Микроскоп для лабораторных исследований Axio Observer с принадлежностями — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 4 ---
осг
СП
(D
5(D
о
О
ёо>тэ
S
X
SФ
Axio Observer
Микроскоп для лабораторных
исследований
Инструкция по эксплуатации
N
m
слсл
--- стр. 5 ---
ZEISS Содержание Axio Observer
Для эксплуатации данного изделия необходимо изучить настоящую инструкцию по эксплуатации, а
также инструкции по технике безопасности. Вам надлежит внимательно ознакомиться с содержанием
настоящего руководства, уделяя особое внимание безопасному обращению с изделием.
Мы сохраняем за собой право производить изменения в изделии с целью его технического
совершенствования. Данная инструкция не подлежит правке или пересмотру.
© Распространение или копирование данного документа, его коммерческое использование и
передача содержимого без предоставления разрешения запрещено. Лицо, нарушившее
авторские права, будет привлечено к ответственности за понесенные убытки.
Все права, связанные с процедурами выдачи патентов и регистрации полезных моделей, защищены.
Все упомянутые в настоящей инструкции наименования компаний и изделий могут являться
торговыми марками или зарегистрированными товарными знаками. Продукция иных производителей
упоминается исключительно в информационных целях и не преследует цель одобрения или
рекомендации данных изделий.
Компания Carl Zeiss Microscopy GmbH не несет ответственности за технические характеристики или
использование данных изделий.
Опубликовано: Carl Zeiss Microscopy GmbH
Карл-Цейс-Променаде 10,
07745 г. Йена, Германия
microscopy@zeiss.com
www.zeiss.com/microscopy
у
Производитель/Разработчик/Место
производства
Carl Zeiss Microscopy GmbH
Кенигсаллее 9-21,
37081 г. Геттинген, Германия
SAP №:
Дата публикации (редакция 4);
431004-7244-001
19.12.2016
--- стр. 6 ---
Axio Observer Содержание ZEISS
СОДЕРЖАНИЕ
Стр.
1. ВВЕДЕНИЕ............................................................................................................. ........................................................6
2. ИНСТРУКЦИИ ПО ТЕХНИКЕ БЕЗОПАСНОСТИ...........................................................................................8
2.1 Общая информация.......................................................................................................................................................8
2.2 Гарантийная информация.......................................................................................................................................12
2.3 Предупредительные и информационные маркировки на изделии..................................................13
3. ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА..................................................................... .............................................................14
3.1 Назначение и область лрименения....................................................................................................................14
3.2 Описание изделия и его основных особенностей.....................................................................................17
3.3 Таблица совместимости оборудования...........................................................................................................19
3.3.1 Axio Observer 3, 5 и 7.................................................................................................................................................19
3.3.2 Axio Observer 3 materials, 5 materials, 7 materials.......................................................................................22
3.4 Обзор системы Axio Observer Bio / Med...........................................................................................................25
3.5 Обзор системы Axio Observer materials (Mat)...............................................................................................29
3.6 Условия внешней среды...........................................................................................................................................33
3.7 Технические характеристики..................................................................................................................................34
4. ИНСТРУКЦИЯ ПО УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ...................................................36
4.1 Инструкция по установке и требования по размещению ......................................................................36
4.2 Начало использования.............................................................................................................................................36
4.3 Распаковка и установка микроскопа..................................................................................................................37
4.4 Установка бинокулярного тубуса (для фотосъемки).................................................................................38
4.4.1 Установка окуляров и всломогательного микроскопа..............................................................................38
4.4.2 Установка визирного перекрестия окуляра....................................................................................................39
4.5 Установка держателя осветителя для работы в проходящем свете ...............................................40
4.6 Установка держателя с ЖК-дисплеем на штативе модели 5 ..............................................................41
4.7 Прикручивание объективов....................................................................................................................................41
4.8 Установка системы защиты Aqua Stop II.........................................................................................................42
4.9 Установка предметных столиков.........................................................................................................................43
4.9.1 Установка предметного столика с механическим приводом 130x85, а также вставки типа К .........44
4.9.2 Установка сканирующих столиков......................................................................................................................45
4.9.3 Установка сканирующего столика 130x100 с шаговым двигателем................................................47
4.9.4 Установка сканирующего столика 130x85 МАТ с интерфейсом CAN .............................................48
4.9.5 Установка предметного столика 250x230, направляющей объекта и вставки типа М........49
4.9.6 Установка предметного столика микроскола S1 с нагревом................................................................50
4.9.7 Оборудование столика с перемещением по оси Z.....................................................................................50
4.10 Конденсоры......................................................................................................................................................................51
4.10.1 Крепление конденсоров для микроскола Axio Observer.........................................................................51
4.10.2 Установка конденсоров линейки Axio Imager................................................................................................52
4.10.3 Замена ДИК-призмы на турели конденсоров...............................................................................................53
4.11 Турель для рефлекторных модулей..................................................................................................................54
4.11.1 Установка рефлекторной турели.........................................................................................................................54
4.11.2 Установка рефлекторных модулей на турель .............................................................................................55
4.11.3 Замена комллекта фильтров в быстросъемном модуле FL-рефлектора .....................................56
--- стр. 7 ---
ZEISS Содержание Axio Observer
4.11.4 Смена светоделителя в быстросъемном модуле FL-рефлектора ....................................................57
4.12 Крепление TFT-дисплея на штатив моделей 7............................................................................................59
4.13 Крепление TFT-дисплея на док-станцию.........................................................................................................59
4.14 Коннекторы задней части Axio Observer 3......................................................................................................60
4.15 Разъемы задней части Axio Observer 5............................................................................................................60
4.16 Разъемы задней части Axio Observer 7...........................................................................................................61
4.17 Коннекторы на распределительном боксе с разъемом CAN и микроскопе Axio
Observer 7......................................................................................................................................................................62
4.18 Подключение микроскопа к сети питания........................................................................................................63
4.19 Включение и отключение микроскопа и (балластного) блока питания осветителя НВО 100 ......63
4.20 Отключите микроскоп от сети питания..............................................................................................................64
4.21 Установка microLED осветителя для проходящего и отраженного света ....................................64
4.22 Осветитель HAL 100....................................................................................................................................................65
4.22.1 Установка осветителя HAL 100............................................................................................................................65
4.22.2 Регулировка HAL 100..................................................................................................................................................66
4.22.3 Замена галогенной лампы 12 V 100 W.............................................................................................................67
4.23 Прибор освещения НВО 100...................................................................................................................................68
4.23.1 Установка короткодуговой ртутной лампы в осветитель НВО 103 W/2 .........................................68
4.23.2 Установка осветителя НВО 100............................................................................................................................68
4.23.3 Регулировка осветителя НВО 100.......................................................................................................................69
4.24 Осветитель НХР 120 V..............................................................................................................................................69
4.25 Система освещения Colibri.2 и Colibri 7...........................................................................................................69
4.26 Установка переходника для компонентов сторонних производителей на штативе................70
5. ЭКСПЛУАТАЦИЯ...........................................................................................................................................................71
5.1 Правила эксплуатации и функции управления; обзор.............................................................................72
5.1.1 Axio Observer 3 (ручной привод с кодированной турелью объективов)..........................................72
5.1.2 Axio Observer 5 (код. частично моторизованная).........................................................................................74
5.1.3 Axio Observer 7 (моторизованный)......................................................................................................................76
5.1.4 Axio Observer 3 materials (ручной привод с кодированной турелью объективов) .....................78
5.1.5 Axio Observer 5 materials (код. моторизованный) ............Ошибка! Закладка не определена.
5.1.6 Axio Observer 7 materials (моторизованный) .....................Ошибка! Закладка не определена.
5.2 Правила эксплуатации и функции управления; описание.....................................................................84
5.3 Использование объективов.....................................................................................................................................98
5.4 Микроскопия методом светлого поля в проходящем свете: краткий справочник .................102
5.5 Микроскопия методом светлого поля в отраженном свете: краткий справочник...................105
5.6 Основные настройки штатива Axio Observer 3...........................................................................................108
5.7 Основные настройки штатива Axio Observer 5...........................................................................................108
5.7.1 Настройка штатива модели 5..............................................................................................................................109
5.7.2 Настройки, выполняемые в процессе работы (когда на экране отображается
состояние прибора).................................................................................................................................................110
5.8 Модуль Light Manager на устройствах Axio Observer 3.........................................................................111
5.9 Модуль Light Manager на штативах Axio Observer 5 и 7........................................................................112
5.9.1 Режим модуля Light Manager; OFF....................................................................................................................113
5.9.2 Режим модуля Light Manager: CLASSIC (СТАНДАРТ)............................................................................113
5.9.3 Режим модуля Light Manager: SMART (РАСШИРЕННЫЙ) ..................................................................114
5.9.4 Настройка режима модуля Light Manager на штативе 5 ......................................................................114
--- стр. 8 ---
Axio Observer Содержание ZEISS
5.9.5
5.10
5.11
5.11.1
5.11.2
5.11.3
5.11.4
5.11.5
5.11.6
5.11.7
5.11.8
5.11.9
5.11.10
5.12
5.12.1
5.12.2
5.12.3
5.12.4
5.12.5
5.12.6
5.12.7
5.12.8
5.12.9
5.12.10
5.13
5.14
5.15
5.16
6.
6.1
6.2
6.2.1
6.2.2
6.2.3
6.2.4
6.3
7.
7.1
7.2
7.3
7.4
Выбор и настройка режима модуля Light Manager на штативе модели 7 ...............................115
Модуль управления контрастом Contrast Manager устройства Axio Observer 7............................115
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials..........................................................................116
Размещение элементов на экране...................................................................................................................116
Структура меню...........................................................................................................................................................118
Главная страница.......................................................................................................................................................120
Микроскоп......................................................................................................................................................................123
Страница Microscope -> Control (Микроскоп -> Управление)..........................................................123
СтраницаМюгозсоре -> Automatic (Микроскоп -> Автоматический).............................................128
Страница Microscope -> XYZ................................................................................................................................129
Страница Microscope -> Incubation (Микроскоп -> Инкубация)..........................................................132
Настройки........................................................................................................................................................................133
Дисплей...........................................................................................................................................................................147
Освещение и методы контрастных исследований ..................................................................................148
Настройка режима светлого поля в проходящем свете по методу KOHLER ........................148
Настройки режима фазового контраста в режиме проходящего света ......................................152
Настройки режима дифференциальной интерференционной контрастной
микроскопии (ДИК) в проходящем свете.......................................................................................................154
Настройки режима PiasDIC в проходящем свете.....................................................................................157
Настройка светлого поля в режиме отраженного света.......................................................................160
Настройки режима флуоресцентного контраста в режиме отраженного света .....................163
Настройка поляризации в режиме отраженного света.........................................................................165
Настройка темного поля в режиме отраженного света........................................................................167
Настройки режимов DIC и C-DIC в отраженном свете.........................................................................168
Настройка TIC в режиме отраженного света..............................................................................................170
Ориентация изображения, подаваемого на камеру для документирования............................173
Разъем типа 60N (наружная резьба М52 х 1).............................................................................................176
Микросъемка с помощью SLR-камеры...........................................................................................................177
Микросъемка с помощью цифровой камеры и видеомикроскопия...............................................178
УХОД ЗА ПРИБОРОМ, ТЕХНИЧЕСКОЕ ОБСЛУЖИВАНИЕ И УСТРАНЕНИЕ
НЕИСПРАВНОСТЕЙ ...............................................................................................................................................179
Уход...................................................................................................................................................................................179
Техническое обслуживание..................................................................................................................................180
Проверка прибора......................................................................................................................................................180
Замена предохранителей на штативах Axio Observer 3 и 5...............................................................181
Замена предохранителей внешнего блока питания Axio Observer 7 ...........................................182
Замена предохранителей в балластном блоке осветителя НВО 100 ..........................................183
Сервисное обслуживание......................................................................................................................................184
ПРИЛОЖЕНИЕ............................................................................................................................................................185
Перечень сокращений..............................................................................................................................................185
Перечень иллюстраций..........................................................................................................................................187
Алфавитный указатель...........................................................................................................................................191
Патентные права........................................................................................................................................................195
--- стр. 9 ---
ZEISS
ВВЕДЕНИЕ
Общая информация Axio Observer
1. ВВЕДЕНИЕ
Микроскопы Axio Observer разработаны, изготовлены и испытаны в соответствии с требованиями
стандартов безопасности DIN EN 61010-1 (МЭК 61010-1) «Безопасность электрических контрольно
измерительных приборов и лабораторного оборудования». Они соответствуют Директиве 2011/65/ЕС
(ограничение содержания вредных веществ в электрическом и электронном оборудовании).
Модели микроскопов Axio Observer 3, 5 и 7 для биомедицинского применения также соответствуют
стандарту DIN EN 61010-2-101 и приложению 1 Д 1фекгивы 98/79/ЕС (директива по медицинским
средствам диагностики in vitro) и имеют маркировку v v.
В разделе «Техника безопасности» приведена информация, а также предостережения, которыми
должны руководствоваться операторы.
Утилизация приборов должна выполняться в соответствии с директивой ЕС 2012/19/ЕС (об отходах
электрического и электронного оборудования).
Утилизация в соответствии с санитарными правилами и нормами Российской Федерации СанПиН
2.1.7.2790-10 "Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами».
Класс опасности медицинских отходов микроскопа - А.
Инструкция содержит следующие предупреждающие и уведомляющие символы:
А
ОСТОРОЖНО
Данный символ является предупреждением, указывающим на потенциальную опасность
для пользователя.
ОСТОРОЖНО
Перед вскрытием корпуса отключите прибор от источника питания!
ОСТОРОЖНО
Оптическое излучение.
Не смотрите на лазерный луч. Это может быть опасно для глаз.
ОСТОРОЖНО
Высокоэнергетическое УФ-излучение!
Риск получения травмы глаз и повреждения кожного покрова!
/ к
ОСТОРОЖНО
Воспламеняющиеся вещества! Опасность возгорания!
А
ОСТОРОЖНО
Опасность застревания рук или пальцев.
А
ОСТОРОЖНО
горячая поверхность!
--- стр. 10 ---
Axio Observer
ВВЕДЕНИЕ
Общая информация ZEISS
^ £ Знак соответствия европейским стандартам (СЕ) подтверждает соответствие
^ ^ изделий требованиям всех действующих европейских директив.
Ш
ВНИМАНИЕ
Данный символ является предупреждением, указывающим на потенциальную опасность
повреждения прибора или системы.
о
ВНИМАНИЕ
Ознакомьтесь с инструкцией по эксплуатации.
(Ь
ВНИМАНИЕ
Ждущий режим: изделие не отключено от источника питания.
ПРИМЕЧАНИЕ
Данным символом отмечены указания, требующие особого внимания.
--- стр. 13 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИИ по ТЕХНИКЕ БЕЗОПАСНОСТИ
Общая информация Axio Observer
А
6
Выключение приборов Axio Observer 5, 7 с помощью кнопки ждущего режима выключает
только встроенный компьютер. Питание сети не отключено.
А
Приборы Axio Observer 7, могут быть отключены от сети питания только нажатием
выключателя на внешнем блоке питания VP232-2. Чтобы отключить Axio Observer 5,
5 materials от напряжения сети, выньте шнур питания из розетки.
А
Не допускайте попадания рук в зону траектории движения моторизованных сканирующих
по оси X/Y столиков в момент их рабочего движения или позиционирования, чтобы не
прищемить пальцы или кисти рук.
А
Запрещается утилизировать неисправные приборы совместно с бытовыми отходами;
утилизация должна производиться в соответствии с действующими законодательными
требованиями.
Образцы также должны утилизироваться с соблюдением действующих законодательных
требований и внутренних операционных процедур.
Ш
Микроскопы серии Axio Observer и их фирменные принадлежности допускается применять
только для процедур, изложенных в настоящих инструкциях по технике безопасности.
Изготовитель не несет ответственности в случае применения прибора, его модулей или
компонентов в иных целях.
Внесение изменений в конструкцию и ремонт прибора или любого оборудования,
работающего совместно с Axio Observer, осуществляется только представителями отдела
технического обслуживания или уполномоченными сотрудниками. Изготовитель не несет
ответственности за ущерб, нанесенный прибору в результате несанкционированного
доступа внутрь прибора. Несоблюдение данных правил приведет к аннулированию всех
гарантийных обязательств.
Ш
Микроскопы Axio Observer 3 и 5 оснащены блоком питания, вмонтированным в штатив.
Блок питания допускает подключение к сетям с напряжением 100... 127 В и 200...240 В
±10%, частотой 50-60 Гц. Никаких настроек при этом менять не требуется. Настройка
требуемого напряжения проводится автоматически.
Ш
Напряжение в микроскопы Axio Observer 7 подается через внешний блок, входящий в
конструкцию штатива. Прибор рассчитан для напряжения 100...240 В перем. тока ± 10 %,
50-60 Гц. Никаких настроек при этом менять не требуется. Настройка требуемого
напряжения проводится автоматически.
Блоки питания (балластные блоки) для НВ0100 (ebqb ЮО-04-z) и HXP120V
спроектированы для напряжения 100...240 В перем. тока, 50-60 Гц. Настройка требуемого
напряжения проводится автоматически.
--- стр. 14 ---
Axio Observer
ИНСТРУКЦИИ ПО ТЕХНИКЕ БЕЗОПАСНОСТИ
Общая информация ZEISS
А
Не устанавливайте устройство вблизи источников тепла (радиаторов) или в зоне
попадания прямых солнечных лучей. Следует избегать резких колебаний температуры и
вибраций.
А
Вилка должна подключаться исключительно к розетке, имеющей контакт заземления. При
использовании удлинителя он также должен быть оснащен третьим проводом заземления.
А
Запрещается проводить замену съемных кабелей питания кабелями с
несоответствующими характеристиками. Обязательно использование указанных кабелей
питания.
А
Перед присоединением шнура питания необходимо убедиться, что параметры напряжения
сети соответствуют требованиям, указанным на паспортной табличке Axio Observer.
А
Вскрывать корпус прибора разрешается только уполномоченным специалистам или
техническому персоналу. Эксплуатацию Axio Observer разрешено проводить
исключительно в закрытых помещениях.
Перед вскрытием прибора или процедурой замены предохранителя необходимо отключить
устройство от сети питания.
Используйте предохранители только для заданного номинального тока, соответствующего
спецификациям держателей предохранителя и настоящей инструкции. Запрещается
устанавливать самодельные или временные предохранители или замыкать держатели
предохранителя.
Ш
Запрещается осуществлять подключение через портативный разветвитель. Кабели
необходимо прокладывать таким образом, чтобы исключить риск споткнуться о них, в ином
случае следует их закрывать.
Ш
Запрещается осуществлять отключение кабеля питания во время работы изделия.
Отключайте изделие с помощью выключателя электропитания.
А
Для обеспечения надлежащей работы изделия Axio Observer необходимо проводить
ежегодную проверку соблюдения требований техники безопасности. Проверка
безопасности должна осуществляться уполномоченным специалистом по техническому
обслуживанию компании ZEISS. Необходимо проводить проверки безопасности на
государственном уровне.
Ш
А
Забитые или перекрытые вентиляционные отверстия приводят к повышению температуры,
что может стать причиной повреждения изделия, а в худшем случае — и пожара. Следите
за чистотой вентиляционных отверстий. Не допускайте попадания посторонних предметов
через вентиляционные отверстия в корпус изделия.
--- стр. 15 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИИ по ТЕХНИКЕ БЕЗОПАСНОСТИ
Гарантийная информация Axio Observer
Ш
А
Пыль и грязь могут стать причиной снижения характеристик изделия. Прибор должен быть
максимально защищен от подобного воздействия, а неиспользуемый микроскоп должен
накрываться пылезащитным чехлом. Прежде чем накрывать микроскоп защитным чехлом
следует убедиться, что устройство выключено и остыло. В противном случае может
произойти возгорание.
А
ш
Запрещено работать с поставленным оборудованием в зонах с повыщенной
взрывоопасностью, в местах, где располагаются парообразные анестетики или
воспламеняемые растворители (например, спирт, бензол и т. д.)
Эксплуатация изделия допускается только на твердой поверхности из негорючего
материала.
А
ш
Микроскоп не оснащен специальными приспособлениями для защиты от коррозии,
потенциально инфекционных, токсичных, радиоактивных и иных веществ, которые могут
быть опасными для здоровья человека. При работе с такими материалами необходимо
обеспечить соблюдение всех нормативных требований, в частности государственных
нормативов по предотвращению аварийных ситуаций.
Для предотвращения повреждения устройства необходимо убедиться в том, что
правильная разработка рабочего места позволяет исключить возникновение
электростатических разрядов.
2.2 Гарантийная информация
Производитель дает гарантию отсутствия дефектов материалов или изготовления на момент
доставки прибора. При обнаружении какого-либо дефекта необходимо немедленно сообщить о нем и
принять меры для минимизации повреждений. Если изготовитель уведомлен о наличии дефекта, он
обязуется исправить его. Возможно проведение ремонта либо замена дефектного микроскопа на
исправный. Гарантия не распространяется на дефекты, вызванные естественным износом
(в частности, на изнащиваемые детали), а также на случаи ненадлежащей эксплуатации изделия.
Производитель не несет ответственности за повреждение, возникшее в результате ненадлежащей
эксплуатации, проявления халатности или вмешательства в конструкцию изделия, в частности в
случае демонтажа или замены его компонентов или использования принадлежностей, выпущенных
другими производителями. Подобные действия приведут к аннулированию всех гарантийных
обязательств.
За исключением описанных в настоящих инструкциях по технике безопасности видов работ
запрещается проведение какого-либо иного обслуживания или ремонта микроскопов. Ремонт может
осуществляться только обслуживающим персоналом компании ZEISS Service или специально
уполномоченными специалистами. В случае необходимости ремонта изделия обращайтесь в службу
техобслуживания компании ZEISS в Германии или к представителю компании ZEISS в вашем
регионе.
Гарантийный срок-12 месяцев.
--- стр. 16 ---
ИНСТРУКЦИИ по ТЕХНИКЕ БЕЗОПАСНОСТИ
Axio Observer Предупредительные и информационные маркировки на изделии ZEISS
2.3 Предупредительные и информационные маркировки на изделии
A CAUTION
tfDRMMTlON
OenolelM*
alepMtnglarne
Внимание
LED излучение
Не смотрите на рабочую лампу
WARNING
NDTsmma
Мягт «* «ям М » km
Предупреждение
Горячая поверхность
Горячая поверхность может стать причиной
ожогов кожи.
Выключить лампу не менее, чем на 15 минут,
перед касания лампы.
Рис. 1 Предупредительные маркировки на насадочной микросветодиодной
лампе
Axio Observer 3:
Axio Observer 3
Axio Observer 5
100-127/200 - 240V -- autorangeS0-60HZ 300VA
-BT5AW Ж
Axio Observer 7
C€ ж
Carl Zales Mkrotcopy втЬН K6nlgsanta9~21, 37081 GOtUngen
S/N.; звепгхюсхххA)8oCH»«fV»r3 4Э1004-9901ЧЮ О
Axio Observer 3 materiais:
Carl Zalaa Microscopy GmbH KOnlgsallea 37081 G6ttlngen
S/N .: 3867XXXXXKAxio Observers materials 431003-9903-000
Axio Observer 5:
Carl Zaiss Microscopy GmbH K6nl0SiIiM9-21. 37081 Gfittingafl
3865XXXXXXAxio Observer 5 431008-9901-000
Axio Observer 5 materiais:
Carl Zalsa MIcrosconr SmbH K6fttaaalita»-2i. 37081 GOttineen
S/N.: ЗвбЗХХХХХХAxfoCXeerverSrnaterlab 431008^34)00
Axio Observer?:
Carl Zalaa Mharoacopy GinbH КМвааПм»-2Ь 37081 eOttfeioan
SA4.: 3866XX)000(Axio Observer 7 431007-99044)00
Axio Observer 7 materiais:
Carl ZaIss Microscopy GmbHKAnlSS^9-21. 3708ie0ttingen
S/N .: завоооооосAxio Observer 7 materlab 431009-9904-000
Рис. 2 Надписи на Axio Observer
--- стр. 17 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Назначение и область применения Axio Observer
3. ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
3.1 Назначение и область применения
Обозначения моделей, сделанные производителем:
Инвертированный микроскоп для работы в проходящем свете и в режиме флуоресценции
отраженного света
(Axio Observer 3, Axio Observer 5 и Axio Observer 7).
Краткое обозначение:
Axio Observer 3, Axio Observer 3 materials
(c ручным / кодированным приводом).
Axio Observer 5,-Axio Observer 5 materials
(кодированный / полумоторизованный).
Axio Observer 7, Axio Observer 7 materials
(полностью моторизованный, включая моторизацию по оси Z).
Назначение
Модели микроскопов Axio Observer 3, 5, 7(рис. 3) являются универсальными инвертированными
оптическими микроскопами. Их основная область назначения — исследование тканей и клеточных
культур, а также осадков в колбах с культурами, в чашках Петри и микротитрационных планшетах в
условиях проходящего и отраженного света. Кроме того, с помощью таких микроскопов есть
возможность исследовать человеческие клетки и кровь.
Типовые области применения изделия;
- Исследование крови и образцов ткани тела человека.
- Ведение цифровой записи, исследования в режиме автоматической замедленной съемки.
Противопоказания:
- Не использовать для прямой медицинской диагностики на теле человека.
Побочные эффекты
- Нет
--- стр. 18 ---
Axio Observer
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Назначение и область применения ZEISS
Axio Observer 7
Рис. 3 микроскопы Axio Observer 3, 5 и 7
Микроскопы Axio Observer 3 materials, 5 materials, 7 materials(pnc. 4) представляют собой
универсальные инвертированные оптические микроскопы. Используются во всех областях научно-
исследовательской и промышленной микроскопии, Инвертированные микроскопы допускают
неограниченное использование стандартных образцов благодаря высоко приспосабливаемой камере
для образцов, что облегчает исследование образцов, деталей и т. д. больших размеров.
Типовые области применения изделия:
- Осмотр образцов материалов и компонентов, проверка
определение параметров поверхности, толщины покрытия).
результатов обработки (например,
--- стр. 19 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Назначение и область применения Axio Observer
Определение типа микроскопической стру[ауры, анализ зон термического воздействия вокруг
сварных соединений.
Оценка состава и структуры материалов, поиск причин неисправности компонента, контроль
процесса заготовки, обработки деталей и промежуточных продуктов.
Различные исследования композитных и сложных материалов, включая те, что получены из
возобновляемых источников или представляют собой сочетание органических и неорганических
веществ (клетки эпидермиса на материалах для протезов или имплантов).
Axio Observer 3 materials
Axlo Observer 5 materials
Axio Observer 7 materials
Рис. 4 Микроскопы для исследования материалов Axio Observer 3 materials,
5 materials, 7 materials
--- стр. 20 ---
Axio Observer
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Описание изделия и его основных особенностей ZEISS
3.2 Описание изделия и его основных особенностей
Микроскопы Axio Observer могут поставляться с тремя типами штатива;
- ручной / кодированный (Axio Observer 3, 3 materials),
- кодированный / полумоторизованный (Axio Observer 5, 5 materials),
- полностью моторизованный (Axio Observer 7, 7 materials).
Дополнительные компоненты имеют модульную конструкцию.
Для документального ведения микроскопических исследований на штатив Axio Observer возможна
установка до пяти гнезд для фото/видеокамер.
В зависимости от конфигурации микроскопа доступны следующие методы контрастирования и
микроскопии:
В проходящем свете:
- Светлое поле.
- Фазовый контраст.
~ Метод дифференциального
интерференционного контраста (ДИК).
- PiasDIC контраст.
В отраженном свете:
- Светлое поле.
- Поляризационный контраст.
- Темнопольная микроскопия.
- Метод дифференциального
интерференционного контраста (ДИК).
- iHMC (улучшенный модуляционный контраст- Метод дифференциального
Хоффмана). интерференционного контраста при круговой
поляризации света (КП-ДИК).- Простой поляризационный контраст.
- Полный интерференционный контраст при
круговой поляризации света (ПИК).
- Флуоресцентный контраст.
Основные особенности изделия (см. также обзор вариантов оборудования в разделе 3.3):
- ICS-оптика для формирования изображений.
- Высокая степень устойчивости к механическим и тепловым воздействиям.
- Различные варианты документирования проводимых исследований.
- Улучшенная эргономика.
- Отображение параметров изделия на ЖК-дисплее (Axio Observer 5, Axio Observer 5, 5 materials).
- Отображение параметров изделия и элементов управления изделием на TFT-дисплее
(Axio Observer 7, 7 materials).
- Поле зрения — 23 мм.
- Модули управления яркостью и контрастом.
- Модульная конструкция обеспечивает оптимальную настройку прибора в соответствии с
требуемой областью применения.
- Шестипозиционная турель объективов.
- Шестипозиционная турель с рефлекторными модулями. Модули устанавливаются сразу на месте,
или турель сначала снимают.
- Пяти- или шестипозиционная турель с модулями конденсора.
- Двойной диск со светофильтрами, моторизованный, для расщепления и генерации светового
пучка: шина CAN.
- Диск с возбуждающими светофильтрами (8-позиционный моторизованный) d = 25 мм; шина CAN.
--- стр. 21 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Описание изделия и его основных особенностей Axio Observer
- 3-позиционная турель с модулями Optovar.
- Съемные апертурные диафрагмы и слайдеры светополевой диафрагмы для работы в отраженном
свете.
- Затвор для работы в режиме флуоресценции (стандартный встроенный или внешний
высокоскоростной).
- Приборы освещения HAL 100, НВО 100, НВО 50, VIS-LED и microLED.
- Все основные функции микроскопа моторизованы (Axio Observer 7, 7 materials).
--- стр. 36 ---
Axio Observer
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Условия внешней среды ZEISS
3.5 Условия внешней среды
При хранении (в упаковке)
Допустимая температура воздуха............................................................................................................................... 10-40 °С
Допустимая относительная влажность (без конденсации) ........................................не более 75 % при +40 ®С
При транспортировке (в упаковке):
Допустимая температура воздуха.........................................................................................................................-40...+70 °С
Допустимая относительная влажность (без конденсации) .......................................не более 75 % при +35 °С
Эксплуатация
Допустимая температура воздуха..........................................................................+10 ... +35 °С, оптимальная 22 °С
Допустимая влажность воздуха.................................................................................................не более 65 % при +30 ®С
Давление воздуха.........................................................................................................................................................800-1060 гПа
Степень загрязнения ............................................................................................................................................................................2
Высота места эксплуатации над уровнем моря............................................................................................макс. 2000 м
--- стр. 37 ---
ZEISS
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Технические характеристики Axio Observer
З.б Технические характеристики
Габаритные параметры (ширина х глубина х высота)
Штатив Axio Observer 3, 3 materials,
Штатив Axio Observer 5, 5 materials
Штатив Axio Observer 7, 7 materials .......................................................приблизительно 295 x 805 x макс. 707 мм
Масса
Axio Observer 3, 3 materials..................................................................................................................... приблизительно 27 кг
Axio Observer 5, 5 materials..................................................................................................................... приблизительно 30 кг
Axio Observer 7, 7 materials..................................................................................................................... приблизительно 36 кг
Эксплуатационные характеристики Axio Observer 3, 3 materials и 5, 5 materials со встроенным
блоком питания, а также характеристики Axio Observer 7, 7 materials с внешним блоком питания
VP232-2
Зона эксплуатации ....................................................................................................................................закрытые помещения
Класс защиты............................................................................................................................................................................................. I
Степень защиты корпуса ...........................................................................................................................................................IP 20
Электробезопасность...............................................................................по стандарту DIN EN 61010-1 (IEC 61010-1),
а также соответствие регулятивным директивам CSA и UL.
Категория перенапряжения...............................................................................................................................................................II
Подавление помех.........................................................................в соответствии со стандартом EN 55011, класс В
Помехоустойчивость.......................................................................... в соответствии со стандартом DIN EN 61326-1
Линейное напряжение................................................................... 100-127 В и 200-240 В переменного тока ±10 %
(Axio Observer 3, 3 materials / 5, 5 materials)
Линейное напряжение внешнего
блока питания Axio Observer 7 materials .............................................от 100 до 240 В переменного тока ± 10 %
Регулировка линейного напряжения не требуется!
Частота сети .......................................................................................................................................................................... 50...60 Гц
Потребляемая мощность Axio Observer 3, 3 materials и 5, 5 materials ............................................ макс. 300 BA
Потребляемая мощность внешнего блока питания Axio Observer 7, 7 materials .......................макс. 190 BA
Блок питания (балластный блок) НВО 100
Зона эксплуатации ....................................................................................................................................закрытые помещения
Класс защиты............................................................................................................................................................................................. I
Степень защиты корпуса ..............................................................................................................................................................IP 20
Линейное напряжение....................................................................................................от 100 до 240 В переменного тока
Частота сети .......................................................................................................................................................................... 50...60 Гц
Потребляемая мощность при работе с НВО 100 .................................................................................................... 155 ВА
Предохранители соответствуют требованиям стандарта IEC 127
Штатив микроскопа Axio Observer 3, 3 materials и 5, 5 materials ................................ Т 5 А/Н / 250 В, 5x20 мм
Блок питания VP232-2 для Axio Observer 7, 7 materials .............................................. Т 4.0 А/Н / 250 В, 5x20 мм
Блок питания НВО 100 (балластный блок) ....................................................................... Т 2.0 А/Н / 250 В, 5x20 мм
--- стр. 38 ---
Axio Observer
ОПИСАНИЕ УСТРОЙСТВА
Технические характеристики ZEISS
Источники света
НВО 50 Вт/переменный ток, ртутная короткодуговая лампа
Выходная мощность............................................................................................................................................................. 50 Вт
Средний срок службы...........................................................................................................................................................100 ч
Ртутная короткодуговая лампа для светильника НВО 103 W/2 ...................................................................... 100 Вт
Настольный блок питания внешнего диска для фильтров
Класс защиты ..............................................................................................................................................................................................I
Входная мощность настольного блока питания...........................................от 100 В до 240 В ± 10 %; 50-60 Гц
Выходная мощность настольного блока питания........................................... 24 В пост. 24 В пост., макс. 2,5 А
Оптические/механические данные
Штатив со ступенчатой фокусировкой....................................................................с приводом грубой фокусировки,
передаточное число примерно 2 мм на оборот, и приводом точной фокусировки,
с передаточным числом примерно 1/10 грубой/точной фокусировки
суммарный ход около 10 мм, возможен вариант на 13 мм
Смена объективов ...................................................... через шестипозиционную турель объективов, Н DIC М27
Объективы .................................................................................................................................................................... с резьбой М27
Окуляры ................................................................................................................вставные, диаметр 30 мм, номер поля 23
Классификация оптических приборов по группе риска согласно DIN EN 62471:2009
Осветитель НВО 100 .................................................................................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
НХР 120 V..........................................................................................................группа риска 2 согласно DIN EN 62471:2009
Осветитель HAL 100..................................................................................группа риска 1 согласно DIN EN 62471:2009
VIS-LED.............................................................................................................группа риска 1 согласно DIN EN 62471:2009
microLED............................................................................................................группа риска 1 согласно DIN EN 62471:2009
--- стр. 39 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Инструкция по установке и требования по размещению Axio Observer
4. ИНСТРУКЦИЯ ПО УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
4.1 Инструкция по установке и требования по размещению
Для установки данного устройства применяются следующие требования;
- Размеры штатива Axio Observer (ширина х глубина х высота)
примерно 295 х 850 х макс. 707 мм. (±5%)
- Расстояние до стены по крайней мере 3 см.
Кроме того, необходимо убедиться в том, что пол, на котором располагается опора/стол, минимально
подвержен воздействию вибрации. Эксплуатация изделия допускается только на твердой
поверхности из негорючего материала.
Необходимо строго соблюдать параметры, указанные в разделах «Условия внешней среды» и
«Технические данные» (см. стр. 33 и 34).
4.2 Начало использования
Ввиду высокой сложности оборудования для его правильной работы монтаж и настройка микроскопа
Axio Observer выполняется представителем компании ZEISS на территории заказчика.
При этом выполняются следующие работы:
- монтаж микроскопа, сборка и регулировка всех компонентов (если они еще не отрегулированы на
заводе-изготовителе);
- подключение кабелей и блоков питания;
- проверка работоспособности.
--- стр. 40 ---
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Axio Observer Распаковка и установка микроскопа ZEISS
4.3 Распаковка и установка микроскопа
Базовый прибор поставляется в стандартной упаковке: полиэтиленовая пленка и картонная коробка.
В упаковке находятся штатив, бинокулярный тубус, объективы, окуляры, конденсор,
микросветодиодный или галогенный осветитель, флуоресцентный осветитель и мелкие детали
микроскопа: слайдеры с фильтрами и диафрагмами, чехол.
Дополнительные принадлежности поставляются отдельно от основных.
Извлеките все компоненты из упаковки и
сверьте их со списком компонентов на
упаковочной ведомости.
Установите штатив (рис. 13/1) на устойчивую
поверхность с низкой вибрацией.
Утилизируйте оригинальную упаковку
надлежащим образом либо сохраните на
будущее для хранения прибора или его
возврата изготовителю для ремонта.
При помощи торцевого ключа на 4 мм
отвинтите и снимите транспортную рукоятку
(рис. 3-1/2).
--- стр. 44 ---
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Axio Observer Установка держателя с ЖК-дисплеем на штативе модели 5, 5 materials ZEISS
4.6 Установка держателя с ЖК-
дисплеем на штативе модели 5,
5 materials
Держатель с ЖК-дисплеем {рис. 18/1) оснащен
магнитной подставкой. Если микроскоп не
оснащен осветителем проходящего света,
дисплей может быть расположен на
микроскопе или рядом с ним.
Ш
Во избежание повреждения
устройства (его электронных
компонентов) перед подключением
ЖК-дисплея к штативу прибор
необходимо выключить!
Поместите держатель с ЖК-дисплеем
(рис. 18/1) на крышке (рис. 18/2)
контактирующей поверхности осветителя
проходящего света так, чтобы оба паза
точно расположились над обоими винтами.
Вставьте штекер ЖК-дисплея в разъем
(рис. 18/3) для дисплея (держатель
осветителя проходящего света) на задней
части штатива модели 5 materials.
Рис. 18 Установка держателя
ЖК-дисплея
4.7 Прикручивание объективов
При использовании водозащиты для
объективов Aqua Stop II сначала
ознакомьтесь с разделом 4.8.
• Снимите пылезащитные крышки (рис. 19/2)
с гнезд на турели объективов.
• Извлеките объективы (рис. 19/3) из футляра
и установите их в турель объективов
(рис. 19/1), начиная с позиции №1 (см.
выгравированный номер) в порядке роста
увеличения. Убедитесь, что все объективы
прикручены правильно и надежно.
Все неиспользуемые гнезда на
турели должны закрываться
крышками.
При использовании объективов
Autocorr следуйте инструкциям
краткого справочника «Установка и
конфигурация автоматически
настраиваемых объективов»
(420852-7144-001).
--- стр. 45 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Установка водозащиты для объективов Aqua Stop II Axio Observer
4.8 Установка водозащиты
объективов Aqua Stop II
для
Система Aqua Stop II необходима для защиты
объектива и турели при работе с жидкими
образцами.
Размонтируйте предметный
вывинтите объективы.
столик
Установите поддон (рис. 20/6) на крепление
турели (рис. 20/8) и закрепите его двумя
винтами (рис. 20/9).
Установите покрывающий диск (рис. 20/7) на
турель.
Установите нужные объективы на турель.
Накройте каждый объектив защитным
колпаком подходящего размера (рис. 20/1).
Убедитесь, что каждый колпак натянут
до самого верха покрывающего диска.
Защитные колпаки объективов имеют два
размера: 1 (малый) и 2 (большой).
- Малый колпак DMR (431716-0160-000) предназначен для защиты объективов с фронтальным
диаметром 16...22,5 мм.
- Большой колпак DMR (431716-0170-000) предназначен для защиты объективов с фронтальным
диаметром 27,5...34 мм.
При установке защитных колпаков следите за тем, чтобы их верхняя кромка не
образовывала желоб, в котором будет накапливаться жидкость.
Неиспользуемые гнезда на турели нужно закрывать прилагаемыми крышками.
• Установите дренажную трубку (рис. 20/4) на коллектор (рис. 20/5). Проведите другой конец трубки
через отверстие в пробке бутылки (рис. 20/2) так, чтобы она выступала из отверстия на 3...4 мм.
Отрегулируйте трубку так, чтобы осушительный желоб не перегибался во
времяфокусировки.
• Плотно закройте бутылку пробкой.
• Установите прилагаемую застежку-липучку (рис. 20/3) на штатив. Закрепите бутылку на штативе
при помощи застежки.
• Верните предметный столик на место.
В случае утечки жидкости следует снять столик и удалить все капли жидкости безворсовой тканью.
Особенно важно очистить переднюю линзу объектива, чтобы сохранить его работоспособность.
Инструкции по очистке приведены в брошюре «Очистка микроскопа».
--- стр. 46 ---
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Axio Observer Установка предметных столиков ZEISS
4.9 Установка предметных столиков
Если вы используете предметные столики с утопленной или вставной рамкой, предметные столики
должны крепиться на штативе с помощью шайб (см. таблицу).
Используйте следующие шайбы*:
Столик Номер заказа: Шайбы
Предметный столик с механическим
приводом 130x85 правый и левый, для
вставки типа К
432016-9902-000 4 мм
Предметный столик с механическим
приводом 130x85 правый и левый, с
коаксиальным приводом укороченного
кода, для вставки типа К
432047-9902-000 4 мм
Сканирующий столик 130x100 PIEZO 432027-9001-000 4 мм
Сканирующий столик XY постоянного тока
110 X 90 с пьеэоприводом по оси
Z/роторным двигателем модиф. 4
000000-0538-386 4 мм
Сканирующий столик 130x100 с шаговым
двигателем
432029-9904-000 4 мм
Сканирующий столик 130x85
моторизованный Р, CAN **
432031-9902-000 4 мм
Сканирующий столик 130x85 МАТ с
разъемом CAN
432034-9000-000 6 мм
Сканирующий столик 130x85 МАТ с
разъемом CAN
432034-9001-000 4 мм
Дополнительные изделия, доступны по заказу и поставляются отдельно,
* При использовании сканирующего Р-моторизованного столика 130x85 с шиной CAN необходимо
использовать утопленные/вставные рамки в сочетании с HD-объективами.
--- стр. 55 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Конденсоры Axio Observer
Рис. 32 Установка крепления
конденсора
4.10.2 Установка конденсоров линейки
Axio Imager
На данном приборе можно использовать
следующие конденсоры линейки Axio Imager:
- LD 0,8 Н DIG {424206-9901-000).
- Ахроматически-апланатический конденсор
1.4 Н D Ph Die (424208-0000-000).
Ввиду инвертированной оптической
схемы микроскопа Axio Observer
данные конденсоры устанавливаются
«задом наперед» (турель находится
сзади). При этом элементы управления
оказываются сзади, а текст на
конденсоре будет перевернут.
Переместите держатель осветителя для
работы в проходящем свете (рис. 28/4) назад
и поверните держатель конденсора в крайнее
верхнее положение.
Установите крепление конденсора (рис. 32/1) в держатель конденсора на держателе осветителя
для работы в проходящем свете креплением типа «ласточкин хвост» вверх. Убедитесь, что
направляющий штифт на конденсоре находится спереди и точно попадает в направляющий паз на
держателе конденсора.
Закрепите крепление конденсора зажимным винтом (рис. 32/1).
Установите крепление нужного конденсора в кольце типа «ласточкин хвост» держателя
конденсора, проверив правильность его ориентации, и закрепите зажимным винтом (рис. 32/3).
Осторожно переместите держатель осветителя для работы в проходящем свете (рис. 28/4)
обратно в переднее положение. Убедитесь, что конденсор не достигает образца или вставки.
Установите свет согласно методу KOHLER.
Конденсоры линейки Axio Imager можно использовать только при работе с образцами на
предметных стеклах.
Их нельзя совмещать со вставкой типа К для работы в отраженном свете
(451344-0000-000) или блоками пьезофокусировки объектива.
При использовании ахроматически-апланатического конденсора 1.4 рекомендуется
использовать только вставки с прижимными пружинами для фиксации предметных стекол.
--- стр. 56 ---
Axio Observer
ИНСТРУКЦИЯ ПО УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Конденсоры ZEISS
4.10.3 Замена призмы для объектива на турели конденсоров
ш
при использовании моторизованного конденсора сначала выключите прибор и
отсоедините соединительный штекер. Только после этого допускается перемещение
турели конденсоров вручную. В противном случае конденсор будет поврежден.
Снимите ДИК-призму следующим образом:
• Для замены ДИК-призмы снимите конденсор и
поместите его на прочную поверхность.
• Снимите пластиковую крышку (рис. 33/1) с
отверстия в конденсоре (рис. 33/4).
• Переведите гнездо на диске турели, в котором
установлена заменяемая ДИК-призма, к
отверстию и удерживайте турель в этом
положении за рифленое кольцо.
• Отвинтите стопорное кольцо (рис. 33/2) при
помощи монтажной пластины, входящей в
комплект.
• Переверните конденсор и дайте ДИК-призме
(рис. 33/3) выскользнуть на мягкую
поверхность.
Новая ДИК-призма устанавливается в обратном порядке;
• Аккуратно вставьте новую ДИК-призму в крепление надписью вверх. При необходимости
осторожно держите ДИК-призму пинцетом за наружное кольцо. Убедитесь, что ДИК-призма
правильно установлена в соответствующее крепление (штифт на креплении должен войти в паз на
ДИК-призме).
• Аккуратно установите стопорное кольцо и завинтите его при помощи монтажной пластины.
• Замените крышку свободного отверстия.
• Убедитесь в правильности маркировки на рифленом кольце турели.
• Переверните конденсор и установите его обратно на держатель осветителя для работы в
проходящем свете.
--- стр. 57 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Турель для рефлекторных модулей Axio Observer
Рис. 34 Установка
рефлекторной турели
4.11 Турель для рефлекторных
модулей
4.11.1 Установка рефлекторной турели
Турель для установки рефлекторных модулей
(ручная/моторизованная) задвигается в штатив
справа.
Ш
Отключите прибор перед установкой
моторизованной рефлекторной турели.
При замене турели с рефлекторными
модулями закройте затвор
отраженного света (RL), чтобы не
произошло ослепления отраженным
светом.
Поверните фиксирующий рычаг (рис. 34/2)
вниз и откройте крышку (рис. 34/1).
Установите турель с рефлекторными
модулями или без них (рис. 34/3) в отверстие
под турелью объективов, задвинув ее до
упора.
Закройте крышку (рис. 34/1) и поверните
фиксирующий рычаг (рис. 34/2) вверх.
Вместо рефлекторной турели в штатив может быть установлен двойной диск для
фильтров, моторизованный.
--- стр. 58 ---
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Axio Observer Турель для рефлекторных модулей ZEISS
4.11.2 Установка рефлекторных модулей
на турель
Для установки рефлекторных модулей на турель
ее необходимо полностью или наполовину
отвести от штатива.
• Поверните фиксирующий рычаг {рис. 34/2)
вниз и поднимите крышку (рис. 34/1).
• Вытяните турель (рис. 34/3) или (рис. 35/1) из
штатива до первого фиксированного
положения (либо полностью снимите ее и
положите на подходящую поверхность
(ровный стол).
• Вставьте рефлекторные модули (рис. 35/4) в
соответствующие нужной комбинации
фильтров гнезда (см. обозначение гнезда
рис. 35/6), начиная с гнезда № 1
(эмиссионным фильтром вниз). Чтобы
установить модули, вставьте фиксаторы
(рис. 35/5), расположенные слева и справа на
модуле, в два нижних пружинных фиксатора
рис. 35/3) сверху по диагонали, а затем
надавите на модуль, прижимая его к верхним
пружинным фиксаторам (рис. 35/2) до
фиксации.
• Для снятия ненужного модуля сначала вытяните его из верхних пружинных фиксаторов, а затем из
нижних.
• После установки верните турель на штатив.
• Закройте крышку и поверните фиксирующий рычаг вверх.
Рис. 35 Установка модулей
рефлектора
Если в комплект первоначальной поставки включено защитное стекло рефлекторной
турели, то оно будет уже установлено.
Если оборудование модернизировалось, то его установит персонал отдела сбыта.
--- стр. 59 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Турель для рефлекторных модулей Axio Observer
Рис. 36 Замена комплекта
фильтров в
быстросъемном
модуле FL-
рефлектора
4.11.3 Замена комплекта фильтров в
быстросъемном модуле FL-
рефлектора
Комплекты фильтров быстросъемного модуля FL-
рефлектора подбираются и устанавливаются
пользователем. В компании ZEISS можно
заказать комплекты фильтров и полностью
собранные модули FL-рефлекторов с
быстросъемным креплением.
• Снимите модуль FL-рефлектора (рис. 36/3) с
головки и отложите его (также см.
раздел 4.11.2).
• Чтобы открутить стопорное кольцо (рис. 36/1),
используйте монтажную пластину (рис. 36/6).
• Поверните модуль рефлектора так, чтобы
фильтр (рис. 36/2 или 5) выпал на мягкую
поверхность.
• Установите блокирующий (эмиссионный)
фильтр в позицию (рис. 36/2), а
возбуждающий светофильтр — в позицию
(рис. 36/5). Закрепите оба фильтра при
помощи стопорных колец (рис. 36/1).
Блокирующий и возбуждающий светофильтры могут иметь маркировку и отметку в виде стрелки по
окружности. Стрелка указывает направление установки фильтра в модуль рефлектора; стрелка
всегда должна указывать внутрь (см. на стрелки, показанные на рис. 36).
Для минимизации смещения изображения в ходе выполнения серии снимков в режиме
флуоресценции на эмиссионном фильтре может находиться еще одна наклейка, указывающая
положение оптического клина.
Во время установки соответствующего блокирующего фильтра в модуль рефлектора выровняйте эту
наклейку с пазом для ориентации (рис. 36/4). Это гарантирует одинаковые углы установки оптических
клиньев блокирующих фильтров всех модулей рефлектора турели. Хотя смещение изображения
между модулями в действительности очень мало при использовании комплектов фильтров ZEISS, его
можно минимизировать или даже полностью компенсировать, приняв вышеуказанные меры.
--- стр. 60 ---
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Axio Observer Турель для рефлекторных модулей ZEISS
Если необходимо установить фильтры без
индикатора направления (стрелки),
рекомендуется выполнить следующее:
Установите фильтры с отражающим
диэлектрическим покрытием так, чтобы
отражающий слой (рис. 37/6) на возбуждающем
фильтре (рис. 37/5) был направлен наружу
(относительно модуля рефлектора). Отражающий
слой (рис. 37/2) блокирующего фильтра
(рис, 37/1) должен быть направлен внутрь
(рис. 37),
Отражающий слой (рис. 37/4) светоделителя
(рис. 37/3) после установки должен быть
направлен вниз.
Стрелки (рис. 37/7) показывают освещение и
траекторию переключателя светового пучка.
4.11.4
Ш
Смена светоделителя в быстросъемном модуле РЬ*рефлектора
При установке фильтров и светоделителей проявляйте особую осторожность, чтобы не
повредить их и не загрязнить оптические компоненты прибора.
Рекомендуем заказывать полностью
оборудованные быстросъемные модули FL-
рефлектора, поскольку замена светоделителя
требует определенных навыков.
Если вы все же вынуждены заменить
светоделитель собственными силами, то это
делается следующим образом:
• Снимите быстросъемный флуоресцентный
рефлекторный модуль с турели (также
см. раздел 4.11.2).
• Отверткой выкрутите оба шлицевых винта
(рис. 38/1).
• Удерживая обе половинки корпуса модуля
рефлектора вместе [эмиссионную половину
(рис. 38/2) и половину возбуждения
(рис. 38/3)], поверните его в положение,
противоположное положению для установки, и
отложите модуль.
Рис. 38 Замена
светоделителя
--- стр. 61 ---
ZEISS
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Турель для рефлекторных модулей Axio Observer
Рис. 39 Замена
светоделителя
Переместите лоловину поля возбуждения
(рис. 38/1), находящуюся сверху, и извлеките
ее из фиксаторов (рис. 38/5Ь) нижней
половины (эмиссионной) (рис. 38/4).
Снимите светоделитель (рис. 38/2) и
пружинную рамку (рис, 38/3) с нижней
половины модуля.
Снимите старый светоделитель и осторожно
установите новый на пружинную рамку
(рис. 38/3) отражающей стороной вверх.
Установите обе детали в нижнюю половину
модуля. Убедитесь, что боковая защелка
пружинной рамки расположена в
соответствующем пазу в нижней половине
модуля.1 ^ Отражающая (с покрытием) сторона
(рис. 40/3) светоделителя имеет
выступающий край (рис. 40/1) или угол
(рис. 40/2). •
• Поместите половину поля возбуждения
модуля (рис. 38/1) на эмиссионную половину
(рис. 38/4) (фиксаторы рис. 38/5Ь входят в
отверстия рис. 38/5а). Удерживая обе
половинки корпуса, поверните модуль обратно
в положение для установки.
• Вставьте шлицевые винты и затяните их,
• Наконец, поместите наклейку с описанием
набора фильтров на боковую сторону модуля.
Рис. 40 Маркировка
светоделителя
--- стр. 62 ---
ИНСТРУКЦИЯ по УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ
Axio Observer Крепление TFT-дисплея на штатив моделей 7, 7 materials ZEISS
4.12
Ш
Крепление TFT-дисплея на штатив
моделей 7, 7 materials
Перед установкой
выключите микроскоп.
TFT-дисплея
Перед установкой TFT-дисплея вставьте
шайбы в выемки штатива.
Установите TFT-дисплей (рис. 41/2) на правую
часть штатива. При этом убедитесь, что
штырьковый контакт (рис. 41/1) точно вошел в
отверстие.
Закрепите TFT-дисплей тремя винтами
(рис. 41/3).
TFT-дисплей электрически соединяется
штативом через штырьковый контакт.
со
Рис.41 Крепление TFT-
дисплея
4.13
Ш
Крепление
станцию
TFT-дисплея на док-
Выключите микроскоп
передкреплением TFT-дисплея и док-
станции.
• Если TFT-дисплей устанавливается на штатив
модели 7, 7 materials сначала необходимо
извлечь его из штатива.
• После снятия крепежные отверстия и
отверстия для контакта на штативе следует
закрыть прилагаемыми крышками.
• Установите TFT-дисплей (рис. 42/3) на док-
станцию (рис. 42/1) и привинтите его при
помощи прилагаемой длинной торцевой
отвертки. При этом убедитесь, что
штырьковый контакт (рис. 42/2) точно вошел в
отверстие.
• Для подключения док-станции к штативу модели 7, 7 materials соответствующий модуль
расширения устанавливается в задней части штатива.
Модуль расширения может быть установлен только обслуживающим персоналом компании
ZEISS или персоналом отдела сбыта.
• Подключите разъем кабеля док-станции (рис. 42/5) к разъему на задней стороне штатива.
• Угол наклона TFT-дисплея можно настраивать при помощи двух винтов с рифлеными головками
(рис. 42/4) на задней стороне док-станции.
--- стр. 95 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Правила эксплуатации и функции управления; описание Axio Observer
Бинокулярные тубусы (рис. 57/27)
- Бинокулярные тубусы обеслечивают индивидуальную настройку межзрачкового расстояния,
также высоты просмотра путем перемещения в заданных пределах.
Бинокулярный тубус 45^/23 с ручной
шторкой переключения на окуляры (рис. 71)
- Включение или выключение заслонки
поворотной кнопкой (рис. 71/1):
100 % на окуляры
О % на окуляры
(световой поток
перекрыт)
Бинокулярный тубус для per. данных 45°/23
со скользящей призмой, с линзой Бертрана
и ручной шторкой переключения
камера/окуляр (рис. 72)
- Включение и выключение заслонки
поворотной/скользящей кнопкой (рис. 72/1);
100 % на окуляры < Ж >
окулярыо % на
(световой поток
перекрыт)
Линза Бертрана
Фокусировка линзы Бертрана выполняется
поворотом рукоятки с ручкой (когда линза
Бертрана установлена),
Переключение светового пучка (скользящей
призмой — на окуляры или на гнездо для
per. данных) скользящей кнопкой (рис. 72/2):
о % на окуляры:
100% на per.
данных
50 % на окуляры:
50 % на per.
данных
100% на
окуляры: о % на
per. данных
О
<3 1 5 / 0
<ж>
Разъем для фотокамеры на бинокулярном тубусе для фотосъемки рекомендован для
установки камер с полем зрения до 18 мм (размер промежуточного изображения),
например, для Axiocam с адаптером камеры 0,63х,
--- стр. 96 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Правила эксплуатации и функции управления; описание ZEISS
Бинокулярная часть тубусов (рис. 57/28)
Рис. 70 Задание
межцентрового
расстояния
бинокулярного тубуса
межзрачкового
сводятся или
расстояния
разводятся
Для регулировки
тубусы окуляров
(рис. 73/А и В).
Путем переворота бинокулярной части на 180
можно получить две разные высоты тубуса.
Окуляр / фокусировочное
(рис. 57/30)
кольцо окуляра
- Обе модели окуляров выполняют коррекцию
аметропии, и на них можно устанавливать
перекрестия (также см. раздел 4.4.2).
Кнопка LM-Set (рис. 57/17)
- Кратковременное нажатие (менее 1 с):
параметры модуля управления освещением
сохранены.
- Долговременное нажатие (более 2 с):
режим конфигурации активирован (только Axio
Observer 5, 5 materials),
Колесико прокрутки турели с модулями Optovar (рис. 58/27)
- Установлено на штативах модели 5, 5 materials, если однопозиционное крепление тубусной линзы
не входит в комплектацию.
- До трех позиций:
линза тубуса 1х (установлена всегда),
модуль Optovar 1,25х,
модуль Optovar 1,бх,
модуль Optovar 2,5х.
- Можно установить до двух модулей Optovar,
- Если устанавливается менее трех оптических компонентов, то незанятые позиции закрываются.
--- стр. 97 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Правила эксплуатации и функции управления: описание Axio Observer
Упор вертикального перемещения привода
фокусировки (рис. 58/4)
- Только на штативах модели 5, 5 materials.
- Упор задает крайнее верхнее положение
привода фокусировки (для защиты образца от
столкновения с объективом).
- Принцип работы упора представлен схемой на
штативе.
- Регулировка вертикального упора:
Поверните рычаг фиксатора упора (рис. 74/2)
вверх до штифта.
Приводом фокусировки переведите столик в
нужное положение.
Поверните рифленое колесико (рис. 74/1) по
часовой стрелке до упора.
Поверните зажимной рычаг вниз и
зафиксируйте упор в новом положении,
Рис. 71 Упор вертикального
перемещения привода
фокусировки
ЖК'ДИСПлей (рис. 58/11)
- Только на штативах модели 5, 5 materials.
- ЖК-дисплей, установленный на держателе
осветителя проходящего света, имеет четыре
строки (по 16 символов каждая).
Основная отображаемая информация:
- Строка 1 (рис. 75/1):
наименование объектива.
- Строка 2 (рис. 75/2):
увеличение объектива и возможные методы
контрастных исследований.
- Строка 3 (рис. 75/3):
полное увеличение, сведения о лампе
осветителя и положении затвора проходящего
света, параметры конденсора.
“ Строка 4 (рис. 75/4):
более подробная информация об
отраженном свете, если не установлено:
увеличение модуля Optovar.
TFT-дисплей (рис. 59/23)
- Только на штативах модели 7, 7 materials.
- Управление микроскопом и настройка его
параметров при помощи сенсорного экрана
описаны в разделе 5.11.
А р 1 п
1 0 X / 0 . 2 5
1 0 0 X 1 1 6 V •
О Р t 0 V а г ; 1 f 2 б X о
1
2
3
-4
Рис. 72 ЖК-дисплей
--- стр. 98 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Правила эксплуатации и функции управления; описание ZEISS
Держатель с ЖК-дисплеем (рис. 61/8)
- Для использования только на штативах
модели 5, 5 materials.
- ЖК-дисплей с четырехстрочным
дисплеем (по 16 символов в каждой
строке).
Основная отображаемая информация;
- Строка 1 (рис. 76/1);
наименование объектива.
- Строка 2 (рис. 76/2);
увеличение объектива/апертура и
возможные методы контрастных
исследований.
- Строка 3 (рис. 76/3);
полное увеличение, сведения о лампе
осветителя и положении затвора
отраженного света.
- Строка 4 (рис. 76/4);
данные о методах контрастных
исследований (положение
рефлекторной турели).
Корректирующее
(рис. 58/29)
кольцо правое
- Только на штативах модели 5, 5 materials
и 7, 7 materials.
- Две пары кнопок (рис. 77/1 и 3) и
отдельная кнопка (рис. 77/2) управляют
моторизованными компонентами и
настройками освещения.
На заводе-изготовителе устанавливаются
функции кнопок по умолчанию,
представленные на наклейке (рис. 77/4),
приклеенной к штативу.
Штатив модели 5, 5 materials;
- Если установлен моторизованный
конденсор, то нажатие на среднюю кнопку
отображает текущие настройки
конденсора на ЖК-дисплее.
- Если расположение кнопок было
изменено, следует заменить наклейку на
штативе на новую (наклейки прилагаются
к прибору).
Штатив модели 7, 7 materials;
- Заданные по умолчанию назначения
к н о п о к м о ж н о м е н я т ь н а T F T - д и с п л е е .
- Если расположение кнопок было
изменено, следует заменить наклейку на
штативе на новую (наклейки прилагаются
к прибору).
--- стр. 99 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Правила эксплуатации и функции управления: описание Axio Observer
Корректирующее кольцо левое (рис. 59/4)
- Только на штативах модели 7, 7 materials.
- Две пары кнопок (рис. 78/2 и 3) и
отдельная кнопка (рис. 78/4) управляют
моторизованными компонентами и
настройками освещения.
- На заводе-изготовителе устанавливаются
функции кнопок по умолчанию,
представленные на наклейке (рис. 78/1),
приклеенной к штативу.
- Заданные по умолчанию назначения
кнопок можно менять на TFT-дисплее.
- Если расположение кнопок было
изменено, следует заменить наклейку на
штативе на новую (наклейки прилагаются
к прибору).
Док-станция
- Для использования только со штативами
модели 7, 7 materials.
- Если со стойкой микроскопа неудобно
работать с правой стороны, то
вызываемые на TFT-дисплее функции
(рис. 79/3 на док-станции), кольцо на
правой стороне (соответствует рис. 79/2
на док-станции) и правый привод
фокусировки (соответствует рис. 79/1 на
док-станции) можно задействовать с док-
станции, снятой со стойки.
- Заданные по умолчанию назначения
кнопок можно менять на TFT-дисплее.
- Угол наклона TFT-дисплея можно
настраивать при помощи двух винтов с
рифлеными головками (также см.
рис. 42/4) на задней стороне док-станции.
Рис. 76 Док-станция с TFT-
дисплеем, управляющим
кольцом и приводом
фокусировки
при работе с инкубатором XLmulti S1 обязательно использование док-станции, поскольку
TFT-дисплей не может быть установлен на штатив.
--- стр. 100 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Правила эксплуатации и функции управления; описание ZEISS
Функция автоматического распознавания компонентов (ACR) на штативах модели 5, 5 materials
и 7, 7 materials
Функция автоматического распознавания компонентов (ACR) заключается
распознавании объективов и рефлекторных модулей микроскопа Axio Observer.
в автоматическом
При замене объектива (только для штативов модели 7, 7 materials) или модуля рефлектора (штативы
5, 5 materials и 7, 7 materials) система зарегистрирует замененный компонент. Это необходимо для
удобства и безопасности оператора; Таким образом исключается риск ошибки оператора и
необходимость трудоемкого программирования.
Далее описана разница в работе функции автоматического распознавания компонентов на турели
объективов и на турели для установки рефлекторных модулей.
- Турель объективов (дополнительно только для штатива модели 7, 7 materials)
Автоматическое распознавание установленных на турель объективов запускается нажатием на
соответствующую экранную кнопку на TFT-дисплее на странице Settings/Components/Objective
(Настройки/Компоненты/Объективы) (см. раздел 5.11.9,1).
Для штатива модели 7 турель объективов является дополнительным компонентом (также
см. раздел 3.4).
В частности, она включает в себя;
- стандартный моторизованный (без функции ACR),
- моторизованный с функцией ACR,
- модуль Definite Focus.2 (моторизованный, с ACR).
Штатив модели 7 materials всегда оснащен турелью объективов с функцией ACR (входит в
комплект поставки).
Объективы с функцией ACR должны быть дополнительно оснащены соответствующим
«кольцом объектива с функцией ACR».
Для ACR с рефлекторными модулями требуется рефлекторная моторизованная турель с
функцией ACR. На рефлекторных модулях также должна присутствовать маркировка
«ACR».
- Рефлекторная турель (дополнительно; 5, 5 materials, 7, 7 materials)
Автоматическое распознавание установленных на турель компонентов запускается автоматически
сразу после закрытия крыши турели, поддерживающей функцию ACR.
--- стр. 101 ---
ZEiSS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Использование объективов Axio Observer
5.3 Использование объективов
Выбор объективов также влияет на возможность
микроскопа соответствовать области
применения. Объектив может иметь следующую
маркировку;
N-ACHROPLAN 20х/0,45 ««/0.17
Расшифровка данного обозначения:
20х
0,45
00
0,17
или
о
Увеличение объектива. Каждому цветному кольцу на объективе соответствует
определенная степень увеличения (цветовая кодировка компании ZEISS).
Числовое значение апертуры.
Бесконечная длина тубуса.
Может применяться только для наблюдений с покровным стеклом (D = 0,17 мм).
Может применяться для наблюдений и без покровного стекла (0 = 0 мм),
покровным стеклом толщиной D = 0,17 мм.
Может применяться только для наблюдений без покровного стекла (0 = 0 мм).
Дальнейшие сокращения
HD
DIC
Пол.
Oil (Масло)
ЕС
LD
i
iHMC
LCI
alpha
Объектив для работы со светлым и темным полем в режиме отраженного света.
Может использоваться для дифференциального интерференционного контраста.
Может использоваться для поляризационного контраста.
Иммерсионный объектив, использующий масло в качестве иммерсионной среды.
Повышающий контраст.
Длиннофокусный.
Изолированный.
Улучшенный модуляционный контраст Хоффмана.
Визуализация живых клеток.
Апертура > 1,4.
и с
Цветовая кодировка увеличения объектива;
Цвет кольца
на объективе
черный коричнев
ый
красный оранжев
ый
желтый зеленый голубой темно
синий
белый
К о э ф ф и ц и е н т
увеличения
1 ,0 х ;
1,25х
2 , 5 х 4 х ; 5 х 6 , 3 х Ю х 1 6 х ; 2 0 х ;
25х; 32х
4 0 х ; 5 0 х б З х Ю О х ;
150х
Увеличение объектива (например, 10х), умноженное на увеличение окуляра (например, 10х), и
увеличение модуля Optovar (например, 1,6х) дает общее оптическое увеличение микроскопа,
например; 10 х 10 х 1,6 = 160х.
Максимальное полезное увеличение равно числовому значению апертуры, умноженному на 1000,
т. е. 0,20 X 1000 = 200х. Выше этого предела дальнейшего роста разрешающей способности не будет.
Иммерсионные объективы по своему принципу работы менее чувствительны к колебаниям толщины
покровного стекла.
--- стр. 102 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Использование объективов ZEISS
У иммерсионного объектива воздух между покровным стеклом и объективом заменяется жидкостью
(чаще всего иммерсионным маслом).
--- стр. 104 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Использование объективов ZEISS
Применение иммерсионных объективов
У иммерсионного объектива воздух между покровным стеклом и объективом заменяется жидкостью
(так называемым иммерсионным маслом).
Поместите небольшую каплю (без пузырьков) иммерсионного масла Immersol 518 N (для работы с
проходящим светом) или 518 F (для работы с флуоресценцией) на переднюю линзу объектива и
установите емкость для культивирования или образца, накрытую покровным стеклом и направленную
на объектив, на предметный столик или вставку,
Затем осторожно приблизьте объектив и наведите фокус.
После проведения каждого эксперимента иммерсионное масло необходимо стереть с объектива с
помощью мягкой ткани (возможно, с петролейным эфиром).
Излишки иммерсионного масла могут попасть в механические компоненты инвертированного
микроскопа и снизить его функциональные возможности.
Ш
ВНИМАНИЕ
Соблюдайте технику безопасности при использовании иммерсионного масла (см. стр. 8).
Инструкции по очистке приведены в брошюре «Очистка микроскопа».
Применение объективов Autocorr
При использовании объективов Autocorr следуйте инструкциям руководства.
Объективы, которые в основном используются с приборами Axio Observer
Объективы, рекомендуемые для использования с микроскопами Axio Observer,
представлены на сайте:
www.zeiss.com/obiectives
--- стр. 105 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
ZEISS Микроскопия методом светлого поля в проходящем свете: краткий справочник
Observer
Axio
5.4 Микроскопия методом светлого поля в проходящем свете: краткий справочник
Перед началом работы с микроскопом прочтите разделы 2, 3 и 4.
Подготовьте микроскоп и включите его в соответствии с разделом 4 (рис. 83/1).
Выберите объектив с самым низким увеличением (например, объектив 10х — желтое кольцо) на
турели объективов (рис. 83/13); убедитесь в том, что он зафиксировался в правильном положении.
Задайте коэффициент 1х на колесике прокрутки (рис. 83/16) турели Optovar.
Полностью откройте полевую диафрагму, повернув влево диск управления диафрагмой светлого
поля (рис. 83/7) на держателе осветителя для работы в проходящем свете.
Полностью откройте апертурную диафрагму, повернув ее рычаг на конденсоре вперед до упора.
Поверните кольцо регулировки турели конденсора (рис. 83/3) и установите турель в положение Н
для работы в режиме светлого поля (если позиция Н отсутствует, переведите турель в позицию
DIC).
Поверните кольцо регулировки, чтобы переместить рефлекторную турель (если используется) в
положение, в котором не установлен набор светофильтров. Убедитесь, что поляризатор
зафиксировался.
При необходимости извлеките слайдер анализатора из слота (рис. 83/12) либо откройте его.
Убедитесь, что поляризатор зафиксировался.
Поверните колесико прокрутки бокового порта (рис. 83/2), в положение Vis, при котором 100%
света подается на окуляры.
На бинокулярном тубусе (для фотосъемки) установите соотношение деления светового пучка
равным 100% (рис. 83/20). Из оптического тракта (если используется) удалите линзу Бертрана.
Для этого переместите поворотную / скользящую кнопку (рис. 83/21) в положение 100 % VIS.
Извлеките трехпозиционный сменщик фильтров (рис. 83/5) из оптического тракта.
Поместите высококонтрастный образец на столик (рис. 83/10).
Установите межзрачковое расстояние, соответствующее индивидуальному межзрачковому
расстоянию пользователя: для этого разведите или сведите бинокулярные компоненты
(рис. 83/22) тубуса.
Установите нулевую точку коррекции аметропии при помощи колесика (рис. 83/24) на окулярах
(рис. 83/23): без визирных перекрестий окуляра: установите колесико на белую точку,
с визирными перекрестиями окуляра: установите колесико на красную точку.
Для выполнения коррекции аметропии сфокусируйте элемент изображения образца при помощи
соответствующего регулировочного кольца.
При помощи привода грубой/точной фокусировки (рис. 83/17) выполните фокусировку на
выбранном элементе образца. Если изображение в окулярах отсутствует, проверьте, идет ли свет
из корпуса галогенного осветителя. Если свет не идет, включите галогенный осветитель, нажав
кнопку TL (рис. 83/18).
С помощью колеса регулятора яркости задайте нужную интенсивность света для работы
(рис. 83/19).
■ Закрывайте диафрагму светлого поля
(рис. 83/7), пока она не станет видимой в поле
зрения (пусть даже и не в фокусе) (рис. 82/А).
' Сфокусируйтесь на краю диафрагмы светлого
поля (рис, 82/В), регулируя высоту конденсора
(рис. 83/8).
■ Отцентрируйте (рис. 82/С) диафрагму
светлого поля винтами (рис. 83/4) и затем
откройте ее так, чтобы край диафрагмы слегка
вышел из поля зрения (рис. 82/D).
Рис. 79 Настройки
диафрагмы светлого
поля в проходящем
свете по методике
KOHLER
Для задания положения апертурной диафрагмы снимите один окуляр с бинокулярного тубуса и
установите апертурную диафрагму в положение, соответствующее примерно 2/3 диаметра
выходного зрачка окуляра (рис. 82/Е).
Настройки, обеспечивающие оптимальный контраст, зависят от конкретного образца.
--- стр. 106 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio ОЬзеп/егМикроскопия методом светлого поля в проходящем свете: краткий справочник ZEISS
• Верните окуляр на место и при необходимости восстановите фокусировку на образце приводом
точной фокусировки.
• Установите требуемую яркость при помощи тумблера.
В случае замены объектива меняются поле зрения и апертура, поэтому для получения
оптимальных результатов диафрагму светлого поля и апертурную диафрагму надо
перенастраивать при каждой замене объектива.
Рис. 80 Axio Observer 5
--- стр. 107 ---
ZEISS
Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Микроскопия методом светлого поля в проходящем свете: краткий справочник Axio
Обозначения на рис.83:
1 В ы к л ю ч а т е л ь ( ш т а т и в 3 , 3 m a te r ia ls ) и л и к н о п к а ж д у щ е г о р е ж и м а ( ш т а т и в 5, 5 m a te r ia ls и ш т а т и в 7,
7 m a te r ia ls )
2 К о л е с и к о п р о к р у т к и б о к о в о г о п о р т а
3 Д и с к т у р е л и к о н д е н с о р а
4 В и н т ц е н т р и р о в а н и я к о н д е н с о р а
5 П о л я р и з а т о р т е м н о г о п о л я с д в у х п о з и ц и о н н ы м с м е н щ и к о м ф и л ь т р о в
6 К о н д е н с о р
7 Р и ф л е н о е к о л е с и к о п о л е в о й д и а ф р а г м ы
8 Р у к о я т к а в е р т и к а л ь н о й р е г у л и р о в к и к о н д е н с о р а
9 С л о т д л я с л а й д е р а и р и с о в о й д и а ф р а г м ы и а т т е н ю а т о р а , д и с к р е т н ы й
1 0 П р е д м е т н ы й с т о л и к ( с у с т а н о в л е н н о й у н и в е р с а л ь н о й в с т а в к о й т и п а К )
11 К н о п к а L M - S e t
1 2 С л о т с л а й д е р а а н а л и з а т о р а
1 3 Т у р е л ь о б ъ е к т и в о в
1 4 К р е п л е н и е к о м п е н с а т о р а 6 x 2 0 ( т о л ь к о д л я ш т а т и в о в м о д е л и m a te r ia ls )
1 5 Р е ф л е к т о р н а я т у р е л ь и л и д в о й н о й д и с к д л я ф и л ь т р о в , м о т о р и з о в а н н ы й
1 6 К о л е с и к о п е р е к л ю ч е н и я т у р е л и с м о д у л я м и O p to v a r
1 7 П р и в о д г р у б о й / т о ч н о й ф о к у с и р о в к и
1 8 К н о п к а T L у п р а в л е н и я з а т в о р о м с в е т о д и о д н о г о / г а л о г е н н о г о о с в е т и т е л я и л и о т р а ж е н н о г о с в е т а
(в р е ж и м е ф л у о р е с ц е н ц и и )
1 9 К о л е с о р е г у л я т о р а я р к о с т и с в е т о д и о д н о г о /г а л о г е н н о г о о с в е т и т е л я
2 0 П о в о р о т н а я / с к о л ь з я щ а я к н о п к а с в е т о д е л и т е л я « о к у л я р - к а м е р а »
2 1 П о в о р о т н а я / с к о л ь з я щ а я к н о п к а п р и в о д а л и н з ы Б е р т р а н а и з а т в о р с р у ч н ы м п р и в о д о м
2 2 Б и н о к у л я р н ы й у ч а с т о к т у б у с а
2 3 О к у л я р
2 4 Ф о к у с и р о в о ч н о е к о л ь ц о о к у л я р а
--- стр. 108 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio ОЬзегуегМикроскопия методом светлого поля в отраженном свете: краткий справочник ZEISS
5.5 Микроскопия методом светлого поля в отраженном свете: краткий справочник
Перед началом работы с микроскопом прочтите разделы 2, 3 и 4.
Подготовьте микроскоп и включите его в соответствии с разделом 4 (рис. 85/17).
Выберите на турели (рис. 85/5) объектив с наименьшим увеличением (например, 10х). Задайте
коэффициент 1х на колесике прокрутки (рис. 85/8) турели Optovar (колесико прокрутки доступно на
штативах модели 5 и 5 materials).
Полностью откройте апертурную диафрагму и диафрагму светлого поля: для этого переместите
рычаг слайдера (рис. 85/2, 3) вверх до механического упора.
Переключитесь на модуль рефлектора Н для режима светлого поля (или режима DIC) на
рефлекторной турели (рис. 85/7) с помощью кольца регулировки.
При необходимости извлеките слайдер анализатор (рис. 85/18) или переключите на свободный
оптический путь.
Поверните колесико прокрутки для правого / левого бокового порта / окуляра (рис. 85/19) в
положение Vis (©), при котором 100 % света подается на окуляры.
На тубусе установите соотношение деления светового пучка равным 100% (рис. 85/12). Из
оптического тракта (если используется) удалите линзу Бертрана. Для этого переместите
поворотную / скользящую кнопку (рис. 85/13) в положение 100 % VIS (СЗВС^).
Поместите высококонтрастный образец на столик (рис. 85/1). Настройте бинокулярную часть
(рис. 85/14).
При помощи привода грубой/точной
фокусировки (рис. 85/9) выполните
фокусировку на выбранном элементе образца.
Если изображение в окулярах отсутствует,
включите microLED или осветитель HAL 100,
используя переключатель отраженного света
RL (рис. 85/10).
С помощью колеса регулятора яркости
задайте нужную интенсивность света для
работы (рис. 85/11).
Закрывайте диафрагму светлого поля (рис. 85/3)
до тех пор, пока ее не будет видно (рис. 84/А).
Рис. 81 Настройки
диафрагмы светлого
поля в отраженном
свете по методике
KdHLER
Используйте привод фокусировки (рис. 85/9), чтобы сфокусироваться на диафрагме светлого поля
(рис. 84/В).
После этого выполните центрирование диафрагмы светлого поля, регулируя оба регулировочных
винта слайдера (рис. 85/3; с помощью отвертки с шаровой головкой 3 мм) (рис. 84/С). Затем
откройте полевую диафрагму так, чтобы край диафрагмы слегка вышел из поля обзора (рис. 84/D).
Снимите один окуляр с тубуса (или установите линзу Бертрана) и отрегулируйте апертурную
диафрагму (рис. 85/2) до 70-80 % диаметра выходного зрачка объектива (рис. 84/Е). Настройки,
обеспечивающие оптимальный контраст, зависят от конкретного образца.
Снова вставьте окуляр (или извлеките линзу Бертрана) и повторно выполните фокусировку. При
необходимости используйте привод точной фокусировки.
После настройки микроскопа на режим работы со светлым полем в отраженном свете можно
переключиться на конкретную методику контрастного исследования (см. раздел 5.12).
При использовании полностью моторизованного штатива Axio Observer 7 materials
управлять моторизованными компонентами можно с помощью сенсорного TFT-дисплея или
других кнопок (см. раздел 5.11).
--- стр. 109 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
ZEISS Микроскопия методом светлого поля в отраженном свете: краткий справочник Axio
Observer
Рис. 82 Axio Observer 5 materials (пример)
--- стр. 114 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio Observer Модуль Light Manager на устройствах Axio Observer 3, 3 materials ZEISS
5.8 Модуль Light Manager на устройствах Axio Observer 3, 3 materials
Модуль управления освещением Light Manager может быть использован как для режима отраженного
света, так и для режима проходящего света.
Модуль Light Manager выполняет следующие функции;
- Нажатие кнопки LM-Set сохраняет текущее значение яркости используемого объектива,
т. е. последнее значение, сохраненное с помощью KHonKnLM-Set, снова устанавливается после
отключения и повторного включения микроскопа.
- Значения с разделителями хранятся для режимов работы в отраженном и проходящем свете.
- Тумблер выбора режима TL/RL установлен на RL для работы в отраженном свете:
значение яркости лампы сохраняется для каждого положения турели объективов.
- Тумблер выбора режима TURL установлен на TL для работы в проходящем свете;
значение яркости лампы сохраняется для каждого положения турели объективов.
- Функция защиты от ослепления во время замены объектива.
- По умолчанию значение напряжения лампы для каждого положения объектива составляет 3 В.
Интерфейсы USB/CAN на штативах Axio Observer 3, 3 materiais для подключения к ПК
После подключения к ПК через USB появляется возможность использования функций программ
AxioVision и ZEN {blue, core), установленных на ПК:
- Показания положений турели объективов (положение 1-6 кодированной турели объективов).
- Регулировка яркости.
- Включение и выключение модуля Light Manager и защита от ослепляющего действия светового
излучения.
- Определение режима отраженного и проходящего света.
--- стр. 115 ---
ZEISS
Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Модуль Light Manager на штативах Axio Observer 5, 5 materials и 7, 7 materials Axio
5.9 Модуль Light Manager на штативах Axio Observer 5, 5 materials и 7, 7 materials
Модуль Light Manager задает оптимальные условия освещения для каждого конкретного образца для
применения методов контрастного исследования и выбора настроек увеличения, а также сохраняет
сделанные настройки в оперативной либо энергонезависимой памяти для дальнейшего
использования.
Модуль Light Manager работает в трех режимах: OFF (ВЫКЛ.), CLASSIC (СТАНДАРТ) и SMART
(РАСШИР.) Набор функций в каждом режиме зависит от наличия дополнительных компонентов,
устанавливаемых на штатив. Использование модуля Light Manager со штативами обоих типов
(5, 5 materials, 7, 7 materials) требует использования кодированной или моторизованной турели
объективов. Таким образом, электронный блок штатива способен определить перевод турели в новое
положение.
Модуль Light Manager применяется для контрастных методик исследования в проходящем свете
(светлое поле, фазовый контраст, ДИК) и для контрастных методик исследования в режиме
флуоресценции в отраженном свете.
При работе в отраженном свете модуль Light Manager учитывает положение ослабляющего
флуоресцентного светофильтра моторизованного (если он имеется).
В зависимости от настройки при включении микроскопа модуль Light Manager включается (в режимах
CLASSIC [СТАНДАРТ] и SMART [РАСШИР.]) или отключается (режим OFF [ВЫКЛ.]).
При работе в проходящем свете для каждой позиции турели сохраняются следующие параметры
(требуется наличие моторизованного конденсора):
- три уровня интенсивности освещения (яркости) в режиме светлого поля, методики фазового и
ДИК-контраста (различные фазовые диафрагмы и ДИК-призмы не регистрируются), а также
- для светлого поля и D1C, апертурная диафрагма.
В режиме отраженного света и при наличии штатива для биомедицинских исследований модуль Light
Manager работает в режиме SMART (РАСШИР.) точно также, как и в режиме CLASSIC (СТАНДАРТ). В
режиме отраженного света модуль Light Manager может использоваться только с моторизованным
ослабляющим светофильтром (не со слайдером ирисовой диафрагмы).
Текущие настройки нейтрально-серого флуоресцентного фильтра сохраняются отдельно для каждой
позиции турели с рефлекторными модулями. После того как турель с рефлекторными модулями
пройдет через все позиции, можно сохранить параметры в энергонезависимой памяти, нажав кнопку
LM set. Можно вносить изменения в параметры и без их сохранения.
Важно!
Для правильного сохранения внесенных изменений в оперативной памяти и их
последующей успешной записи в энергонезависимую память соответствующий затвор
должен быть открыт.
Модуль Light Manager работает только при правильной настройке всех задействованных
компонентов.
При выключении питания микроскопа оперативная память стирается.
--- стр. 116 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio ОЬзегуегМодуль Light Manager на штативах Axio Observer 5, 5 materials и 7, 7 materials ZEISS
5.9.1 Режим модуля Light Manager: OFF
Р е ж и м м о д у л я L ig h t M a n a g e r ; O F F
i
2fix S t lOx 20* AOt 1 e%( lOftt"
и м я1
Рис. 84 Интенсивность подсветки при наблюдении через окуляры и замене
только объектива (начиная с увеличения 20х)
Если модуль Light Manager отключен, то прибор работает как обычный оптический микроскоп.
После выбора увеличения и соответствующего напряжения питания лампы оператор должен вручную
регулировать напряжение для получения нужной яркости изображения в случае переключения на
объектив большего или меньшего увеличения.
5.9.2 Режим модуля Light Manager: CLASSIC (СТАНДАРТ)
Р е ж и м м о д у л я L ig h t M a n a g e r : C L A S S IC ( С Т А Н Д А Р Т )
Рис. 85 Интенсивность подсветки при наблюдении через окуляры и замене
только объектива (начиная с увеличения 20х). Настройки модуля Light
Manager ранее были сохранены для каждого объектива
Когда модуль Light Manager работает в режиме CLASSIC (СТАНДАРТ), оператор может выбирать
собственные «оптимальные» настройки освещения для каждого конкретного увеличения (комбинации
объектива и модуля Optovar).
Яркость должна задаваться для применяемых методик контрастного исследования (Н, PH, ДИК) и для
каждого объектива.
При замене объектива соответствующие значения автоматически сохраняются в оперативной памяти
модуля Light Manager.
Для записи настроек в энергонезависимую память (чтобы они сохранялись и после выключения
прибора) перед выключением питания нажмите кнопку LM Set на правой стороне штатива. Будет
подан звуковой сигнал, подтверждающий сохранение всех настроек в энергонезависимой памяти.
Затем примерно через 3 с подается второй звуковой сигнал. Теперь микроскоп можно отключить.
Ранее сохраненные в энергонезависимой памяти настройки можно временно изменить на один сеанс
работы. Если настройки не были записаны в энергонезависимую память нажатием на кнопку LM set,
они пропадут при выключении питания микроскопа. При повторном включении микроскопа снова
будут применены настройки, хранящиеся в энергонезависимой памяти.
--- стр. 117 ---
ZEISS
Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Модуль Light Manager на штативах Axio Observer 5, 5 materials и 7, 7 materials Axio
5.9.3 Режим модуля Light Manager: SMART (РАСШИРЕННЫЙ)
Р е ж и м м о д у л я L ig h t M a n a g e r ; S M A R T ( Р А С Ш И Р Е Н Н Ы Й )
[interwi^ L
I
1
2 ^ 1 «Эх
, 1
Г“
Рис. 86 Интенсивность подсветки при наблюдении через окуляры и замене
только объектива (начиная с увеличения 20х). Настройки ранее были
сохранены для одного объектива
В режиме SMART (РАСШИРЕННЫЙ) модуль Light Manager автоматически рассчитывает
оптимальную яркость для каждого метода контрастного исследования и всех объективов, заданных
на ЖК-дисплее или TFT-дисплее (или в программе МТВ 2011).
Если яркость меняется для какого-либо объектива в рамках конкретной методики контрастного
исследования, то правильная яркость рассчитывается и для всех остальных объективов с учетом их
увеличения. При замене объектива эти значения регулируются.
Если применяется турель с модулями Optovar, то ее наличие учитывается при расчете яркости.
Как и в режиме CLASSIC (СТАНДАРТ), значения яркости можно сохранить в постоянной памяти,
нажав на кнопку LM set на правой части штатива. Ранее сохраненные в энергонезависимой памяти
настройки можно временно изменить на один сеанс работы.
Настройка модуля
Light Manager
> Off (выкл.)
Classic ;стандарт)
Рис. 87 Настройка режима модуля Light
Manager
5.9.4 Настройка режима модуля Light
Manager на штативе 5, 5 materiais
На штативах модели 5, 5 materials режим работы
модуля Light Manager выбирается с помощью ЖК-
дисплея.
• Для входа в режим настройки нажмите и
удерживайте кнопку LM set в течение по
крайней мере 2 с. Два звуковых сигнала
сообщают о том, что система вошла в режим
настройки.
• Кратковременно (менее 1 с, без подачи
звукового сигнала) нажмите кнопку LM set.
Произойдет вход в меню модуля Light
Manager, где выбирается режим его работы.
Текущий пункт меню отображается в первой строке ЖК-дисплея (рис. 90).
В третьей строке значком в виде стрелки (>) отмечен текущий параметр, а в четвертой — следующий.
• Выбор нужного режима (отмеченного стрелкой) производится поворотом регулятора
интенсивности освещения.
• Для выхода из режима настройки нажмите и удерживайте кнопку LM set в течение по крайней мере
2 с. Два звуковых сигнала сообщают о том, что система вышла из режима настройки.
--- стр. 118 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio ОЬзегуегМодуль управления контрастом Contrast Manager устройства Axio Observer 7, 7 materials
ZEISS
5.9.5 Выбор и настройка режима модуля
Light Manager на штативе модели 7,
7 materials
• Модуль Light Manager включается или
выключается в выбранном режиме нажатием
кнопок Off [Выкл.], Classic [Стандарт], Smart
[Расшир.].
• При необходимости сбросить временные
значения модуля Light Manager с помощью
кнопки LM-Set нажмите кнопку User defined
[Пользоват.]. При этом текущие настройки
удаляются, а вместо них загружаются ранее
сохраненные.
• Если вместо этого надо загрузить заданные
производителем значения по умолчанию,
нажмите кнопку Default [По умолчанию]. При
этом значения по умолчанию записываются в
оперативную память и сразу же вступают в
силу. Если требуется сохранить стандартные
настройки в энергонезависимой памяти,
нажмите кнопку LM-Set. Заданные
производителем значения настроек по
умолчанию изменить нельзя.
Ucht' Blend- Ether- Son$ti-
^)р sdhutz net ges
Рис. 88 Выбор режима и
настройка модуля
Light Manager
5.10 Модуль управления контрастом Contrast Manager устройства Axio Observer 7,
7 materials
Модуль управления контрастом Contrast Manager доступен только на штативе моделей 7.
Данный модуль предназначен для быстрого переключения между различными методиками
контрастных исследований и настройки режимов смешанного контраста. Это упрощает наблюдение
контрастных клеток и поиск флуоресцентных сигналов в конкретных местах клетки.
Когда в оптический тракт устанавливается новый объектив, загружаются все настройки, необходимые
для данной методики контрастного исследования. Сюда относятся и настройки затвора, и положение
турели конденсора.
Например, при работе в режиме фазового контраста в оптический тракт автоматически вводится
позиция на турели конденсора, в которой установлена фазовая диафрагма текущего объектива.
Положения затворов при этом сохраняются.
Кнопки (FL, BF, PH и DIC) модуля Contrast Manager позволяют комбинировать различные режимы
контрастных исследований (например, методики светлого поля фазового контраста и ДИК с режимом
флуоресценции).
--- стр. 119 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials Axio Observer
5.11 Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials
5.11.1 Размещение элементов на экране
На микроскопе Axio Observer моторизованной версии управление прибором и настройка его функций
выполняются при помощи TFT-дисплея. TFT-дисплей является сенсорным.
Элементы интерфейса и информационные
сообщения сгруппированы на ряде экранных
страниц. Экранная страница на TFT-дисплее
обычно делится на следующие основные области
(рис. 92).С
S
о
гаXJ
СФXгаС
О б л а с т ь
э л е м е н т о в
у п р а в л е н и я
С т р о к а с о с т о я н и я
Рис. 89 Основные области
TFT-дисплея
5.11.1.1 Панель навигации
Панель кнопок навигации у левого края экрана
содержит кнопки вызова всех имеющихся
экранных страниц. Набор отображаемых кнопок
зависит от текущей отображаемой страницы. При
выводе любой страницы всегда отображаются
следующие кнопки:
- Главная вызов главной страницы,
- Дисплей вызов страницы дисплея.
З а к л а д к и
Э к с п л у а т а ц и я З а т в о р
C o n t r a s t m a n a g e r
(М о д ул ь у п о а в л е н и я к о н т о а с т о м )
Рис. 90 Область элементов
управления на TFT-
дисплее
5.11.1.2 Строка состояния
Строка состояния внизу экрана содержит
сведения по текущим настройкам микроскопа.
5.11.1.3 Область элементов управления
Область подразделяется на следующие
подразделы (см. рис. 93):
- Закладки.
- Осветитель / затвор.
- Эксплуатация.
- Contrast manager (Модуль управления
контрастом).
- Всплывающие окна.
--- стр. 120 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials ZEISS
(1) Закладки
Закладки вызывают функции, отображаемые в подобласти элементов управления. Они выводятся в
области элементов управления. На одной странице помещается до шести закладок.
(2) Осветитель / затвор
Кнопки затворов отраженного (RL) и проходящего (TL) света находятся у правого края области
элементов управления. В режиме проходящего света затвор переключается в зависимости от
текущей конфигурации прибора. Кнопки Оп (Вкл.) и Off (Выкл.) работают как выключатели, открывая
или закрывая затворы в оптическом тракте микроскопа.
(3) Эксплуатация
Данная подобласть содержит элементы интерфейса, соответствующие кнопке, выбранной на панели
навигации, и текущей закладке.
(4) Contrast manager (Модуль управления контрастом)
У нижнего края области с элементами управления находится панель с кнопками выбора методики
контрастных исследований. Набор доступных для выбора методик контрастных исследований зависит
от текущей конфигурации микроскопа. Далее приведен полный список контрастных методик:
Сокращенное
наименование
Порядок действий
FL Флуоресценция
BF Светлое поле
PH Фазовый контраст
DIC Метод дифференциального
интерференционного контраста
Конкретная методика контрастных исследований выбирается подбором конденсора,
положения турели для установки рефле[аорных модулей,затворов и иных параметров.
Текущий выбранный метод контрастного исследования отображается на TFT-дисплее. В
случае ручного ввода настроек наименование методики не отображается (например, если в
текущей позиции турели нет рефлекторного модуля,а затвор для работы в отраженном
свете открыт).
(5) Всплывающие окна
Всплывающие окна выполняют следующие функции:
“ Требуется ввод дополнительной информации: оператор должен сделать выбор (например,
настроить конфигурацию прибора после инициализации, ввести значения и пр.).
- В окнах выводятся сообщения об ошибках или дополнительная информация: в ряде случаев
пользователь должен подтвердить получение сообщения выбором кнопки Close (Закрыть).
- Отображение текущего состояния прибора (времени ожидания): такие окна закрываются
автоматически.
Пока всплывающее окно присутствует на экране, работа с лежащей под ним страницей
невозможна.
--- стр. 121 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials Axio Observer
5.11.2 Структура меню
Представленная далее структура меню может отличаться от меню вашего микроскопа.
Здесь показаны все возможные пункты меню, в том числе относящиеся к дополнительно
устанавливаемым компонентам, а также пункты, для доступа к которым требуются права
администратора. (Без прав администратора пользователь может только читать
информацию, но не изменять ее.)
В зависимости от типа штатива, выбранного в пункте Settings ->User ->Standtype
(Настройки ->Пользовательские ->Тип штатива) (варианты Bio/Med [Для биомедицинских
исследований] или МАТ [Для материаловедения]), на странице Microscope ->Controi
(Микроскоп -> Управление) отображаются различные закладки (см. стр. 140) В
приведенном далее перечне приведены пункты меню для обоих вариантов исполнения
штатива.
Кнопки пунктов меню первого уровня отображаются у левой границы панели навигации (рис. 94). При
нажатии на кнопки Microscope (Микроскоп), Settings (Настройки) и Dispiay (Экран) набор кнопок на
панели навигации меняется.
Кнопки второго уровня на панели навигации выбирают соответствующие закладки. Прикосновение к
закладкам вызывает отображение соответствующих кнопок в области элементов управления.
Все кнопки выводятся только в области элементов управления {третий уровень) (см. стр. 114) или
во всплывающих окнах (см. стр. 115). В строке состояния они не выводятся.
--- стр. 129 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials Axio Observer
> Light path (Микроскоп ->
Управление -> оптический путь)
Control
Automatic
S d e p o itL
[Q]
0%
Ey^ece/VI5
Ofko- , афк
var ^ path
Sdeport R
2Q%
80%
F rO T tp o rl
0%
^0%
[Q ]
B e se po rl;
Load
position
Tl Ш ш мпаЫоп
O ff
R l fflu ft^n a d o n
O n
3.0 V
Рис. 103 Оптический путь, два
активных зеркала,
оптические пути — желтым
O b je c
tiv e s
R e - j O p t o
А е й о г i v e r
LlgN;
p^h
S d e p o rt L
cQ ]
0%
Eyepiece/VlS
0%
S d e p o rt R
[Q ]
eo%
Frofrtpoft
cQ ]
20%
0%
B e s e p o rt
Load
position
IL M iu rjn a tio n
OFF
RL rn um inadon
O n
'3.0 V
Рис. 104 Оптический путь,
Eyepiece/
ViS [Окуляр] включен
рабочей области отображает оптический путь.
Конфигурация прибора определяется в ходе
инициализации микроскопа.
Активированы два зеркала (боковой порт,
передний/основной порт).
Текущие оптические пути показаны желтым.
Ширина линий схемы текущих оптических путей
определяется величиной пропускаемого света.
Нажатие одного из значков (например,
Eyepiece/ViS [Окуляр]) переключает
максимальную долю светового потока на
соответствующий узел прибора.
126 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 130 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials ZEISS
5.11.5.7 F/A (светополевая диафрагма /
апертурная диафрагма)
В закладке F/A {Апертурная диафрагма и
диафрагма поля зрения) настраиваются
параметры слайдера, оснащенного ирисовой
диафрагмой для светополевой диафрагмы
моторизованной (диафрагмой поля зрения) и
параметры апертурной диафрагмы.
Контроль апертуры устанавливается кнопками со
стрелками. Текущее раскрытие отображается
внизу экрана.
(Пред.) и Мах. (Макс.)
диафрагмы в предыдущее и
значения раскрытия
Кнопки Prev.
устанавливают
максимальное
соответственно.
Если на приборе установлен ослабляющий
флуоресцентный светофильтр моторизованный,
то он не управляется с TFT-дисплея. Тогда экран
нижней апертурной диафрагмы не доступен.
Objec- Re- i d a
tives fleeter i var
Fteld stop
Automatic
Incubation
Display
17.2mm
Aperture stop
NA-0.68
Light Пио
path Arc
Prev ■ Max
16.4 I 23.0
Prev I Mav
0,58 I 0.90
F/A
Load
position
Tl Skjmlnation
Off i On
RL iDuminetion
Off I On
Рис. 105 Страница Microscope
> Control -> F/A
(Микроскоп ->
Управление ->
Апертурная
диафрагма и
диафрагма поля
зрения)
5.11.5.8 Увеличение
Для уже внесенных в настройки позиций
объектива и (или) модуля Optovar отображается
увеличение и, если это возможно, следующая
дополнительная информация;
Oil (Масло) масляно-иммерсионный объектив.
Поддерживаемые увеличения отображаются,
если установлена турель, оснащенная модулем
Optovar.
• Для ввода нужного модуля Optovar в
оптический тракт выберите соответствующую
кнопку.
• Чтобы установить нужный объектив / модуль
Optovar в оптический тракт, следует выбрать
соответствующую кнопку.
Рис. 106 Страница Microscope
> Control ->
Magnification
(Микроскоп ->
Управление ->
Увеличение)
Данная закладка неактивна, если на прибор не установлена моторизованная турель
Optovar
Если включен модуль Light Manager, то при замене объектива яркость настраивается
автоматически.
Если настройки метода контрастного исследования были заданы в модуле управления
контрастом до замены объектива, они автоматически будут применены для нового
объектива (т. е. положение конденсора и рефлекторной турели может изменить
регулировку контраста). Если для соответствующего объектива контрастная методика
неприменима, система переключается в режим светлого поля
12/2016 431004-7244-001 127
--- стр. 131 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Сенсорный TFT-дисплей Axio Observer 7, 7 materials Axio Observer
Magnh
flcertton
Cal'
Cfasl
Light F/A
R-
Ca*rd
Fos.2
DP
Ccotrast Manager RL
AuCOfiidtn: I gp DF C-C'IC Pol
Contrast Мапжааг Tl
+ I £f
Load
position
RL Dlumh^ion
O n
Л М
Рис. 107 Страница Microscope -
> Control -> Contrast
(Микроскоп ->
Управление -
Жонтраст)
5.11.5.9 Contrast (Контраст)
Закладка неактивна, если на прибор не
установлена моторизованная
рефлекторная турель. Вместо этого
текущий рефлекторный модуль
отображается только в строке
состояния (рис. 96).
В зависимости от рефлекторных модулей на
странице выводятся до 6 элементов управления,
соответствующих позициям турели с 1 по 6.
• Нажатие на соответствующую кнопку
вызывает переключение модуля рефлектора в
заданную позицию.
• Для переключения вперед или назад нажмите
кнопку ◄ или ►.
Рис. 108 Страница Microscope
> Automatic •> Soft
keys (Микроскоп •>
Автоматический ->
Программируемые
клавиши)
5.11.6 Страница Microscope -> Automatic
(Микроскоп -> Автоматический)
5.11.6.1 Soft Keys (Программируемые
клавиши)
Данная закладка предназначена для работы с
аппаратным обеспечением, доступ к которому
создается в программе AxioVision.
Сценарии запускаются выбором
соответствующей кнопки на TFT-дисплее.
128 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 153 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
5.12.1.2 Комплектация прибора для работы в режиме светлого поля в проходящем свете
Микроскопы Axio Observer оснащены всеми необходимыми компонентами для проведения
микроскопических исследований в режиме светлого поля в проходящем свете.
5.12.1.3 Настройка светлого поля в проходящем свете по методике KOHLER (например,
штатив модели 5)
- Микроскоп должен быть правильно подготовлен к использованию в соответствии с описанием в
разделе 4 «ИНСТРУКЦИЯ ПО УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ».
- Микроскоп был включен.
• Выберите объектив с самым низким увеличением (например, объектив 10х — желтое кольцо) на
турели объективов (рис. 148/23); убедитесь в том, что он зафиксировался в правильном
положении.
• Задайте коэффициент 1х на колесике прокрутки (рис.148/27) турели Optovar (колесико прокрутки
доступно на штативах модели 5 и 5 materials); убедитесь в том, что он зафиксировался в
правильном положении.
• Полностью откройте светополевую диафрагму, повернув влево диск управления светополевой
диафрагмой (рис. 148/10) на держателе осветителя для работы в проходящем свете.
• Полностью откройте апертурную диафрагму, повернув ее рычаг на конденсоре вперед до упора.
• Поверните колесико прокрутки турели конденсора (рис. 148/15) и установите турель в положение Н
для работы в режиме светлого поля (если позиция Н отсутствует, переведите турель в
позицию DIC).
• Поверните кольцо регулировки, чтобы переместить рефлекторную турель (если используется) в
положение, в котором не установлен набор светофильтров. Убедитесь, что поляризатор
зафиксировался.
• При необходимости извлеките слайдер анализатора из слота либо откройте его. Убедитесь, что
поляризатор зафиксировался.
• Поверните колесико бокового порта (рис. 148/5) в положение Vis, при котором 100% света
подается на окуляры (только для моделей штативов 3 и 5, модели 7 моторизованной)
• На бинокулярном тубусе (для фотосъемки) установите соотношение деления светового пучка
равным 100%. Из оптического тракта (если используется) удалите линзу Бертрана. Для этого
переместите поворотную / скользящую кнопку в положение 100 % VIS.
• Извлеките трехпозиционный сменщик фильтров (рис. 148/9) из оптического тракта.
• Поместите высококонтрастный образец на столик (рис. 148/7).
• Установите межзрачковое расстояние, соответствующее индивидуальному межзрачковому
расстоянию пользователя: Для этого разведите или сведите бинокулярные компоненты
(рис. 148/35) тубуса.
• Установите нулевую точку коррекции аметропии при помощи колесика (рис. 148/37) на окулярах
(рис. 148/36): без визирных перекрестий окуляра: установите колесико на белую точку,
с визирными перекрестиями окуляра: установите колесико на белую точку.
• Для выполнения коррекции аметропии сфокусируйте элемент изображения образца при помощи
соответствующего регулировочного кольца.
• При помощи привода грубой/точной фокусировки (рис. 148/28) выполните фокусировку на
выбранном элементе образца. Если изображение в окулярах отсутствует, проверьте, идет ли свет
из корпуса галогенного осветителя. Если свет не идет, включите галогенный осветитель, нажав
кнопку TL (рис. 148/30).
150 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 154 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
С помощью регулятора задайте нужную интенсивность света для работы (рис. 148/32).
Закрывайте диафрагму светлого поля
(рис. 148/10), пока она не станет видимой в
поле зрения (пусть даже и не в фокусе)
(рис. 149/А).
Сфокусируйтесь на краю диафрагмы светлого
поля (рис. 149/В), регулируя высоту
конденсора (рис. 148/13).
Отцентрируйте (рис. 149/С) диафрагму
светлого поля винтами (рис. 148/8) и затем
откройте ее так, чтобы край диафрагмы слегка
вышел из поля зрения (рис. 149/D).
Рис. 145 Настройки
диафрагмы светлого
поля в проходящем
свете по методике
kOhler
Для задания положения апертурной диафрагмы снимите один окуляр с бинокулярного тубуса и
установите апертурную диафрагму конденсора в положение, соответствующее примерно 2/3
диаметра выходного зрачка окуляра (рис. 149/Е).
Настройки, обеспечивающие оптимальный контраст, зависят от конкретного образца.
Верните окуляр на место и при необходимости восстановите фокусировку на образце приводом
точной фокусировки.
Установите требуемую яркость при помощи тумблера.
В случае замены объектива меняются поле зрения и апертура, поэтому для получения
оптимальных результатов диафрагму светлого поля и апертурную диафрагму надо
перенастраивать при каждой замене объектива.
12/2016 431004-7244-001 151
--- стр. 155 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
5.12.2 Настройки режима фазового контраста в режиме проходящего света
5.12.2.1 Общие принципы работы
Методика фазового контраста идеально подходит для изучения тонких неокрашенных образцов,
например, клеточных культур. Как правило, человеческий глаз не воспринимает фазовые различия
(разницу в коэффициенте преломления и толщине) между различными элементами клетки.
В методике фазового контраста применяются оптические модуляторы «фазовая диафрагма и
фазовое кольцо», а также используется интерференция при получении промежуточного изображения
и внесении небольших фазовых изменений в интенсивность и цвет, которые будут заметны для
глаза.
Высокоинтенсивные направленные составляющие светового потока приглушаются оптическим
кольцевым каналом «фазовая диафрагма и фазовое кольцо» с заданным постоянным сдвигом по
фазе. Однако ненаправленные составляющие светового потока, образуемые в результате дифракции
на различных компонентах клетки, обходят данный оптический канал, и их фаза смещается в
зависимости от коэффициента преломления и толщины образца.
На плоскости создания промежуточного изображения два световых пучка взаимодействуют друг с
другом и либо усиливаются, либо ослабляются в зависимости от совпадения или несовпадения фаз.
Данная интерференция приводит к тому, что на изображении отображается разница в интенсивности
и цвете, которая воспринимается человеческим глазом.
Применение объективов с двумя фазовыми кольцами позволяет быстро переключаться между
режимами прямого и обратного контраста. Для этого апертура меняется поворотом турели
конденсора. Прямой фазовый контраст удобен при исследовании тонких клеточных структур
(например, филоподий), а обратный — элементов клетки большей толщины, чтобы мелкие детали
отображались четче.
5.12.2.2 Комплектация прибора
- Требуются фазово-контрастные объективы с фазовыми пластинами Ph О, Ph 1, Ph 2 или Ph 3 со
средними числовыми значениями апертуры. Эти же объективы пригодны для наблюдений в
режиме светлого поля без каких-либо ограничений.
- Кроме того, на турели конденсора следует установить центрируемые фазовые диафрагмы Ph О,
Ph 1, Ph 2 или Ph 3 со средними числовыми значениями апертуры.
- Текущая фазовая диафрагма на конденсоре должна соответствовать обозначению на объективе
(например, Ph 1).
152 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 156 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
5.12.2.3 Настройки режима фазового
контраста в режиме
проходящего света
• Установите фазово-контрастный объектив
{например, Ph 1) в оптический тракт.
• На турели конденсора выберите фазовую
диафрагму с тем же обозначением, что и на
фазово-контрастном объективе (например,
Ph 1).
• Для проверки центрирования и конгруэнции
светлой фазовой диафрагмы (в
конденсоре) относительно темной фазовой
пластины (в объективе) снимите один
окуляр с тубуса и замените его
центрирующим телескопом. При помощи
корректирующего устройства на
центрирующем телескопе выполните
фокусировку на фазовой диафрагме и
фазовой пластине в выходном зрачке
объектива.
При наличии тубуса для фотосъемки
допускается установка линзы Бертрана, чтобы
обеспечить наблюдение выходного зрачка
объектива. При использовании линзы
Бертрана колесиком установки турели с
модулями Optovar следует выбрать модуль с
увеличением 1х.
• Если конгруэнция не идеальна (рис. 151/А),
при помощи двух торцевых ключей на
1,5 мм (рис. 150/1) отцентрируйте светлый
фазовый ограничитель до достижения его
полной конгруэнтности с темной фазовой
пластиной (рис. 151/В).
• Наконец, снимите центрирующий телескоп
с окуляра и замените его на окуляр. При
необходимости изымите линзу Бертрана,
выведя ее из оптического тракта.
Как правило, центрирование фазовых
диафрагм не требуется, так как они
центрируются на заводе-изготовителе.
на конденсоре
(светлое кольцо в
конденсоре)
относительно фазового
кольца (темное кольцо в
объективе)
Для повышения контраста изображения в сменщик фильтров можно установить широкополосный
интерференционный фильтр (зеленый, 32x4). Идеальный фазовый контраст достигается, если
фазовая диафрагма светлого поля (в конденсоре) и фазовая пластина темного поля (в объективе)
точно конгруэнтны в световом пучке освещения (рис. 151/В).
Фазовые пластины требуется регулировать у всех фазово-контрастных объективов. При
исследовании жидких объектов в сосудах малого объема оптический тракт требуется
выровнять относительно центра сосуда, так как жидкость у края сосуда работает как линза
и искажает изображение.
12/2016 431004-7244-001 153
--- стр. 157 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
5.12.3 Настройки режима дифференциальной
микроскопии (ДИК) в проходящем свете
5.12.3.1 Общие принципы работы
интерференционной контрастной
Дифференциальная интерференционная контрастная микроскопия (ДИК) в проходящем свете
обеспечивает высококонтрастное трехмерное представление прозрачных элементов образца.
Свет, линейно поляризованный поляризатором, расщепляется двоякопреломляющей призмой на два
пучка. Эти два пучка проходят через соседние области образца на небольшом расстоянии друг от
друга. Длина хода лучей оказывается разной из-за различных коэффициентов преломления и
разницы в толщине образца. Затем оба пучка соединяются во второй двоякопреломляющей призме.
Пройдя через анализатор, световые волны в пучках получают одинаковое направление. Таким
образом, оба пучка взаимодействуют друг с другом при получении промежуточного изображения,
преобразуя различные длины пройденного пути в градации интенсивности серого.
5.12.3.2 Комплектация прибора
- Объективы, поставляемые в комплекте с оборудованием для ДИК-исследований (например, ЕС
Plan-Neofluar DIC).
- DIC-слайдер, пригодный для работы с применяемым объективом.
- Конденсор с поворотным диском, на котором установлены ДИК-призмы (DIC I, DIC II, DIC III) или
модуль конденсора DIC.
- Поляризатор, например, поляризатор темного поля с двухпозиционным сменщиком фильтров
(требуется, если у применяемого конденсора нет ДИК-призмы со встроенным поляризатором).
- Модуль анализатора поляризации с функцией ACR быстросъемный для работы в проходящем
свете, установленный на турели рефлекторных модулей или на анализаторе, например,
фиксированный слайдер анализатора или слайдер анализатора с углом ± 30° (типа компенсатор
Сенармона).
5.12.3.3 Настройки режима DIC в проходящем свете
• Выберите объектив, пригодный для ДИК-исследований на турели. Задвиньте соответствующий
ДИК-слайдер (рис. 152/3) в слот на турели объективов. Убедитесь, что DIC-слайдер надежно
защелкнулся.
• Выберите соответствующую ДИК-призму (I, II или III) поворотом турели конденсора.
• Установите слайдер анализатора (рис. 152/4) на щтатив. Убедитесь, что поляризатор
зафиксировался.
(1) Режим DIC в проходящем свете с фиксированным слайдером анализатора
• Установите в рабочее положение поляризатор (рис. 152/1), находящийся на держателе осветителя
для работы в проходящем свете. Убедитесь, что поляризатор зафиксировался.
• Поместите исследуемый образец на столик.
• Отрегулируйте светополевую диафрагму и апертурную диафрагму на конденсоре (рис. 152/2) по
методике KOHLER.
• Установите оптимальный контраст поворотом винта с рифленой головкой на DIC-слайдере. При
симметричной регулировке ДИК-слайдера относительно его среднего положения элементы
образца визуализируются в трехмерном виде, как будто они приподняты или занижены.
154 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 158 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
1 Поляризатор темного поля (фиксированный или поворотный (опционально))
2 Конденсор
3 DIC-слайдер
4 Слайдер анализатора, зафиксированный
5 слайдер анализатора с углом установки ± 30^
Рис. 148 Компоненты, необходимые для проведения DIC-исследования в
проходящем свете (Axio Observer 5)
12/2016 431004-7244-001 155
--- стр. 159 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
(2) Режим Die в проходящем свете со слайдером анализатора с углом установки ±30''
(типа de SENARMONT)
Данная методика применима только при наличии конденсора 0,35 H/DIC.
Если используется слайдер анализатора с углом установки ± 30°, требуется предварительное
центрирование DIC-слайдера.
• Установите поляризатор (рис. 152/1) в световой тракт и отрегулируйте слайдер анализатора с
углом установки ±30° (рис. 152/5) в лоложение 0° (темное, оптические оси поляризатора и
анализатора перпендикулярны).
• Поверните ДИК-призму на конденсоре (например, установите режим светлого поля или фазового
контраста).
• Снимите один окуляр и замените его центрирующим телескопом (либо введите установленную на
тубусе для фотосъемки линзу Бертрана).
• При просмотре поля зрения через центрирующий телескоп (или линзу Бертрана) на ДИК-слайдере
наблюдается диагональная черная линия (из левого верхнего в правый нижний угол).
• Винтом с рифленой головкой на ДИК-слайдере переместите диагональную черную линию в центр
поля зрения.
• Снимите центрирующий телескоп с окуляра и замените его на окуляр (либо изымите линзу
Бертрана, выведя ее из оптического тракта).
• Выберите позицию ДИК на конденсоре.
• Поместите исследуемый образец на столик.
• Поворотом колесика анализатора отведите анализатор от положения 0° до достижения
оптимального контраста.
Поскольку в методике ДИК используется поляризованный свет, он искажается
двоякопреломляющими объектами (например, тонкими пленками) в световом тракте между
поляризатором и анализатором. Такие пленки применяются, в частности, при
гистологических исследованиях. Та же проблема имеет место при использовании
культуральных камер из акрилового стекла, если дно камеры также выполнено из пластика.
В таких случаях во избежание ухудшения оптических характеристик рекомендуется
использовать камеры со стеклянным дном.
156 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 160 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
5.12.4 Настройки режима PlasDIC в проходящем свете
5.12.4.1 Общие принципы работы
PlasDIC — это инновационная методика интерференционного контрастного исследования в
проходящем свете, позволяющая получить рельефообразное изображение. Данная методика
особенно полезна при изучении более тонких образцов. Контраст можно регулировать.
Лунки на планшетах для микротитрования можно контрастировать до самого верха.
Наличие емкостей для клеточных культур со стеклянным дном не обязательно, но возможно.
5.12.4.2 Комплектация прибора*
*Ниже представленная комплектация является одним из возможных вариантов. Изделия
поставляются отдельно, только по заказу.
Объективы:
- LD А-Р1ап 10х-бЗх (4212хх-хххх-ххх).
- LD Plan-Neofluar 20х/0,4 Согг М27.
- LD Plan-Neofluar 40х/0,6 Согг М27,
- LD Plan-Neofluar бЗх/0,75 Согг М27.
Обязательно наличие по крайней мере одного из этих объективов.
Конденсоры;
- LD 0,35 шестипозиционный: Н, PhO, Phi, Ph2, DIC, DIC (424241-0000-000).
- LD 0,55 шестипозиционный: H, Ph1, Ph2, Ph3, DIC, DIC (424242-0000-000).
- LD 0,55 шестипозиционный: H, Phi, Ph2, Ph3, DIC, DIC (424244-0000-000)
C
- щелевой диафрагмой 3,5 мм PlasDIC (000000-1246-773).
или
- LD 0,35 шестипозиционный Н, Ph PlasDIC DIC IHMC (424241-9010-000)
c
- щелевой диафрагмой на 3,5 мм PlasDIC для конденсора (10х-40х) (426717-9110-000),
- щелевой диафрагмой на 5 мм PlasDIC для конденсора (40х/63х) (426717-9120-000).
Поместите щелевую диафрагму PlasDIC, установленную на конденсоре, в световой пучок.
Размер используемой (PlasDIC) щелевой диафрагмы зависит от используемого объектива.
12/2016 431004-7244-001 157
--- стр. 164 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
Обозначения на рис. 154:
1 П р е д м е т н ы й с т о л и к м и к р о с к о п а
2 А п е р т у р н а я д и а ф р а г м а с л а й д е р а М А Т с л о т а А
3 С л а й д е р и р и с о в о й д и а ф р а г м ы д л я р а б о т ы в о т р а ж е н н о м с в е т е ( с в е т о п о л е в о й д и а ф р а г м ы ) в с л о т е F
4 К н о п к а L M S e t
5 Т у р е л ь о б ъ е к т и в о в
6 К р е п л е н и е к о м п е н с а т о р а 6 x 2 0
7 Т у р е л ь д л я р е ф л е к т о р н ы х м о д у л е й
8 К о л е с и к о п е р е к л ю ч е н и я т у р е л и с м о д у л я м и O p to v a r
9 П р и в о д г р у б о й / т о ч н о й ф о к у с и р о в к и
1 0 К н о п к а R L у п р а в л е н и я з а т в о р о м с в е т о д и о д н о г о /г а л о г е н н о г о о с в е т и т е л я и л и о т р а ж е н н о г о с в е т а
(в р е ж и м е ф л у о р е с ц е н ц и и )
1 1 К о л е с о р е г у л я т о р а я р к о с т и с в е т о д и о д н о г о /г а л о г е н н о г о о с в е т и т е л я
1 2 П о в о р о т н а я / с к о л ь з я щ а я к н о п к а с в е т о д е л и т е л я « о к у л я р - к а м е р а »
1 3 П о в о р о т н а я / с к о л ь з я щ а я к н о п к а п р и в о д а л и н з ы Б е р т р а н а и з а т в о р с р у ч н ы м п р и в о д о м
1 4 Б и н о к у л я р н ы й у ч а с т о к т у б у с а
1 5 О к у л я р
1 6 Ф о к у с и р о в о ч н о е к о л ь ц о о к у л я р а
1 7 К н о п к а ж д у щ е г о р е ж и м а
1 8 С л о т п о д с л а й д е р а н а л и з а т о р а
1 9 К о л е с и к о п р о к р у т к и б о к о в о г о п о р т а
2 0 К о л е с и к о п р о к р у т к и о п т и ч е с к о г о п у т и ( о с н о в н о й п о р т / о к у л я р / п е р е д н и й п о р т )
2 1 В с т а в к а т и п а К д л я р а б о т ы в о т р а ж е н н о м с в е т е с у с т а н о в л е н н о й д и а ф р а г м о й с т о ч е ч н ы м о т в е р с т и е м
2 2 Д е р ж а т е л ь с Ж К - д и с п л е е м
(1) Применение
Микроскопия светлого поля в режиме отраженного света — самая простая и широко применяемая
методика, служащая для исследований непрозрачных образцов (например, полированных участков
или подложек для микросхем).
