Набор реагентов для определения ДНК M. genitalium методом ПЦР AmpliSens® MG — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- «УТВЕРЖДАЮ» Директор Федерального бюджетного учреждения науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы надзору в сфере защиты прав / потребителей и благопмучия человека . Акимкин 2021 г ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ набора реагентов для определения ДНК М. genitalium методом ПЦР AmpliSens® MG AmpliSens' ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Российская Федерация, 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА, стр, 6 тел, (495) 974 9642, e-mail; amplisens@pcr.ru IVD --- стр. 2 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ....................................................................................................3 НАЗНАЧЕНИЕ......................................................................................................................3 ПРИНЦИП МЕТОДА............................................................................................................4 ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ.................................................................................................5 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ............................................................................5 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ.......................................................................8 МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ.......................................................................................11 СВЕДЕНИЯ ОБ УТИЛИЗАЦИИ.........................................................................................12 ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ.............................................13 ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА.. 15 ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАКЦИИ ДНК........................18 ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА.......................................................................................19 ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР-ИССЛЕДОВАНИЯ..........................................................................20 ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ ОБРАЗЦОВ...................................................21 ФОРМА FRT-96..................................................................................................................22 СОСТАВ.........................................................................................................................22 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ..........22 A. Подготовка проб для амплификации.................................................................22 Б. Запуск амплификации..........................................................................................23 B. Анализ и интерпретация результатов....................................................................24 ФОРМА FRT-96F и FRT-288F...........................................................................................26 СОСТАВ.........................................................................................................................26 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» ..........26 A. Подготовка проб для амплификации.................................................................26 Б. Запуск амплификации..........................................................................................27 B. Анализ и интерпретация результатов....................................................................28 СРОК годности. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и ХРАНЕНИЯ ....................30 ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ..................................................31 БИБЛИОГРАФИЯ..............................................................................................................32 СИМВОЛЫ. ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ........................................33 стр. 2 из 33 --- стр. 3 --- список СОКРАЩЕНИЙ В настоящей инструкции применяются следующие вко - экзогенный внутренний контрольный образец гэ - геномные эквиваленты ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота ок - отрицательный контроль ПК - положительный контроль по - программное обеспечение ПЦР - полимеразная цепная реакция РУ - регистрационное удостоверение удг - урацил-ДНК-гликозилаза ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора - Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека а - cycle threshold (пороговый цикл) FRT - флуоресцентная детекция в режиме «реального времени» MG - Mycoplasma qenitalium НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов AmpliSens® MG предназначен для качественного и количественного определения ДНК Mycoplasma genitalium в биологическом материале (соскобный материал или отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры); моча (первая порция); секрет предстательной железы) методом ПЦР с гибридизационно- флуоресцентной детекцией продуктов амплификации. Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК, экстрагированные из исследуемого материала. Показания и противопоказания к применению набора реагентов ВНИМАНИЕ! Установление диагноза и назначение лечения должны производиться врачом соответствующей специализации. Набор реагентов используется в клинической лабораторной диагностике для исследования биологического материала, полученного от лиц с лодозрением на наличие инфекций, передаваемых половым путем, вне зависимости от формы и наличия манифестации заболевания. стр. 3 из 33 --- стр. 4 --- Противопоказания отсутствуют, за исключением случаев, когда взятие материала не может быть осуществлено по медицинским показаниям. Потенциальные пользователи медицинского изделия К работе с набором реагентов допускаются только медицинские работники, обученные методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории в установленном порядке (СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней»). ПРИНЦИП МЕТОДА Принцип тестирования основывается на экстракции ДНК из образцов исследуемого материала совместно с экзогенным внутренним контрольным образцом (ВКО) и одновременной амплификации участков ДНК выявляемого микроорганизма и ДНК ВКО с гибридизационно-флуоресцентной детекцией. ВКО позволяет контролировать все этапы ПЦР-исследования для каждого образца и оценивать влияние ингибиторов на результаты ПЦР-исследования. Амплификация участка ДНК проводится при помощи специфичных к этому участку праймеров и фермента Taq- полимеразы. В составе реакционной смеси присутствуют флуоресцентно-меченые олигонуклеотиды, комплементарные участкам амплифицируемых ДНК-мишеней, что позволяет регистрировать накопление специфического продукта амплификации путем измерения интенсивности флуоресцентного сигнала с помощью амплификатора с системой детекции в режиме «реального времени». Количественное определение ДНК выявляемого микроорганизма основывается на существовании линейной зависимости между логарифмом исходной концентрации ДНК- мишени в исследуемом образце и циклом начала экспоненциального увеличения флуоресцентного сигнала [1]. Для проведения количественного теста ПЦР-исследование анализируемых образцов проводят одновременно с образцом с известной концентрацией ДНК-мишени - положительным контролем, который аттестован по методике Изготовителя. По результатам амплификации положительного контроля стр. 4 из 33 --- стр. 5 --- проводится расчет концентрации ДНК-мишени в исследуемых образцах в виде количества геномных эквивалентов микроорганизма в 1 мл биологического образца (ГЭ/мл). Один геномный эквивалент (геном) соответствует одному микроорганизму. Набор реагентов содержит систему защиты от контаминации ампликонами за счет применения фермента урацил-ДНК- гликозилазы (УДГ) и дезоксиуридинтрифосфата. На этапе амплификации одновременно в одной пробирке проводится амплификация двух ДНК-мишеней. Результаты амплификации регистрируются по каналам флуоресцентной детекции, указанным в табл. 1. Таблица 1 Канал для флуорофора ROX Су5 ДНК-мишень ДНК М. genitalium ДНК вко Область амплификации ген pdhD искусственная нуклеотидная последовательность ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ Таблица 2 Характеристика Форма FRT-96 Форма FRT-96F Форма FRT-288F Число реакций амплификации, включая контроля 96 96 288 Реагент Mix-MG в стрипованных пробирках на одну реакцию под прослойкой воска да нет нет Тип амплификатора планшетный роторный и планшетный роторный и планшетный Совместимость с автоматическими станциями для приготовления и дозирования реакционных смесей нет да да Формы FRT-96, FRT-96F, FRT-288F предназначены для проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК. АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Характеристики