Набор реагентов для детекции генетического полиморфизма (ТА)5/6/7/8 (rs8175347) в гене UGT1A1 методом пиросеквенирования с применением системы генетического анализа серии PyroMark (профиль генетического исследования "Синдром Жильбера") "АмплиСенс® Пироскрин UGT1A1-скрин" по ТУ 9398-229-01897593-2015 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- «УТВЕРЖДАЮ» Директор Федерального бюджетного учреждения науки «Центральный институт » Федеральной службы сф ^^ защиты прав )лагот1олучия человека ‘ * 'А /! 7^ по, ,нэА?РРУ^ пот^е&ИТ^йей^Щ « в.г Акимкин 2 0 ^ г. i- i* 0 □ Ь tr 3 > X m 3 )2?о m 5 а V m S ^SlIэ5 30" T J О Т ) ?!?SS T ИНСТРУКЦИЯ no применению набора реагентов для детекции генетического полиморфизма (ТА)5/6/7/8 (rs8175347) в гене UGT1A1 методом пиросеквенирования с применением системы генетического анализа серии РугоМагк (профиль генетического исследования «Синдром Жильбера») «АмплиСенс® Пироскрин UGT1A1-скрин» АмплиСенс® м1 ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Российская Федерация, 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА, стр. 6 тел. (495) 974 9642, e-mail: amplisens(®pcr.ru IVD --- стр. 2 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ............................................................................................................3 НАЗНАЧЕНИЕ................................................................................................................................3 ПРИНЦИП МЕТОДА.....................................................................................................................3 ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ.........................................................................................................4 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ..................................................................................5 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ .............................................................................6 МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ................................................................................................6 СВЕДЕНИЯ ОБ УТИЛИЗАЦИИ..................................................................................................8 ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ ...................................................8 ВЗЯТИЕ. ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИ АЛА... 12 ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАЦИИ ДНК .............................13 ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА..............................................................................................13 СОСТАВ..................................................................................................................................14 ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ ОБРАЗЦОВ ..................................................14 АМПЛИФИКАЦИЯ ДНК........................................................................................................14 А. Подготовка пробирок для амплификации.............................................................15 Б. Проведение амплификации.....................................................................................16 ПРОБОПОДГОТОВКА ПЦР-ПРОДУКТА И ПИРОСЕКВЕНИРОВАНИЕ...................................16 Прибор РугоМагк Q24..........................................................................................................16 A. Программирование прибора РугоМагк Q24..........................................................16 Б. Подготовка картриджа...............................................................................................17 B. Подготовка планшета для пиросеквенирования .................................................18 Г. Подготовка ПЦР-продукта к пиросеквенированию..............................................18 Г1. Иммобилизация ПЦР-продукта..............................................................................18 Г2. Очистка ПЦР-продукта с использованием вакуумной станции ......................19 Д. Пиросеквенирование ПЦР-продукта......................................................................21 Прибор РугоМагк Q96 MD...................................................................................................22 A. Программирование прибора РугоМагк Q96 MD..................................................22 Б. Подготовка картриджа...............................................................................................24 B. Подготовка планшета для пиросеквенирования.................................................24 