Набор реагентов для определения ДНК T. vaginalis методом ПЦР AmpliSens® TV — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 16 --- «УТВЕРЖДАЮ» Директор Федерального бюджетного учреждения науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей благополучия В.Г. Акимкин 2021 г . ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ набора реагентов для определения ДНК Т. vaginalis методом ПЦР AmpliSens® TV AmpliSens ш Л ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Российская Федерация, 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА г. Москва, ул. Новогиреевская, д. ЗА стр. 6 тел. (495) 974 9642, e-mail: amplisens@pcr.ru IVD --- стр. 17 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК СОКРАЩ ЕНИЙ..............................................................................................................................3 НАЗНАЧЕНИЕ......................................................................................................................................................3 ПРИНЦИП МЕТОДА.........................................................................................................................................4 ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ...........................................................................................................................5 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ.................................................................................................6 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ..........................................................................................8 МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ..............................................................................................................11 СВЕДЕНИЯ ОБ УТИЛИЗАЦИИ.................................................................................................................12 ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ .........................................................12 ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА.. 15 ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАКЦИИ ДНК ...............................18 ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА И ОГРАНИЧЕНИЯ ПО ИСПОЛЬЗОВАНИЮ ПРОБ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА..............................................................................................................19 ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР-ИССЛЕДОВАНИЯ..............................................................................................20 ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ИЗ ИССЛЕДУЕМЫХ ОБРАЗЦОВ.................................................................20 ФОРМА FRT-96.................................................................................................................................................22 СОСТАВ........................................................................................................................................................22 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» .............22 A. Подготовка проб для амплификации................................................................................22 Б. Запуск амплификации................................................................................................................23 B. Анализ и интерпретация результатов....................................................................................24 ФОРМА FRT-96F и FRT-288F...................................................................................................................26 СОСТАВ.........................................................................................................................................................26 АМПЛИФИКАЦИЯ С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ «РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ» .............26 A. Подготовка проб для амплификации................................................................................26 Б. Залуск амплификации...............................................................................................................27 B. Анализ и интерпретация результатов...............................................................................28 СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ..........................30 ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ .................. 