Набор реагентов для выявления РНК Yersinia pestis/Francisella tularensis методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим учетом результатов (Ген Yersinia pestis/Francisella tularensis индикация- РЭФ) по ТУ 9398-046-01898109-2013 — инструкция и характеристики
Открытые закупки, где изделие проходит ТЗ
Сейчас открытых закупок, где изделие полностью проходит ТЗ, нет; список обновляется каждый день.
Построчная сверка ТЗ с характеристиками этого изделия и все закупки под ваши товары — в кабинете, 7 дней бесплатно.
Попробовать бесплатно
Текст инструкции: технические характеристики
--- стр. 1 --- осНИПЧИ «Микроб» Кутырев В.В. _ ’ ’ 2аЖ ИНСТРУКЦИЯ по ПРИМЕНЕНИЮ НАБОРА РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ РНК YERSINIA PESTIS / FRANCISELLA TULARENSIS МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКИМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ (ГЕН YERSINIA PESTIS / FRANCISELLA TULARENSIS ИНДИКАЦИЯ - РЭФ) 1. НАЗНАЧЕНИЕ «Набор реагентов для выявления РНК Yersinia pestis / Francisella tularensis методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим учетом результатов (Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ)», далее - набор реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ», предназначен для выявления РНК жизнеспособных клеток возбудителей чумы и туляремии в пробах клинического и биологического материала, объектов окружающей среды методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим учетом результатов. 2. ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ Область применения набора - клиническая лабораторная диагностика, эпидемиологический мониторинг. Набор реагентов может быть использован в учреждениях, имеющих Лицензию на деятельность в области использования возбудителей инфекционных заболеваний человека и животных I-IV групп патогенности, стационарных и мобильных лабораториях, имеющих санитарно-эпидемиологическое заключение на проведение работ с микроорганизмами I-IV групп патогенности. 3. ТРЕБОВАНИЯ К ПЕРСОНАЛУ, УЧАСТВУЮЩЕМУ В ВЫПОЛНЕНИИ ИССЛЕДОВАНИЙ Исследования могут выполнять специалисты не моложе 18 лет с вьющим и средним медицинским, биологическим или иным образованием, окончившие соответствующие курсы специальной подготовки с освоением методов безопасной работы с патогенными биологическими агентами (ПБА) I-II групп патогенности. 4. ПРИНЦИП МЕТОДА Выявление РНК возбудителя чумы методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим учетом результатов основано на амплификации фрагмента гена yihN Yersinia pestis размером 118 п.н. на кДНК патогена, полученной путем обратной транскрипции с РНК возбудителя чумы. Выявление РНК возбудителя туляремии методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим учетом результатов основано на амплификации фрагмента гена mviN Francisella tularensis размером 137 п.н. на кДНК патогена, полученной путем обратной транскрипции с РНК возбудителя туляремии. Проведение анализа включает пять этапов: выделение РНК/ДНК из проб клинического материала, обработка препарата нуклеиновых кислот ДНК-азой для получения РНК, проведение обратной траскрипции для получения кДНК, амплификация участков кДНК возбудителя чумы и туляремии и регистрация образовавщихся ПЦР- продуктов (ампликонов) в агарозном геле после проведения электрофореза и его окраски бромидом этидия. 1 --- стр. 2 --- Амплификация фрагментов кДНК происходит в буферном растворе за счет 'Ттраймеров, комплементарных последовательности yihN гена чумного микроба и mviN гена туляремийного микроба, смеси нуклеотидов (дНТФ), фермента Taq ДНК-полимеразы. Все компоненты, за исключением фермента, содержаться в ПЦР-смесь 1 «Г. pestis», ПЦР- смесь 1 «F. tularensis» и ПЦР-смеси-2. Выявление ампликонов в агарозном геле происходит за счет окрашивания бромидом эдития под воздействием ультрафиолета. 