow се О!
1
■ ■ ■ > i '" -ж -’*'"'
1ЙвВЙ*^
Проточная ячейка со стеклянной
подложкой. Для очистки проточной ячейки
и общей проверки проточной системы.
Количество - 1 шт.
Длина: 17,0 см ± 10 %
Высота: 1,8 см ± 10 %
Ширина: 12,8 см ± 10 %
Мзсса;280,0 г ± 10 %
7. Кабель локальной сети (Ethernet Cable)
1 Экранированный кабель для локальной
сети САТ-5Е.
Количество - 1 шт.
Длина: 3,0 метра ± 10 %
Диаметр: 0,6 см ± 10 %
8. Комплект беспроводной клавиатуры и мыши (Wireless keyboard with non-integrated
mouse)
--- стр. 156 ---
■ a a -f 1ш аш аш аяв*в1ка а а а а а а а а ш в в а в в а ц
_ «1 fr ^ '0 ■„ щ ■■ *•
|.•-п
« -=¥=*1
Беспроводная клавиатура и мышь,
устройства для ввода информации.
Количество — 1 шт.
Клавиатура
Длина'. 48,6 см ± 10 %
Высота'. 4,57 см ± 10 %
Ширина: 22,7 см ± 10 %
Масса: 601,0 г ± 10% (включая
алкалиновые батареи 2 АА, масса батареек
может различаться).
Мышь
Длина: 11,3 см ± 10 %
Высота: 3,96 см ± 10 %
Ширина: 5,83 см ± 10 %
Масса: 65,9 г ± 10 % (включая алкалиновые
батареи 2 АА, масса батареек может
различаться)._______________________________
9. Кабель питания (Power Cord)
Кабель питания, подходящий для местных
условий. Используется для подключения
устройства к сети электропитания.
Количество - 1 шт.
Длина: 2,5 метра ±10%
Диаметр: 0,7 см ± 10 %
Максимально допустимая нагрузка: 220-
240 VAC 10 А
10. Руководство по распаковке
fO
С
Е
D
СО U
в руководстве изложены инструкции по
распаковке прибора.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
11 ._Листовка информационная
--- стр. 157 ---
! !l
; \
' I
iiii
I 1
U:i.
i'i .
Ь
b !
u
; ii
llh i
ji
t.
(f. ‘
di
I
i‘iil
Этот документ содержит важную
информацию для потребителя —
упрощенную декларацию соответствия.
Бумага белого цвета.
Количество — I шт.
12. Руководство по эксплуатации
£
I-Г ^
S S
Ц
I
Инструкции для пользователя.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
13. Руководство справочное
В этом руководстве представлены
описание системы и инструкции по работе
и техническому обслуживанию.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
14. Руководство справочное для программного обеспечения Local Run Manager, модуль
анализа герминальных вариантов________________________________________________________
--- стр. 158 ---
^ ^ а а
!
1ши
Инструкции по настройке условий прогона
и просмотру результатов в модуле анализа
герминальных вариантов.
Бумага белого цвета.
Количество — 1 шт.
15. Руководство справочное для программного обеспечения Local Run Manager, модуль
анализа соматических вариантов _________
il
и
Инструкции по настройке условий прогона
и просмотру результатов в модуле анализа
соматических вариантов.
Бумага белого цвета.
Количество — I шт.
16. Руководство по установке
liili 1 I
в руководстве приведены спецификации и
инструкции для подготовки места
установки и работы прибора.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
7. Руководство по безопасности и нормативно-правовому соответствию
!!1!
< \\
г 1
1
11
I Ш1р1
lliiii
ill
*и:
! i'll!
I Ijiijjij
1 1
ti;
• i||!l! ilili ’ Ij Ijji i 'll!
liililllilliN iN
)
В руководстве описана маркировка
соответствия, приведены нормативные
требования и информация по технике
безопасности, относящиеся к установке,
обслуживанию и эксплуатации прибора.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
--- стр. 159 ---
18. Руководство по нормативно-правовому соответствию считывающего устройства
RFID
1
В руководстве описаны меры
предосторожности, маркировка
соответствия и нормативные требования
для считывающего устройства RFID
(модель № TR-001-44), которое является
внутренним компонентом прибора.
Бумага белого цвета.
Количество — 1 шт.
19. Листок - вкладыщ с расшифровкой символов
Ч S ill Liilisiii ill!
п
Ш •и |iiifj
= J HllliiB ав @1 ^ !
В документе приведена общая
расшифровка условных обозначений,
которые могут встречаться на маркировке
этой продукции.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
20. Листок - вкладыш для клиента
!1>
\П
Ш '
и
Ы I
ifiiji
ii 11" if
I i
■ 1 {
I l!
1 i
i!il
'l! и |! I {
!l|| I
I I
И!Пill
111
11
l!
IP i
!l
II
11
I I
ill
li
III
HU
ll.Un
i :
1 1 1
Этот документ содержит важную
информацию для потребителя —
упрощенную декларацию соответствия.
Бумага белого цвета.
Количество - 1 шт.
21. Фильтр воздушный (Air filter)
--- стр. 160 ---
Фильтр, очищающий воздух, который
используется для охлаждения прибора.
Воздушный фильтр находится в
специальном отделении на задней стороне
прибора.
Количество: не более 100 шт. (при
необходимости)
Длина: 23,5 см ± 10 %
Высота: 2,0 см ± 10 %
Ширина: 29,0 см ± 10 %
Масса: 248,0 г ± 10 % _______________
22. Планшет фильтровальный TruSeq™ Custom Amplicon (TruSeq^*^ Custom Amplicon
Filter Plate) ____
Включает один сменный фильтровальный
планшет для проведения анализа с
использованием Набора реагентов для
создания «библиотеки» нуклеиновых
кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit
Dx.
Количество: не более 100 шт. (при
необходимости)
Длина: 12,8 см ± 10 %
Высота: 1,6 см ± 10 %
Ширина: 8,6 см ± 10 %
Масса: 73,0 г ± 10 %
23. Набор адаптеров для 96-луночных планшетов и индексных пробирок TruSeq™
(TruSeq™ Index Plate Fixture Kit)
Для правильного расположения индексных
праймеров перед ПЦР-амплификацией.
Количество: 2 шт./набор - не более 100 шт.
(при необходимости)
Длина: 16,8 см ± 10 %
Высота: 2,5 см ± 10 %
Ширина: 13,9 см ± 10 %
Масса: 87,0 г ± 10 % (одна шт.)
24. Комплект функциональных штативов для плашки и адаптеров для
центрифугирования TruSeq™ (TruSeq™ Index Plate Fixture & Collar Kit), в составе:
1._____Адаптер для 96-луночных планшетов и индексных пробирок TruSeq^^ (TruSeq™
Index Plate Fixture) - 2 шт._________________________________________________________
--- стр. 161 ---
2. Рамка-переходник для центрифугирования фильтр-планшета (Adapter Collar for
Centrifugation) - 2шт. ___________________________
Для правильного расположения
индексированных праймеров перед ПЦР-
амплификацией.
Количество: не более 100 шт. (при
необходимости)
Адаптер для 96-луночных планшетов и
индексных пробирок TruSeq^*^ (TruSeq™
Index Plate Fixture)
Длина: 16,8 см ± 10 %
Высота: 2,5 см ± 10 %
Ширина: 13,9 см ± 10 %
Масса: 87,0 г ± 10 %
Рамка-переходник для центрифугирования
фильтр-планшета (Adapter Collar for
Centrifugation)
Длина: 12,5 см ± 10 %
Высота: 0,6 см ± 10 %
Ширина: 8,2 см ± 10 %
Масса: 12,0 г ± 10 % _______________
25. Крышки запасные для индексных адаптеров (Index Adapter Replacement Caps)
Крышки для индексных пробирок (цвет:
оранжевый) для преамплификации — 48
крышек в упаковке.
Крышки для индексных пробирок (цвет:
белый) для преамплификации — 32
крышки в упаковке.
Количество: 2 шт./уп. - не более 100 шт.
(при необходимости)
Длина: 1,5 см ± 10 %
Высота: 0,9 см ± 10 %
Ширина: 0,8 см ± 10 %
Масса: 20,0 г ± 10 %
5.1. Составные части прибора
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq’'"''^ 550Dx включает в себя монитор с сенсорным
экраном и модули: отделение визуализации, строку состояния, отделение для буфера,
отделение для реагентов, отделение для воздушного фильтра и кнопку включения питания,
как показано на рисунке 5 ниже.
--- стр. 162 ---
Рисунок 5. Основные компоненты прибора
A. Отделение внзуализаиии — удерживает проточную ячейку в ходе прогона
секвенирования.
B. Монитор с сенсорным экраном — обеспечивает конфигурирование и настройку
прибора с использованием рабочего интерфейса программного обеспечения.
C. Строка состояния — показывает, в каком состоянии находится прибор: обработка
данных (синий), требует внимания (оранжевый) или готов к секвенированию (зеленый).
D. Отделение для буфера — удерживает картридж с буфером и контейнер для
использованных реагентов.
E. Отделение для реагентов — удерживает картридж с реагентами.
F. Отделение для воздушного фильтра — удерживает воздушный фильтр. Доступ к
фильтру находится с задней стороны прибора.
G. Кнопка включения в сеть — включает и отключает электропитание прибора и
приборного компьютера.
5.2 Отделение визуализации
В отделении визуализации размещен держатель, который включает в себя три
направляющих штыря для расположения проточной ячейки. После загрузки проточной
ячейки дверца отделения визуализации закрывается автоматически, и компоненты
перемещаются в надлежащее положение.
5.3 Отделения для реагентов и буфера
Для постановки прогона секвенирования на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq'^'^
550Dx необходим доступ к отделению для реагентов и буфера для загрузки расходных
материалов и опорожнения резервуара для использованных реагентов.
5.4 Отделение для фильтра воздушного
Отделение для фильтра воздушного удерживает фильтр воздушный и расположено с задней
стороны прибора. Фильтр воздушный заменяют раз в 90 дней. Информацию о замене
фильтра см. в разделе «Замена фильтра воздушного» справочного руководства для
секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx, методом секвенирования нового
поколения (NGS).
--- стр. 166 ---
Буфер для разведения библиотек (Library Dilution от -25'^С до -15°С
Buffer) (NextSeq™ 550Dx Accessory Box (75 cycles))
Компонент (1 на цикл секвенирования) Условия хранения
Набор реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5,300 циклов (NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit
v2.5 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот, в составе:
Картридж с реагентами NextSeq 550Dx v2, 300
циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent
Cartridge v2 (300 cycles)
от -25®Сдо-15°С
Картридж c буфером NextSeq ™ 550Dx v2, 300
циклов (NextSeq ™ 550Dx Buffer Cartridge v2 (300
cycles)
от15°С до 30°С
Картридж c проточной ячейкой NextSeq 550Dx
v2.5, 300 циклов (NextSeq 550Dx High Output Flow
Cell Cartridge v2.5 (300 cycles)*
от 2®С до 8°С
Буфер для разведения библиотек (Library Dilution
Buffer) (NextSeq ™ 550Dx Accessory Box (300 cycles)
от -25°С до-15°С
Набор реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2.5,75 циклов (NextSeq^''* 550Dx High Output Reagent Ю1
Картридж с реагентами NextSeq^^ 550Dx v2, 75
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent
Cartridge v2 (75 cycles))
от -25°Сдо-15®С
Картридж c буфером NextSeq^” ^ 550Dx v2, 75 циклов
(NextSeq™ 550Dx Buffer Cartridge v2 (75 cycles))
от15°С до 30°С
Картридж c проточной ячейкой NextSeq^” ^ 550Dx
v2.5, 75 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Flow
Cell Cartridge v2.5 (75 cycles))*
от 2°С до 8°С
Буфер для разведения библиотек (Library Dilution
Buffer) (NextSeq™ 550Dx Accessory Box (75 cycles))
от -25°Сдо-15°С
* Перевозку картриджа с проточной ячейкой NextSeq^'^ 550Dx v2.5 (NextSeq™ 550Dx High Output Flow Cell Cartridge
v2.5) осуществляют при комнатной температуре.
Расходные материалы, обеспечиваемые пользователем
Смоченные спиртом
салфетки, 70 %
изопропиловый спирт
или
Этанол, 70 %
VWR, Кат. №95041-714
(или эквивалент)
Основной поставщик
лаборатории
Для очистки проточной
ячейки и универсального
использования
Лабораторные
безворсовые салфетки
VWR, Кат. №21905-026
(или эквивалент)
Для очистки проточной
ячейки и универсального
использования
Расходные материалы для технического обслуживания, обеспечиваемые
пользователем
NaOCl, 5 %
(гипохлорит
натрия)
Sigma-Aldrich, кат. №
239305
(или эквивалент
лабораторной степени
чистоты)
Для промывок вручную после
прогона; концентрация
раствора
0,12%
Твин-20 Sigma-Aldrich, кат. № Р7949
Для промывок вручную;
концентрация раствора
0,05 %
--- стр. 167 ---
Вода, лабораторной
степени чистоты
Основной поставщик
лаборатории
Промывка прибора
(вручную)
Фильтр воздушный Illumina, кат. № 20022240
Очищает воздух, который
используется для охлаждения
прибора.
7. М аркировка
На маркировке секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx указан серийный номер,
как показано на рисунке 9: серийный номер секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq^*^
550Dx, и знаки соответствия стандартам, как показано на рисунке 10 ниже.
Рисунок 9. Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^^ 550Dx — серийный номер
UDI @ NDX55
(01)00810270020125
[11)210810 |wf] 2021-06-10
L«b<HPM; 200t«403fl*vA(21) N0X55
Рисунок 10. Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx, маркировка
соответствия стандартам_____________________________________________________
illumina
www.lHumina.eoRi
S 20005715
с€ ж
t< Сй
ICT
i TUVRheinland
(is^
www.tuv.com
ID 0000100000
'■Urw: 100V-240V SO/бОНг 600W IC(A-SA
CLASS 1 LASER PRODUCT
fMS MtOOUCICOHnCtnrTM II Cfp «и « AND
•«•iieicmAoecoieoAMAiceiwTuifc CORTAIHSPCCЮ: 2WP.TR00M4
H a p . N E H « l l - И 1 А « 1 Ш 4 Л -
> «iW 4 nt.e»l4A
Л аЫАТЕ1
03et2-13-0M94
«•nt I u. A. AS oescMMO n u s c a notcc w .
M siM iiA y* nw
1ЕСММг|-1:2Ф14
CONTAINS IC^ SSMA-TROOIAA
•FETEL: RCPILEXIl-МЯ
CompSts with
IMDA sUnDanM
O A loeT M
Conttone
^ RAM ATEL
H-17843
TRA
REGISTERED No:
ER11776S/13
DEALER No:
OA007S30e/11
.. J uSsawm OsTI B •w>aw»>.CAs«i»
LAMLHI atSSlSIllMA
[ PATENTS I"
|w*MN| SG
■hhiiw msiwlww» AV. TMs Mvics compHss with Part It at lha PCC RiAM.
Oparatien It tuNact to tha following two condnona:
(1) IMt davlca not eauta harnAit MaNaranea. and
|2> Ma davica mutt tccapt any marfaiancs iacah>ad.
aidiiding mtaNafanta Piat may eaaaa цпоаа1юа aparatlon
NextSeq™550Dx
--- стр. 168 ---
Рисунок 11. Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx, маркировка с
наименованием медицинского изделия на разных языках
E N Next-generation sequencing (NGS) analyzer
FR. Anaiyaeur de s^quengage nouvelle g6n6ration (SNG)
..j. Anaiizzatore per il sequenzemento di nuova generazione
' ' • (Next-Generation Sequencing. NGS)
D E; NGS-Anatysesyalem (Next-Generation Sequencing.
