Набор реагентов "РепроЛайн" для выявления хромосомных аномалий в единичных клетках на системе "F-Genetics" по ТУ 21.20.23-002-03569019-2018 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 2 ---
(fJgenetics
Firsl complex decisions IVD
Набор реагентов «РепроЛайн»
для выявления хромосомных аномалий
в единичных клетках
на системе «F-Genetics»
ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ
1М|
АО "Ферст Генетике”, Россия, 115162,
г. Москва, ул. Шухова, д.14, стр.9, пом. 7,
тел. (499) 673-02-88, e-mail: info@f-genetics.com
--- стр. 3 ---
ОГЛАВЛЕНИЕ
I. ОПИСАНИЕ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ..................................................................4
1.1. НАИМЕНОВАНИЕ И СОСТАВ........................................ 4
1.2. НАЗНАЧЕНИЕ........................................................................ 6
1.3. ПОТЕНЦИАЛЬНЫЙ ПОТРЕБИТЕЛЬ................................... 6
1.4. ОПИСАНИЕ ЦЕЛЕВОГО АНАЛИТА................................. 7
1.5. УСЛОВИЯ ПРИМЕНЕНИЯ................................................ 7
1.6. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ........................................................................................7
1.7. ПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ..................................................................... 7
1.8. ПРОТИВОПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ............................................................7
1.9. ВОЗМОЖНЫЕ ПОБОЧНЫЕ ДЕЙСТВИЯ...............................................................7
1.10. РИСКИ ПРИМЕНЕНИЯ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ........................................7
1.11. КЛИНИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ ИССЛЕДОВАНИЯ.............................................8
1.11.1. Обоснованность метода......................................................................................8
1.11.2. Принцип метода...................................................................................................8
1.11.3. Клиническая значимость исследования..........................................................11
1.11.4. Функциональные характеристики набора.......................................................12
1.11.4.1. Тилы выявляемых хромосомных аномалий.............................................12
1.11.4.2. Аналитические характеристики набора.....................................................13
1.11.4.2.1. Аналитическая чувствительность..........................................................13
1.11.4.2.2. Предел обнаружения...............................................................................13
1.11.4.2.3. Аналитическая специфичность...............................................................14
1.11.4.2.4. Предел обнаружения уровня мозаицизма в многоклеточных образцах
......................................................................................................................................14
1.11.4.2.5. Повторяемость и воспроизводимость...................................................15
1.11.4.3. Процент позитивного согласия и процент негативного согласия набора
.....................................................................................................................................16
1.11.4.4. Биоинформатические характеристики набора........................................17
1.11.4.4.1 Длина прочтения, количество прочтений, количество прочтений на
один образец..............................................................................................................x j
1.11.4.4.2. Точность прочтения.................................................................................18
1.11.4.4.3. Средняя глубина покрытия референсного генома...............................19
1.11.4.4.4. Медиана абсолютных значений всех парных отклонений (показатель
MAPD, Median of the Absolute values of all Pairwise Differences)..... 19
2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА.......................................................................................20
2.1. Варианты исполнения, состав и комплектность............ 20
3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА...................................................................................... ^."^^^."^26
3.1. Внутренний контроль качества............................ 26
4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ.............................................. .......27
5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ. 28
6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ 32
7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ........................ 35
8. ПРОВЕДЕНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.................................................!..LL.."!^!..'!..’!."!..".36
8.1. Подготовка и пулирование библиотек.................................................................37
8.2. Пулирование, очистка и количественное определение библиотек..................44
8.3. Создание программы запуска секвенатора.........................................................48
8.4. Запуск станции пробоподготовки.........................................................................53
8.5. Инициализация секвенатора.............................................................................. 71
8.6. Очистка станции пробоподготовки................................................................... 76
8.7. Анализ результатов секвенирования...................................................................82
9. УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА ......96
10. ИНФОРМАЦИЯ О ПРОГРАММНОМ ОБЕСПЕЧЕНИИ 97
II. МАРКИРОВКА .......................... 98
12. УПАКОВКА...............................................................................
Версия 16.03.20
--- стр. 4 ---
13. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ
14. БИБЛИОГРАФИЯ ............................................................................ .
«.ПЕРЕЧЕНЬ НАЦИО^ЬНЬК 'НОРШТЙТО^^
16. УТИЛИЗАЦИЯ
...........
Версия 16.03.20
--- стр. 12 ---
комплементарную цепь. Это вызывает высвобождение ионов водорода и
срабатывание ионного датчика, который указывает, что реакция произошла. Если в
последовательности матричной цепи присутствует повтор одного нуклеотида,
несколько молекул dNTP будут присоединены в одном цикле. Это приводит к
увеличению количества образовавшихся ионов водорода и пропорционально более
высокому электрическому сигналу.
Секвенатор считывает сигнал из каждой лунки чипа и формирует пул DAT
файлов, содержащих информацию о разнице потенциалов в каждой отдельной
лунке во время каждой подачи нуклеотидов. Затем эти данные суммируются,
формируя данные по каждой лунке со всеми подачами нуклеотидов (flow). Затем
аналоговые значения переводятся в цифровые, формируя файл WELLS. Последний
передается с дискового пространства секвенатора на сервер, управляемый
программным обеспечением секвенатора. Здесь происходит определение
последовательности нуклеотидов и распознавание финальных прочтений. ПО
осуществляет тримминг (удаление последовательности адаптеров, удаление 3’-
концов низкого качества) и фильтрацию прочтений низкого качества для увеличения
точности консенсусных последовательностей библиотек (удаление коротких
фрагментов, димеров адаптеров, прочтения, потерявшие изначально заданный
«нуклеотидный ключ» из 4-х нуклеотидов, прочтения с низким качеством сигнала,
поликлональные прочтения. Затем осуществляется распределение прочтений по
исходным библиотекам согласно идентифицированным в ходе секвенирования
молекулярным штрих-кодам. Полученные последовательности прочтений
картируются на референсный геном человека hg19 и формируется выходной файл
ВАМ. ВАМ файл передается в программное обеспечение набора. Глубина покрытия
генома составляет около 0,01х, что соответствует около 100 000 уникальных
прочтений на образец (или библиотеку). Прочтения равномерно покрывают весь
геном на всем его протяжении. Анализ количественной представленности каждой
хромосомы и хромосомных аберраций (изменение копийности локусов), расчет
уровня мозаицизма идет по алгоритму Hidden Markov Model (НММ).
1.11.3. Клиническая значимость исследования
Высокий уровень анеуплоидий у ранних эмбрионов человека, возникающих как
в результате нарушения сегрегации хромосом во время мейоза, так и в ходе первых
делении дробления эмбриона, служит причиной остановки развития эмбрионов,
приводит к спонтанным абортам и рождению детей с хромосомной патологией.
Преимплатационное генетическое тестирование (ПГТ-А) при применении
вспомогательных репродуктивных технологий (ВРТ) помогает снизить риск переноса
Версия 16.03.20 11
--- стр. 13 ---
в полость матки генетически нездорового эмбриона, значительно повышая шансы
женщины не только на наступление беременности, но и на вынашивание.
Набор реагентов «РепроЛайн» для выявления хромосомных аномалий в
единичных клетках на системе «F-Genetics» используется в преимплантационной
диагностике для профилактики невынашивания беременности и рождения
детей с хромосомной патологией при принятии решения о целесообразности
имплантации эмбриона в полость матки.
Использование набора реагентов «Репролайн» позволяет выбирать и
переносить в полость матки только те эмбрионы, которые не имеют хромосомных
аномалий, таким образом снизить риск переноса в полость матки генетически
нездорового эмбриона, значительно повышая шансы женщины не только на
наступление беременности, но и на ее вынашивание, снизить риск рождения детей с
хромосомной патологией.
Результаты, полученные при использовании набора, следует рассматривать и
интерпретировать врачу-генетику или врачу-репродуктологу в сочетании с данными
анамнеза и других инструментальных и лабораторных исследований.
1.11.4. Функциональные характеристики набора
1.11.4.1. Типы выявляемых хромосомных аномалий
Набор реагентов позволяет выявлять:
• Хромосомные анеуплоидии по аутосомам:
- трисомия (3 копии хромосом)
- моносомия (1 копия хромосомы)
• Хромосомные анеуплоидии по половым хромосомам (трисомия (3 копии
половых хромосом), дисомия (2 копии половых хромосом), моносомия (1
копия половых хромосом))
• хромосомные аберрации (сегментарные нарушения):
- делеции (утрата участка хромосомы)
- дупликации (удвоение участка хромосомы).
На раннем этапе эмбрионального развития нередко встречается хромосомный
мозаицизм (существование > 2 клонов клеток с различным хромосомным набором).
Определение мозаичной формы анеуплоидий имеет важное значение для исхода
имплантации и тактики ведения беременности. Набор реагентов «РепроЛайн»
позволяет выявлять низкоуровневый мозаицизм (не менее 20%).
Версия 16.03.20 12
--- стр. 14 ---
1.11.4.2. Аналитические характеристики набора
1.11.4.2.1. Аналитическая чувствительность
Аналитическую чувствительность определяли как частоту совпадения
обнаружения хромосомных аномалий набора «РепроЛайн» в стандартных образцах
предприятия, содержащих эти аномалии. Определение частоты совпадения
обнаружения хромосомных аномалий набора «РепроЛайн» проводили путем
тестирования разведений стандартных образцов предприятия, содержащих
известные анеуплоидии.
Значения характеристики, приведенные в таблице 1, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 1
Выявленная аномалия
Аналитическая чувствительность
(кол-во образцов с выявленными
аномалиями/кол-во исследуемых
образцов), %
Трисомия по хромосоме 21
(с использованием стандартного образца
предприятия «СОП Т21»)
100 (93/93)
Моносомия X хромосомы
(с использованием стандартного образца
предприятия «СОП 45, ХО»)
100 (89/89)
1.11.4.2.2. Предел обнаружения
Определение предела обнаружения (минимального количества клеток, в
котором обнаруживаются хромосомные аномалии) набора «РепроЛайн» проводили
путем тестирования разведений стандартных образцов предприятия, содержащих
известные анеуплоидии. Определяли наличие анеуплоидии по хромосоме,
указанной в паспорте стандартного образца предприятия.
Значения характеристики, приведенные в таблице 2, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 2
Предел обнаружения
(кол>во образцов с выявленными
аномалиями/кол-во исследуемых
образцов), %
Версия 16.03.20 13
--- стр. 15 ---
Трисомия по хромосоме 21
(с использованием стандартного образца
предприятия «СОП Т21»)
1 клетка (29/29)
Моносомия X хромосомы
(с использованием стандартного образца
предприятия «СОП 45, ХО»)
1 клетка (29/29)
1.11.4.2.3. Аналитическая специфичность
Определение аналитической специфичности набора «РепроЛайн» проводили
путем тестирования разведений стандартных образцов предприятия, не содержащих
хромосомных аномалий. Определяли отсутствие хромосомных аномалий по всем
хромосомам (наличие нормального женского кариотипа).
Значения характеристики, приведенные в таблице 3, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 3
Выявленное отсутствие хромосомной
аномалии
Аналитическая специфичность
(кол-во образцов с выявленным
отсутствием хромосомных
аномалий/кол-во исследуемых
обнзиов! %
Нормальный женский кариотип (отсутствие
хромосомных аномалий)
(с использованием стандартного образца
предприятия «СОП норм»)
100 (82/82)
Потенциально интерферирующими веществами могут быть сперматозоиды,
полярные тельца и клетки кумулюса в количестве одной и более клеток. Влияние
интерферирующих веществ устраняется с помощью тщательной отмывки клеток
эмбриона и тестированием последней (обычно третьей) промывочной капли в
качества отрицательного контроля.
1.11.4.2.4. Предел обнаружения уровня мозаицизма в многоклеточных
образцах
Определение предела обнаружения уровня мозаицизма в многоклеточных
образцах набора «РепроЛайн» проводили в разведениях смесей стандартных
образцов предприятия, содержащих известные анеуплоидии. Соотношение
количества клеток с анеуплоидией к общему количеству исследуемых клеток
показывает процентный уровень мозаицизма. Мозаицизм возможно исследовать
только при наличии нескольких клеток в исследуемом образце. Исследовали
разведения с 20%, 50% и 80% уровнем мозаицизма.
Версия 16.03.20 14
--- стр. 16 ---
Таблица 4
Значения хара 1стеристики, приведенные в таблице 4, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Выявленная аномалия
Предел обнаружения
уровня мозаицизма
в многоклеточных с С кя в н
Мозаичная анеуплоидия хромосомы 21
((21)х2,2) (с использованием
разведений стандартного образца
предприятия «СОП Т21»)
20%
Мозаичная анеуплоидия X хромосомы
((Х)х1,8) (с использованием
разведений стандартного образца
предприятия «СОП 45, ХО»)
20%
1.11.4.2.5. Повторяемость и воспроизводимость
Повторяемость результата набора «РепроЛайн» оценивали путем
тестирования разведений стандартных образцов предприятия, содержащих
известные анеуплоидии одним оператором, на одном приборе в один день.
Воспроизводимость результата набора «РепроЛайн» оценивали путем тестирования
разведений стандартных образцов предприятия, содержащих известные
анеуплоидии двумя операторами, на двух разных приборах, в разные дни.
Определяли наличие анеуплоидии по хромосоме, указанной в паспорте
стандартного образца предприятия.
Тестирование каждого разведения для оценки повторяемости проводилось в 108
повторах, для оценки воспроизводимости - в 216 повторах.
Значения характеристик, приведенные в таблицах 5 и 6, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 5
Повторяемость
В ы я в л е н н а я
ан о м а л и я
П озити вн о
е со гл а си е
(С истем а
«F-
G en etics
П лю с»)
Н егати вн о
е со гл а си е
(С и стем а
«F-
G en etics
П лю с»)
К о эф ф и ц и
<ент
вари ац и и ,
%
П ози ти вн о
е с о гл а с и е
(С и стем а
«F-
G en etics» )
Н егативно
е со гл а си е
(С истем а
«F-
G enetics»)
К о эф ф и ц и
ен т
вар и ац и и ,
Т р и со м и я по
х р о м о с о м е 21
(с использованием
стандартного
образца
предприятия «СОП
Т21»)
18 0 <5 18 0 <5
М он осом и я X
х р о м о с о м ы
(с исполь-зованием
стандартного
образца
предприятия «СОП
18 0 <5 18 0 <5
Версия 16.03.20 15
--- стр. 17 ---
45. ХО»)
Н о р м ал ьн ы й
ж енский кариотип
(отсутствие
хромосомны х
аном алий)
(с исполь-зованием
стандартного
образца
предприятия «СОП
норм»)
18 0 <5 18 0 <5
Таблица 6
Воспроизводимость
В ы я в л ен н ая
ан о м а л и я
П ози ти вн ое со гл а си е Н егати вн ое со гл а си е
О п ер ато р 1,
С истем а
«F -G enetics
П лю с», 1
л а н ь
О п ер ато р 2,
С истем а
«F-
G en etics» , 2
О п ер ато р 1,
С истем а
«F -G enetics
П лю с», 1
О п ер ато р 2,
С и стем а «F-
G en etics» , 2
д е н ь
К о эф ф и ц и ен т
в а р и а ц и и ,%
Т р и со м и я по
х р о м о с о м е 21
(с использованием
стандартного
образца
предприятия «СОП
Т21»)
36 36 0 0 <5
М он осом и я X
х р о м о с о м ы
(с использованием
стандартного
образца
предприятия «СОП
45. ХО»)
36 36 0 0 <5
Н о р м ал ьн ы й
ж енский кариотип
(отсутствие
хромосом ны х
аном алий)
(с использованием
стандартного
образца
предприятия «СОП
норм»)
36 36 0 0 <5
1.11.4.3. Процент позитивного согласия и процент негативного согласия набора
Для определения характеристик процентов позитивного и негативного согласия
набора «РепроЛайн» были использованы 96 образцов клеток трофэктодермального
происхождения. В качестве референтного метода использовали метод
флуоресцентной гибридизации in situ (FISH - fluorescence in situ hybridization) c
центромерными ДНК-зондами для подсчета количества хромосом и
субтеломерными ДНК-зондами и центромерными ДНК-зондами для подсчета
количества искомого локуса (в случае обнаружения хромосомных аберраций). В
ходе испытаний использовали зонды производства Kreatech Biotechnology B.V. (РУ
Версия 16.03.20 16
--- стр. 18 ---
ФСЗ 2012/13468). Оценку сигнала осуществляли с помощью микроскопа Axio Imager
А2 (РУ ФЗС 2009/04802) с помощью ПО Isis версии 2.0 (РУ ФСЗ 2009/05560).
Результаты тестирования набора в сравнении с референтным методом
приведены в таблице 7.
Таблица 7
Результаты тестирования образцов биологического материала с помощью
набора кРепроЛайн»
Всего
исследовано
96
Результаты испытаний
Число образцов
Число хромосом
С истинно положительными результатами 84
с истинно отрицательными результатами 12
имеющие ложноположительный
результат 0
имеющие ложноотрицательный
результат 0
с истинно положительными результатами 95
с истинно отрицательными результатами 87
имеющие ложноположительный
результат 0
имеющие ложноотрицательный
результат 0
Значения процента позитивного согласия и процента негативного согласия
набора «РепроЛайн» с доверительной вероятностью 95 %, рассчитанные, исходя из
полученных данных, приведены в таблице 8.
Таблица 8
Тип образцов
Процент позитивного
согласия (с
доверительной
вй1Лмостью 95 %L %
Процент негативного
согласия (с
доверительной
ш поностью 95 %
Клетки трофэкто-
дермального происхождения 100,0(96,9-100%) 100,0 (96,7-100%)
1.11.4.4. Биоинформатические характеристики набора
1.11.4.4.1 Длина прочтения, количество прочтений, количество прочтений на
один образец
Проверку количества прочтений и длины прочтения проводили с помощью
специализированных биоинформатических средств из «сырых» данных,
содержащихся в FastQ файле.
Показатель количества прочтений на один образец используется как критерий
качества прочтения каждого образца.
Версия 16.03.20 17
--- стр. 19 ---
Таблица 9
Значения характеристики, приведенные в таблице 9, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Вариант
исполнения
набора
реагентов
Длина прочтения Количество
прочтений
Количество
прочтений на один
образец
Набор
реагентов
«РепроЛайн 96»
200 п.н. (3-4 Гб)
(включая
вспомогательные
последовательности
(баркоды, адаптеры и
Т.п.))
15-20 млн не менее 100 000
Набор
реагентов
«РепроЛайн 24»
200 п.н. (0,6-1 Гб)
(включая
вспомогательные
последовательности
(баркоды, адаптеры и
т.п.))
4-6 млн не менее 100 000
Набор
реагентов
«РепроЛайн 16»
200 п.н. (0,3-0,5 Гб)
(включая
вспомогательные
последовательности
(баркоды, адаптеры и
______________________
2-3 млн не менее 100 000
1.11.4.4.2. Точность прочтения
Для оценки точности прочтения используется шкала Phred. В процессе
выравнивания прочтений на рефренсный геном любое расхождение с референсным
геномом (биологическое или техническое, означающее реальный вариант или
ошибку секвенирования) указывается как несоответствие. В результате
выравнивания на рефренсный геном каждое прочтение оснований
классифицируется как корректное или некорректное. Точность прочтения
оценивается в процессе выравнивания прочтений на рефренсный геном.
Значения характеристики, приведенные в таблице 10, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 10
Показатель Значение
Точность прочтения не менее 98,5%
Версия 16.03.20 18
--- стр. 20 ---
1.11.4.4.3. Средняя глубина покрытия референсного генома
Средняя глубина покрытия референсного генома используется для контроля
качества прочтения образца и рассчитывается из данных количества прочтений на
один образец, средней длины фрагмента и количества нуклеотидов в геноме.
Значения характеристики, приведенные в таблице 11, достигаются при
соблюдении правил, указанных в разделе «Исследуемый материал».