Г. Подготовка ПЦР-продукта к пиросеквенированию .............................................24 Г1. Иммобилизация ПЦР-продукта .............................................................................25 Г2. Очистка ПЦР-продукта с использованием вакуумной станции ......................26 Д. Пиросеквенирование ПЦР-продукта......................................................................28 ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ.......................................................................................29 СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ ......................37 ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ ......................................................38 СИМВОЛЫ. ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ ...........................................39 стр. 2 из 39 --- стр. 3 --- список СОКРАЩЕНИИ В настоящей инструкции применяются следующие ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота МУ - методические указания ИФА - иммуноферментный анализ ОКО - отрицательный контрольный образец ПЦР - полимеразная цепная реакция РУ - регистрационное удостоверение СанПиН - санитарные правила и нормы ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора - Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека SNP - single nucleotide polymorphism (однонуклеотидный полиморфизм) rs - reference SNP (идентификационный номер полиморфного ДНК локуса в международных базах данных SNP) НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов «АмплиСенс® Пироскрин UGTIAI-скрин» предназначен для определения генетического полиморфизма (ТА)5/6/7/8 (rs8175347) в гене UGT1A1, геномной ДНК человека, экстрагированной из биологического материала (цельная кровь) с использованием метода пиросеквенирования. Набор реагентов может быть применен в медицинской практике для диагностики синдрома Жильбера и для фармакогенетического тестирования (например, при назначении иринотекана и других препаратов, для которых рекомендовано определение полиморфизма rs8175347, а также в целях расширенного фармакогенетического обследования). ВНИМАНИЕ! В соответствии с федеральным законом от 21.11.2011 № 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» ПЦР-исследование является одним из методов всестороннего обследования пациента, на основании которых лечащий врач устанавливает диагноз и выбирает мероприятия по лечению пациента. ПРИНЦИП МЕТОДА Детекция генетических полиморфизмов с помощью метода пиросеквенирования включает в себя четыре этапа: экстракцию ДНК из образцов биологического материала, амплификацию участка ДНК исследуемого генетического стр. 3 из 39 --- стр. 4 --- локуса, процедуру пробоподготовки и постановку реакции пиросеквенирования. После экстракции ДНК проводится амплификация исследуемого генетического локуса со специфическими праймерами. Для последующей иммобилизации продукта амплификации, содержащего изучаемый полиморфный участок ДНК, и проведения пробоподготовки используется праймер, связанный с биотином. В зависимости от направления секвенирования возможны два типа анализа: прямой анализ (forward analysis) и обратный анализ (reverse analysis). В первом случае биотинилирован обратный праймер для амплификации, во втором - прямой праймер для амплификации. После проведения ПЦР продукт амплификации связывается с частицами сефарозы, покрытыми стрептавидином, для последующей очистки реакционной смеси и получения одноцепочечного фрагмента ДНК путем проведения серии отмывок с помощью станции для пробоподготовки Vacuum Prep Workstation. Для связывания ампликона используется реагент Streptavidin Sepharose High Performance (GE Healthcare). После очистки и иммобилизации одноцепочечного ПЦР-продукта проводится определение нуклеотидной последовательности исследуемого генетического локуса в реакции пиросеквенирующего синтеза. Пиросеквенирующий синтез (пиросеквенирование) - метод определения нуклеотидной последовательности ДНК в режиме «реального времени», основанный на детекции высвобождающегося пирофосфата при элонгации цепи ДНК в ходе синтеза второй цепи ДНК на матрице одноцепочечной ДНК (реакции секвенирующего синтеза). Высвобождающийся пирофосфат проходит серию ферментативных превращений, в результате чего регистрируется хемилюминесцентный сигнал; совокупность сигналов соответствует нуклеотидной последовательности исследуемого генетического локуса. ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ Форма 1: «ПЦР-комплект» вариант 50 F Форма 1 предназначена для проведения амплификации ДНК и постановки реакции пиросеквенирования. Для проведения полного исследования необходимо использовать комплекты стр. 4 из 39 --- стр. 5 --- реагентов для экстракции ДНК и пробоподготовки, рекомендованные Эпидемиологии Роспотребнадзора. Форма 1 рассчитана на проведение пиросеквенирования. комплект для ФБУН ЦНИИ 55 реакций АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Для данного набора реагентов применимы следующие характеристики: Аналитическая чувствительность Таблица 1 Вид исследуемого материала Объем образца для экстракции, мкл Комплект для экстракции дню Комплект для амплификации Аналитическая чувствительность^, копий/мл Цельная кровь 100 «РИБО- преп» «ПЦР-комплект» вариант 50 F 1x10^ Аналитическая специфичность Специфичность набора реагентов проверялась на панели контрольных образцов с известными генотипами, определенными методом секвенирования по Сэнгеру с использованием секвенатора 3500xL Genetic Analyzer PRO. Последовательности секвенированных фрагментов, полученных с использованием набора реагентов «АмплиСенс® Пироскрин UGT1A1-скрин» и с использованием референтного метода сравнивали между собой и с референтной нуклеотидной последовательностью гена UGT1A1 (ref|NC_000002.12|, основания 233760153-233760282). При проведении тестирования неспецифических реакций и неправильного определения генотипов выявлено не было, аналитическая специфичность составила 100%. Воспроизводимость и повторяемость Воспроизводимость и повторяемость анализа были определены на панели контрольных образцов с известными генотипами. Панель включала по 8 повторов каждого образца, тестирование проводили дважды в разные дни. Для определения воспроизводимости анализа учитывали ^ Комплект для экстракции ДНК не входит в состав набора реагентов «АмплиСенс* Пироскрин иСТ1А1ч:крин». 2 Количество копий геномной ДНК человека в 1 мл образца исследуемого материала. стр. 5 из 39 --- стр. 6 --- определение генотипа в повторах. Генотип был правильно определен во всех экспериментах. ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Диагностическую чувствительность и диагностическую специфичность набора реагентов определяли на 200 образцах геномной ДНК человека. В качестве референсного метода была использована методика секвенирования по Сэнгеру с использованием секвенатора 3500xL Genetic Analyzer PRO. Генотип образцов и нуклеотидную последовательность исследуемого генетического локуса удалось определить в 100% случаев. В соответствии с полученными данными диагностическая чувствительность и диагностическая специфичность набора реагентов «АмплиСенс® Пироскрин UGT1A1-скрин» (относительная чувствительность и специфичность в сравнении с использованным методом сравнения) составляет 99-100 % с доверительной вероятностью 90 %. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно-биологические (ПЦР) исследования биологического материала на наличие возбудителей инфекционных болезней, с соблюдением СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней», СанПиН 2.1.3684-21 «Санитарно- эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий» и МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». Набор реагентов предназначен для одноразового применения для проведения ПЦР-исследования указанного количества проб (см. раздел «Формы комплектации»). стр. 6 ИЗ 39 --- стр. 7 --- Набор реагентов готов к применению согласно данной инструкции. Применять набор реагентов строго по назначению. При работе необходимо всегда выполнять следующие требования: - Температура в помещении лаборатории от 20 до 28 °С, относительная влажность от 15 до 75%. - Допускать к работе с набором реагентов только персонал, обученный методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории в установленном порядке. ВНИМАНИЕ! Все лабораторное оборудование, в том числе дозаторы, штативы, лабораторная посуда, а также все рабочие растворы должны быть строго стационарными. Запрещается перемещение персонала из помещения для секвенирования в другие рабочие помещения лаборатории. Смена рабочей верхней одежды, головных уборов, обуви и перчаток является обязательным условием при выходе из помещения для секвенирования. - Не использовать набор реагентов, если нарушена внутренняя упаковка или внешний вид реагента не соответствует описанию. - Не использовать набор реагентов, если не соблюдались условия транспортирования и хранения согласно инструкции. - Не использовать набор реагентов по истечении срока годности. - Использовать одноразовые неопудренные перчатки, лабораторные халаты, защищать глаза во время работы с образцами и реагентами. Тщательно вымыть руки по окончании работы. Все операции проводятся только в перчатках для исключения контакта с организмом человека. - Избегать вдыхания паров, контакта с кожей, глазами и слизистой оболочкой. Вреден при проглатывании. При контакте немедленно промыть пораженное место водой и обратиться за медицинской помощью. При использовании по назначению и соблюдении вышеперечисленных мер предосторожности набор реагентов безопасен. При соблюдении условий транспортировки, эксплуатации и L стр. 7 из 39 --- стр. 11 --- 32. Реагент Н 2О стерильная (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия). 