Для получения достоверных изображений, помимо прямых пучков света, крайне важны так
называемые непрямые пучки, т. е. пучки, прошедшие дифракцию и рассеяние на элементах образца.
Согласно теории Э. Аббе, чем больше доля таких непрямых пучков (апертура), тем более
реалистичным будет получаемое изображение.
Свет, подаваемый осветителем для работы в отраженном свете, отражается светоделителем
нейтрально-серого цвета. Затем свет поступает в объектив, который фокусирует пучки на
поверхности образца (так называемое конденсирование света). Объектив собирает отраженный
объектом свет и вместе с линзой на тубусе создает в микроскопе промежуточное изображение,
которое затем можно наблюдать или документально фиксировать.
(2) Комплектация прибора
- Axio Observer materials с установленным microLED или настроенным осветителем HAL 100.
- Быстросъемный модуль рефлектора Н, установленный на рефлекторной турели.
- Объектив ЕС Epiplan, ЕС Epiplan-Neofluar.
12/2016 431004-7244-001 161
--- стр. 165 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
(3) Настройка светлого поля в отраженном свете по методу kOhler
- Микроскоп должен быть правильно подготовлен к использованию в соответствии с описанием в
разделе 4 «ИНСТРУКЦИЯ ПО УСТАНОВКЕ И НАЧАЛУ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ».
- Микроскоп был включен.
• Включите осветитель HAL 100 или microLED для отраженного света с помощью кнопки RL
(рис. 154/10) на штативе микроскопа.
• Отрегулируйте яркость света, повернув колесико управления (рис. 154/11) на штативе микроскопа.
• Поместите на предметный столик микроскопа высококонтрастный образец, предназначенный для
исследования в отраженном свете.
« Поверните турель объею-ивов (рис. 154/5) так, чтобы установить объектив 10х в рабочее
положение (желтое кольцо; также см. раздел 5.3).
• Выполните фокусировку на образце, используя привод фокусировки (рис. 154/9). При этом всегда
выполняйте фокусировку, отодвигая образец от объектива, чтобы они не столкнулись.
• Переведите рычаг настройки апертурной диафрагмы МАТ (рис. 154/2 или рис. 156/4) в
центральное положение (примерно по середине между положениями «открыта» и «закрыта»).
• Используйте рычаг управления (рис. 156/4) слайдером светополевой диафрагмы (рис. 154/3),
чтобы сузить полевую диафрагму так, чтобы она стала видна в поле обзора (рис. 155/А).
• Поверните привод фокусировки (рис. 154/9), чтобы перефокусироваться на край светополевой
диафрагмы (рис. 155/В), и используйте центрирующие винты (рис. 156/2, 3), чтобы отцентрировать
светополевую диафрагму с краем поля обзора (рис. 155/С).
• Затем откройте светополевую диафрагму
(рис. 154/3) так, чтобы ее край слегка вышел
из поля зрения (рис. 155/D).
• Для задания положения апертурной
диафрагмы (регулировки контраста
изображения) снимите один окуляр
(рис. 154/5) с бинокулярного тубуса и
посмотрите в тубус невооруженным глазом
либо установите вспомогательный микроскоп
на место окуляра.
• Отцентрируйте апертурную диафрагму с
помощью центрирующих винтов слайдера
диафрагмы МАТ (рис. 154/2); для образцов
средней контрастности установите рычаг
управления в диапазоне 2/3...4/5 диаметра
выходного зрачка объектива (рис. 155/Е).
В большинстве случаев такая настройка
апертурной диафрагмы обеспечивает
оптимальный контраст при почти идеальном
разрешении, что наилучшим образом
с о о т в е т с т в у е т у с л о в и я м н а б л ю д е н и я
человеческим глазом.
Рис. 151 Настройки
диафрагмы светлого
поля в отраженном
свете по методу
KOHLER
Наконец, повторно установите окуляр,
перефокусируйте его с помощью привода
фокусировки (рис. 154/9) и установите яркость
изображения с помощью колесика управления
(рис. 154/11) на образец в отраженном свете.
свете
Никогда не используйте апертурную диафрагму для настройки яркости изображения.
Используйте для этого колесико регулировки яркости освещения (рис. 154/11)!
162 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 166 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEiSS
5.12.6 Настройки режима флуоресцентного контраста в режиме отраженного света
5.12.6.1 Общие принципы работы
Методика флуоресценции в режиме отраженного света обеспечивает представление
высококонтрастных изображений флуоресцирующих веществ в типичных цветах флуоресценции.
В флуоресцентном микроскопе в режиме отраженного света свет от мощного источника проходит
через теплопоглощающий фильтр и попадает на возбуждающий светофильтр. Прошедший через
фильтр коротковолновый свет возбуждения отражается дихроичным светоделителем и фокусируется
на образце при помощи объе 1стива. Образец поглощает коротковолновый свет и затем переизлучает
длинноволновый флуоресцентный свет {по закону Стокса), который собирается объею-ивом и
передается дихроичным светоделителем. Наконец, свет проходит через барьерный светофильтр,
пропускающий только длинноволновое излучение, испущенное образцом.
Возбуждающий и пропускающий фильтры должны быть точно согласованы с точки зрения спехгра.
Они установлены в модуле рефлектора для работы в режиме флуоресценции совместно с
соответствующим дихроичным светоделителем.
5.12.6.2 Комплектация прибора
- Рекомендованные объективы: объективы светлого поля.
- Рефлекторная турель с установленным на нее комплектом флуоресцентных светофильтров
быстросъемного модуля FL-рефлектора.
или
Комплект FL-светофильтров, установленных на двойной диск для моторизованных фильтров и
диске возбуждающим светофильтром (8-позиционный моторизованный).
- Опционально; флуоресцентный осветитель НХР 120 V, НВО 100, НВО 50 или Colibri 7.
- microLED или осветитель HAL 100 для работы в проходящем свете.
- Рекомендуется: переключающее зеркало для двух осветителей и слайдер ирисовой диафрагмы
для слота А.
Перед использованием метода флуоресценции в отраженном свете убедитесь в том, что
ртутная лампа располагается в соответствии с показаниями раздела 4.23.3. После
определенного периода эксплуатации может потребоваться повторная юстировка.
Возможно применение и самонастраивающегося осветителя НВО 100.
5.12.6.3 Настройка флуоресценции в отраженном свете
Первоначальная настройка микроскопа для работы в режиме флуоресценции в отраженном свете
существенно упрощается, если она выполняется с объективом Plan Neofluar 20х/0,5 или объективом
ЕС Plan Neofluar 20х/0,5, а также сильно флуоресцирующим образцом. Допускается применение
демонстрационных образцов.
• Сначала найдите образец в светлом поле в режиме отраженного света (см. раздел 5.12.5) или в
светлом поле в режиме проходящего света (см. раздел 5.12.1).
• Переключите оптический путь от microLED или осветителя HAL 100 в проходящем свете до
осветителя НХР 120 V или НВО в отраженном свете.
• Если необходимо, замените слайдер апертурной диафрагмы МАТ слайдером ирисовой
диафрагмы.
• Сначала используйте встроенный затвор флуоресцентного света, чтобы удерживать оптический
путь в секции отраженного света, закрытой нажатием кнопки RL (рис. 154/10).
12/2016 431004-7244-001 163
--- стр. 168 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
5.12.7 Настройка поляризации в режиме отраженного света
(1) Применение
Поляризация отраженного света — следующий вариант контрастного исследования, применяемый
для изучения полированных участков рудных минералов, угля, керамических изделий, ряда металлов
и сплавов. Подобные образцы часто демонстрируют различный характер отражения линейно
поляризованного света, зависящий от ориентации кристаллов и элементов образца.
Свет от светильника линейно поляризуется поляризатором и пропускается через объектив на
поверхность образца, от которой он отражается. Здесь лучи света проявляют зависящую о структуры
поверхности разницу в ходе лучей либо происходит поворот оси поляризации. При проходе света
через анализатор эти изменения визуализируются в виде различных оттенков серого.
При использовании объективов с очень малым увеличением перед объективом устанавливается
поворотная пластина Л/4 (крышка Antiflex), которая устраняет отражения даже в случае «темных»
поверхностей образца, которые в противном случае неизбежны.
(2) Комплектация прибора
- Axio Observer materials с установленным microLED или настроенным осветителем HAL 100.
- Объективы ЕС Epiplan-Neofluar, ЕС Epiplan.
- Фиксированный слайдер анализатора и быстросъемный модуль рефлектора Pol или DIC.
(3) Настройка поляризации в режиме отраженного света
• Подготовьте микроскоп, как это описано в разделе 5.12.5, для работы в режиме светлого поля в
отраженном свете.
• Извлеките DIC-слайдер (если установлен).
• Поместите быстросъемный модуль рефлектора DIC/Pol на рефлекторной турели (рис. 154Я) в
световой пучок или вставьте быстросъемный модуль рефлектора Pol и слайдер анализатора.
• Наведите фокусировку и посмотрите на образец в доступном поляризационном контрасте.
Кроме того, поворотный поляризатор может быть использован со штативами модели Axio Observer
3 materials, 5 materials и 7 materials, оснащенных слайдером поляризатора RL 6x30, диапазон угла
поворота 90® (рис. 157/3).
Преимуществом использования поворотного поляризатора является возможность увидеть
лучепреломление и плеохроизм анизотропного образца даже без установки поворотного стола.
Кроме того, в некоторых рудах наблюдается анизотропия в поляризованном отраженном свете, таким
образом происходит изменение цвета, особенно при смещении поляризатора на +/- несколько
градусов от отмеченного положения.
12/2016 431004-7244-001 165
--- стр. 169 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
(3) Настройка поляризации в отраженном
свете на штативах модели 3 materials,
5 materials или 7 materials
Дополнительное оборудование:
- Слайдер поляризации
поворотный на 90°,
(рис. 157/1) (раздел 3.3).
RL 6x30 мм,
427710-9060-000
на 90*
- Фиксированный слайдер анализатора и
быстросъемный модуль рефлектора светлого
поля с функцией ACR для работы в режиме
отраженного света или анализатор модуля
рефлектора для работы в отраженном свете.
- Слот слайдера поляризации RL 6x30 мм,
поворотный на 90°, (рис. 157/3).
- Объективы без внутренних напряжений с
маркировкой Pol.
Штативы модели Axio Observer 5 materials и
7 materials должны быть также оснащены одним
из перечисленных ниже осветителей для работы
в режиме отраженного света, только если они
оборудованы оптикой без внутренних
напряжений:
- Осветитель для работы в отраженном свете
HD Pol FL (423608-9001-000/-9000-000).
- Осветитель для работы в отраженном свете
HD Pol FL (423608-9011-000/-9010-000).
• Поместите исследуемый образец на столик.
• Задайте желаемое увеличение,
• Проведите фокусировку.
• Сначала посмотрите на образец в режиме светлого поля отраженного света.
• Вставьте слайдер анализатора или модуль рефлектора с анализатором.
• Вставьте слайдер поляризатора (рис. 157/1) в слот (рис. 157/3).
• С помощью рычага (рис. 157/2) выберите нужный контраст.
Часто существует взаимодействие цветов между несколькими градусами до или после нулевого
положения (0°).
166 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 170 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
5.12.8 Настройка темного поля в режиме отраженного света
(1) Применение
Методика темного поля в отраженном свете применяется для исследования образцов, у которых
имеются не только поверхности с различными коэффициентами отражения (идеальные объекты для
наблюдения в режиме светлого поля), но и царапины, трещины, поры... — иначе говоря, отклонения
от плоскости. Все эти рассеивающие свет элементы ярко светятся на темном поле, а отражающие
свет поверхности остаются темными.
(2) Комплектация прибора
- Axio Observer materials с установленным microLED или настроенным осветителем HAL 100,
- Объективы моделей ЕС Epiplan-Neofluar или ЕС Epiplan, дополнительно помеченные
буквами «НО».
- Быстросъемный модуль рефлектора темного поля с функцией ACR.
(3) Настройки режима темного поля в отраженном свете
• Подготовьте микроскоп, как это описано в разделе 5.12.5, для работы в режиме светлого поля в
отраженном свете. Полностью откройте светополевую диафрагму.
• Поверните быстросъемный модуль рефлектора темного поля с функцией ACR рефлекторной
турели (рис. 154/7) в световой пучок.
• Выберите положения (HD) объектива темного поля на турели объективов (рис. 154/5).
• Полностью откройте светополевую диафрагму (рис. 154/3) и апертурную диафрагму (рис. 154/2);
извлеките нейтральный светофильтр из светового пучка.
• При необходимости сфокусируйтесь еще раз и посмотрите на образец в темном поле.
12/2016 431004-7244-001 167
--- стр. 171 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
5 . 1 2 . 9 Настройки режимов DIC и C-DIC в отраженном свете
(1) Применение
1 C-DIC или Т1С-слайдер, 6x20
2 DIC-слайдер
Рис. 154 Слот слайдера
поляризации RL
6x30 мм, поворотный
на 90**
Методика ДИК и С-ДИК в отраженном свете
(ДИК— дифференциальное интерференционное
контрастное изображение, С-ДИК —
дифференциальное интерференционное
контрастное изображение с круговой
поляризацией) применяется для получения
высококонтрастных изображений фазовых
образцов, т. е. образцов, которые меняют только
фазу света в отличие от образцов, меняющих его
амплитуду.
(2) Комплектация прибора
- Axio Observer materials с установленным
microLED или настроенным осветителем
HAL 100.
- Объективы: ЕС Epiplan-Neofluar или Epiplan с
маркировкой «DIC» или «Ро1».
- DIC-слайдер для соответствующего объектива
(данные об увеличении и апертуре
выгравированы на верхней части слайдера)
или C-DIC-слайдер (в комплекте с
быстросъемным модулем рефлектора CDIC).
-яБыстросъемный модуль рефлектора DIC/Pol
или быстросъемный модуль рефлектора
DIC/Pol Red I в рефлекторной турели или
быстросъемный модуль рефлектора С-С1СЯ1С
(в комплекте с C-DIC-слайдером 6x20).
(3) Метод DIC в отраженном свете
• Подготовьте микроскоп, как это описано в разделе 5.12.5, для работы в режиме светлого поля в
отраженном свете. Во избежание отражений открывайте светополевую диафрагму, пока ее край
слегка не выйдет из поля зрения.
• Переключитесь на быстросъемный модуль рефлектора DIC/Pol на рефлекторной турели в
световой пучок. Для создания цветового контраста используйте быстросъемный модуль
рефлектора DIC/Pol Red I, который удобен в случае большого замедления (> 1Л).
• Поверните турель объективов так, чтобы в рабочем положении оказалось гнездо со слотом для
DIC-слайдера.
• Задвиньте DIC-слайдер (рис. 158/2) в слот на турели объективов.
• Поместите образец на столик, выполните фокусировку, пока нужный элемент образца не будет
отображаться с максимальным контрастом.
• Для оптимизации контраста можно повернуть винт с рифленой головкой на DIC-слайдере.
168 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 172 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований ZEISS
(4) Методика C>DIC для работы в отраженном свете
• Подготовьте микроскоп для работы в режиме светлого поля в отраженном свете.
• Поверните рефлекторную турель так, чтобы быстросъемный модуль рефлектора DIC/TIC
(рис. 154/7) оказался в световом пучке.
• Вставьте С-01С>слайдер 6x20 (рис. 158/1) в слот для C-DIC-слайдера.
• При необходимости выполните повторную фокусировку и поворачивайте колесико прокрутки
C-DIC-слайдера 6x20 (рис. 158/1), пока нужный элемент на образце не будет отображаться с
максимальным контрастом.
• Дополнительный эффект контраста может быть создан при регулировке колесика прокрутки C-DIC-
слайдера.
(5) Дополнительное примечание
Дифференциальный интерференционный контраст или дифференциальный интерференционный
контраст с круговым поляризованным светом создается (псевдо)рельефом образца. Поэтому
контрастность зависит от ориентированности линейных структур в направлении «свет-тень» (очень
бледный контраст) или вертикально этому направлению (максимальный контраст).
При использовании C-DIC-слайдера 6x20, чтобы выровнять структуры вертикально направлению
«свет-тень» и достичь максимальной контрастности, поворачивайте колесико C-DIC-слайдера.
12/2016 431004-7244-001 169
--- стр. 173 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
5.12.10 Настройка TIC в режиме отраженного света
(1) Применение
Методика исследования ПИК в отраженном свете (микроинтерферометрия; ПИК — полный
интерференционный контраст с круговой поляризацией света) применяется для рассмотрения и
измерения элементов образца под различными углами.
Рис. 155 Т1С-слайдер 6x20
(2) Комплектация прибора
- Axio Observer materials с установленным
microLED или настроенным осветителем
HAL 100.
- Объективы ЕС Epiplan-Neofluar или Epiplan с
маркировкой «D1C» или «Ро1».
- Т1С“Слайдер 6x20 с соответствующим
быстросъемным C-DIC-модулем рефлектора.
(3) Настройки исследования
отраженном свете
TIC
Поместите образец (например, объект
ступенчатой формы) на столик и подготовьте
микроскоп, как это описано в разделе 5.12.5
для работы в отраженном свете в режиме
светлого поля.
Поверните быстросъемный модуль
рефлектора C-DIC/TIC рефлекторной турели
(рис. 154/7) в световой пучок.
Вставьте Т1С-слайдер 6x20 (см. рис. 159) в
слот внизу турели объективов. В поле зрения
появятся цветные интерференционные
полосы.
• Для выбора подлежащего измерению элемента образца поверните колесико (рис. 159/2) на TIC-
слайдере или головку модулятора, пока набор интерференционных полос не станет вертикальным
и параллельным направлению среза образца. Используйте регулировочный винт (рис. 159/1) TIC-
слайдера, чтобы переместить интерференционную полосу.
Высота ступеньки на образце рассчитывается по следующей формуле:
^_пА _ Л Ь
где: d — высота ступеньки в нм;
п — коэффициент преломления среды, как правило, воздуха (п = 1);
Д — разница хода лучей;
а — р а с с т о я н и е м е ж д у и н т е р ф е р е н ц и о н н ы м и п о л о с а м и ;
Ь — смещение интерференционных полос на ступеньке;
Л — длина волны света светильника в нм.
170 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 174 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований 2EISS
Значения а и Ь (см. рис. 160) определяются при
помощи визирного перекрестия окуляра или
окуляра-микрометра.
При работе с белым светом
(без интерференционного фильтра) следует
принять Л = 550 нм. При наличии
интерференционного фильтра применяются их
средние длины волн.
Измеренная разница хода лучей зависит от
значения апертуры и уменьшается по мере
увеличения апертуры источника света.
Рис.156 Набор
интерференционных
полос
Поэтому в зависимости от применяемого объектива применяются следующие поправочные
коэффициенты:
Объектив
Поправочный
коэффициент к
5х/0,15 1,0057
10х/0,25 1,0161
Юх/0,30 1,0236
20x70,4 1,0436
20x70,50 и 50x70,75 1,0718
50x70,60 1,1111
50x70,75 и 100x70,75 1,2038
50x70,80 1,2500
50x70,90 и 100x70,90 1,3929
100x70,95 1,5241
Таблица 1.
Пример
а = 11 мм
Л = 550 мм
Поправка на апертуру
Ь = 5 мм
Объектив 20х/0,50
, Х-Ь-к 550«л<-5лш*1,0718 . . .
d = -------------= --------------------------------^----------= 134нл<
2 а 22
12/2016 431004-7244-001 171
--- стр. 175 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Освещение и методы контрастных исследований Axio Observer
Внимание:
* Если ступенька на образце и окружающая среда выполнены из различных материалов, то следует
учитывать свойственные материалу скачки фаз. Скачок фаз для всех непроводящих материалов
происходит при 180°, а для полупроводников лишь незначительно отличается от 180°,
т. е. ошибкой измерения можно пренебречь. Однако в случае, например, металлов или стекла
можно получить неверные результаты. Представленные в таблице 2скачки фаз рассчитаны для
вертикально падающего света и плотных материалов. Они являются лишь рекомендуемыми, так
как скачки фаз зависят от толщины слоя и угла падения света. Точное измерение толщины
возможно только при покрытии всего объекта однородным слоем и последующем измерении
разницы хода лучей.
• Если слои или ступеньки на образце являются прозрачными (например, это диоксид кремния на
кремниевой подложке), то интерференционные полосы могут менять цвет. Тогда определение
порядка интерференции затрудняется. Устранить это затруднение можно, покрыв поверхность
образца однородным слоем.
Материал Скачок фазы (р
Медь 140,0°
Золото 142,5°
Серебро 151,0°
Висмут 151,0°
Никель 157,0°
Железо 157,5°
Цинк 159,0°
Платина 160,0°
Алюминий 160,0°
Олово 160,5°
Хром 165,0°
Углерод 160,0°
Графит 165,0°
Кремний 177,0°
Стекло 180,0°
Половина разницы скачков фаз используется при
расчете толщины:
d = ^ = ^
2 2
Пример. Предельный случай: медь на стекле
=140°, = 180°, поэтому часть
скачка фазы
— = 20 гит — = Ъ ^ нм ,
2 18
если же не учитывать скачок фаз в данном
материале, то измеренное значение превысит
реальное на 30 нм.____________________________________
Таблица 2. Расчетные значения скачков
фаз в плотных материалах для
случая вертикально падающего
света
172 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 176 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio Observer Ориентация изображения, подаваемого на камеру для документирования ZEISS
5.13 Ориентация изображения, подаваемого на камеру для документирования
В зависимости от характеристик микроскопы Axio Observer имеют до пяти портов для
документирования:
- Передний порт для SLR-камеры (например, ZEISS AxioCam), устанавливаемой через специальный
адаптер.
- Боковой порт (правый или левый) для соединения записывающих камер с креплением типа
60N мм.
- Основной порт (внизу) для соединения записывающих камер с креплением типа 60N мм.
- Бинокулярный тубус для фотосъемки с разъемом 60N.
В следующей таблице дан подробный обзор вариантов ориентации изображений в гнездах
микроскопа Axio Observer materials для фото- и видеосъемки.
Для описания ориентации применяется такой объект, как микрометр предметного столика с четко
видимыми цифрами или буквами:
Исходный объект: Рассматривается без микроскопа
Объект помещается на столик микроскопа стороной с надписью к объективу (как показано выше).
При наблюдении через микроскоп сверху изображение будет выглядеть следующим образом:
^ Это базовый вид, относительно которого
указана ориентация всех остальных видов.
При наблюдении сверху перемещение столика назад по оси Y (широкая стрелка) и по оси X вправо
(узкая стрелка) выглядит так:
U
В таблице для заданного угла обзора соответствующего компонента, установленного на штативе,
приведена следующая информация:
фиксируемое камерой промежуточное изображение объекта (на мониторе) и направление движения
объекта при движении предметного столика.
12/2016 431004-7244-001 173
--- стр. 177 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Ориентация изображения, подаваемого на камеру для документирования Axio Observer
Номер по каталогу / Способ просмотра / Промежуточное
описание положение шторки изображение
(на мониторе)
Направление
движения
объекта
Схематическое
направление
взгляда
4 2 5 5 3 7 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б и н о к у л я р н ы й т у б у с
П о л н о с т ь ю н а о к у л я р ы
( 1 0 0 % V IS )
U ОО
4 2 5 5 3 6 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б и н о к у л я р н ы й т у б у с
д л я ф о т о с ъ е м к и
( 1 0 0 % н а о к у л я р ы ) : 0 %
н а г н е з д о д л я p e r.
д а н н ы х
5 0 % н а о к у л я р ы : 5 0 %
н а г н е з д о д л я p e r.
д а н н ы х
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а г н е з д о д л я p e r .
д а н н ы х
U
U
ОО
О
4 2 5 5 3 5 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б и н о к у л я р н ы й
э р г о н о м и ч н ы й т у б у с
П о л н о с т ь ю н а о к у л я р ы
( 1 0 0 % V IS )
U ОО
4 2 5 1 5 0 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N ,
л е в ы й , с
п е р е к л ю ч а т е л е м н а 2
п о л о ж е н и я
4 2 5 1 5 1 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N ,
л е в ы й , с
п е р е к л ю ч а т е л е м н а 2
п о л о ж е н и я
2 0 % н а о к у л я р ы : 8 0 %
н а г н е з д о д л я
p e r . д а н н ы х
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а л е в о е г н е з д о
Ь : ^ Г
г о
4 2 5 1 5 2 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N ,
л е в ы й , с
п е р е к л ю ч а т е л е м н а 3
п о л о ж е н и я
5 0 % н а о к у л я р ы : 5 0 %
н а л е в о е г н е з д о
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а л е в о е г н е з д о
г
О
4 2 5 1 5 3 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N ,
п р а в ы й , с
п е р е к л ю ч а т е л е м н а 3
п о л о ж е н и я
( 5 0 % н а о к у л я р ы ) : 5 0 %
н а п р а в о е г н е з д о
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а п р а в о е г н е з д о
л
О
4 2 5 1 5 4 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N ,
л е в ы й и п р а в ы й ,
с п е р е к л ю ч а т е л е м н а
3 положения
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а л е в о е г н е з д о
2 0 % н а о к у л я р ы ; 8 0 %
н а п р а в о е г н е з д о
л
Г
л
4 2 5 1 5 5 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N ,
л е в ы й и п р а в ы й ,
с п е р е к л ю ч а т е л е м н а
3 п о л о ж е н и я
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а л е в о е г н е з д о
о % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а п р а в о е г н е з д о
л
Г
Л
174 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 178 ---
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Axio Observer Ориентация изображения, подаваемого на камеру для документирования ZEISS
Номер по каталогу / Способ просмотра / Промежуточное Направление
описание положение шторки изображение движения
(на мониторе) объекта
Схематическое
направление
взгляда
4 2 5 1 6 5 - 0 0 0 0 - 0 0 0
Б о к о в о й п о р т 6 0 N
л е в .8 0 /п р а в . 1 0 0 ,
3 п о л о ж е н и я
п е р е к л ю ч а т е л я
о % н а л е в о е / п р а в о е
г н е з д о д л я p e r . д а н н ы х
2 0 % н а о к у л я р ы : 8 0 %
н а л е в о е г н е з д о д л я
p e r . д а н н ы х
0 % н а о к у л я р ы : 1 0 0 %
н а п р а в о е г н е з д о д л я
p e r . д а н н ы х
ч ,
л
U
г
г
ОО
О
О
0 0 0 0 0 0 - 1 0 6 9 - 2 2 8
П е р е к л ю ч а т е л ь
с в е т о в о г о п у ч к а
1 0 0 % н а п е р е д н и й п о р т
U О
0 0 - 1 0 6 9 - 2 2 9
П е р е к л ю ч а т е л ь
с в е т о в о г о п у ч к а
м о т о р и з о в а н н ы й
1 0 0 % н а п е р е д н и й п о р т
Г А
4 2 5 1 2 6 - 0 0 0 0 - 0 0 0
О с н о в н о й п о р т
1 0 0 % н а г н е з д о д л я p e r .
д а н н ы х
О
Наличие не создающих промежуточного изображения переходников для установки камер не влияет
на ориентацию изображения. Это также актуально для устанавливаемых на переднее гнездо
коннекторов V200 Т2 2,5х, для SLR-камер (000000-1279-493) и видео адаптеров V200 С 2/3” 0,63х,
(000000-1071-171).
Использование модулей Optovar (например, 1,25х или 1,бх) также не меняет расположения
изображения.
Вышеприведенная таблица относится ко всем прочим видам образцов.
12/2016 431004-7244-001 175
--- стр. 179 ---
ZEISS
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Разъем типа 60N (наружная резьба М52 х 1) Axio Observer
5.14 Разъем типа 60N (наружная резьба М52 х 1)
Боковой порт правый / левый: разъем типа 60N
Основной порт: разъем типа 60N
Новый тип разъема 60N используется в микросколах Axio Observer для установки камеры через
правый/левый боковой порт (рис. 161/2) и основной порт (рис. 161/1). Также можно использовать
адаптер для разъема 60 (внутренний диаметр 30 мм).
На разъем для фотокамеры штатива Axio Observer устанавливаются камеры для микроскопической
съемки (например, Axiocam производства компании ZEISS), обычные SLR-камеры (35-мм пленочные
или цифровые) или компактные цифровые камеры.
При работе с микрографическими устройствами
обращайтесь к руководству по эксплуатации
соответствующей камеры.
• Установите адаптер 60N (рис. 161/4 или 5) на
фотокамеру.
• Снимите защитную крышку с разъема для
установки камеры.
Три установочных винта (3 мм)
(рис. 161/3) в разъеме для камеры не
должны выступать ни за наружную
резьбу, ни внутрь отверстия.
• Установите предварительно собранный узел
на разъем для камеры, отрегулируйте его
положение и вручную затяните
соединительную гайку переходника
(рис. 161/4 или 5).
Рис. 157 Подключение к
боковому / основному
порту
Адаптер для разъема стандарта Interface 60 (внутренний диаметр 30 мм)
• Закрепите адаптер типа 60 (рис. 161/6) на камере.
• Снимите защитную крышку с разъема для установки камеры.
• Установите предварительно собранный узел в разъем для камеры (не ввинчивайте установочные
винты слишком глубоко).
• Поверните три зажимных винта (3 мм) в точке сцепки (рис. 161/3) по часовой стрелке, чтобы
плотно закрепить адаптер.
176 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 180 ---
Axio Observer
ЭКСПЛУАТАЦИЯ
Микросъемка с помощью SLR-камеры ZEISS
5.15 Микросъемка с помощью SLR-камеры
Микроскопы Axio Observer 5, 5 materials и 7, 7 materials позволяют переключить световой пучок на
100% на окуляры (визуальное наблюдение через окуляры и открытое положение для активации
правого или левого бокового порта), 100 % на передний порт (порт спереди для микросъемки) или
100 % основной порт (порт снизу).
Поскольку в этом положении происходит 100%
переключение, визуальное наблюдение
одновременно с фотосъемкой невозможно.
Переходник V200 Т2 2,5х для SLR-камеры и
специальный адаптер для камеры Т2 позволяет
подключить к микроскопу коммерчески
доступную 35-мм зеркальную фотокамеру
(DSLR).
• Снимите защитный чехол или объектив с
корпуса камеры (рис. 162/1).
Рис. 158 Подключение SLR-
камеры
• Прикрепите к корпусу камеры
соответствующий адаптер Т2 (рис. 162/2).
• Снимите защитный чехол с адаптера V200 Т2
2,5х для зеркальной фотокамеры (рис. 162/3).
• Закрутите адаптер V200 Т2 2,5х для
зеркальной фотокамеры в переходник Т2.
• Снимите защитную крышку с разъема для
установки камеры.
• Прикрепите заранее установленную
фотокамеру к переднему порту (рис. 162/5),
горизонтально выровняйте ее и закрутите
зажимной винт (рис. 162/6) с помощью
отвертки с шаровой головкой на 3 мм.
• Выберите область объекта, которую необходимо сфотографировать через бинокулярный тубус.
• После переключения светового пучка (рис. 162/7) с визуального наблюдения на передний порт
100 % света переводится на камеру.
• Для работы с видеокамерой обратитесь к руководству по эксплуатации от производителя.
Фотографическое увеличение на датчике пленки или изображения — результат увеличения
объектива, модуля Optovar и коэффициента 2,5 адаптера для SLR-камеры V200 Т2 2,5х.
12/2016 431004-7244-001 177
--- стр. 187 ---
УХОД ЗА ПРИБОРОМ, ТЕХНИЧЕСКОЕ ОБСЛУЖИВАНИЕ И УСТРАНЕНИЕ НЕИСПРАВНОСТЕЙ
ZEISS Сервисное обслуживание Axio Observer
6.3 Сервисное обслуживание
Любые виды ремонта оптических компонентов или подвижных деталей прибора, а также любые
работы с блоком питания могут выполняться только ремонтным персоналом или специально
уполномоченными сотрудниками.
Адрес для обращения на территории РФ:
О О О «оптэк»
Адрес: 109028, г. Москва, набережная Серебряническая, дом 29, эт. 4, пом.1, ком. 21.
Телефон: +7 {495)933-51-51
Электронная почта: office@optecgroup.com
При необходимости ремонта обратитесь к своему региональному представителю или
непосредственно в компанию:
Carl Zeiss Microscopy GmbH
Карл-Цейс-Променаде 10,
07745 г. Йена, Германия
microscopy@zeiss.com
www.zeiss.com/microscopy
Cari Zeiss Microscopy GmbH
Кенигсаллее 9-21,
37081 г. Геттинген, Германия
184 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 188 ---
Axio Observer
ПРИЛОЖЕНИЕ
Перечень сокращений ZEISS
7.
7,1
а
АС
ACR
А-Plan
BF
Очк.
C-DIC
шина CAN
код.
CSA
D
d
DC
Die
DIN
док.
ЕС
ЕЭС
ЭМС
EN
фок.
Н
HAL
НВТ
HD
HF
ICS
МЭК
IHMC
IP
ISO
ЖК
LD
LED
ПРИЛОЖЕНИЕ
Перечень сокращений
Рабочее расстояние фокусировки
Переменный ток
Функция автоматического распознавания компонентов
Ахроматические объективы с повышенной плоскостностью изображения (линейка
1CS)
Светлое поле
Пригоден для лиц, носящих очки
Метод дифференциального интерференционного контраста при круговой
поляризации света
Шина передачи данных Controller Area Network
кодированная
Канадская ассоциация стандартов
Толщина покровного стекла при работе в проходящем свете
Диаметр
Постоянный ток
Метод дифференциального интерференционного контраста
Deutsches Institut ftir Normung (Немецкий институт стандартизации)
Документация
Европейский союз
Европейское экономическое сообщество
Электромагнитная совместимость
Европейский стандарт
фокусируемый узел
Светлое поле
Галогенный осветитель
Ртутная короткодуговая лампа
Светлое/темное поле
Светлое поле
Бесступенчатая система цветовой коррекции
Международная электротехническая комиссия
Улучшенный модуляционный контраст Хоффмана
Степень защиты корпуса (исполнение)
Международная организация стандартов
Жидкокристаллический экран
Длиннофокусный
Светоизлучающий диод
12/2016 431004-7244-001 185
--- стр. 189 ---
ZEISS
ПРИЛОЖЕНИЕ
Перечень сокращений Axio Observer
М, моторизов.
Man
NA
Ph, PH
PL
PlasDIC
RL
SLR
SW
T
TIC
TFT
TL
TV
UL
USB
VIS, vis
моторизованный
ручной
Числовое значение апертуры
Фазовый контраст
Объектив типа Plan
Метод дифференциального интерференционного контраста для пластиковых
емкостей
Отраженный свет
Однообъекгивная зеркальная фотокамера
Размер под ключ
Плавкий предохранитель с задержкой срабатывания
Метод полного интерференционного контраста при круговой поляризации света
Тонкопленочный транзистор
Проходящий свет
Телевизионная съемка
Компания Underwriter Laboratories {американская организация по испытаниям
оборудования)
Универсальная шина последовательной передачи данных
визуальный
186 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 190 ---
Axio Observer
ПРИЛОЖЕНИЕ
Перечень иллюстраций ZEISS
7.2
Рис. 1
Рис. 2
Рис. 3
Рис. 4
Рис. 5
Рис. 6
Рис. 7
Рис. 8
Рис. 9
Рис. 10
Рис. 11
Рис. 12
Рис. 13
Рис. 14
Рис. 15
Рис. 16
Рис. 17
Рис. 18
Рис. 19
Рис. 20
Рис. 21
Рис. 22
Рис. 23
Рис. 24
Рис. 25
Рис. 26
Рис. 27
Рис. 28
Рис. 29
Рис. 30
Рис. 31
Рис. 32
Рис. 33
Рис. 34
Рис. 35
Рис. 36
Рис. 37
Рис. 38
Рис. 39
Рис. 40
Рис. 41
Рис, 42
Рис. 43
Рис. 44
Рис. 45
Рис. 46
Рис. 47
Рис. 48
Рис. 49
Рис. 50
Перечень иллюстраций
Предупредительные маркировки на насадочной микросветодиодной лампе ........................13
Надписи на Axio Observer.........................................................................................................................................13
Биомедицинские микроскопы Axio Observer 3, 5 и 7...............................................................................15
Микроскопы для исследования материалов Axio Observer 3 materials, 5 materials,
7 materials..........................................................................................................................................................................16
Обзор системы Axio Observer Bio / Med {лист 1)......................................................................................25
Обзор системы Axio Observer Bio / Med (лист 2)......................................................................................26
Обзор системы Axio Observer Bio / Med (лист 3)......................................................................................27
Обзор системы Axio Observer Bio / Med (лист 4)......................................................................................28
Обзор системы Axio Observer materials(nncT 1).........................................................................................29
Обзор системы Axio Observer materials(nncT 2).........................................................................................30
Обзор системы Axio Observer materials(nncT 3)...........................................................................................31
Обзор системы Axio Observer materials(nncT 4)...........................................................................................32
Установка микроскопа................................................................................................................................................37
Установка бинокулярного тубуса.........................................................................................................................38
Установка окуляров.....................................................................................................................................................38
Установка визирного перекрестия окуляра....................................................................................................39
Установка держателя осветителя для работы в проходящем свете............................................40
Установка держателя ЖК-дисплея.....................................................................................................................41
Прикручивание объективов....................................................................................................................................41
Установка системы защиты Aqua Stop II.........................................................................................................42
Крепление столика с механическим приводом 130x85...........................................................................44
Установка вставки типа К........................................................................................................................................44
Сканирующий столик 130x85 моторизованный Р, CAN, снизу............................................................45
Сканирующий столик 130x85 моторизованный Р, CAN, сверху .........................................................46
Сканирующий столик 130x85 моторизованный Р, CAN, подключение снизу ...........................46
Установка сканирующего столика 130x100 с шаговым двигателем ................................................47
Установка сканирующего столика 130x100 МАТ с интерфейсом CAN...........................................48
Установка предметного столика 250x230 мм...............................................................................................49
Установка направляющей объекта и вставки...............................................................................................49
Установка предметного столика микроскопа S1 с нагревом................................................................50
Установка конденсоров..............................................................................................................................................51
Установка крепления конденсора........................................................................................................................52
Замена ДИК-призмы....................................................................................................................................................53
Установка рефлекторной турели.........................................................................................................................54
Установка модулей рефлектора..........................................................................................................................55
Замена комплекта фильтров в быстросъемном модуле FL-рефлектора.....................................56
Установка светофильтров и светоделителя..................................................................................................57
Замена светоделителя.............................................................................................................................................57
Замена светоделителя.............................................................................................................................................58
Маркировка светоделителя....................................................................................................................................58
Крепление TFT-дисплея...........................................................................................................................................59
Крепление TFT-дисплея на док-станцию........................................................................................................59
Axio Observer 3, 3 materials (сзади).....................................................................................................................60
Axio Observer 5, 5 materials (сзади).....................................................................................................................60
Axio Observer 7, 7 materials (вид сзади)............................................................................................................61
Коннекторы на распределительной боксе с разъемом CAN и микроскопе Axio
Observer 7 (сзади).........................................................................................................................................................62
Внешний блок питания VP232-2 для Axio Observer 7, 7 materials .....................................................63
Axio Observer и (балластный) блок питания осветителя НВО 100...................................................63
Установка microLED осветителя..........................................................................................................................64
Установка осветителя HAL 100............................................................................................................................65
12/2016 431004-7244-001 187
--- стр. 191 ---
ZEISS
ПРИЛОЖЕНИЕ
Перечень иллюстраций Axio Observer
Регулировка HAL 100..................................................................................................................................................66
Установка / удаление диффузионного светофильтра .............................................................................66
Замена галогенной лампы......................................................................................................................................67
Блок питания (балластный блок) НВО 100.....................................................................................................68
Регулировка НВО 100.................................................................................................................................................69
Установка переходника для компонентов сторонних производителей на штативе ..............70
Axio Observer 3 (ручной привод с кодированной турелью объективов)........................................72
Axio Observer 5 (код. частично моторизованная)........................................................................................74
Axio Observer 7 (моторизованный)......................................................................................................................76
Axio Observer 3 materials (ручной привод с кодированной турелью объективов)Ошибка! Закладка не опре
Axio Observer 5 materials (код. моторизованный)............Ошибка! Закладка не определена.
Axio Observer 7 materials (моторизованный).....................Ошибка! Закладка не определена.
Турель объективов со слотом под DIC-слайдер и PlasDIC-слайдер: слот под
слайдер с анализаторами........................................................................................................................................85
Правила эксплуатации и функции управления модуля проходящего света ..............................86
LD 0,55 шестипозиционный: Н, Phi, Ph2, Ph3, DIG..................................................................................87
LD 0,35 шестипозиционный: Н, PhO, Phi, Ph2, DIG, DIG........................................................................87
Конденсор LD 0,55 шестипозиционный: H, Phi, Ph2, Ph3, DIG, DIG, моторизованный.......88
Gлaйдep ирисовой диафрагмы, ручной привод ..........................................................................................89
Ослабляющий флуоресцентный светофильтр, моторизованный .....................................................89
Шестипозиционная рефлекторная турель......................................................................................................91
Бинокулярный тубус 45°/23.....................................................................................................................................92
Бинокулярный тубус 45°/23.....................................................................................................................................92
Задание межцентрового расстояния бинокулярного тубуса ...............................................................93
Упор вертикального перемещения привода фокусировки....................................................................94
ЖК-дисплей.....................................................................................................................................................................94
Держатель с ЖК-дисплеем.....................................................................................................................................95
Корректирующее кольцо правое (вид сзади)................................................................................................95
Корректирующее кольцо левое (вид сзади)..................................................................................................96
Док-станция с TFT-дисплеем, управляющим кольцом и приводом фокусировки ...................96
Маркировка объектива..............................................................................................................................................98
Работа с LD-объективами.....................................................................................................................................100
Настройки диафрагмы светлого поля в проходящем свете по методике KOHLER............102
Axio Observer 5.............................................................................................................................................................103
Настройки диафрагмы светлого поля в отраженном свете по методике KOHLER .............105
Axio Observer 5 materials (пример)...................................................................................................................106
Отруктура меню настроек.......................................................................................................................................109
Интенсивность подсветки при наблюдении через окуляры и замене только
объектива (начиная с увеличения 20х)..........................................................................................................113
Интенсивность подсветки при наблюдении через окуляры и замене только
объектива (начиная с увеличения 20х). Настройки модуля Light Manager ранее были
сохранены для каждого объектива...................................................................................................................113
Интенсивность подсветки при наблюдении через окуляры и замене только
объектива (начиная с увеличения 20х). Настройки ранее были сохранены для
одного объектива........................................................................................................................................................114
Настройка режима модуля Light Manager.....................................................................................................114
Выбор режима и настройка модуля Light Manager..................................................................................115
Основные области TFT-дисплея.......................................................................................................................116
Область элементов управления на TFT-дисплее ....................................................................................116
Отруктура меню............................................................................................................................................................119
Главная страница, типичная для штатива модели Bio / Med............................................................120
Главная страница, типичная для штатива модели МАТ......................................................................120
Nosepiece in load position (Турель объективов в положении загрузки) ........................................121
Кнопка STOP (Отоп)...................................................................................................................................................121
Моторизованный привод фокусировки достиг конечного выключателя......................................121
Рис.51
Рис. 52
Рис. 53
Рис.54
Рис.55
Рис.56
Рис.57
Рис.58
Рис.59
Рис.60
Рис.61
Рис.62
Рис.63
Рис.64
Рис.65
Рис.66
Рис.67
Рис.68
Рис.69
Рис.70
Рис.71
Рис.72
Рис.73
Рис.74
Рис.75
Рис.76
Рис. 77
Рис.78
Рис,79
Рис.80
Рис.81
Рис.82
Рис.83
Рис.84
Рис.85
Рис.86
Рис. 87
Рис. 88
Рис.89
Рис.90
Рис.91
Рис.92
Рис.93
Рис.94
Рис.95
Рис.96
Рис.97
Рис. 98
Рис. 99
188 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 192 ---
Axio Observer
ПРИЛОЖЕНИЕ
Перечень иллюстраций ZEISS
Рис. 100 Страница Microscope -> Control -> Objectives {Микроскоп -> Управление ->
Объективы)..................................................................................................................................................................123
Рис. 101 Страница Microscope -> Control -> Colibri LEDs (Микроскоп -> Управление ->
Светодиоды Colibri)...................................................................................................................................................124
Рис. 102 Страница Microscope -> Control -> Reflector (Микроскоп -> Управление ->
Рефлектор)....................................................................................................................................................................124
Рис. 103 Страница Microscope -> Control -> Virt. Reflector (Микроскоп -> Управление ->
Виртуальный рефлектор)......................................................................................................................................125
Рис. 104 Страница Microscope -> Control -> Optovar (Микроскоп -> Управление -> Модуль
Optovar)...........................................................................................................................................................................125
Рис. 105 Страница Microscope -> Control >> Light path (Микроскоп -> Управление ->
оптический путь).........................................................................................................................................................125
Рис. 106 Оптический путь, два активных зеркала, оптические пути — желтым.........................................126
Рис. 107 Оптический путь, Eyepiece/VIS [Окуляр] включен....................................................................................126
Рис. 108 Страница Microscope -> Control -> F/A (Микроскоп -> Управление -> Апертурная
диафрагма и диафрагма поля зрения)...........................................................................................................127
Рис. 109 Страница Microscope -> Control -> Magnification (Микроскоп -> Управление ->
Увеличение)..................................................................................................................................................................127
Рис. 110 Страница Microscope -> Control -> Contrast (Микроскоп -> Управление ->Контраст) ...........128
Рис. 111 Страница Microscope -> Automatic -> Soft keys (Микроскоп -> Автоматический ->
Программируемые клавиши)................................................................................................................................128
Рис. 112 Страница Microscope-> XYZ -> Position (Микроскоп-> XYZ->Положение) ...............................129
Рис. 113 Страница Microscope -> XYZ -> Save positions (Микроскоп -> XYZ -> Сохранить
положение).....................................................................................................................................................................130
Рис. 114 Страница Microscope -> XYZ -> Measure (Микроскоп -> XYZ -> Измерить) ................................131
Рис. 115 Страница Microscope -> XYZ -> Definite Focus (Микроскоп -> XYZ -> Точная
фокусировка).................................................................................................................................................................131
Рис. 116 Страница Microscope -> Incubation -> Incubation (Микроскоп -> Инкубация ->
Инкубация).....................................................................................................................................................................132
Рис. 117 Всплывающее окно Н Insert Р..............................................................................................................................132
Рис. 118 Страница Microscope -> Incubation -> Y module (Микроскоп -> Инкубация ->
Термостаты)..................................................................................................................................................................132
Рис. 119 Страница Settings -> Components -> Objectives (Настройки ->Компоненты ->
Объективы)....................................................................................................................................................................133
Рис. 120 Страница Settings -> Components -> Objectives -> Configure Objective # (Настройки ->
Компоненты -> Объективы -> Настроить объектив №)........................................................................134
Рис. 121 Страница Settings -> Components -> Objectives -> Configure Objective # -> manual
(Настройки -> Компоненты -> Объективы -> Настроить объектив № -> Вручную) ..........134
Рис. 122 Страница Settings -> Components -> Objectives -> Configure Objective # -> from list
(Настройки -> Компоненты -> Объективы -> Настроить объектив № -> Из списка)..................134
Рис. 123 Страница Settings -> Components -> Reflector (Настройки ->Компоненты -
>Рефлектор).................................................................................................................................................................135
Рис. 124 Страница Settings -> Components -> Reflector -> Configure reflector position # in
Reflector turret (Настройки ->Компоненты ->Рефлектор ->Настройка рефлекторного
модуля № рефлекторной турели).....................................................................................................................135
Рис. 125 Страница Settings -> Components -> Focus (Настройки ->Узлы ->Фокусировка) ......................136
Рис. 126 Страница Settings -> Components -> Focus -> Set parfocality / parcentricity (Настройки -
>Компоненты ->Фокусировка ->Настройка парфокальности / парцентричности)........................137
Рис. 127 Страница Settings -> Components -> Stage (Настройки ->Компоненты ->Предметный
столик)...............................................................................................................................................................................137
Рис. 128 Страница Settings -> Components -> Stage -> Stage speed objective (Настройки -
>Компоненты ->Предметный столик ->Скорость перемещения объектива предметного
столика).............................................................................................................................................................................137
Рис. 129 Страница Settings -> Components -> Camera-ports (Настройки ->Компоненты ->Гнезда
для камер)........................................................................................................................................................................138
Рис. 130 Страница Settings -> Components -> Misc (Настройки ->компоненты ->Прочее)......................138
Рис. 131 Illumination type (Тип осветителя).......................................................................................................................139
12/2016 431004-7244-001 189
--- стр. 195 ---
ZEISS
ПРИЛОЖЕНИЕ
Алфавитный указатель Axio Observer
Г
Галогенная лампа..................................................................................................................................................................................67
Галогенный осветитель.......................................................................................................................................................................65
Гарантийная информация .................................................................................................................................................................12
Д
Двойной диск со светофильтрами, моторизованный..........................................................................................................90
Держатель образца................................................................................................................................................................................88
Держатель осветителя для работы в проходящем свете................................................................................................40
ДИК-призмы................................................................................................................................................................................................53
Док-станция........................................................................................................................................................................................59, 95
Документация.........................................................................................................................................................................................169
Ж
ЖК-дисплей.................................................................................................................................................................................................93
3
Замена предохранителей.................................................................................................................................................................179
Защита от попадания жидкости Aqua Stop II .........................................................................................................................42
И
Инструкции по технике безопасности............................................................................................................................................8
Инструкция по установке....................................................................................................................................................................36
Интенсивность освещения ...............................................................................................................................................................90
К
Кнопка LM-Set............................................................................................................................................................................................92
Кнопка RL.....................................................................................................................................................................................................90
Кнопка TL......................................................................................................................................................................................................90
Кнопка питания ........................................................................................................................................................................................84
Компактный источник света...............................................................................................................................................................69
Комплект светофильтров....................................................................................................................................................................56
Конденсор....................................................................................................................................................................................51, 52, 86
Конденсор с ручным приводом ......................................................................................................................................................87
Конденсор, моторизованный ...........................................................................................................................................................88
Конфигурация.........................................................................................................................................................................................107
Корректировка аметропии..................................................................................................................................................................39
Корректирующее кольцо...............................................................................................................................................................94, 95
М
Метод дифференциального интерференционного контраста.....................................................................................150
Микроинтерферометрия...................................................................................................................................................................166
Модуль автоиммерсии.......................................................................................................................................................................122
Модуль управления освещением Light Manager.....................................................................................................109, 110
н
Направляющая объекта.......................................................................................................................................................................49
Начало использования..........................................................................................................................................................................36
О
Обзор системы..................................................................................................................................................................................25, 29
Оборудование...........................................................................................................................................................................................19
Объективы.............................................................................................................................................................................................41, 97
Объективы LD............................................................................................................................................................................................98
Объективы типа Согг.............................................................................................................................................................................98
Окуляры.............................................................................................................................................................................................. 38, 92
192 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 196 ---
Axio Observer
ПРИЛОЖЕНИЕ
Алфавитный указатель ZEISS
Описание устройства.............................................................................................................................................................................14
Ориентация изображения................................................................................................................................................................169
Ослабляющий светофильтр ............................................................................................................................................................89
Основные особенности........................................................................................................................................................................17
Основные настройки..........................................................................................................................................................................106
Отраженный свет............................................................................................................................ 156, 159, 161, 163, 164, 166
П
Подключение............................................................................................................................................................................................63
Позиционирование по осям XY .....................................................................................................................................................89
Поляризация...........................................................................................................................................................................................161
Правила эксплуатации и управление функциями........................................................................................................72, 84
Предметный столик..............................................................................................................................................................................49
Предметный столик микроскопа..............................................................................................................................................43, 88
Предметный столик микроскопа S1 с нагревом....................................................................................................................50
Предметный столик с перемещением по оси Z.....................................................................................................................50
Предусмотренное применение........................................................................................................................................................14
Прибор освещения НВО 100......................................................................................................................................................68, 69
Привод фокусировки.......................................................................................................................................................................84, 90
Проходящий свет............................................................................................................................................... 144, 148, 150, 153
Р
Распаковка.................................................................................................................................................................................................37
С
Светлое поле...........................................................................................................................................................................................144
Светоделитель..........................................................................................................................................................................................57
Светодиодный осветитель.................................................................................................................................................................64
Светодиоды Colibri................................................................................................................................................................................122
Светополевая диафрагма.......................................................................................................................................................86, 160
Сенсорный дисплей...........................................................................................................................................................................114
Сервисное обслуживание ...............................................................................................................................................................180
Система освещения...............................................................................................................................................................................69
Сканирующий столик............................................................................................................................................................................45
Слайдер апертурной диафрагмы МАТ.........................................................................................................................................89
Слайдер ирисовой диафрагмы, светополевая диафрагма.............................................................................................89
Слайдер с фильтрами .........................................................................................................................................................................88
Совместимость..........................................................................................................................................................................................19
Структура меню......................................................................................................................................................................................116
Т
Темнопольная микроскопия............................................................................................................................................................163
Температура внешней среды .........................................................................................................................................................33
Технические характеристики ...........................................................................................................................................................34
Техническое обслуживание............................................................................................................................................................176
Требования по размещению оборудования.............................................................................................................................36
Тубус .............................................................................................................................................................................................................38
Турель для рефлекторных модулей......................................................................................................................................54, 90
Турель конденсора.................................................................................................................................................................................53
Турель объективов.............................................................................................................................................................41, 85, 158
Турель с модулями Optovar...............................................................................................................................................................92
У
Упор вертикального перемещения привода фокусировки................................................................................................93
Условия внешней среды ....................................................................................................................................................................33
Установка.....................................................................................................................................................................................................37
Уход..............................................................................................................................................................................................................175
12/2016 431004-7244-001 193
--- стр. 197 ---
ZEISS
ПРИЛОЖЕНИЕ
Алфавитный указатель Axio Observer
Ф
Фазовый контраст..................................................................................................................................................................................148
Флуоресцентный контраст...............................................................................................................................................................159
Флуоресцентный осветитель..........................................................................................................................................................160
Флуоресцентный peфлefaopный модуль .................................................................................................................................56
Фотографирование микрообъектов................................................................................................................................173, 174
Функции управления.............................................................................................................................................................................72
Функция автоматического распознавания компонентов....................................................................................................96
Ц
Цветная фотосъемка............................................................................................................................................................................90
Э
Эксплуатация.............................................................................................................................................................................................71
194 431004-7244-001 12/2016
--- стр. 202 ---
Содержание
1 О настоящем документе..................................................................16
1.1 Используемые условные обозначения..............................................................16
1.2 Отображение примечаний по технике безопасности и
предупреждающих табличек....................................................................................16
1.3 Нормативные примечания.........................................................................................17
2 Базовые принципы...........................................................................19
2.1 Введение.............................................................................................................................19
2.2 Получение изображений.............................................................................................19
2.3 Обработка изображений.............................................................................................19
2.4 Анализ изображений....................................................................................................20
2.5 Формат файла.................................................................................................................20
2.6 Расширения.......................................................................................................................20
3 Начало работы..................................................................................21
3.1 Запуск программного обеспечения .....................................................................21
3.2 Пользовательский интерфейс................................................................................22
3.2.1 Заголовок окна.............................................................................................22
3.2.2 Конфигурация рабочего пространства ..........................................23
3.2.3 Строка меню..................................................................................................23
3.2.4 Панель инструментов...............................................................................23
3.2.5 Левая область инструментов...............................................................24
3.2.6 Центральная область экрана .............................................................24
3.2.7 Правая область инструментов...........................................................25
3.2.8 Панель документов....................................................................................25
3.2.9 Строка состояния........................................................................................26
3.2.9.1 Системные сообщения .................................................27
3.3 Настройка языка пользователя.............................................................................28
3.4 Активация режима Show АП......................................................................................29
3.5 Настройка компонентов микроскопа...................................................................29
3.6 Получение первого изображения..........................................................................31
3.7 Добавление аннотаций к изображению ............................................................33
3.8 Настройка живого изображения .............................................................................34
3.9 Ручное масштабирование.........................................................................................35
3.10 Завершение работы программного обеспечения........................................36
4 Получение изображений..................................................................38
4.1 Настройка многоканальных экспериментов ....................................................38
4,1.1 Настройка нового эксперимента.........................................................39
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 203 ---
Содержание
4.2
4.3
4.4
4.5
4.6
5
5.1
5.2
5.3
5.4
5.5
5.6
5.7
5.8
5.9
4.1.2 Вариант 1. Smart Setup {Быстрая настройка) .............................39
4.1.3 Вариант 2. Инструмент Channels (Каналы) ..................................42
Получение изображений срезов по оси Z........................................................43
4.2.1 Настройка эксперимента с изображением серии срезов по
оси Z в автоматическом режиме .......................................................44
4.2.2 Ручная настройка среза по оси Z (режим первой/последней
плоскости).......................................................................................................45
4.2.3 Ручная настройка среза по оси Z (режим средней
плоскости).......................................................................................................46
Получение изображений временной серии....................................................47
Отображение и настройка расчетной сетки в области изображения49
Получение конфокальных изображений...........................................................50
Работа со стратегиями фокусирования ............................................................55
4.6.1 Введение........................................................................................................55
4.6.2 Использование программной автофокусировки.......................56
4.6.3 Использование точной фокусировки в экспериментах с
временными сериями..............................................................................58
4.6.4 Использование локальных или общих фокальных
поверхностей.................................................................................................58
Обработка изображений..................................................................................61
Порядок обработки изображений.........................................................................61
Общие настройки...........................................................................................................61
Деконволюция со значениями по умолчанию...............................................63
Настраиваемая деконволюция...............................................................................67
5.4.1 Шаг 1. Усреднение гранул......................................................................67
5.4.2 Шаг 2. Создание PSF................................................................................70
5.4.3 Шаг 3. Загрузка входного изображения для деконволюции74
5.4.4 Шаг 4. Задание параметров для деконволюции .......................75
5.4.5 Шаг 5. Выполнение деконволюции ..................................................80
5.4.6 Шаг 6. Активация и использование древовидного меню ....82
Извлечение отдельных флуоресцентных изображений из
многоканального изображения...............................................................................85
Пакетная обработка......................................................................................................87
Кадрирование области интереса...........................................................................92
Создание EDF-изображения....................................................................................96
Функции обработки изображений.........................................................................98
5.9.1 Деконволюция..............................................................................................98
5.9.1.1 Деконволюция по умолчанию ..................................98
5.9.1.2 Настраиваемая деконволюция .................................99
5.9.1.3 Создание PSF....................................................................111
5.9.1.4 Bead Average (Усреднение гранулы) ...................112
5.9.1.5 Методы деконволюции bZEN..................................114
5.9.2 Настройка.....................................................................................................119
5.9.2.1 Цветовой баланс.............................................................119
5.9.2.2 Оттенок / Насыщенность / Яркость ......................120
5.9.2.3 Баланс белого....................................................................120
5.9.2.4 Цветовая температура................................................121
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 204 ---
Содержание
5.9.2.5 Яркость / Контрастность / Гамма ...........................121
5.9.2.6 Коррекция серии срезов по оси Z ........................121
5.9.27 Коррекция равномерности освещения..............122
5.9.2.S Вычитание фона ..............................................................123
5.9.2.9 Выравнивание гистограммы ....................................123
5.9.3 Границы.........................................................................................................124
5.9.3.1 Фильтрация верхних частот.......................................124
5.9.3.2 Оператор Робертса.........................................................124
5.9.3.3 Максимальный градиент............................................125
5.9.3.4 Сумма градиентов ..........................................................125
5.9.3.5 Метод Собеля ...................................................................125
5.9.3.6 Фильтр высоких частот Лапласа .............................125
5.9.3.7 Локальная дисперсия..................................................125
5.9.4 Геометрические преобразования ...................................................125
5.9.4.1 Выравнивание каналов ..............................................125
5.9.4.2 Выравнивание серии срезов по оси Z ...............127
5.9.4.3 Сшивка.................................................................................128
5.9.4.4 Наложение изображения...........................................130
5.9.4.5 Вращение ............................................................................131
5.9.4.6 Вращение двухмерных изображений .................132
5.9.4.7 Отражение ........................................................................133
5.9.4.S Изменение ориентации...............................................133
5.9.4.Э Изменение размера ......................................................133
5.9.4.10 Ортогональная проекция .........................................135
5.9.4.11 Shift (Смещение).............................................................136
5.9.4.12 Цветокодированная проекция...............................136
5.9.4.13 Уменьшение образца ..................................................136
5.9.4.14 Выравнивание каналов (расширенное) ..........137
5.9.5 Морфологические преобразования ..............................................138
5.9.6 Усиление резкости...................................................................................140
5.9.6.1 Увеличенная глубина резкости ..............................140
5.9.6.2 Очерчивание......................................................................141
5.9.6.3 Выделение контуров.....................................................142
5.9.6.4 Нерезкое маскирование .............................................142
5.9.7 Сглаживание..............................................................................................144
5.9.7.1 Медиана...............................................................................144
5.9.7.Z Sigma (Сигма)....................................................................144
5.9.7.3 Низкочастотная фильтрация....................................144
5.9.7.4 Биномиальный фильтр ...............................................145
5.3.7.5 Gauss (Гаусс)......................................................................145
5.9.7.6 Однопиксельный фильтр ...........................................146
5.9.7.7 Упорядоченность...........................................................146
5.9.7.8 Устранение шума...........................................................146
5.9.8 Временные серии....................................................................................147
5.9.8.1 Выравнивание временных точек...........................147
5.9.8.2 Скользящее среднее ....................................................149
5.9.8.3 Временной дифференциал ......................................149
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 205 ---
Содержание
5.9.8.4 Объединение изображений временной серии
.................................................................................................150
5.9.8.5 Кимограф............................................................................150
5.9.8.6 Сшивка изображений временной серии .........151
5.9.9 Арифметические преобразования...................................................152
5.9.9.1 Сложение............................................................................152
5.9.9.2 Прибавление константы.............................................152
5.9.9.3 Вычитание...........................................................................153
5.9.9.4 Умножение.......................................................................153
5.9.9.5 Умножение константы................................................153
5.9.9.6 Деление...............................................................................154
5.9.9.7 Квадрат.................................................................................154
5.9.9.8 Квадратный корень .......................................................154
5.9.9.9 Логарифмическая функция .....................................155
5.9.9.10 Экспоненциальная функция ....................................155
5.9.9.11 Инвертирование ............................................................155
5.9.9.12 Обратная величина ......................................................155
5.9.9.13 Average (Средний).........................................................155
5.9.9.14 Объединение...................................................................155
5.9.9.15 Minimum (Минимальный)........................................156
5.9.9.16 Maximum (Максимальный) .....................................156
5.9.1 о Сегментация..................................................................................................156
5.9.10.1 Threshold (Пороговая величина) ...........................156
5.9.10.2 Порог (автоматический)............................................157
5.9.10.3 Порог (динамический)................................................158
5.9.10.4 Долины................................................................................159
5.9.10.5 Кэнни....................................................................................160
5.9.10.6 Марр.....................................................................................160
5.9.11 Binary (Бинарный)....................................................................................161
5.9.11.1 Заполнение отверстий................................................161
5.9.11.2 Брак ......................................................................................161
5.9.11.3 Маркирование областей ..........................................161
5.9.11.4 «И».........................................................................................161
5.9.11.5 «ИЛИ»...................................................................................162
5.9.11.6 Исключаюш,ее «ИЛИ» .................................................162
5.9.11.7 «НЕ».......................................................................................162
5.9.11.8 Максимальная эрозия................................................162
5.9.11.9 Дистанционное преобразование ........................163
5.9.11.10 Утончение..........................................................................163
5.9.11.11 Экзоскелет ........................................................................163
5.9.11.12 Разделение.......................................................................163
5.9.11.13 Маркировка изображения.......................................164
5.9.12 Служебные программы........................................................................164
5.9.12.1 Конвертация необработанных данных в
АроТоте .............................................................................164
5.9.12.2 Деконволюция в АроТоте.......................................165
5.9.12.3 Копирование аннотаций............................................165
5.9.12.4 Копирование изображений....................................165
5.9.12.5 Изменение типа пикселя ..........................................165
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 206 ---
Содержание
6
6.1
6.2
7
7.1
7.2
7.3
7.4
7.5
8
8.1
5.9.12.6 Наложение шума ...........................................................166
5.9.12.7 Создание поднабора изображений ...................166
5.9.12.8 Слияние поднабора изображений......................168
5.9.12.9 Генератор изображений............................................168
5.9.12.10 Создание изображения в градации серого ...170
5.9.12.11 Image Calculator {Калькулятор изображения) 170
5.9.12.12 Добавление каналов....................................................172
5.9.12.13 Создание пирамиды изображений ....................172
5.9.12.14 Разделение на RGB .......................................................172
5.9.12.15 Воссоздание RGB-изображения ............................172
5.9.12.16 Разделение на HLS .......................................................173
5.9.12.17 Воссоздание HLS-изображения............................173
5.9.12.18 Вычисление гистограммы........................................173
5.9.12.19 Разделение сцен (запись файлов) .......................175
5.9.12.20 Разделение сцен ...........................................................176
5.9.12.21 Разделение многоблокового изображения ..176
5.9.12.22 Изображение с эталонной равномерностью
освещения из мозаичного изображения .........176
5.9.12.23 Обработка Airyscan .......................................................181
5.9.12.24 Преобразование в лямбду.......................................182
5.9.12.25 Линейное разделение................................................182
5.9.12.26 Корреляция.......................................................................183
5.9.12.27 Конвертация необработанных данных в
VivaTome............................................................................183
5.9.13 Экспорт/Импорт.........................................................................................183
5.9.13.1 Экспорт изображений .................................................183
5.9.13.2 Экспорт видео..................................................................190
5.9.13.3 Раздел ОМЕ TIFF Export ..............................................195
5.9.13.4 Экспорт в ZVI-формат ..................................................198
5.9.13.5 Импорт изображения.................................................199
5.9.14 Анализ изображений.............................................................................202
Анализ изображений......................................................................206
Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении...................................................................................................................206
Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра....................................213
Импорт/экспорт изображений.....................................................226
Последовательность операций экспорта/импорта ..................................226
Экспорт изображений...............................................................................................229
Экспорт видеофайлов...............................................................................................229
Экспорт многоканальных изображений..........................................................230
Импорт изображений серии срезов по оси Z...............................................233
Обратная связь по эксперименту .......................................................238
Введение...........................................................................................................................238
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 211 ---
Содержание
16,5
17
17.1
17.2
17.3
17.4
16.4.3.1 Шаг 1. Options (Опции) ...............................................444
16.4.3.2 Шаги 2-4. Calibration (Калибровка) ....................445
16.4.4 Мастер получения изображений ....................................................446
16.4.4.1 Обзорная визуализация............................................447
16.4.4.2 Определение лент ........................................................449
16.4.4.3 Визуализация лент .......................................................450
16.4.4.4 Определение срезов ...................................................450
16.4.4.5 Определение областей интереса ........................453
16.4.4.6 Визуализация областей интереса ........................454
16.4.4.7 Повторная съемка ........................................................454
16.4.5 Мастер выравнивания серии срезов по оси Z .........................455
16.4.5.1 Импорт изображения.................................................455
16.4.5.2 Pre-Processing (Предварительная обработка)455
16.4.5.3 Image Review (Просмотр изображения) ...........456
16.4.5.4 Alignment (Выравнивание) ......................................456
16.4.5.5 Manual Correction (Ручная коррекция)..............457
16.4.5.6 Final Image Creation (Создание конечного
изображения) .................................................................457
16.4.6 Мастер корреляции.................................................................................457
16.4.6.1 Import Z-Stacks (Импорт серий срезов по оси Z)
................................................................................................458
16.4.6.2 Корреляция ......................................................................458
16.4.6.3 Manual Correction (Ручная коррекция)..............459
16.4.6.4 Create Final Correlation Image (Создание
конечного коррелированного изображения)459
Приложение....................................................................................................................460
16.5.1 Сопоставительные держатели образца .....................................460
Модуль Confocal Topography .......................................................464
Введение..........................................................................................................................464
Последовательность действий при сканировании топографии ........464
17.2.1 Введение......................................................................................................464
17.2.2 Получение топографических изображений................................465
Последовательность действий при измерении толщины слоя ........470
17.3.1 Введение......................................................................................................470
17.3.2 Измерение толщины слоя...................................................................470
Функции и их назначение..........................................................................................476
17.4.1 Вкладка Applications.................................................................................476
17.4.2 Инструмент Topography.......................................................................476
17.4.3 Мастер измерения топографии .......................................................477
17.4.3.1 Шаг 1. Определение ....................................................478
17.4.3.2 Шаг 2. Z-Stack Acquisition ..........................................478
17.4.4 Инструмент Layer Thickness Measurement (Измерение
толщины слоя)..........................................................................................478
17.4.5 Мастер измерения толщины слоя (Layer Thickness
Measurement Wizard).............................................................................479
17.4.5.1 Шаг 1. Определение ....................................................479
17.4.5.2 Шаг 2. Sectioning ............................................................479
17.4.5.3 Шаг 3. Measurement (Измерения).......................480
17.4.6 Инструменты настройки визуализации .......................................480
12 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 212 ---
Содержание
17.4.6.1 Tiles (Мозаики)...............................................................480
17.4.6.2 Channel (Канал)...............................................................481
17.4.6.3 Режим Acquisition (Получение изображений)
.................................................................................................482
17.4.6.4 Z-Stack (Серия срезов по оси Z) .............................484
18 Модуль Software Autofocus........................................................................486
18.1 Введение.........................................................................................................................486
18.1.1 В каком случае фокусировка установлена правильно?....486
18.1.2 Программная автофокусировка в ZEN .......................................486
18.2 Функции и их назначение.........................................................................................488
18.2.1 Введение.....................................................................................................488
18.2.2 Инструмент Software Autofocus.......................................................488
19 Приложения и компоненты ........................................................................492
19.1 Slidescan...........................................................................................................................492
19.1.1 Введение.....................................................................................................492
19.1.2 Работа cZEN slidescan.........................................................................493
19.1.2.1 Настройка светлопольных, флуоресцентных или
поляризационных профилей .................................493
19.1.2.2 Импорт имен, профилей и сцен ............................500
19.1.2.3 Использование настроек сканирования
этикеток со слайдами 4"хЗ"....................................502
19.1.2.4 Использование настроек сканирования
просмотра со слайдами 4"хЗ" ................................504
19.1.2.5 Реализация собственного алгоритма
обнаружения тканей ...................................................506
19.1.2.6 Использование штрихкода для определения
имени, профиля и подпапки...................................508
19.1.2.7 Настройка области интереса для изображения
предпросмотра...............................................................509
19.1.2.8 Создание изображения с эталонной
равномерностью освещения из мозаичного
изображения...................................................................511
19.1.2.9 Изображение с эталонной равномерностью
освещения из мозаичного изображения ........513
19.1.2.10 Настройки карты фокусировки (FL)......................518
19.1.2.11 Настройка параметров сканирования для
флуоресцентных профилей .....................................529
19.1.2.12 Настройки карты фокусировки (BF) ....................537
19.1.2.13 Настройка параметров сканирования для
светлопольных профилей.........................................544
19.1.3 Мастеры Slidescan...................................................................................550
19.1.3.1 Введение............................................................................550
19.1.3.2 Мастер быстрого выбора профиля
сканирования (автономный)...................................551
19.1.3.3 Мастер создания профиля сканирования
(онлайновый)...................................................................552
19.1.3.4 Расширенный мастер создания профиля
сканирования (онлайновый)...................................554
19.1.3.5 Расширенный мастер создания профиля
сканирования (автономный)...................................605
19.1.3.6 Мастер обнаружения тканей (автономный)..605
19.1.3.7 Мастер калибровки Axio Scan (онлайновый).608
19.1.4 Функции и их назначение....................................................................608
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 13
--- стр. 213 ---
Содержание
19.1.4.1 Вкладка Scan....................................................................608
19.1.4.2 Окно Magazine ................................................................614
19.2 ApoTome.2.......................................................................................................................621
19.2.1 Введение......................................................................................................621
19.2.2 Принцип визуализации с помощью метода
структурированного освещения.....................................................621
19.2.3 Оптимальные условия для получения изображений .........625
19.2.4 Перечень рекомендованных объективов ..................................626
19.2.4.1 ЕС Plan-Neofluar..............................................................627
19.2.4.2 LCl Plan-Neofluar ............................................................627
19.2.4.3 Plan-Apochromat ............................................................628
19.2.4.4 LD LCIPlan-Apochromat ...............................................628
19.2.4.5 CApochromat....................................................................628
19.2.4.6 LD CApochromat..............................................................629
19.2.4.7 a Plan-Apochromat ........................................................629
19.2.4.8 a Plan-Fluar........................................................................629
19.2.5 Подготовка; фазовая калибровка ...................................................629
19.2.6 Шаг 1. Определение каналов с помощью Smart Setup ......630
19.2.7 Шаг 2. Калибровка фокуса сетки ....................................................632
19.2.8 Шаг 3. Проведение эксперимента в АроТоте ........................635
19.2.9 Шаг 4. Обработка результирующего изображения ...............637
19.2.10 Шаг 5. Получение серии срезов по оси Z ..................................640
19.2.11 Шагб. Выполнение деконволюции в АроТоте.......................642
20 Часто задаваемые вопросы......................................................................647
20.1 Что делать, если изображение слишком темное?....................................647
20.2 Как можно сбалансировать цвет изображений? .......................................647
20.3 Откуда на изображении появляется пыль или тень, если
используемый образец чист?................................................................................648
20.4 Почему изображение выглядит так, словно чем-то прожжено (т. е.
присутствует тень от предыдущего образца)? ...........................................649
20.5 Как исправить оттенок градиента цвета?......................................................649
20.6 Что делать, если живое изображение низкого качества и
пикселизировано?.......................................................................................................650
20.7 Как исправить медленную передачу живого изображения? ...............650
20.8 Что делать, если живое изображение большей частью
красное/синие?..............................................................................................................651
20.9 Что делать, если живое изображение остается черным или белым
после настройки экспозиции?..............................................................................652
20.10 Почему живое изображение отображается в предельных цветах по
сравнению с тем, что я наблюдаю в окуляры? ..........................................652
20.11 Почему разрешение изображения ниже заявленных характеристик
камеры?.............................................................................................................................653
20.12 Что делать, если живое изображение расфокусировано? ...................653
20.13 Почему цвет изображения отличается от наблюдаемого в окуляры?
...............................................................................................................................................653
Глоссарий...................................................................................................................................655
14 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 214 ---
Содержание
Алфавитный указатель.................................................................................661
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 15
--- стр. 215 ---
1 О настоящем документе
1.1 Используемые условные обозначения
Настоящий документ содержит следующие виды форматирования текста:
1 о настоящем документе 11.1 Используемые условные обозначения_____________________________
1.2
Пример Описание
Иконка Save
(Сохранить)
Интерактивные элементы пользовательского
интерфейса, например кнопки и иконки
Кнопка On/Off
(Вкл/Выкл)
Аппаратные кнопки на микроскопе
Панель Image
(Изображение)
Неинтерактивные элементы пользовательского
интерфейса, например название диалогового окна
Клавиша Ctrl Комбинация клавиш
Вводимый текст Текст, вводимый пользователем
Ссылка [ ► 16] Ссылка на дополнительную информацию
Дополнительная информация обозначается следующим образом:
i Примечание |
Настоящий документ содержит следующие виды форматирования текста:
Отображение примечаний по технике
безопасности и предупреждающих табличек
в зависимости от уровня риска в документации и программном
обеспечении используются следующие примечания по технике
безопасности:
Риск получения травмы
«ОСТОРОЖНО!» обозначает потенциально опасную ситуацию, которая в
случае игнорирования может привести к тяжелой травме или смерти.
16 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 216 ---
1 о настоящем документе | 1.3 Нормативные примечания
^ВНИМАНИЕ!
Риск получения травмы
«ВНИМАНИЕ!» обозначает потенциально опасную ситуацию, которая
может привести к получению травмы незначительной или средней степени
тяжести.
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения оборудования
«ПРИМЕЧАНИЕ» указывает на вероятность повреждения оборудования.
Также данная надпись используется в случае потери или повреждения
данных.
Предупреждающие иконки и таблички на изделии или в документации
обозначают потенциальную опасность или следующую информацию:
Иконка/
табличка
Название Описание
Защемление Эта иконка предупреждает о
пальцев возможном риске защемления
пальцев.
1.3 Нормативные примечания
Компания 2EISS обращает внимание пользователя на то, что информация
и справочные материалы, содержащиеся в настоящей документации,
могут быть изменены в результате технической модификации, связанной с
постоянным усовершенствованием продукции компании ZEISS.
Прилагаемая документация не содержит в себе какой-либо гарантии
компании ZEISS в отношении технических процессов, описанных в
документации, или определенных воспроизведенных характеристик
продукции. Более того, компания ZEISS не несет никакой ответственности
за любые возможные типографские ошибки или другие неточности
настоящей документации за исключением случаев, подтвержденных тем,
что данные ошибки или неточности были заранее известны компании или
были допущены в результате явной небрежности с ее стороны и не были
устранены должным образом. Таким образом, компания ZEISS обращает
внимание пользователя на то, что данное руководство содержит только
общее описание технических процессов, осуществление которых в
отдельно взятом случае может не соответствовать приведенной здесь
информации. В случае возникновения сомнений пользователю
рекомендуется напрямую обратиться в компанию ZEISS.
Настоящая документация охраняется авторским правом. Компания ZEISS
сохраняет за собой все права на данную документацию. Запрещается
полное и частичное копирование, а также перевод настоящего
руководства на другой язык за исключением случаев копирования для
личного пользования.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 17
--- стр. 217 ---
1 о настоящем документе 1 1.3 Нормативные примечания
Компания ZEISS обращает внимание на то, что информация,
содержащаяся в настоящей документации, будет регулярно обновляться в
соответствии с техническими модификациями и дополнениями в
конструкции изделий, и, более того, настоящее руководство отражает
техническое состояние продукции компании только на момент печати.
Техника безопасности
Перед установкой и применением программного обеспечения необходимо
изучить все указания по технике безопасности, приведенные в
документации к соответствующим приборам (например, к периферийному
оборудованию микроскопа, камерам, компьютерам, дополнениям к
компьютеру и т. д.).
Правовая оговорка
Автор не несет ответственности за любую информацию, на которую
делается ссылка со страниц его веб-сайта, если только автор не
осведомлен о ее незаконном содержании и не может воспрепятствовать
просмотру этих страниц посетителями своего веб-сайта. В случае
нанесения ущерба вследствие использования информации,
представленной на внешних страницах, исключительную ответственность
несет автор этих страниц, а не лицо, с веб-сайта которого был
осуществлен переход на соответствующие страницы. Более того, автор не
несет ответственности за любые публикации или сообщения,
размещенные лользователями на форумах, в гостевых книгах или списках
рассылок, представленных на его странице.
Обратите внимание, что данное программное обеспечение содержит
расширение, которое позволяет подключаться к стороннему программному
обеспечению ImageJ. Imaged не является продуктом компании ZEISS.
Следовательно, компания ZEISS не предоставляет гарантию на Imaged, не
заявляет, что Imaged или производные инструменты, например Fiji, или
соответствующие макросы будут работать с вашим оборудованием, и не
несет ответственности за любые повреждения, возникшие при
использовании данного расширения. Используя это расширение, вы
соглашаетесь с этой правовой оговоркой.
Уведомление со стороны производителя
Данный программный продукт разработан, реализован, проверен,
подтвержден и выпущен в сертифицированной производственной среде.
Система управления качеством сертифицирована в соответствии со
стандартами DIN EN ISO 9001 и DIN EN ISO 13485.
Сферой применения программного обеспечения являются общие задачи и
приложения в области микроскопии и, соответственно, визуализации (так
называемое «готовое программное обеспечение»). Тем не менее
пользователь подтверждает, что при любом ислользовании программного
продукта конечный пользователь несет ответственность за подтверждение
соответствия программного обеспечения конкретному применению с
учетом всех требований соответствующих законодательных актов и
стандартов (например, FDA/раздел 21, часть 11 свода федеральных
нормативных актов США (CFR), Использование в медицинских изделиях
для диагностики in vitro и т. д.). При необходимости конечный
пользователь должен установить, задокументировать, внедрить и
соблюдать специальную процедуру обеспечения соответствия всем
правилам соответствующих законодательных актов и стандартам. Следует
отметить, что представленные данные измерений (например, измерения
длины) нельзя использовать непосредственно в качестве аналитических
значений результатов диагностики.
КОМПАНИЯ CARL ZEISS НЕ ГАРАНТИРУЕТ, ЧТО НАСТОЯЩЕЕ
ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ ПРИГОДНО К РЕШЕНИЮ
СПЕЦИАЛЬНЫХ ЗАДАЧ, КОТОРЫЕ ВЫХОДЯТ ЗА РАМКИ УКАЗАННОЙ
СФЕРЫ ПРИМЕНЕНИЯ.
18 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 218 ---
2 Базовые принципы | 2.1 Введение
2 Базовые принципы
2.1 Введение
ZEN 2.3 (blue) — модульное программное обеспечение для цифровой
микроскопии, предназначенное для получения, обработки и анализа
изображений. Сокращение «ZEN» расшифровывается как ZEISS Efficient
Navigation (Эффективная навигация ZEISS) и указывает на то, что оно
может использоваться для управления всеми микроскопами и системами
визуализации, выпускаемыми компанией ZEISS.
Помимо базовых функций получения, предварительной обработки и
аннотирования изображений, анализа изображений и функций создания
отчетов, доступны множество дополнительных модулей для
специфических микроскопических исследований.
Базовая версия программного обеспечения ZEN lite предоставляется
бесплатно. Помимо базовых функций получения, элементарной обработки
изображений, анализа изображений и документации, в ZEN lite возможно
подключение множества дополнительных модулей. Более подробная
информация представлена в каталоге продукции.
2.2 Получение изображений
программное обеспечение ZEN 2.3 (blue) позволяет использовать все
микроскопы и камеры компании ZEISS в качестве эффективных и
специализированных систем визуализации. Пройдя краткий курс обучения,
вы сможете интерактивно управлять всем рабочим процессом, начиная с
получения, обработки и анализа изображений.
В зависимости от используемой системы вы сможете получать отдельные
изображения, многоканальные флуоресцентные изображения или
видеофрагменты с максимальной глубиной изображения до 16 бит на
канал видеоинформации. ZEN поддерживает функцию Smart Setup,
которая обеспечивает оптимальные сочетания красителя и длины волны.
С ZEN 2.3 (blue) может использоваться целый ряд камер различных типов,
начиная с простых телевизионных камер и заканчивая камерами для
микроскопии с высокой разрешающей способностью и высокой
чувствительностью. Полная интеграция камер в программное обеспечение
позволяет создавать сложные изображения и видеофрагменты одним
щелчком мыши. Для достижения наилучших результатов рекомендуется
использовать камеры для микроскопии серии Axiocam компании ZEISS.
2.3 Обработка изображений
сразу после получения изображение немедленно отображается на экране.
После этого его можно оптимизировать с помощью следующих методов:
■ Регулировка контраста, яркости и цвета.
■ Подавление шума, сглаживание и выделение контуров.
■ Повышение резкости/выделение деталей.
■ Корректировка освещения и баланса белого.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 19
--- стр. 219 ---
2 Базовые принципы | 2.4 Анализ изображений
ZEN 2.3 (blue) также может использоваться для добавления аннотаций к
изображениям. В программу интегрированы все элементы, начиная с
масштабных линеек и заканчивая цветными метками в тексте и
графическими изображениями.
2.4 Анализ изображений
Простые интерактивные измерения можно выполнять даже с помощью
ZEN lite. Результаты измерений (например, длина, площадь и периметр)
доступны в таблице данных, обработка которой может осуществляться с
помощью редакторов электронныхтаблиц.
С помощью дополнительных модулей Image Analysis (Анализ
изображения) и Measurement (Измерение) можно осуществлять
профессиональный анализ, например создавать автоматизированные
методики измерения или измерять микроскопические структуры в
интерактивном режиме.
2.5 Формат файла
Для ПО ZEN был разработан специальный формат файла — *.czl
(Carl Zeiss Image). Помимо самих данных изображения такой формат
сохраняет множество дополнительных данных, например дату получения
изображения, настройки микроскопа, значения экспозиции, данные о
размере и масштабе изображения, использованные процедуры настройки
контраста изображения. В этом файле также сохраняются все аннотации и
результаты измерений.
Для получения дополнительной информации о формате файлов
изображений ZEISS рекомендуем посетить форум по микроскопическим
исследованиям компании ZEISS в сети Интернет
(http;//forums.zeiss.com/microscopy community/forum.php). На форуме вы
можете принять участие в интересных дискуссиях или загрузить
подробную документацию о формате файлов.
Данные
изображения
Размер изображения
Тип пикселей
Данные о масштабе
для осей X, у и Z
Пояснения к меткам
Настройки
микроскопа
Название микроскопа
Сведения об объективе
Тип рефлектора
Метод
контоастиоования
.czi - файл
Данные
документа
Название
Предмет
Ключевые
слова
Дата съемки
Настройки
камеры
Название
камеры
Биннинг
Рисунок 2.1. Файловый формат .CZI
2.6 Расширения
Концепция расширений позволяет динамически расширять
функциональность ПО ZEN. С технической точки зрения она сродни
концепции подключаемых модулей и надстроек. Для расширений в
программном обеспечении зарезервирована специальная область
(вкладка «Расширения»), в которой вы сразу найдете все загруженные
расширения.
20 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 220 ---
3 Начало работы | 3.1 Запуск программного обеспечения
3 Начало работы
3.1 Запуск программного обеспечения
Необходимые предварительные условия ■ ПО ZEN 2.3 (blue) было установлено на ваш
комльютер.
Порядок действий 1 Дважды щелкните на иконку программы на Рабочем столе вашего
компьютера.
Либо нажмите на Start | АН Programs | Carl Zeiss Microscopy | ZEN
ZEN (blue edition) (Пуск | Bee программы | Инструменты для
микроскопии Carl Zeiss | ZEN | ZEN (blue edition)) (синяя иконка).
Запустится программное обеспечение. Через мгновение появится
экран входа в систему.
3 Нажмите на кнопку необходимого приложения. Доступность
приложений зависит от вашей лицензии и системы (например, если
вы работаете с ЛСМ, то вам доступны только ZEN system (Система
ZEN) и Image Processing (Обработка изображений)). Убедитесь, что
используемые вами компоненты аппаратного обеспечения включены
и готовы к работе.
Запустится программное обеспечение. Во время запуска программы
произойдет инициализация настроек аппаратного обеспечения.
Вы успешно запустили программное обеспечение.
1 Примечание
После запуска программы для работы с изображениями, полученными в
ходе предыдущей сессии, необходимо установить флажок напротив
Reload Last Used Documents (Загрузить последние использованные
документы) в меню Tools | Options | Startup (Инструменты | Опции | Пуск).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 21
--- стр. 221 ---
3 Начало работы 13.2 Пользовательский интерфейс
3.2 Пользовательский интерфейс
Пользовательский интерфейс 2EN 2.3 (blue) разделен на три главных
области. С помощью вкладок в левой области инструментов (4) вы
получаете доступ ко всем основным инструментам управления
микроскопом (вкладки определения местоположения (Locate), получения
изображений (Acquisition), обработки изображений (Processing), анализа
изображений (Analysis) и создания отчетов (Reporting)). В центральной
области экрана (5) отображаются полученные изображения, в то время
как в правой области инструментов (6) представлен список всех
открытых документов, позволяющий осуществлять расширенное
управление файлами.
3.2.1
Заголовок окна
И1 Строка меню
Панель инструментов
ШШ Левая область инструментов
ШШ Центральная область экрана
ШШ Правая область инструментов
ШШ Строка состояния_______________
Заголовок окна
Параметр Описание
Значок Help
(Справка)
Активирует функцию перетаскивания справки.
На курсоре мыши появится вопросительный знак.
Переместите указатель мыши в то место
программного обеспечения, где вам необходима
помощь. Нажмите левой клавишей мыши в
требуемом месте. Откроется интерактивная справка.
Minimize
(Свернуть)
Сворачивает окно программы.
22 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 222 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
j Параметр Описание
Maximize Over 2
Screens
(Развернуть на
два экрана)
Разворачивает окно программы на два экрана, при
наличии таковых. Эта опция доступна только при
работе с двумя экранами с одинаковой
разрешающей способностью.
Maximize
(Развернуть)
Расширяет окно программы по границам основного
экрана.
Restore Down
(Свернуть в окно)
Уменьшает окно программы до необходимого
размера.
Close (Закрыть) Закрывает окно программы.
3.2.2 Конфигурация рабочего пространства
W o rksp a ce Z o o m n R eset ^
Design Dark » Workspace ▼
Рисунок 3.1. Конфигурация рабочего пространства
Здесь размещены настройки вашего рабочего пространства. Для
настройки дизайна пользовательского интерфейса выберите опцию
Light/Dark Design (Осветлить/затемнить дизайн), а для расширения
экрана воспользуйтесь ползунком Workspace Zoom (Масштабирование
рабочего пространства). Вы также можете сохранять и повторно загружать
все персональные настройки в конфигурации рабочего пространства. С
помощью кнопки D Dock all tool windows (Закрепить все окна
инструментов) в верхнем правом углу вы можете с легкостью закреплять
все незакрепленные инструменты одним щелчком мыши.
3.2.3 Строка меню
File Edit View Acquisition Graphics Macro Tools Window Help
Рисунок 3.2. Строка меню
Строка меню содержит все меню, необходимые для управления,
редактирования и просмотра ваших проектов.
3.2.4 Панель инструментов
Рисунок 3.3. Панель инструментов
Здесь вы можете получить быстрый доступ к важным функциям, например
сохранению или открытию файлов. Правее расположены дополнительные
настройки рабочего пространства, например Design (Дизайн) и Workspace
(Рабочее пространство). Ознакомьтесь с персонализацией панели
инструментов в разделе «Персонализация панели инструментов»
[► 240].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 23
--- стр. 223 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
3.2.5 Левая область инструментов
Здесь находятся основные вкладки с настройками микроскопа и камеры
(вкладка Locate), получения изображений (вкладка Acquisition),
обработки изображений (вкладка Processing), анализа изображений
(вкладка Anaiysis) и создания отчетов (вкладка Reporting). Расположение
основных вкладок соответствует типовому порядку проведения
экспериментов в бионауке или материаловедении.
3.2.6
Рисунок 3.4. Левая область инструментов
Центральная область экрана
Центральная область экрана состоит из 4 областей. Сверху расположена
панель документов (1). Ниже, слева от изображения расположены
вкладки для общего и предметного просмотра изображения (2).
В середине центральной области экрана расположена область
изображений (3). В ней отображаются изображения, отчеты и таблицы.
Под областью изображения находятся вкладки с параметрами общего и
предметного просмотров (4). Вкладки управления предметным
просмотром помечены синим уголком.
24 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 ма русском языке
--- стр. 224 ---
3 Начало работы ] 3.2 Пользовательский интерфейс
. . . . - ' 9 т • I
II
Рисунок 3.5. Центральная область экрана
Панель документов
Вкладки параметров просмотра изображений
Область изображений
Вкладки параметров общего и предметного просмотров
3.2.7 Правая область инструментов
Здесь расположена галерея Images and Documents (Изображения и
документы), инструменты управления Microscope (Микроскоп), Stage
(Столик), Focus (Фокусировка) и Definite Focus (Точная фокусировка),
а также инструмент Macro (Макрокоманда) (зависит от модуля/лицензии).
3.2.8 Панель документов
Рисунок 3.6. Панель документов
Здесь отображаются вкладки всех открытых документов. Для просмотра
изображения/документа нажмите на вкладку. На панели документов
справа расположены кнопки переключения режимов просмотра с Expose
(Экспозиция) на Splitter (Разделенный экран) и дополнительными опциями
просмотра изображения (меню просмотра View).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 25
--- стр. 225 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
1 Примечание
3.2.9
Звездочка С^) рядом с названием изображения/документа указывает на то,
что в документ внесены несохраненные изменения. Чтобы избежать
потери данных, периодически сохраняйте изображения/документы.
Строка состояния
На этой панели отображается важная информация о состоянии системы:
' Параметр Описание
Scaling
(Масштабирование)
Отображает латеральный масштаб,
используемый в текущий момент. Нажатие
стрелки открывает диалоговое окно
масштабирования. В нем вы получите доступ к
расширенным настройкам масштабирования и
мастеру масштабирования.
System Information
(Сведения о
системе)
Постоянно отображает последний активный
процесс, выполняемый в данный момент
системой.
Progress bar
(Индикатор
выполнения)
Отображает ход выполнения активного процесса.
Каждый новый добавленный процесс заменяет
старые, все еще активные процессы. Нажатие
кнопки-стрелки открывает окно с перечнем всех
процессов в хронологическом порядке. С
помощью кнопки Stop (Стоп) можно остановить
выполняемый в данное время процесс.
Индикаторы
производительности
В этой группе отображаются показатели
производительности отдельных компонентов
компьютера:
■ Индикатор Free RAM (Свободная
оперативная память) отображает объем
доступной физической памяти.
■ Индикатор Free HD (Свободное
пространство на жестком диске)
отображает объем доступного ,
пространства на жестком диске, на
который будет производиться запись
следующего изображения (см. Extras /
Options / Save (Дополнительные
возможности / Опции / Сохранить)).
■ Индикатор CPU (ЦП) отображает степень
использования центрального процесса.
■ В небольшой строке состояния
отображается общая оценка
использования системы.
Информация: двойным нажатием на область
индикаторов производительности открывается
Диспетчер задач Windows.
Frame Rate
(Частота кадров)
Отображается текущую частоту в кадрах в
секунду (fps), используемую активной камерой
для получения новых изображений. Обратите
внимание; в большинстве случаев при скорости
свыше 100 кадров в секунду данное значение не
всегда определяется точно.
26 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 226 ---
3 Начало работы | 3.2 Пользовательский интерфейс
Параметр Описание
Pixel Value
(Значение
пикселей)
Отображает значение серого на изображении в
текущей позиции указателя мыши. У многоканальных
изображений значение насыщенности серого в
одном канале отображается для 4 каналов.
Position
(Позиция)
Отображает X и Y координаты позиции указателя
мыши на изображении (в пикселях).
Информация (i) Нажатие на данную иконку открывает окно с
системными сообщениями (System Messages)
[► 27].
Storage Folder
(Папка хранения
информации)
Отображает путь к папке для автоматического
сохранения новых изображений. Чтобы изменить
путь, выберите в меню Tools | Options | Saving
(Инструменты | Опции | Сохранение).
User
(Пользователь)
Отображает имя пользователя Windows, вошедшего
в систему.
Time (Время) Отображает системное время Windows.
3.2.9.1 Системные сообщения
Нажатие правой клавишей мыши по системному сообщению открывает
доступ к кнопке Сору (Копировать). Нажатием левой клавишей мыши на
кнопку Сору (Копировать) сообщение копируется в буфер обмена. Затем
вставьте сообщение в текстовый файл или электронное сообщение. Идея
заключается в том, что пользователь легко может пересылать сообщения
об ошибках, например, службе технической поддержки. Функция
копирования/вставки применима ко всем системным сообщениям или
сообщениям об ошибках внутри приложения.
Параметр Описание
Системная информация, которая появляется во
время нормальной работы программного
обеспечения. Системная информация не приводит к
прерыванию рабочего процесса. Информационное
окно не отображается автоматически.
Информация
А
Предупреждения
Ошибки
Информация, требующая от пользователя
определенных действий, например запрос на замену
компонента микроскопа с ручным приводом
фокусировки. Эта информация приводит к
кратковременному отображению информационного
окна. Тем не менее окно закрывается спустя
несколько секунд.
Сообщения об ошибках указывают на неисправность
системы. В этом случае появляется
информационное окно, которое остается открытым.
Система требует от пользователя определенных
действий для продолжения работы.
1 Примечание
В ходе рабочей сессии могут накапливаться сотни сообщений.
Отображаться могут не более 300 сообщений. Для отображения
сообщений определенной категории установите или снимите
соответствующие флажки.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 27
--- стр. 227 ---
3 Начало работы | 3.3 Настройка языка пользователя
3.3 Настройка языка пользователя
Необходимые предварительные условия Приложение успешно запущено.
Порядок действий 1 Перейдите в меню Tools | Options (Инструменты j Опции).
Откроется диалоговое окно Options (Опции). Выберите элемент
Generai (Общее) в группе Software (Программное обеспечение).
2 Снимите флажок Select Automatically (Выбрать автоматически),
если хотите установить язык вручную.
1 Примечание
Если установлен флажок Select Automatically (Выбрать автоматически),
программное обеспечение будет использовать язык, установленный в
системных настройках вашего компьютера. Эта настройка используется по
умолчанию.
Выберите язык из выпадающего списка Fixed Language
(Фиксированный язык).
Появится сообщение о необходимости перезапуска приложения.
4 Нажмите ОК.
Закроется диалоговое окно Options (Опции).
5 Выполните выход из программы и перезапустите ее.
Вы успешно установили язык пользователя.
28 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 228 ---
3 Начало работы | 3.4 Активация режима Show АП
3.4
Порядок действий
Активация режима Show All
1 в отключенном (по умолчанию) режиме Show АП (Показать все)
отображаются только основные функции окон инструментов и
параметров просмотра.
Для отображения расширенных настроек либо экспертных функций
окон инструментов и параметров просмотра нажмите на кнопку
Show All (Показать все).
О S o ftw a r e A u t o f o c u s .N /S hpow A il й
M o d e A u t o C o n t r a c t I n t e n s it y
Q u a lit y D e f a u lt L c a - S ig n a l
R a n g e S m a r t F u ll
S a m p lin g F in e D e f a u lt M e d iu m C o a r s e
A u t o f o c u s S e a rc h R a n g e
R e la tiv e R a n g e F ix e d R a n g e
' / A u t o m a t i c R a n g e
^ange 25000,00^мт
Step Size 1244,87 pm
3.5 Настройка компонентов микроскопа
Этот раздел посвящен ручной настройке компонентов микроскопа в
ZEN lite. Все определения компонентов микроскопа сохраняются в
метаданных полученного изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 29
--- стр. 229 ---
3 Начало работы 13.5 Настройка компонентов микроскопа
Необходимые предварительные условия Выбрана вкладка Camera (Камера).
IEN: 2EN 2 lite
File Edit View Acquisition Graphics Tools Window Help
"I [j^ f.:* X -1'*
Camera Prucesbiny
C l &
Set Exposure Live
Active Camera Axiocam 506
Q l
Continuous
О Microscope Components
i3 Camera
О Movie Recorder
Show All 0?
Show All t^
Порядок действий 1 Нажмите на синий заголовок инструмента Microscope Components
(Компоненты микроскопа).
30 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 240 ---
4 Получение изображений 14.1 Настройка многоканальных экспериментов
Теперь в разделе Proposals (Предложения) отобразится графическое
представление. В нем схематически представлены спектры красителей,
расчетная интенсивность сигналов на краситель и спектральные помехи,
fla c fn c e K t
F lu o r K t H K *
,, i>5irel
Spectra dttftcDuimyo' Pubvpectre
^ •/ Show Emwioo 5 K ' ■
i Примечание
В зависимости от выбранного красителя и используемого аппаратного
обеспечения микроскопа может отображаться до трех разных
предложений {наилучший сигнал, самый быстрый сигнал, наилучшее
сочетание). Они отличаются интенсивностью сигнала, перекрестными
помехами и скоростью. Выберите предложение, наиболее подходящее
для эксперимента.
7 Для выбора предложения (при наличии более одного) активируйте
кнопку-переключатель в верхней части предложения.
8 Для дополнительной оптимизации настроек эксперимента нажмите
кнопку Motif. По умолчанию активирована кнопка Automatic
(Автоматически).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 41
--- стр. 241 ---
4 Получение изображений | 4.1 Настройка многоканальных экспериментов
i Примечание
4.1.3
Порядок действий
Для получения высококачественного изображения (кнопка Quality
(Качество)) либо для быстрого получения изображения, но при более
низком качестве (кнопка Speed (Скорость)), с помощью кнопок Motif можно
автоматически оптимизировать параметры получения изображений и
настройки камеры. Более подробное описание кнопок Motif приводится в
диалоговом окне Smart Setup (Быстрая настройка).
9 Для оптимизации настроек эксперимента примите предлагаемые
параметры и закройте окно Smart Setup, нажав кнопку ОК.
Дополнительные каналы будут автоматически добавлены в
инструмент Channels (Каналы).
10 Нажмите на кнопку Set Exposure (Установить экспозицию) в строке
управляющих кнопок в верхней части вкладки Acquisition
(Получение изображений).
Время экспозиции теперь измеряется последовательно для всех
трех каналов. Оно перенесено в настройки данных каналов. Вслед
за измерением времени экспозиции производится автоматическое
получение многоканального изображения, которое отображается в
центральной области экрана.
11 Для сохранения эксперимента со всеми настройками нажмите кнопку
12
Options (Опции) менеджера экспериментов (Experiment
Manager).
В выпадающем списке менеджера экспериментов (Experiment
Manager) выберите Save (Сохранить).
Вы настроили многоканальный эксперимент с помощью функции Smart
Setup (Быстрая настройка), провели его, а затем сохранили его
конфигурацию. Теперь вы можете повторять этот эксперимент сколько
угодно, используя те же настройки.
Вариант 2. Инструмент Channels (Каналы)
1 Откройте инструмент Channels (Каналы) в группе Acquisition
Parameter (Параметры получения изображений).
Channels V'Show А Н Й
Please add a first track by pressing the respective button.
+L5M +WF
Нажмите кнопку +WF.
Откроется диалоговое окно Add Dye or Contrast Method (Добавить
краситель или метод контрастирования).
Выберите необходимый краситель или метод контрастирования. Вы
можете выполнить поиск красителя по его названию (или начальной
букве) в поле ввода Search (Поиск).
Нажмите кнопку Add (Добавить) в нижней части диалогового окна
или просто дважды нажмите на строку ввода.
Канал будет добавлен в ваш эксперимент. Для добавления
дополнительных каналов повторите последние два шага.
Нажмите кнопку Close (Закрыть).
42 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 242 ---
Добавленные каналы появятся в инструменте Channels (Каналы).
6 Нажмите кнопку Set Exposure (Установить экспозицию) в строке
основных кнопок верхней части вкладки Acquisition (Получение
изображений).
Время экспозиции теперь измеряется последовательно для всех
настроенных каналов. Оно также перенесено в настройки этих
каналов. Для установки времени экспозиции для каждого канала в
отдельности воспользуйтесь кнопкой Set Exposure (Установить
экспозицию) в настройках канала инструмента Channels (Каналы).
Вслед за измерением времени экспозиции производится
автоматическое получение многоканального изображения, которое
отображается в центральной области экрана.
7 Для сохранения эксперимента со всеми настройками нажмите кнопку
4 Получение изображений | 4.2 Получение изображений срезов по оси Z ________
4.2
Необходимые предварительные условия
настроены.
Options (Опции) менеджера экспериментов (Experiment
Manager).
8 В выпадающем списке выберите Save (Сохранить).
Вы настроили многоканальный эксперимент с помощью инструмента
Channels (Каналы), выполнили его и затем сохранили его конфигурацию.
Теперь вы можете повторять этот эксперимент сколько угодно, используя
те же настройки.
Получение изображений срезов по оси Z
Микроскоп и его компоненты включены и
Порядок действий 1
Вы настроили новый эксперимент [► 39], по крайней мере
определили один канал, правильно отрегулировали фокусировку и
время экспозиции.
Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений).
В разделе Acquisition Dimensions (Измерения полученных
изображений) установите флажок Z-Stack (Серия срезов по оси Z).
В группе инструментов Multidimensional Acquisition (Получение
многомерных изображений) появится инструмент Z-Stack (Изображение
серий срезов по оси Z).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 43
--- стр. 248 ---
4 Получение изображений | 4.4 Отображение и настройка расчетной сетки в области
изображения
4.4 Отображение и настройка расчетной сетки
в области изображения
в этом разделе вы узнаете, как отображать и настраивать расчетную сетку
в области изображений.
i пшмечание
Расчетная сетка отображается только на полученном изображении или
живом изображении в непрерывном режиме (Continuous).
Необходимые предварительные условия ■ Открыто изображение, на котором
необходимо отобразить расчетную сетку.
Порядок действий 1 Выберите Grid (Расчетная сетка) в меню Graphics (Графические
элементы).
Расчетная сетка отобразится на изображении.
11 bnbficU n гя
1
t .4 - т1* .
i ' »
‘ у ¥
i ■ . '
" Г ;■ ‘
п »•
■h,. - ч 1
■ Ч Г ' ^
Щелкните правой клавишей мыши точно по линии сетки.
Откроется контекстное меню.
В контекстном меню выберите Format Graphicai Eiements
(Форматировать графические элементы).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 49
--- стр. 249 ---
Отобразится диалоговое окно Format Grid (Форматирование расчетной
сетки).
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений __________________
& \ш{• Centei TopLefl »
•/ Horizontal Lines V Vertical lines Circles >/ Cross
Pixel * i Synchronize
П 167.53 t i ^ 250.!
2.00 :
1.00 :
C!je Cefiuft Set As New Dd*jlt Reset
Установите флажок Synchronize (Синхронизировать). Эта функция
означает, что любое изменение, например числа столбцов,
одновременно изменяет и число рядов. Таким образом, расчетная
сетка всегда остается квадратной.
Большее число столбцов устанавливается с помощью ползунка
Coiumns (Столбцы). Также необходимое число можно ввести в поле
ввода.
Изменения отображаются непосредственно на изображении.
Для сохранения настроек расчетной сетки нажмите
(Сохранить).
Save
Откроется диалоговое окно Windows сохранения настроек.
7 Введите имя настройки и нажмите Save (Сохранить).
8 Закройте диалоговое окно Format Grid (Форматирование расчетной
сетки).
Вы успешно вставили расчетную сетку в изображение, отредактировали и
сохранили ее настройки.
4.5 Получение конфокальных изображений
Для получения конфокальных изображений необходимо сначала
определить параметры получения изображений и настроить эксперимент.
Поэтому рекомендуем использовать функцию быстрой установки Smart
Setup, где будут автоматически предложены определенные параметры
для настройки эксперимента, например, при получении изображений с
помощью модуля Airyscan или с помощью камеры. В следующем разделе
вы
50 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1,0 на русском языке
--- стр. 250 ---
узнаете, как использовать функцию быстрой установки Smart Setup, и
получите первое конфокальное изображение. Вследствие огромного
разнообразия образцов {и подходящих конфигураций для экспериментов)
в этом разделе рассматриваются лишь основы получения конфокального
изображения.
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений____________________
Необходимые предварительные условия
изображений).
Порядок действий 1
Открыта вкладка Acquisition (Получение
Нажмите кнопку Smart Setup (Быстрая настройка).
ZEN 2 system
File Edit View Acquisition Graphics Tools Window Help
Щ ^ P . y .
Locate ' Acquisition Processing A pplications
Experiment ■ ^ ▼
^ Smart Setup New
■
Set Exposure Continuous
Нажмите ■■Add (Добавить).
'B f J • i 'y O U T H i p f l l f n - * '''
riMS? add s track by pressing the4' ЬоПлп!
- -T -. ■
Цмаг4 <)«ia rcHMtvsy of lAib^ecua
^ S h o w E * f > t f l f i o n S n rw lra ia tw
Откроется диалоговое окно Add Dye (Добавить краситель).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 51
--- стр. 251 ---
4 Получение изображений \ 4.5 Получение конфокальных изображений
Выберите красители, используемые в эксперименте. Двойным
щелчком добавьте краситель в список.
M u o ^ c e n c e _____
Add м « c o i t t e » 4 ммноо
■гтг
ReriltyU%rd
Ale»»FW9r4M я / ran ■'
fm tw i’ t m r a i t ■
су»
DAK
S b \ tnn 9
ОЛгО
’Rhu'rbi-»!*
5 7 i« n ■«
naTJU
''•MHti flB H IlH jB illB is ii
Dye Database
{rm nA l ?eonin ■ t
ЬЫГ.
J.io4*r:^rfBcniSn
1 i Mc№HtxnKjeick КЮпк
.U 4*mirtT,*«Wrtr»itnx>d riAtm
S4M W4mn
. STAM S U n n ■;
1 : я К 1 Я
• 5 ГАЧ«А
e<Tl6G
II (Ю (
л С-ТП
г м л Cui»ii*in А О У И
' A J K W d i f t b f W r t J M
W m n • U « in i ■
$48 nm ■
W rm ■
SfJ lU ii .
iWnm ■ f
f:-' y- C o r A r t f t f n g M e t h o d s
U U K k f w t d /iJ llO U ^ u r 1 n i^
•i f l a i w r » i l 4 U u n < / 8I1 1M1 1 fikA &u ii
4 Нажмите Ok, чтобы закрыть диалоговое окно Smart Setup.
5 Убедитесь, что покровное стекло используемого образца
направлено на объектив. Используйте иммерсионную среду,
соответствующую объективу.
6 Для запуска непрерывного сканирования нажмите Continuous
(Непрерывное сканирование).
^ Z E N 2 system
File Edit View Acquisition Graphics Tools Window Help
Щ ^ K i WK X '," ■ ч И
Locate Acquisition Processing Applications
Experiment _
y t Smart Setup
V it ;
New
Set Exposure
G » '
Continuous
В центральной области экрана появится изображение образца.
52 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1,0 на русском языке
--- стр. 252 ---
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений
7 Переместитесь в необходимую область образца и с помощью
джойстика выполните фокусировку. Или же воспользуйтесь
колесиком мыши, зажав клавишу Ctrl.
8 Для прекращения непрерывного сканирования нажмите Stop (Стоп).
^ Z E N 2 syste m ^
File Edit View Acquisition Graphics Tools Window Help
Щ ^ fih ^
Locate Acquisition | Processing Applications
Experiment*’ ’ .
Л Smart Setup
Exposure - - f
Нажмите кнопку Set Exposure {Установить экспозицию), чтобы
автоматически применить параметры чувствительности детектора к
яркости образца.
v^ZEN2sy5tem .
File Edit View Acquisition Graphics Tools Window Help
9 I» H\
Locate Acquisition ^ Processing Applications
Expertment '
Smart Setup
.
Set Exposure Continuous
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 53
--- стр. 253 ---
4 Получение изображений | 4.5 Получение конфокальных изображений
10 Дополнительно: если вы работаете со слабо окрашенными
образцами, то можете попробовать увеличить мощность лазера в
меню Channels | Lasers (Каналы | Лазеры). Затем повторите
последний шаг, нажав Set Exposure (Установить экспозицию).
^ Channels ^ show A ll [If
Trackl ISM
^ Track2 LSM
P f Tracks ' lSM
” -V /4 + i
Rhoda
AF488
Focus Ref.
Rcf.i
High Intensity Laser Range
Tracks
lasers 71^405 « 4 8 8 a 561 Ш
405 nm
Pinhole
16,48 Airy Units e 119,2 pm section
0,14%
П 460 pm < .r
1 AU Max
Master Gain
Digital Offset
Digital Gain
650 V
■ 6’
Образец отрегулирован должным образом.
54 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 255 ---
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования
Порядок действий 1 Активируйте измерения полученного изображения (например, Tiles
(мозаики), Time Series (временные серии)}, необходимые в
эксперименте.
’
Locate Acquisition Processing
БфвпгпёШ • '
A *
Analysis Applications ^
^ 3 m art Setup
AF ' " O ®
Find Focus Set Exposure Live Continuous Snap
J Z-Stack
: Tiles
. Panorama
■LTjme Series
Start Experiment
2 Откройте инструмент Focus Strategy (Стратегия фокусирования).
Доступные стратегии фокусирования отобразятся в выпадающем
списке.
i Примечание______________________________________________________________________
Число доступных стратегий фокусирования зависит от активированных
измерений полученных изображений (например, мозаик, временной
серии), используемых аппаратных средств (например, модуля точной
фокусировки) и лицензии на программное обеспечение (например, модули
Software Autofocus (Программная автофокусировка) и Tiles (Мозаики)
позволяют использовать дополнительные стратегии фокусирования).
3 Определите наиболее подходящую для своего эксперимента
стратегию. При проведении эксперимента с мозаиками (Tiles)
программное обеспечение автоматически выберет наиболее
подходящую стратегию фокусирования, если таковая не была
выбрана заранее. Более подробное описание всех стратегий см. в
разделе «Стратегия фокусирования».
Вы успешно выполнили общие подготовительные процедуры. В
зависимости от определенной стратегии фокусирования следуйте одному
из нижеприведенных наборов инструкций.
4.6.2 Использование программной автофокусировки
Данная стратегия фокусирования предназначена для автоматизации
фокусирования используемого образца до и в ходе получения
изображения с помощью программной автофокусировки (Software
Autofocus). Эта стратегия особенно полезна при проведении
экспериментов с временной серией (Time Series) или мозаиками (Tiles).
Необходимые предварительные условия ■ Для использования стратегии программной
автофокусировки (Software Autofocus) необходимо наличие модуля
Autofocus (Автофокусировка).
56 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 256 ---
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования
Порядок действий 1
Успешно выполнены общие подготовительные процедуры [► 55]
для использования стратегий фокусирования (создан эксперимент,
определен по крайней мере один канал, активированы измерения
полученных изображений).
Во вкладке Acquisition (Получение изображений) открыт инструмент
Focus Strategy (Стратегия фокусирования).
Из выпадающего списка выберите Software Autofocus
(Программная автофокусировка). Обратите внимание, что Z-
величины, определенные в настройках модуля Tiles (Мозаики), не
учитываются.
О Focus Strate^
Software Autofocus
Zvahjes defined by Tiles Setup are 1дгю гес1
^ShowAI fff
О Reference Channel
'Z D A Pl
Set as Inference Channel
Offset (pm)' j|i
О Stabilization Event Repetitions and Frequency
В разделе Reference Channel (Опорный канал) выберите из списка
канал, который необходимо использовать для фокусировки.
Расширьте раздел, если он отображается не полностью.
Нажмите кнопку Set as Reference Channel (Установить в качестве
опорного канала).
В разделах Time Series Loop (Контур временной серии) и (или) Tiles
Loop (Контур мозаик) инструмента Focus Strategy (Стратегия
фокусирования) вы можете определить момент фокусирования в
ходе эксперимента.
Откройте инструмент Software Autofocus (Программная
автофокусировка).
Введите параметры автофокусировки (например. Quality (Качество),
Sampling (Дискретизация) и т. д.), соответствующие условиям
проведения эксперимента, или для начала используйте настройки по
умолчанию.
Настройте эксперименте мозаиками и (или) временной серией.
Для запуска эксперимента нажмите кнопку Start Experiment (Начать
эксперимент).
► Start Experiment
Вы успешно воспользовались инструментом Software Autofocus
(Программная автофокусировка) для фокусировки изображений в ходе
эксперимента.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 57
--- стр. 257 ---
4.6.3 Использование точной фокусировки в экспериментах с
временными сериями
Выберите эту стратегию фокусирования, чтобы использовать модуль точной
фокусировки для стабилизации фокуса в условиях колебания температур во время
экспериментов с временными сериями (Time Series).
Необходимые предварительные условия Ш Чтобы воспользоваться стратегией
фокусирования Definite Focus (Точная фокусировка), вам потребуется модуль
точной фокусировки Definite Focus.
■ Успешно выполнены общие подготовительные процедуры [► 55] для
использования стратегий фокусирования.
■ Во вкладке Acquisition (Получение изображений) открыт инструмент Focus Strategy
(Стратегия фокусирования).
Порядок действий 1 Выберите Definite Focus (Точная фокусировка) из выпадающего списка
стратегий фокусирования. Обратите внимание, что Z-величины, определенные в
настройках модуля Tiles, не учитываются.
2 В разделе Stabilization Event Repetitions and Frequency (Частота и повторения
случаев стабилизации) выберите режим Standard (Стандартный). В этом режиме
используются рекомендуемые нами стандартные настройки для стабилизации.
Выбрав режим Expert (Экспертный), вы можете отрегулировать все настройки по
вашему усмотрению.
3 Настройте эксперимент с временной серией (Time Series), более подробно см.
раздел «Получение изображений временной серии» [► 47].
4 Для определения позиции фокусировки с помощью привода фокусировки
воспользуйтесь режимом живого изображения (Live).
5 Для запуска эксперимента нажмите Start Experiment (Начать эксперимент).
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования _________________________
► Start Experiment
Стратегия Definite Focus (Точная фокусировка) инициализируется в начале
эксперимента в текущей позиции фокусировки. Затем фокус стабилизируется в
соответствии с настройками эксперимента с временной серией. На экране
отобразится подсказка о необходимости соответствующим образом установить
фокус перед началом эксперимента. Вы можете сделать это путем перехода в
соответствующее местоположение (позицию или область мозаики) и запуска режима
живого изображения или непрерывного режима. Затем вы можете продолжить или
отменить выполнение эксперимента.
Вы успешно воспользовались стратегией фокусирования Definite Focus (Точная
фокусировка) для стабилизации фокуса в ходе эксперимента с временной серией.
4.6.4 Использование локальных или общих фокальных поверхностей
Для использования локальных или общих фокальных поверхностей требуется
выбрать стратегию фокусирования Use Focus Surface/Z Values Defined by Tiles
Setup (Использовать фокальную поверхность/г-величины, определенные в
настройках модуля Tiles). Эта стратегия выбирается по умолчанию, если вы
приобрели лицензию на модуль Tiles. В таком случае вы можете получить
мозаичные изображения вдоль локальных или общих фокальных поверхностей (в
определенной области мозаики/позиции) и использовать стратегию фокусирования
для достижения оптимальных результатов изображения.
Локальная/общая фокальная поверхность обеспечивает фокусировку всех мозаик на
образцах с наклонной или неровной поверхностью. Локальные фокальные
поверхности для всех областей мозаик интерполируются в зависимости от позиций
фокусировки контрольных точек. Позиции автоматически приобретают
горизонтальную область фокусировки, которая определяется Z-величиной позиции.
58 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 259 ---
6 Для запуска эксперимента нажмите кнопку Start Experiment {Начать
эксперимент).
4 Получение изображений | 4.6 Работа со стратегиями фокусирования _____________________
► Start Experiment
Получение мозаик областей мозаик и позиций осуществляется вдоль
локальных фокальных поверхностей.