31 БИБЛИОГРАФИЯ............................................................................................................................................32 СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ ..................................................33 --- стр. 18 --- с п и с о к СОКРАЩЕНИЙ В настоящей инструкции применяются следующие вко - экзогенный внутренний контрольный образец гэ - геномные эквиваленты ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота ОК - отрицательный контроль ПК - положительный контроль по - программное обеспечение ПЦР - полимеразная цепная реакция РУ - регистрационное удостоверение удг - урацил-ДНК-гликозилаза ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора - Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека а - cycle threshold (пороговый цикл) FRT - флуоресцентная детекция в режиме «реального времени» TV - Trichomonas vaginalis НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов AmpliSens® TV предназначен для качественного и количественного определения ДНК Trichomonas vaginalis в биологическом материале (соскобный материал или отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскоб эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскоб эпителия со слизистой оболочки уретры); моча (первая порция); секрет предстательной железы) методом ПЦР с гибридизационно- флуоресцентной детекцией продуктов амплификации. Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК, экстрагированные из исследуемого материала. Показания и противопоказания к применению набора реагентов ВНИМАНИЕ! Установление диагноза и назначение лечения должны производиться врачом соответствующей специализации. Набор реагентов используется в клинической лабораторной диагностике для исследования биологического материала, полученного от лиц с подозрением на наличие инфекций, передаваемых половым путем, вне зависимости от формы и наличия манифестации заболевания. --- стр. 19 --- ф Противопоказания отсутствуют, за исключением случаев, когда взятие материала не может быть осуществлено по медицинским показаниям. Потенциальные пользователи медицинского изделия К работе с набором реагентов допускаются только медицинские работники, обученные методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории в установленном порядке (СанПиН 3.3686-21 «Санитарно-эпидемиологические требования по профилактике инфекционных болезней»). ПРИНЦИП МЕТОДА Принцип тестирования основывается на экстракции ДНК из образцов исследуемого материала совместно с экзогенным внутренним контрольным образцом (ВКО) и одновременной амплификации участков ДНК выявляемого микроорганизма и ДНК ВКО с гибридизационно-флуоресцентной детекцией. ВКО позволяет контролировать все этапы ПЦР-исследования для каждого образца и оценивать влияние ингибиторов на результаты ПЦР-исследования. Амплификация участка ДНК проводится при помощи специфичных к этому участку праймеров и фермента Taq- полимеразы. В составе реакционной смеси присутствуют флуоресцентно-меченые олигонуклеотиды, комплементарные участкам амплифицируемых ДНК-мишеней, что позволяет регистрировать накопление специфического продукта амплификации путем измерения интенсивности флуоресцентного сигнала с помощью амплификатора с системой детекции в режиме «реального времени». Количественное определение ДНК выявляемого микроорганизма основывается на существовании линейной зависимости между логарифмом исходной концентрации ДНК- мишени в исследуемом образце и циклом начала экспоненциального увеличения флуоресцентного сигнала [1]. Для проведения количественного теста ПЦР-исследование анализируемых образцов проводят одновременно с образцом с известной концентрацией ДНК-мишени — положительным контролем, который аттестован по методике Изготовителя. По результатам амплификации положительного контроля --- стр. 20 --- проводится расчет концентрации ДНК-мишени в исследуемых образцах в виде количества геномных эквивалентов микроорганизма в 1 мл биологического образца (ГЭ/мл). Один геномный эквивалент (геном) соответствует одному микроорганизму. Набор реагентов содержит систему защиты от контаминации ампликонами за счет применения фермента урацил-ДНК- гликозилазы (УДГ) и дезоксиуридинтрифосфата. На этапе амплификации одновременно в одной пробирке проводится амплификация двух ДНК-мишеней. Результаты амплификации регистрируются по каналам флуоресцентной детекции, указанным в табл. 1. Таблица 1 Канал для флуорофора FAM Су5 ДНК-мишень ДНК г. vaginalis ДНК вко Область амплификации ДНК-повторы для ПЦР- идентификации искусственная нуклеотидная лоследовательность ФОРМЫ КОМПЛЕКТАЦИИ Таблица 2 Характеристика Форма FRT-96 Форма FRT-96F Форма FRT-288F Число реакций амплификации, включая контроли 96 96 288 Реагент Mix-TV в стрипованных пробирках на одну реакцию под прослойкой воска да нет нет Тип амплификатора планшетный роторный и планшетный роторный и планшетный Совместимость с автоматическими станциями для приготовления и дозирования