Набор реагентов для диагностики in vitro АмплиСенс® HBV-Resist-Seq по ТУ 9398-222-01897593-2014 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- «УТВЕРЖДАЮ» Директор Федерального бюджетного учреждения науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты 1телей и 'благополучия В.Г Акимкин 2 0 ^ г. I I ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ набора реагентов для диагностики in vitro АмплиСенс® He\/-Resist-Seq АмплиСенс 1М| ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. Российская Федерация, 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА, стр. 6 тел. (495) 974 9642, e-mail; amplisens@pcr.ru IVD --- стр. 2 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК С О КРА Щ ЕН И Й .........................................................................................................................3 НАЗНАЧЕНИЕ............................................................................................................................................... 3 ПРИНЦИП М ЕТО ДА ....................................................................................................................................4 ФОРМЫ ВЫ ПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТО В..................................................................................... 6 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ.................................................................. 7 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ....................................... 10 МЕРЫ П РЕД О С ТО РО Ж Н О С ТИ .........................................................................................................12 СВЕДЕНИЯ ОБ УТИ Л И ЗА Ц И И ............................................................................................................14 ДОПОЛНИТЕЛЬНЫ Е МАТЕРИАЛЫ И О БО РУДО ВАНИЕ.......................................................14 ИНТЕРФ ЕРИРУЮ Щ ИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ ИССЛЕДУЕМОГО М АТЕРИАЛА......................................................................................................... 19 С О С ТА В ........................................................................................................................................................ 20 ЭКСТРАКЦИЯ Д Н К ИЗ ИССЛЕДУЕМЫ Х О БРАЗЦ О В..............................................................22 ПРОВЕДЕНИЕ АМ ПЛИФ ИКАЦИИ..................................................................................................... 22 А. Подготовка пробирок для амплификации ..........................................................................22 Б. Проведение амплификации..................................................................................................... 24 ОЧИСТКА ПРОДУКТОВ АМ ПЛИФ ИКАЦИИ...................................................................................25 Очистка продуктов амплификации при использовании комплекта реагентов «АмплиСенс® Ампли-сорб»........................................................................................................... 25 ЭЛЕКТРОФ ОРЕТИЧЕСКАЯ ДЕТЕКЦИЯ И ОЦЕНКА КОНЦЕНТРАЦИИ ОЧИЩ ЕННЫ Х ПРОДУКТОВ АМПЛИФ ИКАЦИИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МАРКЕРА МОЛЕКУЛЯРНЫ Х МАСС ИЗ «КОМПЛЕКТА ДЛЯ ПОДГОТОВКИ К С ЕКВ ЕН И РО В А Н И Ю » ..........................27 A. Электрофоретическия детекция.............................................................................................27 Б. Учет результатов........................................... 28 B. Оценка концентрации ДНК в исследуемых образцах...................................................30 ПРОВЕДЕНИЕ РЕАКЦИИ ЦИКЛИЧЕСКОГО СЕКВ ЕН И РО В А Н И Я ....................................32 А. Подготовка пробирок для проведения реакции секвенирования.............................33 Б. Проведение реакции секвенирования..................................................................................36 ОЧИСТКА ОТ НЕВКЛЮ ЧИВШ ИХСЯ ТЕРМ ИНАТОРОВ И ПРЕДВАРИТЕЛЬНАЯ ДЕНАТУРАЦИЯ ПРОДУКТОВ РЕАКЦИИ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ...........................................36 А. Очистка продуктов реакции секвенирования от невключившихся терминаторов с использованием раствора F из «Комплекта для подготовки к секвенированию HBV/Res» ............................................................................................................................................. 37 Б. Предварительная денатурация очищенных продуктов реакции секвенирования с использованием раствора для денатурации из «Комплекта для подготовки к секвенированию HBV / Res».......................................................................................................... 38 АВТОМАТИЧЕСКАЯ ДЕТЕКЦИЯ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ С ПОМОЩ ЬЮ ПРИБОРА ДЛЯ СЕКВЕНИРО ВАНИЯ ....................................................................39 АНАЛИЗ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТО В ..........................................................................39 Анализ и интерпретация результатов с помощью программного обеспечения «АмплиСенс® Resist-HBV»..............................................................................................................42 Анализ и интерпретация результатов с помощью программного обеспечения «Д Е О Н А »................................................................................................................................................43 СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И Х Р А Н Е Н И Я .........................45 ГАРАНТИЙНЫ Е ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГО ТО ВИТЕЛЯ.............................................................46 ПЕРЕЧЕНЬ ПРИМ ЕНЯЕМ Ы Х НАЦИОНАЛЬНЫХ СТАНДАРТОВ........................................47 СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫ Е В ПЕЧАТНОЙ П Р О Д УКЦ И И ................................................48 стр. 2 из 48 --- стр. 3 --- список СОКРАЩЕНИЙ В настоящей инструкции применяются следующие а/к - аминокислота ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота кДНК - комплиментарная ДНК, полученная в ходе реакции обратной транскрипции К- - отрицательный контроль ПЦР к+ - положительный контроль ПЦР ME - международные единицы МУ - методические указания ОКО - отрицательный контрольный образец ок - отрицательный контроль экстракции пвп - противовирусные препараты пвт - противовирусная терапия ПЦР - полимеразная цепная реакция п.