Таблица 11
Вариант исполнения набора
реагентов Средняя глубина покрытия референсного генома
Набор реагентов «РепроЛайн 96» O.OIx
Набор реагентов «РепроЛайн 24» 0,01х
Набор реагентов «РепроЛайн 16» 0,01х
1.11.4.4.4. Медиана абсолютных значений всех парных отклонений (показатель
MAPD, Median of the Absolute values of all Pairwise Differences)
Для оценки качества образца используется показатель MAPD - медиана
абсолютных значений всех парных отклонений. Показатель MAPD используется для
оценки изменчивости выборки и определения полезны ли данные для анализа.
Образцы с показателем качества >0,3 бракуются.
Величина показателя MAPD лриведена в Таблице 12.
Таблица 12
Вариант исполнения набора
реагентов
Медиана абсолютных значений всех парных
отклонений (показатель MAPD)
Набор реагентов «РепроЛайн 96» менее 0,3
Набор реагентов «РепроЛайн 24» менее 0,3
Набор реагентов «РепроЛайн 16» менее 0,3
Версия 16.03.20 19
--- стр. 21 ---
2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА
2.1. Варианты исполнения, состав и комплектность
Набор выпускается в трех вариантах исполнения (варианты исполнения, состав
и комплектность поставки см. в таблицах 13, 14 и 15). Все варианты исполнения
предназначены высокопроизводительного секвенирования полного генома (NGS)
для выявления хромосомных анеуплоидий и хромосомных аберраций в единичных
клетках. Варианты исполнения различаются по количеству реагентов, по типу чипов
для секвенирования и, соответственно, по количеству образцов, которые могут быть
проанализированы с помощью одного набора. Вариант исполнения «РепроЛайн 96»
предназначен для анализа 384 образцов, 96 образцов за 1 запуск, вариант
исполнения «РепроЛайн 24» предназначен для анализа 96 образцов, 24 образцов за
1 запуск, вариант исполнения «РепроЛайн 16» предназначен для анализа 64
образцов, 16 образцов за 1 запуск.
Таблица 13
Варианты исполнения набора
Вариант
исполнения
Комплект реагентов/материалов/
КШЯвВ1^ВЙ/чИПОВ
Кол-во, шт.
Вариант
исполнения
«РепроЛайн
96»
1) набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 1) 4
2) набор материалов для станции пробоподготовки 4
3) картридж с растворами для амплификации библиотек для
станции пробоподготовки
4
4) картридж с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки
4
5) набор растворов для секвенирования 1
6) картридж с реагентами для секвенирования 4
7) набор полупроводниковых чипов 530 (4 чипа в упаковке) 1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн
24»
1) набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 1) 1
2) набор материалов для станции пробоподготовки 4
3) картридж с растворами для амплификации библиотек для
станции пробоподготовки
4
4) картридж с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки
4
5) набор растворов для секвенирования 1
6) картридж с реагентами для секвенирования 4
7) набор полупроводниковых чипов 520 (4 чипа в упаковке) 1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн
16»
1) набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 2) 3
2) набор материалов для станции пробоподготовки 4
3) картридж с растворами для амплификации библиотек для
станции пробоподготовки
4
4) картридж с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки
4
5) набор растворов для секвенирования 1
6) картридж с реагентами для секвенирования 4
7) набор полупроводниковых чипов 510 (4 чипа в упаковке) 1
Версия 16.03.20 20
--- стр. 22 ---
Таблица 14
Состав набора
К ом понент н аб о р а | Р еагент/картри дж | 0 6 ъ е м | К о л и ч ество ! О п и сан и е |
В ариан т и сп о л н ен и я «Р еп роЛ ай н 96»
1) набор для
приготовления
библиотек ДНК
(вариант 1 )\ 4 шт.:
Ф
О пасн о
буф ер для
экстракции
нуклеиновых кислот
480
мкл 1 пробирка
П робирка с закручиваю щ ейся
зеленой крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную жидкость.
буф ер для реакции
лизиса
460,8
мкл
1 пробирка П робирка с закручиваю щ ейся
ф иолетовой крышкой,
содерж ащ ая прозрачную
бесцветную ж идкость.
см есь ф ерм ентов для
лизиса клеток
19,2
мкл
1 пробирка П робирка с закручиваю щ ейся
ж елтой крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную
жидкость.
преамплиф икационны
й буф ер
460,8
мкл
1 пробирка П робирка с закручиваю щ ейся
красной крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную жидкость.
ф ерм енты для
реакции
преамплиф икации
19,2
мкл
1 пробирка П робирка с закручиваю щ ейся
белой крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную жидкость.
амплификационный
буф ер
864
мкл 3 пробирки
П робирка с закручиваю щ ейся
оранж евой крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную жидкость.
ф ерм енты для
амплиф икации
48
мкл
1 пробирка П робирка с закручиваю щ ейся
голубой крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную жидкость.
вода без нуклеаз 432
мкл
1 пробирка П робирка с закручиваю щ ейся
бесцветной крышкой, содерж ащ ая
прозрачную бесцветную жидкость.
набор баркодов 1-96 -
1 планш ет П роф ольгированны й 96-луночный
планш ет, каж дая из 96 лунок
содерж ит прозрачную бесцветную
ж идкость объем ом 20 мкл
планш ет 96-луночный -
1 планш ет П ланш ет 96-луночный из
прозрачного пластика разм ером
12x8 см
проф ольгированная
крышка - 1 крышка Крышка проф ольгированная
разм ером 13,3 х 9.3 см
наконечники
одноразовы е (96 шт.
в ш тативе)
- 1 ш татив
Ш татив с наконечниками (96 шт., в
том числе 54 наконечника
объем ом 1000 мкл, 40
наконечников объем ом 200 мкл, 2
прокалы вателя)
пробирки - 12 штук в
упаковке
Пробирки для разбивания
эмульсии объем ом 2 мл
крышки для
центрифуг - 2 штуки
Крышки д л я центрифуг станции
для пробоподготовки диам етром
12 см
ш татив с пробирками
для модуля
обогащ ения
- 1 ш татив В ш тативе 8 пробирок объем ом
1,5 мл
адап тер для чипа 1 адап тер А даптер д л я чипа
2) набор м атериалов
для станции
пробоподготовки, 4
шт.:
’ Реагенты содерж ат опасны е вещ ества. И нф орм ацию по опасным вещ ествам и м ерам
предосторож ности при работе с реагентам и см. в р азд ел е инструкции «М еры предосторож ности и
предупреж дения».
Версия 16.03.20 21
--- стр. 25 ---
Компонент набора Реагент/картридж Объем Количество Описание
крышкой; позиция В: прозрачная
пробирка объемом 1.5 мл с
закручивающейся красной
крышкой, содержащей 2М NaOH;
позиция С: прозрачная пробирка
объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой крышкой,
содержащая белый порошок;
позиция D: пустая прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой крышкой.
5) набор растворов
для секвенирования: промывочный
раствор, бутыль 1,5 л 4 бутыли
Бутыль из белого пластика,
запаянная в фольгу, содержащая
бесцветную жидкость
раствор для очистки,
бутыль
250
мл 1 бутыль Бутыль из прозрачного пластика,
содержащая бесцветную жидкость
6) картридж с
реагентами для
ceквeниpoвaния^ 4
шт.
Опасно
картридж с
реагентами для
секвенирования
- 4 картриджа
Картридж содержит 5 лунок
фиолетового, черного, синего,
зеленого и красного цветов,
каждая из которых сообщается с
отдельной емкостью с
реагентами.
7)набор
полупроводниковых
чипов 520
чип
полупроводниковый
520
- 4 чипа
Чипы, запаянные в
индивидуальные фольгированные
упаковки
К набору реагентов прилагаются краткое руководство по применению набора и паспорт качества
Вариант исполнения «РепроЛайн 16»
1) набор для
приготовления
библиотек ДНК
(вариант 2)’, 3 шт.:
Ф
Опасно
буфер для
экстракции
нуклеиновых кислот
120
мкл 1 пробирка
Пробирка с закручивающейся
зеленой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную жидкость.
буфер для реакции
лизиса
115,2
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
фиолетовой крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
смесь ферментов
для лизиса клеток
4,8
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
желтой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
преамплификационн
ый буфер
115,2
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
красной крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную жидкость.
ферменты для
реакции
преамплификации
4.8
мкл
1 пробирка Пробирка с замучивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную жидкость.
амплификационный
буфер
648
мкл 3 пробирки
Пробирка с закручивающейся
оранжевой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную жидкость.
ферменты для
амплификации
12
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
голубой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную жидкость.
вода без нуклеаз 432
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
бесцветной крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную жидкость.
Набор баркодов 1-24 - 1 планшет
Профольгированный 96-луночный
планшет, 24 лунки содержат
прозрачную бесцветную жидкость
объемом 20 мкл (первые три ряда
лунок), остальные лунки пустые
2) набор материалов
для станции
планшет 96-
луночный - 1 планшет Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика размером
Версия 16.03.20 24
--- стр. 26 ---
Компонент набора Реагент/картридж Объем Количество Описание
пробоподготовки, 4
шт.:
12x8 см
профольгированная
ф ы ш ка_______________
1 крышка Крышка профольгированная
размером 13,3 х 9,3 см__________
наконечники
одноразовые (96 шт.
в штативе)
1 штатив
Штатив с наконечниками (96 шт., в
том числе 54 наконечника
объемом 1000 мкл, 40
наконечников объемом 200 мкл, 2
прокалывателя)________________
пробирки 12 штук в
упаковке
Пробирки для разбивания
эмульсии объемом 2 мл_________
крышки
центрифуг
для 2 штуки
Крышки для центрифуг станции
для пробоподготовки диаметром
12 см
штатив с
пробирками для
модуля обогащения
1 штатив В штативе 8 пробирок объемом
1,5 мл
адаптер для чипа 1 адаптер Адаптер для чипа
3) картридж с
растворами для
амплификации
библиотек для
станции
пробоподготовки\
шт.;
картридж с
растворами для
амплификации
библиотек для
станции
пробоподготовки
4 картриджа
Опасно
Картридж содержит 24
профольгированные лунки, из них
8 лунок объемом 5 мл содержат
прозрачную бесцветную жидкость
объемом 4 мл и 15 лунок объемом
2 мл содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом 1,5
мл, 1 лунка объемом 2 мл (третья
в первом ряду) содержит
прозрачную жидкость объемом 1
мл с осадком коричневого цвета
4) картридж с
реактивами (ПГТ)
для станции
пpoбoпoдгoтoвки^
шт.:
^ Ф
Опасно
картридж с
реактивами (ПГТ)
для станции
пробоподготовки
4 картриджа
Картридж содержит 20
профольгированных лунок, из них
4 лунки объемом 5 мл пустые, 15
лунок объемом 2 мл содержат
прозрачную бесцветную жидкость,
1 лунка (первая во втором ряду)
содержат прозрачную розовую
жидкость, а также 4 лунки с
вставленными пробирками:
позиция А: пустая прозрачная
пробирка для образцов объемом
1,5 мл с закручивающейся белой
крышкой; позиция В; прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл с
закручивающейся красной
крышкой, содержащей 2М NaOH;
позиция С: прозрачная пробирка
объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой крышкой,
содержащая белый порошок;
позиция D; пустая прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой крышкой.
5) набор растворов
для секвенирования: промывочный
раствор, бутыль 1,5л 4 бутыли
Бутыль из белого пластика,
запаянная в фольгу, содержащая
бесцветную жидкость___________
раствор для очистки,
бутыль____________
250
мл 1 бутыль Бутыль из прозрачного пластика,
содержащая бесцветную жидкость
6) картридж с
реагентами для
секвенирования\ 4
шт.:
<$> ф
картридж с
реагентами для
секвенирования
4 картриджа
Картридж содержит 5 лунок
фиолетового, черного, синего,
зеленого и красного цветов,
каждая из которых сообщается с
отдельной емкостью с
реагентами.
Версия 16.03.20 25
--- стр. 27 ---
Компонент набора Реагент/картридж Объем Количество Описание |
Опасно
7) набор
полупроводниковых
чипов 510
чип
полупроводниковый
510
- 4 чипа
Чипы, запаянные в
индивидуальные фольгированные
упаковки
к набору реагентов прилагаются краткое руководство по применению набора и паспорт качества_____
Таблица 15
Комплектность набора
Компонент Фопа№ 1 Количество
Набор реагентов (вариант исполнения) — -
Инструкция по применению набора
в электронном виде на официальном
сайте Производителя:
www.f-qenetics.com
1
Краткое руководство по применению
набора в бумажном виде 1
Паспорт качества в бумажном виде 1
Программное обеспечение «ion
Reporter» версия 5.10
Доступ к ПО, установленному на
сервере "Ion Reporter", входящему в
состав системы "F-Genetics",
осуществляется по локальной сети
1
3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА
3.1. Внутренний контроль качества
3.1.1. Отрицательный и положительный контроли исследования
Для оценки качества получаемых результатов каждая грулпа экстрагируемых и
амплифицируемых баркодированных образцов должна включать отрицательные
контрольные образцы. В качестве отрицательных контролей используются:
1. проба (2,5 микролитра) среды из последней (обычно третьей) промывочной
капли в ряду промывочных капель;
2. неоткрытая пробирка с буферным раствором (специализированным PBS
буфером) (контроль контаминации при хранении и транспортировании);
3. вода ультрачистая (при необходимости, контроль контаминации
лаборатории).
Отрицательные контроли тестируются, начиная с этапа экстракции геномной
ДНК, и позволяют контролировать возможную контаминацию другими образцами,
ампликонами или сперматозоидами, полярными тельцами и клетками кумулюса. В
пробирках с отрицательными контролями не должна происходить реакция
амплификации (т.е. не должна детектироваться ДНК). ДНК детектируют с
использованием ПЦР в реальном времени или с использованием 2%-ого агарозного
геля. В случае детектирования ДНК в пробирках с пробой среды (п. 1), результаты
для данных пробирок с образцами считаются недостоверными, образцы бракуются.
В случае детектирования ДНК в пробирках с буферным раствором (п. 2), результаты
для всех пробирок с образцами, которые транспортировались и хранились
одновременно с данными пробирками, считаются недостоверными, образцы
Версия 16.03.20 26
--- стр. 43 ---
Таблица 23
Мастер-микс для амплификации
Компонент набора Объем для одной
реакции
Объем для N
количества реакций
Лмплификационный буфер (оранжевая
крышка) 27 мкл N X 27 мкл X 1,1
Ферменты для амплификации (синяя
крышка) 0,5 мкл N X 0,5 мкл X 1,1
Смесь красителей SYBR Green 1/ ROX, 25
мкМ^^' 2,5 мкл N X 2,5 мкл X 1,1
Коэффициент 1,1 вводится с целью увеличения на 10% объема реагентов для компенсации ошибки
пипетирования.
При выборе варианта амплификации с помощью ПЦР с анализом по конечной точке - замените эти
реагенты на воду без нуклеаз.
д. Непродолжительно перемешайте мастер-микс для амплификации на
вортексе. Затем отцентрифугируйте при 1,000 х g в течение 30 секунд для того,
чтобы собрать жидкость на дне пробирок.
8.1.2.3.3. Откройте крышки пробирок с образцами затем добавьте 30 мкл
мастер-микса для амплификации в каждую пробирку (конечный объем реакции
должен составить 45 мкл).
8.1.2.3.4. Проткните наконечником фольгу над необходимыми лунками
планшета с набором баркодов (смотрите схему планшета). С помощью нового
наконечника отберите 5 мкл раствора с соответствующим баркодом для каждого
образца, меняя наконечники дозатора после каждого образца (конечный объем
реакции составит 50 мкл).
ВНИМАНИЕ! В рамках одного запуска номера баркодов не должны
повторяться!
1 2
О ООО
о о о о
о о о о
о о о о
о о о о
о о о о
о о о о
о о о о
• t 10 И 12
о о о о о
о о о о о
о о о о о
о о о о о
о о о о о
о о о о о
о о о о о
о о о о о
10 11 12
Планшеты с набором баркодов, содержащие баркоды 1-24 и 1-96.
Баркоды находятся в лунках, помеченных соответствующими
номерами.
8.1.2.3.5. Установите дозатор на 30 мкл и перемешайте пипетированием
содержимое пробирок (меняя наконечники дозатора после каждого образца).
Следите за тем, чтобы в образцах не образовывались пузырьки воздуха.
Версия 16.03.20 42
--- стр. 44 ---
8.1.2.3.6. Закройте плотно крышки пробирок. Затем отцентрифугируйте их при
1,000 X g в течение 30 секунд для того, чтобы собрать жидкость на дне пробирок.
8.1.2.3.7. Инкубируйте образцы в термоциклере с нагреваемой крышкой,
используя следующую программу:
Таблица 24
Этап Температура Время ^ количество циклов
1 95Х 3 минуты 1
2
95Х 20 секунд
450"С 25 секунд
72Х 40 секунд
^ [2 ] д етекц ия ф луоресценции
95Х 20 секунд
12
72“С 55 секунд
4 4Х хранение 1
Время амплификации составляет приблизительно 30 минут.
Если амплификация осуществляется с детекцией в реальном времени.
8.1.2.3.8. Выньте пробирки из термоциклера. Затем отцентрифугируйте их при
1,000 X g в течение 30 секунд для того, чтобы собрать жидкость на дне пробирок.
Положите пробирки на лед или в блок для охлаждения.
ВНИМАНИЕ! Продолжите работу в пост-ПЦР Зоне.
8.1.2.3.9. Необходимо провести анализ проверки качества амплифицированных
библиотек с помощью электрофореза. Для этого нанесите на агарозный 2 % гель 10
мкл каждой амплифицированной библиотеки и проанализируйте.
Примечание: Длина фрагментов неочищенных библиотек составляет, как
правило, величину, близкую к 350 п.н.
ВНИМАНИЕ; Образцы библиотек могут храниться при температуре от
- 30°С до -10®С перед переходом к следующему этапу.
Версия 16.03.20 43
--- стр. 45 ---
8.2. Пулирование, очистка и количественное определение библиотек
Примечание: Мы рекомендуем вам проводить процедуры пулирования,
очистки пула и количественной оценки полученной библиотеки в один день.
Продукты полногеномной амплификации могут храниться на -30 - -10.
Необходимые - Свежеприготовленный 70% этанол
материалы - Реагент «Agencourt АМРиге ХР» - нагретый до комнатной
температуры
- Магнитный штатив
- Буферный раствор LowTE (10 мМ Трис+0,1 мМ ЭДТА, рН=8.0)
- Фотометр (NanoDrop 2000)
8.2.1. Пулирование библиотек
8.2.1.1. Действие по пулированию библиотек зависит от того, какой был выбран
ранее метод амплификации (включающий п. 8.1.2.3.1. или исключающий).
Таблица 25
Если вы
используете
Действие
Стандартную ПЦР с
анализом по конечной
точке
(п. 8.1.2.З.1. исключен
из протокола)
Непродолжительно перемешайте пробирки из п. 8.1.2.3.8. на
вортексе. Затем центрифугируйте при 1,000 х g в течение 30
секунд для того, чтобы собрать жидкость на дне пробирок.
Пулируйте в новой пробирке 0,2 мл (для наборов «РелроЛайн 16»
и «РепроЛайн 24») или в 0,6 мл (для набора «РелроЛайн 96»)
образцы, для этого внесите по 5 мкл каждой приготовленной
библиотеки (конечный объем должен составлять 5*N мкл)
Непродолжительно перемешайте пробирку на вортексе. Затем
отцентрифугируйте при 1,000 х g в течение 30 секунд для того,
чтобы собрать жидкость на дне пробирки._______________________
ПЦР в режиме
реального времени
(п. 8.1.2.3.1. включен
в протокол)
Непродолжительно перемешайте пробирки из п. 8.1.2.3.8. на
вортексе. Затем отцентрифугируйте их при 1,000 х g в течение 30
секунд для того, чтобы собрать жидкость на дне пробирок.
Пулируйте в новой пробирке 0,2 мл (для наборов «РепроЛайн 16»
и «РепроЛайн 24») или 0,6 мл (для набора «РепроЛайн 96»)
образцы, для этого рассчитайте среднее значение Ct для всех
библиотек, которые вы хотите пулировать и скорректируйте
объемы библиотек, которые отклоняются от среднего значения
Ct, следуя следующим инструкциям:
• Библиотеки, для которых отклонение Ct от среднего составляет
не больше единицы, следует внести в пробирку в количестве 5
мкл (стандартный объем).
