Набор реагентов PraxisTM Extended RAS Panel для качественного определения статуса специфических мутаций генов RAS (KRAS (экзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоны 2, 3 и 4)) методом секвенирования нового поколения в пробе геномной ДНК человека, выделенной из образцов тканей колоректального рака, фиксированных в формалине, и заключенных в парафиновые блоки — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 54 ---
НОТАРИАЛЬНОЕ СВИДЕТЕЛЬСТВО
Государственный нотариус или другое
должностное лицо, заполняющее настоящий
сертификат, подтверждает только личность
физического лица, подписавшего документ, к
которому приложен настоящий сертификат, но не
отвечает за достоверность, точность или
действительность такого документа._________
Штат Калифорния
Округ Сан-Диего
14 мая 2020 г. в моем присутствии, Мари Агостино, нотариуса_____________
(вставить ФИО и должность должностного лица)
Аурелиа Браунридж лично_________________________________________
подтвердила на основании убедительных доказательств, что она является лицом,
чьим именем подписан документ, и заверила меня, что она подписала его в силу
имеющихся у нее полномочий, а также, что проставлением ее подписи на документе
физическое или юридическое лицо, от имени которого лицо действовало, исполнило
данный документ.
ОСОЗНАВАЯ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ЗА ПРЕДОСТАВЛЕНИЕ ЗАВЕДОМО ЛОЖНЫХ
СВЕДЕНИЙ, в соответствии с законодательством Штата Калифорния, я подтверждаю,
что вышеизложенная информация является верной.
УДОСТОВЕРЯЮ СОБСТВЕННОРУЧНОЙ ПОДПИСЬЮ И ОФИЦИАЛЬНОЙ ПЕЧАТЬЮ,
МАРИ АГОСТИНО
Нотариус ияата Калифорния
Округ Сан-Диего
^ Лицензия нотариуса № 2282380
“ Срок моих полномочий истекает
23 марта 2023 г .
Подпись_ /подпись/ (Печать)
--- стр. 55 ---
illumina
Руководство справочное
для ЛИЛПКК I ИКИ /л VITRO
Введение...........................................................................................................................4
Начало работы.................................................................................................................7
Процесс проведения анализа....................................................................................18
Оценка качества ДИК образцов FFPE ...................................................................18
Наезройка параметров................................................................................................25
Гибридизация пула праймеров................................................................................28
Удаление несвязавшихся праймеров.....................................................................32
Элонгация-лигирование связавшихся праймеров...............................................35
11ЦР-амплификация.....................................................................................................36
Проверка полученной библиотеки .........................................................................40
Очистка ПЦР-пролуктов...........................................................................................42
Нормализация библиотек..........................................................................................45
Объединение библиотек ............................................................................................49
Секвенирование библиотеки....................................................................................53
Техническое сопровождение....................................................................................56
Документ № 1000000037191 vOO
Август 2017
ДЛЯ дилгпос тики /л мню
злщищт К) ПРАВОМ собс гвенности
«ИЛЛЮМИПА»
--- стр. 56 ---
Документ № 1000000037191 vOO
Август 2017
Д.ЛЯ ДИАГ110С ТИК:И /л MTRO
ЗАЩИЩЕНО ПРАВОМ СОБСТВЕННОСТИ
«ИЛЛЮМИНА»
--- стр. 57 ---
Этот документ и его содержание являются собственностью KOMnatiHH «Иллюмина, Инк.» и ее дочерних
компаний («Иллюмина») и предназначены для использования заказчиком исключительно на договорной
основе в связи с применением описанного (ых) в настоящем документе изделия(й), а не для иных целей. Не
допускается использование или распросгранение этого документа и его содержания в каких-либо иных
целях и/или его передача, разглашение или воспроизведение содержания каким-либо иным путем без
предварительного письменного согласия компании «Иллюмина». Данный документ не предусматривает
передачу компанией «Иллюмина» каких-либо лицензий в соответствии с ее патентом, товарным знаком,
авторскими правами или общими законодательными правами, а также аналогичных прав какой-либо
третьей стороне.
В целях гарантии правильного и безопасного использования описанного(ых) в настоящем документе
изделия(й) квалифицированный и надлежащим образом подготовленный персонал обязан строг о следовать
инструкциям, представленным в данном документе. Перед использованием такого(их) издслия(й)
необходимо полностью прочесть и понять все содержание данного документа.
ЧАСТИЧНО!: ПРОЧТЕНИЕ И НЕСОБЛЮДЕНИЕ,ИНСТРУКЦИЙ МОЖЕТ ПРИВЕСТИ К
ПОВРЕЖДЕНИЮ ИЗДЕЛИЯ(Й), ТРАВМИРОВАНИЮ ПЕРСОНАЛА, В ТОМ ЧИСЛЕ ПОЛЬЗОВАТЕЛЕЙ
ИЛИ ДРУГИХ ЛИЦ, И ПОВРЕЖДЕНИЮ ИНОГО ИМУЩЕСТВА.
КОМПАНИЯ «ИЛЛЮМИНА» НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА НЕПРАВИЛЬНОЕ
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ОПИСА!!ПОГО(ЫХ) В НАСТОЯЩЕМ ДОКУМЕНТЕ ИЗДЕЛИЯ(Й) (В ТОМ ЧИСЛЕ
ЕГО СОС РАВНЫХ ЧАСТЕЙ ИЛИ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ).
В© 2017 Illumina, Inc. Все права защищены.
Illiimina, Genetic Energy, MiSeqDx. Powered by Illumina, Praxis, TruSeq и дизайн являются
зарегистрированными или ожидающими регистрации товарными знаками компании «Иллюмина, Инк.»
и/или ее дочерпей(их) компании(й) в США и/или в других сгранах. Все остальные названия, логотипы и
другие товарные знаки являются собственностью их соотвсгствующих владельцев.
О
Promega
Данное изделие можно использовать в качестве компонента медицинских
молекулярно-диагностических анализов, если это разрешено применимым
законодательством страны. Само изделие не обеспечивает какой-либо
диагностический результат, /(анное изделие включает в себя полимеразу
GoTaq® Hot Start производс гва компании «Промега Корпорейшн» (Promega Corporation) для
распространения компанией «Иллюмина, Инк.» по лицензии компании «HpoMeia Корпорейшн»
в соответствии с пагетами США №№ 5,338,671 и 5,587,287 и их соответствующими
иностранными патентами.
ПРИМЕЧАНИЕ ДЛЯ ПОКУПАТЕЛЯ: ОГРАНИЧЕННОЕ ЛИЦЕНЗИРОВАНИЕ
За пределами США использование данного изделия осуществляется в соответствии с одним или более из
следующих патентов США и соответствующих патентных формул: 5,994,056 и 6,171,785. Приобретение
данною изделия включает ограниченное, не подлежащее передаче судебное право в соответствии с
вышеуказанными патентными формулами на использование только данпого количества изделия
исключительно в области гарантии качества и контроля качества изделий и способов в области
медицинской диагностики in vitro, включая без ограничений соблюдение спецификаций, чистоту и
соотвстсгвие между сериями, а также включая отчеты о результатах деятельности покупателя в отношении
оплаты услуг или других коммерческих вопросов. Передача прав в соответствии с какой-либо иной
патентной формулой явным образом, посредством применения на практике или посредством лишения права
возражения не допускается. Для получения дополнительной информации о приобретении лицензий
обращайтесь на сайт outlicensing@lifetech.com или по адресу: отдел предоставления лицензий, «Лайф
Тскнолоджиз» (Life Technologies), 5791 Ван-Аллен-Вэй, г. Карлсбад, штат Калифорния 92008, США.
л
О
--- стр. 58 ---
11абор реагентов Praxis'Extended RAS Panel представляет собой набор для качественного
определения статуса 56 специфических мутаций генов RAS (KRAS (экзоны 2, 3 и 4) и NRAS
(экзоны 2, 3 и 4)) методом секвепирования нового поколения в пробе геномной ДНК человека,
выделенной из образцов тканей колоректального рака (CRC), фиксированных в формалине, и
заключенных в парафиновые блоки (FFPE) для диагностики in vitro. Этот набор предусмотрен для
секвепирования на генетическом секЕюнаторе MiSeqDx комнаЕЕии Иллюмина (Illumina).
В данном руководстве включены более подробные инструкции, технические тонкости и полезные
советы для ВЕювь обучающихся пользователей, чтобы помочь им правильно выполнять протокол с
применением набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. О ею предложено в качестве
ДОПОЛЕЕеНИЯ и не должно заменять ИЕЕСЕруКЦИЮ по ПрИМеЕЕСЕЕИЕО.
Наборы праймеров, фJiaнкиpyющиe спеЕ 1ифические области, в Еенах RAS содержаЕЕше мутации
гибридизую тся ЕЕа Есномную ДНК. Каждый образец гсееомееой Д Н К протестирован с двумя
пулами праймеров, которые независимо ф ланкируют каждую цепь Д Н К с ЕЕОследующей
достройкой цсЕЕи И лигированием /цея формирования образцов Д Н К , содержащ их региоЕЕЕ>Е
интереса, флаЕЕкированные последовательностями универсальных праймеров. Используя
праймеры иЕЕдексированные, поставляем e,ic в наборе, Д Н К образцы затем aмEEJiифициpyютcя в
НЦР, смеЕЕЕиваЕотся в одну пробирку и секЕЕСнируются на геЕЕстическом секвеЕЕаторс MiSeqDx.
--- стр. 59 ---
;liiii H) la iipaiiMcpoB. ф .иткирую щ м с
ка-к i\ lo iiciii. .'(1 IK
Иодьчова Иодыова
le ii.cKHii Интересующая le ii.cKiiii
ДОНЛ I oo.iacib B'lu 2
ВМ 1Л 2
P7\
w / P5
D P7 P5
A Гибридичация олигонуклеотидных зондов, для определения мутаций RAS
(каждую цепь ДИК независимо фланкируют два пула праймеров)
В Элонгация и лиг ирование
С Присоединение индексов и адаптеров для ссквенирования с помощью
ПЦР
D Конечные амнликоны, готовые к секвенированию на генетическом
секвенаторе MiSeqDx
Процесс работы с набором реагентов Praxis Extended RAS Panel можно кратко описать
следующими стадиями:
СОщанис рабочею кикма
Прежде всего создают рабочий цикл. Генетический секвенатор MiSeqDx использует информацию
о рабочем цикле для идентификации каждою образца и ему соответствующих индексов.
Чтобы со:щать рабочий цикл, используют программу Local Run Manager и модуль анализа данных,
полученных с применением набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. В этот модуль вводят
название образца и индексы для 96-луночного планшета. С модуля можно распечатать схему
нанесения на планшет и использовать эту информацию для постановки реакции в планшете во
время рабочего процесса.
Прт оюв. icHiie биб. iuoick'
--- стр. 60 ---
Библиотеки готовят, используя протокол, подробно описанный в данном руководстве
пол ьзова геля.
C cK'BcimpoBaiinc обрашов па приборе iснегическт! секвенатор MiSe<|l)\
Библиотека, приготовленная с применением набора реагентов Praxis Extended RAS Panel
секвенируется на генетическом ссквенаторе MiSeqDx методом парно-концевого чтения, 141 цикл
с двойным индексированием. Инструкции по выполнению рабочего цикла секвенирования на
генетическом секвенатор MiSeqDx см. в документе Справочное руководство прибора
генетический секвенатор MiSeqDx (документ №10(Ю000021961).
Лвтома гпчс'ское секвепироваппе и апа.т i лапных
Модуль анализа данных, полученных с помощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel
обрабатывает нуклеотиды, сгенерированные на генетическом ссквенаторе MiSeqDx.Это
встроенное программное обеспечение прибора. Модуль анализа выдает подробную информацию,
показывающую наличие в образцах какой-либо из мутаций, включенных в анализ по набору
реагентов Praxis Extended RAS Panel. Дополнительную и} 1формацию по этому программному
обеспечению см. в разделах Справочное руководство к генетическому секвенатору MiSeqDx
«Программный модуль Local Run Manager» (документ №1 ()()()()()()() 11880) и Руководство
справочное для программного обеспечения Local Run Manager для модуля анат за Praxis Extended
RAS Panel (документ № 1000000011875).
Компания «Иллюмина» предлагает следующие средства отслеживания образцов и управления в
лаборатории:
Форма Lab Tracking Form может быть использована для регие грации такой информации, как
имя оператора, информация об образце и индексе, время начала и окончания, номера партий
реагентов и ш 1рих-коды.
Модуль для анализа данных, полученных с помощью набора реагентов Praxis Extended RAS
Panel используется для создания рабочего цикла. Модуль обеспечивает процессы для
pet истрации параметров планщета образцов, например, таких как, наименование образца и
двойные индексы, применяемые в рабочем цикле.
--- стр. 61 ---
Этот раздел содержит информацию о составе набора реагентов Praxis Extended RAS Panel,
используемых расходных материалах и оборудовании, рекомендации по количеству вносимой
ДНК и практические рекомендации по исполнению этапов протокола.
Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel (№ по каталог>' 20012431) содержит следующие
компоненты. Храните компоненты набора реагентов при указанной температуре в
предусмотренных пре-амплификационной и пост-амплификационной зонах.
В связи с тем, что реагенты, используемые до и после амплификации, поетавляются вмеете, важно
их распаковать в пре-амплификационной зоне лаборатории, а затем перенести реагенты,
используемые после амплификации, в надлежащее место хранения в пост-амплификационной
зоне.
Коробка 1А: Реагенты пре-амплификации
Компонент
Буфер для
гибридизации
(Hybridization
Buffer)
Смесь для
удлиннеР1ия-
лигирования
(Extension-Ligation
Mix)
11раймеры
индексированные
Л(Л501)-Н
(Л508) (Index
Primers А (А501) -
Н (А508))
Праймеры
индексированные 1
(А701)- 12 (А712)
(Index Primers 1
(А701)- 12 (А712))
ПЦР полимераза
(PCR Polymerase)
Смесь для ПЦР
(PCR Master Mix)
Количество Заполняемый
ооьем
1 пробирка 4,32 мл
пробирка 4,8 мл
1 пробирка 192 мкл
для каждого
праймера
1 пробирка 128 мкл
для каждого
праймера
1 пробирка 56 мкл
1 пробирка 2,8 мл
Активные ингредиенты
Водный буферный раствор,
содержащий соли и формамид
Водный буферный раствор,
содержащий патентованную
смесь ДПК-полимераз, ДНК-
л и газы и
дезоксинуклеотидтрифосфатов
(dNTP)
Праймеры для ПЦР с
индексными
последовательностями и
адаптерами секвенирования
11раймеры для П1 (Р е
индексными
последовательностями и
адаптерами секвенирования
Патентованная ДПК-полимераза
Водный буферный раствор,
содержащий соли и dNTPs
Хранение
-25 °С - -
15 °С
-25 °С
15 °С
-25 °С - -
15 °С
-25 °С
15 °С
-25 °С
15 °С
-25 °С
15 °С
Коробка 1В: Реагенты для пост-амплификации
--- стр. 63 ---
Микрочастицы для
библиотеки (Library
Beads)
Ячейка проточная
MiSeq™ Dx (MiSeq™
Dx Flow Cell)
1 пробирка 1,2 мл
2 1 проточная
резервуара ячейка
Водный буферный раствор, 2 °С
содержащий твердофазные 8 °С
парамагнитные гранулы
Стеклянная подложка с
ковалентно связанными
ол и го ну кл со гидам и
2 °С
8 °С
Коробка 4: Реагенты для пост-амнлификации
KoMiioiieiii Количество Заполняемый
объем
Буфер MiSeq^^^ Dx SBS (PR2) 2 флакона 500 мл
(MiSeq^” ^^ Dx SBS Solution
(PR2))
Активные
ингредиенты
Водный буферный 2 °С
раствор 8 °С
Хранение
Коробка 5: Реагенты для пре-амплификации
Компонент „ Заполняемый ^ „Количество , Ак'тнвные ингредиенты Хранениеобъем
Планшет
фильтровальный
TruSeq'^ Custom
Amplicon Dx (TruSeq^’^
Custom Amplicon Dx
Filter Plate)
2 планшета 11/П Полипропиленовый 15 °C-
микропланшет с мембраной 30 °С
из модифицированного
полиэфирсульфона
Коробка 5: Реагенты для пост-амнлификации
Компонент Количество Заполняемый
объем
Активные
HIH редиенты
Хранение
Буфер для элюции (Elution
Buffer)
1 пробирка 4,8 мл Водный буферный
раствор
15 °С -
30 °С
Буфер для хранения
библиотек (Library Storage
Buffer)
1 пробирка 3,5 мл Водный буферный
раствор
15 °С -
30 °С
Компонент
11ул праймеров А
(Oligo Pool А -
Extended RAS)
Коробка 6: Реагенты для пре-амплификации
ЗаполняемыйКоличество
1 пробирка
ооъсм
150 мкл
Активные ингредиенты Хранение
Водный буферный раствор, -25 °С - -
содержащий 15 °С
олигонуклеотиды,
нацеленные на гены RAS
--- стр. 64 ---
Пул праймеров В
(Oligo Pool В -
Extended RAS)
Праймеры
кон грольные для
проверки качества (QC
Primers)
1 пробирка 150 мкл
4 пробирки 75 мкл
ДПК контрольная Ш 1я 1 пробирка 220 мкл
проверки качества (QC
Template)
Смесь для
количественной ПЦР
(qPCR Master Mix)
Библиотека
контрольная RAS
(Panel Control -
Extended RAS)
2 пробирки 1 мл
пробирка 8 мкл
Водный буферный раствор, -25 °С
содержащий 15 °С
ол и го ну кл еот и д ы,
нацеленные на гены RAS
Водный буферный раствор, -25 °С
содержащий 15 °С
олигонуклеотиды для оценки
качества образца ДНК
Водный буферный раствор, -25 °С
содержащий геномную ДНК 15 °С
для оценки качества образца
ДНК
Водный буферный раствор, -25 °С
содержащий компоненты 15 °С
реакции количественной ПЦР
Водный буферный раствор, -25 °С
содержащий геномную ДНК 15 °С
для положи гсльного
контроля
Реагенты
10 N NaOH (ютовят из таблеток или используют стандартный раствор)
Буфер ТЕ
Вода, свободная от РНКаз/ДНКаз
10 N NaOl 1 (готовят из таблеток или используют стандартный раствор)
Этанол, 200 для молекулярной биологии
Буфер ТЕ
Вода, свободная от РНКаз/ДНКаз
Прибор I енетнчсскин секвеиатор MiSeqDx, № по каталогу DX-410-1001
TruSeq® Index Plate Fixture Kit, № no каталогу EC-130-1005
TruSeq® Index Plate Fixture & Collar Kit, № no катало! у ЕС-130-1007
Оборудование м магериа-зы для нодготовкн до амн 111(|)нкацнн
1 Реагенты для выделения и очистки ДНК — дополнительную информацию
об выделения ДНК см. в инструкции по применению.
2 Термоблок — необходим один термоблок для 96-луночного планшета для
ПЦР. Термоблок должен обладать следующими техническими характеристиками.
--- стр. 65 ---
Необходимо использовать термоблоки с нагреваемыми крышками.
Диапазон температуры: комнатггая температура +5 °С - 99 °С
Регулирование температур!,!: ±0,1 °С ггри 37 °С; ±0,4 °С при 60 °С
3 Термостаг для образцов — необходим одигг термостат (термостат для
гибридизации). Термостат/ц^гжен обладать следующими техггическими характеристиками.
Диапазон температуры: 10 °С - 100 °С
Регулирование температуры: ±0,2 ®С
4 Насгольиая центрифуга - необходима одгга настольная центрифуга. (Д/гя
постамплификационггой зоны требуется отдельная). Приемлема J!юбaя центрифуга для
плагнггетов, ггозволяюншя достичь скоростей, указаггггых в ггротоколе (от 280 до 2400 х g).
3 Микроцентрифуга — одна микроцеггтрифуг а ДJ!Я центрифужных
микроггробирок.
ь Прецизионные пипетки — необходим один комплект высокоточггых
ггиггеток. (Дгя постамплификационной зоны требуется отдельный набор пипеток).
Ис!!Ользование прецизионных пипеток необходимо дгя обеспечения точного в!!есения
реагентов и исследуемых образцов. Мож!го использовать одноканалыгые шги
многоканальные пипетки при условии их рсгу;гярной калибровки и точггости в пределах 5%
указанного объема.
7 Роликовое или клиновидное уезройство для запечатывания планшетов —
роликовое или клигговиднос устройство для запечатывания гигаггшетов необходимо для
запечатываггия MHKporrjrarrmcroB.
5 Расходные магериалы — необходимы следующие расходные материалы.
96-луночные или 384-луггочггыс огпические планшеты и плеггки для ПЦР
96-Лу!!ОЧ!!Ь!С П Л аЩ Н СТЬ! Д Л Я ИЦР с юбкой, 0,2 мл, из ПOЛИ!!pO!!И^!eнa или ЭКВИВале!!Т!!ЫС
96-лу1!ОЧ!1ые плагшгсгы Д1гя хранения, 0,8 мл (планигеты MIDI)
{
Г 11РИМ1 ЧЛ11111
Убедитесь, что 96-луночный плагшгет хорошо подходит к магнитггому нпативу.
Сфиггы на восемь пробирок для ПЦР
Ванночка (j!otok) для растворов, ПВХ, свободггый от РНКаз/ДНКаз
Усфойство для термического запечатывания микрогиганшетов
f
г IIPIIMI ЧАШИ
При отсутствии устройства для термического запечагывания микроплагггггетов
можно использовать адгезивную плеггку из aJ!Юминиeвoй фольги.
Адгезивная плеггка из aJ!юминиeвoй фольги
Подходящие нленки для ИЦР-планшетов
Накоггечггики для пипеток с аэрозольным фильтром
Обору лова гг не гг \гатернал 1.1, 1!сно. 1!,зусмг,!с после а.мгглнфггкацгт
1 96-луночная или 384-луиочная сисгема детектирования для
количественной полимеразной ценной реакции (ПЦР) в режиме реального времени
необходима одна система детектирования для количествеггггой ПЦР в режиме реального
времени. Система должна иметь наг реваемую крышку и поддерживать 96-луночный или 384-
луночный формат и обладать следующими техническими характеристиками..
‘ Минимальный диапазогг температург,г: 37 °С - 95 °С
' 1 очность/однородность: ±0,5 °С
Краситель: РАМ
2 Термоциклер — необходим один термоциклер. Термоциклер должен иметь
нагреваемую крьггггку и oбJгaдaть следующими техническими характеристиками:
Минимальнг,гй диаггазон конфоля температуры: 4 °С - 99 °С
--- стр. 66 ---
Точность контроля: ±0,3 ®С
Оптическая прокладка для компрессии — оптическая прокладка для
компрессии рекомендуется для обеспечения надлежащей температуры пленки между
термоциклером для ПЦР и реакционными планшетами при использовании клеящихся пленок
для планшетов.
Шейкер для микроплапшетов — для работы в ностамплификационной :юне
лаборатории необходим один шейкер для микропланшетов, шейкер для микропланшетов
должен обладать следующими техническими характеристиками.
Максимальная скоросгь перемешивания; 3000 об/мин
Диапазон скорости перемешивания: от 200 до 3000 об/мин
Настольная центрифуга- необходима одна настольная цстрифуга.
(Отдельная центрифуга требуется для преамнлификационной зоны). Приемлема любая
центрифуга /щя планшетов, позволяющая достичь скоростей, указанных в протоколе (от 280
до 2400 X g).
Термоблок — необходим один термоблок для пробирок. Термоблок должен
обладать следующими техническими характеристиками.
Диапазон температуры: »5 ®С - 99 °С
Ршулированис температуры: ±0,1 °С при 37 °С; ±0,4 °С при 60 °С
Магнитный штатив необходим один магнитный штатив для 96-луночного
планшета. Лучшая воспроизводимость отмечена при расположении магнитов сбоку, а не на
дне штатива.