Если вы выполняете эксперимент в модуле Time Series, рекомендуем
использовать функции Adapt Focus Surface/Z Values (Настройка
фокальной поверхности/1-величины), см. раздел «Стратегия
фокусирования». Таким образом, вы сможете корректировать фокус при
малых дрейфах, возникающих в ходе длительных экспериментов с
многомерными временными сериями (например, с живыми клетками).
60 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 260 ---
5 Обработка изображений | 5.1 Порядок обработки изображений
5 Обработка изображений
5.1 Порядок обработки изображений
Во вкладке Processing {Обработка изображений) применяются функции
обработки полученных или загруженных изображений. Основной порядок
обработки изображений довольно прост:
■ Получите или откройте изображение, требующее обработки.
■ Откройте вкладку Processing (Обработка изображений).
При открытии вкладки в качестве входного изображения для функции
обработки используется последнее активное изображение (например, из
вкладки Acquisition (Получение изображений)).
При необходимости выбрать другое входное изображение загрузите новое
изображение в меню Image Parameters | Input (Параметры изображения |
Входное изображение). Обратите внимание: изображение должно быть
заранее открыто в ZEN.
■ Выберите требуемую функцию обработки в меню Method (Способ),
например Color Balance (Цветовой баланс). Поиск функций
обработки также осуществляется в поле поиска (Search). Просто
введите начальные буквы функций, которые требуется найти.
■ Установите параметры функции в меню Parameters (Параметры).
Справочная информация по какой-либо функции и ее параметрам
доступна при нажатии клавиши F1.
В интерактивной справке подробно описаны все функции.
■ Для просмотра применяемых функций нажмите кнопку Preview
(Предварительный просмотр) в меню Image Parameters | Output
(Параметры изображения | Выходные данные).
■ Для применения изменения обработки изображения нажмите кнопку
Apply (Применить).
Будет создано новое изображение в новом графическом контейнере.
Исходное изображение не изменится.
5.2 Общие настройки
Сохранение / загрузка настроек
В разделе Settings (Настройки) в верхней области инструмента функций
Parameters (Параметры) вы можете сохранять и повторно загружать
оптимизированные настройки. Если вы отрегулировали параметры
функции, чтобы сохранить настройки под новым именем, просто нажмите
Options I New (Опции | Новый).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 61
--- стр. 261 ---
5 Обработка изображений | 5.2 Общие настройки
Рисунок 5.1. Раздел Settings (Настройки)
Оптимизация настроек для канала
Если входное изображение — многоканальное, все настройки можно
оптимизировать для каждого канала в отдельности. Для этого необходимо
установить флажок Adjust per Channel (Поканальные настройки).
Настройки трехмерности
Если у входного изображения имеется несколько измерений и (или)
включен режим отображения всех функций (Show all), пользователю
станет доступен выпадающий список Third Dimension (Трехмерность).
Здесь можно выбрать измерение, к которому требуется дополнительно
применить функцию. В зависимости от входного изображения доступны
несколько вариантов:
Вариант
2D Slices (Двухмерные срезы)
Z, Т ог С (Z, Т или С)
Функция
Эта функция используется в
двухмерном режиме только с
многомерными изображениями,
полученными, например, во время
покадровой съемки или серии
срезов по оси Z.
Здесь вы можете выбрать, к какому
дополнительному измерению
следует применить функции:
■ Z = серия срезов по оси Z
ш Т = время
■ С = каналы
Восстановление настроек по умолчанию
Восстановить настройки функций по умолчанию можно нажатием кнопки
Defaults (Настройки по умолчанию).
62 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 262 ---
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию
5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию
Успешное выполнение деконволюции зависит от качества изображения и
типа образца. Для выполнения деконволюции доступно множество
параметров, которые позволяют оптимизировать алгоритмы
соответствующим образом. Это разнообразие параметров может быть
огромным. С помощью метода Deconvolution (defaults) (Деконволюция по
умолчанию) можно попытаться достигнуть хорошего первоначального
результата, используя заранее выбранный набор параметров по
умолчанию. Однако это будет возможно не для всех ситуаций. В таких
случаях следует использовать метод настраиваемой деконволюции
Deconvolution (adjustable).
Необходимые предварительные условия
изображений).
Открыта вкладка Processing (Обработка
Порядок действий 1
Получено или открыто флуоресцентное изображение, на котором
необходимо выполнить деконволюцию.
Откройте инструмент Method (Метод) меню Method Selection
(Выбор метода).
Щелкните по группе Deconvolution (Деконволюция).
В списке отобразятся методы Deconvolution (defaults)
(Деконволюция по умолчанию) и Deconvolution (adjustable)
(Настраиваемая деконволюция).
Выберите Deconvolution (defaults) (Деконволюция по умолчанию).
Откройте инструмент Parameters (Параметры) меню Method
Parameters (Параметры метода).
Отобразятся 4 разных алгоритма деконволюции (Nearest Neighbor
(Ближайший сосед), Inverse Filter (Обратный фипьтр), Fast Iterative
(Быстрый итеративный), Iterative (Итеративный)), которые вы можете
автоматически применить к изображению.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 63
--- стр. 263 ---
5 Для выбора алгоритма нажмите на соответствующий элемент.
» Method Parameters
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию ___________
P a r a m e te r s
S im p le , v e r y f a s t ( N e a r e s t N e ig h b o r )
B e tte r, fa s t (R e g u la r iz e d In v e r s e F ilte r )
G o o d , m e d iu m s p e e d (F a s t It e r a tiv e )
E x c e lle n t, s lo w ( C o n s tr a in e d It e r a tiv e )
Откройте инструмент Input (Входное изображение) меню Image
Parameters (Параметры изображения).
Отобразится инструмент Input (Входное изображение). Контейнер
для входного изображения пуст.
Нажмите на пустой графический контейнер.
Image Parameters
^ Input ^ S h o w АН 1
! I n p u t D e f in it io n
I P r o c e s s in g M e t h o d
I A f t e r p r o c e s s in g
P S e t I n p u t A u t o m a t ic a lly
P A p p ly t o p r e v ie w , o n ly
S w itc h t o O u t p u t
R e m a in a t c u r r e n t v ie w
Откроется список предварительного просмотра всех открытых
изображений.
64 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 264 ---
8 Нажмите на изображение, к которому необходимо применить
деконволюцию.
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию
Image Parameters
I n p u t D e^
P ro e e s s ir
A f t e r p r o
Nice mitosis.czi
C H O * 3 * c h a n n e l...n c e .z v i
^ ^ ^^2 2 .7 4 M B _
Теперь изображение находится в графическом контейнере и будет
использовано в качестве входного изображения для обработки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 65
--- стр. 265 ---
9 Для выполнения деконволюции нажмите кнопку Apply (Применить).
5 Обработка изображений | 5.3 Деконволюция со значениями по умолчанию ________________
L o c a te A c q u is it io n P r o c e s s in g ^ A n a ly s is R e p o r tin g
.м .
I s/
S in g le B a tc h A p p ly
Method Parameters
Parameters
" Image Parameters
N ic e m it o s is . c ii
I n p u t D e f in it io n Г” S e t I n p u t A u t o m a t ic a lly
P r o c e s s in g M e t h o d P A p p ly t o p r e v ie w , o n ly
A f t e r p r o c e s s in g ^ S w itc h t o O u t p u t
R e m a in a t c u r r e n t v ie w
Начнется выполнение деконволюции. После обработки будет создан
новый файл изображения, который автоматически откроется в
центральной области экрана. Если вас устраивает качество обработки,
сохраните обработанное изображение. Повторите деконволюцию,
используя остальные параметры по умолчанию, для получения разных
результатов. Если вы обладаете экспертными знаниями в данной области,
можете самостоятельно настроить все параметры деконволюции,
используя метод Deconvolution (adjustable) (Настраиваемая
деконволюция).
66 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 266 ---
5 Обработка изображений [ 5.4 Настраиваемая деконволюция
5.4 Настраиваемая деконволюция
в нижеприведенной инструкции пошагово описывается метод проведения
деконволюции изображения серий срезов по оси Z.
Мы будем использовать наилучший метод Constrained Iterative
(Ограниченный итеративный) и фактическую функцию рассеяния точки
(PSF).
Подготовка
Для выполнения данных инструкций потребуется изображение серий
срезов по оси 2 используемого образца и изображение серий срезов
гранул по оси Z, полученные в одних условиях с использованием одной
системы. Откройте ZEN 2.3 (blue) без загрузки изображений.
Общая схема
В настоящей инструкции описаны следующие шаги:
■ Шаг 1. Усреднение гранул
В этом разделе вы научитесь создавать изображение серии срезов
по оси Z с усредненными гранулами.
■ Шаг 2. Создание PSF
В этом разделе вы научитесь создавать функцию рассеяния точки
(PSF) из изображения серий срезов по оси Z с усредненными
гранулами.
■ Шаг 3. Загрузка входного изображения
В этом разделе вы научитесь загружать входное изображение для
метода настраиваемой деконволюции.
■ Шаг 4. Задание параметров
■ В этом разделе вы научитесь задавать параметры и добавлять
фактическую PSF.
■ Шаг 5. Обработка изображения
В этом разделе вы научитесь обрабатывать изображение и
сравнивать его с входным.
5.4,1 Шаг 1. Усреднение гранул
В этом разделе вы создадите изображение серии срезов отдельной
гранулы по оси Z, полученное из нескольких гранул посредством
усреднения. Усреднение уменьшает шум изображения и улучшает
качество полученной PSF.
Порядок действий 1 Откройте изображение с полученной гранулой.
2 Перейдите во вкладку Processing (Обработка изображений).
Убедитесь, что выбран режим обработки отдельного изображения
Single processing.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 67
--- стр. 267 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
В инструменте Method (Метод) в группе Deconvolution
(Деконволюция) выберите Bead Average (Усреднение гранулы).
В инструменте Input (Входное изображение) выберите изображение
гранулы и снимите флажок Set Input Automatically (Задать входное
изображение автоматически).
6 3 x B e a d s .c z i
I n p u t D e f in it io n П S e t I n p u t A u t o m a t ic a lly
P r o c e s s in g M e t h o d P A p p ly t o p r e v ie w , o n ly
A f t e r p r o c e s s in g ^ S w itc h t o O u t p u t
f R e m a in a t c u r r e n t v ie w
68 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 268 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Откройте инструмент Parameters (Параметры). Для используемого
примера изображения достаточно параметров, установленных по
умолчанию:
Parameters
B e a d p r o x im ity
1 7 A v e r a g e B e a d s
P r e - S m o o th in g
L o g C u r v a tu r e
S ig m a
D e lta S ig m a
f D iffe r e n c e o f G a u s s ia n s
•o
D e fa u lts
i Примечание
5.0 Lit
Э
0.0 liJ
1,50 [:!
"0^40 UJ
Для проверки настроек рекомендуем отключить опцию Bead Averaging
(Усреднение гранул). В полученном изображении вы сможете просмотреть
отдельные гранулы и определить, обнаружены ли с помощью
используемых параметров все подходящие гранулы. После проверки
снова включите опцию и создайте окончательное изображение гранул.
Нажмите кнопку Apply (Применить).
руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 69
--- стр. 269 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Спустя несколько минут будет получен новый графический документ.
На изображении будет представлена отдельная отцентрированная
гранула со значительно сниженным уровнем шумов. Полученное
изображение лучше просматривать в ортогональном виде (Ortho).
90r№ o
Cut
2,5D
A:i
m
6 Сохраните результат под соответствующим именем.
Вы успешно выполнили усреднение гранулы и создали изображение серии
срезов ло оси Z из полученной отдельной усредненной гранулы.
5.4.2 Шаг 2. Создание PSF
На данном этале вы создадите PSF из изображения гранулы, созданного в
шаге 1. Данные изображения преобразованы в другой формат, все шумы ,
изображения устранены, и рассчитаны параметры PSF.
Необходимые предварительные условия
быть открыто.
Изображение, созданное в шаге 1, должно
70 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 270 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Порядок действий 1 Во вкладке Processing {Обработка изображений) в группе
Deconvolution (Деконволюция) выберите метод Create PSF
(Создать PSF):
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 71
--- стр. 271 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
В инструменте Input (Входное изображение) выберите изображение,
созданное в шаге 1.
► ^ A d j u s t .
^ А Edges |
Р ^ G e o m e l
« Method Par
ИЮ Ю 2Э1
15^ Z - s t a c k c o n
Г ” C ir c u la r ave
T h r « h o l d c
T h r e s h o ld
Г" Ite r a tiv e re s l
63xBeads-PSF.c2i
3 .0 3 M B
б З х В Р А Е -G r e e n .c z l
4 5 .8 8 M B
6 3 x B P A E -G re e n -C L c z r
4 5 .8 8 M B
V '
6 3 x B P A E - G r e e n ...tr 6 .c z i
4 5 .8 8 M R
I n p u t O r f ir v it io n F S e t in p u t A u t o m a t ic a lly
A f t e r p r o c e s s ir r g S w itc h t o O u t p u t
R e m a in a t c u r r e n t v ie w
72 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 272 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Откройте инструмент Method Parameters (Параметры метода).
Parameters
1^ Z-stack correction
Г* Circular average
[%? Threshold cropping
Threshold
Г” Iterative restoration
Show.
0,25 I :
о
Defaults
Как правило, установленные по умолчанию параметры
обеспечивают хорошие результаты и не требуют изменения.
1 Примечание
При использовании гранул с диаметром, превышающим предел
разрешающей способности объектива, следует воспользоваться опцией
Iterative Restoration (Итеративное восстановление) и указать диаметр
гранул.
4 Выполните функцию, нажав кнопку Apply (Применить).
Вскоре вы получите новый графический документ созданной PSF.
Сохраните документ под соответствующим именем.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 73
--- стр. 273 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Отобразится вкладка параметров PSF. Эта вкладка отображается только
для документов PSF.
[ E x p o rt P S F ] D is p la y M o d e [ I n t e n s it y P S F ^
A x ia l c u t v ie w
It e m V a lu e
S to r a g e T y p e
S o u rc e
U s e d D im e n s io n s
In s t r u m e n t
I llu m in a t io n
N A O b je c tiv e
In te n s ity P S F
E x te rn a l
T h r e e d im e n s io n a l
C o n v e n tio n a l m ic r o s c o p e
E p i- flu o r e s c e n c e
1 .4
Особый интерес здесь представляют величины, определенные для
поперечного и продольного разрешений. С помощью полосы прокрутки
просмотрите содержимое таблицы:
I llu m in a t io n W a v e le n g th 4 9 3 n m
D e te c tio n W a v e le n g th 5 1 7 n m
T r a n s v e r s e R e s o lu tio n (R a j 0 .3 0 5 p m
A x ia l r e s o lu tio n ( F W H M ) 0 .6 9 2 p m
P
Здесь вы можете увидеть, как в реальных условиях может отличаться
поперечное разрешение от конструктивных параметров объектива. В
очень редких случаях это может быть связано только с качеством
объектива, во всех остальных просто описывает реальные условия, в
которых было получено изображение анализируемого образца, в том
числе всех аберраций. В частности, сферическая аберрация отрицательно
влияет на разрешение.
5.4.3 Шаг 3. Загрузка входного изображения для деконволюции
На данном этапе будет выбрано и загружено входное изображение для
обработки методом деконволюции. Во время загрузки, чтобы подтвердить
наличие всей информации, необходимой для деконволюции,
осуществляется проверка метаданных изображения. В случае отсутствия
каких-либо данных отобразится соответствующее сообщение об ошибке.
74 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 274 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) в инструменте
Method (Метод) в группе Deconvolution (Деконволюция) выберите
метод Deconvolution (adjustable) (Настраиваемая деконволюция);
л.
D e c o n v o lu tio n
D e c o n v o lu tio n ( d e fa u lts )
D e c o n v o lu tio n ( a d ju s ta b le )
C re a te PSF
B e a d a v e ra g e
A d ju s t
E d g e s
G e o m e tr ic
В инструменте Input (Входное изображение) выберите изображение,
которое требуется восстановить из свертки.
v'SHoivAX
6 3 x B e a d s .C £ i
I n p u t D e f in itio n
P r o c e s s in g M e th <
A f t e r p r o c e s s in g
63xBead5*averdged.czi
1.65 MB
63xBeads*PSF.czi
3.03 MB
63xBPAE-Green.czi
45.88 MB
1 Примечание
Если в этот момент появится предупреждение, вероятно, в изображении
отсутствуют параметры, необходимые для выполнения деконволюции.
Впоследствии вы можете ввести или изменить эти значения в инструменте
Parameters (Параметры).
5.4.4 Шаг 4. Задание параметров для деконволюции
На данном этапе задается желаемый алгоритм и связанные с ним
параметры метода. Также изображению присваивается PSF, созданная в
шаге 2. Наконец, выполняется деконволюция и сохраняется результат.Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке 75
--- стр. 275 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Необходимые предварительные условия ■ Во вкладке Processing (Обработка
изображений) в группе Method Parameters (Параметры метода)
выбран инструмент Parameters (Параметры).
Порядок действий 1
Parsmetefs ✓ Show.
D e c o n v o lu tio n P S F s e ttin g s \
A lg o r it h m ( N e a r e s t N e ig h b o r 3
E n a b e C h a n n e l S e le c tio n
N o r m a liz a tio n ( A u t o m a t ic 3
l^ Set SlrtifigU» Maiiudlly
-J —
W e a k M e d iu m S tr o n g
Ф , C o r r e c tio n s
О
D r a u lt s
Сначала задайте желаемый алгоритм во вкладке Deconvolution
(Деконволюция). Для примера используется итеративный, наиболее
сложный алгоритм, но наиболее подходящий для использования с
широкоугольным изображением.
D e c o n v o lu tio n |^P S F s e ttin g s
A lg o r it h m ( N e a r e s t N e ig h b o r
n E n a b le C h a i
N o r m a iz a t io n
I^7 ScL Siienytl
N e a r e s t N e ig h b o r
R e g u la r iz e d In v e r s e F ilte r
F a s t Ite r a tiv e
Constrained Iterative
W e a k M e d iu m S tr o n g
(► ) C o r r e c tio n s
О
D e fa u lts
76 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 276 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Теперь во вкладке отображается ряд дополнительных параметров
(режим Show All (Показать все)).
P a r a m e te r s »/ShowAH
^ec^volution Tps^r^ngs"!"
A lg o r it h m ( C o n s tr a in e d Ite r a tiv e
F E n a b le C h a n n e l S e le c tio n
N o r m a liz a tio n [ A u t o m a t ic
R ? S e t S tr e n g th M a n u a lly
W e a k
(? ) C o r r e c tio n s
Ф A d v a n c e d S e ttin g s
Ф D ia g n o s tic s
M e d iu m S tr o n g
О
D e fa u lts
Задайте желаемую степень восстановления изображения. С
помощью ползунка вы можете определить, насколько сильным будет
эффект восстановления. Однако большая степень восстановления
повышает риск усиления шума изображения и отображения
чрезмерно восстановленных данных. При использовании
итеративного алгоритма при работе с высококачественными
изображениями до образования артефактов, как правило, можно
устанавливать степень до 6-8.
1 7 S e t S tr e n g th M a n u a lly
W e a k
В меню Corrections (Коррекции) выберите функцию Bleaching
Correction (Осветление). Использование данного типа коррекции
уместно, если флуоресцентный краситель обесцвечивается во
время получения серии срезов по оси Z.
C o r r e c t f o n l
г * " L a m p F lic k e r
1 7 F lu o r e s c e n t D e c a y
F B a c k g r o u n d
Остальные типы коррекции должны использоваться по мере
необходимости. Более подробная информация по данному вопросу
содержится в интерактивной справке.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 77
--- стр. 277 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Откройте раздел Diagnosis (Диагностика) (режим Show All
(Показать все)). Во время обработки изображения выведите это окно
на передний план. Таким образом удобнее всего наблюдать за
ходом выполнения обработки.
® D ia g n o s tic s
C o n v e r g e n c e H is to r y
1 Примечание
В разделе Advanced Settings (Дополнительные настройки) представлены
экспертные функции, которые обычно не требуются. Помните:
неправильная настройка параметров в этом разделе может привести к
неожиданным последствиям, например к чрезмерно долгим вычислениям.
Более подробная информация по отдельным параметрам приводится в
интерактивной справке.
5 Перейдите во вкладку PSF Settings (Настройки PSF).
В разделе Microscope Parameters (Параметры микроскопа) представлены
все параметры, использованные во время получения изображения и
сохраненные вместе с изображением. В случае отсутствия одного из
параметров его можно самостоятельно ввести в соответствующее
активное поле ввода.
D e c o n v o lu tio n J P 5 F s e ttin g s
M ic r o s c o p e p a r a m e te r s
M ic r o s c o p e
N A O b je c t iv e :
Im m e r s io n
S c a le la te ra l
S c a le a x ia l
_ ^ ■ ~ ------------------------------------------------1
I C o n v e n tio n a l m ic r o s c o p e
: f o i l J
0 .1 0 2 p m /p ix e l
0 '
] 0 2 7 0 M m /s lic e i : ] f O v e r r id e )
[ M a s te r r e s e t ]
Поскольку мы работаем с фактической PSF, мы пропустим
дополнительные настройки и коррекцию аберрации.
6 Выберите опцию Use External PSF (Использовать внешнюю PSF).
A le x a F lu o r 4 8 8
|>7 U s e e x te r n a l PS F ( A tt a c h t o i n p u t )
78 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 278 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
7 Теперь откройте инструмент Input (Входное изображение). Здесь,
рядом с уже выбранным входным изображением, отобразится
вторая опция ввода PSF Channel 1 (Канал 1 PSF).
б З х В Р А Е -С г е е п .с
P S F C h a n n e l 1
Выберите в этом окне PSF-документ, который был создан в шаге 2.
Tree ад
Для добавления фактической PSF ко входному изображению
нажмите кнопку Link to Input (Связать с входным изображением).
[>7 U s e e x te r n a l PSF
10 Теперь сохраните изменения, внесенные во входное изображение.
Теперь вы легко выполните обработку этого изображения на других
компьютерах, используя корректную фактическую функцию
рассеяния точки (PSF).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 79
--- стр. 279 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
5.4.5
Порядок действий 1
Шаг 5. Выполнение деконволюции
На последнем этапе выполняется деконволюция. Результирующее
изображение сопоставляется с входным, и отмечаются детали, связанные
с процедурой обработки.
Перейдите во вкладку Deconvolution (Деконволюция) инструмента
Parameters (Параметры) и выведите раздел Diagnosis
(Диагностика) на передний план.
Нажмите кнопку Apply (Применить).
В окне Diagnosis (Диагностика), в котором строится график прогресса
конвергенции относительно итераций, вы можете наблюдать за
ходом выполнения деконволюции.
0 D ia g n o s tic s
C o n v e r g e n c e H is t o r y
i Примечание
Обработка исключительно больших изображений серии срезов по оси Z
или продолжительных временных серий может занять некоторое время.
Во избежание нежелательного увеличения времени обработки
рекомендуем не выполнять одновременно других сложных действий в ZEN
или других программах на компьютере.
3 Сохраните результирующее изображение под соответствующим
именем.
80 Руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 280 ---
5 Обработка изображений | 5.4 Настраиваемая деконволюция
Нажмите кнопку liil Split Mode (Режим разделения) на панели
документов. Будет создано множественное изображение
(разделенное изображение).
Workspace Zoom Re
Design CFark ▼ Workspace »
J k СЯ «
% image; and Documents
Contairterl
MB / MB
. 3ChSDTil«.czi’
: c< - m
424^5 MB / 427,06 MB
Astro...con.czi
>^o t C В
186,56 MB / 186.83 MB
в режиме Splitter (Разделенный экран) активное изображение
загружается автоматически. Переместите входное изображение из
галереи документов в правой области инструментов в разделенный
документ.
Во вкладке Spiit Dispiay (Раздельное отображение) снимите флажок
Synchronize Display (Синхронизировать отображение). Это
позволяет определить отдельную настройку гистограммы для
каждого изображения.
Нажмите на изображении, которое требуется изменить, и (если
необходимо) отрегулируйте отображение, например, для
оптимальной подгонки (Best Fit) используйте 0,01, а для значения
черного и белого — гамму (Gamma), равную 0,8.
Повторите эту настройку для другого изображения.
Если во вкладке Split Display (Раздельное отображение) установлен
флажок Synchronize Dimensions (Синхронизировать измерения),
можно одновременно увеличивать изображения (колесиком мыши) и,
зажав колесико мыши, перемещать содержимое изображения,
сосредотачиваясь на интересующих областях.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 81
--- стр. 284 ---
5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных
изображений из многоканального изображения
в этом разделе рассказывается, как извлечь отдельные флуоресцентные
изображения из многоканального изображения.
5 Обработка изображений | 5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных изображений из
многоканального изображения __________________________________________________________
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто многоканальное
изображение (например, DVD 40 (09/2011 )-(ZEN)\Example Image
Databases\zf_psa.czi).
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Откройте
инструмент Method (Метод), в меню Utilities (Служебные
программы) выберите Create Image Subset (Создать поднабор
изображений).
rfjisexn-ZENqflitem^OU ^ ^ ^ .
Fde Edrt View AcqtaHtian Graphics Macro Tods Window
I ApplyHa
^ Л, M
locate Acquisition Processing Anetyse __Repoit*^
ihjncton CreatelcnaqeSubset
RecenBystsed
Ы е к Ы Depth d Focus ;
| | | | ^ ApoTome MWConvert
ApoTome detonvokrtkm
Copy Annotations
'v}'.': Copybnage
Change Pod Type
Impose Noee
Otatelinage& ABrt’
Fuse Image Subset
Method Paratrwter!
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 85
--- стр. 285 ---
2 В разделе Image Parameters (Параметры изображения) откройте
инструмент Input (Входное изображение) и выберите
многоканальное изображение.
5 Обработка изображений 1 5.5 Извлечение отдельных флуоресцентных изображений из
многоканального изображения __________________________ _____________________________
Image Parameters
✓ SNswAII
zfj5saxzi
I n p u t D e fin itio n В S e t I n p u t A u to m a tic a lly
P ro c e s s in g M e th o d В A p p ly t o p r e v ie w , o n ly
A f t e r p ro c e s s in g • S w ite h t o O u t p u t
0 Ite m a in a t c u r r e n t v ie w
В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте
инструмент Parameter (Параметр) и выберите Channels (Каналы).
Отключите красный и синий флуоресцентные каналы.
Теперь выбрано только зеленое флуоресцентное изображение.
Нажмите кнопку Apply (Применить).
Вы извлекли из многоканального изображения изображение в
зеленом флуоресцентном канале. Активируйте соответствующий
канал и отключите остальные каналы для извлечения других
отдельных флуоресцентных изображений. Сохраните извлеченные
части изображения в отдельных файлах.
86 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 286 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
5.6 Пакетная обработка
в этом разделе рассказывается, как экспортировать пакет всех
изображений папки. Для каждого изображения вы можете использовать
аналогичные или разные настройки экспорта.
Необходимые предварительные условия ■ Имеется папка с несколькими CZI-
изображениями, которые требуется конвертировать в новый тип
изображения (например, TIFF, BMP, JPEG). В ней содержатся,
например, два двухканальных изображения покадровой съемки,
одно двухканальное изображение серии срезов по оси Z, одно
трехканальное изображение продукта DVD 40 (09/2011)-
(ZEN)\Example Image Databases\CaRationSeries,czi, kaedeSIsm.czi,
ratbrainstack.czi, zf_psa.czi).
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Нажмите
кнопку Batch (Пакет).
Откройте инструмент Method (Метод) и выберите Image Export
(Экспорт изображения).
<© j^_] ^,|J
L o c a te A c q u is it io n P r o c e s s in g ; A n a ly s is R e p o r tin g
Function: Image Export
S in g le
B a tc h M e th o d
A p p ly
ч'ц r -i
C h a n g e S c a lin g
D e c o n v o lu tio n ( d e fa u lts )
D e c o n v o lu t io n ( a d ju s ta b le )
A t t a c h PSF
A p o T o m e d e c o n v o lu t io n
A p o T o m e R A W C o n v e r t
M o v ie E x p o r t
Z V I E x p o r t
Im a g e A n a ly s is P r o g r a m
S titc h in g
U n d o S titc h in g
D r a w S c a le B a r A n n o t a t io n
E x te n d e d D e p t h o f F o c u s
S p lit S c e n e s ( W r it e file s )
O M E T IF F -E x p o rt
I
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 87
--- стр. 287 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
3 В разделе Method Parameters {Параметры метода) откройте
инструмент Parameters (Параметры).
M e t h o d P a r a m e t e r s
P a ra m e te rs ✓ Show А»
F ile ^ p e F ile In te r c h a n g e F o r m a t ( iW G )
Q j a li t y l o w H ig l ,195
R e s iz e i , v - i . . . . C 1 Ш ; llO Q J ^ T *
E S O rigirvai
^ D is p la y C u rv e а гк1 C h a rw ie l C o lo r
U ^ m - i n G ra p h ic s
* U s e F u ll o f D im e n s io n s
0 D e fir> e S u b s e t
E x p o rt t o fce\U s e r s \Z H C H 5 \P ic tu r e s :,
hU C re a te fe e d e r
И G e n e r a te x m l file
Ш G e n e r a te z ip file
—ID '
Нажмите кнопку Add (Добавить) в инструменте Batch Processing
(Обработка пакета). Выберите папку, отметьте все изображения,
которые необходимо экспортировать и нажмите кнопку Open
(Открыть).
Перечень изображений отобразится в инструменте Batch
Processing (Обработка пакета).
88 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 288 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
Установите флажок Use Input Folder as Output Folder
(Использовать входную папку в качестве выходной) для сохранения
экспортированных изображений в папке исходных изображений.
Elatch Processing
Use b p u t Fokter as Output Folder Natrlmg-
S Cbnustenc File Name Size M^hod
■ C^xampte images'£aRatia.. 1024 MB' Image Export
? C:\Exampie imagesMcaedeSi» 23.88 MB Image Export
t ж ■ C\Examf>le imagesVretbrairv.. 1515 MB Image Export
t
а"
•
V + Add..
С:\Ехапф1е images\rf_psa^zi
f^move £ RamweAll
3.14 MB Image Export
Output Neme
Нажмите на одно из изображений в списке и выполните экспорт
настроек в инструменте Parameters (Параметры). В приведенном
примере для всех временных точек и каналов используется TIFF-
формат. Эта настройка действительна только для выбранного
изображения, но может быть скопирована
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 89
--- стр. 289 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
в другие изображения списка с идентичными измерениями
(например, двухканальное изображение временной серии).
Method Parameters
P a ra m e te rs
F ite ty p e Im a g e F ile F o r m a t ( t lF H
! / C o n v e r t t o 8 B it
C o m p r e s s io n 1 2 W
✓ ShowM
R e s iz e 100 Д00%;
И O r ig in a l D a ta
A p p ly D is p la y C u rv e a n d O ^ a n n d C o lo r
^m-in Graphics
M e r g e d C h a n n e ls Im a g e
■ IrK iK n d u a l C h a n n e ls h r » g e
9 U s e F u ll S e t o f D im e n s io n s
• D e firre S u b s e t
О C h a n n e ls A ll
Ch2^-'o2^
О T im e
О l ^ i o n F u ll
О T ile s
E x p o rt t o K S ^ U s e fs V Z H O T S ^ k tu r e s
^ C re a te f d d e r
ь£ G e n e r a te x m l file
Ш G e n e r a te z ip file
f ^ e f ix C a R a tio S e rie s
D e fa u lts
C o p ^ a r a m e t e r s
Нажмите кнопку Copy Parameters liiifJliiiiiiiiiifl(KonM poBaTb
параметры). Выберите из списка изображение с идентичными
P a s te P a ra m e te rs
измерениями и нажмите кнопку Paste Parameters!
(Вставить параметры).
Выполните аналогичные действия с остальными изображениями в
списке. Используйте команды Сору Parameters (Копировать
п а р а г и е т р ы ) и P a s t e P a r a m e t e r s ( В с т а в и т ь п а р а м е т р ы ) и л и
определите настройки экспорта для каждого изображения в
отдельности в инструменте Parameters (Параметры).
90 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 290 ---
5 Обработка изображений | 5.6 Пакетная обработка
9 Нажмите кнопку Check АП (Отметить все). Все изображения в списке,
имеющие правильную настройку, будут отмечены зеленым
маркером.
и»ш Шшщятщгу
(If |111Ц|Щ ^ 11
10 Нажмите кнопку Apply (Применить).
Ji|.i
Locate Acquisition ! Processing , Analysis Reporting
Function: Image Export
Batch Method pv'Show Ail
Bee экспортированные изображения в списке будут отмечены маркером и
экспортированы в отдельные папки во входной папке.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 91
--- стр. 291 ---
5.7 Кадрирование области интереса
в этом разделе рассказывается, как выполнить кадрирование области
интереса на изображении.
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто многоканальное
изображение.
5 Обработка изображений [ 5.7 Кадрирование области интереса ___________________________
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Откройте
инструмент Method (Метод) и выберите в меню служебных
программ Create Image Subset (Создать поднабор изображений).
*fj»4C2i - 3N systtm 2012
1 file Edit View Acquisitian Graphes MacroTook WWdow
Ч » U P. К «К 9 1 ApplyHai
< o 9 ^ A J i l
Locate AcquerBon PtocessmgAmiysisReporlmg
FufKirare ' ‘
Seigle 8aMt
■y
Method
Recently used
blended of Foos
' Cealebiagi^jBia ---—
Iniport
O^yAmoUbons
ApoTome RAWConvert
ApoTome decorvohition
C^AnnMalions
Copylm*9F
Oumge №e) Type
Impose Noise
fuse Image Subset
" Method Poramoters
Parameter. '
» !mege Parameters .■
1'"'"'
в разделе Image Parameters (Параметры изображения) откройте
инструмент Input (Входное изображение) и выберите изображение.
" Image Parameters
f". Input s/'Show AH
ratixainstaclcczi
Input Deffnition ■ Set Input Automatically
Processing Method ■ Apply to preview, only
A fter proce^ng • Switch to Output
# F^man at current view
92 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 292 ---
5 Обработка изображений | 5.7 Кадрирование области интереса
3 В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте
инструмент Parameters (Параметры).
4 Откройте настройку измерения позиции по оси Z и выберите Extract
Range (Извлечь диапазон) из выпадающего списка. С помощью
ползунка установите начальную позицию на «11» и конечную
позицию на «20».
5 Откройте настройку Region (Область) и выберите Rectangular
Region (Прямоугольная область) из выпадающего списка.
6 Нажмите на начальную позицию области интереса в изображении и
растяните прямоугольную область.
Вы выделили область интереса, которая подлежит кадрированию.
Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 93
--- стр. 293 ---
7 Нажмите кнопку Apply (Применить).
5 Обработка изображений | 5.7 Кадрирование области интереса
Locate Acquisition ; Procesang Analysis Reporting
Functiore Create Image Subset
Single Batch A ppbr
' MettKxi
Method Parameters
Parameters ’-ттт' Show M l
О Charmels
О Z-Position
Extract Range
11 u . . . . . т ш ? )
Diterval
о Region
Rectangle гедюг!
Xa-146)|Y(269-451)
Y 269 H
Defaults
Отмеченная область интереса с определенными измерениями
выделена из изображения. Теперь можно сохранить или обработать
это изображение.
94 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 295 ---
5 Обработка изображений | 5.8 Создание EPF-изображения
5.8 Создание EDF-изображения
в этом разделе показано, как создать изображение серии срезов по оси Z
с увеличенной глубиной резкости (EDF). Плоскости фокусировки всех
позиций по оси Z рассчитаны для одного EDF-изображения.
Необходимые предварительные условия ■
срезов по оси Z.
Получено или открыто изображение серии
Порядок действий 1 Выберите вкладку Processing (Обработка изображений). Откройте
инструмент Method (Метод) и в группе Sharpen (Усиление резкости)
выберите Extended Depth of Focus (Увеличенная глубина резкости).
Locate Acquisition Processing Analysis
Function: Extended Depth of Focus
Reporting
Recently used
Extended Depth of Focus
Create Image S u b ^
Image Import
Copy Annotations
Search
^ w Deconvolution
> Adjust
► I L Edges
p*' Geometric
p ■ ■ МофЬсйоду
A A Sharpen
' ' Ш^<?еб Depth of Focus
Delineate
96 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 296 ---
5 Обработка изображений | 5.8 Создание EDF-изображения
В разделе Image Parameters (Параметры изображения) откройте
инструмент Input (Входное изображение) и выберите изображение
серии срезов по оси Z.
В разделе Method Parameters (Параметры метода) откройте
инструмент Parameters (Параметры).
Method Parameters
Param^rs . ■. • • • \
M ethcxJ
Z-Stack Alignment
■ ■
Defaults
Wavelets
H igh
’ • _ ' P-ii;
■ V'. - I
4 Выберите Wavelets (Волны) в выпадающем списке Method (Метод).
5 Выберите High (Высокий) в выпадающем списке Z-Stack Alignment
(Выравнивание серии срезов по оси Z).
6 Нажмите кнопку Apply (Применить).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 97
--- стр. 297 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Все плоскости фокусировки изображения серии срезов по оси Z теперь
рассчитаны для одного EDF-изображения.
5.9 Функции обработки изображений
5.9.1 Деконволюция
5.9.1.1 Деконволюция по умолчанию
Этот метод позволяет использовать четыре разных алгоритма
деконволюции без применения дополнительных настроек.
В инструменте Parameters (Параметры) представлены следующие
алгоритмы;
Параметр Описание
Простой, очень
быстрый (Nearest
Neighbor
(Ближайший
сосед))
Использует быстрый метод ближайшего соседа, ^
используя параметры по умолчанию. Щ
Лучший, быстрый
(Regularized Inverse
Filter
(Упорядоченный
обратный фильтр)
Выполняет алгоритм упорядоченной обратной
фильтрации для улучшения качества изображения.
Хороший, средней
скорости (Fast
Iterative (Быстрый
итеративный))
Использует быстрый метод многокадрового
восстановления.
Превосходный,
медленный
(Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный))
Использует метод ограниченного количественного
многокадрового восстановления.
98 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 298 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.2
5.9.1.2.1
5.9.1.2.1.1
Настраиваемая деконволюция
Деконволюция может выполняться либо с использованием центрального
процессора компьютера, либо видеокарты. Использование видеокарты
может значительно ускорить выполнение деконволюции. Для этого
потребуется видеокарта NVIDIA с поддержкой библиотеки вычислений
CUDA. Свяжитесь с менеджером отдела продаж для получения
дополнительной информации о поддерживаемых моделях видеокарт.
Подробный обзор всех методов деконволюции (и их комбинаций) см. в
разделе «Методы деконволюции в ZEN» [► 114]. Эти методы позволяют
использовать и отдельно настраивать 4 разных алгоритма деконволюции.
Под инструментом Parameters (Параметры) расположены две вкладки с
настройками:
■ Во вкладке Deconvolution (Деконволюция) можно выбрать
необходимый алгоритм и задать для него точные настройки,
см. вкладку Deconvolution (Деконволюция) [► 99].
■ Во вкладке PSF Settings (Настройки PSF) можно просмотреть и
изменить все ключевые параметры для генерирования расчетной
PSF, см. вкладку P SF Settings (Настройки PSF) [► 106].
Вкладка Deconvolution (Деконволюция)
1 Примечание
Для определения некоторых настроек требуются экспертные знания. Если
вы сомневаетесь, оставьте настройки без изменения.
Выпадающий список алгоритмов
Здесь можно выбрать используемый алгоритм. Доступны следующие
алгоритмы:
■ Nearest Neighbor (Ближайший сосед).
■ Regularized Inverse Filter (Упорядоченный обратный фильтр).
■ Fast Iterative (Быстрый итеративный).
■ Constrained Iterative (Ограниченный итеративный).
Enable Channel Selection (Включить выбор канала)
Флажок установлен: настройки применяются в зависимости от канала.
Это позволяет устанавливать параметры направленно для каждого канала.
Для каждого канала отобразится отдельная цветная вкладка.
Флажок убран: настройки применяются ко всем каналам многоканального
изображения.
Раздел Normalization (Нормализация)
В разделе Normalization (Нормализация) указывается метод обработки
данных результирующего изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 99
--- стр. 299 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Clip (Отсечение)
Automatic
(Автоматически)
Устанавливает отрицательные значения на О
(черный).
Если во время вычисления значения превышаю
максимально возможное значение серого 65636, то
они ограничиваются значением 65636 (пиксел —
100% белый).
Результаты разных входных изображений можно
количественно сравнить между собой.
Автоматически нормализует выходное
изображение.
В этом случае минимальное значение равно нулю,
а максимальное значение равно максимально
возможному значению серого в изображении
(значение серого — 65636). Максимально
допустимый диапазон значений серого всегда
полностью используется в результирующем
изображении.
Результаты разных вводных изображений не могут
быть сопоставлены непосредственно между собой.
5.9.1.2.1.2 Раздел Set Strength Manually (Установить силу вручную)
Установка силы вручную
Если вы выбрали алгоритм Nearest Neighbor (Ближайший сосед), флажок
будет установлен постоянно.
•
1 Примечание
Если вы выбрали алгоритм Fast Iterative (Быстрый итеративный), флажок
будет установлен постоянно. С помощью ползунка вы можете затем
напрямую ввести число итераций, поскольку в противоположность
остальным методам упорядочение не производится.
Флажок установлен: степень восстановления вводится с помощью
ползунка.
Чтобы добиться более сильного контраста, переместите ползунок в
направлении Strong (Сильный).
Чтобы добиться меньшего контраста, переместите ползунок в
направлении Weak (Слабый).
При слишком сильном контрасте возможно повышение шума изображения,
могут появиться прочие артефакты, например кольцевые.
Флажок убран; автоматически определяет силу восстановления для
достижения оптимального качества изображения.
Сила восстановления обратно пропорциональна силе так называемого
упорядочения. Она определяется автоматически с помощью общей
перекрестной проверки на достоверность (GCV).
100 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 300 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.2.1.3 Convergence History (История конвергенции)
Отображается только в режиме Show All (Показать все),
Этот раздел отображается, только если выбран алгоритм Fast Iterative
(Быстрый итеративный) или Constrained Iterative (Ограниченный
итеративный).
Здесь в графической форме отображается ход вычисления. Параметр
повышения качества измеряется для каждой итерации, как только
достигается оптимальное или максимально допустимое число итераций,
обработка прекращается. Этот индикатор позволяет напрямую наблюдать
влияние итеративного метода на имеющиеся данные. Он также
показывает число использованных итераций и время, затраченное на них.
5.9.1.2.1.4 Раздел Corrections (Коррекции)
Чтобы развернуть раздел Corrections (Коррекции), нажмите кнопку со
стрелкой
Параметр
О
Описание
Lamp Flicker
(Мерцание
освещения)
Fluorescent Decay
(Затухание
флуоресценции)
Background (Фон)
Флажок установлен: анализирует общую яркость
каждой плоскости по оси Z. В случае непостоянных
изменений общей яркости между соседними
плоскостями в расчет принимается поправочный
коэффициент.
Активируйте эту функцию, если ваши изображения
получены с помощью старой флуоресцентной
лампы с сильными флуктуациями
яркости/мерцанием.
Флажок установлен: корректирует осветление
образца во время получения серии срезов по оси Z.
Эта функция активируется только для
широкопольных изображений. Используйте ее,
только если вовремя получения изображения
используемый образец повергается сильному
осветлению.
Флажок установлен: анализирует фон
изображения и удаляет его перед расчетом
деконволюции.
Это может предотвратить усиление фонового шума
во время выполнения деконволюции.
5.9.1.2.1.5 Раздел Advanced Settings (Дополнительные настройки)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Раздел Advanced Settings (Дополнительные настройки) отображается,
только если выбран алгоритм Inverse Filter (Обратный фильтр), Iterative
(Fast) (Быстрый итеративный) или Iterative (Итеративный).
Чтобы развернуть этот раздел, нажмите на кнопку со стрелкойО
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 101
--- стр. 301 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
В зависимости от выбранного алгоритма доступны разные опции
дополнительных настроек. В следующих разделах описаны настройки
каждого из алгоритмов.
5.9.1.2.1.6 Дополнительные настройки (Regularized Inverse Filter
(Упорядоченный обратный фильтр))
Regularization (Упорядочение)
В этом разделе выбираются частоты изображения, учитываемые во время
упорядочения:
Параметр Описание
Regularization (Упорядочение)
Zero Order
(Нулевой
порядок)
First Order
(Первый
порядок)
GPU Acceleration
(Ускорение
графического
процессора)
Упорядочение на основе G-разности,
смоделированной по Тихонову, но ускоренной.
Упорядочение на основе неровности по Гуду. При
определенных обстоятельствах из зашумленных
данных извлекается больше информации.
Возможно, больше подойдет для обработки
конфокального набора данных.
Доступен только при наличии подходящей
видеокарты (NVIDIA, CUDA). В этом случае флажок
установлен по умолчанию. Если флажок не
установлен, вместо видеокарты используется ЦП.
5.9.1.2.1.7 Дополнительные настройки (Fast Iterative (Быстрый итеративный))
Параметр
Likelihood
(Правдоподобие)
- Poisson (Meinel)
(Пуассоновский
(по Мейнелу))
- Poisson
(Richardson-
Lucy)
(Пуассоновский
(по Люси-
Ричардсону))
Regularization
(Упорядочение)
Описание
В этом разделе вы можете выбрать
предпочтительный метод вычисления
правдоподобия;
Вычисление по методу Мейнела работает с одной
кратностью на итерацию и обеспечивает более
быстрое схождение, обычно за 4-5 итераций.
Однако этот метод может приводить к
возникновению артефактов.
Вычисление по методу Люси-Ричардсона,
напротив, обычно требует сотни итераций и,
следовательно, занимает значительно больше
времени. Тем не менее этот метод вычисления
несколько надежнее.
Для вычисления по методу Мейнела (Poisson
(Wleinel)) в качестве дополнительной возможности
можно выполнять упорядочение нулевого порядка
(G-разность). Однако это означает, что вычисление
займет значительно больше времени и главное
преимущество в скорости метода Мейнела будет
утрачено.
102 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 302 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- None
(Отсутствует)
Упорядочение не выполняется.
- Zero Order
(Нулевой
порядок)
Упорядочение на основе G-разности,
смоделированной по Тихонову, но ускоренной.
- Total Variation
(Полная
вариация)
Optimization
(Оптимизация)
- Numerical Gradient
(Числовой
градиент)
Если выбран этот параметр, предпринимается
попытка заранее определить тенденцию итераций
и экстраполировать ее на все вычисление. Это
может значительно ускорить вычисление.
First Estimate (Первая оценка)
- Input Image
(Входное
изображение)
Входное изображение используется для первой
оценки рассматриваемой структуры (по
умолчанию).
~ Last Output Image
(Последнее
выходное
изображение)
Результат последнего вычисления используется
для оценки следующего вычисления, Это может
ускорить вычисление, которое неоднократно
выполняется с использованием незначительно
отличающихся параметров.
- Average of Input
Image (Среднее
значение
входного
изображения)
Оценка не производится. Это наиболее жестко
заданная область применения деконволюции,
которая занимает продолжительное время.
Maximum Iterations
(Максимальное число
итераций)
Здесь указывается максимально допустимое
число итераций. Если используется метод Люси-
Ричардсона, следует указывать значительно
больше итераций.
Quality Threshold
(Порог качества)
Определяет уровень качества, при достижении
которого вычисление прекращается. Процентное
отношение описывает разность улучшения
качества между последней и предпоследней
итерацией относительно наибольшей разности с
момента начала вычисления. 1% — значение по
умолчанию. Понижение порога может привести к
незначительному улучшению качества.
GPU Acceleration
(Ускорение
графического
процессора)
Функция доступна только при наличии
подходящей видеокарты (NVIDIA, CUDA). В этом
случае флажок установлен по умолчанию. Если
флажок не установлен, вместо видеокарты
используется ЦП.
GPU Tiling (Разбиение
на мозаики в
графическом
процессоре)
Функция доступна только для очень больших
изображений, которые превышают объем
свободной памяти видеокарты. С помощью этой
функции изображение разбивается на меньшие
части, соответствующие объему памяти
видеокарты. Функция автоматически определяет,
на сколько мозаик
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 103
--- стр. 303 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.2.1.8
Параметр Описание
необходимо разбить изображение, чтобы
максимально эффективно использовать
видеокарту. Полученные мозаики будут
автоматически объединены для получения
конечного выходного изображения.
Если функция отключена, разбиение на мозаики
не осуществляется. Тем не менее в этом случае
на видеокарте выполняются только определенные
подфункции деконволюции, а увеличение
скорости по сравнению с обработкой ЦП будет
ниже. Качество изображения может быть выше,
чем при разбиении на мозаики, поскольку сшивка
не требуется.
Дополнительные настройки (Constrained Iterative (Ограниченный
итеративный))
Параметр Описание ^
Likelihood
(Правдоподобие)
В этом разделе вы можете выбрать
предпочтительный метод вычисления
правдоподобия:
- Poisson (Пуассон) Вычисление по Пуассону.
- Gauss (Гаусс) Вычисление по Гауссу.
Regularization
(Упорядочение)
В этом разделе вводятся частоты изображения,
учитываемые во время упорядочения:
- Zero Order
(Нулевой
порядок)
Упорядочение на основе G-разности,
смоделированной по Тихонову, но ускоренной.
- First Order
(Первый порядок)
Упорядочение на основе неровности по Гуду. При
определенных обстоятельствах из зашумленных
данных извлекается больше информации.
Подобное упорядочение иногда может давать
лучшие результаты при обработке конфокальных —
наборов данных. Щ
- Second Order
(Второй порядок)
Регуляризация Тихонова-Миллера. Высокие
частоты здесь забраковываются больше, чем в
неровности по Гуду.
Optimization
(Оптимизация)
- Analytical (Newton
Raphson)
(Аналитический
(по Ньютону-
Рафсону))
Здесь предпринимается попытка аналитической
оптимизации итерации. Этот метод обычно
быстрее, но он также может быть менее точным.
- Line Search
(Линейный поиск)
Точно и всесторонне выполняет поиск минимума.
Следовательно, этот параметр более устойчив, но
вычисление может занимать больше времени.
First Estimate
(Первая оценка)
104 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 304 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
5.9.1.2.1.9
- Input Image
(Входное
изображение)
Входное изображение используется для первой
оценки рассматриваемой структуры (по
умолчанию).
- Last Output Image
(Последнее
выходное
изображение)
- Average of Input
Image (Среднее
значение
входного
изображения)
Maximum Iterations
(Максимальное число
итераций)
Результат последнего вычисления используется
для оценки следующего вычисления. Это может
ускорить вычисление, которое неоднократно
выполняется с использованием незначительно
отличающихся параметров.
Для следующей итерации оценка не
производится. Это наиболее жестко заданная
область применения деконволюции, которая
занимает продолжительное время.
Здесь указывается максимально допустимое
число итераций.
Quality Threshold
(Порог качества)
Определяет уровень качества, при достижении
которого вычисление прекращается. Процентное
отношение описывает разность улучшения
качества между последней и предпоследней
итерацией относительно наибольшей разности с
момента начала вычисления. 1 % — значение по
умолчанию. Понижение порога может привести к
незначительному улучшению качества.
GPU Acceleration
(Ускорение
графического
процессора)
GPU Tiling (Разбиение
на мозаики в
графическом
процессоре)
Функция доступна только при наличии
подходящей видеокарты (NVIDIA, CUDA). В этом
случае флажок установлен по умолчанию. Если
флажок не установлен, вместо видеокарты
используется ЦП.
Функция доступна только для очень больших
изображений, которые превышают объем
свободной памяти видеокарты.
С помощью этой функции изображение
разбивается на меньшие части, соответствующие
объему памяти видеокарты. Эта функция
автоматически определяет, на сколько мозаик
необходимо разбить изображение, чтобы
максимально эффективно использовать
видеокарту. Полученные мозаики будут
автоматически объединены для получения
конечного выходного изображения.
Если функция отключена, разбиение на мозаики
не осуществляется. Тем не менее в этом случае
на видеокарте выполняются только определенные
подфункции деконволюции, а увеличение
скорости по сравнению с обработкой ЦП будет
ниже. Качество изображения может быть выше,
чем при разбиении на мозаики, поскольку сшивка
не требуется.
Раздел Diagnosis (Диагностика)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Раздел Diagnosis (Диагностика) отображается только при выборе
алгоритма Fast Iterative (Быстрый итеративный) или Iterative
(Итеративный).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 105
--- стр. 305 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Чтобы развернуть этот раздел, нажмите на кнопку со стрелкой®.
Здесь в графической форме отображается ход вычисления. На экране
отображаются различные параметры, цель вычисления —
минимизировать их. Этот индикатор позволяет напрямую наблюдать
влияние итеративного метода на имеющиеся данные.
5.9.1.2.2 Вкладка PSF Settings (Настройки PSF)
Во вкладке PSF Settings (Настройки PSF) отображаются все ключевые
параметры для генерирования расчетной функции рассеяния точки (Point
Spread Function (PSF)).
*
1 Примечание
Обычно изображения, полученные с помощью ZEN (типа *.czi),
автоматически содержат все параметры микроскопа, следовательно, вам
не придется задавать настройки на этой странице. Поэтому на дисплее
большинство параметров выделены серым цветом. Тем не менее
допускается, что из-за неправильной комплектации микроскопа значения
могут отсутствовать или быть неверными. Изменить их можно в этой
вкладке. Также здесь можно настроить коррекцию сферической
аберрации.
5.9.1.2.2.1 Раздел Microscope parameters (Параметры микроскопа)
В разделе Microscope parameters (Параметры микроскопа) отображаются
наиболее важные для генерирования функции PSF, общие для всех
каналов, параметры микроскопа.
ПРИМЕЧАНИЕ
Ввод неверных значений может привести к некорректным вычислениям.
Если значения явно ошибочны или отсутствуют, проверьте комплектацию
микроскопа.
Параметр Описание
Выпадающий список
Microscope
(Микроскоп)
Отображает тип испопьзуемого микроскопа. Я
Возможны два варианта: традиционный микроскоп
(также известный как широкопольный микроскоп)
и конфокальный микроскоп, к которому
применяется дополнительный параметр «диаметр
микроотверстия».
NA Objective
(Числовая апертура
объектива)
Immersion
(Иммерсионная среда)
Отображает числовую апертуру объектива.
Отображает показатель преломления
иммерсионной среды. Обратите внимание, что
показатель преломления не может быть меньше
числовой апертуры объектива. Из выпадающего
списка рядом с полем ввода можно выбрать одну
из типичных иммерсионных сред.
106 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 306 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Scale lateral
(Латеральный
масштаб)
Отображает геометрическое масштабирование в
направлении X/Y.
Scale axial (Осевой
масштаб)
Кнопка Override
(Ручная коррекция)
Отображает геометрическое масштабирование в
направлении Z.
Нажмите на эту кнопку для изменения полей
ввода, которые обычно отображаются серым
цветом. Теперь поля ввода и выпадающие списки
активны.
Затем текст на кнопке изменяется на Reset
(Сброс). Для восстановления первоначальных
значений, сохраненных в изображении, нажмите
кнопку Reset (Сброс).
5.9.1.2.2.2 Раздел Advanced (Дополнительные настройки)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Чтобы развернуть раздел Advanced (Дополнительные настройки), нажмите
кнопку со стрелкой. ®
Выпадающий список Phase Ring (Фазовое кольцо)
Если флуоресцентное изображение было получено с помощью фазово
контрастного объектива, то фазовое кольцо, помещенное в объектив,
указывается в списке. Эта настройка существенно влияет на расчетную
функцию рассеяния точки (PSF).
Выпадающий список генерации PSF
Существуют две модели расчета PSF
Параметр
Scalar Theory
(Скалярная теория)
Vectorial Theory
(Векторная теория)
Описание
Волновые векторы света интерпретируются как
электрическое поле = интенсивность и просто
прибавляются. Это быстрый метод, которого в
большинстве случаев достаточно (настройка по
умолчанию).
Волновые векторы добавляются геометрически.
Тем не менее вычисление занимает значительно
больше времени.
Z-Stack (Серия срезов по оси Z)
Это поле можно изменять, только если невозможно было определить этот
параметр во время получения изображения, например, из-за того, что не
был известен тип микроскопа. Этот параметр указывает на направление
получения серии срезов по оси Z:
Параметр
Descending
(Нисходящее)
Ascending
(Восходящее)
Описание
Серия срезов по оси Z отдаляется от объектива.
Серия срезов по оси Z поднимается по
направлению к объективу. Эта настройка
применяется только при работе с коррекцией
сферической аберрации.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 107
--- стр. 307 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.2.2.3 Раздел Aberration correction (Коррекция аберрации)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В разделе Aberration correction (Коррекция аберрации) вы указываете,
следует ли учитывать и корректировать сферическую аберрацию при
расчете PSF. Как и в случае с остальными параметрами PSF,
большинство значений извлекается автоматически из сведений о
микроскопе, которые сохраняются после получения изображения. Поэтому
опция ввода не активна.
Параметр
Enable Correction
(Включить коррекцию)
Embedding medium
(Заливочная среда)
Refractive index
(Показатель
преломления)
Описание
Флажок установлен: используется функция
коррекции. Все опции активны, возможно
редактирование.
Здесь можно выбрать из списка используемую
заливочную среду.
Отображает показатель преломления выбранной
заливочной среды. Введите соответствующий
показатель преломления, если используется
другая заливочная среда.
Manufacturer
(Производитель)
Отображается производитель, если таковой
известен.
Depth variance
(Изменение глубины)
Если включена коррекция аберрации (Aberration
Correction), также можно включить создание
функции рассеяния точки с изменением по
глубине. Данный метод значительно улучшает
восстановление изображения образцов с большей
толщиной путем создания аксиально различных
расчетных PSF в виде функции от расстояния до
покровного стекла и показателя преломления
заливочной среды.
Для использования коррекции аберрации с
изменением по глубине установите флажок. В
поле редактирования счетчика вводится
количество генерируемых PSF. Чем больше PSF
генерируется, тем лучше результаты, однако это
приводит к увеличению продолжительности
обработки. Следует выбирать не менее 3 функций^Р
PSF.
В выпадающем списке вы можете выбрать метод
анализа первичного компонента (РСА method)
(Primary Component Analysis, М. Arigovindan et al.,
2005, IEEE Transactions on Image Processing 14. nr,
4 p.450ff), наиболее подходящий для
ограниченного итеративного и быстрого
итеративного методов, или метод слоев (Strata
method) (Myneni and Preza, Frontiers in Optics 2009,
Optical Society of America, paper CThC4 ),
наиболее подходящий для метода
упорядоченного обратного фильтра и итеративной
деконволюции по Люси-Ричардсону.
108 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 308 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Distance to cover slip
(Расстояние до
покровного стекла)
Cover slip type (Тип
покровного стекла)
(Толщина и тип)
Отображает расстояние полученной структуры до
стороны покровного стекла, обращенного к
заливочной среде. Половина высоты серии срезов
по оси Z принимается за первоначальную
величину расстояния до покровного стекла.
Данное значение может быть скорректировано,
если известно расстояние. По возможности, это
расстояние должно быть измерено.
Имеющиеся в продаже покровные стекла делятся
на разные группы в зависимости от толщины (О, 1,
1,5 и 2), которую можно выбрать в выпадающем
меню. Покровные стекла типа 1,5 имеют среднюю
толщину 170 мкм. Однако в некоторых случаях в
зависимости от производителя фактическая
толщина стекла может значительно отличаться.
Для достижения наилучших результатов
рекомендуется использовать покровные стекла,
толщина которых гарантированно составляет
170 мкм. Значения, отличающиеся от указанного,
можно ввести непосредственно в поле ввода.
Cover slip ref. index
(Показатель
преломления
покровного стекла)
Выберите в выпадающем списке материал,
которого выполнено покровное стекло.
Соответствующий показатель преломления
отобразится в соседнем поле ввода.
из
Working distance
(Рабочее расстояние)
Override (Ручная
коррекция)
Отображает рабочее расстояние объектива
(т. е. расстояние от передней линзы до
поверхности покровного стекла, обращенной к
объективу). Рабочее расстояние объектива
автоматически определяется в соответствии с
данными об объективе, если только объектив был
правильно выбран в программе настроек МТБ
2004. Тем не менее это значение может быть
введено вручную.
Параметр активен, только если установлен
флажок Enable Correction (Включить коррекцию).
Для сброса значений нажмите кнопку Reset
(Сброс).
5.9.1.2.2.4 Раздел Channel specific (Специальные настройки канала)
В разделе Channel specific (Специальные настройки канала) приводятся
все специальные настройки определенного канала. Это означает, что
каждый канал настраивается по-разному.
Параметр
Опция Use external
PSF (Использование
внеш ней PSF)
Описание
Флажок установлен: используется внешняя
фактическая PSF. Под меню Image Parameters |
Input (Параметры изображения | Входное
изображение) отображается дополнительное окно
ввода, в котором можно выбрать внешний файл
PSF. Программное обеспечение проверит,
соответствуют ли параметры микроскопа в файле
PSF входному изображению. Аберрации
(допускаются аберрации с длиной волны 10 нм)
заставляют программу использовать расчетную
PSF.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1,0 на русском языке 109
--- стр. 309 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Кнопка Attach То
Input {Прикрепить к
входному
изображению)
Поле индикации
Illumination
(Освещение)
Поле индикации
Detection
(Детектирование)
Описание
Если выбран внешний файл PSF, то его можно
прикрепить к входному изображению. Тогда
сохраненное входное изображение будет
содержать корректную фактическую PSF. Для
подобного изображения также можно
использовать расчетную PSF. Просто уберите
флажок Use external PSF (Использовать
внешнюю PSF).
Отображает длину волны возбуждения в
нанометрах для канала красителя. Долустим
максимум. Цветовое поле соответствует длине
волны (насколько это возможно).
Отображает максимальную длину волны
излучения для канала красителя. Цветовое поле
соответствует длине волны (насколько это
возможно).
Поле индикации
Sampling lateral
(Поперечная
дискретизация)
Поле индикации
Sampling axial
(Продольная
дискретизация)
Зависит от геометрического масштабирования в |
направлении X/Y и отображает стелень
передискретизации по Найквисту. Для достижения
хороших результатов во время выполнения
деконволюции это значение должно быть близким
к «2» и более. Как и в случае с широколольными
микроскопами, эта величина обычно
определяется объективом, переходником для
камеры и самой камерой, и на нее может влиять
только использование модуля Optovar.
Зависит от геометрического масштабирования в
направлении Z и отображает степень
передискретизации по Найквисту. Для достижения
хороших результатов во время выполнения
деконволюции это значение должно быть не
меньше «2». Эта величина олределяется
дискретностью лривода фокусировки во время
получения серии срезов ло оси Z и,
следовательно, может легко изменяться.
Поле индикации
Pinhole
(Микроотверстие)
Поле индикации
NA Cond. (Числовая
алертура
конденсатора)
Доступно, только если в параметрах микроскопа
указан конфокальный микроскоп. Отображает
размер конфокального микроотверстия в
единицах Эйри (AU).
Доступно, только если используется
традиционный микроскол (Conventional
Microscope), а в качества типа освещения выбран
проходящий свет (T ransm itted Light). Отображает
числовую алертуру конденсатора, при которой
осуществляется получение изображения в режиме
лроходящего света.
5.9.1.2.2.4.1 Раздел Microscope info (Сведения о микроскопе)
В разделе Microscope info (Сведения о микроскопе) отображаются
сведения о микроскопе, которые в зависимости от канала влияют на
форму PSF:
110 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 310 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Выпадающий список
Illumination
(Освещение)
В этом списке можно выбрать способ освещения,
при котором осуществляется получение данных,
Если в параметрах микроскопа был указан
Conventional Microscope (Традиционный
микроскоп), в списке будут доступны следующие
опции: Epifluorescence (Эпифлуоресценция),
Multiphoton Excitation (Многофотонное
возбуждение) и Transmitted Light (Проходящий
свет). При использовании конфокальных
микроскопов доступна только опция
Epifluorescence (Эпифлуоресценция).
Image Formation
(Формирование
изображений)
Этот параметр указывает, происходило
формирование изображений в некогерентном
излучении (традиционный микроскоп) или
когерентном излучении (лазерный сканирующий
микроскоп).
Lateral Resolution
(Поперечное
разрешение)
Отображает поперечное разрешение расчетной
PSF,
Axial FWHM
(Продольная ПШПВ)
Отображает полную ширину на половине высоты
(ПШПВ) в качестве меры измерения продольного
разрешения PSF.
5.9.1.2.2.4.2 Раздел просмотра PSF
Этот инструмент отображает PSF, рассчитанную для канала на основе
текущих настроек. Если установлен флажок Auto Update (Автоматическое
обновление), все изменения, внесенные в параметры PSF, сразу
применяются в просмотре PSF. Это позволяет быстро проверить
соответствие заданных настроек вашим ожиданиям.
5.9.1.3 Создание PSF
С помощью этого метода создается изображение с функцией рассеяния
точки (PSF) из изображения серий срезов по оси Z гранулы, полученного
для измерения PSF. Для получения оптимального изображения
соблюдайте следующие инструкции: использование гранул для измерения
PSF.
Наилучшие результаты достигаются при создании среднего изображения
серии срезов по оси Z из нескольких изображений гранул, полученных с
помощью функции усреднения гранулы [►112].
Результатом является так называемое PSF-изображение. Для
оптимизации дополнительных настроек и опций используйте специальные
элементы управления во вкладке PSF Display (Отображение PSF).
Возможно использование двух типов гранул:
■ Гранулы с диаметром, не превышающим разрешающей способности
микроскопа. В этом случае изображение сразу преобразуется в
соответствующий формат PSF.
■ Г ранулы с диаметром, превышающим разрешающую способность
микроскопа. В этом случае PSF восстанавливается в ходе
итеративной обработки с учетом известного диаметра гранул.
Основным преимуществом здесь является то, что большие гранулы
лучше видны, и во время получения изображения достигается
лучшее расстояние сигнал/шум. Рекомендуется использовать
гранулы диаметром 1,0 мкм.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 111
--- стр. 311 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Z'Stack Correction
(Коррекция серии
срезов по оси Z)
Circular Average
(Круговое усреднение)
Threshold Cropping
(Пороговое
кадрирование)
Threshold (Пороговая
величина)
Iterative Restoration
(Многокадровое
восстановление)
Описание
Флажок установлен: выполняет коррекцию фона
серии срезов по оси Z перед обработкой.
Флажок установлен: форсирует PSF
латеральной симметрией. Обычно не включают,
поскольку латеральные асимметрии лучше
соответствуют фактическому состоянию. Круговое
усреднение рекомендуется выполнять, только
когда фактическая PSF используется вместе с
быстрым итеративным методом (Fast Iterative).
Флажок установлен: PSF ограничивается
диапазоном насыщенности серого до 0,25%
самого яркого воксела, если это значение
уменьшается или опция отключается, то PSF
может быть больше. При этом увеличивается
время вычисления. Однако в этом случае также |
можно добиться немного лучших результатов. Эта
опция включена по умолчанию.
С помощью ползунка или поля ввода задается
процентное значение, начиная с которого PSF
снижается, если выбрана опция Volume Clipping
(Объемное отсечение).
Флажок установлен: Если для генерации PSF
используются изображения серии срезов по оси Z
гранул с диаметром, превышающим
разрешающую способность микроскопа, следует
выбрать эту опцию. Диаметр гранул можно
вводить с помощью ползунка или поля ввода.
5.9.1.4 Bead Average (Усреднение гранулы)
Этот метод определяет позицию флуоресцентных гранул в изображении
серии срезов по оси Z. Если эти гранулы располагаются слишком близко
друг к другу, то при вычислении они не используются. Гранулы,
расположенные достаточно далеко друг от друга, объединяются в одну
гранулу, с помощью которой впоследствии можно рассчитать PSF,
используя функцию Create PSF (Создать PSF).
Описание алгоритма
Функция состоит из серии этапов до и после обработки. Цель —
обнаружить гранулы, расположенные достаточно далеко друг от друга.
Ниже приводится последовательность шагов обработки:
Выбор входного изображения.
Сглаживание изображения.
Сегментация
Выбор гранулы.
Центрирование обнаруженных гранул.
112 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 312 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
■ Усреднение обнаруженных гранул.
Параметры
Параметр Описание
Bead proximity
(Близость гранул)
Average Beads
(Усредненные
гранулы)
Pre-Smoothing
(Предварительное
сглаживание)
Определяет расстояние между двумя соседними
гранулами в мкм. Гранула исключается из
усреднения, если расстояние до соседней
гранулы больше минимального заданного
расстояния. При малом значении обнаруживается
меньшее число гранул, хотя они и расположены
дальше друг от друга; при большем значении
обнаруживается большее число гранул, однако
существует риск их частичного перекрытия.
Флажок установлен; создается изображение
отдельной усредненной гранулы.
Флажок убран; создается изображение, в
котором каждая обнаруженная гранула
центрируется, но сохраняется в R-измерении.
Затем во вкладке Dimensions (Измерения)
появится ползунок для вращения гранулы (R-
измерение).
С математической точки зрения сегментация
изображений представляет собой «некорректно
поставленную задачу». Для достижения более
надежных результатов, изображение перед
сегментацией можно сгладить, используя
следующие параметры;
None
(Отсутствует)
- Gaussian
(Гауссовый
фильтр)
- Difference of
Gaussians
(Различие
гауссовых
фильтров)
Log Curvature
(Логарифмическая
кривая)
Sigma (Сигма)
Delta Sigma (Дельта
сигма)
Сглаживание изображения не выполняется; шума
изображения может привести к некорректным
результатам.
Выполняет трехмерную гауссовою фильтрацию с
использованием изотропного сигма ядра. Этот
фильтр не сохраняет контуры.
Изображение сглаживается с помощью двух
разных сигма ядер (сигма и дельта-сигма). Для
сегментации используются различия двух
изображений. Этот фильтр сохраняет контуры.
Здесь вы можете задать градиент кривой, который
может использоваться для нахождения локальных
максимумов интенсивности (т. е. гранул). При
малом значении обнаруживается большее число
гранул, но функция становится более
чувствительной к шуму изображения. При
большом значении обнаружение гранул меньше
нарушается шумом изображения, но
обнаруживается меньшее число гранул.
Здесь задается сила воздействия гауссова ядра,
более подробно см. в разделе «Сигма» [► 144].
Здесь задается разность сигмы между первой и
второй гауссовой фильтрацией. Сигма второй
фильтрации равняется сигма + дельта-сигма.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 113
--- стр. 313 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.1.5 Методы деконволюции в ZEN
Метод (общее
название)
Источники Настройки
Nearest Neighbor к. Алгоритм (по
(Ближайший сосед) Кастелман умолчанию):
(К. Nearest Neighbor
Castleman), (Ближайший
“Digital
image
processing",
Prentice Hall
1997 Г.
сосед)
Regularized Inverse Для G- Алгоритм (по
(Упорядоченный разности умолчанию):
обратный) нулевого Regularized
также известный как; порядка: Inverse Filter
Линейный метод Шефер (Упорядоченный
наименьших (Schaefer) и обратный фильтр)
квадратов соавт. Advanced settings |
(2001 г.) Regularization
(Дополнительные
настройки 1
Упорядочение):
Zero order
(нулевой порядок)
Regularized Inverse Для Алгоритм:
(Упорядоченный упорядочен Regularized
обратный) ия первого Inverse
также известный как: порядка или (Упорядоченный
Линейный метод
неровности
по Гуду:
обратный)
наименьших Advanced settings |
квадратов Фервеер Regularization
(Verveer) и (Дополнительные
соавт. настройки 1
(1997 г.) Упорядочение):
First order
(первый порядок)
Regularized Inverse Шефер Алгоритм:
(Упорядоченный (Schaefer) и Regularized
обратный) соавт. Inverse
также известный как: (2006 г.) (Упорядоченный
Линейный метод Шефер обратный)
наименьших (Schaefer) и Advanced settings |
квадратов соавт. (tbs) Regularization
в комплексе с (Дополнительные
микроскопией
структурированного
настройки 1
Упорядочение):
освещения (модуль Zero / First order
АроТоте) (Нулевой / первый
порядок)
Fast Iterative Мейнел Алгоритм (по
(Быстрый (Meinel) умолчанию):
итеративный) (1986 г.) Fast Iterative
Также известный как: (Быстрый
Алгоритм Мейнела итеративный)
Примечания
Специальный
«двухмерный
алгоритм
устранения
размытости»
фокусируется
на вычитании
размытости вне
фокуса.
Использует
различие в
наблюдении и
оценке в
качестве
условия
упорядочения.Использует
первую
производную
оценки
неровности по
Гуду в качестве
условия
упорядочения.
Патентованный
метод
максимального
использования
необработанны
X изображений
в АроТотеКлассический,
неупорядоченн
ый алгоритм
Мейнела.
114 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 317 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Метод (общее
название)
Источники Настройки
- Regularization
(Упорядочение):
First order
(первый порядок)
Примечания
в качестве условия
упорядочения.
Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный)
Также
известный как;
ICTM
Ограниченный
итеративный
по Тихонову-
Миллеру
ван дер Воорт
(van der Voort)
и соавт. (1995
г.) Фервеер
(Verveer) и
соавт. (1997 г.)
Шефер
(Schaefer) и
соавт. (2001 г.)
Алгоритм:
Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный)
Дополнительные
настройки:
- Likelihood
(Правдоподобие)
Gauss (Гаусс)
- Regularization
(Упорядочение)
Second order
(Второй порядок)
Восстановление
характерного
сопряженного
градиента с
использованием
возведенной в
квадрат оценки для
введения
положительности.
Использует второй
дифференциальный
оператор Тихонова-
Миллера-Филлипса |
в качестве условия
упорядочения.
Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный)
Фервеер
(Verveer) и
соавт. (1997 г.)
Schaefer et al.
(2001)
Алгоритм:
Constrained
Iterative
(Ограниченный
итеративный)
Дополнительные
настройки:
- Likelihood
(Правдоподобие);
Poisson/Gauss
(Пуассоновский/по
Гауссу)
- Regularization
(Упорядочение):
0/1/2nd order
(0/1/2-й порядок)
- Optimization
(Оптимизация):
Line search /
Analytical
(Линейный поиск /
аналитический)
Восстановление
характерного
сопряженного
градиента с
использованием
возведенной в
квадрат оценки для
введения
положительности.
По умолчанию для
оптимизации -
быстрый
аналитический
метод (по Ньтону- а
Рафсону). '
Линейный поиск
может быть более
точным, но также
намного более
медленным.
Список литературы
Schaefer, L.H., Schuster, D. & Herz, Н. Generalized accelerated maximum
likelihood based image restoration approach applied to three-dimensional
fluorescence microscopy, Journal of Microscopy, 2004 (2001), Pt. 2, 99-107
( PubMed )
118 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 318 ---
Verveer, P.J. & Jovin, Т.М. (1997) Efficient superresolution restoration
algorithms using maximum a posteriori estimations with application to
fluorescence microscopy. J. Opt. Soc. Am. A, 14, 1696-1706.
Meinel E.S., Origins of linear and nonlinear recursive restoration algorithms,
J. Opt. Soc. Am. A., 1986, 3 (6): 787-799.
Biggs, D.S.C. 1998. Accelerated Iterative Blind Deconvolution. Ph.D. Thesis,
University of Auckland, New Zealand.
Schaefer, L.H. & Schuster, D. Structured illumination microscopy: improved
spatial resolution using regularized inverse filtering, Proceedings of the FOM
2006, Perth, Australia
Lucy L.B., An iterative technique for the rectification of observed distributions,
Astron. J., 1974, 79: 745-754.
Richardson W.H., Bayesian-based iterative method of image restoration, J. Opt
Soc. Am., 1972,62 (6): 55-59.
van der Voort, H. T, M. and Strasters, K. C. (1995) Restoration ofconfocal
images for quantitative image analysis. J. Microsc., 178, 165-181.
Tikhonov, A.N. & Arsenin, V.Y. (1977) Solutions of III Posed Problems. Wiley,
New York.
5.9.2 Настройка
5.9.2.1 Цветовой баланс
Метод Color Balance (Цветовой баланс) позволяет регулировать диапазон
отдельных цветовых каналов изображения с реальными цветами.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений_____________________________
Параметр
Range to Adjust
(Диапазон
регулировки)
- Shadows (Тени)
- Midtones
(Средние тона)
Описание
Здесь можно выбрать диапазон регулировки
цветового баланса. Доступны 3 диапазона
регулировки:
Настройка относится к тонам в диапазоне темных
цветов.
Настройка относится к тонам в диапазоне средних
цветов.
- Lights (Светлые
тона)
Cyan - Red (Циан -
красный цвет)
Настройка относится к тонам в диапазоне светлых
цветов.
Настройку необходимого цветового баланса
выполняют с помощью ползунка или поля ввода.
Yellow - Blue (Желтый Настройку необходимого цветового баланса
- синий) выполняют с помощью ползунка или поля ввода.
Magenta - Green Настройку необходимого цветового баланса
(Пурпурный - зеленый) выполняют с помощью ползунка или поля ввода.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 119
--- стр. 319 ---
5.Э.2.2 Оттенок / Насыщенность / Яркость
Метод Hue/Saturation/Lightness (Оттенок/Насыщенность/Яркость)
позволяет регулировать оттенок, насыщенность и яркость изображения с
реальными цветами.
Параметры
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений _____________________________
Параметр
Hue (Оттенок)
Saturation
(Насыщенность)
Описание
Значение сдвига лредставляет собой угол на
цветовом круге. Следовательно, величины -180 и
+180 оказывают одинаковый эффект.
Отрицательные значения угла сдвига изменяют
цветовой оттенок в сторону синего цвета, а
положительные — в сторону красного цвета.
Настройку изменения цветового тона вылолняют с
помощью ползунка или поля ввода.
Термином «насыщенность» описывается
интенсивность цвета пикселя. Chromatic
(хроматический) — максимальная степень ,
насыщенности, achromatic (ахроматический)
относится к цветам, лишенных тона в смысле
цветового восприятия.
Настройку насыщенности выполняют с помощью
ползунка или поля ввода.
Lightness (Яркость) Термин «яркость» описывает степень
насыщенности пикселя светлыми или темными
тонами. Наибольшая разница существует между
черным и белым или между фиолетовым и
желтым цветами.
Настройку яркости выполняют с помощью
ползунка или поля ввода.
5.9.2.3 Баланс белого
Метод White Balance (Баланс белого) позволяет регулировать баланс
белого в изображении Параметры
Параметр
Automatic
(Автоматически)
White Spot (Белое
пятно)
Описание
Флажок установлен: белое пятно вычисляется
автоматически на основе данных изображения.
Отображается, только если убран флажок
Automatic (Автоматически). Определите белое
пятно, нажав кнопку ш ш Pick (Выбрать).
Указатель мыши приобретет вид пипетки.
Щелкните пипеткой по белой области входного
изображения. Рядом с кнопкой отобразятся
координаты и значение цвета выбранного белого
пятна.
Temperature Deita
(Дельта температур)
Отрегулируйте дельту, прибавляемую к
вычисленным значениям цвета. Отрицательные
значения уменьшают цветовую температуру, а
положительные — повышают. Значение «1»
соответствует 10 К.
120 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 320 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.2.4 Цветовая температура
Метод Color Temperature (Цветовая температура) позволяет настроить
цветовую температуру изображения с реальными цветами. Используйте
ползунок Temperature Delta. Описание ползунка представлено в разделе
«Баланс белого» [>■ 120],
5.9.2.5 Яркость / Контрастность / Гамма
Метод Brightness/Contrast/Gamma (Яркость/Контрастность/Гамма)
позволяет настроить яркость, контрастность и гамму изображения.
а
1 Примечание
В отличие от регулировок, выполняемых во вкладке Display
(Отображение), здесь изменяются значения пикселей изображения.
Параметры
Параметр
Brightness (Яркость)
Contrast
(Контрастность)
Описание
Настройку яркости выполняют с помощью
ползунка или поля ввода. Изменение яркости
означает, что каждое значение насыщенности
серого или цвета увеличивается или уменьшается
на одну и ту же величину. Тем не менее разность
между наибольшим и наименьшим значениями
насыщенности серого или цвета в изображении
остается неизменной.
Настройку контрастности выполняют с помощью
ползунка или поля ввода. Изменение
контрастности означает, что значение
насыщенности серого или цвета умножается на
указанный коэффициент. Разность между
наибольшим и наименьшим значениями
насыщенности серого или цвета изменяется.
Gamma (Гамма) Настройку гаммы выполняют с помощью ползунка
или поля ввода. Изменение гаммы означает, что
значение насыщенности серого или цвета
умножается на индивидуальные коэффициенты.
S.9.2.6 Коррекция серии срезов по оси Z
Метод Stack Correction (Коррекция серии срезов по оси Z) позволяет
улучшить качество изображений серии срезов по оси Z, осветленных во
время получения.
Параметры
Во вкладке Correction (Коррекция) можно выбрать один или несколько
режимов коррекции.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 121
--- стр. 321 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Decay (Затухание)
Flicker (Мерцание)
Описание
Этот режим компенсирует эффект осветления.
Этот режим компенсирует скачки напряжения
лампы накаливания.
Background (фон) Этот режим уменьшает фоновый шум.
S.9.2.7 Коррекция равномерности освещения
Метод Shading Correction (Коррекция равномерности освещения)
позволяет улучшить изображения, качество которых снижено
неравномерным освещением или виньетированием.
При желании выполнить коррекцию равномерности освещения перед
проведением эксперимента (рекомендуется) необходимо использовать
функцию коррекции равномерности освещения в инструменте Camera
(Камера) раздела Postprocessing (Постобработка).
Параметры
Параметр Описание
Shading Mode (Режим
равномерности
освещения)
- Camera shading
(Равномерность
освещения камеры)
- Global shading
(Общая
равномерность
освещения)
Automatic
(Автоматически)
Display Mode (Режим
отображения)
Применяет параметр Shading correction
(Коррекция равномерности освещения) к каждой
мозаике мозаичного изображения.
Применяет параметр Shading correction
(Коррекция равномерности освещения) ко всему
мозаичному изображению. Необходимо
изображение с эталонной равномерностью
освещения того же размера, что и мозаичное
изображение.
Флажок установлен: функция автоматически
вычисляет эталонное изображение коррекции
равномерности освещения из входного
изображения.
- Additive
(Аддитивный)
В этом режиме нормализованное эталонное ^
изображение вычитается из каждого кадра
камеры. Это влияет на яркость изображения.
-- Multiplicative
(Мультипликативны
й)
В этом режиме каждый кадр камеры делится на
нормализованное эталонное изображение. Это
влияет на контраст изображения. Эта настройка
используется по умолчанию.
До 20 кадров камеры усредняется во входное
изображение и пропускается через
низкочастотный фильтр, таким образом создавая
имитирующее/автоматическое эталонное
изображение.
Offset (Смещение) С помощью ползунка или поля ввода
отрегулируйте значение серого, которое будет
добавлено к новым расчетным значениям серого.
Если получаются отрицательные значения, то они
приравниваются к нулю. Значения, превышающие
максимальное значение серого, приравниваются к
максимальному значению серого.
122 Руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 322 ---
5 Обработка изображений ] 5.9 Функции обработки изображений
S.9.2.8 Вычитание фона
С помощью функции Background Subtraction (Вычитание фона) удаляется
гладкий фон или корректируется неравномерное освещение. Эта
процедура заимствована из соответствующей функции в Imaged и
основана на алгоритме катящегося шара (S. Sternberg, “Biomedical image
Processing”, IEEE Computer, January 1983).
Параметры
Параметр
Radius (Радиус)
Create Background
only (Создать только
фон)
Описание
Здесь задают радиус катящегося шара в пикселях.
Это значение должно быть не меньше радиуса
наибольшего объекта на изображении, не
являющегося частью фона. Большие значения
также будут подходить до тех пор, пока фон
изображения не станет слишком неровным.
Если параметр включен, создается изображение,
содержащее только обнаруженный фон.
Используйте это изображение для последующего
выполнения ручной коррекции фона, например, с
помощью калькулятора изображения.
Do smoothing
beforehand
(Предварительное
сглаживание)
Если параметр активирован, перед анализом
фона выполняется усреднение по пикселям (3x3).
Используйте эту опцию, чтобы данные
изображения после вычитания не оказались под
фоном.
Light Background
(Светлый фон)
Radius (Радиус)
Используйте эту опцию, если изображение
содержит светлый фон и темные объекты.
Здесь задают радиус катящегося шара в пикселях.
Это значение должно быть не меньше радиуса
наибольшего объекта на изображении, не
являющегося частью фона. Большие значения
также будут подходить до тех пор, пока фон
изображения не станет слишком неровным.
S.9.2.9 Выравнивание гистограммы
Функция Histogram Equalization (Выравнивание гистограммы) повышает
контраст путем линеаризации гистограммы изображения на равные
области в гистограмме. Области (число пикселей, умноженное на
диапазон насыщенности серого) всех значений серого в гистограмме
полученного изображения одинаковы.
Параметр
АН Z (Все плоскости
по оси Z)
АП Т (Все временные
точки)
High Threshold
(Верхнее пороговое
значение)
Lower Threshold
(Нижнее пороговое
значение)
Описание
Если параметр активирован, функция
применяется ко всем плоскостям по оси Z.
Если параметр активирован, функция
применяется ко всем временным точкам.
Область пикселей, которая отобразится в
наибольшем значении серого на выходном
изображении.
Область пикселей, которая отобразится в нулевом
значении серого.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 123
--- стр. 323 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.3
5.9.3.1
Границы
Фильтрация верхних частот
Метод Highpass {Фильтрация верхних частот) выполняет фильтрацию
верхних частот. Фильтрация верхних частот — разница между исходным
изображением и исходным изображением, прошедшим фильтрацию
нижних частот.
Параметр
5 . 9 . 3 . 2
Параметр Описание
Normalization
(Нормализация)
Доступность опций, представленных в списке,
зависит от выбранной функции обработки
изображения.
- Clip (Отсечение) Уровням серого, не попадающим в указанный
диапазон насыщенности серого, автоматически
присваивается наименьшее/наибольшее значение
серого (черный или белый). Этот эффект
соответствует недоэкспонированию или ^
переэкспонированию. Это означает, что в ^
некоторых случаях происходит потеря
информации.
-- Automatic
(Автоматически)
Автоматическая нормализация значений серого
до доступного диапазона насыщенности серого.
- Wrap (Перенос) Если полученное значение больше
максимального значения серого на изображении,
то из него вычитается «максимальное значение
серого +1».
Shift (Смещение) Нормализует выходное изображение до величины
равной «значение серого + максимальное
значение серого/2».
- Absolute
(Абсолютный)
Используются только положительные значения.
Count (Счетчик) Здесь устанавливается число повторений. То есть
число последовательных применений функции к
соответствующему результату фильтрации.
Эффект усиливается соответствующим образом.
Kernel Size (Размер
ядра)
Вы можете симметрично установить размер
фильтра в направлениях X, Y, Z относительно
зависимого пикселя. Это должен быть размер
области перехода между объектами и фоном.
Оператор Робертса
Метод Roberts (Оператор Робертса) рассчитывает градиентное
изображение с ислользованием матрицы оператора Робертса. Большие
разности значений серого между соседними элементами отображаются
как значения светло-серого. Отсутствие изменений обозначается
величиной «0» (черный). Границы тоньше, чем при использовании метода
Собеля.
124 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 324 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.3.3 Максимальный градиент
Метод Gradient Мах (Максимальный градиент) выполняет фильтрацию
градиента. Градиентное изображение рассчитывается на основе суммы
матрицы 2x2 в направлении X и Y с использованием большего из двух
компонентов. Границы получаются темнее, чем при использовании метода
Gradient Sum (Сумма градиентов).
5.9.3.4 Сумма градиентов
Метод Gradient Мах (Максимальный градиент) выполняет фильтрацию
градиента. Градиентное изображение рассчитывается на основе суммы
матрицы 2x2 в направлении X и Y. Границы лолучаются ярче, чем при
использовании метода Gradient Мах (Максимальный градиент).
5.9.3.5 Метод Собеля
Градиентное изображение рассчитывается с применением фильтра
Собеля (Sobel)
Этот метод отмечает изменения значений серого на изображении.
Большим различиям между соседними элементами соответствует
значение ярко-серого, при отсутствии изменений значение равняется «О»
(ноль). Пиксели в выходном изображении рассчитываются с помощью
дифференциального оператора Собеля на основе ядра 3x3x3 входного
изображения.
5.9.3.6 Фильтр высоких частот Лапласа
Функция Laplace пропускает изображение через фильтр высоких частот
Лалласа.
Вычисление производится на основе оператора Лапласа (3x3x3) во всех
направлениях. Эта функция недостаточно хорошо отображает изменения
значений серого.
5.9.3.7 Локальная дисперсия
Метод Local variance (Локальная дисперсия) осуществляет фильтрацию
краев, рассчитывающую дисперсию каждого пикселя с соседними
пикселями по размеру поперечного фильтра.
Параметр
Размер ядра по оси X/Y
Здесь можно симметрично задать размер матрицы в направлениях X и Y
относительно пикселя. Kernel Size in X/Y (Размер ядра по оси X/Y)
определяет степень сглаживания в налравлении X и Y.
5.9.4 Геометрические преобразования
5.9.4.1 Выравнивание каналов
С помощью метода Channel Alignment (Выравнивание каналов) можно
безошибочно автоматически выравнивать отдельные каналы
многоканального изображения относительно друг друга.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 125
--- стр. 325 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр Описание
Registration Method
(Метод регистрации)
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию
методов) для выравнивания изображений.
- Translation
(Перемеидение)
Соседние срезы серии срезов по оси Z
смещаются относительно друг друга в
направлении X и Y.
- Rotation
(Вращение)
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются
относительно друг друга.
- Iso Scaling
(Масштабировани
е по ISO)
Увеличение регулируется от среза к срезу.
- Skew Scaling
(Масштабировани
е наклона)
Корректируется наклон/искривление соседних
срезов серии срезов по оси Z.
- Affine (Аффинное
преобразование)
Соседние срезы изображения серии срезов по оси^
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются,
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр Описание
Quality (Качество) Здесь можно выбрать уровень качества,
обеспечиваемый функцией.
- Low (Низкое) Высокая скорость с низким качеством
изображения.
- Medium (Среднее)
- High (Высокое)
- Highest
(Наивысшее)
Высокая скорость со средним качеством
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством
изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством
изображения.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь можно выбрать метод выполнения
интерполяции: расчет пикселя из нескольких
отдельных пикселей.
- Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Выходному пикселю присваивается значение
серого цвета входного пикселя, расположенного
рядом с ним.
- Linear (Линейное
комбинирование)
Выходному пикселю присваивается значение
серого, полученное путем линейного
комбинирования входных пикселей,
расположенных рядом с ним.
- Cubic
(Кубический)
Выходному пикселю присваивается значение
серого, равное значению полиномиальной
функции от входных пикселей, расположенных
рядом с ним.
126 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 326 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.4.2 Выравнивание серии срезов по оси Z
Метод Z-Stack Alignment (Выравнивание серии срезов по оси 2) позволяет
выравнивать отдельные плоскости изображения серии срезов по оси 2,
если они расположены не точно друг под другом. Это происходит, когда,
например, серии срезов по оси 2 получают под наклоном с помощью
стереомикроскопа.
Параметры
Параметр
Registration Method
(Метод регистрации)
Описание
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию
методов) для выравнивания изображений.
- Translation
(Перемещение)
Соседние срезы серии срезов по оси 2
смещаются относительно друг друга в
направлении X и Y.
- Rotation
(Вращение)
- Iso Scaling
(Масштабировани
е по ISO)
- Skew Scaling
(Масштабировани
е наклона)
Соседние срезы серии срезов по оси 2 вращаются
относительно друг друга.
Увеличение регулируется от среза к срезу.
Корректируется наклон/искривление соседних
срезов серии срезов по оси 2.
Affine (Аффинное
преобразование)
Соседние срезы изображения серии срезов по оси
2 смещаются в направлении X и Y и вращаются,
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show АП
(Показать все),
Параметр
Quality (Качество)
- Low (Низкое)
- Medium (Среднее)
- High (Высокое)
- Highest
(Наивысшее)
Interpolation
(Интерполяция)
- Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
- Linear (Линейное
комбинирование)
Описание
Здесь можно выбрать уровень качества,
обеспечиваемый функцией.
Высокая скорость с низким качеством
изображения.
Высокая скорость со средним качеством
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством
изображения,
Самая низкая скорость с наивысшим качеством
изображения.
Здесь можно выбрать метод выполнения
интерполяции: расчет пикселя из нескольких
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение
серого цвета входного пикселя, расположенного
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение
серого, полученное путем линейного
комбинирования входных пикселей,
расположенных рядом с ним. ______
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 127
--- стр. 327 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Cubic
(Кубический)
Описание
Выходному пикселю присваивается значение
серого, равное значению полиномиальной
функции от входных пикселей, расположенных
рядом с ним.
5.9.4.3 Сшивка
Метод Stitching (Сшивка) позволяет автоматически и правильно
выравнивать относительно друг друга отдельные мозаики мозаичного
изображения.
Параметры
Параметр
Inplace (Замещение)
New Output (Новое
выходное
изображение)
Описание
Сшивка применяется к исходному изображению.
В результате сшивки создается новое
изображение. Исходное изображение не
изменяется.
Fuse Tiles
(Объединить
фрагменты)
Correct shading
(Скорректировать
равномерность
освещения)
Automatic
(Автоматически)
Отображается, только если нажата кнопка New
Output (Новое выходное изображение).
Флажок установлен: все отдельные мозаичные
изображения объединяются после выравнивания.
Флажок убран: отдельные мозаичные
изображения выравниваются, но не
объединяются.
Отображается, только если нажата кнопка New
Output (Новое выходное изображение).
Флажок установлен: применяет функцию
коррекции равномерности освещения
(мультипликативный режим, см. раздел
«Коррекция равномерности освещения» [► 122])
к каждому изображению перед сшивкой.
Выберите из выпадающего списка эталонное
изображение, которое необходимо использовать
для коррекции равномерности освещения.
Функция автоматически вычисляет эталонное
изображение из входного изображения.
- Источники Функция использует существующее эталонное
изображение. Эту функцию следует выбирать в
дополнение к входному изображению в
инструменте Input (Входное изображение) в
р а з д е л е I m a g e P a r a m e t e r s ( П а р а м е т р ы
изображений).
Выбор эталонных измерений для сшивки
Раздел Select dimension references for stitching (Выбор эталонных
измерений для сшивки) доступен только для многомерных входных
изображений.
Выберите эталонное измерение (один канал, одну позицию по оси Z, одну
временную точку) из многомерного массива данных. Данное эталонное
измерение используется либо только для сшивки (остальные плоскости
измерений не сшиваются), либо в качестве эталонного во время сшивки
всех плоскостей измерений.
128 Руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 328 ---
5 Обработка изображений | 5,9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Get all dimensions
from 2d view
(Получить все
измерения из
двухмерной
проекции)
Считывает рассматриваемые плоскости
измерений из двухмерной проекции.
Z-Positlon (Позиция
по оси Z)
Time (Время)
Channels (Каналы]
С помощью этого параметра выбирается позиция
по оси Z для двухмерного изображения.
С помощью этого параметра выбирается
временная точка для двухмерного изображения.
С помощью этого параметра выбирается канал
для двухмерного изображения.
Сшивка многомерных изображений
Раздел Select dimension references for stitching (Выбор эталонных
измерений для сшивки) доступен только для многомерных входных
изображений. Плоскости измерений, подлежащих сшивке, можно выбрать
под соответствующим измерением.
Параметр
АН by reference
(Все по эталонной)
Reference only
(Только эталонная)
АН Individually (Все
по отдельности)
Параметры
Параметр
Edge Detector
(Детектор контуров)
- Yes (Да)
- No (Нет)
Minimal Overlap
(Минимальное
перекрытие)
Мах Shift
(Максимальное
смещение)
Comparer (Функция
сравнения)
Описание
Все плоскости этого измерения сшиваются и
отображаются в выходном изображении. Сшивка
рассчитывается отдельно для каждой плоскости.
Для расчета сшивки учитывается только
эталонная плоскость (двухмерное изображение)
данного измерения. Все остальные плоскости
сшиваются соответствующим образом и
отображаются в выходном изображении.
Сшивается только выбранная эталонная
плоскость (двухмерное изображение) этого
измерения. Остальные плоскости на выходном
изображении не отображаются.
Описание
Детектор контуров применяется для определения
границ изображения. Это может улучшить
результат сшивки.
Детектор контуров не применяется.
Задает размер области минимального перекрытия
(в процентах) отдельных мозаик.
Задает максимальную степень смещения (в
процентах) отдельных мозаик относительно друг
друга.
Определяет метод оценки соответствия мозаик в
перекрывающихся областях.
- Basic (Базовый) Элементарное сравнение (быстрое).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 129
--- стр. 329 ---
5 Обработка изображений 1 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
- Best (Наилучший)
~ Optimized
(Оптимизированн
ый)
Global Optimizer
(Глобальный
оптимизатор)
- Basic (Базовый)
“ Best (Наилучший)
Описание
Тщательное сравнение (медленное).
Оптимизированное сравнение.
Определяет, какие перекрытия мозаик
оцениваются.
Оценивается только одно перекрытие на мозаику.
Оцениваются все перекрытия мозаики.
S.9.4.4 Наложение изображения
С помощью функции Image Overlay (Наложение изображения) можно
выравнивать (или накладывать) два изображения, которые смещены
относительно друг друга. Также можно совмещать отдельные плоскости
изображения серии срезов по оси Z, в случае если они не располагаются
точно одна поверх другой.
Вы можете определить 3 соответствующих точки как на входном (Input
Pixel (входной пиксель)), так и на эталонном изображении (Reference
Pixel (эталонный пиксель)), которое смещено относительно первого.
Выберите в интерактивном режиме видимые точки, присутствующие на
обоих изображениях. При нажатии кнопки Apply (Применить) функция
вычисляет выходное изображение, в котором новые подходящие точки
имеют те же координаты, что и на входном изображении.
Параметры
Параметр Описание
Input Pixel 1-3
(Входной
пиксель 1-3)
Нажав на соответствующие кнопки, можно
определить 3 входных пикселя.
Выбранная точка отобразится на графической
плоскости. Эта точка помогает ориентироваться
во время нажатия на контрольные точки.
Reference Pixel 1 - 3
(Эталонный
пиксель 1-3)
Нажав на соответствующие кнопки, можно ^
определить 3 эталонных пикселя.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь указывается степень влияния вращения на
соседние пиксели.
- Linear (Линейное
комбинирование)
Поворачиваемому пикселю присваивается
значение серого, рассчитанное из линейной
комбинации значений серого тона двух пикселей:
ближайшего к поворачиваемому и его ближайшего
соседа.
- Cubic
(Кубический)
Поворачиваемому пикселю присваивается
значение серого, равное значению
полиномиальной функции от пикселя,
расположенного рядом с поворачиваемым.
130 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 330 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.Э.4.5 Вращение
С помощью метода Rotate (Вращение) можно задавать углы поворота
изображения. Эта функция специально разработана для вращения
сложных (многомерных) изображений в доступных измерениях
изображения. Функция может работать медленно, но предоставляет
больше настроек для вращения. Для простых двухмерных вращений
рекомендуем использовать более быструю функцию Rotate 2D (Вращение
двухмерных изображений).
Параметр
Параметр
Third Dimension
(Трехмерность)
Описание
Отображается только для трехмерного входного
изображения и (или) в режиме Show all (Показать
все).
Здесь можно выбрать способ обработки
многомерных изображений с помощью данной
функции.
2D Slices Эта функция используется в двухмерном режиме
(Двухмерные только с многомерными изображениями,
срезы) полученными, например, во время покадровой
съемки или серии срезов по оси Z.
- Z, ТогС
(Z, Т или С)
Adapt sizes
(Адаптация
размеров)
Adjust per Channel
(Поканальные
настройки)
Interpolation
(Интерполяция)
Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Linear (Линейное
комбинирование)
- Cubic
(Кубический]
Здесь можно выбрать, к какому дополнительному
измерению следует применить функции.
Флажок установлен; размер выходного
изображения регулируется в соответствии с
настройками масштабирования.
Флажок убран; выходное изображение имеет тот
же размер, что и входное. В зависимости от
размера изображения и угла вращения области
входного изображения могут быть частично
невидимы на выходном изображении.
Отображается только для многоканального
изображения.
Флажок установлен; можно отдельно
настраивать параметры для каждого канала.
Здесь можно выбрать метод выполнения
интерполяции; расчет пикселя из нескольких
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение
серого цвета входного пикселя, расположенного
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение
серого, полученное путем линейного
к о м б и н и р о в а н и я в х о д н ы х п и к с е л е й ,
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение
серого, равное значению полиномиальной
функции от входных пикселей, расположенных
рядом с ним.
Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 131
--- стр. 331 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Angle (Угол)
Angle X (Угол по
оси X)
Angle Y (Угол по
оси Y)
Angle Z (Угол по
оси Z)
Описание
Задайте величину угла вращения входного
изображения с помощью ползунка или поля ввода.
При положительных углах изображения
вращаются по часовой стрелке.
Задайте величину угла вращения входного
изображения по оси X с помощью ползунка или
поля ввода.
Задайте величину угла вращения входного
изображения по оси Y с помощью ползунка или
поля ввода.
Задайте величину угла вращения входного
изображения по оси Z с помощью ползунка или
поля ввода.
Приведенные ниже параметры отображаются, только если убран флажок
Adapt sizes {Адаптировать размеры).
Center X (Центр
вращения по оси X)
Задайте координату центра вращения по оси X с
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
«О» означает, что изображение вращается вокруг
своей центральной точки. Отрицательное
значение означает, что центр вращения
изображения смещается влево от центральной
точки изображения. Положительное значение
смещает центр вращения вправо.
Center Y (Центр
вращения по оси Y)
Center Z (Центр
вращения по оси Z)
Задайте координату центра вращения по оси Y с
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
«О» означает, что изображение вращается вокруг
своей центральной точки. Отрицательное
значение означает, что центр вращения
изображения смещается вниз от центральной
точки изображения. Положительное значение
смещает центр вращения вверх.
Задайте координату центра вращения по оси Z с
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
«О» означает, что изображение вращается вокруг
своей центральной точки. Отрицательное
значение означает, что центр вращения
изображения смещен вперед от центральной
точки изображения. Положительное значение
смещает центр вращения назад.
5.Э.4.6 Вращение двухмерных изображений
С помощью метода Rotate 2D (Вращение двухмерных изображений) можно
вращать изображение по часовой стрелке вокруг осевой линии. Желаемый
угол вращения задается с помощью ползунка. Также величину угла
вращения можно напрямую ввести в поле ввода. Для выполнения
вращения нажмите кнопку Apply (Применить) в верхней части вкладки
Processing (Обработка изображений).
132 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 332 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
S.9.4.7 Отражение
Метод Mirror (Отражение) позволяет отразить изображение слева направо
или сверху вниз. При работе с многомерными изображениями, такими как
серия срезов по оси Z или изображения покадровой съемки, метод
отражения можно использовать, чтобы задать обратную
последовательность соответствующего измерения.
Параметры
S.9.4.8
5.Э.4.9
Параметр
Display Mode (Режим
отображения)
Описание
- Horizontal (Слева направо) Отражает изображение слева направо.
- Vertical (Сверху вниз) Отражает изображение сверху вниз.
- Т/2 Отображается только для
многоканального входного изображения.
Инвертирует последовательность срезов
(Z) или временных точек (Т).
Изменение ориентации
С помощью функции Change Orientation (Изменение ориентации) можно
изменить ориентацию изображения.
Параметры
Параметр Описание
Ориентация
- Flip Horizontally (Отразить
слева направо)
Отражает изображение слева направо.
- Flip Vertically (Отразить
сверху вниз)
Отражает изображение сверху вниз.
- Rotate 90 CW (Повернуть
на 90” по ч.с.)
Изображение поворачивается на 45° по
часовой стрелке (по ч.с.).
- Rotate 90 CCW (Повернуть
на 90° против ч.с.)
Изображение поворачивается на 45°
против часовой стрелки (против ч.с.).
- Rotate 180 Изображение поворачивается на 180°.
- Mirror at +45 Diagonal
(Отразить при +45° по
диагонали)
Изображение отражается на +45° по
диагонали.
- Mirror at -45 Diagonal
(Отразить при -45° по
диагонали)
Изображение отражается на -45° по
диагонали.
Изменение размера
Метод Resample (Изменение размера) изменяет размер изображения в
каждом измерении. Можно увеличить или уменьшить размер изображения.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 133
--- стр. 333 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Third Dimension
(Трехмерность)
- 2D Slices
(Двухмерные
срезы)
-Z, Tore
(2, Т или С)
Adapt sizes
(Адаптация
размеров)
Описание
Отображается только для трехмерного входного
изображения и (или) в режиме Show ail (Показать
все).
Здесь можно выбрать способ обработки
многомерных изображений с помощью данной
функции.
Эта функция используется в двухмерном режиме
только с многомерными изображениями,
полученными, например, во время покадровой
съемки или серии срезов по оси Z.
Здесь можно выбрать, к какому дополнительному
измерению следует применить функции.
Флажок установлен; размер выходного
изображения регулируется в соответствии с
настройками масштабирования.
Флажок убран; выходное изображение имеет тот
же размер, что и входное. В зависимости от
размера изображения и угла вращения области
входного изображения могут быть частично
невидимы на выходном изображении.
Adjust per Channel
(Поканальная
Отображается только для многоканального
изображения.
настройка) Флажок установлен; можно отдельно
настраивать параметры для каждого канала.
interpolation
(Интерполяция)
Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Linear (Линейное
комбинирование)
- Cubic
(Кубический)
Элементы управления
Параметр
Scaling in X
(Масштабирование
по оси X)
Scaling in Y
(Масштабирование
по оси Y)
Здесь можно выбрать метод выполнения
интерполяции; расчет пикселя из нескольких
отдельных пикселей.
Выходному пикселю присваивается значение
серого цвета входного пикселя, расположенного
рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение
серого, полученное путем линейного
комбинирования входных пикселей,
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение
серого, равное значению полиномиальной
функции от входных пикселей, расположенных
р я д о м с н и м .
Описание
Настройку масштаба по оси X выполняют с
помощью ползунка или поля ввода.
Настройку масштаба по оси Y выполняют с
помощью ползунка или поля ввода.
134 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 334 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.4.10
Параметр Описание
Scaling in Z
(Масштабирование
по оси Z)
Настройку масштаба по оси Z выполняют с
помощью ползунка или поля ввода.
Приведенные ниже параметры отображаются, только если убран флажок
Adapt sizes (Адалтировать размеры).
Shift in X (Смещение
по оси X)
С помощью ползунка или поля ввода задают
величину смещения по оси X.
Shift in Y (Смещение
no оси Y)
С помощью ползунка или поля ввода задают
величину смещения по оси Y.
Shift in Z (Смещение
no оси Z)
С помощью ползунка или поля ввода задают
величину смещения по оси Z.
Ортогональная проекция
С помощью метода Orthogonal Projection (Ортогональная проекция) из
трехмерных изображений можно извлекать определенные части. Для этого
используются три возможные плоскости проекции: фронтальная — в
направлении осей X и Y, сагиттальная — в направлении осей Y и Z,
поперечная — в направлении осей X и Z. Доступны разные методы
проецирования; общим в них является то, что пиксели анализируются
наблюдателем вдоль воображаемого луча проекции. Также можно
определить толщину плоскостей проекции и. следовательно, глубину
проекции.
Параметры
Параметр
Projection Plane
(Плоскость
проекции)
Описание
Здесь выбирается тип плоскости проекции
(фронтальная (X/Y), поперечная (X/Z).
сагиттальная (Y/Z)).
Метод
- Maximum
(Максимальный)
Используется самый яркий пиксель вдоль луча
проекции.
- Minimum
(Минимальный)
Используется самый темный пиксель вдоль луча
проекции,
- Average
(Средний)
Рассчитывается среднее значение всех пикселей
вдоль луча проекции.
- Weighted average
(Средневзвешенн
ое)
Этот метод используется при вычислении
увеличенной глубины резкости. Здесь
предпочтительны структуры с улучшенной
поперечной резкостью луча проекции. Выходное
изображение содержит более выразительные
детали.
- Standard deviation
(Стандартное
отклонение)
Рассчитывает стандартное отклонение значений
серого тона пикселя вдоль луча проекции.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 135
--- стр. 335 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Start position
(Начальная позиция)
Thickness (Толщина)
Описание
Здесь устанавливается начальная позиция
плоскости проекции {в пикселях или позициях
серии срезов по оси Z в зависимости от
выбранной плоскости проекции). Максимальный
диапазон устанавливается автоматически в
зависимости от размера входного изображения.
Здесь регулируется толщина секущей плоскости
(в пикселях или сериях срезов по оси Z в
зависимости от выбранной плоскости проекции).
Максимальный диапазон устанавливается
автоматически в зависимости от размера
входного изображения.
5.9.4.11 Shift (Смещение)
Метод Shift (Смещение) позволяет смещать содержимое изображения в
направлении 3 осей: X, Y и Z. Для настройки смещения воспользуйтесь
соответствующими ползунками под инструментом Parameters
(Параметры).
5.9.4.12 Цветокодированная проекция
Функция Color-coded projection (Цветокодированная проекция) создает
проекционное изображение с максимальной интенсивностью вдоль Z-
измерения или измерения времени многомерного массива данных. Вместо
использования цветов, назначенных каналам, эта функция отображает
позиции по оси Z или во времени с помощью градиента цвета.
Параметры
Параметр
Palette (Палитра)
ROI (Область
интереса)
Dimension
(Измерение)
Описание
Здесь выбирается цветовой шаблон проекции.
Здесь задается диапазон измерения (выбранного
ниже), который используется для создания
проекции.
Здесь выбирается направление проекции: вдоль
прямой времени (Т) или вдоль оси Z (Z).
Отображаются только измерения, доступные в
вашем наборе данных.
5.9.4.13 Уменьшение образца
С помощью функции Sample Down (Уменьшение образца) можно
уменьшать размер изображения. Уменьшение производится вместе с
усреднением соответствующего измерения. Если заданное значение
п а р а м е т р а р а в н о « 1 » , т о с о о т в е т с т в у ю щ е е и з м е р е н и е н е и з м е н я е т с я .
Параметры
Параметр
Average Pixels X
(Усреднение
пикселей по оси X)
Описание
Здесь указывается количество пикселей,
усредняемых в поперечном измерении по оси X
для вычисления выходного изображения. Размер
выходного изображения уменьшается на этот
коэффициент.
136 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 336 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Average Pixels Y
(Усреднение
пикселей по оси Y)
Здесь указывается количество пикселей,
усредняемых в поперечном измерении по оси Y
для вычисления выходного изображения. Размер
выходного изображения уменьшается на этот
коэффициент.
Third Dimension
(Трехмерность)
Если входное изображение имеет третье
измерение, здесь можно задать параметр для
изменения его размера.
■ Z (срезы изображения серии срезов по оси Z),
■ Т (временные точки временной серии),
■ С (Каналы) или
■ Н (Фазы).
ш Если выбрана функция 2D Slices (двухмерные
срезы), размер третьего измерения не
изменяется.
5.9.4.14 Выравнивание каналов (расширенное)
С помощью метода Channel Alignment (Выравнивание каналов) можно
безошибочно автоматически выравнивать отдельные каналы
многоканального изображения относительно друг друга.
Параметры
Параметр
Load transformation
(Загрузить
преобразование)
Save transformation
(Сохранить
преобразование)
Описание
Если параметр активирован: загружает результат
В
дыдущего преобразования. Нажмите кнопку
и выберите соответствующий файл *.xml.
Если параметр активирован; результат процесса
преобразования сохраняется в файле *.хт1 для
последующего использования,
Параметр
Registration Method
(Метод регистрации)
- Translation
(Перемещение)
Описание
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию
методов) для выравнивания изображений.
Соседние срезы серии срезов по оси Z
смещаются относительно друг друга в
направлении X и Y.
Rotation
(Вращение)
Iso Scaling
(Масштабировани
е по ISO)
Skew Scaling
(Масштабировани
е наклона)
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются
относительно друг друга.
Увеличение регулируется от среза к срезу.
Корректируется наклон/искривление соседних
срезов серии срезов по оси Z.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 137
--- стр. 337 ---
5 Обработка изображений 1 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
- Affine {Аффинное
преобразование)
Описание
Соседние срезы изображения серии срезов по оси
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются,
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show АП
(Показать все).
Параметр
Quality (Качество)
Описание
Здесь можно выбрать уровень качества,
обеспечиваемый функцией.
- Low (Низкое) Высокая скорость с низким качеством
изображения.
- Medium (Среднее) Высокая скорость со средним качеством
изображения.
High (Высокое)
- Highest
(Наивысшее)
Низкая скорость с высоким качеством
изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством
изображения.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь можно выбрать метод выполнения
интерполяции; расчет пикселя из нескольких
отдельных пикселей.
- Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Выходному пикселю присваивается значение
серого цвета входного пикселя, расположенного
рядом с ним.
- Linear (Линейное
комбинирование)
Выходному пикселю присваивается значение
серого, полученное путем линейного
комбинирования входных пикселей,
расположенных рядом с ним.
- Cubic
(Кубический)
Выходному пикселю присваивается значение
серого, равное значению полиномиальной
функции от входных пикселей, расположенных
рядом с ним.
5.9.5 Морфологические преобразования
Морфологические функции применяют структурные элементы к
изображениям. Структурный элемент подобен трафарету. Если на
изображение помещен трафарет, то через его отверстия видны только
некоторые пиксели. Выполняется сбор значений серого тона этих пикселей
и производится вычисление внешнего значения серого (минимальное или
максимальное).
Внешнее значение серого присваивается пикселю результирующего
изображения, которое соответствует месту размещения трафарета на
входном изображении. Если трафарет размещается на всех позициях
входного изображения, внешнее значение серого присваивается всем
пикселям результирующего изображения. Если требуются структурные
элементы большего размера, то небольшие элементы подвергаются
итерации с помощью параметра Count (Счетчик).
Доступны следующие функции:
138 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1,0 на русском языке
--- стр. 338 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Функция Описание
Erode (Эрозия) Сжимает яркие структуры на более темном фоне
входного изображения. Тонкие связи между
структурами и собственно малоразмерные
структуры исчезают.
Dilate (Расширение)
Open (Размыкание)
Close (Закрыть)
Расширяет яркие структуры на более темном фоне
входного изображения. Небольшие промежутки
между структурами заполняются, и эти структуры
объединяются.
Яркие структуры на более темном фоне входного
изображения сначала размываются {класс
размытия), затем расширяются {класс расширения)
на аналогичное число шагов. Таким образом, яркие
структуры на более темном фоне разделяются, но
практически сохраняют свой размер.
Яркие структуры на более темном фоне входного
изображения сначала расширяются {класс
расширения), затем размываются {класс размытия)
на аналогичное число шагов. Таким образом, яркие
структуры на более темном фоне соединяются, но
сохраняют практически свой размер.
Тор Hat (White)
(Цилиндр (Белый))
Вычитает разомкнутое изображение {класс
размыкания) из исходного. Яркие структуры,
сглаженные размыканием, усиливаются на
полученном изображении. Это подобно цилиндру
{размер равен операции размыкания),
помещенному над структурой и сохраняющему
только ту часть, которая попала внутрь.
Тор Hat (Black)
(Цилиндр (Черный))
Gradient (Градиент)
Watersheds
(Водоразделы)
Вычитает замкнутое изображение {класс
замыкания) из исходного. Темные структуры,
сглаженные замыканием, усиливаются на
полученном изображении. Это подобно цилиндру
{размер равен операции замыкания), помещенному
под структурой с темной стороны и сохраняющему
только ту часть, которая попала внутрь.
Вычитает изображение после эрозии из
изображения после расширения {класс расширения
и класс эрозии). Поскольку точка на изображении
после расширения имеет максимальное значение
серого, а соответствующая точка на изображении
после эрозии имеет минимальное значение серого,
следовательно, внутри структурного элемента для
областей с постоянными значениями серого
разность равна нулю и увеличивается на более
крутых склонах или скатах.
Определяет барьеры между водосборными
областями локальных минимумов на входном
и з о б р а ж е н и и с г р а д а ц и е й с е р о г о . Л о к а л ь н ы й
минимум представляет собой плато точек, из
которых невозможно достигнуть точки нижнего
значения серого, не достигнув сначала верхних
значений серого. Водосборная область локального
минимума представляет собой связанный элемент,
содержащий этот
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 139
--- стр. 339 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Функция
Grey Reconstruction
(Восстановление
серого)
Параметры
Параметр
Structure Element
(Структурный
элемент)
Count (Счетчик)
Binary (Бинарный)
Описание
минимум и все точки, расположенные по
направлению стока. Нисходящий поток — путь
точек, вдоль которого значения серого неизменно
уменьшаются. Таким образом, все водосборные
области локальных минимумов расширяются до
столкновения с другими водосборными областями.
В этих точках формируются барьеры
(водоразделы). Выходное изображение бинарно и
содержит все водоразделы. Если установлен флаг
Basins (Водосборные области), на выходном
изображении водосборные области отображаются в
виде уникально маркированных связанных
компонентов без разграничительных линий.
Работает, главным образом, как функция
повторного расширения изображения (класс
расширения), но в качестве второго входного
изображения используется ограничительное
изображение. После каждого расширения
вычисляется пиксельный минимум расширенного и {
ограничительного изображений, после чего
выдается следующее для расширения
изображение. Вычисление прекращается
автоматически, когда все расширенные пиксели
превышают соответствующие пиксели
ограничительного изображения.
Описание
Здесь выбирается требуемый структурный элемент.
Доступны следующие элементы: Horizontal
(Горизонтальный), Diagonal 45° (Диагональный при
45°), Vertical (Вертикальный), Diagonal 135°
(Диагональный при 135°), Cross
(Перекрещивающийся), Square (Прямоугольный),
Octagon (Восьмиугольный)
Здесь задается количество повторов для
определения размера структурного элемента. (
Доступен только для функций Erode (Эрозия),
Dilate (Расширение), Open (Размыкание) и Close
(Замыкание).
Флажок установлен: создается бинарное
изображение. Отличается быстрым вычислением.
5.9.6 Усиление резкости
5.9.6.1 Увеличенная глубина резкости
С помощью метода Extended Depth of Focus (Увеличенная глубина
резкости) резкие области отдельных срезов изображения серии срезов по
оси Z объединяются для формирования целого изображения. Это
позволяет получить глубину резкости значительно больше, чем
полученная с помощью микроскопа.
Параметры
Параметр
Метод
Описание
140 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 340 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Wavelets
(Волны)
- Contrast
(Контрастность
)
- Maximum
Projection
(Максимальная
проекция)
- Variance
(Дисперсия)
Волновое преобразование используется для выявления
самых резких областей на изображениях.
Величиной данного метода является разность самого
яркого и самого темного пикселя в «ядре».
В первую очередь формируются изображения с самыми
яркими и самыми темными пикселями. Из них в качестве
результирующего изображения используется
изображение с наибольшей дисперсией.
Для данного метода дисперсия значений пикселей
рассчитывается внутри «ядра».
Выравнивание
серии срезов по
оси Z
No Alignment
(Без
выравнивания)
Здесь указывается, следует ли выравнивать
изображения серии срезов по оси 2 перед вычислением,
а также необходимый уровень качества. Если требуется
получить изображения с помощью стереомикроскопа,
изображения смещаются относительно друг друга.
