Набор реагентов "ОнкоФокус" для высокопроизводительного секвенирования следующего поколения (NGS) генов, ассоциированных с возникновением опухолей человека, на системе "F-Genetics" по ТУ 21.20.23-003-03569019-2019 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 2 ---
(fjgenetics
First complex decisions IVD
Набор реагентов «ОнкоФокус»
для высокопроизводительного секвенирования
следующего поколения (NGS) генов,
ассоциированных с возникновением опухолей
человека, на системе «F-Genetics»
ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ
м 1
АО "Ферст Генетике", 121205, Россия, г. Москва,
территория инновационного центра "Сколково",
Большой бульвар, дом 42, строение 1,
помещение 619
тел. (499) 673-02-88, e-mail: info@f-genetics.com
--- стр. 3 ---
ОГЛАВЛЕНИЕ
1.ОПИСАНИЕ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ ....................................................................4
1.1. НАИМЕНОВАНИЕ И СОСТАВ.....................................................................................4
1.2. НАЗНАЧЕНИЕ...................................................................................................................7
1.3. ПОТЕНЦИАЛЬНЫЙ ПОТРЕБИТЕЛЬ..........................................................................7
1.4. ОПИСАНИЕ ЦЕЛЕВОГО АНАЛИТА...........................................................................8
1.5. УСЛОВИЯ ПРИМЕНЕНИЯ............................................................................................8
1.6. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ.............................................................................................8
1.7. ПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ...................................................................................8
1.8. ПРОТИВОПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ..............................................................8
1.9. ВОЗМОЖНЫЕ ПОБОЧНЫЕ ДЕЙСТВИЯ .................................................................8
1.10. РИСКИ ПРИМЕНЕНИЯ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ.......................................8
1.11. КЛИНИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ ИССЛЕДОВАНИЯ.............................................8
1.11.1. Обоснованность метода...........................................................................................8
1.11.2. Принцип метода........................................................................................................12
1.11.3. Клиническая значимость исследования...........................................................15
1.11.4. Функциональные характеристики набора ........................................................21
1.11.4.1. Типы выявляемых отклонений от референсной последовательности
21
1.11.4.2. Аналитические характеристики набора.....................................................22
1.11.4.2.1. Предел обнаружения и аналитическая чувствительность ..............22
1.11.4.2.2. Входное количество ткани и содержание опухоли в ткани .............23
1.11.4.2.3. Аналитическая специфичность ................................................................24
1.11.4.2.4. Повторяемость и воспроизводимость....................................................28
1.11.4.3. Процент позитивного согласия и процент негативного согласия
набора...................................................................................................................................29
1.11.4.4. Биоинформатические параметры набора ................................................31
1.11.4.4.1 Длина прочтения и количество прочтений на один образец ........31
1.11.4.4.2. Точность прочтения.....................................................................................31
1.11.4.4.3. Процент целевых прочтений.....................................................................31
1.11.4.4.4. Равномерность покрытия...........................................................................32
1.11.4.4.5. Средняя глубина покрытия ........................................................................32
1.11.4.4.6. Медиана абсолютных значений всех парных отклонений
(показатель MAPD, Median of the Absolute values of all Pairwise Differences) 32
2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА............................................................................................33
2.1. Варианты исполнения, состав и комплектность ..................................................33
3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА....................................................................................................44
3.1. Внутренний контроль качества .................................................................................44
3.1.1. Отрицательный и положительный контроли исследования ...................44
3.1.2. Мониторинг лаборатории на наличие контаминации................................45
3.2. Рекомендуемые контрольные материалы...........................................................45
4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ .........................................................45
5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ .........................................46
6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ ........................................50
7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ............................................................................................52
8. ПРОВЕДЕНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ....................................................................................53
8.1. Последовательное выделение РНК и ДНК............................................................54
8.2. Создание библиотек.....................................................................................................63
8.2.1. Ручное создание библиотек (набор реагентов «ОнкоФокус 64») ..............63
8.2.2. Автоматическое создание библиотек с помощью станции
пробоподготовки (для набора «ОнкоФокус 32 авто») ................................................80
8.3. Создание Запланированного запуска секвенатора ...........................................94
8.4. Запуск станции пробоподготовки для подготовки матрицы ............................99
8.5. Инициализация секвенатора...................................................................................116
Версия 25.02.2022 2
--- стр. 4 ---
8.6. Очистка станции пробоподготовки.........................................................................121
8.7. Анализ результатов секвенирования....................................................................126
ДОПОЛНЕНИЕ А Поиск и устранение неисправностей ............................................131
ДОПОЛНЕНИЕ Б Дополнительные процедуры .............................................................134
ДОПОЛНЕНИЕ В Создание аккаунта 1оп Reporter .......................................................136
9. УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА
137
10. МАРКИРОВКА....................................................................................................................139
11. УПАКОВКА..........................................................................................................................141
12. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ....................................................................................143
13. БИБЛИОГРАФИЯ...............................................................................................................144
14. ПЕРЕЧЕНЬ НАЦИОНАЛЬНЫХ НОРМАТИВНЫХ ДОКУМЕНТОВ/ СТАНДАРТОВ
145
15. УТИЛИЗАЦИЯ.................................................................................................................145
16. ТРЕБОВАНИЯ К ОХРАНЕ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ ПРИ ПРИМЕНЕНИИ
МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ...........................................................................................146
Версия 25.02.2022
--- стр. 5 ---
1.ОПИСАНИЕ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ
1.1. НАИМЕНОВАНИЕ И СОСТАВ
«Набор реагентов «ОнкоФокус» для высокопроизводительного
секвенирования следующего поколения (NGS) генов, ассоциированных с
возникновением опухолей человека, на системе «F-Genetics»» по ТУ 21.20.23-
003-03569019-2019, в составе:
I. Набор реагентов, в вариантах исполнения:
1. «ОнкоФокус 64», в составе:
1.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт», 3 шт.:
1.1.1 Лизирующий буфер - 1 флакон (16 мл);
1.1.2. Изолирующий реагент-1 флакон (19,2 мл);
1.1.3. Отмывочный концентрат 1 - 1 флакон (60 мл);
1.1.4. Отмывочный концентрат 2/3- 1 флакон (60 мл);
1.1.5. Протеаза - 1 пробирка (160 мкл);
1.1.6. Раствор для элюции -1 флакон (5 мл);
1.1.7. ДНКаза - 1 пробирка (160 мкл);
1.1.8. Буфер для ДНКаз, 10Х-1 пробирка (240 мкл);
1.1.9. Фильтрующие картриджи - 2 пакета (2х 20 шт.);
1.1.10. Собирающие пробирки - 2 пакета (2 х40 шт.);
1.1.11. РНКаза А - 1 пробирка (400 мкл).
1.2. Набор реагентов для обратной транскрипции:
1.2.1. Фермент для обратной транскрипции, 10Х- 1 пробирка (100 мкл);
1.2.2. Мастер-микс для обратной транскрипции, 5Х - 1 пробирка (200 мкл).
1.3. Набор «ОФ» для ручного создания библиотек, 4шт.:
1.3.1. Панель «ОФ» для создания ДНК-библиотек, 5Х - 1 пробирка (64 мкл);
1.3.2. Панель «ОФ» для создания РНК-библиотек, 5Х - 1 пробирка (64 мкл);
1.3.3. Набор для создания библиотек, 4 шт.:
1.3.3.1. Фермент для создания библиотек, 5Х-1 пробирка (40 мкл);
1.3.3.2. Фермент для частичного расщепления ампликонов- 1 пробирка (16 мкл);
1.3.3.3. Стоп-раствор - 1 пробирка (32 мкл);
1.3.3.4. ДНК-лигаза - 1 пробирка (16 мкл);
1.3.3.5. Набор для ПЦР-обогащения библиотек-1 пробирка (400 мкл);
1.3.3.6. Праймеры для амплификации библиотек - 1 пробирка (16 мкл);
1.3.3.7. Буферный раствор LowTE -1 флакон (6 мл).
1.4. Набор баркодов 1-16:
1.4.1. Адаптер для библиотек - 1 пробирка (320 мкл);
1.4.2. Баркод 1 -1 пробирка (20 мкл);
1.4.3. Баркод 2 - 1 пробирка (20 мкл);
1.4.4. Баркод 3 - 1 пробирка (20 мкл);
1.4.5. Баркод 4 - 1 пробирка (20 мкл);
1.4.6. Баркод 5 -1 пробирка (20 мкл);
1.4.7. Баркод 6 - 1 пробирка (20 мкл);
1.4.8. Баркод 7 -1 пробирка (20 мкл);
1.4.9. Баркод 8 -1 пробирка (20 мкл);
1.4.10. Баркод 9 - 1 пробирка (20 мкл);
1.4.11. Баркод 10-1 пробирка (20 мкл);
Версия 25.02.2022 4
--- стр. 15 ---
которые ковалентно связаны с поверхностью микросфер. Полистирольные
частицы через стрептавидин связываются с биотинилированными
олигонуклеотидами-ловушками, что приводит к образованию комплексов с низкой
плотностью. Смесь центрифугируют для отделения образовавшихся комплексов
(микросферы с ДНК, связанные с полистирольными частицами) от «пустых»
микросфер, не несущих ампликоны. Комплексы имеют более низкую плотность и
остаются в супернатанте, в то время как микросферы без ДНК образуют осадок.
Супернатант отделяют и обрабатывают щёлочью для разрушения комплексов.
Парамагнитные микросферы с ДНК отделяют от немагнитных полистирольных
частиц при помощи магнитной сепарации. Такой протокол позволяет провести
многократное обогащение микросфер, несущих одноцепочечные
амплифицированные фрагменты ДНК. Для получения готовой для
полупроводникового секвенирования матрицы, к микросферам с ДНК добавляют
олигонуклеотид-затравку и ДНК-полимеразу для секвенирования, которые
образуют комплекс с одноцепочечными фрагментами ДНК, закрепленными на
поверхности микросфер. Далее станция пробоподготовки автоматически наносит
исследуемые образцы на специализированный чип для полупроводникового
секвенирования. Данный процесс является полностью автоматизированным и
выполняется на станции пробоподготовки, входящей в состав системы
высокопроизводительного секвенирования «F-Genetics». Чип извлекают из
станции пробоподготовки и переносят в генетический секвенатор, входящий в
состав системы высокопроизводительного секвенирования «F-Genetics».
Полупроводниковое секвенирование основано на регистрации локального
изменения pH в микролунках на полупроводниковом микрочипе при
последовательном удлинении олигонуклеотидной затравки ДНК-полимеразой.
Микролунки, содержащие микрочастицы с амплифицированными на поверхности
фрагментами ДНК-библиотек, предназначенными для секвенирования,
поочередно промывают реагентами, содержащими
дезоксирибонуклеотидтрифосфаты (dNTP) одного вида, входящими в состав
картриджа для секвенирования. Если введенный dNTP является
комплементарным к нуклеотиду матрицы, он включается в растущую
комплементарную цепь. Это вызывает высвобождение ионов водорода и
срабатывание ионного датчика, который указывает, что реакция произошла. Если
в последовательности матричной цепи присутствует повтор одного нуклеотида,
несколько молекул dNTP будут присоединены в одном цикле. Это приводит к
увеличению количества образовавшихся ионов водорода и пропорционально
более высокому электрическому сигналу.
Секвенатор считывает сигнал из каждой лунки чипа и формирует пул DAT
файлов, содержащих информацию о разнице потенциалов в каждой отдельной
лунке во время каждой подачи нуклеотидов. Затем эти данные суммируются,
формируя данные по каждой лунке со всеми подачами нуклеотидов (flow). Затем
аналоговые значения переводятся в цифровые, формируя файл WELLS.
Последний передается с дискового пространства секвенатора на сервер,
управляемый программным обеспечением секвенатора. Здесь происходит
определение последовательности нуклеотидов и распознавание финальных
прочтений. ПО осуществляет тримминг (удаление последовательности
адаптеров, удаление З'-концов низкого качества) и фильтрацию прочтений низкого
Версия 25.02.2022 14
--- стр. 16 ---
качества для увеличения точности консенсусных последовательностей библиотек
(удаление коротких фрагментов, димеров адаптеров, прочтения, потерявшие
исходно заданный нуклеотидный ключ «нуклеотидный ключ» из 4-х нуклеотидов,
прочтения с низким качеством сигнала, поликлональные прочтения). Затем
осуществляется распределение прочтений по исходным библиотекам согласно
идентифицированным в ходе секвенирования молекулярным баркодам.
Полученные последовательности прочтений выравниваются на референсный
геном и формируется выходной файл BED. BED файл передается в программное
обеспечение «1оп Reporter» (доступ к ПО, установленному на сервере "Ion
Reporter", входящему в состав системы "F-Genetics", осуществляется по
локальной сети). Биоинформатический протокол обнаруживает и аннотирует
соматические варианты с низкой аллельной частотой (SNV, InDels, CNV) из
таргетных библиотек ДНК, а также слитные гены из таргетных РНК-библиотек
(fusion). Поиск вариантов состоит из двух этапов: сначала (с помощью алгоритма
FreeBayes) определяются позиции-кандидаты, нуклеотидная последовательность
которых отличается от референсной последовательности и для которых
аллельная частота превышает заданный порог. На втором этапе производится
оценка достоверности таких вариантов и их фильтрация по различным
параметрам (качество прочтения основания, покрытие, а также представленность
варианта на прямой и обратной цепи). Для изменения числа копий (CNV)
используются критерий: 5% доверительный интервал (5% С1) для числа копий
отличается от нормального не менее, чем в 2 раза. Транслокация детектируется
при выявлении химерных транскриптов, мутация (отклонение от референсной
последовательности) в горячих точках мутагенеза детектируется, если вариант
встречается в одном из генов в данной панели.
Определяются варианты, которые входят в заданный заранее список
вариантов транскрипта, CNV и горячих точек мутагенеза. При минимальном
покрытии 500х возможно определение инделей с аллельной частотой не менее
10%, и мутаций из списка горячих точек мутагенеза с аллельной частотой не
менее 5%.
Глубина покрытия составляет около 500х, что соответствует около 300 000
(для ДНК) и 50 000 (для РНК) уникальных прочтений на образец (или библиотеку).
Прочтения равномерно покрывают целевые области. Выявление SNV и InDels
происходит с помощью алгоритма Torrent Variant Caller, выявление CNV
выполняется с использованием алгоритма на основе скрытой марковской модели
Hidden Markov Model (НММ), выявление химерных транскриптов (fusion)
выполняется с использованием биоинформатического алгоритма для
обнаружения заданных и неизвестных мутаций химерных транскриптов с
участием генов на основе метода перекрывающихся экзонов «Ехоп tiling method».
1.11.3. Клиническая значимость исследования
Развитие геномных исследований в молекулярной онкологии позволяет не
только понять фундаментальные процессы канцерогенеза, но и принести пользу
практической медицине. Хотя еще рано говорить о полном понимании механизмов
злокачественной трансформации клетки, однако уже накоплено немало
информации, которая находит активное применение в клинической практике и
приводит к повышению эффективности лечения и снижению его стоимости, а
Версия 25.02.2022 15
--- стр. 17 ---
выявление маркеров прогноза открывает дополнительные возможности для
коррекции тактики лечения и улучшения показателей общей и безрецидивной
выживаемости пациентов.
Набор реагентов «ОнкоФокус» используется в прецизионной медицине в
качестве вспомогательного средства для диагностики опухолей человека для
формирования эффективной стратегии лечения пациентов со
злокачественными новообразованиями.
В таблице 3 приведены гены, указанные в назначении набора реагентов, и
виды рака, ассоциированные с отклонениями от референсной
последовательности в данных генах [13, 14].