Прецизионные пинегки — необходим один комплект прецизионных
пипеток. (Для работы в преамплификационной зоне требуется отдельный комплект).
Использование прецизионных пинеток необходимо для обеспечения точного дозирования
вносимых реагентов и исследуемых образцов. Можно использовать одноканальные или
многоканальные пипетки при условии их регулярной калибровки и точности в пределах 5%
указанного объема.
Принадлежиосгн для i сль-электрофореза необходимые принадлежности
и прибор для 'электрофоре:^ должны соответствовать методике окрашивания для
визуализации продуктов ПЦР в геле.
Расходные материалы — необходимы следующие расходные материалы.
96-луночные планшеты для ИЦР с юбкой, 0,2 мл, из нолинронилена или эквивалентные
96-луночныс планшеты для хранения, 0,8 мл (планшеты MIDI)
10
Г
11РИМ1.ЧЛ11111
Убедитесь, что 96-луночный планшет хорошо подходит к магнитному штативу.
2-4%-ный агарозный гель на трис-боратном буфере (ТБЕ)
Маркер молекулярной массы ДНК 100 н. о.
' Краситель для нанесения ДНК на гель
‘ Конические пробирки емкостью 15 мл
* Центрифужные микропробирки
‘ С трипы на восемь пробирок для ПЦР
^ Ванночки (лотки) для растворов, из ПВХ, свободные от РНКа:^/ДНКаз
• Клеящиеся пленки для запечатывания планшетов
^ Наконечники для пипетокс аэрозольным фильтром
Метод ПЦР часто используют в лаборатории для амплификации определенных
последовательностей ДНК. При несоблюдении надлежащих правил работы в лаборатории
продукты ПЦР могут загрязнять реагенты, приборы и образцы геномной ДНК, что приводит к
Документ № 1000000037191 vOO
ДЛ>1 ЛИАП1()СЛ'ИКИ 1N VITRO
--- стр. 67 ---
Руководство справочное к набору реагенюв Praxis Extended RAS Panel
неправильным и недостоверным результатам. Контаминация продуктами ИЦР может привести к
задержке или прекращению работы лаборатории.
Убедитесь, что лаборатория организована надлежащим образом, чтобы уменьщать риск
контаминации продукгами ПЦР:
Физическн разделнгс нрс- н постамплификационную зоны
Лабораторные площади, где выполняют процессы подготовки образцов к амплификации
(выделение, количественное определение и нормализация ДНК), должны быть отделены
от лабораторных площадей, где выполняют процессы после амплификации.
Для промывки лотков, используемых до и после амплификации, никогда не используйте
одну и ту же раковину.
Нив косм случае не используйте одну и ту же систему очистки воды для процессов
подюговки к амплификации и выполняемых после амплификации.
Храните все используемые в протоколах расходные материалы в прсамплификационпой
зоне и по мерс необходимости переносите их в постамплификационную зону.
Использование специального оборудования и расходных материалов
Выделите полные комплекты оборудования и расходных материалов (пипетки,
центрифуги, термостат, термоблок и т. д.), специально предназначенные для процессов,
выполняемых до и после амплификации, и ни в коем случае не используйте одни и те же
комплекты для разных процессов.
Выделите специальные зоны хранения (холодильники и морозильные камеры) для
хранения расходных материалов, используемых до и после амплификации.
В связи с тем, что peat енты, используемые до и после амплификации, перевозят вместе, важно
распаковать peai енты в преамплификационной зоне лаборатории, а загем перенести реагенты,
используемые после амплификации, в надлежащее место хранения в нос 1амплификацион 1юй
зоне.
Для предотвращения контаминации продуктами 1ЩР важно разработать лабораторные
стандартные операционные процедуры и следовать правилам надлежащей лабораторной
практики. Компания «Иллюмина» рекомендует проводить ежедневную и еженедельную влажную
уборку лабораторных помещений 0,5%-ным раствором гипохлорита натрия (10%-ным
отбеливателем).
I 111М;ЛУ111>|;ЖД1,11111
j Чтобы предотврагить деградацию исследуемого образца или реагента, перед началом
любого процесса работы убедитесь, что все пары моющего раствора полностью
улетучились.
F’/кетевная влажная уборка преам 11лмфикапи 01пю 11 пшы
Ежедневная влажная уборка преамплификационной зоны 0,5%-ным раствором гипохлорита
натрия (10%-ным отбеливателем) помогает устранить продукты ПЦР, которые могли попасть в
прсамплификационную зону.
Определите преамплификационные зоны, представляющие наибольший риск контаминации, и
промывайте эти зоны 0,5%-ным раствором гипохлорита натрия (10%-ным отбеливателем) до
начала любых процессов подготовки образцов к амплификации. Зоны высокого риска мог^т
включать следующее:
Рабочие поверхности столов
Дверные ручки
Ручки дверцы холодильника/морозильной камеры
--- стр. 74 ---
Смесь содержит дополнительный объем.
Смесь ;и 1я количественной ПЦР (qPCR Master Mix) (384-луночный формат)
Расходные материа.чы мкм па .iviika мкм на 36 peaKimii
Смесь для количественной ПЦР (qPCR
Master Mix) 5,0 мкл
Праймеры контрольные для проверки ^ ^
качества (QC Primers) мкл
205 мкл
33 мкл
90 мкл Вола, свободная от РНКаз/ДИКаз 2,2 мкл
Смесь для количественной ПЦР (qPCR Master Mix) (96-луночный формат)
Расходные материа. 1ы мкм па луикл мкл па 36 peaKiiiiii
Смесь для количественной ПЦР (qPCR
Master Mix)
Праймеры контрольные для проверки
качества (QC Primers)
Вода, свободная от РНКаз/ДНКаз
9
10
10,0 мкл
1,6 мкл
4,4 мкл
410 мкл
66 мкл
180 мкл
Тщательно, но осторожно перемешайте реакционную смесь.
До использования поместите реакционную смесь в защищенное от света
место.
12
13
14
16
Чтобы было удобнее перемешивать многоканальной пипеткой, отберите
аликвоту смеси в лоток или стрип па восемь пробирок.
Добавьте 8 мкл (384-лупочный формат) или 16 мкл (96-луночный формат)
смеси в каждую лунку планшета для количественной ПЦР. Внимательно следите за точным
переносом в лунки, поскольку незначительные изменения повлияют на результаты анализа.
Добавьте в каждую лупку планшета 2 мкл (384-луночный формат) или 4 мкл
(96-лупочный формат) разведенной ДНК контрольной для проверки качества (QC Template),
разведенных исследуемых образцов или воды, свободной oi РНК'ат/ДМКан Внимательно
следите за точным переносом в лунки, поскольку незначительные изменения повлияют на
результаты анализа.
Запечатайте планшет подходяшей пленкой для прибора, стараясь избежать
перекрестной контаминации и попадания на поверхность крышек. Убедитесь, что пленка
наклеена правильно и планшет запечатан равномерно.
При необходимости поместите планшет в адаптер и центрифугируйте планшет
при 1000 X g в течение 1 минуты.
Убедитесь, что пленка не содержит какой-либо жидкости или пыли, поместите
планшет в прибор для количественной ПЦР в правильной ориентации, затем закройте
крышку и проводите количественную ПЦР в соответствии со следующим температурным
профилем:
«Горячий» старт
50 ®С в течение 2 минут
95 ®С в течение 10 минут
х40
95 °С в течение 30 секунд
57 °С в течение 30 секунд
72 °С в течение 30 секунд
Подтвердите, что прибор фиксирует изображения после стадии 72 °С.
--- стр. 75 ---
ПРИМРЧЛНИЕ
Во избежание ошибки измерений из-за фона, пороговое значение Cq следует
настроить гак, чтобы оно подходило для используемого прибора.
17 После последнего этапа термоциклер выполняет анализ образцов. Убедитесь,
что графики амплификации ДНК котрольной для проверки качества (QC Template)
соответствуют ожидаемым (см. кривые амплификации зеленого цвета на рисунке ?). В
большинстве систем Cq амплификации образца ДНК контрольной для проверки качества
(QC lemplate) соответствует приблизительно 15-22 циклам. Исключите из группы трех
повторностей те, которые отличаются от основной группы на >0,5 Cq. Две из трех
повторностей < 0,5 Cq должны быть включены в окончательные вычисления. Если эти
критерии качества не выполнены, для таких образцов следует повторить процесс оценки
качества.
iliniMI ЧАШИ
Если 4 или более на 10 образцов из постановки имеют исключенные повторности,
это указывает на технические ошибки, поэтому процесс оценки качества следует
пов торить для всех образцов.
11РНМ1-ЧЛ11И1
Если амплификация двух или более повторностей не происходит, для таких образцов
следует повторить процесс оценки качества.
11овторности, для которых кривые амплификации отличаются от ожидаемых,
следует исключить (см. кривые амплификации синего цвета на рнсунко 3).
Оценка качества образцов* методом количественной ПЦР
f
“Г'
* Оценку качества образцов ДНК, как показано на рисунке 3 , для использования в создании
библиотек для секвенирования следующего поколения, проводили методом количественной
полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием указанных в
тексте параметров. На графике показаны кривые амплификации количественной НЦР,
полученные для этих образцов.
Фналстовая линия nopoi овая линия Cq
Кривые синего цвета повторности ДНК с отклонением профилей амплификации,
которые должны быть исключены из расчетов dCq
Кривые зеленого цвета повторности ДНК с ожидаемыми кривыми амплификации.
--- стр. 76 ---
которые можно использовать лля расчетов дельта Cq
1*-? Среднее значение Cq ДНК контрольной для проверки качества (QC l emplate)
вычитают из среднего значения Cq каждого образца (среднее значение Cq образца - среднее
значение Cq ДНК конфольной для проверки качества (QC Template) для получения значений
дельта-Cq для каждого образца. Записывают значения дельта-Cq и коэффициенты разведения
образца. Коэффициенты разведения образца определяют на основании рекомендаций в
lao.miie 16.
20 Убедитесь, что амплификация NTC происходит по меныней мере через 10
циклов после амплификации мафицы для КК.
llPllMI.MAimi.
Если NTC не проходит, повторите весь процесс оценки качества для всех образцов.
Примеры расчетов dCq
Пример №
1
Конечные
Повторность Повторность Повторность значения
1 2 3 включенные
в расчеты Cq
24,80
Среднее
значение dCq'^
Cq
25,11 25,06 Все 24,99 6,87
Дсйс 1вня; Не соответствует фебованию к dCq (<5,00). Образец не соответствует
фебованиям качества для анализа.
17,22 18,58 17,9: Пет Н/П Н/11
Лс»1с1 вня:
3
Лс1 1с I вня;
Исключите повторности с >0,5 Cq разницей от остальных фех повторностей.
Процесс оценки качества образца необходимо повторить, поскольку
требуется как минимум две действительные повторности.
22,45 22,63 23,52 22,45 и 22,63 22,54 4,42
Исключите повторности с отличием >0,5 Cq от остальных фсх повторностей.
Рассчитайте dCq с использованием значений для двух действительных
повторностей. Требование к dCq выполнено (<5,00).
21,56 21,73 21,48 Все 21,59 3,46
Лейс 1 вня: Образцы соответствуют фебованиям качества, где значения фех
повторностей не отличаются на >0,5 Cq. Требование к dCq выполнено (<5,00).
18,21 18,50 19,04 Все 18,70 0,58
Лене Iвня:
ДПК
контрольная для
проверки
качества (QC
Template)
(tipiiMcp 1)
Лене Iвня:
Образцы соответствуют требованиям качества, i дс значения трех
повторностей не отличаются на >0,5 Cq. Требование к dCq выполнено (<5,00).
о17,86 18,11 18,40 Все 18,12
ДПК конфольная для проверки качества (QC Template) соответствует
фебованиям качества, г де значения трех повторностей нс отличаются на >0,5
Cq. ДПК контрольная для проверки качества (QC Template) прошла контроль
качества (среднее значение Cq >15 и <22).
Кон I ро.1Ьные расчеты
МС
(о I р I ша те. 1ь ны i i
26,00 25,64 25,83 Все 25,82 7,7
--- стр. 107 ---
Ячейку проточную промывают, высушиваю! и аагружаюг в прибор генетический секвенатор
MiSeqDx, образцы загружают в каргридж, каргридж зафужают в генетический секвенатор
MiScqDx и начинают iipoi on ссквепировапия. Гспсгичсский секвенатор MiSeqDx выполняет
сгадии образования кластеров, ссквепировапия пу тем синтеза и анализ данных.
Расчеп 1ос время
Общая продолжительность секвепировапия; ~28 часов
Ручные операции; -5 мин
Храпение Посгавшик
-25 °С - -15 °С «Иллюмина»
Расхошые маlepna.ibi
Позиция Количество
Картридж MiSeq^'^'Dx
SBS v3 (MiSeq™ Dx
SBS Cartridge v3)
1
предварительно
паполпеппый
картридж
Буфер MiSeq™ Dx SBS
(PR2) (MiSeq™ Dx SBS
Solution (PR2))
1 флакон
Ячейка проточная
MiSeq^'^'Dx (MiSeq^"^^
Dx Flow Cell)
1 проточная
ячейка
2 °С - 8 °С
2 °С - 8 °С
Коробка в
наборе
«Иллюмина»
«Иллюмина» ЗИ
Подробное описание перечислеппых выше стадий см. в документе Справочное руководство к
прибору генетический секвенатор MiSeqDx (документ №1000000021961).
1 Чтобы проколоть уплотнитель с мембраной из алюминиевой фольги над резервуаром на
картридже MiSeq™ Dx SBS v3 (MiSeq''^ Dx SBS Cartridge v3), маркированный .Загрузка
образцов (Load Samples), используйте отдельный чистый пустой наконечник для пипетки
на 1 мл.
2 Перенесите пипеткой 600 мкл библиотеки образцов DAL в резервуар Загрузка образцов.
Старайтесь избегать касания уплотнителя с мембраной из алюминиевой фольги при
перенесении образцов.
3 Проверьте наличие пузырьков воздуха в резервуаре после зафузки образца. При наличии
пузырьков воздуха осторожно постучите картриджем по столу, чтобы выпустить пузырьки.
--- стр. 108 ---
Загру'жа библиотек
8
9
10
12
13
Введите имя польювателя и пароль в операционное программное обеспечение MiSeq
(MOS), испольчуя нро 1'рамму Local Run Manager.
iipiiMi члмт
Если в программу }а 1ружсны данные предыдущего пользователя, перед загрузкой
данных выберите команду «Log Off» (Выйти из сиеземы). Подтвердите, ч го
отображается правильное имя пользователя или регис грационные данные.
На главной странице выберите «Sequence» (Последовагельность).
Выберите прогон из перечня.
Подтвердите установку параметров прогона.
Очистите ячейку проточную.
Загрузите ячейку проточную.
Опорожните флакон с отходами и зафузите флакон с буфером MiSeq*'^ Dx SBS
(PR2) (MiSeq™ Dx SBS Solution (PR2)).
Заг рузите картридж.
Прогон запускается автоматически после прохождения предварительной проверки.
Выполните промывку после прогона.
--- стр. 109 ---
[Эта страница специально оставлена пустой]
--- стр. 171 ---
10
хранения при температуре от 2 °С до 8 °С до указанной даты истечения срока годности.
Буфер для интенсивной отмывки
Буфер универсальный, промывочный
Микрочастицы ;ц 1я очистки ПЦР-продуктов
Микрочастицы ; 1ля библиотеки
Раствор промывочный для нормализации библиотек
Буфер MiSeq™ Dx SBS (PR2)
Ячейка проточная MiSeq™ Dx
Буфер MiSeq^^^Dx SBS (PR2) и ячейка проточная MiSeq^^Dx предназначены только для однократного
применения.
Указанные ниже реагенты транспортируются при температуре окружающей среды и сгабильны
в условиях хранения при комнатной температуре до указанной даты истечения срока годности.
Буфер для элюции
Планшет фильтровальный lYuSeq'^ Custom Amplicon Dx
Буфер для хранения библиотек
Фильтровальный планшет предназначен только для однократного исполг.зования.
Изменения физических свойств реагентов, пocтaвJгяeмf>гx в наборе, могут свидетельствовать об
ухудгггении их качества. При появлеггии измеггений физических свойств, наггример, видимого
измеггения цвета или ггомутнения pear ентов, когорое CBHjieTejrbCTnyeT о микробггой контаминации, не
используйте эти реагенты.
В таких реагентах, как буфер для г ибридизации, буфер для интенсивной отмывки и разбавитель
для разггедеггия библиотек при нормализации, могут образоватг^ся видимгле осадки или крисгалльг.
Перед ггсполг,зоваггием тщательно перемешайте их на вортсксе, а затем осмозрите визуальгго, чтобы
убедитг.ся в огсутствии осадков.
При работе с микрочастицами для очистки ПЦР-продуктов и с микрочастицами дггя библиотеки
соблгодай ге следующие гграктические рекомеггдации:
Не замораживайте микрочастицы.
Выдерживайте микрочастицы до достижеггия комнатной темггературы.
Нспосредственгго перед иеггользованием тгцательно ггеремепгайте микрочастицы на вортексе до
одггородггого цвета.
После добавлеггия микрочастиц тщательно перемегпайтс образец ггипсткой (вверх и вниз 10 раз).
Алглерггативгго тщагельгго перемегиайтс исследуемые образцы гга шейкере.
Инкубируйте смесь образца с микрочастицами при комггатной температуре в течение указанггого
периода времени.
Следуйте инструкциям по использованию магггитного гггтатива. Перед удалением раствора
дождитесь, ч гобы он стал прозрачным. Удерживая планшет на магггитном игтативс, медленгго
отбирайте суггернатант, стараясь гге затрагивать отдел ивпгиеся микрочастицг,г.
11лагггку ПЦР можно оставить на термоциклере на ночь или храггить при температуре от 2 °С до
8 °С до 2 суток. Перед храггением плашки ггри 2 °С - 8 °С тщательно заггечатайте ее.
J пр1:дуп1Ч:ЖД1-пп1:
Не замораживайте микрочастицы для библиотеки или их смесь с разбавителем для разведения
библиотек при нормализации, если не собираетесь использовать их сразу.
Разведеннуго библиотеку ампликонов можно хранить при температуре от -25 °С до -15 °С в
течение 30 суток.
Оборудование п материалы
Необходимое оборудование и материалы, посгавлиемые отдельно
1 Прибор генетический секвенатор MiSeqDx, № по каталогу DX-410-1001
2 Набор TruSeq® Index Plate Fixture Kit, № no каталогу FC-130-1005
3 Набор TruSeq Index Plate Fixture & Collar Kit, № no катазгогу FC-130-1007
Необходимое оборудование н ма1ерналы, не поставляемые с набором
Ar^rvc i 2017 г. ;Доку\геггг № 1()0(Ю00037190 vOO
--- стр. 172 ---
()ГюрудоБаиие и материалы, используемые до амплификации
1 Реагенты для выделения и очиетки ДНК см. /Ь/и ///АНа eipaimite I \
2 Термоблок - необходим один термоблок для 96-луночной плашки для ГИДР. Термоблок должен
иметь следующие технические характеристики. Необходимо использовать термоблоки с нагреваемыми
крышками.
Диапазон температуры: от 5 °С до 99 °С
Регулирование земпературы: +0,1 °С при 37 °С; ±0,4 °С при 60 °С
3 Термоста ! для образцов — необходим один зермостат (термосзат для гибридизации).
Термостат должен иметь следующие техничеекие характериез ики.
Диапазон температуры: 10 °С - 100 °С
Регулирование земпературы: ±0,2
4 Настольная цен грифуга - необходима одна настольная цензрифуга. /1дя работы в
постамплификационной зоне требуется отдельная ценз рифуга. Приемлема любая центрифу 1а для
плашек, позволяющая достичь скоростей, указанных в протоколе (от 280 до 2400 х g).
5 Мнкроцентрнфуга — одна микроцентрифуга для цензрифужных микроиробирок.
Ь Прецизионные нипегки - необходим один комплект высокоточных пипезок (для работы в
постамплификационной зоне требуется отдельный комплект). Использование высокоточных пипеток
необходимо для обеспечения точного внесения рсагепзов и исследуемых образцов. Можно
использовать одноканальные или многоканальные пипетки при условии их регулярной калибровки и
точности в пределах 5% указанного объема.
7 Роликовое или клиновидное устройство для занечагывания нлашск — необходимо для
:запечатывания плашек для ПЦР.
8 Расходные материалы — необходимы следующие расходные материалы.
96-луночмые или 384-лупочные оптические ПЦР-плашки и пленки
96-луночные плашки для ИЦР с юбкой, 0,2 мл, из полипропилена или эквивалентного материала
96-луночные плашки для хранения, 0,8 мл (плашки MIDI)
Г- ПРИМ! Ч \11И1,
Убедитесь, что 96-луночпая плашка подходит к магпигиому штазиву.
Стрипы па восемь пробирок для П1 (Р
Ванночка (лоток) для растворов, ПВХ, свободная от РНКаз/ДИКаз
Устройство для термического запечатывания плашек
(. 11РИ\11,Ч.\11И1
При озеутствии уегройегва для термического запечатывания плашек можно иепользовазь алюминиевую
фольгу.
Алюминиевая фолыа
Подходящие пленки для ПЦР-плашек
' Наконечники для пипеток с аэрозольным фильтром
Оборудование и мазериады. используемые иос.зе амиди(|)икации
1 96-луночная или 384-луночная система дегсктирования для количесгвеннон полимеразной
ценной реакции (ПЦР) в режиме реальною времени — необходима одна система детектирования
для количественной ПЦР в режиме реального времени. Система должна обладать следующими
техническими характеристиками. Кроме того, система должна иметь нафеваемую крышку и
поддерживать 96-луночный или 384-луночный формат.
► Минимальный диапазон земпературы: 37 °С - 95 °С
' Гочность/однородность: ±0,5 °С
• Краситель: FAM
2 Термоциклер — необходим один термоциклер. Термоциклер должен иметь нафеваемую
крышку и обладать следующими техническими характеристиками:
Минимальный диапазон контроля температуры: 4 °С - 99 ®С
' Точность контроля: ±0,3 °С
3 Оптическая компрессионная прокладка— оптическая прокладка для надавливания
--- стр. 173 ---
рекомендуется для обеспечения на; 1лежашей термоизоляции между термоциклером и реакционными
плашками при использовании пленок для плашек.
Шейкер для плашек — для работы в постамплификационной зоне лаборатории необходим
один шейкер для плашек. Шейкер для плашек должен иметь следующие технические характеристики.
Максимальная скорость перемешивания: 3000 об/мин
' Диапазон скорости перемешивания: от 200 до 3000 об/мин
Настольная центрифуга - необходима одна настольная цен грифуга. Для работы в
преамплификационной :юне требуется отдельная центрифуга. Приемлема любая центрифуга для
плашек, позволяющая достичь скоростей, указанных в протоколе (от 280 до 2400 х g).
Термоблок— необходим один термоблок для пробирок. Термоблок должен обладать
следующими техническими характеристиками.
Диапазон температуры: от +5 °С до 99 °С
Регулирование температуры: ±0,1 °С при 37 ®С; ±0,4 °С при 60 °С
Магни 1нын шлатнв — необходим один магнитный штатив для 96-луночной плашки. Лучшая
воспроизводимость отмечена при расположении магнитов на боку, а не на дне штатива.
Прецизионные пинетки — необходим один комплект высокоточных пипеток. (Для работы в
преамплификационной зоне требуется отдельный комплект). Использование высокоточных пипеток
необходимо для обеспечения гочного внесения peai cH T O B и исследуемых образцов. Можно
иснолыювать одноканальные или многоканальные пипетки при условии их регулярной калибровки и
точности в пределах 5% указанног о объема.
