Набор реагентов "VariFindТМ CFTR solution" для качественного определения клинически значимых вариантов гена CFTR с целью диагностики или скрининга носительства муковисцидоза по ТУ 21.20.23-002-39429653-2020 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 3 ---
parseq
Lob
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#иМ L-37ru Страница 3 из 51
РЕВИЗИИ ИНСТРУКЦИИ
№ документа Дата Примечания к ревизии
и м L -3 7 ru 15.01.2021 Первичный выпуск
--- стр. 4 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND^“ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 4 из 51
ОГЛАВЛЕНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ...................................................................................................................................6
1.1. НАЗНАЧЕНИЕ............................................................................................................................6
1.2. НАУЧНОЕ ОБОСНОВАНИЕ......................................................................................................7
1.3. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ.........................................................................................................7
1.4. ПРИНЦИП ДЕЙСТВИЯ..............................................................................................................9
1.5. ХАРАКТЕРИСТИКИ РЕШЕНИЯ...............................................................................................10
1.6. КОМПЛЕКТАЦИЯ.....................................................................................................................13
1.7. ОБОРУДОВАНИЕ, МАТЕРИАЛЫ И РЕАГЕНТЫ.....................................................................13
1.8. ТРЕБОВАНИЯ К ОБРАЗЦУ......................................................................................................14
1.9. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ...............................................................................................15
1.10. ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА......................................................................................16
2. ПРОТОКОЛ...............................................................................................................................17
2.1. ТАРГЕТНОЕ ОБОГАЩЕНИЕ....................................................................................................17
2.2. ПРИГОТОВЛЕНИЕ БИБЛИОТЕК............................................................................................19
2.3. СЕКВЕНИРОВАНИЕ.................................................................................................................19
2.3.1. Денатурация пула библиотек...........................................................................................20
2.3.2. Запуск секвенирования.....................................................................................................20
2.3.2.1. Включение секвенатора..............................................................................................21
2.3.2.2. Разморозка картриджа для секвенирования...........................................................21
2.3.2.3. Загрузка библиотек......................................................................................................21
2.3.2.4. Очистка ячейки.............................................................................................................21
2.3.2.5. Настройка запуска секвенирования..........................................................................22
2.3.2.6. Загрузка ячейки.............................................................................................................22
2.3.2.7. Загрузка раствора и проверка бутыли для сбора отходов....................................23
2.3.2.8. Загрузка картриджа с реактивами.............................................................................23
2.3.2.9. Выбор sample sheet......................................................................................................23
2.3.2.10. Запуск секвенирования.............................................................................................24
2.3.2.11. Мониторинг секвенирования..................................................................................24
3. АНАЛИЗ ДАННЫХ....................................................................................................................25
3.1. АНАЛИЗ КОНТРОЛЬНОГО ОБРАЗЦА.................................................................................25
--- стр. 5 ---
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ #UM_L-37ru Страница 5 из 51
3.2. ИЗВЕСТНЫЕ ОГРАНИЧЕНИЯ.................................................................................................25
3.3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА............................................................................................................26
3.4. АННОТАЦИЯ ВАРИАНТОВ.....................................................................................................27
3.5. ВНЕШНИЕ ИСТОЧНИКИ АННОТАЦИИ................................................................................28
3.6. ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ..........................................................................................31
4. ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ............................................................................................31
4.1. РЕКОМЕНДОВАННЫЕ ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРА1СГЕРИСТИКИ.................................................32
4.2. ДОСТУП К ПО..........................................................................................................................32
4.3. ИМПОРТ ДАННЫХ..................................................................................................................33
4.3.1. Выбор серии реагентов.....................................................................................................33
4.3.2. Заполнение метаданных...................................................................................................34
4.3.3. Добавление образцов........................................................................................................35
4.3.4. Загрузка................................................................................................................................35
4.4. ЗАПУСКИ................................................................................................................................36
4.5. АНАЛИЗЫ.................................................................................................................................38
4.6. ДЕТАЛИ АНАЛИЗА ОБРАЗЦА.................................................................................................38
4.6.1. Варианты..............................................................................................................................39
4.6.2. Клин, варианты...................................................................................................................40
4.6.3. Визуализация прочтений в геномном браузере IGV...................................................42
4.6.4. Анализ покрытия................................................................................................................42
4.6.5. BIDS........................................................................................................................................43
4.7. ТЕХНИЧЕСКАЯ ПОДДЕРЖКА..................................................................................................44
5. ФОРМАТ ВЫХОДНЫХ ДАННЫХ..............................................................................................45
6. ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ..................................................................................50
7. ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА..........................................................................................50
8. УТИЛИЗАЦИЯ И УНИЧТОЖЕНИЕ..........................................................................................50
9. КОНТАКТЫ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ...............................................................................................51
ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
--- стр. 9 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND"* CFTR SOLUTION»
#UM_L*37ru Страница 9 из 51
Набор реагентов рассчитан на однократное применение после вскрытия без возможности
повторных заморозок-разморозок и дробных постановок.