• Библиотеки, для которых отклонение Ct от среднего составляет
>3, должны быть исключены из пула.
• Библиотеки, для которых отклонение Ct от среднего находится в
диапазоне >1 до <3, следует добавлять в количестве 10 мкл (в
Версия 16.03.20 44
--- стр. 51 ---
б. Выберите необходимый рабочий процесс «1оп ReproSeq» из
выпадающего меню.
6 . На этапе «Kits» (Наборы) проверьте сделанный выбор и внесите
изменения в соответствии с рабочим циклом:
а. Выберите «1оп 85» в ниспадающем меню «Instrument» (Прибор),
если она не выбрана автоматически.
б. Выберите необходимый тип чипа, который вы используете.
в. Выберите набор «1оп SingleSeq» из ниспадающего меню «Library
Kit Туре» (Тип наборов библиотек).
г. Выберите Ion ReproSeq PGS Kits-Chef (Набор для ПГТ Ion
ReproSeq Chef) из ниспадающего меню «Template Kit» (Набор
матриц).
д. Выберите Ion 85 ЕхТ 8equencing Kit из ниспадающего меню
«8equencing Kit» (Набор для секвенирования).
е. Выберите требуемый набор баркодов:
• Набор баркодов 1-96 (по умолчанию)
• Набор баркодов 1-24
ж. Выберите значение 250 напротив показателя «Циклы» («Flows») в
и нажмите кнопку «Далее» (Next).
Версия 16.03.20 50
--- стр. 52 ---
• 1«Я1)«м
Select Instrunw it, ddp and кй * and ttiM М noL
mseuneM; CMaiifae:
ionS5’"Sy«e« Щ Юп5Э0’«СПр
iH ip ii Piepennen w t |oeniiiMi>: Convei leeuence (epdenali:
S -
uarvyK N ^pe: tareede le t (opdoful):
UnSngKSeqU a lon&ngieSeqBwcade w( 1- |j^
im p im rat о owikw» # т а к a * : teeuenangKN:
ton Reproseq PCS s Ion S5 Ext Sequencng K*
n e w 2 S 0 :
Advanced latdnga
'■nmatg' T i Г|Г|1ГТ11ЖГПГГГ>1 rnnnrir tnnr irttrni p«neconsul you oc«nM)r«prvsentttMbetore
m odV ff'g paraniew a omow
lenpMng PrelDeel: • Sase CMbraeen Мое*:
E ostautcaairMon S
Fonvart Ubraty Ker: Fanawa»*ds0 if :
UnTCAG unPiB В
iH t Fiapnem Key: FleatOree»:
ATCG ton sanan c 2Пвр pgs Km 01В
• aiani as оирйбмм Пмеа В : • BitaMe Явае^анм В :
8.3.2.6. Выберите необходимые параметры на этапе Projects (Проекты) и
нажмите кнопку Next (Далее).
8.3.2.7. Во вкладке «Запланировать» (Plan) нажмите «Plan Run»
(Запланировать запуск) в нижнем правом углу для того, чтобы сохранить
Запланированный запуск. Запуск будет отображён на странице «Planned Runs»
(Запланированные запуски) под введенным вами названием.
Версия 16.03.20 51
--- стр. 53 ---
Таблица 27
Основные поля запланированного запуска.
Название поля Описание
lonReporter Выберите учетную запись и выберите ReproSeq
PGS w1.1 (выявление анеуплоидии с помощью
полного геномного анализа с низким покрытием
ReproSeq) и другие рабочие процессы Ion ReproSeq
в меню Existing W orkflow (Текущие рабочие
процессы). Для того, чтобы создать новый рабочий
процесс, нажмите кнопку Create New W orkflow
(Создать новый рабочий процесс).
Application
(Применение) Выберите опцию Reproductive (Репродуктивный)
Library Kit Type
(Тип набора библиотек) Выберите набор Ion SingleSeq.
Template Kit
(Набор матриц) Выберите набор для ПГТ Ion ReproSeq Chef
Sequencing Kit
(Набор для секвенирования) Выберите набор для секвенирования Ion S5 ЕхТ.
Flows
(циклы)
Введите необходимое количество циклов для набора
для секвенирования и длину прочтения; 250 циклов.
Chip Туре
(Тип чипа) Выберите тип чипа, который вы используете.
Адаптер Forward 3' Выберите Ion Р1В.
Flow Order
(количество циклов) Выберите Ion samba.c.2step.pgs
Barcode Set
(Набор баркодов)
Выберите баркоды 1-24 Ion SingleSeq или баркоды
1-96 Ion SingleSeq
Project
(проект)
Выберите или добавьте проект, в рамках которого вы
котите сгруппировать данные о рабочем цикле.
Run Plan Name
(Название запланированного запуска) Введите название Запланированного запуска.
Reference Library
(Эталонная библиотека)
Выберите эталонную библиотеку, загруженную в
сервер Torrent: hq19.
Target Regions and
Hotspot Regions
(Исследуемые и целевые области)
Выберите опцию None (Нет) (по умолчанию)
Введите название образца Введите название образца, выберите вариант
отношения Self и присвойте уникальный
идентификационный номер анализа для каждого
образца в цикле (количество образцов будет
изменяться на основе количества выбранных
баркодов). Не используйте названия по умолчанию
«Образец 1», «Образец 2» и т.д.
Пороговые значения контроля Задайте пороговые значения для «Загрузки гранул»,
«Ключевого сигнала» и «Используемой
последовательности». Во вкладке M onitor ► Runs
n Progress (Контроль P- Выполняемые циклы)
появляется предупреждение, если параметры
опускаются ниже заданного порогового значения.
Версия 16.03.20 52
--- стр. 54 ---
использования
станции
8.4. Запуск станции пробоподготовки
8.4.1. Действия перед началом работы
Перед началом • Убедитесь в том, что станция пробоподготовки очищена после
предыдущего рабочего цикла. В противном случае, очистите
станцию перед загрузкой материалов. Примечание: Чтобы
пробоподготовки получить дополнительную информацию о методах очистки,
смотрите 8.6.3. Очистка станции пробоподготовки.
• Проверьте пустые отделения для реагентов и растворов на
предмет наличия конденсата. Конденсат может собираться в
этих отделениях при определенных условиях температуры и
влажности. Прежде чем загрузить расходные материалы в
изделие, протрите отделения лабораторной салфеткой или
абсорбирующей тканью, если необходимо.
• Убедитесь в том, что станция пробоподготовки подключена к
серверу «Torrent Server». В главном окне станции нажмите
Settings (Настройки), а затем «Torrent Server» для того, чтобы
проверить статус подключения вашего изделия.
8.4.2. Необходимые материалы
Необходимые • Набор материалов для станции пробоподготовки ((входит в
состав набора «РепроЛайн»)
• Картридж с растворами для амплификации библиотек для
станции пробоподготовки (входит в состав набора
«РепроЛайн»)
• Картридж с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки ((входит в состав набора «РепроЛайн»)
• Чип 510 или 520 или 530 (входит в состав набора
«РепроЛайн»)
• Противовес для чипов (входит в состав системы «F-Genetics»)
• Вода без нуклеаз
• Дозаторы 10 мкл и 200 мкл и наконечники с фильтром
• Емкость для отходов
материалы
Версия 16.03.20 53
--- стр. 55 ---
8.4.3. Подготовка расходных материалов
1. Распакуйте картридж с реагентами (ПГТ) для станции пробоподготовки за 45
минут перед исполь>зованием. Подождите, пока картридж нагреется до комнатной
температуры.
ВНИМАНИЕ! Картридж с реагентами должен выдерживаться в течение 45 минут при
комнатной температуре перед использованием.
2. Извлеките другие картриджи и материалы из упаковки. Затем разместите их
на столе рядом со станцией пробоподготовки.
Подготовьте следующие позиции:
• Противовес и адаптер для чипов
• Штатив с пробирками для модуля обогащения
• Наконечники в штативе
• Планшет с профольгированной крышкой
• Крышки для центрифуг (2 шт.)
• Пробирки (12 шт.)
■ Картридж с растворами для амплификации библиотек
• Картридж с реагентами (ПГТ).
ВНИМАНИЕ! Перед использованием, аккуратно постучите по картриджу с
реагентами и картриджу с растворами для того, чтобы реагенты переместились на
дно пробирки.
Примечание: При хранении в нормальных условиях в некоторых пробирках
картриджа с реагентами (ПГТ) может выпадать осадок. Если осадок присутствует,
загрузите картридж, как указано в инструкциях. Осадок растворяется, когда реагенты
смешиваются во время использования прибора.
8.4.4. Добавление библиотеки в пробирку для образцов библиотек
1. С помощью дозатора перенесите 4 мкл пула библиотек с молярной
концентрацией 1 нМ в пробирку для образцов библиотек (пробирка с
штрихкодом), находящаяся в положении А на картридже с реагентами (ПГТ).
Добавьте 46 мкл воды без нуклеаз, чтобы получить концентрацию 80 пМ.
Погружайте и извлекайте дозатор 5 раз, чтобы смешать раствор.
2. Закройте крышкой пробирку с образцами библиотек и храните ее во льду до
тех пор, пока вы не будете готовы загрузить пробирку в картридж с
реагентами и в станцию пробоподготовки.
Версия 16.03.20 54
--- стр. 56 ---
8.4.5. Загрузка станции пробоподготовки
ВАЖНО! ■ Режимы номинальной частоты вращения центрифуги предназначены
для предоставленных люлек и рекомендованных чипов, пробирок и реагентов для
подготовки образцов.
• Центрифуга для загрузки чипа предназначена для работы при указанных
частотах вращения, которые подходят для определенных люлек, чипа, адаптера и
противовеса для чипов. Центрифуга должна быть сбалансирована по нагрузке.
Необходимо предпринять меры, чтобы надлежащим образом загрузить люльку. В
случае высокого уровня вибрации, убедитесь в том, что все компоненты правильно
установлены и роторы правильно сбалансированы.
• Используйте только материалы, которые входят в набор реагентов
«РепроЛайн», для номинальной частоты вращения центрифуги. Не снимайте или не
заменяйте роторы. Проверяйте люльки перед каждым использованием для того,
чтобы обеспечить нормальную работу.
• Убедитесь в том, что изделие включено и было очищено после последнего
использования.
• Убедитесь в том, что все компоненты очищены и высохли перед загрузкой в
станцию пробоподготовки.
• Убедитесь в том, что компоненты станции для реагентов и растворов
являются сухими и не содержат конденсата перед загрузкой компонентов.
Выполните нижеописанные процедуры для того, чтобы загрузить станцию
пробоподготовки. Полностью загруженная станция показана на рисунке ниже:
о ®
(1) Новый штатив с наконечниками
(2) Профольгированная крышка (установлена)
(3) Штатив для пустых наконечников (перемещен из позиции с новым штативом
(1)).
(4) Планшет 96-луночный
Версия 16.03.20 55
--- стр. 57 ---
(5) Картридж с реагентами (ПГТ)
(6) Картридж с растворами для амплификации библиотек
(7) Центрифуги для регенерации (извлечения образцов): пробирки и крышки для
центрифуг
(8) Штатив с пробирками для модуля обогащения
(9) Центрифуга для загрузки чипа: Адаптер/ чип и противовес для чипов.
8.4.5.1. Загрузка штативов с наконечниками и планшета для ПЦР
8.4.5.1.1. Нажмите кнопку © (Открыть дверцу) на сенсорном экране изделия
для того, чтобы отрыть дверцу. Затем подождите, пока защелка не откроется.
8.4.5.1.2. Поднимайте дверцу прибора вверх до тех пор, пока не сработает
механизм блокировки.
(1) Нажмите здесь, затем поднимите.
8.4.5.1.З. Установите пустой штатив из-под наконечников от предыдущего
запуска в положение «Использованные наконечники». Затем смените перчатки.
(1) Положение «Использованные наконечники»
ВНИМАНИЕ!
• Убедитесь, что в пустом штативе, находящимся в положении
«Использованные наконечники», нет наконечников. Прибор отменит цикл, если
наконечники находятся в положении «использованные».
• Для того, чтобы предотвратить загрязнение, следует незамедлительно менять
перчатки после перемещения пустого штатива в положение «Использованные
наконечники»
Версия 16.03.20 56
--- стр. 60 ---
ВНИМАНИЕ! Расположите пробирку с образцами библиотек таким образом, чтобы
баркод был виден и ориентирован вправо.
8.4.5.2.4. Снимите колпачок с пробирки 2М NaOH которая находится в позиции
В, пробирки, содержащей частицы в позиции С, а также пустой пробирки в позиции
D.
ВНИМАНИЕ! Во время загрузки картриджей с реагентами:
• Прижмите пробирку для образцов библиотек для того, чтобы она прочно
зафиксировалась в картридже.
• Убедитесь в том, что со всех четырех пробирок сняты колпачки.
8.4.5.2.5. Аккуратно постучите по картриджу с растворами для того, чтобы
реагенты опустились на дно пробирок.
8.4.5.2.6. Установите картридж с растворами в станцию для растворов таким
образом, чтобы он был на одном уровне с платформой.
(1) Станция для растворов (комнатная температура)
(2) Картридж с растворами
8.4.5.3. Загрузка пробирок и штатива с пробирками для модуля обогащения
8.4.5.3.1. Установите по шесть пробирок в каждую центрифугу для регенерации
(извлечения образцов).
(1) Центрифуга для регенерации (извлечения образцов)
(2) Пробирки
Перед закрытием каждой центрифуги крышкой, проверьте что;
Версия 16.03.20 59
--- стр. 61 ---
• Центрифуга сбалансирована по нагрузке с использованием всех необходимых
материалов.
ВНИМАНИЕ! Центрифуга должна быть сбалансирована по нагрузке.
• Люльки надежно закреплены в роторах центрифуги.
• Люльки установлены в правильном положении в центрифуге, и центробежная
сила при вращении направлена от центра.
8.4.5.3.2. Установите крышку на каждую центрифугу, отрегулировав положение
крепления таким образом, что оно совпадало с углублением на платформе. Затем
вставьте ее в нужное положение. Убедитесь в том, что крышки полностью
вставлены, слегка нажимая на них вдоль всего периметра.
8.4.5.3.3. Закройте откидную крышку центрифуги для регенерации (извлечения
образцов).
. Убедитесь в том, что порт крышки размещен в направлении задней части
прибора.
(1) Установленные пробирки
(2) Установленные крышки для центрифуг
(3) Закрытая крышка центрифуги для регенерации (извлечения образцов)
(4) Порт
ВНИМАНИЕ! Не ставьте какие-либо предметы на крышку центрифуги.
ВНИМАНИЕ! Используйте только поставленные материалы, включая люльки и
расходные материалы для того, чтобы обеспечить работу центрифуги при
номинальной частоте вращения. Не снимайте или не заменяйте роторы. Чтобы
обеспечить нормальную работу, проверяйте люльки перед каждым использованием.
8.4.5.3.4. Установите штатив с пробирками для модуля обогащения. Затем
прижмите штатив для того, чтобы он был на одном уровне с платформой.
ВНИМАНИЕ! Убедитесь в том, штатив с пробирками для модуля обогащения
расположен таким образом, что буквенные обозначения находятся с правой стороны
штатива.
Версия 16.03.20 60
--- стр. 62 ---
(1) Станция для обогащения
(2) Штатив с пробирками для модуля обогащения
(3) Буквенные обозначения
8.4.S.4. Загрузка центрифуги для загрузки чипов
8.4.5.4.1. Установите чип для секвенирования в люльку центрифуги. Затем
прикрепите адаптер для чипа к устройству.
Примечание: (опционально) Пометьте верхнюю сторону чипов для того, чтобы
иметь возможность их идентифицировать. Не закрывайте баркод чипа.
а. Разместите чип в люльке для загрузки чипов. Затем выровняйте лунки
адаптера для чипа по отношению к лункам чипа, расположив адаптер на чипе в
таком положении, чтобы был виден баркод.
б. Разместите адаптер на чипе. Затем вставьте встроенные крепежи на конце
адаптера в разъемы люльки.
в. Аккуратно прижимайте гибкие крепежи на другом конце адаптера к разъемам
люльки до тех пор, пока адаптер не зафиксируется в определенном положении.
г. Убедитесь в том, что крепежи на всех четырех углах адаптера вставлены в
разъемы люльки центрифуги. Установка будет считаться неверной, если адаптер
прикреплен непрочно.
1. Адаптер для чипа
2. Чип
3. Люлька
4. Порты (выровнены по отношению к
чипу)
5. Крепежи
6. Закрепленный угол (выровнен по
отношению к люльке)
7. Разъемы
8.4.S.4.2. Установите конструкцию адаптер /чип/люлька в позицию 1 на центрифуге
для загрузки чипов.
Версия 16.03.20 61
--- стр. 74 ---
8.5.3.2. В случае появления соответствующего сообщения, снимите бутыль с
промывочным раствором для того, чтобы получить доступ к емкости для отходов.
Затем опустошите емкость для отходов.
8.5.3.3. Повторно установите пустую емкость для отходов.
8.5.3.4. Замените картридж с реагентами для секвенирования на новый
картридж, который нагрет до комнатной температуры.
8.5.3.5. Убедитесь в том, что новая бутыль с промывочным раствором
тщательно взболтана. Затем снимите колпачок и установите бутыль.
8.5.3.6. Убедитесь в том, что чип для секвенирования, использованный в
предыдущем рабочем цикле, надлежащим образом закреплен в зажиме и вставлен
до упора.
8.5.3.7. Если необходимо, установите новую бутыль с раствором для очистки.
Примечание: Бутыль с раствором для очистки содержит объем реагентов,
достаточный для проведения 4 процедур очистки.
8.5.3.8. Закройте дверцу и нажмите кнопку «Next» (Далее).
Прибор подтверждает, что расходные материалы и чип надлежащим образом
установлены, и раствор для очистки содержит достаточный объем реагентов для
проведения очистки после процедуры секвенирования. Следуйте всем
рекомендациям на экране для того, чтобы обеспечить надлежащую установку
необходимых материалов.
ВНИМАНИЕ! После осуществления достаточного количества циклов очистки, на
экране прибора может появиться сообщение, предупреждающее пользователя о
необходимости заменить бутыль с раствором для очистки.
Примечание: См. Дополнение А. Поиск и устранение неисправностей.
Результаты Ion Reporter, если на экране появляется сообщение «Проверка реагента:
ошибка».
8.5.3.9. После завершения инициализации (приблизительно 50 минут), нажмите
кнопку «Ноше» (Главный экран).
Версия 16.03.20 73
--- стр. 75 ---
Теперь прибор готов для секвенирования.
8.5.4. Начало процедуры секвенирования
Для того чтобы поместить чип в зажим необходимо:
(1) Выдвинуть зажим для чипа
(2) Вынуть чип, расположенный в зажиме во время инициализации
(3) Поместить чип, загруженный в станции пробоподготовки, а зажим
скошенным углом в нижний передний угол зажима
Примечание: Не применяйте силу, когда вставляете чип. Если чип не вставляется легко,
убедитесь, что угол чипа ориентирован как показано на рисунке.
(4) Задвинуть зажим до конца, затем закрыть дверцу прибора.
Мы рекомендуем секвенировать загруженные чипы с помощью секвенатора «F-
Genetics Плюс» и «F-Genetics» сразу после завершения инициализации прибора.
Однако, успешное секвенирование может осуществляться в течение 24 часов после
инициализации прибора.
Примечание:
• Не нажимайте кнопку питания во время работы. Сбой питания прибора во
время запуска может привести к прекращению секвенирования или потере образца.
• Мы рекомендуем проверить статус Запланированного запуска перед
установкой загруженного чипа. Если Запланированного запуска не присваивается
статус «Запланированный» в браузере «Torrent» после успешного завершения
рабочего цикла станции пробоподготовки, см. раздел «Запланированному запуску не
присваивается статус «Запланированный» на странице 108.
8.5.4.1. После завершения инициализации, нажмите кнопку «Run» (Запуск) на
сенсорном экране прибора. Дверца и зажим для чипа открываются.