Sequenzlerung der nflchsten Оепега1юп)
E S: Analizador de secuenciacibn de nueva generacibn (NGS)
Label MN 20051B50A illu m tn a
пример дополнительной маркировки на русском языке:
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^'^ 550Dx, методом секвенирования
нового поколения (NGS).
Кат. № 20005715
Регистрационное удостоверение
№ РЗН 2021/13216 от 20 января 2021 года
Номер серии, дата производства, графические символы указаны на оригинальном
стикере и упаковке.
Только для диагностики ин витро.
Для профессионального применения.
Производитель:
«Иллюмина, Инк.», США, (Illumina, Inc.)
5200 Illumina Way, San Diego, California 92122, USA
Уполномоченный представитель производителя:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпус 1, этаж 1, помещение V,
комната 9
Телефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: +7 (495) 956-79-38
e-mail: info@rpharm.ru
ПРОИЗВЕДЕНО В СИНГАПУРЕ
Окончательная версия маркировки может быть изменена по решению производителя
Маркировка компонентов медицинского изделия
Компоненты:
Маркировка, Кабель питания (Power Cord)
--- стр. 169 ---
РОЛТЯ СОИО,ПЬ7.ЧМ
«*0419-0022
tllplkiwr .)Ч'
lot
«в Ы.-А |1 6 C t© iX I
.Uurnff>a*1М «.2СИ» И-11 СОО; US
Маркировка, Адаптер для сканирования биочипов (Beadchip Adapter)
NextSeq™ BeadChip Adapter
liiF] 15069951
[8Й1 1234ABCD0 15-ci
30“C
I1234ABCD01 RUO
lIumMa, hK. UtttI PN; 92
UAOC IN Sm OAPORC
■Ж-
Маркировка, Ячейка проточная, тестовая (Wash flow cell)
NextSeq"" 500
Wash Flow Cell
[Щ 1S050205
lllllll!lllljlllllllll
[lot] 190919MQZ02
rSi\ JN001BDXX
d 2019-09-22
MuflMt, H W .
M M W w m k iiW ti »w i0w eo,C *K in U U
15“Ct
30°C
MADE IN SlNOAPOf^
F O R асммсй M i o r l v
ЧОТ FOR 1 Ш W DUQMIT«C FROOOURPI
UbilPN: 11081922.01 illumma'
NextSeq*** 500 Wash Flow Cell
\m \ 15050205
Label PN: 1S061620.01
Маркировка, Фильтр воздушный (Air filter)
--- стр. 170 ---
NextSeq”* Air Filter
REF 20022240
[lot ] 1234567890
20022240
llumna. he.
SZOOlhjminaVfty
Sai Dtego.CA 92121 USA
Label PN: 20022242.00
1234567890
^50"Cir
•10X-:Г
illumina’
Маркировка, Набор адаптеров для 96-луночных планшетов и индексных пробирок
TruSeq™ (TruSeq™ Index Plate Fixture Kit)
Маркировка, Комплект функциональных штативов для плашки и адаптеров для
центрифугирования TruSeq^*^ (TruSeq^*^ Index Plate Fixture & Collar Kit), в составе:
1. Адаптер для 96-луночных планшетов и индексных пробирок TruSeq™ (TruSeq™ Index
Plate Fixture) - 2 шт.
2, Рамка-переходник для центрифугирования фильтр-планшета (Adapter Collar for
Centrifugation) - 2шт.____________________________________________________________________
Адаптер для 96-луночных планшетов и индексных пробирок TruSeq^^ (TruSeq™ Index
Plate Fixture)
--- стр. 171 ---
чг
TruSeq* Index Plate Fixture
Use in Pre-Amplificstion Area Only
Ш\ 15028244
[tori 9376880
...I
Ш Ш tonOiie» САШ 22 U U
ымрм MomnC
15’C
|.3C*C
illum ina*
« « W W . М 1<мв||»«. «МП
Рамка-переходник для центрифугирования фильтр-планшета (Adapter Collar for
Centrifugation)
Adapter Collar for Centrifugation
Use in Pre-Ampljfk:etion Area Only
® im iiiiiiiiiiin
s m m l i i l Ш1 uu
iJ illlllllillllllltiwB—i cantn w *A
««ИМ ' с
ie*c
зфп:
iitum ina*
Маркировка, Крышки запасные для индексных адаптеров (Index Adapter Replacement
Caps)
Index Adapter Replacement Caps
fftir 16047780
Ш 1234567
illumin*. ine.
San Oitgo.CA 92122 USA
LMmIPN: 1М4тЗА
потэмми
^ 30*C
15*C
illumina
www.illwmln».e
--- стр. 172 ---
8. Информация об упаковке
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq^*^ 550Dx полностью помещен в пакет из
антистатического полиэтилена, как показано на рисунке 12: прибор, упакованный в
полиэтиленовую пленку. Этикетка наклеена на верхнюю часть пакета.
Рисунок 12. Прибор, упакованный в полиэтиленовую пленку
Маркировка PN 20004116
REFI
[lot]
I
|]Ш|1 Ш 1?}Ш|||||||||||||||||||
2 1234567890 J^123456789012345
■ (llumin*. Ine.
9200 Hlumlna Way
San Diago.CA 92122 USA
MADE IN 12349679901234967890
1лЫ\ PH: 2000*116.01
Этот Прибор поставляется со следующими компонентами:
Лоток для промывочного буфера (Buffer Wash Tray) (PN 15049178/20021814), Резервуар для
отходов (Waste bottle) (PN 15049517), Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) (PN
15049524/20021817), Адаптер для сканирования биочипов (Beadchip Adapter) (PN
15069951), Ячейка проточная, тестовая (Wash flow cell) (PN 15050205), Кабель локальной
сети (Ethernet Cable) (PN 20021730), Комплект беспроводной клавиатуры и мыши (Wireless
keyboard with non-integrated mouse) (PN 20018455), Кабель питания (Power Cord) (PN 0419-
0022), и другие. Полный список компонентов к прибору см. в Разделе 1.2., обернутые слоем
вспененного антистатического полиэтилена для защиты от повреждений, как показано на
рисунке 13: Упаковка прибора и компонентов
Рисунок 13. Упаковка прибора и компонентов
Прибор установлен вертикально, запечатан и защищен, как показано на рисунке 14:
Упаковка прибора. Этикетки с маркировкой PN: 20004116 и 20022482 наклеены на верхней
и передней панели упаковочного ящика. Крупным планом этикетки показаны справа от
рисунка 14.
--- стр. 173 ---
Рисунок 14. Упаковка прибора
1 '
^jSl^
I • '. fi ! ' / . I * »
V-;
Этикетка c маркировкой PN 2004116
LBL, 3X3_lNSTR_MFG_SN_General
1. Diagrem
12Ы а«ГвМ 12Ы 5в78М 12Э 4а«ГвМ 12М 5$7«
....................................
-- Ш № 1Ш [Г1||||||||||||
^ 12345в78И 4 1234M78901234S
«-.»■*«САШП НМ
BW W I»4W 1W l«4eeW UMHf М вм <1«*1
Этикетка с маркировкой PN 20022482
NextSeq~ SSODx
• 10
(14*П
so*c
(122*F)
80% RH
«I ssfb-a»-. . .
S3*o >— 7
15% RH-'
illumine
Высота X ширина x глубина:
97 см X 90 см X 94 см
Масса в упаковке: 165 кг
Значение символов
Символ Определение
Обратитесь к инструкции по применению
Производитель
Дата производства
Температурный диапазон
и
Использовать до/дата истечения срока
годности
IVD Медицинское изделие для диагностики in
vitro
I REF
SN
Номер по каталогу — указан номер по
каталогу производителя, позволяющий
идентифицировать устройство ____________
Серийный номер
LOT Номер партии
ЕС REP Уполномоченный представитель
Европейском сообществе
--- стр. 174 ---
ж
Внимание! См.
документацию
сопроводительную
А
Предупреждения о рисках при работе с
лазером
А
Предупреждения о рисках поражения
электрическим током
А
Предупреждения о рисках при нагревании
прибора
А
Предупреждения о рисках при обращении
с тяжелыми объектами
А
Предупреждения о рисках механических
повреждений
и Выкл
Вкл
©
Заземление
WEEE
(Waste Electrical and Electronic Equipment
— утилизация электрического и
электронного оборудования)
______________
Соответствие требованиям ЕС
ЕАС Символ ЕАС
Соответствие требованиям ЕАС
Illumina® Логотип компании
I
Штрих-код
7= Допустимая влажность
ШАНАт
0М12-13Ч1М94
Знак ANATEL и номер регистрации
(Бразилия)
Логотип КС + регистрационный номер
(Республика Корея)
#
Знак NCC и регистрационный номер
Тайвань
RMIT1
Соответствие нормативным требованиям
(RCM)
(Требования к радиокоммуникации
Австралии/Новой Зеландии (ANZ)) _______
--- стр. 175 ---
Знак безопасности NRTL
(США, Канада)
MK/KS е««1ке
S «C-I4MS Ц
Знак соответствия требованиям к
радиочастотам, установленным
министерством внутренних дел и
коммуникаций (MIC) Японии
TUVRheinlarxl
Знак сертификации организацией «ТЮФ»
(TUV)
TRA
REGISTERED No;
ER1177ftS/13
DEALER No:
DA0075306/11
Знак регистрации изделия Службой по
контролю в сфере телекоммуникаций
Саудовской Аравии
Соп11«п«
|1 ram atel
Н-17843
Знак сертификации
организацией связи
(ENACOM)
Национальной
Аргентины
Com pM M wW
iMOAtfBMtinli
DA1H30I
Знак сертификации Службой развития
информационно-коммуникационных
средств Сингапура (IMDA)
Знак сертификации, подтверждающий
соответствие электрического или
электронного оборудования требованиям
безопасности Республики Корея
NС*
ICT
Знак соответствия требованиям в области
информационно-коммуникационных
технологий Вьетнама
Знак сертификации Независимой службой
коммуникации Южной Африки
|1Ш>11К| SG Произведено в Сингапуре
PATENTS ПАТЕНТЫ
UDI
Идентификатор уникального прибора
(Unique Device Identification)
--- стр. 176 ---
п
1
Верх
Хрупкое, обращаться осторожно
1?
Беречь от влаги
9. Условия транспортировки, хранения и эксплуатации
Элемент Требования
Температура от-10°С до50°С (от 14°Рдо 122 °F).
Влажность Относительная влажность без образования конденсата
15-80%.
Условия хранения и эксплуатации:
Элемент Требования
Температура Хранение: от -10 °С до 50 °С (от 14 °F до 122 °F).
Эксплуатация: Поддерживайте температуру в
лаборатории от 19 до 25 “С (22±3°С ). Это
соответствует рабочей температуре прибора. Во время
прогона не допускайте изменения окружающей
температуры более чем на ±2 °С.
Влажность Хранение: Относительная влажность без образования
конденсата 15-80 %.
Эксплуатация: Поддерживайте уровень относительной
влажности без образования конденсата в пределах 20-
80 %.
Высота над уровнем моря Устанавливайте прибор на высотной отметке ниже 2000
метров (6500 футов).
Качество воздуха Используйте прибор в условиях воздуха степени
загрязнения II или чище. Воздух степени загрязнения II
обычно содержит только непроводящие загрязняющие
вещества.
Вентиляция Проконсультируйтесь с соответствующим отделом
вашей компании, чтобы выработать требования к
вентиляции на основании характеристик
тепловыделения прибора.
Вибрация
Ограничьте постоянную вибрацию пола лаборатории до
уровня офиса ISO. Во время проведения секвенирования
не превышайте пределы операционной комнаты ISO.
Избегайте периодических ударов или возмущений
вблизи прибора.
--- стр. 177 ---
10. Основные параметры, характеристики (функциональные, технические),
ограничение процедуры/ метрики качества прогона медицинского изделия
Функциональные характеристики ______
Предел обнаружения 0,05
Ограничение процедуры/ Метрики качества прогона*
Объем получаемой информации после
секвенирования
> 90 гигабаз (Gb).
Длина прочтения (парноконцевого прогона) 2 X 150 пар оснований (п.о.).
Оснований с показателем качества минимум
Q30 > 75 % при длине прочтения 2 х 150
п. о.
75 % оснований или более с показателем
качества Phred > 30, что означает
точность распознавания оснований
выше 99,9 %.
Программное обеспечение метода не
выравнивает прочтения с инделами
(инсерциями, делециями или их
комбинациями) при их длине > 25 п. о.
! Контролируемый параметр
максимальная длина
индела (инсерции, делеции или их
комбинации) для выровненного
прочтения
< 25 п. О.
Программное обеспечение метода не
выявляет инделы длиной > 25 п.о.
/ Контролируемый параметр
максимальная длина выявлеиного-индела
< 25 п. О.
Программное обеспечение метода может не выравнивать прочтения для ампликонов
со сложным составом, в результате чего область будет расценена как дикий тип.
Под сложным составом подразумевают:
Прочтения, содержащие более трех инделов
/ Контролируемый параметр - максимально
допустимое число инделов в выровненной
последовательности
не более трех инделов
Прочтения длиной как минимум 30 п.о. с
содержанием однонуклеотидного варианта
SNV > 4 % от общей целевой длины
ампликона (исключая области зонда) и
Прочтения длиной < 30 п.о. с содержанием
SNV>10% от общей длины ампликона
(включая области зонда) !Контролируемые
параметры - максимальное содержание SNV
в выровненной последовательности, в % от
общей длины ампликона
Для ампликонов длиной > 30 п.о.,
содержание SNV < 4%
Для ампликонов длиной < 30 п.о.,
содержание SNV < 10%
--- стр. 178 ---
Ограничения, специфичные для герминальных вариантов
Минимальное покрытие на ампликон,
необходимое для точного определения
варианта (Необходимое количество
фрагментов ДНК)
150х
(Соответственно, требуется 150
фрагментов, что эквивалентно 300
перекрывающимся парным прочтениям)
Фильтр повторов RMxN (Не менее 9
повторов). Учитываются только повторы
длиной до 5 п.о {K5\9)JКонтролируемое
условие - максимальное число повторов
длиной до 5 п. о. в выровненной
последовательности
8
Ограничения, специфичные для соматических вариантов
Минимальное покрытие на ампликон,
необходимое для точного распознавания
варианта (Необходимое количество
фрагментов ДНК на пул олигонуклеотидов)
450х на один набор олигонуклеотидов
(Соответственно, требуется 450
фрагментов ДНК на набор
олигонуклеотидов, что эквивалентно
900 перекрывающимся парным
прочтениям)
Количество повторов, необходимых для
распознавания соматического варианта,
(как минимум 6 повторов в референтном
геноме). Учитываются только повторы
длиной до 3 п.о. (R3x6) !Контролируемое
условие - максимальное число повторов
длиной до 3 п. о. н в выровненной
последовательности
5
Частота варианта > 0,026
* Метрика качества прогона - это контрольные условия, по которым принимается решение о
валидности или не валидности результатов анализа. Контрольные условия должны быть
соблюдены.