были определены лри ислользовании комплектов для экстракции ДНК «ДНК-сорб-АМ» (РУ № ФСР 2007/00183) и «АмплиСенс® МАГНО-сорб-УРО» (РУ № РЗН 2016/3920). стр. 5 из 33 --- стр. 6 --- Диапазон измерения и предел обнаружения Таблица 3 Микроорганизм Предел обнаружения, ГЭ/мл Диапазон измерения, ГЭ/мл М. genitalium 500 2x103-1x10» Примечание - Концентрация указана в 1 мл мочи или секрета предстательной железы или в пересчете на 1 мл транспортной среды, содержащей мазок/соскоб. Данные значения характеристик достигаются при соблюдении правил, указанных в разделах «Взятие, транспортирование и хранение исследуемого материала» и «Подготовка исследуемого материала к экстракции ДНК». Аналитическая специфичность Набор реагентов обнаруживает участки ДНК Mycoplasma genitalium (клинический образец, видовая принадлежность определена с помощью метода прямого секвенирования). Аналитическая специфичность набора реагентов доказана при исследовании ДНК следующих микроорганизмов, а также геномной ДНК человека: - Штаммы из коллекции АТСС (American Туре Culture Collection, США): Enterococcus faecium (АТСС® 35667™), Neisseria gonorrhoeae (АТСС® 49926™), Gardnerella vaginalis (АТСС® 14018™), Escherichia coli (ATCC® 25922™), Candida albicans (ATCC® 14053™) в концентрации не менее 1x10® и не более 1x10® ГЭ/мл; - Клинические образцы (видовая принадлежность возбудителей определена с помощью метода прямого секвенирования): Treponema pallidum, Mycoplasma hominis, Lactobacillus casei, Toxoplasma gondii, Chlamydia trachomatis. Trichomonas vaginalis, Herpes simplex virus type 1, Herpes simplex virus type 2, Neisseria flava. Neisseria subfiava. Neisseria sicca. Human papilloma virus 16, Cytomegaiovirus, Ureapiasma urealyticum, Ureaplasma parvum в концентрации не менее 1x10® и не более 1x10® ГЭ/мл; - ДНК человека в концентрации 1 мкг/мл. При тестировании образцов ДНК вышеперечисленных микроорганизмов и ДНК человека неспецифических реакций выявлено не было. стр. 6 ИЗ 33 --- стр. 7 --- i Информация об интерферирующих веществах указана в разделе «Интерферирующие вещества и ограничения по использованию проб исследуемого материала». Повторяемость, воспроизводимость Повторяемость и воспроизводимость были определены путем тестирования образцов отделяемого слизистых оболочек урогенитального тракта, в которых предварительно не была выявлена ДНК определяемого микроорганизма, а затем был добавлен стандартный образец предприятия, содержащий ДНК М. genitalium, до конечной концентрации 1x10"^, 1x10®, 1x10® ГЭ/мл (см. табл. 4, 5). Условия повторяемости включали в себя тестирование в одной и той же лаборатории, одним и тем же оператором, с использованием одного и того же оборудования в пределах короткого промежутка времени. Условия воспроизводимости - тестирование в двух независимых лабораториях, разными операторами, в разные дни, на разных приборах, разных серий набора реагентов. Таблица 4 Повторяемость Форма комплектации Ожидаемое значение концентра ции, ГЭ/мл Количест во повторов среднее значение измерения концентра- ции, 1д Стандартное отклонение (SD) Коэффициент вариации (CV), % Форма FRT-96 1x10® 10 5,94 0.17 2,79 1x10® 10 4,97 0,03 0,68 1x10-^ 10 4,15 0,07 1,61 Форма FRT- 288 F 1x10® 10 5,89 0,20 3,32 1x10® 10 4,97 0,03 0,53 1x10“ 10 4,16 0,07 1,62 Таблица 5 Воспроизводимость Форма комплектации Ожидаемое значение концентра ции, ГЭ/мл Количест во повторов Среднее значение измерения концентра ции, 1д Стандартное отклонение (SD) Коэффициент вариации (CV), % Форма FRT-96 1x10® 40 5,96 0,09 1,44 1x10® 40 4,97 0,05 0,98 1x10“ 40 4,11 0,07 1,61 Форма FRT- 288 F 1x10® 40 6,04 0,17 2,89 1x10® 40 4,99 0,03 0,59 1x10“ 40 4,15 009 2,12 СТр. 7 ИЗ 33 --- стр. 8 --- Правильность Правильность была определена путем тестирования стандартного образца предприятия, содержащего ДНК М. genitalium в концентрации 1x10® ГЭ/мл (см. табл. 6). Таблица 6 Правильность Форма комплектации Количество повторов Ожидаемое значение концентрации, |д Среднее значение измерения концентрации, 1д Систематическая погрешность (В), % Форма FRT-96 40 5,00 4,97 -0,60 Форма FRT-288 F 40 5,00 4,99 -0,20 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Диагностические чувствительность и специфичность Для оценки диагностических чувствительности и специфичности качественного определения набора реагентов были использованы образцы, полученные от пациентов, направленных на обследование с подозрением на урогенитальные заболевания, вызванные М. genitalium, и проходящих