Принадлежносги для гель-элект рофореза — необходимые принадлежности и прибор для
:злек1рофореза должны соответствовать методике окрашивания для визуализации ПЦР-продуктов в
геле.
Расходные материалы — необходимы следующие расходные материалы.
96-луночные плашки для ПЦР с юбкой, 0,2 мл, из полипропилена или эквивалентного материала
* 96-луночные плашки для хранения, 0,8 мл (планшеты MIDI)
10
( limvil ЧД 11И1
Т" Убедитесь, что 96-луночн;гя плашка подходиг к магнигному шгативу.
2-4%-ный агарозный гель на трис-боратном электрофорезном буфере (ТБЕ)
Маркер молекулярной массы ДНК 100 н. о.
Краситель для нанесения ДНК на гель
Конические пробирки емкостью 15 мл
Цетрифужные микропробирки
Стрипы на восемь пробирок для ПЦР
Ванночки (лотки) для растворов, ПВХ, свободные от РНКаз/ДНКаз
Пленки для запечатывания планшета
Наконечники для микропипеток с а;зро:юльным фильтром
О гГюр, перевозка и хранение образцов
Оценка ткани
Для работы с набором реагентов Praxis Extended RAS Panel используют образцы ДНК, выделенной из
фиксированных формалином и залитых в парафин (FFPE) образцов ткани колоректального рака (CRC).
Подготовка образцов тканей FFPE CRC для выделения ДНК:
1 С помощью чистого стерильного скальпеля озрежьте излишний парафин от ткани. Для
выделения ДНК используйте серийные срезы.
2 Используйте срезы, содержащие >50% опухолевой ткани по площади без макродиссекции.
3 Для срезов, в которых площадь опухолевой ткани составляет менее 50%, обогащение
опухолевой ткани проводят путем макроскопического препарирования срезов до получения >50%
опухолевой ткани но площади. Чтобы максимально увеличить общую площадь ткани, фиксированной
на предметном стекле, рекомендуется макроскопическое препарирование до получения 50%
--- стр. 174 ---
опухолевой ткани по площади.
Увслпчсппс оощеП ii.ioma/in ткани. (|)пкспроваппоГ| па прс.аменюм стекле, во время
MaKpocKomiMccKoro препарироват1пя
Содержание опухолевой ткани но нлоша,1и еоетавляет 20%. Проводят макроекопичеекое препарирование до
получения >50% опухолевой гкапи по площади,
макеимально увеличивая при л ом общую площа;ть
гкапи, фиксированной на предмел ном сгекле.
Г
■'Г
Совокупная площадь ткатти равна общей площади ткани па количество срезов для общего
количества срезов толщиной 5 мкм. Для получения оптималытых резулт^татов рекомендуемая
совокупная площадь ткатти при использовании срезов толтциной 5 мкм составляет 240 мм^ или более
при содержании опухолевой ткани >50% по плотцади. Для оптимальттого ттыхода ДНК истюльзуйте как
миттимум 8 срезов толщиттой 5 мкм и;ти эквивалентное количество серийтттлх срезов другой тоттщиттьт.
iimMi'.MAiiiii
11ри оттределении еовокуттной ттлощади ткани следует использовать площадь ткатти. нолученттой
макроскопическим препарированием.
Рсксшеплусмая совокуттпая плоптадт. ткани состав. 1яет .240 мм’
ч
Для одного предметного стекла в соответствии с
|ребованнями:
Проводя т- макроскопическое преттарирование до получеттия
>50% опухолевой ткатти по ттлотттади, максимально увеличивая
ттри этом общую площадь т катти. фиксироваттной тта
предметтюм стекле.
Рекомендуемая совокупная площадь ткани:
Для срезов толщиной 5 мкм совокупная площадь
ткани, содержащей >50% опухо;тевой ткатти по
ттлощтии. cocTaBJTBCT 240 мм^. Для опти.мальтюго
выхода ДНК используйте как минимум восемь
предметттых стекол.
5 При исполт>зоваттии срезов толщиной 5 мкм минимальттая совокуттная ттлоптадь ткани,
содержащей >50% опухолевой ткатти по ттлоптади, составзтяет 80 мм^. Для серийных срезов другой
толщитты можно также исполт>зоват ь эквивалентнуто совокупттую штощадь ткани.
Мттттпмщтытая совокуттная 1Тлотпадт> т катттт состатзляет 80 \т.м-
Для одного нрсдме1ного стекла в соответствии с Минимальная совокупная площадь ткани:
--- стр. 189 ---
7 Инкубируйте в течение 5 минут при комнатной температуре для денатурации контроля
внутреннего PhiX (PhiX Internal Control) до отдельных нитей.
8 Для получения раствора PhiX в буфере для разведения библиотек (Library Dilution Buffer)
объедините следующие объемы буфера для разведения библиотек (Library Dilution Buffer) и
денатурированного разведенного контроля внутреннего PhiX (PhiX Internal Control).
Денатурированный разведенный контроль внузренний PhiX (PhiX Internal Control) (20 мкл)
Предварительно охлажденный буфер для разведения библиотек (Library Dilution Buffer) (980 мкл)
Иизуалькая проверка карзриджа с peai си гами
1 Переверните картридж с реагетами десять раз, чтобы перемешать оттаявшие реагенты, а затем
проверьте, что оттаяли все положения.
111П1МГ.Ч лит.
Для качественног о секвенирования важно, чтобы реагенты в каргридже нолноетью озтаяли и были
однородными.
Проведите визуальный осмотр реагентов в положениях 1,2 и 4, чтобы убедиться, что они
полностью однородны и не содержат осадков.
Осторожно постучите картриджем по столу, чтобы устранить пузырьки воздуха в реагентах.
i
Г IliMlMI ч.мии
Трубки системы подачи образцов M iSeq D x доходят до дна каждого резервуара для отбора реагентов,
поэтому важно, чтобы в резервуарах нс было пузырьков воздуха.
i До готовности к началу riporoFia поместите картридж с реагентами на лед или держите при
температуре от 2 °С до 8 °С (до 6 часов). Для получения лучших результатов, переходите
непосредственно к загрузке образца и запуску прогона.
1о;и отовка oopajiioit д.зя секвсиироваиия
10
Г1
Доведите буфер для разведения библиотек (Library Dilution Buffer) до комнатной температуры.
Перемешайте на портексс и убедитесь, что все осадки полностью растворились.
Центрифугируйте планшет SGP при 1000 х g при комнатной температуре в течение 1 минуты.
Извлеките из упаковки новую центрифужную микропробирку (далее обозначенную как
пробирка PAL).
Определите образцы ;шя объедирюния, которые предназначены для секвенирования. На каждый
прогон секвенирования максимально можно объединить 12 образцов/24 библиотеки.
Перенесите по 10 мкл каждой библиотеки для секвенирования из планшета SGP, колонку за
колонкой, в стрип для ПЦР на восемь пробирок. Запечатайте планшет SGP клеящейся пленкой для
планшетов.
Обт.единиге и перенесите содержимое стрипа для ПЦР на восемь пробирок в пробирку PAL.
Тщательно перемешайте содержимое пробирки PAL.
Извлеките из упаковки 3 6 новых центрифужных микропробирок (далее обозначенных как
пробирка DAL).
Добавьте в каждую пробирку DAL 784 мкл буфера для разведения библиотек (Library Dilution
Buffer).
Добавьте в каждую пробирку DAL 8 мкл раствора контроля внутреннего PhiX (PhiX Internal
Control) в буфере для разведения библиотек (Library Dilution Buffer).. Перемешайте пипеткой (3-5 раз
вверх и вниз), чтобы промыть наконечник и гарантировать полный перенос.
Перенесите в каждую пробирку DAL, содержащую буфер для разведения библиотек (Library
Dilution Buffer)., по 8 мкл из пробирки PAL. Перемешайте пипеткой (3-5 раз вверх и вниз), чтобы
промыть наконечник и гарантировать полный перенос.
Перемешайте содержимое пробирки DAL на вортексе при максимальной скорости.
iimvii члпт.
Разведенную библиотеку D A L можно хранить при температуре от -25 °С до -15 °С в течение 30 суток.
--- стр. 190 ---
12 Ценфифугируйте одну пробирку DAL при комнатной гсмпературе в течение 1 минуты, чтобы
собрать содержимое.
13 Инкубируйте пробирку DAL в тсрмоблокс при 96 °С в течение 2 минут.
I IIPI ЛУ11Р1;жл1;ит
J Соблюдайге осторожность при извлечении пробирки. Пробирка и термоблок могут бьп ь горячими.
14 После инкубации переверните пробирку DAL 1-2 раза, чтобы перемешать содержимое, затем
сразу перенесите на ледяную баню.
15 Выдержите пробирку DAL на ледяной бане в течение 5 минут.
iiiniMi члит.
Чтобы гарантировать эффективную загрузку матрицы в ячейку проточную MiSeq™ Dx (MiSeq™
Dx Flow Cell), стадию термической денатурации псоб.ходимо выполнять непосредственно перед
загрузкой содержимого DAL в картридж с реагентами MiScqDx. 11робирки DAL с новторпоезями
необходимо подвергать термической денатурации нспосредствсцно перед зафузкой генетического
ссквенатора MiSeqDx.
Ссквепировапие библиотеки
Мсголик'а
Подробное описание персчислершых выше стадий см. в документе Руководство справочное прибора
генетический секвенатор MiSeqDx для MOS (документ № 1000000021961).
1 Чтобы проколоть прокладку-уплотнитель с мембраной из алюми}шсвой фольги над резервуаром
на картридже MiSeq™Dx SBS v3 (MiSeq™ Dx SBS Cartridge v3), c маркировкой Загрузка образцов
(Load Samples), используйте чистый наконечник для пипетки на 1 мл.
2 Перенесите пипеткой 600 мкл библиотеки DAL в резервуар Загрузка образцов (Load Samples).
Старайтесь избег ать касания прокладки-уплотнителя с мембраной из алюминиевой фольги при
внесении образца.
3 Проверьте наличие пузырьков воздуха в резервуаре после загрузки образца. При наличии
пузырьков воздуха осторожно постучите картриджем по столу, чтобы выпустить пузырьки.
4 Введите имя пользователя и пароль в операционное профаммное обеспечение MiSeq (MOS),
используя программу Local Run Manager.
f III’IIMI Ч Mini;
Если в программу загружены данные предыдущего пользователя, перед загрузкой данных выберите
ко.манду «Выйти из системы» (l,og Off). 1 1одтвердитс. ч то отображается правильное имя пользователя
или рсгиетрационпые данные
5 На главной странице выберите «Последовательность» (Sequence).
6 Выберите прогон из перечня.
7 Подтвердите установку параметров прогона.
8 Очистите ячейку проточную.
9 Зафузите ячейку проточную.
10 Опорожните флакон с отходами и зафузите флакон с буфером MiSeq^'^ Dx SBS (PR2) (MiSeq^'^
Dx SBS Solution (PR2)
11 Зафузите карфидж с реагентами.
12 Прогон запускается автоматически после прохождения предварительной проверки.
13 Выполните промывку после прогона.
Проемо ip результатов анализа
--- стр. 191 ---
Нажмите кнопкой мыши название npoi oHa на панели управления программы Local Run
Manager.
Чтобы вывести на экран отчет об анализе, нажмите таблицу «Образцы и результаты» (Samples
and Results).
Если анализ был проведен повторно, разверните контекстный список «Выбор анализа» (Select
Analy.sis) и выберите соответствующий анализ.
[11собяза1елы1о1 Нажмите кнопкой мыши пиктограмму «Копировать в буфер обмена» (Сору to
Clipboard), Wh чтобы скопировать путь сохранения в папке «Анализ».
Ии герпрсгация резулыатов
Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel компании «Иллюмина» предназначен для
обнаружения мутаций KRAS и NRAS, перечисленных в lao.im u I.
Сводные результаты анализа представлены в таблице «Образцы и результаты». Отчет также
можно экспортировать.
О гчег об анализе
в отчете об анализе данных, полученных с помощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel подробно
описано, успещно ли прошел прогон, и содержит ли каждый исследуемый образец какую-либо из 56
мутаций RAS.
«Статус про 1 она» (Run State) в таблице «Образцы и результаты» (Samples and Results) показывает,
соответствует ли прогон секвенирования параметрам качества. Если в статусе прогона указано «не прошел»
(Fail), все образцы будут отмечены как недействительные.
Рсзулыаты анализа исследуемых образцов
Габлица рсз>льта 1 0в анализа образцов
Зяго;ювок столбца
Название образца
Образец
Резульзат
Описание
Название образца указывают при создании протона.
Результаты исследуемых образцов по вшшдцости.
Действителен (Valid) — указано наличие или отсутствие мутаций панели.
Недействителен (Invalid)- - наличие или отсутствие мулаций панели определить
невозм ож но. См. O f, ,ч
Результаты определения мутаций панели в исследуемых образцах.
См. Mvnhnaol IhllW.ni lul Ш ! VtnpailUUi и Мупи ицт thwe H J нс /.ЫЯН.Н’ИП Ik I i HIp^hilli,
Ген
Экзон
Аминокислота
11уклеотид
СИ, KRAS или NRAS, в котором выяв.зена мутация, если применимо.
Номер экзона в котором присутствует мутация, если применимо.
Обозначение а.минокислотной замены но номенклатуре Общества по исследованию
вариаций генома человека (HGVS: Human Genome Variation Society).
Обозначение нуклеотидной замены по HGVS.
()бразсц иелеистши слеп
Результат образца «Недействителен» показывает, что наличие или отсутствие мутации RAS невозможно
определить. Для образцов, определенных как недействительные, повторите приготовление библиотеки,
секвенирование и анализ. Если секвенирование образца не проходит 2 раза, может быть необходимым
--- стр. 192 ---
провести дополнительный поиск и устранение неисправностей. Если все образцы в прогоне
недействительны в связи со статусом прогона «Не прошел», обрати гесь в службу технической поддержки
компании «Иллюмина».
Мутцпя панели 131>1Я1злеиа
Результат образца «Мутация панели выявлена» показывает, что обнаружена мутация RAS. 13 отчете
приведен список всех выявленных мутаций.
М\танин напели не шлявлено
Результат образца «Мутаций панели нс выявлено» показывает, что мутаций RAS не обнаружено.
Меюдики контроле] качесгва
Правила надлежащей лабораторной практики требуют проведения оценки контрольного материала для
выявления различий в обработке и технических методиках в лаборатории пользователя, которые могут
привести к существеггной вариабельности результатов.
1 Положи гсльные контроли (контроль нанелн) — контроль панели необходим при каждом
прогоне. Контроль паггели имеет 2 мутации - KRAS зкзон 2 p.Glyl2Asp c.35G>A и NRAS экзон 3
p.Gln6l Lys с.181С>А. Чтобы контроль паггели был дeйcтвитeJгьггьгм, должегг бгить получегг ожидасмгяй
гегготигг. Если контроль недействителен, могли возникнуть огиибки ггри обработке. Программное
обеспечение не сможет позгностьго выгголнить прогогг секвеггироваггия, и все образцы окажутся
не действ из ел ьггьг м и.
2 Oi рнцателы 1ыГ| кот роль (без матрицы/без ДНК) — использоваггие отрицательного контроля
(без матрицы/без ДНК) (холостая проба) необходим при каждом прогоне. Чтобы ггрог огг был
действизельньгм, хозгостая проба должгга вгиглядеть как недействительная. Если в холостой пробе
ттолучеп неожиданнтяй результат, программное обеспечение ттс сможет полностт,ю выполнить ттрот он
секвенирования, и все образцы окажутся недействительными.
3 11ерсд применением данного аттализа в лаборатории следует вьтполттить гтоверку
производительности анализа путем тестирования различных положительттых и отрицатезтьнт.тх
образцов с известными характеристиками производительности.
4 Все требования к котттролю качества должнти быть вьтполттены в соответствии с местными,
государственными и/или федеральными предписаттиями шти требованиями аккредитации.
3 Если прогон секветтироваттия ттс прошел, обратитесь в службу технической поддержки компании
«Иллюмитта» ;ц 1я поиска и устраттения неисправттостей прогона.
Харак 1с|)11стпк 11 производительности
Определения всех расчетов, используемых при характеристике
производи ГСЛЫ10СТ11
Процент соответс! ВИЯ образцов гребованиям контроля качесгва (КК образца): процент соответствия
образцов требованиям контроля качества определяют как процеттт образцов, соответствутощих
спецификации кошроля качества образца (dCq <5).
Процент успешного прохождения первого прогона образца: ттротгент успеитного прохождения первого
проготта образтга определяют как процент образцов, для которых по;тучен действительный резулт.тат при
первом проготте.
Расчет сотласоваттия: набор реагентов Praxis Extended RAS Panel предттазттачетт для специфичного
обнаружения 56 мутаций в генах KRAS и NRAS. Набор позволяет одноврементто определять тталичие или
отсутствие каждой из 56 мутаций в каждом секвенируемом образце. Стандартом для расчетов соответствия
являезся лвуттаправленнос секветтирование по Сэнгеру или, если указано, конзрольное условие.
1 Общий ттротгент соответствия (ОРА; Overall percent agreement) рассчитывают как результат
--- стр. 193 ---
деления количества мутантных и немутантных положений, которые согласуются со стандартом, на
общее количесгво возможных мутантных и немутантных положений для всех действительных
повторностей. ОРЛ рассчитывают для каждой мутации с учетом существующих 56 мутаций на один
образец. Общий проценз соответствия рассчитывали, как показано ниже:
(кол-во образцов х 56 мутантных и немутантных положений, совпадающих с положениями
стандартного образца)/(кол-во образцов х общее кол-во 56 мутантных и немутантных положений)
= ОРА.
2 Процент положительного соответствия (РРЛ; Positive Percent Agreement) рассчитывают как
100% количество верных определений положительных результатов (мутантных положений,
совпадающих с соответствующими положениями с тандартного образца), деленное на сумму
количества верных положительных результатов и количества ложно отрицательных результатов для
каждой мутации. Процент положительного соответствия рассчитывали, как показано ниже:
кол-во мутантных положений х кол-во повторностей = кол-во возможных мутантных положений
(кол-во верных положительных результатов)/(кол-во верных положительных результатов i кол-во
ложно отрицательных результатов) =РРА
Процент отрицательного соответствия (NPA; Negative Percent Agreement) рассчитывают как
100% количество верных определений отрицательных результатов (мутантных положеттий,
совпадающих с соответствующими положениями статтдартного образца), деленное на сумму
количества верных отрицательных результатов и количества ложно отрицательных результатов. NPA
рассчитывают для каждой мутации с учетом сущес гвутощих 56 мутаттий тта один образец. Процент
отриттательного согласия рассчитывазти, как показатто ниже:
(кол-во образцов дикот о титта х кол-во повторттостей х 56 немутантнт.тх положений) т (кол-во
мутатттных образцов х kojt-bo ттовторностей х кол-во немутантных ттоложений) = кол-во
ттотеттциальных нему тантттых ттоложений
(кол-во верттых озрицательттых рсзультатов)/(кол-во верттых orpHTiaTejTbHTHx результатов + кол-во
ложтто положительных ре:зультатов) =NPA
4 Процеттт верных определеттий (РСС; Percent Correct Call) рассчитывают как 100% количество
верттых определений, деленное тта количество предпринятых оттределеттий. Этот термин использутот
для определеттия воспроизводимости. Такой же расчет описатт как нроттент соответствия (ттроттент
положительного или озрицательттого соответствия) в друт их анализ ичсских исезтедованиях.
Расчеты доверительных интервалов: Расчеттл нижних т раттиц одностороттних 95% доверительнтлх
иттзервалов и 2-стороттних 95% доверительных интервалов бтлли выпозтнетты по методу Клопттера-Пирсотта
(сзрогото соответствия биттомиазтьному распределению) для аналитических или клинических исезтедований
или по методу суммарной оцеттки Визтьсотта (где указано) в кзтинических исследованиях.
Л н алт пчсская гочиос! ь - сравнение е ортогональным мегодом
Образцы фиксированных формалином, залитых в ттарафин (FFPE) тканей из банка тканей, собраннтле в
исследоваттии панитумумаба, проведенном компаттией «Амтен» (ATngen) (номер протокола 20050203
[исследоваттие ’203]), были протестироватты с ттомощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. Оценка
образтюв была также выполнена методом сравнеттия - ~ двунаправленным секвенированием по Сэнгеру
(Sanger). Дзтя от 1енки точттости методики с исполт,зованием набора реагентов Praxis Extended RAS Panel
проводили сравттение соответствий между результатами, полученнтлми с использованием набора реагетттов
Praxis Extended RAS Panel и секвенирования тто Сэнгеру.
Статус RAS тта уровне субъекта считали положительным, если у субъекта обнаруживали по меньтией мере
одну мутацито. Статус RAS на уровне субъекта считали отрицательным, если мутаций нс обнаруживазт.
Процент положительного соответствия (РРА) рассчитывают как 100% верных определений субъектов с
положительным результатом, деленное на сумму количества субъектов с верным положительным
результатом и количества субъектов с ложно озрицательным результатом. Процент отрицательного
соозветствия (NPA; Negative Percent Agreement) рассчитывают как 100% верных определений субъектов с
отрицательным резульзатом, деленное на сумму количества субъектов с верным озрицательным
результатом и количества субъектов с ложно отрицательным результатом. Двусторонние 95%
доверительные интервалы рассчитывают по методу Клоппера-Пирсона (строгого соответствия
биномиальному распределению).
Из 1183 участников исследования следующие участники были исключены из анализа точности (комбинации
--- стр. 194 ---
секвенирования no Сэнгеру и с помощью набора реагентов Praxis Hxtended RAS Panel): у 358 образцы ткани
не были получены, у 127 площадь ткани была недостаточной, и у 13 было недостаточное количество
опухолевых клеток. Из остальных 685 участников исследования 214 участника были исключены в связи со
значением dCq >5,0, 1 в связи с не подлежащим оценке значением dCq, еще 28 — в связи с неудачным
контролем качества MiSeqDx и, наконец, 1 участник был исключен в связи с ошибкой при обработке
образцаУостановкой прогона. Ддя оставшегося 441 участника были получены достоверные результаты
секвенирования по Сэнгеру и с помошью расширенной панели RAS Praxis и проведено их сравнение.
При оценке на уровне субъекта (то т на !"') у 230 из 441 участника исследования были получены
положительные результаты определения RAS по методу Сэнгера (мутация, выявленная по методу Сэнгера);
у 227 из них были получены положительные результаты определения RAS с помощью набора реагентов
Praxis Extended RAS Panel. У остальных 211 из 441 участника исследования были получены отрицательные
результаты определения RAS по методу Сэнгера (методом Сэнгера мутаций не было выявлено); у 206 из
них были получены отрицательные результаты определения RAS с помощью расширенной панели RAS
Praxis. В результате значение РРА составляло 98,7%, а NPA — 97,6%.
Пропет по.юж 1Г1с.1ьнот н отрнцатслыкпо соогвстс 1вия рсзулыаюв определения RAS на
уровне субьеюа
.Метод Сэнгера
Набор реагентов Praxis ПоложительОтрицатедь нтпгп
Extended RAS Panel II ы и
результат
ныи
ре$ультат
11оложи тельный результат 221* 5 232
Отрицательный результат 206 209
И того 230 211 441
Сводные характеристики производительности
Статиез ическая оценка
согласия
РРА
NPA
Точечная
оценка Точный 95% ДН
227/230 = 98,7% [96,2%, 99,7%J
206/211 = 97,6% [94,6%, 99,2%]
*Г1ри оценке по веем мутациям на внутриеубъектном уровне было получено 224 точных еовнадепия; для 2 учаетников
иеследования сиетема MiSeqDx выявила мутацию, определенную по методу Сэт ера. и 1 дополнительную мутацию; для
1 учаетника исследования MiSeqDx и Сэнгер выявили различные мутации.
1 участника выявлено 2 мутации методом Сэнгера; У 2 учаетников выявлена 1 мулация методом Сэнгера.
