Набор реагентов для определения генетического риска развития ишемического инсульта на основании анализа полиморфных ДНК маркеров методом ПЦР в реальном времени "АмплиСенс® Геноскрин Stroke SNP-FL — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- «УТВЕРЖДАЮ» Директор Федерального бюджетного учреждения науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологи!/ ^спотребнадзора) В.Г. Акимкин 2019 г. / ИНСТРУКЦИЯ по применению набора реагентов для определения генетического риска развития ишемического инсульта на основании анализа полиморфных ДНК маркеров методом ПЦР в реальном времени «АмплиСенс®Геноскрин Stroke SNP-FL» У ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Российская Федерация, 111123, город Москва, улица Новогиреевская, дом ЗА IVD --- стр. 2 --- ОГЛАВЛЕНИЕ СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ........................................................................................................3 ПРИНЦИП МЕТОДА................................................................................................................4 ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ ..........................................................................4 АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ.................................................................................5 ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ...........................................................................6 МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ И СВЕДЕНИЯ ОБ УТИЛИЗАЦИИ ....................................8 ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ МАТЕРИАЛЫ И ОБОРУДОВАНИЕ .................................................11 ВЗЯТИЕ, ТРАНСПОРТИРОВАНИЕ И ХРАНЕНИЕ ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА ......14 ПОДГОТОВКА ИССЛЕДУЕМОГО МАТЕРИАЛА К ЭКСТРАКЦИИ ДНК .............................14 СОСТАВ..................................................................................................................................15 ПРОВЕДЕНИЕ ПЦР-ИССЛЕДОВАНИЯ...............................................................................17 А. Подготовка проб для амплификации..........................................................................18 Б. Проведение амллификации с детекцией в режиме «реального времени» ...........18 АНАЛИЗ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ РЕЗУЛЬТД!^ ..................................................................19 СРОК ГОДНОСТИ. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ И ХРАНЕНИЯ .........................23 ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ ......................................................24 ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Экстракция ДНК с использованием комплекта реагентов «РИБО- преп» ........./..........................................................................................................................25 ПРИЛОЖЕНИЕ 2. Методика определения генетического риска развития инсульта .....28 СИМВОЛЫ, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ В ПЕЧАТНОЙ ПРОДУКЦИИ ............................................35 --- стр. 3 --- список СОКРАЩЕНИИ В настоящей инструкции применяются следующие к+ - положительный контроль ПЦР к- - отрицательный контроль ПЦР пко - положительный контрольный образец ПЦР - полимеразная цепная реакция ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора - Федеральное бюджетное учреждение науки «Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека FRT - флуоресцентная детекция в режиме «реального времени» SNP - однонуклеотидный полиморфизм rs - reference SNP (иденд^икационный номер полиморфного ДНК локуса в междунга^дных базах данных SNP) on (+) - отношение правдоподобия положительного результата on (-) - отношение правдоподобия отрицательного результата OR / - odds ratio, отношение шансов (ОШ) p_________L______ - уровень значимости НАЗНАЧЕНИЕ Набор реагентов «АмплиСенс® Геноскрин Stroke SNP-FL» предназначен для определения генотипов однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в генах, ассоциированных с риском развития ишемического инсульта, в биологическом материале (цельная кровь) методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Набор