8.5.4.2. Достаньте использованный чип для секвенирования. Затем закрепите
чип, загруженный станции пробоподготовки перед данным секвенированием, в
зажим.
8.5.4.3. Задвиньте зажим, закройте дверцу и нажмите кнопку «Next» (Далее).
Примечание: Не вынимайте чип из зажима до тех пор, пока не закончится
запуск. Удаление и повторная установка чипа может привести к образованию
воздушных пузырьков в чипе.
8.5.3.4. Убедитесь в том, что параметры Запланированного запуска заданы
автоматически. При проведении первой процедуры секвенирования во время
Версия 16.03.20 74
--- стр. 76 ---
инициализации снимите галочку в лоле «Enable post-run clean» (Провести очистку
после запуска), затем нажмите Review (Просмотр).
ВНИМАНИЕ!
• Если галочка не снята в вышеуказанном лоле, лроцедура очистки
осуществляется автоматически после первого рабочего цикла. При этом второй цикл
не лроводится.
• Во время начала второго цикла секвенирования в рамках одной
инициализации убедитесь в том, что напротив поля «Enable post-run clean»
(Провести очистку после запуска) установлена галочка для того, чтобы система
осуществляла очистку автоматически после секвенирования.
8.5.4.5. Убедитесь в том, что оставшиеся предварительно заданные настройки
являются верными и, если необходимо, внесите изменения, используя кнопки и
ниспадающие меню.
8.5.4.6. Убедитесь в том, что дверца прибора закрыта. Затем нажмите кнопку
«Start run» (Старт запуска) для того, чтобы начать цикл секвенирования.
Версия 16.03.20 75
--- стр. 86 ---
Analysis Vlsualliatlon
тем
OmvtawpMy
i\
: : = 1 •
«Ш ^В О В цС аИ М X'H H IS »P 1 ] lO M H H ti «.m
M t М - Я пм Р»
—
«M RfI СМ14б<7«1»
lliiiiliil»
iM jf-
Ось X графика соответствует номеру хромосомы, ось Y - плоидности.
Анализируются и интерпретируются отклонения от базовой линии на
определенный уровень копийности по каждой хромосоме: 1 копия целой хромосомы
интерпретируется как моносомия; 2 копии целой хромосомы (уровень базовой
линии) интерпретируется как норма; 3 копии целой хромосомы интерпретируется как
трисомия; уровень копийности в диапазоне между 1 и 2 или 2 и 3 интерпретируется
как мозаицизм; 1 копия части хромосомы интерпретируется как делеция; 3 копии
части хромосомы интерпретируется как дупликация.
Пример графика IRGV, отображающий нецелочисленную плоидность короткого
плеча 9 хромосомы, указывающую на мозаицизм в образце.
•ми
14 19 I'* 1ft 19 20 7i 73
Примечание:
• Если вы выбираете множество анализов, которые создаются на основе
процессов с различными фильтрами доверительных значений, программа должна
использовать наименьший показатель доверительного интервала и применять его ко
всей анализируемой группе.
• Вы можете отрегулировать фильтры доверительных значений и фильтры
MAPD-метрики с помощью ползунков в нижнем правом углу экрана. MAPD-метрика
(Медиана абсолютных значений отклонений от заданного показателя) отображает
Версия 16.03.20 85
--- стр. 87 ---
разницу в покрытии между прилегающими элементами гена. Порог по умолчанию
установлен на 0,3; вариация числа копий генов при MAPD выше данного значения
может быть неточной из-за высокого уровня помех в образце.
■ Смотрите «Высокое значение MAPD (>0,3)» на странице 110 для того, чтобы
ознакомиться с необходимыми мерами в случае высокого значения MAPD.
8.7.2.3. Выберите опцию «Орел in IGV» (download.jnip file) (Открыть в IGV
(скачать файл в формате .jnip) из выпадающего меню «IRGV/Export&Preferences»
(IRGV/Экспорт и параметры) или нажмите кнопку «Download» (Загрузка) в верхнем
правом углу для того, чтобы загрузить файл, из которого можно запустить
приложение IGV. Вы также можете нажать кнопку «Generate Report» (Создать отчет)
для того, чтобы создать полный отчет с графиками, который может сохранен в
формате PDF.
i m ar* laoin ш ирина iW M T v»i* th#
M * O mI-
a a fth cl » 1 4 58748370
llilliliilll
0 1
ConM enee aier
1> - --
Maud A8er
V и j
ontyMPNG
8.7.3. Изменение параметров IRGV
Вы можете изменить параметры IRGV для того, чтобы настроить ваш анализ и
отчет. Например, максимальная плоидность в полном геноме (ось у) установлена на
5 по умолчанию. При установке меньшего значения данного параметра,
Версия 16.03.20 86
--- стр. 88 ---
уменьшается диапазон оси у, что позволяет легче определить и отобразить
мозаицизм. Ниже описан метод внесения подобных изменений.
8.7.3.1. Нажмите «IRGV Export &Preferences» (Экспорт и параметры IRGV).
Затем в выпадающем меню выберите «Show IRGV Preferences» (Отобразить
параметры IRGV).
[
RGV Export «Prtim nc... ▼
OpM in IGV (ttownload Me)
Export vfhote genome ме«г (/ available) only to PNG
Export RGV tiackt only to PNG
l.tz-,4 IRGV pi(':
8.7.3.2. Нажмите кнопку «Edit» (Изменить) для параметра «Мах Ploidy in Whole
Genome View» (Максимальная плоидность в обзоре полного генома).
^пНппсФ%:
NwM VUua
Ute Ямг chain CofMtnce w«ue true
DebuKconidence value (if not ite r chain) 10 I, сии
Defaut mapd v ^ 0.3
Delaut sort order NR
Limt for ccnorage data 2 5 0 0 0 ^^^^
lylax lumber tracks in кжуо 5
Max Roidy ai Whole Gerurrte View 5
Save Preferences Reset Preferences
8.7.3.3.В диалоговом окне «Edit Preference» (Изменение параметров)
установите 4 и нажмите кнопку «Ок».
Edit Preftftnw
Ibu C V * «V » T T iB № * n n iw ei v M u p V
Mu PioM|r In wtkw Genome View
8.7.3.4. Нажмите «Save Preference» (Сохранить параметры)
Версия 16.03.20 87
--- стр. 89 ---
P r«fi»rtnc«s:
Name
Use Nter chain Conidence value
Value
true
ОеЫН conidence value Of not filter chain) 10
Default mapd value
Default sort order
Limit for coverage data
Max number tracks in karyo
Max Floidy in Whole Genome View
Ii6ditj
NR
25000
Edit
Save Preferenc^ Reset Preferences
Вы можете аналогичным образом вносить какие-либо другие изменения в
параметры в диалоговом окне «Preferences» (параметры). Нажмите кнопку «Reset
Preferences» (Сбросить параметры) для того, чтобы сбросить настройки на
исходные значения по умолчанию.
8.7.4. Просмотр данных по X и Y хромосомам в образцах с малым числом
прочтений.
Результаты исследования наличия анеуплоидий на образцах с малым общим
числом прочтений могут быть представлены без отображения плоидности по X и Y
хромосомам и определения пола. В этой ситуации есть два способа попробовать
визуализировать данные по половым хромосомам. Однако, мы рекомендуем
аккуратно интерпретировать какие-либо результаты анализа с высоким значением
MAPD.
• Образцы с низким числом прочтений без отображения данных по хромосомам
X и Y, могут анализироваться в отдельном процессе выявления анеуплоидии с
более низким значением, введенным для параметра «CNV Gender Min Autosomes
Count» (CNV Пол минимальная вариация числа копий половых хромосом) (по
умолчанию = 25000). Скопируйте текущий процесс ПГТ. Затем измените данный
параметр в следующей директории Parameters ► Cnv Finding ► Advanced
(Параметры - Результаты Cnv - Дополнительные).
Версия 16.03.20 88
--- стр. 90 ---
ЛЛ___L
0 «nd«rcaling
CNV 0 «mS«r Caller Enable Пад. (Do not епаЫе for погьАпеирМду euMklHne*. For
werkflewi, c iiid gender results may be Inaccurate)
Flag to MKale whebier Gertoer caMer shcxM be nvoked
• True e False
CNV Gender Threshold
Specttes IfifesnoM i^to of chrY to Autosomes tor taking ritaie/femaie cal
0<= 7
CNV Gender Min Mapping QV
Specifies nan mapping qv of reads to consiOer n gender cabng
0 <s 30 296
CNV Gender Min Autosomes Count
г of required filtered reads to autosomes
0<= 25000
CNV CHRM To Autosomes Redo MNi Mapping QV
Specnes mm mapping qv of reads to consider n caicuiaang chrM A Ratio
0< s 30 <=2M
* Создайте рабочий процесс выявления анеуплоидии с активным параметром
CNV «Plot Y chromosome for Female or Unknown Gender» (Отображать на графике Y
хромосому для женского или неизвестного пола). Скопируйте текущий процесс ПГТ и
активируйте данный параметр в директории Parameters > Cnv Finding ^ Advanced
(Параметры - Результаты Cnv - Дополнительные) и выберите опцию «True»
(верно) для данного параметра
Analysis
Plot Y chromosomg for Fomaio or Unknowm Oondor?
Plol Y Chromosome for Female or Unknown Gender
^ T ru e © False
Примечание: Если данный параметр активен, во время анализа будут
отображаться данные хромосом X и Y, однако при этом пол не будет определяться.
Кроме того, программа по умолчанию отображает прочтения хромосом X и Y в виде
увеличений числа копии независимо от числа прочтений.
Для того, чтобы получить дополнительную информацию о методах копирования
и изменения рабочего процесса выявления анеуплоидии, см. п.8.7.5. «Копирование
и изменение рабочего процесса».
8.7.5. Копирование и изменение рабочего процесса
Вы можете создать новый процесс на основе текущего процесса выявления
анеуплоидии путем копирования и редактирования. Например, после копирования
процесса «ReproSeq No Gender PGS w 1.1» (ПГТ без определения пола) вы можете
активировать функцию выявления мозаицизма (в результате вариация числа копий
(CNV) отображается в виде десятичного числа плоидности вместо целых чисел),
изменять чувствительность CNV или отключать функцию сглаживания путем
Версия 16.03.20 89
--- стр. 91 ---
изменения повествующих настроек процесса во вкладке «Parameters» (Параметры)
и сохранения изменений. Ниже описаны методы изменения и копирования текущего
процесса с целью создания нового рабочего процесса анализа.
8.7.5.1. На главной странице нажмите кнопку «View Workflow» (Обзор процесса
анализа), выберите опцию «Reproductive» (Репродуктивный) в выпадающем меню
«Research Category» (Категория исследования). Затем выберите опцию
«Aneuploidy» (Анеуплоидия) из выпадающего списка «Research Application»
(Применение исследования). Выберите необходимый рабочий процесс, затем
нажмите Сору (Копировать) в выпадающем меню Actions (Действия).
f WorMlows
в i к 1ктт*> Н
Bit. в т т т ш Л
С • » Л
В •м тшт Л
•м им п sw m iH K eni
и ч«
14
М h ftf
•тчгап
« 1 6 м
«Ю »|Гшт
««917
щтт
8.7.5.2. Нажмите кнопку «Next» -> на каждой странице при внесении каких-либо
изменений для того, чтобы перейти к «Parameters» (Параметры).
ф EdKWofMlow w w rafW w w Inlltaw iir W w l.iJ I lHBl iTH П4М ш
ГРкшАя аю w ve тавр ti 9r cmol t* cnaiged n ей ■ «
Amxiit'iWanR
ll~l IH IM I »» тяи И Р I v:i to
I f 0It
IIPWCP|H1>IH
SntMМ 0 1 П I О М «С «М м > п 11
CNna*
8.7.5.3. Нажмите «Cnv Finding» (Результаты Cnv), a затем измените
настройки «CNV Sensitivity» (Чувствительность CNV).
Примечание: Низкая чувствительность приводит к меньшему количеству
ложноположительных, но к большему количеству ложноотрицательных результатов.
Высокая чувствительность приводит большему количеству как ложноотрицательных,
так и ложноположительных результатов.
Высокая чувствительность необходима для обнаружения сегментарных
анеуплоидий приблизительно в 20 млн. п.н. Настраиваемая чувствительность
Версия 16.03.20 90
--- стр. 92 ---
позволяет изменять условную вероятность CNV, что, в свою очередь, позволяет
более точно определять начало и конец субхромосомных сегментов.
W p* т1-|»#С *1Ы 11|И Ы w* w ill w »<w <iw
mwmim «»J«m»9vippw
% iO n W M t т з* • шга1
8.7.5.4. Нажмите вкладку «Advanced» (Дополнительно) для того, чтобы
получить доступ к дополнительным настройкам параметров анализа.
> Амюиоо*
> Bansui*
> И>ММВД1И|
AdvwKtd
0«ne*reaWng
CNV 0«nd*r ca—г 1мы« Flag. (Do not апаЫа for non-
roautt* may bo inaccunta)
Rag 10 M cait «Nthtr Condor cOtor thould bo nokod
• True e False
• Вы можете изменить условную вероятность CNV, если выбрана опция
«Индивидуальная чувствительность»
joppiooloalOIVfinriHgolgofW im^fpotoHcopfVCIBCW i lQOTUhni)
CNV ТгшюМопа1 ProbebHly
TrarwiareiProbeHyaictsiKroMiomoodraffoaoorWynwacaiaeRFvtpiotfrsaeDoMMritwoa^aceNdatapoinii Lewir(moro
no9Mve]vau«wlmMtioHi»aiytratlhoa9onltvn«dcala(Mcott(UlapooiO«piaKiy«MolMand«ir«<bonoKr)e№ tr The
TrvBOanPoroltyparwnoMrodMMrowa only Mo olK t «пол uangtho CUSTOM CNV SonoiiNityooeing Mon CNV MOSAICISM
оагатеогвпо(«гвим remep«TunvauosuDporM«3rTransaonaiPrabaMiys-i(» vwonCNVMOSAiOSMcerairwieieoneied
to msomum valuo suppofOd tor Tranaboral ProUbaty e -2 31
•imoM<s -8 <=.ijs
8.7.5.5. Выберите раздел «Analysis (applies only to Aneuploidy workflows)»
(Анализ (применяется только к процессу анализа анеуплодии)) и внесите
необходимые изменения. В этом примере, выберите опцию «True» (Верно) под
заголовком «Enable Mosacism Detection» (Активировать функцию обнаружения
мозаицизма) для того, чтобы внести изменения.
Версия 16.03.20 91
--- стр. 93 ---
A nalysis (ap p llat only to Anoupleldy w orkflow s)
Rom ovs DupUcatot
RtfTKMi duplicWe reads
Ф True © False
ЕпаЫ о M osalcisiii Dotoctton
Enable lylosatcism Detection
• T ru e je False
Enabis Smootning
Enable Smoothing
Ш True О False
НИМ ealMd gondor
hbde gender called by CNV gender caling
• True © False
•Для Т О Г О , чтобы активировать функцию обнаружения мозаицизма и/или
сглаживания в процессе «Без определения пола» (No Gender), скопируйте и
измените рабочий процесс «ReproSeq No Gender PGS w 1.1» (ПГТ без определения
пола w 1.1) как описано ниже. Вы не можете активировать функцию скрытия пола в
других рабочих процессах ReproSeq, так как настройка «Hide called gender» (скрыть
определяемый пол) заблокирована в значении «False» (Неверно) (пол
отображается) и не может быть установлена как «True» (Верно).
Analysis (appHts only to Anauploldy workflows)
Romovs Dupileatss
Remowa Oupscale reads
• True e False
Enable Mosalelsfn Dotsetion
Enable MosaKism Detection
• True e False
Enable Smoothing
Enable Smoothng
e True e False
HWe callod gender
Hide gender cased by CNV gender caSng
True
dercased by*
1*
Для того, чтобы отобразить данные Y хромосомы для каждого образца,
независимо от того, является ли он женского, мужского или неизвестного пола,
выберите опцию True (Верно) для «Plot Y chromosome for Female or Unknown
Gender» (Отображать на графике Y хромосому для женского или неизвестного
пола).
По умолчанию данная настройка установлена как «False» (Неверно), данные Y
хромосомы отображаются, только если образец мужского пола.
Версия 16.03.20 92
--- стр. 94 ---
L i
Analysis
Ptpl Y chromosonis for Fsmalo or Unknown Ooftdor?
Plot Y chromosome fbr Female or Unknown Gertder
True f False
Ъ
8 .7.5.6. Существуют дополнительные параметры рабочего процесса при
нажатии ссылок «Annotation», «Bamstats» «Read Mapping» с левой стороны
страницы. После завершения внесения изменений, нажмите кнопку Next -> (Далее),
расположенную в нижней части страницы для того, чтобы перейти к опции
«Confirm» (Подтвердить).
Примечание: Не изменяйте настройки по умолчанию, если вы не знаете, как
изменение может повлиять на анализ.
8 .7.5.7. Измените название процесса и нажмите кнопку «Save Workflow»
(Сохранить рабочий процесс)
ф EdNWorMlow в,р)г ef Manto* и* e«Mir K t wi.i_eib
Workflow conftguf^df
Рабочий процесс анализа лоявится в перечне рабочих процессов.
8.7.6. Создание и добавление новой цепи фильтров
Диапазон достоверности обнаружения CNV по умолчанию установлен на
значения 0,1-1,0Е7. Чтобы задать другой диапазон для более (1,0-1,0Е7) или менее
(0,01-1,0Е7) строгого фильтрования вероятности обнаружения CNV, необходимо
сначала создать новую Цепь фильтров, а затем добавить ее в процесс.
8.7.6.1. Во вкладке «Workflow» (процесс) программы нажмите кнопку
«Presets» (Предварительные настройки).
Ion Reporter
ф W orkflows
8.7.6.2. В выпадающем меню «Create Preset» (Создать предварительную
настройку) выберите «Filter Chain» (Цепь фильтров)
Версия 16.03.20 93
--- стр. 95 ---
i
Fnal ftoport Тм прМ
tM a is
wmeWen sW FwiOl «Щ ек tK IS used le aiwetti» yeur w iw li 8#f iw fw»
guids lor mors MonnMon
Ssitcl a row to dew iwtier OiMs and sclens
8.7.6.3. В диалоговом окне выпадающего меню слева выберите олцию «CNV
Confidence Range - CNVs Only» (Диапазон достоверности CNV - Только CNV) и
укажите необходимые значения. Затем нажмите кнопку «Set» (Установить).
N am
Re« >ww
Reistence
r^RCIOS
•bglS
cwcimSMiM Rmes • cw .. «
Descitoeon
Opsonai
Range 00 —— 10E7
From 10
T O 10ET
В iMiuoeOouneoryveiuse
П tociudt unannotaled vwtonto
n
8.7.6.4. Введите название Цепи фильтров и нажмите кнопку «Save» (Сохранить)
» «0Г7 с««а»пе* • CNM о»г
ггая 10
Ю 10F7
Кмм
■ отот цгасмс
8.7.6.5. Выберите процесс, в который вы хотите добавить новую Цепь
фильтров, из списка во вкладке «Workfiows» программы, нажмите кнопку «Edit»
(Изменить) в выпадающем меню «Actions ▼» (Действия).
Версия 16.03.20 94
--- стр. 97 ---
9. УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА
9.1. Срок годности
Срок годности набора составляет 12 месяцев от даты изготовления. После
вскрытия реагенты использовать до истечения срока годности набора. Набор с
истекшим сроком годности применению не подлежит.
9.2. Транспортирование
Набор транспортировать при температурах, указанных в таблице ниже всеми
видами крытых транспортных средств, компоненты набора №1, 4, 6
транспортировать в термоконтейнерах с хладоэлементами или в
авторефрижераторах. Время транспортирования не ограничено при условии
соблюдения температурного режима. Набор, транспортированный с нарушением
указанного температурного режима, применению не подлежит.
Таблица 30
Компонент набора Условия транспортирования
1 набор для приготовления библиотек ДНК от -30 до -10°С
2 набор материалов для станции пробоподготовки от +15 до + 30°С
3 картридж с растворами для амплификации
библиотек для станции пробоподготовки от+15до + 30^С
4 картридж с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки от-30 до-10°С
5 набор растворов для секвенирования от +15 до + ЗО^С
6 картридж с реагентами для секвенирования от -30 до -10°С
7 набор полупроводниковых чипов от +15 до + 30°С
9.3. Хранение
Набор хранить при температурах, указанных в таблице ниже в течение всего
срока годности набора.