Оценка данных была также проведена на уровне мутации и обозначена как верная положительная ( ГР, true
positive), верная отрицательная (TN, true negative), ложно положительная (FP, false positive) и ложно
офицательная (FN, false positive). В k b -.h ih c 16 и lau nmc I 7 представлены значения РРА и NPA для каждой
мутации вместе с 95% доверительным интервалом по методу Клопнера-Пирсона (точного соответствия
биномиальному распределению).
Процент положительного и отрннателыюто соответс 1вня резулыатов онре.чсления на уровне
Локализация
KRAS экзон 2
S (dCq 15.0)
Мутация TP FN FP TN Итого РРА (95% ДИ) NPA (95% ДИ)
c.34G>T 14 0 0 426 440 100,0(76,8-100,0) 100,0 (99,1-100,0)
c.34G>A 9 1 0 430 440 90,0 (55,5-99,7) 100,0 (99,1-100,0)
c.34G>C 0 0 0 440 440 NF.' 100,0 (99,2-100,0)
c.34_35GG>TT 1 0 0 439 440 100,0 (2,5-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c.34_35GG>AA 0 0 0 440 440 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.34_36GGT>TGG 0 0 0 440 440 NE 100,0 (99,2-100,0)
--- стр. 195 ---
c.35G>A 55 0 1 384 440 100,0 (93,5-100,0) 99,7 (98,6-100,0)
c.35G>T 40 2 2 396 440 95,2 (83,8-99,4) 99,5 (98,2-99,9)
c.35G>C 11 0 2 427 440 100,0(71,5-100,0) 99,5 (98,-3-99,9)
c.37G>T 2 0 0 438 440 100,0(15,8-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c.37G>C 0 0 0 440 440 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.38G>A 41 0 0 399 440 100,0 (91,4 100,0) 100,0 (99,1-100,0)
C.3X39GOTT 0 0 0 440 440 NH 100,0 (99,2-100,0)
c.38_39G(>AA 0 0 0 440 440 NH 100,0 (99,2-100,0)
c.38_39GC>AT 0 0 0 440 440 NE 100,0 (99,2-100,0)
KRAS Э К З О Н 3 c. 175G>A 1 0 0 440 441 100,0 (2,5-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
C.1760G 1 0 0 440 441 100,0 (2,5-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
C.1810A 0 1 0 440 441 0,0 (0,0 97,5) 100,0 (99,2-100,0)
c.l81C>G 0 0 0 441 441 NE 100,0(99,2-100,0)
c. 182A>T 1 0 0 440 441 100,0 (2,5-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c.l82A>G 2 0 0 439 441 100,0(15,8-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c. 183A>C 6 0 0 435 441 100,0 (54,1-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c.l83A>T 1 0 0 440 441 100,0 (2,5-100,0) 100,0(99,2-100,0)
KRAS 'зкзоп 4 C.351 A>C 2 1 0 437 440 66,7 (9,4-99,2) 100,0(99,2-100,0)
c.351A>T 2 0 0 438 440 100,0(15,8-100,0) 100,0(99,2-100,0)
c.436G>A 11 0 0 429 440 100,0(71,5-100,0) 100,0(99,1-100,0)
c.436G>C 1 0 0 439 440 100,0 (2,5-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c.437C>T 3 0 0 437 440 100,0(29,2-100,0) 100,0(99,2-100,0)
* NE = не подлежи ! оценке (not estimable)
Пропет подожтельного н отрицаю. ibHoro eooiBCieiBHTi результагов oiipe.te. iieiiH M на уровне
laium н i ene XRAS (dC'q 5.0)
Локализация Музаиия ТР FN FP IN Hioro PPA (95% Д11) NPA (95% ДИ)
NRAS )то\\2 e.34G>T 1 0 1 439 441 100,0(2,5-100,0) 99,8 (98,7-100,0)
e.34G>A 0 0 0 441 441 NE 100,0(99,2-100,0)
e.34G>C 0 0 0 441 441 NE 100,0(99,2-100,0)
c.34_35GG>TT 0 0 0 441 441 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.34_35GG>AA 0 0 0 441 441 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.34_36GG'T>TGG 0 0 0 441 441 NE 100,0(99,2-100,0)
e.35G>A 4 0 0 437 441 100,0 (39,8-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
c.35G>T 0 0 0 441 441 NE 100,0(99,2-100,0)
c.35G>C 0 0 0 441 441 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.37G>T 0 0 0 441 441 NE 100,0(99,2-100,0)
c.37G>C 2 0 0 439 441 100,0(15,8-100,0) 100,0 (99,2-100,0)
e.38G>A 0 0 1 440 441 NE 99,8 (98,7-100,0)
c.38G>r 0 0 0 441 441 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.38_39GT>AA 0 0 0 441 441 NE 100,0 (99,2-100,0)
c.38_39Gl>AG 0 0 0 441 441 NE 100,0 (99,2-100,0)
--- стр. 199 ---
Результаты A, В, C и D, указанные в сноске, получены для 4 участников исследования и имеют значения в ячейке таблицы
'^Участник, у которого методом Сэнгера выявлено 2 м>тации (АГЛ^Уэкзон 2 c.34G>A и KR.4S экзон 2 c.35G>T), а с помощью набора реагентов Praxis
Extended RAS Panel мутаций не выявлено.
® Участник, у которого методом Сэнгера выявлена 1 мутация {KRAS экзон 2 c.34G>T), а с помощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel выявлена
та же мутация и дополнительная мутация (KR.4S экзон 2 c.34G>T и KK4S экзон 2 c.35G>C).
‘^Участник, у которого методом Сэнгера выявлена 1 мутация {KRAS экзон 2 c.38G>A), а с помощью набора реагентов Praxis Extended R.AS Panel выявлена
та же мутация и дополнительная мутация {KRAS экзон 2 c.38G>A и KRAS экзон 2 c.35G>T).
° Участник, у которого методом Сэнгера выявлено две мутации {KRAS экзон 2 c.38G>A и NRAS экзон 2 c.35G>A), а с помощью набора реагентов Praxis
Extended RAS Panel выявлены те же мутации {KRAS экзон 2 c.38G>A и NR.4S экзон 2 c.35G>A).
3^ . Докт мент Л"5 1ОООООООЗУ1 ‘)0 \ 00 А в1 \ С1 2017 г.
--- стр. 200 ---
Аналн I нчсская ч \ bci вительнос!ь (диапазон вносимой ДНК)
Последовательность действий по проведению анализа с помощью набора реагентов Praxis Extended RAS
Panel включает в себя оценку качества исследуемых образцов, приготовление библиотеки и
секвенирование. Качество образцов геномной ДНК оценивают путем количественного определения
амплифицируемости образца относительно контрольной ДИК-матрицы методом количественной
полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени. Определение амплифицируемости позволяет
оценить как количество, так и качество образца ДНК для оценки качества. Пороговое значение
количественного определения (Cq) получаюз, используя матрицу контроля качества и каждый образец
геномной ДНК. Мерой оценки амплифицируемости является изменение порога количественного
определения (Cq) между исследуемым образцом и контрольной ДНК-матрицей (делыа Cq; dCq). Значение
dCq используют, чтобы определить, пригодно ли качество исследуемого образца для анализа с помощью
расширенной панели RAS Praxis, для которого оно является мерой качесгва и количества ДНК (ввода ДНК).
Приемлемым значением для данного анализа является дельта Cq <5.
Для оценки производительности анализа ввод ДНК оценивали в диапазоне значений Cq от -0,5 до 5.
Уровень дельта Cq от -0,5 до 5 соответсгвует количеству используемой в тгом анализе интактной ДНК,
сосгавляющему приблизительно от 1200 нг до 25 н|- соответственно.
Оценку проводили для панели из 9 FFPF образцов CRC, каждый из которых содержал 1 уникальную
мутацию по перечню из набора реагентов Praxis Extended RAS Panel, и 1 FFPF образца CRC дикого типа по
отношению к мутациям из перечня набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. Были представлены
мутации, находящиеся в экзонах 2, 3 и 4 гена KRAS и в зкзонах 2 и 3 гена NRAS. Частота мутаций для этой
панели находилась в диапазоне приблизительно от 10% до 20%.
Панель образцов тестировали в двух повторностях препаратов библиотеки ;щя каждого уровня ввода ДНК,
при этом при каждом уровне ввода ДНК результаты регистрировали в общей сложности 20 раз.
Максимальный уровень мультиплексирования для секвенируемых образцов соответствовал 10 исследуемым
образцам вместе с контрольными образцами на один прогон. Было прогестировано два (2) уровня ввода
ДПК: 1) dCq от -0,5 до 0,5 (номинальный верхний предел) 2) dCq от 4 до 5 (номинальный нижний предел).
Все образцы для каждого уровня ввода ДНК показали действительный результат после приготовления
библиотеки и секвенирования при 100%-ном первом успешном прогоне образца (20/20). ОРА, РРА и NPA
рассчитывают для каждой мутации с учетом существующих 56 мутаций на один образец. Общий процент
соответствия относительно метода секвенирования но Сэнгеру составлял 100% (1120/1120) для каждого
уровня ввода ДНК. Процент положительного соответствия относительно метода секвенирования по Сэнгеру
составлял 100% (18/18), а процент отрицательно 1 0 соответствия составлял 100% (1102/1102) для каждого
уровня ввода ДНК. Таким образом, в этом исследовании производительность анализа с помощью набора
реагентов Praxis Extended RAS Panel продемонстрирована для дельта Cq (ввода ДНК) в диапазоне от -0,5 до
5.
Чтобы показать производительность для проблемных образцов, несущих мутации с частотой мутантного
аллеля, приближенной к пределу обнаружения (ПО), было проведено дополнительное исследование.
Поскольку качество ДНК оценивают на основании точки отсечения dCq, равной 5,0, для оценки был выбран
номинальный диапазон концентрации вводимой ДНК (от 12,5 нг до 50 нг), соответствующий
приблизительным значениям dCq 6-4. Использовали панель из 5 перемешанных смесей FFPF образцов CRC,
каждый из которых содержал 2 уникальные репрезентативные мутации из перечня по набору реагентов
Praxis Extended RAS Panel: одну с низким (приблизительно 8%) и одну с высоким (приблизительно 14%)
уровнем частоты мутации. В два (2) из пяти (5) смесей образцов вносили мультинуклсотидный вариант
(MNV) панели RAS с известной концентрацией. Для оценки каждой смеси FFPE образцов использовали два
уровня ввода ДНК: уровень dCq 4-5 соответствует приблизительно 50-25 нг соответственно, а уровень dCq
5-6 соответствует 25-12,5 нг соответственно интактной ДНК. Результаты для каждой из 5 смесей образцов
регистрировали двенадцать (12) раз в течение 3 дней, идущих не подряд, на один уровень ввода ДНК/дельта
Cq и частоты мутации. На протяжении всего исследования результаты для всех смесей образцов
регистрировали в общей сложности 60 раз; для всех уровней частоты мутации на один уровень ввода ДПК
результаты регистрировали 120 раз (2 регистрации результатов х 2 прибора [прогона секвенирования] х 3
идущих не подряд дня х 5 смесей). Процент успешного первого прогона образца составлял 100% (60/60) для
dCq от 4 до 5 и 91,7% (55/60) для dCq от 5 до 6. Для dCq от 4 до 5 100% (120/120) зарегистрированных
результатов показали ожидаемую мутацию из перечня по набору реагентов Praxis Extended RAS Panel. Для
--- стр. 201 ---
dCq от 5 до 6 95% (114/120) зарегис 1рированных результатов показали ожидаемую му тацию из перечня по
набору реагентов Praxis Extended RAS Panel. Средние значения частоты мутации были сходными между
уровнями дельта Cq, при этом в образцах с дельта Cq от 5 до 6 вариабельность частоты мутаций в целом
была больше, чем ;ц 1я тех же образцов с дельта Cq от 4 до 5. В исследовании подтвердили, что мутации,
часюта которых приближена к ПО, могут бы ть определены с помощью набора реагентов Praxis Extended
RAS Panel при вводе ДНК, соответствующем dCq <5,0 и приблизительно 25 нг интактной ДНК.
Лпалшпческая чувствительное! ь (предел холостой пробы |ПХП1 и предел
об на РУ же п п я | П О |)
по определяют как минимальную частоту аллеля, при которой ле 1ко определяется 95% образцов.
Исследование предела холостой пробы (ПХП) и предела обнаружения (ПО) для набора реагентов Praxis
Extended RAS Panel было проведено с использованием 3 смесей FEPE образцов CRC, каждый из которых
содержал 2 репрезентативные мутации из перечня набора реагентов Praxis Extended RAS Panel при 5
уровнях частоты мутаций (приблизительно 10%, 5%, 2,5%, 1,25% и 0%). Прогон этих смесей в двух
повторностях с 2 различными товарными партиями реагентов выполняли 5 различных операторов в течение
2 идущих нс подряд дней, региезрируя результаты в общей сложное! и 20 раз на одну смесь образцов на
одну товарную партию. Общее количество регистраций результатов в исследовании для всех уровней и
товарных партий реагентов составляет 600 раз (20 раз х 5 уровней х 3 смеси образцов х 2 товарные партии
= 600 раз). Для тестирования ПО при предельной пронуск!Юй способности анализа образца все прогоны
включали 10 образцов с контролями в одной проточной ячейке. Смеси образцов получали при низком
уровне ввода ДНК (dCq=4 5). Диапазон результатов для 95% обнаружения каждой тестируемой мутации
нредезавлен в uuviniu. 20. С использованием пробит-анализа определили ПО для 6 репрезентативных
мутаций в диапазоне 4,2% 5,3% (i;)o mit:i ..'<)). В целом эти данные подтверждают заявленное значение 5%.
11рслсл обнар\ження
Ген Экзон Мутация HO
KRAS 2 C.35 G>A 5,0%
NRAS 3 с. 182 A>G 4,7%
KRAS 2 c.35 G>A 4,8%
KRAS 4 C.436 G>A 5,3%
KRAS 3 C.183 A>C 4,2%
NRAS 2 C.38 39GT>AA 4,5%
Заявленный для данного анализа предел холостой пробы (ПХП) ;ц 1я каждой из 56 мутаций рассчитывали с
использованием образцов дикого типа по отношению к мутациям па! 1сли RAS. В этом исследовании
использовали зри образца дикого типа (WT). В данном исследовании результаты регистрировали 60 раз для
каждой исследуемой мутации на одну товарную партию (20 раз х 3 образца WT). В этом исследовании были
использованы две товарные партии. Ложно положительных результатов не было получено. В одном из
случаев частота му тации превышала пороговое значение, но мутация была выявлена только при
использовании одного пула олигонуклеотидов и не подтверждена в других, поэтому она не была указана.
Клиническое iiopoiOBoe значение установлено как 2,6%.
Прецизионное! ь
11 ро ЦП 3 м о и и ос гь 11 ар г t \ й реа i с m о п
Исследование прецизионности партий реагентов было проведено для сравнительной оценки набора
реагентов Praxis Extended RAS Panel между товарными партиями производимых наборов реагентов. Три (3)
партии набора реагентов тестировали с использованием панели из 5 смешанных FFPE образцов CRC.
Каждый 1'ТРЕ образец CRC содержал 2 уникальные репрезентативные му тации из перечня по набору
реагентов Praxis Extended RAS Panel: одну с низким (приблизительно 8%) и одну с высоким
(приблизительно 14%) уровнем частоты мутации. Результаты для каждой из 5 смесей образцов
регистрировали двенадцать (12) раз в течение 3 дней, идущих нс подряд, с 3-мя партиями набора реагентов.
--- стр. 207 ---
')кюгеиные вещества
Исследуемые экзогенные вещества представляют собой растворы для выделения, обычно используемые в процессе выделения ДНК, перечень которых
вместе с исследуемыми количествами приведен в . гнпч . Было протестировано пятнадцать (15) FFPE образцов колоректатьного рака на одно
интерферирующее вещество и проведено сравнение с контрольными образцами, не подвергавшимися воздействию. Эти образцы представляли собой
образцы дикого типа, не содержащие .мутаций из перечня по набору реагентов Praxis Extended R.^S Panel (5/15 образцов), a также образцы, содержащие
распространенные мутации из этого перечня (10/15 образцов). Максимальный уровень мультиплексирования для секвенируемых образцов соответствовал
10 исследуемым образцам вместе с контрольными образцами на один прогон.
I к'следч ем ые вешесi на
11|Г1срфер|фуюшсс B ciucciB O
Раствор для депарафинизации
Парафиновый воск (в ксилоле)
Ксилол
Этанол
Протеиназа К
Промывочный раствор, N
I-Кратный промывочный раствор, Р
Промывочный буфер AW1
Про.мывочный буфер AW2
<1>ак*|пчсск'ое к'о.тчесию |мкм/25 мкм ».iioaia|
1.69 X 10-^"’
2,50 x
2,50x10-''' ~ ~ ~
1.69 хЮ-о-' ~ ~
3.30 X 10-"'’
6.25 X 10-'"
6.25 X 10-'»
6.25 X 10-'*-
6.25 хТ о ^'
Для всех исследованных экзогенных веществ все 15 образцов соответствовали требованиям оценки контроля качества образцов (15/15, 100%
прохождение прогона образцов контроля качества), и после приготовления библиотеки и секвенирования были получены действительные результаты
(15/15, 100% успешное прохождение первого прогона).
ОРА, РР.Л и NP.A рассчитывают для каждой мутации с учетом существующих 56 мутаций на один образец. Для всех 15 образцов для всех 9 экзогенных
веществ было показано соответствие с контрольными условиями без воздействия во всех мутантных и немутантных положениях. Ло'жно положительных
и ложно отрицательных результатов не наблюдали. Ни одно из потенциально интерферирующих веществ, оцениваемых при максимальных
концентрациях, использование которых ожидается в процессе выделения геномной ДНК (§ДНК) из FFPE ткани, не влияет на выполнение анализа с
помощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel.
Эидогемные вещее 1ва (l eMorjcoim )
Было проведено тестирование каждого из пятнадцати (15) FFPE образцов CRC в присутствии или в отсутствие 2 мг/.мл гемоглобина «высокой
концентрации» в соответствии с определением Института клинических и лабораторных стандартов (CLSI; Clinical and Laboratory Standards Institute). Эти
образцы представляли собой образцы дикого типа, не содержащие мутаций из перечня по набору реагентов Praxis Extended RAS Panel (5/15 образцов), a
также образцы, содержащие распространенные мутации из перечня по набору реагентов Praxis Extended RAS Panel (10/15 образцов). Максимальный
уровень мультиплексирования для секвенируемых образцов соответствовал 10 исследуемым образцам вместе с контрольными образцами на один прогон.
Все 15 образцов соответствовати требованиям оценки контроля качества образцов (15/15, 100% прохождение прогона образцов контроля качества), и
после приготовления библиотеки и секвенирования были получены вазидные результаты (15/15, 100% успешное прохождение первого прогона). Для всех
15 образцов было показано соответствие с контрольными условиями без воздействия во всех мутантных и немутантных положениях. Ложно
42 Док\мсит 1000000037190 \00 Ли1 \ С1 2017 I
--- стр. 208 ---
положительных или ложно отрицательных результатов не наблюдали. Исследованная концентрация гемоглобина не влияет на выполнение анализа с
помощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel.
11екроп 1ческая ткань
Дзя оценки образцов эндогенной некротической ткани использовали пятнадцать (15) FFPE образцов CRC, в состав которых входили образцы дикого
типа, не содержащие мутаций из перечня по набору реагентов Praxis Extended RAS Panel (10/15 образцов), a также образцы, содержащие
распространенные мутации из этого перечня (5/15 образцов), и 10-80% некротической ткани, определенной в ходе патологического исследования.
Максимальный уровень мультиплексирования для секвенируемых образцов соответствовал 10 исследуемым образцам вместе с контрольными образцами
на один прогон. Для 14/15 образцов были получены валидные результаты после приготовления библиотеки и секвенирования (93,3% первого успешного
прогона образцов). Общий процент соответствия относительно метода секвенирования по Сэнгеру составлял 99,9% (783/784). РР.Л составлял 100% (4/4), а
NPA оставлял 99,9% (779/780). Один (1) выявленный ложно положительный результат, вероятно, был связан с тем, что частота мутации была ниже
предела обнаружения для секвенирования по Сэнгеру. Таким образом, набор реагентов Praxis Extended R.A.S Panel соответствует характеристикам, если
ткань содержит 10-80% некроза.
43 Локхмемт.Ч" 10()()0()(Ю37190 vOO .Лв1 \ с г 201 7 г.
--- стр. 209 ---
Исслеловиния no определению интервала занцп ы
в исследованиях интервала аащиты последовательности выполняемых действий в анализе с помощью
набора реагентов Praxis Extended RAS Panel проводили оценку отдельных стадий: оценку качества образца,
приготовления библиотеки и секвеннрования. Для повышения степени разнообразия мутаций в
исследуемые образцы включали геномную ДНК FFPE тканей и геномную ДНК линий клеток. Условия
приготовления библиотеки исследовали при максимальном уровне мультиплексирования образцов, (10
образцов на один прогон).
Оценка качссгиа образцов (сгалия ko.immcci Bcmioii ПЦР)
Пять образцов геномной ДНК исследовали при различных сроках хранения смеси для количественной НЦР
и реакционной смеси. Поскольку и смесь для количественной ПЦР и реакционную смесь используют сразу,
условия тестирования включали выдерживание смеси для количественной НЦР при комнатной температуре
в течение 1 часа при обычном освещении, а реакционной смеси - в течение 10 минут на льду.
Экспериментально определенные средние различия dCq менее 0,25 свидетельствуют о стабильности смеси
для количественной ПЦР и реакционных смесей.
1 ipiirOTOItJIOHUC библио теки
время и температуру инкубации гибриди:тации и удлиннения-лигирования тестировали при приблизительно
+/- 5% от указанного значения. Для 100% протестированных образ[юв был получен валидный результат с
ожидаемыми мутациями.
Для удаления продукта удлиннения-лигирования из фильтровального планшета в процессе ПЦР
амплификации используют гидроксид начрия. Его концентрацию и время инкубации тестировали при
приблизительно +/- 5% от указанного значения. Для 90% образцов, тестируемых при низкой концентрации
гидроксида натрия, и для 100% образцов, тестируемых при всех остальных концентрациях, был получен
валидный ре:тультат с ожидаемыми мутациями.
Время хранеччия рабочего раствора /цчя ПЦР и время выдерживания планчччета дтчя ПЦР после амплификации
тестировали ччри приблизительно 5% от ука:танноч о зччачения. Для всех образцов, протестироваччных во
всех вариантах условий, был ччолучен ватчидный результат с ожидаемыми мутациями.
Для стадий очистки ччродукта ПЦР и ччорматчизачщи библиотеки были ччротестированч.ч следующие условия
при ччрибччизительно +/- 5% от указанччого зчтачеччия: а) время инкубации, Ь) время встряхивания и
концеччтрации с) этанола (очистка продукта ПЦР), d) раствора ч идроксида натрия (ччормализаччия
библиотеки). Для 90% образцов, тестируемых при более /учительном времени э/чюироваччия на стадии
очистки продукта ПЦР, и для 100% образчюв, тестируемых при всех остальных условиях, был получен
действительный результате ожидаемчлми мутачщями.
Для стадии объединеччия библиотеки тестировали время термической денатурации и охлаждения ччри
приблизите/чьно +/- 5% от указаччччого значеччия. Дчя 90% образцов, тестируемых ччри более длительном
охлаждеччии, и д/чя 100% образцов, тестируемых при всех остальччых условиях термической деччатурации и
охлаждения, был получен валидччьчй результат с ожидаемыми мутациями.
Хранение разведенной библиотеки ампликонов (DAL; Diluted АчпрМсоп Library) тестировали вплоть до 84
дней (в условиях хранения при -20 °С). Для 100% ччротестированччч,чх образцов был получен валидный
резулчгчат с ожидаемыми мутациями.