реагентов используется лри обследовании лиц на генетическую предрасположенность к развитию ишемического инсульта, а также для изучения генетики других мульти факторных заболеваний, ассоциированных с определяемыми полиморфизмами. Расчет риска развития ишемического инсульта с использованием набора реагентов проводится на основании только генетических данных, средовые факторы риска и особенности образа жизни пациента не учитываются. Показания и противопоказания к применению набора реагентов Набор реагентов может быть применен в медицинской практике при обследовании взрослых лиц обоих полов, относящихся к европеоидной расе, с целью определения генетического риска развития ишемического инсульта --- стр. 4 --- (кардиоэмболического и атеротромботического подтипов) и проведения профилактических мероприятий. Противопоказания отсутствуют, за исключением случаев, когда забор материала не может быть осуществлен по медицинским показаниям. Потенциальные пользователи медицинского изделия К работе с набором реагентов допускаются только медицинские работники, обученные методам молекулярной диагностики и правилам работы в клинико-диагностической лаборатории в установленном порядке (СП 1.3.2322-08 «Безопасность работы с мщроорганизмами III-IV групп патогенности (опасности) и 'возбудителями паразитарных болезней»). В соотеетствии с федеральным законом от 21.11.2011 № 323-ФВ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» ПЦР-исследование является одним из методов всестороннего обследования пациента, на основании которых лечащий врач устанавливает диагноз и выбирает мероприятия по лечению пациента. ПРИНЦИП МЕТОДА Метод основан на экстракции тотальной ДНК человека из образцов биологического материала и проведении амплификации с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени» фрагментов ДНК человека, содержащих SNP, в генах, ассоциированных с риском развития инсульта. Полный анализ одного образца проводится в 19 пробирках, в каждой из которых определяется один полиморфный ДНК маркер. Набор реагентов позволяет дифференцировать гомо- и гетерозиготное состояние по каждому из исследуемых SNP. ФОРМЫ ВЫПУСКА НАБОРА РЕАГЕНТОВ Набор реагентов выпускается в 2 формах комплектации: Форма 1 включает комплекты реагентов «РИБО-преп» вариант 10 и «ПЦР-комплект». Форма 2 включает комплект реагентов «ПЦР-комплект». Форма комплектации 1 предназначена для проведения полного ПЦР-исследования, включающего экстракцию ДНК из биологического материала и амплификацию ДНК с --- стр. 5 --- гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Форма комплектации 2 предназначена для проведения амплификации ДНК с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени». Для проведения полного ПЦР-исследования необходимо использовать комплекты реагентов для экстракции ДНК, рекомендованные ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора. АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Аналитическая чувствительность Таблица 1 Вид исследуемо^ материал^ Объем образца для экстракции, мкл Комплект для экстракции ДНК Комплект для амплификации Аналитическая чувствительность Цельная кровь 100 «РИБО- преп» «ПЦР- комплект» 10 ГЭ в реакцию* Аналитическая специфичность Специфичность набора реагентов (доля правильных определений относительно референтного метода) проверялась на 200 образцах геномной ДНК человека. В качестве референтного метода была использована методика секвенирования с использованием пиросеквенатора «РугоМагк Q24» При проведении тестирования неспецифических реакций и неправильного определения SNP и генотипов выявлено не было, аналитическая специфичность составила 100%. Воспроизводимость и повторяемость Воспроизводимость и повторяемость анализа были определены для всех 19 ПЦР-смесей-Lyo с использованием панели стандартных образцов предприятия с использованием двух серий набора. Панель включала восемь повторов каждого образца, тестирование проводили в разные дни. Для каждой пробы определяли значения пороговых циклов для каналов флуоресценции РАМ и JOE и рассчитывали разность значений Ct (ACt) между каналами. Для определения повторяемости анализа рассчитывали среднее значение ACt и стандартное ^ Соответствует 800 копиям/мл в выделенной и разведенной в 30 раз ДНК-пробе или 2,4x10“ * копий