33. Комплект для пробоподготовки «ПИРО-преп» (форма комплектации 1 набора реагентов «АмплиСенс® Пироскрин» (РУ № ФСР 2012/13246) производства ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора). 34. Набор реагентов РугоМагк Gold Q24 Reagents или РугоМагк Gold Q96 Reagents (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия), (РУ № ФСЗ 2011/08860). 35.Частицы сефарозы Streptavidin Sepharose High Performance (GE Healthcare, США). 36.Парафильм (например, Pechiney Plastic Packaging, США). 37.Одноразовые полипропиленовые завинчивающиеся или плотно закрывающиеся пробирки объемом 1,5 мл или 2 мл (например, Axygen, Inc. («Эксиджен, Инк»), США, или аналогичные). 38. Пробирки с винтовой горловинной КРЫШКОЙ объемом 5 мл или 10 мл (например, /Oxygen, Inc. («Эксиджен, Инк»), США, или аналогичные). 39.Одноразовые наконечники для дозаторов переменного объема с фильтром до 10 мкл (например, /\xygen, Inc. («Эксиджен, Инк»), США, или аналогичные). 40.Одноразовые наконечники для дозаторов переменного объема до 200, до 1000 мкл (например, Axygen, Inc. («Эксиджен, Инк»), США, или аналогичные). 41. Штативы для пробирок объемом 1,5 мл (например, Axygen, Inc. («Эксиджен, Инк»), США, или аналогичные). 42. Штативы для пробирок объемом 0,2 мл или 0,5 мл (например, Axygen, Inc. («Эксиджен, Инк»), США, или аналогичные). 43. Микропланшеты для пиросеквенирования РугоМагк (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия. 44. Картридж для прибора РугоМагк Q24 или диспенсоры для пиросеквенирования на приборе РугоМагк Q96 MD (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия). 45. Фильтры для вакуумной станции для пробоподготовки РугоМагк (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия). 46. Ванночки для вакуумной станции РугоМагк (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия). стр. 11 ИЗ 39 --- стр. 12 --- 47. Термопланшет для пробоподготовки образцов для прибора РугоМагк Q24 или термопланшет с алюминиевым прессом для пробоподготовки образцов для прибора РугоМагк Q96 MD (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия). 48. Планшет полистироловый для иммуноферментного анализа (например, ОАО «Фирма Медполимер», Россия). 49. Вортекс (например, SIA Biosan, Латвия). 50. Термостат для пробирок типа «Эппендорф» от 25 до 100 °С (например, SIA BioSan, Латвия, или аналогичный). 51. Автоматические дозаторы переменного объема (например, ООО «Биохит», Россия, или аналогичные). 52. Вакуумная станция для пробоподготовки РугоМагк (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия). 53. Прибор для определения нуклеотидной последовательности методом пиросеквенирования РугоМагк Q24 или РугоМагк Q96 MD (QIAGEN GmbH («КИАГЕН ГмбХ»), Германия, или аналогичный). 54. Шейкер для 96-луночных планшетов Titramax 1000 (Heidolph, Германия). 55. Холодильник от 2 до 8 °С с морозильной камерой от минус 24 до минус 16 °С. 56.Отдельный халат, шапочка, обувь и одноразовые перчатки. 57.Одноразовые пластиковые контейнеры для сброса и инактивации материалов. Интерпретация результатов пиросеквенирования 58. Компьютер с установленной операционной системой Microsoft® Windows XP™(RUS) и выше. 59. Флеш-карта. 60. Программное обеспечение к прибору РугоМагк Gold Q24 Reagents или РугоМагк Gold Q96 Reagents для анализа полученных результатов. ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА Материалом для проведения исследования служит цельная кровь. Цельная кровь Взятие крови следует производить натощак или через 3 часа после приема пищи одноразовой иглой диаметром 0,8-1,1 мм в стр. 12 ИЗ 39 --- стр. 13 --- пробирку (специальную вакуумную систему) с раствором ЭДТА в качестве антикоагулянта. После взятия крови пробирку следует несколько раз плавно перевернуть вверх дном, чтобы кровь в пробирке тщательно перемешалась с антикоагулянтом (в ПРОТИВНОМ случае кровь свернется и экстракция ДНК станет невозможной!). После плавного перемешивания пробирку поместить в штатив. Допускается хранение образцов.' - при температуре от 20 до 25 °С - в течение 6 часов с момента получения материала; - при температуре от 2 до 8 °С - не более 1 суток. Недопустимо замораживание образцов цельной крови! ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАЦИИ ДНК Образцы цельной крови требуют предварительной подготовки. В пробирку типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл внести 1,0 мл гемолитика (производства ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) и 0,1 мл крови. Аккуратно перемешать содержимое пробирки на вортексе и оставить на 10 мин, периодически перемешивая. Центрифугировать пробирки на микроцентрифуге при 4 тыс. g (например, 8 тыс. об/мин для микроцентрифуги MiniSpin) в течение 2 мин. Надосадочную жидкость отобрать с помощью вакуумного отсасывателя, не задевая осадка. После отмывки осадок клеток должен быть белым, допускается наличие только небольшого налета розоватого цвета над осадком (остатки разрушенных эритроцитов). При необходимости можно повторить отмывку гемолитиком. Полученный осадок лейкоцитов должен быть немедленно лизирован (в случае экстракции с помощью комплекта реагентов «РИБО-преп» добавить 300 мкл лизирующего раствора и в последующем экстрагировать ДНК в соответствии с инструкцией к комплекту, не добавляя лизирующий раствор повторно) или заморожен при температуре не выше минус 68 °С на длительное время. ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА Для проведения исследования не использовать для взятия крови пробирки, содержащие гепарин. стр. 13 ИЗ 39 --- стр. 16 --- реакционной смесью внести 10 мкл пробы, экстрагированной из ОКО. Б. Проведение амплификации 1, Запрограммировать амплификатор для выполнения соответствующей программы амплификации (см. табл. 2). 2. Запустить выполнение лрограммы амплификации. Когда температура в ячейках достигнет 95 °С (режим паузы), установить пробирки в ячейки амплификатора, закрыть крышку прибора и нажать кнопку продолжения лрограммы. Примечание - Рекомендуется перед постановкой в амплификатор осадить капли со стенок пробирок на вортексе. Таблица 2 Для амплификаторов группы Для амплификаторов группы 2^ Цикл Температура, “С Время Циклы Температура, "С Время Циклы 0 95 Пауза 95 Пауза 1 95 15 мин 1 95 15 мин 1 2 95 Юс 45 95 15с 4560 Юс 60 15с 72 15с 72 20 с 3 72 2 мин 1 72 2 мин 1 4 10 Хранение 10 Хранение и 3. После окончания реакции собрать пробирки в специальный штатив и приступить к подготовке продуктов амплификации к пиросеквенированию. ПРОБОПОДГОТОВКА ПЦР-ПРОДУКТА И ПИРОСЕКВЕНИРОВАНИЕ Прибор РугоМагк Q24 А. Программирование прибора РугоМагк Q24 1. Включить прибор. ВНИМАНИЕ! Перед запуском необходимо прогреть прибор в течение 60 мин. 2. Запустить программное обеспечение РугоМагк Q24 v2.0.6. 3. Приступить к настройке тестов; а) в меню File выбрать вкладку N e w A ssay, в ней выбрать вкладку A Q A ssay, * Например, «Терцик» (ООО «НПО ДНК-Технология») и другие, рекомендованные Изготовителем. ® Например, GeneAmp PCR System 2700 (Applied Biosystems Group of The Applera Corporation), MaxyGene Gradient (Axygen Scientific Inc.) и другие, рекомендованные Изготовителем. стр. 16 из 39 --- стр. 17 --- Al - в строку D ispen sation O rd e r (порядок добавления нуклеотидов) ввести нуклеотидную последовательность®, при этом строка S equence to A n aiyze (последовательность для анализа) должна оставаться незаполненной; б) в меню F iie выбрать вкладку S ave as, задать название теста, сохранить тест и закрыть окно настройки тестов. 4. Подготовка анализа - создание шаблона эксперимента: а) в меню F iie выбрать вкладку N e w Run, - в меню In stru m en t M eth o d выбрать P yro M ark Q24 M e th o d 001 Rev. A(1)_1, - в окне P late S etup для каждой исследуемой ячейки в верхней строке нажатием правой кнопки мыши с помощью опции L o a d A s s a y ввести тесты для исследуемых образцов; - в окне P late S etup во второй и третьей строке нажатием левой кнопки мыши задать параметры исследуемых образцов (названия, примечания); б) в меню File выбрать вкладку S ave As, задать название анализа, сохранить шаблон эксперимента на электронном носителе (флеш-карте) и закрыть окно настройки тестов. 5. В меню Tools подготовленного шаблона эксперимента выбрать Рге R un Inform ation. В появившемся окне будет указано количество реактивов, необходимое для проведения анализа. Переписать или распечатать эту информацию для лроведения подготовки картриджа. Б. Подготовка картриджа ВНИМАНИЕ! Все действия следует осуществлять согласно «Руководству по эксплуатации реагентов РугоМагк Gold Q24 Reagents» или «Руководству по эксплуатации реагентов РугоМагк Gold Q96 Reagents». 