5. ХАРАКТЕРИСТИКА НАБОРА 12 реагентов: Реактив Описание Объем (мл) Количество (шт.) 1 2 3 4 ПЦР-смесь 1 «Г. pestis» прозрачная бесцветная жидкость, содержащая праймеры, дНТФ и натрия азид 0,25 1 пробирка ПЦР-смесь 1 «F. tularensis» прозрачная бесцветная жидкость, содержащая праймеры, дНТФ и натрия азид 0,25 1 пробирка ПЦР-смесь 2 прозрачная бесцветная жидкость, содержащая Трис-НС1; аммония сульфат; магния хлорид; Tween-20 0,5 2 пробирки Taq-полимераза прозрачная бесцветная жидкость 0,01 1 пробирка ТЕ-буфер прозрачная бесцветная жидкость, содержащая Трис-НС1; Наг-ЭДТА 1,0 3 пробирки Вода, свободная от нуклеаз прозрачная бесцветная жидкость 0,3 1 пробирка ДНКаза прозрачная бесцветная жидкость 0,05 1 пробирка Реакнионный буфер для ДНКазы прозрачная бесцветная жидкость, содержащая Трис-НС1, магния сульфат, кальция хлорид. 0,05 1 пробирка Стоп-буфер для ДНКазы прозрачная бесцветная жидкость, содержащая ЭТТА 0,05 1 пробирка Минеральное масло бесцветная вязкая жидкость, представляющая собой минеральное масло легкое белое, парафиновое 8,0 1 флакон ПКО ДНК Y . pestis прозрачная бесцветная жидкость, представляющая собой водный раствор ДНК Y . pestis 0,3 1 пробирка ПКО ДНК F. tularensis прозрачная бесцветная жидкость, представляющая собой водный раствор ДНК F . tularensis 0,3 1 пробирка Набор реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация на 50 определений с учетом контрольных образцов. РЭФ» рассчитан --- стр. 3 --- 6. ОБОРУДОВАНИЕ И МАТЕРИАЛЬ >1 : Наименование Основные характеристики или обозначения документации, производитель Амплификатор Терцик Амплификатор Терцик, «ДНК-технология», Роесия Ламинарный бокс биологической безопасности класс ИВ Ламинарный боке биологической безопасности класс II БАВп-«Ламинар-С-1,2», «Ламинарные еистемы», Росеия ПЦР-бокс Бокс абактериальной воздушной среды для работы с ДНК-пробами (ПЦР-бокс) при проведении ПЦР-диагноетики БАВ-ПЦР- "Ламинар-С" «Ламинарные системы», Роееия Микроцентрифуга-встряхиватель Микроцентрифуга-встряхиватель «ТЭТА-2», «Биоком», Роееия Термостат твердотельный Термоетат твердотельный от 25 до 100 °С, Термо 24-15, «Биоком», Россия. Микроцентрифуга наетольная Микроцентрифуга на 13400 об/мин "Mini Spin" "Eppendorf, Германия Отсасыватель медицинский Отсаеыватель медицинский "ОМ-1" ОАО "Утес", Россия Источник питания Источник питания "Эльф-8" "ДНК- технология", Роееия Камера для горизонтального электрофореза Камера для горизонтального электрофореза Sub Cell GT System "БиоРад", США Гель-документируюгцая система Гель-документирующая еистема Gel Doe 2000 "БиоРад", США Термостат твердотельный с функцией охлаждения термостат твердотельный с функцией охлаждения от 4 до 120 °С, «Биоком», Россия Набор электронных или механичееких дозаторов переменного объема Набор электронных или механических дозаторов переменного объема (0,5-10, 10-100 мкл, 100-1000 мкл), Eppendorf, Германия Штатив-подставка для дозаторов Штатив-подставка для дозаторов универсалъная на 5 дозаторов, «Хеликон», Россия Штатив «рабочее место» для микропробирок на 0,2 мл Штатив «рабочее место» для микропробирок на 0,2 мл, 10x20 мест, «Хеликон», Россия Штатив «рабочее меето» для микропробирок на 1,5 мл Штатив «рабочее место» для микропробирок на 1,5 мл, 5x10 мест с увеличенным раеетоянием между лунками, «Хеликон», Россия Холодильник от 2 до 8 °С с морозильной камерой не выше минус 18°С «Атлант», Россия Наконечники универеальные для дозаторов переменного объемом е аэрозолъным барьером до 10 мкл ФСЗ 2012/11892 «Axygen», США Наконечники универсальные для дозаторов переменного