Таблица 31
Компонент набора Условия хранения
1 набор для приготовления библиотек ДНК от -30 до -10°С
2 набор материалов для станции пробоподготовки от +15 до + 30°С
3 картридж с растворами для амплификации
библиотек для станции пробоподготовки от+15до + 30°С
4 картридж с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки от -30 до -10“С
5 набор растворов для секвенирования ОТ +15 до + 30°С
6 картридж с реагентами для секвенирования от -30 до -10°С
7 набор полупроводниковых чипов от +15 до + 30°С
вскрытия. Невскрытые и вскрытые реагенты стабильны в течение срока годности,
указанного на этикетке, при соблюдении указанных условий хранения.
Версия 16.03.20 96
--- стр. 98 ---
Набор, хранившийся с нарушением указанного режима хранения, применению
не подлежит.
10. ИНФОРМАЦИЯ О ПРОГРАММНОМ ОБЕСПЕЧЕНИИ
Доступ к ПО, установленному на сервере "Ion Reporter", входящему в состав
системы "F-Genetics", осуществляется по локальной сети.
Информация о защите от несанкционированного доступа к ПО: доступ к ПО
осуществляется при введении логина и пароля, индивидуального для каждого
пользователя.
Программное обеспечение набора «Ion Reporter» имеет версию не ниже 5.10 и
характеристики, указанные в таблице 32:
Таблица 32
Показатель Методы КОНТРОЛЯ
Функциональные возможности
Доступ к по
Доступ к по, установленному на сервере "Ion Reporter",
входящему в состав системы "F-Genetics", осуществляется
по локальной сети.
Обновление ПО
Обновление ПО производит квалифицированный
представитель производителя посредством внешнего
носителя.
Запустить ПО. При наличии обновления загрузить его.
После завершения обновления запустить обновленное ПО.
Импорт данных Данные импортируются автоматически или вручную с
помощью приложение для загрузок «1оп Reporter Uoloader».
Запуск анализа
данных
Запустить ПО. Во вкладке «Ноте» (Главный экран)
программы нажать кнопку «Launch analysis» (Начать
анализ). Анализ успешно запущен.
Визуализация
результатов
Во вкладке Analysis ^Overview (Анализ ► Просмотр)
выбрать вкладку IRGV, в которой откроется окно «Analysis
Visualization» (Визуализация результатов анализа). При
этом на экране появится гистограмма числа копий по
каждому выбранному анализу вместе с картой плоидностей
по выбранным хромосомам или участкам хромосом, а также
кариотип, отображающий увеличение и уменьшение числа
копий хромосом.
Формирование отчета
Во вкладке IRGV выбрать опцию «Generate Report»
(Создать отчет) для того, чтобы создать полный отчет с
графиками, который может быть сохранен в Формате PDF
Изменение
параметров
Нажать «IRGV Export &Preferences» (Экспорт и параметры
IRGV). Затем в выпадающем меню выбрать «Show IRGV
Preferences» (Отобразить параметры IRGV). Нажать кнопку
«Edit» (Изменить) для параметра «Мах Ploidy in Whole
Genome View» (Максимальная плоидность в обзоре полного
генома). В диалоговом окне «Edit Preference» (Изменение
параметров) установить 4 и нажмите кнопку «Ок». Нажать
«Save Preference» (Сохранить параметры). Аналогичным
образом вносить какие-либо другие изменения в параметры
в диалоговом окне «Preferences» (параметры). Нажать
Версия 16.03.20 97
--- стр. 99 ---
кнопку «Reset Preferences» (Сбросить параметры) для того,
чтобы сбросить настройки на исходные значения по
умолчанию.
После изменения параметров закрыть ПО, затем запустить
ПО повторно и проверить, сохранились ли внесенные
параметры во вкладке «Параметры».
Копирование и
изменение рабочего
процесса
На главной странице нажать кнопку «View Workflow» (Обзор
процесса анализа), выбрать опцию «Reproductive»
(Репродуктивный) в выпадающем меню «Research
Category» (Категория исследования). Затем выбрать опцию
«Aneuploidy» (Анеуплоидия) из выпадающего списка
«Research Application» (Применение исследования).
Выбрать необходимый рабочий процесс, затем нажать Сору
(Копировать) в выпадающем меню Actions (Действия).
Нажать кнопку «Next» -> на каждой странице при внесении
каких-либо изменений для того, чтобы перейти к
«Parameters» (Параметры). Изменить необходимые
параметры и нажать кнопку «Save Workflow» (Сохранить
рабочий процесс). Процесс успешно скопирован и изменен.
Надежность
Стабильность работы В ходе проведения верификации отслеживать количество
отказов и ошибок.
Устойчивость к
ошибкам
Запустить ПО. Импортировать данные, запустить анализ,
визуализировать результаты, сформировать отчет.
Проверить наличие сообщений об ошибках.
Практичность
Понятность по Проверить наличие необходимой информации для работы
с ПО в инструкции по эксплуатации.
Эффективность
Эффективность
Во вкладке Analysis к Overview (Анализ ► Просмотр)
выбрать вкладку IRGV, в которой откроется окно «Analysis
Visualization» (Визуализация результатов анализа). При
этом на экране появится гистограмма числа копий по
каждому выбранному анализу вместе с картой
плоидностей по выбранным хромосомам или участкам
хромосом, а также кариотип, отображающий увеличение и
уменьшение числа копий х р о м о с о м .
Мобильность
Мобильность
Провести установку и запуск ПО не менее чем на 3
различных персональных компьютерах с версией
операционной системы Windows 7 и выше.
11. МАРКИРОВКА
Маркировка внутренней (индивидуальной) упаковки компонентов Набора
реагентов содержит:
- наименование производителя;
- сокращенное наименование Набора реагентов;
- наименование компонента;
- объем/количество компонента;
- номер по каталогу;
Версия 16.03.20 98
--- стр. 100 ---
’ номер серии;
- срок годности:
- условия хранения;
- символ «Медицинское изделие для диагностики in vitro»;
- символы опасности и сигнальное слово (на этикетке буфера для экстракции
нуклеиновых кислот, буфера для реакции лизиса, преамплификационного буфера,
ферментов для реакции преамплификации, амплификационного буфера, картриджа
с растворами для амплификации библиотек для станции пробоподготовки,
картриджа с реагентами (ПГТ) для станции пробоподготовки, картриджа с
реагентами для секвенирования).
Маркировка внешней (потребительской) упаковки Набора реагентов содержит:
- наименование производителя:
- адрес, телефон и сайт производителя:
- полное и сокращенное наименование Набора реагентов;
- состав Набора реагентов;
- номер по каталогу:
- номер серии;
- дата производства;
- срок годности:
- условия хранения;
- символ «Медицинское изделие для диагностики in vitro»;
- символ «Обратитесь к инструкции по применению»;
- символы опасности, сигнальное слово, список опасных компонентов,
входящих в состав реагента, предупреждения об опасности (для набора для
приготовления библиотек ДНК, картриджа с растворами для амплификации
библиотек для станции пробоподготовки, картриджа с реагентами (ПГТ) для станции
пробоподготовки и картриджа с реагентами для секвенирования):
- номер «Технических условий»;
- номер и дата регистрационного удостоверения.
Маркировка транспортной упаковки содержит:
- наименование Набора реагентов;
- наименование и адрес производителя;
- номер по каталогу:
- номер серии;
- дату изготовления Набора реагентов (год, месяц включительно):
Версия 16.03.20 99
--- стр. 101 ---
J i
- срок годности Набора реагентов (год, месяц включительно);
- требования к условиям хранения и транспортирования изделия;
- предупреждения и меры предосторожности в отношении изделия, которые
необходимо исполнять при транспортировании, манипуляционные надписи;
- число единиц потребительской упаковки изделий;
- масса нетто и масса брутто.
Таблица 33
Расшифровка символов маркировки
у Изготовитель
Дата изготовления
2
Использовать до
LOT Код партии
|lVD Изделие для in vitro диагностики
Номер в каталоге
Ф
Символ опасности
Опасность возгорания
< 1 >
Опасность для здоровья
Опасность коррозии
1
Температурный диапазон
□ S
Обратитесь к инструкции по применению
1 !
Объем
Версия 16.03.20 100
--- стр. 102 ---
JUL JU L . . i _
12. УПАКОВКА
12.1. Внутренняя (потребительская) упаковка должна представлять собой
индивидуальные коробки из картона коробочного по ГОСТ 33781, в которые
помещены компоненты Набора реагентов №№1-7, паспорт качества и краткое
руководство по применению набора.
12.2. Следующие компоненты Набора (№№ 1, 4, 6), хранящиеся при
температуре -30 - -10‘^С, должны быть совместно упакованы в совместную внешнюю
упаковку (потребительскую тару) в пакеты из пленки полиэтиленовой по ГОСТ
10354:
Вариант исполнения «РепроЛайн 96»:
1 .набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 1) - 4 шт.;
2. картридж с реагентами (ПГТ) для станции пробоподготовки - 4 шт.;
3. картридж с реагентами для секвенирования - 4 шт.
Вариант исполнения «РепроЛайн 24»:
1 .набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 1) - 1 шт.;
2. картридж с реагентами (ПГТ) для станции пробоподготовки - 4 шт.;
3. картридж с реагентами для секвенирования - 4 шт.
Вариант исполнения «РепроЛайн 16»:
1 .набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 2) - 3 шт.;
2. картридж с реагентами (ПГТ) для станции пробоподготовки - 4 шт.;
3. картридж с реагентами для секвенирования - 4 шт.
Потребительская тара упаковывается в транспортную упаковку - термоконтейнер с
хладоэлементами.
12.3. Следующие компоненты набора (№№ 2, 3, 5, 7), храняшиеся при температуре
15 - ЗО^^С, должны быть совместно упакованы в совместную внешнюю упаковку
(потребительскую тару) в пакеты из пленки полиэтиленовой по ГОСТ 10354:
Вариант исполнения «РепроЛайн 96»:
1 .набор материалов для станции пробоподготовки - 4 шт.;
2. картридж с растворами для амплификации библиотек для станции
пробоподготовки -4 шт.;
3. набор растворов для секвенирования;
4. набор полупроводниковых чипов 530.
Вариант исполнения «РепроЛайн 24»:
1 .набор материалов для станции пробоподготовки - 4 шт.;
2. картридж с растворами для амплификации библиотек для станции
пробоподготовки - 4 шт.;
Версия 16.03.20 101
--- стр. 103 ---
ш JL-
3. набор растворов для секвенирования;
4. набор полупроводниковых чипов 520.
Вариант исполнения «РепроЛайн 16»:
1 .набор материалов для станции пробоподготовки - 4 шт.;
2. картридж с растворами для амплификации библиотек для станции
пробоподготовки - 4 шт.;
3. набор растворов для секвенирования;
4. набор полупроводниковых чипов 510.
Потребительская тара упаковывается в транспортную упаковку - ящик из картона
гофрированного.
12.4. Транспортная упаковка представляет собой ящик из картона
гофрированного.
12.5. Транспортная упаковка оклеена упаковочной лентой общего назначения
(скотчем) на полимерной или тканевой основе шириной не менее 45 мм. На каждую
транспортную упаковку нанесена этикетка с транспортной маркировкой.
12.6 Термоконтейнеры с хладоэлементами для транспортирования компонентов
набора №1,4, 6 должны соответствовать требованиям, указанным в таблице 34.
Транспортная тара и
вспомогательные материалы Требования и нормы
Термоконтейнер одноразового
использования внутренний объем до 92 л, толщина стенок не менее 40 мм
Термоконтейнер многоразового
использования внутренний объем до 80 л, толщина стенок не менее 40 мм
Хладоэлементы
для поддержания температуры внутри термоконтейнера от
-30 до -10“С при воздействии положительной температуры
внешней среды
Массогабаритные характеристики набора указаны в Таблице 35.
Таблица 35
Вариант
исполнения
Комплект
реагентов/материалов/
картриджей/чипов
Масса* Габаритные
размеры**
Кол-во
упаковок
1) набор для
приготовления библиотек
ДНК (вариант 1)
137 г 135 X 90 X 70 мм 4
2) набор материалов для
станции пробоподготовки 444 г 165 X 145 X 170 мм 4
Вариант
исполнения
«РепроЛайн 96»
3) картридж с растворами
для амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки (4 шт. в
упаковке)
620 г 195 X 125 X 105 мм 1
4) картридж с реагентами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки (4 шт. в
упаковке)
550 г 195 x125 x105 мм 1
5) набор растворов для 7.4 кг 295 X 295 X 370 мм 1
Версия 16.03.20 102
--- стр. 104 ---
Вариант
исполнения
Комплект
реагентов/материалов/
картриджей/чипов
Масса* Габаритные
размеры**
Кол-во
упаковок
секвенирования
6) картридж с реагентами
для секвенирования (4 шт.
в упаковке) 2,20 кг 295 X 245 X 230 мм 1
7) набор
полупроводниковых чипов
530 (4 чипа в упаковке) 57,3 г 85 X 85 X 85 см 1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн 24»
1) набор для
приготовления библиотек
ДНК (вариант 1)
137 г 135 X 90 X 70 мм 1
2) набор материалов для
станции пробоподготовки 444г 165x145x170 мм 4
3) картридж с растворами
для амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки (4 шт. в
упаковке)
620 г 195 X 125 X 105 мм 1
4) картридж с реагентами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки (4 шт. в
упаковке)
550 г 195 X 125 X 105 мм 1
5) набор растворов для
секвенирования 7,4 кг 295 X 295 X 370 мм 1
6) картридж с реагентами
для секвенирования (4 шт.
в упаковке)
2,20 кг 295 X 245 X 230 мм 1
7) набор
полупроводниковых чипов
520 (4 чипа в упаковке) 57.3 г 85 X 85 X 85 см 1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн 16»
1) набор для
приготовления библиотек
ДНК (вариант 2)
137 г 135 X 90 X 70 мм 3
2) набор материалов для
станции пробоподготовки 444 г 165x145x170 мм 4
3) картридж с растворами
для амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки (4 шт. в
упаковке)
620 г 195 X 125 X 105 мм 1
4) картридж с реагентами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки (4 шт. в
упаковке)
550 г 195 X 125 X 105 мм 1
5) набор растворов для
секвенирования 7,4 кг 295 X 295 X 370 мм 1
6) картридж с реагентами
для секвенирования (4 шт.
в упаковке)
2,20 кг 295 X 245 X 230 мм 1
7) набор
полупроводниковых чипов
510 (4 чипа в упаковке)
57,3 г 85 X 85 X 85 см 1
- допустимое отклонение должно составлять ±5 %.
Версия 16.03.20 103
--- стр. 105 ---
13. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ
Производитель гарантирует соответствие характеристик набора требованиям,
указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение указанного
срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и
применения.
Рекламации на качество набора «РепроЛайн» направлять в адрес
производителя АО «Ферст Генетике»: 143026, Россия, г. Москва, территория
Инновационного центра «Сколково», Большой бульвар, 42, стр. 1, помещения №№
619, 620, 621 и 622, тел. (499) 673-02-88, e-mail: info@f-genetics.com.
При выявлении нежелательных реакций при использовании набора, фактов и
обстоятельств, создающих угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских
работников при обращении и эксплуатации набора, рекомендуется направить
сообщение по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную
регулирующую организацию (в Российской Федерации - Федеральная служба по
надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим
законодательством.
Консультацию по работе с набором, а также по вопросам, касающимся качества
набора, можно получить по контактам, указанным на официальном сайте
Производителя: www.f-genetics.com.
14. БИБЛИОГРАФИЯ
1. Joep Geraedts and Karen Sermon. Preimplantation genetic screening 2.0: the theory.
Molecular Human Reproduction, Vol. 22, No. 8, pp. 539-544, 2016.
2. Hsin-Fu Chen, Shee-Uan Chen, Gwo-Chin Ma, at al. Preimplantation genetic
diagnosis and screening: Current status and future challenges. Journal of the Formosan
Medical Association (2018) 117, 94-100.
3. Jenna Friedenthal, M.D., Susan M. Maxwell, M.D., Santiago Munne, Ph.D., at al. Next
generation sequencing for preimplantation genetic screening improves pregnancy
outcomes compared with array comparative genomic gibridization in single thawed euploid
embryo transfer cycles. Fertility and Sterility, Vol 109, No. 4. April 2018
4. N. Aleksandrova, E. Shubina, A. Ekimov, at al. Comparison of the results of
preimplantation genetic screening obtained by a-CGH and NGS methods from the same
embryos. Gynecological Endocrinology, 2016; 32(S2): S1-S4.
Версия 16.03.20 104
--- стр. 106 ---
15. ПЕРЕЧЕНЬ
СТАНДАРТОВ
НАЦИОНАЛЬНЫХ НОРМАТИВНЫХ ДОКУМЕНТОВ/
Обозначение Наименование
Приказ Минздрава
России № 4н от
06.06.2012 г.
Об утверждении номенклатурной классификации медицинских изделий
ГОСТ Р 50444-92 Приборы, аппараты и оборудование медицинские. Общие технические
условия.
ГОСТ Р 51088-2013 Медицинские изделия для диагностики ин витро. Реагенты, наборы
реагентов, тест-системы, контрольные материалы, питательные среды.
Требования к изделиям и поддерживающей документации.
ГОСТ Р 51352-2013 Медицинские изделия для диагностики ин витро. Методы испытаний.
ГОСТ РЕН 13612-2010 Оценка функциональных характеристик медицинских изделий для
диагностики in vitro
ГОСТ Р ИСО 23640-2015 Изделия медицинские для диагностики in vitro. Оценка стабильности
реагентов для диагностики in vitro
ГОСТ Р ИСО/МЭК 9126-
93
Информационная технология. Оценка программной продукции.
Характеристики качества и руководства по их применению
ГОСТ Р ИСО 18113-1-
2015
Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем (маркировка). Часть 1. Термины,
определения и общие требования.
ГОСТ Р ИСО 18113-2-
2015
Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем(маркировка). Часть 2. Реагенты для
диагностики in vitro для профессионального применения.
ГОСТ Р ИСО 15223-1-
2014
Изделия медицинские. Символы, применяемые при маркировании на
медицинских изделиях, этикетках и в сопроводительной документации.
Часть 1. Основные требования.
ГОСТ 14192-96 Маркировка грузов
ОСТ 29.1-2001 Этикетки, отпечатанные способами офсетной и флексографской печати.
Издательско-полиграфическое оформление. Общие технические vcnoenn
ГОСТ 10354-82 Пленка полиэтиленовая. Технические условия
ГОСТ 33781-2016 Упаковка потребительская из картона, бумаги и комбинированных
материалов. Общие технические условия
ГОСТ Р 52901-2007 Картон гофрированный для упаковки продукции. Технические у с л о в и я
СанПиН 2.1.7.2790-10 Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с
медицинскими отходами
ГОСТ Р 15.301-2016
Система разработки и постановки продукции на производство. Продукция
производственно-технического назначения. Порядок разработки и
постановки продукции на производство
ГОСТ 15.309-98 Система разработки и постановки продукции на производство.
Испытания и приемка выпускаемой продукции. Основные положения
ГОСТ 3885-73 Реактивы и особо чистые вещества. Правила приемки, отбор проб,
фасовка, упаковка, маркировка, транспортирование и хранение
ГОСТ 24297-2013 Верификация закупленной продукции. Организация проведения и
методы контроля
ГОСТ 1770-74 Посуда мерная лабораторная стеклянная. Цилиндры, мензурки, колбы,
пробирки. Общие технические условия
ГОСТ 166-89 Штангенциркули. Технические условия
ГОСТ Р 53228-2008 Весы неавтоматического действия. Часть 1. Метрологические и
технические требования. Испытания
ГОСТ 17.2.3.02-2014 Правила установления допустимых выбросов загрязняющих веществ
промышленными предприятиями
ГОСТ 17.2.3.01-86 Охрана природы (ССОП). Атмосфера. Правила контроля качества
воздуха населенных пунктов
ГН 2.1.6.3492-17 Предельно допустимые концентрации (ПДК) загрязняющих веществ в
атмосферном воздухе городских и сельских поселений
ГН 2.2.5.3532-18 11редельно допустимые концентрации (ПДК) вредных веществ в воздухе
рабочей зоны
Версия 16.03.20 105
--- стр. 107 ---
Обозначение Наименование
СП 2.2.2.1327-03 Гигиенические требования к организации технологических процессов,
производственному оборудованию и рабочему инструменту
СанПиН 2.1.7.1322-03 Гигиенические требования к размещению и обезвреживанию отходов
производства и потребления
гост Р 51352-2013 Медицинские изделия для диагностики ин витро. Методы испытаний.