С'екнспированцс
Надежность глубокочо секвеннрования достигается при соблюдении требования к минимальной глубине
секвенироваччия для образцов, определеччных как «ва/чидччые». Двумя (2) операторами бы/чо протестировано
в общей сложности 40 образчюв вместе с контрольными образччами для оччределения сооч ветеч вия
требованию к минимальччому покрытию 1800Х для обоих ччулов (900х на одичч пул) на один образец при
максима/чьном уровне мультигчлексирования, включающем 10 образцов чча один проч он. Все образцы
соответствовали требованию к миччимальччому ччокрьчтию, составлячощему приблизительно ЗЮООх для
обоих пулов на один образец.
--- стр. 224 ---
I
НОТАРИАЛЬНОЕ СВИДЕТЕЛЬСТВО
Государственный нотариус или другое
должностное лицо, заполняющее настоящий
сертификат, подтверждает только личность
физического лица, подписавшего документ, к
которому приложен настоящий сертификат, но не
отвечает за достоверность, точность или
действительность такого документа.
_________
Штат Калифорния
Округ Сан-Диего
14 мая 2020 г. в моем присутствии, Мари Агостино. нотариуса____________
(вставить ФИО и должность должностного лица)
Аурелиа Браунридж лично_
подтвердила на основании убедительных доказательств, что она является лицом,
чьим именем подписан документ, и заверила меня, что она подписала его в силу
имеющихся у нее полномочий, а также, что проставлением ее подписи на документе
физическое или юридическое лицо, от имени которого лицо действовало, исполнило
данный документ.
ОСОЗНАВАЯ ОТВЕТСТВЕННОСТЬ ЗА ПРЕДОСТАВЛЕНИЕ ЗАВЕДОМО ЛОЖНЫХ
СВЕДЕНИЙ, в соответствии с законодательством Штата Калифорния, я подтверждаю,
что вышеизложенная информация является верной.
УДОСТОВЕРЯЮ собственноручной подписью и официальной печатью.
МАРИ АГОСТИНО %
Нотариус штата Калифорния
Округ Сан-Диего
Лицензия нотариуса № 2282380
' Срок моих полномочий истекает
23 марта 2023 г.
Подпись, /подпись/ _(Печать)
--- стр. 225 ---
illumina'
Руководство справочное для программного
обеспечения Local Run Manager для модуля анализа
Praxis Extended RAS Panel
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
Общая информация.....................................................................................................................................................3
Установка параметров.................................................................................................................................................3
Отчет об анализе..........................................................................................................................................................4
Выходные файлы после анализа................................................................................................................................5
Техническая поддержка...............................................................................................................................................6
Документ № 1000000011875 vOO
Июль 2017 г.
ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ IN VITRO
ЧАСТНАЯ ИНФОРМАЦИЯ
КОМПАНИИ ILLUMINA
1
--- стр. 226 ---
1
Настоящий документ является собственностью компании lllumina, Inc. и ее аффилированных лиц, и
предназначен исключительно для использования заказчиком компании согласно договору и совместно с
использованием других продуктов/изделий, которые описаны в настоящем документе. Распространение или
передача настоящего документа и его информации любым способом для любых других целей без
письменного согласия компании lllumina запрещены. Настоящим документом компания lllumina не передает
никаких лицензий на результаты своей работы, защищенные патентами, торговыми марками и авторскими
правами или в соответствии с нормами общего права или подобными правами третьих лиц.
Для правильного и безопасного использования описанных изделий, указанные инструкции должны строго
выполняться квалифицированным и специально обученным персоналом. Перед использованием таких
изделий обязательно следует ознакомиться со всей информацией, представленной в настоящем документе.
НЕПОЛНОЕ ОЗНАКОМЛЕНИЕ С ИНФОРМАЦИЕЙ И НЕТОЧНОЕ СОБЛЮДЕНИЕ ВСЕХ УКАЗАННЫХ
ИНСТРУКЦИЙ МОЖЕТ ПРИВЕСТИ К ПОВРЕЖДЕНИЮ ИЗДЕЛИЙ/ПРОДУКТОВ, ТРАВМИРОВАНИЮ
ПЕРСОНАЛА, В ТОМ ЧИСЛЕ ПОЛЬЗОВАТЕЛЕЙ И ДРУГИХ ЛИЦ, А ТАКЖЕ К НАНЕСЕНИЮ УЩЕРБА
ИМУЩЕСТВУ.
КОМПАНИЯ ILLUMINA НЕ ПРИНИМАЕТ НА СЕБЯ НИКАКОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА НЕПРАВИЛЬНОЕ
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ОПИСАННЫХ ИЗДЕЛИЙ/ПРОДУКТОВ, ИХ КОМПОНЕНТОВ ИЛИ ПРОГРАММНОГО
ОБЕСПЕЧЕНИЯ.
Авторское право ©2017 Компания lllumina, Inc. Все права защищены.
lllumina. Praxis и дизайн со струящимися символами являются зарегистрированными или ожидающими
регистрации торговыми наименованиями компании lllumina, Inc. и/или ее аффилированных лиц в США и
других странах. Все остальные наименования, логотипы и прочие торговые марки являются собственностью
соответствующих владельцев.
--- стр. 227 ---
s
Опщая информа1дия
Программное обеспечение Local Run Manager, модуль анализа данных Praxis™ Extended RAS
Panel используется совместно с набором реагентов Praxis Extended RAS Panel. Данный модуль
выполняет вторичный анализ и формирование отчетов по результатам секвенирования, которые
выполняются с помощью набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. См. инструкцию по
применению на «Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel» (документ № 1000000037190).
0 данной инструкции
в данной инструкции приведены указания по настройке параметров рабочего цикла
секвенирования и анализа для программного модуля анализа данных полученных с помощью
набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. Описание панели инструментов и системных
настроек приложения Local Run Manager см. в справочном руководстве к ПО Local Run Manager
(документ № 1000000011880).
■’ тановка параметров
1 Зайдите в программу Local Run Manager.
2 Щелкните «Создать рабочий цикл» (Create Run) и выберите Extended RAS.
3 Убедитесь, что в левом верхнем углу экрана отображается «Create Run Praxis Extended
RAS» (создание цикла Praxis Extended RAS).
4 Введите название рабочего цикла для идентификации всего процесса анализа, начиная с
секвенирования.
Используйте буквенно-цифровые символы, пробелы, знаки подчеркивания или дефисы.
5 [Опционально] Введите описание рабочего цикла, чтобы сделать его поиск легче.
Используйте буквенно-цифровые символы.
Указание образцов для цикла
Укажите образцы для рабочего цикла с помощью следующих опций;
Ручной ввод образцов (Enter samples manually) - используйте таблицу на экране Create
Run (Создать рабочий цикл).
Импорт образцов (import samples) - выберите файл в формате значений с
разделителями-запятыми (*.csv).
После заполнения таблицы образцов можно экспортировать данные образцов во вне 1иний файл и,
впоследствии, импортировать его при проведении другого рабочего цикла/анализа.
Ручной ввод образцов
1 Щелкните на области планшета А1 или Е7 для ввода данных образца в таблицу.
Область А1 соответствует верхнему левому квадранту лунок на схеме планшета НуЬ и
включает образцы для пулов праймеров А и В (Oligo А и В).
Область Е7 соответствует нижнему правому квадранту лунок на схеме планшета НуЬ и
включает образцы для пулов праймеров А и В (Oligo А и В).
2 В таблице «Пул А» в поле наименования образца (Sample Name) введите уникальное
наименование образца для каждой используемой лунки. Используйте буквенно-цифровые
символы, дефисы или знаки подчеркивания.
Название образца автоматически вносится в соответствующую лунку в таблице «Пул В».
При вводе названия образца каждой считываемой позиции присваивается двухзначный
индекс.
3 [Опционально] Несмотря на то, что рекомендуется использовать схему размещения по
умолчанию, изменить расположение контрольных образцов можно с помощью выпадающего
меню Positive Control (Положительный контроль) или Negative Control (Отрицательный
контроль).
4 Щелкните по значку «Печать» (Print) ©для отображения схемы планшета.
--- стр. 228 ---
Нажмите «Печать» (Print), чтобы распечатать схему размещения образцов на планшете для
подготовки библиотек.
6 Щелкните «Закрыть» (Close).
7 Щелкните «Сохранить рабочий цикл» (Save Run).
Импорт образцов
1 Щелкните по области планшета А1 или Е7.
2 Щелкните по значку экспорта Export Л для отображения примерного шаблона
3 Введите уникальные названия образцов в количестве до 10 шт. и сохраните файл.
Используйте буквенно-цифровые символы, дефисы или знаки подчеркивания.
[Data]
[Данные]
Sample Names as a 4*3 (matrix)
(Названия образцов в формате
матрицы 4*3)
Samplel
(Образец1) Samples (Образец5) Sample9
(ОбразецЭ)
Sample2
(Образец2) Sample6 (Образецб) SamplelO
(ОбразецЮ)
Samples
(ОбразецЗ) Sample7 (Образец7)
Positive_Control
(Положительный
контроль)
Sample4
(Образец4) Samples (ОбразецЗ)
Negative_Control
(Отрицательный
контроль)
Щелкните «Импорт образцов» (Import Samples).
Укажите расположение файла информации об образцах в формате *.csv.
Далее щелкните на значке «Печать» (Print) в для отображения схемы планшета.
Нажмите «Печать» (Print), чтобы распечатать схему размещения образцов на планшете в
качестве образца для подготовки библиотек.
Щелкните «Закрыть» (Close).
Щелкните «Сохранить прогон» (Save Run).
IpocMoip результатов анализа
На панели инструментов приложения Local Run Manager выберите название рабочего цикла.
Выберите таблицу «Образцы и результаты» (Samples and Results), чтобы просмотреть отчет
об анализе.
Если анализ выполнялся повторно, раскройте список выбора анализов (Select
Analysis) и выберите нужный анализ.
[Опционально] Щелкните по значку «Копировать в буфер обмена» (Сору to Clipboard) щ ь .
чтобы скопировать путь к папке с с|зайлом данных анализа.
Отчет об анализе
Отчет по анализу данных, полученных с применением набора реагентов
Praxis Extended RAS Panel
в отчете по анализу данных, полученных с применением набора реагентов Praxis Extended RAS
Panel содержится информация об успешном или неудачном завершении прогона и о нахождении в
образцах какой-либо из 56 мутаций, которые анализируются с применением набора реагентов
Praxis Extended RAS Panel.
Статус рабочего цикла (Run State) во вкладке «Образцы и результаты» (Samples and Results)
показывает соответствие рабочего цикла секвенирования показателям качества. Если статус
рабочего цикла «Ошибка» (Fail), для всех образцов устанавливается состояние «не действителен»
(invalid).
1
--- стр. 237 ---
illumina
мутации в
эк'юиах 2, 3 и
4)
8.2. Прогивопокашния
Извесгных противопоказаний нет.
8.3. Воз1У10 Ж11ые побочные эффекты использования !чедицннского изделия
11е применимо.
9. Информация о производи! еле (изготовителе) и разработчике мсдиципского изделия и месте
(местах) производст ва медииинского изделия
9.1. Информация о производителе (изготовителе) и разработчике медицинского изделия
«Иллюмина, Инк.», 5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (Illumina, Inc.,
5200 Illumina Way, San Diego, California 92122, USA)
'\2. Информация о месте (местах) производст ва медицинского изделия
Иллюмина, Инк.», 5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (Illumina, Inc.,
5200 Illumina Way, San Diego, California 92122, USA)
10. Класс потенциал Ы Ю Г О риска медицинского изделия
Класс потенциального риска 26.
11. Общее описание медицинского изделия и его компонентов (част ей)
11.1. Внешний вид медицинского изделия
Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel предназначен для обнаружения специфичных мутаций в
экзонах 2, 3 и 4 генов KRAS и NRAS па генетическом секвенаторе MiScq, вариант исполнения: MiScq
Dx, компании «Иллюмина» (Illumina) MiScqDx.
Протокол по набору реагентов Praxis Extended RAS Panel начинают с оценки качества образцов.
Качество образцов выделенной ДНК оценивают посредством количественной НЦР в реальном
--- стр. 238 ---
illumina
времени (кПЦР), которая позволяет определить качеетво и количеетво ДИК по результатам
амплифицируемости ДНК. Образцы должны удовлетворять требованиям, указанным в
еопроводительной информации к набору реагентов Praxis Extended RAS Panel. Для оценки образцов
ДНК, лицензированных внешними ноетавтиками, в набор реагентов Praxis Extended RAS Panel входит
емееь для количеетвенной НЦР (qPCR Master Mix). Спецификации на амнлификатор (термоциклер)
для кП1 (Р, полученные при оценке ipex коммерческих моделей амплификаторов, будут представлены
в информации об изделии.
Образцы ДНК, удовлетворяющие требованиям, используют при приготовлении библиотеки для
получения целевых специфических ампликонов. Для последующего разделения образцов в процессе
анализа используют индексирование, что позволяет объединять образцы гюрсд секвенированием.
Объединенные образцы ееквенируют на генетическом секвенаторе MiSeq, вариант исполнения:
MiSeqDx, компании «Иллюмина» (Illumina).
11римечания: описание генегичсского ссквенаюра MiSeq, вариан г исполнения: MiSeqDx приведено в
иентрукции но эксплуатации на прибор.
v.'xcMa использования набора реагентов Praxis Extended RAS Panel в общей диапюстической системе
показана на рисунке: RAS Panel System.
--- стр. 239 ---
illumina
Рисунок: RAS Panel System
1) Пршч)товленне 6h6.ihot«s 2) Секвеннрованне 3) Созлавне отчета
Эгавы КК
Оаежка качества
образца
кПЦР
В
Првготоялеаяе ба б л в о т еп
Э лоороф арсз а агарозаом геле
Образец ДНК
прошедшвн
0П6НК7
укачестЕа
Посоеложагтельвоств ДНК
Ляалш качества
Образец КК нлн не dCq
Двоаная цепь
TniSeq Cuitotn .^mplicon
MiSeqDi
i2 о6т,с'дьяеннш' oopeswi npo:^H c
ЛО.Ю}^ЫГП£Л!,Н!ЛЧ fa OH^fafaCLm^.TbhbLU
fcOHITCIO.TAUK
ВыяЕтеняые Барианты
KR.4S. ML4S - бб ^птапнв
Првгот. бнб.зяотекв.
выполвеао не
Бьтолвено
Нвформапня о
постелоаате.1ьвктв.
соответств}ет не соответггвуст
крвтервям
Бьсахнаванке, опрележние взркзятоЕ
н спрелеление ьлчестхз
Методика анализа:
Проведение анализа е набором реагентов Praxis Extended RAS Panel включает три процеееа, опиеаиных
ниже:
)ценка камеетва образца:
Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel применяют для анализа образцов ДИК, выделенной из
образцов тканей колоректального рака, фиксированных в формалине, и заключенных в парафиновые
блоки (FFPE). Поскольку размер образцов тканей и количество неоплас i ических клеток значительно
различаюгея, перед выделением ДПК образцы следует проверять. Рекомендовано использовать
образцы тканей толщиной 5 мкм и совокупной площадью 240 мм^ или более, с содержанием
опухолевых тканей > 50 %. Для получения оптимального количества амнлифицируемой ДНК
рекомендовано использовать 8 срезов по 5 мкм или эквивалентное количество серийных срезов другой
толщины. Более подробные рекомендации но выделению ДНК из образцов EFPE приведены в
сопроводительной информации об изделии.
Работу с набором реагентов Praxis Extended RAS Panel начинают с :згапа определения качества ДНК,
выделенной из образцов FFPE; качество ДЕ1К оценивают по количеству амнлифицируемой ДНК
образца в сравнении с контрольной ДНК-матрицей. При оценке качесгва образцов определяют
различия циклов количественного определения (дельта значений Cq) для каждого образца в сравнении
с контрольной ДНК-магрицей. Для использования набора реагентов Praxis Extended RAS Panel
значение дельта Cq для геномной ДНК образца должно быть <5,00. Компания «Иллюмина» (Illumina)
--- стр. 245 ---
illumina
Таблица: Результа 1ы анализа
i.n (1. lOllOl, Oiiiuamu
Название образца Наименование образца указывают при создании прогона
Образец Образец Определение камеегва:
Соотв. - наличие или отсутсгвие мутации, входящих в панель
Нс соотв. - Нш1ичие или огсузствие мулаций, входящих в панель,
определ ить невозможно
1^езулыаг 1’езультат обнаружения .My ramiii в образце
Мутация, вхолятая в паиемь. В 1>1явлена- имеется мугация. входящая
в панель.
Список выявленных .\i)Tauiiii. входящих в панель.
M y ianmi. входящая в паме.ть. не выявлена - отсхтствует мхтация.
входящая в панель.
Г см Ген KRAS и XRAS, в которо.м выявлена мутация, если применимо
Экзон Номер зкзона. в котором выявлена мутация, если применимо
Амтюкис.юга Обозначение аминокислотной замены по номенклатуре Общества по
исследованию вариаций генома человека (HGVS; Human Genome
Variation Society).
Г1укЛС.Ч)111Д обозначение нуклеотидной замены по HGVS
11.3. Описание компонентов (часз ей) медицинского изделия
Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel (PN 20012431) компании «Иллюмина» (Illumina) состой г
из следующих компонентов, перечисленных в таблице: Компоненты Praxis Extended RAS Panel.
--- стр. 246 ---
illumina
Таблица: Компоненты Набора реагсн гов Praxis Extended RAS Panel, PN 20012431
11римечаиие: данные о pH нс приводятся, если нс указано обратное.
Компонент/ Фотографии Количество, Активные
Номер по каталогу объем/заполиени ингредиенты, pH и
(PN) e, размеры: физические и
высота (Н)
длина (L) диаметр
химические свойства
(D)
Реагенгы для пре- и пост- амплификации, коробка 1, PN 20012195:
Реагенты для пре-амнлификации (Pre-Amp Reagents), коробка 1 А, PN 20012196:
Буфер для Количество: 1 Водный буферный
гибридизации пробирка рас гвор, содержагций
(Hybridization
Buffer)
Объем: 4,32мл соли и формамид
PN 15035442 Размеры: Внешний вид:
Пробирка: бесцветная жидкость
1
№ i M i H
11:92,0 мм X
D: 15,0 мм± 10%
Крышка:
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
И; 18,0 мм х D: 17 Запах: без запаха или со
мм ilO % слабым запахом
Смесь для Количество: 1 Водный буферный
удлиннеиия- пробирка раствор, содержащий
лигирования Объем: 4,8мл па гентованную смесь
{Extension-Ligation Д11К-полимеразы, ДНК-
Mix)
Ш
лигазы и dNTP
PN 20019117 т ^ 1Р] Размеры: Внешний вид:
и Пробирка: бесцветная жидкость
5 о 5 • « Н:92.0 мм X Физическая форма:
щ " D; 15.0 мм ± 10% жидкость
Крышка: Цвет: бесцветныйа • «В) 1
«1-«1
- и
S f 8 3 1
Н: 18,5 мм X
D:17 mm± 10%
Запах: без запаха
I Ш
Праймеры Количество: 1 Праймеры для ПЦР с
индексированные Л
il.. .1*.
Щ ig !‘if L
пробирка индексными
(A50D-H (А508)
(Index Primers А
(Л501)-Н(А508))
Объем: 192 мкл последовательностями и
адаптерами
секвенирования
PN: ~ 1 Размеры: Внешний вид:
15035449, Пробирка: бесцветная жидкость
15035450,
-------------- . И: 42,0 мм X
--- стр. 247 ---
illumina
Компонент/
Номер по каталогу
(PN)
Фотографии Количество,
объем/заполнени
е, размеры:
высота (Н)
длина(L)диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
15035451, 0:8,7 мм ± 10 % Физическая форма:
15035452, Крышка: жидкость
15035453, Н: 14,1 мм X Цвет: бесцветный
15035454, D: 8,7 мм ± 10 % Запах: без запаха или со
15035455, 15035456 Силиконовое
кольцо:
Н:4,4 мм X
0:1,7 мм ±10 %
слабым запахом
Праймеры Количество: 1 Праймеры для ПЦР с
индексированные 1 пробирка индексными
(Л701)-12(А712) ш i"> Объем: 128 мкл носледовагсльностями и
(Index Primers 1 адаптерами
(Л701)- 12(А712))
- < т ‘3 ссквенирования
PN: Размеры: Внешний вид: желтая
15035457, Пробирка: жидкость
15035458, 11: 42,0 мм X Физическая форма:
15035459, 0:8,7 мм ± 10 % жидкость
15035460, Крышка: Цвет: жсл гый
15035461,
15035462,
15035463,
15035464,
15035465,
15035466,
15035467,
15035468
11: 14,1 мм X
О: 8,7 мм ± 10 %
Запах: без запаха
П1 (Р полимераза Количество: 1 Количесгво ДНК-
(РСК Polymerase)
PN 15035469
пробирка
Объем: 56 мкл
полимеразы
' Polymer* Размеры: Внешний вид:
<В035469 Пробирка: бесцветная жидкость
'агзвом А' « Н: 43,0 мм X Физическая форма:
О: 10,0 мм ± 10 % жидкость
Крышка: Цвег: бесцвегный
1401И»Г- П: 13,0 мм X
О: 10,0 мм ±10%
Запах: без запаха
--- стр. 248 ---
illumina
Компонент/
Номер по каталогу
(PN)
Фотографии Количество,
объем/заполнени
e, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
ит редиенты, рП и
физические и
химические свойства
Смесь для ПЦР Количество: 1 Водный буферный
(PCR Master Mix) пробирка раствор, содержащий
PN 15035448 . L-
1 ^ m *
Объем: 2,8 мл соли и (JNTP
Размеры: Внешний вид:
;; ***> •f I’ iZt Пробирка: бесцветная жидкость
Н:92,0 мм X
D: 15,0 мм ±10%
Крышка:
11:18,0 мм X
D: 17 мм ±10%
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
Реагенты для нре- и ПОСТ- амплификации, коробка 1, PN 20012195:
Реагенты для пост-амнлификации (Post-Amp Reagents), коробка ]В, PN 20012197:
Разбавитель для Количество: 1 Водный буферный
разведения пробирка раствор, содержащий
библиотек при Объем: 4,6 мл соли, 2-мсркапто,)1анол
нормализации
(Library
и формамид
Normalization Размеры: Внешний вид:
Diluent) il Пробирка: бесцветная жидкость
--- » 1- Н:92,0 мм X Физическая форма:
PN 15035473 D:15,0 мм± 10%
Крышка:
11:18,0 мм X
D: 17 мм ±10%
жидкость
Цвет: бесцвегный
Запах: содержит 2-
меркапто'ланол
Буфер для Количеезво: 2 Водный буферный
разведения пробирки раствор
библиотек (Library
Dilution Buffer) ^ 1 *1 .