Таблица 3
Ген
Вид отклонения от
референсной
п ос лед о вате л ьн ости
Вид рака, ассоциированный с
отклонениями от референсной
последовательности в данном гене
1 ABL1 Химерные транскрипты
Немелкоклеточный рак легкого
Рак молочной железы
Меланома
Колоректальный рак
Рак эндометрия
2 АКТ1 Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции
Рак щитовидной железы
Рак эндометрия
Рак молочной железы
Рак мочевого пузыря
3 АКТЗ Химерные транскрипты Рак молочной железы
Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции Немелкоклеточный рак легкого
4 ALK Вариации числа копий генов Рак молочной железы
Химерные транскрипты Немелкоклеточный рак легкого
5 AR
Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции
Рак простаты
Немелкоклеточный рак легкого
Колоректальный рак
Вариации числа копий генов Рак простаты
6 AXL Химерные транскрипты
Рак молочной железы
Меланома
Колоректальный рак
Рак эндометрия
Немелкоклеточный рак легкого
7 BRAF
Нуклеотидные
замены^нсерции/делеции
Колоректальный рак
Глиобластома
Рак печени
Меланома
Немелкоклеточный рак легкого
Рак яичников
Рак щитовидной железы
Вариации числа копий генов Рак молочной железы
Меланома
Химерные транскрипты Пилоидная астроцитома
Рак простаты
Версия 25.02.2022 16
--- стр. 21 ---
Ген
Вид отклонения от
референсной
последовательности
Вид рака, ассоциированный с
отклонениями от референсной
последовательности в данном гене
Немелкоклеточный рак легкого
Рак молочной железы
Рак яичников
Рак мочевого пузыря
40 МУС Вариации числа копий генов
Рак мочевого пузыря
Рак молочной железы
Колоректальный рак
Рак эндометрия
Рак печени
Меланома
Немелкоклеточный рак легкого
Рак яичников
Рак поджелудочной железы
Рак простаты
41 MYCN Вариации числа копий генов Глиобластома
42 NRAS Нуклеотидные
замены^нсерции/делеции
Колоректальный рак
Рак эндометрия
Рак головы и шеи
Рак печени
Меланома
Саркома мягких тканей
Рак щитовидной железы
43 NTRK1 Химерные транскрипты Немелкоклеточный рак легкого
Рак щитовидной железы
44 NTRK2 Химерные транскрипты
Немелкоклеточный рак легкого
Рак эндометрия
Колоректальный рак
Меланома
Рак простаты
45 NTRK3 Химерные транскрипты Рак молочной железы
46 PDGFRA
Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции GIST
Вариации числа копий генов Глиобластома
Химерные транскрипты Глиобластома
47 PIK3CA
Нуклеотидные
замены^нсерции/делеции
Рак мочевого пузыря
Рак молочной железы
Колоректальный рак
Рак эндометрия
Рак головы и шеи
Немелкоклеточный рак легкого
Рак яичников
Саркома мягких тканей
Вариации числа копий генов
Рак эндометрия
Глиобластома
Рак головы и шеи
Немелкоклеточный рак легкого
Рак яичников
48 PPARG Химерные транскрипты Рак щитовидной железы
Версия 25.02.2022 20
--- стр. 22 ---
Ген
Вид отклонения от
референсной
последовательности
Вид рака, ассоциированный с
отклонениями от референсной
последовательности в данном гене
49 RAF1
Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции
Немелкоклеточный рак легкого
Меланома
Химерные транскрипты Рак простаты
50 RET
Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции Рак щитовидной железы
Химерные транскрипты Немелкоклеточный рак легкого
Рак щитовидной железы
51 ROS1
Нуклеотидные
замены/инсерции/делеции Немелкоклеточный рак легкого
Химерные транскрипты Немелкоклеточный рак легкого
52 SMO Нуклеотидные
замены^нсерции/делеции
Немелкоклеточный рак легкого
Рак молочной железы
Колоректальный рак
Меланома
Рак эндометрия
Глиобластома
Использование набора реагентов «ОнкоФокус» позволяет своевременно
выявлять молекулярные мишени опухоли и назначать эффективное лечение, с
учетом выявленных маркеров прогноза агрессивности опухоли, эффективности
или резистентности опухоли к тем или иным препаратам. Кроме того,
использование набора позволяет осуществить дифференциальный диагноз
между опухолями различного происхождения, но схожими патоморфологическими
признаками, стадирование и дифференциацию между первичным очагом и
метастазами.
Результаты, полученные при использовании набора, следует рассматривать
и интерпретировать врачу-генетику или врачу-онкологу в сочетании с данными
анамнеза и других инструментальных и лабораторных исследований.
1.11.4. Функциональные характеристики набора
1.11.4.1. Типы выявляемых отклонений от референсной
последовательности
Набор реагентов позволяет выявлять:
• Нуклеотидные замены:
- простые (однонуклеодитные замены (SNV, single nucleotide variants));
- сложные (двух-, трехнуклеодитные замены (complex SNV));
• InDels (индели) (инсерции/делеции);
инсерции (вставка нуклеотидной последовательности, ins);
делеции (утрата нуклеотидной последовательности, del);
• Вариации числа копий генов (CNV, сору nucleotide variants)):
амплификация гена (увеличение числа копий генов, amp);
делеция гена (уменьшение числа копий генов, loss);
• Химерные транскрипты:
- продукты слияния генов (Fusion)
Версия 25.02.2022 21
--- стр. 23 ---
1.11.4.2.1. Предел обнаружения и аналитическая чувствительность
Определение предела обнаружения (минимального количества ДНК/РНК,
которое используется для анализа) и аналитической чувствительности проводили
путем тестирования стандартных образцов предприятия. Определяли
последовательность генов, указанных в паспорте стандартного образца
предприятия. Предел обнаружения определяли как минимальное количество
ДНК/РНК, при котором 100% образцов дают правильные вызовы оснований.
Аналитическую чувствительность набора «ОнкоФокус» определяли как процент
образцов, дающих правильные вызовы оснований при содержании ДНК/РНК в
образце в количестве 10 нг.
Значения характеристики, приведенные в таблице 4, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 4
1.11.4.2. Аналитические характеристики набора
Показатель
Значение
Аналитическая
чувствительность
(кол-во образцов,
дающих
правильные
вызовы
оснований/кол-во
образцов). %
Предел
обнаружение
(минимальное
количество ДНК,
которое
используется
для анализа), нг
Предел
обнаружение
(минимальное
количество РНК,
которое
используется
для анализа), нг
Секвенирование генов
ABL1, АКТ1, АКТЗ, ALK,
AR, AXL, BRAF, CDK4,
CDK6, CCND1, CTNNB1,
DDR2, EGFR, ERBB2,
ERBB3, ERBB4, ERG,
ESR1, ETV1, ETV4,
ETV5, FGFR1, FGFR2,
FGFR3, FGFR4, GNA11,
GNAQ, HRAS, IDH1,
IDH2, JAK1, JAK2, JAK3,
KIT, KRAS, МАР2К1,
МАР2К2, MET, MTOR,
MYC, MYCN, NRAS,
NTRK1, NTRK2, NTRK3,
PDGFRA, PIK3CA,
PPARG, RAF1, RET,
ROS1, SMO при
использовании
стандартного образца
предприятия «СОП WT-
Ж»
100 (48/48) 10 10
Секвенирование генов
ABL1, АКТ1, АКТЗ, ALK,
AR, AXL, BRAF, CDK4,
CDK6, CCND1, CTNNB1,
DDR2, EGFR, ERBB2,
ERBB3, ERBB4, ERG,
ESR1, ETV1, ETV4,
ETV5, FGFR1, FGFR2,
FGFR3, FGFR4, GNA11,
100 (48/48) 10 10
Версия 25.02.2022 22
--- стр. 24 ---
Показатель
Значение
Аналитическая
чувствительность
(кол-во образцов,
дающих
правильные
вызовы
осн ован и й/кол -во
образцов), %
Предел
обнаружение
(минимальное
количество ДНК,
которое
используется
для анализа), нг
Предел
обнаружение
(минимальное
количество РНК,
которое
используется
для анализа), нг
GNAQ, HRAS, IDH1,
ЮН2, JAK1, JAK2, JAK3,
KIT, KRAS, МАР2К1,
МАР2К2, MET, MTOR,
MYC, MYCN, NRAS,
NTRK1, NTRK2, NTRK3,
PDGFRA, PIK3CA,
PPARG, RAF1, RET,
ROS1, SMO при
использовании
стандартного образца
предприятия «СОП WT-
М»
Суммарная аналитическая
чувствительность: 100 (96/96)
1.11.4.2.2. Входное количество ткани и содержание опухоли в ткани
Определение входного количества ткани и содержание опухоли в ткани набора
«ОнкоФокус» проводили путем тестирования образцов ткани, содержащих
различное количество опухолевых клеток.
Значения характеристики, приведенные в таблице 5, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 5
Характеристика набора Значение
Входное количество
ткани
(размер срезов 3x6
мкм)
опухоли > 20% без
макродиссекции
-образцы с содержанием
опухолевых клеток от <10%
до 20% после
макродиссекции
Содержание опухоли в
ткани
опухоли > 20% без
макродиссекции
Секвенирование
выполнено успешно.
100% образцов дают
правильные вызовы
оснований.
опухоли 10-20% после
макродессекции
Необходимо, чтобы процент опухолевых клеток в образце составлял не
менее 20%, в случае если процент опухолевых клеток в образце составлял 10-
20%, то образцы тканей могут быть подвергнуты макродиссекции и обогащены
опухолевыми клетками.
Версия 25.02.2022 23
--- стр. 25 ---
1.11.4.2.3. Аналитическая специфичность
Аналитическую специфичность определяли как способность набора
секвенировать указанные в назначении гены, а не другие гомологичные гены и
микроорганизмы. Для определения аналитической специфичности набора
«ОнкоФокус» оценивали способность набора секвенировать гены, указанные в
назначении набора, при наличии патогенов, которые потенциально могут
присутствовать в образцах опухолей.
Значения характеристики приведены в таблице 6.
Таблица 6
Характеристика
набора Показатель Значение
Образец биоптата шейки
матки без злокачественного
новообразования с
HPV 16 типа (+) в
концентрации 4,22x10^
копий ДНК/мл
100 (8/8)дисплазией эпителиальной
ткани (HSIL) с
обнаруженными
микроорганизмами:
HSV 1 типа (+) в
концентрации 1,54x10"^
копий ДНК/мл
Образец биоптата шейки
матки без злокачественного
новообразования с
HPV 16 типа (+) в
концентрации 1,89x10^
копий ДНК/мл
дисплазией эпителиальной
ткани (HSIL) с
обнаруженными
микроорганизмами:
HSV 2 типа (+) в
концентрации 3,07x10^
копий ДНК/мл
100 (8/8)
Аналитическая
специфичность (кол-
во образцов, дающих
правильные вызовы
оснований при
наличии указанных
патогенов /кол-во
образцов), %
Образец биоптата шейки
матки без злокачественного
новообразования с
дисплазией эпителиальной
ткани (LSIL) с обнаруженными
микроорганизмами:
CMV (+) в концентрации
2,0x1 O '* копий ДНК/мл 100 (8/8)
Образец биоптата шейки
матки без злокачественного
новообразования без
дисплазии эпителиальной
ткани (NILM) с
обнаруженными
микроорганизмами:
HSV 2 типа (+) в
концентрации 2,19x10^
копий ДНК/мл
100 (8/8)
Образец биоптата шейки
матки с инвазивным раком
шейки матки с
обнаруженными
микроорганизмами:
HPV 16 типа (+) в
концентрации 3,25x10'*
копий ДНК/мл
100 (8/8)
Образец биоптата шейки HPV^6, 18 типа (-)
матки с инвазивным раком
шейки матки с выявленным HSV 1, 2 типа (-) 100 (8/8)
отсутствием
микроорганизмов: CMV (-)
Образец биоптата полипа Патоген КОЕ/мл
толстого кишечника без
злокачественного
новообразования у
Е.соН Lac(+) 108
Е.соН Lac(-) 0
пациентов с известным
составом микробиоты
толстого кишечника,
Е.соН Гем (+) 0 100 (8/8)
Enterococcus spp. 106
определенным
культуральным методом с
Enterococcus Гем
(+) spp. 0
Версия 25.02.2022 24
--- стр. 26 ---
Характеристика
набора Показатель Значение
обнаруженными
микроорганизмами:
Образец биоптата полипа
толстого кишечника с
колоректальным раком у
пациентов с определенным
составом известным составом
микробиоты толстого
кишечника, определенным
культуральным методом с
выявленными
микроорганизмами:
геномная ДНК человека в
концентрации 1 мкг/мл с
обнаруженными
микроорганизмами:
геномная ДНК человека в
концентрации 1 мкг/мл с
Proteus spp.
Klebsiella spp.
Citrobacter spp.
Enterobacter spp.
Hafnia spp.
Serratia spp.
Providencia spp.
Pseudomonas
spp.
Стафилококки
коагулозанегати
вные
S. aureus
Бифидобактерии
Лактобациллы
Клостридии
Патоген
Е.соН Lac(+)
Е.соН Lac(-)
Е.соН Гем (+)
Enterococcus spp.
Enterococcus Гем
(+) spp.
Proteus spp.
Klebsiella spp.
Citrobacter spp.
Enterobacter spp.
Hafnia spp.
Serratia spp.
Providencia spp.
Pseudomonas
spp.
Стафилококки
коагулозанегати
вные
S. aureus
Бифидобактерии
Лактобациллы
Клостридии
1Q3
1Q 5
1Q 8
10^
о
КОЕ/мл
10^
1Q8
1Q3
10^
1Q9
1Q8
о
HPV 16 типа (+) в
концентрации 1,37x10'^
копий ДНК/мл
HSV 1 типа (+) в
концентрации 2,65x108
копий ДНК/мл
HSV 1 типа (+) в
концентрации 2,88x10®
копий ДНК/мл________
100 (8/8)
100 ( 8/8)
100 (8/8)
Версия 25.02.2022 25
--- стр. 27 ---
Характеристика
набора Показатель Значение
обнаруженными
микроорганизмами:
CMV (+) в концентрации
4,69x1 O '* копий ДНК/мл
геномная ДНК человека в
концентрации 1 мкг/мл с
выявленным отсутствием
H P V ^ e , 18 типа (-)
HSV 1, 2 типа (-) 100 (8/8)
микроорганизмов: CMV{-)
Патоген КОЕ/мл
Е.соН Lac(+) 10^
Е.соН Lac(-) 0
Е.соН Гем (+) 0
Enterococcus spp. 106
Enterococcus Гем
(+) spp. 0
Proteus spp. 0
Klebsiella spp. 0
геномная ДНК человека в
концентрации 1 мкг/мл с
выявленными
Citrobacter spp. 0
Enterobacter spp. 104
100 (8/8)
Hafnia spp. 0
микроорганизмами:
Serratia spp. 0
Providencia spp. 0
Pseudomonas
spp. 0
Стафилококки
коагулозанегати
вные
0
S. aureus 104
Бифидобактерии 109
Лактобациллы 109
Клостридии 0
Суммарная аналитическая специфичность: 100 (96/96)
Для определения аналитической специфичности in silico набора
«ОнкоФокус» оценивали специфичность праймеров в панелях для создания ДНК-
и РНК-библиотек, входящих в состав набора реагентов «ОнкоФокус», к
бактериальным и вирусным микроорганизмам, которые потенциально могут
присутствовать в образцах опухолей.
Значения характеристики приведены в таблице 7.
Таблица 7
Микроорганизм
Аналитическая специфичность
(отсутствие несоответствий ^ 4
п.н./кол-во образцов), %
HPV16 типа 100
НР\/18 типа 100
HSV 1 типа 100
HSV 2 типа 100
CMV 100
Версия 25.02.2022 26
--- стр. 28 ---
Микроорганизм
Аналитическая специфичность
(отсутствие несоответствий < 4
п.н./кол-во образцов), %
Е.соН Lac(+) 100
Е.соИ Lac(-) 100
Е.соН Гем (+) 100
Enterococcus spp. 100
Enterococcus Гем (+) spp. 100
Proteus spp. 100
Klebsiella spp. 100
Citrobacter spp. 100
Enterobacter spp. 100
Hafnia spp. 100
Serratia spp. 100
Providencia spp. 100
Pseudomonas spp. 100
Стафилококки коагулозанегативные 100
S. aureus 100
Бифидобактерии 100
Лактобациллы 100
Клостридии 100
Оценена специфичность праймеров в панелях для создания ДНК- и РНК-
библиотек, входящих в состав набора реагентов «ОнкоФокус», путем анализа
перекрестной реактивности методом in silico. Праймеры, входящие в набор
реагентов, специфичны для намеченных целевых последовательностей.
Потенциально интерферирующими веществами могут быть формалин,
фиксирующий ткань, во время подготовки образца, протеаза, ксилол, этанол,
парафин, содержание гемоглобина в образце, содержание некротической ткани в
образце. Влияние интерферирующих веществ устраняется следующим образом;
- оптимальным для фиксации является 10%-ный раствор формалина,
забуференный при pH 6,8-7,0, время фиксации не более 24 часов. Не
рекомендуется использовать фиксирующие растворы с неустановленным pH.
Кислый формалин приводит к образованию в ткани формалинового пигмента,
вследствие взаимодействия с гемоглобином, что снижает качество образца;
- добавление протеазы в образец в концентрации 20 мг/мл не оказывает
интерферирующего влияния на результаты тестирования набора;
- более длительная инкубация ксилолом (до 15 мин) и значительный избыток
ксилола (до 200 мкл) на этапе депарафинизации могут оказывать влияние на
качество образца, однако не оказывают интерферирующего влияния на
результаты тестирования набора реагентов;
- остаток этанола (до 5% от общего объема реакционной смеси) в образцах в
процессе очистки библиотек может негативно повлиять на качество библиотеки и
секвенирование данных. При отмывке образца на магнитных частицах
необходимо убедиться, что пробирка высушена и не содержит остатков этанола;
- избыток парафина (до количества, эквивалентного размеру образца) не
оказывает интерферирующего влияния на результаты исследования, однако
может забивать картридж и снижать выход нуклеиновых кислот. Чтобы избежать
этого, не следует превышать количество срезов (в одной реакции может быть
Версия 25.02.2022 27
--- стр. 29 ---
использовано до четырех срезов толщиной 20 мкм, оптимальный размер образца
4x4 мм);
- наличие гемоглобина в образце в концентрации 4 мг/мл не оказывает
интерферирующего влияния на результаты тестирования набора;
- допустимое содержание некротической ткани в образце не должно превышать
60%.