16. УТИЛИЗАЦИЯ
16.1. Утилизация набора реагентов должна проводиться
специализированными службами согласно правилам и нормативам СанПиН
2.1.7.2790 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с
медицинскими отходами».
16.2. Неиспользованные наборы реагентов, реагенты с истекшим сроком
годности, а также использованные наборы реагентов и упаковка должны быть
утилизированы как отходы класса Г в соответствии с СанПин 2.1.7.2790 «Санитарно-
эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами».
16.3. Биологический материал, включая материалы, инструменты и предметы,
загрязненные биологическим материалом, должны быть утилизированы как отходы
класса Б, в соответствии с СанПин 2.1.7.2790 «Санитарно-эпидемиологические
требования к обращению с медицинскими отходами».
16.4. Удаление ПО с персонального компьютера не требуется, поскольку ПО
на персональный компьютер не устанавливается (доступ к ПО осуществляется по
локальной сети).
17. ТРЕБОВАНИЯ К ОХРАНЕ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ ПРИ ПРИМЕНЕНИИ
МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ
17.1. В процессе производства Набора реагентов для предотвращения
загрязнения атмосферы и охраны окружающей среды должны выполняться
требования ГОСТ 17.2.3.02 и ГОСТ 17.2.3.01.
17.2. Набор реагентов не является источником загрязнения окружающей
среды и соответствуют требованиям ГН 2.1.6.3492 и ГН 2.2.5.3532.
17.3. В процессе производства Набора реагентов должны выполняться
требования СП 2.2.2.1327.
17.4. Накопление и утилизация производственных отходов осуществляется в
соответствии с требованиями СанПиН 2.1.7.1322.
17.5. Материалы, из которых изготовлен Набор реагентов, не обладают
способностью образовывать токсичные соединения в воздушной среде и сточных
водах в присутствии других веществ при температуре окружающей среды.
Версия 16.03.20 106
--- стр. 111 ---
Таблица АЗ
Предупреждающие сообщения и события секвенатора
Наблюдаемое отклонение
Красные иконки сообщений
«Alarms» (Предупреждения)
и/или «Events» (События) в
главном меню.
Возможная
• Обнаружены
доступные
обновления для
программного
обеспечения
• Обнаружены
проблемы
соединения
• Прибор не
обнаружил
необходимые
файлы или
оборудование
Рекомендованные действия
Нажмите красную иконку «Alarms»
(Предупреждения) для того, чтобы
увидеть подробные сообщения.
• Если в сообщении сказано «Доступно
обновление программного
обеспечения»:
ВАЖНО! После установки обновлений
прибор должен быть перезапущен.
а. В главном меню нажмите Setting
^Check for Update (Настройкам
Проверка наличия обновлений)
б. Поставьте галочку в поле «Released
Updates» (Выпущенные
обновления). Затем нажмите кнопку
«Update» (Обновление).
в. После завершения установки
следуйте экранным подсказкам для
того, чтобы перезапустить прибор.
Примечание: В некоторых случаях
прибор перезапускается
автоматически после установки
программного обеспечения.
•Если появляется сообщение «Нет
связи с сервером Torrent», «нет связи с
ftp сервером» или «Сетевой
администратор не подключен»,
отключите и повторно подключите
сетевой кабель. Убедитесь в том, что
роутер работает надлежащим
образом, и убедитесь в том, что сеть
находится в работоспособном
состоянии.
• В случае появления каких-либо
других сообщений:
а. Выключите прибор: В главном окне
выберите Settings м System T o o I s m
Shut Down м Shut Down (Настройка м
Инструменты системы ► Выключить
► Выключить)
б. Подождите 30 секунд, затем
нажмите кнопку на стенке прибора для
того, чтобы его включить.
• Если в главном окне все еще
присутствуют красные сообщения
«Alarms» (Предупреждения) и/или
«Events» (события), свяжитесь с
Отделом технической поддержки.
_____
Таблица А4
Версия 16.03.20 110
--- стр. 112 ---
Инициализация - общие ошибки
Наблюдаемое
отклонение
Возможная причина Рекомендованные действия
Не прошла
проверка протекания
сосудов
• Сосуд закрыт
негерметично
• Сосуд поврежден или
имеет дефект
1. Закрутите крышку сосуда
2. Если сосуд все еще протекает,
замените его.
3. Если проверка на предмет утечки
продолжает выдавать ошибку, свяжитесь
с Отделом технической поддержки.
Таблица А5
Результаты программы «1оп Reporter»
Наблюдаемое
отклонение
Возможная причина Рекомендованные действия
Высокое значение
MAPD (>0,3)
Малое количество
прочтений библиотеки
(< 50 000 лрочтений на
образец)
Проведите секвенирование плохо
прочитанных образцов с большим
покрытием путем увеличения их
пропорциональной концентрации в
образце с пулированной библиотекой.
Уменьшите количество
секвенирования на один чип.
циклов
Количество прочтений
библиотеки было
достаточным (> 100 000
прочтений на образец),
однако качество
библиотек было
неудовлетворительным.
Повторно
образцов
приготовьте библиотеки
Данные хромосом X
и Y отсутствуют на
графиках IRGV, что
не позволяет
определить пол.
Эти образцы также
демонстрируют
высокое значение
MAPD. См.
«Просмотр данных X
и Y хромосом в
образцах с малым
числом прочтений» п.
8.7.4., чтобы
получить
дополнительную
информацию
Образцы представлены
очень низким
количеством прочтений,
в результате чего
данные о хромосомах X
и Y не отображаются
Проведите секвенирования плохо
прочитанных образцов с большим
покрытием________________________
Уменьшите количество
секвенирования на один чип.
циклов
Войдите в раздел Parameters ► CNV
Finding ^Advanced > Gender
(Параметры ► Результаты CNV
►Дополнительно ► Пол) и уменьшите
значение параметра «CNV Gender Min
Autosomes Count» (CNV пол
минимальное число аутосом)__________
Войдите в Parameters ► CNV Finding
►Advanced ► Anaiysis (Параметры ►
Результаты CNV ► Дополнительно ►
Анализ) и выберите опцию «True»
(верно) в параметре «Plot Y chromosome
for Female or Unknown Gender»
(Отображать на графике хромосому Y
для женского или неизвестного пола).
Версия 16.03.20 111
--- стр. 113 ---
ДОПОЛНЕНИЕ Б Дополнительные процедуры
1. Ручная очистка секвенатора
Протокол очистки обычно осуществляется автоматически после завершения
каждого цикла секвенирования. Если очистка необходима, повторите следующие
шаги:
1.1. В главном окне выберите опцию Settings > Clean Instrument (Настройка
► Очистка прибора). Дверца прибора открывается, обеспечивая доступ к расходным
материалам.
1.2. Достаньте бутыль с промывочным раствором для того, чтобы получить
доступ к емкости для отходов. Затем снимите и слейте использованную жидкость с
емкости.
I I
1.3. Повторно установите пустой резервуар для отходов и использованную
бутыль с промывочным раствором.
1.4. Убедитесь в том, что картридж с реагентами для секвенирования и бутыль
с промывочным раствором установлены правильно.
ВАЖН01: Проведите очистку с использованным картриджем с реагентами и
установленной бутылью с промывочным раствором. При очистке, раствор для
очистки попадает в бутыль с промывочным раствором и картридж с реагентами, что
делает их непригодными для секвенирования.
1.5. Установите использованный чип для секвенирования в специальный зажим
и задвиньте его до упора.
1.6. Закройте дверцу прибора и нажмите кнопку «Next» (Далее).
Цикл очистки занимает приблизительно 35 минут. После очистки дверца
прибора открывается, и зажимы для чипа и картриджа выходят из зацепления.
1.7. Перейдите к разделу 8.5 «Инициализация секвенатора».
Версия 16.03.20 112
--- стр. 119 ---
УТВЕРЖДАЮ
Генеральный директор
О «Ферст Генетике»
Н.А. Кузнецов
марта 2020г.
ИЗВЕЩЕНИЕ № 03569019.02.10-2020
об изменении инструкции по применению набора реагентов «РепроЛайн» для выявления хромосомных аномалий в единичных
клетках на системе «F-Genetics»
СОГЛАСОВАНО
Директор по регистрации медицинских
изделий
О.А. Свиридова
A L марта 2020г.
Заместитель заведующего лабораторией
Н.И. Исаева
марта 2020г.
--- стр. 120 ---
/
АО «Ферст Генетике»
Извещение
03569019.02.10-2020
Обозначение
Инструкция по применению
набора реагентов
«РепроЛайн»
Причина
Запрос РОеЗДРАВНАДЗОРа дополнительных
сведений по итогам экспертизы качества, эф
фективности и безопасности регистрационного
досье на набор
Код Лист Листов
Лаборатория Дата
выпуска 16.03.2020 Срок
изм. 16.03.2020 Обозначение
ПИ (ДПИ, ПР)
Срок действия
ПИ
Указание
о заделе Задела нет. Указание о внедрении
Изм. Содержание изменения Применяемость
1
Т и ту л ьн ы й л и ст
mJ
АО "Ферст Генетике", Россия, 115162,
г. Москва, ул. Шухова, д.14, стр.9, офис пом. 7,
тел. (499) 673-02-88, e-mail: info@f-genetics.com
Изменение ввести заменой титульного листа
Р а зд е л «1.1. Н аи м ен о ван и е и со став » , стр. 4-5
«Н абор р еаген то в «Р еп роЛ ай н » д л я в ы я в л е н и я х р о м о со м н ы х ан о м ал и й в ед и н и ч н ы х клетках на с и с те м е «Р-
Genetics»» по ТУ 21.20.23-002-03569019-2018
Варианты исполнения:
1. Н абор ре аген т о в «Р еп роЛ ай н 96» в с о с т а в е :
Состав:
1) Набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 1), 4 шт.:
Должность
Ф.И.О.
Подпись
Дата
Составил Согласовал
Заместитель заведующего
лабораторией
Исаева Н.И.
Изменения внес
Директор по регистрации меди
цинских изделий
Свиридова О.А.
{ а . Ъ
Директор по реги
страции медицин
ских изделий
Свиридова О.А.
Н.контроль
Директор по реги
страции медицинских
изделий______
ва О.А.
Утвердил
Генеральный
директор
^_Куэнецов Н.И. уу
: о У . ? о ? о
ТУ 21.20.23-002-03569019-2018,
Шаблон паспорта качества.
Макеты этикеток.
Транспортная маркировка
Разослать
РОеЗДРАВНАДЗОР (Управление
организацией государственного
контроля и регистрации МИ), Испы
тательный центр ООО «Центр кон
троля качества БиоЛайф», Центр
клинических исследований депар
тамента организации научной дея
тельности ФГБУ «НМИЦ АГП им.
В.И. Кулакова» Минздрава России
Приложение________
--- стр. 121 ---
03569019.02.06-2020 Обозначение ПИ (ДПИ, ПР) Лист
Содержание изменения
- буфер для экстракции нуклеиновых кислот - 480 мкл, 1 пробирка:
- буфер для реакции лизиса - 460,8 мкл, 1 пробирка;
- смесь ферментов для лизиса клеток - 19,2 мкл, 1 пробирка;- преамплификационный буфер - 460,8 мкл, 1 пробирка;
- ферменты для реакции преамплификации -19,2 мкл, 1 пробирка:
- амплификационный буфер -864 мкл, 3 пробирки;
- ферменты для амплификации - 48 мкл, 1 пробирка;
- вода без нуклеаз - 432 мкл, 1 пробирка;
- набор баркодов 1-96.
2) Набор материалов для станции пробоподготовки, 4 шт.:
- планшет 96-луночный;
- профольгированная крышка;
- наконечники одноразовые (96 шт. в штативе):
- пробирки (12 шт. в упаковке);
- крышки для центрифуг (2 шт.);
- штатив с пробирками для модуля обогащения;
- адаптер для чипа.
3) Картридж с растворами для амплификации библиотек для станции пробоподготовки - 4 шт.
4) Картридж с реагентами (ПГТ) для станции пробоподготовки - 4 шт.
5) Набор растворов для секвенирования:
- промывочный раствор, бутыль 1,5 л - 4 шт.;
- раствор для очистки, бутыль 250 мл - 1 шт.
6) Картридж с реагентами для секвенирования - 4 шт.
7) Набор полупроводниковых чипов 530 {4 чипа в упаковке).
8) Программное обеспечение «1оп Reporter», версия 5.10.
9) Краткое руководство по применению.
10) Паспорт качества.
2. Набор реагентов «РепроЛайн 24» в составе:
Состав:
1) Набор для приготовления библиотек ДНК (вариант 1), 1 шт.:
- буфер для экстракции нуклеиновых кислот - 480 мкл, 1 пробирка;
- буфер для реакции лизиса - 460,8 мкл, 1 пробирка;
- смесь ферментов для лизиса клеток - 19,2 мкл, 1 пробирка;
- преамплификационный буфер-460,8 мкл, 1 пробирка:
- ферменты для реакции преамплификации -19,2 мкл, 1 пробирка;
- амплификационный буфер -864 мкл, 3 пробирки:
- ферменты для амплификации - 48 мкл, 1 пробирка;
- вода без нуклеаз - 432 мкл. 1 пробирка; ______________________________________________________________
--- стр. 126 ---
Извещение 03569019.02.06-2020 Обозначение ПИ (ДПИ, ПР) Лист
Изм. Содержание изменения
1
наступление беременности, но и на ее вынашивание, снизить риск рождения детей с хромосомной патологией.
Хромосомные аномалии являются наиболее частой причиной невынашивания беременности, могут привести к врожденным порокам развития и/или ум
ственной отсталости у родившихся детей. В зависимости от аоараптя жаищмнм к ыягшимд яи пиапны у гпа рматп-аг»^д а рп^рагта^т риск аномалии (наличил не
" чего н - ‘ - -правильного хромосомного набора) у эмбрионов. Преимплантационное генетическое тестирование на хромосомные аномалии (ПГТ) используется при экстра
корлоральном оплодотворении (ЭКО) с целью обнаружения аномальных эмбрионов с дополнительными или недостающими хромосомами. Полученная при
проведении ПГТ информация помогает врачу-эмбриологу и пациентам решить, какой эмбр> юн переносить в полость матки в цикле ЭКО. Результаты, получен
ные при использовании набора, следует рассматривать и интерпретировать врачу-генетику или врачу-репродуктологу в сочетании с данными анамнеза и дру
гих инструментальных и лабораторных исследований.
Изменение ввести заменой стр. 11-12.
Р а зд е л «2.1. В ар и ан ты и сп о л н ен и я, с о с т а в и к ом п лектн ость», стр. 20
Т аб л и ц а 13, с т о л б е ц 1 « В ари ан т и сп олн ен и я»:
В ар и ан т и сп о л н ен и я 1: На б о р р е а ген то в «Р еп роЛ ай н 96»
В ари ан т и сп о л н ен и я 2: На б о р ре а ген то в «Р еп роЛ ай н 24»
В ари ан т и сп о л н ен и я 3: Н абор ре а ген т о в «Р еп роЛ ай н 16»
Изменение ввести заменой стр. 20.
Т аб л и ц а 14, строки, со д ер ж ащ и е н аи м ен о в ан и е в ар и ан та и сп о л н ен и я, стр . 21, 22 и 24
В ари ан т и сп о л н ен и я 1: Н абор ре агенто в «Р еп роЛ ай н 96» в со став е:
В ар и ан т и сп о л н ен и я 2: На б о р ре а ген то в «Р еп роЛ ай н 24» в с о с т ав е
В ари ан т и сп о л н ен и я 3: На б о р р е аген т о в «Р еп роЛ ай н 16»
Изменение ввести заменой стр. 21,22 и 24.
Р а зд е л «12. У паковка», стр. 102-103
Т абл и ц а 35, ст о л б е ц 1 « В ари ан т и сп о л н ен и я» :
В ари ан т и сп о л н ен и я 1: На б о р р е а ген то в «Р еп роЛ ай н 96»
В ар и ан т и сп о л н ен и я 2: Н абор р е а ген то в «Р еп р о Л ай н 24»
В ари ан т и сп о л н ен и я 3: На б о р ре а ген то в «Р еп роЛ ай н 16»
Изменение ввести заменой стр. 102-103.
Р а зд е л « О гл авлен и е» , стр. 2-3
ОГЛАВЛЕНИЕ
1 .ОПИСАНИЕ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ О ш ибка! З ак л а д к а не о п р е д е л е н а .
1.1. НАИМЕНОВАНИЕ И СОСТАВ О ш ибка! З ак л а д к а не о п р ед ел ен а.
1.2. НАЗНАЧЕНИЕ О ш ибка! З ак л ад к а н е о п р е д е л е н а .
1.3. ПОТЕНЦИАЛЬНЫЙ ПОТРЕБИТЕЛЬ О ш ибка! З ак л а д к а н е о п р е д е л е н а .
1.4. ОПИСАНИЕ ЦЕЛЕВОГО АНАЛИТА О ш ибка! З ак л а д к а не о п р ед ел ен а.
--- стр. 127 ---
Извещение 03569019.02.06-2020 Обозначение ПИ (ДПИ, ПР) Лист
Изм. Содержание изменения
1
1.5. УСЛОВИЯ ПРИМЕНЕНИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.6. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.7. ПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.8. ПРОТИВОПОКАЗАНИЯ К ПРИМЕНЕНИЮ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.9. ВОЗМОЖНЫЕ ПОБОЧНЫЕ ДЕЙСТВИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.10. РИСКИ ПРИМЕНЕНИЯ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11. КЛИНИЧЕСКАЯ ЗНАЧИМОСТЬ ИССЛЕДОВАНИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.1. Обоснованность метода О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.2. Принцип метода О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.3. Клиническая значимость исследования О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4. Функциональные характеристики набора О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.1. Типы выявляемых хромосомных аномалий О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.2. Аналитические характеристики набора О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.2.1. Аналитическая чувствительность О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.2.2. Предел обнаружения О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.2.3. Аналитическая специфичность О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.2.4. Предел обнаружения уровня мозаицизма в многоклеточных образцах О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.2.5. Повторяемость и воспроизводимость О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
М М М f п о з и т и в н о г о согласия и процент негативного согласия набора О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.4. Биоинформатические характеристики набора О ш ибка! З ак л ад к а н е о п р ед ел ен а.
1.11.4.4.1 Длина прочтения, количество прочтений, количество прочтений на один образец О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.4.2. Точность прочтения О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.4.3. Средняя глубина покрытия референсного генома О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
1.11.4.4.4. Медиана абсолютных значений всех парных отклонений (показатель MAPD, Median of the Absolute values of all Pairwise Differences)
З ак л а д к а н е о п р ед ел ен а.
2. ХАРАКТЕРИСТИКИ НАБОРА О ш ибка! З ак л а д к а не о п р е д е л е н а .
2.1. Варианты исполнения, состав и комплектность О ш ибка! З ак л ад к а н е о п р ед ел ен а.
3. КОНТРОЛЬ КАЧЕСТВА О ш ибка! З ак л а д к а не о п р ед ел ен а.
3.1. Внутренний контроль качества О ш ибка! З ак л ад к а не о п р е д е л е н а .
4. ОГРАНИЧЕНИЯ МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
5. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И ПРЕДУПРЕЖДЕНИЯ О ш ибка! З ак л а д к а не о п р ед ел ен а.
6. ДОПОЛНИТЕЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЫ О ш ибка! З ак л а д к а не о п р ед ел ен а.