н. - пара нуклеотидов по - программное обеспечение РУ - регистрационное удостоверение СанПиН - санитарные правила и нормы ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора - Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ХГВ - хронический гепатит В HBV - hepatitis В virus (вирус гепатита В) RT - ревертазный домен полимеразы вируса гепатита В НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов для диагностики in vitro АмплиСенс® H B V - Resist-Seq, далее - набор реагентов, предназначен для выявления мутаций устойчивости в ревертазном (RT) домене Р- гена вируса гепатита В (HBV) к противовирусным препаратам из группы аналогов нуклеозидов/нуклеотидов в биологическом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с последующим секвенированием продуктов амплификации. Набор реагентов предназначен для работы с ранее экстрагированной из плазмы крови ДНК HBV, имеющей концентрацию не менее 150 МЕ/мл. Один набор рассчитан на тестирование 50 биологических образцов. Минимальное рекомендованное количество биологических образцов в каждой постановке - 5. ВНИМАНИЕ! Набор реагентов АмплиСенс® HBV-Resist-Seq предназначен для проведения исследования с использованием прибора для определения нуклеотидной последовательности стр. 3 из 48 --- стр. 6 --- терминаторами. «Комплект для секвенирования», содержащий флуоресцентно-меченные терминаторы и предназначенный для проведения реакции секвенирования, входит в состав формы комплектации 1 набора реагентов АмплиСенс® HBV-Resist-Seq. д) очистка продуктов реакции секвенирования от невключившихся терминаторов с помощью Раствора F, входящего в «Комплект для подготовки к секвенированию H B V I Res». е) проведение предварительной денатурации очищенных продуктов реакции секвенирования перед их загрузкой в прибор для секвенирования (секвенатор) с помощью раствора для денатурации, входящего в «Комплект для подготовки к секвенированию H B V I Res». ж) автоматическая детекция нуклеотидной последовательности с помощью секвенатора (например, с помощью прибора фирмы Applied Biosystems, США). 3. Анализ и интерпретация результатов: а) сборка секвенированных нуклеотидных последовательностей в консенсус-последовательность и анализ собранной консенсус-последовательности с помощью специального программного обеспечения, позволяющего выявить мутации устойчивости вируса гепатита В к противовирусным препаратам; б) клиническая интерпретация полученных результатов с помощью специального программного обеспечения, входящего в состав набора реагентов АмплиСенс® HBV- Resist-Seq. ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ Набор реагентов выпускается в 2 формах комплектации: Форма 1 включает комплекты реагентов «ПЦР-комплект» вариант 100, «АмплиСенс® Ампли-сорб» вариант 50, «ЭФ» вариант 200, «Комплект для подготовки к секвенированию H B V/ Res», «Комплект для секвенирования» (2 шт.), программное обеспечение «АмплиСенс® Resist-HBV» версия 1, дата выпуска 20.08.2020 на сайте Изготовителя или программное обеспечение «ДЕОНА» версия 1.2.3, дата выпуска 28.04.2014. Форма 2 включает комплекты реагентов «ПЦР-комплект» вариант 100, «АмплиСенс® Ампли-сорб» вариант 50, «ЭФ» стр. 6 ИЗ 48 --- стр. 7 --- вариант 200, «Комплект для подготовки к секвенированию HBV/ Res», программное обеспечение «АмплиСенс® Resist-HBV» версия 1, дата выпуска 20.08.2020 на сайте Изготовителя или программное обеспечение «ДЕОНА» версия 1.2.3, дата выпуска 28.04.2014. ВНИМАНИЕ! Набор реагентов предназначен для работы с ранее экстрагированной ДНК HBV. Если для проведения тестирования с помощью набора реагентов АмплиСенс® HBV-Res\si-Seq не хватает объема ранее экстрагированной ДНК, то необходимо провести повторную экстракцию ДНК. Для получения ДНК рекомендуется использовать комплект реагентов для экстракции РНК/ДНК «РИБО-преп» (РУ № ФСР 2008/03147). Форма комплектации 1 предназначена для проведения амплификации ДНК, очистки продуктов амплификации, электрофоретической детекции и оценки концентрации очищенных продуктов амплификации в агарозном геле, постановки реакции секвенирования, очистки продуктов реакции секвенирования и предварительной денатурации продуктов реакции секвенирования. Форма комплектации 2 предназначена для проведения амплификации ДНК, очистки продуктов амплификации, электрофоретической детекции и оценки концентрации очищенных продуктов амплификации в агарозном геле, очистки продуктов реакции секвенирования, предварительной денатурации продуктов реакции секвенирования, а также содержит праймеры для секвенирования ревертазного (RT) домена Р-гена HBV. Для проведения реакции секвенирования необходимо дополнительно использовать комплект реагентов для секвенирования с флуоресцентно-меченными терминаторами, рекомендованный производителем используемого секвенатора. ВНИМАНИЕ! ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора не дает рекомендаций по использованию коммерческих продуктов, которые следует использовать в соответствии с инструкциями производителя. АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Для данного набора реагентов применимы следующие характеристики: стр. 7 из 48 --- стр. 8 --- Аналитическая чувствительность Таблица 2 Вид исследуемого материала Объём образца для экстракции, мкл Комплект для экстракции ДНК Аналитическая чувствительность, МЕ/мл Плазма крови 100 «РИБО-преп» 150 Данная чувствительность достигается при соблюдении правил, указанных в разделах «Взятие, транспортирование и хранение исследуемого материала» и «Подготовка исследуемого материала к экстракции ДНК». Аналитическая специфичность Оценка аналитической специфичности набора реагентов проведена посредством добавления в реакцию амплификации геномной ДНК/кДНК следующих вирусов: HAV (вирус гепатита А), H C V (вирус гепатита С), HD V (вирус гепатита D), H EV (вирус гепатита Е), H G V (вирус гепатита G), TTV (ТТ вирус), H IV (вирус иммунодефицита человека), EBV (вирус Эпштейн-Барра), C M V (цитомегаловирус), HS\/^, HSV2 (вирус простого герпеса 1 и 2 типов), HHV6 и HHV8 (вирус герпеса 6 и 8 типов), а также геномной ДНК человека. При