Объем: 4,5 мл
i = v Размеры: Внешний вид:
PN 20004095 l i i i t l Пробирка: бесцветная жидкос гь
tjll.li- i 1 И 1 5 1 3 Щ
11:92,0 мм X Физическая форма:
D: 15,0 мм ± 10 % жидкость
Крышка:
11:18,0 мм X
D: 17 мм ±10%
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха или со
слабым запахом
pH: 8.5
--- стр. 249 ---
illumina
Контроль
внутренний PhiX
(I’hiX Internal
Control)
PN 15036574 JTtinar
iX (nterrui
1503657«
^202580tt
^‘ul -.tO v
^ 2019^ 1'
Sin Oegc ^ •n isaeft*'
Pcai енты для ност-амнлификации (Post-Amp Reagents), коробка 2, PN 20012198
Количество,
объем/занолнени
с, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Количество: 1
пробирка
Объем: Юмкл
Размеры:
Пробирка:
Н:46,0 мм X
D: 10,8 мм ± 1 о %
Крын 1ка:
11: 13,0 мм X
D: 12,0 мм ± 1 о %
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
Водный буферный
раствор, содержащий
г еномную ДНК IMiiX
Внстний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
Каргридж MiSeq"^
Ux SBS v3
(MiSeq'^ Dx SBS
Cartridge v3)
PN 20002301
Coc гав картриджа:
DX#-LPM
DX#: abbreviation for
diagnosis (сокращение
;и1я диагностики)
I.PM; Long-amp
Primer Mix
(Смесь для
линеаризации
праймеров)
PN 15045585
DX#-LDR, Formamide
(Формамид)
DX#: abbreviation for
diagnosis
(сокращение для
диагностики)_____
Количество: 2
каргриджа
Объем:
предварительно
заполненный
Размеры:
Картридж:
Длина А: 210 мм
i 10%
Длина В: 190 мм
± 10%
Ширина: 93 мм ±
10%
Н: 80 мм ± 10%
Порты:
D: 10,0 мм± 10%
Каргридж однократного
применения,
содержащий реагенты
для образования
кластеров и
секвенирования для
применения с
генетическим
секвенатором MiScqDx,
в том числе формамид,
2-мсркапто.)1анол и <
2 % ДМеО
Объем подготовлено
(разведенного) образца
библиотеки для
загрузки в картридж -
600 мкл
Внешний вид:
бесцветная жидкое гь
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха или со
слабым запахом
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
--- стр. 250 ---
illumina
Компонент/
Номер по каталогу
(PN)
Фотографии Количество,
объем/занолнени
с, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
LDR: Denaturation
Reagent(Peai ент для
денатурации)
PN 15045586
Запах: без запаха
DX#-PW1,
WASH BUFFER 1,
DX//; abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагноетики)
PWI; Washer Buffer 1
(Промывочный буфер
1)
PN 15045594
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкоси.
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
DX#-IMT,
Ineorporation Mix,
DX#: abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
IM'f: Incorporation
Mix (Смесь
реагентов
Incorporation)
PN 20011198
Внеи111нй вид:
бесцветная жидкосз ь
Физическая форма:
жидкость
Цвез: бесцветный
Запах: без запаха
UX#-USM,
UnivSCAN MIX, 600-
CYC , DX#:
abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
USM: Universal Scan
Mix (Смесь
универсальная Scan,
600-CYC)
PN 20011199
Вненший вид:
бесцвегпая жидкость
Физическая фирма:
жидкость
Цвет: бссцвегпый
Запах: без запаха
DX#-CMS,
CLEAVE MIX,500-
CYC, DX#:
abbreviation for
diagnosis (сокращение
;у1я диагностики)
CMS: Cleave Mix
(Смесь CLEAVE,500-
CYC)
PN 20011210
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкосгь
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
DX#-AMS1, AMP
MIX , DX#:
abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
AMS 1: Amplification
Mix 1 (Смесь для
амплификации 1)
PN 20011211
Внешний вид:
бесцвегпая жидкость
Физическая форма:
жидкосгь
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха или со
слабым запахом
DX#-AMS2, AMP
MIX , DX#:
abbreviation for
Внешний вид:
бесцвегпая жидкость
--- стр. 251 ---
iliumina
Количество,
объем/заполнени
е, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
diagnosis (сокращение
для диагностики)
AMS2: Amplification
Mix 2 (Смесь для
амплификации 2)
PN 20011212
DX#-I.MX1, LINEAR
MIX READ I , DXfi:
abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
LMXl; Linear Mix
Read 1 (Смесь для
счигывания
линеаризации 1)
PN 20011213
DX#-LMX2, linear
MIX READ 2
DX#: abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
LMX2: Linear Mix
Read 2 (Смесь для
считывания
линеаризации 2)
PN 20011214
DX#-RME, RESYN
MIX EAST
DX#: abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
RMF: Resynthesis Mix
East (Смесь для
быстрого повторного
синтеза)
PN 20011215
Физическая форма:
жидкость
Цвет : бесцветный
Запах: без запаха
BiieiHiiHH вид:
бесцветная жидкосп.
Физическая форма:
жидкость
Цвет : бесцветный
Запах: без запаха
Виетний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
BiieiiiiiiiH вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет : бссцветп1.1Й
Запах: содержит 2-
меркаптоэтапол
DX#-1IP10, PRMR
MIX, READ 1
DX#: abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
HP 10: Primer Mix
Read 1 (Смесь
праймеров для
считывания 1)
PN 20011216
Виешиий вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
DX#-HP11,PRMR
MIX, READ 2
DX#: abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
IIPl 1: Primer Mix
Read 2 (Смесь
праймеров для
считывания 2)
PN 20011217
Виетний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
--- стр. 252 ---
illumina
Компонент/
Номер по катало!^
(PN)
Фотографии Количество,
объем/заиолнени
е, размеры:
высота (Н)
длина(L)диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
DX#-HP12, PRMR
MIX, INX 1 , DX#:
abbreviation for
diagnosis (сокращение
для диагностики)
IIPl 2: Primer Mix
Index (Смесь
индексированных
праймеров I)
PN 20011218
RiieiiiiiiiH вид:
бесцветная жидкое гь
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
Peai еиты для ире- и noci- амлификаиии, коробка 3, PN 20012199:
Реагенты для пре-амилификации (Pre-Amp Reagents), коробка ЗА, PN 20012200:
Буфер для
ингснсивной
отмывки (Stringent
Wash Buffer)
PN 15035443
Количество: I
флакон
Объем:24 мл
Размеры:
Флакон:
Н:82,0 мм X
0:37,0 мм ±10 %
Крышка:
11:15,0 мм X
0:26,0 мм ±10 %
Водный буферный
раствор, содержащий
соли, 2- Меркаптоэтанол
и формам ид
Виетний вид:
бесцветная жидкос ть
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: содержит2-
меркаптоттанол
Буфер
универсальный,
промывочный
(Universal Wash
Buffer)
PN 20004092
Количество: 1
пробирка
Объем: 4,8 мл
Размеры:
Пробирка:
Н:92,0 мм X
0:15,0 мм ± 10 %
Крышка:
Н: 18,0 мм X
0:17 мм ±10%
Водный буферный
раствор, содержащий
соли
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
Реагенты для пре- и пост- амлификации, коробка 3, PN 20012199:
Реагенты для пост-амплификации (Post-Amp Reagents), коробка ЗВ, PN 20012201;
--- стр. 253 ---
illumina
Микрочастицы для
очистки ПЦР-
II роду кто в (РСК
Clean-Up Beads)
PN 15036674
Раствор
промывочный для
нормализации
библиотек (Library
Normalization Wash)
PN 15035446
Фотографии Количество,
объем/заполнени
е, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Количество:
пробирка
Объем: 5 мл
Размеры:
Пробирка:
Н:92,0 мм X
D: 15,0 мм ± 10 %
Крышка:
Н: 18,0 мм X
D: 17 мм ±10%
Количество: 2 Водный буферный
пробирки раствор, содержащий
Объем: 4,8 мл соли,2-мсркантозтанол
г
и формамид
Размеры: Впешпий вид:
Пробирка: жидкост ь, цвет от
Н:92,0 мм X светло-коричневого до
II^ f !!|= 1 sis;
D: 15,0 мм ± 10 % бесцветного
Крышка: Физическая форма:
Н: 18,0 мм X жидкость
0:17 мм ±10% Цвет: от светло-
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
Водный буферный
раствор, содержащий
твердофазные
парамагнитные гранулы
и полил иленгликоль
Висшпий вид:
коричневая жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: коричневый
Запах: без запаха
рП: 8,5
коричневого до
бесцветного
Запах: содержи i 2-
меркаптоэтапол
Микрочастицы для
библиотеки (Library
Beads)
PN 20017098
Количество: 1
пробирка
Объем: 1.2 мл
Размеры:
Пробирка: 11:42,0
мм X
D: 11,0 мм± 10%
Крышка:
И: 14,1 мм X
D: 11,0 мм ± 10 %
С* V
Водный буферный
раствор, содержащий
твердофазные
парамагнитные гранулы
Раствор:
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
Микрочастицы:
Внешний вид:
коричневые
микрочастицы
--- стр. 254 ---
illumina
Компонент/
Номер по каталогу
(PN)
Фотографии Количество,
объем/заполнени
е, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
Физическая форма:
микрочастицы
Цвс 1: коричневый
Запах: без -запаха
Ячейка проточная Количество: 2 Стею1янная подложка с
MiSeq™ Dx резервуара ковалентно связанными
(MiScq^'^ Dx Flow
Cell)
iLi •«i
Л1|=П5
Объем: 1 ячейка
на резервуар
олигонуклеотидами
PN 20002300 ч в S Размеры:1 Резервуар: Резервуар:
11:60,0 мм X
D:29,4 мм ±10%
Внешний вид:
бесцветная жидкое i ь
Физическая форма:
жидкость
Цвег: бесцветный
Запах: без запаха
Проточная Проточная ячейка:
ячейка:
11; 50,0 мм X
Н:27,0мм X
D: 30,0 мм ± 10 %
Внешний вид: н/п
Физическая форма: п/п
Цвет: н/п
Запах: п/п
Реагенты для пост-амплификации (Post-Amp Reagents), коробка ^,PN 20012202:
Буфер MiSeq™ Dx Количество: 2 Водный буферный
SBS (PR2) (MiSeq"^ флакона расгвор
Dx SBS Solution
(PR2)
Объем: 500 мл
PN 20002209 Размеры Внешний вид:
Ш|11|1111|
Флакон: бесцветная жидкое гь
Н: 175,0 мм X Физическая форма:
тн- ^ D: 76,0 мм ±10% жидкость
• " * г% i у Крышка: Цвет: бесцветный
ч
D: 40,0 мм ± 10% Запах: без запаха
Реагенты для пре- и пост-амплификации, коробка 5, PN 20012203:
Реагенты для пре-амплификации (Pre-Amp Reagents), коробка 5:
--- стр. 255 ---
illumina
Компонент/ Фотографии Количество, Активные
Номер по каталогу объем/заполнсни ингредиенты, pH и
(PN) e, размеры: физические и
высота (Н)
длина (L) диаметр
химические свойства
(D)
11ланшет Количество: 2 11олинропиленовый
фильтровальный планшета микропланшет с
TruScq^^’ Custom Объем: н/п мембраной из
Amplicon Dx « = 5 л ^ 'fl модифицированного
(TruScq™ Custom l i i . l if полиэфирсульфона
Amplicon Dx Filter
Plate)
^ Я ^
1
f sc 1 ^ |9 „
Размеры Внешний вид: н/н
PN 20012590
L: 128,0 мм х
11; 86.0 мм X
Физическая форма: н/п
Цвет: н/н
D: 18,0 мм± 10% Запах: н/п
Реагенты для пре- и пост-а 1чплификации, коробка 5, PN 20012203:
Реагенты для пост-а 1чплификации (Post-Amp Reagents), коробка 5:
Буфер для элюции Количество: 1 Водный буферный
(Hlulion Buffer) пробирка
Объем: 4,8 мл
раствор
PN 20004093
1 Размеры Внешний вид:
L ... Пробирка: бесцветная жидкое гь
Н; 92,0 мм X D: Физическая форма:
f J 1
:
i | | | M
\
15,0 мм ± 10 % жидкость
Крынжа: Цвет: бесцветный
Ы : 18,0 мм X
D: 17 мм ±10 %
Запах: без запаха
Буфер для хранения Количество: 1 Водный буферный
библиотек (Library пробирка рас 1 вор
Storage Buffer) Объем: 3,5 мл
PN 20004094 Размеры Внешний вид:
■ f Пробирка: бесцветная жидкость
w s [i 11: 92,0 мм X Физическая форма:
S ^ D: 15,0 мм ± 10 % жидкость
Крышка: Цвет: бесцветный
Н: 18,0 мм X
D:17 мм ±10 %
Запах: без запаха
Реагенты для пре-амплификации (Pre-Amp Reagents), коробка 6, PN 20012204:
--- стр. 256 ---
illumina
Количество,
объем/занолнени
е, размеры:
высота (Н)
длина(L)диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
Пул праймеров Л
(Oligo Pool А -
Extended RAS)
PN 20012624
Количество: 1
пробирка
Объем: 150 мкл
Размеры
Пробирка:
11: 46,0 мм X
D: 10,5 мм ±10%
Крышка:
Н: 13,0 мм X
D ; 12,0 мм ±1 о %
Водный буферный
раствор, содержащий
ол и го ну кл еотид ы,
пацелеппые на гены RAS
Виетннй вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: прозрачная
Запах: без запаха
Пул праймеров В
(Oligo Pool В -
Extended RAS)
PN 20012625
11 раймеры
контрольные для
проверки качес гва
(QC Primers)
PN 20004096
Количество: 1
пробирка
Объем: 150 мкл
Размеры
Пробирка:
11: 46,0 мм X
D: 10,5 мм ±10%
Крышка:
Н: 13,0 мм X
D: 12,0 мм ± 10 %
Водный буферный
раствор, содержащий
ОЛИ1 оиуклео гиды,
нацеленные на гены RAS
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкосгь
Цвет: бесцвегный
Запах: без запаха
Количество: 4
пробирки
Объем: 75 мкл
Размеры
Пробирка:
Н; 46,0 мм X D;
10,5 мм ±10%
Крышка:
Н: 13,0 мм X D:
12,0 мм ±10 %
Водный буферный
раствор, содержащий
олигонуклеотиды для
оценки качества образца
ДНК
Внешний ви/{:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бес цвети 1>1Й
Завах: без запаха
--- стр. 257 ---
illumina
Количество,
объем/заиолнени
е, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
иигредиенты, pH и
физические и
химические свойства
Д1 (К кот рольная
для проверки
качества (QC
Template)
PN 20004097
Смесь для
количественной
П11,Р (qPCR Master
Mix)
PN 20004098
Количество: 1
пробирка
Объем: 220 мкл
Размеры
Пробирка:
Н: 46,0 мм X
D: 10,5 мм ±10%
Крышка:
Н: 13,0 мм X
D: 12,0 мм ±10%
Водный буферный
раствор, содержащий
геномную ДНК для
опенки качества
образцов
Внешний вид:
бссцгютпая жидкое гь
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Завах: без запаха
Количество: 2
пробирки
Объем: 1 мл
Размеры
Пробирка:
Н; 46,0 мм X
D: 10,5 мм ±10%
Крышка:
11: 13,0 мм X
D: 12,0 мм ±1 о %
Водный буферный
раствор, содержащий
компоненты кП11,Р
Внешний вид:
бссцыетиая жидкое гь
Физическая форма:
жидкость
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
Библиотека
копгрольная HAS
(Panel Control -
F.xtended RAS)
PN
20012626
Количество: 1
пробирка
Объем: 8 мкл
Размеры
Пробирка:
Н: 46,0 мм X
D: 10,5 мм ±10%
Крышка:
Н: 13,0 мм X
D: 12,0 мм ±10 %
Водный буферный
раствор, содержащий
геномную ДНК для
положигельного
конгроля
Внешний вид:
бесцветная жидкость
Физическая форма:
жидкосгь
Цвет: бесцветный
Запах: без запаха
pH: 8
--- стр. 258 ---
illumina
Компонент/
Номер по каталогу
(PN)
Фотографии Количество,
объем/за и ол и е и и
е, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH и
физические и
химические свойства
Инструкция по
применению
PN 15054121
E«!enaedP“SPane*
L.-l в / . 1
I» '
Количество: 1
ШТ.
Объем: н/l I
Размеры: н/п
Описание:
Инструкция по
применению для набора
peai ентов Praxis
Extended RAS Panel
Бумага без покрытия
белого цвета
Руководство
справочное
PN 15054440
Количество: 1
HIT.
Объем: н/н
Размеры: н/п
Refe'e^ceGude
Описание:
Руководство справочное
для Набора реагентов
Praxis Hxtended RAS
Panel
Бумага без покрытия
белого цвета
--- стр. 259 ---
illumina
Компонент/
Номер по каталогу
(PN)
Фотографии Количество,
объем/заполнени
e, размеры:
высота (Н)
длина (L) диаметр
(D)
Активные
ингредиенты, pH н
физические и
химические свойства
Руководство Количество: 1 Описание:
справочное для J шт. Справочное руководство
программного Объем: н/п для программного
обеспечения Local
Run Manager для
модуля анализа
Praxis^’^' nxtended
RAS Panel
PN 1000000011875
Размеры: н/п обеспечения Local Run
Manager для модуля
анализа Praxis Lxtended
RAS Panel
Бумага без покрытия
белого цвега
11.4. Функциональное назначение компонентов медицинского изделия
Компонент Функциональное назначение
Реагенты для нре-амплификации (Pre-Amp Reagents), коробка 1А:
Буфер для гибридизации
(I lybridization Buffer)
Водный буферный раствор, содержащий соли и
денатурированные вещества для гибридизации
олигонуклеогидов на геномной ДПК.
Смесь для удлиннения-лигировапия
Lxtension-Ligation Mix)
Водный буферный раствор, содержащий ДПК-
полимеразу и ДНК-лигазу, катализирующие
присоединение локус-специфичных олигонуклеотидов,
находящихся выше по последовательности, к
олигонуклеотидам, находящимся ниже по
I юсл едоватсл ьности.
Праймеры индексированные А (А501)
- Н (А508) (Index Primers А (А501)
Восемь (А501-А508) и двенадцать (А701-А712)
индексированных праймеров ПЦР для упиверсщ 1ьной
амплификации лигированных продуктов. Праймеры
включают последовательность-метку, специфичную
образцу. В праймеры также включены
последовательности Р5 и Р7, комплементарные
последовательностям нуклеотидов захвата,
фиксированных в ячейке проточной.
Праймеры индекеированные 1 (А701)
-12 (А712) (Index Primers 1 (А701)
ПЦР полимераза (PCR Polymerase) ДНК-полимераза используется на л апе ПЦР.
Смесь для ПЦР (PCR Master Mix) Водный буферный раствор, содержащий соли и dNTP,
необходимые для ПЦР-амплификации.
Реагенты для пост-амплификации (Post-Amp Reagents), коробка 1В:
--- стр. 260 ---
illumina
Компонент Функциональное назначение
Разбавитель для разведения
библиотек при нормализации (Library
Nomialization Diluent)
Водный буферный раствор, используемый для
разведения микрогранул для нормализации библиотеки
перед процедурой нормализации образца при помощи
микрогранул.
Буфер для разведения библиогск
(Library Dilution Buffer)
Водный буферный раствор, используемый для
разведения образца библиотек перед загрузкой в
каргридж MiSeqDx SBS v3 (MiScqDx SBS Cartridge
v3)
Контроль внутренний PhiX (PhiX
Internal Control)
Водный буферный раствор, содержащий геномную ДНК
PhiX (гоговая библиогска), который добавляют в
нормализованный образец библиотеки перед загрузкой в
каргридж MiSeqDx SBS v3 (MiSeqDx SBS Cartridge
v3). Используется для выявления проблем
секвенирования.
Pcai ен гы для ност-амнлификации (Post-Amp Reagents), коробка 2:
Картридж MiSeq"^ Dx SBS v3
(MiSeq™ Dx SBS Cartridge v3)
Картридж однократного применения, содержащий
реагенты для образования кластеров и секвенирования.
Объединенные библиогски добавляют в картридж,
картридж вставляют в генетический секвенатор MiSeqDx,
Реагенты для пре-амплнфикации (Pre-Amp Reagents), коробка ЗА:
Буфер для интенеивной огмывки
(Stringent Wash Buffer)
Буфер для интенсивной промывки с низкой
концентрацией солей используют для удаления
негибридизированных олигонуклеотидов из образца на
плантете для фильтрования.
Буфер универсальный, промывочный
(Universal Wash Buffer)
Солевой буфер используют для удаления избыгка буфер
для интенсивной промывки из образца на нланщете для
фильтрования, подгоювленного для удлинения-
лигирования.
Peai енты для пост-амнлификании (Post-Amp Reagents), коробка ЗВ:
У1икрочастицы для очистки ПЦР-
продуктов (PCR Clean-Up Beads)
Магнитные микрочастицы для очистки ПЦР-нродуктов.
Раствор промывочный для
нормализации библиотек (Library
Normalization Wash)
Водный буферный раствор, содержащий соли, 2-
меркантоэтанол и формамид, используется для удаления
несвязавщихся ампликонов в процессе нормализации
образца при помощи микрогранул.
Микрочастицы для библиотеки
(Library Beads)
Водный буферный раствор, содержащий твердофазные
парамагнитные микрочастицы, позволяющие
нормализовывать количество продуктов ИЦР,
полученных для разных образцов.
Ячейка проточная MiSeq™ Dx
(MiSeqDx Flow Cell)
Одноразовая стеклянная подложка с ковалентно
связанными олиюнуклео гидами для захвата и
твердофазной амплификации и секвенирования целевых
последовательностей, созданных при приготовлении
библиотеки.
Реагенты для пост-амплификации (Post-Amp Reagents), коробка 4
--- стр. 269 ---
mumina
13. Описание iviapKiipoBKii и упаковки мсдииниско! о изделия
13.1 Транспортная упаковка
Транспортная упаковка содержит следующую информацию:
- торговое и полное наименование изделия;
- наименование и адрее изготовителя изделия;
- товарный знак
- требования к уеловиям хранения и траненортирования изделия;
- номер партии;
- предупреждения и меры предоеторожноети в отношении изделия, которые необходимо исполнять,
манипуляционные надписи;
- число единиц потребигельской упаковки изделий в групповой упаковке, многооборотной таре или
транспортной таре;
масса нетто и масса брутто на групповой упаковке изделий, многооборотной таре или транспортной
rape;
- номер заказа;
- масса нетто сухого льда (для коробок е сухим льдом).
Коробка
Коробки 1,2, 6
Условия храпения
(-25 °С до
-15 °С)
Описание Фоюграфни
Коробки помешены в
контейнер е сухим льдом
(Dry Ice) и контейнер
помещен в коробку из
гофрированного картона.
--- стр. 270 ---
illumina
Коробки 3, 4 Коробки помещаются в
Условия хранения: гофрированную картонную
от 2 °С до 8 °С коробку с синими
упаковками охлаждающего
льда/геля (Blue Ice/Gel).
Условия хранения
(15°СдоЗО°С)
Коробки, хранящиеся при
комнатной температуре и
не требующие хранения в
холоде, помещены в
коробку из
гофрированного картона.
Маркировка:
Маркировка Hoiviepa заказа:
ORDER NUMBER
NUMBER OF PIECES
TOTAL GROSS WEIGHT
Маркировка для трапспорпюй коробки с сухим льдом:
--- стр. 271 ---
illumina
•Интерпретации символов
--- стр. 272 ---
Illuniina® Логотип компании
illumina
13.2. Вторичная упаковка
Фотографии Масса и
размеры
коробок
Длина(L)
Ширина (W)
Высота (Н)
Миллиметры
(мм)
Масса: 0,315 кг ±
10%
Размеры:
L: 150 мм X
W: 95 мм X
И: 105 мм
± 1 0%
Масса: 0,116 кг ±
10%
Размеры:
Н; 90 мм X
W: 65 мм X
11: 102 мм
± 1 0%
Масса: 0,095 кг ±
10%
Размеры:
L: 90 мм X
W: 65 мм X
Н: 102 мм
± 10%
--- стр. 273 ---
illumina
--- стр. 274 ---
Коробка/PN Фотографии
Коробка 4
20012202
Коробка 5
20012203
Коробка 6
20012204
illumina
iHumina
[iM^ 20012204
fl0^A121SS0
^ 24
у 2020-02-20
«I
Ргв«1** Ext«nd*d ЯА5 Panol g/g
f!5 » «
щ ф т в »
ш Ш 'Ш т
-2в*С -X
ЦИх |^^^S<ieiA?8fd
«ДШКм^шиш
е*1»«м««1гм>ммi9>* (101А «2Т9Мillumina'
Масса и
размеры
коробок
Длина(L)
Ширина (W)
Высота (Н)
Миллиметры
(мм)
_________
Масса: 1,320 кг -t
10%
Размеры:
L: 155 мм X
W: 80 мм X
Н: 180 мм
± 10%
Масса: 0,309 кг ±
10%
Размеры:
L: 159 мм X
W: 115 мм X
Н: 134 мм
4 10%
Масса: 0,075 кг ±
10%
Размеры:
11: 90 мм X
W:55 мм X
Н: 55 мм
± 10 %
--- стр. 275 ---
illumina
13.3. Маркировка bi оричной упаковки
Маркировка на упаковке изделия Набора реагентов Praxis Extended RAS Panel показана на рисунке:
Маркировка изделия Набора рсагетов Praxis Extended RAS Panel
Рисунок: Маркировка изделия Набора реагентов Praxis Extended RAS Panel - Маркировка на
в 1 оричной (наружной) упаковке
Вторичная упаковка
Коробка 1 — PN 20012195, Набор реагетов Praxis^^^ Extended RAS Panel - 1/6
Маркировка упаковки
Praxis* Extended RAS Panel 1/6
;«EF 20012195 II
jW 1234556
?00121R5
yiiiJe^ I II! II1III!