1.11.4.2.4. Повторяемость и воспроизводимость
Повторяемость результата набора «ОнкоФокус» оценивали путем
тестирования разведений стандартных образцов предприятия одним оператором,
на одном приборе в один день. Воспроизводимость результата набора
«ОнкоФокус» оценивали путем тестирования разведений стандартных образцов
предприятия двумя операторами, на двух разных приборах, в разные дни.
Определяли последовательность генов, указанных в паспорте стандартного
образца предприятия.
Тестирование каждого разведения для оценки повторяемости проводилось в
96 повторах, для оценки воспроизводимости - в 192 повторах.
Значения характеристик, приведенные в таблицах 8 и 9, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 8
Повторяемость
Обозначе
ние СОП
Всего
количест
во
повторов
/система
«F-
Genetics
Плюс»
Позитивн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetics
Плюс»)
Негативн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetics
Плюс»)
Повторяе
мость, %
Всего
количест
во
повторов
/система
«F-
Genetic»
Позитивн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetic»)
Негативн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetic»)
Повторяе
мость, %
сопж-
10 ДНК 6 6 0 100 6 6 0 100
СОП ж-
15 ДНК 6 6 0 100 6 6 0 100
сопж-
10 РНК 6 6 0 100 6 6 0 100
сопж-
15 РНК 6 6 0 100 6 6 0 100
СОП м-
10 ДНК 6 6 0 100 6 6 0 100
СОП м-
15 ДНК 6 6 0 100 6 6 0 100
СОП м-
10 РНК 6 6 0 100 6 6 0 100
СОП м-
15 РНК 6 6 0 100 6 6 0 100
Версия 25.02.2022 28
--- стр. 30 ---
Таблица 9
Воспроизводимость
Обозначе
ние СОП
Всего
количест
во
повторов
/система
«F-
Genetics
Плюс»
Позитивн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetics
Плюс»)
Негативн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetics
Плюс»)
Воспроиз
водимост
ь, %
Всего
количест
во
повторов
/система
«F-
Genetic»
Позитивн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetic»)
Негативн
ое
согласие
(Система
«F-
Genetic»)
Воспроиз
водимост
ь, %
сопж-
10 ДНК 12 12 0 100 12 12 0 100
сопж-
15 ДНК 12 12 0 100 12 12 0 100
сопж-
10 РНК 12 12 0 100 12 12 0 100
сопж-
15 РНК 12 12 0 100 12 12 0 100
СОП м-
10 ДНК 12 12 0 100 12 12 0 100
СОП м-
15 ДНК 12 12 0 100 12 12 0 100
СОП м-
10 РНК 12 12 0 100 12 12 0 100
СОП м-
15 РНК 12 12 0 100 12 12 0 100
1.11.4.3. Процент позитивного согласия и процент негативного согласия
набора
Для определения характеристик процентов позитивного и негативного
согласия набора «ОнкоФокус» были использованы 176 образцов опухолей
человека, фиксированных в формалине, залитых в парафиновые блоки (FFPE), и
цитологических опухолевых препаратов.
В качестве референтного метода для выявления наличия или отсутствия
отклонений от референсной последовательности использовали метод
высокопроизводительного секвенирования с использованием генетического
секвенатора MiSeq (РУ № РЗН 2014/1568), метод секвенирования по Сэнгеру с
использованием на анализатора генетического Applied Biosystems 3500 Dx (РУ №
ФСЗ 2011/09862), метод сравнительной геномной гибридизации с использованием
системы анализа нуклеиновых кислот «Геноскан 3000» (РУ № ФСР 2010/08511),
метод флуоресцентной гибридизации in situ (FISH - fluorescence in situ
hybridization) c использованием ДНК-зондов для диагностики солидных опухолей.
В ходе испытаний использовали зонды производства Kreatech Biotechnology B.V.
(РУ № ФСЗ 2012/13468). Оценку сигнала осуществляли с помощью микроскопа
Axio Imager Z2 (РУ № ФЗС 2009/04802) с помощью ПО Isis версии 2.0 (РУ № ФСЗ
2009/05560).
Результаты тестирования набора в сравнении с референтным методом
приведены в таблице 10.
Версия 25.02.2022 29
--- стр. 31 ---
Таблица 10
Результаты тестирования образцов биологического материала с помощью
набора «ОнкоФокус»
Всего
исследовано
образцов
Результаты испытаний
176
с истинно положительными результатами 128
с истинно отрицательными результатами 48
имеющие ложнололожительный
результат 0
имеющие ложноотрицательный
результат 0
Значения процента позитивного согласия и процента негативного согласия
набора «ОнкоФокус» с доверительной вероятностью 95 %, рассчитанные, исходя
из полученных данных, приведены в таблицах 11-12.
Таблица 11
Характеристики процентов позитивного и негативного согласия
Сокращения, представленные в таблице:
ИП - истинно положительные ИО - истинно отрицательные
ЛП - ложно положительные ЛО - ложно отрицательные
Результаты тестирования
Отклонения от
референсной
последовательности
ИП ЛП ИО ЛО Всего
Процент
позитивного
согласия (с
доверительной
вероятностью 95
%). %
Нуклеотидная замена (SNV) 79 0 0 0 79 100,0 (96,3-100%)
Инсерции/делеции (InDels) 5 0 0 0 5 100,0(54,9-100%)
Вариация числа копий генов
(CNV) 21 0 0 0 21 100,0 (86,7-100%)
Химерный транскрипт
(fusion) 23 0 0 0 23 100,0 (87,8-100%)
Всего выявленных
отклонений: 128 0 0 0 128 100,0(97,7-100%)
Таблица 12
Отсутствие отклонений
от референсной
последовательности
ИП ЛП ИО ЛО Всего
Процент
негативного
согласия (с
доверительной
вероятностью
95 %). %
Всего выявленных
отсутствий отклонений от
реф. последовательности
0 0 48 0 48 100,0
(93,9-100%)
Версия 25.02.2022 30
--- стр. 32 ---
1.11.4.4. Биоинформатические параметры набора
1.11.4.4.1 Длина прочтения и количество прочтений на один образец
Проверку длины прочтения и количества прочтений проводили с помощью
специализированных биоинформатических средств из «сырых» данных,
содержащихся в FastQ файле.
Показатель количества прочтений на один образец используется как
критерий качества прочтения каждого образца.
Значения характеристики, приведенные в таблице 13, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 13
Вариант исполнения
набора реагентов Длина прочтения Количество прочтений
на один образец
Набор реагентов
«ОнкоФокус 64»
>75 п.н. дляДНК
>60 п.н. для РНК
не менее 300 000 для
ДНК
не менее 50 000 для РНК
Набор реагентов
«ОнкоФокус 32 авто»
>75 п.н. для ДНК
>60 п.н. для РНК
не менее 300 000 для
ДНК
не менее 50 000 для РНК
1.11.4.4.2. Точность прочтения
Для оценки точности прочтения используется шкала Phred. В процессе
выравнивания прочтений на рефренсную последовательность любое
расхождение с референсной последовательностью (биологическое или
техническое, означающее реальный вариант или ошибку секвенирования)
указывается как несоответствие. В результате выравнивания на рефренсную
последовательность каждое прочтение оснований классифицируется как
корректное или некорректное. Точность прочтения оценивается в процессе
выравнивания прочтений на рефренсную последовательность.
Значения характеристики, приведенные в таблице 14, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 14
Показатель Значение
Точность прочтения не менее 98,5%
1.11.4.4.3. Процент целевых прочтений
Процент целевых почтений определяли как количество прочтений, которые
были картированы на целевые регионы. Процент целевых прочтений
рассчитывали как количество прочтений, картированных на целевую область,
деленное на общее количество прочтений, умноженное на 100%.
Значения характеристики, приведенные в таблице 15, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Версия 25.02.2022 31
--- стр. 33 ---
Таблица 15
Показатель Значение
Процент целевых прочтений не менее 90%
1.11.4.4.4. Равномерность покрытия
Равномерность покрытия определяли как процент нуклеотидов во всех
целевых регионах, которые покрыты не менее 20% от средней глубины покрытия
нуклеотидов. Суммарное значение покрытия линейно интерполируется между
ближайшими целочисленными значениями глубины прочтения нуклеотидов.
Значения характеристики, приведенные в таблице 16, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 16
Показатель Значение
Равномерность покрытия не менее 90%
1.11.4.4.5. Средняя глубина покрытия
Средняя глубина покрытия используется для контроля качества прочтения
образца и рассчитывается из данных количества прочтений на один образец,
средней длины фрагмента и количества ампликонов.
Значения характеристики, приведенные в таблице 17, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 17
Показатель Значение
Средняя глубина покрытия 500х
1.11.4.4.6. Медиана абсолютных значений всех парных отклонений
(показатель MAPD, Median of the Absolute values of all Pairwise Differences)
Для оценки качества образца используется показатель MAPD - медиана
абсолютных значений всех парных отклонений. Показатель MAPD используется
для оценки изменчивости выборки и определения полезны ли данные для
анализа. Образцы с показателем качества >0,5 бракуются. Величина показателя
MAPD приведена в таблице 18.
Таблица 18
Показатель Значение
Медиана абсолютных значений
всех парных отклонений
(показатель MAPD)
менее 0,5
Версия 25.02.2022 32
--- стр. 34 ---
2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА
2.1. Варианты исполнения, состав и комплектность
Набор выпускается в двух вариантах исполнения (варианты исполнения,
состав и комплектность поставки см. в таблицах 19, 20 и 21). Все варианты
исполнения предназначены для высокопроизводительного секвенирования (NGS)
следующего поколения (NGS) генов, ассоциированных с возникновением
опухолей человека. Варианты исполнения различаются по способу подготовки
библиотек - ручному («ОнкоФокус 64») или автоматическому («ОнкоФокус 32
авто»), по количеству чипов для секвенирования и, соответственно, по количеству
образцов, которые могут быть проанализированы с помощью одного набора.
Вариант исполнения «ОнкоФокус 64» предназначен для анализа 64 образцов, 16
образцов за 1 запуск, вариант исполнения «ОнкоФокус 32 авто» предназначен для
анализа 32 образцов, 16 образцов за 1 запуск.
Таблица 19
Варианты исполнения набора
Вариант
исполнения
Комплект реагентов/материалов/
картриджей/чипов
Кол-во,
шт.
1.1. Набор реагентов «РНЮДНК ОнкоЭкстракт» 3 шт.
1.2. Набор реагентов для обратной транскрипции 1 шт.
1.3. Набор «ОФ» для ручного создания библиотек 4 шт.
1.4. Набор баркодов 1-16 1 шт.
1.5. Набор для измерения концентрации библиотек 1 шт.
Вариант
исполнения
«ОнкоФокус
64»
1.6. Набор полупроводниковых чипов 520 (4 чипа в
упаковке) 2 шт.
1.7. Набор материалов «ОФ» для станции
пробой од готовки 4 шт.
1.8. Набор картриджей «ОФ» с растворами для
амплификации библиотек для станции пробоподготовки (4
картриджа в упаковке)
1 шт.
1.9. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции
пробоподготовки (4 картриджа в упаковке) 1 шт.
1.10. Набор растворов «ОФ» для секвенирования 1 шт.
1.11. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для
секвенирования (4 картриджа в упаковке) 1 шт.
2.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт» 2 шт.
2.2. Набор реагентов для обратной транскрипции 1 шт.
2.3. Набор «ОФ-авто» для автоматического создания
библиотек 1 шт.
2.4. Набор для измерения концентрации библиотек 1 шт.
Вариант
исполнения
«ОнкоФокус
32 авто»
2.5. Набор полупроводниковых чипов 520 (4 чипа в
упаковке) 1 шт.
2.6. Набор материалов «ОФ» для станции
пробоподготовки 4 шт.
2.7. Набор картриджей «ОФ» с растворами для
амплификации библиотек для станции пробоподготовки (4
картриджа в упаковке)
1 шт.
2.8. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции
пробоподготовки (4 картриджа в упаковке) 1 шт.
2.9. Набор растворов «ОФ» для секвенирования 1 шт.
2.10. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для
секвенирования (4 картриджа в упаковке) 1 шт.
Версия 25.02.2022 33
--- стр. 35 ---
Состав набора
Компонент набора Объем Кол-во
Таблица 20
Внешний вид изделия
1. «ОнкоФокус 64», в составе:
1.1. Набор реагентов
«РНК/ДНК
ОнкоЭкстракт», 3 шт.:
1.1.1.
Лизирующий
буфер
16 мл 1 флакон
Флакон с круглым дном из
полупрозрачного
бесцветного пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
1.1.2.
Изолирующий
реагент^
< !>
19,2 мл 1 флакон
Флакон с круглым дном из
непрозрачного коричневого
пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
1.1.3.
Отмывочный
концентрат 1 ^ 60 мл* 1 флакон
Флакон с квадратным дном
из прозрачного пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
1.1.4.
Отмывочный
концентрат 2/3
60 мл* 1 флакон
Флакон с круглым дном из
полупрозрачного
коричневого пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
1.1.5.
Протеаза^
4 >
160 мкл 1 пробирка
Пробирка коническая
объемом 1 мл с
закручивающейся зеленой
крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
1.1.6. Раствор
для элюции 5 мл 1 флакон
Флакон с круглым дном из
полупрозрачного
бесцветного пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
1.1.7. ДНКаза 160 мкл 1 пробирка
Пробирка коническая
объемом 1 мл с
закручивающейся синей
крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
1.1.8 Буфер
для ДНКаз,
10Х
240 мкл 1 пробирка
Пробирка коническая
объемом 1 мл с
закручивающейся
прозрачной крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
1.1.9.
Фильтрующие
картриджи
-
2x20
картридже
й
2 пакета полиэтиленовых с
застёжкой Zip-Lock, каждый
из которых содержит по 20
картриджей. Картридж
представляет собой трубку
из полупрозрачного
* Реагенты содержат опасные вещества. Информацию по опасным веществам и мерам
предосторожности при работе с реагентами см. в разделе инструкции «Меры предосторожности
и предупреждения».
Версия 25.02.2022 34
--- стр. 38 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
1.4.10. Баркод
9 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.4.11. Баркод
10 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.4.12. Баркод
11 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.4.13. Баркод
12 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.4.14. Баркод
13 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.4.15. Баркод
14 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода _____
1.4.16. Баркод
15 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.4.17. Баркод
16 20 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость. На крышку
нанесен номер баркода
1.5.1. Мастер-
микс для
кПЦР, 2Х
2x1,25
мкл 2 пробирки
1.5. Набор
измерения
концентрации
библиотек:
для
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
бесцветной крышкой с синим
верхом, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
1.5.2. Панель
для
измерения
концентрации
библиотек,
20Х
250 мкл 1 пробирка
1.5.3.
Контрольная
библиотека
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
бесцветной крышкой с
красным верхом,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость. ______
2x2,5
мкл 2 пробирки
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
бесцветной крышкой с
Версия 25.02.2022 37
--- стр. 39 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
для реакции
кПЦР
желтым верхом,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
1.6. Набор
полупроводниковых
чипов 520 (4 чипа в
упаковке), 2 шт.
Полупроводни
ковый чип 520 - 4 чипа
Чипы, запаянные в
индивидуальные
фольгированные упаковки
1.7. Набор материалов
«ОФ» для станции
пробоподготовки - 4
шт.:
1.7.1.
Планшет 96-
луночный
- 1 планшет
Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика
размером 12x8 см
1.7.2.
Профольгиро
ванная
крышка
- 1 крышка Крышка профольгированная
размером 13,3 х 9,3 см
1.7.3.
Наконечники
одноразовые
(96 шт. в
штативе)
- 1 штатив
Штатив с наконечниками (96
шт., в том числе 54
наконечника объемом 1000
мкл, 40 наконечников
объемом 200 мкл, 2
прокалывателя)
1.7.4.