проведении тестирования образцов ДНК/кДНК вышеперечисленных вирусов и ДНК человека неспецифических реакций выявлено не было. Воспроизводимость и повторяемость (по результатам клинических и технических испытаний) Для определения воспроизводимости были проведены; - 3 независимые экстракции из разведений стандартного образца предприятия содержания вируса гепатита В в концентрации 150 МЕ/мл (каждый выделенный образец тестировался в трех повторах в ПЦР) (на этапе технических испытаний), - 5 независимых экстракций из 5 образцов панели HBVDR12 (QCMD, Великобритания) (на этапе клинических испытаний), - 3 независимые экстракции из 11 биологических образцов, полученных от пациентов с ХГВ (на этапе клинических испытаний). Все экстрагированные образцы ДНК проходили этап амплификации и секвенирования. Данные по оценке стр. 8 из 48 --- стр. 9 --- воспроизводимости приведены в табл. 3. Воспроизводимость Таблица 3 Исследуемые образцы Количество повторов Частота выявления % выявлен- ных образцов 95 % доверительный интервал Нижняя граница, % Верхняя граница, % Разведение стандартного образца предприятия с концентрацией 150 МЕ/мл 9 100 (9/9) 66,4 100 Образцы панели HBVDR12 (клинические испытания) 25 100 (25/25) 86,3 100 Биологические образцы 33 100 (33/33) 89,4 100 Общее 67 100 (67/67) 94.6 100 Для определения повторяемости были проведены; - экстракция ДНК из 44 биологических образцов, полученных от пациентов с ХГВ (на этапе ПЦР каждый образец исследовался в двух повторах). - экстракция ДНК из 5 образцов панели HBVDR12 (QCMD, Великобритания) (каждый образец исследовался в трех повторах). Все экстрагированные образцы ДНК проходили этап амплификации и секвенирования. Данные по оценке повторяемости приведены в табл. 4. Таблица 4 Повторяемость Исследуемые образцы Количество повторов Частота выявления % выявленных образцов 95 % доверительный интервал Нижняя граница, % Верхняя граница, % Биологические образцы 88 100 (88/88) 95,9 100 Образцы панели HBVDR12 15 100(15/15) 78,2 100 Общее 103 100(103/103) 96,5 100 СТр. 9 ИЗ 48 --- стр. 10 --- ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Таблица 5 Результаты применения набора реагентов для диагностики in vitro АмплиСенс® HfiV-Resist-Seq Вид исследуемог О материала Результаты применения «АмплиСенс® HBV-Resist- Seq» Результаты применения методов (препаратов) сравнения 5 Положительных^ Отри цател ьн ых^ Плазма крови Всего исследован О 160 образцов положительных 6 22 0 отрицательных^ 0 138 Были использованы 160 образцов плазмы крови от пациентов с ХГВ, находящихся на разных стадиях ПВТ: 1) до начала ПВТ (с опытом предыдущего неэффективного лечения ХГВ аналогами нуклеотидов/нуклеозидов) (128 образцов); 2) после 12 недели ПВТ при выявлении первичной резистентности (26 образцов); 3) при выявлении вирусологического рецидива (6 образцов). Среди пациентов, принимающих ПВП, 3 получали тенофовир и 29 - энтекавир, причем 12 из них ранее лечились ламивудином. Среди 128 пациентов, не находящихся на терапии, 99 ранее принимали ламивудин, 24 - телбивудин, 4 - энтекавир, 1 - адефовир. Мутантные варианты, выявленные в 22 образцах с помощью набора реагентов АмплиСенс® НБ\/-Resist-Seq, имели 100 % совпадений с мутантными вариантами, выявленными для этих образцов методами (препаратами) сравнения (см. табл. 6). ^ Вследствие отсутствия аналогичных наборов реагентов в качестве методов (препаратов) сравнения применялись; 1) секвенирование. с использованием альтернативных реагентов, фрагмента ревертазного домена Р-гена HBV размером 1030 п.н., полученного с помощью альтернативных реагентов для проведения ПЦР и альтернативных праймеров, приведенных 8 одном из основополагающих исследований, посвященных изучению мутаций устойчивости, - D. J. Tenney et al. Clinical Emergence of Entecavir-Resistani Hepatitis В Virus Requires Additional Substitutions in Virus Already Resistant to Lamivudine// Antimicrob. Agents and Chemotherapy. - 2004. - Vol. 48. - P. 3498-3507; 2) альтернативные комплекты реагентов для очистки проду 1аов амплификации, электрофоретической детекции и оценки концентрации ДНК; 3) программное обеспечение Geneious версии 6.1 (Biomatters Limited, Новая Зеландия, httD:/AA/ww.Qeneious.com/) для сборки полученных секвенированных последовательностей в консенсус-последовательность; 4) интернет-ресурс HBVseq, (httD://hivdb.stanford.edu/HBV/HBVseq/develoDment/HBVseQ.htmn для анализа собранной консенсус-последовательности с целью выявления мутаций лекарственной устойчивости. ^ Образцы, в которых были выявлены мутации, ассоциированные с возникновением лекарственной устойчивости HBV. ’ ’ Образцы, в которых не были выявлены мутации, ассоциированные с возникновением лекарственной устойчивости HBV. стр. 10 из 48 --- стр. 11 --- Таблица 6 Результаты исследования 22 образцов, содержащих мутантные варианты Выявленный спектр мутаций в RT-домене Р-гена HBV Количество образцов, содержащих определенный спектр мутаций Методы (препараты) сравнения АмплиСенс® HB\AResist-Seq L80V 1 1 I169T 1 1 A181S 1 1 M 204V 1 1 M204I 2 2 L80I+M204I 2 2 L80V+M204I 2 2 L80I+L180M+M 204I 2 2 V173L+L180M +M 204V 2 2 L180M +T184S+M 204V 1 1 L180M +S202G +M 204V 2 2 L80I+V173L+L180M +M 204I 1 1 L180М +Т1841/L+S202G+M204V 3 3 1 169T+V173L+L180M +M 204V+M 250V 1 1 Таблица 7 Диагностические характеристики набора реагентов для Вид исследуемого материала ' Диагностическая чувствительность^ (с доверительной вероятностью 90%), (%) Диагностическая специфичность^ (с доверительной вероятностью 90%), (%) Плазма крови 8 9 ,5 -1 0 0 9 8 -1 0 0 Апробация набора реагентов АмплиСенс® HBV-Resist-Seq была проведена в рамках международной программы QCMD- 2012 (Quality Control for Molecular Diagnostics) no выявлению мутаций устойчивости HBV к противовирусным препаратам (Hepatitis В Virus Drug Resistance Typing. 