Набор реагентов "Prep&SeqТМ U-target IL library kit" для создания библиотек ампликонов для последующего таргетного высокопроизводительного секвенирования по ТУ 20.59.52-003-39429653-2020 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 3 --- pQfSeq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY Lob ИНСТРУКЦИЯ п о ПРИМЕНЕНИЮ РЕВИЗИИ ИНСТРУКЦИИ #и м L-38ru Страница 3 из 30 № документа им Ь38ги Дата 15.01.2021 Примечания к ревизии Первичный выпуск t --- стр. 4 --- ^ porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» Lob НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY К1Т» ИНСТРУКЦИЯ п о ПРИМЕНЕНИЮ #и м L-38ru Страница 4 из 30 ОГЛАВЛЕНИЕ РЕВИЗИИ ИНСТРУКЦИИ.................................................................................................................3 1. ВВЕДЕНИЕ...................................................................................................................................5 1.1. НАЗНАЧЕНИЕ.............................................................................................................................5 1.2. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ.........................................................................................................5 1.3. ПРИНЦИП ДЕЙСТВИЯ..............................................................................................................7 1.4. ХАРАКТЕРИСТИКИ....................................................................................................................7 1.5. СОВМЕСТИМЫЕ ПАНЕЛИ ПРАЙМЕРОВ..............................................................................8 1.6. СОСТАВ СИСТЕМЫ МОДУЛЕЙ...............................................................................................8 1.7. ОБОРУДОВАНИЕ, МАТЕРИАЛЫ И РЕАГЕНТЫ...................................................................12 1.8. ТРЕБОВАНИЯ К ОБРАЗЦУ......................................................................................................13 1.9. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ.............................................................................................14 1.10. РЕКОМЕНДУЕМЫЕ ПРАКТИКИ РАБОТЫ............................................................................15 2. ПРОТОКОЛ...............................................................................................................................18 2.1 ПРИНЦИП РАБОТЫ................................................................................................................18 2.3. ПРИГОТОВЛЕНИЕ БИБЛИОТЕК...........................................................................................19 2.5. РАЗВЕДЕНИЕ И ПУЛИРОВАНИЕ..........................................................................................28 3. ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ...............................................................................29 4. ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА........................................................................................30 5. КОНТАКТЫ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ.............................................................................................30 --- стр. 5 --- ^ porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ"* U-TARGET IL LIBRARY Lob KIT» ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ #им L-38ru Страница 5 из 30 1. ВВЕДЕНИЕ 1.1. НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов «Prep&Seq™ U-target IL library kit» предназначен для создания баркодированных библиотек ампликонов из образцов дезоксирибонуклеиновой КИСЛОТЫ (ДНК), выделенных из цельной крови, буккального эпителия или сухих пятен крови, обогащенных методом мультиплексной полимеразной цепной реакции (ПЦР) с использованием урацил-содержащих панелей праймеров, с целью последующего высокопроизводительного секвенирования на генетическом секвенаторе MiSeq (lllumina Inc.) (РУ №РЗН 2014/1568 от 29.04.2014) для получения информации о последовательности нуклеотидов целевых участков генома. 1.2. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ Функциональным назначением исследования, выполняемого с помощью Набора реагентов, является проведение таргетной пробоподготовки с использованием урацил-содержащих праймеров (приготовление баркодированных ДНК-библиотек) для последующего анализа биологических образцов, выполняемой при проведении клинической лабораторной диагностики инфекционных патологий, наследственных и онкологических заболеваний с помощью технологии высокопроизводительного секвенирования на секвенаторах производства lllumina Inc. Набор реагентов предназначен для клинической лабораторной диагностики in vitro. Исследования с использованием Набора реагентов могут проводиться в клинико-диагностических и научно-исследовательских лабораториях, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот и высокопроизводительное секвенирование на генетических секвенаторах нового поколения. Набор реагентов предназначен только для профессионального применения. Исследования с использованием Набора реагентов могут выполнять специалисты с высшим медицинским, биологическим или биотехнологическим образованием: биолог, молекулярный биолог, биотехнолог, инженер-технолог, медицинский лабораторный техник, лаборант, врач клинической лабораторной диагностики. Персонал, проводящий исследования с использованием Набора реагентов, должен владеть навыками проведения молекулярно-биологических исследований и работы на генетических секвенаторах производства lllumina Inc. --- стр. 6 --- ^ porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY Lob KIT» ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ #иМ L-38ru Страница 6 из 30 i Набор реагентов предназначен для обследования людей любого возраста, а также всех групп населения без градации по демографическому или популяционному признаку. Формат определения - качественный. Показания и противопоказания к применению отсутствуют. Тип анализируемого образца: Тип анализируемого образца: геномная ДНК человека, выделенная из цельной крови (капиллярной или венозной), буккального эпителия или сухих пятен крови. Измерение концентрации рекомендуется проводить спектрофотометрически с использованием анализатора «Varioskan Flash» (Thermo Fisher Scientific, США) в режиме ПоглОЕцения (Absorbance), РУ №РЗН 2014/1842 от 08.08.2014 г. Взятие, предобработку и хранение биоматериала проводят в соответствии с методическим пособием «Взятие, транспортировка, хранение клинического материала для ПЦР-диагностики», разработанным ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора. При выделении ДНК из цельной крови рекомендуется использовать комплект реагентов для выделения ДНК из клинического материала «ДНК-сорб-В» (ООО «ИнтерЛабСервис», Россия), РУ № ФСР 2009/0^220 от 18.05.2017 г. При выделении ДНК из буккального эпителия и сухих пятен крови рекомендуется использовать набор реагентов для выделения ДНК из клинического материала на основе спиртового осаждения «Экстра-ДНК-Био» (ООО «/UiKOp Био», Россия), РУ № ФСР 2012/13631 от 29.06.2012 г. Для сбора буккального эпителия рекомендуется использовать щетки 4N6FLOQSwabs Regular («Copan Flock Technologies srI», Италия), РУ № ФСЗ 2012/13327 от 04.12.2012 г. Для хранения и транспортировки образцов буккального эпителия использовать транспортный раствор (АО "Вектор-Бест", Россия), РУ № РЗН 2017/6004 от 24.07.2017 г. Урациловые панели праймеров для применения с Набором реагентов должны иметь в составе не менее 1 урацила, иметь концентрацию 0,1-0,4 пмоль/мкл, обеспечивать амплификацию фрагментов ДНК длиной не более 375 п.н., содержать не более 4000 праймеров в одном пуле, содержать не более 2 пулов праймеров. Набор реагентов состоит из отдельных компонентов, каждый из которых позволяет провести соответствующую стадию пробоподготовки образца. Допускается возможность дробного использования и повторных заморозок- разморозок отдельных компонентов Набора реагентов не более 10 раз. --- стр. 7 --- porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» Lab инарукция по п р и м е н е н и ю НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY К1Т» #им L-38ru Страница 7 из 30 1.3. ПРИНЦИП ДЕЙСТВИЯ Набор реагентов Prep&Seq™ U-target IL library kit предназначен для обога1 цения целевых участков ДНК методом мультиплексной ПЦР с использованием урацил- содержащих панелей праймеров и создания библиотек ампликонов, анализируемых методом высокопроизводительного секвенирования. На первом этапе проводится реакция таргетного обогащения методом мультиплексной ПЦР с использованием урацил-содержащих праймеров. Ампликоны, полученные в ходе мультиплексной ПЦР, подвергаются ферментативной модификации концов с отрезанием праймеров по урацилу, после чего к ним лигируются