реакционных смесей нет да да Формы FRT-96, FRT-96F, FRT-288F предназначены для проведения ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК. --- стр. 21 --- АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Характеристики были определены при комплектов для экстракции ДНК АМ» (РУ № ФСР 2007/00183) и «АмплиСенс® УРО» (РУ № РЗН 2016/3920). Диапазон измерения и предел обнаружения использовании «ДНК-сорб- МАГНО-сорб- Таблица 3 Микроорганизм Предел обнаружения, ГЭ/мл Диапазон измерения, ГЭ/мл Г. vaginalis 0,75 3 - 1,5x10^ Примечание - Концентрация указана в 1 мл мочи или секрета предстательной железы или в пересчете на 1 мл транспортной среды, содержащей мазок/соскоб. Аналитические характеристики определялись в копиях/мл с последующим пересчетом в ГЭ/мл (геномные эквиваленты в 1 мл). Коэффициент пересчета концентрации из копий/мл в ГЭ/мл для ДНК Т. vaginalis составляет 660 [2, 3]. Данные значения характеристик достигаются при соблюдении правил, указанных в разделах «Взятие, транспортирование и хранение исследуемого материала» и «Подготовка исследуемого материала к экстракции ДНК». Аналитическая специфичность Набор реагентов обнаруживает участки ДНК Trichomonas vaginalis (клинический образец, видовая принадлежность определена с помощью метода прямого секвенирования). Аналитическая специфичность набора реагентов доказана при исследовании ДНК следующих микроорганизмов, а также геномной ДНК человека; - Штаммы из коллекции АТСС (American Туре Culture Collection, США): Enterococcus faecium (АТСС® 35667™), Neisseria gonorrhoeae (АТСС® 49926™), Gardnerella vaginalis (АТСС® 14018™), Escherichia coli (ATCC® 25922™), Candida albicans (ATCC® 14053™) в концентрации не менее 1x10® и не более 1x10® ГЭ/мл; - Клинические образцы (видовая принадлежность возбудителей определена с помощью метода прямого секвенирования); Treponema pallidum, Toxoplasma gondii, Chlamydia trachomatis. Mycoplasma genitalium. Herpes simplex virus type 1, Herpes simplex virus type 2, Mycoplasma hominis. --- стр. 22 --- Lactobacillus easel, Neisseria flava, Neisseria subfiava, Neisseria sicca, Human papilloma virus 16, Cytomegalovirus, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum в концентрации не менее 1x10® и не более 1x10® ГЭ/мл; - ДНК человека в концентрации 1 мкг/мл. При тестировании образцов ДНК вышеперечисленных микроорганизмов и ДНК человека неспецифических реакций выявлено не было. Информация об интерферирующих веществах указана в разделе «Интерферирующие вещества и ограничения по использованию проб исследуемого материала». Повторяемость, воспроизводимость Повторяемость и воспроизводимость были определены путем тестирования образцов отделяемого слизистых оболочек урогенитального тракта, в которых предварительно не было выявлено ДНК определяемого микроорганизма, а затем был добавлен стандартный образец предприятия, содержащий ДНК T.vaginalis в конечной концентрации 20, 200, 2x10® ГЭ/мл (см. табл. 4, 5). Условия повторяемости включали в себя тестирование в одной и той же лаборатории, одним и тем же оператором, с использованием одного и того же оборудования в пределах короткого промежутка времени. Условия воспроизводимости - тестирование в двух независимых лабораториях, разными операторами, в разные дни, на разных приборах, разных серий набора реагентов. Таблица 4 Форма комплектации Ожидаемое значение концентрации, ГЭ/мл Количество повторов Среднее значение измерения концентрации, 1 д Стандартное отклонение (SD) Коэффициент вариации (CV), % Форма FRT-96 2x103 10 3,18 0,02 0,60 200 10 2,18 0,01 0,40 20 10 1,29 0,06 4,30 Форма FRT-288 F 2x103 10 3,17 0,02 0,53 200 10 2,19 0,03 1,14 20 10 1,30 0,05 3,64 --- стр. 23 --- Воспроизводимость Таблица 5 Форма комплектации Ожидаемое значение концентрации, ГЭ/мл Количество повторов Среднее значение измерения концентрации, 1 д Стандартное отклонение (SD) Коэффициент вариации (CV), % Форма FRT-96 2x103 40 3,17 0,08 2,42 200 40 2,19 0,10 4,38 20 40 1,29 0,07 5,15 Форма FRT-288 F 2x103 40 3,18 0,07 2,10 200 40 2,20 0,05 2,46 20 40 1,33 0,07 5,26 Правильность Правильность была стандартного образца определена предприятия путем тестирования содержащего ДНК Т. vaginalis в концентрации 200 ГЭ/мл (см. табл. 6). Таблица 6 Ф орм а комплектации Количество повторов Ожидаемое значение концентрации, ip Среднее значение измерения концентрации, 1д Систем атическая погреш ность (В), % Форма FRT-96 40 2,30 2,19 -4,78 Форма FRT-288 F 40 2,30 2,20 -4,35 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Диагностические чувствительность и специфичность Для оценки диагностических чувствительности и специфичности качественного определения набора реагентов были ислользованы образцы, полученные от пациентов, обратившихся к врачу с симптомами урогенитальной