Технические характеристики
Управляющий компьютер
Процессор: Dual Intel® Xeon® E5-2648L v3
1,8 ГГц ЦПУ
Память: 128 Гб
Жесткий диск, диагностический (Dx)
модуль
2 X 2 ТВ (RAID 1)
Жесткий диск, исследовательский модуль 2 X 2 ТВ (RAID 1)
Операционная система: Windows 10
Монитор Сенсорный
Требования к месту на диске
Емкость запоминающего устройства приблизительно 1,5 ТБ
--- стр. 179 ---
компьютера, объединенного с прибором
Светоизлучающие диоды (LED)
Светоизлучающие диоды (LED) 521 нм, 650 нм
Диодный лазер: 780 нм,
Класс лазера 1
Максимальная выходная мощность лазера 12 мВт
Требования к электропитанию
Напряжение в сети 100-240 В
50/60 Гц
Класс энергоэффективности 600 Ватт, максимум
Рекомендация по источнику бесперебойного питания (не поставляется вместе с
прибором)
АРС Smart UPS
2200 VA LCD 230 V
(международные)
Максимальная мощность 1980 Вт
Входное напряжение
Номинальное значение
220-240 VAC
Частота входного напряжения 50/60 Гц
Входное соединение IEC-320 С20
Стандартное время прогона
(300 Вт)
90 минут
Стандартное время прогона
(600 Вт)
40 минут
Размеры
Размеры и содержимое упаковки
Высота X ширин х глубина: 97 см X 90 см X 94 см
Масса в упаковке: 165 кг
Размеры прибора
Высота X масса х диаметр: 58 см X 54 см X 69 см
Масса: 84 кг
Спецификации ридера RFID
Спецификация электропитания
Входное напряжение 3,3 Вольт DC ± 5 %
Ток питания 120 мА
Электротехнические требования
Температура эксплуатации 19-25 С (22 ±3 С)
Температура хранения -10 С -50
Спецификация радиочастот
Рабочая частота 13,56 МГЦ
Выходная РЧ мощность 200 мВт
--- стр. 180 ---
Рабочие характеристики
Данные из Руководства по эксплуатации на Секвенатор NextSeq™ 550Dx
Рабочие характеристики секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'^'^ 550Dx установлены
для модулей для герминальных и соматических вариантов с использованием набора
реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent Kit
v2 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот и подтверждены с использованием
набора реагентов ИВД NextSeq ™ 550Dx v2.5, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) для секвенирования нуклеиновых кислот. Исследовали
индексирование образцов, перенос анализируемого материала из одного образца в другой
при проведении анализа, количество вносимой ДНК, аналитическую чувствительность
(предел холостого образца/предел обнаружения), точность, прецизионность, сравнение
методов и воспроизводимость.
Аналитические исследования с использованием набора реагентов ИВД NextSeq 550Dx
v2.5, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycles)) были
разработаны для оценки заявленных рабочих характеристик, ранее установленных при
использовании ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq ™ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)). Результаты показывают, что рабочие характеристики наборов
реагентов (v2 и v2.5) сопоставимы с набором реагентов для создания «библиотеки»
нуклеиновых кислот ИВД TruSeq^'^ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения.
Рабочие характеристики, связанные с преаналитическими факторами, такими как методы
выделения ДНК и присутствие посторонних веществ см. в инструкции по применению
набора реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom
Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения.
Определения, используемые при расчетах рабочих характеристик:
1 Процент согласованности положительных результатов (positive percent agreement - РРА)
рассчитывается как доля локусов, классифицированных референтным методом как
вариантные, правильно выявленных при анализе.
► (число вариантных локусов, правильно выявленных при анализе)/(общее число
вариантных локусов)
Вариантные локусы, выявленные при анализе и соответствующие выявленным
референтным методом, являются истинно положительными (ТР). Вариантные
локусы, выявленные при анализе как референтные или как другие варианты,
являются ложноотрицательными (FN).
2 Процент согласованности отрицательных результатов (negative percent agreement - NPA)
рассчитывается как доля локусов, классифицированных референтным методом как
локусы дикого типа, правильно выявленных при анализе.
► (число локусов дикого типа, правильно выявленных при анализе)/(общее число
локусов дикого типа)
Локусы дикого типа, выявленные при анализе и соответствующие выявленным
референтным методом, являются истинно отрицательными (TN). Локусы дикого
типа, квалифицированные при анализе как вариантные, являются
ложноположительными (FP).
3 Процент общей согласованности (overall percent agreement - ОРА) рассчитывается как
доля локусов, правильно выявленных при анализе относительно референтного метода.
--- стр. 181 ---
► ((число вариантных локусов, правильно выявленных при анализе) + (число локусов
дикого типа, правильно выявленных при анализе))/((общее число вариантных
локусов) + (общее число локусов дикого типа))
4 Расчеты РРА, NPA и ОРА не включают в себя нераспознанные основания (вариантные
или референтные локусы, не соответствующие одному или нескольким фильтрам
качества).
5 Уровень распознавания аутосомных вариантов рассчитывается как общее число
локусов, пропущенных фильтром, деленное на общее число позиций, секвенированных
для хромосом 1-22; хромосомы X и Y исключены. Этот показатель не учитывает
согласованности распознавания с референтным методом.
Индексирование образцов
Индексированные праймеры образца, внесенные во время приготовления библиотек,
придают каждому образцу ДНК уникальную последовательность. Эти уникальные
последовательности позволяют объединять несколько образцов в одном прогоне
секвенирования. Индексация образцов используется в протоколах и для герминальных, и
для соматических вариантов. Целью данного исследования было установить минимальное
(8) и максимальное (96) число образцов, которые могут быть обработаны за один прогон
секвенирования на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx. Тестировали 8
уникальных образцов проекта Platinum Genome с использованием 12 различных
комбинаций, индексированных праймеров на образец. Результаты образца из четырех
прогонов секвенирования с использованием модуля для герминальных вариантов
сравнивали с данными Platinum Genomes версии 2016-1.0.
В первой серии прогонов 96 библиотек образцов с уникальной индексацией тестировали
репрезентативным методом, направленным на множество генов с охватом 12 588 оснований
на цепь во всех 23 хромосомах человека, чтобы проверить способность анализа проводить
согласованное генотипирование данного образца при различных комбинациях,
индексированных праймеров. Во второй серии прогонов 8 библиотек образцов с
уникальной индексацией секвенировали в двух прогонах секвенирования для проверки
минимального числа поддерживаемых индексов.
Для прогонов с 96 индексами РРА для SNV составляла от 98,7% до 100%, РРА для инсерций
и делений - 100%, а NPA - 100% для каждой из 96 комбинаций индексов. Для прогонов с 8
индексами РРА составляла 100% (SNV, вставки и делении) и NPA - 100% для каждой из
восьми комбинаций индексов.
Перенос анализируемого материала из одного образца в другой при анализе
Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq’ *'^ 550Dx позволяет секвенировать нескольких
образцов и контролей в одном прогоне секвенирования. Для оценки степени переноса
образца при одном прогоне (внутри прогона) и между прогонами секвенирования (прогон-
прогон, между прогонами) было проведено исследование. В репрезентативном анализе
тестировали два образца из проекта Platinum Genome, один, полученный от мужчины, и
один - от женщины. Анализ был направлен на множество генов с охватом 12 588 оснований
(150 ампликонов) в 23 различных хромосомах, включая обе половые хромосомы.
Библиотеки секвенировали с помощью секвенатора нуклеиновых кислотNextSeq'*'^ 550Dx,
используя модуль для герминальных вариантов. Перенос образцов от мужчины в образцы
от женщины оценивали по наличию прочтений ампликона Y-хромосомы в образцах от
женщины.
--- стр. 182 ---
Перенос внутри прогона может возникать при генерировании кластера, распознавании
оснований при считывании индекса и демультиплексировании образца. Для тестирования
переноса образцов внутри прогона на секвенаторе нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx
провели одно секвенирование пула библиотек, состоящего из 46 повторностей образцов от
мужчины и женщины и четырех контролей без матрицы. Перенос внутри прогона
оценивали путем сравнения покрытия ампликона Y-хромосомы в повторностях образца от
женщины со средним покрытием ампликона Y-хромосомы всех повторностей образца от
мужчины в пуле. Медиана наблюдаемого переноса внутри прогона составила 0,084%.
Для тестирования переноса образца между прогонами приготовили два пула библиотек,
которые последовательно секвенировали на одном секвенаторе нуклеиновых кислот
NextSeq’^'^ 550Dx. Первый пул содержал 46 повторностей образца от женщины и два
контроля без матрицы. Второй пул содержал 46 повторностей образца от мужчины и два
контроля без матрицы. Для обоих пулов использовали один и тот же индексированный
адаптер. Сначала проводили прогон секвенирования пула от женщины, затем - от мужчины,
затем - снова от женщины. Перенос между прогонами оценивали путем сравнения
покрытия ампликона Y-хромосомы в соответствующих повторностях второго прогона пула
от женщины и прогона пула от мужчины. Медиана наблюдаемого переноса между
прогонами составила 0,0076%.
Количество вносимой ДНК
Кровь (герминальные варианты)
Для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx был установлен диапазон уровня
вносимой ДНК крови при приготовлении библиотек с помощью набора реагентов создания
«библиотеки» нуклеиновых кислот МВД TruSeq^*^ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах
исполнения при использовании протокола для герминальных вариантов. Диапазон
оценивали в исследовании серийных разведений 13 образцов из проекта Platinum Genome
при репрезентативном анализе, направленном на множество генов с охватом 12 588
оснований в 23 различных хромосомах. Библиотеку секвенировали на двух секвенаторах
нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx с использованием одной партии набора реагентов
ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300
cycles)).
Пять образцов тестировали в двух повторностях при пяти вариантах вносимой ДНК в
диапазоне от 250 до 12нг(250 нг, 100 нг, 50 нг, 25 нги 12 нг). Восемь образцов тестировали
в одной повторности при пяти вариантах вносимой ДНК. Для определения точности
генотипы образцов сравнивали с данными в Platinum Genomes, версия 2016-1.0. Результаты
определяли для каждого варианта вносимой ДНК. РРА для каждого типа вариантов (SNV,
инсерции и делеции) приведены в таблице 1; NPA приведены в таблице 2. Точность при
всех уровнях ДНК была одинаковой. Рекомендуемое количество ДНК для набора реагентов
для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq^^ Custom Amplicon Kit Dx, в
вариантах исполнения составляет 50 нг, 25 нг и 100 нг - это соответственно нижний и
верхний пределы внесения, обеспечивающие соответствие заявленным рабочим
характеристикам.
--- стр. 183 ---
Таблица 1. Результаты РРА для каждого варианта вносимой J\
Вносимое
количество
ДНК(нг)
Тип
варианта
Ожидаемые
варианты
ТР FN Нераспознанные
варианты
РРА (%)
12 SNV 2412 2381 31 0 98,7
25 2404 8 0 99,7
50 2403 9 0 99,6
100 2412 0 0 100
250 2412 0 0 100
12 Инсерция 808 784 3 21 99,6
25 781 5 22 99,4
50 786 2 20 99,8
100 786 0 22 100
250 786 0 22 100
12 Делеция 758 732 12 14 98,4
25 737 7 14 99,1
50 742 2 14 99,7
100 744 0 14 100
250 744 0 14 100
НК по типу вариантов
Таблица 2. NPA для каждого варианта вносимой ДНК
Вносимое количество ДНК
(нг)
TN FP Референтное
значение
нераспознанных
вариантов
NPA (%)
12 430940 4 26 >99,9
25 430936 0 34 100
50 430936 2 32 >99,9
100 430942 0 28 100
250 430942 0 28 100
FFPE (Соматические варианты)
Для секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx был установлен диапазон
количества вносимой ДНК из фиксированных формалином, залитых в парафин образцов
(FFPE) при приготовлении библиотек с помощью набора реагентов для создания
«библиотеки» нуклеиновых кислот МВД TruSeq^*^ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах
исполнения при использовании протокола для соматических вариантов. Диапазон
оценивали в исследовании серийных разведений трех образцов из проекта Platinum Genome
при репрезентативном анализе, направленном на множество генов с охватом 12 588
--- стр. 185 ---
Среди
ее
знамен
не dCq
Тип
вариан
та
Ожидаем
ые
вариант
ы
Ожидаемое
значение
нераспознан
ных
вариантов
Целевое разведение VAF
0,025 0,05 0,10
Нераспознан РР
ные А
варианты (%
)
Нераспознан
ные
варианты
РР
А
(%
)
Нераспознан РР
ные А
варианты (%
)
2,1 Делеци
я
304 16 58 100 16 100 16 100
3,6 80 100 16 100 16 100
4,6 65 95,
4
28 100 16 100
6,0 78 74,
8
105 94,
0
36 100
7,8 76 75,
0
79 95,
1
57 98,
8
Таблица ^ . NPA для каждого количества вносимой ДНК
Среднее
значени
е dCq
Ожидаемы
й дикий тип
Целевое разведение VAF
0,025 0,05 0,10
Референтное
значение
нераспознанны
X вариантов
NPA
(%)
Референтное
значение
нераспознанны
X вариантов
NPA
(%)
Референтное
значение
нераспознанны
X вариантов
NPA
(%)
2,1 93688 344 100 260 100 324 100
3,6 400 100 332 100 380 100
4,6 1308 100 1336 100 784 100
6,0 3900 >99,
9
3296 >99,
9
2996 100
7,8 3020 >99,
9
2880 >99,
9
2448 >99,
9
А налитическая чувствительность (уровень фона [предел холостой пробы, LoB] и
предел обнаружения [LoD])
Настоящее исследование было проведено для оценки уровня фона (предела холостой
пробы, LoB) и предела обнаружения (LoD) модуля для соматических вариантов секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq'*'^ 550Dx. Исследование проводили с помощью
репрезентативного анализа, направленного на множество генов с охватом 12 588 оснований
в 23 различных хромосомах. Культуры клеток проекта Platinum Genome GM12878 и
GM 12877 фиксировали формалином и заливали в парафин, после чего выделяли ДНК.
--- стр. 186 ---
Образец GM12878 разводили образцом GM12877 так, чтобы частоты вариантных аллелей
74 вариантов (53 SNV, 7 вставок и 14 делеций) составляли 0,05 ± 0,02. Прогоны
секвенирования GM12877 и разведения GM12878 (GM12878-D) начинали в шесть
последовательных дней на одном приборе, чередуя две партии набора реагентов ИВД
NextSeq^*^ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^^ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)),
всего шесть прогонов секвенирования. В результате этого анализа для каждой партии
реагентов получено по 60 повторностей для каждого варианта в GM12878-D и по 72
повторности для каждой соответствующей координаты дикого типа в GM12877. LoB и LoD
рассчитывали, используя классический подход, как описано в CLSI ЕР17-А2, используя
непараметрический метод. LoB и LoD рассчитывали для SNV, инсерций и делеций по
отдельности путем объединения частот вариантов данного типа. Ошибку типа I
определили, как 0,01, а ошибку типа II - как 0,05.
При расчете LoB объединенные частоты вариантов были отсортированы от наименьшего к
наибольшему, и была рассчитана позиция 99-го ранга для каждой партии реагентов для
каждого типа вариантов (таблица 5). Модуль для соматических вариантов использует
отсечку (эффективный LoB) 0,026 VAF для определения качественного обнаружения
вариантов. Результаты расчета LoB подтвердили, что эта отсечка приводит к ошибке типа I
не более 0,01.
Таблица 5. П редел холостого образца
Тип варианта Всего наблюдений LoB - партия реагентов 1
(%)
LoB - партия реагентов 2
(%)
SNV 3816 0,77 0,77
Вставка 504 0,56 0,56
Делеция 1008 1,20 1,20
Для LoD был рассчитан процент частоты индивидуальных мутаций для каждой партии
реагентов для каждого типа вариантов ниже отсечки 0,026 (таблица 6). Поскольку проценты
были меньше, чем ошибка типа II, равная 5% (0,05), LoD рассчитывали, как медиану
объединенных частот вариантов (таблица 6). Для каждого типа вариантов за LoD было
принято наибольшее из двух значений, рассчитанных для двух партий реагентов: 4,97% для
SNV, 5,12% для инсерций и 5,26% для делеций.