Пробирки - 12
пробирок
Пробирки для разбивания
эмульсии объемом 2 мл
1.7.5. Крышка
для
центрифуг
- 2 штуки
Крышки для центрифуг
станции пробоподготовки
диаметром 12 см
1.7.6. Штатив
с пробирками
для модуля
обогащения
- 1 штатив В штативе 8 пробирок
объемом 1,5 мл
1.7.7. Адаптер
для чипа 2 адаптера Пластиковый адаптер
1.8. Набор картриджей
«ОФ» с растворами для
амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки (4
картриджа в упаковке)
Картридж
«ОФ» с
растворами
для
амплификаци
и библиотек
для станции
пробой од ГО ТО
вки
- 4
картриджа
Картридж содержит 24
профольгированные лунки,
из них 8 лунок объемом 5 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость
объемом 4 мл и 15 лунок
объемом 2 мл содержат
прозрачную бесцветную
жидкость объемом 1,5 мл, 1
лунка объемом 2 мл (третья
в первом ряду) содержит
прозрачную жидкость
объемом 1 мл с осадком
коричневого цвета
1.9. Набор картриджей
«ОФ» с реагентами для
станции
пробоподготовки (4
картриджа в упаковке)
Картридж
«ОФ» с
реагентами
для станции
пробоподгото
вки
- 4
картриджа
Картридж содержит 20
профольгированных лунок,
из них 4 лунки объемом 5 мл
пустые, 15 лунок объемом 2
мл содержат прозрачную
бесцветную жидкость, 1
лунка (первая во втором
ряду) содержат прозрачную
Версия 25.02.2022 38
--- стр. 40 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
розовую жидкость, а также и
4 лунки с вставленными
пробирками: позиция А:
пустая прозрачная пробирка
для образцов объемом 1,5
мл с закручивающейся
белой крышкой; позиция В:
пустая прозрачная пробирка
для образцов объемом 1,5
мл с закручивающейся
белой крышкой; позиция С:
прозрачная пробирка
объемом 1,5 мл с
закручивающейся красной
крышкой, содержащей 2М
NaOH; позиция D: пустая
прозрачная пробирка
объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой
крышкой.__________________
1.10. Набор растворов
«ОФ» для
секвенирования:
1.10.1.
Промывочный
раствор «ОФ»
1,5 л 4 бутыли
Бутыль из белого пластика,
запаянная в фольгу,
содержащая бесцветную
жидкость__________________
1.10.2.
Раствор для
очистки «ОФ»
250 мл 1 бутыль
Бутыль из прозрачного
пластика, содержащая
бесцветную жидкость_______
1.11. Набор картриджей
«ОФ» с реагентами для
секвенирования (4
картриджа в упаковке)
Картридж
«ОФ» с
реагентами
для
секвенирован
ИЯ
картриджа
Картридж содержит 5 лунок
фиолетового, черного,
синего, зеленого и красного
цветов, каждая из которых
сообщается с отдельной
емкостью с реагентами.
К набору реагентов прилагаются краткое руководство по применению набора и паспорт качества
2. «ОнкоФокус 32 авто», в составе:
2.1.1.
Лизирующий
буфер
16 мл 1 флакон
Флакон с круглым дном из
полупрозрачного
бесцветного пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
2.1.2.
Изолирующий
реагент^
❖
19,2 мл 1 флакон
Флакон с круглым дном из
непрозрачного коричневого
пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
2.1.3.
Отмывочный
концентрат 1^ 60 мл* 1 флакон
Флакон с квадратным дном
из прозрачного пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
2.1.4.
Отмывочный
концентрат 2/3
60 мл* 1 флакон
Флакон с круглым дном из
полупрозрачного
коричневого пластика, с
закручивающейся крышкой,
содержащий прозрачную
бесцветную жидкость
2.1.5.
Протеаза^ 160 мкл 1 пробирка Пробирка коническая
объемом 1 мл с
2.1. Набор реагентов
«РНК/ДНК
ОнкоЭкстракт», 2 шт.:
Версия 25.02.2022 39
--- стр. 42 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
РНК-
библиотек, 2Х
крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость._________________
2.3.3. Набор
картриджей
«ОФ-авто» с
растворами
для станции
пробоподгото
вки (4
картриджа в
упаковке). 2
шт.
картриджа
Картридж содержит 24
профольгированные лунки,
из них 8 лунок объемом 5 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость
объемом 4 мл и 15 лунок
объемом 2 мл содержат
прозрачную бесцветную
жидкость объемом 1,5 мл, 1
лунка объемом 2 мл (третья
в первом ряду) содержит
прозрачную жидкость
объемом 1 мл с осадком
коричневого цвета _________
2.3.4. Набор
картриджей
«ОФ-авто» с
реагентами
для станции
пробоподгото
вки (4
картриджа в
упаковке), 2
шт.
картриджа
Картридж содержит 20
профольгированных лунок,
из них 4 лунки объемом 5 мл
пустые, 15 лунок объемом 2
мл содержат прозрачную
бесцветную жидкость, 1
лунка (первая во втором
ряду) содержат прозрачную
розовую жидкость, а также и
4 лунки с вставленными
пробирками: позиции A-D:
пустые прозрачные
пробирки для образцов
объемом 1,5 мл с
закручивающимися белыми
крышками.________________
2.3.5. Набор материалов «ОФ-авто» для
набора в упаковке), 2 шт.:
станции пробоподготовки (4
2.З.5.1.
Наконечники
одноразовые
«ОФ-авто» (96
шт. в штативе)
2.3.5.2.
Профольгиро
ванная
крышка______
2.3.5.3.
Штатив с
пробирками
для модуля
обогащения
1 штатив
1 крышка
1 штатив
Штатив с наконечниками (96
шт., в том числе 54
наконечника объемом 1000
мкл, 40 наконечников
объемом 200 мкл, 2
прокалывателя) ____________
Крышка профольгированная
размером 13,3 х 9,3 см
В штативе 8 пробирок
объемом 1,5 мл
2.3.6. Набор баркодов «ОФ-авто» 1-32, 2 шт.
2.З.6.1.
Планшет «ОФ-
авто»,
содержащий
набор баркодов
1-8
2.3.6.2.
Планшет «ОФ-
авто»,
содержащий
набор баркодов
1 планшет
1 планшет
Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика
размером 12x8 см с красной
полосой. 8 лунок содержат
лиофилизированные
баркоды 1-8.
Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика
размером 12x8 см с желтой
полосой. 8 лунок содержат
лиофилизированные _______
Версия 25.02.2022 41
--- стр. 43 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
9-16 баркоды 9-16.
2.3.6.3.
Планшет «ОФ-
авто»,
содержащий
набор баркодов
17-24
- 1 планшет
Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика
размером 12x8 см с зеленой
полосой. 8 лунок содержат
лиофилизированные
баркоды 17-24.
2.3.6.4.
Планшет «ОФ-
авто»,
содержащий
набор баркодов
25-32
- 1 планшет
Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика
размером 12x8 см с синей
полосой. 8 лунок содержат
лиофилизированные
баркоды 25-32.
2.4. Набор для
измерения
концентрации
библиотек:
2.4.1. Мастер-
микс для
кПЦР, 2Х
2x1,25
мкл 2 пробирки
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
бесцветной крышкой с синим
верхом, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
2.4.2. Панель
для
измерения
концентрации
библиотек,
20Х
250 мкл 1 пробирка
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
бесцветной крышкой с
красным ^ верхом,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
2.4.3.
Контрольная
библиотека
для реакции
кПЦР
2x2,5
мкл 2 пробирки
Пробирка с юбкой объемом
1,5 мл с закручивающейся
бесцветной крышкой с
желтым верхом,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
2.5. Набор
полупроводниковых
чипов 520 (4 чипа в
упаковке)
Полупроводни
ковый чип 520 - 4 чипа
Чипы, запаянные в
индивидуальные
фольгированные упаковки
2.6. Набор материалов
«ОФ» для станции
пробоподготовки, 4 шт.:
2.6.1.
Планшет 96-
луночный
- 1 планшет
Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика
размером 12x8 см
2.6.2.
Профольгиро
ванная
крышка
- 1 крышка Крышка профольгированная
размером 13,3 х 9,3 см
2.6.3.
Наконечники
одноразовые
- 1 штатив
Штатив с наконечниками (96
шт., в том числе 54
наконечника объемом 1000
мкл, 40 наконечников
объемом 200 мкл, 2
прокалывателя)
2.6.4.
Пробирки - 12
пробирок
Пробирки для разбивания
эмульсии объемом 2 мл
2.6.5. Крышка
для
центрифуг
- 2 штуки
Крышки для центрифуг
станции пробоподготовки
диаметром 12 см
Версия 25.02.2022 42
--- стр. 44 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
2.6.6. Штатив
с пробирками
для модуля
обогащения
1 штатив В штативе 8
объемом 1,5 мл
пробирок
2.6.7. Адаптер
для чипа_____ 2 адаптера Пластиковый адаптер
2.7. Набор картриджей
«ОФ» с растворами для
амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки (4
картриджа в упаковке)
ффф
Картридж
«ОФ» с
растворами
для
амплификаци
и библиотек
для станции
пробоподгото
вки
картриджа
Картридж содержит 24
профольгированные лунки,
из них 8 лунок объемом 5 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость
объемом 4 мл и 15 лунок
объемом 2 мл содержат
прозрачную бесцветную
жидкость объемом 1,5 мл, 1
лунка объемом 2 мл (третья
в первом ряду) содержит
прозрачную жидкость
объемом 1 мл с осадком
коричневого цвета _________
2.8. Набор картриджей
«ОФ» с реагентами для
станции
пробоподготовки (4
картриджа в упаковке)
Картридж
«ОФ» с
реагентами
для станции
пробоподгото
вки
картриджа
Картридж содержит 20
профольгированных лунок,
из них 4 лунки объемом 5 мл
пустые, 15 лунок объемом 2
мл содержат прозрачную
бесцветную жидкость, 1
лунка (первая во втором
ряду) содержат прозрачную
розовую жидкость, а также и
4 лунки с вставленными
пробирками: позиция А:
пустая прозрачная пробирка
для образцов объемом 1,5
мл с закручивающейся
белой крышкой; позиция В:
пустая прозрачная пробирка
для образцов объемом 1,5
мл с закручивающейся
белой крышкой; позиция С:
прозрачная пробирка
объемом 1,5 мл с
закручивающейся красной
крышкой, содержащей 2М
NaOH; позиция D: пустая
прозрачная пробирка
объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой
крышкой.__________________
2.9. Набор растворов
«ОФ» для
секвенирования:
2.9.1.
Промывочный
раствор «ОФ»
1,5 л 4 бутыли
Бутыль из белого пластика,
запаянная в фольгу,
содержащая бесцветную
жидкость__________________
Версия 25.02.2022 43
--- стр. 45 ---
Компонент набора Объем Кол-во Внешний вид изделия
2.9.2. Раствор
для очистки
«ОФ»
250 мл 1 бутыль
Бутыль из прозрачного
пластика, содержащая
бесцветную жидкость
2.10. Набор картриджей
«ОФ» с реагентами для
секвенирования (4
картриджа в упаковке)
Картридж
«ОФ» с
реагентами
для
секвенирован
ИЯ
- 4
картриджа
Картридж содержит 5 лунок
фиолетового, черного,
синего, зеленого и красного
цветов, каждая из которых
сообщается с отдельной
емкостью с реагентами.
* Конечный объем
К набору реагентов прилагаются краткое руководство по применению набора и паспорт качества
Таблица 21
Комплектность набора
Компонент Формат Количество
Набор реагентов (вариант исполнения) - 1
Инструкция по применению набора
в электронном виде на официальном
сайте Производителя:
www.f-genetics.com
1
Краткое руководство по применению
набора в бумажном виде 1
Паспорт качества в бумажном виде 1
3. КОНТРОЛЬКАЧЕСТВА
3.1. Внутренний контроль качества
3.1.1. Отрицательный и положительный контроли исследования
Для оценки качества получаемых результатов каждая группа экстрагируемых
и амплифицируемых баркодированных образцов должна включать
отрицательные контрольные образцы. В качестве отрицательных контролей
используются:
1. вода ультрачистая (контроль контаминации лаборатории).
2. стандартный образец дикого типа по потенциально выявляемым мишеням
(при необходимости, контроль ложноположительных результатов
секвенирования).
Отрицательные контроли тестируются, начиная с этапа таргетной
амплификации как ДНК, так и РНК, и позволяют контролировать возможную
контаминацию другими образцами, ампликонами или геномной ДНК. В пробирках
с отрицательными контролями не должна происходить реакция амплификации
(т.е. не должна детектироваться ДНК и кДНК). ДНК и кДНК детектируют с
использованием ПЦР в реальном времени или с использованием анализатора
NanoDrop (согласно инструкции). В случае детекции ДНК или кДНК в пробирке с
отрицательным контролем (п. 1), результаты для всех пробирок с образцами в
постановке считаются недостоверными, образцы бракуются. В случае детекции
положительных событий в образце дикого типа на этапе секвенирования ДНК или
РНК-библиотек в образце дикого типа, результаты для всех образцов в постановке
считаются недостоверными, образцы бракуются.
В качестве положительного контроля используется оценка концентрации
нуклеиновых кислот на этапе экстракции нуклеиновых кислот, прохождение
реакции таргетной амплификации (оценка концентрации библиотек с помощью
Набора для измерения концентрации библиотек, входящего в состав набора
Версия 25.02.2022 44
--- стр. 46 ---
реагентов). В случае если ДНК или РНК-библиотеки не детектируются с помощью
заявленных методов оценки, это с высокой долей вероятности приведет к
отсутствию прочтений для данных образцов в ходе секвенирования и результаты
для таких образцов в постановке считаются недостоверными, образцы бракуются.
Также в качестве положительного контроля детекции отклонений от референсной
последовательности можно использовать стандартный образец с известными
подтвержденными отклонениями. Также положительным контролем могут
служить биоинформатические характеристики: количество прочтений в
анализируемом образце должно быть не менее 300 000 для ДНК и 50 000 для РНК,
показатель MAPD должен быть менее 0,5, равномерность покрытия и процент
целевых прочтений должны составлять не менее 90%.
3.1.2. Мониторинг лаборатории на наличие контаминации
Рекомендуется один раз в месяц проводить мониторинг лаборатории на
контаминацию продуктами амплификации, исследуемыми образцами. Оценка
наличия/отсутствия контаминации проводится путем исследования смывов с
различных объектов: пипеток, рабочих поверхностей лабораторной мебели,
оборудования и поверхностей помещений. Взятие и исследование смывов
следует проводить согласно процедуре, описанной в МУ 1.3.2569-09
«Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации
нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV
групп патогенности». При обнаружении контаминации необходимо провести
обработку лаборатории моющими и дезинфицирующими растворами согласно
указаниям, описанным в МУ 1.3.2569-09.
3.2. Рекомендуемые контрольные материалы
В качестве контрольных материалов для проверки заявленных
функциональных характеристик набора могут быть использованы
зарегистрированные на территории Российской Федерации панели контрольных
образцов, предназначенные для проведения внутреннего и внешнего контролей
качества лабораторных исследований по секвенированию последовательности
генов.
4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ
4.1. Набор применяется только для диагностики in vitro.
4.2. Набор предназначен для работы только с материалом, указанным в
разделе «Исследуемый материал». Исследование других видов биологического
материала может привести к получению недостоверных результатов.
4.3. Получение достоверных результатов обеспечивается выполнением
требований, предъявляемых к взятию, транспортированию и хранению образцов
исследуемого материала (см. раздел «Исследуемый материал»).
4.4. Применение набора возможно только персоналом, обученным методам
молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической
лаборатории.
4.5. Набор не позволяет выявлять отклонения от референсной
последовательности, которые находятся за пределами целевых регионов/генов.
Версия 25.02.2022 45
--- стр. 47 ---
4.6. Аналитическая чувствительность теста составляет 100% (при
минимальном содержании опухолевой ткани 20%). При более низком проценте
опухолевых клеток вероятность детекции отклонения снижается.
4.7. Использование недостаточного количества ДНК или РНК-матрицы может
привести к низкому выходу продуктов амплификации, в результате чего уровень
сигнала для мутантных аллелей в ходе секвенирования может оказаться ниже
предела обнаружения.
4.8. Способность анализа выявлять вариации числа копий генов (CNV)
снижается в случаях с низким процентом опухолевой ткани, а химерные
транскрипты - в образцах с очень низким качеством РНК.
5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ
5.1. Работа должна проводиться в лаборатории, выполняющей молекулярно
биологические исследования биологического материала.
5.2. При работе необходимо всегда выполнять следующие требования:
- Применять набор строго по назначению в соответствии с данной
инструкцией. Отклонение от прописанных процедур и порядка действий может
привести к получению недостоверных результатов анализа. Для контроля
качества получаемых результатов необходимо использовать отрицательный и
положительный контроли (см. п.3.1.1.).
-Лабораторный процесс должен быть однонаправленным. Анализ следует
проводить в отдельных помещениях (зонах) для пре-ПЦР и пост-ПЦР этапов
инструкции. Не возвращать образцы, оборудование и реагенты в зону, в которой
была проведена предыдущая стадия процесса.
- Утилизировать и дезинфицировать реагенты и образцы, используя
дезинфицирующие средства в соответствии с внутренними правилами
лаборатории по утилизации и дезинфекции.
- Утилизировать неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком
годности, а также использованные реагенты, упаковку^, биологический материал^,
включая материалы, инструменты и предметы, загрязненные биологическим
материалом, в соответствии с требованиями СанПиН 1.2.3685-21.