1. Растворить лиофилизированные смеси ферментов и субстратов в НгО стерильной в соответствии с руководством по эксплуатации реагентов РугоМагк Gold Q24 Reagents или РугоМагк Gold Q96 Reagents. ® Нуклеотидные последовательности указаны в разделе «Интерпретация результатов» в табл. 5 и примечаниях к ней. стр. 17 из 39 --- стр. 18 --- и субстратов минус 16 °С. температуре 2. Внести в соответствующие ячейки картриджа рассчитанное программным обеспечением для данного эксперимента количество смеси ферментов («Е»), субстрата («8») и нуклеотидов («А», «Т», «С», «G»); 3. Открыть крышку прибора, поднять крышку фиксирующую картридж, вставить картридж в прибор и закрепить положение картриджа фиксатором». ВНИМАНИЕ! Растворенные смеси ферментов хранить при температуре от минус 24 до Нуклеотиды не замораживать, хранить при хранения от 2 до 8 °С. В. Подготовка планшета для пиросеквенирования 1. Перемешать на вортексе праймер UA1-S, осадить капли на вортексе; 2. В соответствии с шаблоном эксперимента, в анализируемые ячейки планшета для секвенирования внести по 25 мкл праймера UA1-S; 3. Закрыть планшет для секвенирования парафильмом. ВНИМАНИЕ! Необходимо убедиться, что порядок ячеек в планшете для секвенирования соответствует заданному шаблону эксперимента. Г. Подготовка ПЦР-продукта к пиросеквенированию ВНИМАНИЕ! Перед началом работы частицы сефарозы, набор для пробоподготовки «ПИРО-преп» и НгО стерильную прогреть при температуре от 22 до 25 °С. ВНИМАНИЕ! Перед началом работы приготовить на НгО стерильной однократный денатурирующий раствор и однократный отмывочный буфер из соответствующих 10- кратных стоковых растворов. Г1. Иммобилизация ПЦР-продукта 1. Аккуратно встряхнуть бутылку с сефарозными частицами до получения однородной взвеси. 2. Приготовить в отдельной пробирке объемом 1,5-2 мл смесь для иммобилизации продукта ПЦР. На один анализируемый образец требуется: а) частицы сефарозы - 2 мкл; б) связывающий буфер - 40 мкл; в) НгО стерильная - 28 мкл. стр. 18 ИЗ 39 --- стр. 22 --- (I д) после завершения реакции вынуть флеш-карту и приступить к обработке результатов анализа на компьютере. 2. Обработка результатов анализа; а) запустить программное обеспечение РугоМагк Q24; б) в меню File выбрать вкладку O pen и открыть файл с результатами анализа; в) проанализировать результаты секвенирования нажатием кнопки A n alyze A ll Wells, г) в меню R eports выбрать опцию S N P A n alysis Results, посмотреть или сохранить результаты анализа нажатием кнопок P review или Save, соответственно. Прибор РугоМагк Q96 MD А. Программирование прибора РугоМагк Q96 MD 1. Включить прибор. ВНИМАНИЕ! Перед запуском необходимо прогреть прибор в течение 90 мин. 2. Запустить программное обеспечение РугоМагк MD 1.0. 3. Приступить к настройке тестов. а) в главном меню выбрать SNP, затем вкладку S im plex Entries, нажатием правой кнопкой мыши выбрать пункт N ew Entry, - в строку Entry ID ввести название теста; - в строку D ispen sation O rd er (порядок добавления нуклеотидов) ввести нуклеотидную последовательность^, при этом строка S eq uence to A nalyze (последовательность для анализа) должна оставаться незаполненной. б) сохранить тест, нажав Save, и закрыть окно настройки тестов. 4. Подготовка анализа - создание шаблона эксперимента; Секвенирование одного планшета; а) в главном меню выбрать S N P Runs, в открывшемся окне нажатием правой кнопкой мыши в папке S N P R uns выбрать пункт N e w S N P Run, ^ Используемые нуклеотидные последовательности указаны в разделе «Интерпретация результатов» в табл. 5 и примечаниях к ней. стр. 22 из 39 --- стр. 23 --- б) в открывшемся окне задать название и параметры эксперимента; в) в строке In stru m en t P aram eters выбрать Instrum ent P aram eters M D 0003CDT; г) в окне A ctive W ells с помощью мыши выбрать ячейки, в которых находятся исследуемые образцы, и нажать кнопку Activate] д) выбрать вкладку Setup, затем Entry, нажать кнопку Sim plex, в строке E n try выбрать нужный тест и с помощью «карандаша» отметить ячейки с исследуемыми образцами; е) во вкладках S am ple ID и N otes задать названия и примечания для исследуемых образцов; ж) выбрать вкладку G eneral, нажать View, выбрать Run] з) в появившемся окне будет указано количество реактивов, необходимое для проведения анализа, переписать или распечатать эту информацию для проведения подготовки картриджа; и) нажать S ave и закрыть окно. Секвенирование нескольких планшетов («пакетный» запуск): а) повторить процедуру создания шаблона эксперимента для каждого планшета в отдельности (см. пункт 4а); б) в главном меню выбрать Batch, в открывшемся окне нажатием правой кнопкой мыши в опции B atch выбрать пункт N e w Batch] в) выбрать вкладку Setup, задать название и параметры эксперимента; г) в главном меню нажать S N P R uns и перенести с помощью мыши каждый созданный шаблон в окно Run Name] д) установить функции Use B arcode и A n alyze SNP] е) нажать Save] ж) в меню B atch выбрать S etup Inform ation] з) в появившемся окне будет указано количество реактивов, необходимое для проведения анализа; переписать или распечатать эту информацию для проведения подготовки картриджа; и) нажать S ave и закрыть окно. стр. 23 из 39 --- стр. 24 --- Б. Подготовка картриджа ВНИМАНИЕ! Все действия следует осуществлять согласно «Руководству по эксплуатации реагентов РугоМагк Gold Q96 Reagents». 