Таблица 6. Предел обнаружения (LoD)
Партия Тип Всего № измерений VAF % измерений VAF Предел
реагентов варианта наблюдений < 2,6 % < 2,6 % определения
(%)
1 SNV 3180 53 1,7 4,94
Инсерция 420 6 1,4 5,08
Делеция 840 7 0,8 5,22
2 SNV 3180 51 1,6 4,97
Инсерция 420 5 1,2 5,12
Делеция 840 7 0,80 5,26
Точность
Герминальны е варианты
Для оценки точности распознавания вариантов было проведено следующее исследование с
использованием модуля для герминальных вариантов секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx и набора реагентов ИВД NextSeq^*^ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^'^
--- стр. 187 ---
550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)). В репрезентативном анализе, направленном
на множество генов с охватом 12 588 оснований (150 ампликонов) в 23 различных
хромосомах, тестировали 13 уникальных образцов из проекта Platinum Genome. Всего было
выполнено девять прогонов с использованием трех приборов для секвенирования, трех
партий реагентов тремя операторами в течение пяти первых дней. Точность в отношении
SNV, инсерций и делеций определяли путем сравнения результатов с хорошо
охарактеризованным композиционным референтным методом, Platinum Genomes, версия
2016-1.0. Надежно установленные области определяли на основании этого референтного
метода, если не указано иное.
Таблица 7. Герминальные варианты - сводные результаты по согласованности
Критерии Всего наблюдений' Результат по наблюдениям^ Результат по
прогонам^
РРА для SNV 819 98,7 >99,9
РРА для инсерций 819 95,0 98,9
РРА для делеций 819 100 100
NPA 819 100 100
ОРА 819 >99,9 >99,9
'Рассчитывается как число образцов на прогон (91) х число прогонов (9) = 819.
^Наименьшее наблюдаемое значение для повторностей образца в 9 прогонах.
^Наименьшее значение при анализе данных всех прогонов в совокупности.
В таблице 8 приведены данные исследования с процентом согласованности положительных
и отрицательных результатов для каждого образца, результаты вариантов сравнены с
данными Platinum Genomes, версия 2016-1.0, для расчетов РРА. Три типа вариантов (SNV,
инсерции и делении) объединены. Поскольку референтный метод предоставляет
результаты только для вариантов с заменами и инсерциями/делениями одного нуклеотида,
для расчетов NPA результаты невариантных оснований сравнивали с референтной
последовательностью генома человека hgl9.
Таблица 8. Герминальные варианты - согласованность для образца
Образец
Средний
уровень
распознавани
я
Ожидаемы
е
варианты'
ТР F
N
Нераспознанны
е варианты TN F
Р РРА NP
А ОРА
NA1287 >99,9 4788 478 0 0 75676 0 100 100 100
7 8 2
NA1287 >99,9 8505 837 1 125 75146 0 >99, 100 >99,
8 9 4 9 9
NA1287 >99,9 6048 598 5 58 75770 0 99,9 100 >99,
9 5 1 9
NA1288 >99,9 6993 693 0 63 75763 0 100 100 100
0 0 8
NA1288 >99,9 7875 781 3 61 75165 0 >99, 100 >99,
1 1 3 9 9
NA1288 >99,9 6300 617 3 123 75480 0 >99, 100 >99,
2 4 3 9 9
NA1288 >99,9 7119 705 0 63 75190 0 100 100 100
3 6 5
--- стр. 188 ---
Образец
Средний
уровень
распознавани
я
Ожидаемы
е
варианты^
ТР F
N
Нераспознанны
е варианты TN F
Р РРА NP
А ОРА
NA1288 >99,9 7182 711 6 57 75414 0 99,9 100 >99,
4 9 6 9
NA1288 >99,9 7686 756 2 124 75417 0 >99, 100 >99,
5 0 3 9 9
NA1288 >99,9 7245 718 7 56 75246 0 99,9 100 >99,
6 2 9 9
NA1288 >99,9 7119 711 0 0 75064 0 100 100 100
7 9 5
NA1288 >99,9 6804 680 0 0 75606 0 100 100 100
8 4 5
NA1289 >99,9 7434 737 1 62 75001 0 >99, 100 >99,
3 1 5 9 9
Суммарное число вариантов во всех повторностях образцов в 9 прогонах.
В таблице 9 приведены данные исследования по образцам, результаты для вариантов
сравнены с результатами хорошо охарактеризованного референтного композитного метода.
Для каждого типа вариантов - SNV, инсерции и делеции - выявление оценивается отдельно.
Референтные позиции исключены.
Таблица 9. Герминальные варианты - согласованность для образца по типу варианта
SNV Инсерции Делеции
>Образец >Ожидаемое
значение
>ТР >FN >Ожидаемое
значение
>ТР >FN Ожидаемое
значение
ТР FN
NA12877 2331 2331 0 1323 1323 0 1134 1134 0
NA12878 5733 5733 0 1260 1197 1 1512 1449 0
NA12879 3591 3591 0 1323 1260 5 1134 1134 0
NA12880 4221 4221 0 1512 1512 0 1260 1197 0
NA12881 4914 4913 1 1512 1449 2 1449 1449 0
NA12882 3717 3717 0 1386 1323 3 1197 1134 0
NA12883 4284 4284 0 1449 1449 0 1386 1323 0
NA12884 4284 4284 0 1575 1512 6 1323 1323 0
NA12885 4725 4725 0 1575 1512 2 1386 1323 0
NA12886 4347 4347 0 1449 1386 7 1449 1449 0
NA12887 4284 4284 0 1323 1323 0 1512 1512 0
NA12888 4158 4158 0 1449 1449 0 1197 1197 0
NA12893 4599 4599 0 1386 1323 1 1449 1449 0
Образцы также анализировали в отношении распознавания небольших инсерций и делеций
(инделов). Сводные результаты приведены в таблице 10. Число инделов в обшей сложности
составило 71, их длина варьировалась от 1 до 24 п.о. для инсерций и от 1 до 25 п.о. для
делеций.
--- стр. 189 ---
Таблица 10. Сводные данные определения инделов герминальных вариантов
Тип варианта Ожидаемые варианты ТР FN Нераспознанные
варианты
РРА
Инсерция 18522 18018 27 477 99,9
Делеция 17388 17073 0 315 100
Репрезентативный анализ включал в себя 150 ампликонов, покрывающих области с
различным геномным составом. GC-состав ампликонов варьировался в диапазоне 0,19-0,87.
Ампликоны содержали повторы одного нуклеотида (т.е. поли(А), поли(Т)...),
динуклеотидов и тринуклеотидов. Данные компилировали для каждого ампликона (таблица
11), чтобы определить влияние геномного состава на процент правильных распознаваний.
Процент правильных распознаваний включает в себя распознанные и референтные
варианты и составляет менее 100 % при наличии неправильных распознаваний или
нераспознанных вариантов.
--- стр. 200 ---
► Делеции длиной < 25 (все распознанные основания в 2457 секвенированных
ампликонах, содержащих делеции длиной 25 оснований, распознаны правильно,
уровень нераспознавания равнялся нулю)
Соматические варианты
Описываемое исследование было проведено для установления точности распознавания
вариантов модулем для соматических вариантов секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq'^'^ 550Dx при использовании набора реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx v2, 300
циклов (NextSeq™ 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycles)).
В этом исследовании использовали репрезентативный метод, направленный на множество
генов с охватом 12 588 оснований (150 ампликонов) в 23 различных хромосомах. ДНК
выделяли из образцов FFPE проекта Platinum Genome с получением шести уникальных
образцов для оценки в исследовании.
Образец ДНК GM12877 разводили образцом ДНК GM12878 для получения GM12877-D5 и
GM12877-D7 как набора уникальных гетерозиготных вариантов с вариантами частот около
5% и 7%. Образец ДНК GM12878 аналогичным образом разводили образцом ДНК
GM12877 для получения GM12878-D5 и GM12878-D7. Каждый из образцов тестировали в
трех повторностях, за исключением разведенных образцов, которые тестировали в шести
повторностях. Всего было выполнено девять прогонов с использованием трех приборов для
секвенирования, трех партий реагентов тремя операторами в течение пяти первых дней.
Точность в отношении SNV, инсерций и делеций определяли путем сравнения результатов
с хорошо охарактеризованным композиционным референтным методом. Platinum Genomes,
версия 2016-1.0. Надежно установленные области определяли на основании этого
референтного метода, если не указано иное.
Таблица 13. Соматические варианты - сводные данные по согласованности
Критерии Всего наблюдений^ Результат по наблюдениям^ Результат по
прогонам^
РРА для SNV 378 98,9 99,9
РРА для инсерций 378 96,9 99,9
РРА для делеций 378 97,1 99,9
NPA 378 >99,9 >99,9
ОРА 378 >99,9 >99,9
'Рассчитывается как число образцов на прогон (42) х число прогонов (9) = 378.
^Наименьшее наблюдаемое значение для повторностей образца в 9 прогонах.
- ’Наименьшее значение при анализе данных всех прогонов в совокупности.
В таблице 14 приведены данные исследования в отношении процентной согласованности
положительных и отрицательных результатов по образцам, результаты для вариантов
сравнены с результатами хорошо охарактеризованного референтного метода. Три типа
вариантов (SNV, инсерции и делеции) объединены. Поскольку референтный метод
предоставляет результаты только для вариантов с заменами и инсерциями/делециями
одного нуклеотида, для расчетов NPA результаты невариантных оснований сравнивали с
референтной последовательностью генома человека hgl9.
--- стр. 201 ---
Таблица 14. Соматические варианты - согласованность для образца
Средний
Образец уровень
распознавани
я
Ожидаемо
е значение ТР F
N
Нераспознанны
е варианты TN F
Р
рр
А NPA ОРА
GM12877 98,7 2052 202 0 27 31868 15 100 >99, >99,
5 2 9 9
GM12878 98,8 3645 356 0 81 31764 0 100 100 100
4 5
GM12879 99,8 2592 253 0 54 32361 2 100 >99, >99,
8 4 9 9
GM12884 99,8 3078 302 0 54 32203 5 100 >99, >99,
4 8 9 9
GM12885 99,8 3294 321 0 81 32212 0 100 100 100
3 1
GM12888 99,8 2916 288 0 27 32304 2 100 >99, >99,
9 8 9 9
GM12877 99,8 9288 893 0 358 63062 0 100 100 100
-D5 0 1
GM12877 99,7 9288 903 0 256 62971 0 100 100 100
-D7 2 9
GM12878 99,5 9288 869 42 547 62858 0 99,5 100 >99,
-D5 9 2 9
GM12878 99,7 9288 910 0 180 62980 0 100 100 100
-D7 8 3
сравнены с результатами хорошо охарактеризованного референтного метода. Для каждого
типа вариантов - SNV, инсерции и делеции - выявление оценивается отдельно. Референтные
позиции исключены.
Таблица 15. Соматические варианты - согласованность для образца по типам вариантов
SNV Инсерции Делеции
Образец Oжnяze^.o Ожидаемое Ожидаемо ^р
е значение значение е значение FN
GM12877 999 999 0 567 567 0 486 459 0
GM12878 2457 2457 0 540 513 0 648 594 0
GM12879 1539 1539 0 567 540 0 486 459 0
GM12884 1836 1836 0 675 648 0 567 540 0
GM12885 2025 2025 0 675 648 0 594 540 0
GM12888 1782 1782 0 621 621 0 513 486 0
GM12877-D5 5454 5392 0 1782 1647 0 2052 1891 0
GM12877-D7 5454 5406 0 1782 1728 0 2052 1898 0
GM12878-D5 5454 5192 28 1782 1651 9 2052 1856 5
GM12878-D7 5454 5445 0 1782 1719 0 2052 1944 0
Десять образцов далее анализировали в отношении распознавания небольших инсерций и
делеции (инделов) (таблица 16). Число инделов в общей сложности составило 71, их длина
варьировалась от 1 до 24 п.о. для инсерций и от 1 до 25 п.о. для делений.
--- стр. 202 ---
Таблица 16. Сводные данные - соматические варианты, выявление инделов
Тип варианта Ожидаемые варианты ТР FN Нераспознанные
варианты
РРА
Инсерция 10773 10282 9 482 99,2
Делеция 11502 10667 5 830 >99,9
Для покрытия областей с различным геномным составом были разработаны 150
ампликонов. GC-состав ампликонов варьировался в диапазоне 0,19-0,87. Ампликоны также
содержали повторы одного нуклеотида (т.е. поли(А), поли(Т)...), динуклеотидов и
тринуклеотидов. Данные компилировали для каждого ампликона (таблица 17), чтобы
определить влияние геномного состава на процент правильных распознаваний. Процент
правильных распознаваний включает в себя распознанные и референтные варианты и
составляет менее 100 % при наличии неправильных распознаваний или нераспознанных
вариантов.
--- стр. 212 ---
Результаты секвенирования образца GM12878 сравнивали с надежно установленным
Национальным институтом стандартов и технологий (National Institutes of Standards and
Technology, NIST) (v.2.19) генотипом NA12878. Из 150 ампликонов 92 ампликона
полностью лежали в надежно установленных областях генома, 41 ампликон частично
перекрывался с ними, а 17 ампликонов не перекрывались с последовательностью NIST. Это
привело к 10000 координат на повторность для сравнения. Невариантные распознавания
сравнивали с эталонной последовательностью генома человека, сборкой hgl9. Результаты
в отношении точности представлены в таблице 18.
Таблица 18. Согласованность соматических вариантов в образце GM12878 с базой данных
NIST
Образец Число
ампликонов
Средний
уровень
распознавания
ТР FN TN FP РРА NPA ОРА
GM12878 133 98,8 2808 0 258488 0 100 100 100
На основании данных этого исследования соматических вариантов в 9 прогонах, секвенатор
нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx позволяет получать согласованные данные
секвенирования при следующем составе:
► GC-состав > 19 % (все распознанные основания в 378 секвенированных ампликонах
с GC-составом в 19 % распознаны правильно, уровень нераспознавания составил 2,6
%)
► GC-состав < 87 % (все распознанные основания в 378 секвенированных ампликонах
с GC-составом в 87 % распознаны правильно, уровень нераспознавания составил 0,6
%)
► Поли-А длиной < 9 (все распознанные основания в 378 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-А длиной 9 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 2,5 %)
► Поли-Т длиной < 10 (все распознанные основания в 378 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-Т длиной 10 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 0,1 %)
► Поли-G длиной < 6 (все распознанные основания в 2268 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-G длиной 7 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 0,5 %)
► Поли-С длиной < 6 (все распознанные основания в 756 секвенированных
ампликонах, содержащих повторы поли-С длиной 6 оснований, распознаны
правильно, уровень нераспознавания составил 0,4 %)
► Повторы динуклеотидов длиной < 4х (все распознанные основания в 1890
секвенированных ампликонах, содержащих повторы динуклеотидов длиной 4х,
распознаны правильно, уровень нераспознавания составил 0,9 %)
► Повторы тринуклеотидов длиной < 5х (все распознанные основания в 378
секвенированных ампликонах, содержащих повторы тринуклеотидов длиной 5х,
распознаны правильно, уровень нераспознавания составил 1,4 %)
► Инделы длиной < 23 (все распознанные основания в 378 секвенированных
ампликонах, содержащих инделы длиной 23 основания, распознаны правильно,
уровень нераспознавания составил 0,8 %)
► Делеции длиной < 25 (все распознанные основания в 1134 секвенированных
ампликонах, содержащих делеции длиной 25 оснований, распознаны правильно,
уровень нераспознавания составил 0,7 %)
Прецизионность
Прецизионность секвенатора нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx определяли путем
--- стр. 213 ---
тестирования 13 уникальных образцов проекта Platinum Genome с использованием трех
приборов, трех партий реагентов тремя операторами при генерировании девяти
последовательностей за пять дней прогонов. Репрезентативный анализ, образцы и
референтный метод - те же, как описано для исследования точности при анализе
герминальных вариантов. Прецизионность определяли с помощью дисперсионного анализа
компонентов с использованием VAF в качестве переменной отклика и расчета стандартных
отклонений на уровне компонентов для прибора, партии реагентов, оператора и дня начала
прогона (таблица 19). Общее число наблюдений, использованных в анализе для каждого
компонента изменчивости инструмента, оператора и партии реагента, составило 699,176 и
235 для SNV, инсерций и делеций, соответственно.