ВНИМАНИЕ! При удалении отходов (пробирок и картриджей, содержащих
продукты ПЦР и секвенирования) недопустимо открывание пробирок и
разбрызгивание содержимого, поскольку это может привести к контаминации
продуктами ПЦР лабораторной зоны, оборудования и реагентов.
- Использовать и менять при каждой операции одноразовые наконечники для
автоматических дозаторов с фильтром. Одноразовую пластиковую посуду
(пробирки, наконечники) необходимо сбрасывать в специальный контейнер,
содержащий дезинфицирующее средство, которое может быть использовано для
обеззараживания медицинских отходов.
- Набор предназначен для однократного применения для проведения
исследования указанного количества образцов (см. раздел «Варианты
исполнения, состав и комплектность»).
2 Неиспользованные реагенты, реагенты с истекшим сроком годности, использованные реагенты,
упаковка относятся к классу опасности медицинских отходов Г.
3 Биологический материал, включая инструменты и предметы, загрязненные материалом,
относятся к классу опасности медицинских отходов Б.
Версия 25.02.2022 46
--- стр. 51 ---
6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ
6.1. Оборудование
1. Система высокопроизводительного секвенирования «F-Genetics» (РУ №
РЗН 2020/10521 от 22.09.21).
2. Микротом (Микротом Leica SM 2400 РУ РЗН 2014/2236 от 02.06.2015 или
аналогичный) или одноразовый скальпель (РУ № ФСЗ 2010/08258 от
15.11.2016).
3. Вортекс лабораторный (Центрифуга «Фуга/вортекс Микро-Спин FV-2400»,
РУ № ФС № 2005/518, истекло 05.04.2015 или аналогичный).
4. Спектрофотометр для измерения концентрации продуктов таргетной
амплификации и ДНК-библиотек (Анализатор NanoDrop 2000, номер в
Госреестре СИ 56026-13, или аналогичный).
5. Термостат или инкубатор на температуры 55 °С и 95 °С (Термостат
твердотельный с таймером ТТ-2 «Термит», РУ № ФСР 2012/14090 от
23.11.2012г. или аналогичный) - 2 штуки.
6. Амплификатор в режиме реального времени (Система регистрации
полимеразной цепной реакции в режиме реального времени StepOne, РУ №
ФСЗ 2010/06259 от 25.01.2017) и традиционный амплификатор
(Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот Т100 (Т100 Thermal
Cycler), РУ № ФСЗ 2012/12788 от 21.06.2016) или аналогичный.
7. Микроцентрифуга для пробирок типа «Эппендорф» объемом 1,5 мл и 0,2
мл с ускорением не менее 15 500 g (Центрифуга лабораторная «Eppendorf»
Centrifuge 54хх, РУ № ФСЗ 2009/04411 от 03.06.2009).
8. Ламинарный бокс микробиологической безопасности II, тип А (Бокс
микробиологической безопасности (класс II тип А2) БМБ-11-«Ламинар-С»-
1,5, РУ № ФСР 2010/07111 от 18.03.2010).
9. Бокс абактериальный воздушной среды (ПЦР-бокс) (Бокс абактериальной
воздушной среды БАВ-ПЦР-«Ламинар-С.», РУ № ФСР 2012/13259 от
05.05.2012).
10. Набор автоматических дозаторов переменного объема на 1-10, 2-20, 20-
200, 100-1000 мкл (Дозаторы пипеточные одно- и многоканальные «Лайт»,
номер в госреестре СИ 37682-13, Дозаторы пипеточные одно- и
многоканальные «Техно», номер в госреестре СИ 43129-15; Дозаторы
пипеточные одно- и многоканальные «Блэк», номер в госреестре СИ 41939-
15).
11. Машина для производства лабораторного льда, коробка для льда или
охлаждающий блок.
12. Магнитный штатив.
6.2. Материалы
13. Низкоадгезивные пробирки объемом 1,5 мл Eppendorf DNA LoBind Tubes
(Пробирки DNA LoBind объемом от 0,5 до 5 мл, РУ № ФСЗ 2009/04520 от
19.06.2009).
14. Микроцентрифужные пробирки для ПЦР с плоской крышкой объемом 1,5
мл. (Микроцентрифужные пробирки градуированные объемом от 0,6 мл до
2,0 мл, РУ № ФСЗ 2009/05024 от 08.06.2018).
15. Одноразовые наконечники с фильтром объемом 10 мкл, 20 мкл, 200 мкл.
Версия 25.02.2022 50
--- стр. 52 ---
1000 мкл (Наконечники универсальные пластиковые в штативах и без
штативов для лабораторных дозаторов и роботизированных систем, РУ №
ФСЗ 2009/05025 от 08.06.2018).
16. Безворсовая салфетка.
17. Отдельный халат (РУ № ФСЗ 2011/10269 от 13.10.2011), шапочки (РУ №
ФСЗ 2008/02099 от 03.07.2008), обувь (РУ № ФСР 2009/05903 от
22.10.2009), маски (ФСЗ 2008/02100 от 03.07.2008) и одноразовые
неопудренные нитриловые или латексные перчатки (РУ № ФСЗ 2010/07368
от 05.07.2010) в соответствии с МУ 1.3.2569-09.
18. Емкость для сброса наконечников (Емкости-контейнеры для медицинских
отходов классов А, Б, В, Г, РУ № ФСР 2010/09367 от 27.02.2014).
6.3. Реагенты
19. Этанол, 100%.
20. Ксилол, 100 %.
21. Реагент для очистки продуктов ПЦР на магнитных частицах («Agencourt
AMPure ХР» пр-ва Beckman Coulter S.A., США).
22. Буферный раствор LowTE (10 мМ Трис+0,1 мМ ЭДТА, рН=8,0)
23. Вода без нуклеаз или ультрачистая вода.
24. В качестве отрицательных контролей используются: 1. вода ультрачистая
на этапах таргетной амплификации, подготовки библиотек и
секвенирования (контроль контаминации лаборатории); 2. стандартный
образец дикого типа по потенциально выявляемым мишеням (при
необходимости, контроль ложноположительных результатов
секвенирования).
25. В качестве положительного контроля используется оценка концентрации
нуклеиновых кислот на этапе экстракции нуклеиновых кислот, прохождение
реакции таргетной амплификации (оценка концентрации библиотек с
помощью Набора для измерения концентрации библиотек, входящего в
состав набора реагентов). В случае если ДНК или РНК-библиотеки не
детектируются с помощью заявленных методов оценки, это с высокой
долей вероятности приведет к отсутствию прочтений для данных образцов
в ходе секвенирования и результаты для таких образцов в постановке
считаются недостоверными, образцы бракуются.
Также в качестве положительного контроля детекции отклонений от
референсной последовательности можно использовать стандартный
образец с известными подтвержденными отклонениями.
Также положительным контролем могут служить
биоинформатические характеристики: количество прочтений в
анализируемом образце должно быть не менее 300 000 для ДНК и 50 000
для РНК, показатель MAPD должен быть менее 0,5, равномерность
покрытия и процент целевых прочтений должны составлять не менее 90%.
Версия 25.02.2022 51
--- стр. 53 ---
7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ
В качестве материала используют образцы опухолей человека,
фиксированные в формалине, залитые в парафиновые блоки (FFPE), и
цитологические опухолевые препараты.
Отбор материала проводится в условиях специализированного
медицинского учреждения с целью получения цитологического препарата,
образца биопсии или операционного материала. В операционных и
манипуляционных кабинетах всегда должно быть в наличии подготовленные для
взятия биопсийного материала флаконы с фиксирующей жидкостью и этикеткой
для записи.
Перед началом анализа образец должен быть исследован в
патоморфологической лаборатории: патоморфологи готовят предметное стекло,
окрашенное гематоксилином и эозином, чтобы дать гистологическую
верификацию диагноза или анализируют цитологический препарат. В ряде случае
для определения типа ткани (наличия злокачественной опухоли) требуется
иммуногистохимический анализ на специфичные белки-маркеры опухоли. Кроме
того, в патоморфологической лаборатории происходит оценка качества образца:
подтверждение того, что срез содержит адекватное количество ткани, оценка
процентного содержания опухоли (> 20% опухоли) и достаточно ядерных клеток,
чтобы продолжить анализ. В случае, если образец преимущественно
представляет собой некротическую ткань, гистологическое заключение также
выносит это в описательную часть заключения.
Транспортировать и хранить образцы (FFPE) и цитологические препараты
допустимо при комнатной температуре, однако хранение при +4°С повышает
вероятность сохранности нуклеиновых кислот, необходимых для проведения
исследования.
Версия 25.02.2022 52
--- стр. 89 ---
ВНИМАНИЕ! Не закрывайте дверцу, просто опустив ее вниз. Вы должны слегка
поднять дверцу, прежде чем закрыть ее. Убедитесь в том, что обе стороны дверцы
заблокированы после закрытия.
8.2.2.7. Запуск станции пробоподготовки
8.2.2.7.1. В главном окне станции нажмите кнопку «Set up run» (Настройка
запуска).
8.2.2.7.2. Нажмите кнопку «Step by Step» (Поэтапно) для того, чтобы поэтапно
настроить станцию или нажмите кнопку «AmpliSeq» на экране «Run options»
(Варианты запуска).
: = 0
8.2.2.7.3. Убедитесь, что вы полностью загрузили станцию пробоподготовки
проведя проверку платформы, выполняя шаги, указанные на экране.
8.2.2.7.4. Нажмите Start check (Начните проверку) на экране Close Door
(Закрыть дверь).
Step by Step
Close Door
1 I . ........
V'*» t i'fyW-
2 A itc? ly crJ
to rbrc:'5^ Ч Ч -V '.; fic in
Start check
Версия 25.02.2022 88
--- стр. 90 ---
Замечание: Если планшет не опознан, выберите соответствующий планшет. Если
не выбрана или не запланирована «Серия образцов», появится сообщение: Не
найдена Серия образцов. Продолжить? Нажмите ОК.
8.2.2.7.5. После окончания проверки платформы (около 3 минут) нажмите Next
(Далее).
8.2.2.7.6. На экране «Data Destination» (Данные для передачи) подтвердите
информацию о сервере и серии образцов, затем нажмите Next (Далее).
Data D»st лапоп
K ittypt Ап'тр. ■;cq (.'НЛ Vj
lata iO < It
8.2.2.7.7. Введите нужное количество Панелей (1 панель), количество циклов
таргетной амплификации (21 цикл для ДНК и 28 циклов для РНК (кДНК)), время
отжига/элонгации (4 мин).
Arrptis^q Options
Е ш т м а CW"P «tMi lw*4
Tyfft qr<ri*<
A n 4 w (*
Stoitfejr
Bo время настройки станции пробоподготовки введите следующие
параметры при появлении запроса.
Для образцов ДНК необходимо от 18 до 21 цикла таргетной амплификации,
для образцов РНК - от 28 до 31 цикла таргетной амплификации. Для образцов
низкого качества может потребоваться использование количество циклов из
верхней границы диапазона.
Исходный Количество пулов Количество циклов
таргетной
амплификации
Время отжига и
материал праймеров элонгации
днк^^1 1 18 4 минуты
FFPE ДНКЧ1 1 21 4 минуты
РНК (кДНК)1'1 1 28 4 минуты
FFPE PHKi'l 1 31 4 минуты
Если в одном запуске присутствуют образцы как высокого, так и низкого качества, используйте
параметры для образцов низкого качества.
Примечание: праймеры в наборе предоставляются в концентрации 2Х и не
требуют разведения перед внесением в станцию пробоподготовки.
Версия 25.02.2022 89
--- стр. 91 ---
Рекомендованное в таблице число циклов амплификации лриведено для
количества ДНК/РНК 10 нг. Скорректируйте число циклов для другого содержания
ДНК/РНК.
Начальное количество ДНК/РНК Скорректированное количество
циклов
1 нг (300 копий) +3
10 нг (3000 копий) 0
100 нг (30,000 копий) -3
8.2.2.7.8. Нажмите Start Run (Начать запуск).
8.2.2.7.9. Примерно через 7 часов, вернитесь к станции проболодготовки. На
экране Run Complete (Запуск закончен) нажмите Next (Далее) для выполнения
стадий разгрузки и очистки.
ВНИМАНИЕ! После запуска баркодированные библиотеки находятся в пробирке
в Позиции D картриджа реагентов. Чтобы не потерять жидкость из-за испарения,
выньте и закройте пробирку крышкой как можно быстрее после окончания запуска.
Не оставляйте пробирку в станции долее чем 24 часа после начала запуска. После
24 часов после старта запуска охлаждающий блок станции перестает охлаждать
и образец нагревается до 27°С.
Замечание: Нажмите Run Details (Детали запуска) чтобы ознакомиться с
информацией.
01:02:23
t n t ц HwU:
• I** КамкрЮ '
C«tiyipv:; lukB Ip-
8.2.2.7.10. Откройте дверцу станции пробоподготовки:
а. На сенсорном экране станции коснитесь Open Door (Открыть дверцу), затем
дождитесь открытия защелки.
б. Поднимите дверцу станции до верха хода, пока механизм защелки входит в
зацепление.
Версия 25.02.2022 90
--- стр. 96 ---
8.3.1.6. В выпадающем списке Existing Workflow (Существующие протоколы),
выберите Oncomine Focus - 520 - w2.4 - DNA and Fusions - Single Sample, затем
нажмите Next (Далее).
8.3.1.7. На вкладке Research Application step, убедитесь, что DNA and Fusions
(Separate Libraries) и AmpliSeq DNA and Fusions выбраны для Application and
Target Technique, затем нажмите Next (Далее).
8.3.1.8. Во вкладке Kits (наборы):
Поле
Выбор
Ручная подготовка
библиотек
(ОнкоФокус 64)
Автоматическая
подготовка библиотек
(ОнкоФокус 32 авто)
Instrument
(Секвенатор) Ion GeneStudio S5 System
Library Kit Type
(Набор для создания
библиотек)
Ion AmpliSeq 2.0 Library Kit Ion AmpliSeq Kit for Chef DL8
Template Kit
(Наборы для
станции
лробоподготовки)
Ion 510 & Ion 520 & Ion 530 Kit - Chef
убедитесь, что выбран Ion Chef
Sequencing Kit
(Наборы для
секвенирования)
Ion S5 Sequencing Kit
Base Calibration
Mode (Базовая
калибровка)
Default Calibration (Калибровка ло умолчанию)
Chip Type (Тип чипа) Ion 520 Chip
Barcode Set (Набор
баркодов) Ion Xpress lonCode Barcodes 1-32
Flows (Данные по
каждой лунке со
всеми лодачами
нуклеотидов)
400
8.3.1.9. Выберите или измените необходимые для вашего запуска поля
дополнительной информации, затем нажмите Next (Далее).
8.3.1.10. Зайдите на вкладки Plugins (Плагины) и Projects (Проекты). При
необходимости выберите необходимые для вашего запуска настройки, затем
нажмите Next (Далее).
8.3.1.11. На вкладке Save (Сохранить), нажмите на Сору Template (Скопировать
шаблон), чтобы сохранить шаблон для нового запуска.
Пользовательский шаблон теперь станет доступен в окне Templates
(Шаблоны) во вкладке DNA and Fusions Research Application. Если вы пометите
пользовательский шаблон как Favorites (Избранный), он появится в списке
избранных.
8.3.2. Создать Запланированный запуск из шаблона
8.3.2.1. Войдите в программное обеспечение системы «F-Genetics» Torrent Suite.
8.3.2.2. Во вкладке Plan (План), нажмите Templates (Шаблоны), затем выберите
DNA and Fusions (ДНК и Химерные транскрипты) в левом меню навигации.
Версия 25.02.2022 95
--- стр. 97 ---
8.3.2.3. В списке DNA and Fusions (ДНК и Химерные транскрипты), выберите
название запланированного запуска или выберите предустановленный
системный шаблон. В столбце шаблонов выберите О , затем выберите Plan Run
(Запланировать запуск).
8.3.2.4. Введите или выберите следующую информацию. Номера строк в таблице
соответствуют сноскам на рисунке ниже.
Сноска Поле Действие
1 Run Plan Name (Название
Запланированного запуска)
Введите название
Запланированного плана
2 Analysis Parameters (Параметры
анализа)
Убедитесь, что выбран
переключатель Default
(Recommended) по умолчанию.
3 Use same reference & BED files for
all barcodes (Используйте
референтные и BED файлы для
всех баркодов)
Убедитесь, что флажок
установлен
4 Same sample for DNA and Fusions?
(Один и тот же образец для ДНК и
РНК?)