объемом с аэрозолъным барьером до 100 мкл ФСЗ 2012/11892 «Axygen», США Наконечники универсальные для дозаторов переменного объемом с 1 аэрозолъным барьером до 200 мкл ФСЗ 2012/11892 «Axygen», США --- стр. 4 --- Наконечники универсальные для дозаторов переменного объемом с аэрозольным барьером до 1000 мкл ФСЗ 2012/11892 «Axygen», США Микроцентрифужные пробирки объемом 1,5 мл ФСЗ 2012/11892 «Axygen», США Пробирки для ПЦР объемом 0,2 мл с плоской крыщкой ФСЗ 2012/11892 «Axygen», США Одежда одноразовая медицинская из нетканого и полимерного материалов РЗН 2013/668 Перчатки медицинские диагностические одноразовые. Часть 1. Спецификация на перчатки из каучукового латекса или раствора ГОСТ Р 52239-2004 * Примечание: допускается применение оборудования другого типа, по своим характеристикам не уступающего рекомендуемому. 7. УСЛОВИЯ ТРАНСПОРТИРОВАНИЯ, ХРАНЕНИЯ И ЭКСПЛУАТАЦИИ НАБОРА Транспортирование набора реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ» осуществляют всеми видами крытых транспортных средств в соответствии с требованиями ГОСТ 15150 и правилами, установленными для каждого вида транспорта. Условия транспортирования - при температуре от 2 до 8 °С не более 2 суток, при температуре от минус 16 до минус 20 °С - в пределах установленного срока годности. Условия хранения компонентов набора реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ» - ПЦР-смесь 1 «Г. pestis», ПЦР-смесь 1 «F. tularensis», ПЦР- смесь-2, ТЕ-буфер при температуре от плюс 2 до плюс 8 °С, ДНКаза, реакционный буфер для ДНКазы, стоп-буфер для ДНКазы, Taq-полимераза, вода, свободная от нуклеаз, ПКО ДНК Y . pestis, ПКО ДНК F. tularensis - при температуре от минус 16 до минус 20 °С. Срок годности набора реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ» - 6 месяцев. Условия эксплуатации набора реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ» - при температуре от 18 до 25 ^С. 8. МЕРЫ ПРЕДОСТОРОЖНОСТИ Использование набора реагентов «Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ» с истекшим сроком годности недопустимо. Работу проводят в соответствии с требованиями СП 1.3.3118 - 13 «Безопасность работы с микроорганизмами I-II групп патогенности», МУ 1.3.2569 - 09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». 9. АНАЛИЗИРУЕМЫЕ ОБРАЗЦЫ Материалом для исследования служат: суспензии культур возбудителей чумы и туляремии или подозрительных изолятов; кровь; мокрота; мазки из зева; моча; пунктаты бубона, отделяемое язв; фекалии; ликвор; органы лабораторных и диких животных; эктопаразиты (блохи, клещи); вода открытых водоемов, почва, остатки пищи из гнезд хищных птиц, их погадки, экскременты грызунов и хищников. Отбор проб биологического материала и объектов окружающей среды и их транспортировка в лабораторию для исследования методом ПЦР проводят в соответствии с СП 1.3.3118-13 «Безопасность работы с микроорганизмами I-II групп патогенности», СП 1.2.036-95 «Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I- --- стр. 5 --- IV групп патогенности», МУ 4.2.2039-05 «Техника сбора и транспортирования биоматериалов- в микробиологические лаборатории», МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности». Транспортировка проб биологического материала и объектов окружающей среды в лабораторию для исследований проводится при температуре от плюс 2 до плюс 8 °С в течение суток. После проведения предварительной обработки проб допускается их транспортировка при температуре от минус 16 до минус 20 °С в течение 7 суток, либо в сосуде Дьюара с жидким азотом - длительно. С целью цредотвращения разрушения нуклеиновых кислот возможно использование транспортной среды следующего состава: сахароза - 0,218 моль; КН2РО4 - 0,0038 