Набор реагентов содержит ДНК, аналогичные последовательностям геномной ДНК
человека.
Вид медицинского изделия - код 306810 (набор реагентов и других связанных с ними
материалов, предназначенный для исследования клинического образца для диагностирования,
мониторинга или прогнозирования возникновения единичной или множественных мутаций,
связанных с развитием врожденного генетического нарушения - муковисцидоза (cystic fibrosis),
обусловленного мутацией в гене трансмембранного регуляторного белка при муковисцидозе
{CFTR) методом мультиплексного анализа).
1.4. ПРИНЦИП ДЕЙСТВИЯ
• Набор реагентов «VariFind™ CFTR solution» позволяет провести таргетное
обогащение образца ДНК целевыми фрагментами гена CFTR, секвенирование на
генетическом секвенаторе MiSeq (lllumina Inc., США), и определить клинически
значимые варианты в гене CFTR с помощью ПО «VariFind™ CFTR software» версия 1.
• Для каждого образца ДНК проводится реакция таргетного обогащения методом
мультиплексной ПЦР с урацил-содержащими праймерами для наработки целевых
фрагментов, соответствующих кодирующей части и сайтам сплайсинга гена CFTR.
Количество ампликонов, нарабатываемых с помощью пулов праймеров,
составляет 67,
• Для приготовления библиотек рекомендуется использовать Набор реагентов
«Prep&Seq™ U-target IL library kit» для создания библиотек ампликонов для
последующего таргетного высокопроизводительного секвенирования.
• Контрольный образец (КО) представляет собой образец синтетической геномной
ДНК мужского пола с концентрацией 1 нг/мкл, соответствующий следующему
генотипу по гену CFTR: F508del/CFTRdele2,3. Рекомендуется включать Контрольный
образец в каждую постановку анализа.
• Секвенирование осуществляется на генетическом секвенаторе MiSeq (lllumina Inc.)
(РУ №РЗН 2014/1568 от 29.04.2014). Метод секвенирования lllumina реализует
технологию высокопроизводительного секвенирования, основанную на
многократном прочтении большого количества ДНК-клонов. Секвенирование
осуществляется путем синтеза ДНК, оптическая детекция сигнала происходит при
присоединении флуоресцентно меченого нуклеотида к синтезируемой цепи ДНК.
• Анализ данных осуществляется с помощью программного обеспечения «VariFind™
CFTR software» версия 1 (ООО «ПАРСЕК ЛАБ»). Программное обеспечение выполняет
выравнивание прочтений, оценку качества, идентификацию генетических
вариантов, формирование отчета по результатам анализа и предоставление данных
пользователю.
--- стр. 10 ---
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 10 из 51
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
1.5. ХАРАКТЕРИСТИКИ РЕШЕНИЯ
Аналитические характеристики набора установлены с помощью международных
референсных материалов (NIST RM-8398) и стандартных образцов предприятия (JOSCD-Ob JOSCD-
02).
• Набор реагентов идентифицирует точечные герминативные генетические вариации
в целевых регионах гена CFTR.
• Набор реагентов идентифицирует вариацию копийности CFTRdele2,3 в гене CFTR.
• Набор реагентов идентифицирует вариации коротких тандемных повторов ро1у-ТЯС
в гене CFTR.
• Набор реагентов идентифицирует контаминированные образцы с примесью
чужеродной ДНК 10% и более.
• Набор реагентов идентифицирует пол образца по результатам секвенирования.
• Предел обнаружения Набора реагентов составляет 0,33 нг/мкл (в объеме не менее
6 мкл).
• Аналитическая чувствительность Набора реагентов в пределах целевых
регионов составляет 100%. Под аналитической чувствительностью понимается
способность набора реагентов верно определять наличие генетического варианта в
пределах целевых регионов генома.
• Аналитическая специфичность Набора реагентов в пределах целевых регионов
составляет 100%. Под аналитической специфичностью понимается способность
набора реагентов верно определять отсутствие генетического варианта в пределах
целевых регионов генома.
• Повторяемость результатов в пределах запуска составляет 100% (ДИ 95%: 90,11 %-
100,00%).
• Воспроизводимость результатов составляет 100% (95% ДИ: 90,36%-100,00%).
• Диагностическая чувствительность Набора реагентов в отношении пациентов с
установленным диагнозом муковисцидоз составляет 100% с нижним пределом
доверительного интервала в 95,47%.
• Диагностическая чувствительность Набора реагентов в отношении носителей
одного варианта в гене CFTR составляет 100% с нижним пределом доверительного
интервала в 95,00%.
Под диагностической чувствительностью понимается способность Набора
реагентов идентифицировать присутствие целевого маркера, сочетающегося с
конкретной болезнью или состоянием.