T 24
i iiiii III m ill III__
Ъ с 2016-04-26 RQT3I13940
■■ -15'C
HH 9*' • h i *!> -25’C 1
lOtyW Xie^^OOTOOee
200*?305ЭО
IVD EE E3
lumina
Praxis* Extended RAS Panel 1/6
-15*CREP 20012195
tot] 1234556
_ 2016-04-26
-25'C-l
illumina
Макет c названиями компонентов
--- стр. 276 ---
Praxis* Extended RAS Panel
illumina
1/6
Hybndtiaition
Eit^ntion-Ligaiton Wii
PCR Mailer M ix
PCR Poiyrrarata
Irtdai Primara A|A$0t)-H(A508|
Irrdax Pnmari 1(A70‘ >-12(A71?|
Library Mormahaaitor Diitjani
Library OiKriion Buttar
PhiX Internal Control
Label Pfg 2M12215 00
1 X 4 32 ml
1 X 4 8 ml
1 X 2.8 ml
1 X Se ul
1 X 192 lH
1 X 128 Ы
1 X 4 6 rnl
2 X 4 S ml
1 X 10 ul
llumina
•vwwiHuminecr'm
-хоробка lA - PN 20012196, Набор рсагетов Praxis'^ Extended RAS Panel - lA
Маркировка упаковки
Praxis* Extended RAS Panel 1A
Pre-AMP
REF 20012196
1234556
~ 24
__ 2016-04-26
i 4 nt
iiO C ..ir^r, Л»,t|- ■*
iyfelV (01>0081в2Г002008«
|1Гчв04?в
70017706 00
iv d | j i
illumina
V w**» Mv*’' г a
Praxis* Extended RAS Panel
R E F 20012196
1234556
2016-04-26
1A
-25*C i
--15*C
illumina
Маркировка компонентов
--- стр. 277 ---
Praxis® Extended RAS Panel 1A
illumina
Mybridiiition Bufftr 1 X 4 32 ml
Exttntion-Ligttion Mix 1 x 4 8 ml
PCR Poiym*''ts* 1 X 66 ul
PCRMtf»*rMix 1x28 ml
!na*x <»rim*f« A(A601)-H{A608) 1 x 192 ul
lnd*x Prim*rj 1(A701J-12(A712) 1 x 128 ul
.»b«lPN. 20012216 00
illumina
w w w .illu m in a .c o m
Маркировка c предупреждением об опаепости
DX OHS1 (Contains Formamido. Sodium Chloride)
< $ > < $ >
^ -V May damage feiilily.
f \ May damage unborn child.
• Causes serious eye irritation.
DANGER
Obtain special instruct ons before use. Do not nandic unt I
<t|| safety precautions have been read and understood. Use
personal protective equipment as required. Wash thoroughly
after handing. Wear protective gloves and eye/face protection.
IF exposed or concerned. Get medical advice/atten’.ion.
ir IN EYES: Rinse cautiously with water for several minutes.
Remove contact lenses, if present and easy to do. Continue
rinsing. I'eye irritation persists: Get medical advico/attention.
Store lof.sed up. Dispose of contents/contamer in accordance
with local/regionalnational'international regulations.
www.iiumina.r.on^
1-800-809-'1&66
_ah»?| PN. 15041619.A
--- стр. 278 ---
illumina
Part Number;PN 15041619
Revision; A
Item Description;LBL,Hazard 1.34x1.34
_DX#-OHS1
PMS Color;PMS 6C (Black)
PMS 179C(Red)
Date: 03.06.2013
Designer: Brandy Schmidt
—
illumina'
Коробка IB - PN 20012197, Набор реагентов Praxis ' Extended RAS Panel - IB
Ларкировка упаковки
Praxis* Extended RAS Panel 0
JPost-AMP
R E F* 20012197llllllllllllillllllll
20012197
W 1234556 lllilllllllllllllllli:|
1254556
\'^24 llllllllllllllllllllllllllillllll
. - R G T3113961
^ 2016-04-26
II Л»,
1>- '«s: ^SJI
*-15*C
-25”C 1
(0l|(K 1tie?70a7<M )88 L'.W-; (17il604?e ^J^.10i1244556 IV D ■ |R . On vl 1 i
L»b«: "N ?ooi?jo:oo illumina
Praxis* Extended RAS Panel 1B
M Ej 20012197
l o f 1234556
■' 2016-04-26
■ -15'C
-25•c 1
illumina
Маркировка компонен юв
--- стр. 279 ---
iliumina
Praxis® Extended RAS Panel 1B
L-brar, NomaMiation 0>u«nt 1 i 4 6 ml
Library O'M'ori Во^«' 3 X 4 6 m
PhiX Intarnal Control ’ * 10 ul
Lab*i PN 20013217 00
iliumina
w w w .illu m in a .c o m
Маркировка c предупреждением об опасности
DX LNA1
< $ > Ф
DANGER
(Conla ns Tornamdo Sodiurr Chlcuidm
V d y dam age (e^'jlily.
V a y dam age unborn ch |d.
C^a..s«;s Sf:'- oils i*ye rri!a!ion.
O btain spec al instructions b e 'o 'e use. D o ro t па^сЯе ,.ntil
all safety precautions have been road a "d unoo 'sto o d . U se
porse- al protective e g ii p rie o t as required. W ash thoroughly
after tiandling. W ear protective tjloves ar'd eye.'farie protection.
If exposed o'" co ''co r''e d : G et m edical advirxi.'attcntion.
F IN r v r s R inse cautiously w ith w ater for several rTnnutes.
K e n ove contact lei ses. if present anc easy to do. C o n iiru e
m s irq , |f eye im ta t o r persists G et m edical acvice.attention.
S tore locked .ip. D ispose o f contents/container m accordance
with |o !:e l're [jio ''a |/n a lio o a l/i''te m a tio ra | regulations.
W.VW. Iu m in a .co m
1-800-fi09u4S66
LatxilPN 1S041618.A
--- стр. 280 ---
illumma
Part Number: PN 15041618
Revision: A
Item Description: LBL,Hazard 1.34x1.34
_DX#-LNA1
PMS Color: PMS 6C (Black)
PMS 179C(Red)
Date: 03.06.2013
Designer: Brandy Schmidt
illum m a
Коробка 2 - PN 20012198, Набор реагентов Praxis^^* Extended RAS Panel - 2/6
Ларкировка упаковки
Praxis* Extended RAS Panel
[ref 20012198
1Ш 1234556
' 24
^ 2016-04-26
i> -
Vi '*i ^>OOiie?ri307CiO*e
I *b*i M01??0ec»
Praxis* Extended RAS Panel
2/6
RGT3113941
-2S‘C
-15*C
IVD Rji r>n V
illumma'
- if» -ЧП* -©44
2/6
R E F 20012198
[1^1234556
_ 2016-04-26
'■ -15*C
-25*C'i
illumma*
Маркировка компонента
--- стр. 281 ---
illumina
Praxis® Extended RAS Panel 2/6
M iS«qO x* S8S C artridge 2x1
Коробка 3 - PN 20012199, Набор реагентов Praxis^'^ Extended RAS Panel - 3/6
Маркировка упаковки
Praxis* Extended RAS Panel
[rIf 20012199
[lot] 1234556
24V
^ 2016-04-26
M Vi Л».1^1 »• .
^'"OOi162?00?00»e
; !7ИЙ0-|?Л
)10(1?>45ie
70017?0«00
Praxis^ Extended RAS Panel
3/6
2 * C 'i
IVD
8 * C
и С З
illumina
3/6
^ 20012199
[^ 1 2 3 4 5 5 6
_ 2016-04-26
8 'C
2C -1
illumina
Маркировка компонентов
Praxis® Extended RAS Panel
Stnng«m \A/a«h Buffer
Universal Wash Buffer
PCR Clean4Jp Beads
vibrarv Normaiiiaiion Wash
Library Beads
^■SeqDa* riOM Call
1 X 24 ml
1 X 4 8 mi
1 X & ml
2 X 4 8 ml
1 X 1 2 mi
2 X 1
3/6
Label Pfi 20012219 00
llum ina
illum ine.corn
Коробка ЗА - PN 20012200, Набор реагентов Praxis^Extended RAS Panel - ЗА
Маркировка упаковки
--- стр. 282 ---
Praxis* Extended RAS Panel
Pre-AMP
^ 20012200
ToT 1234556
^ 24
2016-04-26
innooiiiDriMi-aoit
L*r«t ^ roo’jjiooo
RGT31139S4
ЗА
•c 1
8*C
2*C
IVD
illumina
illumina
Praxis* Extended RAS Panel ЗА
REF 20012200
lOT 1234556
2016-04-26
•c-i'
8'C
llum ina
Маркировка компонентов
Praxis® Extended RAS Panel ЗА
CrtUt'M wm^ Bue»r ’ » 4 e rni
Strn3#r« W ti»' 1 X 24 mi
Lab* 20012220 00
illumina
yiiwvv.illurrina.com
Маркировка c предупреждением об опасности
--- стр. 283 ---
DX# SW1 (Conlairs rorniT'iido, Snrtuni C‘iorido)
4 >Ф
DANGER
May aa’'iago ffidility.
May Oai'iaye untx^rn ch И.
Causes serious eye irritation.
Obtain spec a| instructions be*o’’e use. Do rot ha-'dle until
all safely precautions have been read a>^d unde'’Stood. Use
persu^'al protective еоИ'рте'И as required. Wasfi tt’o'ouy^’ly
after ha idling. 'Л'еаг protect ve gloves and cyc''ace protection.
F HxoDsed D' rtmr er'^ed Gel "Mniical advice/atlentinn.
F IN h'^hS: 4rse cautiously with water for several rnrules.
F^en’ovo contact lenses, it present ana easy to do. Cont njc
rinsing, |f eye ir'- tation persists: Get medical aavice/attent on.
Slore loi. keO up. Dispose of co''lents.’'r:o''tainer in accordance
with Ioc3lregio'-3l.''nat'0"'al.'ir’tematioral regulations.
illumina
W W W . ii imir'a.ctni
*-H fJC4JO iM bt3f3
Label PN: 15041620.01
(gray shaded areas
represent varnish
over preprint)
Коробка 3B - PN 20012201, Набор реагентов Praxis^ Extended RAS Panel - 3B
Маркировка упаковки
Praxis* Extended RAS Panel 3B
jPost-AMP
йЕР 20012201
LOT 1234556
^ 2016-04-26
АлЛШ Ш ‘.«ч ‘л щ у » .la
tOlKX)t1«77O07OOt«
8‘C
2C i
iv d | I^.'^
illumina
Praxis* Extended RAS Panel 3B
wef 20012201
ipT 1234556
2016^4-26
8’C
2’C 1
illumina
Маркировка компонентов
--- стр. 284 ---
illumina
Praxis* Extended RAS Panel 3B
»CR Cl«»n.jp Baadt i x 6 mi
Norrr.alijat or ’A atf 2 * 4 0 m
^ b'iry d«adi 1 X 1 i ml
'«liSapC** f‘0<e> Col 2x1
t.«b* RN 20012221 00
illumina
w w w .illjr T tn a .c o m
^Ларкировка c предупреждением об опасности
DX LNW1 (Corlains Сипе Ac d Wonohycrate
Fonna'Midc. Sodium Chbrioo)
4><t>
DANGER
» -V May damage fertil ty.
f \ Way dariaqo unOorp с'чМ.
Causes serious eye irr tation.
Obtain stior.ial instruriliops before use. Do not liande until
.iM saloly procautKjPS nave be*m read and urderslood. Use
pemonal p'otectiye equipment as requ '•ed. Wash thoro.igtily
after handling. Wear protective gloves and eye.'face protectior.
IF exposed or concerned Gel medical advicciallonlior.
IF IN FYFS Rii'se caulio.isly vv l‘i watei 'or several rrinules.
Rerrove contact lenses if present ard easy to do. Continue
rips ng, If eye irrilat on pe'sists Gel mecical advw.e.attention.
Store locked up. Dispose of contents.'corla ner in accordance
with local’regiora|.'rialionalin.ornatioral 'egulatrons.
label PN 1Ь04161/.ЛWWW.Humina.com
1Jj0fWt0tM56e
Part Number: PN 15041617
Revision: A
Item Description: LBL.Hazard_1 34x1 34
_DX#-LNW1
PMS Color: PMS 6C (Black)
PMS 179C(Red)
Date: 03.06.2013
Designer: Brandy Schmidt
illumina’
Коробка 4 - PN 20012202, Набор реагентов Praxis^^^ Extended RAS Panel 4/6
--- стр. 285 ---
Praxis'* Extended RAS Panel 4/6
20012202
1234556
24
2016-04-26
t иммиге
-O C j«22'.2 O C
B *C
2'C -1
IVD
lumina
Praxis* Extended RAS Panel 4/6
ftEF 20012202
iT ^ 12 34556
__ 2016-04-26
8’C
2‘c -i
lumina
MiS«qOx* SBS Solution (PR2)
.*b*l PN 20012222 00
illumina
«•w c er
illumina
Маркировка компонента
Praxis* Extended RAS Panel 4/6
Коробка 5 - PN 20012203, Набор реагентов Praxis^^ Extended RAS Panel - 5/6
Маркировка упаковки
--- стр. 286 ---
Praxis* Extended RAS Panel 5/6
[BiF 20012203
[lot] 1234556
24
~ 2016-04-26
.iriiefUM
H t». >**J ?»1??'3 00
30‘C
15'C --
IVD' -or,
illumina
ClutiOn
■'ruSeq* Cuitom AmpliCOfi Dt P lji*
1 ■ 4 I ml
1 < 3 4 ml
г» 1
L»e«Wl 7001222)00 illumina
illumina
Praxis’ Extended RAS Panel
20012203
1^1234556 15-c 1
_ 2016-04-26
5/6
30'C
lumina
Маркировка компонентов
Praxis® Extended RAS Panel 5/6
Коробка 6 - PN 20012204, Набор реагентов Praxis^''^ Extended RAS Panel - 6/6
--- стр. 287 ---
Praxis* Extended RAS Panel
1 ^ 20012204
1234556
^ 24
~ 2016-04-26
■ 4 « 1 й 1 Ъ » п а !a;
wiy
Ч*- >l»«^ .A%il77li4A
(01)00816270020088 IVD | ;«■<>> ГТГ!
„7)160426 ---------' -----------
£^(10,1234566
illumina
•h«i PN 2001?714CC
wwwillumind.com
illumina
Маркировка компонентов
Praxis® Extended RAS Panel
о с P rm *r* 4 X 75 ul
Oiigc Poo A 1 X 15C ul
Oiigo Pool В 1 X 15C ul
P«n* Control 1 X 8 jl
QC ■^«mpiiu 1 X 220 ul
qPCR M iito r Mix 2 X ’ mi
6/6
w ib«iP N 2X 12224 ОС
illumina
w w w .illu rm n d .c o m
13.5. Примеры дополнительной маркировки на русеком языке:
--- стр. 288 ---
illumina
Коробка /
Набор реагентов Praxis™ Extended RAS Panel для качественного определения статуса специфических
мутаций генов RAS {KRAS (экзопы 2, 3 и 4) и NRAS (экзоны 2, 3 и 4)) методом секвенирования нового
поколения в пробе геномной ДНК человека, выделенной из образцов тканей колоректального рака,
фиксированных в формалине, и заключенных в парафиновые блоки в составе;
Peai енты для пре- и пост- амплификации, коробка 1:
Реагенты для пре-амплификаини (Pre-Amp Reagents), коробка 1 А:
Буфер для г ибридизации (1 lybridizalion Buffer) - 1 пробирка (4, 32 мл/пробирка).
Смесь для удлинения-лигирования (Extension-Ligation Mix) - I пробирка (4,8 мл/пробирка).
Праймеры индексированные А (А501) - Н (А508) (Index Primers А (А501) - 11 (А508)) - I пробирка ;ц]Я
каждого праймера (192 мкл/пробирка).
Праймеры индексированные I (А701) -12 (А712) (Index Primers 1 (А701) - 12 (А712)) - 1 пробирка для
каждого праймера (128 мкл/пробирка).
ПЦР полимераза (PCR Polymerase) - 1 пробирка (56 мкл/пробирка).
Смесь для 1ЩР (PCR Master Mix) - 1 пробирка (2,8 мл/пробирка).
Реагенты для посз-амплификации (Post-Amp Reagents), коробка 1В:
Разбавитель для разведения библиотек при нормализации (Library Normalization Diluent) - 1 пробирка
(4,6 мл/пробирка).
Буфер для разведения библиотек (Library Dilution Buffer) - 2 пробирки (4,5 мл/пробирка).
.'онтроль внуфенний PhiX (PhiX Internal Control) - 1 пробирка (10 мкл/пробирка).
-*ei истраииоииое удостоверение
№ _________от
__________г.
Условия хранения, номер партии, срок годности и фафические символы см. на оригинальной
упаковке.
Только для диагностики ин витро.
Для профессионального применения.
Производитель:
«Иллюмина, Инк.», США, (Illumina, Inc.)
5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (5200 Illumina Way, San Diego,
California 92122, USA)
Уполномоченный представитель производителя:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпус 1, этаж 1, помещение V, комната 9
Гелефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: +7 (495) 956-79-38
e-mail; 1п1'о(Й!фЬагт.ги
* Окоичат ельиан версии маркировки мож ет быть изменена но реш ению производителя
--- стр. 289 ---
I
Коробка 2
Набор реагентов Praxis^Extended RAS Panel для качественного определения статуса специфических
мутаций генов RAS {KRAS (жзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоны 2, 3 и 4)) методом секвенирования нового
поколения в пробе геномной ДНК человека, выделенной из образцов тканей колоректального рака,
фиксированных в формалине, и заключенных в парафиновые блоки в составе:
Peai енты для 11ист-а 1У1пл 11ф|1кации (Post-Amp Reagents), коробка 2:
Картридж MiSeq™ Dx SBS v3 (MiSeq’^ Dx SBS Cartridge v3) - 2 картриджа
Ретстрациоиное удостоверение
№ _________от__________г.
Условия хранения, номер партии, срок годности и графические символы см. на оригинальной
упаковке.
Только для диагносгики ин визро.
Для профессионального применения.
Производитель:
«Иллюмина, Инк.», США, (Illumina, Inc.)
5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Дие 1 0, штат Калифорния, 92122, США (5200 Illumina Way, San Diego,
California 92122, USA)
Уполномоченный представитель производителя:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпус 1, этаж 1, помещение V, комната 9
Телефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: +7 (495) 956-79-38
I e-mail: info@rpharm.ru _______________________
* Окончательная версия маркировки мож ет быть т менена но реш ению производит еля
Коробка 3
llumina
Набор реагентов Praxis™ Extended RAS Panel для качественного определения статуса специфических
мутаций г енов RAS (KRyiS (экзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоны 2, 3 и 4)) метолом секвенирования новою
поколения в пробе геномной ДНК человека, выделенной из образцов тканей колоректальною рака,
фиксированных в формалине, и заключенных в парафиновые блоки в составе:
Реагенты для пре- и пост- амплификации, коробка 3:
Реагенты для пре-амплификации (Pre-Amp Reagents), коробка ЗА:
Буфер для интенсивной отмывки (Stringent Wash Buffer) - 1 флакон (24 мл/флакон).
Буфер универсальный, промывочный (Universal Wash Buffer) - 1 пробирка (4,8 мл/пробирка).
Реаген ты для пост-амплификации (Post-Amp Reagents), коробка ЗВ:
Микрочастицы для очистки НЦР-продуктов (PCR Clean-Up Beads) - I пробирка (5 мл/пробирка).
Раствор промывочный для нормализации библиотек (Library Normalization Wash) 2 пробирки (4,8
мл/пробирка).
Микрочастицы для библиотеки (Library Beads) - 1 пробирка (1,2 мл/пробирка).
Ячейка проточная MiSeq™ Dx (MiSeq'”^^ Dx Flow Cell) - 2 резервуара (1 ячейка на резервуар).
егистрациопнос удостоверение
№
________от__________г.
Условия хранения, номер партии, срок годности и графические символы см. на оригинальной
упаковке.
Только для диа 1 ностики ин витро.
Для профессионального применения.
Производитель:
«Иллюмина, Инк.», США, (Illumina, Inc.)
5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (5200 Illumina Way, San Diego,
California 92122, USA)
Уполномоченный представитель производителя:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпус 1, этаж 1, помещение V, комната 9
1'елефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: +7 (495) 956-79-38
e-mail: info@rpharm.ru
* О кончательная версия маркировки мож ет быть изменена по реш ению производит еля
Коробка 4
Набор реагентов Praxis™ Extended RAS Panel для качественного определения статуса специфических
мутаций генов RAS {KRAS (экзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоны 2, 3 и 4)) методом секвенирования нового
--- стр. 290 ---
mumina
поколения в пробе геномной ДНК человека, выделенной из образцов тканей колоректально 1 0 рака,
фиксированных в формалине, и заключенных в гшрафиновые блоки в составе:
Реагенты для пост-амплификацин (Post-Amp Reagents), коробка 4:
Буфер MiSeq^”^’ Dx SBS (PR2) (MiSeq™ Dx SBS Solution (PR2) - 2 флакона (500 мл/флакон).
Регистрационное удостоверение
№ _________от__________г.
Условия хранения, номер партии, срок годности и графические символы см. на оригинальной
упаковке.
Только ;ц 1я диагностики и и витро.
Для профессионального применения.
Производитель:
«Иллюмина, Инк.», США, (Illuinina, Inc.)
5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (5200 lllumina Way, San Diego,
California 92122, USA)
Уполномоченный представитель ироизводитсля:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпуе 1, этаж 1, помещение V, комната 9
Телефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: +7 (495) 956-79-38
e-mail: info@rpharm.ru
* О кончательная версия маркировки момсет быть т менена но реш ению нрот водит еля
оробка 5:
Набор реагентов Praxis^'^’ Extended RAS Panel для качественного определения статуса специфических
мутаций генов RAS (KRAS (гжзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоиы 2, 3 и 4)) методом секвеиирования новог о
поколения в пробе геномной ДНК человека, выделенной из образцов тканей колоректального рака,
фиксированных в формалине, и заключенн 1.1х в парафиновые блоки в составе:
Реагенты для нре- и 1 1 0ст-ампл 1|ф||кац||н, коробка 5:
Реагенты для ире-амилификаиии (Pre-Amp Reagents), коробка 5:
11ланшет фильтровальный TruSeq*^*^^ Custom Amplicon Ux (TruSeq^'^^ Custom Amplicon Dx Filter Plate) -
2 ШТ.