Таблица 19. Результаты анализа прецизионности секвенатора нуклеиновых кислот
Компонент SD Всего SD
Компонент Тип варианта Мах Медиана Мах Медиана
Партия SNV 0,0076 0,0002 0,0833 0,0154
Инсерция 0,0104 0,0000 0,0410 0,0157
Деления 0,0046 0,0005 0,0560 0,0187
Прибор SNV 0,0114 0,0003 0,0840 0,0153
Инсерция 0,0138 0,0009 0,0407 0,0161
Деления 0,0079 0,0008 0,0549 0,0187
Оператор SNV 0,0226 0,0008 0,0841 0,0155
Инсерция 0,0344 0,0010 0,0417 0,0164
Деления 0,0083 0,0013 0,0547 0,0187
День SNV 0,0277 0,0012 0,0825 0,0160
Инсерция 0,0235 0,0012 0,0409 0,0169
Деления 0,0271 0,0014 0,0548 0,0188
Сравнение методов (платформ для секвенирования)
Образцы из цельной крови и FFPE оценивали на секвенаторе нуклеиновых кислот
NextSeq™ 550Dx и генетическом секвенаторе MiSeqDx с использованием протоколов для
герминальных и соматических вариантов набора реагентов для создания «библиотеки»
нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения.
Согласованность в отнощении частоты вариантов для образцов крови и FFPE оценивали
при использовании нескольких репрезентативных анализов. На рисунке 15 показана
корреляция VAF между двумя приборами для одного репрезентативного анализа, а в
таблице 20 показана корреляция по панели анализа. На основании сильной корреляции
между генетическим секвенатором MiSeqDx и секвенатором нуклеиновых кислот
NextSeq'*’^^ 550Dx рабочие характеристики, связанные с преаналитическими факторами (в
т.ч. методами вьщеления или присутствием посторонних веществ), определены как
применимые к обоим приборам. Дополнительную информацию см. в инструкции по
применению для набора реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД
TruSeq™ Custom Amplicon Kit Dx, в вариантах исполнения.
--- стр. 214 ---
Рисунок 15. Корреляция VAF генетического секвенатора MiSeqDx и секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq^'^ 550Dx для образцов FFPE (слева) и крови (справа) при
использовании метода 1
MiSeqDx (VAF)
0.1 0,2 0.3 04 0.5 0.6 0 7 0.8 09
MiSeqDx (VAF)
Таблица 20.
и FFPE
Сравнение результатов метода при использовании уникальных образцов крови
Источи
ик
гДНК
Анализ(панель
олигонуклеотид
ов)
Биологическ
ие
повторности
(образцы)
Техническ
ие
повторное
ти (на
образец)
Наблюден
ия (число
вариантов
)
Накло
и
Точка
пересечен
ия
Корреляц
ия (R^)
Кровь Анализ 1 45 2 83691 0,992 0,002 0,9952
Кровь Анализ 2 45 2 5457 0,995 0,005 0,981
FFPE Анализ 1 46 2 8319 0,993 0,000 0,9972
FFPE Анализ 3 40 1 280 0,969 0,015 0,978
’Два значения были удалены на основании указанного ограничения для модуля герминальных вариантов.
^Коэффициент смешанной корреляции для графиков VAF, как показано на рисунке 15.
Воспроизводимость
Воспроизводимость результатов, полученных с помощью секвенатора нуклеиновых кислот
NextSeq” ^^ 550Dx оценивали при тестировании образцов Platinum Genome с помощью
репрезентативного анализа, направленного на множество генов с охватом 12 588 оснований
(150 ампликонов) в 23 различных хромосомах. Тестирование герминальных вариантов
включало семь повторностей 13 образцов; исследование соматических вариантов - шесть
повторностей семи образцов разных VAF. Образцы готовили с использованием набора
реагентов для создания «библиотеки» нуклеиновых кислот ИВД TruSeq™ Custom Amplicon
Kit Dx, в вариантах исполнения.
Тестирование проводили в трех внешних лабораториях с использованием одной партии
набора реагентов ИВД NextSeq^*'^ 550Dx v2, 300 циклов (NextSeq^^ 550Dx High Output
Reagent Kit v2 (300 cycles)). В каждой лаборатории использовали один секвенатор
нуклеиновых кислот NextSeq” ^^ 550Dx. В каждой лаборатории исследования проводили два
оператора. Каждый оператор выполнил тестирование в течение трех непоследовательных
дней начала прогона для каждого типа образца, в общей сложности 36 прогонов в трех
лабораториях. В результате этого тестирования было проведено 18 прогонов для каждого
протокола (для герминальных и соматических вариантов).
Герминальные варианты
Герминальные варианты с VAF > 0,2 сообщаются как положительные (вариант). Для
ожидаемых положительных герминальных вариантов данные оценивали для уровней
--- стр. 215 ---
нераспознавания и правильного положительного распознавания для каждого типа варианта
(SNV, инсерция, делеция). В таблице 21 приведены наблюдаемые уровни вместе с нижней
и верхней границами 95% доверительного интервала (LCL/UCL), рассчитанными с
использованием метода Уилсона для каждого типа варианта.
Таблица 21. Наблюдения распознавания герминальных вариантов для ожидаемых
Тип
варианта
Не распознано Правильное положительное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент Полученный
результат
Всего Процент 95%
LCL
95%
UCL
SNV 16 110 376 0,014 110 349 110 360 99,99 99,98 99,99
Инсерции 1026 37 044 2,77 36018 36 018 100 99,99 100,00
Делении 648 34 776 1,86 34 128 34 128 100 99,99 100,00
Герминальные варианты с уровнями VAF < 0,2 сообщаются как отрицательные (дикого
типа). Для ожидаемых отрицательных позиций герминальных вариантов данные оценивали
для уровней нераспознавания и правильного распознавания дикого типа. В таблице 22
приведены наблюдаемые уровни вместе с нижней и верхней границами 95%
доверительного интервала (LCL/UCL), рассчитанными с использованием метода Уилсона.
Таблица 22. Наблюдения распознавания герминальных вариантов для ожидаемых
Тип
варианта
Не распознано Правильное отрицательное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент Полученный
результат
Всего Процент 95%
LCL
95%
UCL
Дикий
тип
4883 19600182 0,025 19595299 19595299 100 100,00 100,00
Герминальные варианты с VAF > 0,2 и <0,7 расцениваются как положительные
гетерозиготные по варианту, а варианты с уровнем VAF > 0,7 - как положительные
гомозиготные по варианту. Для определения того, повлияет ли внутренняя вариабельность
метода на распознавание генотипа, использовали образцы с гетерозиготными
герминальными вариантами. Сх определяли для обоих отсечений (0,2 для гетерозиготных
и 0,7 для гомозиготных генотипов), где х - доля повторных тестов, значения которых
превышают уровень отсечения. Для нижнего отсечения, 0,2 VAF, Сх был > 99,999%, что
указывает на то, что 99,999% гетерозиготных вариантов будут расценены как
гетерозиготные. Для верхнего отсечения, 0,7 VAF, Сх был < 0,001%, что указывает на то,
что < 0,001% гетерозиготных вариантов будут расценены как гомозиготные. В таблице 22
результаты обобщены по типу вариантов.
Герминальные варианты с VAF > 0,2 и <0,7 расцениваются как положительные
гетерозиготные по варианту, а варианты с уровнем VAF > 0,7 - как положительные
гомозиготные по варианту. Для определения того, повлияет ли внутренняя вариабельность
метода на распознавание генотипа, использовали образцы с гетерозиготными
герминальными вариантами. Сх определяли для обоих отсечений (0,2 для гетерозиготных
и 0,7 для гомозиготных генотипов), где х - доля повторных тестов, значения которых
превышают уровень отсечения. Для нижнего отсечения, 0,2 VAF, Сх бьш > 99,999%, что
указывает на то, что > 99,999 % гетерозиготных вариантов будут расценены как
гетерозиготные. Для верхнего отсечения, 0,7 VAF, Сх был < 0,001%, что указывает на то,
что < 0,001% гетерозиготных вариантов будут расценены как гомозиготные. В таблице 23
результаты обобщены по типу вариантов.
--- стр. 216 ---
Таблица 23. Герминальные варианты - значения Сх для гетерозиготных вариантом
Тип варианта Отсечка при 0,2 VAF Отсечка при 0,7 VAF
> С99,999 % < СО,001 %
SNV 94/94 94/94
Инсерции 24/24 24/24
Делеции 35/35 35/35
Всего 153 153
Соматические варианты
Соматические варианты с VAF > 0,026 сообщаются как положительные (вариант).
Наблюдения с уровнями VAF > 0,01 и < 0,026 считались сомнительными в отношении целей
данного анализа (ни положительными, ни отрицательными, помеченными как варианты с
низкой частотой). Для оценки рабочих характеристик результаты рассчитывали тремя
способами:
► Наилучший случай: любой сомнительный результат считался правильным
положительным распознаванием (соответствие ожидаемому результату)
► Наихудший случай: любой сомнительный результат считался неправильным
распознаванием (несоответствие ожидаемому результату)
► Случай с исключением: все сомнительные результаты исключали из анализа.
В трех таблицах, таблице 24, таблице 25 и таблице 26, обобщены результаты распознавания
для наилучшего случая, наихудшего случая и случая с исключением, соответственно,
вместе с нижней и верхней границами 95% доверительного интервала (LCL/UCL),
рассчитанными с использованием метода Уилсона.
Таблица 24. Наблюдения распознавания соматических
положительных результатов (наилучший сценарий) ________
вариантов для ожидаемых
Тип варианта Правильное положительное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент 95 % LCL 95 % UCL
SNV 54 346 54 346 100 99,99 100,00
Инсерции 18 036 18 036 100 99,98 100,00
Делеции 18 381 18 381 100 99,98 100,00
Таблица 25. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
положительных результатов (наихудший сценарий)
Тип варианта Правильное положительное распознавание
Полученный результат Всего Процент 95 % LCL 95 % UCL
SNV 54 346 54 346 100 99,99 100,00
Инсерции 18 000 18 036 99,8 99,72 99,86
Делеции 18 381 18 381 100 99,98 100,00
Таблица 26. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
Тип варианта Правильное положительное распознавание
Полученный
результат
Всего Процент 95 % LCL 95 % UCL
SNV 54 346 54 346 100 99,99 100,00
Инсерции 18 000 18 000 100 99,98 100,00
Делеции 18 381 18 381 100 99,98 100,00
Соматические варианты с VAF < 0,01 сообщаются как отрицательные (дикого типа). Для
ожидаемых отрицательных позиций соматических вариантов данные оценивали для
--- стр. 217 ---
уровней нераспознавания и правильного распознавания дикого типа. Правильные
распознавания дикого типа определяли путем исключения нераспознаваний и вычитания
наблюдаемых распознаваний, попавших в сомнительную зону (уровни VAF > 0,01 и
<0,026), а также неправильных распознаваний выше отсечения (уровни VAF > 0,026) из
обшего числа. В таблице 27 обобщены наблюдаемые результаты, всего и в процентах, для
отрицательных позиций соматических вариантов для уровня нераспознавания и
правильного распознавания дикого типа вместе с нижней и верхней границами 95%
доверительного интервала (LCL/UCL), рассчитанными с использованием метода Уилсона.
Таблица 27. Наблюдения распознавания соматических вариантов для ожидаемых
Тип Правильное
вариан Не распознано распознавай
та ие
Полученн
ый
результат
Всег
о
Проце
нт
Сомнительн
ые
результаты
Неправиль
но
Правиль
но
Всег
о
Проце
нт
95%
LCL
95%
UCL
Дикий 36 326 8 0,408 2254 121 8 870 975 8 99,97 99,97 99,97
тип 909 873 2 4
676 350
Для определения С95 анализа (в пределах каждого типа варианта) оценивали образцы
соматических вариантов с разными VAF. Для оценки изменчивости вблизи отсечения
использовали образцы с ожидаемыми VAF между 0,02 и 0,07. С95 определяли для каждого
варианта, наивысшее значение С95 для каждого типа вариантов представлено в таблице 28.
Таблица 28. Соматические варианты - сводные результаты по С95
Тип варианта N С95
SNV 74 0,0613
Инсерция 24 0,0573
Деления 33 0,0575
Данные из Инструкции по применению на Систему VeriSeq™ NIPT Solution v2
Следующие данные, приведенные в разделах, посвященных клиническим и аналитическим
характеристикам, бьши получены с использованием протоколов и материалов, описанных
в инструкциях по применению, начиная с полученной плазмы. Все данные секвенирования
для данного раздела были получены с использованием секвенаторов нуклеиновых кислот
NextSeq™ 500/550 или Секвенатор нуклеиновых кислот NextSeq™ 550Dx методом
секвенирования нового поколения (NGS) при следующих параметрах:
Таблица 29.
Встроенное ПО
NextSeq™ 500/550
NextSeq Control Software 4.0
Версия набора Набор реагентов ИВД NextSeq™ 500/550
реагентов v2.5,75 циклов ____
NextSeq™ 550Dx
NextSeq Operating Software 1.3
Набор реагентов ИВД NextSeq™ 550Dx
v2.5, 75 циклов
Метод
секвенирования
Парно-концевое секвенирование 2x36 в
режиме высокого выхода
Парно-концевое секвенирование 2x36 в
режиме высокого выхода
Клиническое исследование
Клиническая точность результатов исследования системы неинвазивного пренатального
тестирования для определения множественных врожденных анеуплоидий ИВД VeriSeq’'^^
NIPT Solution v2, анализ нуклеиновых кислот была показа путем оценки образцов плазмы.
--- стр. 218 ---
собранных у беременных женщин с одноплодными и двуплодными беременностями.
Обезличенные образцы плазмы были получены из биобанка, где материал сохранялся после
отделения из образцов периферической цельной крови. В исследование было включено
45000 образцов от пациентов, прошедших пренатальный скрининг на хромосомные
анеуплоидии плода и частичные делеции и дупликации размером не менее 7 МБ. Все
образцы от беременностей с патологией плода и ряд последующих образцов от
беременностей без патологии подходили для тестирования при наличии доступных
клинических исходов и соответствии критериям для выборки. В общей сложности были
проанализированы свыше 2335 образцов. Из них 2328 образцов относились к одношюдной
беременности, а семь остальных — к двуплодной.
Из этих образцов 28 (1,2%, 28/2335) не прошли КК по результатам анализа данных,
полученных при первом секвенировании:
1. 27 не прошли оценку iFACT (один с ХО, 26 - без патологий)
2. В одном образце значения данных выходили за пределы ожидаемого диапазона
Демографические показатели и показатели беременности
Возраст женщины, срок и триместр беременности для образцов полногеномного скрининга
(включая известные мозаичные образцы) приведены в таблице 30.
Оценка демографических показателей проводилась среди базовых и полногеномных когорт
и не показала статистически значимого расхождения. Демографические показатели и
показатели беременности были сходными независимо от того, были включены известные
мозаичные образцы или нет.