Подобное смещение может быть скорректировано. Чем
точнее выравнивание, тем дольше вычисление. Если
требуется получить изображения с помощью
биологического микроскопа, выберите опцию
No Alignment (Без выравнивания).
Изображение серии срезов по оси Z не выравнивается
перед выполнением вычисления. Этот параметр
следует выбирать в том случае, если изображения
серии срезов по оси Z не были получены с помощью
стереомикроскопа.
Normal
(Нормальное)
High (Высокое)
Highest
(Наивысшее)
Wavelets
(Волны)
Contrast
(Контрастность
)
Maximum
Projection
(Максимальная
проекция)
Variance
(Дисперсия)
Высокая скорость с нормальным качеством
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством
изображения.
Волновое преобразование используется для выявления
самых резких областей на изображениях.
Величиной данного метода является разность самого
яркого и самого темного пикселя в «ядре».
В первую очередь формируются изображения с самыми
яркими и самыми темными пикселями. Из них в качестве
результирующего изображения используется
изображение с наибольшей дисперсией.
Для данного метода дисперсия значений пикселей
рассчитывается внутри «ядра».
5.9.6.2 Очерчивание
Метод Delineate (Очерчивание) выделяет границы отдельных областей
изображения. Он устраняет эффект ореола и влияет только на границы.
Параметры
Параметр
Threshold
(Пороговая
величина)
Описание
Введите пороговую величину для определения границ с
помощью ползунка или счетчика/поля ввода. Пороговая
величина должна примерно соответствовать разности
значений серого между объектами и фоном.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 141
--- стр. 341 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Size (Размер)
Описание
Введите размер фильтра распознавания границе
помощью ползунка или счетчика/поля ввода.
Величина должна соответствовать размеру
переходной области между объектами и фоном.
5.9.6.3 Выделение контуров
Метод Enhance Contour (Выделение контуров) позволяет выделять
контуры изображения и подчеркивать области, в которых изменяются
значения серого. Эта функция пригодна для наглядного выделения
мелкоразмерных структур на изображении.
Параметры
Параметр
Strength (Степень)
Normalization
(Нормализация)
Описание
Здесь указывается коэффициент усиления
выделения границ.
Здесь выбирается метод обработки значений
серого/цвета, не входящих в диапазон значений.
- Clip (Отсечение) Уровням серого, не входящим в указанный
диапазон насыщенности серого, автоматически
присваивается наименьшее/наибольшее значение
серого (черный или белый). Этот эффект
соответствует недоэкспонированию или
переэкспонированию. В определенных условиях
возможна потеря данных.
- Automatic
(Автоматически)
Автоматически нормализует уровни серого до
доступного диапазона насыщенности серого.
- Wrap (Перенос) Если полученный результат больше
максимального значения серого на изображении,
то из него вычитается «максимальное значение
серого +1».
- Shift (Смещение) Нормализует выходное изображение до величины
равной «значение серого + максимальное
значение серого/2». Щ
- Absolute
(Абсолютный)
Преобразует отрицательные значения серого в
положительные.
- Strength (Степень) Здесь указывается коэффициент усиления
выделения границ.
5.Э.6.4 Нерезкое маскирование
С помощью метода Unsharp Mask (Нерезкое маскирование) можно
увеличивать резкость структур изображения и, соответственно, получать
изображение, насыщенное деталями. Эта функция позволяет
целенаправленно усиливать контраст малоразмерных структур и границ.
142 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 342 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Strength
(Степень)
Ползунок Radius
(Радиус)
Описание
Введите степень нерезкого маскирования (Unsharp
Masking) с помощью ползунка или счетчика/поля
ввода. Чем выше выбранное значение, тем больше
степень усиления малоразмерных структур.
Введите радиус с помощью ползунка или
счетчика/поля ввода. Радиусом определяется ширина
структур, резкость которых необходимо повысить.
Малый радиус повышает резкость малоразмерных
деталей. При слишком большом радиусе, на границах
может возникать эффект ореола.
Color Mode
(Цветовой
режим)
- RGB
В выпадающем списке выберите желаемый цветовой
режим.
Вычисляет резкость для каждого цветового канала в
отдельности. Может измениться цветовая
насыщенность и цвет структур, а также возникнуть
цветовой шум.
Luminance Рассчитывает резкость только на основе
(Яркость) установленного сигнала яркости. В этом режиме не
проявляется цветовой шум и изменение
насыщенности цвета производится должным образом.
Threshold Mode
(Пороговый
режим)
None
(Отсутствует)
Binary
(Бинарный)
Из выпадающего списка можно выбрать настройку для
расчета границы между областями изображения с
усиленной резкостью.
Режим эффективен, только если параметр Lower
Threshold Value (Нижнее пороговое значение) не
равен «О» или параметр Upper Threshold Value
(Верхнее пороговое значение) не равен «100».
Настройки отсутствуют.
Переход выполняется в соответствии с пороговыми
значениями.
Linear
(Линейное
комбинирова
ние)
Threshold Low
(Нижний порог)
Threshold High
(Верхний порог)
Clip То Valid Bits
(Отсечение до
битов
достоверности)
Рассчитывает линейный курс.
Задайте нижнее пороговое значение с помощью
ползунка или счетчика/поля ввода. Этим параметром
определяется нижний предел, начиная с которого
изменяются существующие контрастные структуры.
Задайте верхнее пороговое значение с помощью
ползунка или счетчика/поля ввода. Благодаря этому
предотвращается дальнейшее нежелательное
повышение существующего высокого контраста.
Флажок установлен; диапазон значений серого/цвета
выходного изображения регулируется до диапазона
значений входного изображения.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 143
--- стр. 343 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.7 Сглаживание
5.9.7.1 Медиана
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый
пиксель замещается медианой соседних пикселей. Размер области
рассматриваемых соседних пикселей определяется квадратной матрицей
фильтров. Преобразуется центральный пиксель матрицы фильтров.
Медиана — средняя величина значений серого тона пикселя и соседних
пикселей, упорядоченных в порядке возрастания.
Параметр
Параметр
Kernel Size (Размер
ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы
фильтров. В режиме Show АП (Показать все)
можно скорректировать параметры в направлении
осей X, Y и Z по отдельности.
S.9.7.2 Sigma (Сигма)
Метод Sigma (Сигма) позволяет уменьшать шум изображения. Каждый
пиксель замещается усредненным значением соседних пикселей. Размер
области рассматриваемых соседних пикселей определяется квадратной
матрицей фильтров. Преобразуется центральный пиксель матрицы
фильтров. Для вычисления среднего значения учитываются только
значения серого, которые находятся в пределах указанного диапазона (+/■
сигма) вблизи значения серого центрального пикселя. В результате
мелкоразмерные структуры объектов не размываются; корректируются
только значения серого в соответствующих областях изображения.
Параметр
Параметр
Sigma (Сигма)
Описание
Значение сигмы вводится с помощью ползунка
или поля ввода.
Параметр
Kernel Size (Размер
ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы
фильтров. В режиме Show All (Показать все)
можно скорректировать параметры в направлении
осей X, Y и Z по отдельности.
5.9.7.3 Низкочастотная фильтрация
Метод Median (Медиана) позволяет уменьщить шум изображения. Каждый
пиксель замещается усредненным значением соседних пикселей. Размер
области рассматриваемых соседних пикселей определяется квадратной
матрицей фильтров. Преобразуется центральный пиксель матрицы
фильтров.
144 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 344 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр
Count (Счетчик)
Описание
Число повторений вводится с помощью ползунка
или поля ввода. Функция может применяться к
результату фильтрации несколько раз подряд.
Это соответствующим образом усиливает
эффект.
Параметр Описание
Kernel Size
(Размер ядра)
Здесь можно настроить размер матрицы
фильтров. В режиме Show All (Показать все)
можно скорректировать параметры в направлении
осей X, Y и Z по отдельности.
5.9.7.4 Биномиальный фильтр
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый
пиксель замещается средневзвешенным значением соседних пикселей.
Коэффициенты взвешивания вычисляются из биномиальных
коэффициентов в зависимости от размера фильтра. Биномиальный
фильтр очень схож по своему действию с фильтром Гаусса.
Параметр
Параметр
Kernel Size
(Размер ядра)
Описание
Здесь можно настроить размер матрицы
фильтров. В режиме Show All (Показать все)
можно скорректировать параметры в направлении
осей X, Y и Z по отдельности.
5.9.7.S Gauss (Гаусс)
Метод Median (Медиана) позволяет уменьшить шум изображения. Каждый
пиксель замещается средневзвешенным значением соседних пикселей.
Соседние пиксели взвешиваются в соответствии с двухмерной гауссовой
кривой.
Параметр
Параметр
Sigma (Сигма)
Описание
Здесь можно задать значение сигмы. В режиме
Show АП (Показать все) можно скорректировать
параметры в направлении осей X, Y и Z по
отдельности.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 145
--- стр. 345 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
S.9.7.6 Однопиксельный фильтр
С помощью функции Single Pixel Filter (Однопиксельный фильтр) можно
устранить однопиксельные явления наподобие тех, которые возникают в
случае формирования индуцированного заряда устройствами с
электронным увеличением, снабженными ПЗС-матрицей, и шума
радиотелеграфного сигнала КМОП-датчиками. Однопиксельный фильтр
анализирует входное изображения и устраняет пиксели, чья
интенсивность сильно отличается от средней интенсивности соседних
пикселей.
Фильтр анализирует входное изображение и удаляет пиксели, которые
«намного» больше медианы соседних пикселей. Принцип работы
алгоритма:
1 Сортировка всех 9 пикселей по окрестности 3x3.
2 Определение медианы интенсивности отсортированных пикселей.
3 Умножение медианы на пороговый коэффициент для получения
предельного значения.
4 Если интенсивность центрального пикселя превышает полученный
предел, происходит замена пикселя на медиану.
Большие пороговые коэффициенты повышают предельное значение
интенсивности и сокращают число заменяемых пикселей. Величина «1,5»,
установленная по умолчанию, является произвольной, но, видимо,
устраняет индуцированный зарядами шум из изображений, полученных с
помощью камер с электронным увеличением. Этот фильтр также можно
использовать для удаления горячих пикселей с изображений.
Параметр
Параметр
Threshold
(Пороговая величина)
Описание
Здесь регулируется пороговое значение.
5.9.7J Упорядоченность
5.9.7.8
Метод Rank (Упорядоченность) выполняет упорядоченную фильтрацию.
Уровни серого на результирующем изображении определяются
вычислением ранжирования в пределах размера матрицы фильтра в
направлениях X и Y. Четному числу автоматически присваивается
следующее нечетное число. Нижнее значение очередности расширяет
темные области, верхнее значение увеличивает яркие области
изображения.
Устранение шума
Метод Denoise (Устранение шума) устраняет шум изображений с помощью
вещественных или комплексных волновых преобразований. Процесс
устранения шума на изображении можно разделить на три этапа:
146 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 346 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Расчет волнового преобразования зашумленного изображения.
Волновое преобразование вычисляется по методу вещественных
волн (Real Wavelet) и комплексных волн (Complex Wavelet).
Изменение коэффициента зашумленных волн.
Это выполняется с помощью двумерной усадки с оценкой локальной
дисперсии (пороговая фильтрация). [Bivariate Shrinkage with Local
Variance Estimator, Levent Sendurand Ivan W. Selesnick, IEEE Signal
Processing Letters, Vol. 9, No. 12, December 2002]
Вычисление обратного преобразования с использованием
пороговых коэффициентов.
Параметры
Параметр Описание
Метод
- Complex wavelets
(Комплексные
волновые
преобразования)
Метод дуального разложения с применением
комплексного волнового преобразования
обеспечивает лучшие результаты в связи с тем,
что он является почти однонаправленным и
выделяет большее число направленных
поддиапазонов. Полученные результаты будут
меньше подвержены блочным артефактам.
Однако этот метод в вычислительном отношении
более интенсивен и. следовательно, занимает
много времени.
- Real wavelets
(Вещественные
волновые
преобразования)
Strength (Степень)
В вещественном волновом преобразовании
учитываются только три стороны (XYZ) и,
следовательно, этот метод быстрее. Однако в
результате могут отображаться блочные
артефакты.
Здесь регулируется степень применения функции.
5.9.8 Временные серии
5.9.8.1 Выравнивание временных точек
Используя функцию Time Alignment (Выравнивание временных точек),
можно автоматически выравнивать отдельные временные точки для
компенсации смещений между временными точками.
•
1 Примечание
Для работы функции выравнивания необходимо наличие неподвижных и
четко различимых структур объектов во временной серии, Также при
выравнивании серии срезов по оси Z по прошествии некоторого времени
следует обязательно использовать Z-измерение из выпадающего списка
Third Dimension (Трехмерность). В противном случае каждая Z-плоскость
будет выравниваться по прошествии некоторого времени, что может
привести к артефактам в серии срезов по оси Z.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке 147
--- стр. 347 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр
Registration Method
(Метод регистрации)
- Translation
(Перемещение)
- Rotation
(Вращение)
- Iso Scaling
(Масштабировани
е по ISO)
- Skew Scaling
(Масштабировани
е наклона)
Описание
Здесь можно выбрать метод (или комбинацию
методов) для выравнивания изображений.
Соседние срезы серии срезов по оси Z
смещаются относительно друг друга в
направлении X и Y.
Соседние срезы серии срезов по оси Z вращаются
относительно друг друга.
Увеличение регулируется от среза к срезу.
Корректируется наклон/искривление соседних
срезов серии срезов по оси Z.
Affine (Аффинное
преобразование)
Соседние срезы изображения серии срезов по оси^
Z смещаются в направлении X и Y и вращаются,
увеличение регулируется от среза к срезу.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр
Quality (Качество)
- Low (Низкое)
- Medium (Среднее)
- High (Высокое)
- Highest
(Наивысшее)
Interpolation
(Интерполяция)
Описание
Здесь можно выбрать уровень качества,
обеспечиваемый функцией,
Высокая скорость с низким качеством
изображения.
Высокая скорость со средним качеством
изображения.
Низкая скорость с высоким качеством
изображения.
Самая низкая скорость с наивысшим качеством
изображения.
Здесь можно выбрать метод выполнения
интерполяции: расчет пикселя из нескольких
отдельных пикселей.
Nearest Neighbor
(Ближайший
с о с е д )
Linear (Линейное
комбинирование)
- Cubic
(Кубический]
Выходному пикселю присваивается значение
серого цвета входного пикселя, расположенного
р я д о м с н и м .
Выходному пикселю присваивается значение
серого, полученное путем линейного
комбинирования входных пикселей,
расположенных рядом с ним.
Выходному пикселю присваивается значение
серого, равное значению полиномиальной
функции от входных пикселей, расположенных
рядом с ним.
148 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 348 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
S.9.8.2 Скользящее среднее
С помощью функции Gliding Average {Скользящее среднее) сглаживающий
эффект достигается усреднением щума. Функция рассчитывает
скользящее среднее изображения временной серии с учетом
определенного числа временных точек по следующей схеме:
Входное изображение: Size! = 6
Средняя длина: AvL = 3
Выходное изображение: $12еТ(выходное) = Size! - AvL + 1 = 6 -3 +1 = 4
Параметр
Average Length
(Средняя длина)
Описание
Определяет количество изображений,
используемое для определения среднего
значения. Максимальное значение коррелирует с
числом временным точек.
Scaling Factor
(Коэффициент
масштабирования)
Предустановленное значение — «1». К
изображениям с низкой интенсивностью можно
применять значения больше 1. В этом случае все
значения пикселей умножаются на указанный
коэффициент.
5.9.8.3 Временной дифференциал
Функция Time Differential (Временной дифференциал) рассчитывает
дифференциал первого и второго порядка изображений покадровой
съемки по следующей формуле и схеме:
Дифференциал первого порядка:
Отклик[1] = аргумент[1+1] - аргумент[И]
-> разность последующих пикселей не вычисляется, таким образом,
выходное изображение не является направленным. Дифференциал
первого порядка представляет собой «скорость» (Speed),
Дифференциал второго порядка:
Отклик[1] = аргумент[М] + аргумент[!+1] - 2 х аргумент[!]
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 149
--- стр. 349 ---
-> Дифференциал второго порядка также известен как «лапласовский» и
представляет собой «ускорение» (Acceleration). Дифференциал второго
порядка усиливает мелкоразмерные детали на изображении (в том числе
шум). Сглаживающее ядро помогает уменьшить этот шум.
5 Обработка изображений [ 5.9 Функции обработки изображений____________________________________
Аргумент:
Отклик первого
порядка:
Отклик второго
порядка:
Параметр
Параметр
Derivative
(Производная)
Smoothing
(Сглаживание)
Normalization
(Нормализация)
ti t3 t4
t2 =
t3-tl
t3 =
t4-t2
t2-
Ь * Ь - 2 Ь
t3 =
Описание
Здесь можно указать, следует ли вычислять
дифференциал первого (скорость) или второго
порядка (ускорение).
Обозначает итеративный биномиальный
сглаживающий фильтр. Этот фильтр уменьшает
шум на дифференциальных изображениях,
сохраняя максимумы и минимумы. Диапазон
значений: 0-50
Определяет метод обработки отрицательных
значений, полученных в ходе вычисления.
■ Clip (Отсечение): отрицательные значения
заменяются нулем (0).
■ Absolute (Абсолютный): отрицательные
значения преобразуются в положительные.
5.9.8.4 Объединение изображений временной серии
Функция Time Concatenation (Объединение изображений временной серии)
объединяет два изображения для формирования нового изображения
временной серии. Выберите необходимые изображения в инструменте
Input (Входное изображение) и нажмите кнопку Apply (Применить).
•
1 Примечание
Данная функция вставит изображения с изменяющимися измерениями в
разные блоки. На результирующем графическом документе появится
ползунок Block (Блок) в блоке окна Dimensions (Измерения).
5.9.8.5 Кимограф
Метод Kymograph (Кимограф) создает кимограф. Входное изображение
должно быть изображением временной серии, содержащим
незаблокированный графический элемент (например, линию, стрелку,
кривую или многоугольник).
150 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 350 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр Описание
Graphic tool
(Графический
инструмент)
Здесь отображаются все графические инструменты,
которые могут быть использованы. Выберите из списка
желаемый инструмент. Обратите внимание, что
инструмент также необходимо выбрать на
изображении.
Width (Ширина) Здесь регулируется ширина графических
инструментов (в пикселях). Этот инструмент
определяет пиксели, которые будут использованы для
вычисления среднего значения серого по ширине.
S.9.8.6 Сшивка изображений временной серии
С помощью функции Time Stitching (Сшивка изображений временной
серии) сшиваются разнородные CZI-изображения для создания нового
отдельного однородного изображения временной серии, содержащего все
измерения и временные точки, расположенные в правильном порядке. Эта
функция отличается от функции Time Concatenate (Объединение
изображений временной серии), которая просто присоединяет одно
изображение покадровой съемки к концу другого без учета
соответствующего хронологического порядка или содержимого канала.
Недостающие изображения могут быть компенсированы либо копиями
предыдущего допустимого изображения в серии, либо черными
изображениями.
При объединении временной серии с серией срезов по оси Z и временной
серии без серии срезов по оси Z перед сшивкой изображений можно
выбрать либо использование только центральной плоскости серии срезов
по оси Z, либо создание проекции серии срезов по оси Z с увеличенной
резкостью.
Параметр
Параметр
Fill Missing with
(Заполнить
отсутствующее)
- Previous
(Предыдущее)
- Black (Черное)
Описание
Заполняет недостающий индекс измерения
копией последнего используемого изображения
из этого индекса.
Заполняет индекс недостающего измерения
черным изображением.
Z-Stack (Серия срезов
по оси Z)
- Collapse (EDF)
(Свернуть (EOF))
C o l l a p s e ( C e n t e r
Plane) (Свернуть
(Центральная
плоскость))
Expand
(Развернуть)
Уменьшает серию срезов по оси Z с
увеличенной глубиной резкости до отдельного
плоского изображения, которое затем
присоединяется к выходному.
Используется только центральная плоскость из
серии срезов по оси Z для выходного
изображения.
Функция в неизменном виде копирует серию
срезов по оси Z в выходное изображение,
заполняет недостающие индексы в соответствии
с параметром выпадающего списка Fill Missing
with (Заполнить отсутствующее).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 151
--- стр. 351 ---
5.9.9 Арифметические преобразования
5.9.9.1 Сложение
Функция Add (Сложение) попиксельно складывает два изображения
(Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение. Обратите
внимание, что полученное значение серого может превышать
максимальное значение серого на изображении.
Параметр
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений_____________________________
Параметр Описание
Normalization
(Нормализация)
Доступность опций, представленных в списке,
зависит от выбранной функции обработки
изображения.
- Automatic
(Автоматически)
Автоматическая нормализация значений серого
до доступного диапазона насыщенности серого.
- Clip (Отсечение) Уровням серого, не входящим в указанный
диапазон насыщенности серого, автоматически
присваивается наименьшее/наибольшее значение^^
серого (черный или белый). Этот эффект
соответствует недоэкспонированию или
переэкспонированию. Это означает, что в
некоторых случаях происходит потеря
информации.
- Shift (Смещение) Нормализует выходное изображение до величины
равной «значение серого + максимальное
значение серого/2».
- Wrap (Перенос) Если полученное значение больше
максимального значения серого на изображении,
то из него вычитается «максимальное значение
серого +1».
S.9.9.2 Прибавление константы
Функция Add Constant (Прибавление константы) прибавляет коэффициент
слагаемого (Addend) к каждому пикселю входного изображения и
генерирует выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения,
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное
значение серого, округляются до максимально возможного значения
серого.
Параметр
Параметр
Addend (Слагаемое)
Описание
Здесь определяется слагаемое.
152 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 352 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.9.3
S.9.9.4
Вычитание
Функция Subtract (Вычитание) попиксельно вычитает два изображения
(Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение. Обратите
внимание, что полученное значение серого может быть меньше нуля (0).
Параметр
Параметр Описание
Normalization
(Нормализация)
Доступность опций, представленных в списке,
зависит от выбранной функции обработки
изображения.
- Automatic
(Автоматически)
Автоматическая нормализация значений серого
до доступного диапазона насыщенности серого,
- Clip (Отсечение) Уровням серого, не входящим в указанный
диапазон насыщенности серого, автоматически
присваивается наименьшее/наибольшее значение
серого (черный или белый). Этот эффект
соответствует недоэкспонированию или
переэкспонированию. Это означает, что в
некоторых случаях происходит потеря
информации.
- Shift (Смещение) Нормализует выходное изображение до величины
равной «значение серого + максимальное
значение серого/2».
- Wrap (Перенос) Если полученное значение больше
максимального значения серого на изображении,
то из него вычитается «максимальное значение
серого +1».
Умножение
Функция Multiply (Умножение) попиксельно умножает два изображения
(Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение.
Параметр
Параметр Описание
Factor
(Коэффициент)
Здесь устанавливается коэффициент
масштабирования, на который делится результат
умножения. С помощью этого коэффициента
можно удерживать значения серого на выходном
изображении в пределах диапазона от О до
максимального значения серого. Значения,
превышающие максимальное значение серого, в
любом случае ограничиваются максимальным
значением серого. Отрицательные значения
заменяются нулем (0).
Диапазон значений: -20,000 ... +20,000
5.9.9.5 Умножение константы
Функция Multiply Constant (Умножение константы) умножает каждый
пиксель входного изображения на регулируемый коэффициент и
генерирует выходное изображение.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 153
--- стр. 353 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения,
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное
значение серого, округляются до максимально возможного значения
серого.
Параметр
Параметр
Factor
(Коэффициент)
Описание
Здесь устанавливается умножаемый
коэффициент.
5.9.Э.6 Деление
Функция Divide (Деление) попиксельно делит изображение Inputi на
Input2 и генерирует выходное изображение.
Параметр
Параметр
Factor
(Коэффициент)
Описание
Здесь устанавливается коэффициент
масштабирования, на который умножается
результат деления. С помощью этого
коэффициента можно удерживать значения
серого на выходном изображении в пределах
диапазона от 0 до максимального значения
серого. Значения, превышающие максимальное
значение серого, в любом случае ограничиваются
максимальным значением серого. Отрицательные
значения заменяются нулем (0).
Диапазон значений; -20,000 ... +20,000
5.9.9.7 Квадрат
Функция Square (Возведение в квадрат) попиксельно возводит в квадрат
входное изображение и генерирует выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения,
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное
значение серого, округляются до максимально возможного значения
серого.
5.9.9.8 Квадратный корень
Функция Square Root (Квадратный корень) попиксельно рассчитывает
квадратный корень входного изображения и генерирует выходное
изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения,
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное
значение серого, округляются до максимально возможного значения
серого.
154 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 354 ---
S.9.9.9 Логарифмическая функция
Логарифмическая функция (Logarithm) попиксельно рассчитывает
логарифмическую функцию входного изображения и генерирует
выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения,
то выходные изображения будут аналогичного типа, т, е. выходное
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное
значение серого, округляются до максимально возможного значения
серого.
5.9.9.10 Экспоненциальная функция
Экспоненциальная функция (Exponential) попиксельно рассчитывает
экспоненциальную функцию входного изображения и генерирует
выходное изображение.
Для эффективной работы с этой функцией значения пикселей входного
изображения должны быть представлены в виде чисел с плавающей
точкой. Если используются 8-, 16-, 24-, и 48-битные входные изображения,
то выходные изображения будут аналогичного типа, т. е. выходное
значение будет ограничено целочисленным значением. Отрицательные
значения округляются до нуля (0); значения, превышающие максимальное
значение серого, округляются до максимально возможного значения
серого.
5.9.9.11 Инвертирование
Функция Invert (Инвертирование) аддитивно инвертирует значения серого
тона входного изображения на выходном изображении. Светлые пиксели
становятся темнее и наоборот. Для определения выходного диапазона
используется параметр Operand (Операнд). В этом случае выполняемое
математическое действие имеет вид: значение серого выходного
изображения = константа - значение серого входного изображения.
Отрицательным значениям присваивается нулевое (0), а результатам,
превышающим максимум, присваивается максимально возможное
значение серого.
5.9.9.12 Обратная величина
Функция Reciprocal (Обратная величина) рассчитывает обратные
величины значения серого тона входного изображения на выходном
изображении. Светлые пиксели становятся темнее и наоборот. Для
определения выходного диапазона используется параметр Factor
(Коэффициент). В этом случае выполняемое математическое действие
будет иметь вид: значение серого выходного изображения =
коэффициент / значение серого входного изображения. Отрицательным
значениям присваивается нулевое (0), а результатам, превышающим
максимум, присваивается максимально возможное значение серого.
5.9.9.13 Average (Средний)
Функция Average (Среднее) попиксельно рассчитывает среднее двух
изображений (Inputi и Input2) и генерирует выходное изображение.
5.9.9.14 Объединение
Функция Combine (Объединение) рассчитывает линейную комбинацию
двух изображений на основе пикселей.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений____________________________________
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 155
--- стр. 355 ---
5 Обработка изображений [ 5.9 Функции обработки изображений
Оба входных изображения сначала умножаются на установленный
коэффициент, затем складываются. После этого можно настроить яркость
выходного изображения. Комбинацию двух изображений можно
использовать, например, для уменьшения шума. Это достигается путем
получения нескольких изображений объекта и последующего их
объединения.
Параметры
Параметр
Factor 1
Factor 2
Offset (Смещение)
Описание
Коэффициент взвешивания для входного
изображения 1.
Диапазон значений; -1,00 ... +1,00
Коэффициент взвешивания для входного
изображения 2.
Диапазон значений: -1,00 ... +1,00
Смещение между входными изображениями 1 и 2.
5.9.9.15 Minimum (Минимальный)
Функция Minimum (Минимум) попиксельно вычисляет максимальное
значение двух изображений (Inputi и Input2).
5.9.9.16 Maximum (Максимальный)
Функция Maximum (Максимум) попиксельно вычисляет минимальные
значения двух изображений (Inputi и Input2).
5.9.10 Сегментация
5.9.10.1 Threshold (Пороговая величина)
Функция Threshold (Пороговая величина) выполняет сегментацию на
основе определения диапазона яркости (разделенного на цветовые
каналы (красный, зеленый, синий)) для областей сегментирования. Все
пиксели, чья насыщенность цветового тона находится в определенном
цветовом диапазоне, отмечаются на результирующем изображении как
региональные пиксели. Все пиксели, чья насыщенность цветового тона
находится за определенным цветовым диапазоном, отмечаются как
фоновые пиксели (черный).
На результирующем изображении региональным пикселям можно задать
постоянное значение насыщенности цветового тона (белый) или оставлять
их в неизменном виде. Если задать региональным пикселям постоянное
значение (белый), в результате будет получено бинарное изображение,
которое затем можно использовать как изображение маски для
последующего автоматического измерения.
156 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 356 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Level Low (Нижний
уровень)
Описание
Определяет нижний порог яркости для
сегментируемых регионов. Все пиксели, чьи
значения серого находятся ниже этой пороговой
величины, отмечаются как фоновые пиксели
(черный).
Level High (Верхний
уровень)
Определяет верхний порог яркости для
сегментируемых регионов. Все пиксели, чьи
значения серого находятся выше этой пороговой
величины, отмечаются как фоновые пиксели
(черный).
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр Описание
Create binary
(Создать бинарное
изображение)
Флажок установлен: результирующее
изображение бинарно. Пикселям в пределах
вычисленного диапазона уровня серого
присваивается максимальное значение серого
(белый), а пикселям за пределами вычисленного
диапазона уровня серого присваивается 0.
Флажок убран: результирующее изображение по
типу аналогично входному. Пикселям в пределах
вычисленного диапазона уровня серого
присваивается исходное значение серого.
Пикселям за пределами вычисленного диапазона
уровня серого присваивается значение 0.
Invert result
(Инвертировать
результат)
Флажок установлен: инвертирует результат
применения функции. Сегментированным
областям будет присвоено значение 0, а всем
остальным пикселям — значение серого/белого
или значение серого/цвета входного изображения.
5.9.10.2 Порог (автоматический)
Метод Threshold (auto) (Порог (автоматический)) выполняет
автоматическую сегментацию значений серого. Функция рассчитывает два
минимума в отдельных каналах на гистограмме насыщенности серого на
входном изображении (Input) и использует их для сегментации.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр
Метод
- O t s u ( М е т о д О ц у )
- Maximum
(Максимальный)
- Peak (Максимум)
- Iso Data
(ИСОМАД)
Описание
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 157
--- стр. 357 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
- Triangle Threshold
(Порог
треугольника)
- Three Sigma
Threshold (Порог
трех сигм)
Process tiles
separately
(Раздельная
обработка мозаик)
Параметры
Параметр
Create binary
(Создать бинарное
изображение)
Описание
Invert result
(Инвертировать
результат)
Описание
Флажок установлен: результирующее
изображение бинарно. Пикселям в пределах
вычисленного диапазона уровня серого
присваивается максимальное значение серого
(белый), а пикселям за пределами вычисленного
диапазона уровня серого присваивается 0.
Флажок убран: результирующее изображение по
типу аналогично входному. Пикселям в пределах
вычисленного диапазона уровня серого
присваивается исходное значение серого.
Пикселям за пределами вычисленного диапазона
уровня серого присваивается значение 0.
Флажок установлен: инвертирует результат
применения функции. Сегментированным
областям будет присвоено значение О, а всем
остальным пикселям — значение серого/белого
или значение серого/цвета входного изображения.
5.9.10.3 Порог (динамический)
Метод Threshold (dynamic) (Порог (динамический)) выполняет адаптивную
сегментацию значений серого. Эта процедура особенно хорощо подходит
для сегментации малоразмерных структур на меняющемся фоне.
Функция изначально использует фильтр нижних частот и затем вычитает
изображение, прошедшее низкочастотную фильтрацию, из входного
изображения. Результат применения этой функции в основном зависит от
размера матрицы фильтра; выберите меньшее значение параметра Size
(Размер) для сегментации малоразмерных областей или областей с
низким контрастом значений серого из фона. Выберите большее значение
п а р а м е т р а S iz e ( Р а з м е р ) д л я с е г м е н т а ц и и б о л ь ш и х о б л а с т е й и з ф о н а .
Параметры
Параметр Описание
Kernel Size Размер матрицы низкочастотного фильтра в
(Размер ядра) направлениях X и Y симметрично вокруг
рассматриваемого пикселя. Определяет степень
сглаживающего эффекта. Поскольку затронутый
пиксель находится в центре, то длина кромки
матрицы фильтра всегда будет
158 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 358 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
нечетной. Если с помощью клавиатуры ввести
четное число, это число изменится на следующее
большее нечетное число.
Threshold (Пороговая
величина)
Этой величиной определяется разность значений
серого между определяемыми областями и
фоном. Сегментируемым пикселям присваивается
максимальное значение серого (белый), а
остальным — 0.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show АН
(Показать все).
Параметр
Create binary
(Создать бинарное
изображение)
Invert result
(Инвертировать
результат)
Описание
Флажок установлен; результирующее
изображение бинарно. Пикселям в пределах
вычисленного диапазона уровня серого
присваивается максимальное значение серого
(белый), а пикселям за пределами вычисленного
диапазона уровня серого присваивается 0.
Флажок убран: результирующее изображение по
типу аналогично входному. Пикселям в пределах
вычисленного диапазона уровня серого
присваивается исходное значение серого.
Пикселям за пределами вычисленного диапазона
уровня серого присваивается значение 0.
Флажок установлен; инвертирует результат
применения функции. Сегментированным
областям будет присвоено значение 0, а всем
остальным пикселям — значение серого/белого
или значение серого/цвета входного изображения.
5.9.10.4 Долины
Метод Valleys (Долины) обнаруживает темные линии на светлом фоне
(долины значений серого) и контуры светлых областей.
Параметр
Параметр
Sigma (Сигма)
Threshold (Пороговая
величина)
Описание
Степень сглаживания входного изображения
перед обнаружением долин. Коэффициент
сглаживания может влиять на чувствительность
распознавания. При задании малого значения
обнаруживается большое число долин. При
задании большого значения обнаруживается
меньшее число долин.
Кривая на максимуме/минимуме дна долины. В
зависимости от настроек обнаруживаются либо
только сильно выраженные долины, либо еще и
слабо выраженные.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 159
--- стр. 359 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.10.5 Кэнни
Функция Кэнни (Саппу) обнаруживает границы изображения. Эта функция
обнаруживает сравнительно толстые контуры по краям светлых областей.
Параметр
Параметр
Sigma (Сигма)
Threshold (Пороговая
величина)
Описание
Степень сглаживания входного изображения
перед обнаружением границ. В качестве
сглаживающей функции используется фильтр
Гаусса. Коэффициент сглаживания может влиять
на чувствительность распознавания. При задании
малого значения обнаруживается большое число
границ. При задании большого значения
обнаруживается малое число границ. Если
заданное значение равно 0, сглаживание не
производится.
Обнаруживаемая крутизна краев. Малые значения
означают «плоские» края с широким участком
перехода между областями. В этом случае |
обнаруживается большое число краев. При
использовании больших значений
обнаруживается малое количество краев,
поскольку только крутые переходные области
интерпретируются как края.
5.9.10.6 Марр
С помощью этого метода обнаруживаются границы или области на
изображении. В отличие от методов "Valleys" ("Долины") и "Саппу"
("Кэнни"), здесь фильтр Лапласа рассчитывается с последующим
сглаживанием с помощью фильтра Гаусса, и обнаруживаются границы
(Display Mode (Режим обнаружения) 1 Edges (Границы)) или области
(Display Mode (Режим отображения) | Regions (Области)).
Параметр
Параметр
Sigma (Сигма)
Описание
Степень сглаживания входного изображения
перед обнаружением границ или областей. В
качестве сглаживающей функции используется
фильтр Гаусса. Коэффициент сглаживания может
влиять на чувствительность распознавания. При
задании малого значения обнаруживается
большое число границ. При задании большого
значения обнаруживается малое число границ.
Если заданное значение равно 0, сглаживание не
производится.
Display Mode (Режим
отображения)
- Границы Обнаруживает границы областей.
- Regions (Области) Обнаруживает области, а не только их границы.
160 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 360 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.11
5.9.11.1
5.9.11.2
5.9.11.3
5.9.11.4
Binary (Бинарный)
Заполнение отверстий
С помощью метода Fill Holes (Заполнение отверстий) заполняются
отверстия областей. Отверстия — это структуры со значением градации
серого, равным нулю (0), которые полностью окружены пикселями со
значением серого, равным нулю (0). Подразумевается, что области вне
изображения — черного цвета. Черные зоны, которые касаются края
изображения, сохраняются, даже если они обрамлены контуром.
Брак
Метод Scrap (Брак) удаляет области внутри определенного участка.
Параметр
Параметр Описание
Minimum Area
(Минимальная
площадь)
Здесь устанавливается минимальная площадь в
пикселях.
Maximum Area
(Максимальная
площадь)
Здесь устанавливается максимальная площадь в
пикселях.
Select in Range
(Выбор в диапазоне)
Маркирование областей
Функции Mark Regions (Маркирование областей) отмечает бинарные
области входного изображения. Для каждой области входного
изображения проводится проверка, определяющая, был ли установлен
пиксель в маркерном изображении.
Параметр
Параметр Описание
Select Marked (Выбор
маркированной
Флажок установлен: копирует маркированную
область в выходное изображение.
области) Флажок убран: копирует немаркированную
область в выходное изображение.
«И»
Метод And (И) выполняет вычисление побитового «И» для входных
изображений (inputi и Input2). Эта функция подходит для маскирования
изображений. Все пиксели белого цвета на входном изображении 1 И
входном изображении 2 становятся белыми на результирующем
изображении. Пиксели белого цвета только на одном из двух входных
изображений становятся черными.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 161
--- стр. 361 ---
5.9.11.5 «ИЛИ»
Метод Or (ИЛИ) выполняет вычисление побитового «ИЛИ» для входных
изображений (Inputl и Input2). Эта функция используется для
объединения бинарных масок или областей. Все пиксели белого цвета на
входном изображении 1 ИЛИ входном изображении 2 становятся белыми
на результирующем изображении. Это означает, что все пиксели белого
цвета на двух входных изображениях становятся белыми на
результирующем изображении.
5.9.11.6 Исключающее «ИЛИ»
Метод Хог (Исключающее «ИЛИ») выполняет вычисление побитового
исключающего «ИЛИ» для входных изображений (Inputl и Input2). Эта
функция используется для объединения бинарных масок или областей.
Все пиксели белого цвета на входном изображении 1 или входном
изображении 2 становятся белыми на результирующем изображении.
Пиксели белого цвета на обоих входных изображениях становятся
черными.
5.9.11.7 «НЕ»
Функция Not («НЕ») выполняет бинарную операцию «НЕ» на всех битах
двоичного представления значения серого входного пикселя. 0-бит
входного пикселя становится 1-бит соответствующего выходного пикселя,
а 1-бит входного пикселя становится 0-бит выходного пикселя. На
интегральных изображениях полученное выходное значение серого
представляет собой разность максимально возможного значения серого
минус входное значение серого, а на плавающих изображениях
результаты являются неоднозначными из-за неоднородного плавающего
формата.
5.9.11.8 Максимальная эрозия
Функция Ultimate Erode (Максимальная эрозия) аналогична «нормальной
эрозии». Структуры на входном изображении уменьшаются. Тонкие связи
между областями исчезают. Отличие этой функции от нормальной эрозии
заключается в том, что структуры уменьшаются до их полного
исчезновения на последующем этапе эрозии. С помощью эрозии
рассматриваемому пикселю на результирующем изображении
присваивается нулевое значение серого (черный). Для областей
(пикселей) по краям изображения подразумевается, что пиксели вне
изображения — белого цвета.
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений____________________________________
Параметр
Параметр
Structure Element
(Структурный
элемент)
Count (Счетчик)
Converge (Затухание)
Описание
Здесь выбирается предпочтительное
направление морфологического изменения
(т. е. Cross (перекрещивающееся). Diagonal
(диагональное)).
Здесь устанавливается число повторений. Это
означает, что функция применяется
установленное число раз после получения
результата фильтрации. Это соответствующим
образом усиливает эффект.
Будучи активированной, функция автоматически
повторяется до тех пор, пока все области не будут
удалены на последующем этапе эрозии.
162 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 362 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.11.9
5.9.11.10
5.9.11.11
5.9.11.12
Дистанционное преобразование
С помощью метода Distance (Дистанционное преобразование) из
бинарного изображения создается дистанционно-преобразованное
изображение (дистанционная карта, дистанционное изображение).
Евклидово расстояние до следующего фонового пикселя (значение
серого 0) рассчитывается для каждого пикселя внутри белых областей
бинарного изображения (входного изображения) и кодируется как
значение серого. Светлые пиксели (верхние значения серого) означают
большое расстояние до фона.
Утончение
Метод Thinning (Утончение) утончает объекты до линии толщиной в один
пиксель.
Параметр
Параметр Описание
Thinning Element
(Элементы
утончения)
Здесь выбирается необходимый метод утончения.
- Arcelli (Арчелли) Выполняет утончение по методу Арчелли,
- Levialdi
(Левиальди)
Выполняет утончение по методу Левиальди.
Count (Счетчик) Задает число повторений.
Это означает, что функция применяется
установленное число раз после получения
результата фильтрации. Это соответствующим
образом усиливает эффект. Если число
повторений равно «0», то функция автоматически
повторяется до тех пор, пока все области не будут
максимально утончены. Диапазон значений:
0...256.
Prune (Отсечение) Отсекает концы утонченных линий.
Converge (Затухание) Прекращает утончение, если дальнейшие
изменения не возможны.
AxioVision
Compatibility
(Совместимость с
AxioVision)
Выполняет функцию, как и в AxioVision для
достижения идентичных результатов.
Экзоскелет
С помощью метода Exoskeleton (Экзоскелет) генерируется изображение с
экзоскелетом зоны влияния областей. Анализируется фон входного
изображения и определяется скелет зон влияния объектов. Затем это
и з о б р а ж е н и е с о х р а н я е т с я к а к б и н а р н о е в о в к л а д к е Output image
(Выходное изображение).
Разделение
С помощью функции Separation (Разделение) можно попытаться
автоматически разделить соприкасающиеся объекты, которые не удалось
разделить сегментацией.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 163
--- стр. 363 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
Параметр
Separation Mode
(Режим разделения)
- Arcelli (Арчелли)
- Leviaidi
(Левиальди)
Count (Счетчик)
Описание
Здесь выбирается необходимый метод утончения.
Выполняет утончение по методу Арчелли.
Выполняет утончение по методу Левиальди.
5.9.11.13 Маркировка изображения
С помощью функции Label Image (Маркировка изображения) каждому
объекту бинарного изображения присваивается значение серого.
Параметры
Параметр Описание
Label Background
(Маркировка фона)
Флажок установлен: присваивает значения
серого фоновым объектам с возможностью
подключения 4.
Флажок убран: присваивает значения серого
фоновым объектам с возможностью
подключения 8.
5.9.12 Служебные программы
5.9.12.1 Конвертация необработанных данных в АроТоте
Метод АроТоте RAW convert (Конвертация необработанных данных в
АроТоте) принимает только необработанные данные АроТоте.
Здесь можно ввести настройки, аналогичные настройкам во вкладке
АроТоте (опция просмотра изображений АроТоте).
Параметр
Описание параметров приводится во вкладке АроТоте. К RAW-данным
АроТоте вы можете применить следующие методы коррекции:
No correction (Без коррекции).
Local bleaching (Локальное обесцвечивание).
Global bleaching (Общее обесцвечивание).
Phase errors (Фазовые погрешности).
Phase errors and global bleaching (Фазовые погрешности и общее
о б е с ц в е ч и в а н и е ) .
Phase errors and local bleaching (Фазовые погрешности и локальное
обесцвечивание).
Функция также доступна для пакетной обработки. Это позволяет легко
конвертировать серию необработанных изображений АроТоте в
восстановленные из свертки изображения.164 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 364 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.2 Деконволюция в АроТоте
Метод АроТоте RAW convert (Конвертация необработанных данных в
АроТоте) принимает только необработанные данные АроТоте.
Метод извлечен из модуля деконволюции и доступен в каждой
лицензионной версии ZEN 2.3 (blue). Он содержит настройки и параметры,
которые подходят только для деконволюции в АроТоте.
Параметр
Описание параметров приводится под параметрами Deconvolution
(adjustable) (Деконволюция регулируемая). Этот метод также применяется
с пакетной обработкой.
5.9.12.3 Копирование аннотаций
С помощью метода Сору Annotations (Копирование аннотаций) аннотации
одного изображения копируются в другое.
5.9.12.4 Копирование изображений
С помощью метода Сору Image (Копирование изображений) создается
копия изображения.
5.9.12.5 Изменение типа пикселя
Метод Change Pixel Type (Изменение типа пикселя) позволяет изменять
тип пикселя изображения. Этот метод может пригодиться, если
необходимо сравнить или объединить изображения с разными типами
пикселей.
Параметры
Параметр Описание
Pixel Format (Формат
пикселей)
Выберите в выпадающем списке необходимый
формат пикселей.
- 8 Bit ВАЛ/ (8-
битный ч/б)
16 Bit B/W (16-
битный ч/б)
32 Bit B/W Float
(32-битный ч/б,
плавающий)
2x32 Bit Complex
(2х32-битный,
комплексный)
- -24 Bit RGB (24-
битный, RGB)
Pixel Format (Формат
пикселей)
Выходное изображение монохромно;
целочисленные значения серого тона
изображения расположены в диапазоне от О до
255.
Выходное изображение монохромно;
целочисленные значения серого тона
изображения расположены в диапазоне от О до
65535.
Выходное изображение монохромно, в качестве
значений пикселей используются вещественные
числа.
Выходное изображение монохромно в качестве
значений пикселей используются комплексные
числа (вещественная часть и мнимая часть).
Подобные изображения обычно создаются
посредством преобразования в Фурье-
п р о с т р а н с т в е .
Цветное выходное изображение; целочисленные
значения цвета изображения в красном, зеленом
и синем каналах располагаются в диапазоне от О
до 255.
Выберите в выпадающем списке необходимый
формат пикселей.
Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 165
--- стр. 365 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр
48 Bit RGB (48-
битный, RGB)
2x32 Bit RGB Float
(2х32-битный,
RGB, плавающий)
3x64 Bit RGB
Complex (3x64-
битный, RGB,
комплексный)
Описание
Цветное выходное изображение; целочисленные
значения цвета изображения в красном, зеленом
и синем каналах располагаются в диапазоне от О
до 65535.
Цветное выходное изображение, в качестве
значений цвета в красном, зеленом и синем
каналах используются вещественные числа.
Цветное выходное изображение, в качестве
значений цвета в красном, зеленом и синем
каналах используются комплексные числа
(вещественная часть и мнимая часть). Подобные
изображения обычно создаются посредством
преобразования в Фурье-пространстве.
5.9.12.6 Наложение шума
С помощью функции Impose Noise (Наложение шума) в целях
тестирования на изображения накладывается определенный уровень
шума.
Параметр
Signal to Noise Ratio
(Соотношение
«сигнал-шум»)
Distribution
(Распределение)
- Poisson (Пуассон)
- Gauss (Гаусс)
Описание
Регулирует соотношение сигнал-шум.
Диапазон; 0,10-100,00.
Накладывает шум, распределенный по закону
Пуассона.
Накладывает шум, распределенный по закону
Гаусса.
5.9.12.7 Создание поднабора изображений
Метод Create Image Subset (Создание поднабора изображений) позволяет
извлекать части из одного изображения и использовать их для создания
нового изображения. Можно произвольно выбирать части отдельных
измерений изображения.
*
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается только в том случае, если
входное изображение имеет соответствующее измерение.
Параметр
Параметр
Channels (Каналы]
Z-Position, Time,
Block(Позиция по
оси Z, Время, Блок)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы
входного изображения. По умолчанию выбраны
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного
изображения, используемые для получения
результирующего изображения.
166 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 366 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Extract АП Этот параметр позволяет извлечь все части
(Извлечь все) соответствующего изображения.
Extract Single
(Извлечь
отдельное
изображение)
Этот параметр позволяет извлечь отдельное
изображение.
Extract Range
(Извлечь
диапазон)
Extract Multiple
(Извлечь
множество)
Этот параметр позволяет извлечь определенный
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов,
которые необходимо выбрать. Для этого введите
первый срез, за которым следует знак «минус», и
затем последний срез. Если вы желаете
определить интервал, то после последнего среза
поставьте двоеточие и затем укажите интервал.
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после
первого среза поставьте запятую. Также можно
выбирать отдельные срезы, разделяя их
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает,
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а
также срезы 20 и 23.
Get current
position (Получить
текущую позицию)
Interval
(Интервал)
Region (Область)
Full (Целое
изображение)
Rectangle region
(ROI)
(Прямоугольная
область)
- Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
Заимствует позицию с текущего дисплея в
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов.
Отображается счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при
значении «2» учитывается только каждое второе
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать
целое изображение или только область (область
интереса) входного изображения.
При выборе этой опции для создания нового
изображения используется целое изображение.
Выбрав эту опцию, можно нарисовать
прямоугольную область интереса, используемую
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно
просматривать и изменять ее координаты,
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
Оказывает влияние, только если выделена
область интереса (R01).
Флажок установлен: извлекает выделенную
область вместе с цельными мозаиками. Эту
настройку рекомендуется выбирать, если
необходимо применить вычислительные функции
деконволюции на результирующем изображении.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 167
--- стр. 367 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.8 Слияние поднабора изображений
Метод Fuse Image Subset (Слияние поднабора изображений) позволяет
вставлять поднабор изображений обратно в исходное изображение. Его
содержимое заменяется содержимым поднабора изображений. С
помощью этого метода можно обрабатывать ранее созданный поднабор
изображений, используя функции обработки изображения, и копировать
полученное изображение обратно в исходное.
Параметры
Параметр Описание
In Place (Локально)
Subset (Поднабор) Содержит описание метода создания входного
изображения в качестве поднабора.
Показывает, какие срезы были выбраны при
создании поднабора изображений для каждого
измерения (каналы, серия срезов по оси Z,
временная серия), а также для определенного
среза изображения.
Пример:
Запись «Z (1-8:2) | Т (2-7)» означает, что части
изображения состоят из срезов 1, 3, 5, 7 с
интервалами от 2 до 7 входного изображения.
5.9.12.9 Генератор изображений
С помощью функции Image Generator (Генератор изображений) создается
синтезированное изображение, в котором могут быть определены
измерения.
Параметр Описание
Width (Ширина) Ширина изображения (по оси X).
Height (Высота) Высота изображения (по оси Y).
Z Slices (Срезы по
оси Z)
Число срезов изображения по оси Z. Если
значение больше «1», то изображение станет
серией срезов по оси Z.
Channels (Каналы) Число каналов изображения. Если значение
больше «1», то изображение станет
многоканальным.
Time Slices
(Временные срезы)
Число временных срезов. Если величина больше
«1», то изображение станет изображением
временного ряда.
Мин. Gray Value Минимальное значение серого для генерации
изображения.
Max Gray Value (Макс,
значение серого)
Максимальное значение серого для генерации
изображения.
Pixel Type (Тип
пикселя)
Указывает тип пикселя изображения.
Pattern (Шаблон)
- Uniform
(Одинаковое
значение)
Все пиксели изображения имеют идентичное
минимальное значение серого.
168 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 368 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- 2D Gray Scale Vertical
{Градация серого
двухмерного
изображения сверху
вниз)
Градация серого на изображении: от
минимального значения до максимального
сверху вниз.
- 2D Gray Scale
Horizontal {Градация
серого двухмерного
изображения по
горизонтали)
Градация серого на изображении: от
минимального значения до максимального
слева налраво.
- Ramp {Линейное
изменение)
Значения серого на изображении линейно
изменяются от минимального до
максимального от каждого угла к центру
изображения.
- Gaussian {Гауссовый
фильтр)
Градация серого на изображении имеет форму
нормального распределения значений от
минимального до максимального от границ к
центру изображения.
- Checkerboard
{Шахматный узор)
Изображение содержит шахматный узор, в
котором «темные» поля имеют минимальное
значение серого, а «светлые» поля имеют
максимальное значение серого.
- Cosine Checkerboard
{Косинусный
шахматный узор)
Изображение содержит шахматный узор с
наложенной косинусоидальной модуляцией, в
котором «темные» поля имеют минимальное
значение серого, а «светлые» поля имеют
максимальное значение серого.
- Chirp Cosine
{Косинусоида с ЛЧМ)
Изображение содержит шахматный узор с
наложенной внутриимпульсной ЛЧМ, в котором
«темные» поля имеют минимальное значение
серого, а «светлые» поля имеют максимальное
значение серого.
- Chirp Checker
{Шахматный узор с
ЛЧМ)
Изображение содержит шахматный узор с
наложенной внутриимпульсной ЛЧМ, в котором
«темные» поля имеют минимальное значение
серого, а «светлые» поля имеют максимальное
значение серого.
- Random Spheres
{Беспорядочно
распределенные
сферы)
Создается ЗD-изoбpaжeниe (серия срезов по
оси Z), содержа1цее Number of Spheres число
сфер диаметром Sphere Diameter,
беспорядочно распределенных по изображению.
- Sphere Array
{Упорядоченное
распределение
сфер)
Создается ЗО-изображение {серия срезов по
оси Z), содержащее Number of Spheres число
сфер диаметром Sphere Diameter, равномерно
распределенных по изображению.
- Single Sphere
{Отдельная сфера)
Создается трехмерное изображение (серия
срезов по оси Z), содержащее единственную
сферу диаметром Sphere Diameter в центре
изображения.
Sphere Diameter
(Диаметр сферы)
Диаметр создаваемых сфер.
Number of Spheres
(Число сфер)
Количество сфер, создаваемых в 3D-
изображении.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 169
--- стр. 369 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.10
5.9.12.11
Создание изображения в градации серого
Метод Create Gray Scale Image (Создание изображения в градации серого)
позволяет создавать изображения в градации серого.
Параметры
Параметр Описание _ _ _
Pattern (Шаблон)
- Uniform (Одинаковое
значение)
- 2D Gray Scale Vertical
(Градация серого
двухмерного
изображения сверху
вниз)
- 2D Gray Scale
Horizontal (Градация
серого двухмерного
изображения по
горизонтали)
Width (Ширина)
Height (Высота)
Мин. Gray Value
Макс. Gray Vaiue
Здесь выбирается желаемый шаблон
изображения в градации серого.
Все пиксели имеют идентичное значение
серого/цвета.
Градация серого осуществляется сверху
вниз, начиная со значения серого,
выбранного в параметре Min. Gray Value
(Мин. значение серого).
Градация серого осуществляется слева
направо, начиная со значения серого,
выбранного в параметре Min. Gray Vaiue
(Мин. значение серого).
С помощью ползунка или поля ввода задайте
необходимую ширину выходного
изображения в пикселях.
С помощью ползунка или поля ввода
установите необходимую высоту выходного
изображения в пикселях.
С помощью ползунка или поля ввода
установите минимальное значение градации
серого.
С помощью ползунка или поля ввода задайте
максимальное значение градации серого.
Pixel Туре (Тип пикселя) Здесь задается необходимый тип пикселя.
8 Bit B/W
(8-битный ч/б)
Выходное изображение монохромно;
целочисленные значения серого тона
изображения расположены в диапазоне от 0
до 255.
16 Bit B/W
(16-битный ч/б)
24 Bit RGB
(24-битный, RGB)
48 Bit RGB
(48-битный, RGB)
Выходное изображение монохромно;
целочисленные значения серого тона
изображения расположены в диапазоне от 0
до 65535.
Цветное выходное изображение;
целочисленные значения цвета изображения
в красном, зеленом и синем каналах
располагаются в диапазоне от 0 до 255.
Цветное выходное изображение;
целочисленные значения цвета изображения
в красном, зеленом и синем каналах
располагаются в диапазоне от 0 до 65535.
Image Calculator (Калькулятор изображения)
Метод Image Calculator (Калькулятор изображения) позволяет применять
арифметические операции к изображениям в форме калькулятора.
Можно обработать отдельное изображение или объединить два
изображения.
170 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 370 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Все операции выполняются попиксельно.
Параметры
Параметр Описание
Channel Input 1
(Канал входного
изображения 1)
Channel Input 2
(Канал входного
изображения 2)
First Images (Первые
изображения)
Formula (Формула)
Здесь указывается, следует ли использовать для
выполнения вычислений отдельный канал или все
каналы первого входного изображения.
Здесь указывается, следует ли использовать для
выполнения вычислений отдельный канал или все
каналы второго входного изображения.
Флажок установлен; при работе со вторым
входным изображением для выполнения
вычислений используются только первые
временные точки изображения покадровой
съемки. Это позволяет, например, нормализовать
изображение покадровой съемки до значений
интенсивности первых временных точек.
С помощью поля вода задайте количество
изображений, необходимое для использования во
время вычисления.
С помощью клавиатуры или цифровой клавишной
панели введите расчетную формулу. В качестве
прототипа для первого входного изображения
используйте «51», а для второго входного
изображения - «52».
Input 1
Input 2
Вставляет прототип для первого входного
изображения в поле ввода Formula (Формула) в
текущей позиции курсора.
Вставляет прототип для второго входного
изображения в поле ввода Formula (Формула) в
текущей позиции курсора.
Absolute Intensities
(Абсолютные
интенсивности)
Normalize Intensities
0..1 (Нормализация
интенсивности 0..1)
Активируйте эту кнопку-переключатель, если
входное изображение 1 и входное изображение 2
имеют одинаковый тип пикселя.
Активируйте эту кнопку-переключатель, если
входное изображение 1 и входное изображение 2
имеют разные типы пикселя. Для объединения
подобных изображений перед выполнением
вычислений значения интенсивности двух
изображений нормализуются до диапазона
значений от О до 1.
Operators...
(Операторы...)
Delete (Удаление)
Undo (Отмена ввода)
Открывает перечень всех доступных операторов.
Здесь можно выбрать необходимый оператор.
Двойное нажатие на строку списка вставляет ее в
поле ввода Formula (Формула) в текущей позиции
курсора.
Удаляет содержимое поля ввода Formula
(Формула).
Отменяет ввод последних данных в поле Formula
(Формула).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 171
--- стр. 371 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.12 Добавление каналов
Метод Add Channels (Добавление каналов) позволяет объединять два
входных изображения с разными каналами, но с одинаковым измерением
(серия срезов по оси Z, временная серия, мозаика, сцена). Создается
изображение, содержащее все каналы входных изображений.
Если два входных изображения отличаются друг от друга в измерениях
(серия срезов по оси Z, временная серия, мозаика, сцена), то входное
изображение 1 и входное изображение 2 копируются во входное
изображение в виде двух отдельных блоков.
5.9.12.13 Создание пирамиды изображений
Метод Generate Image Pyramid (Создание пирамиды изображений)
позволяет вычислять пирамиду разрешений изображения. Пирамида
разрешений позволяет крайне эффективно перемещаться по мозаичным
изображениям очень большого размера и отображать отдельные области
в окне изображения.
Параметры
Параметр
Background (фон)
- Auto
(Автоматическое)
- Black (Черное)
- White (Белый)
Описание
Эта опция влияет на представление фона
пирамиды изображения.
Область вне сцен сохраняет значение серого тона
изображения, т. е. белое для светлопольных
изображений и черное — для флуоресцентных
изображений.
Область вне сцен отображается черным.
Область вне сцен отображается белым.
5.9.12.14 Разделение на RGB
Метод Split into RGB (Разделение на RGB) разделяет входное RGB-
изображение на отдельные цветовые каналы: красный, зеленый и синий.
Результирующие изображения в красном, зеленом и синем каналах
принимают вид серых изображений.
Параметры
Параметр
Output Pixel type (Тип
выходного пикселя)
Описание
Здесь выбирается необходимый формат
выходного изображения, например 8-битный, ч/б.
5.9.12.15 Воссоздание RGB-изображения
Метод Combine RGB (Воссоздание RGB-изображения) создает цветное
изображение из трех входных изображений с отдельными цветовыми
каналами; красным, зеленым и синим.
172 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 372 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Параметр
Output Pixel type <Тип
выходного пикселя)
Описание
Здесь выбирается необходимый формат
выходного изображения, например 24-битный,
RGB.
5.9.12.16 Разделение на HLS
Метод Split into HLS {Разделение на HLS) разделяет входное HLS-
изображение на отдельные цветовые каналы. Результирующие
изображения в каналах «оттенок-яркость-насыщенность» принимают вид
серых изображений.
5.9.12.17 Воссоздание HLS-изображения
Метод Combine HLS {Воссоздание HLS-изображения) создает HLS-
изображение из отдельных каналов: оттенок, яркость, насыщенность.
5.9.12.18 Вычисление гистограммы
Метод Calculate Histogram {Вычисление гистограммы) вычисляет
распределение выбранных параметров таблицы данных измерений по
гистограмме.
Параметры
Параметр
Columns (Столбцы)
Class Boundaries
(Границы классов)
> = .
— >
Automatic
Classification
(Автоматическая
классификация)
Описание
Задайте параметры измерений для
классификации, произвольно введя номера
столбцов, например 1,3,5, или 1-6, или 1,3-7,8.
Чтобы открыть диалоговое окно Select columns
{Выбрать столбцы), нажмите кнопку
Установив соответствующий флажок, в этом
диалоговом окне можно включить или отключить
имена столбцов данных.
Здесь определяются границы классов на
вычисленной гистограмме.
Числовое значение попадает в класс
гистограммы, если оно больше или равно {>=)
нижней границе класса или меньше {<) верхней
границы класса.
Числовое значение попадает в класс
гистограммы, если оно больше {<) нижней
границы класса или меньше или равно {=<)
верхней границе класса.
Флажок установлен: на основе имеющихся
данных границы класса вычисляются
автоматически. Диапазон значений от самого
низкого до самого высокого значения данных
разделяется на столько классов равной ширины,
сколько было установлено в поле ввода Class
Number {Число классов).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 173
--- стр. 373 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Пример:
Минимальное значение; О
Максимальное значение: 10000
Диапазон: 10000 единиц
Число классов: 4
Тогда границы классов следующие:
Class 1:0..2500
Класс 2: 2501 .. 5000
Class 3:5001 ..7500
Класс 4: 7501 .. 10000
Logarithmic
(Логарифмический)
Параметр активен, только если установлен
флажок Automatic Classification (Автоматическая
классификация).
Флажок установлен: границы классов
отображаются на логарифмической шкале.
Пример:
Минимальное значение: 0
Максимальное значение: 10000
Диапазон: 10000 единиц
Число классов: 4
Тогда границы классов следующие:
Класс 1: 0 ... 10
Класс 2: 11 ... 100
Класс 3: 101 ... 1000
Класс 4; 1001 ... 10000
Class Count (Счетчик
классов)
Определяет число создаваемых классов.
Display Mode (Режим
отображения)
Здесь определяется метод вычисления значений
гистограммы.
- Count (Счетчик) Гистограмма показывает количество массивов
данных, входящих в соответствующий класс, и
содержит частоту значений в рассматриваемом
классе.
- Count Cumulative
(Накопленное
число)
Гистограмма накапливает количество значений в
каждом классе. Класс 1 содержит количество
значений для класса 1, Класс 2 содержит сумму
значений класса 1 и класса 2, класс 3 содержит
сумму значений класса 2 и класса 3 и т. д.
- Percentage
(Процентное
отношение)
Гистограмма показывает процент массивов
данных, входящих в соответствующий класс, и,
следовательно, содержит процентную долю
значений в рассматриваемом классе.174 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Рвд. 1.0 на русском языке
--- стр. 374 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Percentage
Cumulative
(Накопленный
процент)
Гистограмма накапливает количество значений (в
процентах) в каждом классе. Класс 1 содержит
проценты для класса 1, класс 2 содержит сумму
процентов класса 1 и класса 2, класс 3 содержит
сумму процентов класса 2 и класса 3 и т. д.
Следовательно, последний класс содержит 100%.
- Sum (Сумма) Гистограмма содержит сумму числовых значений
массивов данных, входящих в соответствующий
класс; значения массивов данных, входящих в
рассматриваемый класс, соответственно
суммируются.
- Sum Cumulative
(Накопленная
сумма)
Гистограмма накапливает суммы значений в
каждом классе. Класс 1 содержит сумму числовых
значений класса 1, класс 2 содержит сумму
числовых значений класса 1 и класса 2, класс 3
содержит сумму числовых значений класса 2 и
класса 3 и т. д. Последний класс, соответственно,
содержит сумму всех отдельных значений.
- Percentage Sum
(Суммарный
процент)
Гистограмма показывает процентную долю общих
числовых значений в соответствующем классе.
Percentage Sum
Cumulative
{Накопленный
суммарный
процент)
Гистограмма накапливает процент сумм значений
всех величин, принадлежащих к классу. Класс 1
содержит процент всех числовых значений класса
1, класс 2 содержит сумму процентов всех
числовых значений класса 1 и класса 2, класс 3
содержит сумму процентов всех числовых
значений класса 2 и класса 3 и т. д.
Следовательно, последний класс содержит 100%.
5.9.12.19 Разделение сцен (запись файлов)
Метод Split Scenes (Write files) (Разделение сцен (запись файлов))
сохраняет отдельные сцены (мозаики или позиции) многосценового
изображения (т. е. изображения многолуночного планшета) в виде
отдельных изображений в папке в CZI-формате.
Параметр
Параметр
Display field (Поле
отображения)
Описание
Путь к папке назначения отображается
автоматически в поле отображения. Для
изменения папки нажмите кнопку
поля отображения.
справа от
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 175
--- стр. 375 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Include Scene Information
In Generated File Name
(Включить информацию о
сцене в имя
сгенерированного файла)
Overwrite existing files
(Заменить существующие
файлы)
Compression (Сжатие)
Флажок установлен: включает
информацию о сцене в имя отдельного
изображения.
Флажок установлен: при повторном
применении этой функции все файлы в
целевой папке удаляются.
Здесь выбирается тип сжатия, например
исходный Original {без сжатия) или сжатый
Compression (JPEG XR).
5.9.12.20 Разделение сцен
Метод Split Scenes (Разделение сцен) выделяет сцены из мозаичного или
позиционного изображения. Отдельные изображения отображаются в
центральной области экрана. Обратите внимание, что изображения,
полученные с помощью этого метода, в отличие от метода Split Scenes
(write files) (Разделение сцен (запись файлов)) автоматически не
сохраняются в папке.
5.9.12.21 Разделение многоблокового изображения
Метод Split Multiblock Image (Разделение многоблокового изображения)
сохраняет отдельные блоки/измерения (мозаики или позиции)
многоблокового изображения (т. е. изображения неоднородного
эксперимента) в папке в CZI-формате.
Параметр
Параметр
Split Mode (Режим
разделения)
- Homogeneous
groups
(Однородные
группы)
- Single blocks
(Отдельные
блоки)
Display field (Поле
отображения)
Описание
Выберите режим разделения многоблокового
изображения.
Разделяет многоблоковое изображение на
отдельные измерения. Блоки при этом
сохраняются.
Разделяет многоблоковое изображение на
отдельные блоки.
Путь к папке назначения отображается
автоматически в поле отображения^ля
изменения папки нажмите кнопку справа от
поля отображения.
5.9.12.22 Изображение с эталонной равномерностью освещения из мозаичного
изображения
С помощью метода Shading Reference from Tile Image (Изображение с
эталонной равномерностью освещения из мозаичного изображения) из
многоканальных мозаичных изображений можно создавать изображения с
эталонной равномерностью освещения.
Параметры (светлопольное изображение)
Для обработки светлопольного изображения (Brightfield Image) можно
выбрать следующие параметры:
176 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 376 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Parameters All
Settings ,
All Scenes
Selected Scene 0
Save directly as Shading Reference
^ Channel-specific
Autoadjust Intensity
Multiply Factor П 1.0! :
Apply Gaussian Filter
Sigma
Defaults !
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и
кнопка-флажок АН Scenes (Все сцены) доступны только при обработке
многосценового изображения.
Параметр
Save directly as
Shading Reference
(Сохранить как
изображение с
эталонной
равномерностью
освещения)
Описание
Флажок установлен; программное обеспечение
создает изображение с эталонной
равномерностью освещения (Shading Reference) и
сохраняет его непосредственно в менеджере
калибровки (Calibration Manager).
Программное обеспечение не позвопяет
просмотреть изображение перед сохранением,
поэтому рекомендуется убрать флажок и
выполнить эту функцию. Система создаст
эталонные изображения и выведет их на экран.
Если изображения имеют хорошее качество,
можно установить флажок и повторно выполнить
эту функцию.
О б р а т и т е в н и м а н и е , ч т о п о с л е а к т и в а ц и и э т о й
опции необходимо ознакомиться с системными
сообщениями (под знаком «i» в нижней части
экрана). Если, к примеру, результирующее
изображение с эталонной равномерностью
освещения слишком тусклое, система не будет
использовать его в качестве действительного
изображения с эталонной равномерностью
освещения, что будет
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 177
--- стр. 377 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Channel-specific
(Поканальное
выравнивание
освещенности)
Multiply Factor
(Множитель)
указано в системных сообщениях. После
успешного завершения импорта базы данных
эталонных сообщений отобразится
соответствующее системное сообщение!
Флажок установлен: программное обеспечение
выполняет поканальную коррекцию
равномерности освещения. В этом случае
используемый блок флуоресцентных фильтров
сохраняется с файлом равномерности освещения.
Для этого учитываются следующие компоненты:
Метод контрастирования и конденсатор,
флуоресцентный фильтр, увеличение: объектив и
модуль Optovar; глубина цвета камеры и режим
RGB / ч/б, тип и расположение разъема камеры.
Флажок убран: система выполняет
всеканальную (АП Channel) калибровку и
коррекцию равномерности освещения, зависящую
от используемого объектива. \
Для этого учитываются следующие компоненты:
увеличение (объектив и модуль Optovar); глубина
цвета камеры и режим RGB/ч/б, тип и
расположение разъема камеры.
Здесь можно применить множитель, при этом
программное обеспечение умножит интенсивность
каждого пикселя изображения с эталонной
равномерностью освещения на указанную
величину.
При использовании собственного образца в
большинстве случаев изображения получаются
очень тусклыми и интенсивность пикселей не
достигает значений, необходимых для
использования в менеджере калибровки
изображения с эталонной равномерностью
освещения, а значит, этот образец будет
отклонен.
Auto Adjust Intensity
(Авторегулировка
интенсивности)
Apply Gaussian Filter
(Применить фильтр
Гаусса)
В случае активации этот параметр на основе
значений серого тона изображения автоматически
рассчитывает множитель и необходимые
значения серого для использования изображения
в менеджере калибровки изображения с
эталонной равномерностью освещения.
Если Auto Adjust Intensity (Авторегулировка
интенсивности) включен, параметр Multiply Factor
(Множитель) никак не влияет на создание
изображения.
В случае активации фильтр Гаусса применяется
после усреднения видимых зон мозаичного
изображения. Это позволяет сглаживать
изображение с эталонной равномерностью
освещения. Сигма-коэффициент определяет силу
сглаживания.
178 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 378 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Используйте этот фильтр и сигма-коэффициент с
большой осторожностью, так как могут быть
удалены элементы, реальные равномерно
освещенные структуры. Рекомендуется
ислользовать этот параметр при малом, не
способном увеличиться при определенных
обстоятельствах количестве мозаик
сканированного изображения.
Параметры (многоканальное изображение)
Все параметры (см. описание выше) многоканального (например,
флуоресцентного) изображения могут настраиваться поканально.
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и
кнопка-флажок АН Scenes (Все сцены) доступны только при обработке
многосценового изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 179
--- стр. 379 ---
5 Обработка изображений ] 5.9 Функции обработки изображений
v^Show AU
Settings
Ш АН Scenes
Selected Scene
^ Adjust per Channel
Process CharmeT '^ ^ ^ ^ ■ j
'Process Channel . - I
ProcesFChannSr ,j
Save directly as Shading Reference
^ Channel-specific
J Autoadjust Intensity
Multiply Factor
>/ Apply Gaussian Filter
Sigma П
Defaults
Параметр
Adjust per Channel
(Поканальные
настройки)
Описание
После активации можно регулировать настройки
для каждого канала в отдельности. Выберите
Process Channel (Обработать канал), чтобы
использовать канал, или Skip Channel
(Пропустить канал), чтобы не обрабатывать
канал.
Настройки Save directly as Shading Reference
(Сохранить как изображение с эталонной
равномерностью освещения) и Channel-specific
(Поканальное выравнивание освещенности)
применяются отдельно для каждого канала. Если
необходимо использовать одинаковые настройки
для всех каналов, уберите флажок.
180 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 380 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.23 Обработка Airyscan
Функция Airyscan Processing (Обработка Airyscan) открывает доступ к
данным сверхвысокого разрешения изображений, полученных с помощью
модуля Airyscan.
Параметры
Параметр
3D Processing
(Трехмерная
обработка)
Auto Filter
(Автоматический
фильтр)
Adjust per Channel
(Поканальные
настройки)
Fuse Tiles
(Объединить
фрагменты)
Описание
Эта опция доступна только для изображений с
пятью и более позициями по оси Z.
Будучи активированной, эта опция улучшает
разрешение в продольном и поперечном
направлениях. Массив данных должен иметь не
менее 5 срезов по оси Z, полученных с
оптимальным размером шага. Трехмерная
обработка медленнее двухмерной. Для
выполнения трехмерной обработки необходимо,
чтобы вся серия срезов по оси Z (отдельный
канал и временная точка) вмещалась в
физическую память.
После включения фильтр автоматически
определяет подходящий для обработки в модуле
Airyscan параметр Super Resolution
(Сверхвысокое разрешение) для выбранного
массива данных.
Для регулировки параметра Super Resolution
(Сверхвысокое разрешение) вручную уберите
флажок. Затем определите подходящие значения
с помощью соответствующей функции в блоке
просмотра модуля Airyscan во вкладке Airyscan,
Обратите внимание, что функция
предварительного просмотра доступна только для
двухмерной обработки в модуле Airyscan. Функция
предварительного просмотра для трехмерной
обработки в модуле Airyscan отсутствует. Для
настройки параметров трехмерной обработки
следует сначала обработать массив данных после
использования автоматического фильтра (Auto
Filter), а затем проверить величину, которая в
действительности была применена функцией
обработки модуля Airyscan. Эта величина
хранится в метаданных обработанного
изображения и доступна для просмотра с
помощью меню Info (Информация).
Отображается, только если убран флажок Auto
Filter (Автоматический фильтр).
Доступен только для изображений с двумя и
б о л е е к а н а л а м и A i r y s c a n .
После активации можно вручную устанавливать
параметры обработки для каждого канала в
модуле Airyscan.
Доступен только для изображений с областями
мозаик.
Если параметр активирован, сшивка выполняется
автоматически после получения изображений в
модуле Airyscan.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 181
--- стр. 381 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.12.24 Преобразование в лямбду
С помощью функции Convert То Lambda (Преобразование в лямбду) серии
срезов лямбда, полученные с помощью LSM 800, можно преобразовать в
файл с аналогичным видом, что и внутри области просмотра Lambda
(Лямбда). В отличие от универсального формата необработанных данных
серии срезов лямбда, эти файлы нормально открываются и
анализируются в ZEN (black).
5.9.12.25 Линейное разделение
С помощью функции Linear Unmixing (Линейное разделение) из сильно
перекрывающихся мультифлуоресцентных данных, полученных в
многоканальных изображениях или сериях срезов лямбда, можно
извлекать излучение отдельных флуоресцентных красителей (например,
только GFP, только YFP и т. д.) (доступно только в режиме визуализации
ЛСМ).
Зная спектральные характеристики отдельных компонентов
многокомпонентного образца, из экспериментального многоканального
массива данных можно математически извлечь даже сильно
перекрывающиеся отдельные спектральные характеристики. Этот метод
является процедурой исключительно попиксельного анализа изображений.
В условиях эксперимента полученные спектры флуоресценции образцов с
одной меткой сохраняются в базе данных спектров в виде внешнего
источника. Затем из образца с несколькими метками извлекается
многоканальное изображение или серия срезов лямбда. Отдельные
компоненты извлекаются математическим способом с использованием
данных эталонных спектров. Для создания 10-канального выходного
изображения без частичного перекрытия каналов в алгоритме на основе
подбора методом наименьших квадратов можно использовать до десяти
разных опорных сигналов.
Избегайте насыщения флуоресцентного сигнала в разделяемом массиве
данных. Насыщенность генерирует сильный сигнал в остаточном канале.
Если образцы с одной меткой отсутствуют, то эталонные изображения
могут быть получены следующими способами;
■ В интерактивном режиме посредством выбора областей
изображения, где присутствует только один флуоресцентный
краситель (доступно только в меню Unmixing (Разделение)).
■ Автоматически с помощью программных анализов отдельных
спектральных параметров. Эта функция обработки называется
автоматическим извлечением компонентов (АСЕ, от англ. Automatic
Component Extraction).
Обратите внимание, что в некоторых случаях спектрально полученные
изображения не подходят для АСЕ, а линейное разделение может
привести к ошибочным результатам.
Параметры
Параметр
Components
(Компоненты)
Autoscale
(Автоматическое
выравнивание)
Описание
Здесь устанавливается число спектрально
различимых флуоресцентных компонентов,
доступных для выбора в визуализированном
образце. Число извлекаемых компонентов не
должно превышать число полученных каналов.
Максимально возможное число компонентов: 10.
Приводит интенсивность неразделенных каналов
к одинаковым уровням.
182 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 382 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Calculate Residuals
(Вычисление
остаточных величин)
Создает дополнительный канал, в котором
величины интенсивности представляют собой
разность полученных спектральных данных и
подобранной линейной комбинации эталонных
спектров. Проще говоря, остаточная величина —
это наибольший остаток, полученный в
результате подбора методом наименьших
квадратов. Остаточные величины — общий
показатель правильности подбора алгоритма. Чем
выше интенсивность дополнительного канала, тем
хуже пригодность спектров к массиву данных.
5.9.12.26 Корреляция
С помощью функции Correlation (Корреляция) можно отображать
конфокальные наборы данных вместе с пространственной или временной
корреляцией изображения или серии изображений. Тип проводимой
корреляции можно выбрать, установив соответствующие флажки.
Параметры
Параметр Описание
Cross Correlation
(Кросс-корреля ция)
Если параметр активирован, можно сопоставлять
два изображения. Обратите внимание, что второе
входное изображение должно иметь аналогичную
размерность и размер.
X.Y
Z
Time (Время)
Сопоставляет сигнал в направлении X или Y.
Сопоставляет сигнал в направлении Z. Доступен
только для массивов данных, содержащих срезы
по оси Z.
Сопоставляет сигнал во времени. Доступен только
для массивов данных временной серии.
5.9.12.27 Конвертация необработанных данных в VivaTome
5.9.13 Экспорт/Импорт
5.9.13.1 Экспорт изображений
Метод Image Export (Экспорт изображений) позволяет экспортировать
отдельные изображения в различные типы файлов для их последующего
использования в других программах. Многомерные изображения
(многоканальные, серии срезов по оси Z, покадровой съемки, мозаичные
изображения) экспортируются как отдельные изображения.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 183
--- стр. 383 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметры
Рисунок 5.3. Параметр Image Export (Экспорт изображений)
П/п Описание
1 Здесь регулируются настройки типа файла, например формат или
сжатие.
Точное описание функций см. в разделе «File Туре» {Тип файла)»
[► 185]. Тип файла, выбранного для экспорта изображения, влияет
на изменение настроекостальных параметров.
2 Здесь указываются действия, выполняемые сданными
изображения во время экспорта, например запись графических
элементов на картинку.
Точное описание функций см. в разделе «Image Data» (Данные
изображения) (► 186].
3 Здесь указываются действия, выполняемые с измерениями,
например экспорт всех или только некоторых измерений
изображения.
Точное описание функций см. в разделе «Dimensions»
(Измерения) [► 187].
4 Здесь определяются остальные настройки экспорта, например
папка экспорта.
Точное описание функций см. в разделе «Export to...» (Экспорт в...)
[► 189].
184 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 384 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.13.1.1 Раздел File Туре
Параметр Описание
File Туре (Тип файла) Выберите необходимый тип файла из
выпадающего списка:
■ JPEG (формат обмена файлами JPEG)
■ BMP (Точечный рисунок Windows)
■ TIFF (теговый формат файлов изображения)
■ BigTIFF (Tiff-формат (64-битный))
■ PNG (переносимая сетевая графика)
■ WDP (JPEG XR)
Обратите внимание, что доступность опций
зависит от выбранного типа файла.
Quality (Качество) Доступно только для файлов типа JPEG и JPEG
XR. С помощью ползунка или поля ввода введите
качество изображения, влияющее на размер
файла. Низкие значения приводят к появлению
файлов очень малого размера, при этом качество
изображения может быть значительно снижено.
Resize (Изменение
размера)
Настройка размера изображения (в процентах)
производится с помощью ползунка или поля
ввода.
Convert to 8 Bit
(Преобразование в 8-
битное изображение)
Доступно только для файлов типа TIFF, BigTIFF,
PNG и JPEG XR.
Флажок установлен: преобразовывает 16-битное
полутоновое изображение в 8-битное
полутоновое, или 48-битное цветное изображение
в 24-битное цветное.
Compression
(Сжатие)
Доступно только для файлов типа TIFF и BigTIFF,
Доступны следующие виды сжатия объема
данных:
- None
(Отсутствует)
Сохраняет объем данных исходного изображения.
Сжатие не производится.
- LZW Доступен только для файлов типа TIFF.
Производит сжатие без потери данных в
соответствии с алгоритмом Лемпеля-Зива-Велша
(LZW).
- ZIP Доступен только для файлов типа TIFF.
Производит сжатие без потери данных по ZIP-
методу.
- Loss less (Без
потери данных)
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Производит сжатие без потери данных в
соответствии с алгоритмом Лемпеля-Зива-Велша
(LZW).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 185
--- стр. 385 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Lossy (С потерей
данных)
BigTIFF
TIFF Tiles (Мозаики в
формате TIFF)
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Производит сжатие с потерей данных по методу
JPEG XR (расширенный диапазон).
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен: генерирует изображение в
формате BigTIFF. Максимальный размер
изображения больше 4 Гб.
Флажок убран: генерирует изображение в
формате TIFF с максимальным размером 4 Гб.
Доступен только для файлов типа BigTIFF,
Флажок установлен: генерирует новые
прямоугольные мозаики для работы с
внутренними данными.
Флажок убран: объединяет мозаики в полосы для
работы с внутренними данными. .
Pyramid (Пирамида) Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен: вычисляет пирамиду
изображения.
Доступен только для файлов типа BigTIFF.
Флажок установлен: генерирует одно
изображение, включающее все сцены. Если
флажок убран, генерирует изображения с
отдельными сценами.
Merge All Scenes
(Объединение всех
сцен)
5.9.13.1.2 Раздел Image Data
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр
Original Data
(Исходные данные)
Shift Pixel (Сдвиг
пикселей)
Apply Display Curve
and Channel Color
(Применить кривую
отображения и цвет
канала)
Описание
Флажок установлен: экспортирует изображение с^
исходными цветами каналов и исходной кривой "
характеристик отображения.
Флажок установлен: сдвигает значение серого
тона 10-битного или 12-битного изображения до
16-битного.
Флажок установлен: экспортирует изображение
с измененными настройками цвета канала и
кривой характеристик отображения. Эти настройки
применяются к значениям пикселей
экспортируемых изображений. Они
исключительно важны, если необходимо
использовать темные изображения с
динамическим диапазоном более 8 бит в других
программах.186 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 386 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
1 Примечание
Должен быть установлен по меньшей мере один из двух флажков. Если
установлены оба флажка, можно в один прием экспортировать исходные
изображения и изображения с измененными настройками.
Параметр Описание
5.9.13.1.3
Burn In Graphic
(Запись графических
элементов)
Флажок установлен: производится запись
графических элементов на изображение. При этом
пиксели под графическим элементом (например,
масштабные линейки) перезаписываются.
Записанные графические элементы изменить
нельзя.
Merged channels
image (Изображение
с объединенными
каналами)
Отображается только для многоканальных
изображений.
Флажок установлен: экспортирует
псевдоцветное изображение всех выбранных
каналов.
Individual Channels
image(Изображение
с отдельными
каналами)
Отображается только для многоканальных
изображений.
Флажок установлен; экспортирует отдельное
цветное изображение всех выбранных каналов.
•
1 Примечание
Должен быть установлен по меньшей мере один из трех флажков. Если
установлены флажки Merged channels image (Изображение с
объединенными каналами) и Individual Channel image (Изображение с
отдельными каналами), в один прием можно экспортировать отдельные
цветные и псевдоцветные изображения.
Параметр Описание
Use channel names
(Использование
имен каналов)
Отображается только для многоканальных
изображений.
Флажок установлен: включает имя канала в имя
экспортируемого изображения.
Раздел Dimensions
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр Описание
Use Full Set of
Dimensions
(Использовать
полный набор
измерений)
Выберите, если необходимо экспортировать все
измерения без внесения изменений.
Define Subset
(Определить
поднабор)
Выберите, если требуется экспортировать только
отдельные измерения или поднаборы отдельных
измерений.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 187
--- стр. 387 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается, только если
на входном изображении имеется соответствующее измерение.
Параметр
Channels (Каналы)
Z-Positlon, Time,
Block(Позиция no
оси Z, Время, Блок)
- Extract All
(Извлечь все)
- Extract Single
(Извлечь
отдельное
изображение)
- Extract Range
(Извлечь
диапазон)
- Extract Multiple
(Извлечь
множество)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы
входного изображения. По умолчанию выбраны
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного
изображения, используемые для получения
результирующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь все части
соответствующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь отдельное
изображение.
Этот параметр позволяет извлечь определенный
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов,
которые необходимо выбрать. Для этого введите
первый срез, за которым следует знак «минус», и
затем последний срез. Если вы желаете
определить интервал, то после последнего среза
поставьте двоеточие и затем укажите интервал.
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после
первого среза поставьте запятую. Также можно
выбирать отдельные срезы, разделяя их
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает,
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а
также срезы 20 и 23.
Get current Заимствует позицию с текущего дисплея в
position (Получить области изображения,
т е к у щ у ю п о з и ц и ю )
Interval
(Интервал)
Флажок установлен: включен режим интервалов.
Отображается счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при
значении «2» учитывается только каждое второе
значение диапазона.
Region (Область) Здесь можно указать, необходимо использовать
целое изображение или только область (область
интереса) входного изображения.
188 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 388 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.13.1.4
Параметр Описание
- Full (Целое
изображение)
При выборе этой опции для создания нового
изображения используется целое изображение.
- Rectangle region
(ROD
(Прямоугольная
область)
Выбрав эту опцию, можно нарисовать
прямоугольную область интереса, используемую
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно
просматривать и изменять ее координаты,
редактируя поля ввода X/YA/V/H.
- Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
Оказывает влияние, только если выделена
область интереса (ROI).
Флажок установлен: извлекает выделенную
область вместе с цельными мозаиками. Эту
настройку рекомендуется выбирать, если
необходимо применить вычислительные функции
деконволюции на результирующем изображении.
Раздел Export to...
Параметр Описание
Export to (Экспорт в) Путь к папке экспорта отображается
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку
справа от поля отображения.
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр Описание
Create folder
(Создать папку)
Create xml file
(Создать xml-файл)
Generate zip file
(Создать zip-файл)
Флажок установлен: создает отдельную папку с
именем входного изображения.
Флажок установлен: создает два XML-файла с
метаданными входного изображения.
■ Meta.xml содержит всю дополнительную
информацию о входном изображении
(например, настройки аппаратного
обеспечения, измерения).
■ Info.xml содержит только дополнительную
информацию об экспортированных отдельных
изображениях(например, имена,измерения,
размеры).
Флажок установлен: создает 21Р-файп, в
котором сохраняются все экспортируемые
отдельные изображения, в том числе XML-файлы.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 189
--- стр. 389 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Prefix (Префикс) Здесь можно отредактировать заданный префикс
или ввести новое имя. Имя исходного
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.2 Экспорт видео
Функция Movie Export (Экспорт видео) позволяет экспортировать
многомерные изображения (например, временные серии или изображения
серии срезов по оси Z) в различные типы файлов в виде видеоряда с
возможностью их использования в других программах.
•
1 Примечание
Если необходимо экспортировать MOV-файлы (Н264 или MPEG4),
загрузите приложение FFmpeg (например, здесь: http://wv/w.ffmpeg.org/
или здесь: http://ffmpeg.zeranoe,com/blog/?p=178). Скопируйте ffmpeg.exe в
папку с файлом ZEN.exe.
5.9.13.2.1 Раздел File Туре
*
1 Примечание
Для 32-разрядной операционной системы Windows доступен только режим
AVI(MS-Videol).
Параметр
Режим
Format (Формат)
- Original Size
(Исходный
размер)
Описание
Выберите необходимый режим. Для экспорта
видео доступны следующие форматы.
■ AV1 (сжатие M-JPEG)
■ AVI (без сжатия)
■ AVI (DV)
■ WMF (WindowsMedia)
■ MOV(H.264)
■ M0V(MPEG4)
■ AVI (MS-Video1)
Выберите необходимый формат.
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (NIS-
Videol).
Использует высоту и ширину входного
изображения и устанавливает частоту в 5 кадр/с.
190 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 390 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- User-Defined
(Определяемый
пользователем)
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS-
Videol).
Введите необходимые значения в поля ввода
Width (Ширина), Height (Высота) и Frame Rate
(Частота кадров).
- 720x576/25f ps
(PAL 576р/25)
Используется видеоразрешение PAL (Phase
Alternating Line) с частотой кадров 25 кадр/с.
- 720x480/29.97fps
(NTSC)
Используется видеоразрешение NTSC (National
Television Systems Committee) c частотой кадров
29,97 кадр/с.
- 1280x720/50fps
(HD720p/50)
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS-
Videol).
Используется видеоразрешение HD (High
Definition 720) с частотой кадров 25 кадр/с.
- 1920x1080/25fps
(HD 1080p/25)
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS-
Videol).
Используется видеоразрешение HD (High
Definition 1080) c частотой кадров 25 кадр/с.
- 1920x1080/
29.97fps(HD
Недоступно для файлов типа AVI (DV) и AVI (MS-
Videol).
1080p/29.97) Используется видеоразрешение HD (High
Definition 1080) c частотой кадров 29,97 кадр/с.
Width (Ширина) Параметр активен, только если в выпадающем
списке Format (Формат) выбрана опция User-
Defined (Определяемый пользователем).
Здесь можно ввести ширину изображения в
пикселях (рх).
Height (Высота) Параметр активен, только если в выпадающем
списке Format (Формат) выбрана опция User-
Defined (Определяемый пользователем).
Здесь можно ввести высоту изображения в
пикселях (рх).
Frame Rate (Частота
кадров)
Параметр активен, только если в выпадающем
списке Format (Формат) выбрана опция User-
Defined (Определяемый пользователем).
Здесь можно ввести частоту кадров (fps (кадр/с)).
Quality (Качество) Отображается, только если в выпадающем списке
Mode (Режим) выбран режим AVI (сжатие М-
JPEG) или MOV
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 191
--- стр. 391 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Здесь можно задать качество изображения с
помощью ползунка или счетчика/поля ввода. Это
влияет на размер файла. Низкие значения
приводят к появлению файлов очень малого
размера, при этом качество изображения может
быть значительно снижено.
5.9.13.2.2 Раздел Image Data
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр
Burn In Graphic
(Запись графических
элементов)
Описание
Флажок установлен: производится запись
графических элементов на изображение. При этом
пиксели под графическим элементом (например,
масштабные линейки) перезаписываются.
Записанные графические элементы изменить
нельзя.
Merged channels
image(Изображение
с объединенными
каналами)
Individual Channels
image(Изображение
с отдельными
каналами)
Отображается только для многоканальных
изображений.
Флажок установлен: экспортирует
псевдоцветное изображение всех выбранных
каналов.
Отображается только для многоканальных
изображений.
Флажок установлен: экспортирует отдельное
цветное изображение всех выбранных каналов.
5.9.13.2.3
1 Примечание
Должен быть установлен по меньшей мере один из трех флажков. Если
установлены флажки Merged channels Image (Изображение с
объединенными каналами) и Individual Channel Image (Изображение с
отдельными каналами), в один прием можно экспортировать отдельные
цветные и псевдоцветные изображения.
Раздел Fitting
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АН
(Показать все).
Параметр
Fitting (Подгонка)
- Fit АН
( U n i f o r m ) ( П о д о г н а т ь
все (Обычное))
- Fit and Crop
(Uniform to Fill)
(Подогнать и обрезать
(Однородное
заполнение))
- Fit and
Stretch (Fill) (Подогнать
и растянуть
(заполнение))
Описание
Выберите здесь требуемый тип подбора.
Изображение подгоняется под выбранное
р а з р е ш е н и е . И с х о д н о е с о о т н о ш е н и е с т о р о н
изображения сохраняется.
Изображение подгоняется под выбранное
разрешение и обрезается. Исходное
соотношение сторон изображения не
сохраняется.
Изображение растягивается до выбранного
разрешения. Исходное соотношение сторон
изображения не сохраняется.
192 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 392 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Crop (None)
(Кадрирование
(отсутствует))
Изображение обрезается по выбранному
разрешению. Исходное соотношение сторон
изображения сохраняется.
5.9.13.2.4 Раздел Sequence
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Измените последовательность измерений, в которых требуется создать
видеофайл.
Кнопка
Перемещает выбранное измерение на одну строку вверх.
Кнопка 'V
Перемещает выбранное измерение на одну строку вниз.
5.9.13.2.5 Раздел Mapping
Параметр
Mapping
(Картирование)
- Fixed Duration
(Фиксированная
продолжительное
ть)
Описание
Выберите способ обозначения изображений.
С помощью ползунка или счетчика/поля ввода
введите значение времени (в секундах) для
каждого изображения. Общая продолжительность
отображается в поле Final Movie Length (Полная
длина видеофайла).
- 1 Frame per Image Одному кадру соответствует одно изображение.
(1
кадр/изображение
Image count (Число
изображений)
Final Movie Length
(Полная длина
видеофайла)
Число изображений указывается в поле ввода.
Указывает полную длину результирующего
видеофайла, зависящую от выбранной
последовательности и временного обозначения
изображения.
5.9.13.2.6 Раздел Dimensions
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show АН
(Показать все).
Параметр
Use Full Set of
Dimensions
(Использовать
полный набор
измерений)
Define Subset
(Определить
поднабор)
Описание
Выберите, если необходимо экспортировать все
измерения без внесения изменений.
Выберите, если требуется экспортировать только
отдельные измерения или поднаборы отдельных
измерений.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 193
--- стр. 393 ---
5 Обработка изображений [ 5.9 Функции обработки изображений
ш
1 Примечание
Каждый раздел, описанный ниже, отображается только в том случае, если
входное изображение имеет соответствующее измерение^__________________
Параметр
Channels (Каналы)
Z-Position, Time,
Block(Позиция по
оси Z, Время, Блок)
- Extract АН
(Извлечь все)
- Extract Single
(Извлечь
отдельное
изображение)
- Extract Range
(Извлечь
диапазон)
- Extract Multiple
(Извлечь
множество)
Get current
position (Получить
текущую позицию)
Interval
(Интервал)
Region (Область)
Описание
Здесь можно выбрать используемые каналы
входного изображения. По умолчанию выбраны
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного
изображения, используемые для получения
результирующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь все части
соответствующего изображения.
Этот параметр позволяет извлечь отдельное
изображение.
Этот параметр позволяет извлечь определенный
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов,
которые необходимо выбрать. Для этого введите
первый срез, за которым следует знак «минус», и
затем последний срез. Если вы желаете
определить интервал, то после последнего среза
поставьте двоеточие и затем укажите интервал.
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после
первого среза поставьте запятую. Также можно
выбирать отдельные срезы, разделяя их
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает,
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а
также срезы 20 и 23.
Заимствует позицию с текущего дисплея в
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов.
Отобразится счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при
значении «2» учитывается только каждое второе
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать
целое изображение или только область (область
интереса) входного изображения.
194 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 394 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.13.2.7
Параметр Описание
- Full (Целое
изображение)
При выборе этой опции для создания нового
изображения используется целое изображение.
- Rectangle region
(ROI)
(Прямоугольная
область)
Выбрав эту опцию, можно нарисовать
прямоугольную область интереса, используемую
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно
просматривать и изменять ее координаты,
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
~ Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
Оказывает влияние, только если выделена
область интереса (ROI).
Извлекает выделенную область вместе с
цельными мозаиками. Эту настройку
рекомендуется выбирать, если необходимо
применить вычислительные функции
деконволюции на результирующем изображении.
Раздел Export to...
Параметр Описание
Export to (Экспорт в) Путь к папке экспорта отображается
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку ^9
справа от поля отображения.
Параметр Описание
Prefix (Префикс) Здесь можно отредактировать заданный префикс
или ввести новое имя. Имя исходного
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.3 Раздел ОМЕ TIFF Export
С помощью функции ОМЕ TIFF Export (Экспорт в ОМЕ TIFF) можно
экспортировать изображения в формате ОМЕ TIFF (для загрузки в
Открытую микроскопную среду, от англ. Open Microscopy Environment) для
последующего использования изображений в других программах. После
этого изображения будут доступны в виде многостраничного TIFF-файла.
5.9.13.3.1 Раздел Image Format
Параметр
Resize (Изменение
размера)
Описание
Настройка размера изображения (в процентах)
производится с помощью ползунка или
счетчика/поля ввода.
Приведенные ниже параметры отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
BigTIFF Флажок установлен: создает изображение в
формате BigTIFF, размер которого может
превышать 4 Гб, и использует 64-битный сдвиг.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 195
--- стр. 395 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Compress (Сжатие)
Use Tiles
(Использование
мозаик)
Shift Pixel (Сдвиг
пикселей)
Merge All Scenes
(Объединение всех
сцен)
Флажок установлен: выполняет внутреннее
сжатие TIFF-файла.
Флажок установлен: выполняет внутреннее
разбиение изображения на мозаики.
Обратите внимание, что эта опция
рекомендуется для изображений больших
размеров, поскольку некоторые программы
считывания TIFF-изображений не
поддерживают большие изображения.
Флажок установлен: сдвигает значение
серого тона 10-битного или 12-битного
изображения до 16-битного.
Флажок установлен: генерирует одно
изображение, включающее все сцены. Если
флажок убран, генерирует изображения с
отдельными сценами.
5.9.13.3.2 Раздел Image Data
Приведенные ниже функции отображаются только в режиме Show All
(Показать все).
Параметр
Original Data (Исходные
данные)
Apply Display Curve and
Channel Color
(Применить кривую
отображения и цвет
канала)
Описание
Флажок установлен: экспортирует
изображение с исходными цветами каналов и
исходной кривой характеристик отображения.
Флажок установлен: экспортирует
изображение с измененными настройками
цвета канала и кривой характеристик
отображения. Эти настройки применяются к
значениям пикселей экспортируемых
изображений. Они исключительно важны, если
необходимо использовать темные
изображения с динамическим диапазоном
более 8 бит в других программах.
Burn In Graphics
(Запись графических
элементов)
Флажок установлен: производится запись
графических элементов на изображение. При
этом пиксели под графическим элементом
(например, масштабные линейки)
перезаписываются. Записанные графические
элементы изменить нельзя.
5.9.13.3.3 Раздел Dimensions
П р и в е д е н н ы е н и ж е ф у н к ц и и о т о б р а ж а ю т с я т о л ь к о в р е ж и м е S h o w A l l
(Показать все).
Параметр
Use Full Set of
Dimensions
(Использовать полный
набор измерений)
Define Subset
(Определить поднабор)
Описание
Выберите, если необходимо экспортировать
все измерения без внесения изменений.
Выберите, если требуется экспортировать
только отдельные измерения или поднаборы
отдельных измерений.
196 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 396 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Каждый раздел, описанный ниже, отображается только в том случае, если
входное изображение имеет соответствующее измерение.
1 Примечание
Параметр Описание
Channels (Каналы)
Z-Position, Time,
Block(Позиция по
оси Z, Время, Блок)
Здесь можно выбрать используемые каналы
входного изображения. По умолчанию выбраны
все каналы. Для отмены выбора канала нажмите
на кнопку соответствующего канала.
Здесь можно выбрать части входного
изображения, используемые для получения
результирующего изображения.
Extract АН Этот параметр позволяет извлечь все части
(Извлечь все) соответствующего изображения.
Extract Single
(Извлечь
отдельное
изображение)
Этот параметр позволяет извлечь отдельное
изображение.
Extract Range
(Извлечь
диапазон)
Extract Multiple
(Извлечь
множество)
Get current
position (Получить
текущую позицию)
Interval
( И н т е р в а л )
Region (Область)
Этот параметр позволяет извлечь определенный
диапазон изображений.
Этого параметр позволяет выбрать несколько
непрерывных диапазонов и отдельных срезов.
Введите в поле ввода один или несколько срезов,
которые необходимо выбрать. Для этого введите
первый срез, за которым следует знак «минус», и
затем последний срез. Если вы желаете
определить интервал, то после последнего среза
поставьте двоеточие и затем укажите интервал.
Запись «2-10:2» означает, что от среза 2 до среза
10 выбран каждый второй срез.
Если требуется указать еще один срез, после
первого среза поставьте запятую. Также можно
выбирать отдельные срезы, разделяя их
запятыми. Запись «2-10:2,14-18,20,23» означает,
что выбран каждый второй срез, со среза 2 по
срез 10, за которыми следуют срезы с 14 по 18, а
также срезы 20 и 23.
Заимствует позицию с текущего дисплея в
области изображения.
Флажок установлен: включен режим интервалов.
Отобразится счетчик/поле ввода интервала.
Введите желаемый интервал. Например, при
значении «2» учитывается только каждое второе
значение диапазона.
Здесь можно указать, необходимо использовать
целое изображение или только область (область
интереса) входного изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 197
--- стр. 397 ---
5 Обработка изображений [ 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Full (Целое
изображение)
- Rectangle region
(ROD
(Прямоугольная
область)
- Keep tiles
(Удерживать
мозаики)
При выборе этой опции для создания нового
изображения используется целое изображение.
Выбрав эту опцию, можно нарисовать
прямоугольную область интереса, используемую
для создания нового изображения.
После выделения прямоугольной области можно
просматривать и изменять ее координаты,
редактируя поля ввода X/Y/W/H.
Оказывает влияние, только если выделена
область интереса (ROI).
Флажок установлен: извлекает выделенную
область вместе с цельными мозаиками. Эту
настройку рекомендуется выбирать, если
необходимо применить вычислительные функции
деконволюции на результируюгцем изображении.
5.9.13.3.4 Раздел Export to...
Параметр
Export to (Экспорт в)
Описание
Путь к папке экспорта отображается
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку
справа от поля отображения.
Параметр
Prefix (Префикс)
Описание
Здесь можно отредактировать заданный префикс
или ввести новое имя. Имя исходного
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.4 Экспорт в ZVI-формат
5.9.13.4.1
С помощью функции ZVI Export (Экспорт в ZVI-формат) можно
экспортировать изображения в ZVI-формат для последующего
использования в ПО AxioVision.
Раздел Export to...
Параметр
Export to (Экспорт в)
Описание
Путь к папке экспорта отображается
автоматически в поле отображения.
Для изменения пути к файлу нажмите кнопку
справа от поля отображения.
198 Руководство пользователя 2EN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 398 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Prefix (Префикс) Здесь можно отредактировать заданный префикс
или ввести новое имя. Имя исходного
изображения указывается по умолчанию.
5.9.13.5 Импорт изображения
С помощью функции Image Import {Импорт изображения) можно
создавать многомерные изображения (многоканальные, серии срезов по
оси Z, покадровой съемки, мозаичные, позиционные изображения) из
отдельных изображений. Отдельные изображения могут иметь любой из
внешних форматов, поддерживаемых ZEN (см. ниже). Результирующее
изображение можно затем сохранить в формате C2I и далее обработать,
используя функции, доступные в ZEN.
Поддерживаемые типы файлов:
■ JPG.
■ BMP.
■ TIFF.
■ PNG.
■ GIF.
■ Изображения DeltaVision.
■ Изображения MetaFluor.
■ Многостраничные изображения.
Параметры
Параметр Описание
Multichannel
(Многоканальные)
Use Channel
Name as Identifier
(Использовать
имя канала как
идентификатор)
Z-Stack (Серия
срезов по оси Z)
Флажок установлен: активирует настройки для
импорта многоканальных изображений.
Отрегулируйте настройки импорта
многоканальных изображений (см. список ниже).
Флажок установлен; использует имя, указанное в
столбце Name (Имя), для идентификации канала.
Имя канала появится в поле предварительного
просмотра в разделе Specify the Identifiers
(Определение идентификаторов).
Флажок убран: активирует столбцы Identifier
(Идентификатор), Start Index (Начальный
индекс) и Interval (Интервал) в разделе Specify
the Identifiers (Определение идентификаторов).
Флажок установлен: активирует настройки
импорта изображений серии срезов по оси Z.
Отрегулируйте настройки импорта изображений
серии срезов по оси Z (см. список ниже).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 199
--- стр. 399 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Interval
(Интервал)
- Slices (Срезы)
- Range (Диапазон)
Extended
Microscope
Parameters
(Дополнительные
параметры
микроскопа)
Временные серии
- Interval
(Интервал)
- Cycles (Циклы)
Duration
(П родолжител ьно
сть)
Tiles (Мозаики)
- Columns
(Столбцы)
Здесь вводится расстояние (в мкм) между
отдельными срезами. Из этого значения и числа
срезов автоматически вычисляется общая высота
серии срезов по оси Z.
Здесь вводится число срезов в серии срезов по
оси Z.
Здесь вводится общая высота (диапазон) серии
срезов по оси Z (в мкм).
Из этой величины и числа срезов автоматически
вычисляется расстояние между отдельными
сериями срезов по оси Z и отображается в поле
Interval (Интервал).
Активирует дополнительные параметры,
необходимые для последующей обработки
импортированного изображения (например, для
деконволюции): ^
■ Magnification (Увеличение):
Здесь выбирается увеличение объектива,
которое использовалось для получения
изображения.
■ Aperture (Апертура):
Здесь вводится значение числовой апертуры
объектива, которая использовалась для
получения изображения.
■ Immersion (Иммерсионная среда):
Здесь выбирается иммерсионная среда,
которая использовалась для получения
изображения,
Флажок установлен: активирует настройки
импорта изображений временной серии.
Здесь вводится величина интервала между |
отдельными временными точками. Выберите '
единицы времени из выпадающего списка справа
от поля ввода.
Здесь вводятся настройки циклов временной
серии. В зависимости от выбранного параметра
введенное значение влияет на
продолжительность/интервал.
Здесь можно задать продолжительность всей
временной серии. Выберите единицы времени из
выпадающего списка справа от поля ввода. Число
временных точек указывается в поле ввода Time
Points (Временные точки).
Флажок установлен: активирует настройки для
импорта мозаичных изображений.
Здесь вводится число столбцов мозаичного
изображения.
200 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 400 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
- Overlap
(Перекрытие)
Здесь вводится процентное значение перекрытия
мозаик.
- Rows (Ряды) Здесь вводится число рядов мозаичного
изображения.
- Meander (Меандр) Выберите эту опцию, если импортируемые
изображения были получены в режиме
получения/распространения меандра.
- Comb (Гребень) Выберите эту опцию, если импортируемые
изображения были получены в режиме
получения/распространения гребня.
Positions (Позиции) Флажок установлен; активирует настройки
импорта изображений отдельных позиций.
Scaiings
(Масштабирование)
Чтобы развернуть этот раздел, нажмите кнопку в
Рвиде стрелки
- Use Current
Scaling
(Использовать
текущее
масштабирование
)
Использует выбранное геометрическое
масштабирование и отображает в
соответствующем поле значения Scale (X) (Шкала
(X)) и Scale (Y) (Шкала (Y)) в используемых
единицах измерения.
- Define scaling
(Определить
масштабирование
)
Введите необходимые значения в поле ввода
Scale (X) (Шкала (X)) и счетчике/поле ввода
Scale (Y) (Шкала (Y)). В выпадающем списке
справа от каждого поля ввода выберите единицы
масштабирования.
Automatic
(Автоматически)
При выборе этого параметра выполняется
автоматический импорт всех изображений в папке
импорта.
- Import From
(Импортировать
из)
Здесь выбирается папка импорта.
Для выбора папки нажмите кнопку И—Я справа
от поля отображения. Имена изображений
отображаются в списке File Name (Имя файла)
под полем отображения.
Sequential
(Последовательный)
При выборе этого параметра последовательность
изображений импортируется в определенном
порядке (например, измерения изображения,
закодированные с помощью чисел в имени
изображения).
- Import From
(Импортировать
из)
Здесь можно импортировать изображения в
соответствии со списком файлов (File List) или
многостраничным изображением (Multi page
image).
Нажмите кнопку Н—Я справа от поля
отображения. Имена изображений отображаются
в списке File Name (Имя файла) под полем
отображения.
Specify the Identifiers
(Определить
идентификаторы)
Здесь можно ввести и проверить все настройки,
необходимые для идентификации изображений.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 201
--- стр. 401 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
5.9.14 Анализ изображений
В группе Image Analysis (Анализ изображений) доступны четыре варианта
анализа изображений в одиночном и пакетном режимах. Данные
измерений могут быть включены в изображение или сохранены в списке
данных *csv.
/о : -Э ' £3
Locate Acquisition Processing Analysis Reporting
Functions Analyze
Single Batch У
Apply
Method ;
Recently used
Analyze Batch
^Analyze
Analyze to File
! Analyze Batch to File
White Balance
Search
► Binary
► Utilities
^ e Export/Import
d Image Analysis
^ Analyze
Analyze to File
Analyze Batch
Analyze Batch to File
” Method ParafTteters
Parameters
■ ' Image Parameters
'/Show All
Анализ
Функция Analyze (Анализ) применима только к одному изображению: его
следует выбрать в инструменте Input (Входное изображение). Данные
измерений включаются в изображение.
202 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 402 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Анализ в файл
Функция Analyze (Анализ) применима только к одному изображению: его
следует выбрать в инструменте Input (Входное изображение). Данные
измерений сохраняются в списке данных *csv и не включаются в
изображение.
Поддерживаются следующие типы файлов:
■ CZI.
■ ZVI.
■ BMP.
■ TIF.
■ JPG.
Parameters
л 4 k Root
4C rWAge'
л tfd .d i
п А AlexaS68
л ^ grven.aU
■ green Alexa48B
л Ыие.аВ
Q b k « 0АЛ
C itj fgfdef с ш т т л
M se fte n e sem ___________
Параметр
Data Folder (Папка
данных)
Base Name
(Основное имя)
Описание
Папка, в которой сохраняются списки данных *csv.
Имя списка данных.
Пакетный анализ
Функция Analyze Batch (Пакетный анализ) позволяет выполнять анализ
всех изображений, сохраненных в папке.
1 Примечание
Функция Analyze Batch (Пакетный анализ) может применяться только к
изображениям типа *czi.
Данные измерений включаются в каждое исходное изображение.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 203
--- стр. 403 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Image Folder (Папка с
изображениями)
Папка с изображениями *czi, подлежащими
измерению.
Пакетный анализ в файл
Функция Analyze Batch to File {Пакетный анализ в файл) позволяет
анализировать все изображения в папке. Данные измерений сохраняются
в списке данных *csv и не включаются в изображение.
Поддерживаются следующие типы файлов;
Ш CZI.
■ ZVI.
■ BMP.
■ TIF.
■ JPG.
Parameters
Program
л ♦ Root
a Oassesl
Oassl
0\OM )M nput\ZVl ImagesXftcund |
I Data Rsider C :\0«3\0utput ■ ~ j
jS<(seName sam
[Append Data wf
204 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 404 ---
5 Обработка изображений | 5.9 Функции обработки изображений
Параметр Описание
Image Folder (Папка с
изображениями)
Папка с изображениями, подлежащими
измерению.
Data Folder (Папка
данных)
Папка, в которой сохраняются списки данных *csv.
Base Name
(Основное имя)
Имя списка данных.
Append Data
(Добавление
данных)
Флажок установлен: для каждого класса
сохраняется сборный список данных *csv,
содержащий данные измерений всех
изображений.
Флажок убран: для каждого изображения
сохраняется один список данных на класс.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 205
--- стр. 405 ---
6 Анализ изображений
изображении________
6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
6 Анализ изображений
6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в
многоканальном изображении
Этот раздел содержит инструкции по настройке программы измерений с
помощью мастера анализа изображений (Image Analysis Wizard). После
чего программа может быть использована для измерения интенсивности
флуоресценции в многоканальном изображении.
В качестве примера используем многоканальное изображение с двумя
каналами (1-й канал — синий, DAPI / 2-й канал — красный, mRFPI)
меченых флуоресцентным красителем клеток. Сначала определим
меченые синим ядра клеток в первом канале. Затем измерим
интенсивность флуоресценции обоих каналов этого канала.
Настройка программы измерений с помощью мастера анализа
изображений
Необходимые предварительные условия I Открыто многоканальное изображение.
■ Выбрана вкладка Analysis (Анализ).
Порядок действий 1 Откройте инструмент Image Analysis (Анализ изображений).
J H Image Analysis
Select а program or create a new one.
Program MEW*
Л Root
Classesl
Setup Image Analysis
Analyze Interactive
Analyze
Откройте меню Options (Опции).
206 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 406 ---
3 Нажмите на строку New (Новый) и введите имя вашей программы
измерений.
6 Анализ изображений | 6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении________________________________________________________
Порядок действий
Для сохранения программы нажмите кнопку Ш О Ш Save
(Сохранить).
5 Нажмите кнопку Setup Image Analysis (Настроить анализ
изображения).
Откроется Мастер анализа изображения (Image Analysis Wizard). В левой
части экрана будут отображаться настройки семи этапов процесса
конфигурации.
Шаг 1. Classes (Классы)
1 Выберите из списка Classi (Класс 1) и введите DAPI Individual
Nuclei (Окрашивание отдельных ядер DAPI) в поле ввода Name
(Имя).
2 Выберите из списка Classes 1 (Классы 1) и введите DAPI All Nuclei
(Окрашивание всех ядер DAPI) в поле ввода Name (Имя).
1 C lasses
Root
i f DAPI All Nuclei
■ DAPI Irxiividuai N > DAPI
( S 3 3 T 3 iis 1 ( RSt t o vTCIS )
Порядок действий
Name I DAPI Individual Nuclei
Channel DAPI
1 .
Color m
3 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 2. Measurement frame (Измерение фрейма)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) i Ред. 1.0 на русском языке 207
--- стр. 407 ---
6 Анализ изображений | 6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении_________________________________________________________________________
Шаг 3. Automatic segmentation (Автоматическая сегментация)
Порядок действий 1 Выберите в списке строку DAPI Individual Nuclei (Окрашивание
отдельных ядер DAPI).
В разделе Threshold (Пороговое значение) установите значение
параметра Tolerance (Отклонение) на 1%.
3 Нажмите на меченые синим ядра клеток на изображении.
Обнаруженные ядра окрасятся в синий цвет. Пороговые значения
отображаются в разделе Threshold (Порог) в полях ввода Lower
(Нижний) / Upper (Верхний).
near-г'1 4 4 ; — •;
^ J ЯЯНМ1Б&& \ ^ 9т Н -зт т
, 5..^ р ^«*• нг* к « Ф т н ч т< М 1 , ‘Г а «м г
Нажимайте на области меченых синим клеточных ядер, которые не
были обнаружены, до их полного окрашивания в синий цвет.
Установите флажок Fill (Заполнение).
Все отверстия обнаруженных клеточных ядер будут заполнены.
В выпадающем списке раздела Separate (Разделить) выберите
Watersheds (Водоразделы) и задайте значение «3».
208 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 408 ---
Между клеточными ядрами теперь отображаются четкие
разделительные линии.
6 Анализ изображений | 6.1 Измерение интенсивности флуоресценции в многоканальном
изображении________________________________________________________________________
Порядок действий
Порядок действий
Порядок действий
7 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 4. Condition (Условие)
1 Снимите флажок Execute (Выполнить).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 5. Interactive segmentation (Интерактивная сегментация)
1 Снимите флажок interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 6. Measurement features (Свойства измерения)
1 Выберите в списке строку DAPi individuai Nuciei (Окрашивание
отдельных ядер DAPI).
2 В разделе Region Features (Свойства области) нажмите кнопку Edit
(Редактировать).
Откроется диалоговое окно Feature Seiection (Выбор свойств).
3 Последовательно дважды щелкните по Mean Vaiue (Средняя
величина), Intensity Mean Value of channel 'DAPI' (Средняя
величина интенсивности канала 'DAPI') и Intensity Mean Value of
channel 'mRFPV (Средняя величина интенсивности канала
■mRFPI').
Свойства отобразятся в списке Selected Features (Выбранные
свойства) слева.
4 Удалите из списка ненужные свойства (например, Area (Площадь),
Perimeter (Периметр)). Выберите свойство и нажмите на кнопку
Delete (Удалить).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 209
--- стр. 414 ---
6 Анализ изображений | в.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра
4 Нажмите на синюю иконку канала в разделе Channel (Канал).
Image Analysis Wizard
^ Root
л Nudei
Р Individual Nudeui DAPI
Remdve Class
Nan^ Irulividi^Nijdw
Channel DAPI
Порядок действий
Вы настроили классовую пару для ядер.
1 Нажмите кнопку Add Class (Добавить класс).
2 Выберите из списка Classes3 и введите Signals (Сигналы) в поле
ввода Name (Имя).
3 В выпадающем списке раздела Color (Цвет) выберите зеленый цвет.
4 Выберите в списке строку Class3 и введите Individual Signal
(Отдельный сигнал) в поле ввода Name (Имя).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 215
--- стр. 415 ---
5 Нажмите на зеленую иконку канала в разделе Channel (Канал).
6 Анализ изображений | 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра ____________
Image Analysis Wizard
^ ^ Root
л Nudei
л Individual
V
Incfividuai SicM ЭТ
Add Class ^ Remcv6t3ass
Name
Channel
Порядок действий
Порядок действий
Вы настроили классовую пару (дочерний класс) для сигналов внутри
класса Individual Nucleus (Отдельное ядро) (родительский класс).
1 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 2. Measurement frame (Измерение фрейма)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 3. Automatic segmentation (Автоматическая сегментация)
Порядок действий 1 Выберите в списке строку Individual Nucleus (Отдельное ядро).
Под списком отобразятся параметры сегментации (Smooth
(Сглаживание), Sharpen (Усиление резкости), Minimum Area
(Минимальная площадь) и т. д.).
2 В выпадающем списка раздела Smooth (Сглаживание) выберите
опцию Gauss (По Гауссу) и установите параметр Sigma (Сигма)
на 1.5.
3 Нажмите на меченые синим ядра клеток на изображении.
216 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 416 ---
Обнаруженные ядра окрасятся в синий цвет. Пороговые значения
отображаются в разделе Threshold (Порог) в полях ввода Lower
(Нижний) / Upper (Верхний).
4 Нажимайте на области меченых синим клеточных ядер, которые не
были обнаружены, до их полного окрашивания в синий цвет.