Убедитесь, что флажок
установлен
5 Number of barcodes (Количество
баркодов)
I
Введите количество баркодов,
которые будут использоваться в
этом запуске, затем нажмите
кнопку Ф справа от этого поля
(обычно используется 16
баркодов на чип)
6 Sample Tube Label (Этикетка на
пробирке для образцов)
у
Введите баркоды пробирок для
образцов библиотек, которые
будут использоваться в ходе
запуска на станции
пробоподготовки
7 Chip Barcode (Баркод чипа) Введите баркод с лицевовой
поверхности чипа
8 Oncology (Онкология) Убедитесь, что флажок
установлен
Версия 25.02.2022 96
--- стр. 98 ---
'HHnpiaw N anw :
O enanc DuunpM TMTipiat*
Run Pl«n Nam* (r»quir> d):
0 - ^ n t* r Run P lan U m m e Hare
^ 2)—Anelysi* Paranirters: . D«fMt (R*< 0(nm«n(f«d) . Cu«tom ом.^.
Default Reference & BED Files
nglRHomouf)**'») »ONA Reference
Ubnry:*
D N A flK v et
Regions:
O fSAH uU pul
Regions;
K islo trs Reference oncmrane Роем cetigor o ririT jw w w ice tt »
U braiy: — ” ---------— --------
Onewnne^Feeu* aorW 3ie * *in ed bail Fusions D irgel
Regions;
Oncs(nine.Fotu»^flB*ien»_Or3ir7.(WiPBnici> ■
Use sem e refersrtce a BED file s fo r M barcodes(3)— ^
Seme aemoleftor DMA and Fuston»’’
Number of barcodes; -16 Sere Sempes 1ЬЫе , Leee Semple] We
(£>
&
sam ple fuoe te b e i i
C tiio B arcode:
Enter a sam ple rwune (or eech barcode used (require at least orre sam ple) О 4 Й
• OncoKxjv PfiHm plenW ion Genetic Screeninq
8.3.2.5. Укажите информацию об образце. Номера строк в таблице соответствуют
Сноска ПолеП] Действие "
1 Barcode (Баркод)
Для каждого образца из выпадающего списка выберите
баркод, который будет идентифицировать его.
2
Sample Name
(Название образца)
Введите название каждого образца. Мы рекомендуем,
чтобы названия образцов были уникальными даже между
разными запусками.
3
Control Туре
(expanded) (Тип
контроля, выбрать из
списка)
Выберите No Template Control из выпадающего списка
справа, чтобы назначить отрицательный контроль
ВАЖНО! Неверно установленный отрицательный
контроль (NTC) приведет к сбою анализа в программном
обеспечении Ion Reporter.
4
Sample ID
(Идентификатор
образца)
(Д ополнит ельно) Нажмите на поле, затем введите
идентификатор образца
5
Sample Description
(Описание образца)
(Дополнительно) Нажмите на поле, затем введите
описание образца
6
Annotations
(Аннотации, выбрать
из списка справа)
Нажмите, чтобы раскрыть поля Cancer Туре (Тип
опухоли) и Cellularity % (Сбъём клеточного содержимого)
7 Cancer Туре (Тип
рака)
(Д ополнит ельно) Нажмите на поле, затем выберите из
выпадающего списка. Нажмите ^ 3 , чтобы скопировать
запись во все строки
8
Cellularity %
(насыщенность
клетками)
Нажмите на поле, затем введите значение. НажмитеС!
чтобы скопировать запись во все строки
9
Ion Reporter Workflow
(Протокол)
Убедитесь, что выбран правильный протокол
Версия 25.02.2022 97
--- стр. 100 ---
8.4. Запуск станции пробоподготовки для подготовки матрицы
Действия перед началом работы
Перед началом
использования
станции
пробоподготовки
Необходимые
материалы
• Убедитесь в том, что станция пробоподготовки очищена
после предыдущего рабочего цикла. В противном случае
очистите станцию перед загрузкой материалов.
Примечание: Чтобы получить дополнительную
информацию о методах очистки, смотрите 8.6.3. Очистка
станции пробоподготовки.
• Проверьте пустые отделения для реагентов и растворов
на предмет наличия конденсата. Конденсат может
собираться в этих отделениях при определенных условиях
температуры и влажности. Прежде чем загрузить
расходные материалы в изделие, протрите отделения
лабораторной салфеткой или абсорбирующей тканью, если
необходимо.
• Убедитесь в том, что станция пробоподготовки
подключена к серверу «Torrent Server». В главном окне
станции нажмите Settings (Настройки), а затем «Torrent
Server» для того, чтобы проверить статус подключения
вашего изделия.
Набор материалов «ОФ» для станции пробоподготовки
(входит в состав набора «ОнкоФокус»)
Картридж «ОФ» с растворами для амплификации
библиотек для станции пробоподготовки (входит в состав
набора «ОнкоФокус»)
Картридж «ОФ» с реагентами для станции
пробоподготовки ((входит в состав набора «ОнкоФокус»)
Полупроводниковый чип 520 (входит в состав набора
«ОнкоФокус»)
Вода без нуклеаз
Дозаторы 10 мкл и 200 мкл и наконечники с фильтром
8.4.1. Подготовка расходных материалов
Распакуйте Картридж «ОФ» с реагентами для станции пробоподготовки
за 45 минут перед использованием. Подождите, пока картридж нагреется до
комнатной температуры.
ВНИМАНИЕ! Картридж с реагентами должен выдерживаться в течение 45 минут
при комнатной температуре перед использованием.
Извлеките другие картриджи и материалы из упаковки. Затем разместите их на
столе рядом со станцией пробоподготовки.
Подготовьте следующие позиции;
• Адаптер для чипов (2 шт.)
• Штатив с пробирками для модуля обогащения
• Наконечники в штативе
• Планшет с профольгированной крышкой
• Крышки для центрифуг (2 шт.)
• Пробирки (12 шт.)
Версия 25.02.2022 99
--- стр. 101 ---
• Картридж «ОФ» с растворами для амплификации библиотек для станции
пробоподготовки
• Картридж «ОФ» с реагентами для станции пробоподготовки
ВНИМАНИЕ! Перед использованием, аккуратно постучите по картриджу с
реагентами и картриджу с растворами для того, чтобы реагенты переместились
на дно пробирки.
Встряхните пробирку с NaOH (Позиция С на картридже с реагентами) на вортексе
чтобы собрать содержимое пробирки.
Примечание: При хранении в нормальных условиях в некоторых пробирках
картриджа с реагентами может выпадать осадок. Если осадок присутствует,
загрузите картридж, как указано в инструкции. Осадок растворяется, когда
реагенты смешиваются во время использования прибора.
8.4.1.1. Добавление библиотек в пробирки для образцов
С помощью дозатора перенесите по 25 мкл каждой разбавленной
библиотеки на дно пробирок для образцов библиотек (пробирок с штрихкодами),
находящихся в положении А и В на картридже с реагентами.
Закройте крышками пробирки с образцами библиотек и храните их во льду
до тех пор, пока вы не будете готовы загрузить пробирки в картридж с реагентами
и в станцию пробоподготовки.
8.4.2. Загрузка станции пробоподготовки
ВАЖНО! • Режимы номинальной частоты вращения центрифуги предназначены
для предоставленных люлек и рекомендованных чипов, пробирок и реагентов для
подготовки образцов.
• Центрифуга для загрузки чипа предназначена для работы при указанных
частотах вращения, которые подходят для определенных люлек, чипа, адаптера
и противовеса для чипов. Центрифуга должна быть сбалансирована по нагрузке.
Необходимо предпринять меры, чтобы надлежащим образом загрузить люльку. В
случае высокого уровня вибрации, убедитесь в том, что все компоненты
правильно установлены и роторы правильно сбалансированы.
• Используйте только материалы, которые входят в набор реагентов «ОнкоФокус»,
для номинальной частоты вращения центрифуги. Не снимайте или не заменяйте
роторы. Проверяйте люльки перед каждым использованием для того, чтобы
обеспечить нормальную работу.
• Убедитесь в том, что изделие включено и было очищено после последнего
использования.
• Убедитесь в том, что все компоненты очищены и высохли перед загрузкой в
станцию пробоподготовки.
• Убедитесь в том, что компоненты станции для реагентов и растворов являются
сухими и не содержат конденсата перед загрузкой компонентов.
Выполните нижеописанные процедуры для того, чтобы загрузить станцию
пробоподготовки. Полностью загруженная станция показана на рисунке ниже:
Версия 25.02.2022 100
--- стр. 102 ---
©
•i.j.j....
isiiiii-iai'iiit,—-'-i
©
-ч‘ fg-X
i f 1
1
••••••••••••
1
..„ a * ■ -..- ..........g-
4
(1) Новый штатив с наконечниками
(2) Профольгированная крышка (установлена)
(3) Штатив для пустых наконечников (перемещен из позиции с новым штативом (1)).
(4) Планшет 96-луночный
(5) Картридж «ОФ» с реагентами
(6) Картридж «ОФ» с растворами для амплификации библиотек
(7) Центрифуги для регенерации (извлечения образцов): пробирки и крышки для
центрифуг
(8) Штатив с пробирками для модуля обогащения
(9) Центрифуга для загрузки чипа: Адаптер/ чип - 2 щт.
8.4.2.1. Загрузка штативов с наконечниками и планшета для ПЦР
8.4.2.1.1. Нажмите кнопку © (Открыть дверцу) на сенсорном экране изделия для
того, чтобы отрыть дверцу. Затем подождите, пока защелка не откроется.
8.4.2.1.2. Поднимайте дверцу прибора вверх до тех пор, пока не сработает
механизм блокировки.
(1) Нажмите здесь, затем поднимите.
8.4.2.1.3. Установите пустой штатив из-под наконечников от предыдущего запуска
в положение «Использованные наконечники». Затем смените перчатки.
Версия 25.02.2022 101
--- стр. 105 ---
(1) Позиция А (Пробирка для образцов библиотек)
(2) Позиция В (Пробирка для образцов библиотек)
(3) Позиция С (NaOH)
(4) Позиция D (Пустая пробирка)
ВНИМАНИЕ! Расположите пробирки с образцами библиотек таким образом,
чтобы баркоды были видны и ориентированы вправо.
Убедитесь, что с пробирок с образцами библиотек сняты крышки.
8.4.2.2.4. Снимите колпачок с пробирки с NaOH которая находится в позиции С, а
также с пустой пробирки в позиции D.
ВНИМАНИЕ! Во время загрузки картриджей с реагентами:
• Прижмите пробирку для образцов библиотек для того, чтобы она прочно
зафиксировалась в картридже.
• Убедитесь в том, что со всех четырех пробирок сняты колпачки.
8.4.2.2.5. Аккуратно постучите по картриджу с растворами для того, чтобы
реагенты опустились на дно пробирок.
8.4.2.2.6. Установите картридж с растворами в станцию для растворов таким
образом, чтобы он был на одном уровне с платформой.
(1) Станция для растворов (комнатная температура)
(2) Картридж с растворами
8.4.2.3. Загрузка пробирок и штатива с пробирками для модуля обогащения
8.4.2.3.1. Установите по шесть пробирок в каждую центрифугу для регенерации
(извлечения образцов).
Версия 25.02.2022 104
--- стр. 106 ---
ГI
\
>
(1) Центрифуга для регенерации (извлечения образцов)
(2) Пробирки
Перед закрытием каждой центрифуги крышкой, проверьте что:
• Центрифуга сбалансирована по нагрузке с использованием всех необходимых
материалов.
ВНИМАНИЕ! Центрифуга должна быть сбалансирована по нагрузке.
• Люльки надежно закреплены в роторах центрифуги.
• Люльки установлены в правильном положении в центрифуге, и центробежная
сила при вращении направлена от центра.
8.4.2.3.2. Установите крышку на каждую центрифугу, отрегулировав положение
крепления таким образом, что оно совпадало с углублением на платформе. Затем
вставьте ее в нужное положение. Убедитесь в том, что крышки полностью
вставлены, слегка нажимая на них вдоль всего периметра.
8.4.2.3.3. Закройте откидную крышку центрифуги для регенерации (извлечения
образцов).
. Убедитесь в том, что порт крышки размещен в направлении задней части
прибора.
(1) Установленные пробирки
(2) Установленные крышки для центрифуг
(3) Закрытая крышка центрифуги для регенерации (извлечения
образцов)
(4) Порт
ВНИМАНИЕ! Не ставьте какие-либо предметы на крышку центрифуги.
ВНИМАНИЕ! Используйте только поставленные материалы, включая люльки и
расходные материалы для того, чтобы обеспечить работу центрифуги при
номинальной частоте вращения. Не снимайте или не заменяйте роторы. Чтобы
обеспечить нормальную работу, проверяйте люльки перед каждым
использованием.
8.4.2.3.4. Установите штатив с пробирками для модуля обогащения. Затем
прижмите штатив для того, чтобы он был на одном уровне с платформой.
Версия 25.02.2022 105
--- стр. 107 ---
ВНИМАНИЕ! Убедитесь в том, штатив с пробирками для модуля обогащения
расположен таким образом, что буквенные обозначения находятся с правой
стороны штатива.
(1) Станция для обогащения
(2) Штатив с пробирками для модуля обогащения
(3) Буквенные обозначения
S.4.2.4. Загрузка центрифуги для загрузки чипов
8.4.2.4.1. Установите каждый чип для секвенирования в люльку центрифуги. Затем
прикрепите адаптеры для чипов к устройству.
Примечание: (опционально) Пометьте верхнюю сторону чипов для того, чтобы
иметь возможность их идентифицировать. Не закрывайте баркод чипа.
а. Разместите чип в люльке для загрузки чипов. Затем выровняйте лунки адаптера
для чипа по отношению к лункам чипа, расположив адаптер на чипе в таком
положении, чтобы был виден баркод.
б. Разместите адаптер на чипе. Затем вставьте встроенные крепежи на конце
адаптера в разъемы люльки.
в. Аккуратно прижимайте гибкие крепежи на другом конце адаптера к разъемам
люльки до тех пор, пока адаптер не зафиксируется в определенном положении.
г. Убедитесь в том, что крепежи на всех четырех углах адаптера вставлены в
разъемы люльки центрифуги. Установка будет считаться неверной, если адаптер
прикреплен непрочно.
1. Адаптер для чипа
2. Чип
3. Люлька
4. Порты (выровнены по отношению к
чипу)
5. Крепежи
6. Закрепленный угол (выровнен по
отношению к люльке)
7. Разъемы
8.4.2.4.2. Установите конструкции адаптер /чип/люлька на центрифуге для
загрузки чипов.
Версия 25.02.2022 106
--- стр. 119 ---
8.5.3.2. В случае появления соответствующего сообщения, снимите бутыль с
промывочным раствором для того, чтобы получить доступ к емкости для отходов.
Затем опустошите емкость для отходов.
8.5.3.3. Повторно установите пустую емкость для отходов.
8.5.3.4. Замените картридж с реагентами для секвенирования на новый картридж,
который нагрет до комнатной температуры.
8.5.3.5. Убедитесь в том, что новая бутыль с промывочным раствором тщательно
взболтана. Затем снимите колпачок и установите бутыль.
8.5.3.6. Убедитесь в том, что чип для секвенирования, использованный в
предыдущем рабочем цикле, надлежащим образом закреплен в зажиме и
вставлен до упора.
8.5.3.7. Если необходимо, установите новую бутыль с раствором для очистки.
Примечание: Бутыль с раствором для очистки содержит объем реагентов,
достаточный для проведения 4 процедур очистки.
8.5.3.8. Закройте дверцу и нажмите кнопку «Next» (Далее).
Прибор подтверждает, что расходные материалы и чип надлежащим образом
установлены, и раствор для очистки содержит достаточный объем реагентов для
проведения очистки после процедуры секвенирования. Следуйте всем
рекомендациям на экране для того, чтобы обеспечить надлежащую установку
необходимых материалов.
ВНИМАНИЕ! После осуществления достаточного количества циклов очистки, на
экране прибора может появиться сообщение, предупреждающее пользователя о
необходимости заменить бутыль с раствором для очистки.
Примечание: См. Дополнение А. Поиск и устранение неисправностей. Результаты
Ion Reporter, если на экране появляется сообщение «Проверка реагента: ошибка».
8.5.3.9. После завершения инициализации (приблизительно 50 минут), нажмите
кнопку «Ноте» (Главный экран).
Теперь прибор готов для секвенирования.
Версия 25.02.2022 118
--- стр. 120 ---
8.5.4. Запуск процедуры секвенирования
Для того чтобы поместить чип в зажим необходимо:
(1) Выдвинуть зажим для чипа
(2) Вынуть чип, расположенный в зажиме во время инициализации
(3) Поместить чип, загруженный в станции пробоподготовки, а зажим
скошенным углом в нижний передний угол зажима
Примечание: Не применяйте силу, когда вставляете чип. Если чип не
вставляется легко, убедитесь, что угол чипа ориентирован как показано на
рисунке.
(4) Задвинуть зажим до конца, затем закрыть дверцу прибора.
Мы рекомендуем секвенировать загруженные чипы с помощью секвенатора «F-
Genetics Плюс» и «F-Genetics» сразу после завершения инициализации
прибора. Однако, успешное секвенирование может осуществляться в течение 24
часов после инициализации прибора.