Таблица 30. Демографические показатели и показатели беременности
Сводные статистические данные
Количество образцов
Возраст женщины - годы
Среднее
Полногеномный
(включая известные мозаичные образцы)
2307*
35,08
Стандартное отклонение 4,04
Медиана 34,95
25-й процентиль, 75-й процентиль 32,31; 37,79
Минимум, максимум 20,22; 53,02
Срок беременности в момент взятия крови - недели
Среднее 10,93
Стандартное отклонение 1,20
Медиана 10,57
25-й процентиль, 75-й процентиль 10,29; 11,14
Минимум, максимум 10,00; 27,86
Триместр беременности - п (%)
Первый (< 14 недель) 2,252 (98%)
Второй 54 (2%)
Третий (> 27 недель) 1 (0%)
* Финальный выборка содержала 7 двуплодных беременностей.
Клинические характеристики
Результаты, полученные с помощью системы VeriSeq™ NIPT Solution v2, сравнивали с
результатами стандартной клинической оценки исходов беременности. Для всех
--- стр. 219 ---
исследуемых образцов имелись результаты стандартной клинической оценки (клиническая
«истина») в отношении хромосомной анеуплоидии плода и частичной делеции и
дупликации не менее 7 МБ. Стандартная клиническая оценка для включенных в
исследование образцов зависела от результатов хромосомного анализа или физического
обследования новорожденных с отрицательными результатами НИПТ, основанного на
секвенировании КОБ.Подготовленный исследовательский персонал выполнил
классификацию данных стандартной клинической оценки в соответствии с документацией
по медицинскому кодированию, предоставленной спонсором.
Хромосомный анализ был проведен методами стандартного цитогенетического
кариотипирования, флуоресцентной гибридизацией in situ (FISH) или хромосомным
микроматричным анализом (ХМА). В качестве материала для хромосомного анализа были
использованы образцы периферической цельной крови или слюны новорожденных и
младенцев, образцы продукты зачатия (РОС), амниоцитов, ворсин хориона, плацентарной
ткани или послеродовой пуповинной крови.
Мозаицизм определяется как представленность двух или более клеточных линий, каждая
из которых имеет отличный от других хромосомный набор. Клеточные линии происходят
из одной и той же зиготы. Тип и уровень мозаицизма бывают разные и зависят от сроков
возникновения мозаичного события во время эмбриогенеза и развития плода. Различные
типы мозаицизма обнаруживаются в ходе пренатальной диагностики в зависимости от
распределения аномальных клеточных линий относительно нормальных в клетках
трофобласта, мезенхиме или плода. Хотя мозаицизм можно обнаружить в любой
хромосоме, он чаше встречается среди редких аутосомных анеуплоидий (РАА), чем при
трисомии по 21, 18 и 13 хромосомам (Т21, Т18 и Т13). При проведении оценки
характеристик теста случаи мозаицизма были включены в полногеномный анализ,
поскольку данный тип скрининга позволяет обнаружить РАА.
Характеристики базового скрининга
Режим базового скрининга включает выявление аномалий Т21, Т18 и Т13. Анализ был
проведен в обшей сложности на 2243 образцах, отобранных при одноплодной и двуплодной
беременности. Во всех семи случаях двуплодной беременности были правильно
определены случаи трисомии по хромосоме 21 (Т21), которые не указаны в следуюшей
таблице.
Таблица 31. Чувствительность и специфичность системы VeriSeq^'^NIPT Solution v2 в
отношении выявления трисомии по хромосомам 21, 18 и 13 при базовом скрининге
для одноплодной беременности (за исключением известных случаев мозаицизма)
Т21 Т18 Т13
Чувствительность > 99,9% (130/130) > 99,9% (41/41) > 99,9% (26/26)
2-сторонний 95% ДИ 97,1%; 100% 91,4%; 100% 87,1%; 100%
Специфичность 99,90% (1982/1984) 99,90% (1995/1997) 99,90% (2000/2002)
2-сторонний 95% ДИ 99,63%; 99,97% 99,64%; 99,97% 99,64%; 99,97%
Характеристики анализа на основном экране, как показано в табл. 31, рассчитаны без учета
набора из 64 образцов с RAA, частичными аутосомальными делениями или дупликациями
--- стр. 220 ---
или известными типами мозаицизма. Эти 64 образца включали восемь случаев мозаицизма
Т21 и три - Т18. Пять из этих И образцов были идентифицированы программным
обеспечением VeriSeq™ NIPT v2 (VeriSeq'*''^ NIPT Assay Software v2) как образцы с
аномалиями.
Характеристики полногеномного скрининга
Для полногеномного скрининга в число отклонений входят трисомии, моносомии, а также
частичные делеции или дупликации не менее 7 МБ. Среди образцов для полногеномного
скрининга было 36 образцов с известными случаями мозаицизма. Анализ был проведен в
общей сложности на 2307 образцах, отобранных при одноплодной и двуплодной
беременности. Во всех семи случаях двуплодной беременности были правильно выявлены
отклонения в хромосоме 21, которые не указаны в следующих таблицах.
Характеристики полногеномного скрининга для любых аномалий
Таблица 32. Чувствительность и специфичность системы VeriSeq^'^NIPT Solution v2 в
отношении выявления любых аномалий при полногеномном скрининге (включая
известные случаи мозаицизма)
Оценка % (n/N)
Чувствительность
95,5% (318/333)
Специфичность
99,34% (1954/1967)
2-сторонний 95% ДИ 92,7%; 97,3% 98,87%; 99,61%
Характеристики полногеномного скрининга для редких аутосомных анеуплоидий
(РАА)
Таблица 33. Чувствительность и специфичность системы VeriSeq^’ ^'NIPT Solution v2 в
отношении редких аутосомных анеуплоидий (РАА) при полногеномном скрининге
(включая известные случаи мозаицизма)
Оценка % (n/N)
Чувствительность
96,4% (27/28)
Специфичность
99,80% (2001/2005)
2-сторонний 95% ДИ 82,3%; 99,4% 99,49%; 99,92%
Характеристики полногеномного скрининга для частичных делений и дупликаций
Таблица 34. Чувствительность и специфичность системы VeriSeq^'^ NIPT Solution v2 в
отношении частичных делений и дупликаций размером от 7 МБ при полногеномном
скрининге (включая известные случаи мозаицизма)
Оценка % (n/N)
Чувствительность
74,1% (20/27)
Специфичность
99,80% (2000/2004)
2-сторонний 95% ДИ 55,3%; 86,8% 99,49%; 99,92%
Различия характеристик режимов базового и полногеномного скрининга
Методология оценки для общих трисомий и анеуплоидий половых хромосом одинакова в
режиме базового и полногеномного скрининга. При базовом скрининге применяется только
алгоритм выявления Т21, Т18 и Т13. При полногеномном скрининге та же методология
--- стр. 221 ---
распространяется на все случаи трисомии и РАА, а также на частичные дупликации и
делеции.
Существует два основных различия между описанными характеристиками базового и
полногеномного скрининга. Во-первых, при полногеномном скрининге оценивались
показатели образцов с известным мозаицизмами как для общих трисомий, так и для РАА и
частичных делеции и дупликаций. Во-вторых, в режиме полногеномного скрининга могут
преимущественно выявляться частичные дупликации, а не полные трисомии. Наличие
полной трисомии в дополнение к частичной дупликации или делеции можно уточнить по
значениям LLR, приведенным в дополнительном отчете
Включение случаев мозаицизма в режим полногеномного скрининга
Мозаицизм включен в список ограничений методики анализа. При наличии мозаицизма
сигнал от плодной ДНК при аномалии уменьшается, и, следовательно, его может быть
сложнее обнаружить без ущерба для общей специфичности анализа. Однако, поскольку
мозаицизм актуален для расширенного спектра образцов, образцы с мозаицизмом были
включены в анализ в режиме полногеномного скрининга.
Из 64 образцов, включенных в анализ в полногеномном режиме, без использования
базового скрининга, 36 образцов были идентифицированы по клиническому эталонному
стандарту диагностики как имеющие мозаицизм. Для 23 из этих 36 образцов результат
скрининга совпал с эталонной клинической оценкой.
Выявление частичной делеции или дупликации в сравнении с выявлением
полнохромосомных анеуплоидий
В меню системы VeriSeq™ NIPT Solution v2 есть параметры для базового и полногеномного
скрининга. При выполнении базового скрининга результат ANOMALY DETECTED
(ОБНАРУЖЕНА АНОМАЛИЯ) сообщается только в том случае, когда полная анеуплоидия
обнаруживается для 21,18 или 13 хромосом и при этом все показатели КК соблюдены. При
полногеномном скрининге система обнаруживает анеуплоидии во всех аутосомах и в
случаях частичных делеций и дупликаций размером от 7 МБ.
При полногеномном скрининге система задает приоритет сообщения о случаях частичной
делеции или дупликации при анализе всей хромосомы, если размер частичной делеции или
дупликации охватывает не более 75% размера хромосомы, в которой обнаружен такой
случай. Если обнаруженная область частичной делеции или дупликации составляет более
75% размера хромосомы, то такой случай указывается как полная трисомия или моносомия
всей хромосомы. Поэтому очень большие частичные делеции и дупликации, размер
которых составляет менее 75% от размера хромосомы, могут указывать на анеуплоидию
всей хромосомы.
Для всех образцов в дополнительном отчете отражен показатель LLR для классификации
всей хромосомы. Перед интерпретацией результатов необходимо проанализировать
показатель LLR в отношении заданного порогового значения (рисунок 17). Показатели
LLR, относящиеся к хромосомному уровню, превышающие пороговое значение,
способствуют последующей интерпретации в пользу анеуплоидии всей хромосомы.
В ходе клинического исследования было обнаружено два образца одноплодной
беременности с дупликациями значительными размера (одна на 21-й хромосоме и одна на
18-й), которые составляли менее 75% относительного размера хромосомы (см. таблицу 35).
--- стр. 222 ---
Оба случая были указаны как частичные дупликации, а не как полная трисомия
соответствующей хромосомы. Показатели LLR для этих случаев превышали предел,
соответствующий результатам для полной трисомии. В случае положительного результата
НИПТ как для частичной дупликации, так и при полной трисомии хромосомы, следует
предложить пациенту пройти подтверждающую пренатальную диагностику.
Таблица 35. Примеры значительных частичных дупликаций, обнаруженных при
полногеномном скрининге
Клиническая «истина» Результат полногеномного Размер
скрининга аномалии
(МБ)
Образец 1 Трисомия по 21 Частичная дупликация 21 22,50
хромосоме, одноплодн. хромосомы
% Показатели
хромосомы LLR
Образец 2 Трисомия по 18 Частичная дупликация 18
хромосоме, одноплодн. хромосомы
47,00
48,9
60,2
19,43
12,99
Дополнительные сведения о показателях КК, используемых для формирования отчета по
результатам обнаружения анеуплоидии, см. в «Руководстве для программного
обеспечения» (документ № 1000000067940).
Половые хромосомы
Результаты, полученные с помощью системы VeriSeq^'^ NIPT Solution v2 для половых
хромосом, были проанализированы в сравнении со стандартными клиническими
результатами исходов беременности и объединены в таблице ниже. Процент совпадений
был рассчитан для каждой половой хромосомы в рамках результата каждого клинического
исхода беременности. Процент совпадений рассчитывали, как число образцов, в которых
результаты для половых хромосом, полученные посредством системы VeriSeq^'^ NIPT
Solution v2, совпадали с результатами стандартной клинической оценки, деленное на общее
число образцов с такими же результатами стандартной клинической оценки.
Таблица 36. Процент совпадений для классификации пола плода*
Классификация пола плода Фенотип в результате Результаты цитогенетического исследования
осмотра
новорожденного
Обнаружение
анеуплоидии
Аномалий не
обнаружено
Кариотип
XX
Женский
пол
997
Мужской
пол
0
XX
21
XY
0
ХО
2
XXX
0
XXY
0
XYY
0
Прочее**
0
Отсутствует
0
Аномалий не
обнаружено
XY 0 966 0 15 0 0 0 0 0 1
Аномалия
обнаружена
хо 0 0 0 0 19 0 0 1 0 0
Аномалия
обнаружена
XXX 0 0 0 0 0 17 0 0 1 0
Аномалия
обнаружена
XXY 0 0 0 0 0 0 23 0 1 0
Аномалия
обнаружена
XYY 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0
Итого 997 966 21 15 21 17 23 12 2 1
Процент
совпадений
100 100 100 100 90,5 100 100 91,7 Не
применимо
Не
применимо
* В пяти случаях двуплодной беременности было правильно установлено наличие Y-хромосомы. В двух случаях было правильно
установлено отсутствие Y-хромосомы.
*• Другими результатами цитогенетического исследования были ХХХХХ и XXYY.
--- стр. 223 ---
Прогностическая ценность положительного и отрицательного результата системы
VeriSeq^^NIPT Solution v2
Прогностическая ценность положительного результата (PPV) и прогностическая ценность
отрицательного результата (NPV) дают информацию по возможности принимать
клинические решения на основании чувствительности и специфичности исследования и
вероятности до тестирования, что у плода имеется трисомия (распространенность).
Поскольку PPV и NPV зависят от распространенности, а распространенность этих
анеуплоидий может различаться в разных популяциях, PPV и NPV рассчитывали на основе
чувствительности и специфичности, наблюдавшихся при базовом скрининге (без
известных случаев мозаицизма) в исследовании клинической точности. Таблица 40
составлена на основе данных полногеномного скрининга (без известных случаев
мозаицизма).
Таблица 37. Распространенность, PPV и NPV для трисомии по 21 хромосоме при
базовом скрининге (без известных случаев мозаицизма)
Распространенность (%)
0.05
PPV (%)
33.17
NPV (%)
> 99.99
0,10 49.82 > 99.99
0.20 66.53 > 99.99
0.50 83.29 > 99.99
1.00 90.93 > 99.99
1.50 93.79 > 99.99
2.00 95.29 > 99.99
Таблица 38. Распространенность, РРУ и NPV для трисомии по 18 хромосоме при базовом
скрининге (без известных случаев мозаицизма)
Распространенность (%) PPV (%) NPV (%)
0.03 23.06 > 99.99
0.05 33.31 > 99.99
0,10 49.99 >99.99
0.20 66.68 > 99.99
0.30 75.03 > 99.99
0.40 80.04 >99.99
0.50 83.38 > 99.99
Таблица 39. Распространенность, PPV и NPV для трисомии по 13 хромосоме при базовом
скрининге (без известных случаев мозаицизма)
Распространенность (%) PPV (%) NPV (%)
0.01 9.10 > 99.99
0.02 16.68 > 99.99
0.05 33.37 > 99.99
0,10 50.05 > 99.99
0.20 66.73 > 99.99
Таблица 40. Распространенность, PPV, NPV и любой другой аномалии при полногеномном
скрининге (включая известные случаи мозаицизма)
Распространенность (%) PPV (%) NPV (%)
0.01 1.42 > 99.99
0.02 2.81 > 99.99
0.05 6.74 > 99.99
0,10 12.64 > 99.99
0.20 22.45 99.99
0.50 42.07 99.98
--- стр. 224 ---
1,00 59.34 99.95
1,50 68.75 99.93
2.00 74.68 99.91
Распределение фетальной фракции
Распределение рассчитанной фетальной фракции, полученное с помощью системы VeriSeq™NIPT
Solution v2 для полногеномного скрининга, включая образцы с известным мозаицизмом, отражено
с данными стандартных клинических результатов исходов беременности на рисунке 16.
Рисунок 16. Распределение фетальной фракции
Количество
образцов
40
30
20
10
200
100
! i i n ;'f __ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
10 20 30
Фетальная фракция (%) VeriSeq™ NIPT Solution v2
анеуплоидией
Все
Стандартные
клинические результаты
исходов беременности
Иобшие трисомии (п=214)
® SCA (п=75)
Нполногеномкый (n=SS)
□ Все (п=2307)
У 5 образцов наблюдались отклонения в нескольких категориях.
Образцы обшей трисомии включают в себя образцы с трисомиями по 21, 18 и/или 13 хромосомам,
Полногеномные образцы включают в себя образцы с РАА или частичными делециям и/или дупликациям.