2012 EQA Pilot Study). Результаты тестирования приведены в табл. 8. Набор реагентов АмплиСенс® HeV-Resist-Seq показал 100 % совпадений с заявленными характеристиками образцов панели HBVDR12 (QCMD, Великобритания). ^ Относительная чувствительность в сопоставлении с использованными методами (препаратами)сравнения. ^ Относительная специфичность в сопоставлении с использованными методами (препаратами)сравнения. стр. 11 из 48 --- стр. 12 --- Таблица 8 Результаты тестирования образцов панели HBV12DR Позиция кодона в RT-домене Р-гена HBV'^ Наименование образца в панели HBVDR12-01 HBVDR12-02 HBVDR12-03 HBVDR12-04 HBVDR12-05 Рез1/льтаты тестирования (нуклеотидная последовательность'*'*) о Sоо о X фо X с ;с S < Q SОо о X Ф о X Q C S < О sоо о X й>О X QС S < О sоо u X Ф о X Цcz< О sо a о X Ф о X цсz< RT_80 СТА СТА ATA« ATA TTA TTA СТА СТА TTA TTA RT_173 GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG RT_180 СТО CTG MTG MTG CTG CTG ATG ATG CTG CTG RT_181 GCT GCT GCT GCT GTT GTT GBT GBT GCT GCT RT_184 ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT ACT RT_194 GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT GCT RT_202 AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT AGT RT_204 ATG ATG RTK RTK ATG ATG GTG GTG ATG ATG RT_236 AAT AAT AAC AAC AMC AMC AAT AAT AAC AAC RT_250 ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG ATG МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно-биологические (ПЦР) исследования биологического материала на наличие возбудителей инфекционных болезней, с соблюдением СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней», СанПиН 2.1.3684-21 «Санитарно- эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий» и МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации Приведены данные по позициям, представленным в отчете «Hepatitis В Virus Drug Resistance Typing. 2012 EQA Pilot Study Final Report» (QCMD, Великобритания). Используется обозначение полиморфных позиций в соответствии с кодом IUPAC, Жирным шрифтом выделены мутации, приводящие к возникновению лекарственной устойчивости HBV. стр. 12 из 48 --- стр. 27 --- ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКАЯ ДЕТЕКЦИЯ И ОЦЕНКА КОНЦЕНТРАЦИИ ОЧИЩЕННЫХ ПРОДУКТОВ АМПЛИФИКАЦИИ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МАРКЕРА МОЛЕКУЛЯРНЫХ МАСС ИЗ «КОМПЛЕКТА ДЛЯ ПОДГОТОВКИ К СЕКВЕНИРОВАНИЮ» (проводится в зоне Детекции - помещении для детекции продуктов амплификации) ВНИМАНИЕ! Работа с амплифицированной ДНК должна проводиться в отдельной комнате сотрудником лаборатории, не производящим манипуляций в зонах Экстракции и Амплификации. Перед постановкой реакции секвенирования необходимо провести электрофоретическую детекцию очищенных продуктов амплификации (ПЦР-продуктов) с целью выявления образцов, пригодных для секвенирования, и оценить их концентрацию. Электрофоретическая детекция и оценка концентрации очищенных продуктов амплификации осуществляется с использованием комплекта реагентов «ЭФ» вариант 200, Маркера молекулярных масс, Буфера для нанесения образцов и Н 2О стерильной из «Комплекта для секвенирования Н 8У/Res». Объем очищенного ПЦР-продукта - 5 мкл. А. Электрофоретическия детекция ВНИМАНИЕ! Для внесения реагентов амплификации используются одноразовые фильтрами. ВНИМАНИЕ! До начала работы разморозить, тщательно перемешать на вортексе маркер молекулярных масс, буфер для нанесения образцов и Н 2О стерильную, осадить капли с крышек пробирок. 1. Приготовить агарозный гель в соответствии с разделом «Приготовление рабочих растворов и агарозного геля» инструкции к комплекту реагентов «ЭФ» вариант 200. 2. Отобрать необходимое количество одноразовых пробирок объемом 0,5 мл с учетом количества очищенных ПЦР- продуктов. Промаркировать пробирки. 3. Раскапать на дно промаркированных пробирок по 5 мкл буфера для нанесения образцов. и продуктов наконечники с стр. 27 из 48 --- стр. 28 --- 4. В подготовленные пробирки с буфером для нанесения образцов внести по 5 мкл очищенного продукта ПЦР согласно маркировке, используя новый наконечник для каждой пробы. Тщательно перемешать на вортексе и осадить капли с крышек пробирок. Оставшийся объем очищенного продукта ПЦР поместить в холодильник и хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °С до следующего этапа работы (проведение реакции секвенирования). 5. Аккуратно внести 10 мкл маркера молекулярных масс в первую лунку геля и 5 мкл маркера молекулярных масс во вторую лунку геля. Для правильной оценки концентрации амплифицированных образцов маркер молекулярных масс должен быть обязательно представлен в каждом ряду дорожек геля. Избегать перетекания маркера в соседние лунки. 6. Аккуратно внести весь объем подготовленной смеси ПЦР- продукта с буфером для нанесения образцов в свободные лунки геля, используя новый наконечник для каждой пробы. Избегать перетекания образцов в соседние лунки. 7. В каждом ряду дорожек геля должны быть обязательно представлены контрольные образцы ОК, К - и К+. Аккуратно внести 5 мкл указанных образцов в соответствующие лунки геля. 8. Провести электрофоретическую детекцию в соответствии с пунктами 2 и 3 раздела «Порядок работы» инструкции к комплекту реагентов «ЭФ» вариант 200. 9. Последовательно провести: а) учет результатов в контрольных и исследуемых образцах, б) оценку концентрации в исследуемых образцах. Б. Учет результатов Учёт результатов ПЦР-анализа проводится по наличию или отсутствию на электрофореграмме специфической полосы амплифицированного фрагмента ДНК ревертазного (RT) домена Р-гена HBV. Длина специфической полосы амплифицированного фрагмента ДНК ревертазного (RT) домена Р-гена HBV составляет 970 п.н. Учет результатов в контрольных образцах стр. 28 ИЗ 48 --- стр. 29 --- Результат ПЦР-исследования считается достоверным, если получены правильные результаты прохождения положительного и отрицательных контролей, в соответствии с табл. 11. Таблица 11 Контроль Контролируемый этап ПЦР-исследования Специфическая полоса 970 п.н. на электрофореграмме ОК Экстракция ДНК, ПЦР Нет К - ПЦР Нет К+ ПЦР Есть 1. В дорожке, соответствующей отрицательным контролям этапов экстракции и ПЦР, не должно быть специфической светящейся полосы, соответствующей фрагменту генома вируса гепатита В на уровне 970 п.н. Результаты анализа не подлежат учету в следующих случаях: 1. Если в положительном контроле не выявляется специфическая светящаяся полоса, то это может свидетельствовать о неправильно выбранной программе амплификации или о других ошибках, допущенных на этапе постановки ПЦР. В этом случае требуется повторить исследование для всех образцов, в которых не обнаружена светящаяся оранжевая полоса на уровне 970 п.н., начиная с этапа Амплификации. 2. Если в отрицательном контроле (ОК или К-) выявляется светящаяся полоса размером 970 п.