Примечание:
• Не нажимайте кнопку питания во время работы. Сбой питания прибора во время
запуска может привести к прекращению секвенирования или потере образца.
• Мы рекомендуем проверить статус Запланированного запуска перед установкой
загруженного чипа.
8.5.4.1. После завершения инициализации, нажмите кнопку «Run» (Запуск) на
сенсорном экране прибора. Дверца и зажим для чипа открываются.
8.5.4.2. Достаньте использованный чип для секвенирования. Затем закрепите чип,
загруженный станции пробоподготовки перед данным секвенированием, в зажим.
8.5.4.3. Задвиньте зажим, закройте дверцу и нажмите кнопку «Next» (Далее).
Примечание: Не вынимайте чип из зажима до тех пор, пока не закончится запуск.
Удаление и повторная установка чипа может привести к образованию воздушных
пузырьков в чипе.
8.5.3.4. Убедитесь в том, что параметры Запланированного запуска заданы
автоматически. При проведении первой процедуры секвенирования во время
инициализации снимите галочку в поле «Enable post-run clean» (Провести
очистку после запуска), затем нажмите Review (Просмотр).
ВНИМАНИЕ!
• Если галочка не снята в вышеуказанном поле, процедура очистки
осуществляется автоматически после первого рабочего цикла. При этом второй
цикл не проводится.
• Во время начала второго цикла секвенирования в рамках одной инициализации
убедитесь в том, что напротив поля «Enable post-run clean» (Провести очистку
после запуска) установлена галочка для того, чтобы система осуществляла
очистку автоматически после секвенирования.
Версия 25.02.2022 119
--- стр. 121 ---
Run Selection
-•O -U .t
Choose a run plan
Planned Run A7RK6 - Oncomine Plan
Chip Barcode DACA00615
j Enable post-run clean
8.5.4.5. Убедитесь в том, что оставшиеся предварительно заданные настройки
являются верными и, если необходимо, внесите изменения, используя кнопки и
ниспадающие меню.
8.5.4.6. Убедитесь в том, что дверца прибора закрыта. Затем нажмите кнопку
«Start run» (Старт запуска) для того, чтобы начать цикл секвенирования.
ВНИМАНИЕ! Во время рабочего цикла не открывайте дверцу и не прикасайтесь к
ее поверхности. Прикосновение к прибору во время секвенирования может
отрицательно сказаться на качестве измерения.
После завершения секвенирования прибор автоматически проводит процедуру
очистки, если в поле «Enabfe post-run clean» (Провести очистку после
рабочего цикла) стоит галочка. После очистки на сенсорном экране появляется
главное меню.
В случае проведения секвенирования второго чипа в рамках одной
инициализации начните второй цикл в течение 24 часов с момента начала
инициализации.
8.5.5. Обслуживание секвенатора
Необходимые
материалы
Очистка или
дезинфекция
секвенатора
Версия 25.02.2022
• Безворсовая ткань
• 70% изопропанол
• (Дополнительно) 10% раствор гипохлорита натрия
В случае утечки или пролива жидкости внутрь прибора, выполните
следующие действия.
Примечание: Все отходы должны утилизироваться в
соответствующем контейнере для жидких или твердых отходов.
120
--- стр. 128 ---
убедитесь, что для образца установлены Cellularity% (объём клеточного
содержимого) и Sample Туре (Тип образца).
8.7.2.6. Установите флажок, чтобы выбрать DNA and Fusions (ДНК и химерные
транскрипты).
8.7.2.7. На панели Sample Groups (Группы образцов) нажмите Add Samples
(Добавить образцы), чтобы добавить выбранные образцы в группу.
8.7.2.8. Введите Group Name (Имя группы), нажмите Add to Analysis (Добавить в
анализ), затем нажмите Next (Далее).
8.7.2.9. На этапе Plugins (Подключаемые модули) убедитесь, что выбран
подключаемый модуль Oncomine Variant Annotator v2.4, затем нажмите Next
(Далее).
8.7.2.10. (Дополнительно) Введите Analysis Name (Название анализа) и
Description (Описание), затем нажмите Launch Analysis (Запустить анализ).
Analysis ready to launch!
Revlov^' tho tolocUM optonc. name yoir anaiy«i« and tion lautch I,
Ano^» Norm. CiainpJe
fTwt)
Desci^Hon; Odtonal
Ьчипгп апд»у»,15
8.7.3. Просмотр результатов
Анализ с помощью программного обеспечения «1оп Reporter» выполняется
автоматически при загрузке данных из программного обеспечения «Torrent Suite».
8.7.3.1. Войдите в программное обеспечение «1оп Reporter».
8.7.3.2. Откройте вкладку Analyses (Анализы).
Меню Overview (Обзор) отображает список анализов на вкладке Analyses
(Анализы).
8.7.3.3. В выпадающем списке Workflow (Протокол) выберите Oncomine Focus -
520 - w2.4 - DNA and Fusions - Single Sample, чтобы ограничить список
результатов, анализируемых с использованием этого протокола.
Analyses
С ам |Д |
у X Ш Ш AM efysle
АярПм kwMW AwtrtMB . 1CK Mi <
OHMM r«M «8 4. CM* • SMpi OOTtii
>1ггш «74 I M M r
С Я Ш
* МШОНЧШ am m Pit— чТПИМ1.а.ш«1->ир§<мр1
Вы можете дополнительно оптимизировать список анализов, применив More
Filters (Дополнительные фильтры) или кликнув заголовки столбцов. Таблица
Analyses автоматически фильтрует содержимое, соответствующее вашему
выбору.
Версия 25.02.2022 127
--- стр. 129 ---
8.7.3.4. Щелкните внутри строки (но не на гиперссылке сданными образца), чтобы
просмотреть подробную информацию об анализе (Details).
Details Actions •
L
Audit Log
A (0) Delete
H2228_b_v1_c17( Download Filtered Vanants
В области Details вы м о ж е т ^ ____ протоколу и получить
доступ к выпадающему списку A ctions (Действия).
8.7.3.5. Щелкните на гиперссылку с результатом образца в столбце A nalysis
(Анализ), чтобы открыть страницу Analysis R esults (Результаты анализа).
Analyses
S e a rc h О о \ к п к т AM V УШмкЯйМг O ntortsns FocuS . « d e a r M l
: ь « / . А . А , Ш
* t- . щ т
; A furtysis ^ Sam ple
................4 . ■ - _____^___________ - ___1
version 1 R stars.. W offcAow
■* - *•- - _______i
, L a u ie h s d ...Status
+ JH ,v a i.o fA .s r jH .4 w .iv iO M .a ta 7 _ p t« A q t)» to h e w m acpr
Assign
Untoiown
Й )
^ O ncensnt Focus « 6 4
• O N A a n d F u s M tt.
Smgte Sam eie
O n t« m n » r« « o w 2 4
■ ONA and Fusian» •
N ay 01 s o n
0 5 4 S P M
Succss
О + > l.V % L .O « ^ j« L c 2 r7 2 _ 2 0 1JN_4% LlsnO u«l.(H a7_O H A tJ ) h 0W Analysts U m w w it
(33
N m O l 2 0 П
O S ttP M
F«M d ■
y r% U n
б. Откроется страница A nalysis R esults (Результаты анализа) с вкладкой
Oncom ine, в которой отображаются только аннотированные варианты, которые
являются известной причиной возникновения рака.
Summary Fusions Functional Population Omoioglas Pharmacoganomics QC
i
S Locus
i •
fo n c o m ln s variant Class л 1 Oncomine Gene Class Genes
□ m СПГ12Л5364760 Amplitication Gain-ot-functlon KRAS
□ 11 (ЛП7;378вв125 Amp4flcatlon Gein-of-fiincUor ERBB2
□ 3 la - С»и7:5519в955 АпфйПсаВоп Gatn^jf-funciion EOFR
□ m -
Ctv2:42482091 -
chr2:29446394 Fusion Galn4)f-lunctlon EML4(6).ALK(20)
□ 3 -
chf2:42491871 -
Chi2 29446394
Fusion GaiTKOf-tUnctlon EML4(6)-ALK(20)
□ я -
e tn 0:61865879 -
chn0:43612031
Fusion Gaki-of-function CCOC6(1)-RET(12)
8.7.3.6. В таблице результатов анализа A nalysis R esults отсортируйте или
отфильтруйте данные с помощью аннотаций, специфичных для набора
«ОнкоФокус».
а. На панели Filter O ptions (Параметры фильтра) выберите нужную группу
фильтров.
Примечание: Группой фильтров по умолчанию является O ncom ine Variants, 5%
Cl CNV ploidy > gain of 2 over normal (5.10), что ограничивает отображаемые
результаты только драйверными вариантами рака. Каждый выявленный вариант
Версия 25.02.2022 128
--- стр. 130 ---
должен удовлетворять всем условиям группы фильтров, чтобы быть включенной
в результат.
Выберите No Filter (Без фильтра), чтобы просмотреть все потенциально
выявленные варианты.
б. На вкладке Oncomine щелкните на заголовки столбцов, чтобы отсортировать
список вариантов по вариантам Oncomine Variant Class или генам Oncomine
Gene Class.
в. Во вкладке Ontologies (Онтологии) щелкните на заголовки столбцов, чтобы
отсортировать список по типам вариантов (Туре) или генов (Genes).
5M tCfl 0 A C tO M <
После того как вы просмотрели, отфильтровали и отсортировали результаты
анализа (Analysis Results), вы можете создать отчет (см. раздел 8.7.4. «Создание
отчета о результатах анализа»).
8.7.4. Создание отчета о результатах анализа
После того как вы просмотрели, отфильтровали и отсортировали результаты
анализа, вы можете скачать отчет об анализе. Описанная процедура включает в
себя создание и форматирование шаблона отчета.
8.7.4.1. На экране Analysis Results (Результаты анализа) для вашего образца
нажмите Generate Report (Создать отчет).
Рабочая панель Generate Report откроется на этапе настройки Configuration
(Конфигурация). Разделы отчета могут быть переставлены, удалены или
отредактированы.
8.7.4.2. Введите информацию в редактируемые поля (например, отредактируйте
название отчета или введите базовую информацию).
8.7.4.3. (Опционально) Нажмите Save As New Template (Сохранить как новый
шаблон), чтобы сохранить перенастроенный шаблон отчета для будущего
использования для других образцов.
8.7.4.4. Нажмите Next (Далее), появится предварительный просмотр вашего
отчета.
8.7.4.5. Нажмите Lock & Publish (Зафиксировать и опубликовать), чтобы создать
окончательный отчет по анализу.
8.7.4.6. Нажмите Download (Скачать).
Версия 25.02.2022 129
--- стр. 139 ---
№№ Компонент набора Условия
транспортирования
2.1.8. Буфер для ДНКаз, 10Х
2.1.9. Фильтрующие картриджи от +15 до + 30°С
2.1.10. Собирающие пробирки
2.1.11. РНКаза А от -25 до -15°С
2.2. Набор реагентов для обратной транскрипции от -25 до-15«С
2.3. Набор «ОФ-авто» для автоматического создания библиотек
2.3.1. Панель «ОФ-авто» для создания ДНК-библиотек, 2Х от -25 до-15^0
2.3.2. Панель «ОФ-авто» для создания РНК-библиотек, 2Х
2.3.3. Набор реагентов «ОФ-авто» для подготовки библиотек
2.З.З.1. Картридж «ОФ-авто» с растворами для станции пробоподготовки от +2 до + 8°С*
2.3.3.2. Картридж «ОФ-авто» с реагентами для станции пробоподготовки от -25 ДО-150С
2.3.3.3. Набор материалов «ОФ-авто» для станции пробоподготовки от +15 до + 30°С
2.3.3.4. Набор баркодов «ОФ-авто» 1-32
2.4. Набор для измерения концентрации библиотек от-25 ДО-150С
2.5. Набор полупроводниковых чипов 520 от +15 до + 30°С
2.6. Набор материалов «ОФ» для станции пробоподготовки
от +15 до + 30°С2.7. Набор картриджей «ОФ» с растворами для амплификации
библиотек для станции пробоподготовки
2.8. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции
пробоподготовки от -25 до -15°С
2.9. Набор растворов «ОФ» для секвенирования от +15 до + 30°С
2.10. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для секвенирования от -25 до -15°С
* Допускается транспортирование при температуре окружающей среды
9.3. Хранение
Набор хранить при температурах, указанных в таблице ниже
срока годности набора.
в течение всего
Таблица 25
№№ Компонент набора Условия
хранения
1. «ОнкоФокус 64»
1.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт»:
1.1.1. Лизирующий буфер
от +15 до + 30°С1.1.2. Изолирующий реагент
1.1.3. Отмывочный концентрат 1
1.1.4. Отмывочный концентрат 2/3
1.1.5. Протеаза от-25 до-15°С
1.1.6. Раствор для элюции от +15 до + 30°С
1.1.7. ДНКаза от -25 до -15°С
1.1.8. Буфер для ДНКаз, 10Х
1.1.9. Фильтрующие картриджи от +15 до + 30°С
1.1.10. Собирающие пробирки
1.1.11. РНКаза А от -25 до -15°С
1.2. Набор реагентов для обратной транскрипции: от -25 до -15°С
1.3. Набор «ОФ» для ручного создания библиотек: от -25 до -15°С
1.4. Набор баркодов 1-16 от -25 до -15°С
1.5. Набор для измерения концентрации библиотек от -25 до -15°С
1.6. Набор полупроводниковых чипов 520 от +15 до + 30°С
1.7. Набор материалов «ОФ» для станции пробоподготовки
от +15 до + 30°С1.8. Набор картриджей «ОФ» с растворами для амплификации библиотек
для станции пробоподготовки
1.9. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции пробоподготовки от -25 до -15°С
Версия 25.02.2022 138
--- стр. 140 ---
№№ Компонент набора Условия
хранения
1.10. Набор растворов «ОФ» для секвенирования от +15 до + 30°С
1.11. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для секвенирования от -25 до -15°С
2. «ОнкоФокус 32 авто»
2.1. Набор для выделения тотальной ДНК/РНК
2.1.1. Лизирующий буфер
от +15 до + 30°С2.1.2. Изолирующий реагент
2.1.3. Отмывочный концентрат 1
2.1.4. Отмывочный концентрат 2/3
2.1.5. Протеаза от -25 до -15°С
2.1.6. Раствор для элюции от +15 до + 30°С
2.1.7. ДНКаза от -25 до -15°С
2.1.8. Буфер для ДНКаз, 10Х
2.1.9. Фильтрующие картриджи от +15 до + 30°С
2.1.10. Собирающие пробирки
2.1.11. РНКаза А от-25 до-15^0
2.2. Набор реагентов для обратной транскрипции от -25 до-15°С
2.3. Набор «ОФ-авто» для автоматического создания библиотек
2.3.1. Панель «ОФ-авто» для создания ДНК-библиотек, 2Х от -25 до-1500
2.3.2. Панель «ОФ-авто» для создания РНК-библиотек, 2Х
2.3.3. Набор реагентов «ОФ-авто» для подготовки библиотек
2.З.З.1. Картридж «ОФ-авто» с растворами для станции пробоподготовки от +2 до + 8°С
2.3.3.2. Картридж «ОФ-авто» с реагентами для станции пробоподготовки от -25 до -15°С
2.3.3.3. Набор материалов «ОФ-авто» для станции пробоподготовки от +15 до + 30°С2.3.3.4. Набор баркодов «ОФ-авто» 1-32
2.4. Набор для измерения концентрации библиотек от -25 до -15°С
2.5. Набор полупроводниковых чипов 520 от +15 до + 30°С
2.6. Набор материалов «ОФ» для станции пробоподготовки
от +15 до + 30°С2.7. Набор картриджей «ОФ» с растворами для амплификации библиотек
для станции пробоподготовки
2.8. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции пробоподготовки от -25 до -15°С
2.9. Набор растворов «ОФ» для секвенирования от +15 до + 30°С
2.10. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для секвенирования от -25 до-15°С
Реагенты после вскрытия хранить в тех же условиях, что и реагенты до
вскрытия. Невскрытые и вскрытые реагенты стабильны в течение срока годности,
указанного на этикетке, при соблюдении указанных условий хранения.
Набор, хранившийся с нарушением указанного режима хранения,
применению не подлежит.
10. МАРКИРОВКА
Маркировка внутренней (индивидуальной) упаковки компонентов набора
реагентов должна содержать:
- наименование производителя;
- сокращенное наименование набора реагентов;
- наименование компонента;
- объем/количество компонента;
- номер по каталогу;
- номер серии;
- срок годности;
- условия хранения;
Версия 25.02.2022 139
--- стр. 141 ---
- символ «Медицинское изделие для диагностики in vitro»;
- символы опасности и сигнальное слово (на этикетке для набора реагентов
«РНК/ДНК ОнкоЭкстракт», картриджа «ОФ» с растворами для амплификации
библиотек для станции пробоподготовки, картриджа с реагентами «ОФ» для
станции пробоподготовки и картриджа «ОФ» с реагентами для
секвенирования).