Оценки фетальной фракции в диапазоне от 2% до 34% с медианой 9%, а также в
вероятностном диапазоне от 6% до 12%. Медиана оценки фетальной фракции для общих
трисомий и случаев, обнаруженных при полногеномном скрининге, составляет 8%, а для
SCA — 9%. Диапазон оценок фетальной фракции соответствовал всем результатам.
Отсутствуют какие-либо видимые сдвиги в распределении фетальной фракции среди
случаев общей трисомии, SCA, случаев, обнаруженных при полногеномном скрининге, или
всех образцов при полногеномном анализе.
Характеристики при двуплодной беременности
Оценка трисомии по 13, 18 и 21 хромосомам и характеристики Y-хромосомы при
двуплодной беременности
Из-за низкой распространенности трисомии по 21, 18 и 13 хромосомам при двуплодной
беременности, только незначительное число аномальных образцов были доступны для
проведения клинического исследования. Для оценки характеристик системы VeriSeq™
NIPT Solution v2 при двуплодной беременности использовались in silico модели,
основанные на результатах исследованных клинических образцов, позволившие
--- стр. 225 ---
имитировать популяцию с двуплодной беременностью. Моделирование соответствовало
популяции для которой предполагалось применение. Распределение фетальной фракции
было определено с использованием примерно 4500 образцов двуплодной беременности и
было сравнено с распределением для примерно 120000 образцов одноплодной
беременности. Распределение фетальной фракции, обусловленное анеуплоидией, было
определено на основе предполагаемых результатов для одноплодной беременности (1044
случая трисомии по 21 хромосоме, 307 случаев трисомии по 18 хромосоме и 192 случая
трисомии по 13 хромосоме). Объединение двух распределений позволило сделать выводы
об обнаружении анеуплоидии при двуплодной беременности. Моделировались наборы
дизиготных и монозиготных близнецов, и для оценки чувствительности было взято
средневзвешенное значение, представляющее их распространенность в предполагаемой
популяции (2 дизиготных: 1 монозиготный). Для оценки специфичности были
смоделированы наборы близнецов без отклонений в хромосомном наборе.
Фракция каждого смоделированного образца с трисомией (т. е. пораженная фракция)
рассчитывалась отдельно для каждой категории образцов:
► В случае монозиготных близнецов для пораженной фракции каждого образца
задавалось значение 1,0, поскольку в такой ситуации трисомия поражала обоих
близнецов.
► В случае дизиготных близнецов предполагалось, что отклонения наблюдались только
у одного из близнецов (крайне редко поражаются оба дизиготных близнеца). Были
смоделированы значения пораженной фракции с использованием известного
распределения отношений фетальной фракции, рассчитанной на основе клинических
образцов разнополой двойни. Использовался консервативный подход, который
подразумевал, что у пораженного близнеца фетальная фракция всегда ниже, чем у
второго близнеца. В случае беременности плодами с трисомией по 13 и 18 хромосомам
фетальная фракция в среднем была ниже, поэтому применялся поправочный
коэффициент.
► Для близнецов без отклонений был задан нулевой показатель пораженной фракции
каждого образца.
Для близнецов, пораженных трисомией по 18 или 13 хромосоме, был уменьшен показатель
фетальной фракции, соответствующий пораженной фракции образца. Уменьщение было
пропорционально среднему уменьшению показателя фетальной фракции, наблюдавшемуся
в клинических данных при трисомии по хромосоме 18 или 13 по отношению к эуплоидной
одноплодной беременности.
И полная фетальная фракция, и пораженная фракция каждого смоделированного образца
использовались для расчета показателя анеуплоидии с применением стандартного
алгоритма системы VeriSeq™ NIPT Solution v2. Чувствительность рассчитывали путем
определения того, как часто значения анеуплоидии для имитированных пораженных
близнецов были выше соответствующего порога анеуплоидии. Соответственно,
специфичность рассчитывали, определяя, как часто показатели анеуплоидии у
симулированных незатронутых близнецов были ниже соответствующего порога
анеуплоидии (таблица 39). 95% доверительные интервалы оценивались на основе числа
реальных клинических образцов двуплодной беременности в наборе исходных данных,
которые попадали под категорию пораженных или не пораженных соответствующей
трисомией.
Для оценки чувствительности выявления Y-хромосомы в образцах двоен были
смоделированы наборы XY/XY и XX/XY для двуплодной беременности. Было взято
средневзвешенное значение (1 XY/XY:! XX/XY), отображающее их распространенность в
--- стр. 226 ---
популяции, для которой предполагалось применение. Для оценки специфичности Y-
хромосомы в случае двойни был смоделирован набор ХХ/ХХ для двуплодной
беременности. Общие значения фетальной фракции были смоделированы согласно
известному распределению фетальной фракции в клинических образцах двуплодной
беременности.
Для двуплодной беременности XY/XY и XX/XY была проведена оценка соответствующих
показателей Y-хромосом с применением известного соотношения между фетальной
фракцией и показателями Y-хромосомы в клинических образцах одноплодной
беременности мужского пола. Только для двуплодной беременности XX/XY были
смоделированы значения пораженной (т. е. мужского пола) фетальной фракции с
использованием известного распределения отношений фетальных фракции, которые
наблюдались между близнецами одной и той же беременности и были клинически
определены как образцы разнополой двойни. Использовался консервативный подход, при
котором выбиралась пораженная фракция, соответствующая меньшему из двух близнецов.
Для каждого смоделированного образца XX/XY показатель Y-хромосомы умножался на
значение пораженной фракции.
Для двуплодной беременности ХХ/ХХ показатели Y-хромосомы отбирались из
показателей, которые наблюдались в клинических образцах одноплодной беременности
женского пола. Показатель Y-хромосомы и общая фетальная фракция использовались для
классификации каждого смоделированного образца относительно наличия или отсутствия
Y-хромосомы с применением стандартного алгоритма системы VeriSeq^'^ NIPT Solution v2.
Расчет чувствительности проводился путем определения того, насколько часто
смоделированные образцы двуплодной беременности XY/XY или XX/XY правильно
классифицировались относительно наличия Y-хромосомы. Расчет специфичности
проводился путем определения того, насколько часто смоделированные образцы
двуплодной беременности ХХ/ХХ правильно классифицировались относительно
отсутствия Y-хромосомы. 95% доверительные интервалы оценивались на основе числа
реальных клинических образцов двуплодной беременности в наборе исходных данных,
которые классифицировались относительно наличия или отсутствия Y-хромосомы.
Таблица 41. Оценка трисомии по 21,18 и 13 хромосомам в смоделированных группах
двуплодной беременности
Трисомии по
21 хромосоме
Трисомии по 18
хромосоме
Трисомии по 13
хромосоме
Наличие Y-
хромосомы
Чувствительность 96,4% 95,7% 93,6% > 99,9%
2-сторонний 95% (86,4%;
ди 98,9%) (68,3%; 99,4%) (64,1%; 98,9%) (99,9%; > 99,9%)
Специфичность 99,9% > 99,9% > 99,9% > 99,9%
2-сторонний 95%
ДИ
(99,8%; >
99,9%) (99,9%; > 99,9%) (99,9%; > 99,9%) (99,7%; > 99,9%)
В таблице 41 указаны расчетные показатели и предполагаемые 95% доверительные
интервалы для чувствительности и специфичности системы VeriSeq^'^ NIPT Solution v2 при
выявлении трисомии по 21, 18 и 13 хромосомам и наличия Y-хромосомы в
смоделированной группе двуплодной беременности, соответствующей популяции
--- стр. 227 ---
предполагаемого применения. Оценка доверительных интервалов проводилась на основе
числа клинических образцов двуплодной беременности, прошедших КК и попавших в
категорию образцов, которые поражены или не поражены соответствующей трисомией.
Расчет чувствительности предполагает, что две трети пораженных образцов двуплодной
беременности относятся к дизиготным с одним пораженным плодом, а оставшаяся треть —
к MOH03HroTHbnvi с двумя пораженными плодами.
Приведенная в таблице 41 оценка относится только к двуплодным беременностям.
Вследствие низкой распространенности многоплодной беременности с более высоким
количеством плодов (три плода и более) данных для создания соответствующих
статистических моделей оценки точности выявления анеуплоидии было недостаточно.
Аналитические характеристики
Воспроизводимость
Для оценки и количественного определения воспроизводимости теста, с помощью
программного обеспечения VeriSeq™ v2 (VeriSeq™ Assay Software v2) был проведен
повторный анализ данных из двух предыдущих исследований, полученных с
использованием системы VeriSeq'’’'^NIPT Solution:
► Исследование воспроизводимости на нескольких лабораторных площадках,
включавшее 3 запуска, которые проводили 3 оператора на 3-х лабораторных
площадках, используя одну и ту же партию реагентов суммарно для 9 запусков.
► Внутрилабораторное изучение воспроизводимости результатов, включавшее 12
запусков в одном центре, которые проводились с использованием двух станций
дозирующих автоматических VeriSeq NIPT Microlab STAR, двух систем
секвенирования и трех партий реагентов.
Целью исследования воспроизводимости было количественное определение точности
анализа в отношении трисомии 21 (Т21) и хромосомы Y и оценка вариабельности между
различными инструментами, комплектами для подготовки библиотек и партиями реагентов
для секвенирования.
Был получен пул ДНК с 5% долей ДНК плода с трисомией по 21 хромосоме, для чего
объединили сцДНК из плазмы беременных (с плодом, имеющим трисомию по 21
хромосоме) и сцДНК из плазмы не беременных женщин. Также был создан пул сцДНК для
10% фетальной фракции плода мужского пола (плод XY). Панель образцов каждого
исследования и каждого запуска включала в себя 4 реплики из пула образцов, пораженных
Т21, с 5% фетальной фракции и 20 реплик из пула сцДНК с 10% фетальной фракцией плода
мужского пола. Анализ проводили в течение 10 дней (в общей сложности 21 запуск для 2
исследований в совокупности).
Для определения качества, основанного на репрезентативности клинических условий и
сложности выявления отклонений, были выбраны Т21 и обнаружение Y-хромосомы. Хотя
21 хромосома является второй из самых маленьких аутосом человека, ее размер
непосредственно влияет на чувствительность выявления Т21, особенно при низких
значениях фетальной фракции, таких как в данном исследовании. Y-хромосома,
присутствующая в плазме беременной женщины, является исключительно плодной по
своему происхождению, и поэтому ее легче обнаружить во время анализа.
Наблюдаемое среднее и стандартное отклонения показателя LLR для 21 хромосомы и
нормализованных хромосомных значений (NCV) для Y-хромосомы показали, что
--- стр. 228 ---
стандартное отклонение (SD) реплики являлось наибольшим источником изменчивости.
Разница между лабораторными площадками, приборами и партиями реагентов добавили
незначительную вариабельность, о чем свидетельствует разница между общим SD и SD
реплики указанным в таблице 42 и таблице 43.
Таблица 42. Сводные данные стандартного отклонения (SD) воспроизводимости
результата секвенирования на нескольких лабораторных площадках
Реакция N Среднее SD реплики Общее SD воспроизводимости*
Показатель LLR для 21
хромосомы 36 34,43 11,36 11,36
NCV Y-хромосомы 180 190,56 7,96 10,20
* Общее значение включает изменчивость, связанную с центром, оператором, анализом, днем и репликой.
Таблица 43. Сводные данные внутрилабораторной воспроизводимости результата
секвенирования
Реакция N Среднее SD реплики Общее SD по лаборатории*
Показатель LLR для 21
хромосомы 48 36,01 9,07 10,25
NCV Y-хромосомы 240 198,68 7,63 7,82
* Общее значение включает изменчивость, связанную с прибором для секвенирования, партией реагентов,
оператором, анализом, днем и репликой.
Было проведено дополнительное исследование для сравнения воспроизводимости
секвенирования системы VeriSeq^^ NIPT Solution v2 (общее стандартное отклонение) с
использованием проточной ячейки версии 2.0 в сравнении с версией 2.5. Во время
исследования использовалось два типа проточных ячеек (версий 2.0 и 2.5), три партии
наборов для секвенирования, четыре прибора, на которых проведено по два запуска
секвенирования для каждой комбинации, что в итоге дало 48 запусков для одной
лабораторной площадки. Один пул секвенирования был подготовлен с использованием
планщетов сцДНК, подготовленных вручную. Панель образцов включает в себя 4 реплики
из пула образцов с Т21, с 5% фетальной фракции и 20 реплик из пула сцЦНК с 10%
фетальной фракции плода мужского пола (плод XY). Результаты исследования
представлены в таблице 44 и свидетельствуют об отсутствии разницы между точностью
секвенирования при использовании проточных ячеек версии 2.0 и версии 2.5.
Таблица 44. Сводные данные по воспроизводимости реакции секвенирования при
использовании проточных ячеек версии 2.0 и версии 2.5
Реакция
21 Хромосома
Показатель LLR
Кол-во наблюдений Общий SD в. Общий SD Статистический результат**
для версии 2.0* в. 2.5*
96 9,56 8,44 Статистически эквивалентный
(значение р=0,25)
NCV Y-хромосомы 480 7,74 7,38 Статистически эквивалентный
(значение р=0,38)
* Общее значение включает изменчивость, связанную с прибором для секвенирования, партией реагентов,
анализом, днем и повтором.
** На основе F-критерия для дисперсионного равенства (стандартные отклонения в квадрате)
--- стр. 229 ---
Перекрестная контаминация
Перекрестную контаминацию оценивали в процессе подготовки образцов для системы
V eriSeq^N IPT Solution v2. Пулы плазмы, взятой у не беременных женщин (XX) и взрослых
мужчин (XY), анализировали в шахматном порядке в планшетах на 96 лунок в 4 планшетах.
N=48 для образцов плазмы женщин и мужчин в каждом планшете; в общей сложности 192
женских и 192 мужских образца. Ни в одном из женских образцов не было данных о
наличии Y хромосомы, статистически значимо превышавших фон определения, что
говорит об отсутствии перекрестной контаминации от мужских образцов в том же
планшете. В системе VeriSeq^^ NIPT Solution v2 не наблюдалось детектируемой
перекрестной контаминации.
Потенциально интерферирующие вещества
Для оценки влияния интерферирующих веществ на работу системы VeriSeq™NIPT Solution
v2 характеристики системы оценивали в присутствии потенциально интерферирующих
веществ.
В пулы материнской плазмы, взятой у беременных с плодами женского пола (XX) без
отклонений, по отдельности добавляли альбумин, билирубин, гемоглобин и триглицериды
(эндогенные) в двух концентрациях для каждого анализируемого вещества (п = 16 в каждом
случае). Влияния этих веществ на характеристики анализа выявлено не было.
Таблица 45. Потенциальные интерферирующие вещества (эндогенные)
Исследуемое Низкая концентрация (мг/мл) Высокая концентрация (мг/мл)
Альбумин 35 50
Билирубин 0,01 0,15
Гемоглобин 100 200
Триглицерид 1,5 5
Естественным образом присутствующая в плазме материнская геномная ДНК тоже
потенциально может влиять на проведение анализа, поскольку может быть выделена вместе
с сцДНК плода. Геномную ДНК в количестве 1,6; 3,3 и 4,9 нг на образец (что соответствует
превышению средней ожидаемой концентрации геномной ДНК после 7 дней хранения на
1, 2 и 3 стандартных отклонения 12) добавляли к сцДНК, выделенной из материнской
плазмы беременных с плодами женского пола (XX) без отклонений. После этого образцы
анализировали системой VeriSeq^'^NIPT Solution v2 (n=16 для каждой концентрации). В
присутствии повьппенного уровня геномной ДНК изменений в характеристиках анализа
выявлено не было.