универсальные адаптерные последовательности для секвенаторов производства IHumina Inc. После лигирования осуществляется ПЦР, в ходе которой происходит обогащение библиотеки и молекулярное баркодирование образцов. После баркодирующей ПЦР осуществляется очистка готовой библиотеки с помощью магнитных частицы. Контрольный образец (КО), входящий в состав Набора реагентов, представляет собой однопульную панель урацил-содержащих праймеров, предназначенную для контроля постановки и концентрации финальных библиотек. Рекомендуется включать Контрольный образец (КО) в первую постановку с Набором реагентов при использовании кастомной панели урацил-содержащих праймеров. 1.4. ХАРАКТЕРИСТИКИ Предел обнаружения набора реагентов составляет 2 нг ДНК на вход. Диапазон рабочих концентраций 0,33-10 нг/мкл. Концентрации готовых библиотек: >1500 нг/мл. Размеры ампликонов контрольной библиотеки: 75 п.н. - 375 п.н. Количество уникально баркодированных образцов: до 96 (с каждым из вариантов исполнения). Максимальное количество ампликонов в пуле: до 4000. Диагностические характеристики набора реагентов «Prep&Seq™ U- target IL library kit» определяются совместно используемым набором для таргетного обогащения и качественного определения клинически значимых генетических вариантов. --- стр. 8 --- gS porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY KIT» Lob ИНСТРУКЦИЯ no ПРИМЕНЕНИЮ #UM L-38ru Страница 8 из 30 1.5. СОВМЕСТИМЫЕ ПАНЕЛИ ПРАЙМЕРОВ Для этапа таргетного о6ога1 цения необходимы одно- или двухпульные урацил-содержаЕцие панели праймеров (например, AnnpliSeq™, Thermo Fisher Scientific, США; урациловые панели ООО «ПАРСЕК ЛАБ») до 4000 пар праймеров в одном пуле, в концентрации 400 пМ. С5 Q 1.6. СОСТАВ СИСТЕМЫ МОДУЛЕЙ Изделие выпускается в 4 вариантах исполнения со следующими каталожными номерами: UTK-IL-96-1. Содержимого достаточно для подготовки 96 библиотек ДНК. Набор баркодов 96-1. UTK-IL-96-2. Содержимого достаточно для подготовки 96 библиотек ДНК. Набор баркодов 96-2. UTK-IL-96-3. Содержимого достаточно для подготовки 96 библиотек ДНК. Набор баркодов 96-3. UTK-IL-96-4. Содержимого достаточно для подготовки 96 библиотек ДНК. Набор баркодов 96-4. В состав изделия с каталожным номером UTK-IL-96-1 (содержимого достаточно для подготовки 96 библиотек ДНК; Набор баркодов 96-1) входят следующие компоненты: N^ п/п Комплекты и их компоненты Количество Объем 1. Комплект для приготовления библиотек 1 комплект 1.1 ПЦР смесь 1 (ПС1) 1 пробирка 450 мкл 1.2 Смесь для восстановления (СВ) 1 пробирка 230 мкл 1.3 Буфер для лигирования (БЛ) 1 пробирка 440 мкл 1.4 Лигаза (Л) 1 пробирка 230 мкл 1.5 Адаптер (А) 1 пробирка 230 мкл 1.6 ПЦР смесь2(ПС2) 3 пробирки 1800 мкл 1.7 Контрольный образец (КО) 1 пробирка 20 мкл 2. Комплект для 1 комплектмолекулярного баркодирования А-Н 2.1 БаркодА(А) 1 пробирка 30 мкл 2.2 Баркод В (В) 1 пробирка 30 мкл 2,3 Баркод С (С) 1 пробирка 30 мкл 2.4 Баркод D(D) 1 пробирка 30 мкл 2.5 Баркод Е (Е) 1 пробирка 30 мкл 2.6 Баркод F (F) 1 пробирка 30 мкл 2.7 Баркод G (G) 1 пробирка 30 мкл 2.8 Баркод Н (Н) 1 пробирка 30 мкл --- стр. 12 --- parseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» Lob НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY KIT» ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ #UM_L-38ru Страница 12 3.6 Баркод 56 (56) 1 Пробирка 20 мкл 3.7 Баркод 57 (57) 1 пробирка 20 мкл 3.8 Баркод 58 (58) 1 пробирка 20 мкл 3.9 Баркод 59 (59) 1 пробирка 20 мкл 3.10 Баркод 510(510) 1 пробирка 20 мкл 3.11 Баркод 511 (511) 1 пробирка 20 мкл 3.12 Баркод 512 (512) 1 пробирка 20 мкл 4. Комплект для очистки 1 комплект 4.1 Магнитные частицы (М) 4 пробирки 4800 мкл 1.7. ОБОРУДОВАНИЕ, МАТЕРИАЛЫ И РЕАГЕНТЫ Описание ПЦР-бокс (ламинар или рабочее место) Система очистки воды Milli-Q ПЦР-амплификатор (Veriti"*, SimpliAmp™) Оптические 96-луночные планшеты для ПЦР MicroAmp® Optical 96-well Reaaion Plates Пленки для 96-луночных планшетов MicroAmp® Clear Adhesive Film Пробирки 0,2 мл для ПЦР Пипетки полуавтоматические одноканальные со сменными наконечниками с изменяемым объемом отбора жидкостей: на 0,5—10 мкл; на 2- 20 мкл, на 10—100 мкл; на 20—200 мкл; на 100—1000 мкл Наконечники с фильтром в штативах для дозаторов объемом до 10 мкл, 20 мкл, 100 мкл, 300 мкл, 1000 мкл Поставщик Каталожный номер py РУФСР Lamsystems 2010/07113 от 18.03.2010 py Millipore ZOOQSVOWW №P3H2013/26 5 py № ФСЗ 2011/09244 от Thermo