моль, К2НРО4 - 0,0072 моль; 1 % БСА. При необходимости длительного хранения и (или) транспортировки, при отсутствии низкотемпературных холодильников, используют специальную транспортную среду ESP: 1 % саркозил; 0,05 моль ЭДТА; 1 мг/мл проназа Е. Исследуемый материал может храниться в среде ESP при температуре от плюс 20 до плюс 30 °С в темном месте до 10 дней. 9.1 Чистые культуры микроорганизмов Из культур возбудителей чумы и туляремии или подозрительных изолятов готовят суспензии в 2 мл 0,9 % раствора натрия хлористого по отраслевому стандартному образцу мутности 10 единиц ФЕБУ «НЦЭСМП» (ОСО 42-28-59-86П), что соответствует lxl0^ м.к./мл для Y. pestis и 5x10^ для F. tularensis. Затем проводят 10-кратные разведения подготовленных суспензий в 0,9 % растворе натрия хлористого до конечной концентрации 1x10^ м.к./мл. 9.2 Кровь Кровь у людей берут из локтевой вены в количестве 4,5 мл стерильным шприцем, в который предварительно вносят 0,5 мл стерильного 4 % раствора натрия цитрата и переносят в стерильные стеклянные пробирки или специальные пластиковые пробирки с пробкой. Аккуратно перемешивают покачиванием. Затем выполняют этапы обеззараживания материала и вьщеления ДНК/РНК. 9.3 Мокрота Мокроту отбирают в количестве не менее 1,0 мл в одноразовые градуированные стерильные флаконы с широким горлом и завинчивающимися крышками объемом не менее 50 мл. В емкость с мокротой добавляют «Муколизин» в соотношении 5:1 (5 частей «Муколизина» к 1 части мокроты). В процессе разжижения мокроты (20 - 30 мин.) емкость периодически встряхивают. Затем автоматической пипеткой, используя наконечник с фильтром, отбирают 1 мл разжиженной мокроты, помещают в пробирку с завинчивающейся крышкой или в микроцентрифужную пробирку с защелкой на 1,5 мл и центрифугируют при 5000-7000 g в течение 10 мин. Удаляют 0,8 мл надосадочной жидкости, осадок клеток перемешают с 0,2 мл оставшейся жидкости. Допускается выделение ДНК/РНК из 0,1 мл разжиженной мокроты без стадии центрифугирования. 9.4 Мазки из зева Мазки берут сухими стерильными ватными тампонами на пластиковой основе вращательными движениями с поверхности миндалин, небных дужек и задней стенки ротоглотки. После взятия материала тампон (рабочую часть зонда с ватным тампоном) помещают в стерильную одноразовую пробирку со специальной транспортной средой (например, № 2) и аккуратно обламывают пластиковый стержень на расстоянии не более 0,5 см от рабочей части, оставляя рабочую часть зонда с материалом в транспортной среде, которую используют для выделения ДНК/РНК. 9.5 Моча Мочу (первую утреннюю порцию) отбирают в количестве не менее 20 - 30 мл в специальный сухой стерильный флакон. Переносят 1 мл мочи, используя наконечник с фильтром, в стерильные одноразовые пробирки объемом 1,5 мл. Центрифугируют в --- стр. 9 --- Реагент Объем, мкл ПЦР-смесь 1 «7. pestis» 5 ПЦР-смесь-2 10 Taq ДНК-полимераза 0,2 Подготовленную смесь тщательно перемешивают и переносят по 15 мкл в подготовленные пробирки объемом 0,6 мл. Аналогичным образом готовят реакционную смесь для проведения реакции с ПЦР-смесью 1 «F. tularensis». Во все пробирки сверху добавляют каплю минерального масла. Затем в пробирки под слой масла вносят по 10 мкл к ДНК из исследуемых проб и ОКВ. В микропробирку с отрицательным контролем амплификации (К-) вносят 10 мкл ТЕ-буфера, в микропробирки с положительными контролями амплификации (К+) - по 10 мкл ПКО ДНК Y . pestis (для микропробирок с ПЦР-смесью 1 «Г. pestis») и ПКО ДНК F. tularensis (для микропробирок с ПЦР-смесью 1 «F. tularensis»). Подготовленные микропробирки помещают в термоциклер. Запускают на термоциклере программу (таблица). Когда температура в ячейках достигнет 95 °С (режим паузы), пробирки помещают