5 В выпадающем списке раздела Separate (Разделить) выберите
строку Watersheds (Водоразделы) и задайте значение «17».
Между клеточными ядрами теперь отображаются четкие
разделительные линии.
6 Анализ изображений | 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра
10
11
12
6 Выберите в списке строку Individual Signal (Отдельный сигнал).
Под списком отобразятся параметры сегментации (Smooth
(Сглаживание), Image Sharpness (Резкость изображения), Minimum
Area (Минимальная площадь) и т. д.).
7 В выпадающем списка раздела Smooth (Сглаживание) выберите
опцию Gauss (По Гауссу) и установите параметр Sigma (Сигма)
на 1.5.
8 Нажмите на меченые зеленым сигналы на изображении.
Обнаруженные сигналы окрасятся в зеленый цвет. Пороговые
значения отображаются в разделе Threshold (Порог) в полях ввода
Lower (Нижний) / Upper (Верхний).
9 Нажимайте на области зеленых сигналов, которые не были
обнаружены, до их полного окрашивания в зеленый цвет.
Установите флажок Fill (Заполнение).
Все отверстия обнаруженных сигналов будут заполнены.
в в ы п а д а ю щ е м с п и с к е р а з д е л а S e p a r a t e ( Р а з д е л и т ь ) в ы б е р и т е
строку Watersheds (Водоразделы) и задайте значение «17».
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 217
--- стр. 417 ---
6 Анализ изображений 1 6.2 Подсчет числа флуоресцентных каналов на ядра
Между сигналами теперь отображаются четкие разделительные линии.
« •
Порядок действий
Порядок действий
Порядок действий
13 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 4. Condition (Условие)
1 Снимите флажок Execute (Выполнить).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 5. Interactive segmentation (Интерактивная сегментация)
1 Снимите флажок Interactive (Интерактивно).
2 Нажмите кнопку Next (Далее).
Шаг 6. Measurement features (Свойства измерения)
1 Выберите в списке строку Nuclei (Ядра).
2 В разделе Region Features (Свойства области) нажмите на кнопку
Edit (Редактировать).
Откроется диалоговое окно Feature Selection (Выбор свойств).
3 Дважды кликните на идентификационный номер (ID) в списке справа.
Свойства отобразятся в списке Selected Features (Выбранные
свойства)слева.
4 Удалите из списка ненужные свойства. Выберите свойство и
нажмите на кнопку ИЕЯ Delete (Удалить).
218 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 425 ---
7 Импорт/экспорт изображений
7 Импорт/экспорт изображений [ 7.1 Последовательность операций экспорта/импорта^
7.1 П о с л е д о в а т е л ь н о с т ь о п е р а ц и й э к с п о р т а /и м п о р т а
В Примере описывается последовательность операций экспорта
изображений (Image Export). Обычная последовательность операций
одинакова как для экспорта, так и для импорта изображений.
Необходимые предварительные условия
изображений).
Выбрана вкладка Processing (Обработка
Порядок действий 1 Выберите метод
В инструменте Method (Метод) откройте группу Export/Import
(Экспорт/Импорт) и выберите метод Image Export (Экспорт
изображений).
J ^ \ i l J 0
Locate Acquisrt:ion ; Processing | Analysis Extensions
Function:
Single
Method
Recently used
Impose Noise
Calculate Histogram
<> le t.* V
Л , . V •
Search piM Ш ЯРСЯИЧК в SI в йвкв
^ в utilities
•а & Export/Import
Image Export
Movie Export
ОМЕ TIFF-Export
Export
Image Import
^ Image Analysis
226 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 426 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.1 Последовательность операций экспорта/импорта
Задайте параметры метода.
В меню Method Parameters | Parameters (Параметры метода |
Параметры) задайте необходимые настройки экспорта, например
тип файла, качество, папка экспорта и т. д.
Locate Acquisition ' Processing ■ Analysis
Function: image Export
Single Batch У
Apply
Extensions
Method
“ Method Parameters
‘ Parameters
Fife type JPEij File Interchange Format (JPEG)
Quality 1 ........................ , , ,0. 100 95 _
Resize 1 . ; г ; . , ; OlOO
Export to C\Users\M18MUCPIC7\P*ctures
Defaults
3 Выберите изображение для экспорта
В меню Image Parameters | Input (Параметры изображения | Входное
изображение) выберите изображение, которое необходимо
экспортировать. Для этого нажмите на небольшое изображение для
предварительного просмотра в инструменте Input (Входное изображение).
Будет доступен предварительный просмотр всех открытых изображений.
Выберите нужное изображение, нажав на него. Это необходимо, только
если открыто несколько изображений
руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) | Ред. 1.0 на русском языке 227
--- стр. 427 ---
одновременно. По умолчанию выбранное изображение всегда
используется в качестве входного.
7 Импорт/экспорт изображений [ 7.1 Последовательность операций экспорта/импорта
^ 1 ^ 1
Locate Acquisrtion ^ Processing Analysis Extensions
Function: Image Export
V
Single Batch Ао„[»
Method
M ethod Parameters
Parameters
Image Parameters
r I iiiiiispwBur,.
- Ч й. . • S ’ ✓ S b o w A B
3ChSD Tile.cit
I - .
» '• “ * ^ * » r
3ChSD Tile Stitch.czi
Input Defin'rtion « /S ► 389,98 MB
у
3ChSDTile.czi
424,85 MB
4 Экспортируйте изображение
В верхней части вкладки Processing (Обработка изображений)
нажмите кнопку Apply (Применить).
LockeStAcquisition Processing
Function: Image Export
Single
^3
Extensions
Apply
Вы успешно экспортировали выбранное изображение.
228 руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 428 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.2 Экспорт изображений
7 .2 Э к с п о р т и з о б р а ж е н и й
с помощью функции Quick Export (Быстрый экспорт) изображения можно
автоматически экспортировать одним щелчком мыши, без настройки
параметров метода.
Необходимые предварительные условия
Порядок действий 1
Получено или открыто изображение.
В правой области инструментов в нижней части окна Images and
Documents (Изображения и документы) нажмите на кнопку Quick
Export (Быстрый экспорт).
Images and Documents
Container 1
Щ С - -
Ж «
ChSn.tch.cz
389,^ MB/390,79 MB
3ChSDTile.czi’
C
424,85 MB / 427,06 MB• S 3 - .
BrineShrimp.c ★ ★
: C
95,94 MB / 96,28 MB
Arabt...ane.czt
138,53 MB / 138,61 MB
Или же в меню File | Export/Import (Файл
на Quick Export (Быстрый экспорт).
Экспорт/Импорт) нажмите
Выбранное изображение будет автоматически экспортировано со
стандартными настройками метода Image Export (Экспорт изображений)
(JPEG, качество: 95%, размер: 100%). Изображение находится в одной из
подпапок папки изображений Windows (.../User/Му Pictures).
•
1 Примечание
Тип и источник риска
Если изображение покадровой съемки экспортируется с помощью функции
Quick Export (Быстрый экспорт), то автоматически создается видеофайл с
использованием настроек по умолчанию метода Movie Export (Экспорт
видеофайлов).
7 .3 Э к с п о р т в и д е о ф а й л о в
с помощью функции Quick Export (Быстрый экспорт) видеофайлы можно
автоматически экспортировать одним щелчком мыши, без настройки
параметров метода.
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто изображение
временной серии или изображение серии срезов по оси Z.
Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 229
--- стр. 429 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.4 Экспорт многоканальных изображений
Порядок действий 1 В правой области инструментов в нижней части окна Images and
Documents {Изображения и документы) нажмите на кнопку Quick
Export (Быстрый экспорт).
'Ь Images and Documents
Container 1
3ChS...tch.c2i
У 389,98 MB / 390,79 MB
3ChSD THe.czi‘
424,85 MB / 427,06 MB
L BrineShrimp.G ♦ *
95,94 MB/96,28 MB
Arabi...ane.czi
138,53 MB/138,61
a ^ к
Или же в меню File | Export/Import (Файл
на Quick Export (Быстрый экспорт).
Экспорт/Импорт) нажмите
Выбранный эксперимент будет автоматически экспортирован со
стандартными настройками метода Movie Export (Экспорт видеофайлов)
(AVI, исходный размер). Видеофайл можно находится в одной из подпапок
папки изображений Windows {.../User/Му Videos).
7 .4 Э к с п о р т м н о г о к а н а л ь н ы х и з о б р а ж е н и й
в этом разделе вы научитесь экспортировать отдельные изображения из
многоканального изображения стремя каналами и автоматически
сохранять их в ZIP-архиве. Вы также узнаете, как экспортировать целое
многоканальное изображение (псевдоцветное изображение) в виде
отдельного изображения.
Необходимые предварительные условия
изображение.
Получено или открыто многоканальное
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) откройте
параметры Image Export (Экспорт изображений) {Ctrl+6 или в меню
File I Export/Import | Export (Файл [ Экспорт/Импорт | Экспорт)).
230 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 430 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.4 Экспорт многоканальных изображений
На экране отобразятся настройки по умолчанию параметров
экспорта изображения. Убедитесь, что активирован режим Show А1)
(Показать все).
Locate Acquisition Processing ' Analysis Extensions
Function: Image Export
Method
“ Method Parameters
Parameters
Settings
✓ ShowM
File type M G FiFeMeTcbange Format (MG) ^ -
Quality 1 , . , .fi. 100 , 95 | ;
Resize 1 . . г 1 0 0 100% T1 . . Г . . ,
■ Original Data
iff Shift Pixel
^ /фр1у Display Curve and Channel Color
Burn-in Graphics
U T Merged Channels Image
' ■ Individual Channels Image
■ Use channel names
• Use Full Set of Dimensions
Define SubsetV*
Export to t^\Uscfs\M18MUCW<APktufes
V Create folder
■ Generate xml file
yf Generate zip file
Prefix BrineSbrirnj»^^Bi^ 5^
Defaults
.... - 'y * * * * 1,V " ii lif f ’ il J
Установите флажок Individual Channels Image (Изображение c
отдельными каналами).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 231
--- стр. 431 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.4 Экспорт многоканальных изображений
Изображение будет экспортировано из каждого канала. Флажок
Multichannel Image {Многоканальное изображение) установлен по
умолчанию. Это означает, что псевдоцветное изображение
(изображение со смешанными цветами из всех каналов) будет
экспортировано в виде отдельного изображения.
Parameters ^Sbow.
Settings
File type iPEG File Interchange Format (JPEG)
Quality 1 . ; , 100 95
100 100%
■ Original Data
Ш Shift Pixel
Vf Apply Display Curve and Channel Color
W f Burn-in Graphics
M erneH C hanneU Tm aop
Vf Individual Channels Image
, j Use channel names
• Use Full Set of Dimensions
Define Subset
Export to
?/ Create folder
■ Generate xml file
■ Generate zip file
Установите флажок Generate zip file (Создать zip-файл) под строкой
Export to (Экспортировать в). Установите флажок Create folder
(Создать папку) для создания подпапки с префиксом в имени.
232 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 432 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
ZIP-архив сохранится в подпапке.
Parameters
Settings ▼
File type iPEG File Interchange Format (JPEG)
Quality 1 Л . , ..........................100 95 \X
Resize 1 , , , , , , ,,.,^ 100 100%"?
■ Original Data
^ Shift Pixel
^ Apply Display Curve and Channel Color
!/ Burn-in Graphics
Merged Channels Image
Individual Channels Image
■ Use channel names
• Use Full Set of Dimensions
« Define Subset
Export to PVOsers\M18MUCPKAPtctures
Create folder
' vm l filA
Generate zip file
Prefix BfineShrinnp____________ ____
Нажмите кнопку Apply (Применить) в верхней части вкладки
Processing (Обработка изображений).
& p p f ? ' ю
Locate Acquisition Processing ; Analysis
Function: Image Export
xtensfons
Single Apply
Вы успешно экспортировали изображения отдельных каналов и
псевдоцветное изображение вашего многоканального изображения и
автоматически сохранили их в ZIP-формате. ZIP-архив с 4 изображениями
находится в указанной папке экспорта.
7 .5 И м п о р т и з о б р а ж е н и й с е р и и с р е з о в п о о с и Z
Необходимые предварительные условия I Отдельные изображения серии срезов по оси
Z сохранены в папке на вашем компьютере. Изображениям были
систематически присвоены имена, например: lmage_Z0, lmage_Z01
и т. д.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 233
--- стр. 433 ---
7 Импорт/экспорт изображений [ 7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) откройте
параметры Image Import (Импорт изображений) (или в меню File ]
Export/Import I Import (Файл | Экспорт/Импорт | Импорт)).
На экране отобразятся настройки по умолчанию параметров
импорта изображения.
Установите флажок Z-stack (Серия срезов по оси Z). Отключите все
остальные измерения.
Locate Acquisition Processing Analysis Extensions
Function: Image Import
Single Batch App^
Method
” Method Parameters ' i
Parameters
Multichannel
^ Z-Stack
Interval 0,02 pm| Slices 1
■ Time Series
Positions
О Scalings
Defaults
Введите интервал для серии срезов по оси Z. Число плоскостей
устанавливается автоматически, если изображениям были
систематически присвоены имена.
234 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 434 ---
7 Импорт/экспорт изображений | 7.5 Импорт изображений серии срезов по оси Z
4 В разделе Import from {Импорт из) выберите папку, в которой
размещаются отдельные изображения серии срезов по оси Z.
Locate Acquisition ’ Processing Analysis Extensions
Function: Image Import
Single Batch s /
Apply
Method
Method Parameters ■ 'V:
Parameters
MuKtchannel
j/Z-Stack
Interval 0,( Slices 10 'i
Time Series
В Tiles
В Positions
О Scalings
Defaults
Automatic Sequential
Import from C;\Users\M18MUCPKAPictures\Z-aacl^| f S
File Name
Z-Stack_z01.jpg
Z-Stack_z02.jpg
Z-Stack_z03.jpg
Z-Stack_z04.jpg
Z-Stack_205.jpg
Z-Stack_z06.jpg
Z-Stack_z07.jpg
Z-Stack_z08.jpg
Z-Stack_z09.jpg
Z'Stack_^0.jpg
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 235
--- стр. 437 ---
8 Обратная связь по эксперименту | 8.1 Введение
8 Обратная связь по эксперименту
8.1 В в е д е н и е
8 .2
Функция «Обратная связь по эксперименту» (условному или
настраиваемому эксперименту) ПО ZEN позволяет определять
специальные правила и действия, которые должны выполняться во время
проведения эксперимента. Например, изменение хода выполнения
эксперимента в зависимости от текущего состояния системы или природы
полученных данных во время выполнения эксперимента. Более того,
возможна интеграция определенных задач, таких как запись данных или
запуск внешнего приложения непосредственно в эксперимент
визуализации. В основном но не только, подобный эксперимент сочетает в
себе выбор изображения с автоматическим анализом изображений в
режиме онлайн.
Эксперименты с обратной связью можно настраивать и контролировать с
помощью инструмента Experiment Feedback (Обратная связь по
эксперименту) и Script Editor (Редактор сценариев). Обратите внимание,
что функция «Обратная связь по эксперименту» является частью модуля
Advanced Processing (Расширенная обработка). Примерная
последовательность операций обратной связи по эксперименту описана в
разделе «Последовательность операций обратной связи по
эксперименту» [► 238].
Обратите внимание, что здесь не дается подробное описание обратной
связи по эксперименту, поскольку подробная инструкция по выполнению
экспериментов с обратной связью и множество других руководств
представлена на DVD-диске ZEN в папке.../Other/Experlment
Feedback/Example Tutorials.
П о с л е д о в а т е л ь н о с т ь о п е р а ц и й о б р а т н о й с в я з и
п о э к с п е р и м е н т у
Рисунок 8.1. Последовательность операций обратной связи по
эксперименту
238 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 438 ---
На данной блок-схеме изображена типовая последовательность операций
в экспериментах с обратной связью. В ней указаны наиболее важные
этапы;
8 Обратная связь по эксперименту | 8.2 Последовательность операций обратной связи по
эксперименту____________________________________________________________________________
Этап Описание
Определить
эксперимент
Необходимо тщательно спланировать эксперимент,
подобрать правильные параметры (временная
серия, серия срезов по оси Z, многоканальное
изображение и т. д.), необходимые для получения
точных результатов в исследовании 0. После
определения эксперимента рекомендуется получить
образец данных, которые затем будут
использоваться для проверки анализа изображения.
Определить
анализ
изображений
На данном этапе используется мастер анализа
изображений для создания и визуализации канала
анализа для последующего использования внутри
сценария обратной связи [?]. С помощью сценария
доступны только указанные параметры и
настоятельно рекомендуется протестировать канал
анализа изображений, чтобы гарантировать, что
полученные результаты имеют значение.
Дополнительно можно создавать настройки анализа
изображений программным путем с помощью
макрофункции разработки открытых приложений
(ОАО, от англ. Open Application Development).
Определить
правила и
измеряемые
величины
На данном этапе принимается решение о том, как на
самом деле должен работать сценарий. Что следует
соблюдать и как должен реагировать эксперимент на
определенное событие Щ После выяснения
основной идеи можно приступать к определению
правил в сценарии обратной связи
Начать На данном этапе можно начинать эксперимент и
эксперимент наблюдать за его результатами. Общий замысел
этой последовательности операций можно описать в
виде цикла получения изображения. Каждый раз
после «чего-то», обычно получения изображения,
выполняется определенный сценарий. Проверяются
правила и, если необходимо, выполняются
определенные задачи.
Помимо этого, можно экспортировать или
записывать данные в текстовый файл и (или)
запускать внешнее приложение в любой момент
выполнения эксперимента. Наиболее подходящий
момент для выполнения подобных действий зависит
от типа приложения.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 239
--- стр. 439 ---
9 Персонализация приложения | 9.1 Выбор дизайна
9 Персонализация приложения
9.1
Порядок действий
В ы б о р д и з а й н а
1 Из выпадающего списка Design (Дизайн) в области конфигурации
рабочего пространства выберите Light (Светлый)/Оагк (Темный)
дизайн.
Wofkspace Zown
.. П Я f f X
Design 15arF^ ^ Workspace
9 .2 П е р с о н а л и з а ц и я п а н е л и и н с т р у м е н т о в
Необходимые предварительные условия Ш Открыто меню Tools \ Customize Application
(Инструменты | Персонализация приложения).
■ Вкладка Toolbar (Панель инструментов) выбрана по умолчанию.
Порядок действий 1 Нажмите на строку в списке Available Toolbar Items (Доступные
элементы панели инструментов).
Отобразится список всех доступных элементов в этой группе.
Дважды нажмите на элемент.
Элемент будет добавлен в список выбранных элементов панели
инструментов (Selected Toolbar Items) и появится на панели
инструментов (Toolbar) приложения. Добавить элемент также можно
путем перетаскивания.
Для изменения порядка расположения символов на панели
инструментов воспользуйтесь кнопками Вверх/Вниз.
Чтобы удалить иконку с панели инструментов, нажмите на кнопку
К Я Delete (Удалить).
5 Нажмите кнопку Close (Закрыть), чтобы закрыть диалоговое окно.
Изменения сразу вступят в силу.
Панель инструментов (Toolbar) успешно персонализирована.
240 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 449 ---
Форум пользователей
Форум пользователей был создан для обмена макрокомандами между
пользователями и обсуждения программных решений. На форуме вы
найдете множество примеров макрокоманд и дополнительную
документацию. Форум пользователей доступен по ссылке:
www.zeiss.com/ZEN-OAD .
1 1 .2 З а п у с к с у щ е с т в у ю щ е й м а к р о к о м а н д ы
Необходимые предварительные условия ■ Наличие лицензированной версии ZEN 2.3
(blue), например ZEN pro, ZEN desk или ZEN system. Обратите
внимание, что в ZEN lite макросреда отсутствует.
■ Отсутствие лицензионного модуля макросреды (Macro Environment).
■ Наличие файла макрокоманды, который необходимо воспроизвести
b ZEN.
11 Разработка открытого приложения (OAD) 111.2 Запуск существующей макрокоманды _______
Порядок действий 1
2
3
Скопируйте файл макрокоманды в папку:
.../User/My Documents/Carl Zeiss/ZEN/Documents/Macros.
Запустите ПО ZEN.
В правой области инструментов откройте инструмент Macro
(Макрокоманды).
Макрокоманда отобразится в списке под заголовком User
Documents (Пользовательские документы).
4 Выберите свою макрокоманду.
5 Нажмите кнопку Run (Запустить).
Ваша макрокоманда выполнена. Вы успешно воспроизвели макрокоманду
b ZEN.
250 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 450 ---
11 Разработка открытого приложения (ОАО) | 11.3 Запись макрокоманды
11.3 Запись макрокоманды
в этом разделе приводятся инструкции по записи макрокоманды простого
процесса обработки.
Необходимые предварительные условия ■ Наличие лицензионного модуля макросреды
(Macro Environment).
■ Открыт инструмент Macro (Макрокоманды) в правой области
инструментов.
1 Нажмите кнопку Record (Запись).Порядок действий
^ Macro
Record Run Stop
О Selection
О Preview
О Properties
’MacrolHftoT^'
Загрузите цветное изображение с помощью меню File | Open...
(Файл I Открыть...).
Перейдите во вкладку Processing (Обработка изображений).
Под заголовком Method (Метод) выберите Edges | Sobel (Границы |
По Собелю).
В меню Method Parameters | Normalization (Параметры метода |
Нормализация) выберите элемент Clip (Отсечение).
Под заголовком Image Parameters (Параметры изображения)
установите цветное изображение для входного изображения (Input).
В верхней части вкладки Processing (Обработка изображений)
нажмите кнопку Apply (Применить).
К используемому изображению будет применен метод Собеля.
Будет создано выходное изображение и открыто в новом
графическом контейнере.
В инструменте Macro (Макрокоманды) нажмите кнопку Stop (Стоп).
Вы успешно записали макрокоманду для простого процесса обработки.
Данный процесс теперь можно повторять автоматически путем
воспроизведения записанного файла макрокоманды.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 251
--- стр. 451 ---
12 Расширение ImageJ 112.1 Введение
12 Расширение ImageJ
12.1 Введение
в по ZEN включено бесплатное расширение ImageJ, которое обладает
следующими возможностями;
■ Позволяет выполнять быстрый обмен изображениями, от простых -
двухмерных изображений до более сложных, многомерных
объектов, таких как серии срезов по оси Z, временные серии и т. д.
Обмен может производиться в обоих направлениях: от ZEN в ImageJ
и наоборот.
■ Пользователь может выполнять функции ImageJ на ImageJ, не
покидая среды ZEN.
■ И наконец, расширение ImageJ позволяет пользователю сочетать
два преимущества, упомянутых выше: пользователи могут
отправлять изображение ZEN в ImageJ, обрабатывать его в нем, и
затем пересылать результирующее изображение обратно в ZEN в
один прием.
Обратите внимание, что существуют разные версии и варианты ImageJ и
Fiji. Настоящее руководство основывается на ImageJ/Fiji версии 1.46.
См. примечания по характерным отличиям остальных версий и вариантов.
Для простоты при упоминании расширения ImageJ далее по тексту также
подразумевается Fiji.
12.2 Подготовительные процедуры
1 Примечание
Помните, что в ZEN lite расширение ImageJ отсутствует.
Порядок действий 1 Установите ImageJ на компьютер. Убедитесь, что используется
последняя версия расширения {после завершения установки
проверьте обновления в режиме онлайн).
2 Загрузите файл locl_tools.jar и сохраните в папке ImageJ/plugins.
3 Обозначьте имя папки предпочтительным альтернативным именем.
Несмотря на то, что вы можете свободно переключаться между
средами, целесообразно придерживаться одной и той же среды,
после того как вы начали добавлять собственные программы и
макрокоманды.
4 Папка ImageJ/Fiji, которую вы впоследствии будете использовать,
может принадлежать либо только вам, либо использоваться
совместно с остальными пользователями системы. Решать вам:
если вы — единственный пользователь, никто не получит доступ к
содержимому вашей папки {изображениям, макрокомандам и т. д.),
но в будущем вам придется копировать и распространять ее
содержимое, если оно будет представлять интерес для остальных
пользователей системы.
Вы успешно выполнили все необходимые предварительные условия.
Теперь можно перейти к настройке ImageJ в ПО ZEN.
252 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 453 ---
12 Расширение Imaged 112.4 Отправка и загрузка изображений
12.4
Порядок действий
Отправка и загрузка изображений
1 в левой области инструментов нажмите на вкладку Analysis
(Анализ).
Отобразится группа инструментов ImageJ с инструментом Apply
(Применить).
Locate Acquisition Processing Analysis ; Reporting
jP Interactive Measuremer^t
jp Image Ana^is
Imaged
Ф Disclaimer
U Method
✓ ShowAl Й
■ Й
4 4
Apply Send Image Retrieve Image
Method
Parameters
Порядок действий Для пересылки изображения из ПО ZEN в расширение Imaged
выберите изображение в ZEN.
Нажмите кнопку Send Image (Отправить изображение).
Изображение будет отправлено в Imaged и открыто в новом фрейме
изображения. Теперь можно редактировать изображение в
приложении Imaged.
Для загрузки изображения из приложения Imaged в ZEN выберите
изображение в Imaged.
Нажмите кнопку Retrieve Image (Загрузить изображение).
Изображение откроется в ZEN.
Вы успешно выполнили обмен изображениями между ZEN и Imaged.
12.5 Использование методов ImageJ
Расширение предлагает возможность отправки изображений в Imaged для
обработки и (или) загрузки результата обработки. Ниже приведены
основные шаги по применению методов обработки изображений в Imaged.
Необходимые предварительные условия ■ Открыта вкладка Analysis (Анализ) в Imaged.
254 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 454 ---
12 Расширение ImageJ 112.5 Использование методов ImageJ
Порядок действий 1 В инструменте Methods (Методы) выберите команду или метод,
который необходимо применить, например макрокоманду ImageJ.
<едЗ
Locate Acquisition Processing .
Л? Ш
Analysis i Reporting
в Interactive Measurement
JP Image Analysis
" ImageJ
G333H
Ф Disclaimer
U Method BatchModeCalculator
У
Apply Send Image Retrieve Image
Method
Recently used
macros
tools
toolsets
AnimatedGaussianBlur
AnimationMecros
BatchModeCalculator
BatchModeTest
Calculations
Parameters
2 В инструменте Parameters (Параметры) укажите, использовать в
выбранном методе входное и (или) результирующее изображение.
3 Для выполнения команды в инструменте Apply (Применить)
нажмите кнопку Apply.
Вы успешно применили выбранный метод к изображению.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 255
--- стр. 455 ---
12 Расширение Imaged 112.6 Типы изображений, используемые при отправке/загрузке
12.6 Типы изображений, используемые при
отправке/загрузке
Из ZEN в Imaged
Тип изображения Получено
как...
Примечания
.tif, .jpg, .bmp, .png, .gif Исходное
.ome.tif Исходное
Двухмерное, ч/б, .czi 32-битное
(RGB)
Преобразуйте изображение в
Imaged в необходимый тип
пикселя с помощью команды
Image > Туре (Изображение > Тип)
Двухмерное, 24/48-
битное, цветное, .czi
32-битное
(RGB)
Двухмерное, 36/42-
битное, цветное, .czi
Преобразуйте CZI-изображение в
24/48-битное перед отправкой или
использованием в выбранном
методе.
Многоканальное х
серия срезов по оси Z
X временная серия
Многомерное
изображение
При необходимости измените
измерения, например с помощью
команды Image > Hyperstacks
(Изображение > Гиперстеки).
Цвета каналов могут отличаться
от установленных в ZEN.
Мозаичные
изображения
— Загружается только первая
мозаика.
12-битные, ч/б Ошибка в
Imaged
Обходное решение;
преобразовать в ZEN тип пикселя
изображения в 16-битный
Из Imaged в ZEN
Тип изображения Получено
как...
Примечания
.tif, .jpg, .bmp, .png, .gif Исходное
.ome.tif Исходное
Двухмерное, ч/б или
RGB
ч/б, RGBTIF
Многоканальное x
серия срезов по оси Z
X временная серия
Многомерное
изображение
Совет; выберите RGB в Quick
Color Setup (Быстрая настройка
цвета) для получения тех же
цветов каналов, что и в Imaged.
Мозаичные
изображения
— Загружается только первая
мозаика.
256 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 488 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
4 В режиме Live (Живое изображение) для корректировки Z-величины
воспользуйтесь инструментом Focus (Фокусировка) (или SW Autofocus
(Программная автофокусировка)).
5 Нажмите кнопку Set Z and Move to Next (Установить Z-величину и
переместиться к следующей).
Проверенная контрольная точка будет отмечена зеленой галочкой.
Столик автоматически переместится в следующую контрольную точку в
списке.
6 Выполняйте последние 3 шага, пока не проверите все контрольные
точки.
После этого отобразится сообщение: “АН points have been verified”
(«Все точки подтверждены»).
7 Закройте диалоговое окно Verify Tile Regions/Positions (Проверить
области мозаики/позиции).
Вы скорректировали и проверили Z-величины всех контрольных точек.
1 Примечание
Позиции всегда имеют горизонтальную локальную фокальную
поверхность, которая определяется Z-величиной позиции. Если позиции
используются в дополнение к областям мозаик, то подтвердить Z-
величины позиций можно с помощью аналогичного диалогового окна.
Откройте диалоговое окно, нажав кнопку Verify Positions... (Проверить
позиции...) в разделе Positions (Позиции) инструмента Tiles (Мозаики).
13.1.9.2.3
Порядок действий
Выбор степени интерполяции
1 Выберите уровень интерполяции в выпадающем списке Interpolation
Degree (Степень интерполяции) раздела Focus Surface (Фокальная
поверхность).
О Focus Surface (Verify)
iocal (per Tile Region) *
n TRl
ХСмт) У(цт) г\
0 т з 306.6 ол
0 406.0 306.6 02
© 206S 506J О Д
© 406.0 5062 0^
Г, ■ ?-
Verify ТДе Regions/PoshJons,
btf fpoi<iti<5fK r r c
T -"T O il
О Options
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 289
--- стр. 489 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
i примечание
Минимально необходимое число контрольных точек на область мозаики
указывается для каждого элемента выпадающего списка Interpolation
Degree {Степень интерполяции). Надежность вычисления повышается,
если число контрольных точек превышает это минимальное значение.
Поэтому рекомендуется повышать только степень интерполяции,
насколько позволяет поверхность образца, даже если задано больше
контрольных точек. Если число контрольных точек не соответствует
минимальному числу для выбранной степени интерполяции, то степень
интерполяции будет уменьшена автоматически.
Вы успешно создали локальную фокальную поверхность. Теперь можно
начать эксперимент. Чтобы гарантировать получение мозаик с фокальной
поверхностью, программное обеспечение автоматически выберет
наиболее подходящую стратегию фокусирования. Более подробно о
стратегиях фокусирования см. в разделе «Работа со стратегиями
фокусирования» [► 55] в интерактивной справке ZEN.
13.1.9.3 Создание общей фокальной поверхности
Для создания общей фокальной поверхности необходимо распределить
контрольные точки по подложке и указать их позицию фокусировки. Зона
фокусировки по подложке затем интерполируется из величин этих
контрольных точек.
13.1.9.3.1 Распределение контрольных точек
Необходимые предварительные условия ■ Заданы общие параметры для настройки
эксперимента с мозаиками (создан эксперимент, определен по крайней
мере один канал, активированы измерения в модуле Tiles).
■ Для создания общей фокальной поверхности необходим модуль Tiles
(Мозаики).
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений) в инструменте
Tiles (Мозаики).
Порядок действий 1 Откройте раздел Sample Carrier (Подложка).
290 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 490 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
2 Нажмите кнопку Select... (Выбрать...).
Откроется диалоговое окно Select Template (Выбрать шаблон).
3 Выберите необходимый шаблон подложки.
4 Нажмите кнопку Options (Опции) и выберите Сору And Edit...
(Копировать и редактировать...).
Копия существующего шаблона будет создана и открыта в редакторе
лодложки (Sample Carrier Editor).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 291
--- стр. 496 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
Либо отредактируйте имя (Name) области мозаики/позиции, нажав в
модуле Tiles (Мозаики) на соответствующее имя в разделе Tile
Regions (Области мозаик) или Positions (Позиции).
« Tiles ✓ ShowAi
I Ш live in Separate Container
l- r-
j о Tile Regions
Contour
Advanced
Setup
X 5 ' л i ^ * ...........
+
Y 5 ] щ i •
Name Г%
а Category Tiles irz
ш Г'"" Default 9
V TR2 п Default 9 0Д
TR3 п Default 312 Dfi
V TR4 и Default 25 0.0
V TR5 р Default 25 0Д
Iv TR6 а Default 25 0Д
5 Повторяйте эту операцию, когда требуется переименовать разные
области мозаик или позиций.
1 Примечание
Для отображения в последующем имени области мозаики/позиции на
полученных изображениях откройте меню Graphics | Frequent
Annotations | More... (Графические элементы | Часто используемые
аннотации | Дополнительно) и выберите Image.Scene.Name (Имя сцены
изображения) из списка Metadata (Метаданные).
6 Для присвоения или редактирования областей мозаик/позиций
необходимо сначала установить флажки напротив всех областей
мозаик/позиций, которые необходимо сгруппировать в одной категории.
7 Во вкладке Properties (Свойства) нажмите кнопку Options (Опции) под
элементом Category (Категория).
8 В выпадающем списке выберите строку New... (Новый...).
Откроется окно New Category (Новая категория).
9 Введите имя (Name) и добавьте описание (Description) к выбранным
областям мозаик/позициям.
10 Выберите цвет (Color) для новой категории, нажав на цветную полосу и
выбрав желаемый цвет.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 297
--- стр. 497 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
11 Для создания новой категории нажмите ОК.
Окно New Category (Новая категория) закроется, и будет создана новая
категория.
12 В выпадающем списке Category (Категория) выберите для выбранных
областей мозаик/позиций необходимую категорию.
Tik Region Setup PosItionSelup Properties Support Points :
Properties of Selected Tile Regions
Use for Acquisition
N a m i A i
Ш Ш
If'tfon
Z 0,0 pm
Category •
Областям мозаик/позициям будет присвоена выбранная категория.
1 Примечание
Обратите внимание, что предопределенную категорию можно применить к
дифференцированному выбору областей мозаик/позиций из нескольких
лунок.
Также обратите внимание, что присвоенный цвет используется как
свойство только во вкладке Tiles (Мозаики) (левая область панели
инструментов).
1 Примечание
Для отображения свойств категории области мозаики/позиции (Name
(Имя) и (или) Description (Описание)) в полученном изображении
перейдите в меню Graphics | Frequent Annotations [ More... (Графические
элементы | Часто используемые аннотации | Дополнительно).
Введите в строку поиска слово "category” («категория») и выберите
свойство, которое необходимо отобразить (несмотря на наличие опции
Color (Цвет), программное обеспечение данный элемент не отображает).
1 Примечание
Для настройки параметров аннотаций (например, размера шрифта)
нажмите на аннотации правой кнопкой мыши и перейдите в меню Format
Graphical Elements (Формат | Графические элементы).
298 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 498 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
Отображение категорий в списке мозаик/позиций (Tiles/Positions List)
(левая область инструментов)
Необходимые предварительные условия Ш Выбраны разные позиции или области мозаик
и присвоены разные категории.
Порядок действий 1 В разделе Positions (Позиции) или Tiles (Мозаики) модуля Tiles (левая
область инструментов) выберите позицию или область мозаики.
Щелкните правой кнопкой мыши по выбранной позиции/мозаике и
выберите Sort | By Category (Упорядочить | По категории).
г. Ti\t% ’ ✓SfKHnAI
■ Live in Separate ConUiner
О Tile Regions
Advanced
Setup
Contour
a Category
Set Current 2 for Selected Tile Region*
Set Current W /Z for Selected T ile Regron
Activate
Deactivate
Camer ’ Preview; Scan
Convert to Positions..
By Center Position fY-»
By Cent« Poiition (X •> V)
Позиции/области мозаик будут упорядочены по алфавиту в соответствии с
присвоенными категориями.
13.1.11 Перемещение подложки после инкубации
Если вы хотите получить изображения позиций/областей мозаик на
подложке, снятой со столика, например, для инкубации или замены
иммерсионной среды, следуйте инструкции по перемещению подложки.
Запуск эксперимента
Необходимые предварительные условия ■ Выполнена калибровка столика и размещен
образец, см. раздел «Калибровка столика и выбор канала» [► 263].
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 299
--- стр. 501 ---
9 В качестве метода калибровки (Calibration Method) выберите Search
Reference Point (Поиск контрольной точки).
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями _________________________
Back /ч
Please select the method how the sample earlier will be calibrated.
Search Reference Poii
Next N/
10 Нажмите кнопку Next (Далее).
11 Нажмите кнопку Set Current X/Y (Установить текущую позицию по
оси X/Y).
Be sure that the correct sample carrier is placed on the micro^ope
stage and search the defined reference point.
Sample Carrier Multiwell 6
Relative Reference Point on the Sample Carrier
Location Mode Top Left
Positfon X 0 pm
Position Y 0 pm
Move the stage to the reference point and click the 'Set Current X/Y*
button when found. The current stage position is typically located in
the center of the Live image.
Position X
Position Y
16142.4 pm
7373.4 pm
Set Current ХЛ' ?
12 В инструменте Tiles (Мозаики) нажмите кнопку Advanced Setup
(Расширенные настройки) и добавьте позиции/области мозаик в
интересующие местоположения.
1 Примечание
Увеличение или уменьшение области выполняется колесиком мыши, а
перемещение столика в центральную область экрана к интересующей
точке — двойным щелчком на подложку.
13 После определения всех позиций/областей мозаик нажмите на кнопку
_____^Options (Опции) во вкладке Acquisition (Получение
изображений) менеджера экспериментов (Experiment Manager).
14 Сохраните настройки эксперимента, включая списки позиций/областей
мозаик, нажав либо на Save As (Сохранить как), либо на Export
(Экспорт).
302 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 502 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
Нажатие кнопки Save As сохраняет настройки непосредственно в
менеджере экспериментов (Experiment Manager).
Нажатие кнопки Export сохраняет настройки в выбранной папке.
15 Начните эксперимент и запишите изображения выбранных
позиций/областей мозаик.
16 Уберите образец со столика и поместите, например, обратно в
инкубационную камеру.
17 Закройте программное обеспечение.
Вы выполнили все настройки для успешного перемещения подложки
после проведения эксперимента.
Перемещение подложки после эксперимента
•
I Примечание
Если вы выключили и включили электропитание микроскопа, программное
обеспечение предложит откалибровать столик и (или) приводы
фокусировки. Таким образом, если калибровка многолуночного планшета
проводилась в тех же условиях, то калибровка подложки не потребуется.
Тем не менее следует удостовериться, что остальные параметры, такие
как ориентация планшета и его размещение на микроскопе, не были
изменены.
Порядок действий 1 Перезапустите программное обеспечение.
Во вкладке Acquisition (Получение изображений) перейдите в
менеджер экспериментов (Experiment Manager), в котором загрузите
(Reload) или импортируйте (Import) настройки эксперимента, а также
список позиций/областей мозаик.
В инструменте Tiles (Мозаики) под заголовком раздела Sample Carrier
(Подложка) нажмите на кнопку Calibrate (Калибровать).
V. Tiles
live in SepaiAte Container
Advanced
Setup
О Tile Regions
О Positions
О Sample Carrier
Muitiweli6 Select... ffi
^ Ensure stage/carrier calibration Calibrate.
Move Focus Drive to Load Position Betvreen Container
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 303
--- стр. 503 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
Откроется мастер калибровки подложки (Sample Carrier CalMbration
Wizard).
4 Переместите ранее выбранную контрольную точку образца в центр
перекрестия.
5 Нажмите кнопку Next (Далее).
6 Напротив элемента X/Y Position (Позиция по оси X/Y) нажмите на Set
Zero (Установка нулевой точки).
/.’ Л ( .itv
Back
То be able to relocate lUy positions, you need to calibrate the
CTOrdinate system and therefore set the zero position of the stage
ather manually or automatically.
The manual mode srtsthe currentx/y position to zero. The
automatic mode sets the zero position by means of a reference
movement to the mechanical «nd positions of the stage drive. In
additior\ a reference point can be located on a calibration slide (e.g.
the home slide).
* r Position “ W Z S f o " ^ ^ b 7 i ! r ^
7 Нажмите кнопку Next (Далее).
8 В качестве метода калибровки (Calibration Method) выберите Search
Reference Point (Поиск контрольной точки).
9 Нажмите кнопку Next (Далее).
10 Нажмите на кнопку Set Current X/Y (Установить текущую позицию по
оси X/Y).
'1/Т SoTid- Roftience Point
Back /ч
Be sure that the correct sample canier is placed on the microscope
stage and search the defined reference point.
Sample Carrier MuHiweli &
Relative Reference Point on the Sample Carrier
Location Mode Top Left
Position X 0 pm
Position Y 0 pm
Move the stage to the reference point and click the 'Set Current X/Y'
button when found. The current stage position is typically located in
the center of the Live image.
Position X 1614Л4 prn J ' Sc^ C u rre n tl^ d
PositJonY 7373.4 pm ‘ \ 't
Set Current X/Y
304 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 504 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
13.1.12
11 Теперь необходимо проверить и подтвердить смещение позиций по оси
Z. Для этого следуйте соответствующим указаниям, приведенным в
разделах «Корректировка Z-величин областей мозаики» [► 283] и
«Корректировка Z-величин позиций» [► 284].
Теперь всем выбранным позициям/областям мозаик присвоены верные
X/Y/Z-величины относительно (уникальной, легко опознаваемой)
контрольной точки.
Теперь можно возобновить эксперимент и записать изображения
выбранных позиций/областей мозаик.
Использование подложек
Воспользуйтесь шаблоном для отображения размера и внешнего вида
используемой подложки (например, слайда или многолуночного планшета)
в разделе Advanced Setup (Расширенные настройки). Благодаря этому
области мозаик или позиции легко распределяются по используемой
подложке.
13.1.12.1 Выбор шаблона подложки
Необходимые предварительные условия ■ Заданы общие параметры для настройки
эксперимента с мозаиками (создан эксперимент, определен по крайней
мере один канал, активированы измерения в модуле Tiles).
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений) в инструменте
Tiles (Мозаики).
Порядок действий Откройте раздел Sample Carrier (Подложка).
Нажмите кнопку Select... (Выбрать...).
Откроется диалоговое окно Select Sample Carrier Template (Выбор
шаблона подложки).
3 Выберите существующий шаблон подложки или создайте новый,
нажав на кнопку
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 305
--- стр. 505 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
Пользовательские шаблоны можно выводить на экран или
редактировать, нажав на кнопку ЩыШШ и выбрав Display/Edit...
(Отобразить/редактировать...). Шаблоны Zeiss не редактируются. Для
создания редактируемой пользовательской копии выберите Сору And
Edit... (Копировать и редактировать...).
4 Чтобы закрыть диалоговое окно, нажмите на кнопку ОК.
5 Откалибруйте подложку, нажав на кнопку Calibrate... (Калибровать...).
V. Tiles ✓ She*» АИ
Lwe in S^arate Container
Advanced
Setup
13.1.12.2
О Tile Regions
О Positions
О Sample Carrier
Multtwcll 6
Ensure stagc/carrier calibration
‘ Setect...' Ж
Calibrate.
В Move Focus Drive to Load Position Between Container
Откроется мастер калибровки подложки (Sample Carrier Callibration
Wizard).
6 Следуйте инструкциям мастера калибровки до полной калибровки
подложки.
По завершении калибровки, в разделе Sample Carrier (Подложка)
появится сообщение: “The sample carrier is calibrated” («Подложка
откалибрована»).
1 Примечание
Обратите внимание, что калибровочные значения сохраняются в
эксперименте и могут быть повторно использованы при условии, что вы
работаете с абсолютными координатами посредством калибровки
конечных точек столика и приводов фокусировки, а настройки аппаратного
обеспечения не изменяются. Это поможет сэкономить немало времени,
если вы постоянно работаете с одной моделью подложки и в одном
режиме получения изображений.
Вы успешно выбрали подложку.
Персонализация шаблона подложки
Если вы работаете с подложкой, отсутствующей в базе данных шаблонов,
то создайте новый шаблон, выполнив следующие действия.
Необходимые предварительные условия ■ Выполнены все предварительные условия
проведения эксперимента в модуле Tiles & Positions.
306 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 506 ---
■ Определен по меньшей мере один канал.
■ Установлен флажок Tiles (Мозаики).
Порядок действий 1 Перейдите во вкладку Acquisition (Получение изображений).
2 Откройте инструмент Tiles (Мозаики) и включите режим Show all
(Показать все).
3 Откройте раздел Sample Carrier (Подложка) и нажмите на кнопку
Select... (Выбрать...).
Откроется диалоговое окно Select Template (Выбрать шаблон).
13 Модуль Tiles & Positions [ 13.1 Работа с мозаиками и позициями_______________________
4 Нажмите на кнопку Options и выберите New Template... (Новый
шаблон...).
Откроется диалоговое окно New Sample Carrier Template (Новый
шаблон подложки).
5 Выберите категорию (Category), соответствующую типу используемой
подложки и присвойте имя (Name) шаблону.
New Semple Csrrier Template
Name Slide ....................... ..
Categofy Ш е''- ................."■■■!!!>
Size
Width BHMultslide 1
Petri Dish 1
Height MuHiweH .. 1
Container
Type
^^■Muttichember ■
Ц Н Custom ,■
Columns s. :
Rows -i -
Width 3jXr* mm ;
Height O.i. i r
Distance X : Center to Center
Distance Y .‘.'-•mm : Center to Center
Container Area
C*rnt« i-.i in
Wf Centered in
Reference Point
Location ModeCenter ▼
Portion X
PoshionY 12. jO mm *
76,0x24,0 mm. OCont
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 307
--- стр. 507 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями
1 Примечание
В соответствии с категорией (Category) можно задать разные параметры
шаблона.
Например, если выбрать слайд (Slide), можно настроить ширину
(Width) и высоту (Height) слайда, отрегулировать местоположение
контрольной точки (Reference Point).
Если выбрать шаблон Multislide, Petri Dish, Multiwell (Совмещенное
предметное стекло, чашка Петри, многолуночный планшет) или
Multichamber (Мультикамера), можно настраивать и корректировать
дополнительные параметры используемой подложки.
Если необходимо изменить один из ранее использованных шаблонов,
выберите опцию Category (Категория), которая отображается рядом
используемой подложкой, перейдите во вкладку Category (Категория) и
выберите опцию Custom (Индивидуальный).
1 Примечание
При выборе Custom (Индивидуальный) доступно изменение
дополнительных предустановленных опций шаблона.
Вы персонализировали шаблон подложки или создали индивидуальный.
13.1.13 Экспорт мозаичных изображений
Необходимые предварительные условия ■ Получено или открыто мозаичное
изображение.
Порядок действий 1 Во вкладке Processing (Обработка изображений) откройте параметры
Image Export (Экспорт изображений) {Ctrl+6 или в меню File |
Export/Import I Export (Файл | Экспорт/Импорт | Экспорт)).
На экране отобразятся настройки параметров экспорта изображения.
Убедитесь, что включен режим Show АП (Показать все).
2 Выберите желаемый тип файла. Рекомендуем использовать формат
PNG, поскольку этот формат отличается сжатием без потерь при
приемлемом размере файла.
1 Примечание
Тип и источник риска
В случае исключительно большого размера мозаичных изображений
рекомендуем уменьшить размер тех изображений, которые необходимо
экспортировать. Для этого задайте с помощью ползунка Resize
(Изменение размера) процент уменьшения размера изображений для
э к с п о р т а , н а п р и м е р 25%.
Установите флажок Apply Display Curve and Channel Color
(Применить кривую отображения и цвет канала). Изображения
экспортируются с учетом заданных настроек, например с
корректировками градации тонов или контраста. Если установлен
флажок Original Data (Исходные данные), изображения экспортируются
без изменений. В этом случае настройки кривой отображения,
например корректировки градации тонов и контраста, не принимаются.
308 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 508 ---
4 Выберите кнопку-переключатель Define Subset (Определить поднабор).
Откроются настройки имеющихся измерений.
5 Откройте настройки измерения Tiles (Мозаики).
13 Модуль Tiles & Positions 113.1 Работа с мозаиками и позициями_____________________________
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 309
--- стр. 510 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
7 Нажмите кнопку Apply (Применить) в верхней части вкладки
Processing (Обработка изображений).
Вы экспортировали отдельные мозаики мозаичного изображения.
Файлы расположены в указанной папке экспорта.
13.2 Функции и их назначение
13.2.1 Инструмент Tiles
1 Примечание
Инструмент Tiles (Мозаики) отображается, только если вы приобрели
лицензию и аетивировали этот модуль в Менеджере модулей (Modules
Manager). Кроме того, следует установить соответствующий флажок во
вкладке Acquisition (Получение изображений) менеджера
экспериментов (Experiment Manager).
В инструменте Tiles (Мозаики) настраивается функция получения
изображений, состоящая из нескольких полей изображения.
Соответственно, вы определяете области мозаик (Tile Regions) или
позиции (Positions). Здесь также можно настроить фокальные поверхности
(Focus Surfaces) и шаблоны подложки (Sample Carrier Templates).
Инструмент Tiles (Мозаики) находится в левой области инструментов
под элементом Multidimensional Acquisition (Получение многомерных
изображений).
Рисунок 13.1. Инструмент Tiles
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 311
--- стр. 511 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Live in Separate
Container (Живое
изображение в
отдельном
контейнере)
Advanced Setup
(Расширенные
настройки)
В случае активации живое изображение открывается
в отдельном графическом контейнере. Особо
рекомендуем активировать эту опцию при
использовании двух отдельных мониторов.
Открывается окно расширенных настроек модуля
Tiles (Мозаики) [► 324] в центральной области
экрана.
1 Примечание
Разделы Sample Carrier (Подложка), Focus Surface (Фокальная
поверхность) и Options (Опции) отображаются только в режиме Show Ail
(Показать все).
Если модуль Tiles (Мозаики) не лицензирован, доступны только разделы
Tile Regions (Области мозаик), Positions (Позиции) и Options (Опции).
13.2.1.1 Раздел Tile Regions
В разделе Tile Regions (Области мозаик) можно определять необходимые
области мозаик и добавлять их к изображению.
Параметр Описание
Contour (Контур) Отображается только в режиме Show All (Показать
все).
Здесь выбирается форма или контур добавляемой
области мозаики. Для выбора желаемого контура
нажмите на соответствующую кнопку. Выбранный
контур будет выделен синим цветом.
- Rectangle
(Прямоугольник)
Conto
Параметр позволяет создавать прямоугольные
области мозаик.
312 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 512 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
- Circle (Круг) Параметр позволяет создавать круглые области
мозаик.
Режим
- Tiles (Мозаики) Необходимо задать количество мозаик для расчета
размера области мозаики.
Введите число мозаик в поля ввода X/Y. В случае
добавления круглой области мозаики в поле ввода
Diameter (Диаметр) укажите число мозаик в диаметре.
- Size (Размер) Необходимо задать размер мозаик для расчета
размера области мозаики.
Введите размер области мозаики в поля ввода X/Y. В
случае добавления круглой области мозаики в поле
ввода Diameter (Диаметр) введите диаметр области
мозаики.
- Stake (Маркеры) Параметр определяет область мозаики путем
размещения не менее двух маркеров (координаты
столика по осям ХА', заданные пользователем).
Чтобы изменить область мозаики
(расширить/уменьшить), отрегулируйте область
мозаики до необходимого размера. После
определения области мозаики нажмите кнопку Done
(Выполнено). Чтобы таким образом создать круглые
или прямоугольные области мозаик, выберите
соответствующий контур.
-Add (Добавить) Добавляет область мозаики к изображению.
Добавленная область мозаики также появится в
списке областей мозаик (Tiie Regions List) и будет
активирована для получения изображений.
Добавленные области мозаик отобразятся в виде
красных расчетных сеток в поле обзора столика в
разделе Advanced Tiies Setup (Расширенные
настройки модуля Tiles).
Tile Regions List
(Список
областей
мозаик)
Отображает добавленные области мозаик. Список
содержит следующие столбцы:
- Checkbox
(Флажок)
Активирует соответствующий элемент списка для
полученного изображения.
- Name (Имя) Здесь редактируется имя области мозаики.
- Contour (Контур) Отображает контур области мозаики.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 313
--- стр. 513 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
- Category (Категория)
- Tiles (Мозаики)
-Z
- Size (Размер)
Verify Tile Regions...
(Проверить области
мозаик...)
Описание
Отображает категорию области мозаики.
Категории определяются в настройках области
просмотра Advanced Tiles Setup
(Расширенные настройки модуля Tiles) во
вкладке Properties (Свойства).
Отображает число мозаик в области мозаики.
Отображает лозицию области мозаики ло оси
2.
Отображает размер области мозаики.
Открывает диалоговое окно Verify Tile
Regions (Проверить области мозаик). В
диалоговом окне можно проверить фокус и
позицию каждой точки области мозаики.
Опции списка Tile Regions List
Параметр Описание
Вверх и Вниз S /
Delete (Удаление)
Кнопки вверх/вниз перемещают выбранный
элемент на одну позицию вверх или вниз в
списке областей мозаик (Tile Regions List). Это
позволяет изменять порядок получения
изображений.
Удаляет выбранный элемент списка.
Lock(Блокировка)
Options (Опции)
Set Current!for
Selected Tile Regions
(Установить текущую
позицию по оси Z для
выбранных областей
мозаик)
Set Current X/Y/Z for
Selected Tile Regions
(Установить текущую
позицию по оси X/Y/Z
для выбранных
областей мозаик)
D e le t e ( У д а л и т ь )
Delete АН (Удалить все)
Activate (Активировать)
Deactivate
(Деактивировать)
Unlock (Разблокировать)
Unlock АН
(Разблокировать все)
Разблокирует выбранные элементы списка
для редактирования.
При нажатии на кнопку отобразятся
следующие опции:
Устанавливает текущую позицию по оси Z для
всех выбранных областей мозаик.
Устанавливает текущую позицию по оси X/Y/Z
для всех выбранных областей мозаик.
У д а л я е т т е к у щ у ю о б л а с т ь м о з а и к и .
Удаляет все области мозаик.
Активирует текущую область мозаики для
получения изображения.
Деактивирует текущую область мозаики для
получения изображения.
Разблокирует текущую область мозаики.
Разблокирует все заблокированные области
мозаик.
314 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 514 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
13.2.1.2
- Sort
(Упорядочить)
By Center Position (Y -> X) (По центральной позиции
(Y -> X)) упорядочивает все области мозаик по их
общей Y-позиции.
By Center Position (X -> Y) (По центральной позиции
(X -> Y)) упорядочивает все области мозаик по их
общей Х-позиции.
By Category (По категории) упорядочивает все
области мозаик по категории.
- Convert to
Positions...
(Преобразовать
в позиции...)
Преобразовывает выбранную область мозаики в
позиции (Positions) или массив позиций (Position
Array).
Раздел Positions
Раздел Current Position
Отображает текущую позицию столика.
Параметр Описание
X Position (X-
позиция)
Отображает Х-координату текущей позиции.
Y Position (Y-
позиция)
Отображает Y-координату текущей позиции.
Сложение
Добавляет текущую позицию в список позиций
(Positions List) и активирует ее для получения
изображения.
Раздел Display mode
Параметр Описание
Single Positions
(Одиночные
позиции)
Position Arrays
(Массивы
позиций)
Отображает список одиночных позиций (Single
Positions List).
Более подробно об одиночных позициях см. термин
«позиция» в глоссарии.
Отображает список массивов позиций (Position
Arrays List) и список позиций выбранного массива
(Positions of selected Array List), содержащий
полный список одиночных позиций (Single Positions
List) для выбранного массива.
Более подробно о массивах позиций см. термин
«позиция» в глоссарии.
Список Single Position List
Отображает добавленные позиции. Список содержит следующие столбцы
и кнопки;
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 315
--- стр. 515 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Checkbox
(Кнопка-
флажок)
Название
Category
(Категория)
Y
Z
Активирует соответствующий элемент списка для
полученного изображения.
Здесь редактируется имя одиночной позиции.
Отображает категорию одиночной позиции. Категории
определяются в настройках области просмотра
Advanced Tiles Setup (Расширенные настройки модуля
Tiles) во вкладке Properties (Свойства).
Отображает Х-позицию одиночной позиции.
Отображает Y-позицию одиночной позиции.
Отображает позицию одиночной позиции по оси Z.
списку
Перемещение по Кнопки вверх/вниз перемещают выбранный элемент
на одну позицию вверх или вниз в списке областей
мозаик (Tile Regions List). Это позволяет изменять
порядок получения изображений.
Обратите внимание, что флажок Tile
Regions/Positions (Области мозаик/Позиции)
необходимо убрать, см. раздел «Опции модуля Tiles»
[► 342].
Delete Удаляет выбранный элемент списка.
(Удаление)
Lock Разблокирует выбранные элементы списка для
(Блокировка) редактирования.
Options (Опции) Открывает параметры редактирования одиночных
позиций [► 317].
Список Position Array List
Отображает добавленные массивы позиций. Список содержит следующие
столбцы и кнопки:
Параметр
Checkbox
(Кнопка-
флажок)
Описание
Активирует соответствующий элемент списка для
полученного изображения.
Название Здесь редактируется имя области мозаики.
Contour (Контур) Отображает контур массива позиций.
Positions
(Позиции)
Size (Размер)
Отображает число позиций в массиве.
Отображает размер массива позиций.
316 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 516 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Перемещение по списку Кнопки вверх/вниз перемещают
выбранный элемент на одну позицию
вверх или вниз в списке областей мозаик
{Tile Regions List). Это позволяет
изменять порядок полученных
изображений.
Delete (Удаление)
Lock(Блокировка)
Удаляет выбранный элемент списка.
Разблокирует выбранные элементы
списка для редактирования.
Options (Опции)
Открывает параметры редактирования
массивов позиций [► 318].
Раздел Verify Positions
Параметр Описание
Verify Positions...
(Проверить позиции...)
Открывает диалоговое окно Verify Tile
Regions (Проверить области мозаик) или
Verify Positions (Проверить позиции)
[► 322].
13.2.1.2.1 Опции для редактирования одиночных позиций
Параметр Описание
Set Current Z for Selected
Positions (Установить
текущую позицию по оси Z
для выбранных позиций)
Устанавливает текущую позицию по оси Z
для всех выбранных позиций.
Set Current XYZ for Selected
Position (Установить
текущую позицию по оси
X/Y/Z для выбранной
позиции)
Устанавливает текущую позицию по оси
Х/УИдпя выбранной позиции.
Deiete (Удаление) Удаляет текущую позицию.
Delete АП (Удалить все) Удаляет все позиции.
Activate (Активировать) Активирует текущую позицию для
получения изображения.
Deactivate (Деактивировать) Деактивирует текущую позицию для
получения изображения.
Sort (Упорядочить) Упорядочивает элементы списка по
выбранному параметру.
- By Center
Position (Y -> X) (По
центральной позиции (Y ->
X))
Упорядочивает все позиции по их общей
Y-позиции.
- By Center
Position (X -> Y) (По
центральной позиции (X ->
Y))
Упорядочивает все позиции по их общей
Х-позиции.
- By Category (По категории) Упорядочивает все позиции по их
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 317
--- стр. 517 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
категории.
318 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 518 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
13.2.1.2.2 Параметры редактирования массивов позиций
13.2.1.3
Параметр Описание
Delete (Удаление) Удаляет текущий массив позиций.
Delete All
(Удалить все)
Удаляет все массивы позиций.
Activate
(Активировать)
Активирует текущий массив позиций для получения
изображения.
Deactivate
(Деактивировать)
Деактивирует текущий массив позиций для получения
изображения.
Unlock
(Разблокировать)
Разблокирует текущий массив позиций.
Unlock All
(Разблокировать
все)
Разблокирует все заблокированные массивы
позиций.
Sort
(Упорядочить)
Упорядочивает элементы списка по выбранному
параметру.
- By Center
Position (Y -> X)
(По центральной
позиции (Y -> X))
Упорядочивает все позиции по их общей Y-позиции.
- By Center
Position (X -> Y)
(По центральной
позиции (X -> Y))
Упорядочивает все позиции по их общей Х-позиции.
Раздел Sample Carrier
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Параметр Описание
Sample Carrier (Подложка) Отображает выбранный шаблон подложки.
При отсутствии выбранного шаблона
отображается None (Отсутствует).
Select... (Выбрать...;
(Редактировать
контрольные точки)
Delete (Удаление)
Calibrate... (Калибровать.
Открывает диалоговое окно Select Template
(Выбор шаблона) [► 324].
Здесь выбирается шаблон подложки.
Открывает диалоговое окно
выбора/редактирования шаблона подложки.
Здесь можно редактировать и добавлять
общие контрольные точки в выбранную
подложку.
Удаляет выбранную подложку из поля
подложки. Шаблон будет по-прежнему
доступен в диалоговом окне Select Sample
Carrier Template (Выбор шаблона
подложки).
Открывается мастер калибровки подложки
(Sample Carrier Callibration Wizard). Мастер
калибровки проведет вас через процесс
калибровки подложки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 319
--- стр. 519 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Move Focus Drive to Load
Position Between
Containers (Переместить
привод фокусировки в
позицию загрузки между
контейнерами)
Флажок установлен; перемещает привод
фокусировки в позицию загрузки во время
перемещения столика к другому контейнеру
подложки (например, лунки или предметного
стекла). Это предотвращает возможные
повреждения.
13.2.1.4 Раздел Focus Surface (Verify)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Вкладка Local (per Tile Region)
Отображает добавленные локальные контрольные точки выбранной
области мозаики. Локальные контрольные точки можно отредактировать в
параметрах области просмотра Advanced Tiles Setup (Расширенные
настройки модуля Tiles) во вкладке Support Points (Контрольные точки).
Список содержит следующие столбцы и кнопки;
Параметр
X
Add (Добавить)
Delete
(Удаление)
Описание
Отображает Х-координату контрольной точки
фокусировки.
Отображает Y-координату контрольной точки
фокусировки.
Отображает Z-координату контрольной точки
фокусировки.
Добавляет новую контрольную точку в выбранную
область мозаики в текущей позиции столика и
фокусировки.
Удаляет выбранный элемент списка.
Options (Опции)
Открывает параметры (Options) реда[стирования
контрольных точек (Support Points).
Вкладка Global (on Carrier) Support
Отображает добавленные общие контрольные точки выбранной подложки.
Общие контрольные точки можно отредактировать в диалоговом окне
Select Sample Carrier Template (Выбор шаблона подложки).
Поскольку список не сильно отличается от списка локальных контрольных
точек (Local Support Points List), далее описываются только
дополнительные столбцы;
Параметр Описание
Container Позволяет упорядочивать общие контрольные точки
(Контейнер) по их контейнеру на подложке.
320 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 520 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Verify Support Points...
(Проверить
контрольные точки...)
Открывает диалоговое окно Verify Z Position
{Проверка позиции по оси Z).
Параметр
interpolation Degree
(Степень
интерполяции)
Описание
Отображает выбранную степень
интерполяции.
Степень интерполяции выбирается из
выпадающего списка.
1 Примечание
Чем изменчивее поверхность используемого образца, тем выше следует
выбирать степень интерполяции. Для более высоких степеней требуется
больше контрольных точек. Минимальное число контрольных точек для
каждой степени интерполяции приводится в выпадающем списке,
Поскольку превышение минимального числа гарантирует надежность
расчетов, рекомендуем использовать минимальную степень
интерполяции, даже если добавлено больше контрольных точек.
Повышайте степень интерполяции, насколько того требует поверхность
образца.
Если при выбранной степени интерполяции добавлено слишком мало
контрольных точек, то будет использоваться предыдущая степень
интерполяции, соответствующая используемому минимальному
количеству контрольных точек.
13.2.1.5 Раздел Options
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В этом разделе задавать такие параметры, как получение изображений и
режим перемещения столика во время проведения эксперимента.
Изменения в этом разделе инструментов влияют на все элементы,
позиции, массивы позиций и получение мозаик.
Параметр
ТИе Overlap
(Перекрытие мозаик)
Stage Travel
Optimization
(Оптимизация
перемещения столика)
Перемещение по
областям мозаик
Описание
Определяет перекрытие (в процентах)
отдельных мозаик в областях мозаик.
Значение по умолчанию: 10%.
Обратите внимание, что низкий процент
перекрытия может приводить к возникновению
артефактов. Правильная сшивка изображений
возможна только при наличии перекрытий.
В этом разделе можно настроить
перемещение столика во время эксперимента.
- Meander (Меандр) Получает области мозаик по типу меандра —
поочередно с обоих направлений движения
(слева направо; справа налево). Подобное
сканирование выполняется быстрее.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 321
--- стр. 521 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
- Comb (Гребень)
- Spiral (Спираль)
ТПе Regions/Positions
(Области мозаик/Позиции)
- Sort by X, then Y
(Упорядочить по X, затем
по Y)
- Sort by Y, then X
(Упорядочить по Y, затем
поХ)
Лунки/контейнеры
подложки
Use Stage
Speed from
Stage Tool (Использовать
скорость столика из
инструмента Stage)
Описание
Получает области мозаик по типу гребня —
только с одного направления движения
(слева направо). Подобное сканирование
выполняется точнее.
Получает области мозаик по типу спирали —
от центра области к внешним границам по
часовой стрелке. Этот режим подходит
только для областей с прямоугольными или
эллиптическими контурами.
Флажок установлен: получение отдельных
позиций и областей мозаик происходит не в
той последовательности, в какой они были
определены в списке областей мозаик (Tile
Regions).
Перемещение столика будет автоматически
подстроено под расположение отдельных
областей мозаик и позиций. В случае
добавления или удаления областей мозаик
или позиций порядок получения также
изменяется.
Области мозаик и позиции упорядочиваются
по их абсолютной позиции (сначала X, затем
Y).
Области мозаик и позиции упорядочиваются
по их абсолютной позиции (сначала Y, затем
X).
Флажок установлен; применяет выбранные
типы перемещений (см. описание выше) во
время получения мозаик с использованием
лунок/контейнеров.
Флажок установлен: программное
обеспечение использует скорость
перемещения столика, установленную в
инструменте Stage (Столик) правой области
инструментов.
Stage and Focus Backlash
Correction (Коррекция
люфта столика и фокуса)
Keep Number of Tiles
Constant on Re-scaling
(Сохранение числа мозаик
при изменении масштаба)
Split Scenes into Separate
Files (Разделение сцен на
отдельные файлы)
Stitching During Acquisition
(Сшивка во время
получения изображений)
Флажок установлен: позиционирование
столика и фокусировки выполняется с
коррекцией люфта; подобное
позиционирование точнее, но медленнее.
Флажок установлен; число мозаик
(столбцов и рядов) остается постоянным при
изменении масштаба, например из-за смены
объектива. При активации этой опции
площадь сканирования на столике не
является фиксированной. Она зависит от
текущего размера мозаики.
Флажок установлен; сцены (например,
области мозаик и позиции) сохраняются в
отдельных физических файлах. Но они по-
прежнему объединены в один логический
файл изображения.
Флажок установлен; сшивка мозаик
выполняется во время получения.
322 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 522 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
Image pyramid
during
acquisition
(Пирамида
изображения во
время
получения)
Описание
Флажок установлен; пирамида изображения
создается во время получения. При этом изображение
оптимизируется для быстрого отображения. Если эта
опция отключена, полученное изображение не будет
отображаться и обновляться в области документов во
время получения.
13.2.1.6 Диалоговое окно Verify Tile Regions или Verify Positions
Обратите внимание, что Z-величины позиций, общие и локальные
контрольные точки проверяются в отдельных диалоговых окнах, доступ к
которым осуществляется через соответствующие разделы. Поскольку
диалоговые окна содержат схожие элементы и параметры проверки Z-
величин, их описание приводится только один раз.
Параметр
Tile Regions/
Positions List
(Список областей
мозаик/позиций)
- Status (Статус)
Описание
Отображает выделенные области мозаик (TR),
позиции (Р) или контрольные точки (SP). Список
содержит следующие столбцы и кнопки:
Здесь можно проверить, подтверждена ли позиция
по оси Z. Затем в соответствующем ряду появится
зеленая галочка.
- Name (Имя] Отображает имя выбранной контрольной точки.
- Z (pm) (мкм)
- Tile Region
(Область мозаики)
- Array (Массив)
Опции
Verification Helper
Method
(Вспомогательный
метод проверки)
- None
(manual
adjustment)
(Отсутствует
(ручная
регулировка))
Autofocus (AF)
(Автофокусировка
(АФ))
Definite Focus (DF)
(Точная
фокусировка (ТФ))
Отображает позицию по оси Z области мозаики или
позиции.
Отображает область мозаики локальной
контрольной точки.
Показывает, является ли позиция частью массива
позиций (Position Array).
Открывает меню опций для проверки областей
мозаик/позиций, см. описание ниже.
При выборе этого параметра необходимо вручную
отрегулировать фокус для каждой проверяемой
точки.
Параметр доступен только при наличии в системе
электропривода фокусировки (по оси Z).
При выборе этого параметра используется
программная автофокусировка для регулирования
фокуса для каждой проверяемой точки. Затем в
диалоговом окне появятся соответствующие кнопки.
Параметр доступен только при наличии в системе
модуля точной фокусировки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 323
--- стр. 523 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
Move to Current Point
{Переместить в текущую
точку)
Include Z when Moving to
Points (Включить Z-
величину при
перемещении в точки)
Set Z & Move to Next
(Установить Z-величину и
переместить в
следующую точку)
Run AF (or DF) and Set Z
(Запустить АФ (или ТФ) и
установить Z-величику)
Run AF (or DF) and Set Z
(Запустить АФ (или ТФ) и
установить Z-величину)
Use AF (or DF) to Verify
the Remaining
(Использовать АФ (или
ТФ) для проверки
оставшихся точек)
Описание
При выборе этого параметра используется точная
фокусировка для регулирования фокуса для каждой
проверяемой точки. Ниже, в диалоговом окне
появятся соответствующие кнопки.
Перемещает столик в текущую точку.
Флажок установлен: запускается программная
автофокусировка и для контрольной точки задается
определенная Z-величина.
Устанавливает текущую Z-величину для выбранной
контрольной точки и меняет статус на
подтвержденный. Затем программное обеспечение
перемещает столик в следующую контрольную точку.
Эта кнопка отображается, только если в качестве
вспомогательного метода (Helper Method) выбрана
автофокусировка (АФ) (Autofocus (AF)) или точная
фокусировка (ТФ) (Definite Focus (DF)).
Запускает программную автофокусировку/точную
фокусировку и меняет статус позиции по оси Z на
подтвержденный.
Эта кнопка отображается, только если в качестве
вспомогательного метода (Helper Method) выбрана
автофокусировка (АФ) (Autofocus (AF)) или точная
фокусировка (ТФ) (Definite Focus (DF)).
Запускает программную автофокусировку/точную
фокусировку и меняет статус позиции по оси Z на
подтвержденный.
Эта кнопка отображается, только если в качестве
вспомогательного метода (Helper Method) выбрана
автофокусировка (АФ) (Autofocus (AF)) или точная
фокусировка (ТФ) (Definite Focus (DF)).
Автоматически перемещается к оставшимся точкам и
с помощью программной фокусировки определяет
для них Z-величину.
Параметры проверки областей мозаик/позиций
Параметр Описание
Current Point Verified
(Текущая точка
подтверждена)
Set all Points as Verified
(Изменить статус всех
точек на подтвержденный)
Здесь можно изменить статус выбранной
контрольной точки с подтвержденного на
неподтвержденный (или наоборот).
Изменяет статус всех точек на подтвержденный.
Reset Verification State of all
Points (Сбросить статус
всех точек)
Set Current Z for Selected
Points (Установить
текущую Z-величину для
выбранных точек)
Set Current Z for all Points
(Установить текущую Z-
величинудля всех точек)
Изменяет статус всех точек на неподтвержденный.
Текущая Z-величина устанавливается для всех
выбранных точек.
Текущая Z-величина устанавливается для всех
точек.
324 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 524 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Apply Z-Offset...
(Применить
смещение по
оси Z...)
Открывает диалоговое окно для применения
смещения по оси Z для всех или выбранных точек.
13.2.1.7 Диалоговое окно Select Template
Ч « М жт ■ > m m C»tta
mm > nm СоягЧ»
М IИ m m - » > а wn С ом п Я*
Uutvhsmbni;
МыЬ(Кт.ЬтЯ<
М ыКкКвтЫ тК
«**-«•* ГтпМапяя >abi{M tl9m m
М« 25.41 m m
IMM.iXmm
«ьод/roiiwi. ic«muin«t
■«V lo «И o> utobtl Mwot open ow erfitor «nruhw.
Параметр Описание
User Templates
(Пользовательские
шаблоны)
Отображает все персонализированные шаблоны
подложек.
ZEISS Templates
(Шаблоны ZEISS)
Отображает предустановленные шаблоны ZEISS
для нескольких подложек.
Add (Добавить)
Delete (Удаление)
Options (Опции)
Preview
(Предварительный
просмотр)
Открывает диалоговое окно Edit Sample Carrier
Template {Редактировать шаблон подложки) для
создания нового шаблона.
Удаляет выбранный шаблон подложки.
Открывает параметры (Options) редактирования
шаблонов подложек.
Обеспечивает предварительный просмотр
выбранного шаблона подложки.
13.2.2 Меню Tiles Advanced Setup
В меню Tiles Advanced Setup (Расширенные настройки модуля Tiles)
можно выполнять расширенную настройку и планировать проведение
эксперимента в модуле Tiles & Positions. В центральной области экрана
отображается поле обзора столика [► 325]. При открытии окна Advanced
Tiles Setup (ATS) (Расширенные настройки модуля Tiles) поле обзора
столика «расширяется» на
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 325
--- стр. 525 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
предустановленный коэффициент. Размер поля можно изменить во
вкладке Dimensions | Zoom (Измерения ] Размер окна) или вращением
колесика мыши.
Для перемещения по экрану доступны следующие опции:
В каждом углу и вдоль каждой кромки расположены стрелки, нажимая на
которые, можно перемещать поле обзора в направлении каждой из
стрелок. Для центрирования поля обзора на текущей позиции столика
нажмите кнопку Center to Stage Position (Центрировать по позиции
столика). Дополнительные настройки и инструменты, используемые при
работе с областями мозаик или позициями, находятся в опциях
предметного просмотра.
1 Поле обзора столика (Stage View) [► 325].
2 Центрировать по позиции столика
3 Опции предметного просмотра:
Вкладка Preview Scan (Сканирование просмотра) [► 326].
Вкладка Carrier (Подложка) [► 327].
Вкладка Tile Region Setup (Настройка области мозаики) [► 329].
Вкладка Position Setup (Настройка позиции) [► 332].
Вкладка Properties (Свойства) [► 336].
Вкладка Support Points (Контрольные точки) [► 339].
13.2.3 Поле обзора столика
6 центральной области экрана отображается весь диапазон
перемещения столика микроскопа, а также текущая позиция столика,
графическое представление подложек и полученные изображения мозаик.
Управлять полем обзора столика можно с помощью стрелок по краям
области изображения. Поле обзора можно расширять, уменьшать или
перемещать с помощью элементов общего управления.
326 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 526 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Символ Параметр Описание
Selected/Active Выделяет выбранный/активный
(Выбранный/активный) контейнер/лунку синим контуром.
Live Navigator (Живой
навигатор)
Tile Region (Область
мозаики)
Positions (Позиции)
Отображает текущую позицию
столика, а также живое
изображение в виде синего
фрейма. Для перемещения
фрейма дважды щелкните по
необходимой позиции. Или
переместите мышь, удерживая
левую кнопку мыши на
инструменте Live Navigator (Живой
навигатор). Рамка также служит
для управления получением
изображения. При нажатии на
одну из синих стрелок рамки будет
получено изображение.
Инструмент Live Navigator (Живой
навигатор) перемещается в
соответствующем направлении на
расстояние, равное ширине
одного фрейма. Подобным
способом можно создавать
мозаичные изображения
используемого образца.
Выделяет области мозаик в поле
обзора столика красной расчетной
сеткой.
Выделяет позиции в поле обзора
столика знаком «плюс» желтого
цвета.
Position Arrays
(Массивы позиций)
Local Support Point
(Локальная
контрольная точка)
Выделяет массивы позиций в поле
обзора столика соответствующими
знаками позиций, окруженными
пунктирной линий.
Выделяет локальные контрольные
точки в поле обзора столика
желтым кругом с точкой в центре.
Global Support Point
(Общая контрольная
точка)
Выделяет общие контрольные
точки в поле обзора столика
белым кругом сточкой в центре.
13.2.4 Опции предметного просмотра
13.2.4.1 Вкладка Preview Scan
Во вкладке Preview Scan (Сканирование просмотра) можно задать
настройки сканирования просмотра. Обычно для этого используется
объектив с малым увеличением и канал, предохраняющий используемый
образец (например, проходящий свет). Это обеспечит обзор образца с
низким разрешением для выделения областей мозаик и (или) позиций.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 327
--- стр. 527 ---
13 Модуль Tiles & Positions j 13.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Обратите внимание, что выбранный объектив для сканирования
просмотра связан с настройками эксперимента. Смена объектива
отразится в настройках во вкладке Locate (Местоположение) или
Acquisition (Получение изображений). Таким образом, чтобы
использовать другой объектив для проведения эксперимента, после
сканирования просмотра вам придется быстро переставить объектив.
Параметр
Start Preview Scan (Начать
сканирование просмотра)
Delete Existing Preview
Images(Удалить
существующие
изображения
предварительного
просмотра)
Objective/Optovar
(Объе1аи в/ модул ь
Optovar)
Use Existing Experiment
Settings (Использовать
существующие настройки
эксперимента)
Описание
Запускает сканирование просмотра для
получения обзорных изображений.
Флажок установлен: удаляет
существующие изображения
предварительного просмотра при
получении следующего изображения.
Здесь можно выбрать объектив и модуль
Optovar, которые будут использоваться для
сканирования просмотра.
Для получения обзорных изображений всех
активных мозаик и позиций переключитесь
на объектив с малым увеличением.
Установите время экспозиции канала и
начните получение обзорных изображений.
Флажок установлен; использует
существующие настройки эксперимента.
Эта настройка используется по умолчанию.
Флажок убран: открываются
дополнительные опции Camera (Камера) и
Channels (Каналы). Это позволяет
выполнять независимую
активацию/деактивацию каналов. Параметр
Use Binning from Experiment ,
(Использовать биннинг из эксперимента)
позволит определять настройки биннинга
независимо от используемых в
эксперименте.
При использовании биннинга
автоматически компенсируется время
экспозиции во избежание насыщенности,
Изменение этих параметров не влияет на
настройки, которые будут использоваться
для проведения эксперимента.
13.2.4.2 Вкладка Carrier
Отображается только при выборе подложки.
Во вкладке представлено графическое изображение используемой
подложки.
328 Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 528 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
earner* Preview Scan Dimensions Display
i Примечание
Учитываются только контейнеры/лунки, чьи области мозаик и позиции
были определены опцией Setup by Carrier (Определение по подложке)
[► 331] вкладки Tile Regions Setup (Настройка областей мозаик) или
опцией Setup by Сагг/ег (Определение по подложке) [► 335] вкладки
Positions Setup (Настройка позиций).
Обратите внимание на следующие особенности отображения:
Символ Описание
□ . о
Пустые контейнеры/лунки выделяются
серым цветом, что означает, что области
мозаик или позиции не были определены
опцией Carrier (Подложка)
Активные контейнеры/лунки выделяются
синим контуром.
Контейнеры/лунки, заполненные только
областями мозаик, выделяются заливкой
желтого цвета.
Контейнеры/лунки, заполненные только
позициями, выделяются заливкой
оранжевого цвета.
Контейнеры/лунки, заполненные
областям и мозаик и позициями,
выделяются одновременно желтой и
оранжевой заливкой.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 329
--- стр. 529 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Правой кнопкой мыши вызывается небольшое контекстное меню. С его
помощью можно копировать содержимое выбранной лунки или вставлять
содержимое во все или выбранные лунки. __________________________________
13.2.4.3 Вкладка Tile Region Setup
Во вкладке Tile Region Setup (Настройка области мозаики) можно выбрать
настройки областей мозаик. Для выбора доступны три варианта настроек:
13.2.4.3.1 Setup by Contour
Опция Setup by Contour (Определение по контуру) позволяет определить
области мозаик по контуру.
Раздел Contour
В разделе Contour (Контур) можно выбрать контур области мозаики.
Пользователю доступны следующие инструменты;
Параметр
Режим выбора
Прямоугольник
Описание
Чтобы переместить или отредактировать
уже созданную область мозаики, нажмите
на нее с помощью этого инструмента.
С помощью этого инструмента можно
создать прямоугольную область мозаики.
Овал
Многоугольник
Keep Tool (Удерживать
инструмент)
С помощью этого инструмента можно
создать овальную область мозаики.
С помощью этого инструмента можно
создать многоугольную область мозаики.
Флажок установлен: выбранный
инструмент остается активным. Можно
использовать инструмент несколько раз
подряд без необходимости его повторного
выбора.
13.2.4.3.2 Setup by Predefined
В опции Setup by Predefined (Определение по предустановленным
значениям) можно задать количество или размер областей мозаик.
Раздел Tool
В разделе Tool (Инструмент) можно выбрать требующийся инструмент.
Пользователю доступны следующие инструменты:
Параметр
Выделение
Описание
Выбирает элемент в поле обзора столика для
редактирования или перемещения.
330 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 530 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Добавить
область
мозаики
Keep Tool
(Удерживать
инструмент)
Добавляет текущее определение мозаики в область
изображения.
Флажок установлен: выбранный инструмент остается
активным. Можно использовать инструмент несколько
раз подряд без необходимости его повторного выбора.
Раздел Contour
Отображается только в режиме Show All {Показать все).
В разделе Contour (Контур) можно выбрать контур области мозаики.
Пользователю доступны следующие инструменты:
Параметр
Прямоугольник
Описание
Добавляет прямоугольную область мозаики.
Добавляет круглую область мозаики.
Круг
Раздел Mode
Параметр Описание
Tiles (Мозаики)
Size (Размер)
Необходимо задать количество мозаик для
расчета размера области мозаики. Введите
количество мозаик в поля ввода X/Y. В
случае добавления круглой области
мозаики в поле ввода Diameter (Диаметр)
укажите число мозаик в диаметре.
Необходимо задать размер мозаик для
расчета размера области мозаики. Введите
размер области мозаики в поля ввода X/Y.
В случае добавления круглой области
мозаики в поле ввода Diameter (Диаметр)
введите диаметр области мозаики.
Stake (Маркеры) Определяет область мозаики путем
размещения не менее двух маркеров
(координаты столика по осям X/Y, заданные
пользователем). Чтобы изменить область
мозаики (расширить/уменьшить),
отрегулируйте область мозаики до
необходимого размера. После определения
области мозаики нажмите кнопку Done
(Выполнено). Чтобы таким образом создать
круглые или прямоугольные области
мозаик, выберите соответствующий контур.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке 331
--- стр. 531 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
Сложение
Описание
Добавляет область мозаики в список
областей мозаик (Tile Regions List) и
активирует ее для получения изображения.
Добавленные области мозаик отобразятся
в виде красных расчетных сеток в поле
обзора столика в разделе Advanced Tiles
Setup (Расширенные настройки модуля
Tiles).
13.2.4.3.3 Setup by Carrier
Опция Setup by Carrier (Определение no подложке) позволяет
автоматически определить области мозаик по коэффициенту заполнения
подложки.
1 Примечание
Подложка должна быть выбрана в разделе Sample Carrier (Подложка)
[► 318] инструмента Tiles (Мозаики). _______________________________
*
1 Примечание
При переключении в режим определения области мозаики по подложке
созданные вручную области мозаик и позиции (определенные по контуру
и предустановленным значениям) будут удалены. Если необходимо
объединить ручной и автоматический способы определения, то сначала
воспользуйтесь определением по подложке (Setup by Carrier), а затем
перейдите в режим ручного определения.
Областям мозаик, автоматически созданным определением по подложке
(Carrier), по умолчанию назначается контейнер, за которым они
закрепляются, после чего на них устанавливается защита от
редактирования вручную. Разблокировать области мозаик можно в
инструменте Tiles (Мозаики), выбрав необходимую область мозаики и
нажав на кнопку разблокировки.
T ile R e g io n S e tu p P o s it io n S e tu p P r o p e r t ie s ' S u p p o r t P o in ts
S e tu p b y L o c a t io n A r r a y C a r r ie r "
C r e a te o r R e m o v e P o s it io n A r r a y s f o r S e le c te d C a r r ie r C o n ta in e r
+ C re a te - R e m o v e
D is t r ib u te P o s itio n s b y N u m b e r
Number ю i C
i^B^n^orn
Center
332 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 532 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
13.2.4.4
13.2.4.4.1
Параметр Описание
Create (Создать) Активен, только если выбран контейнер во
вкладке Camer (Подложка) (► 327] или в
поле обзора столика [► 325].
Автоматически создает области мозаик с
заданным коэффициентом заполнения в
выбранном контейнере подложки.
Remove (Удалить) Удаляет все области мозаик в выбранном
контейнере.
Fill Factor (Коэффициент
заполнения)
Здесь задается коэффициент,
используемый для заполнения выбранного
контейнера.
Columns/Rows
(Столбцы/Ряды)
Здесь можно добавить в контейнер
одиночные области мозаик, указав число
столбцов и рядов мозаики. Область
мозаики всегда размещается в центре
контейнера лунки.
Вкладка Position Setup
Во вкладке Position Setup (Настройка позиции) можно выбрать настройки
позиций. Для выбора доступны три варианта настроек.
Setup by Location
Опция Setup by Location (Определение по местоположению) позволяет
определить позиции по местоположению. Различные позиции в поле
обзора столика добавляются с помощью мыши.
1 Tile Region Setup Position Setup Properties Support Points I
1 .....1
■ Setup by Location Array Carrier ■
Tool "f ' Keep Tool ■
Current X/Y 0 pm 0 pm + 1
Параметр Описание
Ш Ш
Выделение
Выбирает элемент в поле обзора столика
для редактирования или перемещения.
Добавляет новую позицию в поле обзора
столика.
Сложение
Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 333
--- стр. 533 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр
Keep Tool (Удерживать
инструмент)
Описание
Флажок установлен; выбранный
инструмент остается а 1аивным. Можно
использовать инструмент несколько раз
подряд без необходимости его повторного
выбора.
Параметр
X Position/Y Position (X-
позиция/ Y-позиция)
Сложение
Описание
Отображает текущую позицию столика
(X/Y).
Добавляет новую позицию при текущем
положении столика.
13.2.4.4.2 Setup by Array
Опция Setup by Array (Определение по массиву) позволяет определять
позиции по массиву позиций. В поле обзора столика можно добавлять
различные контуры массивов позиций.
Ф
1 Примечание
Массивы позиций — это группы, состоящие из нескольких отдельных
позиций. Обычно массивы позиций содержат несколько сотен отдельных
позиций. Они облегчают работу с правильно и равномерно
распределенными образцами.
"П
Раздел Contour
В разделе Contour (Контур) можно выбрать контур области мозаики.
Пользователю доступны следующие инструменты:
334 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 534 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Режим выбора
П
Чтобы переместить или отредактировать
уже созданный массив позиций, нажмите на
него с помощью этого инструмента.
Прямоугольник С помощью этого инструмента можно
создать прямоугольный массив позиций.
Овал С помощью этого инструмента можно
создать овальный массив позиций.
Keep Tool (Удерживать
инструмент)
Флажок установлен: выбранный
инструмент остается активным. Можно
использовать инструмент несколько раз
подряд без необходимости его повторного
выбора.
Раздел Number
Параметр Описание
Number (Число) Отображает текущее число позиций,
распределенных по новому массиву позиций.
Измените это число, чтобы увеличить или
уменьшить число одиночных позиций,
полученных с помощью массива позиций.
Раздел Bias
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В разделе Bias (Смещение) можно задать смещение распределения
одиночных позиций, созданных для нового массива позиций.
Параметр Описание
Bias (Смещение) Корректирует общее положение одиночных
позиций в массиве позиций.
- None (Отсутствует) Одиночные позиции массива позиций
равномерно распределяются внутри массива.
- Center (Центр) Одиночные позиции массива позиций
распределяются главным образом вблизи центра
массива позиций. По краям массива
располагается меньшее число позиций.
- Edge (Край) Позиции массива позиций распределяются по
краям массива. В центре массива располагается
меньшее число позиций.
Random (Случайное) Флажок установлен; одиночные позиции
массива распределяются внутри него в
случайном порядке. Общее смещение по-
прежнему учитывается.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 335
--- стр. 535 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
13.2.4.4.3 Setup by Carrier
Опция Setup by Carrier (Определение по подложке) позволяет
автоматически определять позиции по соответствующей подложке
образца.
1 Примечание
Подложку следует выбрать в разделе Sample Carrier (Подложка)
инструмента Tiles (Мозаики).
1 Примечание
При переключении в режим определения области мозаики по подложке
созданные вручную области мозаик и позиции (определенные по контуру
и предустановленным значениям) будут удалены. Если необходимо
объединить ручной и автоматический способы определения, сначала
воспользуйтесь определением по подложке (Setup by Carrier), а затем
перейдите в режим ручного определения. __________
Tile Region Setup Position Setup ’ Properties Support Points
Setup by Location Array Carrier
Create or Remove Position Arrays for Selected Carrier Container
+ Create - Remove
Distribute Positions
Number
Random
Параметр
Create (Создать)
Remove (Удалить)
Описание
Активен, только если выбран контейнер во
вкладке Сагг/ег (Подложка) [► 327] или в поле
обзора столика [► 325].
Автоматически создает области мозаик с
заданным коэффициентом заполнения в
выбранном контейнере подложки.
Удаляет все области мозаик в выбранном
контейнере.
336 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 536 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Раздел Number
Параметр Описание
Number (Число) Отображает текущее число позиций,
распределенных по новому массиву позиций.
Измените это число, чтобы увеличить или
уменьшить число одиночных позиций,
полученных с помощью массива позиций.
Раздел Bias
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
В разделе Bias (Смещение) можно задать смещение распределения
одиночных позиций, созданных для нового массива позиций.
Параметр Описание
Bias (Смещение) Корректирует общее положение одиночных
позиций в массиве позиций.
- None (Отсутствует) Одиночные позиции массива позиций
равномерно распределяются внутри массива.
- Center (Центр) Одиночные позиции массива позиций
распределяются главным образом вблизи центра
массива позиций. По краям массива
располагается меньшее число позиций.
- Edge (Край) Позиции массива позиций распределяются по
краям массива. В центре массива располагается
меньшее число позиций.
Random (Случайное) Флажок установлен; одиночные позиции
массива распределяются внутри него в
случайном порядке. Общее смещение по-
прежнему учитывается.
13.2.4.5 Вкладка Properties
Во вкладке Properties (Свойства) можно управлять свойствами выбранной
области мозаики или позиции.
1 Примечание
Для просмотра параметров, доступных в этой вкладке, необходимо
выбрать область мозаики или одиночную позицию. Просматривать и
управлять параметрами целого массива позиций невозможно.
13.2.4.5.1 Свойства выбранных областей мозаик
В разделе Properties of selected Tile Regions (Свойства выбранных
областей мозаик) можно управлять свойствами выбранной области
мозаики.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 337
--- стр. 537 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Tile Region Setup Position Setup Properties''Support Points’
Properties of Selected Positions
1 M Use for Acquisition
Name Р6
X 68194,1 ргп * j w Set Current X/Y/2
V 23130,0 мт ! ^1
Z 0,0 р т Set Current Z
Category Default
---------------—------------—
Рисунок 13.2. Вкладка Properties (режим от ображения всех функций)
Параметр Описание |
Use for Acquisition
(Использовать для
получения изображений)
Название
Size (Размер)
Tiies (Мозаики)
Position (Позиция)
Set Current Z (Установить
текущую позицию по оси
Z)
Флажок установлен: использует
выбранную область мозаики для получения
изображения.
Здесь вводится имя выбранной области
мозаики.
Здесь можно просматривать и
редактировать размер области мозаики в
измерениях X/Y/Z.
X/Y-измерения областей мозаик, созданных
с помощью опции Setup by Carrier
(Определение по подложке) [► 331],
редактировать нельзя, поскольку они
установлены размером контейнера/лунки.
Здесь можно просматривать число мозаик
в измерениях )UY.
IЧисло мозаик отредактировать нельзя,
поскольку оно определяется размером
области мозаики.
Здесь можно указать позицию выбранной
области мозаики в X/Y-измерениях.
Позиции областей мозаик, созданные с
помощью опции Setup by Carrier
(Определение по подложке) [► 331],
редактировать нельзя, поскольку они
определяются контейнером/лункой.
Устанавливает Z-измерение в текущей
позиции по оси Z привода фокусировки.
Отображается только в режиме Show Aii (Показать все)
338 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 538 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Здесь можно присваивать категории областям мозаик. Определения
категорий отобразятся в соответствующем столбце таблицы инструмента
Tiles (Мозаики). Это значение также записывается в метаданные
изображения. Таким образом, переменные или схемы определений лунок
могут создаваться и сохраняться в качестве элемента шаблона
эксперимента.
Параметр
Category (Категория)
Описание
Отображает текущую присвоенную категорию
выбранной области мозаик. Категория Default
(По умолчанию) устанавливается для всех новых
областей мозаик.
Options (Опции)
Открывает параметры peдafcгиpoвaния и
создания категорий.
- New... (Создать...)
-Edit...
(Редактировать...)
- Delete (Удалить)
Открывает диалоговое окно New Category
(Новая категория) для создания новой категории.
Открывает диалоговое окно Edit Category
(Редактировать категорию) для редактирования
выбранной категории.
Удаляет выбранную категорию и присваивает
этой категории области мозаик значение Default
(По умолчанию).
13.2.4.5.2 Свойства выбранных позиций
В разделе Properties of selected Positions (Свойства выбранных позиций)
можно управлять свойствами выбранной позиции.
Рисунок 13.3. Вкладка Properties (режим отображения всех функций)
Параметр
Use for Acquisition
(Использовать для
получения
изображений)
Название
Описание
Флажок установлен: использует выбранную
позицию для получения изображения.
Здесь вводится имя выбранной позиции.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 339
--- стр. 539 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
X/Y/Z
Set Current X/Y/Z
(Установить текущую
позицию по оси
X/Y/Z)
Set Current Z
(Установить текущую
позицию по оси Z)
Здесь можно просматривать и редактировать
положение выбранной позиции на столике в
X/Y/Z-измерениях.
Устанавливает X/Y/Z-измерение в текущей
позиции по оси X/Y/Z столика/привода
фокусировки.
Устанавливает Z-измерение в текущей позиции
по оси Z привода фокусировки.
Отображается только в режиме Show All {Показать все).
Здесь можно присваивать категории областям мозаик. Определения
категорий отобразятся в соответствующем столбце таблицы инструмента
Tiles (Мозаики). Это значение также записывается в метаданные
изображения. Таким образом, переменные или схемы определений лунок
могут создаваться и сохраняться в качестве элемента шаблона
эксперимента.
Параметр
Category
(Категория)
Options (Опции)
- New...
(Создать...)
- E d i t . . .
(Редактировать.
Описание
Отображает текущую присвоенную категорию
выбранной области мозаик. Категория Default
(По умолчанию) устанавливается для всех новых
областей мозаик.
Открывает параметры редактирования и создания
категорий.
Открывает диалоговое окно New Category (Новая
категория) для создания новой категории.
Открывает диалоговое окно Edit Category
(Редактировать категорию) для редактирования
выбранной категории.
- Delete (Удалить) Удаляет выбранную категорию и присваивает этой
категории области мозаик значение Default (По
умолчанию).
13.2.4.6 Вкладка Support Points
Во вкладке Support Points (Контрольные точки) можно создавать,
р а с п р е д е л я т ь и у п р а в л я т ь с в о й с т в а м и в ы б р а н н ы х л о к а л ь н ы х и о б щ и х
контрольных точек.
340 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 540 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Tile Region Setup Position Setup Properties Support Points
Properties of Selected Support Points
•r.-'S'■ •i' -l' I ^
Set Current X ^"*
Set Current Z
' Distribute Support Points on Selected Tile Regions
'.i, __
' Columns 2 R^^ws 2 _ J 't Distribute
Set One Support Point into Center Position
‘ Add Support Point at Current Stage and Focus Position
Раздел Properties of Selected Support Point
Раздел Properties of Selected Support Point {Свойства выбранной
контрольной точки) содержит следующие столбцы и кнопки:
Параметр
Position (Позиция)
Set Current X/Y/Z (Установить
текущую позицию по оси
X/Y/Z)
Set Current Z (Установить
текущую позицию по оси Z)
Описание
X/Y-измерения отображаются, только в
режиме Show All (Показать все).
Здесь можно просматривать и
редактировать положение выбранной
позиции на столике в X/Y/Z-измерениях.
Отображается только в режиме Show
All (Показать все).
Устанавливает X/Y/Z-измерение в
текущей позиции по оси X/Y/Z
столика/привода фокусировки.
Устанавливает Z-измерение в текущей
позиции по оси Z привода фокусировки.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 341
--- стр. 541 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
1 Примечание
Свойства общих контрольных точек
Свойства выбранных общих контрольных точек слегка отличаются от
свойств локальных контрольных точек, поскольку X/Y-измерения
определяются выбранным шаблоном подложки и не редактируются.
Поэтому в разделе общих контрольных точек отсутствует кнопка
Set Current X/Y/Z {Установить текущую позицию X/Y/Z). Если необходимо
отредактировать количество и XY-измерения общих контрольных точек,
это можно сделать непосредственно в разделе Sample Carrier (Подложка)
инструмента Tiles (Мозаики).
Режим Show All (Показать все) не влияет на отображение
дополнительных опций общих контрольных точек, а также опций
локальных контрольных точек.
Раздел Distribute Support Points on Selected Tile Regions
1 Примечание _________
Раздел Distribute Support Points on Selected Tile Regions (Распределение
контрольных точек по выбранным областям мозаик) отображается, только
если выбрана одна или более областей мозаик или локальная
контрольная точка области мозаики. При выборе локальной контрольной
точки отключаются функции раздела распределения контрольных точек.
Раздел Distribute Support Points on Selected Tile Regions (Распределение
контрольных точек по выбранным областям мозаик) содержит следующие
поля ввода и кнопки:
Параметр
Columns (Столбцы)
Rows (Ряды)
Distribute (Распределить)
Set One Support Point into
Center Position
(Установить одну
контрольную точку в
центр)
Описание
Определяет число столбцов контрольных
точек в выбранной области мозаики.
Определяет число рядов контрольных
точек в выбранной области мозаики.
Распределяет по области мозаики
заданное в полях ввода столбцов и рядов
число контрольных точек. Ранее
определенные контрольные точки будут
удалены.
Отображается только в режиме Show All
(Показать все).
Устанавливает одну контрольную точку в
центр выбранной области мозаики. Ранее
определенные контрольные точки будут
у д а л е н ы .
Add Support Point at
Current Stage and Focus
Position (Добавить
контрольную точку в
текущей позиции столика
и фокусировки)
Отображается только в режиме Show All
(Показать все).
Добавляет контрольную точку в текущей
позиции столика и фокусировки. Не влияет
на ранее определенные контрольные
точки.
342 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 542 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
13.2.5 Опции модуля Tiles
Дополнительные опции модуля Tiles (Мозаики) позволяют настраивать
несколько параметров получения изображений и дополнительной информации.
Диалоговое окно опций модуля Tiles находится в меню Tools | Options... j
Acquisition | Tiles (Инструменты | Опции... | Получение изображений | Мозаики).
Раздел Tiles
Параметр
Automatically Start Live
Mode in the Advanced
Setup View
(Автоматически
запускать режим живого
изображения в окне
расширенных настроек)
Additionally Open Snap
Images as Separate
Documents
(Дополнительно открыть
моментальные снимки в
отдельных документах)
Show Information Title in
the Advanced Setup View
(Показывать
информационный
заголовок в окне
расширенных настроек)
Show Snap Animation
(Показывать анимацию
моментального снимка)
Описание
Флажок установлен; автоматически запускает
режим живого изображения в центральной
области экрана при нажатии на кнопку
Advanced Setup (Расширенные настройки) во
вкладке Acquisition (Получение изображений)
инструмента Tiles (Мозаики).
Отключите эту опцию для предотвращения
обесцвечивания образца.
Флажок установлен; при нажатии кнопки
Advanced Setup (Расширенные настройки) во
вкладке Acquisition (Получение изображений)
инструмента Tiles (Мозаики) создается новый
файл в отдельном контейнере для
моментального снимка, а не просто миниатюра
в области предварительного просмотра.
Флажок установлен; при нажатии на кнопку
Advanced Setup (Расширенные настройки) во
вкладке Acquisition (Получение изображений)
инструмента Tiles (Мозаики) над окном
Advanced Setup (Расширенные настройки)
отображается панель, которая содержит
дополнительную информацию.
Флажок установлен; показывает
моментальный снимок, анимированный во
время получения моментального снимка нового
изображения в окне Advanced Setup
(Расширенные настройки).
Automatic Snap by
Clicking the Live Navigator
Buttons (Автоматический
моментальный снимок
нажатием кнопки Live
Navigator)
Флажок установлен; делает снимок во вкладке
Advanced Setup (Расширенные настройки)
модуля Tiles (Мозаики) каждый раз при
перемещении инструмента Live Navigator
(Живой навигатор) с помощью стрелок
перемещения.
Enable Stage Moving with
Live Navigator Handle
(Активировать
перемещение столика с
помощью манипулятора
живого навигатора)
В инструменте Live Navigator (Живой навигатор)
отображает текущую позицию столика, в том
числе живое изображение в виде фрейма,
выделенного синим. Для перемещения фрейма
дважды щелкните по необходимой позиции.
Рамка также служит для управления
получением изображения.
Флажок установлен; получает изображение
при нажатии на одну из синих стрелок фрейма.
Инструмент Live Navigator (Живой навигатор)
перемещается в соответствующем направлении
на расстояние, равное ширине одного фрейма.
Подобным способом можно создавать
мозаичные изображения используемого
образца.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском язь[ке 343
--- стр. 543 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Show Label on Sample
Carrier Container
(Показывать метку на
контейнере подложки)
Show Tool Tip on Sample
Carrier Container
(Показывать
всплывающую
подсказку на
контейнере подложки)
Delimiter for CSV Export/
Import (Разделитель
для экспорта/импорта
CSV)
Флажок установлен: показывает метку на
каждом контейнере/лунке выбранной
подложки.
Флажок установлен: во вкладке Carrier
(Подложка) при наведении мыши показывает
подсказку с именем контейнера/лунки.
Определяет разделитель для экспорта или
импорта CSV-файла. Выберите запятую
(Comma) (по умолчанию), точку с запятой
(Semicolon) или табуляцию (Tab).
Ask Whether Support
Points/Positions Should
be Overwritten
(Спрашивать, заменять
ли контрольные
точки/лозиции)
Enable Removing of
Focus Surface Outlier
(Активировать
устранение точек за
пределами фокальной
поверхности)
- Maximum Interpolation
Degree for Outlier
Detection (Макс.
Степень интерполяции
для определения
выпадающих точек)
- Threshold in Terms of the
Standard Deviation
(Sigma) (Пороговая
величина при
стандартном
отклонении (Сигма))
Activate Stitching During
Acquisition for New
Experiments
(Активировать сшивку
во время получения
изображения для
новых экспериментов)
Если контрольные точки и (или) позиции
определяются программной
автофокусировкой, существующие точки могут*
быть заменены новыми Z-величинами.
Флажок установлен: отображает окно
сообщения, в котором предлагается заменить
точки при наличии Z-величины, определенной
автофокусировкой.
Флажок установлен; игнорирует контрольные
точки, расположенные далеко за пределами
интерполированной фокальной поверхности.
В этом разделе доступны следующие опции:
Эта значение может равняться О или 1. При
значении «1» для определения выпадающих
контрольных точек используется линейное
приближение. Эта опция используется по
умолчанию. При «О» для определения
выпадающих опорных точек используется ^
среднее значение.
Этот параметр устанавливает пороговое
значение для определения контрольных точек,
выпадающих из процесса приближения. Она
определяется стандартным отклонением
(среднеквадратическое значение), заданным в
счетчике. Контрольные точки, не
соответствующие этому критерию, как
следствие, игнорируются при определении
фокальной поверхности.
Флажок установлен: активирует сшивку во
время получения изображения по умолчанию
для всех новых экспериментов
Для проведения нового эксперимента это
значение заменяется соответствующей
опцией в разделе настроек модуля Tiles
(Мозаики).
344 Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 544 ---
13 Модуль Tiles & Positions 113.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Use Local Focus Surface
for Preview Scans
(Использовать
локальную фокальную
поверхность для сканов
предпросмотра)
Binning Compensation of
Exposure Time in Preview
Scans (Компенсация
биннинга для
определения времени
экспозиции на сканах
предпросмотра)
Live Image in Sample
Carrier Calibration Wizard
(relevant only for systems
with camera) (Живое
изображение в мастере
калибровки подложки
(только для систем,
снабженных камерой))
- Use Imaging Device from
Selected Channel with
“Acquisition” Settings
(Использовать
устройство визуализации
из выбранного канала с
настройками вкладки
Acquisition)
Флажок установлен; для получения сканов
предпросмотра используйте значения
локальных фокальных поверхностей (Z-
величины позиций, области мозаик и, если
определены, интерполированные локальные
поверхности, определенные по контрольным
точкам).
Обратите внимание, что при активации
измерения в модуле Tiles (Мозаики)
предварительно устанавливается
соответствующая стратегия Use Focus
Surface Defined by Tiles Setup
(Использовать фокальную поверхность,
определенную в настройках модуля Tiles).
Определяет силу изменения коэффициента
биннинга с целью автоматического
определения времени экспозиции,
используемой для сканирования просмотра,
где настройки биннинга отличаются в
интервале между экспериментом и
сканированием просмотра. Значением по
умолчанию является «2.0», то есть
квадратичное. Таким образом, например,
время экспозиции будет уменьшено в четыре
раза, если биннинг эксперимента составляет
1x1, а биннинг сканирования просмотра —
2x2. Это значение может варьироваться в
интервале между 1.0 и 2.0 с шагом 0.1.
Флажок установлен: настройка по
умолчанию для живого изображения,
обеспечивающая взаимодействие навигации
и фокуса во время калибровки подложки.
Use Active Camera with
“Locate" Settings
(Использовать активную
камеру с настройками
вкладки Locate)
Эта опция относится только к системам с
фотоприемником с большим полем зрения.
Флажок установлен; обеспечивает
возможность использования настроек
камеры, определенных во вкладке Locate
(Местоположение), в мастере калибровки
подложки (в режиме живого изображения).
По умолчанию будут использованы
настройки эксперимента для выбранного
канала/трека.
руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 345
--- стр. 545 ---
14 Модуль Dynamics
14.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)
14.1.1 Введение
Используя автономные функции MeanROI, можно отмечать произвольные
области измерений (области интереса) после получения эксперимента с
покадровой съемкой и анализировать изменения интенсивности во
времени. Кривые интенсивности можно отобразить на диаграммах или
экспортировать значения в виде таблиц. Эта базовая функция доступна
для изображений временной серии, открываемых в ZEN 2.3 (blue) (за
исключением ZEN lite).
Модуль Dynamics расширяет автономные функции MeanROI, позволяя
рассчитать коэффициенты диалогового/автономного режима (во
время/после получения изображений), и предоставляет дополнительные
функции анализа и виды отображения информации (шкала времени,
отслеживание областей интересов и т. д.).
Необходимые предварительные условия ■ Получен эксперимент с временными сериями.
Эксперимент открыт, и первая временная точка отображается в
двухмерной проекции (2D).
Порядок действий 1 Выберите из вкладок просмотра изображений в центральной области
экрана вкладку MeanROI.
14 Модуль Dynamics 114.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)___________________ _
Откроется окно MeanROI.
Теперь можно начать работу в окне MeanROI. В следующих разделах
будут описаны первые шаги.
346 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 551 ---
Все данные измерений сохраняются в виде значений, разделенных
запятыми, в CSV-файле. Этот файл содержит данные о времени,
площадь областей интереса и результаты измерения интенсивности
трех типов (средней, интегральной, максимальной) для каждого канала
и каждой области интереса.
14.1.5 Использование коррекции фона
Используйте функцию Background Correction (Коррекция фона) для
вычитания значений фона из результатов измерения. Коррекция фона
позволит лучше сравнить магнитуду изменений интенсивности
флуоресценции во время проведения эксперимента. Значения фона
определяйте либо с помощью функции Background ROI (Фоновая область
интереса), либо фиксированным значением.
Определение фоновой области интереса
Необходимые предварительные условия ■ Открыто окно MeanROI или MeanROI Setup.
14 Модуль Dynamics 114.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме) _______________________
Порядок действий 1 В первой временной точке временной серии переместите область
интереса в область изображения, содержащую только фоновый сигнал
во всех каналах.
2 Перейдите во вкладку MeanROI \ Background Correction (MeanROI ]
Коррекция фона) и активируйте кнопку-переключатель ROI (Область
интереса).
3 Выберите номер области интереса, определенной в шаге 1.
Display MeanROI' Layout^ Charts'' Export' Ratio' ROITracing
Use Graphics Tab to create and manage ROb
Measurements
• Mean Intensity
Integral Intensity
Maximum Intensity
KecalcuTate
Background Correction
None
Constant
ROI• ROI
4 Для редактирования фоновой области интереса (Background ROI)
просто создайте новую область интереса и выберите ее из
выпадающего списка.
Вы успешно определили фоновую область интереса (Background ROI).
Средняя интенсивность фоновой области интереса вычитается из
результатов измерения областей интереса в зависимости от канала и
временной точки. Скорректированные значения копируются во все
диаграммы и таблицы.
Определение фиксированного значения фона
Необходимые предварительные условия ■ Открыто окно MeanROI или MeanROI Setup.
352 руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 552 ---
14 Модуль Dynamics 114.1 Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)
Порядок действий 1 Во вкладке MeanROI в разделе Background Correction (Коррекция
фона) выберите опцию Constant (Константа).
Активируется соответствующее поле ввода.
2 Введите фиксированное значение фона в поле ввода Constant
(Константа).
3 Нажмите кнопку Enfer (Ввод) для обновления измерений.
Установленное значение фона вычитается из всех измеренных значений
областей интереса.
14.1.6 Расчет коэффициентов
14.1.6.1 Расчет коэффициента для одной длины волны
Необходимые предварительные условия ■ Для расчета коэффициентов (соотношение
двух значений интенсивности флуоресценции) и вывода на экран
изображений коэффициента потребуется модуль Dynamics.
■ Открыт соответствующий массив данных.
■ Открыто окно MeanROI во вкладке Ratio (Коэффициент) (опция
просмотра).
Порядок действий 1
14.1.6.2
В выпадающем списке Method (Метод) выберите Single Wavelength
(F/Fo) (Одинарная длина волны (F/Fq)).
2 В выпадающем списке Calculation (Вычисления) выберите канал для
расчета соотношения.
3 В разделе Reference image (Fto) Set-up (Настройки эталонного
изображения (Fto)) определите фреймы изображения временной серии,
на основе которых необходимо рассчитать эталонное значение Fto.
4 Нажмите кнопку Recalculate (Пересчитать).
Будет выполнен расчет значений коэффициентов. Изображение
коэффициента и диаграмма коэффициентных значений отображаются
в окне MeanROI.
Вы успешно рассчитали коэффициент для красителя с одинарной длиной
волны типа Fluo-4.
Расчет коэффициента для двух длин волны
Необходимые предварительные условия ■ Для расчета коэффициентов (соотношение
двух значений интенсивности флуоресценции) и вывода на экран
изображений коэффициентов потребуется модуль Physiology.
■ Открыт соответствующий массив данных.
■ Открыто окно MeanROI во вкладке Ratio (Коэффициент) (опция
просмотра).
Порядок действий 1 В выпадающем списке Method (Метод) выберите элемент Dual
Wavelength (Двойная длина волны).
2 В выпадающих списках Calculation (Вычисления) выберите каналы для
расчета соотношения.
3 Нажмите кнопку Recalculate (Пересчитать).
Будет выполнен расчет значений коэффициентов. Изображение
коэффициента и диаграмма коэффициента отображаются в окне
MeanROI.
Вы успешно рассчитали коэффициент для красителя с двойной длиной
волны типа Fura-2.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 353
--- стр. 553 ---
14 Модуль Dynamics 114.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
14.2 Порядок проведения экспериментов в модуле
Dynamics
14.2.1 Введение
Используя настройки MeanROI инструмента Dynamics, можно отмечать
произвольные области измерений {области интереса) до получения
эксперимента с покадровой съемкой и анализировать изменения
интенсивности во времени в диалоговом режиме во время эксперимента.
Коэффициенты также можно рассчитывать и отображать в режиме
онлайн — это обычные функции, используемые в физиологических
экспериментах.
Перед проведением эксперимента
Предварительным условием для проведения физиологического
эксперимента является наличие эксперимента с временной серией,
который проводится в инструменте Time Series. Инструмент снабжен
кнопкой для открытия окна MeanROI Setup (Настройка областей интереса).
В нем можно создавать области мозаик и настраивать вид отображения |
результатов измерений. Открытие окна настроек автоматически приводит
к созданию моментального снимка, на основе которого можно настроить
проведение последующих экспериментов. Структура MeanROI Setup
(Настройка областей интереса) основана на структуре окна MeanROI
(Область интереса), что упрощает ее освоение.
В ходе выполнения эксперимента
После начала проведения физиологические эксперименты отображаются
в режиме реального времени в окне MeanROI (Область интереса). Это
позволяет анализировать и отслеживать эксперимент во время получения
изображения. Структура и опции в основном соответствуют окну MeanROI
(Область интереса) в автономном режиме. Поэтому рекомендуем
ознакомиться со структурой окна MeanROI (Область интереса) (в
автономном режиме) перед проведением физиологического эксперимента.
После выполнения эксперимента
После выполнения эксперимента в модуле Physiology, результаты
эксперимента отобразятся в окне MeanROI (Область интереса) в режиме
офлайн и будут доступны для анализа, обработки и экспорта. Более
подробно см. раздел «Работа в окне MeanROI (в автономном режиме)».
Необходимые предварительные условия ■ Для проведения физиологических
экспериментов потребуется модуль Dynamics.
■ Создан новый эксперимент [► 39], определен по крайней мере один
канал [► 38] и отрегулированы фокус и время экспозиции.
■ Открыта вкладка Acquisition (Получение изображений).
Порядок действий 1 Активируйте инструмент Time Series (Временная серия) в разделе
Acquisition Dimensions (Измерения полученных изображений).
В левой области инструментов под элементом Multidimensional
Acquisition (Получение многомерных изображений) появится
инструмент Time Series (Временная серия).
2 Активируйте инструмент Dynamics в менеджере экспериментов.
Инструмент Dynamics отобразится в левой области инструментов
под элементом Applications (Приложения).
354 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 554 ---
14 Модуль Dynamics 114.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
1 Примечание
Инструмент Dynamics недоступен, если активированы измерения серии
срезов по оси Z, изображений из мозаик или панорамных
изображений. Для доступа к инструменту Physiology отключите эти
измерения.
3 Настройте эксперимент с временной серией [► 47].
4 Откройте инструмент Dynamics.
5 Нажмите кнопку MeanROI Setup (Настройки области интереса).
Вы выполнили общие предварительные условия для проведения
эксперимента в модуле Dynamics.
14.2.2 Настройка расчета онлайнового коэффициента
Необходимые предварительные условия ■ Вы ознакомились с разделом «Введение»
[► 353].
Порядок действий 1 В окне MeanROI Setup (Настройки области интереса), в опциях области
просмотра, выберите вкладку Online Ratio (Онлайновый коэффициент).
2 Установите флажок Activate Live Ratio Generation (Активировать
потоковое генерирование коэффициента).
3 В выпадающем списке Method (Метод) выберите метод расчета
коэффициента.
1 Примечание
Если для расчета онлайнового коэффициента выбрать метод Single
wavelength (F/FO) (Одинарная длина волны (F/F0)), необходимо
определить эталонное изображение. Для определения эталонного
изображения в поле ввода Reference Image Set-up (Настройка эталонного
изображения) вкладки Online Ratio (Онлайновый коэффициент) укажите
количество изображений, из которых следует усреднить эталонное
изображение. Затем для получения изображений нажмите кнопку Define
(Определить) и вычислите из них эталонное изображение.
Если для вычисления онлайнового коэффициента необходимо
использовать коррекцию фона, активируйте соответствующую опцию
напротив элемента Background Correction (Коррекция фона).
В формуле для вычисления коэффициента напротив элемента
Calculate (Рассчитать) появится поле ввода, в котором необходимо
указать постоянное значение фона (элемент Constant).
Элемент ROI (Область интереса) доступен для выбора только после
определения области интереса на изображении.
Напротив элемента Calculate (Рассчитать) заполните формулу для
вычисления онлайнового коэффициента, выбрав необходимые
элементы из выпадающих списков и указав значения в полях ввода.
Напротив элемента Color (Цвет) можно изменить LUT (Look-Up-Tabelle
(Справочная таблица)) для отображения изображения коэффициента.
Установите флажок Threshold (Порог), если необходимо установить
пороговое значение в проводимом эксперименте.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 355
--- стр. 555 ---
14 Модуль Dynamics 114.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
1 Примечание
В ПО ZEN коэффициент R отдельного пикселя ху в случае использования
красителя с двойной длиной волны вычисляется по следующей формуле;
R x y = ^ ^
C h lx y
где:
Chlxy = О, если (Chlxy -* фон Chi) < порог Chi
Chlxy = Chlxy - фон Chi, если (Chlxy - фон Chi) > порог Ch1
То же самое верно для Ch2xy с использованием соответствующих
значений фона и порога.
8 При необходимости можно отрегулировать настройки для вычисления
коэффициента, изображение предпросмотра в окне MeanROI Setup
(Настройка области интереса) будет скоррею-ировано
соответствующим образом. Нажмите кнопку Snap (Моментальный
снимок), если требуется обновить изображения.
Вы успешно активировали/скорректировали вычисление онлайнового
коэффициента.
14.2.3 Проведение эксперимента в окне MeanROI Setup
Необходимые предварительные условия ■ Вы ознакомились с разделом «Введение»
[► 353].
Установите флажок Dynamics в менеджере экспериментов.Порядок действий
В инструменте Dynamics нажмите кнопку MeanROI Setup (Настройка
области интереса).
Откроется окно MeanROI Setup (Настройка области интереса).
Автоматически будет получено изображение, на основе которого можно
редактировать настройки. Для обновления изображения вы в любое
время можете нажать на кнопку Snap.
14.2.3.1 Создание областей интереса
Необходимые предварительные условия ■ Открыто окно MeanROI или MeanROI Setup
(Настройка областей интереса) во вкладке Acquisition (Получение
изображений).
Порядок действий 1 Перейдите во вкладку Graphics (Графические элементы) в опциях
области просмотра.
356 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 562 ---
14 Модуль Dynamics 114.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
14.2.5.2
Порядок действий
В диалоговом окне Smart Setup (Быстрая настройка) добавьте канал
Fura-2.