ДНК в 1 мл исследуемого биологического материала. --- стр. 6 --- отклонение для восьми повторов по каждому из трех генотипов. Для определения воспроизводимости анализа сравнивали средние значения ACt по каждому из трех генотипов, полученные в двух независимых постановках. Разброс значений внутри одного теста Среднее значение ACt для образцов, соответствующих гомозиготным генотипам, составляло для разных ПЦР-смесей- Lyo от 2,2±0,28 до 12,3±0,42. Среднее значение ACt для образцов, соответствующих гетерозиготным генотипам, составляло для разных ПЦР-смесей-Lyo от 0,07±0,07 до 0,47±0,29. , Разброс значений между Местами, поставленными в разные дни Среднее значение ACt для образцов, соответствующих гомозиг(/гным генотипам, составляло для разных ПЦР-смесей- Lyo от 2,3±0,02 до 11,5±0,14. Среднее значение ACt для образцов, соответствующих гетерозиготным генотипам, составляло для разных ПЦР-смесей-Lyo от 0,13±0,06 до 0,38±0,12. ДИАГНОСТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ Результаты тестирования набора реагентов «АмплиСенс® Геноскрин Stroke SNP-FL» в сравнении с референтным методом Точность определения аллелей SNP, детектируемых набором реагентов «АмплиСенс® Геноскрин Stroke SNP-FL», проверяли на 727 образцах цельной крови. В качестве референтного метода была использована методика секвенирования с использованием пиросеквенатора «РугоМагк Q24». При проведении тестирования расхождений между двумя методами выявлено не было. Клиническая эффективность набора реагентов «АмплиСенс® Геноскрин Stroke SNP-FL» (способность давать результаты, коррелирующие с конкретным клиническим состоянием в целевой популяции, то есть доля случаев инсульта, объясняемая вкладом генетических факторов риска) была рассчитана для двух групп SNP потенциальных факторов риска (см.табл. 4) на выборке из 727 образцов цельной крови, в --- стр. 7 --- том числе 367 образцов, полученных от пациентов с ишемическим инсультом в анамнезе (из них 124 образца от пациентов с кардиоэмболическим подтипом и 243 образца от пациентов с атеротромботическим подтипом ишемического инсульта), и 360 образцов от пациентов без ишемического инсульта в анамнезе (контрольная группа), и составила для группы SNP «Инсульт-1» OR=1,27, ОП(+)=1,13, ОП(-)=0,89; для группы SNP «Артериальная гипертензия» OR=1,49, ОП(+)=1,21, ОП(-)=0,89. Для кардиоэмболического и атеротромботического подтипов ишемического инсульта были показаны следующие статистически значимые пока.^вли OR и ОП. Объемы тестируемых выборок и соответствующие значения представлены в таблицах 2, 3. / Таблица 2 Таблица сопряженности по группе SNP «Инсульт-1» Группа пациентов Признак позитив (генетическая предрасполо женность к ишемическому инсульту) Признак негатив (отсутствие генетической предрасполо женности к ишемическому инсульту) Всего Пациенты с кардиоэмбо лическим подтипом ишемического инсульта в анамнезе 75 49 124 Контрольная группа без инсульта в анамнезе 163 197 360 Всего 238 246 484 OR (95% доверительный интервал) 0П+/ ОП- 1,85 (1,20-2,87) 0,004 1,58/ 0,86 --- стр. 23 --- J СРОК годности. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ и ХРАНЕНИЯ Срок годности. 12 мес. Набор реагентов с истекшим сроком годности применению не подлежит. Срок годности вскрытых реагентов соответствует сроку годности, указанному на этикетках для невскрытых реагентов, если в инструкции не указано иное. Транспортирование. Набор реагентов транспортировать при температуре от 2 до 8 °С в термоконтейнерах, содержащих хладоэлементы, всеми видами крытых транспортных средств. Хранение. Комплекты реагентов «РИБО-преп», «ПЦР-комплект» хранить при температуре от 2 ^ 8 °С. ПЦР-смеси-Lyo хранить в пакетах с влагопоглотителем^защищенном от света месте. 