в ячейки прибора, закрывают крышку и снимают программу с паузы. Матричный режим 1 этап 2 этап 3 этап 4 этап 5 этап 6 этап 95 °С- пауза 95 °С - 5 мин 95 °С - 30 с 60 °С - 30 с 72 °С - 30 с 10 циклов 95 °С - 20 с 56°С-20с 72 °С - 20 с 30 циклов 72 °С - 5 мин 10 °С- хранение Активный режим 1 этап 2 этап 3 этап 4 этап 5 этап 6 этап 95 °С- пауза 95 °С - 5 мин 95 °С - 7 с 60 °С - 7 с 72 °С - 7 с 10 циклов 95 °С - 5 с 56 °С - 5 с 72 °С - 5 с 30 циклов 72 °С - 5 мин 10 °С- хранение реакционную смесь (продукты реакции) хранят при температуре от 2 °С до 8 °С. И. РЕГИСТРАЦР1Я РЕЗУЛЬТАТОВ Регистрацию результатов ПЦР осуществляют методом электрофореза в 1,7- 2 % агарозном геле с использованием коммерческих наборов «ЭФ», «Комплект №1 для электрофоретической детекции» или аналогичных. Работу проводят в соответствии с инструкциями к указанным наборам. Электрофорез проводят при градиенте напряжения 10 В/см в течение 25-30 мин. 12. УЧЕТ РЕЗУЛЬТАТОВ Результаты учитывают на основании наличия (или отсутствия) электрофореграмме специфичных полос амплифицированной ДНК. К учету результатов исследуемых проб приступают только в случае прохождения Контроли Амплификация фрагментов ДНК размером 118 п.н. 137 п.н. К+ Yersinia pestis 118 п.н. К+ Francisella tularensis 137 п.н. К- - - ОКВ - - --- стр. 10 --- Для учета результатов реакции используют приведенную ниже таблицу: •' Пробы Амплификация фрагментов кДНК размером Результат анализа 118 п.н. 137 п.н. Исследуе мые пробы -1- + В пробе выявлена РНК Y. pestis и F. tularensis -1- - В пробе выявлена РНК Y. pestis - -1- В пробе выявлена РНК F. tularensis - - В пробе РНК Y. pestis или F. tularensis не обнаружена 13. АНАЛИТИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ 13.1. Аналитическая чувствительность. Набор должен выявлять РНК Y . pestis и/или F . tularensis в суспензии концентрацией не менее 1x10^ м.к./мл. 13.2. Аналитическая специфичность. Набор не должен давать положительных результатов с РНК микроорганизмов других родов в суспензиях концентрацией IxlO'* м.к./мл 13.3. Диагностическая чувствительность Диагностическая чувствительность - не менее 99,0 % с доверительной вероятностью 90 % при исследовании 250 положительных образцов, содержащих Y . pestis и/или F. tularensis в концентрации не менее 1x10^ м.к./мл. 13.4. Диагностическая специфичность Диагностическая специфичность - не менее 99,0 % с доверительной вероятностью 90 % при анализе 250 проб, содержащих бактериальные суспензии Y . pestis и/или F.tularensis в концентрации 1x10^ м.к./мл и 60 проб, содержащих гетерологичные микроорганизмы в концентрации I x IO '^m.k./mh. 14. БЕЗОПАСНАЯ УТИЛИЗАЦИЯ Уничтожение неиспользованных компонентов набора или наборов реагентов с истекщим сроком годности проводить в соответствии с СанПиН 2.1.7.2790-10. 15. ГАРАНТИИ И ИНФОРМАЦИЯ О ПРОИЗВОДИТЕЛЕ Производитель гарантирует качество набора реагентов «Набор реагентов для выявления РНК Yersinia pestis / Francisella tularensis методом полимеразной цепной реакции с электрофоретическим учетом результатов (Ген Yersinia pestis / Francisella tularensis индикация - РЭФ)» при соблюдении условий транспортирования, хранения и эксплуатации в течение указанного срока годности. Производитель - Федеральное казенное учреждение здравоохранения «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополуцдмецмека (ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора) (410005, г. Саратов, 46 Тел. (845-2) 51- 69-65). Зам. директора по экспериментальной производственной работе ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Г енеральный директор ООО «Вымпел-медцентр» .Никифоров Н.Егоров 10 --- стр. 11 --- ПРОШИТО . в КОЛИЧЕСТВЕ ЛИСТОВ ”-г-’б-июн гос Ген. Директор