Реаген гы для посг-амплификаиии (Post-Amp Reagents), коробка 5:
Буфер для элюции (Elution Buffer) - 1 пробирка (4,8 мл/пробирка).
Буфер для хранения библиогек (Library Storage Buffer) - 1 пробирка (3,5 мл/пробирка).
Регистпаиионнос удостоверение
№ ________от _________I.
Условия хранения, номер партии, срок годности и графические символы см. на оригинальной
упаковке.
Только для диагноез ики ин визро.
(ля профессионального применения.
Лроизводитель:
«Иллюмина, Инк.», США, (lllumina, Inc.)
5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (5200 lllumina Way, San Diego,
California 92122, USA)
Уполномоченный представитель производителя:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпус I, этаж 1, помещение V, комната 9
Телефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: +7 (495) 956-79-38
e-mail: info@rpharm.ru
* О кончательная версия маркировки мож ет быть т менена но реш ению нрот водит еля
Коробка 6
Набор реагентов Praxis™ Extended RAS Panel ;шя качественного определения сзатуса специфических
мутаций генов RAS (KRAS (экзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоиы 2, 3 и 4)) методом секвеиирования новою
поколения в пробе геномной ДИК человека, выделенной из образцов тканей колоректального рака,
фиксированных в формалине, и заключенных в парафиновые блоки в сосзаве:
Реагенты для пре-амплификации (Pre-Amp Reagents), коробка 6:
Пул праймеров А (Oligo Pool А - Extended RAS) - 1 пробирка (150 мкл/нробирка).
Пул праймеров В (Oligo Pool В - Extended RAS) - 1 пробирка (150 мкл/нробирка).
Праймеры конгрольные Д 1я проверки качества (QC Primers) -4 пробирки (75 мкл/нробирка).
ДНК контрольная для проверки качества (QC Template) - 1 пробирка (220 мкл/пробирка).
--- стр. 291 ---
Ilumina
Смесь для количественной ПЦР (qPCR Master Mix)-2 пробирки (1 мл/пробирка).
Библиотека контрольная RAS (Panel Control - lixtended RAS) - 1 пробирка (8 мкл/пробирка).
Регистрационное удостоверение
№ _________от__________г.
Условия хранения, номер партии, срок годности и графические символы см. на оригинальной
упаковке.
Только для диагностики ин витро.
Для профессиональною применения.
Производитель;
«Иллюмина, Инк.», США, (lllumina, Inc.)
5200, Иллюмина Уэй, г. Сан-Диего, штат Калифорния, 92122, США (5200 lllumina Way, San Diego,
California 92122, USA)
Уполномоченный представитель производителя:
ООО «Р-Фарм Интернешнл»
Россия, 123154, г. Москва, ул. Берзарина, д. 19, корпус 1, этаж 1, помещение V, комната 9
Телефон: +7 (495) 956-79-37, Факс: t 7 (495) 956-79-38
c-mail: info@rpharm.ru
* О кончательная версия маркировки мож ет быть изменена но реш ению производителя
3.6. Значение символов
Символ Определение
ш Обратитесь к ииезрукции по применению
11роивводитель
W
Содержимого достаточно для проведения п-
количества гсстов
■ Не допускать воздейс твия солнечною света
1 Температурный диапазон
Гу Использовать до/дата истечения срока i одности
IVD Медицинское изделие для диагностики in
vitro
LOT Номер партии
REF Номер по каталогу
SN Серийный номер
Label PN 11омер компонента
C € Обозначение ЕС
lllumina® Логотип компании
Код QR
--- стр. 292 ---
iMumina
iiiiiiiiiiiii Штрихкод
Только по назначению
Ф Ф
ОПАСНОСТЬ
Может оказываз ь токеичеекое действие на
репродуктивную функцию
Может оказывать токсическое действие на плод
Вызывас! выраженное раздражение глаз_______
ОПАСНОСТЬ
Может оказывать токсическое действие на
репродук! ивную функцию
Может оказывать токсическое действие на плод
ОСТОРОЖНО!
Может вызывать кожные аллергические
реакции
DX LNW1
DX: сокращение для «диагностики»
LNW1: Раствор промывочный для
нормализации библиотек 1 (Library
Normalization Wash 1)
DX LNA1
DX: сокращение для «диагностики»
LNAI: Дополнительные реагенты для
нормализации библиотеки (Additives)
DX OHS1
DX: сокращение для «диагносз ики»
OHS1: Раствор 1 для гибридизации
олигонуклеотидов
DX# SW1
DX#: сокращение для «диагностики»
SW: Буфер для ин тенсивной отмывки
(Stringent Wash I)
DX# PR2
DX#: сокращение для «диагностики»
PR2; Буфер MiScq™Dx SBS (MiSeq™Dx SBS
Solution)
В дополнение к маркировке набор реагентов Praxis Extended RAS Panel Kit сопровождается
инструкцией по применению, справочным руководством и руководством справочным для
программного обеспечения Local Run Manager для модуля анализа Praxis™ Extended RAS Panel
В инструкции по применению набора реагентов Praxis Extended RAS Panel приведены: назначение
изделия, описание и разъяснение методики анализа, клинические условия применения, мутации RAS,
принцип методики, ограничения методики, компоненты набора, реа 1снты, условия хранения и
использования и т. д.
14. Список материалов животного и (или) человеческого происхождения с информацией об их
биологической совместимости и безопасности, выборе исгочника (донора), отборе проб,
обработке, хранении и обращении с такими материалами.
Не применимо. Примечание! ДНК, которая содержится в составе некоторых компонентов, не была
выделена из животною или человеческого материала.
--- стр. 293 ---
illumina
15. Ссылки на иредыдущнс версии медицинскою изделия или схожие версии медицинского
изделия, находящиеся в обращении, если информация о подобных изделиях или предыдущих
версиях медицинского изделия включена в гехническую документацию для подтверждения
соответствия i ребованиям безопасности и зффскгивносз и
Не применимо.
16. Информация из Государсз венною peecipa лекарственных среде i в и изделий медицинского
назначения, относящаяся к следующим веществам, содержащимся в медииинском изделии
Не применимо.
17. Описание метода стерилизации, валидации меюдов стерилизации (включая тес гы на
биоиагрузку, иирогенность и остаточные С 1ерилизующий агент) и ва. 1 ндацин методов упаковки
(если медицинское устройство поставляется в стерильном состоянии).
Набор реагентов Praxis Extended RAS Panel не содержит компонентов, требующих стерилизации.
18. Рабочие характеристики
Характеристики Значение
Аналитическая чувствительность
(Диапазон ДНК) (Analytical sensivity (DNA
Input Range))
1200-25 НГ
Аналитическая чувстви гсльность
(Диапазон dCq) (Analytical sensivity (Range
of dCq))
-0,5-5
Аналитическая чувствительность (Предел
обнаружения |LoD]) Analytical sensivity
(Limit of Detection [LoDj)
5%
Аналитическая чувствительность (Предел
холостой пробы [LoB]) (Analytical sensivity
(Limit of Blank [LoBJ)*"^
2,6 %
Гочнос'1ь (Accuracy) Процент положительного соответствия
(Positive Percent Agreement (PPA)) - не
менее 98,7 %
Процент отрицательного соотвегствия
(Negative Percent Agreement (NPA)) - не
менее 97,6 %
Воспроизводимое l b
(Reproducibility)
Процент верных определений (Percent
Correct Cal (РСС)) уровня мутаций для
всех образцов с мутациями должен
составлять нс менее 99,6% (905/909)
Прецизионность
(Frecesion)
Для всех партий во все дни должно
составлять не менее 99,7% (359/360)
--- стр. 294 ---
Характеристики
Анали гическая специфичность
(ин герферирующие вещества)
(Analytical Specificity (Interfering
Substances))
illumina
Значение
Экзогенные вещества
Итерферирующее
всшесгво
<1>а1ч1И'кч-к()с К0.1ИЧ1Ч1 во
|мкм/25 мкм Kiioaial
Раствор для
депарафинизации 1,69 X 10-'«
Парафиновый воск (в
ксилоле) 2,50 X 10 "-'
Ксилол 2,50 X 10 "-'
Этанол 1,69 X 1{) 0^
11рогеиназа К 3,30 X 10-"<>
Промывочный раствор, N 6,25 X 10-"'
1-Кратный промывочный
раст вор, Р 6,25 X 10-"'
11ромывомный буфер AW 1 6,25 х IО
11ро.мывочный буфер AW2 6 , 2 5 х i()-oi
Ни одно из потенциально интерферируюищх
веществ, оцениваемых при максимальных
концен грациях, использование которых
ожидается в процессе выделения геномной
ДНК (gДHK) из ткани FFPE, не влияет на
выполнение анализа с помощью Набора
реагентов Praxis*'^ Extended RAS .
Эндо 1 енные всгцества (reivioi лобнн)
В присутствии или в отсугствие 2 мг/мл
гемоглобина «высокой концентрации» в
соответствии с определением Ипстизута
клинических и лабораторных стандартов
(CLSI; Clinical and Laboratory Standards
Institute). Исследованная концентрация
I емо1 лобина не влияет на выполнение
исследования с помощью Набора реагенгов
Praxis™ Extended RAS.
Некротическая ткань
Набор реагентов Praxis™ Extended RAS
соответез вует характеристикам выполнения,
если ткань содержит 10-80% некроза.
Более подробную ипфорацию См. ниже в
разделе «Интерферирующие субстанции»
**3начения PI округлены до целых чисел.
Более подробную информацию см. в Инструкции по прмиенению, раздел Характеристики
производительности и Отчеты представлены в Приложении 3
Ин терферирующие вещес 1ва
Интерферирующие вещества исследовали для оценки влияния потенциальных интерферирующих
вещеезв на рабочие характеристики Набора реагентов Praxis Extended RAS Panel. Рабочие
--- стр. 295 ---
illumina
характеристики оценивали в присутствии экзогенных (парафин, ксилол, этанол и нрогсиназа К,
растворы для экстракции) и эндогенных субстанций (некротизированная ткань и гемоглобин).
Экзо1 енные вещества
Исследовали экзогенные вещества, растворы, обычно используемые при экстракции ДНК, которые
перечислены с указанием количества в таблице ниже.
Пятнадцать (15) образцов FFPE тканей колоректального рака исследовали с интерферирующими
веществами и сравнивали с результатами контрольных образцов без добавленных веществ. Эти
образцы представляли собой образцы дикого типа, не содержащие мутаций из перечня для набора
реагентов Praxis Extended RAS Panel (5/15 образцов), a также образцы, содержащие распространенные
мутации из перечня для набора реагентов Praxis Extended RAS Panel (10/15 образцов). Секвенирование
образцов проводили при максимальном уровне мультиплексирования, но К) образцов плюс контроли
па прогон.
Исследуемое вещество
Интерферирующее вещество
Раствор для депарафинизации
Парафин (в ксилоле)
Ксилол
Этанол
Протсиназа К
Промывочный раствор, N
IX промывочный раствор, Р
Промывочный буфер AW1
Промывочный буфер AW2
Фактическое количество |мкл/25 мкл
элюата]
1.69 X
2.50 X 10-^-'
2.50 X 10-^^
1.69 X 10-^
3,30 X 10-^^^’
6.25 X 10-^'
6.25 X 10-^'
6.25 X 10-‘>2
6.25 X И)-«'
Для всех исследованных экзогенных веществ вес 15 образцов соответствовали требованиям оценки
контроля качества образцов (15/15, 100% уровень прохождения КК), и после приготовления
иблиотеки и ссквенирования были получены валидные результаты (15/15, 100% уровень первого
прохождения).
ОРА, РРА и NPA рассчитаны для каж/юй мутации с учетом существующих 56 мутаций на один
образец. Для всех 15 образцов и всех 9 экзогенных веществ было показано соответствие с результатами
контрольных образцов с мутациями и без. Ложноположительцые и ложноотрицатсльные результаты
отсутствовали. Пи одно из потенциально интерферирующих веществ, оцениваемых при максимальных
возможных концен трациях в процессе выделения геномной ДНК (гДНК) из образцов FFPE, нс влияет
на выполнение и результаты анализа с помощью Набора реагентов Praxis Extended RAS Panel.
Эндогенные вещества (гемш лобин)
Пятнадцать (15) образцов FFPE CRC исследовали в присутствии или в отсутствие 2 мг/мл гемоглобина
(«высокая концентрация» в соответствии с определением Института клинических и лабораторных
стандартов (CLSI; Clinical и Laboratory Standards Institute)). Эти образцы представляли собой образцы
дикого типа, не содержащие мутаций из перечня для набора реагентов Praxis Extended RAS Panel (5/15
--- стр. 296 ---
illumina
образцов), a также образцы, содержащие paciipocграненные мутации из перечня для набора реагентов
Praxis Extended RAS Panel (10/15 образцов). Ссквенирование образцов проводили при максимальном
уровне мультиплексирования, но К) образцов плюс контроли на прогон. Все 15 образцов
соответствовали требованиям оценки контроля качества образцов (15/15, 100 % уровень прохождения
КК), и после приготовления библиотеки и секвенирования были получены действительные результаты
(15/15, 100% уровень первого прохождения). Для всех 15 образцов было показано согласование е
результатами контрольных образцов с мутациями и без. Ложноноложи тельные и ложноотрицательные
результаты отсутствовали. Присутствие гемоглобина в исследованной концентрации нс повлияло на
рабочие характеристики Набора реаген тов Praxis Extended RAS Panel.
Некротизированная ткань
Для оценки образцов эндогенной некротической ткани использовали пятнадцать (15) 1'ТРЕ образцов
CRC дикого тина, не содержащие му таций из перечня для набора реагентов Praxis Extended RAS Panel
(10/15 образцов), a также образцы, содержащие распространенные мутации из перечня набора
реагентов Praxis Extended RAS Panel (5/15 образцов) и 10-80% некротизированных тканей согласно
натоморфологичеекому отчету. Секвснирование образцов проводили при максимальном уровне
ультиплексирования, но 10 образцов плюс контроли на прогон. Для 14/15 образцов были получены
валидные результаты после приготовления библиотеки и секвенирования (93,3% уровень первого
прохождения образцов). Общий процент соответствия относительно метода секвенирования но
Сэнгеру сос тавлял 99,9% (783/784). РРА составлял 100% (4/4), aNPA составлял 99,9% (779/780). Один
(1) выявленный ложноположи'тельный результат, вероя'пю, был связан с тем, что частота мутации
была ниже предела обнаружения для секвенирования по Сэнгеру. Таким образом, при анализе
образцов ткани содержащей 10-80% некроза рабочие характеристики Набора раегентов Praxis
Extended RAS Panel соответствуют установленным.
Показа! ели качества прогона должны соотвегствоваз ь следующим криз ерням:
Показазель качества
iipoi она
Значение
(M)Rcads PF не менее 7.78
Q30+(R1) нс менее 81.9
Q30+(R2) нс менее 77.7
% Registered нс менее 98.8
Control N/A
Blank N/A
(M)Reads PF - число прочтений, полученных после фильтрации данных чтений по качеству, в
миллионах.
Q30+(R1), Q30+(R2)- процент оснований ДНК для прямого (R1) и обратного (R2) прочтения
фрагмента ДНК, для которых оценка Q-индекса качества равна и выше 30.
%Registercd - процент чтений, успещно картированных на рсференсный участок ДНК генов KRAS и
NRAS, на определение мутаций, на выявление которых направлен набор реагентов.
Control - проверка соответезвия резулыатов, полученных для внутреннею положительного
контрольного образца, ожидаемым. В случае, когда обнаружено несоответствие, указывается
обнаруженный результат (и FAIL в графе Status).
--- стр. 297 ---
illumina
Blank - проверка соответствия результатов, полученных для внутреннего отрицательного
контрольного образца, ожидаемым. В случае, когда обнаружено нееоогветствис (обнаружена какая-
либо мутация), указывается обнаруженный результат (и FAIL в графе Status).
N/A - не применимо.
19. Описание методов измерений, метрологическая прослеживаемость калибровочных значений
и контрольных материалов
Не применимо.
20. Информация о стабилыюст медицинского изделия, подзверждаюндая указанный срок
службы, а I акже устойчивость при эксплуатации и гранспортировкс
Срок годности
Срок годности - pcaiCH'Tbi стабильны до указанного на упаковке срока, дату срока годности см. на
упаковке. Не используйте реагенты после истечения срока годности.
'табильность в открытой пробирке
Коробк
а
Число циклов
замораживания/озтаивания/использова
ния
Температур
a
Относительна
я влажность
Давление
Коробк
а 1А
5 циклов замораживания/озтаивания
до истечения срока годности
*за исключением праймеров
индексированных, предназначенных для
однократного использования
от -25°C до -
15°C
10-80% без
конденсата
атмосферно
е давление
Коробк
а 1В
5 циклов замораживания/оттаивания
до истечения срока годности
от -25°C до -
15°C
10-80% без
конденсата
атмосферно
е давление
Коробк
а2
Нс замораживай тс картридж повторно
после его оттаивания. Картридж можно
храни ть до 6 часов при температуре от
2 °С до 8 °С.
Кар тридж предназначен для однократного
использования.
от -25°C до -
15°C
10-80% без
конденсата
атмосферно
е давление
Коробк
а ЗА
Для 2-кратного использования
В промежутке между использованиями
pcai енты следует хранить закрытыми при
соответствующей температуре хранения.
от 2°C до
8°C
10-80% без
конденсата
атмосферно
е давление
Коробк
аЗВ
Для 2-кратного использования
В промежутке мсж/ 1у использованиями
реаген ты следует хранить закрытыми при
соответствующей температуре хранения.
*за исключением ячейки проточной
MiSeq^*^ Dx (MiSeq™ Dx flow cell),
от 2°C до
8°C
10-80 % без
конденсата
атмосферно
с давление
--- стр. 300 ---
illumina
• Инкубируют смесь Микрочастицы для библиотеки (Library Beads)/o6pa3en при комнатной
тсмисрагуре в течение указанного времени.
• Следуйте инструкциям но применению магнитного штатива. Перед тем, как набрать раствор в
пинетку, дождитесь осаждения микрочастиц и прозрачности рас'пюра.
Ос'юрожно удалите супернатант, держа планшет на магнитном штативе и следя за гем, чтобы не задеть
осевшие микрочас гицы.
Планшет для ПЦР-амплификации можно осгавигь в термоциклере на ночь или хранить при
температуре от 2°С до 8°С до 2 дней. Перед хранением при температуре от 2°С до 8°С планшет следует
заклеить.
ВНИМАНИЕ!
Не замораживагь Микрочастицы для библиотеки (Library Beads) и их смесь с разбавителем для
разведения библиотек при нормализации (Library Normalization Diluent), если они не были
использованы сразу.
Разведенную библиотеку ампликонов можно храпи гь при температуре от -25°С до -15°С в течение 30
ней.
Условия транспортировки
Медицинское изделие транспортируют всеми видами транспорта, в крытых транспортных средствах,
при температуре хранения, указанной в инструкции по применению, в соогветствии с гребованиями
с граны и правилами перевозки грузов, действующими для каждого вида транспорта.
Стабильное ! ь при транспортировке - в течение 72 часов для реагентов с температурой хранения 2 °С
-8°Си-25 °С--15°С.
21. Процедура утилизации или уничгожсния медицинскою изделия
Огходы должны быть утилизированы как эпидемиологически опасные (класс В) в соответствии с
установленными лабораторными правилами, а также местными и государственными нормативами.
'*2. Экологические требования к иенользоваиик) медицинского изделия
то медицинское изделие не наносит вреда окружающей среде при правильном использовании,
транспортировке, хранении и утилизации.
23. Требования к техническому обслуживанию и ремонту медицинского изделия
Не применимо.
24. Гарантийные обязательства
Изготовитель гарантирует стабильность медицинского изделия до истечения срока годности при
условиях транспортировки, хранения и использования, указанных в инструкции.
Изготовитель гарантирует безопасность медицинского изделия, отсутствие недопустимого риска
причинения вреда жизни, здоровью человека и окружающей среде при использовании медицинскою
изделия по назначению на условиях, предусмотренных изготовителем.
25. Перечень национальных и международных правил/стаидартов, которым соотвстствусг
медицинский прибор
--- стр. 301 ---
illumina
Перечень ci андартов
Сзандарт Описание
ASTM О 4728-06 Стандартный метод испытаний контейнеров для перевозки на
случайные вибрации.
Л5ТМ D 5276-98 С'гандартный метод испытаний контейнеров с содержимым на
свободное падение.
ASTM D 999-08 Стандартный метод испытаний контейнеров для перевозки на
вибрации.
BS EN 13640:2002 Исследование с табильности реагентов для диагностики in vitro.
CLSI С53-А Характеризация и квалификация заменяемых контрольных
материалов для лабораторной медицины, принятое руководство
Стандарт CLS1
ЕР12-А2
Протокол пользователя для оценки количественных рабочих
характеристик анализа, принятое руководство - второе издание.
С гандарт С LSI
ЕР17-А2
Протоколы для определения пределов обнаружению и пределов
количественного определения, принятое руководство.
С гандарт CLSI
ЕР25
Исследование стабильнос ти реаген тов для диагностики in vitro.
EN 13640:2002 Исследование стабильное i и реаген тов для диагностики in vitro.
EN 15223-1:2016 Изделия медицинские. Символы, применяемые при
маркировании на медицинских изделиях, этикетках и в
сопроводительной документации. Часть 1. Основные требования
EN ISO 18113-
1:2011
Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителем (маркировка). Часть 1. Термины,
определения и общие требования
EN ISO 18113-
2:2011
Медицинские изделия для диагностики in vitro. Информация,
предоставляемая изготовителсм(маркировка). Часть 2. Реагенты
для диагностики in vitro для профессионального применения
ISO 13485:2012 «Изделия медицинские. Системы менеджмента качества».
ISO 14971:2012 Изделия медицинские. Применение менеджмента риска к
медицинским изделиям
ISTA ЗА Продукция в упаковке массой не более 150 фунтов (68 кг) для
системы доставки Parcel Delivery.
ISTA 7D '1'ранспортные контейнеры с термоконтролем для системы
доставки Parcel Delivery.
26. Рекламации
В случае возникновения вопросов, связанных с гарантийными обязательствами производи геля,
следует обращаться к юридическому представителю производителя в Российской Федерации;
ООО «Р-Фарм Интернешнл» (R-Pharm International LLC)
123154, Москва, ул. Берзарина, д. 19 корн. 1, 1 этаж, поменюние V, комната 9
Гел: +7 (495) 956-79-37, Факс.: +7 (495) 956-79-38
c-mail: info(^rpharm.ru
www.r-phanH.com
--- стр. 302 ---
Перевод с английского языка на русский язык
/Логотип/: Иллюмииа^ (llliwiina*)
Набор реагентов PraxisExtended RAS Panel для качественного определения
статуса специфических мутаций генов RAS {KRAS (экзоны 2, 3 и 4) и NRAS (экзоны 2,
3 и 4)) методом секвенирования нового поколения в пробе i еномной ДНК человека,
выделенной из образцов тканей колорекгального рака, фиксированных в формалине
и заключенных в парафиновые блоки
Дополнение к инструкции по применению
Производитель:
Компания «Иллюмина Инк» (Illumina, Inc)
Адрес:
5200, Иллюмина-Уэй, г. Сан-Диего, шгат Калифорния, 92122, США
(5200 Illumina Way, San Diego, Califomia 92122, USA)
Утверждено
от имени компании «Иллюмина Инк»
/подпись/ Дата 16 июня 2020 года
Аурелия Браунридж (Aurelia Brownridge)
Старший специалист по вопросам
нормативно-правового регулирования
Компания «Иллюмина Инк»
/Штамп/: МЭРИАГОСТИНО (MARYAGOSTINO)
Нотариус, штат Калифорния
Округ Сап-Диего
Лицензия N9 2282380
Срок действия моих полномочий истекает 23 марта 2023 года