7. ИССЛЕДУЕМЫЙ МАТЕРИАЛ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р ед ел ен а.
8. ПРОВЕДЕНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ О ш ибка! З ак л ад к а не о п р е д е л е н а .
8.1. Подготовка и пулирование библиотек О ш ибка! З ак л ад к а н е о п р е д е л е н а .
8.2. Пулирование, очистка и количественное определение библиотек О ш ибка! З ак л ад к а не о п р е д е л е н а .
8.3. Создание программы запуска секвенатора О ш ибка! З ак л а д к а не о п р е д е л е н а .______________________________________________
Ошибка!
--- стр. 128 ---
Извещение 03569019.02.06-2020 Обозначение ПИ (ДПИ, ПР) Лист
Содержание изменения
8.4. Запуск станции пробоподготовки Ошибка! Закладка не определена.
8.5. Инициализация секвенатора Ошибка! Закладка не определена.
8.6. Очистка станции пробоподготовки Ошибка! Закладка не определена.
8.7. Анализ результатов секвенирования...................................................................82
9. УСЛОВИЯ ХРАНЕНИЯ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ НАБОРА Ошибка! Закладка не определена.
10. ИНФОРМАЦИЯ О ПРОГРАММНОМ ОБЕСПЕЧЕНИИОшибка! Закладка не определена.
11 . МАРКИРОВКА Ошибка! Закладка не определена.
12. УПАКОВКА Ошибка! Закладка не определена.
13. ГАРАНТИИ ПРОИЗВОДИТЕЛЯ Ошибка! Закладка не определена.
14. БИБЛИОГРАФИЯ Ошибка! Закладка не определена.
15. ПЕРЕЧЕНЬ НАЦИОНАЛЬНЫХ НОРМАТИВНЫХ ДОКУМЕНТОВ/ СТАНДАРТОВ Ошибка! Закладка не определена
16. УТИЛИЗАЦИЯ.........................................................................................................106
17. ТРЕБОВАНИЯ К ОХРАНЕ ОКРУЖАЮЩЕЙ СРЕДЫ ПРИ ПРИМЕНЕНИИ МЕДИЦИНСКОГО ИЗДЕЛИЯ....................................
ДОПОЛНЕНИЕ А Поиск и устранение неисправностей Ошибка! Закладка не определена.
ДОПОЛНЕНИЕ Б Дополнительные процедуры Ошибка! Закладка не определена.
Изменение ввести заменой стр. 2-3.
Версия документа
Изменена версия документа в нижнем колонтитуле; с 30.10.19 на 16.03.20.
Изменение ввести заменой стр. 1-115
.106
--- стр. 129 ---
Пронумеровано, прошито и скреплено
- -У лист (а/ов)
Генеральный директор
Акционерного общества
;<Ферст Генетике»?
Н. А. Кузнецов
--- стр. 131 ---
fplGENETICS
1 * ^ First complex decisions
Краткое руководство
по применению набора реагентов «РепроЛайн»
для выявления хромосомных аномалий в единичных
клетках на системе «F-Genetics»
ВНИМАНИЕ!
Перед использованием набора реагентов
необходимо ознакомиться с инструкцией по его
применению. Инструкция размещена в
электронном виде на официальном сайте
Производителя: www.f-genetics.com.
МАТЕРИАЛ ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ
клетки трофэктодермального происхождения
REF ПГТ-96, ПГТ-24, ПГТ-16
АО "Ферст Генетике", Россия, 115162,
г. Москва, ул. Шухова, д.14, стр.9, пом. 7,
тел. И99) 673-02-88,
e-mail: info@f-genetics.com
СОСТАВ КОМ ПЛЕКТНОСТЬ
Вариант | Комплект реагентов/материалов) Кол-во, 1
шт. 1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн
96»
1) набор для приготовления
библиотек ДНК (вариант 1)
4
2) набор материалов для станции
пробоподготовки
4
3) картридж с растворами для
амплификации библиотек для
станции пробоподготовки
4
4) картридж с реагентами (ПГТ) для
станции пробоподготовки
4
5) набор растворов для
секвенирования
1
6) картридж с реагентами для
секвенирования
4
7) набор полупроводниковых чипов
530 (4 чипа в упаковке)
1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн
24»
1) набор для приготовления
библиотек ДНК (вариант 1)
1
2) набор материалов для станции
пробоподготовки
4
3) картридж с растворами для
амплификации библиотек для
станции пробоподготовки
4
4) картридж с реагентами (ПГТ) для
станции пробоподготовки
4
5) набор растворов для
се1шенирования
1
6) картридж с реагентами для
секвенирования
4
7) набор полупроводниковых чипов
520 (4 чипа в упаковке)
1
Вариант
исполнения
«РепроЛайн
16»
1) набор для приготовления
библиотек ДНК (вариант 2)
3
2) набор материалов для станции
пробоподготовки
4
3) картридж с растворами для
амплификации библиотек для
станции пробоподготовки
4
4) картридж с реагентами (ПГТ) для
станции пробоподготовки
4
5) набор растворов для
секвенирования
1
6) картридж с реагентами для
секвенирования
4
7) набор полупроводниковых чипов
510 (4 чипа в упаковке)
1
Компежент Количество
Набор реагентов
(вариант
исполнения)
-
•
Инструкция по
применению набора
в электронном виде на
официальном сайте
Производителя;
www.f-aenetics.com
1
Краткое
руководство по
поименению набора
в бумажном виде
1
Паспорт качества в бумажном виде
1
Программное
обеспечение «1оп
Reporter». версия
5.10
Доступ к ПО,
установленному на сервере
"Ion Reporter", входящему в
состав системы "F-Genetics",
осуществляется по
локальной сети
1
ХРАНЕНИЕ
Компонент Условия ^ ^ н и я
1 набор для приготовления
библиотек ДНК -30--10°С
2 набор материалов для
станции пробоподготовки 15-30°С
3
картридж с растворами для
амплификации библиотек
для станции
пробоподготовки
15-30°С
4
картридж с реагентами (ПГТ)
для станции
пробоподготовки
-30--10°С
5 набор растворов для
секвенирования 15-30°С
6 картридж с реагентами для
секвенирования -30--10°С
7 набор полупроводниковых
чипов 15-30°С
Версия 16.03.20
--- стр. 132 ---
Состав набора
Компонент набора Реагент/картридж
Вариант исполнения «РепроЛайн 96»
I Объем~|* Количество Описание
1) набор для
приготовления библиотек
ДНК (вариант 1 )\ 4 шт.:
Ф
Опасно
буфер для экстракции
нуклеиновых кислот 480 мкп 1 пробирка
Пробирка с закручивающейся
зеленой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
буфер для реакции
лизиса
460,8
мкп
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
фиолетовой кры шкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
смесь ферментов дп$
лизиса клеток
19,2
мкл
1 пробирка Пробирка с зафучивающейся
желтой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
преамплификационный
буфер
460,8
мкп
1 пробирка Пробирка с зафучивающейся
фасной фышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
ферменты для реакции
преамплификации
19,2
мкп
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
амплификационный буфер 864 мкп 3 пробирки
Пробирка с зафучивающейся
оранжевой крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
ферменты длг
амплификации 48 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
голубой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
вода без нукпеаэ 432 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
бесцветной крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
набор баркодов 1-96
1 планшет Профольгированный 96-
луночный планшет, каждая из
96 лунок содержит прозрачную
бесцветную жидкость объемом
20 мкл
2) набор материалов для
станции пробоподготовки,
4 шт.:
планшет 96-луночный -
1 планшет Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика размером
12x8 см
профол ьгированная
коышка ■ 1 крышка Крышка профольгированная
размером 13.3x9.3 см
наконечники одноразовые
(96 шт. в штативе) - 1 штатив
Штатив с наконечниками (96
шт., в том числе 54 наконечника
объемом 1000 мкл, 40
наконечников объемом 200 мкл,
2 прокалывателя)
пробирки - 12 штук в
упаковке
Пробирки для разбивания
эмульсии объемом 2 мл
крышки для центрифуг - 2 штуки
Крышки для центрифуг станции
для пробоподготовки
диаметром 12 см
штатив с пробирками для
модуля обогащения - 1 штатив В штативе 8 пробирок объемом
1,5 мл
адаптер для чипа 1 адаптер Адаптер для чипа
3) картридж с
растворами для
амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки’, 4 шт.:
ФФФ
Опасно
картридж с растворами
для амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки
- 4 картриджа
Картридж содержит 24
профольгированные лунки, из
них 8 лунок объемом 5 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом
4 мл и 15 лунок объемом 2 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом
1,5 мл. 1 лунка объемом 2 мл
(третья в первом ряду)
содержит прозрачную жидкость
объемом 1 мл с осадком
коричневого цвета
о*. %
--- стр. 133 ---
Компонент набора Реагент/картридж Объем I Количество Описание
4) картридж с реактивами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки’, 4 шт.:
<!>
Опасно
картридж с реактивами
(ПГТ) для станции
проболодготовки
4 картриджа
Картридж содержит 20
прос^юльгированных лунок, из
них 4 лунки объемом 5 мп
пустые, 15 лунок объемом 2 мл
содержат лрозрачную
бесцветную жидюсть, 1 лунка
(первая во втором ряду)
содержат прозрачную розовую
жидкость, а также 4 лунки с
вставленными пробирками
позиция А: пустая прозрачная
пробирка для образцов
объемом 1,5 мл
закручивающейся белой
крышкой; позиция В: прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл
закручивающейся красной
крышкой, содержащей 2М
NaOH; позиция С: прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой
крышкой, содержащая белый
порюшок; позиция D: пустая
прозрачная пробирка объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой.5) набор растворов для
секвенирования: промывочный
бутыль
раствор, 1,5л 4 бутыли
Бутыль из белого пластика
запаянная в фольгу
содержащая бесцветную
жидкость_________________
раствор для
бутыль
очистки. 250 мл 1 бутыль
Бутыль из прозрачного
пластика, содержащая
бесцветную жидкость______6) картридж с реагентами
для секвенирования\ 4
-в> <!>
картридж с реагентами
для секвенирования 4 картриджа
_____Опасно_______
7)набор '
полупроводниковых чипов
530
Картридж содержит 5 лунок
фиолетового, черного, синего,
зеленого и красного цветов,
каждая из которых сообщается
с отдельной емкостью
реагентами.
чип
530
полупроводниковый 4 чипа
Чипы, запаянные
индивидуальные
фольгированные упаковкиК набору реагентов прилагаются краткое руководство по
Вариант исполнения «РепроЛайн 24»
применению набора и паспорт качества
1) набор для
приготовления библиотек
ДНК (вариант 1)’, 1 шт.:
<!>
Опасно
буфер для экстракции
нуклеиновых кислот 480 мкл 1 пробирка
Пробирка с закручивающейся
зеленой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
буфер для реакции
лизиса
460,8
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
фиолетовой крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
смесь ферментов для
лизиса клеток
19,2
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
желтой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
преамплификационный
буфер
460,8
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
(фасной крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
ферменты для реакции
преамплификации
19,2
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
амплификационный
буфер 864 мкл 3 пробирки
Пробирка с закручивающейся
оранжевой крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
ферменты для
амплификации 48 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
голубой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
вода без нуклеаз 432 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
бесцветной крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
Версия 16.03.20
--- стр. 134 ---
Компонент набора Реагент/картридж Объем Количество Описание
1 планшет
набор баркодов 1-96
Профольгированный 96-
луночный планшет, каждая из
96 лунок содержит прозрачную
бесцветную жидкость объемом
20 мкл
2) набор материалов для
станции пробоподготовки,
4 шт.;
планшет 9б-луночный
1 планшет Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика размером
12x8 см
профольгированная
крышка___________
1 крышка Крышка профольгированная
размером 13,3 х 9,3 см________
наконечники одноразовые
(96 шт. в штативе) 1 штатив
пробирки 12 штук в
упаковке
Штатив с наюэнечниками (96
шт.. в том числе 64 наконечника
объемом 1000 мкл, 40
наконечников объемом 200 мкл.
2 прокалывателя)____________
Пробирки для разбивания
эмульсии объемом 2 мл_______
крышки для центрифуг 2 штуки
штатив с пробирками для
модуля обогащения_____
Крышки для центрифуг станции
для пробоподготовки
диаметром 12 см_____________
1 штатив В штативе 8 пробирок объемом
1,5 мл
адаптер для чипа 1 адаптер Адаптер для чипа
3) картридж с
растворами для
амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки, 4 шт.’Опасно
картридж с растворами
для амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки
4 картриджа
Картридж содержит 24
прос^льгированные лунки, из
них 8 лунок объемом 5 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом
4 мл и 15 лунок объемом 2 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом
1,5 мл, 1 лунка объемом 2 мл
(третья в первом ряду)
содержит прозрачную жидкость
объемом 1 мл с осадком
коричневого цвета
____________
4) картридж с реактивами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки’, 4 шт.
Ф <6>
Опасно
картридж с реактивами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки
4 картриджа
Картридж содержит 20
прос}юльп1рованных лунок, из
них 4 лунки объемом 5 мл
пустые, 15 лунок объемом 2 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость, 1 лунка
(первая во втором ряду)
содержат прозрачную розовую
жидкость, а также 4 лунки с
вставленными пробирками:
позиция А: пустая прозрачная
пробирка для образцов
объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой
крышкой; позиция В: прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл с
закручивающейся красной
крышкой, содержащей 2М
NaOH; позиция С: прозрачная
пробирка объемом 1,5 мл с
закручивающейся белой
крышкой, содержащая белый
порошок; позиция D: пустая
прозрачная пробирка объемом
1,5 мл с закручивающейся
белой крышкой.
______________
5) набор растворов для
секвенирования: промывочный раствор,
бутыль 1,5 л 4 бутыли
Бутыль из белого пластика,
запаянная в фольгу,
содержащая бесцветную
жидкость____________________
раствор для очистки,
бутыль 250 мл 1 бутыль
Бутыль из прозрачного
пластика, содержащая
бесцветную жидкость_________
6) картридж с реагентами
для секвенирования’, 4
JJ I .
ф Ф
картридж с реагентами
для секвенирования 4 картриджа
Опасно
Картридж содержит 5 лунок
фиолетового, черного, синего,
зеленого и красного цветов,
каждая из которых сообщается
с отдельной емкостью с
реагентами.
7)набор
полупроводниковых чипов
520
чип полупроводниковый'
520 4 чипа
Чипы, запаянные
индивидуальные
фольгированные упаковки
Версия 16.03.20
--- стр. 135 ---
Компонент набора РеагентАкартридж I Объем I Количествоj Объем I Описание
К набору реагентов прилагаются краткое руководство по применению набора и паспорт качества
Вариант исполнения «РепроЛайн 16»
1) набор для
приготовления библиотек
ДНК (вариант 2)\ 3 шт.:
Опасно
буфер для экстракции
нуклеиновых кислот 120 мкл 1 пробирка
Пробирка с закручивающейся
зеленой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
буфер для реакции
лизиса
115,2
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
фиолетовой крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
смесь ферментов для
лизиса клеток 4,8 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
желтой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
преамплификационный
буфер
115,2
мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
красной крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
ферменты для реакции
преамплификации 4.8 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
белой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
амппификационный
буфер 648 мкл 3 пробирки
Пробирка с закручивающейся
оранжевой крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
ферменты для
амплификации 12 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
голубой крышкой, содержащая
прозрачную бесцветную
жидкость.
вода без нукпеаз 432 мкл
1 пробирка Пробирка с закручивающейся
бесцветной крышкой,
содержащая прозрачную
бесцветную жидкость.
набор баркодов 1-96 -
1 планшет Профольгированный 96-
луночный планшет, каждая из
96 лунок содержит прозрачную
бесцветную жидкость объемом
20 мкл
2) набор материалов для
станции пробоподготовки,
4 шт.:
планшет 96-луночный -
1 планшет Планшет 96-луночный из
прозрачного пластика размером
12x8 см
профольгированная
крышка -
1 крышка Крышка профольгированная
размером 13,3 х 9,3 см
наконечники одноразовые
(96 шт. в штативе) - 1 штатив
Штатив с наконечниками (96
шт., в том числе 54 наконечника
объемом 1000 мкл, 40
наконечников объемом 200 мкл,
2 поокалывателя)
пробирки - 12 штук в
упаковке
Пробирки для разбивания
ЭМУЛЬСИИ объемом 2 мл
|фышки для центрифуг - 2 штуки
Крышки для центрифуг станции
для пробоподготовки
диаметоом 12 см
штатив с пробирками для
модуля обогащения - 1 штатив В штативе 8 пробирок объемом
1.5 мл
адаптер для чипа 1 адаптео Адаптео для чипа
3) картридж с
растворами для
амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки’, 4 шт.:
Опасно
картридж с растворами
для амплификации
библиотек для станции
пробоподготовки
4 картриджа
Картридж содержит 24
про(|юльгированные лунки, из
них 8 лунок объемом 5 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом
4 мл и 15 лунок объемом 2 мл
содержат прозрачную
бесцветную жидкость объемом
1,5 мл, 1 лунка объемом 2 мл
(третья в первом ряду)
содержит прозрачную жидкость
объемом 1 мл с осадком
коричневого цвета
4) картридж с реактивами
(ПГТ)для станции
пробоподготовки’, 4 шт.:
картридж с реактивами
(ПГТ) для станции
пробоподготовки
4 картриджа
Картридж содержит 20
про^юпьгированных лунок, из
них 4 лунки объемом 5 мл
пустые, 15 лунок объемом 2 мл
содержат прозрачную
Версия 16.03.20
--- стр. 140 ---
^^ЯОВАНИЕ, ОЧИСТКА И
/ИЧЕСТВЕНННОЕ ОПРЕДЕЛЕНИЕ
^ЛИОТЕК
^ммечание: Мы рекомендуем вам проводить
роцедуры пулирования, очистки пула и
йличественной оценки полученной библиотеки в
один день. Продукты полногеномной амплификации
могут храниться на -30 - -10.
Пулирование библиотек
1. Действие по пулированию библиотек зависит от
того, какой был выбран ранее метод
амплификации: ___________________
Если вы
используете
Стандартную
ПЦР с
анализом по
конечной
точке
Действие
ПЦР
режиме
реального
времени
Непродолжительно перемешайте
пробирки с образцами на вортексе.
Затем отцентрифугируйте их при
1,000 X g в течение 30 секунд для
того, чтобы собрать жидкость на
дне пробирок.
Пулируйте в новой пробирке 0,2 мл
(для наборов «РепроЛайн 16» и
«РепроЛайн 24») или в 0,6 мл (для
набора «РепроЛайн 96») образцы,
для этого внесите по 5 мкл каждой
приготовленной библиотеки
(конечный объем должен
составлять 5*N мкл)
Непродолжительно перемешайте
пробирку на вортексе. Затем
отцентрифугируйте при 1,000 х g в
течение 30 секунд для того, чтобы
собрать жидкость на дне пробирки.
Непродолжительно перемешайте
пробирки с образцами на вортексе.
Затемотцентрифугируйте их при
1,000 X g в течение 30 секунд для
того, чтобы собрать жидкость на
дне пробирок.
Пулируйте в новой пробирке 0,2 мл
(для наборов «РепроЛайн 16» и
«РепроЛайн 24») или 0,6 мл (для
набора «РепроЛайн 96») образцы,
для этого рассчитайте среднее
значение Ct для всех библиотек,
которые вы хотите пулировать и
скорректируйте объемы библиотек,
которые отклоняются от среднего
значения Ci, следуя следующим
инструкциям:
• Библиотеки, для которых
отклонение Ct от среднего
составляет не больше единицы,
следует внести в пробирку в
количестве 5 мкл (стандартный
объем).
• Библиотеки,
отклонение Ct
для которых
от среднего
составляет >3, должны быть
исключены из пула.
• Библиотеки, для которых
отклонение Ct от среднего
находится в диапазоне >1 до <3,
следует добавлять в количестве 10
мкл (в два раза больше
стандартного объема).