н., то это может свидетельствовать о контаминации реагентов или исследуемых образцов. Требуется повторить исследование для всех положительных образцов, начиная с этапа Экстракции ДНК, а также предпринять меры по выявлению источника контаминации. Учет результатов в исследуемых образцах 1. Образцами, пригодными для проведения реакции секвенирования, считаются образцы, которые содержат специфическую светящуюся полосу на уровне 970 п.н. большей или меньшей интенсивности, даже при наличии слабых неспецифических полос. 2. Для образцов, которые не содержат специфическую стр. 29 из 48 --- стр. 30 --- светящуюся полосу на уровне 970 п.н. и имеют вирусную нагрузку, близкую к аналитической чувствительности набора реагентов, необходимо провести повторное исследование, начиная с этапа Экстракции ДНК. Если при повторном исследовании образцы вновь не содержат специфическую светящуюся полосу на уровне 970 п.н., то по этим образцам выдается результат «не определено по причине низкой вирусной нагрузки». В. Оценка концентрации ДНК в исследуемых образцах 1. Для оценки концентрации ДНК в каждом исследуемом образце провести визуальное сравнение интенсивности свечения специфической полосы образца с интенсивностью свечения полос маркера молекулярных масс. Характеристика полос маркера молекулярных масс приведена в табл. 12. Определение концентрации ДНК исследуемого образца ведется по трем верхним полосам маркера молекулярных масс в соответствии с табл. 13 и рис. 1. Таблица 12 Положение полосы маркера на агарозном геле Размер полосы, п.н. Количество, нг, в 10 мкл маркера Количество, нг, в 5 мкл маркера Верхняя 1000 100 50 Вторая 700 70 35 Третья 500 50 25 2. После определения примерной концентрации ДНК в каждом образце, необходимо подготовить ПЦР-продукты к секвенированию, доведя концентрацию ДНК с помощью НгО стерильной до необходимой для проведения реакции секвенирования, согласно рекомендациям, указанным в табл. 13. ВНИМАНИЕ! В таблице приведены объемы НгО стерильной для разведения оставшегося объема очищенного ПЦР- продукта (25 мкл). Если количество разводимого ПЦР- продукта не соответствует 25 мкл, объемы НгО стерильной должны быть пропорционально изменены. стр. 30 из 48 --- стр. 31 --- Таблица 13 Определение количества ДНК в исследуемых образцах и разведение их до необходимой концентрации Порядковый номер в агарозном геле на рис. 1 Интенсивность свечения полосы образца по сравнению с интенсивностью свечения определенных полос маркера молекулярных масс Примерное количество, нг в 5 мкл исследуемого образца Объем НгО стерильной для доведения ПЦР- продуктов до рабочей концентрации, мкл (кратность разведения) 3 Больше интенсивности свечения полосы размером 1000 П.Н., содержащей 100 нг Более 100 150 (разведение в 7 раз) 4 Больше интенсивности свечения полосы размером 1000 п.н. маркера в количестве 5 мкл, но меньше интенсивности свечения полосы размером 1000 п.н., маркера в количестве 10 мкл, содержащих 50 и 100 нг соответственно , 60-100 75 (разведение в 4 раза) 5 Больше интенсивности свечения полосы размером 700 п.н., маркера в количестве 5 мкл, но меньше интенсивности свечения полосы размером 700 п.н., маркера в количестве 10 мкл, содержащих 35 и 70 нг соответственно 40-60 40 (разведение в 2,6 раза) 6 Больше интенсивности свечения полосы размером 500 п.н., маркера в количестве 5 мкл, но меньше интенсивности свечения полосы размером 500 п.н., маркера в количестве 10 мкл, содержащих 25 и 50 нг соответственно 20-40 15 (разведение в 1,6 раза) 7 Меньше интенсивности свечения полосы размером 500 п.н., содержащей 25 нг Менее 20 Не требуется добавления стр. 31 ИЗ 48 --- стр. 34 --- секвенированию H B V I Res» более двух раз. Реагенты, входящие в состав «Комплекта для секвенирования» светочувствительны! Не оставляйте их на свету в течение длительного времени! 1. Отобрать необходимое количество пробирок объемом 0,2 мл или использовать 96-луночный планшет (в зависимости от модели используемого прибора) для проведения реакции секвенирования исследуемых образцов. ВНИМАНИЕ! При использовании пробирок объемом 0,2 мл для каждого исследуемого образца необходимо приготовить 4 пробирки, промаркированные «№ образца/В1», «№ образца/В2», «№ образца/ВЗ» и «№ образца/В4», соответственно. При использовании 96-луночного планшета необходимо учитывать, что для каждого образца используется 4 лунки. Пример шаблона заполнения планшета приведен на рисунке 2. Рисунок 2 - Пример шаблона заполнения 96-луночного планшета для проведения реакции секвенирования ПЦР- фрагмента ревертазного (RT) домена Р-гена вируса гепатита В - в лунку А1 (№1/В1) - вносится реакционная смесь «В1» и образец №1, в лунку В1 (№1/В2) - вносится реакционная смесь 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 А №1/В1 №3/В1 №5/В1 №7/В1 №9/В1 В №1/В2 №3/В2 №5/В2 №7/В2 №9/В2 С №1/ВЗ №3/В3 №5/ВЗ №7/ВЗ №9/ВЗ D №1/В4 №3/В4 №5/В4 №7/В4 №9/В4 Е №2/В1 №4/В1 №6/В1 №8/В1 №10/В1 F №2/В2 №4/В2 №6/В2 №8/В2 №10/В2 - G №2/ВЗ №4/ВЗ №6/ВЗ №8/ВЗ №10/ВЗ Н №2/В4 №4/В4 №6/В4 №8/В4 №10/В4 2. Отобрать четыре пробирки объемом 0,5 мл для приготовления реакционных смесей. Промаркировать пробирки «В1», «В2», «ВЗ» и «В4». 3. В каждую из 4-х пробирок объемом 0,5 мл внести из расчета на 1 реакцию; 1 мкл Смеси Seq, 2 мкл 5х буфера Seq из «Комплекта для секвенирования», 2 мкл соответствующего праймера из «Комплекта для стр, 34 ИЗ 48 --- стр. 35 --- подготовки к секвенированию H B V I Res» (см. также табл. 14), Полученные реакционные смеси перемешать на вортексе и осадить капли с крышки пробирки. Таблица 14 Приготовление реакционных смесей для реакции секвенир ования Объем реагентов на 1 реакцию 1,0 мкл 2,0 мкл 2,0 мкл Количество исследуемых образцов Смесь Seq^^, мкл 5х Буфер Seq^^, мкл Праймер^^, мкл 5 6 12 12 7 8 16 16 9 10 20 20 15 16 32 32 20 21 42 42 4. Аккуратно добавить в пробирки (лунки) в соответствии с маркировкой (шаблоном) по 5 мкл соответствующей реакционной смеси. 5. В пробирки (лунки планшета) с раскапанными реакционными смесями аккуратно внести ло 5 мкл очищенных ПЦР- продуктов. ВНИМАНИЕ! Каждый исследуемый образец внести в 4 пробирки (лунки), содержащие раскапанные реакционные смеси «В1», «В2», «ВЗ» и «В4», используя новые наконечники с фильтрами для внесения образца в пробирки (лунки) с разными реакционными смесями. 