плановое обследование (см. табл. 7). Таблица 7 Вид исследуемого материала Количество образцов Соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскобы эпителия со слизистой оболочки уретры) 200 Моча (первая порция) 200 Секрет предстательной железы 40 В качестве референтного метода использовался набор реагентов для определения ДНК Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium и Trichomonas vaginalis методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) для диагностики in vitro «АмплиПрайм® NCMT» (РУ № РЗН 2015/3168). Результаты представлены в табл. 8. стр. 8 из 33 --- стр. 9 --- Таблица 8 Диагностические характеристики набора реагентов Amp iSens® MG 1 Вид исследуемого-материала ДШгностичёская чувствительность : (с доверительной верОятностыоЮг^ %\ f Диагностическая специфичность (с доверительной i Соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскобы эпителия со слизистой оболочки уретры) 100 (96,4-100)% 100 (96,4-100)% Моча (первая порция) 100 (96,4-100)% 100 (96,4-100)% Секрет предстательной железы 100 (83,2- 100)% 100 (83,2-100)%1 Оценка погрешности количественного определения в образцах биологического материала Для оценки погрешности количественного определения набора реагентов были исследованы образцы биологического материала, содержащие ДНК М. genitalium (см. табл. 9): Таблица 9 Вид исследуемого материала Количество образцов Соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскобы эпителия со слизистой оболочки уретры), содержащие ДНК М. qenitalium в концентрации от 2,12x10^ до 8,00x10® ГЭ/мл 83 Моча (первая порция), содержащая ДНК М. genitalium в концентрации от 4,19x103 до 7,49x10® ГЭ/мл 83 Секрет предстательной железы, содержащий ДНК М. genitalium в концентрации от 3,61x10® до 5,88x10® ГЭ/мл 19 Корреляция значений концентраций ДНК М. genitalium (в 1д ГЭ/мл), полученных при исследовании образцов с использованием набора реагентов AmpliSens® MG и референтного набора реагентов «АмплиПрайм® NCMT» (РУ № РЗН 2015/3168), представлена на рисунках А-В. стр. 9 из 33 --- стр. 10 --- Рисунок А Соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта 7.50 7.00 6.50 6.00 5.50 5.00 4.50 4.00 3.50 3.00 2.50 2,50 3,00 3,50 4,00 4,50 5,00 5,50 6,00 6,50 7,00 7,50 Моча (первая порция) Рисунок Б 7,50 2,50 2,50 3,00 3,50 4,00 4,50 5,00 5,50 6,00 6,50 7,00 7,50 СТр. 10 ИЗ 33 --- стр. 30 --- СРОК годности. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и ХРАНЕНИЯ Срок годности. 15 мес. Набор реагентов с истекшим сроком годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых реагентов соответствует сроку годности, указанному на этикетках для невскрытых реагентов, если в инструкции не указано иное. Транспортирование. Набор реагентов транспортировать в соответствии с температурой хранения. Допускается транспортирование при температуре от 2 до 8 °С не более 5 сут. в термоконтейнерах, содержащих хладоэлементы, всеми видами крытых транспортных средств. Хранение. Форма FRT-96. Хранить в холодильной камере при температуре от 2 до 8 °С. Mix-MG хранить в защищенном от света месте. Форма FRT-96F и Форма FRT-288F. Хранить в морозильной камере при температуре от минус 24 до минус 16 “С. Mix-MG хранить в защищенном от света месте. Холодильные и морозильные камеры должны обеспечивать регламентированный температурный режим. стр. 30 из 33 --- стр. 31 --- г а р а н т и й н ы е о б я з а т е л ь с т в а и з г о т о в и т е л я Изготовитель гарантирует соответствие основных параметров и характеристик набора реагентов требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Медицинское изделие техническому обслуживанию и ремонту не подлежит. Рекламации на качество набора реагентов направлять по адресу: 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, дом ЗА, либо по e-mail: obtk@pcr.ru. Отзывы и предложения о продукции AmpliSens® вы можете оставить, заполнив анкету потребителя на сайте: www.amplisens.ru. При выявлении побочных действий, не указанных в инструкции по применению набора реагентов, нежелательных реакций при его использовании, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при применении набора реагентов, рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим за кон одател ьство м. Директор ГБУЗ МО МОНИКИ им. М.Ф. Владимирского К.Э. Соболев стр. 31 ИЗ 33 --- стр. 32 --- БИБЛИОГРАФИЯ 1. Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R: Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology (N Y) 1993, 11 (9): 1026-1030. стр. 32 из 33