Установите флажок Time Series (Временная серия) в разделе
Acquisition Dimensions (Измерения полученных изображений).
Откройте инструмент Channels (Каналы).
Выберите в списке канал Fura-2.
Нажмите кнопку
(Дублировать).
Options (Опции) и выберите эпемент Duplicate
7 Выберите в списке первый канал Fura-2.
8 Нажмите кнопку Ш Л 0 Options (Опции) и выберите элемент Rename
(Переименовать).
Теперь можно переименовать канал, например в “Fura-2 340 nm”.
9 Повторите Шаги 7 и 8 для переименования второго канала, например в
“Fura-2 380 nm”
10 Выберите канал Fura-2 380 nm.
11 Выберите в выпадающем списке другую справочную таблицу (LUT),
например, для красного.
12 Выберите элемент 21 НЕ Ех. FURA 380 в выпадающем списке
возбуждающих светофильтров.
Возбуждающий светофильтр будет применен к данному каналу.
13 Отрегулируйте время экспозиции и фокусировку для обоих каналов.
Вы создали каналы для эксперимента.
Шаг 2. Настройка временной серии и создание переключателей
1 Откройте инструмент Time Series (Временная серия).
2 С помощью ползунка Duration (Продолжительность) и выпадающего
списка единиц измерения укажите продолжительность эксперимента,
например 10 мин.
3 С помощью ползунка Interval (Интервал) и выпадающего списка единиц
измерения укажите величину интервала получения изображений,
например 1 секунда.
4 Для создания интерактивных переключателей откройте раздел
Interactive Switches (Интерактивные переключатели) инструмента
Time Series (Временная серия). Этот раздел отображается только в
режиме Show АП (Показать все).
Нажмите кнопку Ш иВ Add (Добавить).
Будет добавлен новый переключатель.
6 Отредактируйте переключатель, нажав на черную стрелку справа от
переключателя.
Отобразятся свойства переключателя.
7 Введите имя, например Fast (Быстро). Установите флажок Color (Цвет)
и выберите цвет, например синий. Укажите действие, которое
необходимо выполнить при активации кнопки, например As fast as
possible (Максимально быстро).
Вы успешно настроили временную серию и создали переключатель.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 363
--- стр. 563 ---
14 Модуль Dynamics 114.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics
14.2.5.3
Порядок действий
14.2.5.4
Порядок действий
14.2.5.5
Порядок действий
Шаг 3. Настройка онлайнового коэффициента
1 Откройте инструмент MeanROI Setup (Настройка области интереса).
Снимки настроенных каналов будут автоматически получены и
отображены в центральной области экрана. Справа будут
представлены диаграммы для каждого изображения.
2 Из опций области просмотра выберите вкладку Ratio (Коэффициент) и
активируйте потоковое генерирование коэффициента.
3 В разделе Method (Метод) в выпадающем списке выберите элемент
Dual Wavelength (Двойная длина волны).
4 В разделе Calculation (Вычисления) в выпадающем списке числителя
формулы выберите Fura-2 340 nm.
5 В разделе Calculation (Вычисления) в выпадающем списке
знаменателя формулы выберите Fura-2 380 nm.
На экране отобразится коэффициент, рассчитанный в соответствии с
настройками коэффициента.
Вы успешно активировали функции расчета коэффициента и указали
метод расчета коэффициента. ’
Шаг 4. Настройка области интереса
1 В инструменте Dynamics нажмите кнопку MeanROI Setup (Настройка
области интереса).
2 Во вкладке Graphics (Графические элементы) выберите инструмент
для создания области интереса, например Circle (Круг).
3 Установите флажок Keep tool (Удерживать инструмент).
4 Создайте область интереса в одном из изображений.
5 Снимите флажок Keep tool (Удерживать инструмент) и повторно
выберите инструмент выделения (стрелка).
6 В разделе Measure (Измерение) вкладки Mean ROI (Область интереса)
выберите тип измерения интенсивности, который необходимо вывести
на экран, например Mean Intensity (Средняя интенсивность).
7 Во вкладке Layouts (Разметки) выберите вид отображения
изображения и диаграммы, например Multi-Image Multi-Chart ,
(Множественные изображения, множественные графики). *
8 Откройте вкладку Charts (Графики), напротив элемента X Units
(Единицы оси X) нажмите кнопку Fixed (Фиксированные) и выберите в
выпадающем списке единицы измерения, например секунды.
9 В верхней левой области окна MeanROI Setup (Настройки области
экрана) нажмите кнопку Exit (Выход).
Вы успешно настроили и отрегулировали окно MeanROI Setup (Настройка
области интереса).
Шаг 5. Запуск, анализ и изменение эксперимента
1 Запустите эксперимент, нажав кнопку Start Experiment (Начать
эксперимент).
Начнется эксперимент. В нашем примере изображение будет поступать
каждую секунду в течение 10 минут. Эксперимент откроется в режиме
реального времени в окне MeanROI (Область интереса), в котором
отображаются текущие изображения и измерения.
364 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 564 ---
2 Активируйте созданный переключатель в нужной временной точке. Для
этого откройте раздел Switches (Переключатели) инструмента Time
Series (Временная серия). Нажмите на переключатель, как только
возникнет необходимость в выполнении заданного для него действия,
налример, для максимально быстрого последовательно получения
следующих изображений нажмите на переключатель Fast. Маркером на
оси X соответствующим переключателю цветом (например, синим)
будет отмечена временная точка, в которой он был активирован.
3 По завершении временной серии эксперимент можно
проанализировать в автономном режиме в окне MeanROi (Область
интереса), обработать его и экспортировать его значения.
Вы успешно провели эксперимент.
14 Модуль Dynamics 114.2 Порядок проведения экспериментов в модуле Dynamics ______________
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 365
--- стр. 582 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
3 Нажмите кнопку Set correlation points (Установить корреляционные
точки) для установки корреляционных точек. Всегда начинайте с
установки 3 точек в левом (живом изображении), затем переходите к
установке идентичных точек (в аналогичном порядке) в загруженном
изображении.
4 После установки всех 6 корреляционных точек будет автоматически
выполнена корреляция изображения.
Коррелированное изображение появится в третьем графическом
контейнере под живым и загруженным изображениями.
15.3 Функции и их назначение
15.3.1 П ользовательский интерф ейс
Рисунок 15.11. Пользовательский интерфейс
Ш Инструмент Shuttle & Find в левой области инструментов (1)
■ Поле обзора S&F в центральной области экрана(2)
■ Опции S&F и S&F Correlation (Корреляция в S&F) под центральной
областью экрана (3)
15.3.2 И нструм ент Shuttle & Find
Инструмент Shuttle & Find позволяет выбрать и откалибровать держатели
образцов. Инструмент отображается, только если установлен флажок
Shuttle & Find в менеджере экспериментов (Experiment Manager).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 383
--- стр. 583 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
if Shuttle & Rnd
Sample Holder
Life Science cover glass 22x22
Select™
Calibrate™
A p ^ to Image
Рисунок 15.12. Инструмент Shuttle & Find
Параметр
Sample holder
(Держатель
образца)
Описание
Здесь отображается имя и изображение
предпросмотра выбранного держателя
образца.
Select...
(Выбрать...)
Открывает диалоговое окно Select Template
(Выбрать шаблон). В нем можно выбрать
предпочтительный держатель образца или
создать новые шаблоны держателей,
см. «Выбор держателя образца»[ьЗб91-
Calibrate...
(Калибровать...)
Открывает мастер калибровки держателя
образца (Sample Holder Calibration Wizard)
[> 390]. В нем можно откалибровать
выбранный держатель образца.
Apply to Image
(Применить к
изображению)
Отображается только в режиме Show АН
(Показать все).
Используйте эту кнопку только в том
случае, если забыли откалибровать
держатель перед получением изображения.
Применяет калибровку к полученному
изображению. Не извлекайте образец из
сопоставительного держателя в интервале
между получением изображения и калибровкой.
Инструмент Shuttle & Find для SEM
Отображается только, если запущена программа SEM в ПО ZEN 2.3 (blue).
Окно инструментов адаптировано под требования процесса корреляции на
SEM,
384 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 584 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
■7 Shuttle and Find
Sample Holden
Life Science cover glass 22x22
1 . Vi
/ ■
SEM Snap
Scale bar Ann(rt^tcn Bar
v'SKm AI Й
Select...
Calibrate...
Apply to Image
Select...
Рисунок 15.13. Инструмент Shuttle & Find в программе SEM в ПО ZEN
Параметр
Scale bar
(Масштабная
линейка)
Функция
Добавляет масштабную линейку к полученному
изображению.
Annotation bar Добавляет панель аннотаций к полученному
(Панель аннотаций) изображению.
Select...
(Выбрать...)
После нажатия на эту кнопку открывается
диалоговое окно выбора параметров для панели
аннотаций. Для панели аннотаций можно выбрать
максимум 9 параметров.
15.3.3 Поле обзора Shuttle & Find
Помимо инструмента Shuttle & Find в левой области инструментов, в
центральной области экрана ПО ZEN отображается область обзора
S&F (Shuttle & Find). При выборе поля обзора S&F на экране под
областью изображения в качестве опций предметного просмотра появятся
вкладки S&F и S&F Correlation (Корреляция в S&F).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 385
--- стр. 585 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
■ ♦ .wSSSr'
15.3.3.1
15.3.3.1.1
Рисунок 15.14. Поле обзора Shuttle & Find
Вкладка S&F
Здесь находятся полезные опции и инструменты для создания и
перемещения областей интереса (ROI) или точек интереса (POI) на
изображении образца.
Options (Опции)
Параметр
Mirror image
(Зеркальное
изображение)
Описание
Здесь с помощью двух кнопок справа вы
можете отразить изображение по
горизонтали или по вертикали.
Выравнивание изображений зависит от
микроскопа (прямой/инвертированный) и
ориентации держателя образца.
Keep tool (удерживать
инструмент)
Флажок установлен: выбранный инструмент
остается активным. Это полезно в тех случаях,
если необходимо создать несколько
областей/точек интереса.
Auto color (Автоцвет) Флажок установлен: использует новый
цвет для каждого нового созданного
элемента.
Snap to Pixel
(Привязка к пикселю)
Флажок установлен: создает графические
элементы с помощью пиксельной сетки.
Use fine
calibration value
(Использовать
значение точной
калибровки)
Флажок установлен: использует измеренную
точную калибровку.
386 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 586 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
Параметр Описание
Точность перемещения и, следовательно,
качество наложенного изображения можно
повысить путем определения величины
смещения. Этой величиной описывается
смещение между загруженным и живым
изображениями. Определенная величина
смещения действительна только для
загруженного изображения, которое
отображается в контейнере. При открытии
другого изображения или закрытии диалогового
окна величина смещения удаляется.
Определите смещение путем идентификации
точки интереса (POI, от англ. Point Of Interest) на
полученном изображении. Для определения
точки интереса воспользуйтесь кнопками
раздела Regions (Области). При нажатии
кнопки Set Offset (Установить смещение) столик
перемещается в предполагаемую позицию
образца. Сравните позицию образца на живом
изображении с установленной точкой интереса
и скорректируйте позицию столика до
совмещения обеих позиций. Подтвердите
выполнение точной калибровки, нажав на
кнопку ОК. Теперь точная калибровка измерена,
а флажок установлен.
Более подробно, см. раздел «Точная
калибровка держателя образца» [► 380].
Double click in
image to move stage
(Перемещение
столика по
двойному щелчку
на изображении)
Флажок установлен: перемещает столик в
позицию, указанную двойным нажатием
мыши.
Refocus after
stage movement
(Выполнять
повторную
фокусировку
после
перемещения
столика)
Флажок установлен; автоматически
регулирует фокусировку после перемещения
столика.
Move stage in z-
direction before x/y
movement
(Перемещать
столик в
направлении оси
Z перед
перемещением по
осям X/Y)
Флажок установлен: перемещает столик в
позицию загрузки перед перемещением к
следующему корреляционному
калибровочному маркеру.
Show splitter view
(Отображать
разделенную область
просмотра)
Флажок установлен; активирует режим
раздельной области просмотра в
центральной области экрана
Руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) ] Ред. 1.0 на русском языке 387
--- стр. 587 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
15.3.3.1.2 Параметры Regions, Find и Dimensions
: <?> и 'Ту
г. . -
Рисунок 15.15. Параметры Regions, Find. Dimension
Панель инструментов Regions (Области) и Find (Поиск)
Параметр Описание
Выбирает области или точки интереса в области
И И 1 изображения. Воспользуйтесь этой кнопкой, чтобы
Режим выбора переключиться из другого режима в режим Selection
^ (Выбор).
Создает прямоугольник (область интереса (ROI)),
Нарисовать стороны которого параллельны краям изображения,
прямоугольник
Нарисовать
маркер
Создает точку маркера (точку интереса (POI)).
Center
Центр
Перемещает столик в центр открытого изображения.
ROI/POI
Перемещает столик в выбранную область/точку
Область/точка интереса,
интереса
Показать
позицию
столика
Показывает текущую позицию столика в виде
прямоугольника на изображении.
Раздел Dimension
В разделе Dimension (Измерения) представлены координаты и измерения
выбранного графического элемента в списке. Если установлен флажок
Scaled (Масштабный), используемой единицей измерения является «мкм»,
в противном случае — «пиксель».
388 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 588 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
Ш Параметр X: отображает горизонтальную позицию (Х-координата)
центра графического элемента.
■ Параметр Y: отображает вертикальную позицию (Y-координата)
центра графического элемента.
■ Параметр W; отображает ширину графического элемента.
■ Параметр Н: отображает высоту графического элемента.
Список графических элементов
Ниже приведен список всех создаваемых областей/точек интереса.
Параметр Описание
«Глаз» Показывает/скрывает область/точку интереса на
изображении.
«Замок» Запирает область/точку интереса, предотвращая
изменения.
Туре (Тип)
Отображает иконку типа инструмента (ROI/POI). Для
форматирования графического элемента дважды
нажмите на иконку. Откроется диалоговое окно
Format Graphic Elements (Форматирование
графических элементов).
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
ID (Номер) Отображает номер графического элемента. Для этого
установите флажок напротив соответствующего
элемента списка.
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
А
Отображает аннотации к графическому элементу
(ROI). Для этого установите флажок напротив
соответствующего элемента списка. Затем дважды
нажмите на кнопку-флажок. Откроется диалоговое
окно Format Graphic Elements (Форматирование
графических элементов). В выпадающем списке
Annotation (Аннотация) выберите аннотацию, которую
необходимо отобразить на изображении.
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
М Отображает результаты измерения графического
элемента. Для этого установите флажок напротив
соответствующего элемента списка.
Название
Отображает имя графического элемента. Для
изменения имени дважды нажмите на поле ввода
Name (Имя). Затем введите необходимый текст.
15.3.3.2 Вкладка S&F Correlation
Во вкладке S&F Correlation (Корреляция в S&F) расположены все функции
для наложения (соотнесения) двух изображений.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 389
--- стр. 589 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
Рисунок 15.16. Вкладка S&F Correlation
ОписаниеПараметр
Transform
(Преобразовать)
Здесь выбирается изображения для преобразования. С
помощью кнопок Left Image/Right image (Правое
изображение/Левое изображение) выберите
изображение, которое необходимо преобразовать в
другое. Во время преобразования пиксель наложенного
изображения вычисляется с помощью пикселей двух
исходных изображений, которые должны быть
совмещены/объединены.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь вы можете выбрать один из следующих
методов интерполяции:
- Nearest Neighbor
(Ближайший
сосед)
Значение серого тона результирующего пикселя в
наложенном изображении рассчитывается из соседнего
пикселя. Это высокоскоростной метод интерполяции.
- Linear
(Линейное
комбинирование
)
Результирующему или вычисленному пикселю
наложенного изображения присваивается значение
серого, которое является результатом линейной
комбинации значений пикселей, расположенных ^
поблизости (в исходном изображении).
- Cubic
(Кубический)
Результирующему или вычисленному пикселю
наложенного изображения присваивается значение
серого, которое рассчитывается с помощью
полиномиальной функции с использованием значений
серого тона пикселей исходных изображений; эти
пиксели располагаются рядом с вычисленным
пикселем.
Mirror image
(зеркальное
изображение)
Здесь вы можете отразить изображение по
горизонтали или по вертикали. Просто нажмите на
соответствующую кнопку.
Отражение изображения необходимо в тех случаях,
когда ориентация загруженного изображения
отличается от ориентации живого изображения.
Show
Correlation
(Показать
корреляцию)
Флажок установлен; открывает коррелированное
изображение в новом графическом документе/новом
контейнере.
390 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) I Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 590 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
Параметр
Set correlation
points
(Установить
корреляционн
ые точки)
Описание
Позволяет устанавливать 6 точек (по 3 точки в каждом
изображении) подряд в виде корреляционных
маркеров, см. раздел «Корреляция двух загруженных
изображений» [►380].
Reset (Сброс) Удаляет все корреляционные точки на изображениях.
Create
Correlation
(Создать
корреляцию)
Активен только при установке всех точек в обоих
изображениях.
Создает корреляционное наложенное изображение.
Третий графический контейнер с коррелированным
изображением будет открыт в центральной области
экрана, флажок Show Correlation (Показать
корреляцию) будет установлен автоматически.
15.3.4 М астер калибровки держ ателя образца
W iipH; < iu< dvi W xHd I IM W
Ы n4l UlH
« U* • <мМг* fW «I»
4
»ЦЩ9 0Ь0тт>т^
t’AV'tr* *-* «М ПТ* * *
^ МИуи т
* _____ •«**
Рисунок 15.17. Мастер калибровки держателя образца
С помощью мастера калибровки держателя образца (Sample Holder
Calibration Wizard) калибруется выбранный корреляционный держатель
образца. Мастер открывается в инструменте Shuttle & Find. Убедитесь, что
активирован инструмент Shuttle & Find и выбран держатель образца, см.
раздел «Выбор держателя образца» [►369].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 391
--- стр. 591 ---
15 Модуль Shuttle & Find 115.3 Функции и их назначение
15.3.4.1 Шаг 1. Options (Опции)
S am p le H o ld e r C alib ratio n W iza rd
I ; - Opt'
Set options for the calibration and clkk next to proceed.
Save marker images
■ Move the stage to load position before xy movement
y f Automatic movement to next marker
Я Use Autofocus at each marker position
Use automatic marker detection
Use settings for marker detection
Threshold madcer detection low
Marker color ■■1 Ai
Marker orientation
Next V
Рисунок 15.18. Опции мастера калибровки держателя образца
Опция
Save marker images
(Сохранить маркерные
изображения)
Описание
Флажок установлен: маркерные изображения
сохраняются во время калибровки.
Впоследствии изображения могут
использоваться для проверки калибровки.
Нажмите кнопку Select Folder (...) (Выберите
папку (...)) для выбора папки хранения данных.
Move the stage to load
position before x/y
movement
(Перемещать столик в
позицию загрузки
перед перемещением
по осям X/Y)
Флажок установлен: перемещает столик в л
позицию загрузки перед перемещением к "
следующему корреляционному калибровочному
маркеру.
При использовании AxioObserver револьверная
головка объектива перемещается в позицию
загрузки.
Automatic movement
to next marker
(Автоматическое
перемещение к
следующему маркеру)
Флажок установлен: при нажатии на кнопку
Next (Далее) в мастере калибровки столик
автоматически перемещается к следующему
калибровочному маркеру.
Use Autofocus at each
marker position
(Использовать
автофокус в позиции
каждого маркера)
Эта опция активна только в том случае, если
установлен флажок Automatic movement to
next marker (Автоматическое перемещение к
позиции следующего маркера).
Флажок установлен: фокусировка выполняется
автоматически после перемещения к позиции
следующего маркера.
392 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 600 ---
16 Модуль CAT 116.2 Общие подготовительные процедуры
16.2
16.2.1
Ш Мастер корреляции, см. раздел «Мастер корреляции» [► 456].
Общие подготовительные процедуры
П одготовка образца
Тип подложек/покровных стекол
Рекомендуем использовать покровные стекла, покрытые оксидом индия и
олова и снабженные координатными метками. Оксид индия и олова
минимизирует эффекты образования зарядов в растровом электронном
микроскопе. Покровные стекла с координатными метками требуют
выполнения дополнительных подготовительных процедур после
визуализации образца с помощью оптического микроскопа и перед
визуализацией с помощью растрового электронного микроскопа.
Нанесение серийных срезов на покровное стекло
■ Последовательность серийных срезов
Во время разделения на серийные срезы проверьте свое знание
последовательности лент, а также точек начала и окончания лент.
■ Расположение серийных срезов на покровном стекле
Важно размещать серийные срезы в центре покровного стекла. Если
срезы расположены слишком близко к краю покровного стекла,
объектив может коснуться подложки во время получения изображения.
В особенности это может произойти при использовании
иммерсионных объективов. Это приведет к ошибочному расчету
карты фокусировки или получению расфокусированных изображений.
■ Несколько лент (серийных срезов) на покровном стекле
Следите за тем, чтобы единичные серийные срезы не располагались
в непосредственной близости друг к другу, поскольку это может
нарушить программный алгоритм нумерации и привести к
неправильной нумерации.
16.2.2 П редварительны е настройки (оптический м икроскоп)
Перед началом работы с модулем CAT необходимо проверить следующие
настройки оптического микроскопа {аппаратные и программные настройки).
Обычно система калибруется специалистом по техобслуживанию, но мы
рекомендуем повторно проверять настройки после смены компонентов,
например объективов или рефлекторных модулей. Поскольку эти общие
настройки не описываются в настоящем руководстве, обратитесь к
вашему специалисту по техобслуживанию или к интерактивной справке
ZEN.
■ Проверка парцентричности и парфокальности
Обратите внимание, что калибровка парцентричности и
парфокальности должна выполняться на TFT-дисплее микроскопа.
■ Проверка ориентации камеры и перемещения столика
Перед проверкой перемещения столика необходимо сначала
проверить правильность ориентации камеры. Ориентация камеры
должна соответствовать полю обзора, наблюдаемому в окуляр
микроскопа. В противном случае измените ориентацию камеры в
инструменте Camera (Камера).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 401
--- стр. 601 ---
16 Модуль CAT 116.2 Общие подготовительные процедуры
Для проверки перемещения камеры рекомендуем получить мозаичное
изображение и проверить правильность сшивки мозаик. В случае
отрицательного результата нужно закрыть ПО ZEN и открыть ПО
МТВ 2011. В списке конфигураций раздела Motorized Stage
(Электроприводный столик) следует изменить инверсию столика.
■ Коррекция равномерности освещения
Перед началом работы с CAT необходимо выполнить коррекцию
равномерности освещения в ПО ZEN. Для этого ознакомьтесь с
соответствующим разделом интерактивной справки ZEN.
16.2.3 Н астройки эксперим ента
Для работы в модуле CAT требуется сначала настроить эксперимент в ПО
ZEN. Поскольку этот процесс описан в интерактивной справке ZEN,
остановимся на наиболее важных для работы с модулем CAT настройках;
■ В меню Tools I Options | Acquisition 1 Acquisition (Инструменты ]
Опции I Получение изображений | вкладка «Получение изображений»)
необходимо установить флажок Enable Advanced Imaging Setup
(Активировать расширенные настройки визуализации).
■ В инструменте Imaging Setup (Настройка визуализации) требуется
включить режим Show All (Показать все).
■ В инструменте Imaging Setup (Настройка визуализации) необходимо
включить режим Advanced Imaging Setup (Расширенные настройки
визуализации).
■ В инструменте Imaging Setup (Настройка визуализации) в окне
светового тракта требуется отрегулировать следующие настройки:
- Опцию Microscope Manager (Менеджер микроскопа) следует
исключить из всех настроек. Для исключения настройки нажмите на
иконку компонента/параметра. Появится меню, в котором можно
установить/убрать флажок Include in this Setting (Включить в эту
настройку). Если флажок не установлен, компонент/параметр будет
исключен из выбранной настройки. Обратите внимание, что вам
необходимо выбрать каждый параметр Before/After (До/После),
проверить, исключены или включены эти компоненты, и
отрегулировать их соответствующим образом.
- Опцию TL / RL Switch (Переключатель «Проходящий
свет/Отраженный свет») следует исключить из всех настроек.
- Все опции TL / RL Shutters (Затворы «Проходящий свет/Отраженный
свет») в оптическом пути должны быть включены во все настройки.
Обратите внимание, что иконки включенных настроек будут выделены
синим цветом.
- Все источники света (TL / RL (Проходящий свет/Отраженный свет)) в
оптическом пути должны быть включены во все настройки.
- Все настройки интенсивности света должны быть одинаковыми
(например, 2 В).
■ В общем для настроек Before Experiment (До эксперимента) и After
Experiment (После эксперимента) выполните следующие регулировки:
- Все затворы (Shutters) должны быть закрыты.
■ Пример настроек фазового контраста (Phase Contrast):
- Для настроек Before TL Phase (До фазы проходящего света)
выполните следующие регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть открыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть закрыт.
402 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 602 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
- Для настроек After TL Phase {После фазы проходящего света)
выполните следующие регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть закрыт.
> Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть закрыт.
■ Пример настройки одного флуоресцентного канала (Fluorescence
Channel) (здесь DAPI):
- Для настроек Before DAPI (До DAPI) выполните следующие
регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть закрыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть открыт.
Для настроек After DAPI (После DAPI) выполните следующие
регулировки:
- Затвор проходящего света (TL Shutter) должен быть закрыт.
- Затвор отраженного света (RL Shutter) должен быть закрыт.
16.3 Последовательность операций в CAT
16.3.1 Введение
В этом разделе приведена информация о типичной последовательности
операций в CAT. В этом разделе приводится вводная информация и
последовательность операций в CAT. Начиная с общих подготовительных
процедур и до получения изображения на оптическом микроскопе (LM) в
этом разделе также описывается процедура получения изображений в
растровом электронном микроскопе (SEM). После получения изображения
мы подробно остановимся на выравнивании и корреляции изображений.
Обратите внимание, что здесь не приводится подробное описание
процедуры настройки эксперимента, поскольку данный шаг выходит за
рамки настоящего раздела, который посвящен, главным образом,
последовательности операций в CAT. Вместо этого ознакомьтесь с
разделом «Общие подготовительные процедуры» [►400], где
описываются наиболее важные предварительные условия для проведения
эксперимента в CAT. Здесь также не описывается процесс последующей
обработки результирующих изображений.
16.3.2 Создание нового образца
Если вы настроили эксперимент в ZEN (например, многоканальный
эксперимент), следующим этапом будет создание и выбор образца. Если
вы впервые начинаете работу с программным обеспечением, вам сначала
потребуется создать новый образец.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 403
--- стр. 621 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
5 Нажмите кнопку Verify Support Points (Проверить контрольные
точки).
Программа проведет вас через данный процесс так же, как и в
шаге 3 Ribbon Imaging (Визуализация лент).
После проверки всех имеющихся контрольных точек появится
сообщение “All points have been verified” («Все точки
подтверждены»),
6 Нажмите кнопку Acquire Images (Получить изображения).
Будет выполнена визуализация областей интереса. Следующий шаг
может быть использован для проверки каждого изображения
областей интереса и повторного получения (повторная съемка)
изображений из областей интереса, которые не соответствуют
ожиданиям. Для перехода к следующему шагу нажмите кнопку
Next (Далее).
16.3.6.8 Повторная съемка областей интереса
Этот шаг обычно используется для повторного получения изображений из
областей интереса, которые находятся вне фокуса.
Необходимые предварительные условия ■ Вы находитесь в шаге 7/7 Повторная съемка
Порядок действий 1 Проверьте, активирован ли режим Select Tiles (Выбрать мозаики).
Этот режим должен быть выбран по умолчанию при переходе в этот
шаг.
Для перемещения по сериям областей интереса можно
воспользоваться стрелками с каждой стороны изображения или
ползунком Z-Position (Позиция по оси Z) во вкладке Dimensions
(Измерения).
Выберите изображение для повторного получения, нажав на него
левой кнопкой мыши.
Изображение будет выделено пунктирной рамкой зеленого цвета.
422 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 622 ---
16 Модуль CAT [ 16.3 Последовательность операций в CAT
4 Перейдите к проверке и выбору изображений, которые необходимо
получить повторно.
5 Выбрав все изображения, нажмите кнопку Acquire (Получить).
Программа перейдет к первому выбранному изображению.
6 Отрегулируйте фокусировку и нажмите кнопку Snap (Моментальный
снимок).
7 Для замены старого изображения новым нажмите кнопку Replace
(Заменить).
Программа автоматически переместится к следующему выбранному
изображению.
8 Повторяйте эту операцию, пока не получите все выбранные
изображения.
9 Нажмите кнопку Finish (Готово).
Вы успешно прошли мастер получения изображений ленте
оптического микроскопа. Перейдите к процедуре, описанной в
следующем разделе настоящего руководства.
16.3.7 Получение SEM-изображений
16.3.7.1 Общие подготовительные процедуры
Для получения SEM-изображений необходимо выполнить следующие
общие подготовительные процедуры.
Необходимые предварительные условия ■ Получено LM-изображение в соответствии с
инструкциями раздела «Получение LM-изображения» [► 409].
Порядок действий
Данные изображения с оптического микроскопа
скопированы/перемещены в SEM.
Запустите программу Smart SEM. Обратите внимание, что ПО SEM
используется для настройки параметров получения изображений,
например; настроек детектора, увеличения, настроек отображения и
скорости сканирования.
Запустите программу ZEN SEM. Проследите за тем, чтобы перед
запуском ПО ZEN, была запущена программа SmartSEM.
На экране отобразится вкладка SEM Acquisition (Получение SEM-
изображений) и инструмент Correlative Array Tomography (CAT).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 423
--- стр. 623 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
■. tm 1ЧН»И« • V |> ' « « - «Г"» Ш.ЩК, — —
-т»ттштттт^‘‘ ■«•кии ! ■ *»**’*■
3 в инструменте CAT нажмите кнопку Select / Specify...
(Выбрать/У казать...).
4 Выберите файл, который был создан во время получения LM-
изображений. Он должен располагаться в папке LM, созданной
автоматически.
5 Выберите используемый держатель образца.
6 Выполните калибровку держателя образца, описанную в разделе
«Калибровка» [► 404].
Вы успешно выполнили общие подготовительные процедуры.
Теперь можно перейти к получению SEM-изображения.
16.3.7.2 Получение SEM-изображения
Необходимые предварительные условия ■ Вы выполнили общие подготовительные
процедуры, см. раздел «Общие подготовительные процедуры»
[► 422].
Порядок действий 1 В инструменте CAT нажмите кнопку Start Acquisition Wizard (Запуск
мастера получения изображений).
Откроется первый шаг мастера «Overview Imaging» (Обзорная
визуализация).
Нажмите кнопку Load Image (Загрузить изображение).
В папке CAT / LM файловой системы выберите файл-изображение,
содержащий области интереса.
Появится изображение с областями интереса.
424 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) j Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 627 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
10 Переместите столик SEM так, чтобы его позиция совпала с точкой
коррекции на LM-изображении.
11 Если позиции полностью совпали, подтвердите это, нажав на кнопку
ОК.
Столик автоматически переместится к следующей точке коррекции.
Повторите последние три шага для остальных точек коррекции.
428 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 628 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
После коррекции смещения снова перейдите к проверке
контрольных точек. Так как эта процедура аналогична процедуре
получения LM-изображения, ознакомьтесь с разделами
«Визуализация лент» [> 412] и «Визуализация областей интереса»
[►420]. Помните, что регулировка параметра SEM осуществляется
на панели управления SEM.
12 После подтверждения контрольных точек нажмите на кнопку Acquire
(Получить).
Будет выполнена визуализация областей интереса с помощью SEM.
Длительность этого процесса зависит от настроек эксперимента.
16.3.8 Выравнивание изображения серии срезов по оси Z
Мастер включает в себя шесть шагов:
Импорт изображения.
Pre-Processing (Предварительная обработка).
Image Review (Просмотр изображения).
Alignment (Выравнивание).
Manual Correction (Ручная коррекция).
Final Image Creation (Создание конечного изображения).
Порядок действий 1 В инструменте CAT нажмите кнопку Start Z-Stack Alignment Wizard
(Запуск Мастера выравнивания изображения серии срезов по оси Z).
Откроется первый шаг мастера image Import (Импорт изображения).
2 Нажмите кнопку Load Image (Загрузить изображение) и выберите в
файловой системе полученное изображение серии срезов по оси Z.
В этом примере мы выберем LM-изображение. Аналогичные
операции выполняются и для SEM-изображения.
В центральной области экрана появится изображение серии срезов
по оси Z.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 429
--- стр. 629 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
Нажмите кнопку Next (Далее).
Откроется шаг 2/6 Pre-Processing (Предварительная обработка).
Если используется мозаичное изображение, для устранения
смещения между отдельными мозаиками нажмите кнопку Apply
Stitching (Применить сшивку).
Если изображение получено с помощью SEM, нажмите кнопку
Histogram Equalization (Выравнивание гистограммы), чтобы
настроить отображение изображения.
Нажмите кнопку Next (Далее).
Откроется шаг 3/6 Image Review (Просмотр изображения). Обратите
внимание, что на данном этапе получение изображений невозможно.
Можно только заменить изображение следующим или предыдущим
изображением серии срезов по оси Z.
430 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 637 ---
16 Модуль CAT 116.3 Последовательность операций в CAT
Correlation Vizard
CenW fbe <»'*d*tien ж»л»»»у by ind'««abfijt wrrfotmrt ■n<9f *.
^ cS«l
f nr r*
14 По завершении выравнивания изображения нажмите кнопку Accept
(Принять). Скоррелированные изображения серии срезов по оси Z
можно просмотреть с помощью ползунка Z-Position (Позиция по оси
Z) во вкладке Dimensions (Измерения).
15 Нажмите кнопку Next (Далее).
Откроется шаг 4/4 Create Final Correlation Image (Создание
конечного коррелированного изображения).
16 Нажмите кнопку Create Final Z-Stack (Создать конечную серию
срезов по оси Z).
Будет создано коррелированное изображение серии срезов по оси Z.
438 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 638 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
17 Нажмите кнопку Finish (Готово) для выхода из мастера.
Вы успешно создали коррелированное изображение серии срезов по
оси Z.
16.4 Ф ункции и их назначение
16.4.1 Введение
в этом разделе приводится подробное описание всех параметров модуля
CAT. Этот раздел предназначен для начинающих пользователей, которые
желают получить общее представление о всех функциях программного
обеспечения, а также для экспертов, ищущих информацию о конкретной
функции.
16.4.2 Инструмент CAT
Инструмент CAT позволяет калибровать и управлять держателями
образцов, запускать мастеры настройки, используемые для получения
изображений из серийных срезов, генерирования изображений серий
срезов по оси Z из единичных изображений, а также коррелировать два
изображения серии срезов по оси Z, полученных с помощью оптического
микроскопа (LM) и растрового электронного микроскопа (SEM).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 439
--- стр. 639 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
я? Correlative Array Tomography
Sample Name MySampleOOl
^ShoviM
Select / Specify.,
Calibration ■ —
Sample Holden
Life Science cover glass 22x22
r
о Imaqe
Start Acquisition Wizard
► Start Z-Sbck Alignment Wsard
► Start Correlation Wizard
Рисунок 16.3. Инструмент CAT
Параметр Описание
Определение
образца (1)
- Select/Specify...
(Выбрать/У казать.
Открывает диалоговое окно Select Sample (Выбор
образца), см. раздел «Диалоговое окно Select Sample» [►
440].
В нем из списка выбирается лист данных образца или
указывается новый образец с пользовательскими
данными. Указанная информация об образце
используется для обработки изображения (например,
выравнивания серии срезов по оси Z) или для
управления данными.
Калибровка
держателя образца
(2)
- Select...
(Выбрать...)
Открывает диалоговое окно Select Template (Выбрать
шаблон). В нем можно выбрать предпочтительный
держатель образца или создать новые шаблоны
держателей, см. «Выбор держателя образца» [►404].
- Кнопка Calibrate...
(Калибровать...)
Открывает мастер калибровки держателя образца
(Sample Holder Calibration Wizard) [^442]. В нем можно
откалибровать выбранный держатель образца.
- Кнопка Apply
to Image
(Применить к
изображению)
Отображается только в режиме Show All (Показать все).
Используйте эту кнопку только в том случае, если
забыли откалибровать держатель перед получением
изображения.
440 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 640 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Применяет калибровку к полученному изображению. Не
извлекайте образец из сопоставительного держателя в
интервале между получением изображения и калибровкой.
Исключение составляют случаи, когда корреляционные
маркеры располагаются на держателе образца.
Запуск мастера Запускает мастер получения изображений (Acquisition
получения Wizard), более подробно см. здесь [► 445].
изображений
(3)_____________________________________________________________________________________
Запуск мастера Запускает мастер выравнивания серии срезов по оси Z
выравнивания (Z-Stack Alignment Wizard), более подробно см. здесь [► 454].
серии срезов
по оси Z (4)
Запуск мастера Запускает мастер корреляции (Correlation Wizard), более
корреляции (5) подробно см. здесь [► 456].
16.4.2.1 Диалоговое окно Select Sample
В диалоговом окне Select Sample (Выбор образца) можно выбирать или
создавать листы данных образца.
S«tect Sample
Select or Specify Sample. To tp ^ if y a sample click on the * button or go into options. For select a sam ple click on the
a sample definition listed below.
Folder 1С \и5вЛ тйски\Р|с!игм \С А ГSamples ‘
list of specdicd samples
'~iiySafnp(e001
NewSampfe.OOl
MySampleOOl
Oescnf^ton
Number Ы sample earners i
SampteCarrier Coverglus
Section thickness 100 nm
Overview Image Q\Users\m lcku\Pictw es\CA T SamplesX..
Рисунок 16.4. Диалоговое окно Select Sample
П/п Параметр Описание
1 Folder Показывает место хранения файлов.
(Папка)
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 441
--- стр. 641 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
П/п Параметр Описание
Чтобы изменить место хранения файлов, нажмите кнопку
Путь и папка по умолчанию:
C:\Users\user\Pictures\CAT Samples.
В этой папке каждый образец сохраняется в своей
подпапке. Изображения, полученные с помощью
мастера получения изображения CAT (CAT Acquisition
Wizard), сохраняются в эту подпапку автоматически.
Для большей ясности, при каждом последующем запуске
CAT в мастере получения изображений CAT создаются
подпапки с именем «[Дата] [Время]». Если имя файла
превышает определенное количество символов, оно
сокращается с помощью знака «°».
Показывает образцы, которые уже указаны в
программном обеспечении.
Если выбрать образец из списка и нажать кнопку ОК,
выбранный образец будет использоваться в
эксперименте.
List of
specified
samples
(Список
указанных
образцов)
При нажатии на кнопку откроется диалоговое окно
New Sample (Новый образец). В нем можно создать
новый образец, который будет добавлен в список, см.
«Создание нового образца» [> 402].
При нажатии кнопки Options (Опции) отобразятся
дополнительные опции управления образцами, такие как
Show/Edit (Показать/Редактировать) или Refresh
Sample List (Обновить список образцов).
Информац Отображает информацию об указанном образце,
ИЯ например: описание, число подложек, подложку и
толщину среза.
442 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 642 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
16.4.3Мастер калибровки держ ателя образца
С помощью мастера калибровки держателя образца (Sample Holder
Calibration Wizard) калибруется выбранный сопоставительный держатель
образца. Мастер открывается с помощью инструмента. Убедитесь, что вы
выбрали необходимый держатель образца, см. раздел « В ы б о р д е р ж а т е л я
о б р а з ц а » [►404].
Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 443
--- стр. 646 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
1/7 Overview Imaging (Обзорная визуализация) (►446].
2/7 R ib b o n S p e c i f i c a t i o n (Определение лент (по усмотрению)) [►448].
3/ 7 R ib b o n I m a g i n g (Визуализация лент (по усмотрению)) [^449].
4 / 7 S e c t i o n S p e c i f i c a t i o n (Определение срезов) [►449].
5/ 7 R O I D e fin itio n (Определение областей интереса) [►452].
6 / 7 R O I I m a g i n g (Визуализация областей интереса) [►453].
7/7 R e S h o o t (Повторная съемка (по усмотрению)) [►453].
16.4.4.1 Обзорная визуализация
В шаге Overview Imaging (Обзорная визуализация) можно получить общее
изображение, позволяющее перемещаться по образцу. На подложке
отображаются позиции серийных срезов. Для получения обзорного
изображения обычно используется объектив с малой кратностью
увеличения. Получение изображения ускоряется благодаря широкому
полю обзора и ограниченному числу мозаик.
Также можно получать изображения с объективами с большей кратностью
увеличения. Но помните, что при этом из-за малого поля обзора
увеличивается количество мозаик, а также длительность получения
изображения.
1 Примечание
Для получения изображений рекомендуем использовать фазово-контрастные
изображения. Наиболее надежным в этом случае является алгоритм для
автоматического определения срезов, см. шаг 4.
Опция Описание
Image
Acquisition /
Load Image
(Получение
изображений/
Загрузка
изображения)
С помощью соответствующей кнопки можно либо
получить обзорное изображение, либо загрузить
изображение.
Image Selection
(Выбор
изображения)
Нажав на загрузку изображения (Load Image), вы
можете выбрать сохраненный файл изображения в
файловой системе. Поэтому просто нажмите на
кнопку ... и перейдите к необходимому файлу.
В зависимости от информации, сохраненной в
загруженном изображении, мастер перейдет к
соответствующему шагу.
Experiment
(Эксперимент)
Если вы нажали на кнопку Image Acquisition
(Получение изображений), вам потребуется выбрать
эксперимент в списке Experiment (Эксперимент).
Обратите внимание, что эксперимент должен быть
настроен и сохранен заранее, до входа в мастер.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 447
--- стр. 647 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Objective Здесь можно выбрать необходимый объектив, который
(Объектив) будет использован для получения обзорного
изображения. Как упоминалось выше, рекомендуем
использовать объектив с малой кратностью увеличения
(например, 2.5х или 5х).
Channels Здесь можно выбрать каналы, которые будут
(Каналы) использоваться для получения обзорного изображения.
Можно использовать несколько каналов одновременно,
если микроскоп снабжен конденсором с
электроприводом.
Selected Light
Source
(Выбранный
источник света)
Здесь можно выбрать источник света, который будет
использоваться для получения обзорного изображения.
Возможна настройка интенсивности света при выборе
соответствующего источника.
Camera Settings
(Настройки
камеры)
Software
Autofocus
(Программная
автофокусиров
ка)
Overview image
Definition
(Определение
обзорного
изображения)
Здесь можно регулировать настройки, например время
экспозиции или включение/выключение коррекции
равномерности освещения.
Если в выбранном эксперименте была выполнена и
активирована коррекция равномерности освещения, в
мастере флажок будет установлен автоматически.
Здесь можно активировать функцию Software Autofocus
(Программная автофокусировка) и применить ее к
обзорному изображению.
Если опция включена, можно выбрать позиции для
выполнения фокусировки. Во время фокусировки
живое изображение не отображается.
Обратите внимание, что чувствительные
флуоресцентные метки во время автофокусировки
могут обесцветиться.
Здесь можно определить размер обзорного
изображения, указав начальную и конечную позиции.
S ta rt
t
ш
-------------------^
End
Программа рассчитает площадь на основе
448 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 648 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
определенных начальной и конечной позиций
(= обзорное изображение). Под кнопками будет
указано число мозаик и объем используемой
памяти.
- Set start position
(Установить
начальную позицию)
Устанавливает текущую позицию столика в
качестве начальной позиции области изображения.
- Set end position
(Установить
конечную позицию)
Устанавливает текущую позицию столика в
качестве конечной позиции области изображения.
- Move to start position
(Переместить в
начальную позицию)
Автоматически перемещает столик в заданную
начальную позицию. Обратите внимание, что
начальную позицию следует определить заранее.
- Move to end position
(Переместить в
конечную позицию)
Автоматически перемещает столик в заданную
конечную позицию. Обратите внимание, что
конечную позицию следует определить заранее.
No. of sample carrier
(Номер подложки)
Активен только при использовании нескольких
подложек для одной корреляционной серии срезов
по оси Z.
Здесь можно выбрать номер используемой
подложки. Общее число используемых подложек
указывается в инструменте CAT, напротив
элемента Select / Specify sample (Выбрать/Указать
образец).
Move the stage to load
position before xy
movement
(Перемещать столик
в позицию загрузки
перед перемещением
по осям X/Y)
Флажок установлен: перемещает столик в
позицию загрузки перед перемещением к
следующему корреляционному калибровочному
маркеру.
При использовании AxioObserver револьверная
головка объектива перемещается в позицию
загрузки.
Acquire Overview
Image (Получить
обзорное
изображение)
Запускает процесс получения изображения.
Процесс получения изображения можно остановить
в любое время. В этом случае значение кнопки
изменится на Restart (Перезапустить). Перед
повторным запуском процесса получения
изображения можно изменить настройки.
Статус процесса получения изображения
отображается в строке состояния программы.
После получения обзорного изображения можно
выполнить сшивку. При нажатии кнопки Apply
Stitching (Применить сшивку) будет выполнена
сшивка изображения.
Next (Далее) Перемещает вас к следующему шагу мастера.
16.4.4.2 Определение лент
Шаг Ribbon Definition (Определение лент) используется по усмотрению. В
случае необходимости он позволяет визуализировать ленты с большей
кратностью увеличения. Например, требуется определить области
интереса по структуре образца, которая может быть идентифицирована
только при использовании линз с большей кратностью увеличения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 449
--- стр. 649 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Таким образом, вы можете выделить очертания ленты на используемом
образце. Если структуры образца не различимы из-за использования
объектива с малой кратностью увеличения при получении обзорного
изображения, вы можете повторно визуализировать образец, используя
объектив с большей кратностью увеличения.
Для выделения очертаний на изображении воспользуйтесь инструментами
из вкладки Ribbon Definition (Определение лент) (например, Rectangle
(Прямоугольник). Circle (Круг) или Polygon (Многоугольник)).
16.4.4.3 Визуализация лент
В шаге Ribbon Imaging (Визуализация лент) отобразится разделенный
экран. Слева появится живое изображение. Справа отобразится обзорное
изображение с определенными лентами.
1 Примечание
Для изменения живого изображения или изображения с определенными
лентами нажмите на соответствующий контейнер. Активированный
контейнер будет выделен белой рамкой,
Как и в шаге 1 для обзорного изображения, необходимо выбрать объектив,
канал, источник света и настроить время экспозиции. Кроме того,
потребуется создать фокальную поверхность, чтобы обеспечить
нахождение используемого образца в фокусе в ходе процесса получения
изображения.
При нажатии на кнопку Create Ribbon Image (Создать изображение ленты)
будет получено изображение ленты.
16.4.4.4 Определение срезов
Для определения позиций областей интереса (ROI) в срезах необходимо
указать срезы. Линии срезов образуют эталонную систему позиций
областей интереса. Срезы отмечаются и выделяются рамкой.
1 Примечание
Обратите внимание, что на каждой ленте следует отметить один срез. То
есть при наличии на образце трех лент необходимо отметить три среза. Ъ
Для определения среза рекомендуем использовать фазово-контрастные
изображения. Алгоритм, используемый для автоматического определения
среза, наиболее надежен, если используются фазово-контрастные
изображения. При использовании светлопольных изображений алгоритм
может быть недостаточно оптимальным. В этом случае можно вручную
добавить или переместить контуры среза.
Во вкладке Section Definition (Определение срезов) размещены
инструменты и опции для создания срезов на изображении.
450 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 650 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Reference Section
(Эталонный срез)
- Select (Выбрать) Активирует режим выбора (по умолчанию).
- Contour (Контур) При выборе этого режима можно отметить
контурную линию среза.
- Keep
(Удерживать)
Выбранный инструмент остается активным. Можно
использовать инструмент несколько раз, без
необходимости его повторного выбора.
- Step Backward
(Шаг назад)
Отменяет последнее действие.
- Step Forward (Шаг
вперед)
Повторяет последнее действие.
- Delete (Удаление) Удаляет выбранный графический элемент.
Section Index
(Указатель срезов)
Здесь можно определить начальное число лент. Это
важно в тех случаях, когда ленты образца
размещены на нескольких подложках.
Selected Channel
(Выбранный
канал)
Detection
Sensitivity
(Чувствительность
обнаружения)
Отображает выбранный канал, который
используется для обнаружения.
Здесь с помощью ползунка можно отрегулировать
чувствительность обнаружения с низкой (Low) до
высокой (High).
Чувствительность регулируется путем изменения
порогов контраста, используемых в алгоритме
обнаружения срезов.
При установке низкой чувствительности срезы будут
распознаваться даже при низком контрасте между
срезом и субстратом. Недостаток: срезы будут
распознаваться даже там, где серийные срезы
отсутствуют.
При установке высокой чувствительности алгоритм
распознает срезы только при высоком контрасте
между срезом и субстратом. Если распознаны не
все срезы, можно скопировать или отметить контуры
срезов.
Section Detection
(Обнаружение
срезов)
- Apply
(Применить)
Запускает процесс обнаружения срезов на образце.
Программа пытается обнаружить каждый срез в
ленте.
Contrast Method
(Метод
контрастирования)
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 451
--- стр. 651 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Auto Автоматический режим используется по умолчанию.
(Автоматическое Система автоматически распознает метод
) контрастирования изображения.
Ph. Contrast
(Фазовое
контрастировани
е)
Применяет метод фазового контрастирования. Даже
при использовании светлопольного изображения
фазовый контраст будет применяться в качестве
метода контрастирования.
Brigthfield
(Светлое поле)
Применяет метод светлопольного контрастирования.
Даже при использовании фаэового-контрастного
изображения светлое поле будет применяться в
качестве метода контрастирования.
Use Internal
Structure
(Использовать
внутреннюю
структуру)
Устанавливайте флажок только в тех случаях, когда
структуры образца четко видны на срезах.
Тогда помимо разности контраста между срезами и
субстратом, для обнаружения срезов используются
структуры образца. '
В случае неправильного обнаружения срезов можно
либо отметить, либо скопировать контуры срезов.
Post Definitions
(Пост
определения)
Инструмент
Stamp
(Штамп)
С помощью этого инструмента можно отметить срезы,
не обнаруженные после завершения детектирования
срезов.
В этом случае просто выберите инструмент и
переместите курсор мыши в область рядом с
последним обнаруженным срезом. Курсор превратится
в штамп, и вы сможете отметить недостающие контуры
срезов.
Accept Ref.
Срез
При нажатии на эту кнопку эталонные контуры будут |
преобразованы в контуры срезов.
При необходимости по завершении обнаружения срезов можно
воспользоваться рядом различных опций по их сортировке. Нажмите
правой кнопкой мыши на обнаруженных срезах. Появится контекстное
меню со следующими опциями:
452 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 652 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр
Sort (Упорядочить)
Описание
■ Sort all sections in reverse order
(Упорядочить все срезы в обратном
порядке)
Упорядочивает все срезы, имеющие
контур. Первоначальный срез с
номером 1 становится последним, а
последний срез становится первым с
номером 1.
■ Sort selected Ribbon elements in reverse
order (Упорядочить выбранные
элементы ленты в обратном порядке)
Упорядочивает выбранные срезы на
ленте. Первоначальный срез с номером
1 становится последним, а последний
срез становится первым с номером 1.
Сору selected sections
from here (Копировать
выбранные срезы)
Копирует выбранные срезы.
Сору selected Ribbon
sections from here
(Копировать
выбранные срезы
ленты)
Копирует все контуры срезов на выбранной
ленте.
Paste Section(s) to here
(Вставить срез(ы))
Вставляет контуры срезов (набор
определенных контуров среза или всех срезов
ленты) в выделенную позицию.
Exchange numbering of
selected Ribbon sections
(Заменить нумерацию
выбранных срезов
ленты)
Заменяет нумерацию выбранных срезов на
разных лентах.
Highlight Related Ribbon
Sections (Выделить
связанные срезы
ленты)
Выделяет выбранные срезы на ленте.
Merge two Ribbon
Sections (Объединить
два среза ленты)
Объединяет срезы на двух разных лентах в
один.
16.4.4.5 Определение областей интереса
В шаге ROI Specification (Определение областей интереса) можно
проверить используемый образец на наличие областей интереса и
отметить эту область графическим элементом. На одном срезе можно
определить несколько областей интереса.
Во вкладке ROI Definition (Определение областей интереса) можно
создать прямоугольник, окружность или нарисовать от руки
многоугольник/контур. Нажмите кнопку Apply (Применить) для
автоматического определения области интереса во всех срезах. Также
можно отменить и восстановить действие, воспользовавшись
соответствующими кнопками Undo / Redo (Отменить/Восстановить). Для
удаления графического элемента выберите его и нажмите на кнопку
Delete (Удалить).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 453
--- стр. 653 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
1 Примечание
С помощью клавиш-стрелок клавиатуры можно перемещаться по серии от одной
области интереса к другой, проверяя, по-прежнему ли располагается
интересующая структура в пределах определенной области интереса.
16.4.4.6 Визуализация областей интереса
В шаге ROI Imaging (Визуализация областей интереса) можно
визуализировать области интереса, обнаруженные и отмеченные в
предыдущем шаге. Мозаичные изображения автоматически генерируются
из всех определенных областей интереса.
1 Примечание
Размер полученных мозаичных изображений серии областей интереса может
изменяться из-за количества мозаик, необходимых для визуализации
определенной области интереса. Количество мозаик может варьироваться из-за
изгибов ленты.
16.4.4.7 Повторная съемка
Шаг Re-Shoot (Повторная съемка) полезен в тех случаях, когда некоторые
мозаики или области интереса оказываются размытыми. Подобные
мозаики/области можно заменить путем повторного получения выбранных
мозаик или мозаичных изображений. Это выполняется следующим
образом:
■ Сначала выберите все размытые мозаики.
■ Установите фокус на каждой позиции мозаики.
■ Получите новые изображения.
Параметр
Select Tiles
(Выбрать
мозаики)
Acquire
(Получить
изображение)
Описание
В этом режиме можно выбрать мозаики, которые
требуется переснять.
С помощью ползунка Z-Position (Позиция по оси Z) во
вкладке Dimensions (Измерения) или стрелок в области
изображения прокрутите полученные изображения.
При обнаружении мозаичного изображения, которое
необходимо переснять, просто щелкните по нему мышью.
Цвет фрейма изображения изменится с красного на
зеленый.
Обратите внимание, что перед повторным получением
изображений необходимо определить все мозаики или
размытые области.
В этом режиме можно повторно получить изображения
выбранных мозаик после ручной корректировки резкости.
При нажатии на эту кнопку столик переместится к первой
мозаике и появятся следующие кнопки:
- Snap
(Моментальный
снимок)
Получает новое изображение.
454 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 654 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
- Replace
(Заменить)
Параметр
Заменяет старую мозаику новой.
Описание
- Correct Если мозаика ярче или темнее, вы можете
Brightness отрегулировать яркость изображения мозаик.
(Корректиров
ать яркость)
Для выхода из мастера нажмите кнопку Finish (Готово).
16.4.5 Мастер вы равнивания серии ср езо в по оси Z
Мастер выравнивания серии срезов по оси Z (Z-Stack Alignment Wizard)
используется для выравнивания отдельных изображений серии срезов по
оси Z. Мастер включает в себя шесть шагов, описанных в следующих
разделах;
■ 1 / 6 I m a g e I m p o r t (Импорт изображения) [►454]
■ 2 / 6 P r e - P r o c e s s i n g (Предварительная обработка) [► 454]
■ 3 / 6 I m a g e R e v i e w (Просмотр изображения) [►455]
■ 4 / 6 A l i g n m e n t (Выравнивание) [►455]
■ 5 / 6 M a n u a l C o r r e c t i o n (Ручная коррекция (по усмотрению)) [►456]
■ 6 / 6 F i n a l I m a g e C r e a t i o n (Создание конечного изображения) [►456]
16.4.5.1 Импорт изображения
В шаге Image Import (Импорт изображения) загружаются полученные
изображения серии срезов по оси Z, которые необходимо выровнять.
Просто нажмите на кнопку Load (Загрузить) и выберите файл-
изображение в файловой системе.
16.4.5.2 Pre-Processing (Предварительная обработка)
В шаге Pre-Processing (Предварительная обработка) выполняется
предварительная обработка загруженного изображения, например: сшивка
(Stitching) (только для мозаичных изображений), коррекция яркости и
контраста (Brightness and Contrast Correction) (только для SEM-
изображений).
Параметр Описание
Кнопка A pply
Stitching
(В ы п о лн и ть
сш ивку)
Отображается только после загрузки мозаичного
изображения.
При нажатии на кнопку выполняется автоматическая
сшивка изображения. Сш ивка может быть отменена
(Undo) или выполнена повторно (Redo) с помощью
кнопок-стрелок.
C lip Lim it Ум еньш ает шум изображения. Чем выш е предел по
(Предел по отсечению, тем ниже уровень шума, Предел по
отсечению ) отсечению может регулироваться в диапазоне от О до
10% ,
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 455
--- стр. 655 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
16.4.5.3
16.4.5.4
Параметр Описание
Region Size
(Размер
области)
Определяет область выравнивания гистограммы. Чем
меньше площадь, тем выше контраст, но при этом
усиливается шум. Размер области может
регулироваться в диапазоне от 16 до 1024 пикселей.
Выравнивание
гистограммы
При нажатии на эту кнопку SEM-изображения
приводятся к выбранным значениям. Выравнивание
гистограммы может быть отменено (Undo) или
выполнено повторно (Redo) с помощью кнопок-стрелок.
Image Review (Просмотр изображения)
Шаг Image Review (Просмотр изображения) используется для просмотра
отдельных изображений серии срезов по оси Z. Эта функция необходима,
поскольку некоторые изображения могут не годиться для создания
трехмерных изображений из-за проблем, возникающих во время
получения изображения или подготовки образца (складки или трещины в i
срезе). Эти области можно заменить либо предыдущим, либо следующим
изображением. Просматриваемые изображения могут быть представлены
в виде единичных двухмерных изображений в двухмерной проекции или в
виде серии изображений в галерее.
Параметр Описание
2D View
(Двухмерная
проекция)
Позволяет просмотреть единичные изображения серии
срезов по оси Z в двухмерной проекции (2D).
Перемещение по единичным изображениям
осуществляется с помощью ползунка Z-Positlon
(Позиция по оси Z).
Чтобы заменить изображение, выберите изображение и
нажмите либо на кнопку Replace with next (Заменить
следующим), либо Replace with previous (Заменить
предыдущим).
Нажатие кнопки Undo (Отменить) отменяет последнее
выполненное действие.
Gallery View
(Галерея)
Позволяет просматривать единичные изображения в
галерее. Единичные изображения серии срезов по оси
Z отображаются в виде коллекции изображений.
При обнаружении изображения, не соответствующего
критериям, просто выберите его и замените следующим
или предыдущим изображением.
Alignment (Выравнивание)
В шаге Alignment выполняется выравнивание изображения. Для этого
просто нажмите кнопку Start Alignment (Выполнить выравнивание). Для
отмены выравнивания нажмите кнопку Stop (Стоп).
456 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 656 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
1 Примечание
Перед выравниванием выберите один опорный канал {например, DAPI, так
как он окрашивает ядро, которое подходит для выравнивания).
Во время выравнивания доступен режим разделенного экрана. В левом
контейнере отображаются исходные изображения, в правом контейнере —
выравненные изображения.
16.4.5.5 Manual Correction (Ручная коррекция)
В шаге Manual Correction (Ручная коррекция (по усмотрению)) можно
перемещаться по выравненным изображениям и проверять результат
выравнивания.
В случае неудовлетворительных результатов выравнивание изображений
можно исправить вручную. Ошибки в выравнивании могут происходить при
отсутствии отличительных структур на изображениях.
16.4.5.6 Final Image Creation (Создание конечного изображения)
Последний, но не менее важный шаг Final Image Creation (Создание
конечного изображения), в котором создается конечное изображение.
Параметр Описание
Total (Целое Для создания изображения используется всё
изображение) изображение.
ROI (Область Для создания изображения используется только область
интереса) интереса.
Кнопка Create
final image
(Создать
конечное
изображение)
Создает конечное выравненное изображение серии
срезов по оси Z.
Для выхода из мастера нажмите кнопку Finish (Готово).
16.4.6 Мастер корреляции
Мастер корреляции (Correlation Wizard) используется для сопоставления
изображения серии срезов по оси 2, полученного с помощью оптического
микроскопа (LM), и изображения серии срезов по оси Z, полученного с
помощью растрового электронного микроскопа (SEM). Мастер включает в
себя четыре шага, описанных в следующих разделах:
■ 1/ 4 I m p o r t Z - S t a c k s (Импорт серий срезов по оси Z) [►457]
■ 2 / 4 C o r r e l a t i o n (Корреляция) [►457]
■ 3 / 4 M a n u a l C o r r e c t i o n (Ручная коррекция) [►458]
■ 4/4 Create Final Correlation Image (Создание конечного
коррелированного изображения) [►458]
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 457
--- стр. 657 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
16.4.6.1 Import Z-Stacks (Импорт серий срезов по оси Z)
В шаге Import Z-Stacks (Импорт серии срезов по оси Z) можно
импортировать изображения серии срезов по оси Z из LM и SEM,
например, изображение серии срезов по оси Z из LM в левом контейнере,
а изображение серии срезов по оси Z из SEM в правом контейнере.
Если нажать на кнопку Left Container (Левый контейнер), изображение
откроется в левом графическом контейнере.
Если нажать на кнопку Right Container (Левый контейнер), изображение
откроется в правом графическом контейнере.
16.4.6.2 Корреляция
В шаге Correlation (Корреляция) выполняется сопоставление изображений.
Параметр
Transform
(Преобразовать)
Описание
Здесь выбирается серия срезов по оси Z, которую
требуется преобразовать. Во время
преобразования пиксель наложенного изображения
серии срезов по оси Z вычисляется с помощью
пикселей двух исходных изображений, которые
должны быть совмещены/объединены.
Interpolation
(Интерполяция)
Здесь вы можете выбрать один из следующих
методов интерполяции:
- Nearest Neighbor Значение серого тона результирующего пикселя в
(Ближайший сосед) наложенном изображении рассчитывается из
соседнего пикселя. Это высокоскоростной метод
интерполяции.
- Linear (Линейное
комбинирование)
Результирующему или вычисленному пикселю
наложенного изображения присваивается значение
серого, которое является результатом линейной
комбинации значений пикселей, расположенных
поблизости (в исходном изображении).
- Cubic (Кубический) Результирующему или вычисленному пикселю
наложенного изображения присваивается значение
серого, которое рассчитывается с помощью
полиномиальной функции с использованием
значений серого тона пикселей исходных
изображений; эти пиксели располагаются рядом с
вычисленным пикселем.
Режим Здесь выбирается режим алгоритма:
- 3-Points (3-
точечный)
Этот режим позволяет устанавливать 6
корреляционных точек после нажатия на кнопку Set
Points (Установить точки) (3 точки в каждой серии
срезов по оси Z в каждом контейнере).
- 4-Points (4-
точечный)
Этот режим позволяет устанавливать 8
корреляционных точек после нажатия на кнопку Set
Points (Установить точки) (4 точки в каждой серии
срезов по оси Z); 3 точки — в первом срезе по оси
Z, последнюю точку — в последнем срезе.
Correlation Points
(Корреляционные
точки)
С помощью кнопки Set Points (Установить точки)
устанавливаются корреляционные точки.
458 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 658 ---
16 Модуль CAT 116.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Число корреляционных точек соответствует
выбранному алгоритму. Указатель мыши превратится в
пипетку. Для установки точек просто нажмите на
изображение. Начните с установки первых трех точек в
левом контейнере, после чего установите
соответствующие корреляционные точки в правом
контейнере. После установки корреляционной точки
появится зеленая галочка перед соответствующей
точкой.
При выборе 4-точечного алгоритма (4-Points-Algorithm)
дисплей автоматически переместится к последнему
изображению серии срезов по оси Z. Установите
четвертую корреляционную точку в обоих контейнерах.
Убедитесь, что позиции в обеих сериях срезов по оси Z
идентичны. После установки всех точек пипетка
обратно превратится в курсор.
Кнопкой Reset (Сброс) удаляются все корреляционные
точки на изображении.
Create При нажатии на эту кнопку будет создана
correlated Z- коррелированная серия срезов по оси Z, которая
Stack (Создать откроется в новом графическом контейнере.
коррелирован
ную серию
срезов по оси
Z)___________________________________________________________________________
16.4.6.3 Manual Correction (Ручная коррекция)
В шаге Manual Correction (Ручная коррекция) можно вручную исправить
корреляцию, перемещая и вращая преобразованное изображение.
Для этого просто нажмите кнопку Start (Пуск). Вы сможете интерактивно
перемещать изображение, перетаскивая его мышью, или вращать
изображение с помощью ползунка Rotation (Вращение) или круглой кнопки
в верхней части зеленого фрейма изображения. С помощью
соответствующего ползунка можно изменять непрозрачность (opacity)
изображения.
Если нажать на кнопку Accept (Принять), ручная коррекция будет
применена к коррелированному изображению.
16.4.6.4 Create Final Correlation Image (Создание конечного коррелированного
изображения)
В шаге Create Final Correlation Image (Создание конечного
коррелированного изображения) создается конечное коррелированное
изображение. Для этого просто нажмите кнопку Create final Z-Stack
(Создать конечную серию срезов по оси Z). Для выхода из мастера
нажмите на кнопку Finish (Готово).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 459
--- стр. 659 ---
16 Модуль CAT 116.5 Приложение
1 6 . 5 П р и л о ж е н и е
16.5.1 С опоставительны е держ атели образца
Название
Life Science для
покровных стекол
22x22
Life Science для
сеток ПЭМ
Изображение
1
i
Ф^.Ф
11
#; • #
Покровное
стекло с
координатными
метками 22x22
460 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 663 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.1 Введение
17 Модуль Confocal Topography
1 7 .1 В в е д е н и е
Для наших клиентов-материаловедов, например лабораторий по изучению
свойств материалов, в дополнение к ПО ZEN мы разработали модуль
Confocal Topography (Конфокальная топография). Модуль включает в
себя следующие функции:
Сканирование топографии
Инструмента Topography (Топография) позволяет сканировать и изучать
поверхности или структуры поверхностей образцов различных типов
(например, подложек, солнечных фотоэлементов). Мастера измерения
топографии (Topography Measurement Wizard) помогает получать
конфокальные изображения используемого образца. Расширенный анализ
топографического изображения выполняется программой ConfoMap,
включенной в пакет программного обеспечения.
В разделе «Функции и их назначение» подробно описаны функции
инструмента T o p o g r a p h y [► 475] и мастера измерения топографии
T o p o g r a p h y M e a s u r e m e n t W iz a r d [► 476].
В разделе «Последовательность действий при сканировании
топографии» приводятся подробные инструкции по сканированию
топографии, см. « В в е д е н и е » [► 463].
1 7 . 2
Измерение толщины слоя
С помощью инструмента Layer Thickness Measurement (Измерение
толщины слоя) можно получать изображения серий срезов по оси Z и
измерять толщину одного или нескольких прозрачных слоев (например,
покрытий, сплавов). Также в этом инструменте имеется мастер измерения
толщины слоя (Layer Thickness Measurement Wizard), который проведет
вас через данный процесс. Полученные значения могут быть
скорректированы показателем преломления покрытия.
В разделе «Функции и их назначение» подробно описаны функции
инструмента L a y e r T h i c k n e s s M e a s u r e m e n t [► 477] и мастера измерения
толщины слоя L a y e r T h i c k n e s s M e a s u r e m e n t w i z a r d [► 478].
В разделе «Последовательность действий при измерении толщины
слоя» приводятся подробные инструкции по измерению толщины слоев,
см. « В в е д е н и е » [► 469].
П о с л е д о в а т е л ь н о с т ь д е й с т в и й п р и с к а н и р о в а н и и
т о п о г р а ф и и
17.2.1 Введение
В этом разделе приводится последовательность действий при измерении
топографии в ПО ZEN. Этот раздел предназначен для пользователей,
которым необходима вводная информация по процессу сканирования
топографии. Вы ознакомитесь с процессом сканирования топографии
начиная с общих подготовительных процедур и до передачи данных в
программу ConfoMap для анализа.
464 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 664 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии
17.2 Последовательность действий при сканировании
Обратите внимание, что здесь не описывается процесс анализа данных в
Confomap, поскольку он изменяется в зависимости от образца. По этому
вопросу рекомендуем обратиться к руководствам и документации по
Confomap, в которых подробно описываются наиболее важные операции.
17.2.2 Получение топограф ических изображений
Для получения топографического изображения в ПО ZEN необходимо
запустить мастер измерения топографии.
Необходимые предварительные условия ■ Открыта вкладка Applications (Приложения),
в которой размещен инструмент Topography (Топография).
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Start (Пуск).
Откроется мастер. В левой области инструментов откроется шаг
1/2 Setup (Настройка), в котором настраиваются параметры получения
топографического изображения. В центральной области экрана в
непрерывном режиме отобразится живое изображение используемого
образца.
По умолчанию система настроена на получение только одной серии
срезов по оси Z. Если область интереса (ROI) расположена в поле
обзора (FoV), перейдите к шагу 5 данного руководства. Если область
интереса больше поля обзора, можно настроить получение мозаик в
инструменте Tiles.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 465
--- стр. 665 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии __________________
17.2 Последовательность действий при сканировании
Введите необходимое число мозаик в поля ввода X и (или) Y, например
3x3. Будет создано изображение из девяти (3x3) единичных мозаик.
Topography Measurement
^ r>.pcnment’ *
Number of tiles X : 3 f : Y: 3
Start position mode
Start position
Center Upper left
X: 2300Л4 V : 2300Ш
Set stage posftT on
• Caution: Please make sure that all your tiles arc within the
* travel range of the scanning stage.
О Navigation
Current tfle "P
X: 3 ' Г:
Нажмите кнопку Set stage position (Установить позицию столика),
чтобы установить точку привязки мозаичного скана в текущей позиции
столика.
В разделе Navigation (Навигация) (его следует сначала расширить) с
помощью кнопок-стрелок переключайтесь по изображениям единичных
мозаик. Функция позволяет проверить, покрывают ли мозаики всю
область интереса.
466 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 666 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии
17.2 Последовательность действий при сканировании
В инструменте Acquisition Mode {Режим получения изображений)
отрегулируйте настройки параметров Objective (Объектив), Frame Size
(Размер фрейма) и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в соответствии с
требованиями,
ArquKftion Mode
Objective C Epiplan-Apochfomat D!C w
Flame Siie Ш4р* i * . 1024 px j : Xx Y *
Bit& per 8 ---^w OptinniaP
Direction — ► V Line Step .1 — T! ^
Correction X - П- — 0,00- ^:
Correction Y П
immmm>
o,M-,:
Scan Speed , ) . 5 . 8 . J :
Averaging
Number T
19 HDR Illumination
Scan Area
V Miithod MearT^"^ ^
Imagt SriK 137B.7 pm ^ 1578,7 pn*
PutdSae: tS5pm
#—• ^ 0,0 (ЯП : * C
I f\ 0 ,0 p m ___: c
о ~ ..j’ ^
Ч 0 ^
Reset Scan Area
1 Примечание
Обратите внимание, что изменять параметры Frame size (Размер фрейма)
и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в непрерывном режиме (Continuous) (Живое
изображение) нельзя. Для отключения непрерывного режима нажмите
кнопку Stop (Стоп) в левом верхнем углу.
Выполните фокусировку на поверхности. Настройка микроотверстия по
умолчанию — Мах. (Максимальное). Это позволяет легко
фокусироваться на поверхности, как при использовании
широкопольного микроскопа. Безусловно, возможна фокусировка и
через окуляры.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 467
--- стр. 667 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии __________________
17.2 Последовательность действий при сканировании
7 Отрегулируйте микроотверстие до необходимого диаметра. Для
обеспечения наилучш ей производительности системы рекомендуем
установить размер микроотверстия на 1 единицу Эйри (кнопка 1AU).
Поскольку у конфокальных изображений ум еньш ится глубина поля
зрения, возможно, потребуется слегка отрегулировать позицию
фокусировки.
Channet
405 п т О
Pmhoie fl -----— ^
1,00 Airy Units i 24,7 pm section
MasterGain ......0
mo% |:
25 pm , Z
1 A U M ax
Отрегулируйте интенсивность лазера. Д ля этого выполните
фокусировку на светлом срезе серии срезов по оси Z. Отрегулируйте
интенсивность лазера с помощью ползунка 405 пт (405 нм) или
Master Gain (Среднее усиление). Регулируйте интенсивность до
исчезновения всех переэкспонированных пикселей (отмечены красным).
Настройте серию срезов по оси Z, отрегулировав диапазон по оси Z
(верхнюю и нижнюю границы серии срезов по оси Z). Д ля этого
рекомендуем использовать режим первой и последней плоскостей
(First/Last).
First / Last Center
" l5
SetlSr *60.52 urn
Range 121,04 pm
Slices M
........ Interval 2,47 pm
■ 247Optimal
■ ■ ■ Keep • Interval
1ГЙ 60,52 pm
468
Next >
Next V'
finish
Убедитесь, что вся поверхность, которую необходимо измерить,
находится внутри этих пределов. При сканировании мозаик, чтобы
переходить к разным мозаикам, можно использовать стрелки навигации
в инструменте Tiles.
10 Нажмите кнопку Next (Далее).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 668 ---
17 Модуль Confocal Topography
топографии
17.2 Последовательность действий при сканировании
Мастер перейдет к шагу 2/2 Z-Stack Acquisition (Получение серии
срезов по оси 2) и начнет получение изображения.
Topography Measurement
баск /ч
Z-Stack acquisition running...
После получения изображения автоматически будет создано
топографическое изображение (карта высот). После получения и
обработки изображение появится в центральной области экрана.
11 При необходимости отрегулируйте пороговые значения с помощью
ползунка Noise Cut (Отсечение шума). Обратите внимание, что пиксели
ниже нижнего порогового значения выделены синим цветом, а пиксели
выше верхнего порогового значения — красным цветом.
Topography Measurement
Noise Cut _
Back /Ч
*Save Surface
Export to ConfoMap
1 Примечание
Если функция Automatic Noise Cut (Автоматическое отсечение шума) в
инструменте Topography (Топография) включена, этот шаг будет
пропущен, а топографическое изображение будет автоматически
экспортировано в ConfoMap.
12 Завершите работу в ZEN, выбрав следующие опции:
- При нажатии на кнопку Export to Confomap (Экспортировать в
Confomap) топографическое изображение будет сразу открыто в
программе анализа ConfoMap.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 469
--- стр. 669 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.3 Последовательность действий при измерении толщины
слоя _________________________________________________________
- Нажатием на кнопку Save Topography (Сохранить топографию)
топографическое изображение сохраняется в файловой системе.
- Нажатие на кнопку Save Z-Stack (Сохранить серию срезов по оси Z)
сохраняет исходные данные серии срезов по оси Z.
Вы успешно получили топографическое изображение. Поскольку анализ
изображений выполняется программой ConfoMap. для получения
подробной информации ознакомьтесь с документацией ПО ConfoMap.
1 7 . 3 П о с л е д о в а т е л ь н о с т ь д е й с т в и й п р и и з м е р е н и и
т о л щ и н ы с л о я
17.3.1 В ведение
в этом разделе приводится последовательность операций по измерению
толщины слоя в ПО ZEN. Этот раздел предназначен для пользователей,
которым необходима вводная информация по процессу измерения
толщины слоя. Вы ознакомитесь с процессом получения изображений и
измерения толщины слоя, начиная с общих подготовительных процедур.
17.3.2 И змерение толщ ины слоя
Для измерения толщины слоя в ПО ZEN необходимо запустить мастер
измерения топографии.
Необходимые предварительные условия ■ Открыта вкладка Applications (Приложения),
в которой размещен инструмент Layer Thickness Measurement
(Измерение толщины слоя).
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Start (Пуск).
Откроется мастер. В левой области инструментов откроется шаг 1/3
Setup (Настройка), в котором вводятся параметры получения
топографического изображения. В центральной области экрана в
непрерывном режиме отобразится живое изображение используемого
образца.
470 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 670 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.3 Последовательность действий при измерении толщины
слоя
2 В инструменте Acquisition Mode (Режим получения изображений)
отрегулируйте настройки параметров Objective (Объектив), Frame Size
(Размер фрейма) и Bits per Pixel (Бит/пиксель) в соответствии с
требованиями.
Acquisition Mode VSnowAi
Objective C Epiplan-Apochromat 5x/t)^ DIC
Flame Size ao2ipx : щ л р ж \ :
BfU 8 ' C^imal
Direction 1 w-l ins’' •'! , . , ^ ЯГ i— ► » line Step 1 ▼
Correction 0,00* r
Correction V ^ 0,00* :
Scan Speed
Averaging
* 4 » i
Method Mein V
Ш HDR Illumination
Scan Area
% image Sue: 13/17 pm 1'; 78,7 pm
f Pixel Size 1,35 pm
1 ^ 0,0 (,im : c
i I n 0,0 pm •
■ o
. .
1 Ч ^ 0,9 X
Reset Scan Area
i Примечание
Обратите внимание, что изменять параметры Frame size (Размер фрейма)
и Bits per PIxei (Бит/пиксель) в непрерывном режиме (Continuous) (Живое
изображение) нельзя. Для отключения непрерывного режима нажмите
кнопку Stop (Стоп) в левом верхнем углу.
Выполните фокусировку на поверхности. Настройка микроотверстия по
умолчанию — Мах (Максимальное). Это позволяет легко
фокусироваться на поверхности, как при использовании
широкопольного микроскопа. Безусловно, возможна фокусировка и
через окуляры.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 471
--- стр. 671 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.3 Последовательность действий при измерении толщины
с л о я _________________________________________ _______
Отрегулируйте микроотверстие до необходимого диаметра. Для
обеспечения наилучшей производительности системы рекомендуем
установить размер микроотверстия на 1 единицу Эйри {кнопка 1AU).
Поскольку у конфокальных изображений уменьшится глубина поля
зрения, возможно, потребуется слегка отрегулировать позицию
фокусировки.
Отрегулируйте интенсивность лазера. Для этого выполните
фокусировку на светлом срезе серии срезов по оси Z. Отрегулируйте
интенсивность лазера с помощью ползунка 405 пт (405 нм) или
Master Gain (Среднее усиление). Регулируйте интенсивность до
исчезновения всех переэкспонированных пикселей (отмечены красным).
Настройте серию срезов по оси Z, отрегулировав диапазон по оси Z
(верхнюю и нижнюю границы серии срезов по оси Z). Для этого
рекомендуем использовать режим первой и последней плоскостей
(First/Last).
Убедитесь, что все слои, которые необходимо измерить, находятся
внутри этих пределов. При сканировании мозаик, чтобы переходить к
разным мозаикам, можно использовать стрелки навигации в
инструменте Tiles.
Нажмите кнопку Next (Далее).
472 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 672 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.3 Последовательность действий при измерении толщины
слоя
Мастер перейдет к шагу 2/3 Sectioning {Вычерчивание сечения) и
начнет получение изображения.
После получения и обработки изображение отобразится в центральной
области экрана.
Нажмите на кнопку X-Z Layer или Y-Z Layer для создания
соответствующего поперечного сечения и его подробного анализа.
Layer Thickness Measurement
B ac tc /S
i- ut Line» une Width
n 5B| : Ж З a -- 1
• ft 5i3|^: Mid a i
- b ,■ * r • 'M^d L j ":
Next V/
9 Нажмите кнопку Next (Далее).
Мастер перейдет к шагу 3/3 Measurement (Измерение).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 473
--- стр. 674 ---
17 Модуль Confocal Topography
слоя
17.3 Последовательность действий при измерении толщины
Над профилем появится таблица с данными измерения.
W 4 '.ХГ’
т
1 Примечание
Значения расстояния в этой таблице представляют собой толщину слоя по
отношению к оптическому пути. Они не корректируются показателем
преломления слоя.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 475
--- стр. 675 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
12 Нажмите кнопку Add measurement to table (Добавить результаты
измерения в таблицу) для переноса данных в таблицу результатов
слева. В таблице можно переименовывать слои и вычислять истинную
толщину слоя, прибавляя показатель преломления.
Add measurernent to table v-^ ^
Name Distance Refractive ind^ Corrected distance
layer 1 135.423 pm 1-443 _______t 195.415 pm
Laver 2 8591 um 1521 » 13D67 pm ‘1!
17.4
17.4.1
Layer 2 8591pm 1>^^
Layer 3 112179 pm 1.443
l3D67pm
Ш 874 pm
Save sdected рго1Яе
Save table
13 Для сохранения полученных результатов имеются три опции:
- Кнопка Save table (Сохранить таблицу) сохраняет таблицу в файловой
системе.
- Кнопка Save selected profile (Сохранить выбранный профиль)
экспортирует созданный профиль в стороннее программное
обеспечение для проведения анализа.
- Кнопка Save Z-Stack (Сохранить серию срезов по оси Z) сохраняет
исходные данные серии срезов по оси Z в файловой системе.
Вы успешно измерили толщину слоя используемого образца, сохранили
таблицу результатов, профили и исходные данные серии срезов по оси Z.
Функции и их назначение
Вкладка Applications
Во вкладке Applications (Приложения) доступны следующие инструменты:
■ Инструмент Topography (Топография)
для получения или загрузки существующей конфокальной серии срезов
по оси Z и ее экспорта в программу ConfoMap ПО ZEISS для
последующей обработки.
■ Инструмент Layer Thickness Measurement (Измерение толщины слоя)
для получения или загрузки существующей конфокальной серии срезов
по оси Z и выполнения измерений толщины слоя.
17.4.2 Инструмент Topography
Параметр
Image
Acquisition
(Получение
изображений)
Описание
Позволяет получить изображение с помощью мастера
измерения топографии (Topography Measurement
wizard).
476 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 676 ---
17 Модуль Confocai Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Этот мастер проведет вас через весь процесс
получения изображения. Затем вы сможете
экспортировать изображение в программу ConfoMap
для последующей обработки.
Мастер запускается кнопкой Start {Пуск) в нижней
области инструмента.
Load Z-Stack
(Загрузить
серию срезов по
оси Z)
Позволяет загрузить существующую конфокальную
серию срезов по оси Z из файловой системы.
Для этого просто нажмите на значок папки и выберите
изображение серии срезов по оси Z в файловой
системе. При нажатии на кнопку Start (Пуск) мастер
топографии {Topography) автоматически перейдет к
последнему шагу, в котором выполняется отсечение
шума и передача данных в программу ConfoMap.
Automatic Noise
Cut
(Автоматическое
отсечение шума)
Флажок установлен: мастер автоматически выполнит
шумоустраняющую фильтрацию с параметрами,
предварительно установленными в инструменте.
Флажок убран: шумоустраняющая фильтрация
является дополнительным шагом в мастере
измерения топографии {Topography Measurement
wizard).
- Thresholds
{Пороговые
значения)
Здесь устанавливаются пороговые значения для 8-
битных или 16-битных изображений.
Start (Пуск) Запускает мастер измерения топографии (Topography
Measurement Wizard) [► 476].
17.4.3 Мастер измерения топографии
Если вы выбрали опцию Image Acquisition {Получение изображения) в
инструменте Topography, мастер измерения топографии будет состоять
из двух шагов:
Шаг 1/2. Определение
Этот шаг позволяет выбрать эксперимент или настроить параметры
визуализации для получения нового изображения, например число мозаик,
режим получения изображения или создание серии срезов по оси Z, более
подробно см. Шаг 1. Setup (Настройка) [► 477].
Имейте в виду, что в случае выбора опции Load Z-Stack {Загрузить серию
срезов по оси Z) в инструменте Topography и запуска мастера, этот шаг
становится недоступным.
Step 2/2. Z-Stack Acquisition
Второй шаг — получение серии срезов по оси Z. Процесс получения
изображений осуществляется автоматически. Дополнительно, вы можете
применить шумоустраняющую фильтрацию. Пиксели, которые не
соответствуют пороговым значениям, будут выделены красным {верхнее
пороговое значение) или синим цветом {нижнее пороговое значение),
см. Шаг 2. Z-Stack Acquisition (Получение серии срезов по оси Z) [► 477].
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 477
--- стр. 677 ---
17 Модуль Confoca) Topography 117.4 Функции и их назначение
1 Примечание
Шумоустраняющая фильтрация будет пропущена, если установлен
флажок Automatic Noise Cut {Автоматическое отсечение шума) в
инструменте Topography (Толография). Предустановленные параметры
немедленно будут применены к изображению, и мастер перейдет к
экспорту данных в ConfoMap.
17.4.3.1 Шаг 1. Определение
После запуска мастера в центральной области экрана появится живое
изображение (режим Continuous (Непрерывный)) используемого образца.
Настройка параметров лолучения изображения осуществляется в левой
части экрана. Отдельные шаги описываются в следующих разделах.
Имейте в виду, что олисываемые здесь инструменты установлены в ПО
ZEN (blue) по умолчанию и настроены на получение топографических
изображений, см. раздел «Инструменты для настройки получения
изображения».
17.4.3.2 Шаг 2. Z-Stack Acquisition
Параметр Описание
Noise Cut
(Отсечение
шума)
Save Surface
(Сохранить
поверхность)
Export to
ConfoMap
(Экспортировать
в ConfoMap)
Здесь можно вручную настроить параметры отсечения
шума. Для этого воспользуйтесь ползунком или
введите нижнее и верхнее значения в поля ввода.
Сохраняет изображение поверхности в файловую
систему.
Экспортирует изображение в программу ConfoMap.
При нажатии на эту кнопку программа ConfoMap
запустится автоматически.
17.4.4 Инструмент Layer Thickness Measurement (Измерение
толщины слоя)
Параметр
Image
Acquisition
(Получение
изображений)
Load Z-Stack
(Загрузить
серию срезов
по оси Z)
Start (Пуск)
Описание
Позволяет получить изображение с помощью мастера
измерения толщины слоя (Layer Thickness
Measurement wizard).
Этот мастер проведет вас через весь процесс
получения изображения. Затем вы сможете
экспортировать изображение в программу ConfoMap
для последующей обработки.
Мастер запускается кнопкой Start (Пуск) в нижней
области инструмента.
Позволяет загрузить существующую конфокальную
серию срезов по оси Z из файловой системы.
Для этого просто нажмите на значок папки и выберите
изображение серии срезов по оси Z в файловой
системе.
Запускает мастер измерения толщины слоя (Layer
Thickness Measurement wizard) (см. раздел > [► 478]).
478 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 678 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
17.4.5 Мастер измерения толщины слоя (Layer Thickness
Measurement Wizard)
Если вы выбрали опцию Image Acquisition (Получение изображения) в
инструменте Layer Thickness Measurement (Измерение толщины слоя),
то мастер измерения толщины слоя (Layer Thickness Measurement
wizard) будет включать в себя три шага:
Шаг 1/3. Определение
В этом шаге выбирается эксперимент или вводятся параметры
визуализации для получения новой серии срезов по оси Z, например:
настройка отслеживания, режим получения изображения, настройки серии
срезов по оси Z, более подробно см. Шаг 1. Setup (Настройка) [► 478].
Шаг 2/3. Sectioning
В этом шаге (вычерчивание поперечного сечения) требуется определить
поперечное сечение образца, которое необходимо проанализировать.
Здесь, помимо центральной области обзора (оси X/Y; синий фрейм),
присутствуют сечения по осям X/Z (сверху, зеленый фрейм) и осям Y/Z
(справа, красный фрейм), см. Шаг 2. Sectioning (Вычерчивание сечения)
[► 478].
Шаг 3/3. Measurement (Измерения)
В этом шаге создается один или несколько профилей распределения
интенсивности в поперечном срезе. В этих профилях можно выполнять
измерения, а также создавать таблицы с результатами измерений.
Наконец, можно сохранить профиль, серию срезов по оси Z или таблицу
результатов, см. Шаг 3. Measurement (Измерение) [► 479].
Шаг 1. Определение
После запуска мастера в центральной области экрана появится живое
изображение (режим Continuous (Непрерывный)) используемого образца.
Настройка параметров получения изображения осуществляется в левой
части экрана. Отдельные шаги описываются в следующих разделах.
Обратите внимание, что описываемые здесь инструменты установлены в
ПО ZEN (blue) по умолчанию и настроены на получение изображений с
измерениями толщины слоя.
Шаг 2. Sectioning
Здесь можно настроить параметры для вычерчивания сечения.
Параметр Описание
17.4.5.1
17.4.5.2
X-Z Layer (Слой Для дальнейшего изучения используется сечение X-Z.
X-Z) (зеленый)
Y‘Z Layer (Слой
Y-Z) (красный)
Для дальнейшего изучения используется сечение Y-Z.
Cut Lines Здесь определяется позиция секущей линии. Для этого
(Секущие воспользуйтесь ползунком или введите координаты
линии) позиции непосредственно в поле ввода.
Кнопка Mid При нажатии на эту кнопку соответствующая секущая
(Середина) линия будет размещена в середине (центре)
изображения.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 479
--- стр. 679 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр
Line Width (Ширина
линии)
Описание
Здесь регулируется ширина соответствующей
секущей линии. Значение по умолчанию: 1 {в
пикселях)
17.4.5.3
17.4.6
17.4.6.1
Шаг 3. Measurement (Измерения)
Здесь настраиваются параметры измерений.
Параметр
Profile mode (Режим
профиля)
- Arrow (Стрелка)
• Rectangle
(Прямоугольник)
Add measurement to
table (Добавить
измерение в таблицу)
Save selected profile
(Сохранить
выбранный профиль)
Save Z>Stack
(Сохранить серию
срезов по оси Z)
Save table (Сохранить
таблицу)
Описание
Здесь выбирается режим профиля для
выполнения измерения:
Этот режим позволяет начертить стрелку в
профиле. При этом профиль будет измерен
вдоль прочерченной линии стрелки.
Этот режим позволяет начертить прямоугольник
в профиле. При этом профиль будет измерен по
всей площади прямоугольника.
Результат измерения добавляется в таблицу
измерения слева. В этой таблице можно
переименовать профиль и скорректировать
результат, используя показатель преломления.
Выбранный профиль сохраняется в .czt-файле.
Изображение серии срезов по оси Z
сохраняется в .czi-файле.
Выбранная таблица сохраняется в .czt-файле.
Инструменты настройки визуализации
Tiles (Мозаики)
В инструменте Tiles (Мозаики) настраиваются параметры получения
мозаик. Пользователю доступны следующие параметры:
Параметр Описание
Number of Tiles (Число
мозаик)
Set stage position
(Установить позицию
столика)
Start position mode
(Режим начальной
позиции)
- Center (Центр)
Здесь вводится необходимое число мозаик по
осям X и Y.
Текущая позиция столика принимается за
начальную позицию для получения мозаик.
Здесь определяется выравнивание мозаичного
скана относительно определенной позиции.
Центр мозаичного скана принимается за
начальную позицию.
480 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 680 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр
- Upper Left
(Верхний левый
угол)
Navigation
(Навигация)
Start position
(Начальная
позиция)
Описание
Верхний левый угол мозаичного скана принимается за
начальную позицию.
Нажмите на кнопку-стрелку для отображения всего
среза.
Перед началом получения изображения здесь можно
проверить, находится ли в фокусе каждое единичное
изображение мозаичного изображения.
Чтобы проверить настройки серии срезов по оси Z,
перемещайтесь от одной мозаики к другой с помощью
кнопок-стрелок или посредством ввода XAf'-координат.
Отображает X- и Y-значения начальной позиции для
получения мозаик.
17.4.6.2 Channei (Канал)
С помощью этого инструмента можно управлять лазером и регулировать
его мощность. Пользователю доступны следующие параметры:
Параметр Описание
405 нм Здесь с помощью ползунка, кнопок-стрелок или
посредством ввода значений в поле ввода
указывается необходимое ослабление (в процентах)
лазерного излучения.
Pinhoie
(Микроотверстие)
-1 AU
- Мах
(Максимальный)
(установлен по
умолчанию)
M aster Gain
(Среднее
усиление)
Регулирует диаметр микроотверстия.
Диаметр указывается в микрометрах (мкм). В тексте
ниже этот диаметр переводится в единицы Эйри (AU)
и толщину среза.
Для измерений конфокальной топографии
рекомендуемый размер микроотверстия составляет
1AU.
Приводит диаметр микроотверстия к рекомендуемой
величине 1AU (единицы Эйри).
Микроотверстие открывается на максимальный
диаметр.
Также это установленный по умолчанию параметр.
Это позволяет легко фокусироваться на поверхности,
как при использовании широкопольного микроскопа.
Безусловно, возможна фокусировка и через окуляры.
Здесь можно управлять напряжением ФЭУ. Высокое
напряжение повышает усиление ФЭУ. Изображение в
этом случае становится светлее, и возможно
уменьшение мощности лазера. При высоком
напряжении повышается уровень шума изображения.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 481
--- стр. 681 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Digital Offset
(Цифровое
смещение)
Digital Gain
(Цифровое
усиление)
Оптимальное соотношение усиления и шума зависит от
требований к эксперименту и используемого образца.
Максимальное напряжение многощелочного ФЭУ
составляет 900 В.
Здесь выполняется регулировка на фоне изображения.
Здесь можно в цифровой форме усиливать сигнал
лазера.
17.4.6.3 Режим Acquisition (Получение изображений)
Здесь можно регулировать параметры сканирования и получения
изображений, которые будут применяться на протяжении всего
эксперимента.
Параметр
Objective
(Объектив)
Frame Size
(Размер
фрейма)
- Кнопка «X X Y»
- Кнопка Optimal
(Оптимальный)
- Bits per Pixel
(Бит/пиксель)
Direction
(Направление)
Описание
Выберите здесь необходимый для получения
изображения объектив.
Необходимый размер фрейма (в пикселях)
отображаемого изображения определяется значениями
двух полей ввода.
Для изменения размера фрейма следует остановить
получение живого изображения.
Позволяет выбрать размеры фрейма из списка
значений по умолчанию (например, 128x128 или
512x512).
В случае измерения топографии и толщины слоя
рекомендуем начинать с размера фрейма
«1024x1024».
Размеру фрейма (разрешение изображения)
присваивается оптимальное значение в соответствии с
оптическим увеличением (объективом) и
коэффициентом увеличения.
Это обеспечивает получение изображения без потери
данных и отсутствие пустых данных вследствие
оптимальной выборки. Оптимальная величина
рассчитывается для выбранного объектива и настроек
увеличения, что соответствует двукратной
передискретизации по Найквисту. Измерения
прямоугольного изображения сохраняются.
В выпадающем списке регулируется глубина цвета до 8
бит или 16 бит (т. е. в значениях серого — 256 или
65536).
Для изменения глубины цвета следует остановить
получение живого изображения.
Для выбора доступны следующие направления
сканирования;
482 Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 682 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
- Unidirectional
(Однонаправленное)
Лазер выполняет сканирование только в одном
направлении, затем возвращается обратно для
сканирования следующей линии.
- Bi-directional
(Двунаправленное)
Лазер также выполняет сканирование при обратном
перемещении, т. е. время сканирования
сокращается вдвое.
Если в результате двунаправленного сканирования
возникает заметный сдвиг пикселей между
поступательным и обратным движением (двойное
изображение), устраните сдвиг с помощью
ползунков Correction X / Correction Y (Коррекция по
оси Х/Коррекция по оси Y).
При нажатии на кнопку Auto (Авто) выполняется
автоматическая коррекция сканирования.
Scan Speed
(Скорость
сканирования)
С помощью ползунка отрегулируйте скорость
сканирования в диапазоне от 1 (медленно) до 16
(очень быстро).
Обратите внимание, что максимально доступная
скорость сканирования зависит от выбранного
размера фрейма (Frame Size) и коэффициента
увеличения (Zoom Factor).
Averaging
(Усреднение)
- Number (Число)
- Method (Метод)
Scan Area (Область
сканирования)
- Offset (Смещение)
Выберите число изображений, которое необходимо
усреднить (1-16).
Выберите метод усреднения:
■Mean (Среднее);
Используется среднее значение всех
изображений.
■Sum (Сумма);
Используется сумма всех изображений.
В этом разделе регулируется позиция области
сканирования.
Внешняя рамка соответствует полю обзора
микроскопа.
Внутренняя рамка представляет собой область
сканирования. Все изменения (Offset (Смещение),
Rotation (Вращение), Zoom (Увеличение)),
внесенные в этом разделе, автоматически
применяются к области сканирования.
Доступны следующие функции;
Корректируйте смещение с помощью ползунка Left /
Right (Влево/Вправо) или Up / Down (Вверх/Вниз).
К р о м е т о г о , о п р е д е л е н н о е з н а ч е н и е м о ж н о в в е с т и в
поле ввода.
Нажатием на кнопку «С», расположенную за полем
ввода, смещенная позиция устанавливается в
центр.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 483
--- стр. 683 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр Описание
Нажмите левой кнопкой мыши на внутреннем фрейме
и, удерживая ее в нажатом положении, свободно
перемещайте область сканирования. Позиции,
указанные в полях ввода, будут изменены в
соответствии с регулировками.
- Rotation
(Вращение)
- Zoom
(Увеличение)
- Reset Scan
Area
(Восстановить
настройки
области
сканирования по
умолчанию)
Угол поворота устанавливается с помощью ползунка
Rotation (Вращение). Кроме того, определенное
значение можно ввести в поле ввода. Нажатием на
кнопку «О», расположенную за полем ввода, угол
поворота восстанавливается до значения по
умолчанию (0°).
Степень увеличения (0.5х-40х) регулируется с
помощью ползунка Zoom (Увеличение). Кроме того,
определенное значение можно ввести в поле ввода.
Нажатием на кнопку «1/2», расположенную за полем
ввода, степень увеличения восстанавливается до
значения по умолчанию (0.5х).
Возвращает все настройки к значениям по умолчанию.
17.4.6.4 Z-Stack (Серия срезов по оси Z)
Здесь настраивается получение изображения серии срезов по оси 2.
1 Примечание
Получение изображений серии срезов по оси Z осуществляется снизу
вверх независимо от того, какая (верхняя или нижняя) плоскость по оси Z в
серии срезов определена в качестве первой плоскости по оси Z. Такой
порядок получения изображений повышает точность позиционирования по
оси Z.
Для ручной настройки серии срезов по оси Z доступны два режима:
Параметр
First / Last
(Первая
плоскость /
Последняя
плоскость)
Центр
Описание
Можно настроить серию срезов по оси Z, указав первую
и последнюю позиции серии срезов по оси Z, более
подробно см. раздел «Ручная настройка среза по оси
Z (режим первой/последнвй плоскости)» [► 45].
Можно настроить серию срезов по оси Z, определив
центральную плоскость серии срезов по оси Z, более
подробно см. раздел «Ручная настройка среза по оси
Z (режим средней плоскости)» [► 46].
В зависимости от активированного режима для настройки серии срезов по
оси Z доступны следующие параметры:
484 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 684 ---
17 Модуль Confocal Topography 117.4 Функции и их назначение
Параметр
Set Last/Set First
(Установить первую
позицию/Установить
последнюю
позицию)
Описание
Доступен только в режиме First/Last (Первая
плоскость/Последняя плоскость).
С помощью кнопок Set Last (Установить
последнюю позицию) и Set First (Установить
первую позицию) текущая позиция указывается в
качестве последней или первой позиции серии
срезов по оси Z.
Range(Диапазон) Показывает диапазон настроенной серии срезов
по оси Z от последней до первой плоскости среза.
Slices (Срезы)
Interval (Интервал)
Здесь вводится число Z-срезов в серии срезов по
оси Z.
Здесь вводится необходимое расстояние между
Z-срезами.
Optimal Числовое значение на кнопке означает
(Оптимальный) расстояние, вычисленное для набора каналов и
используемого микроскопа по Найквисту.
Нажатием на эту кнопку данная величина
автоматически вносится в поле ввода Interval
(Интервал).
Keep (Удерживать) ■Interval (Интервал);
В случае изменения параметров в инструменте
Z-Stack (Серия срезов по оси Z) сохраняет
установленный интервал между плоскостями
среза постоянным.
■Slice (Срез):
Сохраняет установленное число срезов
постоянным.
Центр Доступен только в режиме Center (Центральная
плоскость).
Текущая позиция принимается за среднюю
плоскость по оси Z. Также можно ввести
необходимое значение в поле ввода справа от
кнопки.
Offset (Смещение) Здесь можно ввести величину смещения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 485
--- стр. 685 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.1 Введение
18 Модуль Software Autofocus
18.1 Введение
Модуль Software Autofocus (Программная автофокусировка, сокр. SWAF)
обладает функцией настраиваемого на основе изображения автофокуса,
которая перебирает ряд аксиально ступенчатых изображений, анализируя
резкость каждого. Z-величина изображения, которая выдает
максимальную резкость, устанавливается в качестве новой плоскости
наблюдения.
Для работы модуля микроскоп должен быть снабжен электроприводом по
оси Z. Ему не требуется ни Z-пьезоактуатор, ни Z-пьезоэлемент,
используемые SWAF в текущей комплектации. Во вкладке Acquisition
(Получение изображений) или Locate (Местоположение) можно изменять
настройки SWAF в инструменте Software Autofocus (Программная
автофокусировка). Настройки также можно вызывать (и тестировать)
кнопкой Auto Focus (Автофокусировка) на панели основных кнопок рядом с
вкладкой Acquisition (Получение изображений). Настройки SWAF
сохраняются вместе с экспериментом во вкладке Acquisition (Получение \
изображений).
Конфигурация обеспечивает соответствие функции SWAF условиям, в
которых должна быть установлена фокусировка. Описание основных
функций, настраиваемых отдельными элементами управления см. в
разделе «Функции и их назначение» [► 487]. Однако перед описанием
каждого параметра, мы попытаемся прояснить несколько вопросов; Каким
образом SWAF ПО ZEN пытается установить фокус? И как настройка
параметров влияет на работу SWAF?
18.1.1 В каком случае фокусировка установлена правильно?
в микроскопии под фокусом подразумеваются такие параметры
изображения, как контраст или интенсивность, которые варьируются в
зависимости от позиции плоскости наблюдения объектива на образце и
уровня детали образца в данной плоскости. Однако алгоритм, который
пытается определить (и максимизировать) подобные значения, будет
выдавать только осевую позицию, которая соответствует плоскости
интереса, в случае их совпадения (обычно это происходит при
использовании (тонких) образцов с отдельной дискретной плоскостью i
детали).
Это значительно затрудняется использованием линз с высокой числовой
апертурой (NA), более толстых образцов и менее выраженных деталей
(модулируемых как изменение контраста или интенсивности в
результирующем изображении). В связи с этим SWAF не следует
принимать за средство поиска фокуса, программная автофокусировка
может использоваться в качестве метода надежного поиска по заданному
осевому диапазону и определения местоположения данной плоскости на
образце. Таким образом, несмотря на то, что не все образцы и условия
визуализации подходят для данного модуля, SWAF является средством,
которое позволяет определять плоскость фокусировки, первого шага для
последующей визуализации.
18.1.2 Программная автофокусировка в ZEN
В основном SWAF выполняет поиск (с предустановленным шагом по оси
Z) в заданном для плоскости изображения диапазоне Z-величин, в
результате чего определяется максимальное значение «резкости». Размер
шага или частота дискретизации SWAF определяется числовой апертурой
объектива и длиной волны (более подробно см. далее). В свою очередь,
область (автоматического) поиска также
486 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 686 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.1 Введение
в большинстве случаев определяется числовой апертурой объектива.
Безусловно, то, что объективы с высокой числовой апертурой имеют
меньшую область поиска и наоборот, продиктовано оптикой. Для того
чтобы SWAP был эффективен в определенной области применения,
плоскость изображения, которая определяет максимальную резкость, в
идеале должна соответствовать плоскости интереса образца
{т. е. свойства образца определяют, подходит ли SWAP для правильного
обнаружения необходимой плоскости исследования). Компонентные
алгоритмы и функции SWAP, их взаимозависимость и последовательность
основных операций SWAP наглядно представлены на рисунке ниже:
SWAF
Максимизатор
Оценочная
функция
Вычисляет и передает
значение резкости с
изображения текущей
позиции по оси Z
Получение
изображения
Z-привод
Переход к
величине _______________________
21 22 23 24 25
Рисунок 18.1. Последовательность операций в SW AP
SWAP приводится в действие и управляется максимизатором, который
попеременно управляет 2-приводом и камерой для получения серии
изображений через предустановленные осевые интервалы. Каждое из
этих изображений последовательно передается в оценочную функцию,
которая вычисляет значение резкости для данного изображения.
Полученное значение передается на максимизатор, где ведется таблица
значений резкости. Максимизатор выполняет поиск (с помощью
однонаправленного (Pull) либо двунаправленного (Smart) осевого
перемещения) и определяет момент обнаружения величины
максимальной резкости. Следующее выравнивание данных выполняется
локально, вблизи указанного максимума для уточнения его позиции. Затем
SWAP устанавливает эту 2-величину в качестве результирующей осевой
позиции 2-привода. Если максимум не установлен, максимизатор
определяет состояние ошибки и выдает соответствующие исключение
(сообщение об ошибке). В этом случае 2-привод возвращается в исходную
позицию, таким образом минимизируя вероятность столкновения
объе1стива с образцом.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 487
--- стр. 687 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
18.2 Функции и их назначение
18.2.1 Введение
Модуль Software Autofocus имеет ряд настроек, которые можно изменять
непосредственно в инструменте Software Autofocus, присутствующем во
вкладке Locate (Местоположение) или Acquisition (Получение
изображений). Обратите внимание, что изменения, сделанные во вкладке
Locate (Местоположение), не переносятся на настройки вкладки Acquisition
(Получение изображений). Поэтому настройки, ислользуемые в ходе
экслеримента, должны быть выполнены и во вкладке Acquisition
(Получение изображений). Безусловно, эти настройки сохраняются в
файле экслеримента и могут в дальнейшем использоваться ло мере
необходимости.
Однако обратите внимание, что параметры, зависящие от линзы
объектива (например, шаг, используемый с конкретной частотой
дискретизации), изменятся автоматически, если тот же самый экслеримент
будет проводиться с другим объективом. В следующем разделе
описываются доступные пользователю отдельные настройки:
18.2.2 Инструмент Software Autofocus
Параметр Описание
Режим
-Auto
(Автоматически)
- Contrast
(Контрастность)
- Intensity
(Интенсивность)
- Reflex
(Отражение)
Здесь выбирается режим измерения резкости.
Эта настройка используется ло умолчанию. Программа
делает выбор на основе конфигурации микроскопа.
Так, например, при использовании широкопольных
методов или проходящего света резкость всегда
зависит от контраста (Contrast).
С другой стороны, при использовании методов
выделения оптических срезов (например,
вращающийся диск) программа автоматически
выбирает метод определения значений резкости на
основе интенсивности (Intensity).
Если комплектация микроскопа не определяется
автоматически, выбрать режим измерения резкости
можно вручную.
Резкость определяется на основе контраста.
Резкость будет определяться на основе интенсивности.
Доступен только в системах ЛСМ.
Если параметр активирован; обнаруживает отражение
лазера на поверхности покровного стекла.
488 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 688 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Смещение используется для фокусировки образца.
Оно однократно добавляется с помощью кнопки
Find Offset (Обнаружить смещение), когда образец
находится в фокусе объектива. Для этого метода
требуется несовпадение показателя преломления
между иммерсионной средой и покровным стеклом,
а это значит, что он не подходит для масляно
иммерсионных объективов.
При использовании режима Reflex (Отражение)
параметр поиска Search должен быть по
возможности установлен на Smart
(Интеллектуальный). После определения смещения
область поиска можно сузить вручную, что позволит
сократить время фокусировки. Параметры
получения изображения (например, линия лазера,
усиление ФЭУ, эмиссионные фильтры)
настраиваются автоматически.
Quality (Качество) Этот параметр определяет оценочную функцию,
которая используется для вычисления величины
контраста изображения, когда для измерения
резкости программой SWAF (Программная
автофокусировка) используется режим Contrast
(Контрастирование).
- Default (По
умолчанию)
- Low Signal
(Слабый сигнал)
Search (Поиск)
- Smart
(Интеллектуальный)
При выборе этого параметра используется композит
взвешенных оценочных функций.
Используйте этот параметр, если образец
покрывает большую часть поля обзора камеры.
Для определения значения используется простая
оценочная функция.
Используйте этот параметр, когда изображение
зашумлено или когда образец покрывает малую
область поля обзора камеры. Подобное возможно
при работе с калибровочным слайдом или
гранулами.
Имеются две опции: Smart и Full. Они
устанавливают разные типы основного
максимизатора, используемого для запуска SWAF,
который, в свою очередь, определяет ряд
дополнительных свойств и параметров всего
процесса. Более подробно о параметрах см. раздел
«Часто задаваемые вопросы».
Используется альтернативный максимизатор,
который выполняет поиск, перемещаясь в двух
направлениях, и останавливается при обнаружении
локального максимума значений резкости
(т. е. значительного снижения резкости в обоих
направлениях по оси Z). Напомним, если
интеллектуальный максимизатор обнаруживает
ошибку, он выдает соответствующее исключение.
- Full (Полный) Максимизатор, применяемый с этими настройками,
использует однонаправленное перемещение Z-
привода, пошагово перемещаясь по всей
относительной или постоянной области поиска,
определенной в инструменте SWAF (см. раздел
«Область поиска автофокусировки»).
руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) | Ред. 1.0 на русском языке 489
--- стр. 689 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Полный максимизатор определит общий максимум
для выполнения автофокусировки или выдаст
соответствующее исключение, если будет
установлено состояние ошибки.
Sampling
(Дискретизация)
- Default (По
умолчанию)
- Fine (Частая
дискретизация)
- Medium (Средняя
дискретизация)
- Coarse (Грубая
дискретизация)
Autofocus Search
Range (Область
поиска
автофокусировки)
< Relative Range
(Относительная
область)
- Automatic Range
(Автоматически
определяемая
область)
Range (Область
поиска)
- Step Size (Шаг)
• Fixed Range
(Постоянная
область поиска)
Здесь можно определить размер шага
дискретизации области поиска.
Использует размер шага по умолчанию (dz = 1/кв.
корень(2) * 2 * п* лямбда/NA).
Использует малое расстояние по оси Z (0,5 * dz)
между отдельными сфокусированными
изображениями, используемыми для вычисления
наилучшей позиции фокусировки.
Вследствие этого количество срезов по оси Z в
заданной области поиска удваивается.
Использует среднее расстояние по оси Z (2 * dz)
между отдельными сфокусированными
изображениями, используемыми для вычисления
наилучшей позиции фокусировки.
Вследствие этого количество срезов по оси Z в
заданной области поиска уменьшается вдвое.
Использует большое расстояние по оси Z (4 * dz)
между отдельными сфокусированными
изображениями, используемыми для вычисления
наилучшей позиции фокусировки.
Вследствие этого количество срезов по оси Z в
заданной области поиска уменьшается вчетверо.
Здесь можно выбрать один из подходов,
применяемых к области поиска автофокусировки;
Этот режим используется по умолчанию.
Программная автофокусировка определяется по
относительной области. Более подробно см. раздел
«Относительная область поиска SWAF».
Флажок установлен: автоматически вычисляет
область поиска автофокусировки в зависимости от
установленного объектива.
Параметр активен, только если установлен флажок
Automatic Range (Автоматическая область поиска).
Здесь можно ввести область, которая будет
использоваться для поиска автоф окусировки.
Отображает расстояние между отдельными
сфокусированными изображениями, заданное
напротив элемента Range (Область поиска).
Программная автофокусировка определяется по
постоянной области.
490 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 690 ---
18 Модуль Software Autofocus 118.2 Функции и их назначение
Параметр Описание
Более подробно см. раздел «Постоянная область
поиска SWAF».
- Set Last
(Установить
последнюю
позицию)
Определяет текущую позицию по оси Z как конечную
(последнюю) точку для программной автофокусировки.
Необходимое значение можно также ввести в поле
ввода слева от кнопки.
Range (Область
поиска)
Отображает область, которая используется для поиска
автофокусировки. Задайте область с помощью кнопок
Set Last (Установить последнюю позицию) / Set First
(Установить первую позицию) или соответствующих
полей ввода.
- Step Size (Шаг) Отображает выбранное расстояние дискретизации
(Sampling) между отдельными фокусными снимками.
- Set First
(Установить
первую
позицию)
Определяет текущую позицию по оси Z как начальную
(первую) точку для программной автофокусировки.
Необходимое значение можно также ввести в попе
ввода слева от кнопки.
Autofocus ROI
(Область
интереса SWAF)
Здесь вы можете определить область для точечного
экспонометра (Spot Meter ROI) ипи фокусировки (Focus
ROI), чтобы пиксели, оцениваемые SWAF,
ограничивались областью изображения, определяемой
пользователем.
Эта функция исключительно полезна при
использовании координатной метки (например, частица
пыли или иной стойкий артефакт), которая стечением
времени служит ориентиром для фокусировки образца
в фиксированной позиции.
Область автофокусировки отображается на живом
изображении образца, что позволяет пользователю
размещать и изменять ее размеры по мере
необходимости. В качестве дополнительного
вспомогательного средства фокусировки также можно
использовать функцию фокусированной линейки
живого изображения, которая отслеживает контраст
живого изображения, или область точечного
экспонометра (Spot Meter ROI).
- Spot Meter
/Focus ROI
(Область
точечного
экспонометра /
Область
фокусировки)
Флажок установлен; для определения позиции
фокусировки использует только величины области
точечного экспонометра (Spot Meter ROI) / фокусировки
(Focus ROI).
Область фокусировки (Focus ROI) отображается на
живом изображении в виде пунктирного
прямоугольника красного цвета. Вы можете изменить
ее. нажав на рамку и изменив размер и позицию.
Обратите внимание, что эта опция недоступна для
изображений, полученных с помощью ЛСМ.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 491
--- стр. 691 ---
19 Приложения и компоненты 119,1 Slidescan
19 Приложения и компоненты
19.1
19.1.1
Slidescan
Введение
Я
А х1о Scan.ZI
С
Рисунок 19.1. Система Axio Scan.ZI
ZEN slidescan — пакет программ, обладающий всеми инструментами и
функциями, необходимыми для управления системой Axio Scan.ZI.
Например, он включает в себя возможность создания серии срезов по оси
Z и изображений с увеличенной глубиной резкости. С помощью этого
программного обеспечения вы можете автоматически создавать
высокоразрешающие изображения {виртуальные слайды) из
используемых образцов. Система способна создавать сканы в
светлопольном, а также многоканальном флуоресцентном режиме. Axio
Scan.ZI управляется главным образом программными средствами. Более .
подробную информацию о работе аппаратного обеспечения и прочих
процедурах, связанных с аппаратными средствами (например, замена
набора фильтров и т. д.) см. в последней версии руководства Axio Scan.ZI.
Поскольку Axio Scan.ZI снабжен встроенной кассетой на 12 или 100
слайдов, программное обеспечение сопровождает сканирование образцов,
управляет кассетой и слайдами (включая статус слайдов). Все это
визуализируется интуитивным графическим пользовательским
интерфейсом.
в настоящ ем руководстве описывается работа программного обеспечения
ZEN slidescan, а не общая функциональность ПО ZEN; более подробно о
ПО ZEN см. общее справочное руководство ZEN. Информация,
приведенная в данном документе, также доступна в интерактивной
справке (F1). Здесь вы получите удобный доступ к информации,
организованной по вкладкам и мастерам.
492 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 696 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
7 Теперь необходимо выполнить фокусировку образца, например, нажав
на кнопку Smart Focus (Быстрая фокусировка). Также можно
воспользоваться опциями ручной настройки фокуса.
1 Примечание
В большинстве случаев достаточно использовать Smart Focus (который
представляет собой сочетание грубой (Coarse Focus) и точной
фокусировки (Fine Focus)). Если функция Smart Focus не работает,
проверьте расширенные настройки фокусировки в расширенном мастере
создания профиля сканирования (Advanced Profile Wizard),
После выполнения фокусировки следует просмотреть ту область
образца, которая не вошла в поле обзора. Теперь можно
оптимизировать настройки до получения подходящего вида
изображения, без признаков переэкспонирования и
недоэкспонирования. Проверьте распределение интенсивности по
кривой отображения.
Display ' E^»isions
Histogram
Auto Mtrv^ax Best Fit
i Примечание
Обратите внимание, что настройки интенсивности вспышки точные, а
настройки продолжительности вспышки грубые. Продолжительность
вспышки не должна превышать 10 мкс.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 497
--- стр. 697 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
9 Следующий шаг — выбор толщины образца (Sample Thickness) и
серии срезов по оси Z (Z-Stack). Для использования серии срезов по
оси Z установите флажок Z-Stack (Серия срезов по оси Z). Толщина
используется для расчета не только параметра Z-Stack (Серия срезов
по оси Z), но и для точного определения области фокусировки. Это
означает, что данная величина должна быть дважды проверена и
отрегулирована, даже если не установлен флажок Z-Stack (Серия
срезов по оси Z)
10 Если пользователь уже работал над профилем из пула в Smart Profile
Selection (Быстрый выбор профиля), он может активировать серию
срезов по оси Z, если того требует область исследования. Тем не
менее следует также перепроверять параметры. В данном случае —
толщину образца.
Imcrt the approximate thickness of your specimen.
О теме...
The tfiickness is importvit for tf>e calculation of the z-stack, but
also for the adaption of the fine locus range.
of
To perform a z-stack activate the corresponding checkbox.
О more...
The software %пй calculate automatically the optimal parimieters for
the raimber of levels and вкШке between these levels depending
on the samiirfe thickness and the focal depth of the scanrvng
objective.
S Z-stack
Next V»
Ha основе толщины программное обеспечение вычислит количество
уровней фокусировки, а также расстояние между уровнями —
используемого объектива.
Наконец, можно либо сохранить серию срезов по оси Z, либо применить
увеличенную глубину резкости (EDF, от англ. Extended Depth of
Focus).
498 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 698 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.1 Slidescan
Для этого следует установить флажок EDF.
Back ич
Insert the approximate thickness of your speamen.
О more-..
The tfucbiess is important kir the cakulaticm of the z-stack, txit
also for the adaption of the fine focus range.
Thickness of specimen- _5J)pnn
To perform a z-stack activate the correspcmding checkbox.
О more-.
The soltMare wit} c^cutate autonwitkally the optimal parameters for
the numb«' of levels and distance between these levels depmding
on the s^f^e thickness and the focal depth of the scrmnmg
c^jectrve
VfZ-Stack
If the z-stack should be processed as extended depth of focus, ШТ
must be activated.
О more...
Extended depth of focus is a technique which detects in-focus
regions of each image of the z-staCk ^tomatically. The in-focus
patches are then blended togetfwr to generate the hnal image.
Thus tfw firYal image consists or^ of a single plain crnnpared to a
Z'Stack.
%f EDf Active
Next
11 Последний шаг — Profile Name and Description (Имя и описание
профиля). Функция Save as New Profile (Сохранить как новый профиль)
позволяет сохранить профиль сканирования под новым именем. Кроме
того, можно изменить описание или ввести новое. Рекомендуется по
крайней мере изменить описание профиля, чтобы можно было легко
проследить базовую настройку профиля.
руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 499
--- стр. 699 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Back
Cht?ck and evtntuaSy adapt the description of the scan proWe,
Please activate the cheddbox if you want to save the adapted profile
under a new rvMne.