• Диагностическая специфичность Набора реагентов составляет 100% с нижним
пределом доверительного интервала в 95,13%. Под диагностической
специфичностью понимается способность методики диагностического
исследования in vitro распознавать отсутствие целевого маркера конкретной болезни
или состояния.
--- стр. 11 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
инарукция по п р и м е н е н и ю
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 11 из 51
Координаты целевых регионов гена CFTR {относительно референсного генома
человека GRCh38):
№ п/п Хромосома Координата
начала
Координата
конца Регион
1 chr7 117480054 117480320 Экзон 1
2 chr7 117498112 117498382 Интрон 1
3 chr7 117504196 117504456 Экзон 2
4 chr7 117508824 117509257 Экзон 3
5 chr7 117519359 117519464 Интрон 3
6 chr7 117530711 117531191 Экзон 4
7 chr7 117534071 117534561 Экзон 5
8 chr7 117535223 117535493 Экзон 6
9 chr7 117536491 117536751 Экзон 7
10 chr7 117538894 117539156 Интрон 7
11 chr7 117540057 117540478 Экзон 8
12 chr7 117541865 117542128 Экзон 9
13 chr7 117548543 117548605 Интрон 9
14 chr7 117548635 117548930 Экзон 10
15 chr7 117559428 117559686 Экзон 11
16 chr7 117587696 117587949 Экзон 12
17 chr7 117589278 117589539 Интрон 12
18 chr7 117590272 117590541 Экзон 13
19 chr7 117591774 117592688 Экзон 14
20 chr7 117594886 117595268 Экзон 15
21 chr7 117602749 117603004 Экзон 16
22 chr7 117603426 117604022 Экзон 17
23 chr7 117606581 117606847 Экзон 18
24 chr7 117610193 117610456 Интрон 18
25 chr7 117610465 117610915 Экзон 19
26 1 chr7 117611444 117611867 Экзон 20
27 chr7 ' 117614440 117614911 Экзон 21
28 chr7 117626028 117626258 Интрон 21
29 chr7 117627415 117627824 Экзон 22
30 1 chr7 117639901 117640167 Интрон 22
31 chr7 117642290 117642722 Экзон 23
32 > 11 chr71 117648228 117648425 Интрон 23
33 chr7 ^ 117652726 117652986 Экзон 24
34 1 chr7 ' 117664523 117664917 Экзон 25
35 chr7 117665319 117665727 Экзон 26
36 chr7 117666677 117667132 Экзон 27
Биологическим референтным интервалом применения медицинского
изделия является дикий тип (референсный генома человека GRCh38).
--- стр. 14 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIF1ND™ CFTR SOLUTION»
ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ #UM_L-37ru Страница 14 из 51
Оптические 96-луночные планшеты для
ПЦР MicroAmp® Optical 96-well Reaction Thermo Fisher
Scientific N8010560 РУ № ФСЗ
Plates 2011/09244 от
Пленки для 96-луночных планшетов Thermo Fisher 4306311
02.06.2017
MicroAmp® Clear Adhesive Film Scientific
РУ № ФСЗ
Пробирки 0,2 мл для ПЦР SSI SSI-3220-00 2011/10287 от
11.04.2017
Пипетки полуавтоматические
одноканальные со сменными
наконечниками с изменяемым объемом Eppendorf
РУ ФСЗ
отбора жидкостей: на 0,5—10 мкл; на 2-20 2011/11028
мкл, на 10—100 мкл; на 20—200 мкл; на
100—1000 мкл
Наконечники с фильтром в штативах для РУ № ФСЗ
дозаторов объемом до 10 мкл, 20 мкл, 100 SSI - 2011/10287 от
мкл, 300 мкл, 1000 мкл 11.04.2017
Центрифуга/вортекс с максимальной любаяскоростью вращения 2400 об/мин
Анализатор иммунологический «Varioskan Thermo Fisher N06354
РУ № РЗН
2014/1842 от
Flash» Scientific 08.08.2014
UTK-IL-96-1
Набор реагентов Prep&Seq™ U-target IL
library kit
Магнитный штатив
ПАРСЕК ЛАБ UTK-IL-96-2
UTK-IL-96-3
UTK-IL-96-4
12331D
ххххх
Thermo Fisher
-
Scientific
Пробирки LoBind™ объемом 1,5 мл Eppendorf 022431021 РУ № ФСЗ
Пробирки LoBind™ объемом 2 мл Eppendorf 022431048 2009/04520 от
Пробирки типа Falcon 50 мл Eppendorf 0030122178 19.06.2009
Этанол, медицинский любой - ■
Перчатки неопудренные любые - -
1.8. ТРЕБОВАНИЯ К ОБРАЗЦУ
Аналитом для Набора реагентов «VariFind™ CFTR solution» является геномная ДНК
человека, выделенная из цельной крови (капиллярной или венозной), буккального
эпителия или сухих пятен крови.