6. Закрыть крышки пробирок. При использовании планшета закрыть его специальным материалом, предназначенным для этих целей (например, алюминиевой фольгой с адгезивной стороной или адгезивной пленкой). 7. Перед постановкой в амплификатор при использовании пробирок перемешать пробы на вортексе и осадить капли с крышек пробирок; при использовании планшетов перемешать пробы на шейкере для планшетов и центрифугировать планшеты на центрифуге с ротором для планшетов при 2 тыс g в течение 5 с. Объемы вносимых реагентов приведены с запасом на 1 образец. стр. 35 из 48 --- стр. 36 --- Б. Проведение реакции секвенирования 1. Запустить программу амплификации «SEQ» (см. табл. 15). Поместить пробирки (планшет) в ячейки амплификатора, закрыть крышку прибора и запустить выполнение программы. Таблица 15 Цикл Температура^ ® С Время Количество циклов 0 96 Пауза 1 96 1 мин 1 2 96 Ю с 2550 5 с 60 4 мин 3 4 Хранение 2. По окончании выполнения программы очистить получившиеся продукты реакции секвенирования от невключившихся терминаторов. Продукты реакции секвенирования до проведения стадии очистки могут храниться при температуре от минус 24 до минус 16 °С в течение 3 суток. ОЧИСТКА ОТ НЕВКЛЮЧИВШИХСЯ ТЕРМИНАТОРОВ И ПРЕДВАРИТЕЛЬНАЯ ДЕНАТУРАЦИЯ ПРОДУКТОВ РЕАКЦИИ СЕКВЕНИРОВАНИЯ (проводится в зоне Детекции - помещении для детекции продуктов амплификации) ВНИМАНИЕ! Работа с амплифицированной ДНК должна проводиться в отдельной комнате сотрудником лаборатории, не производящим манипуляций в зонах Экстракции и Амплификации. ВНИМАНИЕ! Для внесения реагентов и продуктов реакции секвенирования используются одноразовые наконечники с фильтрами. ВНИМАНИЕ! До начала работы разморозить, тщательно перемешать на вортексе раствор F из «Комплекта для подготовки к секвенированию H B V I Res», осадить капли с крышек пробирок. стр. 36 из 48 --- стр. 45 --- СРОК годности. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и ХРАНЕНИЯ Срок годности. 12 мес. Набор реагентов с истекшим сроком годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых реагентов соответствует сроку годности, указанному на этикетках для невскрытых реагентов, если в инструкции не указано иное. Транспортирование. Набор реагентов, транспортировать при температуре от 2 до 8 °С не более 5 сут. При получении разукомплектовать в соответствии с указанными температурами хранения. Хранение. Комплекты реагентов «АмплиСенс® Ампли-сорб», «ПЦР-комплект» (кроме полимеразы (TaqF)) хранить при температуре от 2 до 8 °С. «Комплект для подготовки к секвенированию HBV / Res», «Комплект для секвенирования» и полимеразу (TaqF) из «ПЦР-комплекта» хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °С. «Комплект для секвенирования» хранить в защищенном от света месте. Комплект реагентов «ЭФ» хранить при температуре от 18 до 25 °С в защищенном от света месте. f ' 4^ ■ - *• . ^ - -J ’ll Ж У- ^ стр. 45 из 48 --- стр. 46 --- ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ Изготовитель гарантирует соответствие основных параметров и характеристик набора реагентов требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение установленного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Медицинское изделие техническому обслуживанию и ремонту не подлежит. Рекламации на качество набора реагентов направлять по адресу 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, дом ЗА, e-mail: obtk@pcr,ru^®. При выявлении побочных действий, не указанных в инструкции по применению набора реагентов, нежелательных реакций при его использовании, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при применении набора реагентов, рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодательством. Директор ГБУЗ МО МОНИКИ им. М.Ф. Владимирского К.Э. Соболев Отзывы и предложения о продукции «АмплиСенс», вы можете, оставить, заполнив анкету потребителя на сайте: www.amplisens.ru . ‘ стр. 46 из 48 --- стр. 47 --- ПЕРЕЧЕНЬ ПРИМЕНЯЕМЫХ НАЦИОНАЛЬНЫХ СТАНДАРТОВ - ГОСТ Р ИСО 15223-1 -2020 «Изделия медицинские. Символы, применяемые при маркировании медицинских изделий, на этикетках и в сопроводительной документации». - ГОСТ 14192-96 «Маркировка грузов» (п. 4.1). - ГОСТ Р ИСО/МЭК 9126-93 «Информационная технология. Оценка программной продукции. Характеристика качества и руководства по их применению». - ГОСТ 28195-89 «Оценка качества программных средств. Общие положения». - ГОСТ Р МЭК 62304-2013 «ИЗДЕЛИЯ МЕДИЦИНСКИЕ. Программное обеспечение. Процессы жизненного цикла» (п. 4.3). - СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней». - СанПиН 2.1.3684-21 «Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям, эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических) мероприятий». - МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амллификации нуклеиновых кислот При работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». стр. 47 ИЗ 48 --- стр. 48 --- символы, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ Осторожно!R E F Номер по каталогу А LOT Код партии V IVD Медицинское изделие для диагностики in vitro VER Дата изменения □а Предел температуры ttj Изготовитель f w f ] Содержимого достаточно для проведения п тестов Использовать до Обратитесь к инструкции по применению Не допускать воздействия солнечного света Дата изготовления стр. 48 из 48 --- стр. 52 --- СОДЕРЖАНИЕ 1 НАЗНАЧЕНИЕ ПРО ГРАМ М Ы ...........................................................................................5 1.2 Эксплуатационное назначение....................................................................................... 5 1.3 Порядок присвоения версии П О .....................................................................................5 1.4 Дата выпуска П О ................................................................................................................... 5 1.5 Класс безопасности П О ......................................................................................................5 1.6 Принцип работы П О ............................................................................................................. 5 1.7 Краткое описание функциональных возможностей П О ........................................6 2 УСЛОВИЯ ВЫПОЛНЕНИЯ ПРОГРАМ М Ы ..................................................................6 2.1 Требования к техническим средствам оператора...................................................6 2.2 Требования к входным данным....................................................................................... 