23 --- стр. 24 --- ГАРАНТИЙНЫЕ ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ИЗГОТОВИТЕЛЯ Предприятие-изготовитель гарантирует соответствие основных параметров и характеристик набора реагентов требованиям, указанным в технической и эксплуатационной документации, в течение установленного срока годности при соблюдении всех условий транспортирования, хранения и применения. Рекламации на качество набора реагентов «АмплиСенс® Геноскрин Stroke SNP-FL» направлять в отдел рекламаций, организации обучения и контроля качества по адресу 111123, г. Москва, ул. Новогиреевская, дом ЗА, e-mail: cs@pcr.ru ^ ^ При выявлении побочных Действий, не указанных в инструкции по применению набора реагентов, нежелательных реакций 1р]л его использовании, фактов и обстоятельств, создающ|Дх угрозу жизни и здоровью граждан и медицинских работников при применении и эксплуатации набора реагентов, рекомендуется направить сообщение в отдел рекламаций по адресу, указанному выше, и в уполномоченную государственную регулирующую организацию (в РФ - Федеральная служба по надзору в сфере здравоохранения) в соответствии с действующим законодательством. --- стр. 25 --- ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ПРИЛОЖЕНИЕ 1. Экстракция ДНК с использованием комплекта реагентов «РИБО-преп» Порядок работы. 1. Раствор для лизиса (если он хранился при температуре от 2 до 8 °С) прогреть при температуре 65 °С до полного растворения кристаллов. А. Подготовка клинического материала при экстракции ДНК из цельной крови 1. Отобрать необходимое количество одноразовых пробирок на 1,5 мл (включая отрицательный контроль экстракции). Промаркировать пробирки. ^ 2. В пробирки, предназначенныёгйля клинических проб, внести отдельными наконечниками по 1,0 мл гемолитика и по 100 мкл исследуемых образцов цельной крови в соответствии с маркировкой. Закрыть пробирки и аккуратно перемешать содержимое пробирок на вортексе. 3. Оставить пробирки при комнатной температуре на 5 мин; еще раз аккуратно перемешать содержимое пробирок на вортексе: оставить на 5 мин. 4. Центрифугировать пробирки на микроцентрифуге при 8 тыс об/мин в течение 2 мин. 5. Аккуратно отобрать надосадочную жидкость, не задевая осадок, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник для каждой пробы. Полученный осадок лейкоцитов можно хранить при температуре от минус 24 до минус 16 °С в течение 2 недель или при температуре не выше минус 68 °С в течение 1 года. Б. Процедура экстракции ДНК 1. В промаркированные пробирки с клиническим материалом внести по 300 мкл раствора для лизиса. 2. Содержимое пробирок тщательно перемешать на вортексе, процентрифугировать в течение 5 с на микроцентрифуге для удаления капель с внутренней поверхности крышки и прогреть 5 мин при 65 °С в термостате. 3. Добавить в пробирки по 400 мкл раствора для преципитации, плотно закрыть крышки, перемешать на вортексе. 4. Процентрифугировать пробирки на микроцентрифуге в течение 5 мин при 12 тыс g (например, 13 400 об/мин для 25 --- стр. 26 --- ЭКСТРАКЦИЯ ДНК ф центрифуги MiniSpin, Eppendorf). 5. Аккуратно отобрать надосадочную жидкость, не задевая осадок, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник на 200 мкл для каждой пробы. 6. Добавить в пробирки по 500 мкл раствора для отмывки 3, плотно закрыть крышки, осторожно промыть осадок, переворачивая пробирки 3-5 раз. Можно провести процедуру одновременно для всех пробирок, для этого необходимо накрыть пробирки в штативе сверху крышкой или другим штативом, прижать их и переворачивать штатив. 7. Процентрифугировать при g в течение 1-2 мин на микроцентрифуге. 8. Осторожно, не захватывая осадок, отобрать надосадочную жидкость, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник для каждой пробы. 9. Добавить в пробирки по 200 мкл раствора для отмывки 4, плотно закрыть крышки и осторожно промыть осадок, переворачивая пробирки 3-5 раз. 10. Центрифугировать при 12 тыс g в течение 1-2 мин на микроцентрифуге. 11.Осторожно, не захватывая осадок, тщательно отобрать надосадочную жидкость, используя вакуумный отсасыватель и отдельный наконечник для каждой пробы. 12. Поместить пробирки в термостат при температуре 65 °С на 5 мин для подсушивания осадка (при этом крышки пробирок должны быть открыты). 13. Добавить в пробирки по 50 мкл РНК-буфера. Перемешать на вортексе. Поместить в термостат при температуре 65 °С на 5 мин, периодически встряхивая на вортексе. 14. Центрифугировать пробирки при 12 тыс g в течение 1 мин на микроцентрифуге. Надосадочная жидкость содержит очищенную ДНК. ВНИМАНИЕ! Очищенную ДНК можно хранить в течение недели при температуре от 2 до 8 °С, в течение 1 года при температуре от минус 24 до минус 16 °С и длительно при температуре не выше минус 68 °С. 15. Перед проведением ПЦР полученную ДНК развести в 30 раз ДНК-буфером. ВНИМАНИЕ! Для проведения ПЦР рекомендуется 26