Место и способ нанесения маркировки: этикетка на клеящейся основе (ОСТ
29.1) на упаковку каждого реагента (пробирка, планшет, картридж, бутыль, чип) с
информацией, нанесенной печатным способом.
Маркировка внешней (потребительской) упаковки набора реагентов должна
содержать:
- наименование производителя;
- адрес, телефон и сайт производителя;
- полное и сокращенное наименование набора реагентов;
- состав Набора реагентов;
- номер по каталогу;
- номер серии;
- дата производства;
- срок годности;
- условия хранения;
- символ «Медицинское изделие для диагностики in vitro»;
- символ «Обратитесь к инструкции по применению»;
- символы опасности, сигнальное слово, список опасных компонентов,
входящих в состав реагента, предупреждения об опасности (на этикетке
изолирующего реагента, отмывочного буфера 2/3, протеазы, картриджа «ОФ»
с растворами для амплификации библиотек для станции пробоподготовки,
картриджа с реагентами «ОФ» для станции пробоподготовки и картриджа
«ОФ» с реагентами для секвенирования);
- номер «Технических условий»;
- номер и дата регистрационного удостоверения.
Место и способ нанесения маркировки: этикетка на клеящейся основе (ОСТ
29.1) с информацией, нанесенной печатным способом, или надпись, нанесенная
типографским методом на внешней упаковке набора.
Маркировка транспортной упаковки должна содержать:
- наименование набора реагентов;
- наименование и адрес производителя;
- номер по каталогу;
- номер серии;
- дату изготовления набора реагентов (год, месяц включительно);
- срок годности набора реагентов (год, месяц включительно);
- требования к условиям хранения и транспортирования изделия;
- предупреждения и меры предосторожности в отношении изделия, которые
необходимо исполнять при транспортировании, манипуляционные надписи;
- число единиц потребительской упаковки изделий;
- масса нетто и масса брутто.
Данная информация может быть нанесена в виде символов согласно
ГОСТРИСО 15223-1.
Версия 25.02.2022 140
--- стр. 142 ---
Таблица 26
Расшифровка символов маркировки
У
Изготовитель
лллГ Дата изготовления
2
Использовать до
LOT Код партии
IVD Изделие для in vitro диагностики
REF Номер в каталоге
Символ опасности
<|>
Опасность возгорания
<ф>
Опасность для здоровья
Опасность коррозии
7
Температурный диапазон
□а
Обратитесь к инструкции по применению
0
Объем
11. УПАКОВКА
11.1. Внутренняя (потребительская) упаковка должна представлять собой
индивидуальные коробки из картона коробочного по ГОСТ 33781, в которые
помещены компоненты Набора реагентов №№ 1.1-1.11/2.1-2.10, паспорт качества
и краткое руководство по применению набора.
11.2. Следующие компоненты Набора (№№ 1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.11, 1.2, 1.3,
1.4, 1.5, 1.9, 1.11, 2.1.5, 2.1.7, 2.1.8, 2.1.11, 2.2, 2.3.1, 2.3.2, 2.3.3.2, 2.4, 2.8, 2.10),
хранящиеся при температуре -25 - -15°С, должны быть совместно упакованы в
Версия 25.02.2022 141
--- стр. 143 ---
совместную внешнюю упаковку (потребительскую тару) в пакеты из пленки
полиэтиленовой по ГОСТ 10354:
Вариант исполнения «ОнкоФокус 64»:
1.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт» (Коробка 2 из 2, компоненты 1.1.5,
1.1.7, 1.1.8, 1.1.11)-Зшт.;
1.2. Набор реагентов для обратной транскрипции;
1.3. Набор «ОФ» для ручного создания библиотек - 4 шт.;
1.4. Набор баркодов 1-16;
1.5. Набор для измерения концентрации библиотек;
1.9. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции пробоподготовки (4
картриджа в упаковке);
I. 11. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для секвенирования (4
картриджа в упаковке).
Вариант исполнения «ОнкоФокус 32 авто»:
2.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт» (Коробка 1 из 2, компоненты
2.1.5. 2.1.7, 2.1.8, 2.1.11)-2 шт.;
2.2. Набор реагентов для обратной транскрипции;
2.3. Набор реагентов «ОФ-авто» для автоматического создания библиотек
(компоненты 2.3.1,2.3.2, 2.3.3.2);
2.4. Набор для измерения концентрации библиотек;
2.8. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для станции пробоподготовки (4
картриджа в упаковке);
2.10. Набор картриджей «ОФ» с реагентами для секвенирования (4
картриджа в упаковке).
Потребительская тара упаковывается в транспортную упаковку - термоконтей-нер с
хладоэлементами.
II. 3. Следующие компоненты набора (№№ 1.1.1., 1.1.2,1.1.3,1.1.4,1.1.6,1.1.9,
1.1.10, 1.6, 1.7, 1.8, 1.10, 2.1.1., 2.1.2, 2.1.3, 2.1.4, 2.1.6, 2.1.9, 2.1.10, 2.З.З.1.
(транспортирование при температуре окружающей среды, хранение при
температуре +2 - +8°С), 2.3.3.3, 2.3.3.4., 2.5, 2.6., 2.7, 2.9), хранящиеся при
температуре +15 - +30°С, должны быть совместно упакованы в совместную
внешнюю упаковку (потребительскую тару) в пакеты из пленки полиэтиленовой:
Вариант исполнения «ОнкоФокус 64»:
1.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт» (Коробка 1 из 2, компоненты
1.1.1., 1.1.2, 1.1.3, 1.1.4, 1.1.6, 1.1.9, 1.1.10)-3 шт.;
1.6. Набор полупроводниковых чипов 520 (4 чипа в упаковке) - 2 шт.;
1.7. Набор материалов «ОФ» для станции пробоподготовки - 4 шт.;
1.8. Набор картриджей «ОФ» с растворами для амплификации библиотек для
станции пробоподготовки (4 картриджа в упаковке);
1.10. Набор растворов «ОФ» для секвенирования.
Вариант исполнения «ОнкоФокус 32 авто»:
2.1. Набор реагентов «РНК/ДНК ОнкоЭкстракт» (Коробка 1 из 2, компоненты
2.1.1., 2.1.2, 2.1.3, 2.1.4, 2.1.6, 2.1.9, 2.1.10) - 2 шт.;
2.3. Набор реагентов «ОФ-авто» для автоматического создания библиотек
(компонент 2.3.3.1. (транспортирование при температуре окружающей среды,
хранение при температуре +2 - +8°С), 2.3.3.3, 2.3.3.4.);
2.5. Набор полупроводниковых чипов 520 (4 чипа в упаковке);
2.6. Набор материалов «ОФ» для станции пробоподготовки - 4 шт.;
Версия 25.02.2022 142
--- стр. 144 ---
2.7. Набор картриджей «ОФ» с растворами для амплификации библиотек для
станции пробоподготовки (4 картриджа в упаковке);
2.9. Набор растворов «ОФ» для секвенирования.
Потребительская тара упаковывается в транспортную упаковку - ящик из
картона гофрированного.
11.4. Транспортная упаковка представляет собой ящик из картона
гофрированного.
11.5. Транспортная упаковка оклеена упаковочной лентой общего
назначения (скотчем) на полимерной или тканевой основе шириной не менее 45
мм. На каждую транспортную упаковку нанесена этикетка с транспортной
маркировкой.
11.6. Термоконтейнеры с хладоэлементами для транспортирования
компонентов набора №1.1.5, 1.1.7, 1.1.8, 1.1.11, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.9, 1.11, 2.1.5,
2.1.7, 2.1.8, 2.1.11, 2.2, 2.3.1, 2.3.2, 2.3.3.2, 2.4, 2.8, 2.10 должны соответствовать
требованиям, указанным в таблице 27.
Таблица 27
Транспортная тара и
вспомогательные
материалы
Требования и нормы
Термоконтейнер
одноразового использования
внутренний объем до 92 л, толщина стенок не
менее 40 мм
Термоконтейнер
многоразового
использования
внутренний объем до 80 л, толщина стенок не
менее 40 мм
Хладоэлементы
для поддержания температуры внутри
термоконтейнера от -30 до -10°С при
воздействии положительной температуры
внешней среды
12. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ
Производитель гарантирует соответствие характеристик набора
требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в
течение указанного срока годности при соблюдении всех условий
транспортирования, хранения и применения.
Рекламации на качество набора «ОнкоФокус» направлять в адрес
производителя АО «Ферст Генетике»: 121205, Россия, г. Москва, территория
инновационного центра "Сколково", Большой бульвар, дом 42, строение 1,
помещение 619, тел. (499) 673-02-88, e-mail: info@f-genetics.com .
При выявлении нежелательных реакций при использовании набора, фактов
и обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских
работников при обращении и эксплуатации набора, рекомендуется направить
сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную
регулирующую организацию (в Российской Федерации - Федеральная служба по
надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим
законодательством.
Консультацию по работе с набором, а также по вопросам, касающимся
Версия 25.02.2022 143
--- стр. 145 ---
качества набора, можно получить по контактам, указанным на официальном сайте
Производителя: www.f-genetics.com .
13. БИБЛИОГРАФИЯ
1. Письмо Министерства здравоохранения РФ и Федерального фонда
обязательного медицинского страхования от 19 сентября 2018 г. NN 17-
9/10/2-6177, 11722/30/и "О типовых стандартизированных схемах лечения
пациентов при злокачественных новообразованиях".
2. Тюляндин С.А. Таргетная терапия: двадцать лет успехов и поражений.
Практическая онкология, Т. 20, Nq4, 2019, стр. 274-288.
3. Biomarker Tests for Molecularly Targeted Therapies: Key to Unlocking Precision
Medicine. Washington (DC): National Academies Press (US); 2016.
4. Keller A., Harz C., Matzas M. et al. Identification of novel SNPs in glioblastoma
using targeted resequencing. // PLoS One. 2011. V. 6. N. 6: el 8158.
5. Guo G., Gui Y., Gao S. et al. Frequent mutations of genes encoding ubiquitin-
mediated proteolysis pathway components in clear cell renal cell carcinoma. //
Nat Genet. 2011. V. 44. N. 1. P. 17-19.
6. Иванов M.B., Новикова Е.И., Баранова A.B. и др. Опыт использования
высокопроизводительного секвенирования (NGS) для подбора таргетной
терапии при немелкоклеточном раке легкого: преимущества и ограничения.
// Международный ежеквартальный научно-практический журнал по
онкологии "Злокачественные опухоли". Москва. 2015. Nq4. С.310-311.
7. Pleasance Е D., Cheetham К., Stephens Р J. et al. А comprehensive catalogue
of somatic mutations from a human cancer genome. // Nature. 2010. V. 463. N.
7278. P. 191-196.
8. Berger M F., Lawrence M S., Demichelis F. et al. The genomic complexity of
primary human prostate cancer. // Nature. 2011. V. 470. N. 7333. P. 214-220.
9. Ley T J., Mardis E R., Ding L. et al. DNA sequencing of a cytogenetically normal
acute myeloid leukaemia genome. // Nature. 2008. V. 456. N. 7218. P. 66-72.
10. Mardis E R., Ding L., Dooling D J. etal. Recurring mutations found by sequencing
an acute myeloid leukemia genome. // N Engl J Med. 2009. V. 361. N. 11. P.
1058-1066.
11. Puente X S., Pinyol M., Quesada V. et al. Whole-genome sequencing identifies
recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia. // Nature. 2011. V. 475. N.
7354. P. 101-105.
12. Gui Y., Guo G., Huang Y. et al. Frequent mutations of chromatin remodeling
genes in transitional cell carcinoma of the bladder. // Nat Genet. 2011. V. 43. N.
9. P. 875-878.
13. Данные Национального института рака США (National Cancer Institute):
https://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/types/targeted-
therapies/targeted-therapies-fact-sheet .
14.Seebacher, N.A., Stacy, A.E., Porter, G.M. etal. Clinical development of targeted
and immune based anti-cancer therapies. J Exp Clin Cancer Res 38, 156 (2019).
Версия 25.02.2022 144
--- стр. 146 ---
14. ПЕРЕЧЕНЬ НАЦИОНАЛЬНЫХ НОРМАТИВНЫХ ДОКУМЕНТОВ/
СТАНДАРТОВ
Таблица 28
Обозначение Наименование
Приказ
Минздрава
России N2 4н от
06.06.2012 г.
Об утверждении номенклатурной классификации медицинских изделий
ГОСТ 12.1.005-88 Система стандартов безопасности труда. Общие санитарно-
гигиенические требования к воздуху рабочей зоны
ГОСТ Р 51088-
2013
Медицинские изделия для диагностики ин витро. Реагенты, наборы
реагентов, тест-системы, контрольные материалы, питательные среды.
Требования к изделиям и поддерживающей документации.
ГОСТ Р ИСО
18113-1-2015
Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем (маркировка). Часть 1. Термины,
определения и общие требования.
ГОСТ Р ИСО
18113-2-2015
Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем(маркировка). Часть 2. Реагенты для
диагностики in vitro для профессионального применения.
ГОСТ Р ИСО
15223-1-2020
Изделия медицинские. Символы, применяемые при маркировании
медицинских изделий, на этикетках и в сопроводительной документации.
Часть 1. Основные требования
ГОСТ Р ИСО
23640-2015
Изделия медицинские для диагностики in vitro. Оценка стабильности
реагентов для диагностики in vitro
ГОСТ 14192-96 Маркировка грузов
ОСТ 29.1-2001
Этикетки, отпечатанные способами офсетной и флексографской печати.
Издательско-полиграфическое оформление. Общие технические
условия
ГОСТ 33781-2016 Упаковка потребительская из картона, бумаги и комбинированных
материалов. Общие технические условия
ГОСТ Р 52901-
2007 Картон гофрированный для упаковки продукции. Технические условия
ГОСТ 10354-82 Пленка полиэтиленовая. Технические условия
СанПиН 2.1.3684-
21
Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий
городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и
питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым
помещениям, эксплуатации производственных, общественных
помещений, организации и проведению санитарно-
противоэпидемических (профилактических) мероприятий
МУ 1.3.2569-09
Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации
нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим
микроорганизмы I-IV групп патогенности
ГОСТ Р 15.301-
2016
Система разработки и постановки продукции на производство.
Продукция производственно-технического назначения. Порядок
разработки и постановки продукции на производство
ГОСТ 15.309-98 Система разработки и постановки продукции на производство.
Испытания и приемка выпускаемой продукции. Основные положения
15. УТИЛИЗАЦИЯ
15.1. Утилизация набора реагентов должна проводиться
специализированными службами согласно правилам и нормативам СанПиН
2.1.3684-21 «Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию
территорий городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и
питьевому водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям.
Версия 25.02.2022 145
--- стр. 147 ---
эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и
проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических)
мероприятий».
15.2. Неиспользованные наборы реагентов, реагенты с истекшим сроком
годности, а также использованные наборы реагентов и упаковка должны быть
утилизированы как отходы класса Г в соответствии с СанПиН 2.1.3684-21
«Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий
городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому
водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям,
эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и
проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических)
мероприятий».
15.3. Биологический материал, включая материалы, инструменты и
предметы, загрязненные биологическим материалом, должны быть
утилизированы как отходы класса Б, в соответствии с СанПиН 2.1.3684-21
«Санитарно-эпидемиологические требования к содержанию территорий
городских и сельских поселений, к водным объектам, питьевой воде и питьевому
водоснабжению, атмосферному воздуху, почвам, жилым помещениям,
эксплуатации производственных, общественных помещений, организации и
проведению санитарно-противоэпидемических (профилактических)
мероприятий».
16. ТРЕБОВАНИЯ К ОХРАНЕ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ ПРИ ПРИМЕНЕНИИ
МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ
Информация, касающаяся экологической безопасности и воздействия на
окружающую среду, содержится в листе безопасности на медицинское изделие.
Ввиду наличия в составе реактивов набора токсичных и опасных для
природной среды веществ (гуанидин тиоцианат - вреден для водных организмов;)
и отсутствия данных об устойчивости в объектах окружающей среды и
биоаккумулятивности некоторых веществ, входящих в состав набора, в целях
предупреждения вреда окружающей среде, здоровью и генетическому фонду
человека следует:
- не допускать попадания реактивов в водостоки и сброса в окружающую среду,
- использовать, хранить и транспортировать набор строго в соответствии с
инструкцией по применению,
- соблюдать меры безопасности при работе с набором,
- утилизировать использованные наборы, наборы с истекшим сроком годности
согласно требованиям СанПиН 2.1.3684-21, предъявляемым к утилизации
отходов класса Г.
При эксплуатации изделия не образуется вредных материалов, к которым
необходимо предъявлять специальные требования при их утилизации.
Версия 25.02.2022 146