Взятие, предобработку и хранение биоматериала проводят в соответствии с МУ
1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации
нуклеиновых кислот, при работе с материалом, содержащим микроорганизмы MV групп
патогенности» и согласно пользовательской инструкции набора для экстракции ДНК.
Рекомендуется использование образцов крови, собранных в пробирки, покрытые
микрокаплями антикоагулянта ЭДТА К2 (2-замещенная калиевая соль
--- стр. 15 ---
^ pQrseq
Lob
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
и н ар у к ц и я по п р и м е н е н и ю
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 15 из 51
этилендиаминтетрауксусной кислоты) или ЭДТА КЗ (3-замещенная калиевая соль
этилендиаминтетрауксусной кислоты). ЭДТА предотвращает свертывание крови путем
связывания ионов кальция и не влияет на гематологические параметры.
При работе с биологическими образцами обязательно использовать
индивидуальные средства защиты, в том числе перчатки, непромокаемые халаты,
средства защиты лица и глаз (маски, очки, экраны).
При выделении ДНК из цельной крови рекомендуется использовать комплект
реагентов для выделения ДНК из клинического материала «ДНК-сор6-В»
(«ИнтерЛабСервис», Россия), РУ №ФСР 2009/05220 от 18.05.2017 г.
При выделении ДНК из буккального эпителия или сухих пятен крови рекомендуется
использовать набор реагентов для выделения ДНК из клинического материала на основе
спиртого осаждения «Экстра-ДНК-Био» (ООО «Алкор Био», Россия), РУ №ФСР 2012/13631 от
29.06.2012 г.
Для сбора, хранения и транспортировки сухих пятен крови рекомендуется
использовать ДНК-Карты (ООО «Алкор Био», Россия), РУ №РЗН 2016/4615 от 23.08.2016 г.
Для сбора буккального эпителия рекомендуется использовать щетки
4N6FLOQSwabs Regular («Сорап Flock Technologies», Италия), РУ №ФСЗ 2012/13327 от
04.12.2012 г. Для хранения и транспортировки образцов буккального эпителия
использовать транспортный раствор (АО «Вектор-Бест», Россия), РУ №РЗН 2017/6004 от
24.07.2017 г.
Измерение концентрации рекомендуется проводить спектрофотометрически с
использованием анализатора «Varioskan Flash» (Thermo Fisher Scientific, США) в режиме
Поглощения (Absorbance), РУ №РЗН 2014/1842 от 08.08.2014 г.
Минимальное количество ДНК для амплификации - 1 нг в 1-3 мкл для каждого пула.
Работа может проводиться с входным количеством 1 или 10 нг ДНК.
При отсутствии ограничений в источнике ДНК рекомендуется использовать 10 нг
материала.
1.9. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСГГИ
• Потенциальный риск применения Набора реагентов - класс 26 (согласно Приказу
Министерства здравоохранения РФ №4н от 06.06.2012 г).
• Набор реагентов содержит ДНК, аналогичную последовательностям геномной ДНК
человека. Данный материал синтетического происхождения и не представляет
опасности для человека.
• Не использовать компоненты Набора реагентов после истечения срока их
годности.
• Перед началом работы с любыми компонентами внимательно ознакомиться с
документами по безопасности, предоставленными производителями, а также
актуальными инструкциями по их использованию.
• Во избежание контаминации ДНК необходимо пространственное разделение
этапов пре- и пост-ПЦР: отдельные помещения, отдельные халаты, отдельные
пипетки и другие лабораторные материалы.
--- стр. 16 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIF1ND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 16 из 51
• Персонал, проводящий исследования, должен проводить работы в защитной
одежде - лабораторные халаты, средства индивидуальной защиты.
• При работе с образцами биоматериала необходимо руководствоваться МУ 287-113
«Методические указания по дезинфекции, предстерилизационной очистке и
стерилизации изделий медицинского назначения» и МУ 1.3.2569-09 «Организация
работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот,
при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности» и
соблюдать санитарно-эпидемические правила СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы
с микроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и возбудителями
паразитарных болезней».
1.10. ИНТЕРФЕРИРУЮЩИЕ ВЕЩЕСТВА
производителем проведена оценка влияния потенциально интерферирующих веществ
при работе с МИ. Предельные количества потенциально интерферирующих веществ и их
эффекты были определены по литературным данным.
Потенциальные интерференты
Гемоглобин
Источник интерферента: Компонент крови
Стадия проявления потенциального интерферента: ПЦР
Содержание гемоглобина не должно превышать 1 мг/мл в реакции ПЦР. Более
высокие концентрации ингибируют полимеразу.
Билирубин
Источник интерферента: Компонент крови
Стадия проявления потенциального интерферента: ПЦР
Содержание билирубина не должно превышать 2 мкг/мл в реакции ПЦР. Более
высокие концентрации ингибируют полимеразу.
Триглицериды
Источник интерферента: Компонент крови
Стадия проявления потенциального интерферента: ПЦР
Содержание триглицеридов не должно превышать 1,28 мкг/мкл в реакции ПЦР.