1. Растворить лиофилизированные смеси ферментов и субстратов в Н2О стерильной в соответствии с руководством к набору РугоМагк Gold Q96 Reagents; 2. Внести в соответствующие ячейки картриджа рассчитанное программным обеспечением для данного эксперимента количество смеси ферментов («Е»), субстрата («5») и нуклеотидов («А», «Т», «С», «G»); 3. Открыть крышку прибора, поднять крышку фиксирующую картридж, вставить картридж в прибор и закрепить Ы положение картриджа фиксатором». ВНИМАНИЕ! При работе с картриджем необходимо предварительно вставить в него наконечники, отведя в стороны фиксаторы. ВНИМАНИЕ! Растворенные смеси ферментов и субстратов хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °С. Нуклеотиды не замораживать, хранить при температуре от 2 до 8 °С. В. Подготовка планшета для лиросеквенирования 1. Перемешать на вортексе праймер UA1-S, осадить капли на вортексе; 2. В соответствии с шаблоном эксперимента, в анализируемые || ячейки планшета для секвенирования раскапать по 12 мкл праймера UA1-S; 3. Закрыть планшет для секвенирования парафильмом. ! ВНИМАНИЕ! Необходимо убедиться, что порядок ячеек в I планшете для секвенирования соответствует заданному 1 шаблону эксперимента. Г. Подготовка ПЦР-продукта к пиросеквенированию ВНИМАНИЕ! Перед началом работы частицы сефарозы, набор для пробоподготовки «ПИРО-преп» и Н2О стерильную прогреть при температуре от 22 до 25 °С. ВНИМАНИЕ! Перед началом работы приготовить на Н2О стерильной однократный денатурирующий раствор и однократный отмывочный буфер из соответствующих 10- кратных стоковых растворов. стр. 24 из 39 J --- стр. 37 --- СРОК годности. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и ХРАНЕНИЯ Срок годности. 12 мес. Набор реагентов с истекшим сроком годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых реагентов соответствует сроку годности, указанному на этикетках для невскрытых реагентов, если в инструкции не указано иное. Транспортирование. Набор реагентов транспортировать при температуре от 2 до 8 °С не более 5 сут. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант 50 F при получении разукомплектовать в соответствии с указанными температурами хранения. Хранение. Комплект реагентов «ПЦР-комплект» вариант 50 F, кроме полимеразы (TaqF), хранить при температуре от 2 до 8 °С. Полимеразу (TaqF) хранить при температуре от минус 24 °С до минус 16 °С. стр. 37 из 39 --- стр. 38 --- г а р а н т и й н ы е о б я з а т е л ь с т в а и з г о т о в и т е л я Изготовитель гарантирует соответствие основных параметров и характеристик набора реагентов требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Медицинское изделие техническому обслуживанию и ремонту не подлежит. Рекламации на качество набора реагентов направлять по адресу 111123, г.Москва, ул. Новогиреевская, дом ЗА, e-mail: obtk@pcr.ru®. При выявлении побочных действий, не указанных в инструкции по применению набора реагентов, нежелательных реакций при его использовании, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при применении набора реагентов, рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодател ьством. ® Отзывы и предложения о продукции «АмплиСенс» вы можете оставить, заполнив анкету потребителя на сайте: www.amDlisens.ru. стр. 38 из 39 --- стр. 39 --- i символы, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ Осторожно!REF Номер по каталогу А lo t | Код партии V IVD Медицинское изделие для диагностики in vitro VER Дата изменения □3 4 Предел температуры H i Изготовитель Содержимого достаточно для проведения п тестов Использовать до Обратитесь к инструкции по применению Не допускать воздействия солнечного света Дата изготовления стр. 39 из 39 --- стр. 41 --- УТВЕРЖДАЮ Директор Федерального бюджетного учреждения науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной надзору в Сфере защиты ?бителей и^giзaгoпoлyчия < С В.Г. Акимкин 2 0а^ г. ш т 5 э SfnS -б as ш 0§<II® ■srC ? m m m “ ^55 ИНСТРУКЦИЯ n o ПРИМЕНЕНИЮ стандартного образца предприятия № 192 «Положительный контрольный образец, содержащий ДНК человека» (СОП № 192 ПКО ДНК человека) H i ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Российская Федерация, 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА г . Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА, стр. 6 тел. (495) 974 9642, e-mail: amplisens@pcr.ru --- стр. 42 --- 1 ОБЩИЕ УКАЗАНИЯ 1.1 Инструкция устанавливает порядок и условия применения стандартного образца предприятия 192 «Положительный контрольный образец, содержащий ДНК человека» (СОП № 192 ПКО ДНК человека), далее по тексту СОП. предназначенного для проведения испытаний методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов амплификации набора реагентов «АмплиСенс® ВПЧ ВКР генотип-титр-FL», «АмплиСенс® ВПЧ ВКР скрин титр-14-FL» «АмплиСенс® Пироскрин UGT1A1- скрин». 1.2. Проверку упаковки, маркировки и целостности СОП проводят путем внешнего осмотра. 2 МЕРЫ БЕЗОПАСНОСТИ. УДАЛЕНИЕ ОТХОДОВ При работе с СОП и при постановке ПЦР следует соблюдать положения МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». При работе всегда следует выполнять следующие требования: - Использовать одноразовые перчатки, лабораторные халаты, защищать глаза во время работы с образцами и реагентами. Тщательно вымыть руки по окончании работы. - Использовать и менять при каждой операции одноразовые наконечники для автоматических дозаторов с фильтром. Одноразовую пластиковую посуду (пробирки, наконечники) необходимо сбрасывать в специальный контейнер, содержащий дезинфицирующее средство, которое может быть использовано для обеззараживания медицинских отходов. - Неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, а также использованные реагенты, упаковку следует удалять в соответствии с требованиями СанПиН 2.1.3684-21 «Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий». 3 МАТЕРИАЛЫ, ОБОРУДОВАНИЕ, РЕАГЕНТЫ И УСЛОВИЯ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ, НЕОБХОДИМЫЕ ДЛЯ ПРОВЕДЕНИЯ ПЦР-АНАЛИЗА 3.1 Материалы и оборудование, необходимые для проведения ПЦР-анализа, согласно ТУ и/или инструкции к испытываемому набору реагентов. 3.2Реагенты из испытываемого набора реагентов. З.ЗТемпература в помещении лаборатории от 20 до 28 °С, относительная влажность от 15 до 75%. 4 ПОДГОТОВКА К ПРИМЕНЕНИЮ Перед началом работы достать из холодильника пробирку с СОП и дать нагреться до комнатной температуры. СОП должен представлять собой --- стр. 43 --- прозрачную жидкость, не содержащую каких-либо включений или примесей. Оценить визуально. 5 ПОРЯДОК ПРИМЕНЕНИЯ 5.1 Содержимое пробирки с СОП перемешать и осадить капли на вортексе. Открыть пробирку и, используя наконечник с аэрозольным барьером, отобрать необходимый объем (см. следующий пункт), пробирку закрыть. 5.2Приготовить разведения, указанные в ТУ / методике испытаний набора реагентов, с использованием ТЕ-буфера, приложенного к СОП. Разведения готовить по следующей схеме: 1) исходный препарат, имеющий концентрацию NxlO^, развести N-кратно до ближайшего разведения 10"^с коэффициентом 1 (IxlO*^). Разведение провести согласно расчету, с использованием следующих формул: Nx10'^/1x10^=N(1) C/N=A (2) С-А=В (3). где NxlO'^ - исходная концентрация СОП. 1x10^ - ближайшее к исходной концентрации разведение с коэффициентом 1. N - во сколько раз необходимо развести исходный препарат, для того чтобы получить ближайшее к исходной концентрации разведение с коэффициентом 1 (при необходимости полученное число округлить до целого), А - объем исходного СОП. который необходимо взять для приготовления С мкл раствора, содержащего СОП в концентрации 1x10"^, ближайшего к исходной концентрации разведения с коэффициентом 1 (мкл), В - объем ТЕ-буфера, который необходимо взять для приготовления С мкл раствора, содержащего СОП в концентрации 1x10'^, ближайшего к исходной концентрации разведения с коэффициентом 1 (мкл); С - объем раствора, содержащий СОП в концентрации 1x10^. Полученный препарат СОП с концентрацией 1x10^ копий/мл развести последовательно десятикратно до получения первого разведения СОП с концентрацией, указанной в ТУ / методике испытаний набора реагентов; Из полученного первого разведения СОП с коэффициентом 1, приготовить последующие разведения, указанные в ТУ/методике испытаний, путем последовательных двукратных, пятикратных и/или десятикратных разведений. 2) 3) Например, СОП имеет концентрацию 4,58x10® копий/мл, необходимо подготовить разведения с 1x10®, 1x10®, 3x10® копий/мл: - промаркировать пробирки вместимостью 1,5 мл «10®», «10®», «3x10®»; Рассчитать объем ТЕ-буфера (мкл), который необходимо взять для приготовления 100 мкл (или другого необходимого объема) раствора, содержащего СОП в концентрации 1x10®, ближайшего к исходной концентрации разведения с коэффициентом 1 с использованием следующих формул: 4,58x10® копий/мл / 1x10® копий/мл = 4,58 (1) 100 мкл/4,58 = 21,8 мкл (2) 100 мкл -21,8 мкл = 78,2 мкл (3); - в пробирку, промаркированную «1x10®» вности автоматическим дозатором, используя отдельный наконечник с аэрозольным барьером, 78,2 мкл ТЕ-буфера и 21,8 мкл СОП в исходной концентрации;