инфекции и проходящих плановое обследование (см. табл. 7). В и д и с с л е д у е м о го м а те р и а л а К о л и ч е с тв о о б р а з ц о в (А) соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскобы эпителия со слизистой оболочки уретры) 88 (Б) моча (первая порция) 80 (В) секрет предстательной железы 20 Всего 188 --- стр. 24 --- в качестве референтного метода использовался набор реагентов «АмплиСенс® Trichomonas vaginalis-FL» (РУ № ФСР 2009/06556). Результаты представлены в табл. 8. Таблица 8 Диагностические характеристики набора реагентов AmpliSens® TV Вид исследуемого материала Диагностическая чувствительность(с доверительной вероятностью 95 % ) Диагностическая специфичность (с доверительной вероятностью 95 %) Соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта 100 (95,2-100)% 88,89 (88,8 - 88,98)% Моча (первая порция) 100 (9 2 ,4 - 100)% 95,24 (85,1 -99,2)% Секрет предстательной железы 100 (86,1 -100)% 100 (86,1 - 100)% Оценка погрешности количественного определения в образцах биологического материала Для оценки погрешности количественного определения набора реагентов были использованы образцы биологического материала (см. табл. 9), в которых предварительно не было выявлено ДНК определяемого микроорганизма. В образцы биологического материала был добавлен стандартный образец предприятия, содержащий ДНК выявляемого возбудителя до конечных концентраций 10, 150 и 4,5x10"^ ГЭ/мл: Таблица 9 Вид исследуемого материала Количество образцов (А) соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта (отделяемое слизистой оболочки влагалища, соскобы эпителия со слизистой оболочки цервикального канала и соскобы эпителия со слизистой оболочки уретры) 60 (Б) моча (первая порция) 60 (В) секрет предстательной железы 60 Всего 180 Корреляция ожидаемых значений концентраций и измеренных экспериментально в каждом виде биоматериала, представлена на рисунках А-В. --- стр. 25 --- Рисунок А Соскобный материал и отделяемое слизистых оболочек урогенитального тракта 5.5 5 4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0,5 Моча (первая порция) 5.5 5 4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0,5 Секрет предстательной железы 5.5 5 4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0,5 Рисунок Б Рисунок в --- стр. 45 --- СРОК го д н о с ти . УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и ХРАНЕНИЯ Срок годности. 15 мес. Набор реагентов с истекшим сроком годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых реагентов соответствует сроку годности, указанному на этикетках для невскрытых реагентов, если в инструкции не указано иное. Транспортирование. Набор реагентов транспортировать в соответствии с температурой хранения. Допускается транспортирование при температуре от 2 до 8 °С не более 5 сут в термоконтейнерах, содержащих хладоэлементы, всеми видами крытых транспортных средств. Хранение. Форма FRT-96. Хранить в холодильной камере при температуре от 2 до 8 °С. Mix-TV хранить в защищенном от света месте. Форма FRT-96F и Форма FRT-288F. Хранить в морозильной камере при температуре от минус 24 до минус 16 °С. Mix-TV хранить в защищенном от света месте. Холодильные и морозильные камеры должны обеспечивать регламентированный температурный режим. --- стр. 46 --- г а р а н т и й н ы е о б я з а т е л ь с т в а и з г о т о в и т е л я Изготовитель гарантирует соответствие основных параметров и характеристик набора реагентов требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Медицинское изделие техническому обслуживанию и ремонту не подлежит. Рекламации на качество набора реагентов направлять по адресу: 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, дом ЗА, либо по e-mail: obtk@pcr.ru. Отзывы и предложения о продукции AmpliSens® вы можете оставить, заполнив анкету потребителя на сайте: www.amplisens.ru. При выявлении побочных действий, не указанных в инструкции по применению набора реагентов, нежелательных реакций при его использовании, фактов и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при применении набора реагентов, рекомендуется направить сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодательством. Ч> Директор ГБУЗ МО МОНИКИ им. М.Ф. Владимирского К.Э. Соболев --- стр. 47 --- БИБЛИОГРАФИЯ 1. Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, Watson R: Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. Biotechnology (N Y) 1993, 11(9):1026-1030. 2. Kengne PI, Veas F, Vidal N, Rey JL, Cuny G.: Trichomonas vaginalis: repeated DNA target for highly sensitive and specific polymerase chain reaction diagnosis. Cell Mol Biol (Noisy-le- grand) 1994,40(6): 819-31. 3. Carlton J.M. et al.: Draft genome sequence of the sexually transmitted pathogen Trichomonas vaginalis. Science 2007, 315(5809):207-12. t i