Более высокие концентрации ингибируют полимеразу
Муцин
Источник интерферента: Компонент ротовой слизи
Стадия проявления потенциального интерферента: ПЦР
--- стр. 26 ---
^ p°'"s®q ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 26 из 51
• Метод не предназначен для генетического тестирования при пренатальной и
преимплантационной генетической диагностике.
3.3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА
Все метрики качества данных рассчитываются и оцениваются в автоматическом режиме.
Число прочтений на образец: общее число прочтений по образцу, полученное в
результате высокопроизводительного секвенирования. Показатель качества пробоподготовки.
Доля выровненных прочтений: доля прочтений, выровненных на целевые регионы
генома. Показатель специфичности панели праймеров.
Покрытие целевых регионов: процентная доля целевого региона, покрытая
достаточным количеством прочтений с обеих цепей ДНК. Основной показатель качества
секвенирования образца.
Однородность покрытия; процентная доля позиций (баз) с покрытием не менее 0,2х, где
X - среднее покрытие по всем позициям целевых регионов панели. Показывает разброс по
покрытию целевых регионов.
Корреляция с контрольным профилем: степень идентичности профилей покрытия
между образцом и референсными значениями по панели, выраженная в процентах.
Рассчитывается отдельно для каждого пула праймеров. Показывает робастность таргетного
обогащения. Под контрольным профилем понимается среднее количество прочтений,
выровненных на ампликон, характерное для конкретной панели при постановке по
определенному протоколу.
Контаминированный образец; аналит, представляющий собой смесь ДНК
неродственных индивидуумов (Подробнее см. раздел ВЮ).
Установленные пороговые значения по метрикам качества представлены в таблице;
Показатель
Число прочтений на образец
Доля выровненных прочтений
Покрытие целевых регионов
Однородность покрытия
Корреляция с контрольным профилем по
пулу 1
Значение
> 25 000 прочтений
> 80%
^90%
^90%
^ 8 0 %
--- стр. 27 ---
porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
и н ар у к ц и я по п р и м е н е н и ю
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 27 из 51
Корреляция с контрольным профилем по
пулу 2
Контаминация
>80%
Не обнаружено
При значении показателя ниже порогового и в случае обнаружения контаминации
образцу будет присвоен соответствующий бейдж.
Для просмотра значений метрик контроля качества необходимо перейти к деталям
анализа образца и нажать на кнопку МЕТРИКИ КК в правом верхнем углу окна.
*асо 2 ot,«. 2«i i 11H SI
а«ри«ит« CW K. мри«нти Vi* AH*AH in«LP»rTM 4) B IO S
f#r 89e*rf»Ta S
Г А »40Г >1П Т рИ А И А Л А Н О * И
Г О М О З И Г О Т А
S ф В V2120
Т р1М*шиое «ми
S ф В OB'S
H G V S
в ф т
Мин. З Н А Ч И М О С Т И
Ф R A tO rA H H bdl i
в W * 11C *T
ф tepO A T H O П А Т . А
ф ДебрОсАнАО М иннА 4
ф Н А И М А С Т П О А в V470U
Ф М А О П О А Л А Л А г^ п И Й А
ф ftA p O A T H O добр. А ф в М790
»I17S 9S 36T T > A
ммспцв
U C r^K M K l
прочкмий H A образец
пречеит Awpoeiewb» npoM T eiw fl
П б1фмп» neieaig рАгуюно 99%
О цю »ЭД Ю С Т > В 81ф М П М
K O M T A M A tH ilpA I *^01^1К Ц Г Щ > |10
> nfciM
2i% «'994К оррс<иц11С 11а»ирш ^ш »1П роф >цим
pllTMNTM'A
^117$Ю 10ГЧ
о ТОЛМО р1Д>м M DKtHTa.
«ККИТ>»|Ц 1И>И I
3.4. АННОТАЦИЯ ВАРИАНТОВ
Клиническая значимость вариантов установлена разработчиками VariFind™ CFTR solution
в соответствии с критериями руководства по интерпретации данных последовательности ДНК
человека, полученных путем массового параллельного секвенирования^.
Согласно критериям, варианту нуклеотидной последовательности может быть присвоена
одна и следующих характеристик:
Характеристика
Патогенный (pathogenic)
Сокращение
Патогенный
Обозначение
^ Рыжкова О.П., Кардымон О.Л., Прохорчук Е.Б., Коновалов Ф.А., Масленников А.Б.. Степанов В.А.,
Афанасьев А.А., Заклязьминская Е.В., Ребриков Д.В., Савостьянов К.В., Глотов А.С., Костарева А.А., Павлов
А.Е., Голубенко М.В., Поляков А.В., Куцев С.И. Руководство по интерпретации данных последовательности
ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS) (редакция 2018,
версия 2). Медицинская генетика 2019; 18(2): 3-23
--- стр. 28 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
инарукция по п р и м е н е н и ю
Вероятно патогенный (likely pathogenic)
Неопределенного значения (uncertain
significance)
Вероятно доброкачественный (likely benign)
Доброкачественный (benign)
Вероятно пат. ф
Неопределенный ф
Вероятно добр. ф
Доброкачественный ^
набор реагентов «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 28 из 51
Для аннотации обнаруженных неаннотированных вариантов необходимо обратиться в
службу поддержки ООО «ПАРСЕК ЛАБ». Для этого необходимо перейти на вкладку Варианты,
нажать на иконку меню дополнительных действий и выбрать пункт «Отправить на аннотацию».