О more~.
If Save as New Profile is activated you cwi insert a new name for
this adapted profile.
Desn rt
Brightfield - Merfium-sized tissue scctiom with T a m e d e ^ o n < rf
mtense stain / no z-stack
Save « New Profile
Prof '.лтс
BFJTasue.MedwmsizedJntenseJX)! - Copy
12 Чтобы сохранить результаты изменения и закрыть мастер, нажмите
кнопку Finish (Готово).
Вы успешно настроили светлопольный профиль сканирования.
19.1.2.2 Импорт имен, профилей и сцен
1 Примечание _______ _
Перед началом импорта необходимо сначала вставить кюветы с
предметными стеклами в кассету, так как только при наличии этой
информации система может выполнять логические двойные проверки.
Импорт выполняется с помощью файла данных с разделителями-
запятыми (CSV). Для каждого слайда должен использоваться один ряд.
Каждая строка для каждого определенного слайда должна иметь
следующие данные:
■ номер кюветы (абсолютный),
■ номер слайда (абсолютный),
■ имя изображения,
■ имя профиля,
■ scenel, scene2, зсепеЗ и т. д.
500 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 700 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Номер кюветы и предметного стекла вводится обязательно, остальные
параметры — по усмотрению. Можете пропустить определенные поля
ввода, и они не будут изменены во время импорта. Присвоение имен
сценам начинается с верхнего левого объекта с перемещением вправо.
После того как всем объектам будет присвоено определенное имя,
программа сместится влево, на вторую строку объектов, и продолжит
присвоение имен с перемещением влево и т. д.
Пример порядка присвоения имен сценам:
1 2 3
б
10
7
11
8
12
Пример А
1,1,Mouse1,Profile001,brain1,brain2.brain3
Первому слайду первой кюветы система присвоит имя изображения
Mousel и применит профиль ProfileOOI. Если предпросмотр обнаружит
несколько сцен, система присвоит первой сцене имя braini, второй
сцене — brain2 и т. д.
Пример В
1.1, Mousel
1.2, Mouse2
1.3, Mouse3
Здесь система присвоит указанной позиции кюветы и предметного стекла
только имена изображений.
Пример С
1,1,.ProfileOOI
1,2„Profile002
1,3„Profile003
Здесь система присвоит указанной позиции кюветы и предметного стекла
только имена профилей.
Примечания
■ Если в файле импорта будет указан профиль, который отсутствует в
списке доступных профилей, программное обеспечение выдаст
предупреждение и профиль применен не будет.
■ Если в файле импорта определена позиция, не занятая слайдом,
программное обеспечение выдаст предупреждение и отменит импорт
для данной позиции слайда.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке 501
--- стр. 701 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Если определено больше сцен, чем обнаружит система во время
предпросмотра, система не выдаст предупреждение, но остановит
присвоение имен после последней обнаруженной сцены.
Если определено меньше сцен, чем обнаружит система во время
предпросмотра, система присвоит все доступные имена сценам и
остановит присвоение имен, но все сцены будут просканированы.
По умолчанию в качестве разделителя используется запятая (,).
Выбрать другой разделитель {табулятор, точка с запятой, пробел)
можно в меню Tools -> Options -> Acquisition -> Scan (Инструменты ->
Опции -> Получение изображений -> Сканирование).
19.1.2.3 Использование настроек сканирования этикеток со слайдами 4”хЗ”
При установке слайдов 4”хЗ” в разделе Label Scan Settings (Настройки
сканирования этикеток) станут доступны дополнительные функции. Это
происходит потому, что изображение предпросмотра этикетки создается
двумя изображениями с камеры предварительного просмотра.
1 Примечание
В режиме Snap (Моментальный снимок) для слайдов 4”хЗ” доступен
только расширитель Recognition (Распознавание) и Label Orientation
(Ориентация этикетки), поэтому на экране отображаются два сшитых
изображения.
Если открыть этот шаг, система автоматически активирует режим живого
изображения (Live) для верхнего изображения.
2 Labe! Scan
Define settings to capture and interpret the label area.
Back Hs.
Upper Side Lower Side
Переключать режимы просмотра живого изображения можно с помощью
кнопок Upper Side (Вверх) и Lower Side (Вниз).
502 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 702 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slldescan
2 Label Scan Settings
Define settings to capture and interpret the tabei area.
Back /Ч
Upper Side Lower Side
Здесь можно оценить время экспозиции, баланс белого, интенсивность
света и применить настройки, перечисленные в расширителях под
графическими пользовательскими элементами. Эта обработка аналогична
той, что применяется к остальным типам слайдов (1”хЗ” и 2"хЗ”).
По завершении настройки параметров (обычно подходят стандартные
настройки, которые не требует регулировки) можно перейти в режим
моментального снимка (Snap), нажав на кнопку Snap.
Теперь система создаст два изображения и выполнит их сшивку. Это
изображение отобразится на экране, и пользователь сможет адаптировать
область захвата красным фреймом. Содержимое красного фрейма будет
запечатлено во время предварительного просмотра/сканирования слайда
и сохранено вместе с изображением.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 503
--- стр. 703 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 примечание
Остальные настройки {например, Recognition (Распознавание))
аналогичны настройкам слайдов других типов.
19.1.2.4 Использование настроек сканирования просмотра со слайдами 4”хЗ”
При установке слайдов 4”хЗ” в разделе станут доступны дополнительные
функции. Это происходит потому, что изображение предпросмотра
поверхности образца создается двумя изображениями с камеры
предварительного просмотра.
Если открыть этот шаг, система автоматически активирует режим живого
изображения (Live) для верхнего изображения.
504 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 704 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Preview Scan Settings
Define settings to capture the specimen area.
Back /Ч
/ррег Side Lower Side
Переключать режимы просмотра живого изображения можно с помощью
кнопок Upper Side (Вверх) и Lower Side (Вниз).
3 '’review Scan Settings
Define swings to capture the specimen area.
Back /Ч
Upper Side lower Side
Здесь можно оценить время экспозиции, баланс белого, интенсивность
света и применить настройки, перечисленные в расширителях под
графическими пользовательскими элементами. Эта обработка аналогична
той, что применяется к остальным типам слайдов (ГхЗ” и 2"хЗ”).
По завершении настройки параметров (обычно подходят стандартные
настройки, которые не требует регулировки) можно перейти в режим
моментального снимка (Snap), нажав на кнопку Snap.
Теперь система создаст два изображения и выполнит их сшивку. Это
изображение отобразится на экране, и пользователь сможет адаптировать
область захвата красным фреймом. Содержимое красного фрейма будет
запечатлено во время сканирования слайда и сохранено вместе с
изображением.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 505
--- стр. 705 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Остальные настройки (например, Recognition (Распознавание))
аналогичны настройкам слайдов других типов.
19.1.2.5 Реализация собственного алгоритма обнаружения тканей
У вас есть возможность интегрировать собственный алгоритм
об на руж е ния тканей в стандартную п о сл е д о ва те л ь н о сть операций.
Это выполняется с помощью расширения, написанного на языке С#;
расширения должны быть выполнены в виде динамически компонуемой
библиотеки (DLL). Оболочка должна быть написана на языке С#, код для
обнаружения тканей может быть написан на любом выбранном вами языке
программирования.
Основная последовательность действий будет следующей: система
создает CZI-файл и перемещает изображение в ваше расширение. На
основе этого изображения алгоритм должен выполнить обнаружение
тканей, а в качестве обратной связи для стандартной последовательности
операций вы должны добавить аннотации в изображение. Аннотациями
будут отмечены области для сканирования.
506 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 707 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Если вы выберете свое расширение, все остальные возможности
настройки обнаружения тканей будут скрыты.
С помощью кнопки Test (Тест) вы можете протестировать ваш алгоритм,
проверив его выполнение и эффективность.
1 Примечание
Чтобы больше узнать о нашем файловом формате и получить
дополнительную информацию, перейдите по ссылке www.zeiss.com/czi
и зарегистрируйтесь на сайте.
19.1.2.6 Использование штрихкода для определения имени, профиля и
подпапки
Если требуется использовать информацию со штрихкода для определения
имени изображения, использованного профиля или подпапки, необходимо
активировать функцию Name and Profile from barcode (Имя и профиль со
штрихкода). Функция находится в инструменте Naming Definition
(Определение именования) в левой области экрана.
Штрихкод можно использовать для определения используемой выходной
подпапки, имени и профиля. Для этого в полях маски определяются i
позиции символов в строке (=штрихкоде). Вы можете определять области
с помощью символа «-». Более того, символы, расположенные в разных
частях строки, можно связывать запятой.
Пример А
Строка символов: AXIO_SCAN_123
Маска: 1-4 АХЮ
Маска: 6-9 SCAN
Маска: 1-4,11-13 AXI0123
Пример В
Штрихкод: Path_DoeJohn_003_FAST_HE
Path — путь для сохранения.
508 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 708 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.7
DoeJohn — имя изображения.
003_FAST_HE — имя профиля.
Элемент управления штрихкодом для приведенного выше примера
выглядел бы следующим образом;
Необязательно использовать все три возможности, можно использовать
только одну-две из трех возможностей. Если вы не хотите использовать
какой-либо параметр, оставьте это поле ввода пустым.
Если напротив элемента Name (Имя) указан диапазон, программное
обеспечение вставит в строку Naming (Именование) (в окне Magazine
(Кассета)) текст “Name from barcode” («Имя со штрихкода»), поскольку
системе до этого момента не будет известен штрихкод. Как только система
считает штрихкод, в строку будет введено полученное имя. То же самое
относится и к профилю, в этом случае вводимый текст — профиль,
считанный со штрихкода (Profile from barcode).
Если профиль был получен со штрихкода, система извлечет информацию
об этикетке (в том числе тип штрихкода и т. Д.) из профиля, выбранного в
разделе Default Scan Profile (Профиль сканирования по умолчанию) во
вкладке Scan (Сканирование).
При администрировании и создании профилей желательно использовать
описательные имена для легкого распознавания профилей (например,
FF04_CF08_HE_23). Однако кодировка подобных профилей в штрихкоде
использует очень много памяти и уязвимы к ошибкам. В этом случае
можно активировать опцию Match only the beginning of scan profile name
(Находить соответствие только по начальным символам имени профиля
сканирования). Система использует только первые символы для
идентификации профиля. Имя может начинаться, например, с
недвусмысленного номера, используемого для идентификации. Например,
именем профиля может быть 005_FF04_CF08_HE_23. В этом случае вы
бы ввели «1-3» в маску профиля и активировали опцию Match only the
beginning of scan profile name (Находить соответствие только по
начальным символам имени профиля сканирования). Теперь для
идентификации профиля будет использоваться только номер «005».
Убедитесь, что существует только одно имя профиля, которое начинается
с символов «005».
Настройка области интереса для изображения предпросмотра
Важной и необходимой настройкой является определение области
интереса (ROI) для изображения предварительного просмотра образца.
Система сфотографирует и зафиксирует эту область интереса. К области
интереса также будет применена функция обнаружения ткани (если
выбрана пользователем).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 509
--- стр. 709 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Она включает в себя сохраненное и сканированное изображения, а также
изображение области этикетки. Область интереса на живом изображении
может быть скорректирована с помощью красного прямоугольника:
Красный прямоугольник можно перемещать путем перетаскивания. Чтобы
изменить размер области интереса, поместите курсор на край или границу
прямоугольника, нажмите левую кнопку мыши и удерживайте ее,
передвигая края или границы до получения нужного размера.
1 Примечание
Для достижения наилучших результатов красная рамка должна покрывать
весь слайд и некоторое пространство по периметру. Для обнаружения
пустых областей на слайде, для автоматической коррекции равномерности
освещения на стекле особенно важно, чтобы красная рамка не была
слишком маленькой (например, только вокруг ткани). В противном случае
образец может быть принят за пустую область. Это приведет к
недостаточной коррекции равномерности освещения. Если требуется
ограничить область обнаружения тканей, воспользуйтесь красным
фреймом в разделе Tissue Detection Settings (Настройки обнаружения
тканей) в следующем шаге. Не допускайте того, чтобы красный фрейм
затрагивал область этикетки на слайде.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются
в профиле! Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine
(Кассета), а также на отображение области образца в окне Magazine
(Кассета).510 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 710 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.8 Создание изображения с эталонной равномерностью освещения из
мозаичного изображения
Функция Shading Reference From Tile Image (Изображение с эталонной
равномерностью освещения из мозаичного изображения) используется для
создания изображений с эталонной равномерностью освещения. Эта
функция создает для каждого канала обработанного изображения отдельное
изображение с коррекцией равномерности освещения. Это изображение
можно напрямую сохранить в менеджере калибровки (Calibration manager).
Обратите внимание, что эта функция не обрабатывает изображения
покадровой съемки и изображения серии срезов по оси Z.
1 Примечание
Поскольку нам требуется свыше 300 мозаик, эта функция ограничивается
главным образом калибровкой с использованием объектива с
увеличением 20 и более крат. Остальные объективы (особенно с
увеличением 2.5х и 5х) требуют ручной калибровки во вкладке
Locate (Местоположение).
Необходимые предварительные условия ■ Создано изображение со всеми каналами, для
которых необходимо создать изображение с эталонной равномерностью
освещения. Хорошее эталонное изображение должно иметь свыше 300
мозаик на изображение/сцену.
■ Избегайте пере- или недоэкспонирования в результирующем изображении.
Если сигнал всего лишь очень тусклый, допускается использование функции
Multiply Factor (Множитель) или Autoadjust Intensity (Автонастройка
интенсивности), с помощью которых можно осветлить эталонное
изображение. В зависимости от типа камеры потребуется обеспечить
определенную степень покрытия динамического диапазона.
■ Для камеры Orcaflash покрытие должно составлять не менее 30% от
общего динамического диапазона. В противном случае результирующее
эталонное изображение не будет принято в качестве действительного
эталонного изображения. Для цветных камер, используемых для получения
светлопольных изображений, степень покрытия должна быть не менее 40%.
■ Помните, что изображение должно быть получено без использования
функции Shading correction (Коррекция равномерности освещения).
■ Использование флуоресцентных слайдов для создания флуоресцентных
эталонных изображений имеет несколько недостатков (например,
рассеянное распределение сигнала, обесцвечивание). Таким образом,
следует рассмотреть возможность использования для стандартных
флуоресцентных каналов (таких как DAPI, GFP, СуЗ) стандартного
гематоксилин-эозинового образца и применить автофлуоресценцию этого
образца.
Ш Поскольку рекомендуется выполнять сканирование без перекрытия, за
исключением остальных вышеуказанных настроек, для этой цели мастер
создания профилей (Smart Profile Wizard) предоставляет специальный
профиль. Откройте мастер создания профилей (Smart Profile Wizard),
выберите эталонные слайды (Reference Slides) и далее флуоресцентный
слайд (FL Slide) для коррекции равномерности освещения. Используйте этот
проф ил ь в качества проф иля запуска кал иб р овки д а н н о го типа.
■ Поскольку рекомендуется выполнять сканирование без перекрытия, за
исключением остальных вышеуказанных настроек, для этой цели мастер
создания профилей (Smart Profile Wizard) предоставляет специальный
профиль. Откройте мастер быстрого выбора профиля сканирования (Smart
Scan Profile Selection Wizard), выберите эталонные слайды (Reference
Slides) и далее флуоресцентный слайд (FL Slide) для коррекции
равномерности освещения. Используйте этот профиль в качества профиля
запуска калибровки данного типа,
Порядок действий 1 Откройте изображение в ПО ZEN.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) ] Ред. 1.0 на русском языке 511
--- стр. 711 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.1 Slidescan
Во вкладке Processing (Обработка изображений) под элементом
Method (Метод) откройте функцию Shading Reference From Tile Image
(Изображение с эталонной равномерностью освещения из мозаичного
изображения).
В инструменте Input (Входное изображение) откройте созданное
изображение.
2014_07_Mous...568.cii
■ Input Oehmtion Ш Set Input Autometicelty
i After proGesimg • Switch to Output
» Remain at current view
Задайте необходимые параметры. Подробное описание параметров см.
в разделе «Изображение с эталонной равномерностью освещения из
мозаичного изображения».
Если изображение содержит несколько сцен, независимо от методов
визуализации отобразится ползунок / счетчик.
512 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 712 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
В инструменте Output (Выходное изображение) укажите имя созданных
файлов (если файлы сохраняются непосредственно в менеджере
калибровки, то это никоим образом не повлияет на именование).
Функции аналогичны остальным функциям обработки изображений,
обеспечивающим возможность именования файлов в инструменте
Naming... (Именование...).
^ O u t p u t %/ Shc3w АЛ
C u s t o m O u t p u t N a m e ! C u s t o m O u t p u t N a m e ;
O v e r w r it e ф O v e r w r it e
C re a te N e w O u t p u t • C r e a te N e w O u t p u t
C u s to m O u t p u t N a m e :
# O v e r w r ite
• C re a te N e w O u t p u t
7 Для запуска функции обработки нажмите кнопку Apply (Применить).
♦
1 Примечание
Если изображение многоканальное и по крайней мере одному каналу
присвоен атрибут Skip Channel (Пропустить канал), в разделе Output
(Выходное изображение) по-прежнему будут отображаться все каналы
выбранного изображения.
19.1.2.9 Изображение с эталонной равномерностью освещения из мозаичного
изображения
С помощью метода Shading Reference from Tile Image (Изображение с
эталонной равномерностью освещения из мозаичного изображения) из
многоканальных мозаичных изображений можно создавать изображения с
эталонной равномерностью освещения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 513
--- стр. 713 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметры (светлопольное изображение)
Для обработки светлопольного изображения (Brightfield image) можно
выбрать следующие параметры:
Parameters ■ »/ S?K}w All
Settings - ж ^ ▼
!; JlAIIScenes v ■
J Selected Scene (1 i f ;
■ Save directly as Shading Reference
^ Channel-specific
Ш Autoadjust Intensity
i? Multiply Factor Я - —
1' ^ ■
Ш Apply Gaussian Filter
1.0 [ :
( Sigma -------------------
i ■
].,'j -
* fF- '' V
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и
кнопка-флажок АН Scenes (Все сцены) доступны только при обработке
многосценового изображения.
Параметры Описание
Save directly as
Shading
Reference
(Сохранить как
изображение с
эталонной
равномерностью
освещения)
Флажок установлен: программное обеспечение
создает изображение с эталонной равномерностью
освещения (Shading Reference) и сохраняет его
непосредственно в менеджере калибровки (Calibration
Manager).
Программное обеспечение не позволяет просмотреть
изоб ра ж е ни е перед сохр ан ен и е м , поэтом у
рекомендуется убрать флажок и выполнить эту
функцию. Система создаст эталонные изображения и
выведет их на экран. Если изображения имеют
хорошее качество, можно установить флажок и
повторно выполнить эту функцию.
514 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 714 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметры Описание
Обратите внимание, что после активации этой опции
необходимо ознакомиться с системными
сообщениями {под знаком «i» в нижней части
экрана). Если, к примеру, результирующее
изображение с эталонной равномерностью
освещения слишком тусклое, система не будет
использовать его в качестве действительного
изображения с эталонной равномерностью
освещения, что будет указано в системных
сообщениях. После успешного завершения импорта
базы данных эталонных сообщений отобразится
соответствующее системное сообщение!
Channel-specific
(Поканальное
выравнивание
освещенности)
Флажок установлен: программное обеспечение
выполняет поканальную коррекцию равномерности
освещения. В этом случае используемый блок
флуоресцентных фильтров сохраняется с файлом
равномерности освещения. Для этого учитываются
следующие компоненты:
Метод контрастирования и конденсатор,
флуоресцентный фильтр, увеличение; Объектив и
модуль Optovar; глубина цвета камеры и режим
RGB / ч/б, тип и расположение разъема камеры.
Флажок убран; система выполняет всеканальную
(АН Channel) калибровку и коррекцию равномерности
освещения, зависящую от используемого объектива.
Для этого учитываются следующие компоненты;
увеличение (объектив и модуль Optovar); глубина
цвета камеры и режим RGB/ч/б, тип и расположение
разъема камеры.
Multiply Factor
(Множитель)
Auto Adjust
Intensity
(Авторегулировка
интенсивности)
Здесь можно применить множитель, при этом
программное обеспечение умножит интенсивность
каждого пикселя изображения с эталонной
равномерностью освещения на указанную величину.
При использовании собственного образца в
большинстве случаев изображения получаются
очень тусклыми и интенсивность пикселей не
достигает значений, необходимых для
использования в менеджере калибровки
изображения с эталонной равномерностью
освещения, а значит, этот образец будет отклонен.
В случае активации этот параметр на основе
значений серого тона изображения автоматически
рассчитывает множитель и необходимые значения
серого для использования изображения в менеджере
калибровки изображения с эталонной
ра вн о м е рн остью освещ ения.
Если Auto Adjust Intensity (Авторегулировка
интенсивности) включен, параметр Multiply Factor
(Множитель) никак не влияет на создание
изображения.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 515
--- стр. 715 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметры Описание
Apply Gaussian
Filter
(Применить
фильтр Гаусса)
В случае активации фильтр Гаусса применяется после
усреднения видимых зон мозаичного изображения. Это
позволяет сглаживать изображение с эталонной
равномерностью освещения. Сигма-коэффициент
определяет силу сглаживания.
Используйте этот фильтр и сигма-коэффициент с
большой осторожностью, так как могут быть удалены
элементы, реальные равномерно освещенные
структуры. Рекомендуется использовать этот параметр
при малом, не способном увеличиться при
определенных обстоятельствах, количестве мозаик
сканированного изображения.
Параметры (многоканальное изображение)
Все параметры {см. описание выше) многоканального (например,
флуоресцентного) изображения могут настраиваться поканально.
Обратите внимание, что параметр Selected Scene (Выбранная сцена) и
кнопка-флажок АН Scenes (Все сцены) доступны только при обработке
многосценового изображения.
516 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 716 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметры
Adjust per
Channel
(Поканальные
настройки)
Описание
После аетивации можно регулировать настройки для
каждого канала в отдельности. Выберите Process
Channel (Обработать канал), чтобы использовать
канал, или Skip Channel (Пропустить канал), чтобы не
обрабатывать канал.
Настройки Save directly as Shading Reference
(Сохранить как изображение с эталонной
равномерностью освещения) и Channel-specific
(Поканальное выравнивание освещенности)
применяются отдельно для каждого канала. Если
необходимо использовать одинаковые настройки для
всех каналов, уберите флажок.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке 517
--- стр. 717 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.10 Настройки карты фокусировки (FL)
19.1.2.10.1 Регулировка настроек карты грубой фокусировки (FL)
В этом разделе приводятся способы регулировки настроек карты грубой
фокусировки (Coarse) в расширенном мастере создания профиля
сканирования (Advanced Scan Profile Wizard).
Back /4
Define settings for the creation of the fine and coarse focus map.
Coarse
AF
Find Focus
Smart 5etu|
О Light Path Settings
О Acx;uisition Mode
О Channels
О Software Autofocus
О Focus
■ Use adaptive focus point distribution
О Focus point distribution strategy set
Необходимые предварительные условия ■ В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в
разделе AF (Autofocus) Contrast Type Coarse (Контрастная грубая
автофокусировка) выбран элемент Channel (Канал).
Порядок действий 1 Запустите Smart Setup (Быстрая настройка) и укажите канал, который
необходимо использовать для фокусировки. Более подробно см.
раздел Smart Setup в интерактивной справке ZEN, Хороший канал для
грубой фокусировки отличается коротким временем экспозиции (для
минимизации обесцвечивания и сокращения времени фокусировки) и
очень важно, чтобы флуорофор был равномерно распределен по
образцу, благодаря чему программное обеспечение постоянно будет
обнаруживать сигнал, подходящий для фокусировки. После
выполнения настроек в Smart Setup программное обеспечение
автоматически рассчитает конфигурацию канала (Channel
configuration).
2 По умолчанию в качестве объектива грубой фокусировки система
укажет объектив, находящийся первым в револьверной головке
объектива. При необходимости объектив можно изменить в настройках
оптического пути (Light Path Settings). Для этого активируйте опцию
518 Руководство пользователя ZEN 2,3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 719 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Низкие значения интенсивности источника света даже при длительной
экспозиции обычно приводят к меньшему обесцвечиванию.
О Channels
СуЗ
V л 4- Focus
‘ elected lightsouroe Coiibri
LEDs ^/365 t470 : i 555
■ r .ir.Pfa Hamamatsu Camera
■ Tin: 20.000
Shift 50% t : Auto Exposure Setfx
I . Shading Correction Spedfic"^ Define
Rm M S Offset Z 0.00 pm
j Rxei ^hift X px i -
I
I Display Fluorescence_Auto_Besl-Fit » Set Erase
Следующий шаг — фокусировка образцов, настройка времени
экспозиции (Time) и значений интенсивности источника света. Для
просмотра живого изображения с камеры необходимо включить режим
Live (Живое изображение), а для получения единичного снимка всех
выбранных каналов — нажать кнопку Snap (Моментальный снимок).
Будьте внимательны во время работы в режиме Live, поскольку этот
режим может привести к обесцвечиванию образца. Осмотрительно
пользуйтесь этим режимом и, по возможности, используйте
репрезентативную область вне области сканирования.
Вы можете воспользоваться кнопкой Find Focus (AF) (Выполнить
автофокусировку) для выполнения автофокусировки с выбранным
(выделенным) каналом. При выключенной фокусировке и (или)
несоответствующем времени экспозиции следует воспользоваться
ручным управлением фокусировки (в разделе Focus (Фокусировка)).
520 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 720 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Возможно, вам также потребуется отрегулировать время экспозиции
разделе Channels/Time (Каналы/Время)) и (или) интенсивность
источника(-ов) света.
О Focus
Position 455000 pm Г-
9 Необязательно увеличивать экспозицию, охватывая тем самым весь
динамический диапазон камеры. Для отображения сигнала на экране,
даже если охватывается всего 5% диапазона, можно отрегулировать
кривую отображения на гистограмме,
10 После выполнения фокусировки время экспозиции можно
скорректировать вручную (в меню Channels/Time (Каналы / Время)) или
автоматически, нажатием кнопки Set Exposure (Установить
экспозицию). Время экспозиции будет определено так, чтобы охват
диапазона камеры соответствовал значению, установленному в опции
Shift (Сдвиг).
11 Следующий шаг — настройка программной автофокусировки (Software
Autofocus). Настройки элемента Quality (Качество) определяют тип
используемого алгоритма автофокусировки. Опция Range Coverage
(Диапазон перемещения) определяет, следует ли выполнять
автофокусировку по всей серии срезов по оси Z (Full) или только до
первого обнаружения локального максимума (Smart). Full — наиболее
надежный принцип, а Smart — быстрый. В режиме Full система может
обнаружить и два максимума. В опции Sampling (Дискретизация)
указывается шаг серии срезов по оси Z. Выбранное значение
отображается в поле Step size (Шаг) (доступный диапазон и размер
шага зависят от объектива и остальных оптических параметров). Для
объективов с кратностями увеличения 2.5х и 5х рекомендуемый размер
шага составляет приблизительно 20 мкм и приблизительно 15 мкм
для 10х. Опция Sharpness Measure (Определение резкости)
определяет, должны ли системы использовать для определения
автофокусировки усредненный контраст (Contrast) или интенсивность
(Intensity), или программное обеспечение должно автоматически
выбрать один из двух параметров (Auto).
12 Найдите текущую позицию по оси Z (в поле Position (Позиция), в нашем
случае — 4550 мкм). Позиция по оси Z должна находиться в диапазоне,
указанном в элементах Set First (Установить первую позицию) и Set
Last (Установить последнюю позицию). В нашем случае она идеально
располагается в этом диапазоне. В противном случае придется
отрегулировать диапазон. Можно увеличить количество срезов (в опции
Slices (Срезы)).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 521
--- стр. 721 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Это приведет к увеличению диапазона, при этом фокусировка займет
больше времени. Также диапазон можно расширить, изменив
параметры Set First (Установить первую позицию) и Set Last
(Установить последнюю позицию).
13 Следующий шаг — настройка набора стратегий распределения точек
фокусировки (Focus point distribution strategy set). Значение по
умолчанию (Number of points (количество точек) = 6) наилучшим
образом подходит для подавляющего числа образцов (в экранной
таблице отображается только один параметр, если требуется
отобразить и остальные параметры (при наличии таковых, например,
для Onion skin (Кожица лука)), дважды нажмите на элемент таблицы).
Исключением могут быть тканевые микропанели (Tissue Micro Arrays),
для которых рекомендуется использовать центр тяжести (Center of
gravity). Описание всех имеющихся стратегий представлено в разделе
аНабор стратегий распределения точек фокусировки» [► 574].
Use adaptive focus point distribution
О Focus point distribution strategy set
Support Point Distribution Strategy Parameter
Number of points 6
522 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 722 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
14 Для изменения набора стратегий распределения точек
фокусировки дважды нажмите на элемент списка. Появится окно, в
котором из выпадающего меню можно выбрать другую стратегию и
отрегулировать параметры данной настройки. При нажатии на кнопку
Modify (Изменить) будут применены изменения.
Modify focus point distribution strategy *
Information:
Strat^y: ^ r y Nth tile
Modify Cancel
Вы отрегулировали настройки для карты грубой фокусировки. Теперь
можно перейти к регулировке настроек для карты точной фокусировки в
том же шаге мастера.
19.1.2.10.2 Регулировка настроек карты точной фокусировки (FL)
В этом разделе приводятся способы регулировки настроек карты точной
фокусировки (Fine) в расширенном мастере создания профиля
сканирования (Advanced Scan Profile Wizard). Обратите внимание, что
сначала необходимо отрегулировать настройки карты грубой фокусировки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 523
--- стр. 723 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 SUdescan
5 Focir.. Map Settinas
Back /Ч
Define settings for the creation of the fine and coarse focus map.
Smart Setup
О Light Path Settings
О Acxiuisition Mode
О Channels
О Software Autofocus
О focus
Use adaptive focus point distribution
О Focus point distribution strate^ set
Необходимые предварительные условия Ш В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в
разделе AF (Autofocus) Contrast Type Fine (Контрастная точная
автофокусировка) выбран элемент Channel (Канал).
Порядок действий 1 Запустите Smart Setup (Быстрая настройка) и укажите канал, который
необходимо использовать для фокусировки. Более подробно о Smart
Setup см. раздел «Быстрая настройка». Для точной фокусировки (Fine
Focus) используйте тот же канал, что и для грубой фокусировки ,
(Coarse Focus). После настройки параметров Smart Setup
программное обеспечение автоматически рассчитает конфигурацию
канала (Channel configuration).
2 По умолчанию в качестве объектива точной фокусировки система
укажет объектив с кратностью увеличения 20х. В случае
необходимости вы можете изменить объектив в настройках оптического
пути (Light Path Settings). Для этого активируйте элемент Before
Experiment: Before Exp. (До эксперимента). Отобразится конфигурация
оптического пути. Выберите другой объектив и нажмите кнопку Go!
(Пуск). Система поместит выбранный объектив в оптический путь.
Обратите внимание, что для точной фокусировки следует
использовать тот же объектив, что и для сканирования.
524 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 724 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
В разделе Acquisition Mode (Режим получения изображений) измените
биннинг с 1x1 на 2x2 или выше, поскольку качество изображения для
фокусировки не важно. Это сократит время экспозиции и тем самым
минимизирует обесцвечивание и время фокусировки.
О Acqui&itkm Mode
Он iettm gs Iran-. Acf-
O Gain
V-.--
Mode
Live Speed S b n " '
lining
: : NIRMode
Resdkitton
Теперь переместитесь к образцу с помощью инструмента
Stage (Столик). Также можно нажать на слайд, отображаемый во
вкладке Navigation (Навигация), и программное обеспечение
переместит образец в выбранную позицию.
В разделе Channels (Каналы) перечислены все определенные каналы.
В случае выделения определенного канала аппаратное обеспечение
изменит оптический путь.
Для выбора эталонного канала для фокусировки (Focus Reference)
выделите нужный канал и нажмите на кнопку Focus Ref. Убедитесь, что
этот канал отмечен флажком, а все остальные каналы — нет. При
наличии двух источников света (например, Colibri.2 и НХР 120 V) можно
выбрать один, а также задать его интенсивность.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 525
--- стр. 725 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Низкие значения интенсивности источника света даже при длительной
экспозиции обычно приводят к меньшему обесцвечиванию.
О Channels
Focus Ref.
iч'А- ■ •'■ '.i’. "А - ■ ■
^elected Lighlsource
LEDs Vf 365 I 555
_____П -____ 50.0% ■:
: Camera ' f% Hamamatsu Camera
20.000
Shift 50% Auto Exposure Set Exposure
^ Shading Correction De5r>e
EM Gain
Z 0.00 pm
I Pixel Shift X 0 px Y O px
Display Ftuorescence_Auto_Best-rit Set Erase
Следующий шаг — фокусировка образцов, настройка времени
экспозиции (в меню Channels / Time {Каналы / Время)) и значений
интенсивности источника света. Для просмотра живого изображения с
камеры необходимо включить режим Live (Живое изображение), а для
получения единичного снимка — нажать кнопку Snap (Моментальный
снимок). Будьте внимательны во время работы в режиме Live,
поскольку этот режим может привести к обесцвечиванию образца.
Осмотрительно пользуйтесь этим режимом и, по возможности,
используйте репрезентативную область вне области сканирования.
Вы можете воспользоваться кнопкой Find Focus (AF) (Выполнить
автофокусировку) для выполнения автофокусировки с выбранным
(выделенным) каналом. При выключенной фокусировке и (или)
несоответствующем времени экспозиции следует воспользоваться
ручным управлением фокусировки (в разделе Focus (Фокусировка)).
526 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском язьте
--- стр. 726 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Возможно, вам также потребуется отрегулировать время экспозиции
(в разделе Channels/Time (Каналы/Время)) и (или) интенсивность
источника(-ов) света.
О Focus
Posfc i 455000 |*m :
9 Необязательно увеличивать экспозицию, охватывая тем самым весь
динамический диапазон камеры. Для отображения сигнала на экране,
даже если охватывается всего 5% диапазона, можно отрегулировать
кривую отображения на гистограмме.
10 После выполнения фокусировки время экспозиции можно
скорректировать вручную (в разделе Channels/ Time (Каналы/Время))
или автоматически, нажатием кнопки Set Exposure (Установить
экспозицию). Время экспозиции будет определено так, чтобы охват
диапазона камеры соответствовал значению, установленному в опции
Shift (Сдвиг).
11 Следующий шаг — настройка программной автофокусировки (Software
Autofocus). Настройки элемента Quality (Качество) определяют тип
используемого алгоритма автофокусировки. Опция Range Coverage
(Диапазон перемещения) определяет, следует ли выполнять
автофокусировку по всей серии срезов по оси Z (Full) или только до
первого обнаружения локального максимума (Smart). Full — наиболее
надежный принцип, а Smart — быстрый. В опции Sampling
(Дискретизация) указывается шаг серии срезов по оси Z. Выбранное
значение отображается в поле Step size (Шаг) (доступный диапазон и
размер шага зависят от объектива и остальных оптических параметров).
Для объективов с кратностью увеличения 20х рекомендуемый размер
шага составляет приблизительно 2 мкм. Опция Sharpness Measure
(Определение резкости) определяет, должны ли системы использовать
усредненный контраст (Contrast) или интенсивность (Intensity) для
определения автофокусировки, или программное обеспечение должно
автоматически выбрать один из двух параметров (Auto). В поле Range
(Диапазон) указывается диапазон поиска автофокусировки на основе
грубого фокуса, определенного в первом шаге. Если для грубой
фокусировки используется объектив с увеличением 2.5х, то для точной
фокусировки понадобится диапазон поиска до 250 мкм. Если
используется объектив с увеличением 5х или 10х, диапазон
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 527
--- стр. 727 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
поиска может уменьшиться до 80 мкм. Это также зависит от настроек
фокусировки и равномерности образца.
О Software Autofocus
Range Coverage Smart
';зтр1тд
Sharpr>ess Measure Contrast Intens'rty Auto
Autofocus Search Range
, . v Range 80.00 pm
Step Size 2.06 pm
346Z9
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон
фокусировки должен составлять 100 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 600 мкм.
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм) и
толщина образца около 10 мкм. При использовании только диапазона
точной фокусировки 60 мкм максимальная толщина образца может
составлять 50 мкм. Больший рабочий диапазон может привести к
повреждению объектива, а в худшем случае — к повреждению слайда.
12 Следующий шаг — адаптация набора стратегий распределения
точек фокусировки [► 574]. Значение по умолчанию (Onion skin
(Кожица лука) с плотностью — 0,1 и максимальным числом точек
фокусировки — 24; в таблице отображается только значение плотности
(Density), при необходимости отобразить и остальные параметры (при
наличии) дважды нажмите на элемент таблицы)
528 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 728 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
наилучшим образом подходит для подавляющего числа слайдов с
образцами большого размера. Исключением могут быть тканевые
микропанели (Tissue Micro Arrays), для которых рекомендуется
использовать центр тяжести (Center of gravity).
13 Для изменения набора стратегий распределения точек
фокусировки дважды нажмите на элемент списка. Появится окно, в
котором из выпадающего меню можно выбрать другой набор
стратегий распределения точек фокусировки и отрегулировать
параметры данной настройки. При нажатии на кнопку Modify
(Изменить) будут применены изменения.
Modify focus point distribution strategy
Information:
Strategy: Ewry Nth tile
Modify Cancel
19.1.2.11
Порядок действий
14 Для выполнения повторной проверки нажмите кнопку Find focus
(Выполнить фокусировку). Если все параметры настроены правильно,
система выполнит фокусировку образца, не выдавая никаких
предупреждений/сообщений об ошибках. При возникновении проблем
перепроверьте вышеуказанные настройки.
•
1 Примечание
Описанная процедура подходит для образцов с деталями равного
размера. Поскольку стратегия распределения точек фокусировки зависит
от размера деталей образца, система обладает возможностью так
называемого адаптивного распределения точек фокусировки. Более
подробно см. раздел «Адаптивное распределение точек фокусировки».
Настройка параметров сканирования для флуоресцентных профилей
1 Первый шаг — регулировка настроек оптического пути (Light Path
Settings). Настройка выполняется вручную или с помощью мастера
Smart Setup (Быстрая настройка), см. раздел «Быстрая настройка».
Рекомендуем использовать мастер быстрой настройки Smart Setup не
только потому, что он включает в себя двойные проверки, но также из-
за простоты использования. После запуска мастера Smart Setup
необходимо добавить используемые красители, дважды нажав на
красители в расширенном списке. После чего система предложит одну
или несколько возможных конфигураций. Количество вариантов,
предлагаемых системой, зависит от конфигурации аппаратного
обеспечения.
Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 529
--- стр. 729 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
При выборе определенной настройки (например, Best Signal
{Наилучший сигнал)) система автоматически примет настройки
оптического пути (Light Path Settings). Smart Setup позволяет
определить до четырех каналов. Если требуется определить более
четырех каналов, необходимо перейти в настройки оптического пути
(Light Path Settings) и вручную добавить дополнительные каналы.
О Light Path Settings
Before ЬфегтоепЬ Before Ьвр [DAP
Before OAPfc Before [DAPQ Smart
After DAPt After [DAHJ Smart
Before m o. Before (FITCI Smart
After m o After [HTq Smart Go!
After Experiment After Exp [DAPE FITQ Smart
l^revibus Next
А яоС м М 4/ CameraCh~ HfcadiHtf-
JTfamm. • Coibri/Coi.M O<»«l П
%4S50t»|Nn
Sti^ f-EociPs I
VfOosad
iPoai ^ao%
По умолчанию в качестве сканирующего объектива в настройках
оптического пути (Light Path Settings) система укажет объектив с
кратностью увеличения 20х. Чтобы сменить объектив, откройте
расширитель настроек олтического пути (Light Path Settings) и
активируйте элемент Before Experiment: Before Exp. (До эксперимента).
Отобразится конфигурация оптического пути. Напротив объектива с
кратностью увеличения 20х будет установлен флажок, поскольку это
значение по умолчанию. Если требуется использовать другой объектив,
выберите его и нажмите на кнопку Gol (Пуск). Система поместит
выбранный объектив в оптический путь.
530 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 730 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения устройства
В одном скане, а значит и в настройках сканирования {Scan Settings),
используйте только Colibri.2 или НХР 120. В Colibri переключатель
светодиодов и НХР не рассчитан на большое количество циклов.
1 Примечание
Чтобы сделать профиль более универсальным, можно выбрать больше
каналов, чем требуется на самом деле, а на последующих этапах можно
выбирать и отключать отдельные каналы.
1 Примечание
В случае замены объектива убедитесь, что для точной фокусировки вы
используете тот же объектив.
В разделе Acquisition Mode (Режим получения изображений)
расположены дополнительные настройки, которые установлены на
оптимальные уровни и не требуют вмешательства оператора.
Например, с целью минимизации обесцвечивания или даже
сокращения времени сканирования можно уменьшить значения
параметра времени экспозиции. Этого можно достигнуть усилением
сигнала камеры (если таковой имеется для определенной камеры) или
повышением биннинга. Однако следует отметить, что это уменьшит
разрешение и (или) повысит уровень шума в изображении.
О Acquisition Mode
C-el Settmas frcrr. Active Camera Grt 'TUeTSuS*^
О G«n
Analog Gain
live Speed Sloiv
Binnsng
Ш NIRMode
Rcsoiu^nn т ы ш
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 531
--- стр. 731 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Переместитесь к образцу с помощью инструмента Stage (Столик).
Также можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит
образец в выбранную позицию.
В списке раздела Channels (Каналы) отображаются все определенные
каналы. Чтобы включить/выключить любой канал, достаточно
установить/убрать соответствующий флажок. В случае выделения
определенного канала аппаратное обеспечение изменит оптический
путь. Здесь необходимо указать канал, используемый для сшивки
(Stitching). Этот канал будет отмечен меткой «Ref.». Для изменения
канала сшивки выделите канал и нажмите на кнопку Stitching Ref.
(Канал сшивки). Убедитесь, что выбранный канал сшивки включен.
Подходящим канал — это тот, в котором краситель равномерно
распределен по образцу (а значит, системе достаточно структур для
выполнения сшивки). Большие структуры с мелкими деталями
(например, цитоскелеты) предпочтительны, если равномерно
распределены по образцу. При наличии двух источников света
(например, Colibri.2 и НХР 120 V) из списка каналов
532 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 733 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
534
Необязательно увеличивать экспозицию, охватывая тем самым весь
динамический диапазон камеры. Для отображения сигнала на экране,
даже если охватывается всего 5% диапазона, можно отрегулировать
кривую отображения на гистограмме.
После выполнения фокусировки время экспозиции можно
скорректировать повторно (в разделе Time (Время)). Это можно
сделать вручную с помощью ползунка Time (Время) или автоматически
нажатием кнопки Set Exposure (Установить экспозицию). Время {
экспозиции будет определено так, чтобы охват диапазона камеры
соответствовал значению, установленному в опции Shift (Сдвиг).
Обязательно проверьте несколько областей образца (используя
элементы управления инструментов Navigator (Навигатор) или Stage
(Столик)), чтобы определить, имеют ли определенные области более
высокую концентрацию флуорофора. Повторите этот шаг для
определения времени экспозиции для всех остальных отмеченных
каналов.
Раздел Z-Stack Configuration (Конфигурация серии срезов по оси 2)
важен, если необходимо автоматически получить серию срезов по
оси Z с увеличенной глубиной резкости (EDF) или без нее. Такую
возможность следует рассматривать при использовании неровных или
очень толстых образцов. Обратите внимание, что, в зависимости от
объектива, конденсора и камеры, объектив Pian-Apo с кратностью
увеличения 20х имеет глубину фокусировки примерно 1 мкм, а
объектив Р1ап-Аро с кратностью увеличения 40х имеет глубину
фокусировки примерно 0,5 мкм. Неровность может быть результатом
неоптимально выполненных подготовительных процедур или
стремления пользователя просканировать толстые или цитологические (
образцы.
Наилучший способ оценить оптимальность настроек — перейти к
репрезентативной области образца, выполнить автоматическую
фокусировку размытого изображения до получения резкого
изображения первых структур и отметить Z-величину. Перемещайтесь
по всем образцам, пока последние области образцов в поле обзора из
резких не станут размытыми, и снова отметьте Z-величину. Разность Z-
величин составляет высоту серии срезов по оси Z. Рекомендуется
повторить эту процедуру для разных областей образца. В дальнейшем
будет использоваться наибольший диапазон по оси Z. Практические
исследования показали, что к установленному диапазону по оси Z
следует прибавлять 20%, поскольку автофокусировка не всегда
располагается точно в центре образца. Теперь на основе диапазона по
оси Z необходимо определить размер шага. Теоретически размер шага
находится в диапазоне между глубиной фокусировки и ее половинным
значением, таким образом, для объектива Р1ап-Аро с кратностью
увеличения 20х шаг будет равен 0,5-1,0 мкм. Однако это может
привести к большему числу шагов по оси Z и медленной скорости
сканирования. Если вы не хотите сохранять серию срезов по оси Z и
работаете с изображениями меньших размеров, можно активировать
увеличенную глубину резкости (EDF активна).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 734 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
При активной EDF программное обеспечение использует изображения,
полученные в разных плоскостях фокусировки, для каждого поля
изображения и объединит области сильнейшего контраста данных
изображений серии срезов по оси Z в изображение, которое содержит
участки максимального контраста всех изображений, записанных для
этого поля изображения. Этот метод гарантирует максимальную
глубину резкости. Настоятельно рекомендуется использовать
стандартные параметры, так как они наилучшим образом обеспечивают
требуемую глубину резкости. Подробное описание отдельных
параметров см. в справке к стандартным функциям EDF в ZEN.
Сканирование с EDF выполняется несколько быстрее аналогичного
сканирования с серией срезов по оси Z. Важно отметить, что
увеличенную глубину резкости также можно применить на
последующем этапе, однако если она применена в профиле, то в этом
случае серия срезов по оси Z не восстанавливается.
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон
фокусировки должен составлять 50 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 300 мкм.
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм).
Больший рабочий диапазон может привести к повреждению объектива, а в
худшем случае — к повреждению слайда.
10 Последний этап настройки — раздел Online Processing (Онлайн-
обработка). В этом разделе указывается режим выполнения сшивки:
онлайновый (Online), т. е. во время получения изображения,
автономный (Offline), либо сшивка не выполняется (None).
Стандартной настройкой является онлайновая сшивка, так как она
обеспечивает оптимальное время обработки слайда.
В автономном (Offline) режиме сначала выполняется сканирование, а
затем — сшивка. Эта процедура занимает больше времени, чем
онлайновая сшивка. Разница зависит от размера образца, т. е. чем
больше образец, тем автономный режим медленнее онлайнового.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 535
--- стр. 735 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.1 Slidescan
При обработке образцов малого размера разница во времени
обработки едва заметна. Если сшивку необходимо выполнить позже с
помощью измерительных функций ZEN или отдельной программы
после экспорта, допускается использование только режима None (Без
сшивки). Поскольку сшивка крайне важна для флуоресцентных
образцов, для малых образцов должен использоваться по крайней
мере автономный режим. В автономном режиме пользователь может
активировать функцию Fuse (Слияние). С помощью функции Fuse
(Слияние) система создает мозаику, тем самым улучщая
равномерность освещения.
Опция Pyramid active (Пирамида активирована) должна быть
постоянно включена, так как она ускоряет просмотр изображения. Тем
не менее пирамиду также можно создать позже. При открытии
непирамидального изображения определенного размера программное
обеспечение будет выводить запрос о необходимости создания
пирамиды.
Эти окончательные настройки позволяют оптимизировать сжатие во
время онлайновой обработки. Если опция JpegXR active (JpegXR
активна) отключена, изображение будет сохранено без сжатия. Если
установлен флажок JpegXR active (JpegXR активна), изображение
будет сохранено без потерь (Lossless compression), это значит, что
изображение будет сжато до такой степени, при которой исключается
потеря данных. Если установлен флажок Lossy compression (Сжатие с
потерями), сжатие всегда будет проходить с потерей данных. Если этот
флажок установлен, можно определить степень качества (Quality).
О (Mine Processing
* tch infiQuratJon
Online Offline
^ Pyramid active
^ JpegXR active
lossless compression U»sy compression
c m 85 :
536 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 736 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.12 Настройки карты фокусировки (BF)
19.1.2.12.1 Регулировка настроек карты грубой фокусировки (BF)
Define settings for tl№ creation of the fir>e and coarse focus map.
Coarse
О Camera
О Expc^re
О Postprocessing
О White Balarrce
О Objective
О Focus
■ Use adaptive focus point distribution
О Focus point distribution strategy set
О Sharpness measure set
Порядок действий 1 ПРИМЕЧАНИВ разделе Camera (Камера) выберите активную камеру,
Выбирайте здесь только цветную камеру Hitachi. Не выбирайте
монохромную камеру или AxioCamIC, так как профиль окажется
нерабочим!
В разделе Objective (Объектив) выберите соответствующий объектив.
В этом случае рекомендуем выбрать объектив с кратностью
увеличения 5х. Если таковой отсутствует, используйте объектив 10х
или 2.5х.
Переместитесь к образцу с помощью инструментов, размещенных в
нижней части окна. Можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит
образец в выбранную позицию. Для более точной навигации можно
воспользоваться виртуальным джойстиком во вкладке Stage (Столик).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 537
--- стр. 737 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
В главной части окна отображается живое изображение с камеры.
В разделе Focus (Фокусировка) нажмите кнопку Run Auto Focus
(Выполнить автофокусировку). Если система не сможет выполнить
автофокусировку, ее можно выполнить вручную, например с помощью
ползунка, расположенного рядом с виртуальным представлением серии
срезов по оси Z.
Как только образец окажется в фокусе, дважды проверьте, не слишком
ли светлое или темное изображение, правильный ли баланс белого.
Найдите текущую позицию по оси Z (в поле Position (Позиция), в
нашем случае — 4200 мкм). Позиция по оси Z должна находиться в
диапазоне, указанном в элементах Set First (Установить лервую
позицию) и Set Last (Установить последнюю позицию). В нашем случае
она идеально располагается в этом диапазоне. В противном случае
придется отрегулировать диапазон. Можно увеличить количество
срезов (в опции Slices (Срезы)). Это приведет к увеличению диапазона,
при этом фокусировка займет больше времени. Также диапазон можно
расширить, изменив параметры Set First (Установить первую позицию)
и Set Last (Установить последнюю позицию). Для параметра Interval
рекомендуются следующие настройки: 2.5х: 20 мкм; 5х: 20 мкм;
10х: 15 мкм.
7 Следующий шаг — адаптация набора стратегий распределения
точек фокусировки [► 574]. Значение по умолчанию (Number of points
(количество точек) = 6) наилучшим образом подходит для
подавляющего числа образцов (в экранной таблице отображается
только один параметр, если требуется отобразить и остальные
параметры (при наличии таковых, например, для Onion skin (Кожица
лука)), дважды нажмите на элемент таблицы).
538 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 738 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Исключением могут быть тканевые микроланели {Tissue Micro Arrays),
для которых рекомендуется использовать центр тяжести (Center of
gravity).
■ Use adaptive focus point distribution
О Focus point distribution strategy set
Support Point Distribution Strategy Parameter
Number of points 1 .Ж t " .......... - Ш :
ir
Для изменения стратегии дважды нажмите на элемент списка.
Появится окно, в котором из выпадающего меню можно выбрать другой
набор стратегий распределения точек фокусировки и
отрегулировать параметры данной настройки. При нажатии на кнопку
Modify (Изменить) будут применены изменения.
9 Последний шаг — настройка наборов измерения резкости [► 592].
В нашем случае Best (Наилучший) или Basic (Базовый) — самые
подходящие варианты для грубой фокусировки светлопольного
изображения.
10 Для выполнения повторной проверки нажмите кнопку Run Auto Focus
(Выполнить автофокусировку). Если все параметры настроены
правильно, система выполнит фокусировку образца, не выдавая
никаких предупреждений/сообщений об ошибках. При возникновении
проблем перепроверьте вышеуказанные настройки. Чтобы прервать
процесс фокусирования, нажмите кнопку Stop Auto Focus (Остановить
автофокусировку).
11 Следующим шагом по умолчанию будет регулировка настроек точной
фокусировки (Fine Focus).
1 Примечание
Описанная процедура подходит для образцов с деталями равного
размера. Поскольку стратегия распределения точек фокусировки зависит
от размера деталей образца, система обладает возможностью так
называемого адаптивного распределения точек фокусировки. Более
подробно см. раздел «Адаптивное распределение точек фокусировки».Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред, 1.0 на русском языке 539
--- стр. 739 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.12.2 Регулировка настроек карты точной фокусировки (BF)
Define settings for the creation of the fine and coarse focus map.
Coarse
О Camera
О Exposure
О Postprocessing
О White Balance
О Objective
О Focus
Use adapbve focus point distribution
О Focus point distribution strategy set
О Sharpness measure set
Необходимые предварительные условия ■ Предварительно отрегулированы настройки
грубой фокусировки (Coarse Focus), см. раздел Регулировка настроек
карты грубой фокусировки (ВР)[> 536]
Порядок действий 1 ПРИМЕЧАНИЕВ разделе Camera (Камера) выберите активную камеру. _____________
Выбирайте здесь только цветную камеру Hitachi. Не выбирайте
монохромную камеру или AxioCamIC, так как профиль окажется
нерабочим!
Выберите соответствующий объектив в разделе Objective (Объектив).
Это тот же объектив, который использовался бы для сканирования
образца.
Переместитесь к образцу с помощью инструментов, размещенных в
нижней части окна. Можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит
образец в выбранную позицию. Для более точной навигации можно
воспользоваться виртуальным джойстиком во вкладке Stage (Столик).
540 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 740 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
В главной части окна отображается живое изображение с камеры.
В разделе Focus (Фокусировка) нажмите кнопку Run Auto Focus
(Выполнить автофокусировку). Если система не сможет выполнить
автофокусировку, ее можно выполнить вручную, например, с помощью
ползунка, расположенного рядом с виртуальным представлением серии
срезов по оси Z. Если до этого была выполнена грубая фокусировка, а
программное обеспечение не определяет фокус, значит, параметры
точной фокусировки отрегулированы неправильно.
Как только образец окажется в фокусе, дважды проверьте, не слишком
ли светлое или темное изображение, правильный ли баланс белого.
Теперь необходимо настроить диапазон (Range). Можно изменить
интервал (Interval), но, как правило, значительных изменений не
требуется. Для параметра Interval рекомендуются следующие
настройки: 2.5х: 20 мкм; 5х: 8 мкм; 10х: 4 мкм; 20х: 2 мкм; 40х: 1,5 мкм,
при этом рекомендуется изменить количество срезов (Slices).
Конечный оптимальный диапазон зависит от нескольких параметров,
таких как число фокусных точек, ровность образца и объектив,
используемый для грубой фокусировки (Coarse Focus). Если для
грубой фокусировки используется объектив с кратностью увеличения
5х или 10х, диапазон поиска при точной фокусировке может составлять
приблизительно 70 мкм. Если для грубой фокусировки используется
объектив с кратностью увеличения 2.5х, диапазон поиска должен
составлять не менее 150 мкм.
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон
фокусировки должен составлять 100 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 500 мкм.
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм) и
толщина образца около 10 мкм. При использовании только диапазона
точной фокусировки 60 мкм максимальная толщина образца может
составлять 50 мкм. Больший рабочий диапазон может привести к
повреждению объектива, а в худшем случае — к повреждению слайда.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 541
--- стр. 741 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
7 С помощью параметра Offset (Сдвиг) к карте фокусировки можно
применить фиксированную величину сдвига (в мкм). Величина сдвига
будет прибавлена ко всем Z-величинам карты фокусировки.
Следующий шаг — адаптация набора стратегий распределения
точек фокусировки [► 588]. Значение по умолчанию (Onion skin
(Кожица лука) с плотностью — 0,1 и максимальным числом точек
фокусировки — 24; в таблице отображается только значение плотности
(Density), при необходимости отобразить и остальные параметры
(при наличии) дважды нажмите на элемент таблицы) наилучшим
образом подходит для подавляющего числа слайдов с образцами
большого размера. Исключением могут быть тканевые микропанели
(Tissue Micro Arrays), для которых рекомендуется использовать центр
тяжести (Center of gravity).
Ш Use adaptive focus point distribution
О Focus point distribution strategy set
Support Point Distribution Strategy
Onionskin
Parameter
0.1
Для изменения стратегии дважды нажмите на элемент списка.
Появится окно, в котором из выпадающего меню можно выбрать другой
набор стратегий распределения точек фокусировки и
отрегулировать параметры данной настройки. При нажатии на кнопку
Modify (Изменить) будут применены изменения.
542 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 742 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 SMdescan
10 Последний шаг — настройка наборов измерения резкости [► 592].
В нашем случае Best (Наилучший), Basic (Базовый), или HG 2^8 —
самые подходящие варианты для грубой фокусировки светлопольного
изображения. Последний алгоритм фокусируется больше на ядрах.
11 Для выполнения повторной проверки нажмите кнопку Run Auto Focus
(Выполнить автофокусировку). Если все параметры настроены
правильно, система выполнит фокусировку образца, не выдавая
никаких предупреждений/сообщений об ошибках. При возникновении
проблем перепроверьте вышеуказанные настройки. Чтобы прервать
процесс фокусирования, нажмите кнопку Stop Auto Focus (Остановить
автофокусировку).
1 Примечание
Описанная процедура подходит для образцов с деталями равного
размера. Поскольку стратегия распределения точек фокусировки зависит
от размера деталей образца, система обладает возможностью так
называемого адаптивного распределения точек фокусировки. Более
подробно см. раздел «Адаптивное распределение точек фокусировки».
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке 543
--- стр. 743 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.2.13 Настройка параметров сканирования для светлопольных профилей
6 Scan Settings
Define settings how to scan Oie specimen (scan гед'юп).
О Camera
О Е)ф05Уге
О fbst Processing
О White Balance
О Objective
О Focus
О Z-Stack Configuration
P Online Processirtg
Back /Ч
В разделе Camera (Камера) не переключайтесь на монохромную камеру
или AxioCamIC, так как профиль окажется нерабочим!
Необходимые предварительные условия ■ При использовании камеры Hitachi-HV-F202
можно выбрать глубину цвета изображения: 8-бит, 10-бит или 12-бит.
Обратите внимание, что глубина цвета свыше 8-бит приводит к
увеличению размера изображения.
О Camera
Adi^\. Camera
i66bx'l265~ 8i)it'
Порядок действий 1 В разделе Objective (Объектив) проверьте правильность
подключенного объектива. Следует использовать тот же объектив, что
использовался для точной фокусировки, или по крайней мере объектив
с меньшей кратностью увеличения.
О Objective
O fafectm
Configured , fij Plan-Apochromal 20хД).8 M27
544 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 744 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Переместитесь к образцу с помощью инструментов, размещенных в
нижней части окна. Можно нажать на слайд, отображаемый во вкладке
Navigation (Навигация), и программное обеспечение переместит
образец в выбранную позицию. Для более точной навигации можно
воспользоваться виртуальным джойстиком во вкладке Stage (Столик).
В главной части окна отображается живое изображение с камеры.
Для оценки качества изображения сначала необходимо выполнить
фокусировку (в разделе Focus (Фокусировка)). Этот раздел
предназначен только для фокусирования и не влияет на
фокусирование во время последующего сканирования, так как
настройки были выполнены в предыдущем шаге. Для выполнения
автоматической фокусировки воспользуйтесь кнопкой Run Auto Focus
(Выполнить автофокусировку). Во время выполнения автоматической
фокусировки прервать процесс фокусирования можно нажатием кнопки
Stop Auto Focus (Остановить автофокусировку).
О Focus
4 6 9 9 .7
3797 pm
HurTAuto Foojts
- '2\
Для корректировки баланса белого (White Balance) и времени экспозиции
(Exposure) переместитесь в область за пределами образца.
Воспользуйтесь кнопкой Measure and White Balance (Измерение и баланс
белого) в расширителе Exposure (Экспозиция) для автоматической
настройки экспозиции и баланса белого (при нажатии на кнопку Measure
(Измерить) программное обеспечение автоматически определит только
экспозицию). Если интенсивность определена неверно, экспозицию можно
настроить в расширителе Exposure (Экспозиция). Время экспозиции для
камеры регулировать нельзя, так как это фиксированное значение. Можно
изменять только настройки источника света. Поскольку система снабжена
светодиодной вспышкой, можно настроить длительность (Flash duration) и
интенсивность вспышки (Flash intensity). Длительность вспышки —
это длительность каждой вспышки, а интенсивность вспышки — это
интенсивность каждой вспышки. Интенсивность вспышки можно усилить
до 300%. Интенсивность вспышки позволяет выполнять очень точные
настройки результирующей интенсивности. Изменения длительности
вспышки определяют грубую настройку.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 545
--- стр. 745 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Выполнение ручной настройки рекомендуется начинать с интенсивности
вспышки равной приблизительно 250%, а длительность вспышки
регулировать до получения соответствующего сигнала и только после
этого по мере необходимости повышать интенсивность вспышки.
Measure and White Balance
Описание настроек для баланса белого и постобработки см. в общем
описании аналогичных функций в руководстве к ПО ZEN. В разделе Post
Processing (Постобработка) можно включить функцию Unsharp Mask
(Нерезкое маскирование). Нерезкое маскирование повышает контраст
результирующих изображений, однако, ее следует применять
осмотрительно во избежание неестественности изображения. Этот
инструмент может быть чрезвычайно полезен при увеличении 40х,
поскольку увеличение 40х приводит к передискретизации, а нерезкое
маскирование может выделить структуры. При усилении резкости скорость
сканирования слегка снижается. Равномерность освещения (Shading)
должна быть постоянно включена.
^ Enable Unsharp Mask
Strength
Radius
СЫог Mode luminance
В Auto Contrast
Contrast Tolcfarjce
^ Clip to Valid Bits
В разделе Post Processing (Постобработка) также можно включить
коррекцию цвета, подключив опцию Apply Color Profile (Применить
цветной профиль). Установив флажок On, выберите цветной профиль. По
умолчанию применяется цветной профиль srgb. Если программное
обеспечение не находит профиль, вероятно, цветной профиль был удален,
или калибровка цветов не была выполнена. В этом случае необходимо
повторно выполнить калибровку цветов с помощью мастера калибровки
Axio Scan (Axio Scan Calibration Wizard).
Apply Color Profile.
Color
Раздел Z-Stack Configuration (Конфигурация серии срезов по оси Z)
позволяет автоматически получить серию срезов по оси Z с увеличенной
глубиной резкости (EDF) или без нее. Такую возможность следует
рассматривать при использовании неровных или толстых образцов.
Обратите внимание, что, в зависимости от объектива, конденсора и
камеры, объектив Р1ап-Аро с кратностью увеличения 20х имеет глубину
фокусировки примерно 1 мкм, а объектив Р1ап-Аро с кратностью
увеличения 40х имеет глубину фокусировки примерно 0,5 мкм. Неровность
может быть результатом неоптимально выполненных подготовительных
процедур или стремления пользователя просканировать толстые или
цитологические образцы. Наилучший способ оценить оптимальность
настроек — перейти к репрезентативной области образца, выполнить
фокусировку размытого изображения до получения резкого изображения
первых структур и отметить Z-величину.
546 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 746 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Перемещайтесь по всем образцам, пока последние области образцов в
поле обзора из резких не станут размытыми, и снова отметьте Z-величину.
Разность Z-величин составляет высоту серии срезов по оси Z.
Рекомендуется повторить эту процедуру для разных областей образца. В
дальнейшем будет использоваться наибольший диапазон по оси Z.
Практические исследования показали, что к установленному диапазону по
оси Z следует прибавлять 20%, поскольку автофокусировка не всегда
располагается точно в центре образца. Теперь на основе диапазона по
оси Z необходимо определить размер шага. Теоретически размер шага
находится в диапазоне между глубиной фокусировки и ее половинным
значением, таким образом, для объектива Р1ап-Аро с кратностью
увеличения 20х шаг будет равен 0,5-1,0 мкм. Однако это может привести к
большему числу шагов по оси Z и медленной скорости сканирования. Если
вы не хотите сохранять серию срезов по оси Z и работаете с
изображениями меньших размеров, можно активировать увеличенную
глубину резкости (EDF активна). При активной EDF программное
обеспечение использует изображения, полученные в разных плоскостях
фокусировки, для каждого поля изображения и объединит области
сильнейшего контраста данных изображений серии срезов по оси Z в
изображение, которое содержит участки максимального контраста всех
изображений, записанных для этого поля изображения. Этот метод
гарантирует максимальную глубину резкости. Настоятельно
рекомендуется использовать стандартные параметры, так как они
наилучшим образом обеспечивают требуемую глубину резкости.
Подробное описание отдельных параметров см. в справке к стандартным
функциям EDF в ZEN. Сканирование с EDF выполняется несколько
быстрее аналогичного сканирования с серией срезов по оси Z. Важно
отметить, что увеличенную глубину резкости также можно применить на
последующем этапе, однако, если она применена в профиле, то в этом
случае серия срезов по оси Z не восстанавливается.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 547
--- стр. 747 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
ПРИМЕЧАНИЕ
Риск повреждения объектива
Исходя из рабочего расстояния объективов, максимальный диапазон
фокусировки должен составлять 50 мкм для Р1ап-Аро 40х, а для всех
остальных объективов допускается диапазон фокусировки менее 300 мкм.
Здесь учитывается толщина стандартного покровного стекла (170 мкм).
Больший рабочий диапазон может привести к повреждению объектива, а в
худшем случае — к повреждению слайда.
8 Последний этап проверки — раздел Online Processing (Онлайн-
обработка). В этом разделе указывается режим выполнения сшивки:
онлайновый (Online), т. е. во время получения изображения,
автономный (Offline), либо сшивка не выполняется (None).
Стандартной настройкой является онлайновая сшивка, так как она
обеспечивает оптимальное время обработки слайда. В автономном
(Offline) режиме сначала выполняется сканирование, а затем — сшивка.
Эта процедура занимает больше времени, чем онлайновая сшивка.
Р а з н и ц а з а в и с и т о т р а з м е р а о б р а з ц а , т . е . ч е м б о л ь ш е о б р а з е ц , т е м
автономный режим медленнее онлайнового. При обработке образцов
малого размера разница во времени обработки едва заметна.
Сшивка не применяется (None) только в тех случаях, когда ее
необходимо выполнить позже с помощью измерительных функций
ZEN или отдельной программы после экспорта.
548 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 751 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Обратите внимание, что по умолчанию сканирующим объективом для всех
пул-профилей выбран объектив с кратностью увеличения 20х, за
исключением двух профилей в разделе Reference slides (Эталонные
слайды) под соответствующими названиями. _____________________________
Эталонные слай д ы
Мастер калибровки проведет вас через процесс подбора подходящего
профиля для последующих изменений. Каждый вариант сопровождается
выбором отдельных опций. Чтобы выбрать необходимую опцию, дважды
щелкните по ней кнопкой мыши либо отметьте ее и нажмите кнопку
Next (Далее) внизу окна.
По завершении мастера выбранный профиль из пула профилей будет
скопирован в доступную пользователю папку. В ней можно выбрать
профиль в качестве профиля сканирования. В последнем шаге можно
изменить имя профиля и активировать опцию, которая запустит мастер
создания проф иля сканирования (Scan Profile Wizard) сразу после
м астера бы строго вы бора п роф иля сканирования (Smart Scan Profile
Selection).
Затем профиль можно изменить с помощью мастера создания профиля
сканирования (Scan Profile Wizard) или расширенного мастера создания
профиля сканирования (Advanced Scan Profile Wizard).
Мастер содержит раздел под названием Reference slides (Эталонные
слайды). Этот раздел содержит семь предустановленных профилей. Пять
из них используются для контроля качества.
На заводе просканированы два образца (если система имеет опцию
Polarization (Поляризация) —три образца):
1 BF 20х -> Образец BF 03 (почка крысы; гематоксилин-эозин) из набора
светлопольных образцов (474032-9010-000) при увеличении 20х (если
система снабжена объективом 20х);
2 BF 40х -> Образец BF 03 (почка крысы; гематоксилин-эозин) из набора
светлопольных образцов (474032-9010-000) при увеличении 40х (если
система снабжена объективом 40х)
3 FL 20х -> FluoCells® подготовленный слайд № 3 (почка мыши; F-24630)
при увеличении 20х (если система снабжена объективом 20х и
флуоресценцией);
4 FL 40х -> FluoCells® подготовленный слайд № 3 (почка мыши; F-24630)
при увеличении 40х (если система снабжена объективом 40х и
флуоресценцией);
5 Polarization 20х -> Образец POL 01 (коленный сустав крысы; Сириус
красный) из набора поляризационных образцов (474032-9020-000) при
увеличении 20х (если система снабжена поляризацией).
Таким образом, вышеуказанные образцы можно сканировать без внесения
изменений в эти профили. Оставшиеся два профиля предназначены для
специальных целей, касающихся коррекции равномерности освещения
для флуоресценции (более подробно см. разделы 4.8 [► 510] и 4.9 [► 512]).
19.1.3.3 М астер создания проф иля сканирования (онлайновы й)
В мастере создания профиля сканирования (Scan Profile Wizard) можно
изменять настройки существующих профилей сканирования.
552 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 752 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
& С 4П И оЛк: kVU iU il TW lHII»». «мг
иш Л9^т0> лПщ и',М
N w i> * » lh to i,i^ A # iw a id itf|K le w i« p ttiw ie le d e d ic B n ргоНе n » « » d !« tM p » o ^ w e ib m
te> 1м4 ■ ) ih (Ь* wIk М ш < П Н Р ftM w htlu № • иМ м Ши.
*1г5Г^* «и m m i
Тйпиг-
1 1*М Я*П>(^М |
I tunru^iAfM lb*
H V n M I .T - u ( i> k < ^ M » u a M n UIh M u a w t \ K M M w № W M u l M r U .e » ) * b K > C i * o n М л M l tilt* * /1 -их* : V . .
} r V n n H r r v A f ^ i l W n n
• 1 л я ( М 1 Ь « 1 т > № Х /и « ч
t tritnxNMWMtlPaKK'Dio^
PlrtwlKUhetbdiwtwAthogtncqunHfrofiteMl^pItanebaurdon. ; ч>.'~.Г
•^ r~ " •
Рисунок 19.4. Мастер создания профиля сканирования
Возможно редактирование следующих настроек:
Настройки светлопольны х проф илей
■ Определение расчетной сетки, если сетка является частью профиля.
■ Считывание штрихкодов.
■ Функция OCR (Оптическое распознавание символов).
■ Выбор сканирующего объектива.
■ Настройка интенсивности и длительности вспышки.
■ Параметры серии срезов по оси Z (включая автоматическое
определение числа срезов и интервала по толщине образца).
■ EDF (увеличенная глубина резкости).
Настройки ф луоресцентны х проф илей
■ Определение расчетной сетки, если сетка является частью профиля.
■ Считывание штрихкодов.
■ Функция OCR (Оптическое распознавание символов).
■ Выбор сканирующего объектива.
■ Включение/отключение каналов.
■ Определение канала сшивки.
■ Настройка времени экспозиции.
■ Настройка значений интенсивности источника света.
■ Параметры серии срезов по оси Z (включая автоматическое
о п р е д е л е н и е ч и с л а с р е з о в и и н т е р в а л а п о т о л щ и н е о б р а з ц а ) .
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 553
--- стр. 753 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
EDF (увеличенная глубина резкости).
19.1.3.4 Расширенный мастер создания профиля сканирования (онлайновый)
Это онлайновый мастер, таким образом, если кювета со слайдом еще не
размещена на столике, система извлечет ее из кассеты. Система будет
непрерывно транслировать живое изображение с соответствующих камер
(камеры предварительного просмотра / камеры сканирования), перемещая
при этом слайд в соответствии с командами оператора.
Этот режим важен, если требуется отрегулировать такие настройки, как
время экспозиции и области интереса, а также метки и области
предварительного просмотра. Это означает, что вы будете работать с
реальным стеклянным слайдом. В то же время этот режим может
занимать много времени, поскольку приходится перемещать реальный
стеклянный слайд. Если необходимо изменить настройки, которые не
связаны непосредственно с живым изображением, можно использовать
автономный расширенный мастер создания профиля (Advanced Profile
Wizard).
Так как настройки флуоресцентного и светлопольного профилей в этом
мастере отличаются, их описания приводятся в двух разделах.
АсКлпмчв W i/dK)
> lAb«< SC> nS«R*> ^
4 —
Ым>9«1« ttv o u g h Ф * W » d « е р * t o Ih # w ie c te d м я п p ro fto mni n w e A
o n Ш l y d w fo r l i U tino tM t piofif ft hAurt,
П к1вп«ш «а» • c««t < M W U H tc< tftnntton *im (W O cnton • ikjc
H m sc « J j u t t t h « n u m « » ( tq u ( 4 tk > n p o i ti ts Ы ttM s c a n p i o № o n th is
p a g e S u b w q w n t p a g e s b a s e d o n th o s e a d ju s tm e n ts
‘ С к м ч
Рисунок 19.5. Расширенный мастер создания профиля сканирования
554 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 754 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.1 Slidescan
19.1.3.4.1 Настройки флуоресцентных профилей
19.1.3.4.1.1 Глобальные данные
1 Примечание
Для доступа ко всем функциям и свойствам, описанным в этом разделе,
необходимо включить режим Show All {Показать все), установив флажок в
I верхнем правом углу левой области инструментов.
В разделе Global Data (Глобальные данные) можно определить
глобальные настройки профиля сканирования. Глобальные настройки
автоматически определяют работу мастера и последовательность
операций.
•/ihO«AI
i.il (ni;
р.-.т-..
FljCA„TwoCofc)is_BbeGrecnJWl - test gZpspf
Гкюге$с«кс ' СНЬ with Marter drtedioo with two Colors
Slue aixl Green / 2-stadc
T(S£ue Detechon
"D Recognition Type
based on ige born
Brightfield fluorescent»
Automat
Tissue
Scan can)
МагЬт
Af C o n t r a s t l-jp t C r
Co«hast "v; - Fine
Channel
Channel
Параметр
Описание
Описание
Next
Profile Отображает имя выбранного профиля сканирования.
(Профиль) Здесь имя отредактировать нельзя.
Отображает описание профиля сканирования. Имя
профиля содержит ограниченную информацию, здесь
м о ж н о в в е с т и д о п о л н и т е л ь н ы е д а н н ы е , в ы д е л и в
наиболее важные настройки профиля (например,
увеличение/настройки серии срезов по оси Z/настройки
карты фокусировки).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 555
--- стр. 755 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Profile Туре (Тип
профиля)
Tissue Detection
Mode (Режим
обнаружения
тканей)
- Automatic
(Автоматический)
- Interactive
(Интерактивный)
- Manually
(Вручную)
TD Recognition
Туре (Тип
распознавания
тканей)
- Marker (Маркер)
-Tissue (Ткань)
Здесь можно выбрать либо светлопольный
(Brightfield), либо флуоресцентный (Fluorescence) тип
профиля. Если выбран светлопольный профиль,
настройки контрастной автофокусировки (AF Contrast
Туре) отображаться не будут.
Здесь выбирается тип обнаружения тканей.
Пользователю доступны три режима;
В этом режиме система обнаруживает ткани
автоматически.
Это наиболее используемый режим (наряду с
Marker (Маркер)), поскольку он не зависит от вида
образца и его подготовки.
Если запущен пакетный файл, система
приостанавливает процесс и ожидает ввода данных
ручного определения областей интереса. Поскольку
система приостанавливает процесс сканирования до
завершения обмена данными, эту функцию следует
использовать очень внимательно.
В этом режиме в следующем шаге мастера можно
вручную определить область интереса для
сканирования или расчетную сетку. Выбирайте этот
режим, только если необходимо выбрать поднабор
тканей на слайде (в случае если ткань едва заметна),
система не может достоверно обнаружить образец или
образец имеет регулярную структуру на слайде.
Если вы используете данную функцию, то на всех
слайдах профиля определенные области будут
одинаковыми; таким образом, функция может
применяться только при фиксированной области
сканирования (например, мазки Папаниколау).
Функция недоступна, если включен ручной режим
обнаружения тканей.
Здесь необходимо выбрать между обнаружением
тканей по пороговым величинам (Tissue) и
использованием маркера (Marker) для обведения
образца вручную на лицевой стороне реального
слайда. В этом случае пороговое значение будет
использоваться для обнаружения маркера. Все, что
находится внутри этого маркера, будет отсканировано.
При выборе этого параметра система выполнит
сканирование просмотра с помощью отдельной
камеры предварительного просмотра.
556 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 756 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Позволяет определить для опции based on image
from {на основе изображения с) камеру, с которой
поступает входное изображение:
■ Preview cam (Камера предварительного
просмотра)
Создает изображение с помощью камеры
предварительного просмотра. Этот режим
создает изображения с низким разрешением,
специальные методы контрастирования не
используются.
Рекомендуем использовать этот режим, если
образец четко виден на слайде (например, при
очень толстом образце).
■ Scan cam (Камера сканирования)
Создает изображение с помощью камеры
сканирования и выбранного объектива с
контрастированием с помощью круговой
апертуры (RAC).
Рекомендуем использовать этот режим, если
исследуемый образец едва заметен (т. е. не
виден невооруженным глазом).
Параметр доступен только для флуоресцентных
профилей.
Здесь можно определить тип контрастирования,
который будет использоваться для грубой и точной
фокусировки.
AF Contrast Туре
Coarse & Fine
(Контрастная
грубая и точная
автофокусировка)
- Channel (Канал)
-RAC
Система будет использовать флуоресцентный
сигнал для выполнения фокусировки.
Наиболее подходит при флуоресцентном
контрастирующем окрашивании образца (например,
DAPI). Убедитесь, что флуоресцентный краситель
равномерно распределен по образцу; это позволит
системе обнаружить достаточное число сигналов в
точке фокусировки и обеспечит надежную
автофокусировку.
Система использует контрастирование с помощью
круговой апертуры (RAC) для выполнения
фокусировки.
Рекомендуется при отсутствии флуоресцентного
контрастирующего окрашивания и (или) крайней
подверженности флуорофоров к обесцвечиванию.
Он также предпочтителен при визуализации образца
с помощью метода светлопольного
контрастирования. Это означает, что при
использовании данного метода контрастирования
визуализация распластывания клеток не возможна.
19.1.3.4.1.2 Настройки сканирования этикеток
В разделе Label Scan Settings (Настройки сканирования этикеток) можно
выбрать параметры захвата области этикетки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 557
--- стр. 757 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slldescan
Back /N
Define settings to capture and interpret the label area.
C Label Orientation
О Camera
О Exposure
О White Balance
О Label Lamp
Q Recognition
Next >/
Область интереса в области этикетки обозначается красным
прямоугольником на живом изображении. Вы можете произвольно
изменять размер и положение фрейма для совмещения с этикеткой
используемого слайда. Захват области этикетки выполняется с помощью
отраженного света и отдельной камеры (AxIoCam 1С).
Рисунок 19.6. Область этикетки слайда (красный прямоугольник)
558 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 758 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Дополнительная регулировка настроек камеры и (или) источников света
обычно не требуется, поскольку эти заводские настройки по умолчанию
должны быть оптимальными. По этой причине подробное описание этих
настроек (Camera (Камера), Exposure (Экспозиция), White Balance
(Баланс белого) и Label Lamp (Лампа этикетирования)) в данном разделе
не приводится.
Параметр Описание
Label Orientation
(Ориентация
этикетки)
Здесь настраивается выравнивание этикетки на
слайде.
Изображение этикетки можно поворачивать на 90° по
часовой стрелке (CW) или использовать исходную
ориентацию (Original). Выбор параметра Use Barcode
Orientation (Использовать ориентацию штрихкода)
подразумевает наличие на слайде стикера со
штрихкодом. В таком случае программное
обеспечение определит ориентацию штрихкода и
применит ее к ориентации области этикетки
используемого слайда. Для использования этой
функции необходимо снабдить слайд этикеткой со
штрихкодом и в разделе Recognition (Распознавание)
включить опцию Barcode Recognition active
(Распознавание штрихкода аю-ивировано).
Вы также можете изменить ориентацию позднее в
программном обеспечении во время просмотра
слайдов. Если на всех слайдах этикетка повернута,
рекомендуется изменить ориентацию этикеток в этом
разделе.
Recognition
(Распознавание)
Здесь можно проверить распознавание штрихкода или
символов.
Если нажать на кнопку Test (Проверить), система
отобразит область интереса с заданной ориентацией и
выполнит распознавание штрихкода или OCR.
Результат отобразится в поле Recognized
(Распознано).
о Recognition
Lebci itmge Rccogneed;
fi^rcodr.
Type Inter 2ofS
Vekie020n2S8
OfienUtioni Right To Left
Angle Ш J02002
О Barcode
^ Barcode Recognition active
О Barcode types
О Orientation
О Options
О OCR
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 559
--- стр. 759 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Barcode
(Штрихкод)
OCR
(Оптическое
распознавание
символов)
Если установлен флажок Barcode Recognition active
(Распознавание штрихкода активировано), система
распознает штрихкод и сохранит информацию
штрихкода в виде метаданных в изображении.
Если требуется использовать информацию штрихкода
в имени изображения, необходимо применить
автоматическое именование и с помощью ключевого
слова “RecognizedCode (%N)” сделать штрихкод
частью имени изображения.
По умолчанию система проверяет все используемые
типы штрихкодов и все ориентации. Необязательно
определять особый штрихкод. Если этикетка содержит
два и более штрихкодов разного типа, рекомендуем
указывать конкретный тип искомого штрихкода. Для
активации определенного штрихкода откройте
расширитель Barcode types (Типы штрихкодов) и
активируйте только штрихкод, который необходимо
считать.
Обратите внимание, что функция OCR работает только
с английским текстом.
Наилучшим образом функция работает с отчетливо
напечатанными числами и (или) буквами. Рекомендуем
использовать OCR_A или OCR_B в качестве шрифтов
для OCR.
Не рекомендуем использовать в тексте нижние
подчеркивания (_) или специальные символы. Для
оптимизации качества распознавания можно выбирать
разные опции, но подойти должен и стандартный
параметр. Печатный текст должен иметь очень точную
ориентацию. Наклон текста после выполнения
ориентации изображения должен быть минимальным.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display '
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine
(Кассета).
19.1.3.4.1.3 Настройки сканирования просмотра
Вид и функции пользовательского интерфейса изменяются в зависимости
о т н а с т р о е к р а з д е л а G l o b a l D a t a ( Г л о б а л ь н ы е д а н н ы е ) . В с л е д у ю щ и х д в у х
разделах описываются две наиболее часто используемые настройки
сканирования просмотра (Preview Scan Settings) с использованием
объектива (предварительного сканирования) или камеры
предварительного просмотра (предпросмотра).
560 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 760 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.1.3.1 Сканирование просмотра с использованием объектива
(предварительного сканирования)
Баск /ч
D e fin e s e ttin g ? t o c a p tu r e th e s p e c im e n a re a .
F ir s t d r a w t h e r e g io n o f in te r e s t u n d e r t h e p r e v ie w c a m a n d
a fte r w a rd s d e f in e th e s e ttin g s o f th e p re s c a n .
Set up region of interest Setuppiescan
О C a m e ra
О E xp cxH jn e
О W h ite B a la n c e
О P re v ie w L a m p
N e x t V
Необходимые предварительные условия
■ 6 шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue Detection
Mode (Режим обнаружения тканей) должен быть включен либо
параметр Automatic (Автоматический), либо Interactive
(Интерактивный).
■ В разделе Tissue Recognition Type (Тип распознавания ткани) должны
быть активированы параметры Tissue (Ткань) и Scan cam (Камера
сканирования) опции based on image from (на основе изображения с).
С помощью этих настроек система выполнит сканирование просмотра с
использованием сканирующего объектива (известного как объектив
предварительного просмотра), а также выполнит грубую фокусировку.
Пользователю доступны следующие параметры:
Параметр Описание
Set up region После нажатия на эту кнопку вы можете использовать
of interest центральную область экрана для настройки области
(Настройка предварительного сканирования, изменяя позицию и
области размер красного фрейма области предварительного
интереса) сканирования. Так как предварительное сканирование
занимает намного больше времени, чем предпросмотр,
рекомендуем выбрать сравнительно небольшие области.
Set up prescan
(Настройка
предваритель
ного
сканирования
)
Позволяет настроить метод сканирования области
интереса с помощью функции предварительного
сканирования.
Можно выбрать либо RAC, либо флуоресценцию (канал).
Эти настройки зависят от настроек грубой фокусировки
(Coarse Focus) в разделе Global Data (Глобальные
данные). Если для грубой фокусировки задан параметр
RAC, предварительное сканирование выполняется с
использованием метода RAC; если задан параметр
Channel (Канал), предварительное сканирование
выполняется с использованием флуоресцентного
сигнала.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 561
--- стр. 761 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Настройки
камеры
(Camera
(Камера),
Exposure
(Экспозиция),
White Balance
(Баланс
белого))
Preview lamp
(Лампа
просмотра)
Этот принцип основан на связи предварительного
сканирования с грубой фокусировкой. Для выполнения
сфокусированного предварительного сканирования
системе необходима автофокусировка. Поскольку
автофокусировка уже выполнена с помощью
предварительного сканирования, то нет необходимости
выполнять следующие шаги по грубой фокусировке. По
этой причине грубая фокусировка будет отключена в
настройках карты фокусировки (Focus Мар Settings),
если включено предварительное сканирование,
Здесь задаются параметры получения изображения
для предварительного сканирования и настройки серии
срезов по оси Z (для автофокусировки). Поскольку
процесс создания параметров получения изображений
аналогичен процессу установки настроек фокусировки,
для получения более подробной информации см.
раздел настроек фокусировки.
Здесь можно регулировать настройки камеры и
освещения. Однако мы не рекомендуем изменять эти
параметры, чтобы гарантировать получение
воспроизводимых результатов. Настройки камеры
описываются в соответствующих разделах
интерактивной справки ZEN. Изменить камеру
просмотра нельзя, потому что это постоянный
параметр.
Здесь можно отрегулировать интенсивность лампы
просмотра для области образца (проходящий свет).
Настоятельно рекомендуем не изменять установленное
значение.
19.1.3.4.1.3.2 Сканирование просмотра с камерой просмотра
Необходимые предварительные условия
562 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 762 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
■ В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue Detection
Mode (Режим обнаружения тканей) должен быть включен либо
параметр Automatic (Автоматический), либо Interactive
(Интерактивный).
■ В разделе Tissue Recognition Type (Тип распознавания ткани) следует
нажать на кнопки Tissue (Ткань) и Preview cam (Камера просмотра)
опции based on image from (на основе изображения с).
Или:
■ В шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue Detection
Mode (Режим обнаружения тканей) должен быть включен параметр
Manually (Вручную).
■ В разделе Tissue Recognition Type (Тип распознавания ткани) следует
нажать на кнопку Marker (Маркер).
Во всех случаях система выполняет предварительный просмотр с
помощью отдельной камеры просмотра и создает изображение просмотра
(предварительного просмотра) посредством моментального снимка.
Параметр
Camera
(Камера),
Exposure
(Экспозиция),
White Balance
(Баланс
белого)
Preview lamp
(Лампа
просмотра)
Описание
Здесь можно регулировать настройки камеры и
освещения. Однако мы не рекомендуем изменять эти
параметры, чтобы гарантировать получение
воспроизводимых результатов. Так как элементы
управления аналогичны стандартным элементам
управления ZEN, более подробно см. соответствующие
разделы интерактивной справки ZEN. Изменить камеру
просмотра (опция Camera) нельзя, так как это
постоянный параметр.
Здесь можно отрегулировать интенсивность лампы
просмотра для области образца (проходящий свет).
Настоятельно рекомендуем не изменять установленное
значение.
19.1.3.4.1.4 Настройки обнаружения тканей
Вид настроек обнаружения тканей (Tissue Detection Settings) зависит от
настроек, сделанных в первом шаге мастера в разделе Global Data
(Глобальные данные). В следующих разделах описываются четыре
возможных варианта настроек.
1 Примечание
Вы можете реализовать собственный алгоритм обнаружения тканей и
интегрировать его в рабочий процесс, более подробно см. раздел
Реализация собственного алгоритма обнаружения тканей [► 505].
19.1.3.4.1.4.1 Вариант А. Автоматический режим / На основе порогового значения
Необходимые предварительные условия ■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные
данные) в разделе Tissue Detection Mode (Режим обнаружения тканей)
вы выбрали опцию Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали
кнопку Tissue (Ткань), настройки обнаружения тканей имеют
следующий вид:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 563
--- стр. 763 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
4 T issr
Back Хч
Define settings to detect the region to be scanned within the
specimen area.
Mode: Automatic
Method: Threshold based
Settings ___
Region dilation size: 600
Specimen:
Automatic
J
*/ live update
▼
Mm region size: 325 ? ;
Air border dilate: 10
Over the peak factor; 2.S
Max elongation: 8
Reset
Soft order , Right Left Top Bottom
Область интереса для обнаружения тканей
1 Примечание
Если вы создали собственные области, убедитесь, что они содержат
ткани. Пустая область может привести к созданию неточной карты
фокусировки, так как программное обеспечение будет использовать всю
начерченную область для создания стратегии распределения точек
фокусировки.
564 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 764 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Красный прямоугольник на живом изображении в центральной области
экрана представляет собой область интереса для обнаружения тканей.
Сканируются только области, находящиеся внутри области интереса.
Остальные области, расположенные вне области интереса и (или)
соприкасающиеся с ней. игнорируются. Чтобы изменить размер области
интереса, необходимо скорректировать размер красного прямоугольника.
•
1 Примечание
Если два или несколько объектов расположены очень близко друг к другу
и поэтому выглядят как один объект, возможно, имеет смысл разделить
эти объекты с помощью функции Split (Разделение), доступной в
контекстном меню после нажатия правой кнопкой мыши.
Если нажать на кнопку Test (Тест), программное обеспечение выполнит
введенные параметры и отобразит результаты в средней области окна.
Обнаруженные объекты (каждый объект — это единичная сцена) будут
обозначены зеленой границей.
Все объекты перечислены во вкладке Graphics (Графические элементы).
Вы можете удалять объекты и добавлять новые. Однако результат будет
действителен только для данного слайда.
Чтобы активировать непрерывное обновление данных, установите флажок
Live update (Автоматическое обновление). Обратите внимание, что после
изменения параметра обновление может занять несколько секунд. Ниже
приведено описание основных параметров этого шага:
Параметр
Mode & Method
(Режим и
метод)
Описание
Здесь отображается режим и метод обнаружения
тканей, выбранные в разделе Global Data (Глобальные
данные).
Region dilation
size (Величина
расширения
области)
Здесь можно ввести расстояние от обнаруженной ткани
до обрамляющей ее границы.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 565
--- стр. 765 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.1 Slidescan
Параметр Описание
Specimen
(Образец)
Min region size
(Мин. размер
области)
Air border dilate
(Величина
расширения
воздушной
границы)
Over the peak
factor (Над пик-
фактором)
Max elongation
(Макс.
удлинение)
Здесь пороговые величины определяют верхнюю и
нижнюю границы образца. Чтобы перемещать границы
вверх и вниз, щелкните по одной из них и нажмите
правую кнопку мыши. Если режим Live update
(Автоматическое обновление) включен, результат
будет отображаться с определенной задержкой слева
от центра экрана. Верхняя граница (правая сторона) —
это граница светлых красителей, а нижняя граница
(левая сторона) — это граница влияния на темные
красители. Таким образом, при перемещении правой
стороны вправо выделяются светлые красители. При
перемещении левой стороны влево выделяются
темные красители.
Здесь можно ввести минимальный размер области
сканирования. Система не будет обнаруживать
области, если они меньще установленного значения.
Воздушная граница — это граница вокруг реального
стеклянного слайда, т. е. пространство за пределами
стеклянного слайда, ограниченное красным фреймом.
Это значение определяет степень расширения
воздушной границы. Все, что находится внутри этой
расширенной воздушной границы, не будет распознано
какткань/маркер. Этот параметр гарантирует, что края
слайда и покровного стекла не будут определены как
области, подлежащие сканированию.
Этот параметр отображается, только если установлен
флажок Automatic (Автоматически).
Он определяет расстояние между пиком стеклянного
слайда и верхним пороговым значением для
обнаружения образца. Таким образом, если установлен
флажок Automatic (Автоматически), верхнее значение
будет определено автоматически.
Эта настройка важна при удалении краев покровного
стекла. Края покровного стекла представляют собой
структуры с большим коэффициентом отношения
длинной стороны к короткой. Это означает, что любая
структура, у которой соотношение длинной стороны к
короткой превышает установленное значение, будет
исключена.
Reset (Сброс) Возвращает настройки к значениям по умолчанию.
Задав соответствующие настройки, вы можете сохранить их нажатием на
кнопку New (Новый) в Options (Опции) раздела Settings (Настройки). Вы
можете использовать сохраненные настройки в другом профиле, выбрав
соответствующий элемент выпадающего списка. Необязательно сохранять
эти настройки отдельно, так как они сохраняются в профиле. Их
необходимо сохранять только в том случае, если они будут
использоваться в другом профиле.566 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 766 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Порядок сортировки в разделе Sort Order (Порядок сортировки) вы можете выбрать схему
сортировки (нумерации) обнаруженных объектов (областей/сцен).
Чтобы применить выбранную схему, нажмите на кнопку Sort
(Сортировать). Для выбора доступны восемь разных схем. Первый
элемент списка (например, Left Right (Слева направо)) осуществляет
сортировку по первой схеме, второй элемент списка (например, Тор
Bottom (Сверху вниз)) — по второй схеме.
Пример 1. Слева направо / сверху вниз
Первая схема сортировки — слева направо (красная стрелка), вторая
схема сортировки — сверху вниз (зеленая стрелка):
00 000
0 0 0 0 0
Пример 2. Сверху вниз / слева направо
Первая схема сортировки — сверху вниз (красная стрелка), вторая схема
сортировки — слева направо (зеленая стрелка):
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 567
--- стр. 767 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
0 0 000
о 0 00 0
19.1.3.4.1.4.2 Вариант В. Автоматический режим / Распознавание маркера
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию
Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали на
кнопку Marker (Маркер), настройки обнаружения тканей будут иметь
следующий вид;
568 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 768 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Настройки ограничиваются пороговой величиной маркера (сопоставимой с
пороговой величиной ткани, описанной выше). Единственным
дополнительным регулируемым параметром является минимальный
размер области (Win region size), чья функция аналогична описанной в
варианте А.
Обратите внимание, что параметр создания порядка сортировки (Sort
Order) и кнопка Sort (Сортировать) имеют одинаковую функцию,
описанную в варианте А.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 569
--- стр. 769 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Если вы используете маркер на реальном стеклянном слайде, убедитесь,
что выделенные области содержат образцы. Пустая область может
привести к созданию неточной карты фокусировки, так как программное
обеспечение будет использовать всю отмеченную область для создания
стратегии распределения точек фокусировки.
______________________________
19.1.3.4.1.4.3 Вариант С. Ручной режим / Создание графических элементов
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь
следующий вид:
г. .а»- ^^ ' 1 lif-С ]
Back /ч
Define settings to deled the region to be scanned within the
specimen area.
Mode: Manually
* draw graphics use grid definition
Sort orden Right Left Top Bottom
Создание областей обнаружения тканей вручную
Выбрав опцию draw graphics (создать графические элементы), вы можете
вручную создавать области внутри области интереса. Для создания
областей вы можете использовать инструменты вкладки Graphics
(Графические элементы) в опциях общего вида центральной области
экрана. Создание областей в целом аналогично аннотированию
изображений в ПО ZEN. Созданные области сохраняются и используются
на протяжении всего времени применения профиля, следовательно, эта
опция может использоваться только при точном определении областей на
слайде (например, мазки Папаниколау).
Обратите внимание, что параметр создания порядка сортировки (Sort
Order) и кнопка Sort (Сортировать) имеют одинаковую функцию,
описанную в варианте А.
570 Руководство пользователя ZEN 2.3 {blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 770 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 SMdescan
1 Примечание
Если требуется выделить едва заметный образец, для изменения
настроек отображения (в частности, посредством корректировки кривой
гамма-распределения) можно воспользоваться кривой отображения
(Display curve) что позволит увидеть даже неокрашенный образец
приемлемой толщины.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine
(Кассета), а также на отображение области образца в окне Magazine
(Кассета).
19.1.3.4.1.4.4 Вариант D. Ручной режим / Определение расчетной сетки
Необходимые предварительные условия
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 571
--- стр. 771 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию
Manuaily (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь
следующий вид:
Выбрав опцию use grid definition (использовать определение расчетной
сетки), вы можете определить ее с помощью прямоугольников или
окружностей обычного шаблона опции Element Types (Типы элементов).
Контрольной точкой для данной сетки является верхний правый угол
области образца (красный прямоугольник). По ней вы можете определить
смещение от верхнего левого угла по оси X (А) и Y (В) в мм, а также шаг
сетки по оси X (С) и Y (D).
На основе выбранной геометрической формы (окружность или
прямоугольник) вы можете определить радиус или размеры по оси X (F) и
по оси Y (Е). Число элементов по оси X (в этом примере: 6) и по оси Y
(в этом примере: 3) определяет количество элементов.
572 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 772 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.1.5
Сетка создается с помощью кнопки Create (Создать). Сетка отобразится
поверх изображения. Ручная настройка сетки может быть выполнена
таким же способом, что и настройка стандартных графических элементов
b HOZEN.
Обратите внимание, что параметр создания порядка сортировки (Sort
Order) и кнопка Sort (Сортировать) имеют одинаковую функцию,
описанную в варианте А.
Настройка карты фокусировки
5 focus М С'Р SettincjS
Back >ч
Define settings for the creation of the fir>e and coarse focus шар.
Coarse
О Camera
О Exposure
О Postprocessing
О Objective
О Focus
IS Use adaptive focus point distribution
О Focus point distributton strategy set
■ 1
О Sharpness measure set
.:..г
Соответствующие настройки карты фокусировки (Focus Map Settings)
важны для достижения хорошего качества фокусировки по всей площади
образца. Карта фокусировки создается в два этапа:
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 573
--- стр. 773 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
■ С помощью объектива с малым увеличением создается карта грубой
фокусировки. Для карты грубой фокусировки требуется всего несколько
точек фокусировки. Для выполнения грубой фокусировки рекомендуем
использовать объектив Fluar с увеличением 5х, поскольку смещение
между объективом 5х и сканирующим объективом (главным
образом 20х) минимально.
■ С помощью объектива с большим увеличением (обычно сканирующего
объектива) создается карта точной фокусировки. В этом случае
требуется больше точек фокусировки, число которых обычно
определяется плотностью. Карта точной фокусировки составляется на
основе карты грубой фокусировки.
Фокусировка не является традиционной автофокусировкой, которая
должна точно достичь самой резкой Z-величины. Система получит серию
срезов по оси Z (определяемую в следующем шаге) и рассчитает кривую
по значению фокусирования (например, значению контраста). Эта кривая
используется для определения пикового значения. Это позволяет охватить
большой диапазон с сохранением быстрой фокусировки.
Если профиль сконфигурирован так, что включает в себя предварительное
сканирование (сканирование с объективом), то грубая фокусировка
(Coarse focus) отключается, поскольку она выполняется во время
предварительного сканирования области интереса.
Так как настройки вкладок Camera (Камера), Exposure (Экспозиция), Post
Processing (Постобработка). Objective (Объектив) и Focus (Фокусировка)
описываются в соответствующих разделах интерактивной справки ПО ZEN,
далее будут описаны только специальные настройки ZEN slidescan.
Также рекомендуем ознакомиться с нижеуказанными разделами с
подробными инструкциями по настройкам фокусировки:
■ Регулировка настроек карты грубой фокусировки (FL) [► 517].
■ Регулировка настроек карты точной фокусировки (FL) [► 522].
19.1.3.4.1.5.1 Набор измерения резкости
Параметр Описание
Basic Автофокусировка осуществляется на основе контраста,
(Базовый) поэтому алгоритм ориентирован на наивысшее ,
значение контраста в серии срезов по оси Z. Это
простая, но быстрая автофокусировка.
Best Автофокусировка также осуществляется на основе
(Наилучший) контраста, поэтому алгоритм ориентирован на
наивысшее значение контраста в серии срезов по оси
Z. Данный тип фокусировки несколько медленнее, чем
Basic (Базовый), но точнее для определенных
образцов. Обратите внимание, что Best (Наилучший) не
всегда означает, что этот алгоритм лучше, чем Basic
(Базовый), поскольку зависит от вида ткани/образца.
574 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 774 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
FFT
HG2*8
Эта настройка автофокусировки использует
алгоритм преобразования Фурье, определяющий
наилучшее значение фокусировки. Этот алгоритм
медленнее остальных алгоритмов и должен
использоваться только в случаях контрастирования
с помощью круговой апертуры. Он не подходит для
стандартного светлопольного контрастирования или
флуоресценции, так как выполняет поиск двух
контрастных пиков и локального минимума между
ними.
Это усовершенствованный алгоритм по сравнению с
Basic (Базовый) и Best (Наилучший). Этот алгоритм
в меньшей степени ориентирован на большие
окрашенные структуры и в большей — на малые
локальные структуры, а значит, данный алгоритм,
например, больше фокусируется на ядрах, чем на
неокрашенных структурах (например, красители,
используемые в иммуногистохимии).
С учетом текущего состояния оценки это означает,
что подойдет для автофокусировки, когда
необходимо сконцентрироваться на ядрах.
Недостаток: увеличивается масса загрязнений,
из-за чего данный алгоритм следует
использовать только для точной, а не грубой
фокусировки.
Contrast Power
(Степень
контрастирования)
Этот алгоритм сопоставим с алгоритмом HG 2'^8.
19.1.3.4.1.5.2 Набор стратегий распределения точек фокусировки
1 Примечание
Набор стратегий распределения точек фокусировки применяется к каждой
сцене, т. е. как отдельный обнаруженный объект в каждой сцене. Если
выбрать шесть фиксированных точек для грубой фокусировки,
программное обеспечение создаст в каждой сцене шесть фокусных точек.
Некоторые наборы стратегий распределения точек фокусировки
снабжены дополнительной кнопкой-флажком Prefer border (Предпочитать
границу). Если установить этот флажок, система разместит больше точек
фокусировки на границе обнаруженного образца. Это целесообразно в том
случае, если граница образца имеет по сравнению с остальными частями
объекта близкие фокусные значения.
Если настройка Density (Плотность) является частью набора стратегий
распределения точек фокусировки, эта величина определяет
процентное соотношение сгенерированных точек фокусировки и общего
числа мозаик объекта (например, если объект состоит из 2 000 мозаик и
этот параметр установлен на 0,1 (= 10%), система сгенерирует 200
фокусных точек). Поскольку для больших объектов создается особенно
много фокусных точек (обратите внимание, большое количество фокусных
точек не всегда автоматически обеспечивает высокое качество
фокусировки), мы рекомендуем определить максимальное количество
фокусных точек (макс, число).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 575
--- стр. 775 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Если вы используете автоматическое обнаружение тканей и определяете
величину расширения границы, система вычтет величину расширения до
распределения фокусных точек, исключив тем самым размещение
фокусных точек в зоне расширения. Это применимо только к
автоматическому обнаружению тканей.
Чтобы гарантировать размещение фокусных точек внутри ткани, система
отодвинет фокусные точки от границы на определенное число видимых
зон. Это значение корректируется в меню Tools | Options ...I Acquisition |
Axio Scan ] Minimum Margin of focus point distribution in tile(s)
(Инструменты | Опции | вкладка Получение изображений ] расширитель
Axio Scan I Минимальный предел при распределении точек фокусировки в
мозаиках). Значение по умолчанию — 1. Это обеспечивает очень хорошие
результаты при использовании разнообразных образцов. Обратите
внимание, что в программном обеспечении ZEN 2012 slidescan и ZEN 2012
slidescan SP2 значением по умолчанию являлось «2» (и постоянным
неотображаемым параметром).
Параметр
Onion skin
(Кожица лука)
Описание
Это схема плотности фокусировки. Результирующие
фокусные точки отображаются в виде слоев кожицы
лука, при этом обеспечивается равномерное
распределение, а также достаточное количество
фокусных точек особенно на границе. Это стандартная
настройка карты точной фокусировки. Этот параметр
представляет собой плотность со стандартной
настройкой 0,1. Это означает, что 10% от общего числа
видимых зон используются в качестве точек фокусировки
для расчета фокальной поверхности. При использовании
больших образцов это число может значительно
увеличиться, но большое количество фокусных точек не
всегда автоматически гарантирует качественный расчет
фокальной поверхности. По этой причине пользователь
также может определить максимальное число фокусных
точек. Обычно это число находится в диапазоне от 24 до
36 точек. Эта стратегия распределения точек
фокусировки рекомендуется для средне- и
большеразмерных объектов.
Пример (плотность: 0,1; макс, число; 24):
Every Nth tile Система разместит расчетную сетку поверх образца с
(Каждая п-я указанным расстоянием (N) между двумя фокусными
мозаика) точками в полях обзора камеры по оси X и оси Y.
576 Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 776 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Это четко определенный метод создания фокусных
точек. При создании большего количества фокусных
точек потребуется больше времени на создание карты
фокусировки. Эта стратегия распределения точек
фокусировки рекомендуется для объектов средних и
малых размеров.
Пример: (каждая 5-я мозаика);
а t. ф
й • « • к . « «
V * 9 * 9 • « '•
i“ 9 к • : • • .
— ....
Every tile Система будет фокусироваться на каждой мозаике.
{Каждая Занимает исключительно много времени при обработке
мозаика) сканов с большим увеличением и (или) больших
образцов, однако, обеспечивает наилучшие результаты
для крайне неровных образцов.
Number of focus
points {Число
фокусных
точек)
Density
{Плотность)
Здесь пользователь указывает постоянное число
фокусных точек на объект (сцену). Настройка по
умолчанию для грубой фокусировки составляет шесть
фокусных точек на сцену.
Пример (п = 24):
Плотность схожа с плотностью «кожицы лука», разница
состоит в том, что структура не распределяется
аналогично слоям кожицы лука. Распределение по
образцу/сцене более равномерно. Эта настройка также
может использоваться для
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 577
--- стр. 777 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Grid cell size
(Размер ячеек
расчетной
сетки)
Center of
Gravity (Центр
тяжести)
определения максимального числа фокусных точек.
Создание этой карты фокусировки — случайное (как
видно из примера), поэтому схема Onion skin (Кожица
лука) предпочтительнее, чем Density (Плотность).
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
Чтобы разместить фокусные точки на фокальной
поверхности, данная настройка устанавливает
фиксированную расчетную сетку над образцом.
Единица измерения - мкм. Эта настройка не зависит от
текущего размера фрейма/датчика используемой
камеры. Если требуется использовать настройку,
которая опирается на размер кристалла камеры,
используйте схему Every Nth tile (Каждая n-я мозаика).
Пример (1000 мкм 1000 мкм):
Система помещает одну фокусную точку в каждую
сцену / объект. Позицией этой фокусной точки является
центр тяжести, таким образом, на весь объект
приходится только одна фокусная точка. Это полезная
настройка для малоразмерных объектов (например,
тканевых микропанелей). Обратите внимание, что у
определенных структур (например, в форме
полумесяца) центр тяжести может находиться за
пределами ткани, следовательно, система не имеет
точки фокусировки. В таких случаях
578 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 778 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
опции Number of focus points (Число фокусных точек)
задайте значение «1». Центр тяжести — допустимый
параметр (например, для тканевых микропанелей
(Tissue Micro Arrays)) для размещения только одной
фокусной точки в каждом ядре.
19.1.3.4.1.6 Настройки сканирования
б 5с.ш Settings
Define settings how to scan ttie specimen (scan legion).
■ : A f ® ет
Find Focus liw Sna
Back /Ч
Smart Setup
О Light Path Settings
О Acquisition Mode
О Channels
О Focus
О Z'Stack Configuration
О Online Processing
В этом шаге мастера можно регулировать настройки сканирования
(Scan Settings). Как регулировать настройки сканирования, написано в
разделе «Настройка параметров сканирования для флуоресцентных
профилей» [► 528].
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 579
--- стр. 779 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2 Настройки светлопольных профилей
19.1.3.4.2.1 Глобальные данные
v'SlwwAi
Profile;
BF40xxzspf
Bf ightfiddf scun with 4Qx no г
TrrAjs Detection ModeI
TDRecc-r !:зп Type
Brightfield Fluorescence
Automatic
Marker
Next V'
Здесь можно задать глобальные настройки. Глобальные настройки
автоматически определяют работу мастера и последовательность
операций.
Параметр
Profile
(Профиль)
Описание
Profile Туре
(Тип профиля)
Tissue Detection
Mode(Режим
обнаружения
тканей)
Описание
Отображает имя выбранного профиля сканирования.
Здесь имя отредактировать нельзя.
Отображает описание профиля сканирования. Имя
профиля содержит ограниченную информацию, здесь
можно ввести дополнительные данные, выделив
наиболее важные настройки профиля (например,
увеличение/настройки серии срезов по оси
Z/настройки карты фокусировки).
Здесь можно выбрать либо светлопольный
(Brightfield), либо флуоресцентный (Fluorescence) тип
профиля. Если выбран светлопольный профиль,
настройки контрастной автофокусировки (AF Contrast
Туре) отображаться не будут.
Здесь выбирается тип обнаружения тканей.
Пользователю доступны три режима:
- Automatic
(Автоматический)
В этом режиме система обнаруживает ткани
автоматически. Это наиболее используемый режим
(наряду с Tissue (Ткань)), поскольку он не зависит от
вида образца и его подготовки.
580 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 780 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
- Interactive
(Интерактивный)
- Manually
(Вручную)
Если запущен пакетный файл, система
приостанавливает процесс и ожидает ввода данных
ручного определения областей интереса. Поскольку
система приостанавливает процесс сканирования до
завершения обмена данными, эту функцию следует
использовать очень внимательно.
В этом режиме, в следующем шаге мастера, можно
вручную определить область интереса для
сканирования или расчетную сетку. Выбирайте этот
режим, только если необходимо выбрать поднабор
тканей на слайде (в случае если ткань едва заметна),
система не может достоверно обнаружить образец или
образец имеет регулярную структуру на слайде.
Если вы используете данную функцию, то на всех
слайдах профиля определенные области будут
одинаковыми; таким образом, функция может
применяться только при фиксированной области
сканирования (например, мазки Папаниколау).
TD Recognition
Туре(Тип
распознавания
тканей)
- Marker
(Маркер)
- Tissue (Ткань)
Функция недоступна, если включен ручной режим
обнаружения тканей.
В обоих случаях система выполнит сканирование
просмотра с помощью отдельной камеры
предварительного просмотра.
Используется для обведения образца вручную на
лицевой стороне реального слайда. В этом случае
пороговое значение будет использоваться для
обнаружения маркера. Все. что находится внутри этого
маркера, будет отсканировано.
Обнаружение тканей осуществляется по пороговым
величинам.
19.1.3.4.2.2 Настройки сканирования этикеток
В разделе Label Scan Settings (Настройки сканирования этикеток) можно
выбрать параметры захвата области этикетки.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 581
--- стр. 781 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
2 i jiu l Sett^nas
Define settings to capture and interpret the label area.
О label Orientation
Back /Ч
О Camera
О Exposure
О While Balance
О Label Lamp
О Recognition
Область интереса в области этикетки обозначается красным
прямоугольником на живом изображении. Вы можете произвольно
изменять размер и положение фрейма для совмещения с этикеткой
используемого слайда. Захват области этикетки выполняется с помощью
отраженного света и отдельной камеры (AxioCam 1С).
Рисунок 19.7. Область этикетки слайда (красный прямоугольник)
582 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 782 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Дополнительная регулировка настроек камеры и (или) источников света
обычно не требуется, поскольку эти заводские настройки по умолчанию
должны быть оптимальными. По этой причине подробное описание этих
настроек (Camera (Камера), Exposure (Экспозиция), White Balance
(Баланс белого) и Label Lamp (Лампа этикетирования)) в данном разделе
не приводится.
Параметр Описание
Label Orientation
(Ориентация
этикетки)
Recognition
(Распознавание)
Здесь настраивается выравнивание этикетки на
слайде,
Изображение этикетки можно поворачивать на 90° по
часовой стрелке (CW) или использовать исходную
ориентацию (Original). Выбор параметра Use Barcode
Orientation (Использовать ориентацию штрихкода)
подразумевает наличие на слайде стикера со
штрихкодом. В таком случае программное
обеспечение определит ориентацию штрихкода и
применит ее к ориентации области этикетки
используемого слайда. Для использования этой
функции необходимо снабдить слайд этикеткой со
штрихкодом и в разделе Recognition (Распознавание)
включить опцию Barcode Recognition active
(Распознавание штрихкода активировано).
Вы также можете изменить ориентацию позднее в
программном обеспечении во время просмотра
слайдов. Если на всех слайдах этикетка повернута,
рекомендуется изменить ориентацию этикеток в этом
разделе.
Здесь можно проверить распознавание штрихкода или
символов.
Если нажать на кнопку Test (Проверить), система
отобразит область интереса с заданной ориентацией и
выполнит распознавание штрихкода или OCR.
Результат отобразится в поле Recognized
(Распознано).
О Recognition
L*be< image
Bifcode
Type Inter 2of5
Vaiue 0 2 0 Л ;^
Ofientatton: Right To Left
Angle Ш.%2002
О Barcode
^ Barcode Recognition active
О Barcode types
О Orientation
О Options
О OCR
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 583
--- стр. 783 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Barcode
(Штрихкод)
OCR
(Оптическое
распознавание
си м волов)
Если установлен флажок B arcode Recognition active
(Распознавание штрихкода активировано), система
распознает штрихкод и сохранит информацию
штрихкода в виде метаданных в изображении.
Если требуется использовать информацию штрихкода
в имени изображения, необходимо применить
автоматическое именование и с помощью ключевого
слова “RecognizedC ode (%N)” сделать штрихкод
частью имени изображения.
По умолчанию система проверяет все используемые
типы штрихкодов и все ориентации. Необязательно
определять особый штрихкод. Если этикетка содержит
два и более штрихкодов разного типа, рекомендуем
указывать конкретный тип искомого штрихкода. Для
активации определенного штрихкода откройте
расширитель Barcode ty p es (Типы штрихкодов) и
активируйте только штрихкод, который необходимо
считать.
Обратите внимание, что функция OCR работает только
с английским текстом.
Наилучшим образом функция работает с отчетливо
напечатанными числами и (или) буквами. Рекомендуем
использовать OCR_A или OCR_B в качестве шрифтов
для OCR.
Не рекомендуем использовать в тексте нижние
подчеркивания (_) или специальные символы. Для
оптимизации качества распознавания можно выбирать
разные опции, но подойти должен и стандартный
параметр. Печатный текст должен иметь очень точную
ориентацию. Наклон текста после выполнения
ориентации изображения должен быть минимальным.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine
(Кассета).
584 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 784 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2.3 Настройки сканирования просмотра
Во всех случаях система выполняет предварительный просмотр с
помощью отдельной камеры просмотра и создает изображение просмотра
с помощью моментального снимка.
Параметр
Camera
(Камера),
Exposure
(Экспозиция),
White Balance
(Баланс
белого)
Preview lamp
(лампа
просмотра)
Описание
Здесь можно регулировать настройки камеры и
освещения. Однако мы не рекомендуем изменять эти
параметры, чтобы гарантировать получение
воспроизводимых результатов. Так как элементы
управления аналогичны стандартным элементам
управления 2EN, более подробно см. соответствующие
разделы интерактивной справки ПО ZEN 2.3 (blue) /
инструмент Camera (Камера). Изменить камеру
просмотра (опция Camera) нельзя, так как это
постоянный параметр. См. также приведенную ниже
информацию об оптимальной настройке времени
экспозиции.
Здесь можно отрегулировать интенсивность лампы
просмотра для области образца (проходящий свет),
Однако менять эту величину не следует, она должна
равняться 100%.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 585
--- стр. 785 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Избегайте любого переэкспонирования изображения (особенно за
пределами слайда). Переэкспонированное изображение может привести к
недостаточной коррекции равномерности освещения. То же самое
относится и к слишком тусклым изображениям; здесь переэкспонирование
также может привести к недостаточной коррекции равномерности
освещения. Во избежание этого установите флажок для наблюдения за
переэкспонированием (опция Range Indicator (Индикатор экспонирования)
в нижней части окна во вкладке Dimensions). Регулируйте время
экслозиции камеры (расширитель Exposure (Экспозиция) и настройка
Time (Время)), пока не увидите первые красные пиксели, указывающие на
переэкспонирование, теперь постепенно уменьшайте время экспозиции на
1 мс до исчезновения красных пикселей. Как только исчезнут красные
пиксели, уменьшите время экспозиции еще на 1 мс, чтобы гарантировать
отсутствие переэкспонирования. _________
Примечания по настройке области интереса для изображения
просмотра
Важной и необходимой настройкой является определение области
интереса (ROI) для изображения предварительного просмотра образца.
Система сфотографирует и выполнит захват этой области интереса, после
чего лрименит к ней функцию обнаружения тканей (в случае выбора
таковой). Она включает в себя сохраненное и сканированное изображения,
а также изображение области этикетки.
Область интереса корректируется в средней части центральной области
экрана с помощью красного прямоугольника:
Красный прямоугольник корректируется с помощью фрейма.
586 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 788 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2.4.1
■ С помощью объектива с малым увеличением создается карта грубой
фокусировки. Для карты грубой фокусировки требуется всего несколько
точек фокусировки. Для выполнения грубой фокусировки рекомендуем
использовать объектив Fluor с увеличением 5х, поскольку смещение
между объективом 5х и сканирующим объективом (главным
образом 20х) минимально.
■ С помощью объектива с большим увеличением (обычно сканирующего
объектива) создается карта точной фокусировки. В этом случае
требуется больше точек фокусировки, число которых обычно
определяется плотностью. Карта точной фокусировки составляется на
основе карты грубой фокусировки.
Фокусировка не является традиционной автофокусировкой, которая
достичь Z-величины при самом резком изображении. Система получит
серию срезов по оси Z (определяемую в следующем шаге) и рассчитает
кривую по значению фокусирования (например, значению контраста). Эта
кривая используется для определения пикового значения. Это позволяет
охватить большой диапазон с сохранением быстрой фокусировки.
Так как мы рекомендуем не изменять большинство настроек, здесь мы
сосредоточимся на двух важных настройках: Focus Point Strategy
(Стратегия распределения точек фокусировки) и Sharpness Measure sets
(Наборы измерения резкости). Подробное описание этих двух настроек
приводится в следующем разделе.
Также рекомендуем ознакомиться с нижеуказанными разделами с
подробными инструкциями по настройке грубой и точной фокусировок:
■ Регулировка настроек карты грубой фокусировки (BF) [► 536]
■ Регулировка настроек карты точной фокусировки (BF) [► 539]
Набор стратегий распределения точек фокусировки
1 Примечание
Набор стратегий распределения точек фокусировки применяется к каждой
сцене, т. е. как отдельный обнаруженный объект в каждой сцене. Если
выбрать шесть фиксированных точек для грубой фокусировки,
программное обеспечение создаст в каждой сцене шесть фокусных точек.