7 3 ВХОД В П О ..............................................................................................................................7 3.1 Общие сведения о входе................................................................................................... 7 3.2 Регистрация (первый вход)................................................................................................7 3.3 Авторизация (повторный вход).........................................................................................7 4 ВЫПОЛНЕНИЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ..........................................................................................................8 4.1 Создание нового проекта и загрузка файлов с прочтениями.............................8 4.2 Загрузка ранее сохраненного проекта..........................................................................8 4.3 Работа с проектом.................................................................................................................9 4.3.1 Описание рабочей области проекта............................................................................. 9 4.3.1.1 Команды управления проектом.......................................................................................9 4.3.1.2 Вкладка Х ром атограм м а................................................................................................10 4.3.1.3 Вкладка Контроль качества .........................................................................................11 4.3.1.4 Вкладка М утации................................................................................................................13 4.3.1.5 Окно хроматограмм и нуклеотидных последовательностей .............................13 4.3.1.6 Клавиши для редактирования нуклеотидной последовательности ..............15 4.3.2 Работа с нуклеотидной последовательностью.......................................................16 4.3.2.1 Контроль качества исследования................................................................................ 16 4.3.2.2 Скрытие участков................................................................................................................17 4.3.2.3 Редактирование нуклеотидной последовательности ..........................................17 4.3.2.4 Выравнивание последовательностей.........................................................................21 4.3.2.5 Сохранение консенсуса в буфер обмена .................................................................22 4.3.3 Отчет с результатами исследования лекарственной устойчивости .......:....22 4.3.3.1 Формирование отчета....................................................................................................... 22 4.3.3.2 Описание лекарственной устойчивости, выявленных мутаций и контроля качества исследования в отчете о результатах исследования .....................................23 5 СООБЩЕНИЯ О ПЕРА ТО РУ...........................................................................................24 6 ТЕХНИЧЕСКАЯ ПОДДЕРЖ КА....................................................................................... 26 стр. 3 из 26 --- стр. 53 --- ТЕРМИНЫ И СОКРАЩЕНИЯ Сокращение Расшифровка БД База данных Выравнивание Способ сравнения двух и более нуклеотидных последовательностей относительно друг друга. Действие является необратимым Вырожденная позиция Позиция, в которой детектируется более одного нуклеотида Консенсусная последовательность Итоговая нуклеотидная последовательность исследуемого образца Контроль качества исследования Определение качества сборки, сформированной консенсусной последовательности с помощью следующих показателей; - Покрытие участка нуклеотидной последовательности - Наличие проблемных участков (стоп-кодоны, нетипичные мутации) Клавиатура lUPAC Виртуальная клавиатура с буквенными обозначениями нуклеотидов и их комбинаций в соответствии с номенклатурой Международного союза теоретической и прикладной химии (IUPAC) Некачественные секции Секции, среднее качество сигнала которых не превышает значение 30 по данным параметра «рсоп» файла Abif Основной пик Пик максимальной высоты в данной позиции на хроматограмме Повторы Несколько прочтений РНК/ДНК одного и того же клинического образца Прочтение Нуклеотидная последовательность, полученная в результате секвенирования Проект Сборка прочтений и проведение анализа для одного клинического образца Профиль Анализ нуклеотидной последовательности определенного фрагмента генома возбудителя Референсная последовательность Нуклеотидная последовательность, относительно которой идет сборка и анализ хроматограмм исследуемого образца Рамка считывания Последовательность нуклеотидов, способная кодировать аминокислоту Реверс-комплемент Комплементарный перевод в обратном направлении имеющейся нуклеотидной последовательности Сервер Выделенный компьютер или его мощности (в том числе виртуальные) под управлением ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора для работы с ПО Стоп-кодон Последовательность нуклеотидов, кодирующая прекращение синтеза полипептидной цепи СУБД Система управления базами данных Сильный подлик Пик в одной позиции с основным пиком и имеющий высоту более 1/3 высоты этого пика Слабый подпик Пик в одной позиции с основным пиком и имеющий высоту менее 1/3 высоты этого пика Трансляция Перевод нуклеотидной последовательности в аминокислотную дар Отсутствие одного или нескольких нуклеотидов в анализируемой последовательности относительно референсной лоследовательности FPR False positive rate (порог ложноположительного результата) HBV Hepatitis В virus (вирус гепатита В) стр. 4 из 26 --- стр. 54 --- 1 НАЗНАЧЕНИЕ ПРОГРАММЫ 1.1 Функциональное назначение ПО предназначено для анализа и обработки нуклеотидных последовательностей для выявления лекарственной устойчивости вируса гепатита В. 1.2 Эксплуатационное назначение Пользователями (операторами) ПО являются медицинские работники и научные сотрудники, владеющие молекулярно-генетическими методами работы, в том числе методами анализа и обработки нуклеотидных последовательностей с целью определения мутаций лекарственной устойчивости вируса гепатита В. ПО функционирует в режиме «онлайн» и доступно операторам через интернет по адресу resist.amplisens.ru/hbv/. Отчет о результатах исследования сохраняется на компьютере оператора в формате PDF. 1.3 Порядок присвоения версии ПО ПО присваивается следующий порядковый номер версии (издания) в обозначении программы в случае изменения архитектуры, логики работы, структуры и функций программы. 