4 е ь ы O ’M JU i m il | w i-i |
клин MpuJx'M v 2> ЛИЛЛИ] лвнри'М вКМ истоки кх % Ф А Й Л У
тр»кмг^ль*4ое р
T w a n re e a
сш ф V2320
= Ф С GSS1S
Н 9 Л
К М К 51И<1И1|ЮСП»
- • ■
i2 se > c
А плтогепям л з __
ф вЮ ОЛ'НР ГЦГ «
ф Д о ер« <|чкт|»|.т|Р 4
= Ф Б 1001«11<»Т
ф н*им«<п<в 4
Ф Нлопределлнпнй в
> • С
• М релгнолобр Р • Б 0i79O
«IITM TIO SG 'A
I ] I •— 1
^117S5*47M *A ь1 mai •
ffrfS904UfT<ciTimc
Q Тм»хо РА ДХ И * Мр1*МГЫ
C i А «И Л ЬТРЫ
Вариант, аннотированный как патогенный или вероятно патогенный, будет добавлен в
список клинически значимых вариантов.
3.5. ВНЕШНИЕ ИСТОЧНИКИ АННОТАЦИИ
В качестве внешних источников даны ссылки на базы данных, которые могут быть
использованы для поиска дополнительной информации о варианте:
База данных
CFTR1
http://genet.sickkids.on.c
а
CFTR2
https://cftr2.org
Описание
! Локус-специфичная база данных генетических вариантов в гене
' CFTR.
Аннотация включает информацию о фенотипе пациента, у
которого был обнаружен вариант.
Локус-специфичная база данных генетических вариантов в гене
CFTR.
--- стр. 31 ---
ИНаРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ #UM_L-37ru Страница 31 из 51
3.6. ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТАТОВ
Поскольку муковисцидоз является аутосомно-рецессивным заболеванием, для его
проявления требуется наличие в генотипе двух клинически значимых вариантов (гомозигота
или компаундная гетерозигота). Для определения цис-/транс-положения обнаруженных
клинически значимых вариантов рекомендуется подтверждение их носительства у родителей
пациента.
Наличие клинически значимого варианта на одной из двух гомологичных хромосом
свидетельствует о носительстве заболевания, что создает риск рождения больного ребенка.
При отсутствии клинически значимых вариантов у пациентов с клинической картиной
муковисцидоза, рекомендуется проведение дальнейших обследований пациента,
направленных на поиск CNV.
Клинически значимые варианты проаннотированы в ПО. В случае обнаружения
неаннотированных вариантов необходимо отправить вариант на аннотацию {подробнее см.
раздел АННОТАЦИЯ ВАРИАНТОВ).
ООО «ПАРСЕК ЛАБ» НАБОР РЕАГЕНТОВ «VAR1FIND™ CFTR SOLUTION»
4. ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ
Программное обеспечение «VariFind™ CFTR software» версия 1 (далее ПО) предназначено
для анализа данных высокопроизводительного секвенирования, полученных с помо 1цью
набора реагентов для качественного определения клинически значимых вариантов гена CFTR
VariFind™ CFTR Solution (производства ООО «ПАРСЕК ЛАБ»).
ПО обладает следующими функциональными возможностями:
импорт "сырых" прочтений результатов секвенирования и метаданных;
выравнивание прочтений на референсный геном человека GRCh38;
контроль качества полученных данных;
определение точечных герминативных генетических вариантов в целевых
регионах гена CFTR;
определение вариации копийности CFTRdele2,3 в гене CFTR;
определение вариаций коротких тандемных повторов ро1у-ТЯС в гене CFTR;
дискриминация контаминированных и не контаминированных образцов;
определение пола;
визуализация результатов генотипирования;
сортировка и фильтрация данных для формирования отчетов;
экспорт результатов в различных форматах.