Некоторые наборы стратегий распределения точек фокусировки
снабжены дополнительной кнопкой-флажком Prefer border (Предпочитать
границу). Если установить этот флажок, система разместит больше точек
фокусировки на границе обнаруженного образца. Это целесообразно в том
случае, если граница образца имеет по сравнению с остальными частями
объекта близкие фокусные значения.
Если настройка Density (Плотность) является частью набора стратегий
распределения точек фокусировки, эта величина определяет
процентное соотношение сгенерированных точек фокусировки и общего
числа мозаик объекта (например, если объект состоит из 2 000 мозаик и
э т о т п а р а м е т р у с т а н о в л е н н а 0 ,1 ( = 1 0 % ) , с и с т е м а с г е н е р и р у е т 2 0 0
фокусных точек). Поскольку для больших объектов создается особенно
много фокусных точек (обратите внимание, большое количество фокусных
точек не всегда автоматически обеспечивает высокое качество
фокусировки), мы рекомендуем определить максимальное количество
фокусных точек (макс, число).
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 589
--- стр. 789 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Если вы используете автоматическое обнаружение тканей и определяете
величину расширения границы, система вычтет величину расширения до
распределения фокусных точек, исключив тем самым размещение
фокусных точек в зоне расширения. Это применимо только к
автоматическому обнаружению тканей.
Чтобы гарантировать размещение фокусных точек внутри ткани, система
отодвинет фокусные точки от границы на определенное число видимых
зон. Этот параметр можно регулировать в меню Tools -> Options ... ->^
Acquisition -> Axio Scan: Minimum Margin of focus point distribution in
tile(s) (Инструменты -> Опции -> вкладка Получение изображений ->
расширитель Axio Scan -> Минимальный предел при распределении точек
фокусировки в мозаиках). Значение по умолчанию — 1. Это обеспечивает
очень хорошие результаты при использовании разнообразных образцов.
Обратите внимание, что в программном обеспечении ZEN 2012 slidescan и
ZEN 2012 slidescan SP2 значением по умолчанию являлось «2» (и
постоянным неотображаемым параметром).
Параметр
Onion skin
(Кожица лука)
Описание
Это схема плотности фокусировки. Результирующие
фокусные точки отображаются в виде слоев кожицы
лука, при этом обеспечивается равномерное
распределение, а также достаточное количество
фокусных точек особенно на границе. Это стандартная
настройка карты точной фокусировки. Этот параметр
представляет собой плотность со стандартной
настройкой 0,1. Это означает, что 10% от общего числа
видимых зон используются в качестве точек
фокусировки для расчета фокальной поверхности. При
использовании больших образцов это число может
значительно увеличиться, но большое количество
фокусных точек не всегда автоматически гарантирует
качественный расчет фокальной поверхности. По этой
причине пользователь также может определить
максимальное число фокусных точек. Обычно это
число находится в диапазоне от 24 до 36 точек. Эта
стратегия распределения точек фокусировки
рекомендуется для средне- и большеразмерных
объектов.
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
590 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 790 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Every Nth tile Система разместит расчетную сетку поверх образца с
(Каждая п-я указанным расстоянием (N) между двумя фокусными
мозаика) точками в полях обзора камеры по оси X и оси Y. Это
четко определенный метод создания фокусных точек.
При создании большего количества фокусных точек
потребуется больше времени на создание карты
фокусировки. Эта стратегия распределения точек
фокусировки рекомендуется для объектов средних и
малых размеров.
Пример: {каждая 5-я мозаика):
• • А # 4
.* в V '.й !.> « >,
•V » К 9 \
« 9 « • д ’ ,' •,
'к 9 9 » * 9
9 9 9>\
• Ф ■ т
щ /
л
Every tile
(Каждая
мозаика)
Система будет фокусироваться на каждой мозаике.
Занимает исключительно много времени при обработке
сканов с большим увеличением и (или) больших
образцов, однако, обеспечивает наилучшие результаты
для крайне неровных образцов.
Number of focus
points (Число
фокусных
точек)
Здесь пользователь указывает постоянное число
фокусных точек на объект (сцену). Настройка по
умолчанию для грубой фокусировки составляет шесть
фокусных точек на сцену.
Пример (п = 24):
ж i-
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 591
--- стр. 791 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Density
(Плотность)
Grid cell size
(Размер ячеек
расчетной
сетки)
Плотность схожа с плотностью «кожицы лука», разница
состоит в том. что структура не распределяется
аналогично слоям кожицы лука. Распределение по
образцу/сцене более равномерно. Эта настройка также
определяет максимальное число фокусных точек.
Создание этой карты фокусировки — случайное {как
видно из примера), поэтому схема Onion skin (Кожица
лука) предпочтительнее, чем Density (Плотность).
Пример (плотность: 0,1; макс, число: 24):
Чтобы разместить фокусные точки на фокальной
поверхности, данная настройка устанавливает
фиксированную расчетную сетку над образцом.
Единица измерения — мкм. Эта настройка не зависит
от текущего размера фрейма/датчика используемой
камеры. Если требуется использовать настройку,
которая опирается на размер кристалла камеры,
используйте схему Every Nth tile (Каждая n-я мозаика).
Как видно из образца, эта схема не такая точная как
Every Nth tile (Каждая n-я мозаика), поэтому Every Nth
tile (Каждая n-я мозаика) предпочтительна при
использовании Grid cell size (Размер ячеек расчетной
сетки).
Пример (1000 мкм 1000 мкм):
592 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 792 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр
Center of
Gravity Щентр
тяжести)
Описание
Система помещает одну фокусную точку в каждую сцену
/ объект. Позицией этой фокусной точки является центр
тяжести, таким образом, на весь объект приходится
только одна фокусная точка. Это полезная настройка
для малоразмерных объектов (например, тканевых
микропанелей). Обратите внимание, что у определенных
структур (например, в форме полумесяца) центр тяжести
может находиться за пределами ткани, следовательно,
система не имеет точки фокусировки. В таких случаях
опции Number of focus points (Число фокусных точек)
задайте значение «1». Центр тяжести — допустимый
параметр (например, для тканевых микропанелей (Tissue
Micro Arrays)) для размещения только одной фокусной
точки в каждом ядре.
19.1.3.4.2.4.2 Набор измерения резкости
Параметр
HG 2'"8
Описание
Basic Автофокусировка осуществляется на основе контраста,
(Базовый) поэтому алгоритм ориентирован на наивысшее значение
контраста в серии срезов по оси Z. Это простая, но
быстрая автофокусировка.
Best Автофокусировка также осуществляется на основе
(Наилучший) контраста, поэтому алгоритм ориентирован на
наивысшее значение контраста в серии срезов по оси Z.
Данный тип фокусировки несколько медленнее, чем
Basic (Базовый), но точнее для определенных образцов.
Обратите внимание, что Best (Наилучший) не всегда
означает, что этот алгоритм лучше, чем Basic (Базовый),
поскольку зависит от вида ткани/образца.
FFT Эта настройка автофокусировки использует алгоритм
преобразования Фурье, определяющий наилучшее
значение фокусировки. Этот алгоритм медленнее
остальных алгоритмов и должен использоваться только
в случаях контрастирования с помощью круговой
апертуры. Он не подходит для стандартного
светлопольного контрастирования или флуоресценции,
так как выполняет поиск двух контрастных пиков и
локального минимума между ними.
Это усовершенствованный алгоритм по сравнению с
Basic (Базовый) и Best (Наилучший). Этот алгоритм в
меньшей степени ориентирован на большие окрашенные
структуры и в большей — на малые локальные
структуры, а значит, данный алгоритм, например,
больше фокусируется на ядрах, чем на неокрашенных
структурах (например, красители, используемые в
иммуногистохимии).
С учетом текущего состояния оценки это означает, что
HG2^8 подойдет для автофокусировки, когда
необходимо сконцентрироваться на ядрах.
Недостаток: увеличивается масса загрязнений, из-за
чего данный алгоритм следует использовать только
для точной, а не грубой фокусировки.
Contrast Power
(Степень
контрастиров
ания)
Этот алгоритм сопоставим с алгоритмом HG 2''8.
руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 593
--- стр. 793 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.3.4.2.5 Настройки сканирования
Define settings how to scan the specimen (scan region).
C Camera
О Exposure
О Postprocessing
О White Balance
О Objective
О Focus
О Z-Stack Configuration
О Online Processing
Back
В этом шаге мастера можно регулировать настройки сканирования {Scan
Settings). Эти настройки важны, поскольку они определяют качество
изображения, получаемого пользователем при настройке времени
экспозиции, баланса белого и т. д. Настройки вкладок Post Processing
(Постобработка) и White Balance (Баланс белого) схожи со стандартными
инструментами ПО ZEN. Как регулировать настройки сканирования,
написано в разделе «Настройка параметров сканирования для
светлопольных профилей» [► 543].
19.1.3.4.2.5.1 Сопоставление режима сжатия с размером файла
Режим сжатия
Без сжатия
Без потерь (JPEG XR)
90%-качество JPEG
XR
80%-качество JPEG
XR
60%-качество JPEG
XR
40%-качество JPEG
XR
30%-качество JPEG
XR
Размер файла
9124 Мб/кв.см.
4997 Мб/кв.см.
916 Мб/кв.см.
392 Мб/кв.см.
263 Мб/кв.см.
198 Мб/кв.см.
157 Мб/кв.см.
594 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 794 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 SMdescan
19.1.3.4.2.6 Настройки обнаружения тканей
Вид настроек обнаружения тканей (Tissue Detection Settings) зависит от
настроек, сделанных в первом шаге мастера в разделе Global Data
(Глобальные данные). В следующих разделах описываются четыре
возможных варианта настроек.
1 Примечание
Вы можете реализовать собственный алгоритм обнаружения тканей и
интегрировать его в рабочий процесс, более подробно см. раздел
Реализация собственного алгоритма обнаружения тканей [► 505].
19.1.3.4.2.6.1 Вариант А. Автоматический режим / На основе порогового значения
Необходимые предварительные условия ■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные
данные) в разделе Tissue Detection Mode (Режим обнаружения тканей)
вы выбрали опцию Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали
кнопку Tissue (Ткань), настройки обнаружения тканей имеют
следующий вид:
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 595
--- стр. 795 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
i П5 Uoii tin
Back л
Define settings to detect the region to be scanned within the
specimen area.
Mode: Automatic
• ’ thod: Threshold based
bettings
Region d'-‘-*;on sizn 600
Specimen:
V Automatic
Min region size: 325
^ Live update
Air border dilate:
Over the peak factor, 2.5 ^
Max elongation: 8 Щ
Prefer center for Shading Scan Area
Show Shading Scan Area
Sort order Left Right fop Bottom
Область интереса для обнаружения тканей
1 Примечание
Если вы создали собственные области, убедитесь, что они содержат
ткани. Пустая область может привести к созданию неточной карты
фокусировки, так как программное обеспечение будет использовать всю
начерченную область для создания стратегии распределения точек
фокусировки.
596 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 796 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Красный прямоугольник на живом изображении в центральной области
экрана представляет собой область интереса для обнаружения тканей.
Сканируются только области, находящиеся внутри области интереса.
Остальные области, расположенные вне области интереса и (или)
соприкасающиеся с ней, игнорируются. Чтобы изменить размер области
интереса, необходимо скорректировать размер красного прямоугольника.
1 Примечание
Если два или несколько объектов расположены очень близко друг к другу
и поэтому выглядят как один объект, возможно, имеет смысл разделить
эти объекты с помощью функции Split (Разделение), доступной в
контекстном меню после нажатия правой кнопкой мыши.
Если нажать на кнопку Test (Тест), программное обеспечение выполнит
введенные параметры и отобразит результаты в средней области окна.
Обнаруженные объекты (каждый объект — это единичная сцена) будут
обозначены зеленой границей.
Все объекты перечислены во вкладке Graphics (Графические элементы).
Вы можете удалять объекты и добавлять новые. Однако результат будет
действителен только для данного слайда.
Чтобы активировать непрерывное обновление данных, установите флажок
Live update (Автоматическое обновление). Обратите внимание, что после
изменения параметра обновление может занять несколько секунд. Ниже
приведено описание основных параметров этого шага;
Параметр
Mode & Method
(Режим и
метод)
Region dilation
size (Величина
расширения
области)
Описание
Здесь отображается режим и метод обнаружения
тканей, выбранные в разделе Global Data (Глобальные
данные).
Здесь можно ввести расстояние от обнаруженной ткани
до обрамляющей ее границы.
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 597
--- стр. 797 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
Specimen
(Образец)
Здесь пороговые величины определяют верхнюю и
нижнюю границы образца. Чтобы перемещать границы
вверх и вниз, щелкните по одной из них и нажмите
правую кнопку мыши. Если режим Live update
(Автоматическое обновление) включен, результат
будет отображаться с определенной задержкой слева
от центра экрана. Верхняя граница (правая сторона) —
это граница светлых красителей, а нижняя граница
(левая сторона) — это граница влияния на темные
красители. Таким образом, при перемещении правой
стороны вправо выделяются светлые красители. При
перемещении левой стороны влево выделяются
темные красители.
Здесь можно ввести минимальный размер области
сканирования. Система не будет обнаруживать
области, если они меньше установленного значения.
Воздушная граница — это граница вокруг реального
стеклянного слайда, т. е. пространство за пределами
стеклянного слайда, ограниченное красным фреймом.
Это значение определяет степень расширения
воздушной границы. Все, что находится внутри этой
расширенной воздушной границы, не будет распознано
как ткань/маркер. Этот параметр гарантирует, что края
слайда и покровного стекла не будут определены как
области, подлежащие сканированию.
Этот параметр отображается, только если установлен
флажок Automatic (Автоматически).
Он определяет расстояние между пиком стеклянного
слайда и верхним пороговым значением для
обнаружения образца. Таким образом, если установлен
флажок Automatic (Автоматически), верхнее значение
будет определено автоматически.
Эта настройка важна при удалении краев покровного
стекла. Края покровного стекла представляют собой
структуры с большим коэффициентом отношения
длинной стороны к короткой. Это означает, что любая
структура, у которой соотношение длинной стороны к
короткой превышает установленное значение, будет
исключена.
Reset (Сброс) Возвращает настройки к значениям по умолчанию.
Min region size
(Мин. размер
области)
Air border dilate
(Величина
расширения
воздушной
границы)
Over the peak
factor (Над пик>
фактором)
Мах elongation
(Макс.
удлинение)
Prefer Center for
Shading Scan
Area
(Предпочитать
центр области
сканирования с
коррекцией
равномерности
освещения)
Если включена: программное обеспечение исключает
влияние, например, краев покровного стекла, на
область, которая используется для коррекции
равномерности освещения в средней части слайда при
увеличении скана не менее 20х. По умолчанию эта
опция отключена.
Если на сканированном изображении присутствуют
мозаичные артефакты, рекомендуем активировать эту
опцию и повторно проверить качество коррекции
равномерности освещения. Если опция активирована,
может происходить
598 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 798 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Раздел Sort Order
Параметр Описание
разделение области на малые области (программное
обеслечение ограничено по области поиска, потому что
внешние области выходят за пределы), что приводит к
снижению скорости сканирования с коррекцией
равномерности освещения, но при сравнении с общим
сканированием несколько секунд не оказывают
сильного влияния на время сканирования.
Show Shading
Scan Area
(Отображать
область
сканирования с
коррекцией
равномерности
освещения)
Если включена: программное обеспечение отобразит
область, используемую для создания изображения с
эталонной равномерностью освещения для этого
слайда. При определенных увеличениях скана эта
область отображается, даже если не будет
использоваться.
Задав соответствующие настройки, вы можете сохранить их нажатием на
кнопку New (Новый) в Options (Опции) раздела Settings (Настройки). Вы
можете использовать сохраненные настройки в другом профиле, выбрав
соответствующий элемент выпадающего списка. Необязательно сохранять
эти настройки отдельно, так как они сохраняются в профиле. Их
необходимо сохранять только в том случае, если они будут
использоваться в другом профиле.
В разделе Sort Order (Порядок сортировки) вы можете выбрать схему
сортировки (нумерации) обнаруженных объектов (областей/сцен). Чтобы
применить выбранную схему, нажмите на кнопку Sort (Сортировать). Для
выбора доступны восемь разных схем. Первый элемент списка (например.
Left Right (Слева направо)) осуществляет сортировку по первой схеме,
второй элемент списка (например. Тор Bottom (Сверху вниз)) - по второй
схеме.
Пример 1. Слева направо / сверху вниз
Первая схема сортировки — слева направо (красная стрелка), вторая
схема сортировки — сверху вниз (зеленая стрелка):
о
о
Пример 2. Сверху вниз / слева направо
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) [ Ред. 1.0 на русском языке 599
--- стр. 799 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Первая схема сортировки — сверху вниз (красная стрелка), вторая схема
сортировки — слева направо (зеленая стрелка):
19.1.3.4.2.6.2
ООО
о 0 00 0
Вариант В. Автоматический режим / Распознавание маркера
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию
Automatic (Автоматически), а
■ в разделе TD Recognition Туре (Тип распознавания ткани) нажали на
кнопку Marker (Маркер), настройки обнаружения тканей будут иметь
следующий вид:
600 Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 800 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
t ir.M}. 'П 1 ; ,1
Back л
Define settings to detect the region to be scanned within the
specimen area.
\^ode: Automatic
*' ?thod: Marker recognition
^ottings
R-*gk3n shrink st/e; 600
К * ^
«1^ live update
и Automatic
Min region 32S
Reset
^ Prefer center for Shading Scan Area
J Show Shading Scan Area
Sort order Left Right Top Bottom
Настройки ограничиваются пороговой величиной маркера (сопоставимой с
пороговой величиной ткани, описанной выше). Единственным
дополнительным регулируемым параметром является минимальный
размер области (Min region size), чья функция аналогична описанной в
варианте А.
Обратите внимание, что опции равномерности освещения (Shading),
параметр создания порядка сортировки (Sort Order) и кнопка Sort
(Сортировать) имеют одинаковую функцию, описанную в варианте А.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 601
--- стр. 801 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Если вы используете маркер на реальном стеклянном слайде, убедитесь,
что выделенные области содержат образцы. Пустая область может
привести к созданию неточной карты фокусировки, так как программное
обеспечение будет использовать всю отмеченную область для создания
стратегии распределения точек фокусировки.
_______________________
19.1.3.4.2.6.3 Вариант С. Ручной режим / Создание графических элементов
Необходимые предварительные условия
■ Если в шаге 1 Global Data {Глобальные данные) в разделе Tissue
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь
следующий вид:
• s''.'
' 4 Tissue DeiectJofi Setting
Back /Ч
Define settings to detect the region to be scanned wfthin the
specimen area.
Mode: Manually
• draw graphics / use grid definition
E! Prefer center for Shading Scan Area
Ш Show Shading Scan Area
Sort ofden Left Right Top Bottom ^
Создание областей обнаружения тканей вручную
Выбрав опцию draw graphics (создать графические элементы), вы можете
вручную создавать области внутри области интереса. Для создания
областей вы можете использовать инструменты вкладки Graphics
(Графические элементы) в опциях общего вида центральной области
экрана. Создание областей в целом аналогично аннотированию
изображений в ПО ZEN. Созданные области сохраняются и используются
на протяжении всего времени применения профиля, следовательно, эта
опция может использоваться только при точном определении областей на
слайде (например, мазки Папаниколау).
Обратите внимание, что опции равномерности освещения (Shading),
параметр создания порядка сортировки (Sort Order) и кнопка Sort
(Сортировать) имеют одинаковую функцию, описанную в варианте А.
602 Руководство пользователя ZEN 2.3 {blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 802 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
1 Примечание
Если требуется выделить едва заметный образец, для изменения
настроек отображения (в частности, посредством корректировки кривой
гамма-распределения) можно воспользоваться кривой отображения
{Display curve) что позволит увидеть даже неокрашенный образец
приемлемой толщины.
1 Примечание
Вы можете настроить кривую отображения (см. вкладку Display
(Отображение) в нижней части окна). Настройки отображения сохраняются
в профиле. Они также влияют на отображение этикетки в окне Magazine
(Кассета), а также на отображение области образца в окне Magazine
(Кассета).
19.1.3.4.2.6.4 Вариант D. Ручной режим / Определение расчетной сетки
Необходимые предварительные условия
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 603
--- стр. 803 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Если в шаге 1 Global Data (Глобальные данные) в разделе Tissue
Detection Mode (Режим обнаружения тканей) вы выбрали опцию
Manually (Вручную), настройки обнаружения тканей будут иметь
следующий вид;
Выбрав опцию use grid definition (использовать определение расчетной
сетки), вы можете определить ее с помощью прямоугольников или
окружностей обычного шаблона опции Element Types (Типы элементов).
Контрольной точкой для данной сетки является верхний правый угол
области образца (красный прямоугольник). По ней вы можете определить
смещение от верхнего левого угла по оси X (А) и Y (В) в мм, а также шаг
сетки по оси X (С) и Y (D).
На основе выбранной геометрической формы (окружность или
прямоугольник) вы можете определить радиус или размеры по оси X (F) и
по оси Y (Е). Число элементов по оси X (в этом примере; 6) и по оси Y
(в этом примере; 3) определяет количество элементов.
604 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 804 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Сетка создается с помощью кнопки Create (Создать). Сетка отобразится
поверх изображения. Ручная настройка сетки может быть выполнена
таким же способом, что и настройка стандартных графических элементов
BnOZEN.
Обратите внимание, что опции равномерности освещения (Shading),
параметр создания порядка сортировки (Sort Order) и кнопка Sort
(Сортировать) имеют одинаковую функцию, описанную в варианте А.
19.1.3.5 Расширенный мастер создания профиля сканирования (автономный)
Расширенный мастер создания профиля сканирования (автономный)
(Advanced Scan Profile Wizard (offline)) является автономным, это означает,
что система не перемещает кювету (слайд), а вы не видите живое
изображение с камер. Но вы по-прежнему можете изменять параметры.
Этот режим подходит, если необходимо изменить параметры, не
связанные непосредственно с живым изображением, например настройки
серии срезов по оси Z и EDF (увеличенная глубина резкости).
Перемещать реальные стеклянные слайды для регулировки этих настроек
не нужно. Вследствие этого функциональность мастера по сравнению с
расширенным мастером создания профиля сканирования
(онлайновым) (Advanced Profile Wizard (online)) ограничена, но не
включает в себя больше настроек. Более подробно об определенных
функциях см. расширенный мастер создания профиля сканирования
(онлайновый).
19.1.3.6 Мастер обнаружения тканей (автономный)
1 Примечание
Мастер обнаружения тканей (автономный) (Tissue Detection Wizard (offiine))
активируется, только если предварительно было выполнено сканирование
просмотра. После того как система начала сканирование просмотра, вы
можете сразу запустить мастер обнаружения тканей (Tissue detection
wizard) и работать параллельно с ним.
Мастер размещен в опциях профилей сканирования (Scan Profiles).
Здесь вы за один шаг можете изменить следующую область сканирования.
В мастере отсутствует возможность изменения настроек кроме
обнаружения тканей; тем не менее можно перемещаться к следующему
(Next slide) или предыдущему слайду (Previous slide). Благодаря этому
переключение слайдов выполняется быстро и удобно.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 605
--- стр. 805 ---
19 Приложения и компоненты 119,1 Slidescan
Automatic
Min region size; 3^5
Air border dilate: 10
Overthe peakfactor: 2.5
Max elongation: 8
Prefer center for Shading Scan Area
Show Shading Scan Area
Sort order Left Right Top Bottom
Sort
606 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 807 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Настройки обнаружения тканей в основном аналогичны настройкам,
описанным в подразделе «Расширенный мастер создания профиля
сканирования» раздела «Настройки обнаружения тканей».
19.1.3.7 Мастер калибровки Axio Scan (онлайновый)
1 Примечание
Первое отделение кюветы должно вмещать слайд для геометрической
калибровки (474029-9030-000), второе — слайд для калибровки цветов
(474029-9041-000).
Кювету с калибровочными слайдами следует поместить в первое
отделение кассеты.
Можно отредактировать или проверить следующие настройки:
■ Парфокальность объективов.
■ Парацентричность объективов.
■ Регулировка камеры просмотра и камеры сканирования.
■ Определение фокусного расстояния объективов.
■ Определение угла поворота камеры (это повторная проверка): если
угол поворота камеры превышает предполагаемый диапазон (меньше
или равно 0,5°), обратитесь в ремонтную службу компании 2EISS.
■ Калибровка цветов (для выполнения калибровки потребуется слайд для
калибровки цветов (474029-9041-000)) может быть пропущена.
Мастер поэтапно проведет вас через весь процесс калибровки. Шаги, как
правило, выполняются без участия пользователя (только на этапе
калибровки цветов требуется взаимодействие с пользователем, загрузка
калибровки, следовательно, данная калибровка должна быть доступна
пользователю). Требуется только запускать действие в каждом шаге.
О завершении каждого действия сигнализирует зеленый индикатор. После
чего можно перейти к следующему шагу. Последний шаг — сохранение
данных в системе.
19.1.4 Функции и их назначение
19.1.4.1 Вкладка Scan
Во вкладке Scan (Сканирование) представлены наиболее важные
функции, необходимые для управления системой Axio Scan.ZI. Вкладка
тесно связана с окном Magazine (Кассета), расположенным в
центральной области экрана. В верхней части вкладки находится раздел
Default Scan Profile (Профиль сканирования по умолчанию) (1), в
котором можно выбирать предустановленные профили сканирования или
создавать новые. Кроме того, найти, изменить или создать подходящий
профиль вам помогут мастер быстрого выбора профиля сканирования
(Smart Profile Selection) (2) и мастер создания профиля сканирования
(Scan Profile Wizard) (3). С помощью главных кнопок сканирования (4)
можно запускать сканирование или сканирование просмотра.
608 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 808 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Рисунок 19.8. Вкладка Scan
П/п Параметр Описание
1 Раздел Default
Scan Profile
(Профиль
сканирования
по умолчанию)
Smart Profile
Selection...
(Быстрый
выбор
профиля...)
В выпадающем списке можно выбрать профиль
сканирования по умолчанию, который будет
использован в случае введения новых вставок.
Система присваивает выбранный профиль всем
устанавливаемым слайдам. Нажмите на кнопку
Options Q D , чтобы открыть контекстное меню
Default Scan Profile Options (Опции профиля
сканирования по умолчанию) [► 609].
Запускает мастер быстрого выбора профиля
сканирования (Smart Scan Profile Selection
wizard). Мастер поможет вам открыть
предустановленные профили. Это самый
быстрый и интуитивно понятный способ
присваивания и создания профилей
сканирования.
Scan Profile
Wizard...
(Мастер
создания
профиля
сканирования.
Запускает мастер создания профиля
сканирования (Scan Profile Wizard). Мастер
позволяет легко менять/изменять существующие
профили сканирования.
В дальнейшем можно менять профиль каждой
вставки в окне Magazine (Кассета). В случае
изменения профиля по умолчанию, этот профиль
т а к ж е б у д е т п р и с в о е н в с е м н е о б р а б о т а н н ы м
слайдам.
Кнопки
сканирования
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 609
--- стр. 809 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
П/п Параметр Описание
- Start Preview
Scan {Начать
сканирование
просмотра)
- Start Scan
(Начать
сканирование)
Запускает сканирование просмотра всех
выбранных слайдов.
Для выбора слайда перейдите в окно Magazine
(Кассета) и установите флажок в столбце Process
(Обработка). Флажок активируется ло умолчанию,
если будут установлены вставки. Для выполнения
сканирования просмотра используются настройки,
определяемые присвоенным профилем.
Сканирование просмотра светлопольных образцов
состоит из снимка области этикетки (отраженный
свет) и области образца (проходящий свет).
Результат отобразится в столбце Preview
(Предпросмотр) слайда. Для расширения окна
дважды нажмите на изображение. Программное
обеспечение откроет изображение в отдельной
вкладке. Для применения областей сканирования
воспользуйтесь расширенным мастером
создания профиля сканирования (Advanced Scan
Profile Wizard) или мастером обнаружения тканей
(Tissue Detection Wizard).
Запускает сканирование всех выбранных слайдов.
Сканирование включает в себя сканирование
просмотра (области этикетки и области образца),
обнаружение тканей, создание карты фокусировки
и сканирование образца с высоким разрешением.
Используются настройки, определяемые
присвоенным профилем.
Чтобы открыть изображение, дважды нажмите на
него мышью, и оно откроется в отдельной вкладке в
центре экрана.
19.1.4.1.1 Опции раздела Default Scan Profile
Пункт меню Описание
New Scan Profile...
(Новый профиль
сканирования...)
Smart Profile
Selection... (Быстрый
выбор профиля...)
Advanced Scan
Profile Wizard...
(Расширенный
мастер создания
профиля
сканирования...)
Создает новый профиль. Если был создан новый
профиль, он автоматически присваивается всем
слайдам в окне Magazine (Кассета).
Открывает мастер выбора предустановленного
профиля. Пользователю потребуется ответить на
ряд вопросов об образце, в результате чего
мастер подберет наиболее подходящий профиль
для оцифровывания. Затем рекомендуется
обработать этот профиль в мастере создания
профиля сканирования (Scan Profile Wizard).
Открывает мастер для адаптации всех
возможных настроек профиля и позволяет
пользователю использовать всю гибкость
системы. Мастер рекомендуется для опытных
пользователей.
610 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 810 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Пункт меню Описание
Scan Profile Wizard.
(Мастер создания
профиля
сканирования...)
Rename
(Переименовать)
Открывает мастер для адаптации базовых
настроек профиля, например:
штрихкод/ОСР/сканирующий объектив/серия
срезов по оси Z.
Переименовывает выбранный профиль.
Save as (Сохранить
как)
Сохраняет пользовательский профиль под
другим именем.
Delete (Удаление) Удаляет выбранный профиль.
19.1.4.1.2 Инструмент Naming Definition
Naming Definition
date + increment
Preview: 2014_10_06„0056
Import Name, Profile and Scene names
Name, Profile and Folder from Barcode
Рисунок 19.9. Инструмент Naming Definition
В инструменте Naming Definition (Определение именования) можно
определить принципы именования полученных файлов/иэображений. В
выпадающем списке необходимо выбрать несколько определений для
имен файлов. Имя автоматически включает в себя содержимое
обнаруженного штрихкода, если обнаружение штрихкода включено для
действующего профиля. Нажмите на кнопку Options (Опции), чтобы
определить новые, отредактировать или удалить существующие
определения имен.
1 Примечание
В поле Preview (Предпросмотр) отображается настроенное имя файла.
Параметр
Опции
инструмента
Naming
Definition
• New (Новый)
Описание
Здесь можно создать новое определение именования.
Система попросит ввести имя определения, после чего
в диалоговом окне вы сможете настроить определение
именования.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 611
--- стр. 811 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
-Edit
(Редактировать)
- Rename
(Переименовать)
Save as
(Сохранить
как)
Delete
(Удаление)
Import Names,
Profiles and
Scenes names
(Импорт имен,
профилей и
имен сцен)
Name, Profile and
Folder from
Barcode (Имя,
профиль и
папка из
штрихкода)
Здесь можно редактировать текущее определение
именования.
Здесь можно переименовать текущее определение
именования.
Здесь можно сохранить текущее определение
именования под другим именем.
Здесь можно удалить выбранное определение
именования.
Позволяет импортировать имена изображений и
используемые профили. Также позволяет присваивать
имена сценам. Перед запуском импорта необходимо
установить все слайды. Программное обеспечение
применит импортированные параметры только к
слайдам со статусом New (Новый).
Более подробно об импорте см. в разделе «Импорт
имен, профилей и сцен».
Позволяет использовать информацию штрихкода для
именования изображений, назначения профилей и
поддиректорий.
Более подробно об импорте см. в разделе
«Использование штрихкода для определения имени,
профиля и подпапки» [► 507].
19.1.4.1.3 Инструмент Storage Location
Location
1^Jsers\^-todm\De^c3pUiir
Рисунок 19.10. Инструмент storage location '
В инструменте Storage Location (Место хранения) можно указать место
хранения созданных изображений. Можно указать локальный путь на
используемом компьютере, а также сетевую папку для хранения данных на
удаленном сервере. Рекомендуется хранить изображения на компьютере,
так как в зависимости от свойств сети, соединение может быть
недостаточно надежным для сохранения данных. Сбой в соединении с
сетью может приводить к остановке процесса сканирования или
з а м е д л е н и ю п е р е д а ч и д а н н ы х в с л у ч а е м е д л е н н о й с к о р о с т и с о е д и н е н и я .
В случае выбора сетевой папки, рекомендуемая скорость передачи
данных составляет 100 Мб/с. В выпадающем списке можно выбрать
доступные пути, которые использовались ранее. С помощью кнопки Create
New Folder (Создать новую папку) в диалоговом окне Browse Folder
(Выбор папки) создается новая папка для хранения файлов.
612 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 812 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.4.1.4 Инструмент Axio Scan
Door status:
Open
Stage statu s:
Notra)ioa:
■) Informatk»!.*
I ray Ra’ ,.ikO n: 3
Fray Type High-pieciskm 1*3
T/ay Status NotAvailabte
11? ^ Slide scanner status information:
i M ■
j l ' itage Pc --^: ^ Safe
VVc4ingStat. Ready
Рисунок 19.11. Инструмент Axio Scan
Параметр Описание
Door status Здесь можно видеть, открыта или закрыта та или иная
{Статус дверца. В зависимости от текущего статуса дверцу
дверцы) можно открыть или закрыть с помощью кнопки
Close/Open (Закрыть/Открыть). Эта функция
аналогична кнопке Open/Close (Открыть/Закрыть) на
самом устройстве.
Stage status
(Статус
столика)
Tray Information
(Сведения о
кювете)
Здесь можно видеть, загружена кювета или нет. Чтобы
загрузить кювету, дважды нажмите на кнопки кюветы,
расположенные слева от инструмента. Если кювета
загружена, появится кнопка Unload tray (Извлечь
кювету). При нажатии на эту кнопку кювета,
расположенная на столике, будет загружена в кассету.
Здесь отображается информация о кювете и вставке.
Информация в полях просмотра отображается при
наведении курсора мыши на кнопки кюветы. Цвета
сигнала перед кнопками указывают на текущий статус
кювет. Эти сигналы соответствуют сигналам на самом
устройстве. Более подробное описание см. в
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 613
--- стр. 813 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Параметр Описание
руководстве по эксплуатации. Двойное нажатие на
кнопку кюветы устанавливает вставку. При установке
другой вставки предыдущая удаляется автоматически.
- Tray Position
(Позиция
кюветы)
-Тгау Туре (Тип
кюветы)
- Тгау Status
(Статус кюветы)
Slide Scanner
status
information
(Информация о
текущем
состоянии
сканера
слайдов)
Отображает позицию кюветы/вставки в кассете.
Отображает тип установленной вставки (например,
High-precision 1x3 или High-precision 2x3).
Отображает статус фрейма (например, обработан,
просмотрен).
Раздел содержит данные о позиции столика (Stage
Position) (например, безопасная позиция) или
рабочем состоянии (Working State) (например,
состояние готовности) устройства. Эта информация
также отображается с помощью главного индикатора
самого устройства (готовность, обработка,
предупреждение).
19.1.4.2 Окно Magazine
В окне Magazine (Кассета) представлена общая информация о кассете
Axio Scan.Z1. Вы можете присваивать профили и условные обозначения
слайдам, отображать статус и перемещать кюветы вверх или вниз (с
помощью операции перетаскивания) для изменения последовательности
сканирования. Система начнет обработку всех активированных слайдов
сверху вниз (по галочкам в столбце Process (Обработка)). Это окно тесно
связано с вкладкой Scan (Сканирование) в левой области инструментов.
614 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 814 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
tlglniif [9 ca e
(ic«w)U CtrlkinaU U w rtAa < --i«M iU i ' (tebuiCM itcwiiciM
1 '.S' • :
V Tr> r гя>с nut ’
I'tTP***"** * ........ .e iiay Tips pf»can« Ы r
b. -r>'НГ.ЖлаМ а^ис» • B> i«m r«<lD iH 1
a ^ (■мятк 2 20itu». M ai
W m at . e V i 2П 14 U.«;. ОШ i-•mmnaat . \ • .. . ...JШ Ш \ г
■ — ■ ■
.
.•V rj,m 4 — « *'Г-ГА r^™r.'«irf-
HrjkjtjnM • e -r . 1 20H It.or.MM
I H H i «VIINiMnMMMV f 2 ЛИ.»в.«'_00»2
I кдмпмг •
НГЛ • e » m < Щ вяш Аг • .1».- •' - < ■ , 1 . I
tnrffMBfi' •О liiyrnw НЩ к»nfM a> 1д1 .; I- 'j.
fver fttiM M t fV о Tiai Г|Р«, W» n»OlHi Ш -.........................^tiTI—Ц • .............OTnyTlpc И 1# 1> pctnlwUJ
, 10 'I**' Hl|li puM ilw Ш
Uoin*TipiL III» piifiiniiu
tny UО inri^pc m» »»aiiHi «»* ,
TurniBir 1* ' i..OTP«}Tn« 1ж 5 . . ..... K. ■ ' ,
ТпцмаМ нс ttО Inqr Г|)м. in» priaim Ш
Рисунок 19.12. Окно Magazine
Примечания
■ После закрытия дверцы (с помощью программного обеспечения или на
самом устройстве) система определяет все кюветы внутри кассеты и
устанавливает тип кюветы и кюветные отделения в кассете, занятые
реальными слайдами.
■ По умолчанию система также проверяет все слайды (см. столбец
Process (Обработка)) и присваивает профиль сканирования (Scan
Profile) (определенный во вкладке Scan) каждому новому слайду. Даже
после запуска процесса пакетной обработки слайдов можно сменить
профиль и изменить прочие настройки (если в данный момент слайды
не обрабатываются/не сканируются).
■ На экране отображаются только установленные слайды. Пустые
позиции в кювете не отображаются. Загруженная кювета выделяется
оранжевым фреймом по периметру вставки (на примере это —
кювета 4).
Основные кнопки (1)
Позволяют легко регулировать вид и настройки окна Magazine (Кассета).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 615
--- стр. 817 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
Рисунок 19.13. Увеличенное изображение просмотра
19.1.4.2.1 Контекстное меню окна Magazine
Элемент меню Описание
Load tray (Загрузить кювету)
Assign scan profile (Присвоить
профиль сканирования)
Mark all slides in highlighted trays
for processing (Отметить все
слайды выделенных кювет для
обработки)
Unmark all slides in highlighted
trays for processing (Снять все
метки со слайдов выделенных
кювет для обработки)
Expand all highlighted trays
(Развернуть все выделенные
кюветы)
Collapse all highlighted trays
(Свернуть все выделенные
кюветы)
Система извлечет выбранную кювету
из кассеты и поместит на столик,
автоматически убрав со столика
предыдущую кювету. Установленная
кювета будет выделена оранжевым
прямоугольником.
Открывает выпадающее меню, в
котором пользователь может
присвоить всем выделенным
слайдам существующий профиль.
Выбирает все слайды выделенных
кювет для обработки (возможен
множественный выбор слайдов).
Отменяет выделение всех слайдов
выделенных кювет для обработки
(возможен множественный выбор
слайдов).
Раскрывает все выделенные кюветы
одним щелчком мыши. Для
выделения кюветы нажмите клавишу
Ctrl и выберите с помощью мыши
необходимые кюветы.
Сворачивает все выделенные
кюветы одним щелчком мыши.
618 руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 818 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.1 Slldescan
19.1.4.2.2 Контекстное меню Slide
Элемент меню Описание
Move to Prescan position
(Переместить в позицию
предварительного
сканирования)
Перемещает выбранный слайд в
позицию предварительного
сканирования.
Move to Scan position
(Переместить в позицию
сканирования)
Перемещает выбранный слайд в
позицию сканирования.
Assign scan profile (Присвоить
профиль сканирования)
Здесь можно выбрать профиль
сканирования и присвоить его
выбранному слайду. Если выбраны
несколько слайдов, выбранный
профиль будет присвоен всем
слайдам.
Open image(s) (Открыть
изображение(-я))
Параметр активен, если создано
изображение просмотра или
завершено сканирование.
Программное обеспечение откроет
изображение просмотра или
сканированное изображение слайда.
Если выбраны несколько слайдов,
откроются все изображения из этих
слайдов.
Mark all highlighted slides for
processing (Отметить все
выделенные слайды для
обработки)
Отмечает все выбранные
(выделенные) слайды для обработки.
Unmark all highlighted slides for
processing (Снять все метки с
выделенных слайдов для
обработки
Отменяет выделение всех
выбранных (выделенных) слайдов
для обработки.
Reset Scan status to new
(Изменить статус сканирования
на «новый»)
Изменяет статус сканирования
выбранного слайда на "new”
(«новый»).
Reset Scan status to previewed
(Изменить статус сканирования
на «предварительно
сканирован»)
Изменяет статус сканирования
выбранного слайда на "previewed"
(«предварительно сканирован»).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 619
--- стр. 819 ---
19 Приложения и компоненты 119.1 Slidescan
19.1.4.2.3 Опции Scan Profile
Пункт меню Описание
Open advanced wizard
(Открыть
расширенный мастер)
Открывает расширенный мастер создания
профиля сканирования (онлайновый режим).
В этом режиме система извлекает кювету со
слайдом из кассеты (только если кювета со
слайдом еще не размещена на столике). Можно
просматривать живое изображение с разных
камер (камеры просмотра/камеры
сканирования) и перемещаться по слайду.
Этот режим подходит, если необходимо
отрегулировать, например, время экспозиции, и
разместить окна в режиме реального времени.
Таким образом, вы будете работать с реальным
стеклянным слайдом. В то же время этот режим
может занимать много времени, поскольку
приходится перемещать реальный стеклянный
слайд.
Open advanced wizard
in offline mode
(Открыть
расширенный мастер
в автономном режиме)
Open tissue detection
wizard (Открыть
мастер обнаружения
тканей)
Save adapted scan
profile (Сохранить
адаптированный
профиль
сканирования)
Открывает расширенный мастер создания
профиля сканирования (автономный режим).
В этом режиме система не перемещает кювету
(слайд), и камеры не транслируют живое
изображение.
Этот режим подходит, если необходимо
изменить параметры, не связанные
непосредственно с живым изображением,
например настройки серии срезов по оси Z и
EDF (увеличенная глубина резкости) или
настройки фокусировки. Перемещать реальные
стеклянные слайды для регулировки этих
настроек не нужно.
Параметр активен, только если создано
изображение просмотра.
Открывает мастер обнаружения тканей (Tissue
Detection Wizard).
Позволяет менять область, которую затем
будет сканировать система, Вы можете
перемещаться непосредственно к следующему
или предыдущему слайду. Благодаря этому
переключение слайдов выполняется быстро и
удобно. Перемещать реальные стеклянные
слайды для регулировки этих настроек не
нужно.
Этот мастер можно запускать даж е во время
сканирования просмотра остальных слайдов.
Параметр активен, только если адаптирован
профиль сканирования.
Здесь можно сохранить адаптированный
профиль сканирования (адаптированный
профиль сканирования отображается с
помощью иконки шестеренки перед именем
профиля). После
620 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 820 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Пункт меню Описание
Properties (Свойства)
активации этой функции появится диалоговое
окно Save As... (Сохранить как...), в котором
можно выбрать и сохранить соответствующее
имя для адаптированного профиля.
Позволяет просмотреть свойства профиля.
Откроется средство просмотра XML-файлов со
всеми сведениями о профиле сканирования.
Эта информация представляет интерес только
для более опытных пользователей.
19.2 АроТоте.2
19.2.1 Введение
В следующих разделах описывается, как калибровать АроТоте для
проведения двухканального эксперимента и получать двухканальное
изображение. Это изображение будет использоваться как основа для
демонстрации параметров обработки изображений. После этого будет
получено изображение серии срезов по оси Z, которое будет
восстановлено из свертки в АроТоте.
Фазовая калибровка, если еще не проводилась, выполняется во вкладке
Locate (Местоположение), а остальные шаги — во вкладке Acquisition
(Получение изображений).
Калибровка фокуса сетки (Grid Focus Calibration) — важный этап. Чтобы
гарантировать одинаковые оптические условия, лучше всего выполнять
данную калибровку на образце, изображение которого необходимо
получить в будущем. Если образец подвержен значительному
обесцвечиванию, можно воспользоваться поставляемым в комплекте
слайдом.
Дополнительная информация по АроТоте приводится в разделах:
■ Принцип визуализации с помощью метода структурированного
освещения [► 620]
■ Оптимальные условия для получения изображений [► 624]
■ Перечень рекомендованных объективов
19.2.2 Принцип визуализации с помощ ью м етода
структурированного освещ ения
Оптическая система микроскопа рассчитана на анализ очень тонких
образцов. При использовании объектива с коррекцией на толщину
покровного стекла все оптические вычисления выполняются для очень
тонких объектов, которые располагаются непосредственно под покровным
стеклом. Все объективы с коррекцией на толщину покровного стекла,
производимые компанией ZEISS, оптимизированы для подобного
использования и имеют оптимальную функцию рассеяния точки (PSF) для
длин волн, на которые они рассчитаны.
Однако в биологических областях применения подавляющее большинство
используемых образцов не соответствует этим оптимальным требованиям.
Иногда используются толстые срезы биологических тканей, например для
анализа клеток ткани с использованием флуоресцентных маркеров.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 621
--- стр. 821 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
В таких случаях во время микроскопического анализа и особенно во время
документирования, заданная фокальная плоскость скрывается частями
изображения, возникающими из областей, расположенных выше и ниже
фактической фокальной плоскости. В результате изображение
оказывается тусклым, со сниженным контрастом и светлым фоном.
В худшем случае могут быть скрыты важные структуры и детали
изображения.
Рисунок 19.14. Входное изображение (схематически)
Данный эффект показан на представленном выше микроскопическом
изображении клеточных ядер ткани. Для предотвращения или
инвертирования этого эффекта можно использовать ряд методов, таких
как конфокальная лазерная сканирующая микроскопия или трехмерная
деконволюция.
Принцип структурированного освещения
В АроТоте 2 применяется принцип структурированного освещения. Эта
технология включает в себя введение сеточной структуры с линиями
определенной ширины в плоскость полевой диафрагмы осветителя на
оптическом пути отраженного света. Так как полевая диафрагма
осветителя сопряжена с фокальной плоскостью, во время наблюдения
через окуляр видна сетка, наложенная на фактический образец.
Рисунок 19.15. Изображение сетки
Изображение сетки показано на рисунке выше схематически.
В действительности линии сетки намного тоньше.
Перемещение сеточной структуры
Механизм сканирования в слайдере АроТоте 2 используется для
перемещения сеточной структуры в плоскости образца по меньшей мере в
три определенных этапа. Сетка перемещается очень быстро (менее чем
за 20 мс). Цифровое изображение поступает с каждой позиции сетки. На
следующем рисунке схематически показано перемещение сетки;
622 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 822 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Позиция 1 Позиция 2 Позиция 3
Оптический срез
Три необработанных изображения совмещаются на ПК в режиме онлайн и
отображаются в виде оптического среза. Это совмещенное
результирующее изображение представляет собой оптический срез
образца со следующими характеристиками;
■ Сеточная структура удалена из необработанных изображений.
■ Части изображения вне фокуса невидимы.
■ Резкость и контраст изображения усилены.
■ Разрешающая способность изображения в аксиальном направлении
повышена.
Рисунок 19.16. Выходное изображение (схематическое)
руководство пользователя ZEN 2.3 (Ыие) | Ред. 1.0 на русском языке 623
--- стр. 823 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Рисунок 19.17. Изображение образца: клеточные ядра
На рисунке выше представлено черно-белое изображение клеточных ядер
(срез головного мозга личинки). Сверху слева: традиционный
флуоресцентный срез; снизу справа: оптический срез.
Почему результирующее изображение является оптическим срезом?
Схематическое изображение сетки
Один из возможных способов объяснить это — использовать изображение
сетки в образце:
Рисунок 19.18. Изображение сетки (схематическое)
Изображение сетки предоставляет необходимые сведения о расстоянии от
установленной фокальной плоскости до различных структур образца
(см. рисунок выше). Некоторые структуры образца расположены в фокусе,
а другие — выше или ниже фокальной плоскости и проникают в
установленную фокальную плоскость.
В методе сеточной проекции используется тот факт, что изображение
сетки выше и ниже фактической фокальной плоскости размыто и
проникает в размытые области образца. При перемещении линии сетки на
фокальной поверхности появляются значительные яркостные контрасты
(= контраст).
624 Руководство пользователя 2EN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 824 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Вне фокальной плоскости контрасты незначительны, поскольку образец и
изображение сетки практически размыты. Яркостные контрасты
обнаруживаются с помощью алгоритма, используемого для объединения
необработанных изображений, а также удаления частей изображения,
расположенных вне фокуса.
Режим исходных данных
Для просмотра исходных данных перейдите в режим отображения
исходных данных Raw Data во вкладке АроТоте.
■ ' • - -Ц-- N в
[кпчлмм ■ '
т*--*—: S Tr~H>CZD
•г—'Г'
rtuM J .•---------:—
Teofc ) V ЫярЫЛап
Clw ntw it fWMj
I Channel I Hang* Ык4(в>
fUauaTa^
Bo вкладке Dimensions (Измерения) появится ползунок Phase (Фаза).
Здесь можно выбрать отдельные позиции сетки. Этот режим отображения
используется для поиска ошибок, например источника остаточных полос в
обработанном результирующем изображении.
19.2.3 О птимальны е условия д л я получения изображений
Для создания оптимальных изображений в А р о Т о те должны выполняться
следующие требования:
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 625
--- стр. 825 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Время экспозиции камеры: устанавливается так, чтобы
использовалось приблизительно 80% динамического диапазона камеры.
Чем меньше динамический диапазон образов линий, тем зашумленнее
будут результирующие изображения.
Правильная калибровка; хорошие результаты достигаются только при
правильно выполненной калибровке. Для калибровки желательно
использовать собственный образец. Если при этом не достигаются
хорошие результаты, воспользуйтесь калибровочным слайдом,
поставляемым в комплекте.
Достаточный контраст сетки на образце; хорошее изображение
среза достигается только в том случае, если линии сетки в живом
изображении четко просматриваются во всех областях объекта. При
определенных обстоятельствах образцы с очень однородным
окрашиванием могут не подходить для визуализации в АроТогпе.
Избегайте вибраций во время получения изображений, так как любое
смещение позиции сетки в ходе процесса получения изображения
может привести к возникновению линейных артефактов.
Число фаз: несмотря на то, что три позиции сетки (также называемые
фазами) могут полностью охватить структуры объекта, находящиеся в
фокусе, и, следовательно, достаточны для создания оптических срезов,
значительно лучшие результаты достигаются при получении 5 и более
фаз. Поэтому в качестве стандарта используются 5 фаз.
Правильный выбор частоты сетки; в обычных обстоятельствах
наилучшие результаты достигаются при автоматическом выборе сетки.
Во время работы с трудными образцами, например при слабом
окрашивании, выбор другой сетки вручную может обеспечить лучшие
результаты.
Избегайте электрических помех; сканер АроТоте снабжен
высокоточной системой управления. Во избежание неправильного
позиционирования сетки избегайте воздействия электронных помех,
например от близко расположенных к АроТоте сотовых телефонов.
19.2.4 П еречень реком ендованны х объ екти вов
В следующем перечне приводится общее описание рекомендованных
объективов и их совместимость с некоторыми микроскопами. По ссылкам
доступны подробные характеристики каждого объектива.
Общая схема
■ ЕС Plan-Neofiuar (Axio Observer / Axio Zoom.VI6) EC Ptan-Neoftuar
[► 626]
■ LCI Plan-Neofluar (Axio Observer/ Axio Zoom.V16) LCI Plan-Neofluar
[► 626]
■ Plan-Apochromat (Axio Observer / Axio Zoom.V16) Plan-Apochromat [► 627]
■ LD LCIPIan-Apochromat (Axio Observer) LD LCIPIan-Apochromat [► 627]
■ C-Apochromat (Axio Observer) CApochromat [► 627]
■ LD C-Apochromat (Axio Observer) LD CApochromat [► 628]
■ A Plan-Apochromat (Axio Observer) a Plan-Apochromat [► 628]
■ A Plan-Fluar (Axio Observer) a Plan-Fluar[> 628]
626 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) ] Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 826 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Микроскопы
■ Объективы для Axio Observer.
■ Объективы для Axio Zoom.Vie.
19.2.4.1 ЕС Plan-Neofluar
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза
при 490 нм [RU/мкм]
DAPIc
FS 34
DAPI с
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
10х 0,3 Воздух 2,9/31,9 1,7/18,2 0,9/9,9 Да Да
20х 0,5 Воздух 2,4/9,2 1,4/5,3 0,7/2,9 Да Да
40х 0,75 Воздух 1,6/2,8 0,9/1,6 0,5/0,9 Да Да
40х 1,3 Масло 2,5/2,2 1,4/1,2 0,8/0,7 Да Да
бЗх 0,95 Воздух 1,0/1,1 0,6/0,7 0,4/0,4 Да Нет
бЗх 1,25 Масло 1,6/1,5 0,9/0,9 0,5/0,5 Да Да
ЮОх 1.3 Масло 1,0/0,9 0,6/0,5 0,4/0,3 Да Да
19.2.4.2 LCI Plan-Neofluar
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза
при 490 нм [RU/мкм]
DAPIc
FS 34
DAPIc
FS 49
Верхняя
сетка
Средняя
сетка
Нижняя
сетка
25х 0,8 Масло, вода или
глицерин
2,9/6,6 1.7/3,7 0,9/2,0 Да Да
бЗх 1.3 Вода или
глицерин
1,5/1,3 0,9/0,7 0,5/0,4 Да Да
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) t Ред. 1.0 на русском языке 627
--- стр. 828 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.2 АроТоте.2
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза
при 490 нм [RU/ mkm]
DAPIc
FS 34
DAPIc
FS 49
бЗх 1,2 Вода 1,4/1,3 0,8/0,7 0,5/0,4 Да Да
19.2.4.6 LD CApochromat
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза
при 490 нм [RU/ mkm]
DAPIc
FS 34
DAPIc
FS 49
Верхняя Средняя
сетка сетка
Нижняя
сетка
40х 1,1 Вода 2,1/2,3 1,3/1,4 0,7/0,7 Да Да
19.2.4.7 а Plan<Apochromat
V Числовая
апертура
Immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза
при 490 нм [RU/ mkm]
DAPI с
FS 34
DAPIc
FS 49
Верхняя Средняя
сетка сетка
Нижняя
сетка
бЗх 1,46 Масло 1,5/1,0 0,9/0,6 0,5/0,3 Да Да
ЮОх 1,46 Масло 1,0/0,7 0,6/0,4 0,3/0,2 Да No (Нет)
19.2.4.8 а Plan-Fluar
V Числовая
апертура
immersion
(Иммерсионная
среда)
Сетка / толщина среза
при 490 нм [RU/mkm]
DAPIc
FS 34
DAPI c
FS 49
Верхняя Средняя
сетка сетка
Нижняя
сетка
ЮОх 1,45 Масло 1,0/0,7 0,6/0,4 0,3/0,2 No (Нет) No (Нет)
19.2.5 Подготовка: ф азо в ая калибровка
Перед использованием АроТоте для проведения экспериментов, следует
установить оптимальный угол наклона сканера на АроТоте 2. Эта тонкая
регулировка сканера проводится только один раз после установки системы.
Для этого используются зеркальное предметное стекло и специальный
уголковый отражатель, поставляемые в комплекте с АроТоте 2.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 629
--- стр. 829 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Калибровку необходимо выполнить только для одной сетки и одного
объектива. Рекомендуется калибровать сетку для малой кратности
увеличения (сетка, обозначенная литерой «L» для «малого увеличения») с
использованием объектива 20х.
Позиционирование камеры также оптимизируется в диалоговом окне
фазовой калибровки. Для достижения оптимальных характеристик
горизонтальная плоскость камеры должна максимально точно
располагаться параллельно линиям сетки АроТоте 2.
Процесс калибровки сопровождается мастером калибровки. Запустите
мастер фазовой калибровки АроТоте (АроТоте Phase Wizard) в меню
Acquisition (Получение изображений).
Мастер проведет вас через процесс калибровки, состоящий из пяти шагов.
Следуйте указаниям в текстовом поле мастера.
1 Примечание
Для выполнения фазовой калибровки потребуется поставляемое в
комплекте зеркальное предметное стекло и калибровочный рефлекторный
модуль (424930-9902-000). Модуль предназначен для использования с
источником белого света, например НХР120С, и не может использоваться
со светодиодным источником света CollbrI. Если ваша система АроТоте
была заказана и поставлена исключительно с Colibri. то в комплекте
должен присутствовать подходящий калибровочный рефлекторный
модуль (424930-9000-000). Если источник света Colibri модернизирован, а
калибровочный рефлекторный модуль отсутствует, фазовая калибровка
невозможна. В этом случае обратитесь к торговому представителю
компании ZEISS.
19.2.6 Шаг 1. О пределение каналов с помощ ью Sm art Setup
Порядок действий
Цель
В этом шаге выполняется настройка двухканального эксперимента. Для
этого воспользуемся функцией быстрой настройки Smart Setup. АроТоте
находится в первом фиксированном положении, т. е. в пустом положении
без сетки.
1 Поместите образец на столик микроскопа, выполните
позиционирование с помощью функций вкладки Locate
(Местоположение) и фокусировку.
630 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 830 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
2 Перейдите во вкладку Acquisition (Получение изображений) и создайте
новый эксперимент в менеджере экспериментов (Experiment
Manager):
<53 ® I ш . ifiji
Locate Acquisitior> Analysis Reporting
Experiment Manager
(^ 1ome fiTTi
Smart Setup] P Show e!IT
AF CM & (S3
Find Focus Set bposure Live Continuous Sna
P Z-Stack
P Tiles
P Panorama
P Time Series —
3 Откройте диалоговое окно Smart Setup (Быстрая настройка)
r^ Tm art Setup]
4 Выберите соответствующие красители (в нашем случае Alexa 488 и
Alexa 568);
CpM tM i1 Ptobt
DvortKwtc*АМ мЙногШ
(k>0(ts«i4r<А1«мПим1б1
^1*1_____________________________
Sm wl М ир
ConAqur* yam atpsim ont
p 1 e 1 ★Auiom «tx 1 Sppid [ Q iM ldy
ASUndw dСаггШ
Piepetpk
AM D )i« «t Cen)»eir>4 M rtborf
Recently (bed
I'l-J
AJeu Fluw 4U 517 nmO
А1«мЯии»а «ОЗмпК
Aloa Ftue> M O mnmB
CUR Звшл В
mWU eUrmB
UBiigM IM d
l-AM S П9«пВ-2-М <1к)И г«мп|(||| 595 шла
2-M «(hr<b*n(euie(t Хвпш В
1 l-M nttliy(akUnc*ibM >i TUnm Ш
5-CW »74nmB
5-FAM 51(nm В
5-1Ю К ШптВ
5-ТАМ КД 5(7n< n □
t-CRO G M 7nm D
t-HIX 559 nm □
S-XX Sttfun □
6-m M Tom □
}-M tO -C Pum ann' AcO HП7тпв(
Ad«ondl<k Gm w i SX I 5X 1 ran В 1
AG 505 ran В :•
Conltnl>n9 Ucthodi
TLDKTLDM M irldTl PkM « [TIW ■ *
V SM w Ctfiunon !< / Shew (m iUM nf Дк ') C C»r«l ]
{ '"am [ CfaM
5 Закройте диалоговое окно, нажав OK.
В инструменте Channels (Каналы) появятся два канала.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 631
--- стр. 842 ---
19 Приложения и компоненты 119.2 АроТоте.2
Порядок действий 1 Установите флажок Deconvolution (Деконволюция).
liiitittn
Z-fOtHaOfi - т г г т
I t e t n 1 О !» - .! 1^1- — J
Тм« А 1 j
г S^CKwMd I К<п9<1п*смог
ПГе«5?
i f li'jb lt c a iH tiic w
C w iK O w n . fS«in55t5ii5~~~ ' P h tM ie r c r tU e n
foy»«r«e ~ ~ 32 OBdOiJfUmm
V OaconrttutiMi f АМлммл<мч«и»Аil/ Sd M nn(tfi M «nu*ly
W wk M tAum % < K > g<ctBi»i>»fciaBw )
Убедитесь, что также активирована опция Set Strength Manually
(Установить силу вручную). Ползунок Strength (Сила) установлен на
Medium (Средняя) по умолчанию. Пока оставьте эту настройку без
изменений.
2 Нажмите кнопку Apply deconvolution (Применить деконволюцию).
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 643
--- стр. 843 ---
19 Приложения и компоненты [ 19.2 АроТоте.2
В зависимости от размера изображения и характеристик компьютера
обработка займет от нескольких секунд до нескольких минут. Не
забудьте также отрегулировать яркость и контраст, используя
настройки во вкладке Display (Отображение) (с помощью кнопок
Min/Max (Мин/Макс)).
Z-feeben I■Г-ГТ
■ V Aute Гл
т*с* вИС5П5!Г2Э f ^ HviwiKvn
ct-ivwh
Ь>Ч1«Ск>пм1 ■' R»«)« 1лЛс«1в«
i'*we"y*l
M u lip k С А ь к п М к
т
V л р д а
/
/ ’■ ' \
/ I
- •• 1
1
. S С - . ii-
1 dw R« TjTTlIfSBJTT! v.h«fsnii
3 Просмотрите полученную серию срезов по оси Z с помощью ползунка
Z-Position (Позиция по оси Z) во вкладке Dimensions (Измерения).
644 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 844 ---
19 Приложения и компоненты 1 19.2 АроТоте.2
4 Измените настройку Strength (Сила) во вкладке АроТоте до заметного
улучшения качества изображения и исчезновения искажающего
фонового шума.
■ .У
5 Чтобы сохранить полученное изображение в отдельном графическом
документе, нажмите кнопку Create image (Создать изображение).
Display Г АроТоте | , ii^ J
Display Mode
R7 Enabiccorrection Deconvolved image present!
Correction
RIter
P Normalization
[ Local bleaching
fW
» [ P Phase corf€fction
^ Grid 27237 L/mm
S? Deconvolution P Aberration correction
I7 Set Strength Manually
t I I f I I I • • • I
Weak Medium Strong
f Create image )■
[ deconvolution ]
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 645
--- стр. 851 ---
20 Часто задаваемые вопросы | 20.9 Что делать, если живое изображение остается черным
или белым после настройки экспозиции? _______________________________________________
20.9 Что делать, если живое изображение остается
черным или белым после настройки экспозиции?
Убедитесь, что кривая отображения не примыкает к правой/левой границе.
Попытайтесь восстановить настройки кривой отображения по умолчанию,
нажав кнопку Reset (Сброс) во вкладке Display (Отображение).
Display " rOI Chart Гоол^ Export^^ Rat:o^^ .OKA*
Htstognm Spline MoPej
Г Auto[Miru%iaxl Best Fit ]j 2.00 lO l b ^ lT lL C u ^ ^
Bladefo Ш |0--«5 Ш IQ^S to ! White Ц б З м Ц ) ^
20.10 Почему живое изображение отображается в
предельных цветах по сравнению с тем, что я
наблюдаю в окуляры?
Причиной может быть неотрегулированная кривая отображения.
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Reset (Сброс).
2 Нажмите кнопку 0.45 или установите значение гаммы (Gamma) на 0,45.
3 Кроме того, вы можете нажать кнопку Min/Max (Мин/Макс) или Best Fit
(Оптимальная подгонка).
Display JrOI Too:^ Chart Т<ю15^ ixpoit^atio^^
Histogram [ Spline Mooe I
Г Aut Г ( Min/Max I Best Fit h 2.00 I :JI 0.01 [ : ) (Current R fO » ll Reset
1 '4 Ш Г '
Ш .', ■ .
Ь О
Blade fo 0 Gamma 0.45 V№;te ll€3S4
652 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 852 ---
20 Часто задаваемые вопросы | 20.11 Почему разрешение изображения ниже заявленных
характеристик камеры? __________________________________________________
20.11 Почему разрешение изображения ниже
заявленных характеристик камеры?
Возможно, выбрана неправильная или неподходящая настройка.
Порядок действий 1 В инструменте Camera (Камера) раздела Acquisition ROI (Получение
изображения области интереса) нажмите кнопку Maximize
(Максимизировать).
Acquisition ROI
If Maximize j \ center )
|1388 U )x|l0 4 0 Ll) 0
Offset
5 B Г5 В
[ Refresh Over/;ew ]
P'xel Size 6.45 x 6.45 pm
2 В разделе Mode (Режим) убедитесь, что параметр Binning (Биннинг)
установлен на 1x1,
Mode
Color Mode (RGB] B/W | Uve Speed fsiow
Resoi ution (1388x1040 H 1 ■ ^ ) Binning [1x1 1-Ч
20.12 Что делать, если живое изображение
расфокусировано?
Повторно выполните фокусировку образца в микроскопе. В качестве
дополнительной помощи вы также можете использовать панель
фокусирования.
1 Откройте контекстное меню, щелкнув правой кнопкой мыши по живому
изображению.
2 Выберите элемент Focus Ваг (Панель фокусирования).
В живом изображении отобразится панель фокусирования.
Порядок действий
20.13 Почему цвет изображения отличается
от наблюдаемого в окуляры?
в большинстве случаев это зависит от цвета используемого источника
света. В следующей инструкции предполагается, что используемый
источник света установлен на белый.
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 653
--- стр. 853 ---
20 Часто задаваемые вопросы | 20.13 Почему цвет изображения отличается от наблюдаемого
в окуляры? __________________________________________________________________________________
Порядок действий 1 Нажмите кнопку Default {По умолчанию) в инструменте Camera
(Камера) раздела Settings (Настройки) для восстановления заводских
настроек камеры.
Camera ✓ SiowAB
Settings
[ Defauit) ( Э (53 (Fi5i)
2 Нажмите кнопку Set Exposure (Установить выдержку).
АГ О & ss* CS)
Find Focus Set Exposure Live Cwitinuous Snap
F Link Cameras
Active Camera [AxioCamHR3
Г e Lightish
1 l3 Camera
^ShowAII
Settings 1
f Default ) ( (< i^ ) (Reload] 1
Exposure time
Time .........- j ' ' . .........-------------|ll,6 :l|m s ■'J
P Auto Exposure f Set Exposure)
3 Bo вкладке Display (Отображение) нажмите кнопку 0.45. Если эта
кнопка не отображается, включите режим Show all (Показать все).
Display^ROI Tools'^ Chart Export
Histogram f S^ine Mode )
Г Ayto[ Min/MaxI Best Fit jl 2.00 Г:]| 0.01 rt)(C u rfe n t~ R fo ^ [ ReseT)
^ackfo 0 * Gamma lo.45 [Д (0Д5 p ] White 116384Ш
654 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 856 ---
Глоссарий
Regularized Inverse
Filter
(Упорядоченный
обратный фильтр)
Обратный фильтр — это подлинный трехмерный метод, который обычно
достигает лучших результатов, чем алгоритм Nearest Neighbor {ближайший
сосед). В основном он включает в себя деление преобразования Фурье
(FT) объема на FT функции PSF, что может вычисляться очень быстро. В
вещественном пространства это соответствует деконволюции. Кроме того,
применяется статистический метод (Общая перекрестная проверка на
достоверность, GCV), который определяет составляющую шума в
изображении и автоматически устанавливает оптимальную силу
восстановления. Этот процесс также известен, как регуляризация. Этот
метод очень хорошо подходит для обработки нескольких серий
изображений с целью предварительного выбора изображений для
применения итеративного «высококлассного» метода. Однако получение
серий срезов по оси Z должно происходить с корректным расстоянием
(Найквиста). Рекомендуем получать дополнительные плоскости по оси Z
выше и ниже структуры интереса.
Smart Setup Smart Setup — интеллектуальный и удобный в использовании центр
(Быстрая управления флуоресцентными изображениями. Просто выберите
настройка) флуорохром из более чем 500 хранимых красителей, и ПО ZEN
автоматически определит оптимальные сочетания фильтров и настройки
получения изображений для вашего эксперимента.
Визуализация с
широким полем
обзора
В
Классические микроскопы часто называются «широкопольными» для того,
чтобы отличать их от систем микроскопии с возможностью выделения
оптических срезов, таких как лазерные сканирующие микроскопы. В
отличие от подобных систем, широкопольные микроскопы не способны
распознавать данные изображения в продольном направлении (по оси Z),
что приводит к созданию размытых изображений, и поэтому они, по
существу, являются слабыми системами трехмерной визуализации.
Существуют методы, которые компенсируют отсутствующую возможность
продольного выделения срезов в широкопольных микроскопах, такие как
трехмерная деконволюция или структурированное освещение (АроТоте,
Elyra-S).
Гауссовское
распределение
Излучение флуоресцентного света фактически имеет пуассоновское
распределение. Однако если во время визуализации преобладает шум
детектора или образы изображения незначительно превосходят шум
камеры и, следовательно, очень темные, то к подобным изображениям
обычно применяется нормальное распределение по Гауссу.
Деконволюция
д
Деконволюция — метод, используемый для улучшения изображений, в
частности флуоресцентных, Визуальная информация, полученная с
помоицью микроскопа, не может полностью воспроизвести структуры
реального объекта. Это обусловлено тем, что во время получения
изображения возникают неминуемые искажения, создаваемые оптикой и
электроникой. Кроме того, особенно в случае с флуоресцентными
микроскопами, в которых не предусмотрены методы создания оптических
срезов, в получаемое изображение постоянно проникает свет из областей
объекта, расположенных за пределами фокальной плоскости объектива.
Это относится к структурам, которые пользователь в действительности
хочет видеть, но которые приводят к снижению контраста и, как следствие,
видимому разрешению. Подобные электронно-оптические эффекты могут
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 657
--- стр. 857 ---
Глоссарий
быть описаны математически в виде функции рассеяния точки {PSF). Если
известна PSF, то с помощью деконволюции можно в значительной степени
устранить негативные эффекты. Благодаря ей создается абсолютно
резкое контрастное изображение объекта. Обычно деконволюция
применяется к серии срезов по оси Z, т. е. используется в качестве
трехмерного метода. Однако она также может ограниченно использоваться
для улучшения качества двухмерных изображений. Основательный обзор
деконволюции можно найти в руководстве Wallace et al., 2001: А
Workingperson's guide to deconvolution in light microscopy; Biotechniques 31;
1076-1097.
Коррекция
обесцвечивания
К
Кимограф Кимограф — двухмерное представление движущегося объекта во
времени. Перемещение объекта отслеживается с помощью линии или
кривой заданной толщины с построением динамичного графика
интенсивности. Кимографическое изображение отображает значения
интенсивности вдоль линии по оси X, а временные точки наносятся по
оси Y. С помощью этого метода можно визуализировать и анализировать
скорость перемещения и ускорение объектов с помощью простого
двухмерного представления.
Кнопки Motif С помощью кнопок Motif можно оптимизировать получение изображений по
таким параметрам, как скорость или качество. Все параметры (например,
разрешающая способность камеры или динамический диапазон) в режиме
Acquisition (Получение изображений) или инструменте Channels (Каналы)
определены автоматически. Они в основном влияют на настройки камеры,
детектора и освещения.
Характеристики широкопольного флуоресцентного микроскопа основаны
на предположении, что все плоскости по оси Z имеют одинаковую общую
яркость независимо от позиции фокусировки. Обесцвечивание
корректируется посредством применения поправочного коэффициента к
каждой плоскости по оси Z. Однако это предположение не относится к
методам, результатом применения которых является создание оптических
срезов, таких как конфокальные изображения.
Яркость микроскопных изображений зачастую уменьшается к краям. Это
обусловлено, например, смещенным или неравномерным освещением,
непостоянными условиями освещения или загрязненной оптикой. ПО ZEN
способно устранить подобные помехи с помощью так называемой
коррекции равномерности освещения (Shading Correction). Для начала вам
понадобится белое изображение. Оно будет выполнять функцию
эталонного фона изображения, которое необходимо скорректировать.
Критерий Критерий Найквиста констатирует, что сигнал должен быть обнаружен по
Найквиста меньшей мере с удвоенной точностью для надежного получения всех
частот сигнала. При получении изображений с низкой разрешающей
способностью могут возникать нежелательные эффекты, такие как
наложение. Это означает, в практическом смысле, что для выполнения
деконволюции микроскопные изображения должны иметь разрешающую
способность, которая по меньшей мере вдвое превышает оптическое
разрешение как в поперечном, так и продольном направлениях.
Коррекция
равномерности
освещения
Мастер анализа
изображений
М
Мастер анализа изображений позволяет очень легко создавать
подпрограммы автоматических измерений. Данный мастер обеспечивает
получение точных результатов без необходимости тратить время на
программирование. Это позволяет выполнять даже сложные измерения за
несколько минут.
658 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 858 ---
Глоссарий
Область мозаики
Общая
перекрестная
проверка на
достоверность
(GCV)
Принцип работы
модуля Airyscan
Пуассоновское
распределение
О
В экспериментах с мозаиками областью мозаики называется группа
отдельных полей изображения (мозаик), подходящих друг к другу и
организованных в форме сетки. С помощью областей мозаик можно
получать участки с измерениями, которые превышают размер отдельного
поля изображения. В рамках эксперимента ряд областей мозаик можно
получить в различных позициях на образце. Каждая область мозаики
опирается на X- и Y-координаты столика и Z-координату привода
фокусировки. Области мозаик определяются с помощью инструмента Tile.
После получения отдельные области мозаик отображаются в виде сцен.
Регуляризация, которая уменьшает влияние шума во время восстановления
изображения, обычно управляется параметром, который в большинстве
случаев определяется эвристически, методом проб и ошибок. Метод общей
перекрестной проверки на достоверность (GCV) позволяет рассчитать этот
параметр даже в сложных условиях минимизации пуассоновского
максимального правдоподобия.
П
Обычный конфокальный микроскоп подсвечивает одну точку на образце для
определения сигнала флуоресценции. Расфокусированное световое
излучение проходит через точечную диафрагму, размер которой
определяет, сколько узоров Эйри будет выявлено детектором. Вы можете
увеличить разрешение, уменьшив размер точечной диафрагмы, но значение
отношения «сигнал-шум» значительно снизится, так как точечная диафрагма
будет пропускать меньше светового излучения. Модуль Airyscan ZEISS
воплощает собой новую концепцию. Вместо пропускания света через
точечную диафрагму, 32-канальный детектор области одновременно
собирает весь свет в узоре Эйри. Каждый из элементов детектора
функционирует как отдельная, очень маленькая точечная диафрагма.
Знание траектории пучка и расположения в пространстве каждого узора
Эйри обеспечивает возможность сверхлегкой, эффективной визуализации:
теперь вы можете использовать все фотоны, собранные объективом вашего
устройства.
Излучение фотонов флуорохромами имеет статистическое распределение,
известное как «пуассоновское распределение». Это предпочтительная
модель, принятая за основу для расчета деконволюции. Она применяется в
случаях, когда преобладающая доля шума изображения вызвана дробовым
шумом (шум типа «соль и перец»). Это предположение применяется к
изображениям, которые были получены с помощью качественных,
малошумных детекторов с использованием их динамического диапазона.
Режим исходных
данных
Модуль АроТоте объединяет преимущества широкоугольных систем
визуализации и преимущества выделения оптических срезов. Изображения,
полученные во вкладке Acquisition (Получение изображений), содержат все
изображения, полученные из сетки. Эти изображения сетки также
называются фазовыми или необработанными изображениями. Такой
принцип обладает рядом преимуществ; 1) все полученные данные
сохраняются и не исключаются; 2) сам процесс получения изображений не
замедляется ресурсоемкостью обработки; 3) предоставляется доступ к
различным методам коррекции, обеспечивая гибкость в обращении с
образцом должным образом сразу после получения изображения; 4)
фазовые ошибки (=в позиции сетки), возникающие во время получения
изображения и вызываемые, к примеру, вибрациями микроскопа, могут быть
с большой вероятностью устранены с помощью фазовой коррекции без
необходимости повторного получения изображения; 5) вы можете
достигнуть заметного повышения разрешения и контраста с помощью
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 659
--- стр. 859 ---
Глоссарий
специально адаптированного к АроТоте режима деконволюции,
присутствующего во всех системах; 6) режим исходных данных облегчает
анализ изображений, который выявляет ошибки или артефакты в
разделенном на срезы изображении, которые в другом случае остались бы
незаметны.
Сферическая
аберрация
Флуоресцентные
гранулы
Функция
Drag&Drop
Функция
рассеяния точки
(PSF)
Для достижения максимальной оптической разрешающей способности
каждый объектив должен использоваться с определенной иммерсионной
средой. В микроскопии, особенно в бионауке, не всегда возможно поместить
образец в среду с необходимым показателем преломления. Если луч света
проникает в заливочную среду с неподходящим показателем преломления,
то это приводит к возникновению сферической аберрации. Чем дальше от
покровного стекла измеряется PSF, тем больше она становится
асимметричной. На практике это проявляется в виде увеличения потери
яркости по мере увеличения расстояния до покровного стекла.
Компенсировать сферическую аберрацию можно с помощью объективов с
корректирующими кольцами либо объективов, рассчитанных на
определенные заливочные среды {например, водные растворы). Тем не
менее в ограниченных пределах сферическую аберрацию можно
компенсировать во время деконволюции, учитывая параметры,
ответственные за данный эффект, во время расчета теоретической PSF.
Более подробно о сферической аберрации см. S. F. Gibson, F. Lanni,
“Experimental test of an analytical model of aberration in an oil-immersion
objective lens used in three-dimensional light microscopy", J. Opt. Soc. Am. A,
vol. 8, no. 10, pp. 1601-1613, October 1991.
Ф
Флуоресцентные гранулы часто используются для измерения функции
рассеяния точки (PSF). Диаметр этих гранул, как правило, значительно ниже
предела разрешающей способности используемого объектива. Зная форму
и размер гранул, можно определить различные оптические параметры
микроскопа. Для измерения PSF, при использовании объектива с числовой
апертурой 1,4, следует использовать гранулы диаметром 50-170 нм.
Дословно переводится как «перетащить и опустить». Осуществляет
перемещение объектов (например, файлов, иконок и т. д.) на экране из
одной папки в другую. Нажатием и удерживанием левой кнопкой мыши
объект перемещается в место назначения вместе с мышью.
Все электронно-оптические эффекты, которые влияют на создание |
микроскопного изображения могут быть описаны математически в виде
функции рассеяния точки (PSF). Если известна PSF, в большинстве случаев
для устранения негативных эффектов на микроскопных изображениях
можно использовать деконволюцию. Существует три возможных способа
определить PSF: теоретический — с помощью известных ключевых
оптических параметров, экспериментальный — с помощью измерений с
использованием флуоресцентных гранул известного диаметра, слепой — с
помощью метода, который работает на основе предварительных знаний. В
ПО ZEN реализована теоретическая модель Ленни и Гибсона, которая также
моделирует асимметрии, наподобие тех, которые могут возникать из-за
сферических аберраций (см. S. F. Gibson, F. Lanni, “Experimental test of an
analytical model of aberration in an oil-immersion objective lens used in three-
dimensional light microscopy”, J. Opt. Soc. Am, A, vol. 8, no. 10, pp. 1601-1613,
October 1991).
Эффект ореола Ореол — это (как правило, нежелательный) эффект в цифровой обработке
изображения («ореол» вокруг объекта изображения).
660 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 860 ---
Алфавитный указатель
Category (Категория)
Область мозаики 338, 339
Позиции 338, 339
Присвоение 297
Создание новой 297
Упорядочивание 299
Create (Создать)
Категория 297
Локальная фокальная поверхность 286
Области мозаик 275, 276
Общая фокальная поверхность 290
Позиции 277,280
Сканирование просмотра 272
Шаблон подложки 306
Distribute (Распределить) 29
Локальные контрольные точки 286
Общие контрольные точки 290
О
Options (Опции)
Мозаики 342
Properties (Свойства)
Вкладка 336
контрольных точек 339
областей мозаик 336
позиций 338
Select (Выбрать)
Диалоговое окно Sample Carrier
Template 324
Категория 297
Степень интерполяции 295
Шаблон подложки 305
Shuttle & Find 382
Tile Region (Область мозаики)
Категория 338, 339
Копирование 281
Присвоение имени 296
Присвоение категории 297
Распределение контрольных точек 286
Создание 275,276
Быстрый выбор профиля 492
В
Введение 491
Величина расширения воздушной
границы 565,597
Вкладка
Контрольные точки 339
Настройка области мозаики 329
Настройка позиции 332
Подложка 327
Свойства 336
Вкладка Carrier 327
Вкладка Preview Scan 326
Вкладка Processing
Концепция настроек 61
Последовательность операций 61
Вкладка Scan 607
Вкладка Setup 329
автоматическая 44
Настройка серии срезов по оси Z
Настройка серии срезов по оси Z,
ручная 45
Получение изображений срезов по оси
Z 43
Ручная настройка 483
Создание EDF-изображения 96
Вращение двухмерных изображений 132
Вращение 131
Выбор дизайна 240
Выполнение деконволюции
Настраиваемая 67
По умолчанию 63
Выравнивание каналов 125
Выравнивание каналов (расширенное) 137
Выравнивание серии срезов по оси Z 127
Геометрические преобразования 125, 137
Глобальные данные светлопольных
профилей 579
Глобальные данные флуоресцентных
профилей 554
Границы / Фильтрация верхних частот 124
Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 661
--- стр. 861 ---
Алфавитный указатель
д
Деконволюция 98
Диалоговое окно
Выбор шаблона подложки 324
Дискретизация 133
Добавление аннотаций 33
Запуск программного обеспечения 21
Запуск сканирования просмотра 609
Запуск сканирования 609
Значение пикселей 27
И
Измерение интенсивности флуоресценции в
многоканальном изображении 206
Измерение толщины слоя 463
Изображение с эталонной равномерностью
освещения из мозаичного
изображения 510
Изображения временной серии 47
Импорт изображения
Поддерживаемые типы файлов 199
Индикатор выполнения 26
Индикаторы производительности 26
Инструмент Axio Scan 612
Инструмент Naming Definition 610
Инструмент Storage Location 611
Инструменты
Инструменты 476
Инструменты 477
К
Кадрирование области интереса 92
Калибровка
Столик 258,263
Шаблон подложки 306
К а л и б р о в к а д е р ж а т е л я о б р а з ц а
Мастер 390,442
Камера
Настройка ориентации 260, 265
Категории
Позиции 338
Компоненты 29
Контраст 35
Контрастная грубая и точная
автофокусировка 556
Контрольные точки
Вкладка 339
Локальные 319
Общие 319
Проверка Z-величин 288
Проверка позиций по оси Z 293
Распределение по области мозаики 286
Распределение по подложке 290
Конфигурация рабочего пространства 23
Копировать
Область мозаики 281
Позиция 281
Л
Лаплас 125
Локальная дисперсия 125
Локальная фокальная поверхность 286
Макс, градиент 125
Макс, удлинение 565, 597
Массивы позиций 316
Опции 318
Мастер калибровки Axio Scan 607
Мастер обнаружения тканей 604
Мастер создания профиля сканирования 551
Мастеры 476
Мастеры 478
Модуль Confocal Topography 463
Модуль 463
Мозаики и позиции
Выбор степени интерполяции 289
Настройка простого эксперимента с
мозаиками 267
Настройка простого эксперимента с
позициями 269
Мозаики 311
Опции 320,342
Проверка области мозаик / позиций 322
Н
Набор измерения резкости
FFT 574, 592
HG 2"^8 574, 592
Базовый 573, 592
Наилучший 573, 592
Степень контрастирования 574, 592
Набор стратегий распределения точек
фокусировки
Каждая п-я 575, 590
Каждая мозаика 576, 590
662 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 862 ---
Алфавитный указатель
Кожица лука 575, 589
Плотность 576,591
Размер ячеек расчетной сетки 577, 591
Центр тяжести 577,592
Число фокусных точек 576, 590
Настройка микроскопа
Настройка области интереса для изображения
предпросмотра Флуоресцентные
профили 508
Настройка ориентации камеры 260, 265
Настройка позиций по оси Z 283
Настройка физиологического
эксперимента 353
Настройка языка пользователя 28
Настройки карты фокусировки 572, 587
Настройки обнаружения тканей 562, 594
Настройки сканирования просмотра
светлопольных профилей 584
Настройки сканирования светлопольных
профилей 593
Настройки сканирования этикеток 556, 580
О
Области мозаики
Настройка Z-величин 283
Область интереса для
обнаружения тканей 563, 595
Обнаружение тканей 566, 598
Обработка изображений
Сохранение настроек для функции
обработки изображений 61
Обработка изображений 61
Обработка 146
Обратная связь по эксперименту
Концепция 238
Последовательность операций 239
Общая фокальная поверхность 286
Одиночные позиции 315
Опции 317
Однопиксельный фильтр 146
Окно Magazine 613
Представление данных о слайде 615
Сведения о кювете 615
Окно S&F 384
Оператор Робертса 124
Определение
Области мозаик 329
по контуру 275, 329
по массиву 277, 333
по местоположению 277, 332
по подложке (мозаики) 276, 331
по подложке (позиции) 280, 335
по предустановленным значениям 275,
329
Позиции 332
Оптимизация настроек живого
изображения 34
Оптическое распознавание символов
(OCR) 556,580
Опции масштабирования 26
Опции модуля Tiles 342
Опции предметного просмотра 327
Ориентация этикетки 558, 582
Ортогональная проекция 135
Открепление/закрепление окон
инструментов 241
Отобразить/Скрыть области 241
Отражение 133
П
Пакетная обработка — экспорт
изображения 87
Панель документов 25
Панель инструментов 23
Shuttle & Find 382
Мозаики 311
Программная автофокусировка 488
Сканирование просмотра 326
Папка хранения 27
Параметр Image Export 184
Перемещение
Подложка 299
Подложка 318
Выбор шаблона 305
Диалоговое окно Select Template 324
Калибровка шаблона 306
Перемещение 299
Персонализация шаблона 306
Распределение контрольных точек 290
Создание шаблона 306
Подсчет числа флуоресцентных каналов на
ядра 213
Позиции 315
Вкладка Setup 332
Категория 338, 339
Копирование 281
Настройка Z-величин 284
Опции 317
Присвоение имени 296
Присвоение категории 297
руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) | Ред. 1.0 на русском языке 663
--- стр. 863 ---
Алфавитный указатель
Создание 277,280
Поле обзора столика 325
Получение изображений временной серии 47
Получение изображения в АроТоте 620
Получение многоканальных изображений 38
Получение мозаичных изображений
Введение 257
Использование подложек 305
Калибровка столика 258, 263
Копирование области мозаики или
позиции 281
Модуль Tiles & Positions с расширенными
настройками 271
Настройка позиций по оси Z 283
Перемещение подложки после
инкубации 299
Присвоение категорий областям мозаик и
позициям 296
Пользовательский интерфейс 22
Последовательность операций 61
Правая область инструментов 25
Правдоподобие 102
Присвоение
Имя 296
Категория 297
Проверка позиций по оси Z
контрольных точек 293
Программная автофокусировка 488
Профиль сканирования по умолчанию 608
Позиции 317
Свойства (контрольные точки) 339
Свойства (мозаики) 336
Свойства (позиции) 338
Режим Show all 29
Ручное масштабирование 35
Сведения о системе 26
Сглаживание изображения 146
Сканирование просмотра с камерой
(предварительного) просмотра для
флуоресцентных профилей 562
Сканирование просмотра с объективом
(предварительного сканирования) для
флуоресцентных профилей 560
Смещение 136
Создание поднабора изображений 92
Создание сканирования просмотра 272
Создание частей изображения 85
Срез
Подложка 318
Позиции 315
Фокальная поверхность 319
Строка меню 23
Строка состояния 26
Сумма градиентов 125
Схема сортировки 566, 598
Сшивка 128
Коррекция равномерности освещения 128
Работа в окне MeanROI 345
Работа со стратегиями фокусирования 55
Распознавание штрихкода 556, 580
Расчет коэффициента для двух длин
волны 352
Расчет коэффициента для одной длины
волны 352
Расширение ImageJ в ОАО 252
Концепция ОАО 249
Расширенные настройки модуля Tiles 324
Расширенный мастер создания профиля
сканирования 553
Регулировка настроек живого изображения
Гамма 35
Контраст 35
Яркость 35
Регулировка настроек сканирования (FL) 528
Редактировать
Массивы позиций 318
Одиночные позиции 317
Тип распознавания тканей
Топография 463
555, 580
Увеличение/уменьшение рабочего
пространства 241
Увеличенная глубина резкости 96
Упорядочение 102
Ф
Фильтр Собеля 125
Фокальная поверхность 319
Локальная 286
Общая 286
Создание локальной 286
Создание общей 290
Функции обработки изображений
Коррекция равномерности освещения 122
664 Руководство пользователя ZEN 2.3 (blue) 1 Ред. 1.0 на русском языке
--- стр. 873 ---
--- стр. 874 ---
Приложение 2
Наименование
ГО
Номер по
каталогу
Масса
(погрешно
сть ±5%,
если не
указано
иное), кг
Размер
(погрешпост
ь ±5%, если
не указано
иное)
Функция и другие
технические
характеристики
Изображение
1 Корпус
микроскопа Axio
Observer 3
431004-9901-000 27,00 Совместно со
штативом
295мм X 805
мм X макс 707
мм
Обычно используются
микроскопы
- для медицинских осмотров
в лабораториях, больницах и
медицинских практиках,
- в науке и исследованиях
- для исследования образцов
крови и тканей из организма
человека.
“1
_
2 Корпус
микроскопа Axio
Observer 5
431006-9901-000 30,00 Совместно со
штативом
295 мм X 805
мм X макс.
707 мм
См. П.1
3 Корпус
микроскопа Axio
Observer 7
431007-9904-000 36,00 Совместно со
штативом
295 мм X 805
мм X макс.
707 мм
См. П.1
4 Штатив 431004-9901-000
431006- 9901-000
431007- 9904-000
Совместно
с корпусом
микроскоп
Совместно с
корпусом
микроскопа
См. п.1 См. п.1,2,3
--- стр. 875 ---
а
Макс. 36
кг
295 мм X 805
мм X макс.
707 мм
5 Тубус
бинокулярный
425537-0000-000 2,200 15 X 24 X 13
см
Бинокулярный тубус 45 ° /
23 с ручным затвором
6 Окуляр 444036-9000-000 0,100 5 X 4 X 4,5 см Окуляр PL 1 Ох/23
7 Наглазник для
окуляра
444801-0000-000 0,004 3,5 X 3,8 X 1,4
см
Предназначен для защиты от
бликов при наблюдении в
окуляры
8 Объектив 420480-9901-000 0,163 4,5 X 3,0 X 2,5
см
Объектив ЕС Plan-Neofluar
63х/1.25
масляноиммерсионный,
резьба М27 (рабочее
расстояние=0.10мм), в
комплекте иммерсионная
жидкость 518 F, масло 20мл
Предназначен для
формирования увеличенного
изображения объекта в
микроскопе. Является
основным оптическим
элементом микроскопа.
--- стр. 876 ---
Съёмный
носитель со
специальным
программным
обеспечением
410135-1003-200 0,01 18x60x8 мм Предназначен для хранения
и переноса программного
обеспечения
--- стр. 877 ---
Принадлежности
Наименование
Адаптер
детекции
для модуля
Ш
Номер по
каталогу
000000-1410-108
Масса
(погре
шност
ь ±5%,
если
не
указан
о
иное),
кг
1,3
Размер
(погрешность ±5%,
если не указано
иное)
15x7x10 см
Функция и другие
технические
характеристики
Предназначен для
подсоединения к детектору,
а также zuu разделения луча
на два луча
Изображение
Адаптер правого
микроманипулятора
411831-0002-000 0,7 3x1,5x15 см Крепление к микроскопу
микросманипуляторов.
Адаптер левого
микроманипулятора
411831-0002-000 0,7 3x1,5x15 см Крепление к микроскопу
микросманипуляторов.
--- стр. 878 ---
Блок нагревающий для
инкубатора
411857-9031-000 3,4 21x21x15 см Предназначен для
подогрева образцов.
Энергопотребление:
макс. 250 ВА
Рабочее напряжение:24
В DC
Макс, мощность
нагревания: 22-25°С
выше окружающей
среды, зависит от
инкубатора и длины
трубки
Переключатель
теплозащиты:
Переключение
температуры: >170®С,
настройка температуры: <
80 ®С,
432604-9902-000 3,1 25x22x10 см
Блок питания
осветителя
для
Источник питания для
осветителя
Характеристики питания:
100 А, 90..,250В, 50...60ГЦ,
Потребляемая мощность:
265 ВА
400615-9030-000 76,000 60,5 х69х70 см
Блок лазеров
Блок лазеров содержит 6
лазеров. Лазеры
предназначены для
возбуждения
флуоресцентного сигнала в
биологических образцах для
наблюдения их в микроскоп
в режиме
эпифлуоресценции.
--- стр. 879 ---
Блок сверхвысокого
разрешения
Вставка нагревающая
Вставка охлаждающая
000000-1762-583
411860-9020-000
411882-9010-000
23
0,4
0,650
45x21x25 см
16x13,5х 2,2 см
16x13,5х 2,2 см
Предназначен для
маьшпуляции светом
Сетевое напряжение:
2x220 В
переменного тока (±10%)
Сетевая частота: 50...60Гц
Х а р а к т е р и с т и к и E ly ra
P S .1 вкл ю чая лазер ы :
Максимальный ток: 2x1
фазу 16 А
Мощность: 1 фаза = max
500 ВА; 2 фаза = max 700
ВА; 3 фаза = max 500 ВА
(дополнительно)
Энергоемкость: max 1600
ВА
Предназначена для
подогрева образцов
Предназначена для
охлаждения образцов
--- стр. 884 ---
22 Заслонка автоматическая
23 Зеркало переключающее
24 Устройство инкубации
423627-9901-000
000000-1269-455
411857-9400-000
0,450
1,7
7,3
0 10 X 6,4 см
10x13x16 см
61x41,4x41 см
З а с л о н к а в ы с о к о с к о р о с т н а я ,
с в н е ш н и м у п р а в л е н и е м
U N I B U T Z , з а с л о н к а
у п р а в л я е т с я с о ш т а т и в а
м и к р о с к о п а и л и U N I B L I T Z
к о н т р о л л е р а ; в р е м я
п е р е к л ю ч е н и я < 5 0 м с
П р е д н а з а н а ч е н а д л я
п е р е к р ы т и я о с в е щ е н и я в
р е ж и м е э п и ф л у о р е с ц е н ц и и
д л я п р е д о т в р а щ е н и я
в о з д е й с т в и я и з л у ч е н и я н а
о б р а з е ц ._______________________________
Моторизованное зеркало
переключения для двух
осветителей
Многофункциональная
инкубаторная база для
стандартных применений;
модульная модернизация для
встраиваемых модулей
--- стр. 885 ---
25 Кабели сетевые,
соединительные
26 Камера
специальная
цифровая
27 Крепление лазера
фемтосекундного
- кабель соединительный;
- крышка передняя;
- фильтр акусто-оптический,
- кабель USB
000000-1479-586
426556-0000-000
000000-2104-048 2,5
Диаметр 0,5 см, длинна
1,5 метра
11х8х5см
Длина кабеля
соединительного: 30
см
Размеры передней
крышки: 10x10x2 см
Размеры фильтра
акусто-оптического:
20x11x3 см
Длина кабеля USB:
30 см
Соединительные кабели
предназначены для
соединения компонентов
микроскопа и
принадлежностей между
собой. Сетевые кабели
предназначены для
питания компонентов
Предназначена для
записи изображений
Предназначено для
управления лазером
--- стр. 886 ---
28 Конденсор
29 Контроллер
предметного
столика
30 Крышка для многолуночных
планшет
424242-0000-000
432929-9011-000
000000-1156-838
4,5
0,02
15x18x18 см
25x22x12 см
92x133x5 мм
Предназначен для сбора
лучей от осветителя и
направления на образец.
Числовая апертура; 0,55
мм.
Световое поле.
Свободные порты для
установки фазовых
колец; 3 шт.
Свободные порты для
установки модулей для
DIC; 3 шт.
Предназначен для
управления столиком
предметным
Характеристики
питания: 100 ... 240 В
АС, 50 / 60 Гц
Предназначена для
защиты от внешних
воздействий клеточной
культуры, находящейся в
многолуночном планшете
при сохранении обмена
кислородом.
--- стр. 887 ---
31 Крышка для чашек Петри
32 Крышка для С02
33 Крышка для С02 с
подогревом
000000-1116-083
411857-9110-000
411857-9020-000
0,02
0,2
0,5
03,8x1 см
132x205x18 см
16x13x3 см
Предназначена для
установки на чашки
Петри для дальнейшей
установки культуральной
фольги
Осушествляет
распределение С02 в
объеме находящемся под
данной крышкой.
Осуществляет нагрев и
распределение С02 в
объеме находящемся под
данной крышкой,
назначение
--- стр. 888 ---
34 Крышка светозащитная
35 Колесо для фильтров
36 Контроллер для внешнего
лазера
000000-2103-963
452358-9000-000
000000-2085-538
0,02
1,600
15
12x16,5x1,5 см
11,9,х,14,7,х 12,5 см
45х38х14см
Защищает от внешнего
света культуру
находящуюся в
лабораторной посуде.
К о л е с о д л я в о з б у ж д а ю щ и х
ф и л ь т р о в 8 - л о з и ц и о н н н о е .
м о т о р и з о в а н н о е д л я
ф и л ь т р о в д и а м е т р о м = 2 5 м м ;
и н т е р ф е й с C A N д л я A x io
O b s e r v e r . Z I и A x io O b s e r v e r
7 . - к р е п л е н и е н а п о р т у
о с в е т и т е л я - д о 8 ф и л ь т р о в
д и а м е т р о м = 2 5 м м
Предназначено для
переключения
световильтров отрезающих
ту или иную часть спектра
для возбуждеьшя
флуоресцентных красителей
в образце.
_______________________
Предназначен для
управления внешним
лазером
Характеристики
питания: 100 ... 240 В
АС, 50/60 Гц, 180 ВА
.. t S4HF Tffr-y г ’'Г — • r-TT'T-rrtTrijTylY
--- стр. 889 ---
37 Лазер фемтосек\ндный
38 Лампа
39 Масло иммерсионное
CO H EREN T
380059-1660-000
444969-0000-000
52
0,012
0,02
78x37x19 см
031,8х 4,4 см
03x8 см
Предназначен для
многофотонного
возбуждения
флуоресцентного сигнала
с помощью лазерного
сканирующего
микроскопа в
биологических образцах.
Входное напряжение 220
вольт
Длины волн излучения
680-1080 нм.
Лампа 12В Ю ОВт
Предназначена для
введение между
объективом микроскопа и
рассматриваемым
предметом для усиления
яркости и расширения
пределов увеличения
изображения.
Объем: 20 мл
--- стр. 890 ---
--- стр. 891 ---
43 Модуль
иммерсии
автоматической
44 Монитор специальный
433801-9000-000
410350-3004-000
0,300
10
10,1 X 3,9 X 6,2 см
Размеры изделия с
подставкой (Ш х Г х
В): 69,03 X 26,64 х
60,1 см
Размеры изделия
без подставки (Ш х
ГхВ): 69,03 X 6,63 X
44,98 см
Предназначен для
автоматической подачи
иммерсионной жидкости на
образец.
Предназначен для вывода
изображения
Размер дисплея: 68 см
Угол обзора: 1780 по
горизонтали, 1780 по
вертикали
Яркость: 350 кд/м^
Контрастность: 1000:1
статическая; 5000000:1
динамическая
Скорость реагирования:
8 мс (серое в серое)
Соотношение сторон:
Широкоэкранный (16:10)
Подлинное разрешение:
2560x 1600
Характеристики
монитора: Plug and play
Антибликовое покрытие
Пользовательские
настройки Выбор языка
Экранные элементы
управления Светодиодная
подсветка
--- стр. 892 ---
45 Модуль анализаторный 424937-9901-000 0,040 3x3x3 см
Шарнирная подставка
Панель IPS
Входной сигнал: 1
разъем VGA; 1 разъем
DisplayPort (с
поддержкой HDCP); 1
разъем DVI-D (с
поддержкой HDCP); 1
разъем HDMI (с
под держкой HDCP)
П орты и разъем ы : 5
портов USB 3.0 (один
восходящий и четыре
нисходящих
Входное питание:
Н апряж ение на входе:
100-250 В переменного
тока
П отребляемая
мощ ность: 125 Вт
(максимум), 85 Вт
(стандарт), > 0,5 т (в
режиме ожидания)
Э ргономические
ф ункции: Наклон: от -5
до +20°; Поворот: ±45°
М ультимедиа: Выходной
аудиоразъем
_____________
Модуль анализаторный для
передачи света
--- стр. 899 ---
63 Привод коаксиальный для
столика предметного
432904-9901-000 0,6 20 X 25 X 6 см Расположен внутри
микроскопа
64 Призма для объектива 0,01 5х1,5х1 см
65 Салфетки для чистки
оптики, 300 шт./уп
462975-0000-000 0,1 12x10x5 см
Предназначена для
создания
микроскопического
контраста
Предназначен для
удаления пыли с
компонентов микроскопа
и принадлежностей
--- стр. 900 ---
66 Световод
67 Набор светофильтров X ® 1
(фиолетовый-зеленый), в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 380-430 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 465-515 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 445 нм) _____
68 Набор светофильтров Х°2
(голубой-зеленый), в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 420-480 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм
69 Набор светофильтров Х°3
(циановый-желтый), в
составе: модуль _________
000000-0482-760
000000-1935-173
000000-1935-174
000000-1935-175
0,45
0,07
0,07
0,07
0 0,5x200 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
м оду л я:4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры __________
Предназначен для
направленной передачи
света
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 380-
430 нм; 2 фильтр: 465-515
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
445 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 380-
430 нм; 2 фильтр: 465-515
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
445 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного ______
--- стр. 901 ---
70
71
72
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 460-500 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 51 о нм
Набор светофильтров №4
(зеленый-красный) в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 500-560 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 520-560 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм
Набор светофильтров №5
(желтый-красный) в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 520-550 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 645-710 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 625 нм
Набор светофильтров №6
(оранжевый-красный):
модуль рефлекторный FL
Р&С для флуоресцентных
фильтров, фильтр
________
000000-1935-176
000000-1935-177
000000-2079-448
0,07
0,07
0,07
рефлекторного
м о д у л я :4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
рефлекторного
м о д у л я :4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
м о д у л я :4x4x4 см
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 460-
500 нм; 2 фильтр: 570-610
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
510 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 460-
500 нм; 2 фильтр: 570-610
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
510 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф и льтров: 1 фильтр: 520-
550 нм; 2 фильтр: 645-710
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
625 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Д иапазон эмиссионных
--- стр. 902 ---
эмиссионный с
диапазоном 545-590 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 605-700 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 600 нм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
ф и льтров: 1 фильтр: 545-
590 нм; 2 фильтр: 605-700
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
600 нм
73 Набор нейтральных
светофильтров, d=25MM, в
составе: светофильтр
нейтральный с
коэффициентом
пропускания 0,5,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
487931-9901-000 0,026 Д иам етр ф ильтров:
0 25 мм
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтров:
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,25 (2 шт.),
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,12,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,06,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,015 (3 шт.)
пропускания 0,5,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,25,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,12,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,06,
светофильтр нейтральный
р Ш р ..........
с коэффициентом
пропускания 0,015
74 Набор нейтральных
светофильтров, d=32 мм,
в составе: светофильтр
нейтральный с
коэффициентом
пропускания 0,5,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,25,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,12,
487935-9000-000 0,026 Д иам етр ф ильтров:
0 32 мм
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтров:
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,5,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,25,
--- стр. 903 ---
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,06,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,015
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,12,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,06,
светофильтр нейтральный
с коэффициентом
пропускания 0,015
75 Набор флуоресцентных
светофильтров №1, в
составе: держатель
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 380-430 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 445 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 465-515 нм,
транспортировочный кейс
000000-2003-709 0,15 Д иаметр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры
транспортировочно
го кейса: 20x17x5 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фршьтр: 380-
430 нм; 2 фильтр: 465-515
нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
445 нм
76 Набор флуоресцентных
светофильтров Х® 2, в
составе: держатель
фильтров, фильтр
эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
транспортировочный кейс
000000-2003-710 0,15 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры
транспортировочно
го кейса: 20x17x5 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: до
485 нм; 2 фильтр: 500-550
нм
П ропускаемая длина
волыы светоделителем:
490 нм
77 Набор флуоресцентных
светофильтров №3, в
составе: держатель
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 460-500 нм,
светоделитель
000000-2003-711 0,15 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры
транспортировоч но
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 460-
500 нм; 2 фильтр^&20-560
--- стр. 904 ---
дихроичныи с длиной
волны 51 о нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 520-560 нм,
транспортировочный кейс
78 Набор флуоресцентных
светофильтров №4, в
составе: держатель
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
транспортировочный кейс
79 Набор флуоресцентных
светофильтров №5, в
составе: держатель
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 625 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 645-710 нм,
транспортировочный кейс
80 Набор флуоресцентных
светофильтров №6, в
составе: держатель
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 545-590 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 600 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 605-700 нм,
транспортировочный кейс
000000-2003-712
000000-2003-713
000000-2079-449
0,15
0,15
0,15
го кейса: 20x17x5 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры
транспортировочно
го кейса: 20x17x5 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры
транспортировочно
го кейса: 20x17x5 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры
транспортировочно
го кейса: 20x17x5 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
510 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Д иапазон эмиссионных
ф и льтров: 1 фильтр: 460-
500 нм; 2 фильтр: 520-560
нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
510 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения
Д иапазон эмиссионных
ф и льтров: 1 фильтр: 570-
610 нм; 2 фильтр: 645-
710 нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
625 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Д иапазон эмиссионных
ф и льтров: 1 фильтр: 545-
590 нм; 2 фильтр: 605-
700 нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
600 нм
--- стр. 905 ---
81
82
83
Набор флуоресцентных
светофильтров № 3 8, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 470 ± 20 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 495 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 525 ± 25 нм
Набор флуоресцентных
светофильтров № 43, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 545 ± 12,5 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 570 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 605 ± 35 нм
Набор флуоресцентных
светофильтров №49, в
составе: фильтр
ультрафиолетовый
возбуждающий с
пропусканием до 365 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 395 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 445 ± 25 нм
000000-1031-346
000000-1114-101
488049-9901-000
0,02
0,02
0,05
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ и н а ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ и н а ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающего:
диапазон 470 ± 20 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссионного:
диапазон 525 ± 25 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
600 нм
Предназначен для
вьщеления части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающ его:
диапазон 545 ± 12,5 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссионного:
диапазон 605 ± 35 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
570 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения
Х арактеристики
ф и льтра
ультраф иолетового
возбуждающ его:
пропускание до 365 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиccм^Ш"^'^^•
--- стр. 906 ---
диапазон 445 ± 25 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
395 нм
84 Набор флуоресцентных
светофильтров 1и IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
_________________
000000-1935-076 0,01 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 500-
550 нм; 2 фильтр: до 485
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
600 нм
85 Набор флуоресцентных
светофильтров 2и IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
зеркало в рефлекторном
модуле
________________
000000-1935-077 0,01 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Р азм еры
рефлекторного
м о д у л я:4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 570-
610 нм; 2 фильтр: 500-
550 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
555 нм
--- стр. 907 ---
86 Набор флуоресцентных
светофильтров Зи IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
_________________
87 Набор флуоресцентных
светофильтров 4и IR+, в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм
000000-1935-158
000000-1935-159
0,01
0,01
Д иаметр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
м оду л я:4x4x4 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Размеры
светодел ителя:
0,25х 0,05 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 570-
610 нм; 2 фильтр: 500-
550 нм
П ропускаемая длина
волны светоделителем:
555 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Д иам етр ф ильтра: 25 мм
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 570-610 нм
П ропускаемая длина
волны светоделителем:
555 нм
--- стр. 908 ---
88 Набор флуоресцентных
светофильтров 5u IR+, в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 645-710 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 625 нм
000000-1935-160 0,01 Д иам етр ф ильтра:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионного
ф и льтра: 645-710 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
625 нм
89 Набор флуоресцентных 000000-1935-161 0,01 Д иам етр ф ильтров: Предназначен для
светофильтров 6и IR+, в 25 мм выделения части спектра
составе фильтр Разм еры электромагнитного
эмиссионный с светоделителя: излучения.
диапазоном 465-515 нм, 0,25х 0,05 см Диапазон эмиссионных
фильтр эмиссионный с Р азм еры зеркала: 0 ф ильтров: 1 фильтр: 465-
диапазоном 380-430 нм. 0,25х 0,05 см 515 нм; 2 фильтр: 380-
светоделитель Разм еры 430 нм
дихроичный с длиной рефлекторного П ропускаем ая длина
волны 445 нм в модуля: 4x4x4 см волны светоделителем:
рефлекторном модуле. Т олщ ина ф ильтра: 445 нм
зеркало в рефлекторном 0,05 см
модуле
F "
--- стр. 909 ---
90 Набор флуоресцентных
светофильтров 7и IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 520-560 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 545-590 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 510 нм в
рефлекторном модуле,
зеркало в рефлекторном
модуле
________________
9 1 Набор флуоресцентных
светофильтров 8и IR+, в
составе: модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм
000000-1935-162
000000-1935-170
0,01
0,01
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Диапазон
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтра:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ и н а ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
эмиссионных ф ильтров:
1 фильтр: 520- 560 нм; 2
фильтр: 545-590 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
510 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионного
ф и льтра: до 485 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
490 нм
92 Набор флуоресцентных
светофильтров 9и IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 645-710 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 625 нм в
рефлекторном модуле,
000000-1935-171 0,01 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Р азм еры
рефлекторного _____
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: I фильтр: 645-
710 нм; 2 фильтр: до 485
нм, 3 фильтр: 500-550 нм,
4 фильтр: 570-610 нм _____
--- стр. 910 ---
фильтр эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
_________________
93 Набор флуоресцентных
светофильтров 1 Ои IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 605-700 нм,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 545-590 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 600 нм в
рефлекторном модуле,
зеркало в рефлекторном
модуле _________________
94 Набор флуоресцентных
светофильтров 1 i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
зеркало в рефлекторном
000000-2077-024
000000-1935-163
0,01
0,1
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
П ропускаем ая длина
волны светоделителей:
1 светоделитель: 625 нм;
2 светоделитель: 490 нм;
3 светоделитель: 555 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 605-
700 нм; 2 фильтр: 545-
590 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
600 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: до
485 нм; 2 фильтр: 500-550
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
490 нм
--- стр. 911 ---
95 Набор флуоресцентных
светофильтров 2i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
________________
модуле_____________
96 Набор флуоресцентных
светофильтров 3i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
пропусканием до 485нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
________________
000000-1935-164
000000-1935-165
0,1
0,1
Д иаметр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Размеры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иаметр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителей:
0,25х 0,05 см
Разм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Размеры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 570-
610; 2 фильтр: 500-550 нм
П ропускаемая длина
волны светоделителем:
555 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: до
485 нм; 2 фильтр: 500-550
нм, 3 фильтр: 570-610 нм
П ропускаемая длина
волны светоделителемя:
1 светоделитель: 490 нм;
2 светоделитель: 555 нм;
--- стр. 912 ---
97 Набор флуоресцентных
светофильтров 4i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм
98 Набор флуоресцентных
светофильтров 5i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 565-610 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 625 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 645-710 нм
000000-1935-166
000000-1935-167
0,1
0,1
Д иам етр ф ильтра:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
м о д у л я:4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтра:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Д иапазоны
эмиссионных ф ильтров:
1 фильтр: 500-550 нм, 2
фильтр: 570-610 нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
555 нмПредназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Д иапазоны
эмиссионных ф ильтров:
1 фильтр: 565-610 нм, 2
фильтр: 645-710 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
625 нм
--- стр. 913 ---
99 Набор флуоресцентных
светофильтров 6i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 380-430 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 445 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 465-515 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
________________
100 Набор флуоресцентных
светофильтров 7i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 460-500 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 510 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 520-560 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле
________________
000000-1935-168
000000-1935-169
0,1
0,1
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Р азм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Р азм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 380-
430 нм; 2 фильтр: 465-
515 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителемя:
445 нм;
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 460-
500 нм; 2 фильтр: 520-560
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителемя:
510 нм;
--- стр. 914 ---
1 о 1 Набор флуоресцентных
светофильтров 8i IR+, в
составе; модуль
рефлекторный FL Р&С
для флуоресцентных
фильтров, фильтр
эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм
102 Набор флуоресцентных
светофильтров 9i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
пропусканием до 485 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 490 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 500-550 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 555 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 570-610 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 625 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
000000-1935-170
000000-1935-172
0,1
0,1
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителей:
0,25х 0,05 см
Разм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионного
ф и льтра: до 485 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
490 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф и льтров:! фильтр: до
485 нм, 2 фильтр; 500-550
нм, 3 фильтр: 570-610 нм,
4 фильтр: 645-710 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителей:
1 светоделитель: 490 нм;
2 светоделитель: 555 нм;
3 светоделитель: 625 нм
--- стр. 915 ---
диапазоном 645-710 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле ________________
103 Набор флуоресцентных
светофильтров 1 O i IR+, в
составе: фильтр
эмиссионный с
диапазоном 605-700 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 600 нм в
рефлекторном модуле,
фильтр эмиссионный с
диапазоном 545-590 нм,
зеркало в рефлекторном
модуле_________________
000000-2077-022 0,1 Д иаметр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Разм еры зеркала: 0
0,25х 0,05 см
Разм еры
рефлекторного
модуля: 4x4x4 см
Толщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Диапазон эмиссионных
ф ильтров: 1 фильтр: 605-
700; 2 фильтр: 545-590 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
600 нм
104 Набор флуоресцентных
светофильтров №01, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 365 ± 6 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 395 нм, фильтр
эмиссионный с
пропусканием от 397 нм
488001-9901-000 0,1 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающего:
диапазон 365 ± 6 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссионного:
диапазон от 397 нм
П ропускаемая длина
волны светоделителем:
395 нм
105 Набор флуоресцентных
светофильтров №10, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 450-490 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 510 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 515-565 нм
488010-9901-000 0,1 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающего:
диапазон 450-490 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссчацного:
--- стр. 916 ---
106 Набор флуоресцентных
светофильтров №14, в
составе: светоделитель
дихроичный с длиной
волны 580 нм, фильтр
возбуждающий с
диапазоном 510-560 нм,
фильтр эмиссионный с
пропусканием от 590 нм
107 Набор флуоресцентных
светофильтров №20, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 546 ± 6 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 560 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 575-640 нм
108 Набор флуоресцентных
светофильтров №31, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 565 ± 15 нм.
488014-0000-000
488020-9901-000
000000-1031-350
ОЛ
ОЛ
о Л
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
пропусканием 515-565
нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
510 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф и льтра
возбуждающ его:
диапазон 510-560 нм
Х арактеристики
ф и льтр а эмиссионного:
пропусканием от 590 нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
580 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения
Х арактеристики
ф и льтра
возбуждающего:
диапазон 546 ± 6 нм
Х арактеристики
ф и льтр а эмиссионного:
диапазон 575-640 нм
П ропускаем ая длина
волн ы светоделителем:
560 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики _______
--- стр. 917 ---
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 585 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 620 ± 30 нм
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
ф ильтра
возбуждающ его:
диапазон 565 ± 15 нм
Х арактеристики
ф и льтр а эмиссионного:
диапазон 620 ± 30 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
585 нм
109 Набор флуоресцентных
светофильтров №45, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 560 ± 20 нм,
светоделитель
дихроичный с Д Л Р Ш О Й
волны 585 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 630 ±37,5 нм
000000-1114-462 0,1 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
вьщеления части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающ его:
диапазон 560 ± 20 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссионного:
диапазон 630 ± 37,5 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
585 нм
11 о Набор флуоресцентных
светофильтров №46, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 520 ± 10 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 515 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 535 ± 15 нм
000000-1196-681 0,1 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения
Х арактеристики
ф и льтра
возбуж даю щ его:
диапазон 520 ± 10 нм
Х арактер и сти ки
ф и льтр а эмиссионного:
диапазон 535 ± 15 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
515 нм
111 Набор флуоресцентных 000000-1196-682 Д иам етр ф ильтров: Предназначен
--- стр. 918 ---
светофильтров №47, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 436 ± 10 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 455 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 480 ± 20 нм
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждаю щ его:
диапазон 436 ± 10 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссионного:
диапазон 480 ± 20 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
455 нм
112 Набор флуоресцентных
светофильтров №50, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 640 ± 1 5 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 660 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 690 ± 25 нм
488050-9901-000 0,1 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Р азм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф и льтра
возбуждающего:
диапазон 640 ± 15 нм
Х арактеристики
ф и льтра эмиссионного:
диапазон 690 ± 25 нм
П ропускаем ая длина
волны светоделителем:
660 нм
113 Набор флуоресцентных
светофильтров №63 НЕ, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 572 ± 12,5 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 495 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 629 ± 31 нм
489063-0000-000 0,1 Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающего:
диапазон 572 ± 12,5 нм
Х арактеристики
ф и льтр а эмиссионного:
диапазон 629 ± 31 нм
П ропускаем ая длина
--- стр. 919 ---
114 Набор флуоресцентных
светофильтров №65 НЕ, в
составе: фильтр
возбуждающий с
диапазоном 475 ± 15 нм,
светоделитель
дихроичный с длиной
волны 590 нм, фильтр
эмиссионный с
диапазоном 550 ± 50 нм
115 Системный блок
управления, обработки
изображения и архивации
данных со специальной
клавиатурой и «мышью»
489065-0000-000
000000-2029-711
0,1
11
Д иам етр ф ильтров:
25 мм
Разм еры
светоделителя:
0,25х 0,05 см
Т олщ ина ф ильтра:
0,05 см.
18x40x43 см
волны светоделителем:
495 нм
Предназначен для
выделения части спектра
электромагнитного
излучения.
Х арактеристики
ф ильтра
возбуждающего:
диапазон 475 ± 15 нм
Х арактеристики
ф ильтра эмиссионного:
диапазон 550 ± 50 нм
П ропускаемая длина
волны светоделителем:
590 нм
Предназначен для
управления, обработки
изображения и архивации
данных
Тип корпуса: minitower
Т ип блока питания:
внутренний
Б л о к питания: 1125 Вт
Х арактеристики
питания: 100Вас/12А,
200-240В ас/ЮА, 50/60
Гц
М одель клави атуры : ИР
KU1156;
Разм ер клавиатуры :
46x16x2 см
М асса клавиатуры : 250
г
М одель м ы ш и: HP
Разм еры мыщ и: 12x6x4
см:
М асса: 70 г
--- стр. 920 ---
116 Слайдер
117 Стёкла покровные
118 Стол антивибрационный
000000-1005-863
474030-9000-000
000000-1954-812
0,25
0,01
170
18x3,5x0,5 см
2,5x2,5x2,5 см
75x90x59 см
Предназначен для
поляризации света и
контрастного анализа
Предназначен для защиты
образцов
100 шт. в упаковке
Предназначен для
размещения компонентов
микроскопа и
принадлежностей.