• Не корректируйте более 25%
библиотек в пуле (кроме библиотек,
которые отклоняются на > 3 Ct s от
среднего значения). Если более
25% библиотек отклоняются от
среднего значения на 1 или
большее значение Ct s,
скорректируйте библиотеки с более
существенными отклонениями С t
до тех пор, пока не будет достигнут
порог 25%.
Непродолжительно перемешайте
пробирку на вортексе. Затем
отцентрифугируйте при 1,000 х g в
течение 30 секунд для того, чтобы
собрать жидкость на дне пробирки.
2. Перенесите 40 мкл пула библиотек в пробирку 0,2
мл для проведения процедуры очистки.
Примечание 1: При пулировании менее 8
библиотек, объем пула составляет менее 40 мкл. В
этом случае добавьте необходимое количество воды
без нуклеаз, чтобы довести окончательный объем до
40 мкл до начала очистки пула библиотек.
Примечание 2: Сохраните пробирки из п. с
образцами после отбора необходимого количества
каждой библиотеки (для восстановления из этой
точки).
Очистка пула библиотек
1. Инкубируйте пробирку с пулом библиотек в
термоциклере с нагреваемой крышкой, используя
Этап Температура Время Количество
циклов
1 70“С 2 минуты 1
2 22“С хранение 1
Версия 16.03.20
2. По окончании инкубации отцентрифугируйте при
1,000 X g в течение 30 секунд для того, чтобы
собрать жидкость на дне пробирки. Затем
перенесите пул библиотек в новую 1,5 мл пробирку.
3. Добавьте к пулу библиотек однократный объем 40
мкл магнитных частиц «АМРигеХР», предварительно
нагретых до комнатной температуры.
4. Непродолжительно перемешайте смесь на
вортексе. Затем инкубируйте при комнатной
температуре 5 минут.
5. Поместите пробирку на магнитный штатив.
Подождите в течение 5 минут, пока магнитные
частицы осядут на стенке пробирки.
6. Не снимая пробирку с магнитного штатива,
аккуратно выполните следующие действия:
10
--- стр. 141 ---
i
^ите супернатант не касаясь наконечником
^ы х частиц.
4^авьте 250 мкл свежеприготовленного 70%
^ла и инкубируйте 30 секунд.
^удалите супернатант, не касаясь наконечником
йгнитных частиц.
повторите шаги б-в и после второй отмывки
полностью удалите остатки спирта со дна пробирки,
д. высушите пробирку с магнитными частицами при
комнатной температуре 3 - 4 минуты.
5. Поместите пробирку в обычный штатив и добавьте
40 мкл буферного раствора lowTE, перемешайте
пипетированием и инкубируйте 1 минуту при
комнатной температуре.
6. Поместите пробирку на магнитный штатив. Затем
подождите 2-3 минуты, пока магнитные частицы не
осядут на стенке пробирки. Перенесите 35 мкл
супернатанта в новую 1,5 мл пробирку и затем на
лед или холодный блок.
Количественное определение библиотек
1. Определите концентрацию (нг/мкл) пула
библиотек с помощью фотометра «NanoDrop 2000».
2. Перед началом измерения выберите «DNA-50» и
единицы измерения «пд/и1» Добавьте 1 мкл воды без
нуклеаз на специальную подложку прибора для
разовой калибровки (установления нулевого
значения). Опустите плечо прибора и нажмите
кнопку «Blank». После этого протрите каплю чистой
сухой, безворсовой лабораторной салфеткой.
Проделайте эту процедуру еще один раз. Осторожно
провортексируйте/перемешайте пипеткой пробирку с
пулом библиотек. Затем нанесите 1 мкл пула
библиотек на специальную подложку прибора,
закройте плечо прибора и нажмите «Measure».
Протрите измерительную подложку с помощью
сухой, безворсовой лабораторной салфетки, и
прибор готов к следующему образцу.
3. С помощью программного обеспечения к прибору
после измерения выдается график измерения и
концентрация, основанная на поглощении при длине
волны 260 нм. Также программное обеспечение
прибора выдает значение 260/280, которое является
коэффициентом поглощения при 260 нм и 280 нм.
Для ДНК пороговое значение коэффициента обычно
1.8.
4. Зафиксируйте получившийся результат.
5. Используя полученное значение концентрации
(нг/мкл) определите молярную концентрацию пула
библиотек. Для этого переведите нг/мкл в нМ,
умножив значения нг/мкл на 6,06 нмоль/мг.
6. Разведите пул библиотек до рабочей молярной
концентрации (РМК) 1 нМ.
ВНИМАНИЕ! Разведенные пулы библиотек и
неразведенные стоковые растворы пулов библиотек
могут храниться в течение 1 недели при температуре
4“С.
СОЗДАНИЕ ПРОГРАММЫ ЗАПУСКА
СЕКВЕНАТОРА
1. Зарегистрируетесь на сервере «Torrent Server»
через браузер.
2. Нажмите на вкладку «Plan» (Запланировать).
Затем выберите вкладку «Reproductive»
(Р еп родукти вн ы й ) в списке приложений,
расположенных в левой части страницы.
3. Выберите «1оп R ep ro S eq A neuploidy - Ion S 5
S y stem » из списка подзаголовком «T em plate N am e»
(Н азвани е о бр азц а).
4. На этапе «P lan» (З ап л ан и р о в ать) осуществите
следующие действия:
а. Введите новое «R un P lan N am e» (Н азван и е
зап уска) (если необходимо).
б. Выберите референсную последовательность
генома человека (hg19(H om o sa p ie n s)) из
ниспадающего меню « R eferen ce L ibrary»
(Р еф ер ен с).
в. Выберите «N one» (Н ет) из выпадающего меню
«T arget R eg io n s» (Т аргетн ы е участки) и « H o tsp o t
R eg ions» (Г орячи е реги он ы ).
г. Введите номера баркодов, которые вы
использовали при подготовке образцов (если баркод
образца отличается от автоматически
предложенного программой, его можно поменять,
нажав на стрелочку справа и выбрав нужный номер
баркода из выпадающего меню).
д. Введите уникальные названия образцов напротив
каждого используемого баркода. Не следует
использовать названия, предложенные программой
по умолчанию (например, «Образец 1», «Образец 2»
и Т.Д.), поскольку это может затруднить в
дальнейшем идентификацию образцов.
5. На этапе «K its» (Н аборы ) проверьте сделанный
выбор и внесите изменения в соответствии с
рабочим циклом:
а. Выберите «1оп S5» в ниспадающем меню
« In strum ent» (П рибор), если она не выбрана
автоматически.
6. Выберите необходимый тип чипа, который вы
используете.
в. Выберите набор «1оп S in g leS eq » из
ниспадающего меню «L ibrary Kit Т уре» (Тип
н аб о р о в би бли отек).
г. Выберите Ion R ep ro S eq P G S K its-C hef (Н абор
д л я ПГТ Ion R ep ro S eq C hef) из ниспадающего меню
«T em plate Kit» (Н абор м атриц).
д. Выберите Ion S 5 ЕхТ S eq u en cin g Kit из
ниспадающего меню « S eq u en cin g Kit» (Н абор д л я
сек вен и р о ван и я).
е. Выберите требуемый набор баркодов:
• Н абор б ар к о д о в 1-96 (по ум олчан и ю )
• Н абор б ар к о д о в 1-24
ж. Выберите значение 250 напротив показателя
«Ц иклы » («Flow s») в и нажмите кнопку «Д алее»
(Next).
з. Выберите необходимые параметры на этапе
P ro jects (Проекты) и нажмите кнопку N ext (Д алее).
б. Во вкладке « З ап л ан и р о в ать » (Plan) нажмите
«Plan R un» (З ап л ан и р о в ать запуск) в нижнем
правом углу для того, чтобы сохранить
З ап л ан и р о ван н ы й зап уск. Запуск будет отображён
на странице « P lan n ed R uns» (З ап л ан и р о в ан н ы е
запуски) под введенным вами названием.
ЗАПУСК СТАНЦИИ ПРОБОПОДГОТОВКИ
П одготовка р асх о д н ы х м атер и ал о в
1. Распакуйте картридж с реагентами (ПГТ) для
станции пробоподготовки за 45 минут перед
использованием. Подождите, пока картридж
нагреется до комнатной температуры.
Версия 16.03.20 11
--- стр. 142 ---
i
^НИЕ! Картридж с реагентами должен
^иваться в течение 45 минут при комнатной
^ратуре перед использованием.
^Язвлеките другие картриджи и материалы из
^вки. Затем разместите их на столе рядом со
йнцией пробоподготовки.
ВНИМАНИЕ! Перед использованием, аккуратно
(Юстучите по картриджу с реагентами и картриджу с
растворами для того, чтобы реагенты переместились
на дно пробирки.
Д о б авл ен и е би бл и о теки в п роби рку д л я
о б р азц о в
1. С помощью дозатора перенесите 4 мкл пула
библиотек с молярной концентрацией 1 нМ в
пробирку для образцов библиотек (пробирка с
штрихкодом), находящаяся в положении А на
картридже с реагентами (ПГТ). Добавьте 46 мкл
воды без нуклеаз, чтобы получить концентрацию 80
пМ. Пропипетируйте 5 раз, размешивая раствор.
2. Закройте крышкой пробирку с образцами
библиотек и храните ее во льду до тех пор, пока вы
не будете готовы загрузить пробирку в картридж с
реагентами и в станцию пробоподготовки.
Загрузка стан ци и п робоп одготовки
ВАЖНО! • Режимы номинальной частоты вращения
центрифуги предназначены для предоставленных
люлек и рекомендованных чипов, пробирок и
реагентов для подготовки образцов.
• Центрифуга для загрузки чипа предназначена для
работы при указанных частотах вращения, которые
подходят для определенных люлек, чипа, адаптера и
противовеса для чипов. Центрифуга должна быть
сбалансирована по нагрузке. Необходимо
предпринять меры, чтобы надлежащим образом
загрузить люльку. В случае высокого уровня
вибрации, убедитесь в том, что все компоненты
правильно установлены и роторы правильно
сбалансированы.
• Используйте только материалы, которые входят в
набор реагентов «РепроЛайн», для номинальной
частоты вращения центрифуги. Не снимайте или не
заменяйте роторы. Проверяйте люльки перед
каждым использованием для того, чтобы обеспечить
нормальную работу.
• Убедитесь в том, что изделие включено и было
очищено после последнего использования.
• Убедитесь в том, что все компоненты очищены и
высохли перед загрузкой в станцию
пробоподготовки.
• Убедитесь в том, что компоненты станции для
реагентов и растворов являются сухими и не
содержат конденсата перед загрузкой компонентов.
Выполните нижеописанные процедуры для того,
чтобы загрузить станцию пробоподготовки.
Полностью загруженная станция показана на
рисунке ниже:
(1) Новый штатив с наконечниками
(2) Профольгированная крышка (установлена)
(3) Штатив для пустых наконечников (леремещен из позиции с
новым штативом (1)).
(4) Планшет 96-луночный
(5) Картридж с реагентами (ПГТ)
(6) Картридж с растворами для амплификации библиотек
(7) Центрифуги для регенерации (извлечения образцов) и крышки
для центрифуг
(8) Штатив с пробирками для модуля обогащения
(9) Центрифуга для загрузки чипа: Адаптер/ чип и противовес для
чипов.
Загрузка штативов с наконечниками и
планшета для ПЦР
1. Нажмите кнопку © (Открыть дверцу) на
сенсорном экране изделия для того, чтобы отрыть
дверцу. Затем подождите, пока защелка не
откроется.
2. Поднимайте дверцу прибора вверх до тех пор,
пока не сработает механизм блокировки.
3. Установите пустой штатив из-под наконечников от
предыдущего запуска в положение «Использованные
наконечники». Затем смените перчатки.
4. Распакуйте новый штатив с наконечниками и
снимите крышку для того, чтобы открыть
наконечники. Затем установите в положение «Новые
наконечники».
5. Переместите защелку вперед для того, чтобы
поднять зажимную скобу. Разместите штатив с
наконечниками в положение «Новые наконечники».
Опустите скобу, затем переведите защелку в заднее
положение для того, чтобы зафиксировать штатив в
определенном положении.
6. Загрузите планшет 96-луночный в блок для
образцов термоциклера. Затем вставьте новую
профольгированную крышку под автоматическую
нагреваемую крышку.
Загрузка картриджей с реагентами и
растворами
1. Аккуратно постучите по картриджу с реагентами на
столе для того, чтобы собрать реагенты на дне
пробирок.
2. Загрузите картридж в станцию для реагентов
таким образом, чтобы он прочно зафиксировался в
необходимом положении и располагался ровно на
платформе.
3. Снимите колпачок с пробирки с образцами
библиотек, которая содержит 50 мкл разведенной
библиотеки, и установите ее в позицию А на
картридже с реагентами.
Версия 16.03.20 12
--- стр. 143 ---
i
(1) Позиция A (Пробирка для образцов)
(2) Позиция В (2М NaOH)
(3) Позиция С (Полистирольные частицы)
(4) Позиция D (лустая пробирка)
4. Снимите колпачок с пробирки 2М NaOH которая
находится в позиции В, пробирки, содержащей
частицы в позиции С, а также пустой пробирки в
позиции D.
5. Аккуратно постучите по картриджу с растворами
для того, чтобы собрать реагенты на дне пробирок.
6. Установите картридж с растворами в станцию,
таким образом, чтобы он был на одном уровне с
платформой.
Загрузка пробирок и штатива с пробирками для
модуля обогащения
1. Установите по шесть пробирок в каждую
центрифугу для регенерации (извлечения образцов).
2. Установите крышку на каждую центрифугу,
отрегулировав положение крепления таким образом,
что оно совпадало с углублением на платформе.
Затем вставьте ее в нужное положение. Убедитесь в
том, что крышки полностью вставлены, слегка
нажимая на них вдоль всего периметра.
3. Закройте откидную крышку центрифуги для
регенерации (извлечения образцов). Убедитесь в
том, что порт крышки размещен в направлении
задней части прибора.
4. Установите штатив с пробирками для модуля
обогащения. Затем плотно прижмите штатив для
того, чтобы он был на одном уровне с платформой.
7. Разъемы
а. Разместите чип в люлькедля загрузки чипов.
Затем выровняйте лунки адаптера для чипа по
отношению к лункам чипа, расположив адаптер на
чипе в таком положении, чтобы был виден баркод.
б. Разместите адаптер на чипе. Затем вставьте
встроенные крепежи на конце адаптера в разъемы
люльки.
в. Аккуратно прижимайте гибкие крепежи на другом
конце адаптера к разъемам люлькидо тех пор, пока
адаптер не зафиксируется в определенном
положении.
г. Убедитесь в том, что крепежи на всех четырех
углах адаптера вставлены в разъемы люльки
центрифуги. Установка будет считаться неверной,
если адаптер прикреплен непрочно.
2. Установите конструкцию адаптер/чип/люлькав
позицию 1 на центрифуге для загрузки чипов.
3. Установите противовес для чипа в позицию 2 на
центрифуге для загрузки чипов.
4. Убедитесь в том, что центрифуга сбалансирована
по нагрузке, люльки для чипа прочно закреплены и
расположены на центрифуге таким образом, что при
соприкосновении они поворачиваются наружу на 90“.
Затем закройте крышку центрифуги для загрузки
чипа.
Проверка правильности установки материалов
Прежде чем продолжить работу:
• Убедитесь в том, что каждый картридж находится
в правильном месте и имеет верное расположение.
• Нажмите на каждый картридж для проверки
надёжности их установки.
• Убедитесь в том, что с пробирок в картридже с
реагентами (ПГТ), включая пробирки 2М NaOH в
позиции С, сняты колпачки, а сами пробирки
надежно закреплены.
• Убедитесь в том, что крышки центрифуги
правильно установлены; порт должен быть
направлен в сторону задней части изделия.
• Убедитесь в том, что люльки для чипов и пробирок
правильно установлены в кронштейнах роторов
центрифуг для загрузки чипов и центрифуг для
регенерации (извлечения образцов), а также в том,
что расходные материалы правильно расположены.
Загрузка центрифуги для загрузки чипов
1. Установите чип для секвенирования в люльку
центрифуги. Затем прикрепите адаптер для чипа к
устройству.
1. Адаптер для чипа
2. Чип
3. Люлька
4. Порты (выровнены по отношению к чипу)
5. Крепежи
6. Закрепленный угол (выровнен по отношению к люльке)
Запуск станции пробоподготовки
1. Убедитесь в том, что вы загрузили станцию
пробоподготовки всеми картриджами, материалами
и чипами.
2. В главном окне станции нажмите кнопку «Set up
run» (Настройка запуска).
3. Нажмите кнопку «Step by Step» (Поэтапно) для
того, чтобы поэтапно настроить станцию или
нажмите кнопку «Quick Start» (Быстрый запуск)
для того, чтобы пропустить окна настройки станции.
4. Следуйте инструкциям на экране. В случае
появления соответствующего сообщения, закройте
дверцу прибора, сначала подняв ее для
разблокировки. Затем опускайте дверцу, пока замок
не заблокируется. После закрытия дверцы,
активируется система изображения.
Версия 16.03.20 13
--- стр. 149 ---
УТВЕРЖДАЮ
Генеральный директор
«Ферст Генетике»
Н.А. Кузнецов
марта 2020г.
ИЗВЕЩЕНИЕ № 03569019.02.11-2020
об изменении краткого руководства набора реагентов «РепроЛайн» для выявления хромосомных аномалий в единичных
клетках на системе «F-Genetics»
СОГЛАСОВАНО
Директор по регистрации медицинских
изделий
О.А. Свиридова
марта 2020г.
Заместитель заведующего лабораторией
Н.И. Исаева
и _ марта 2020г.
--- стр. 150 ---
Извещение
03569019.02.11-2020
Обозначение
Краткое руководство набора
реагентов
«РепроЛайн»
Причина
Запрос РОСЗДРАВНАДЗОРа дополнительных
сведений по итогам экспертизы качества, эф
фективности и безопасности регистрационного
досье на набор
Код Лист Листов
Дата
выпуска 16.03.2020 Срок
изм. 16.03.2020 Обозначение
ПИ (ДПИ, ПР)
Срок действия
ПИ
Задела нет. Указание о внедрении
Содержание изменения Применяемость
mJ
Титульный лист
АО "Ферст Генетике”, Россия, 115162,
г. Москва, ул. Шухова, д.14, стр.9, офис пом. 7,
тел. (499) 673-02-88, e-mail: info@f-genetics.com
Изменение ввести заменой титульного листа (стр. 1)
Таблица «СОСТАВ», столбец 1 «Вариант исполнения», стр. 1
Вариант исполнения 4^ Набор реагентов «РепроЛайн 96»
Вариант исполнения 2; Набор реагентов «РепроЛайн 24»
Вариант исполнения 3: Набор реагентов «РепроЛайн 16»
Изменение ввести заменой стр. 1
Таблица «Состав набора», строки, содержащие наименование варианта исполнения, стр. 2, 3 и 5
Вариант исполнения 1: Набор реагентов «РепроЛайн 96» в составе;
Вариант исполнения 2; Набор реагентов «РепроЛайн 24» в составе:
Вариант исполнения 3: Набор реагентов «РепроЛайн 16» в составе:
Изменение ввести заменой стр. 2, 3 и 5.
Версия документа
Изменена версия документа в нижнем колонтитуле: с 20.03.19 на 16.03.20.
Изменение ввести заменой стр. 1-16
ТУ 21.20.23-002-03569019-2018,
Инструкция по эксплуатации.
Шаблон паспорта качества,
Макеты этикеток,
Транспортная маркировка
Разослать
РОеЗДРАВНАДЗОР (Управле
ние организацией государ
ственного контроля и регистра
ции МИ),
Испытательный центр ООО
«Центр контроля качества Био-
__________Лайф»__________
Приложение
Должность
Ф.И.О.
Подпись
Дата
Составил Согласовал
Заместитель заведующего
лабораторией
1^^ева Н.И.
Изменения внес
Директор по регистрации меди
цинских изделий
Свшидова О.А.
71Ж7Ш
Директор по реги
страции медицин-
ских изделий
Свиридова О.А.
Н.контроль
Директор по реги
страции медицинских
изделий______
Свивидова О.А.иридова
Утвердил
Генеральный
директор
Кузы^^ов Н.И
--- стр. 151 ---