--- стр. 32 ---
^ pcw-seq
Lob
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
инарукция по п р и м е н е н и ю
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VAR1F1ND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 32 из 51
porseq
VariFind™
CFTR software
VariFind'^ CFTR softw arew H o v . Д П Я Л П j 1 им к ен« « и ви д
регистрации rMtnatjMto Апа MV* Ni 2020664913Сеидетгльстйо о государи аеиней регистрации гррграклмы Апа MVNi 2020664913
ааикл» гксп .nap'f»*
Рерсий. 1 Дсснриптер VF С^1* Рэык. Фитичесний мосительтртсутструет
Иисгрукций по испелемеаииао. <псТ4Ре Ии<*рув4<*и f'O Ч0ид»епеми4|1 МИ дм
.. .< >• .‘w ис«нен10р •tV>>'iFir,p‘* CFTR>wk<i>o^>
Натнечение и область приь»еивнии; rf>crpaiurin>M ебегпе* еииа дле аиааим даииьа
»> лооу-счньи ( hOMOwH^ci набора реагеитм
v^-FirM-CmNokfliert
Требоиапи* ■ гесиичесаим и преграиммьш средствам; тер<она1ьиь)4 >омгж«т«рс
Hiu к P|iaylr0ow Оо0](*е ГГ|икг.с еср'ИИ&Ч к* «мшл
Требовлиив ■ кондауиивацийм: до(ту 1 щ сеть г1ч*е()ИтТ чени«« WMO/'ec
9нел. « дки'.к'ура. uuuib Дыоод /ичмлеи ре*ре 1иение уграна T*'20i10i0nH>we «и
I Датиугверядений программного пласта ‘' и1 ^021 CFTR 24
оои«йдас1длда> [Ml “ £] Vf-Cnfi-96
mJ '•■ = ■' • ■' •'•• . -Т П VFCFTR-3M
□5 [Г 5 ? 1
Актуальная версия программного обеспечения «VariFind™ CFTR software» указана в меню
пользователя:
4.1. РЕКОМЕНДОВАННЫЕ ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ
• Скорость соединения не менее 50 Мбит/с;
• Браузер Google Chrome версии 85 и выше;
• Разрешение экрана - 1920x1080 пикселей.
4.2. ДОСТУП К ПО
программное обеспечение «VariFind™ CFTR software» версия 1 используется
исключительно в составе Набора реагентов «VariFind™ CFTR solution» для качественного
--- стр. 33 ---
gf; porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 33 из 51
определения клинически значимых вариантов гена CFTR с целью диагностики или скрининга
носительства муковисцидоза (производства ООО «ПАРСЕК ЛАБ»).
Доступ к программному обеспечению осуществляется путем авторизации на сайте
https://cftr.parseq.pro после принятия лицензионного соглашения. Учетные данные
пользователя указываются в сопроводительных документах к договору на поставку Набора
реагентов.
4.3. ИМПОРТ ДАННЫХ
Для перехода на страницу импорта данных требуется нажать кнопку ЗАГРУЗИТЬ ДАННЫЕ
в правом верхнем углу экрана, на панели инструментов. Импорт данных включает 4 этапа: выбор
серии реагентов, заполнение метаданных, добавление образцов и загрузку. До момента начала
загрузки введенная информация не сохраняется.
4.3.1. Выбор серии реагентов
На первом этапе указывается серия Набора реагентов, использованного для подготовки
образцов из запуска. Серия указана на боковой этикетке комплекта реагентов. Комбинирование
библиотек, приготовленных с помощью разных серий, в одном запуске не допускается.
Платформа
MiSeq
Нажатие на кнопку ВПЕРЕД приведет к переходу на следующий шаг.
--- стр. 42 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VAR1FIND™ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 42 из 51
Для удобства анализа обнаруженных клинически значимых вариантов предоставлена
возможность фильтровать по генотипу и искать интересующий вариант по тривиальному
названию и названию в номенклатуре HGVS. По умолчанию показаны только найденные в
образце варианты и варианты в регионах с низким качеством. Для просмотра отсутствующих в
образце вариантов необходимо снять фильтр «Вариант отсутствует».
4.6.3. Визуализация прочтений в геномном браузере IGV
Для доступа к геномному браузеру IGV, находясь на экране Варианты, Клин, варианты или
Анализ покрытия, требуется нажать на иконку меню дополнительных действий и выбрать пункт
«Посмотреть в IGV».