1.4 Версия и дата выпуска ПО Версия ПО; 1 Дата выпуска: 20.08.2020 1.5 Класс безопасности ПО Класс А (невозможны никакие травмы и ущерб здоровью). 1.6 Принцип работы ПО ПО анализирует информацию, полученную с помощью генетического анализатора (секвенатора), которая содержит: - координаты вершин, соответствующих позициям нуклеотидов, - координаты сигналов нуклеотидов, - нуклеотидные последовательности, * показатели качества сигналов. В автоматическом режиме происходит построение консенсусной последовательности, сравнение с референсными последовательностями, определение мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью. При анализе учитываются данные транслированной аминокислотной стр. 5 из 26 --- стр. 55 --- последовательности. Результат анализа выдается в виде отчета, содержащего информацию о лекарственной устойчивости возбудителя или в виде консенсусной последовательности, которая может быть проанализирована внешними сервисами. Данный этап является заключительным этапом исследования в лаборатории. Для проведения анализа оператор в ручном режиме осуществляет выбор профиля, создание нового проекта, загрузку результатов секвенирования, оценку результата контроля качества исследования, редактирование нуклеотидных последовательностей (прочтений), внесение данных об исследуемом образце. В целях конфиденциальности ПО обрабатывает и хранит информацию в обезличенном виде (деперсонализировано). 1.7 Краткое описание ф ункциональны х возможностей ПО - Сборка и визуализация консенсусной последовательности анализируемых участков генома возбудителя. - Идентификация мутаций, значимых для определения лекарственной устойчивости возбудителя. - Контроль качества исследования. - Определение чувствительности к лекарственным препаратам. ~ Формирование отчета с результатами исследования или формирование консенсусной последовательности, с помощью которой можно получить результат анализа через внешние сервисы, рекомендуемые ВОЗ. ПО соответствует требованиям ГОСТ Р ИСО/МЭК 9126, ГОСТ 28195, п. 4.3 ГОСТ Р МЭК 62304. Руководство оператора и интерфейс программного обеспечения разработан на русском языке и может быть переведен на английский и другие языки без внесения изменений в программный код ПО. 2 УСЛОВИЯ ВЫ ПОЛНЕНИЯ ПРОГРАММЫ ВНИМАНИЕ! Работа с ПО возможна только после регистрации/авторизации оператора. Регистрация проводится при первом входе в ПО. 2.1 Требования к техническим средствам оператора Для работы оператора необходим персональный компьютер с выходом в сеть «интернет» и предустановленным браузером «Google Chrome» или «Яндекс. Браузер». Общие требования указаны в таблице 1. стр. 6 из 26 --- стр. 56 --- Таблица 1 Характеристика М инимальное значение Оперативная память 2 ГБ Свободное место на жестком диске 50 МБ Операционная система Microsoft® Windows 7 или выше Канал связи выхода в интернет 500 кбит/сек Процессор Intel Pentium/Celeron 1800 МГц и выше Браузеры Google Chrome (Версия 38 и выше) или Яндекс.Браузер (Версия 18.3 и выше) Дисплей SVGA-дисплей Разрешение экрана Не менее 1280x800 2.2 Требования к входным данным ПО может загружать и обрабатывать только файлы прочтений клинического образца, полученные в формате «Abif» с расширением «*.аЫ ». ВНИМАНИЕ! Следует загружать файлы строго в соответствии с профилем исследования. ВНИМАНИЕ! Не допускается загружать в один проект файлы прочтений разных образцов и разных пациентов. 3 ВХОД В ПО 3.1 Общие сведения о входе Для входа в программу необходимо в браузере «Google Chrome» или «Яндекс.Браузер» открыть адрес resist.amplisens.ru/hbv/. 3.2 Регистрация (первый вход) В окне авторизации программы нажать на кнопку Регистрация. В появившимся окне заполнить данные для получения доступа к программе: - E-mail. - Пароль. - Название организации. - ФИО пользователя. - Контактный телефон. В случае успешной регистрации откроется окно авторизации. 3.3 Авторизация (повторный вход) Для повторного входа в программу ввести логин и пароль, указанные при регистрации. стр. 7 из 26 --- стр. 57 --- Если установлена галочка Запомнить меня, авторизация при очередном входе в ПО будет осуществляться с данного компьютера без повторного ввода логина и пароля. Возврат к окну авторизации осуществляется с помощью кнопки Выход в правом верхнем углу ПО. 4 ВЫПОЛНЕНИЕ АВТОМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ 4.1 Создание нового проекта и загрузка файлов с прочтениями Для создания нового проекта: - авторизоваться в системе (если ранее не авторизованы), - выбрать профиль под заголовком Создать проект, - нажать кнопку загрузки файлов. Откроется окно для загрузки файлов прочтений клинического образца. Выбрать (с помощью кнопки Выбрать) из каталога компьютера файлы формата «Abif» с расширением «*.аЫ ». В окне появится список названий выбранных файлов для загрузки. ВНИМАНИЕ! Убедитесь, что файлы прочтений относятся к одному пациенту и к одному профилю исследования. Проекту автоматически присваивается название, соответствующее названиям загружаемых файлов (их общим частям в названии). В случае необходимости, можно отредактировать название проекта вручную. Нажать кнопку Создать проект. Система произведет автоматическую обработку файлов, в результате которой будет сформирована консенсусная последовательность (с учетом транслированной аминокислотной последовательности), отображены вырожденные позиции, обрезаны некачественные секции и выведены результаты контроля качества исследования. В открывшейся рабочей области проекта оператору необходимо провести оценку результата контроля качества исследования и, при необходимости, отредактировать нуклеотидные последовательности (см. п. 4.3). 4.2 Загрузка ранее сохраненного проекта Выбрать в разделе История проектов ранее сохраненный проект. Щелкнуть на название нужного проекта, откроется рабочая область проекта (см. п.4.3). стр. 8 из 26