В соответствии с ЕР7-А2 (Оценка мешающих влияний в клинической химии; одобренное
руководство - второе издание) была проведена оценка двадцати потенциальных
интерферирующих веществ (экзогенных), часто используемых или назначаемых во время
беременности. Двадцать потенциальных интерферирующих веществ были объединены в 4
пула, затем внесены в материнскую плазму, полученную у беременных с плодами женского
пола (XX) без отклонений, и проанализированы в системе VeriSeq™NIPT Solution v2 (N=16
для каждого пула).
Изменений в характеристиках анализа в присутствии этих экзогенных веществ выявлено не
было.
--- стр. 230 ---
Таблица 46. Потенциальные интерферирующие вещества (экзогенные)
Пул 1 Пул 2 Пул 3 Пул 4
Парацетамол Дифенгидрамин Альбутерол Цетиризин
Ацетилцистеин Эритромицин Бупропион Декстрометорфан
Бисопролол Г вайфенезин Кофеин Аскорбиновая кислота
Циталопрам Гепарин Ссртралин Метопролол
Дезлоратадин Лидокаин Натрия фторид Надолол
Предел обнаружения
Предел обнаружения (LOD) определяется как уровень фетальной фракции, который
соответствует 95% вероятности обнаружения интересующего состояния, как, например,
Т21. Чтобы оценить предел обнаружения системы VeriSeq^'^ NIPT Solution v2 для
различных широко распространенных состояний, были проведены исследования и
статистический анализ.
Вероятность обнаружения интересующего состояния в пораженном образце, обработанном
с помощью, системы VeriSeq’^'^ NIPT Solution v2 главным образом зависит от трех
факторов:
► фетальной фракции;
► глубины секвенирования;
► размера и сложности интересующей геномной области.
При условии постоянной глубины секвенирования заданную аберрацию легче обнаружить
в образце с более высоким процентным отношением фетальной фракции, чем в образце с
более низким. И наоборот, при условии постоянной фетальной фракции заданную
аберрацию легче обнаружить в образце с большей глубиной секвенирования, чем в образце
с меньшей глубиной секвенирования. И наконец, аберрации в более мелких или более
сложных геномных областях обнаружить тяжелее, чем в более крупных или менее сложных
геномных областях, но при этом фетальная фракция и глубина секвенирования должны
быть постоянными.
Чтобы определить предел обнаружения Т21, был проведен анализ образцов, содержащих
смеси объединенных образцов с Т21 и образцов без отклонений. Для создания ряда из семи
уровней фетальной фракции (0,2,3,4, 5,6 и 10%) путем титрования было смешано два типа
анализируемых веществ. Каждый уровень был представлен в общей сложности 10
репликами.
Чтобы увеличить разрешающую способность модулятора фетальной фракции для анализа
предела обнаружения, данные этого исследования были дополнены данными, полученными
путем разбавления in silico. Результаты экспериментального разбавления и титрования
были смоделированы путем контролируемого смешивания данных секвенирования.
Данные этого in silico титрования охватывали 14 уровней фетальной фракции (1,25; 1,50;
1,75; 2,00; 2,25; 2,50; 2,75; 3,00; 3,25; 3,50; 3,75; 4,00; 4,25 и 4,50%) с 32 репликами для
каждого уровня. К полученным данным был применен пробит-анализ с целью определения
предела обнаружения для Т21. Независимо от этого, была разработана статистическая
модель, в которой использовалась фетальная фракция, глубина секвенирования и
размер/сложность геномной области, предназначенная для прогнозирования вероятности
обнаружения любых аберраций в образцах. Эта модель была создана с использованием
--- стр. 234 ---
Модуль для 1.3.0 от
- 0 X
■ с о •
всоматических 31.01.2019 и
NEXrsEOOXN0X550261вариантов выше ■
Module Settings
1 «отше vinant > Somatic Varieni
VMrni
«04ЯМ on M « Эв
Module
Manite$t$
FILE HAKE
A ■
TruSqniniR«r W A Ш
7M_Ajel.A_PVharni_91 jMigtijr* -t C d X Ш
A ■
0
e*eweil H ei4 enei
Модуль для 1.3.0 от
• <•(« tuH M tiwse' • - 0 X
■ 4. C O
Вгерминальных 31.01.2019 и 1 .
NEXTSEODX
вариантов выше N0X550251
Module Settings
1 dtimllnt Wftani >
Geimllne Variant
MMWii 1300
VtntM
3I&
н ы ти о п m frcaeoEse
McxKile
Msrvtasa
TrH»gWTtfw-ros.iq<AaFross mk*hi .im » A a
tf^»|MTMHW#He.lO»UNHA$-MwSHf,INve.Ut X a
X a
X a
0
mrnmt N «r4i»Ha
УЮ v'• / ■ * . tJ»'*
Более подробная информация приведена в Руководстве справочном для секвенатора
нуклеиновых кислот NextSeq'*''^ 550Dx, методом секвенирования нового поколения (NGS).
12. Калибровка
Калибровка прибора проводится в следующих случаях:
1. В ходе инсталляции и контроля качества прибора.
2. 1 раз в год в качестве профилактического технического обслуживания прибора.
3. После любых процедур технологического обслуживания прибора.
4. После любого перемещения прибора.
Для калибровки прибора требуется специальное сервисное оборудование; калибровка
выполняется квалифицированным персоналом компании «Иллюмина» (Illumina) (инженер
по обслуживанию на местах).
13. Срок эксплуатации
Предполагается, что при условии ежегодного проведения профилактического
обслуживания и ремонта срок эксплуатации прибора составит 10 лет.
14. Защита окружающей среды
При правильном применении, транспортировке и хранении данное медицинское изделие
не представляет угрозы для окружающей среды.
--- стр. 235 ---
15. Условия окружающей среды
Параметр Значение
Температура
Транспортировка и хранение: от -10 до 50 °С (от 14 до 122 °F).
Эксплуатация: Поддерживайте температуру в лаборатории от 19 до 25 °С
(22±3°С). Это соответствует рабочей температуре прибора. Во время
рабочего цикла не допускайте изменения окружающей температуры более чем
на ±2 °С.
Влажность
Транспортировка и хранение: Относительная влажность без образования
конденсата 15-80%.
Эксплуатация: Поддерживайте уровень относительной влажности без
образования конденсата в пределах 20-80 %.
Высота над
уровнем моря Устанавливайте прибор на высотной отметке ниже 2000 метров (6500 футов).
Качество воздуха
Используйте прибор в условиях воздуха степени загрязнения II или чище.
Воздух степени загрязнения II обычно содержит только непроводящие
загрязняющие вещества.
Вентиляция
Проконсультируйтесь с соответствующим отделом ващей компании, чтобы
выработать требования к вентиляции на основании характеристик
тепловыделения прибора.
Вибрация
Ограничьте постоянную вибрацию пола лаборатории до уровня офиса ISO. Во
время проведения секвенирования не превыщайте пределы операционной
комнаты ISO. Избегайте периодических ударов или возмущений вблизи
прибора.
Т епловыделение
Измеренная
мощность Тепловая мощность
600 Вт 2048 БТЕ/час
Уровень шума
Уровень шума
(дБ)
Расстояние до прибора
<70 дБ 1 м (3,3 фута)
Измеренный уровень шума < 70 дБ соответствует уровню звука обычного разговора на
расстоянии примерно 1 метр (3,3 фута).
16. Процедура утилизации или уничтожения медицинского изделия
Медицинское изделие следует утилизировать с соблюдением установленных лабораторных
правил, а также местных и государственных регламентов.
Эксплуатация прибора связана с использованием реагентов, которые следует
утилизировать как эпидемиологически опасные (класс Б) с соблюдением установленных
лабораторных правил, а также местных и государственных регламентов.
--- стр. 236 ---
17. Перечень применимых стандартов
Стандарт Описание стандарта
IEC 61326-2-6 Оборудование электрическое для измерения, управления и
лабораторного применения. Требования электромагнитной
совместимости. Часть 2-6. Частные требования. Медицинское
оборудование для диагностики в лабораторных условиях
EN 980 Медицинские приборы. Графические символы, используемые
при маркировке медицинских устройств
IEC/EN 61010-1
Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 1. Общие
требования.
IEC/EN 61010-2-010
Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 2-010.
Частные требования к лабораторному оборудованию для
нагревания материалов
IEC 61010-2-101
Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 2-101.
Частные требования к медицинскому оборудованию для
лабораторной диагностики (IVD)
IEC/EN60825-1 Безопасность лазерной аппаратуры. Часть 1. Классификация и
требования к аппаратуре.
EN 50364
Ограничение облучения человека электромагнитными полями
от устройств, работающих в диапазоне частот 0 - 300 ГГц,
указанных в Обзоре электронных изделий, Идентификация
радиочастот и подобных документов
EN 62304 Программные средства медицинского оборудования.
Жизненный цикл программного продукта.
ENISO 13485 Изделия медицинские. Системы управления качеством.
Требования к регулированию
EN ISO 14971 Изделия медицинские. Применение менеджмента риска к
медицинским изделиям
EN ISO 15223-1 Устройства медицинские. Символы, используемые на ярлыках
медицинских устройств при маркировке в представленной
информации. Часть 1
EN301 489-1 vl.9.1 Электромагнитная совместимость и радиочастотный спектр.
Электромагнитная совместимость технических средств
радиосвязи. Часть 1. Общие технические требования
18. Размещение и установка оборудования
• Требования к размещению
Установите прибор в место с нормальной вентиляцией, доступом к вьислючателю питания
и розетке, а также с возможностью доступа для техобслуживания.
► Обеспечьте свободное пространство с левой стороны прибора для доступа к
--- стр. 237 ---
тумблеру включения питания на задней панели.
► Расположите прибор так, чтобы у рабочего персонала был свободный доступ к
розетке для возможности быстрого отсоединения кабеля питания.
► Обеспечьте доступ к прибору со всех сторон.
Доступ М инимальное свободное пространство
По сторонам Минимум 61 см (24 дюйма) с каждой стороны прибора.
Сзади Минимум 10,2 см (4 дюйма) за прибором
Сверху Минимум 61 см (24 дюйма) над прибором
• Рекомендации по снижению уровня вибрации
Выполните следующие указания, чтобы снизить вибрацию во время циклов
секвенирования и обеспечить оптимальную работу прибора:
► установите прибор на устойчивый лабораторный стол
► не устанавливайте на стол другое оборудование, которое может создавать вибрации,
например, шейкер, вортекс, центрифуга, или приборы с мощными вентиляторами;
► не кладите никакие предметы сверху на прибор;
► во время цикла секвенирования не открывайте дверь отсека с реагентами, дверь
отсека буферного раствора, правую технологическую панель или дверь отсека с
проточными ячейками.
• Подключение к электропитанию
Учреждение должно быть оснащено следующим электрооборудованием:
Для сети 100-120 В перем. тока — заземленная, выделенная линия на 15 А с соответствующим
напряжением и электрическим заземлением. Северная Америка и Япония — розетка: NEMA 5-
15.
Для сети 220-240 В перем. тока — заземленная линия на 10 А с соответствующим напряжением и
электрическим заземлением. Если колебания напряжения достигают более 10 %, требуется
стабилизатор напряжения.
• Заземление
Прибор оборудован выходом для защитного заземления через корпус. Заземление кабеля
питания обеспечивает надлежащий уровень электробезопасности. Во время использования
устройства заземление кабеля питания должно функционировать должным образом.
Защитное заземление
На приборе предусмотрено подключение к системе защитного заземления через
корпус. Провод предохранительного заземления в кабеле питания соединяется с
точкой защитного заземления на корпусе прибора. Во время эксплуатации
устройства соединение защитного заземления через кабель питания должно быть
в нормальном рабочем состоянии.
Предохранители
В приборе отсутствуют предохранители, которые могут быть заменены пользователем.
Шнур питания используется для отключения устройства от сети переменного тока.
На задней панели прибора есть выключатель питания, который отключает постоянное
--- стр. 238 ---
напряжение от прибора и он имеет соответствующую маркировку (положение «Вкл» О ).
За безопасность любой системы, входящей в состав оборудования, несет ответственность,
монтирующий систему.
19. Требования к техническому обслуживанию и ремонту медицинского оборудования
Процедуры технического обслуживания включают промывание прибора вручную и замену
воздушного фильтра как описано в Руководстве справочном для секвенатора нуклеиновых
кислот NextSeq™ 550Dx.
Промывания прибора — Автоматическое промывание после прогона после каждого
прогона секвенирования поддерживает функциональные характеристики прибора. Тем не
менее, в определенных условиях периодически требуется промывание, выполняемое
вручную.
Замена воздушного фильтра — Регулярная замена воздушного фильтра обеспечивает
надлежащий поток воздуха через прибор.
Кроме того, описаны процедуры выключения и перезагрузки прибора.
Профилактическое обслуживание
Компания Иллюмина (Illumina) рекомендует запланировать ежегодное проведение
профилактического технического обслуживания. Если у вас нет контракта на
обслуживание, свяжитесь с территориальным специалистом по работе с клиентами или со
службой технической поддержки компании Иллюмина (Illumina) и организуйте платное
профилактическое техническое обслуживание.
Выполнение промывки вручную
Промывание вручную запускается на главном экране. Варианты промывания включают
быстрое промывание и промывание вручную после прогона.
Типы промывания Описание
Длительность быстрого
промывания: 20 минут
Промывание системы подаваемым пользователем промывочным раствором
лабораторной воды и Tween 20 (Лоток для промывочного буфера (Buffer Wash
Tray)).
Требуется каждые 14 суток простоя прибора с установленными картриджем с
реагентами и картриджем с буфером.
Требуется каждые 7 суток, если прибор находится в сухом состоянии (Лоток z^ля
Длительность
промывания вручную
после прогона: 90 минут
Промывание системы подаваемым пользователем промывным раствором
лабораторной воды и Tween 20 (Лоток для промывочного буфера (Buffer Wash Tray)
и 0,12% раствором гипохлорита натрия (Лоток Х 1ля промывки (Reagent Wash Tray)).
Требуется, если автоматическое промывание после прогона не выполнялось.
Для промывания вручную требуется Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и Лоток для
промывочного буфера (Buffer Wash Tray), поставляемые с прибором, и использованная
проточная ячейка. Использованная проточная ячейка может применяться для промывания
прибора до 20 раз.
--- стр. 239 ---
Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и лоток для промывочного буфера (Buffer Wash
Tray)
Новый лоток для промывки (Reagent Wash Tray) и лоток для промывочного буфера (Buffer
Wash Tray)
Подготовка к промывке прибора вручную после прогона
Выберите подготовку к промыванию вручную после прогона, как описано ниже, или
приготовьтесь к быстрому промыванию (следующий раздел). Если вы собираетесь
вьшолнить промывание вручную после прогона, пропустите раздел быстрого промывания
и начните с загрузки использобаиной проточной ячейки и лотков для промывания в
справочном руководстве или ниже раздел «Загрузка использованной проточной ячейки и
картриджей для промывки»
Поставляемые
пользователем
расходные
материалы
Объем и описание
NaOCl 1 мл, разведенный до 0,12%
Заливается в Лоток для промывки (Reagent Wash Tray) (положение №28)
100 % Tween 20 Используется для приготовления 125 мл промывочного раствора Tween 20
Вода лабораторного 0,05% Заливается в Лоток для промывочного буфера (Buffer Wash Tray)
класса чистоты (центральная емкость)
ПРИМЕЧАНИЕ: Всегда используйте свежее разведение NaOCl, приготовленное в
последние 24 часа. Если вы приготовили объем более 1 мл, храните оставшееся разведение
при 2°С - 8°С для использования в течение следующих 24 часов. Иначе утилизируйте
оставшееся разведение NaOCl.
1. Залейте следующие объемы в микроцентрифужную пробирку для приготовления 1 мл