Fisher 4375786 02.06.2017 Scientific A24811 py № P3H 2019/9341 от 06.12.2019 Thermo Fisher . . ___ Scientific N8010560 py № ФСЗ 2011/09244 от Thermo Fisher Scientific 4306311 02.06.2017 py № ФСЗ 551 SSI-3220-00 2011/10287 от 11.04.2017 py ФСЗEppendorf - 2011/11028 SSi РУ № ФСЗ 2011/10287 от 11.04.2017 --- стр. 13 --- parseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ» ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY К1Т» #иМ L-38ru Страница 13 из 30 Центрифуга/вортекс с максимальной скоростью вращения 2400 об/мин любой - - Анализатор иммунологический «Varioskan Flash» Thermo Fisher Scientific N06354 РУ № РЗН 2014/1842 от 08.08.2014 Панель урацил-содержащих праймеров Магнитный штатив любой Thermo Fisher Scientific 12331D - Пробирки LoBind™ объемом 1,5 мл Eppendorf 022431021 РУ № ФСЗ Пробирки LoBind™ объемом 2 мл Eppendorf 022431048 2009/04520 от Пробирки типа Falcon 50 мл Eppendorf 0030122178 19.06.2009 Этанол, медицинский любой - - Перчатки неопудренные любые - - 1.8. ТРЕБОВАНИЯ К ОБРАЗЦУ Аналитом для Набора реагентов является геномная ДНК человека, выделенная из клеток цельной крови (венозной или капиллярной), буккального эпителия или сухих пятен крови. Для подготовки библиотек подходит как свежевыделенная ДНК, так и замороженная или частично деградированная ДНК. Взятие, предобработку и хранение биоматериала проводят в соответствии с МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот, при работе с материалом, содержащим микроорганизмы MV групп патогенности» и согласно пользовательской инструкции набора для экстракции ДНК. Рекомендуется использование образцов крови, собранных в пробирки, покрытые микрокаплями антикоагулянта ЭДТА К2 (2-замещенная калиевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты) или ЭДТА КЗ (3-замещенная калиевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты). ЭДТА предотвращает свертывание крови путем связывания ионов кальция и не влияет на гематологические параметры. При работе с биологическими образцами обязательно использовать индивидуальные средства защиты, в том числе перчатки, непромокаемые халаты, средства защиты лица и глаз (маски, очки, экраны). При выделении ДНК из цельной крови рекомендуется использовать комплект реагентов для выделения ДНК из клинического материала «ДНК-сорб-В» («ИнтерЛабСервис», Россия), РУ №ФСР 2009/05220 от 18.05.2017 г. При выделении ДНК из буккального эпителия или сухих пятен крови рекомендуется использовать набор реагентов для выделения ДНК из клинического --- стр. 14 --- ^ P°''S®4 ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «PREP&SEQ™ U-TARGET IL LIBRARY К1Т» ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ #им L-38ru Страница 14 из 30 i материала на основе спиртового осаждения «Экстра-ДНК-Био» (ООО «Алкор Био», Россия), РУ №ФСР 2012/13631 от 29.06.2012 г. Для сбора, хранения и транспортировки сухих пятен крови рекомендуется использовать ДНК-Карты (ООО «Алкор Био», Россия), РУ NqP3H 2016/4615 от 23.08.2016 г. Для сбора буккального эпителия рекомендуется использовать щетки 4N6FLOQSwabs Regular («Сорап Flock Technologies», Италия), РУ №ФСЗ 2012/13327 от 04.12.2012 г. Для хранения и транспортировки образцов буккального эпителия использовать транспортный раствор (АО «Вектор-Бест», Россия), РУ №РЗН 2017/6004 от 24.07.2017 г. Измерение концентрации рекомендуется проводить спектрофотометрически с использованием анализатора «Varioskan Flash» (Thermo Fisher Scientific, США) в режиме Поглощения (Absorbance), РУ №РЗН 2014/1842 от 08.08.2014 г. Для проведения реакции мультиплексной таргетной амплификации рекомендуется брать 1-10 нг ДНК (от количества входной ДНК зависит количество циклов ПЦР таргетного обогащения - см. Раздел 2.3). Минимально допустимая концентрация - 0,33 нг/мкл. При отсутствии ограничений в источнике ДНК рекомендуется использовать 10 нг материала. Количество пулов в панели | Количество входной гДНК ! Минимально допустимая 1 концентрация входной j гДНК Объем входной ГДНК 1 нг 0,33 нг/мкл 3 мкл 2 пула Ю нг 3,3 нг/мкл 3 мкл 1 нг 0,16 нг/мкл 6 мкл 1 пул 10 нг 1,66 нг/мкл 6 мкл 1.9. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ Потенциальный риск применения Системы модулей - класс 26 (согласно Приказу Министерства здравоохранения РФ №4н от 06.06.2012 г). При работе с Системой модулей следует соблюдать ГОСТ Р 52905-2007 «Лаборатории медицинские. Требования безопасности». СП 1.3.2333-08