ABCD3 01.р^Д021 111 и S1 1 I
В<ри«нгы клип, варигы v2« Анализ посрытип
генотип
гетерозигета
Гвнр1пл
гомоэигета •
• Б
трнфнтнюе w»
. • Б
HOW
О*. WeeadCTw ■ • ■
^ Оатоги111вД
Щ bepmtmnet
Ш - ------ •
2
а л • Б
W Wpota»MCieewwe
ф наиэФестне' а ■ • Б
ф неспределенпыйа
ф вероатнодевр. 0 ш • Б
О Толмр редкие мриаигы
C IPPC H T b Ф И Л Ь Т Р Ы
^117S)S»INAC JK fM
могшей
tiaeeciM
S.117$90aiOT»C
0 7|П>С
метрики КК Щ ФАЙЛЫ
- CEE)
GED
предыдущий вариант Клин, значимость Гон
1 1 1<
Генотип
1
IGV н» к>г7
Вармант Название варианта в HGVS
1 *
Следующий вариант
C .1Z3A >G
е12Л»<
• ■нешмих источнике! X
о
Координата
Референс
Покрытие
Прочтения
тр л м е м
К
4.6.4. Анализ покрытия
--- стр. 43 ---
S?; porseq ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
ИНСТРУКЦИЯ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND"“ CFTR SOLUTION»
#UM_L-37ru Страница 43 из 51
Покрытие - это соотношение между числом прочтений, выровненных на ампликон, и
числом прочтений, выровненных на все ампликоны панели. Каждый ампликон имеет
специфическое покрытие, которое определяется эффективностью таргетного обогащения. Во
время анализа данных секвенирования программное обеспечение вычисляет степень
идентичности между покрытием ампликонов образцов запуска и средним покрытием
ампликонов для решения (коэффициент детерминации). Отклонения этих параметров могут
свидетельствовать об отклонениях от протокола на этапе таргетного обогащения.
Оценить покрытие можно на отдельном экране приложения. Информация по покрытию
ампликонов приведена в таблице с возможностью фильтрации по хромосомам, координате,
длине, пулу, количеству прочтений.
Имя и дата
мпуска
I Имя обрааца
1 i
Варсия и SP алгоритма
Сария
i
Ж1и 11111 »1 I M ti»i I
nfM
O t Oi
Q H *A O A dK p«ftw «
Q rtvofA M pw T w e
0 H O fM M H W t
0 T < M C Q H O i
«ИМ ТРУ
71«2»еШ 2
Л $Тг022$4
тмимлел
7t$94)S3P
7 t S 4 « 9 4 » S
71I047MM
ууилиш
7lS49tt$U
71$ttM&40
dvi
<lv2'22«nzm22W ft2$M
<torn7im i M l 71^76
chrrii 71
<1v7'll7lSt2t>-1l7l»S20
Фгг\У7\лтУ’УУ7\ш»
avr 117»4<га4-117144S11
СЫТУти7и-УУ7\4ЛП7
0V7117>44MM171492»4
Ctr7,1171Ж11 <11719 H H
O vrn 717«7H>117* 70971
Польаовательский байдж
1
У Е Т Р И 1 И К Ж
Маню дополнительных действий
Pifweii npB'fTt)>aa
■
J
A07W
i
■ 702
■ 407)1
fv n m t 30061
•Я7
«ТОМ 00)3* 1
«w w l m 010&3 1
«■0BV2 U4 Ф 6177) 1
«•«V2 700 •01406
«>oiv3 013’7
MTOfva «7 0 0)67
ifWon-i-eioev-i •0026)
t
Strand Bias
4.6.5. BIDS
Биологические идентификаторы (BID) — это дополнительные 13 пар праймеров в панели,
специфичные к высокополиморфным участкам генома. Биологические образцы (за
исключением монозиготных близнецов и близких родственников) имеютуникальные гаплотипы
по данным регионам, что позволяет осуществлять контроль качества путем определения пола
образца и контаминации, а также уникальную природу каждого образца в запуске
секвенирования (гаплотип по биологическим идентификаторам).
--- стр. 44 ---
ООО «ПАРСЕК ЛАБ»
инарукция по п р и м е н е н и ю
НАБОР РЕАГЕНТОВ «VARIFIND™ CFTR SOLUTION»
#им L-37ru Страница 44 из 51
Имя и дата
яапусма
Версия и SP алгоритма
I Имя образца
1 1
д п ц 0 2 M JU ) 11111 S1 I I
f r “ — — мин. UpM>1B «ММО № 0 1
Серия
i
ш отттш ^т О ям м м м А й« г шфлиФ ^
fesyuMVTW TMiVMMNMi ftO •m fim
Польяоватальский бейдж
i
■•-.о : +
УГ1И>И11< Р «Айлы
•Ю 2.0К I
W V ^.IW » t
©
Координаты BID локусов (относительно референсного генома человека GRCh38):
# Хромосома Старт Стоп Название
1 chr1 18396141 18396396 BID1_001
2 chrlO 13881982 13882248 BID1_002
3 chrll 99414595 99414855 BID1_003
4 chr13 53595113 53595363 BID1_004
5 chr16 1 81504637 81504901 BID1_005
6 chr18 75862676 75862925 BID2_001
7 chr19 22506576 22506785 BID2_002
8 chr2 227227570 227227825 BID2_003
9 chr21 42835717 42835989 BID2_004
10 chr5 2444204 2444466 BID2_005
11 ! chrY 2971204 2971395 BID1_006
12 chrY 15368468 15368713 BID2_006
13 chrY 21494245 21494503 BID2_007
4.7. ТЕХНИЧЕСКАЯ ПОДДЕРЖКА
в случае возникновения общих вопросов и вопросов, связанных с работой ПО следует
обратиться в службу технической поддержки производителя через сайт:
https://support.parseq.pro/ .